Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01007493.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig07518, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 851
Length: 1419
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.11, T:0.41
Found at i:345 original size:39 final size:40
Alignment explanation
Indices: 289--369 Score: 137
Period size: 39 Copynumber: 2.0 Consensus size: 40
279 TTTAATTCCT
289 ATGTAATATATATAATAACTAAAATACTTACATTAATTAA
1 ATGTAATATATATAATAACTAAAATACTTACATTAATTAA
* *
329 ATGTAATA-CTATAATAACTGAAATACTTACATTAATTAA
1 ATGTAATATATATAATAACTAAAATACTTACATTAATTAA
368 AT
1 AT
370 TTTTAGGTAT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
39 31 0.79
40 8 0.21
ACGTcount: A:0.51, C:0.09, G:0.04, T:0.37
Consensus pattern (40 bp):
ATGTAATATATATAATAACTAAAATACTTACATTAATTAA
Found at i:885 original size:202 final size:205
Alignment explanation
Indices: 480--891 Score: 751
Period size: 202 Copynumber: 2.0 Consensus size: 205
470 TTCCTTAATA
480 ATAAATAAATCGGATCTTAATATCTCTTATAATTTTGAAATTTTTGTTTGACATTGATCTAATTT
1 ATAAATAAATCGGATCTTAATATCTCTTATAATTTTGAAATTTTTGTTTGACATTGATCTAATTT
*
545 AATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTAATTTTTTTTTGGTATAGTTCTATATATATAATA
66 AATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTAACTTTTTTTTGGTATAGTTCTATATATATAATA
*
610 GTAATGCGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACA
131 ATAATGCGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACA
675 TTCACCATTG
196 TTCACCATTG
*
685 ATAAATAAATCGGATCCTTAATATCTTTTATAATTTTGAAA-TTTTGTTTGACATTGATCTAATT
1 ATAAATAAATCGGAT-CTTAATATCTCTTATAATTTTGAAATTTTTGTTTGACATTGATCTAATT
749 TAATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACT-ACTTTTTTTTGGTATAG-T-TATATATATAAT
65 TAATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTAACTTTTTTTTGGTATAGTTCTATATATATAAT
*
811 AATAATGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAAC
130 AATAATGCGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAAC
876 ATTCACCATTG
195 ATTCACCATTG
887 ATAAA
1 ATAAA
892 GTTATTAAGC
Statistics
Matches: 202, Mismatches: 4, Indels: 5
0.96 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
202 91 0.45
203 1 0.00
204 16 0.08
205 70 0.35
206 24 0.12
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (205 bp):
ATAAATAAATCGGATCTTAATATCTCTTATAATTTTGAAATTTTTGTTTGACATTGATCTAATTT
AATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACTAACTTTTTTTTGGTATAGTTCTATATATATAATA
ATAATGCGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACA
TTCACCATTG
Done.