Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01007308.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig07333, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 8344
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.18, T:0.35


Found at i:5576 original size:105 final size:106

Alignment explanation


    Indices: 5396--5658  Score: 388
    Period size: 107  Copynumber: 2.5  Consensus size: 106

       5386 AATTATTCTA

                         * * **                                 *            
       5396 ACCCTTAAAATAATATTTTAATTTTAATTT-GGGCTAAACTTAGTG-AATTAGCTGTATATTTTA
          1 ACCCTTAAAATAAAAATAAAATTTTAATTTGGGGCTAAACTTAGTGAAATTAACTGTATATTTTA

                                               *     
       5459 TTTCTAAAACCCTATAACAAT-ATTATTAATTATGGAATTT
         66 TTTCTAAAACCCTATAACAATAATTATTAATTATGAAATTT

                                *                                * * *       
       5499 ACCCTTAAAATAAAAATAAAGTTTTAATTTGGGGCTAAACTTAGTGAAATTAATTTTGTATTTTA
          1 ACCCTTAAAATAAAAATAAAATTTTAATTTGGGGCTAAACTTAGTGAAATTAACTGTATATTTTA

                                             *        
       5564 TTTCTAAAACCCTATAACAATAAATTATTAATTTTGAAATTT
         66 TTTCTAAAACCCTATAACAAT-AATTATTAATTATGAAATTT

                           *                                     
       5606 ACCCTTAAAATAAAATTAAAATTTTAATTTGGGGCTAAACTTAGTGAAATTAA
          1 ACCCTTAAAATAAAAATAAAATTTTAATTTGGGGCTAAACTTAGTGAAATTAA

       5659 GGCTAAACTT


Statistics
Matches: 143,  Mismatches: 13, Indels: 4
        0.89            0.08        0.03

Matches are distributed among these distances:
 103   25  0.17
 104   15  0.10
 105   35  0.24
 107   68  0.48

ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41


Consensus pattern (106 bp):   
ACCCTTAAAATAAAAATAAAATTTTAATTTGGGGCTAAACTTAGTGAAATTAACTGTATATTTTA
TTTCTAAAACCCTATAACAATAATTATTAATTATGAAATTT

Done.