Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01006836.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig06861, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 614

Length: 1024
ACGTcount: A:0.22, C:0.15, G:0.18, T:0.45


Found at i:373 original size:30 final size:30

Alignment explanation


    Indices: 339--874  Score: 790
    Period size: 30  Copynumber: 17.9  Consensus size: 30

        329 TGCTTTATCA

                   *         *            
        339 GCTTTATTTTAATCCTGGTTGAGGATCATT
          1 GCTTTATGTTAATCCTGTTTGAGGATCATT

                   *                      
        369 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
          1 GCTTTATGTTAATCCTGTTTGAGGATCATT

                   *                      
        399 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATC-TT
          1 GCTTTATGTTAATCCTGTTTGAGGATCATT

                  *           *         *  
        428 AGCTTTGTGTTAATCCTGGTTGAGGATCGTT
          1 -GCTTTATGTTAATCCTGTTTGAGGATCATT

                   *      *            *  
        459 GCTTTATCTTAATCTTGTTTGAGGATCGTT
          1 GCTTTATGTTAATCCTGTTTGAGGATCATT

                                          
        489 GC-TTATGTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
          1 GCTTTATGTTAATCCTGTTTGAGGATCATT

                *  *                      
        518 GCTTCATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
          1 GCTTTATGTTAATCCTGTTTGAGGATCATT

                                    *     
        548 GCTTTATGTTAATCCTGTTTGAGGGTCATT
          1 GCTTTATGTTAATCCTGTTTGAGGATCATT

                                          
        578 GCTTTATGTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
          1 GCTTTATGTTAATCCTGTTTGAGGATCATT

                             *            
        608 GCTTTATGTTAATCCTGGTTGAGGATCATT
          1 GCTTTATGTTAATCCTGTTTGAGGATCATT

                   *                      
        638 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
          1 GCTTTATGTTAATCCTGTTTGAGGATCATT

                             *         *  
        668 GCTTTATGTTAATCCTGGTTGAGGATCGTT
          1 GCTTTATGTTAATCCTGTTTGAGGATCATT

                   *                      
        698 GCTTTATTTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
          1 GCTTTATGTTAATCCTGTTTGAGGATCATT

                                      *   
        728 GCTTTATGTTAATCCTGTTTGAGGATAATT
          1 GCTTTATGTTAATCCTGTTTGAGGATCATT

                                          
        758 GCTTTATGTTAATCCTGTTTGAGGATCATT
          1 GCTTTATGTTAATCCTGTTTGAGGATCATT

                             *         *  
        788 GCTTTATGTTAATCCTGGTTGAGGATCGTT
          1 GCTTTATGTTAATCCTGTTTGAGGATCATT

                       *     *  *         
        818 GCTTTATGTTAGTCCTGGTTAAGGATCATT
          1 GCTTTATGTTAATCCTGTTTGAGGATCATT

                 * *    *               
        848 GCTTTCTTTTAAACCTGGTTT-AGGATC
          1 GCTTTATGTTAATCCT-GTTTGAGGATC

        875 GTTGTATCAT


Statistics
Matches: 463,  Mismatches: 39, Indels: 8
        0.91            0.08        0.02

Matches are distributed among these distances:
  29   28  0.06
  30  430  0.93
  31    5  0.01

ACGTcount: A:0.19, C:0.14, G:0.21, T:0.46


Consensus pattern (30 bp):   
GCTTTATGTTAATCCTGTTTGAGGATCATT

Done.