genome.fa.s702.2.7.7.80.10.50.1000.txt.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01000702.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig00702, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 882

Length: 1471
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.13, T:0.39


Found at i:604 original size:25 final size:24

Alignment explanation


    Indices: 568--614  Score: 85
    Period size: 25  Copynumber: 1.9  Consensus size: 24

        558 AATACTTACA

                                    
        568 TTAATTAAATTCTTAGGTATTTTT
          1 TTAATTAAATTCTTAGGTATTTTT

                                   
        592 TTAATTCAAATTCTTAGGTATTT
          1 TTAATT-AAATTCTTAGGTATTT

        615 GTGTAAACGT


Statistics
Matches: 22,  Mismatches: 0, Indels: 1
        0.96            0.00        0.04

Matches are distributed among these distances:
  24    6  0.27
  25   16  0.73

ACGTcount: A:0.30, C:0.06, G:0.09, T:0.55


Consensus pattern (24 bp):   
TTAATTAAATTCTTAGGTATTTTT

Found at i:1046 original size:203 final size:201

Alignment explanation


    Indices: 685--1094  Score: 707
    Period size: 203  Copynumber: 2.0  Consensus size: 201

        675 TTCCTTAATA

                      *                                                      
        685 ATAAATAAATTGGATCTTTAATATCTTTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTT
          1 ATAAATAAATCGGATCTTTAATATCTTTTATAATTTTG-AATTTTGTTTGACATTGATCTAATTT

               *                                                          *  
        750 AATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTAATTTTTTTTGGTATAGTTCTATATATAATAGTA
         65 AATGTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTAATTTTTTTTGGTATAGTTCTATATATAATAATA

                                                      *                      
        815 ATGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACATTC
        130 ATGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTACACTTAAAAAATTAATAACATTC

                   
        880 ACCATTG
        195 ACCATTG

                                                                             
        887 ATAAATAAATCGGATCTTTAATATCTTTTATAATTTTG-ATTTTGTTTGACATTGATCTAATTTA
          1 ATAAATAAATCGGATCTTTAATATCTTTTATAATTTTGAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTTA

                     *                                                       
        951 ATGTAATAATTCAACCACTAATGTTCAACTAATTTTTTTTTTTGGTATAGTT-TAATATATAATA
         66 ATGTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTAA---TTTTTTTTGGTATAGTTCT-ATATATAATA

                                                                 *           
       1015 ATAATGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTACACTTAAAGAATTAATAACA
        127 ATAATGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTACACTTAAAAAATTAATAACA

                      
       1080 TTCACCATTG
        192 TTCACCATTG

                 
       1090 ATAAA
          1 ATAAA

       1095 GTTATTAAGC


Statistics
Matches: 198,  Mismatches: 6, Indels: 7
        0.94            0.03        0.03

Matches are distributed among these distances:
 200   56  0.28
 202   38  0.19
 203  104  0.53

ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.09, T:0.45


Consensus pattern (201 bp):   
ATAAATAAATCGGATCTTTAATATCTTTTATAATTTTGAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTTA
ATGTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTAATTTTTTTTGGTATAGTTCTATATATAATAATAA
TGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTACACTTAAAAAATTAATAACATTCA
CCATTG
Done.