Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01006471.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig06496, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 600
Length: 1000
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.11, T:0.40
Found at i:368 original size:201 final size:202
Alignment explanation
Indices: 2--411 Score: 702
Period size: 202 Copynumber: 2.0 Consensus size: 202
1 A
*
2 TAATAAATAAATCGGATCTTAATATCTTTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATT
1 TAATAAATAAATCGGATCTTAATATCTTTTATAAATTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATT
*
67 TAATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTAATTTTTTTGGTATAGTTCTATATATATAATAG
66 TAATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTAATTTTTTTGGTATAGTTCTATATATATAATAA
*
132 TAATGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAAACTT-AAAAATTAATAACAT
131 TAATGTCTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAAACTTAAAAAATTAATAACAT
196 TCACCAT
196 TCACCAT
*
203 TGATAAATAAATCGGATCTTTAATATCTTTTATAAATTTGAAAATTTT-TTTGACATTGATCTAA
1 TAATAAATAAATCGGATC-TTAATATCTTTTATAAATTTG-AAATTTTGTTTGACATTGATCTAA
*
267 TTTAATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTACTTTTTTTTGGTATAGTT-T-TATATATAA
64 TTTAATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTA-ATTTTTTTGGTATAGTTCTATATATATAA
* *
330 TAATAATGTCTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAT
128 TAATAATGTCTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAAACTTAAAAAATTAATAA
395 CATTCACCAT
193 CATTCACCAT
405 TAATAAA
1 TAATAAA
412 GTTATTAAGC
Statistics
Matches: 197, Mismatches: 8, Indels: 7
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
201 75 0.38
202 99 0.50
203 23 0.12
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (202 bp):
TAATAAATAAATCGGATCTTAATATCTTTTATAAATTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATT
TAATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTAATTTTTTTGGTATAGTTCTATATATATAATAA
TAATGTCTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAAACTTAAAAAATTAATAACAT
TCACCAT
Done.