Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01006686.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig06711, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 829
Length: 1383
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.11, T:0.38
Warning! 1 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:528 original size:201 final size:199
Alignment explanation
Indices: 2--597 Score: 939
Period size: 201 Copynumber: 3.0 Consensus size: 199
1 A
*
2 TGAATGTTATTAATTTTTTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAAGATACAACGCA
1 TGAATGTTATTAATTTTTTAAGT-TAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAAGATACAACACA
* *
67 TTATTATTATATATAAAAACTATACAAAAAAAAAGT-GTTGAACATTAGTGGTTGATTTATTAAA
65 TTATTATTATATAT-AAAA-TCTACCAAAAAAAAGTAGTTGAACATTAGTGGTTGATTTATTAAA
* * *
131 TTAAATTAGATCAATGTCAAACAAATTTCAAAATTNTAAAAGATATTAAAGATCCGATTTATATA
128 TTAAATTAGATCAATGTCAAACAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAAGATCCAATTTATTTA
196 TCAATGG
193 TCAATGG
* *
203 TGAATGTTATTAATTTTTTAAGCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAAAATACAACACAT
1 TGAATGTTATTAATTTTTTAAGTTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAAGATACAACACAT
* * * *
268 TATTATTATATATAAACTATACC-AAAAAAAGTAGTTGAACATTAGTGTATTGGTTTATTAAATT
66 TATTATTATATATAAAATCTACCAAAAAAAAGTAGTTGAACATTAGTG-GTTGATTTATTAAATT
332 AAATTAGATCAATGTCAAACAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAAGATCCAATTTATTTATC
130 AAATTAGATCAATGTCAAACAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAAGATCCAATTTATTTATC
397 AATGG
195 AATGG
402 TGAATTGTTATTTAATTTTTTAAGTTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAAGATACAACAC
1 TGAA-TGTTA-TTAATTTTTTAAGTTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAAGATACAACAC
* ** *
467 ATTACTATTATATAT-AGTTCTACCAAAAAAAACTTAGTTGAACATTAGTGGTTGATTTATTAAA
64 ATTATTATTATATATAAAATCTACCAAAAAAAA-GTAGTTGAACATTAGTGGTTGATTTATTAAA
531 TTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATT-AAGATCCGAATTTATT
128 TTAAATTAGATCAATGTCAAAC-AAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAAGATCC-AATTTATT
595 TAT
191 TAT
598 TATTAAGAAA
Statistics
Matches: 368, Mismatches: 19, Indels: 15
0.92 0.05 0.04
Matches are distributed among these distances:
197 9 0.02
198 19 0.05
199 88 0.24
200 64 0.17
201 136 0.37
202 52 0.14
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (199 bp):
TGAATGTTATTAATTTTTTAAGTTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAAGATACAACACAT
TATTATTATATATAAAATCTACCAAAAAAAAGTAGTTGAACATTAGTGGTTGATTTATTAAATTA
AATTAGATCAATGTCAAACAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAAGATCCAATTTATTTATCA
ATGG
Done.