Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01006404.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig06429, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 612

Length: 1020
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.09, T:0.42


Found at i:209 original size:111 final size:111

Alignment explanation


    Indices: 15--238  Score: 421
    Period size: 111  Copynumber: 2.0  Consensus size: 111

          5 CTATATACTA

                        *                                                    
         15 TATAAGTCTAAATTTCAAAACCATTGACCTGTAATATCTAAAATAACATTTTTAATTTTAAAAGT
          1 TATAAGTCTAAACTTCAAAACCATTGACCTGTAATATCTAAAATAACATTTTTAATTTTAAAAGT

                                      *                   
         80 TTAGTATCATTTAAAGGGTAAACATGTATTTATCAAATTAAACTTT
         66 TTAGTATCATTTAAAGGGTAAACATGCATTTATCAAATTAAACTTT

                                                           *                 
        126 TATAAGTCTAAACTTCAAAACCATTGACCTGTAATATCTAAAATAACCTTTTTAATTTTAAAAGT
          1 TATAAGTCTAAACTTCAAAACCATTGACCTGTAATATCTAAAATAACATTTTTAATTTTAAAAGT

                                                          
        191 TTAGTATCATTTAAAGGGTAAACATGCATTTATCAAATTAAACTTT
         66 TTAGTATCATTTAAAGGGTAAACATGCATTTATCAAATTAAACTTT

              
        237 TA
          1 TA

        239 AGGTTCAATA


Statistics
Matches: 110,  Mismatches: 3, Indels: 0
        0.97            0.03        0.00

Matches are distributed among these distances:
 111  110  1.00

ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.08, T:0.39


Consensus pattern (111 bp):   
TATAAGTCTAAACTTCAAAACCATTGACCTGTAATATCTAAAATAACATTTTTAATTTTAAAAGT
TTAGTATCATTTAAAGGGTAAACATGCATTTATCAAATTAAACTTT

Found at i:811 original size:146 final size:145

Alignment explanation


    Indices: 544--834  Score: 503
    Period size: 146  Copynumber: 2.0  Consensus size: 145

        534 ATAAATAAAT

                                                                             
        544 CGGATCTTAATATCTTTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTTAATTTAATAAA
          1 CGGATCTTAATATCTTTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTTAATTTAATAAA

                                  *                            *             
        609 TCAACCACTAATGTTCAACTAATTTTTTTTTAGTATACTTTTATATATATAGTAATGTGTTGTAT
         66 TCAACCACTAATGTTCAACTAACTTTTTTTTAGTATACTTTTATATATATAATAATGTGTTGTAT

                           
        674 CTTATTCACTACAAC
        131 CTTATTCACTACAAC

                     *                                      *                
        689 CGGATCTTTGATATCTTTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATTTAATTTAATTTAATAA
          1 CGGATC-TTAATATCTTTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTTAATTTAATAA

                                            *     *                          
        754 ATCAACCACTAATGTTCAACT-ACTTTTTTTTGGTATAGTTTTATATATAATAATAATGTGTTGT
         65 ATCAACCACTAATGTTCAACTAACTTTTTTTTAGTATACTTTTATATAT-ATAATAATGTGTTGT

                             
        818 ATCTTATTCACTACAAC
        129 ATCTTATTCACTACAAC

        835 TTTGTTAGTA


Statistics
Matches: 138,  Mismatches: 6, Indels: 3
        0.94            0.04        0.02

Matches are distributed among these distances:
 145   30  0.22
 146  108  0.78

ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.09, T:0.48


Consensus pattern (145 bp):   
CGGATCTTAATATCTTTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTTAATTTAATAAA
TCAACCACTAATGTTCAACTAACTTTTTTTTAGTATACTTTTATATATATAATAATGTGTTGTAT
CTTATTCACTACAAC
Done.