Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01007368.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig07393, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 812
Length: 1354
ACGTcount: A:0.31, C:0.15, G:0.18, T:0.37
Found at i:358 original size:202 final size:203
Alignment explanation
Indices: 1--553 Score: 732
Period size: 202 Copynumber: 2.7 Consensus size: 203
* * * *
1 CTTATGGAG-TCTAAAATTTACAATGACAGTGAATTGTATAATAATCCTATAAG-AAAAGTATAT
1 CTTATGGAGTTCCAAAATTTACAATGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATAC
* * *
64 AATACATCGTCAGC-GGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCC
66 AATACACCGTCA-CTGGAGTTTAGCAGACTGCACATGCGGGGTTTAAGGGTCGACATGTGTCCCC
**
128 TTAGCGAATATGTATTAATATTAAATATATTTTCTTAATTATGAAATG-GGGTATGTGTCAACTA
130 TTAGCGAATATGTATTAATATTAAATATATTTAATTAATTATGAAATGAGGGTATGTGTCAACTA
192 CTTAACCCG
195 CTTAACCCG
*
201 CTTATGGAGTTCCAAAATTTACATTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATAC
1 CTTATGGAGTTCCAAAATTTACAATGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATAC
266 AATACACCGTCACTGGAGTTTAGCATG-CTGCACATGCGGGGTTTAAGGGTCGACATGTGTCCCC
66 AATACACCGTCACTGGAGTTTAGCA-GACTGCACATGCGGGGTTTAAGGGTCGACATGTGTCCCC
*
330 -TAGGGGAATATGTATTAATATTAAATATATTTAATTAATTATGAAATGAGGGTATGTGTCAACT
130 TTA-GCGAATATGTATTAATATTAAATATATTTAATTAATTATGAAATGAGGGTATGTGTCAACT
* *
394 TCTTAACTCG
194 ACTTAACCCG
* * * * * * *
404 CTTATGAAGTT-CAAAAGTTACACTAACAATGTATTGTATAATAAT-CTTTAAAAAAAATTATAC
1 CTTATGGAGTTCCAAAATTTACAATGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATAC
* * * * *
467 AATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTG--CATGCGCGAGGTTCAGGGGTTGACATGTTTCCC
66 AATACACCGTCACTGGAGTTTAGCAGACTGCACATGCG-G-GGTTTAAGGGTCGACATGTGTCCC
* *
530 CTTAGGGAATA-GTTTTGAATATTA
129 CTTAGCGAATATGTATT-AATATTA
554 GAGTTTAGGG
Statistics
Matches: 316, Mismatches: 26, Indels: 21
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
199 6 0.02
200 15 0.05
201 122 0.39
202 139 0.44
203 34 0.11
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (203 bp):
CTTATGGAGTTCCAAAATTTACAATGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATAC
AATACACCGTCACTGGAGTTTAGCAGACTGCACATGCGGGGTTTAAGGGTCGACATGTGTCCCCT
TAGCGAATATGTATTAATATTAAATATATTTAATTAATTATGAAATGAGGGTATGTGTCAACTAC
TTAACCCG
Done.