Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01007574.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig07599, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1830
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.41
Found at i:1532 original size:202 final size:204
Alignment explanation
Indices: 1129--1539 Score: 756
Period size: 202 Copynumber: 2.0 Consensus size: 204
1119 TTCCTTAATA
1129 ATAAATAAATCGGATCTTAATATCTTTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTTA
1 ATAAATAAATCGGATCTTAATATCTTTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTTA
* *
1194 ATTTAATAAATCAACCACTAATGTTAAACTAATTTTTTTTTGGTATAGTTCTATATATATAATAG
66 ATTTAATAAATCAACCACTAATGTTAAACTAACTTTTTTTTGGTATAGTTCTATATATATAATAA
1259 TAATGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACAT
131 TAATGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACAT
1324 TCACCATTG
196 TCACCATTG
1333 ATAAATAAATCGGATCTTTAATATCTTTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTT
1 ATAAATAAATCGGATC-TTAATATCTTTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTT
*
1398 AATTTAATAAATCAACCACTAATGTTCAACT-ACTTTTTTTTGGTATAGTT-T-TATATATAATA
65 AATTTAATAAATCAACCACTAATGTTAAACTAACTTTTTTTTGGTATAGTTCTATATATATAATA
*
1460 ATAATGTGTTGTATGTTATTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACA
130 ATAATGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACA
1525 TTCACCATTG
195 TTCACCATTG
1535 ATAAA
1 ATAAA
1540 GTTATTAAGC
Statistics
Matches: 202, Mismatches: 4, Indels: 4
0.96 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
202 89 0.44
203 1 0.00
204 34 0.17
205 78 0.39
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (204 bp):
ATAAATAAATCGGATCTTAATATCTTTTATAATTTTGAAATTTTGTTTGACATTGATCTAATTTA
ATTTAATAAATCAACCACTAATGTTAAACTAACTTTTTTTTGGTATAGTTCTATATATATAATAA
TAATGTGTTGTATCTTATTCACTACAACTTTGTTAGTAATCTTAGACTTAAAAAATTAATAACAT
TCACCATTG
Done.