Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01000745.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig00745, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 622
Length: 1037
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.11, T:0.38
Found at i:787 original size:235 final size:232
Alignment explanation
Indices: 370--790 Score: 779
Period size: 232 Copynumber: 1.8 Consensus size: 232
360 GCTTAATAAC
*
370 TTTATCTATGGTGAATGTTATTAATTTTTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAAG
1 TTTATCAATGGTGAATGTTATTAATTTTTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAAG
435 ATACAACACATTACTATTATATATAAAACTATACCAAAAAAATTAGTTGAACATTAGTGGTTGAT
66 ATACAACACATTACTATTATATATAAAACTATACCAAAAAAATTAGTTGAACATTAGTGGTTGAT
500 TTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTTTTTTTTGG
131 TTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTTTTTTTTGG
565 TCAGAAAAATTATAAAAGATATTAAAGACTCGATTTA
196 TCAGAAAAATTATAAAAGATATTAAAGACTCGATTTA
*
602 TTTATCAATGGTGAATGTTATTATTTTTTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAAG
1 TTTATCAATGGTGAATGTTATTAATTTTTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAAG
*
667 ATACAACACATTACTATTATATATATAGACCTATACCAAAAAAAATTAGTTGAACATTAGTGGTT
66 ATACAACACATTACTATTATATATA-A-AACTATACC-AAAAAAATTAGTTGAACATTAGTGGTT
*
732 GATTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCCAAATTATAAAAGATATT
128 GATTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATT
791 AAAAATCCGA
Statistics
Matches: 182, Mismatches: 4, Indels: 3
0.96 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
232 88 0.48
233 1 0.01
234 8 0.04
235 85 0.47
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (232 bp):
TTTATCAATGGTGAATGTTATTAATTTTTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAAG
ATACAACACATTACTATTATATATAAAACTATACCAAAAAAATTAGTTGAACATTAGTGGTTGAT
TTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTTTTTTTTGG
TCAGAAAAATTATAAAAGATATTAAAGACTCGATTTA
Done.