Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01006275.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig06300, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 2594
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.17, T:0.36


Found at i:2239 original size:206 final size:206

Alignment explanation


    Indices: 1873--2493  Score: 1005
    Period size: 206  Copynumber: 3.0  Consensus size: 206

       1863 TCTTTGTTTA

                                            *  *               *        *    
       1873 TAATTATA-TATGGGTAATTATTTGATACAC-CGGTGGTGTAAATTTTGGATTCCACAAGCGGGT
          1 TAATTATATTATGGGTAATTATTTGATACACTTGGGGGTGTAAATTTTGGACTCCACAAGTGGGT

                       *      *           *                         *        
       1936 TGTAGAGTTGAATTGACACATGTCCATTTTATTAATTAATTAAGTTTTAAATATTTCAATCTAGT
         66 TGT---G--GAGTTGACATATGTCCATTTTTTTAATTAATTAAGTTTTAAATATTTTAATCTAGT

                      *                                           *          
       2001 CCCTAGAGGATACATGTCACCCTTCAGGATCCGCTTGTGTAGTCTGCTAAACTCTACCGCCGGTG
        126 CCCTAGAGGACACATGTCACCCTTCAGGATCCGCTTGTGTAGTCTGCTAAACTCCACCGCCGGTG

                            
       2066 TATTATATAATTTGCC
        191 TATTATATAATTTGCC

                                                                             
       2082 TAATTATATTATGGGTAATTATTTGATACACTTGGGGGTGTAAATTTTGGACTCCACAAGTGGGT
          1 TAATTATATTATGGGTAATTATTTGATACACTTGGGGGTGTAAATTTTGGACTCCACAAGTGGGT

                                                                             
       2147 TGTGGAGTTGACATATGTCCATTTTTTTAATTAATTAAGTTTTAAATATTTTAATCTAGTCCCTA
         66 TGTGGAGTTGACATATGTCCATTTTTTTAATTAATTAAGTTTTAAATATTTTAATCTAGTCCCTA

                        *       *                                            
       2212 GAGGACACATGTAACCCTTCGGGATCCGCTTGTGTAGTCTGCTAAACTCCACCGCCGGTGTATTA
        131 GAGGACACATGTCACCCTTCAGGATCCGCTTGTGTAGTCTGCTAAACTCCACCGCCGGTGTATTA

                       
       2277 TATAATTTGCC
        196 TATAATTTGCC

                         *                                                *  
       2288 TAATTATATTATGTGTAATTATTTGATACACTTGGGGGTGTAAATTTTGGACTCCACAAGTGAGT
          1 TAATTATATTATGGGTAATTATTTGATACACTTGGGGGTGTAAATTTTGGACTCCACAAGTGGGT

                                       *                                     
       2353 TGTGGAGTTGACATATGTCCATTTTTTGAATTAATTAAGTTTTAAATATTTTAATCTAGTCCCTA
         66 TGTGGAGTTGACATATGTCCATTTTTTTAATTAATTAAGTTTTAAATATTTTAATCTAGTCCCTA

                                    *        *                   *  *        
       2418 GA-GACACATGTCACCCTTCAGGACCCGCTTGTATAGTCTGCTAAACTCCACCACCAGTGTATTA
        131 GAGGACACATGTCACCCTTCAGGATCCGCTTGTGTAGTCTGCTAAACTCCACCGCCGGTGTATTA

                       
       2482 TATAATTTGCC
        196 TATAATTTGCC

             
       2493 T
          1 T

       2494 TATATTATTA


Statistics
Matches: 389,  Mismatches: 21, Indels: 8
        0.93            0.05        0.02

Matches are distributed among these distances:
 205   68  0.17
 206  258  0.66
 208    1  0.00
 209    8  0.02
 210   22  0.06
 211   32  0.08

ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.19, T:0.38


Consensus pattern (206 bp):   
TAATTATATTATGGGTAATTATTTGATACACTTGGGGGTGTAAATTTTGGACTCCACAAGTGGGT
TGTGGAGTTGACATATGTCCATTTTTTTAATTAATTAAGTTTTAAATATTTTAATCTAGTCCCTA
GAGGACACATGTCACCCTTCAGGATCCGCTTGTGTAGTCTGCTAAACTCCACCGCCGGTGTATTA
TATAATTTGCC
Done.