Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01007087.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig07112, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3470
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.16, T:0.33
Found at i:115 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 69--138 Score: 140
Period size: 35 Copynumber: 2.0 Consensus size: 35
59 CAATTAGTCA
69 TGAACTGTTAGTGAAATTTAGCACACGATAAAATC
1 TGAACTGTTAGTGAAATTTAGCACACGATAAAATC
104 TGAACTGTTAGTGAAATTTAGCACACGATAAAATC
1 TGAACTGTTAGTGAAATTTAGCACACGATAAAATC
139 CCTGAAATTA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 35 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.17, T:0.29
Consensus pattern (35 bp):
TGAACTGTTAGTGAAATTTAGCACACGATAAAATC
Found at i:1312 original size:198 final size:199
Alignment explanation
Indices: 943--1927 Score: 1350
Period size: 198 Copynumber: 5.0 Consensus size: 199
933 ATCACTCCAC
*
943 AATTATGCAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGT-TCGGGGTTTAAGGGTTGACAT
1 AATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGT-GGGGTTTAAGGGTTGACAT
* * *
1007 GTGT-CCCTTAGGGAATATGTATTATTGTTAAATATTTAATTAATTATAAAATGGGGTATGTGTC
65 GTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTC
* *
1071 AACTTCTTAACCCGCTTATGGCGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATA
130 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATA
1136 AAAAA
195 AAAAA
* * * ** * *
1141 AATTATACAATAC-CCGTAAGTGGATTTTAGCAGACTGCACGTATATGATTTAAGGGTTGACAAG
1 AATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGTGGGGTTTAAGGGTTGACATG
*
1205 TGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATTTTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCA
66 TGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCA
* * * * *
1270 ACTTTTTAACTCACTTATGGAGTTCAAAATTTATAATGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAA
131 ACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAA
*
1335 GAAA
196 AAAA
** * * * *
1339 AATTATGTAATACACAGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTCCATGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATG
1 AATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGTGGGGTTTAAGGGTTGACATG
* *
1404 TATCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATATGTCA
66 TGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCA
* * *
1469 ACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACA-TGTATTGTATAATAATCATTTAA
131 ACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAA
1533 AAAA
196 AAAA
* ** * * *
1537 AATTAATACAGTACACTATCAGTGGAATTTAACAGACTGCACGCGTGGGGTTTAAGGGTTGACAT
1 AATT-ATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGTGGGGTTTAAGGGTTGACAT
** ** * * *
1602 GTGTCCTTTTAGGGAATATGTATTAATATTTTATATCTAATTAATTATGAAATAGGGTATGTATC
65 GTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTC
* * * *
1667 AACTTCTTAACCCGGTTATGGAGTTCAAAATTTACACTGACAGTATATTGTATAACAATCCAAT-
130 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATA
1731 AAAAA
195 AAAAA
* * * *** *
1736 ACTTATACAATACACCATCAGTGGAGTTTAGCAGACTGTACGTGCATGGTTTAAGGGTTGAAATG
1 AATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGTGGGGTTTAAGGGTTGACATG
* * **
1801 TGTCCCCTTAGGGAATATGAATTAATATCAAATATTTAATTAATTATGAAATGAAGTATGTGTCA
66 TGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCA
* * *
1866 ACTTCTTAACCCACTTATGGAGTTTAAAATTTACATTGACAGTGTATTTGTATAATAATCCT
131 ACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTACACTGACAGTGTA-TTGTATAATAATCCT
1928 TATTATAAAG
Statistics
Matches: 681, Mismatches: 100, Indels: 11
0.86 0.13 0.01
Matches are distributed among these distances:
197 46 0.07
198 316 0.46
199 303 0.44
200 16 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (199 bp):
AATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGTGGGGTTTAAGGGTTGACATG
TGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCA
ACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAA
AAAA
Found at i:1759 original size:397 final size:397
Alignment explanation
Indices: 943--1925 Score: 1400
Period size: 397 Copynumber: 2.5 Consensus size: 397
933 ATCACTCCAC
* *
943 AATTATGCAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTTCGGGGTTTAAGGGTTGACATG
1 AATTATGCAATACACCATCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATG
* * *
1008 TGT-CCCTTAGGGAATATGTATTATTGTTAAATATTTAATTAATTATAAAATGGGGTATGTGTCA
66 TGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCA
* *
1072 ACTTCTTAACCCGCTTATGGCGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAA
131 ACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCATATAA
* * * * *
1137 AAAAAATTATACAATACCCGTAAGTGGATTTTAGCAGACTGCACGTATATGATTTAAGGGTTGAC
196 AAAAAATTATACAATACACGTAAGTGGAATTTAACAGACTGCACGCATAGGATTTAAGGGTTGAC
* * * *
1202 AAGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATTTTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTG
261 AAGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATCTAATTAATTATGAAATAGGGTATGTA
* * * * * *
1267 TCAACTTTTTAACTCACTTATGGAGTTCAAAATTTATAATGACAGTGTATTGTATAATAATCCTA
326 TCAACTTCTTAACCCACTTATGGAGTTCAAAATTTACAATGACAGTATATTGTATAACAATCCAA
1332 TAAGAAA
391 TAAGAAA
* * *
1339 AATTATGTAATACA-CAGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTCCATGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACAT
1 AATTATGCAATACACCA-TCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACAT
* *
1403 GTATCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATATGTC
65 GTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTC
*
1468 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACA-TGTATTGTATAATAATCATTTA
130 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCATATA
* * * *
1532 AAAAAAATTAATACAGTACAC-TATCAGTGGAATTTAACAGACTGCACGCGTGGGGTTTAAGGGT
195 AAAAAAATT-ATACAATACACGTA--AGTGGAATTTAACAGACTGCACGCATAGGATTTAAGGGT
* ** **
1596 TGACATGTGTCCTTTTAGGGAATATGTATTAATATTTTATATCTAATTAATTATGAAATAGGGTA
257 TGACAAGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATCTAATTAATTATGAAATAGGGTA
** *
1661 TGTATCAACTTCTTAACCCGGTTATGGAGTTCAAAATTTACACTGACAGTATATTGTATAACAAT
322 TGTATCAACTTCTTAACCCACTTATGGAGTTCAAAATTTACAATGACAGTATATTGTATAACAAT
1726 CCAATAA-AAA
387 CCAATAAGAAA
* * * ** *
1736 ACTTATACAATACACCATCAGTGGAGTTTAGCAGACTGTACGTGCATGGTTTAAGGGTTGAAATG
1 AATTATGCAATACACCATCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATG
* * **
1801 TGTCCCCTTAGGGAATATGAATTAATATCAAATATTTAATTAATTATGAAATGAAGTATGTGTCA
66 TGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCA
* ** *
1866 ACTTCTTAACCCACTTATGGAGTTTAAAATTTACATTGACAGTGTATTTGTATAATAATC
131 ACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTA-TTGTATAATAATC
1926 CTTATTATAA
Statistics
Matches: 520, Mismatches: 59, Indels: 13
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
395 1 0.00
396 91 0.17
397 258 0.50
398 157 0.30
399 13 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (397 bp):
AATTATGCAATACACCATCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATG
TGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCA
ACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCATATAA
AAAAAATTATACAATACACGTAAGTGGAATTTAACAGACTGCACGCATAGGATTTAAGGGTTGAC
AAGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATCTAATTAATTATGAAATAGGGTATGTA
TCAACTTCTTAACCCACTTATGGAGTTCAAAATTTACAATGACAGTATATTGTATAACAATCCAA
TAAGAAA
Found at i:2721 original size:51 final size:51
Alignment explanation
Indices: 2661--2760 Score: 182
Period size: 51 Copynumber: 2.0 Consensus size: 51
2651 AATTTATATA
2661 TATTAGATTGATTGATTAATTGATTTGAATATTTTGATCAAATTAAAATAC
1 TATTAGATTGATTGATTAATTGATTTGAATATTTTGATCAAATTAAAATAC
* *
2712 TATTTGATTGATTGATTGATTGATTTGAATATTTTGATCAAATTAAAAT
1 TATTAGATTGATTGATTAATTGATTTGAATATTTTGATCAAATTAAAAT
2761 CAATTAGCAT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
51 47 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.03, G:0.13, T:0.47
Consensus pattern (51 bp):
TATTAGATTGATTGATTAATTGATTTGAATATTTTGATCAAATTAAAATAC
Done.