genome.fa.s7057.2.7.7.80.10.50.1000.txt.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01007057.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig07082, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 744

Length: 1241
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.10, T:0.41


Found at i:124 original size:40 final size:44

Alignment explanation


    Indices: 80--163  Score: 125
    Period size: 45  Copynumber: 1.9  Consensus size: 44

         70 AATTCCTATG

                    *     *       *                     
         80 TAAT-ATAAATAATCACTAAAATACTTACATTAATTAAATGTAA
          1 TAATAATACATAATAACTAAAACACTTACATTAATTAAATGTAA

                                                     
        123 TAATAATACTATAATAACTAAAACACTTACATTAATTAAAT
          1 TAATAATAC-ATAATAACTAAAACACTTACATTAATTAAAT

        164 TCTTAGATTT


Statistics
Matches: 36,  Mismatches: 3, Indels: 2
        0.88            0.07        0.05

Matches are distributed among these distances:
  43    4  0.11
  44    3  0.08
  45   29  0.81

ACGTcount: A:0.54, C:0.11, G:0.01, T:0.35


Consensus pattern (44 bp):   
TAATAATACATAATAACTAAAACACTTACATTAATTAAATGTAA

Found at i:523 original size:204 final size:202

Alignment explanation


    Indices: 301--685  Score: 671
    Period size: 204  Copynumber: 1.9  Consensus size: 202

        291 AAATTTTAAA

                   *                                                         
        301 TTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTTAATTTAATAAATCAACCACTAATGTT
          1 TTTATAAATTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTTAATTTAATAAATCAACCACTAATGTT

                                   *            **                           
        366 CAACTAATTTTTTTGGTATAGTTCTATATATATAATTGTAAAGTGTTGTATCTTATTCACTACAA
         66 CAACTAATTTTTTTGGTATAGTTATATATA-ATAATAATAAAGTGTTGTATCTTATTCACTACAA

                                                           *                 
        431 CTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAACTTAATAACATTCACCATTGATAAATAAATCGGATCT
        130 CTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAA-TTAATAACATTCACCATTCATAAATAAATCGGATCT

                     
        496 TTAATATCT
        194 TTAATATCT

                                                                             
        505 TTTATAAATTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTTAATTTAATAAATCAACCACTAATGTT
          1 TTTATAAATTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTTAATTTAATAAATCAACCACTAATGTT

                  *        *                        *                        
        570 CAACTACTTTTTTTGTTATAGTTATATATAATAATAATAATGTGTTGTATCTTATTCACTACAAC
         66 CAACTAATTTTTTTGGTATAGTTATATATAATAATAATAAAGTGTTGTATCTTATTCACTACAAC

                                   *                           
        635 TTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAGAAATTAATAACATTCACCATTCATAAA
        131 TTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACATTCACCATTCATAAA

        686 GTTATTAAGC


Statistics
Matches: 172,  Mismatches: 9, Indels: 2
        0.94            0.05        0.01

Matches are distributed among these distances:
 202   23  0.13
 203   58  0.34
 204   91  0.53

ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.08, T:0.44


Consensus pattern (202 bp):   
TTTATAAATTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTTAATTTAATAAATCAACCACTAATGTT
CAACTAATTTTTTTGGTATAGTTATATATAATAATAATAAAGTGTTGTATCTTATTCACTACAAC
TTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACATTCACCATTCATAAATAAATCGGATCTTT
AATATCT
Done.