Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01006989.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig07014, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 670
Length: 1117
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.11, T:0.36
Found at i:731 original size:203 final size:204
Alignment explanation
Indices: 317--894 Score: 1012
Period size: 202 Copynumber: 2.9 Consensus size: 204
307 GCTTAATAAC
317 TTTATCAATGGTGAATGTTATTAATTTTTTTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATA
1 TTTATCAATGGTGAATGTTATTAA-TTTTTTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATA
* *
382 AGATACAACACATTATTATTATATATA-A-AACTATACCAAAAAAAACGTAGTTAGAACATTAGT
65 AGATACAACACATTACTATTATATATATAGAACTATACCAAAAAAAA-TTAGTT-GAACATTAGT
445 GGTTGATTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAA
128 GGTTGATTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAA
*
510 AGATCCGATTTA
193 AGATCCAATTTA
*
522 -TTATCAATGGTAAATGTTATTAATTTTTTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAA
1 TTTATCAATGGTGAATGTTATTAATTTTTTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAA
586 GATACAACACATTACTATTATATATATAGAACTATACC-AAAAAAATTAGTTGAACATTAGTGGT
66 GATACAACACATTACTATTATATATATAGAACTATACCAAAAAAAATTAGTTGAACATTAGTGGT
650 TGATTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAAGA
131 TGATTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAAGA
715 TCCAATTTA
196 TCCAATTTA
724 TTTATCAATGGTGAATGTTATTAA-TTTTTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAA
1 TTTATCAATGGTGAATGTTATTAATTTTTTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAA
788 GATACAACACATTACTATTATATATATAGAACTATACCAAAAAAAATTAGTTGAACATTAGTGGT
66 GATACAACACATTACTATTATATATATAGAACTATACCAAAAAAAATTAGTTGAACATTAGTGGT
* *
853 TGATTTAATAAATT-AA--GGATCAATGTCAAAC-AAATTTCAAAA
131 TGATTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAA
895 GATATTAAGA
Statistics
Matches: 362, Mismatches: 7, Indels: 14
0.95 0.02 0.04
Matches are distributed among these distances:
199 11 0.03
200 14 0.04
202 166 0.46
203 132 0.36
204 30 0.08
205 9 0.02
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (204 bp):
TTTATCAATGGTGAATGTTATTAATTTTTTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAA
GATACAACACATTACTATTATATATATAGAACTATACCAAAAAAAATTAGTTGAACATTAGTGGT
TGATTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAAGA
TCCAATTTA
Found at i:1074 original size:39 final size:40
Alignment explanation
Indices: 1020--1100 Score: 137
Period size: 39 Copynumber: 2.0 Consensus size: 40
1010 CTATCTAAGA
*
1020 ATTTAATTAATGTAAGTATTTCAGTTATTATA-GTATTAC
1 ATTTAATTAATGTAAGTATTTCAGTTATTATATATATTAC
*
1059 ATTTAATTAATGTAAGTATTTTAGTTATTATATATATTAC
1 ATTTAATTAATGTAAGTATTTCAGTTATTATATATATTAC
1099 AT
1 AT
1101 AGGAATTAAA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
39 31 0.79
40 8 0.21
ACGTcount: A:0.37, C:0.04, G:0.09, T:0.51
Consensus pattern (40 bp):
ATTTAATTAATGTAAGTATTTCAGTTATTATATATATTAC
Done.