Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01007733.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig07759, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 811

Length: 1352
ACGTcount: A:0.39, C:0.15, G:0.12, T:0.33


Found at i:1055 original size:448 final size:445

Alignment explanation


    Indices: 5--870  Score: 1144
    Period size: 453  Copynumber: 1.9  Consensus size: 445

          1 ATAC

                          * *                ** *     *    *       * *    *  
          5 CTCTCAAGAGTCAGTTTTTAAACTTTTTCG-CCTCATGATTCTAACTTTAAACTCCTTTAAATAT
          1 CTCTCAAGAGTCA-ATATTAAACTTTTTCGACCAAAGGATTCGAACTGTAAACTCATATAAAGAT

              * *              *  *    * **               *  *     *         
         69 ATTATCAAAACGCAGAAGCTAAGAAGTTGTCAAGAAAGTTAAGCAATAATAAGCTGTGAAGAAAA
         65 ATCAACAAAACGCAGAAGCAAAAAAGTAGAAAAGAAAGTT-AGCAAGAAAAAGCTATGAAG-AAA

               **                                                            
        134 AT-TTATTATTCCAACAAAAAACAGAAACATTAAGACTAAACAAACTTACCCAGCTATGATTGAA
        128 ATCCAATTATT-CAACAAAAAACAGAAACATTAAGACTAAACAAACTTACCCAGCTATGATTGAA

                                                                             
        198 AGGCTTTTAGATTCTAAAACTTAAAAAATTCTTCAAAGAAAAAAAAATTAACCGTTATGAATTTA
        192 AGGCTTTTAGATTCTAAAACTTAAAAAATTCTTC----AAAAAAAAATTAACCGTTATGAATTTA

                                                                             
        263 TAATAACGACTTTAATACCAATCAAATGGAACAGGTTAATTGGAGATTTAAGTACGATTTATGTA
        253 TAATAACGACTTTAATACCAATCAAATGGAACAGGTTAATTGGAGATTTAAGTACGATTTATGTA

                                                                             
        328 AAGATATAGGATGACAACTTTTTAACTTTTCAGAATCTAAAACTGAAAAATTCTTCAAATTCCAA
        318 AAGATATAGGATGACAACTTTTTAACTTTTCAGAATCTAAAACTGAAAAATTCTTCAAATTCCAA

                  *  *                                        *              
        393 TGTTTAGTGGACATTAATTTCACCTTTATGTGAAGATATCAGATGGCGCTTTTAACTTAAGAACA
        383 TGTTTAATGAACATTAATTTCACCTTTATGTGAAGATATCAGAT-G-GCTATTAACTTAAGAACA

                         * *             *  ** *     *    *       * *    *   
        458 CTCTCAAGAGTCAGTTTTAAACTTTTTCGTCCTCATGATTCTAACTTTAAACTCCTTTAAATATA
          1 CTCTCAAGAGTCAATATTAAACTTTTTCGACCAAAGGATTCGAACTGTAAACTCATATAAAGATA

             * *              *  *    * **               *  *                
        523 TTATCAAAACGCAGAAGCTAAGAAGTTGTCAAGAAAGTTAAGCAATAATAAGCTATGAAGAAAAT
         66 TCAACAAAACGCAGAAGCAAAAAAGTAGAAAAGAAAGTT-AGCAAGAAAAAGCTATGAAGAAAAT

            ***                                                              
        588 TTTATTATTCCAACAAAAAACAGAAACATTAAGACTAAACAAACTTACCCAGCTATGATTGAAAG
        130 CCAATTATT-CAACAAAAAACAGAAACATTAAGACTAAACAAACTTACCCAGCTATGATTGAAAG

                                                                             
        653 GCTTTTAGATTCTAAAACTTAAAAAATTCTTC-AAAAAAAATTAACCGTTATGAATTTATAATAA
        194 GCTTTTAGATTCTAAAACTTAAAAAATTCTTCAAAAAAAAATTAACCGTTATGAATTTATAATAA

                                       *                                     
        717 CGACTTTAATACCAATCAAATGGAACATGTTAATTGGAGATTTAAGTACGATTTATGTAAAGATA
        259 CGACTTTAATACCAATCAAATGGAACAGGTTAATTGGAGATTTAAGTACGATTTATGTAAAGATA

                   *                                                         
        782 TAGGATGGCAACTTTTTAACTTTTCAGAATCTAAAACTGAAAAAATTCTTCAAATTCCAATGTTT
        324 TAGGATGACAACTTTTTAACTTTTCAGAATCTAAAACTG-AAAAATTCTTCAAATTCCAATGTTT

                                    
        847 AATGAACATTAATTTCACCTTTAT
        388 AATGAACATTAATTTCACCTTTAT

        871 TTATAATAAT


Statistics
Matches: 404,  Mismatches: 6, Indels: 10
        0.96            0.01        0.02

Matches are distributed among these distances:
 448  134  0.33
 449   47  0.12
 452   20  0.05
 453  203  0.50

ACGTcount: A:0.41, C:0.15, G:0.12, T:0.32


Consensus pattern (445 bp):   
CTCTCAAGAGTCAATATTAAACTTTTTCGACCAAAGGATTCGAACTGTAAACTCATATAAAGATA
TCAACAAAACGCAGAAGCAAAAAAGTAGAAAAGAAAGTTAGCAAGAAAAAGCTATGAAGAAAATC
CAATTATTCAACAAAAAACAGAAACATTAAGACTAAACAAACTTACCCAGCTATGATTGAAAGGC
TTTTAGATTCTAAAACTTAAAAAATTCTTCAAAAAAAAATTAACCGTTATGAATTTATAATAACG
ACTTTAATACCAATCAAATGGAACAGGTTAATTGGAGATTTAAGTACGATTTATGTAAAGATATA
GGATGACAACTTTTTAACTTTTCAGAATCTAAAACTGAAAAATTCTTCAAATTCCAATGTTTAAT
GAACATTAATTTCACCTTTATGTGAAGATATCAGATGGCTATTAACTTAAGAACA
Done.