Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01000656.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig00656, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 888

Length: 1481
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.20, T:0.31


Found at i:634 original size:47 final size:47

Alignment explanation


    Indices: 580--1481  Score: 1018
    Period size: 47  Copynumber: 18.7  Consensus size: 47

        570 CAGTCAATAA

                    *                                      
        580 TTAGTTTATTTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGG
          1 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGG

                                                           
        627 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGG
          1 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGG

                                         *                 
        674 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAAGAGTAAAAGAAGAAGAGG
          1 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGG

                            *                         *      *  **
        721 TTAGTTTAATTCTGGGCAATTAAACTAAATAGTAAGAGAAGAGGTAAACAATAA
          1 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGT-A-A-AAGAAG--AA-GA-GG

                                                            *    *
        775 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAA
          1 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAG-A--AG--AAGAG--G

                                            * *     *      
        829 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGCAGAAGAAAAAGAGG
          1 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGG

                             *                             
        876 TTAGTTTAATTCTGGGTGATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGG
          1 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGG

            *                       *               *      
        923 CTAG-TT-A---TGGGTAATTAAAATAAATAGTAAAAGAAAAAGAGG
          1 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGG

                             *              *              
        965 TTAGTTTAATTCTGGGTGATTAAACTAAATAGCAAAAGAAGAAGAGG
          1 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGG

            *                          *                 **
       1012 CTAG-----TTCTGGGTAATTAAACTAGATAGTAAAAGAAGAAGAAA
          1 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGG

                      *                                    
       1054 TTAG-TTAATCCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGG
          1 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGG

                       *   *              *      *         
       1100 TTAGTTTAATTTTGGATAATTAAACTAAATTGTAAAAAAAGAAGAGG
          1 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGG

            *                                              
       1147 CTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGG
          1 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGG

                       *                                 * 
       1194 TTAGTTTAATTATGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGACG
          1 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGG

            *      *                                *      
       1241 CTAGTTTGATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAATAAGAGG
          1 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGG

                                         *     *             * 
       1288 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAAGAGTAAGAGAAGAAGTAAACAG
          1 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAG---A-GG

                            *                                      **
       1339 TAACTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGGAGAAGTAAATAGAAA
          1 T---TAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGT-AAA--AGAAG---A-AGAGG

                       *  *              *                  *     
       1396 TTAG-TTAATTTTGTGTAATTAAACTAAAGAGTAAAAGGAGGAGTAAATAGGAG
          1 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAA-GA--AG--AAGA-G-G

                                             
       1449 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGT
          1 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGT


Statistics
Matches: 733,  Mismatches: 80, Indels: 77
        0.82            0.09        0.09

Matches are distributed among these distances:
  42   71  0.10
  43    2  0.00
  44    1  0.00
  45    1  0.00
  46   40  0.05
  47  407  0.56
  48    1  0.00
  49    5  0.01
  50    7  0.01
  51   10  0.01
  52    9  0.01
  53   34  0.05
  54  132  0.18
  55    2  0.00
  57    7  0.01
  58    1  0.00
  60    1  0.00
  61    2  0.00

ACGTcount: A:0.45, C:0.05, G:0.21, T:0.29


Consensus pattern (47 bp):   
TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGAAGAAGAGG

Found at i:1414 original size:53 final size:54

Alignment explanation


    Indices: 1288--1477  Score: 265
    Period size: 54  Copynumber: 3.5  Consensus size: 54

       1278 GAATAAGAGG

                                               *  *         *  *  
       1288 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAAGAGTAAGAGAAGAAGTAAACAGTAA
          1 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAAGAGTAAAAGGAGAAGTAAATAGAAA

            *            *               *                        
       1342 CTAGTTTAATTCTAGGTAATTAAACTAAATAGTAAAAGGAGAAGTAAATAGAAA
          1 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAAGAGTAAAAGGAGAAGTAAATAGAAA

                       *  *                          *         * *
       1396 TTAG-TTAATTTTGTGTAATTAAACTAAAGAGTAAAAGGAGGAGTAAATAGGAG
          1 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAAGAGTAAAAGGAGAAGTAAATAGAAA

                                         
       1449 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAA
          1 TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAA

       1478 TAGT


Statistics
Matches: 118,  Mismatches: 17, Indels: 2
        0.86            0.12        0.01

Matches are distributed among these distances:
  53   46  0.39
  54   72  0.61

ACGTcount: A:0.45, C:0.05, G:0.19, T:0.31


Consensus pattern (54 bp):   
TTAGTTTAATTCTGGGTAATTAAACTAAAGAGTAAAAGGAGAAGTAAATAGAAA

Done.