Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01007798.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig07825, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 649
Length: 1082
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.11, T:0.36
Found at i:880 original size:199 final size:203
Alignment explanation
Indices: 513--1082 Score: 1004
Period size: 199 Copynumber: 2.8 Consensus size: 203
503 TTAATAACTT
*
513 TATCAATGGTGAATGTTATTAATTTTTTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAAGA
1 TATCAATAGTGAATGTTATTAATTTTTTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAAGA
* *
578 TGCAACACATTATTATTATATATAAAACTATACCAAAAAAAAAGTAGTTGACCATTAGTGGTTGA
66 TACAACACATTATTATTATATATAAAACTATACCAAAAAAAAAGTAGTTGAACATTAGTGGTTGA
*
643 TTTGTTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAAGATCC
131 TTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAAGATCC
708 GATTTATA
196 GATTTATA
716 TATCAATAGTGAATGTTATTAATTTTTTAAGTCTAAGATTACTAACAAAG-T-T-GTGAATAAGA
1 TATCAATAGTGAATGTTATTAATTTTTTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAAGA
*
778 TACAACACATTATTATTATATATAAAACTATACC-AAAAAAAAGTAGTTGAACATTAATGGTTGA
66 TACAACACATTATTATTATATATAAAACTATACCAAAAAAAAAGTAGTTGAACATTAGTGGTTGA
842 TTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAAGATCC
131 TTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAAGATCC
907 GATTTATA
196 GATTTATA
*
915 TATCAATAGTGAATGTTATTAATTTTTTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAAAA
1 TATCAATAGTGAATGTTATTAATTTTTTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAAGA
* *
980 TACAACACATTACTATTATATATATAGAACTATACCAAAAAAAAATTAGTTGAACATTAGTGGTT
66 TACAACACATTATTATTATATATA-A-AACTATACCAAAAAAAAAGTAGTTGAACATTAGTGGTT
* *
1045 GATTTATTAAATTAAATTAGGTCAATGTCAAATAAAAT
129 GATTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAAT
Statistics
Matches: 350, Mismatches: 11, Indels: 10
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
199 150 0.43
200 44 0.13
201 2 0.01
202 33 0.09
203 50 0.14
204 9 0.03
205 62 0.18
ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (203 bp):
TATCAATAGTGAATGTTATTAATTTTTTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAAGA
TACAACACATTATTATTATATATAAAACTATACCAAAAAAAAAGTAGTTGAACATTAGTGGTTGA
TTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAAGATCC
GATTTATA
Done.