Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01006949.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig06974, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 976
Length: 1628
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.38
Found at i:938 original size:145 final size:145
Alignment explanation
Indices: 675--967 Score: 577
Period size: 145 Copynumber: 2.0 Consensus size: 145
665 TCAAGAAATG
*
675 TAGCAACCTTACATGCTTAATAACTTTATCAATGGTGAATGTTATTAATTTTGTAAGTCTAAGAT
1 TAGCAACCTTACATGCTTAATAACTTTATCAATGGCGAATGTTATTAATTTTGTAAGTCTAAGAT
740 TACTAACAAAGTTGTAGTGAATAAGATACAACACATTATTATTATATATAAAACTATACCAAAAA
66 TACTAACAAAGTTGTAGTGAATAAGATACAACACATTATTATTATATATAAAACTATACCAAAAA
805 AAATTAGTTGAACAT
131 AAATTAGTTGAACAT
820 TAGCAACCTTACATGCTTAATAACTTTATCAATGGCGAATGTTATTAATTTTGTAAGTCTAAGAT
1 TAGCAACCTTACATGCTTAATAACTTTATCAATGGCGAATGTTATTAATTTTGTAAGTCTAAGAT
885 TACTAACAAAGTTGTAGTGAATAAGATACAACACATTATTATTATATATAAAACTATACCAAAAA
66 TACTAACAAAGTTGTAGTGAATAAGATACAACACATTATTATTATATATAAAACTATACCAAAAA
950 AAATTAGTTGAACAT
131 AAATTAGTTGAACAT
965 TAG
1 TAG
968 TGGTTGATTT
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 1, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
145 147 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.12, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (145 bp):
TAGCAACCTTACATGCTTAATAACTTTATCAATGGCGAATGTTATTAATTTTGTAAGTCTAAGAT
TACTAACAAAGTTGTAGTGAATAAGATACAACACATTATTATTATATATAAAACTATACCAAAAA
AAATTAGTTGAACAT
Found at i:1220 original size:204 final size:202
Alignment explanation
Indices: 844--1254 Score: 759
Period size: 204 Copynumber: 2.0 Consensus size: 202
834 GCTTAATAAC
844 TTTATCAATGGCGAATGTTATTAATTTTGTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAA
1 TTTATCAATGGCGAATGTTATTAATTTTGTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAA
*
909 GATACAACACATTATTATTATATATAAAACTATACCAAAAAAAATTAGTTGAACATTAGTGGTTG
66 GATACAACACATTACTATTATATATAAAACTATACCAAAAAAAATTAGTTGAACATTAGTGGTTG
974 ATTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAAGATC
131 ATTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAAGATC
*
1039 TGATTTA
196 CGATTTA
* *
1046 TTTATCAATGGTGAATGTTATTAATTTTTTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAA
1 TTTATCAATGGCGAATGTTATTAATTTTGTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAA
*
1111 GATACAACACATTACTATTATATATATAGAACTATACCAAAAAAAATTAGTTGAACTTTAGTGGT
66 GATACAACACATTACTATTATATATA-A-AACTATACCAAAAAAAATTAGTTGAACATTAGTGGT
1176 TGATTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAAGA
129 TGATTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAAGA
1241 TCCGATTTA
194 TCCGATTTA
1250 TTTAT
1 TTTAT
1255 TATTAAGGAA
Statistics
Matches: 202, Mismatches: 5, Indels: 2
0.97 0.02 0.01
Matches are distributed among these distances:
202 88 0.44
203 1 0.00
204 113 0.56
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (202 bp):
TTTATCAATGGCGAATGTTATTAATTTTGTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAA
GATACAACACATTACTATTATATATAAAACTATACCAAAAAAAATTAGTTGAACATTAGTGGTTG
ATTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAAGATC
CGATTTA
Done.