Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01000827.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig00827, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 862
Length: 1437
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.21, T:0.28
Found at i:48 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 35--73 Score: 51
Period size: 8 Copynumber: 4.9 Consensus size: 8
25 AAATTAAAGC
35 ATTGAAGA
1 ATTGAAGA
43 ATTGAAGA
1 ATTGAAGA
*
51 ATTGAAGC
1 ATTGAAGA
*
59 ATGGAAGA
1 ATTGAAGA
*
67 ACTGAAG
1 ATTGAAG
74 GAAGACCACT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 5, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
8 26 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.28, T:0.21
Consensus pattern (8 bp):
ATTGAAGA
Found at i:53 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 26--73 Score: 69
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
16 CATTGCAGTA
* *
26 AATTAAAGCATTGAAGAATTGAAG
1 AATTAAAGCATGGAAGAACTGAAG
*
50 AATTGAAGCATGGAAGAACTGAAG
1 AATTAAAGCATGGAAGAACTGAAG
74 GAAGACCACT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 21 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.25, T:0.21
Consensus pattern (24 bp):
AATTAAAGCATGGAAGAACTGAAG
Found at i:200 original size:56 final size:57
Alignment explanation
Indices: 119--311 Score: 282
Period size: 56 Copynumber: 3.4 Consensus size: 57
109 ATTGAATATT
* * *
119 TTGAAGATTTGAATAATTGAAGAAAGATCACCCTGGATCGTTGAAGTAAATTGATGCA
1 TTGAAGAATTGAA-AATTGAAGAAAGACCACACTGGATCGTTGAAGTAAATTGATGCA
* *
177 TTGAAGAATTG-AAATTGAAGAAAGACCACACTGGATCGTTGGAGTAAATTGAAGCA
1 TTGAAGAATTGAAAATTGAAGAAAGACCACACTGGATCGTTGAAGTAAATTGATGCA
* * * *
233 TTGAAAAATTGAAAATTGAAGAAAGACCATACTAGATCGTTGAAGTAAATTGATGTA
1 TTGAAGAATTGAAAATTGAAGAAAGACCACACTGGATCGTTGAAGTAAATTGATGCA
290 TTGAAGAATTG-AAATTGAAGAA
1 TTGAAGAATTGAAAATTGAAGAA
312 TTGAAGTATT
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 12, Indels: 4
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
56 61 0.50
57 51 0.42
58 10 0.08
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.22, T:0.27
Consensus pattern (57 bp):
TTGAAGAATTGAAAATTGAAGAAAGACCACACTGGATCGTTGAAGTAAATTGATGCA
Found at i:307 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 279--1208 Score: 165
Period size: 22 Copynumber: 41.5 Consensus size: 22
269 TCGTTGAAGT
* *
279 AAATTGATGTATTGAAGAATTG
1 AAATTGAAGAATTGAAGAATTG
*
301 AAATTGAAGAATTGAAGTATTG
1 AAATTGAAGAATTGAAGAATTG
* *
323 AAATTGAAGCATTGAAGGATT-
1 AAATTGAAGAATTGAAGAATTG
344 AAATTTGAAGAAATTG-A-AATTG
1 AAA-TTGAAG-AATTGAAGAATTG
* *
366 AAACATTGAAGGATTG-A-ATTTG
1 -AA-ATTGAAGAATTGAAGAATTG
*
388 AAGAATTG-A-AATTGAAGGATTGG
1 -A-AATTGAAGAATTGAAGAATT-G
411 ATTCAATTTGAAGAATTG-A-AATTG
1 A---AA-TTGAAGAATTGAAGAATTG
* * *
435 AAACATTAAAGGATTG-A-ATTTG
1 -AA-ATTGAAGAATTGAAGAATTG
457 AAGAATTGAAATTGAATTTGAAGAATTG
1 -A-AATTG-AA--GAA-TTGAAGAATTG
*
485 AAATTGAAGAATTGAA-ATATTA
1 AAATTGAAGAATTGAAGA-ATTG
*
507 AAGGATTG-A-ATTTGAAGAATTG
1 AA--ATTGAAGAATTGAAGAATTG
529 AAATTGAAGAATTGAA-ACATTG
1 AAATTGAAGAATTGAAGA-ATTG
*
551 AAGGATTG-A-ATTTGAAGAATTG
1 AA--ATTGAAGAATTGAAGAATTG
*
573 AAATTGAAGAATTGAA-ATATCG
1 AAATTGAAGAATTGAAGA-ATTG
* *
595 AATTTGAAGAAATTGAAAAAATTG
1 AAATTGAAG-AATTG-AAGAATTG
*
619 AAATTGAATG-ATTG-A-ATTTG
1 AAATTGAA-GAATTGAAGAATTG
* * *
639 AAGAATTGAA-ACACTGAAGGATCG
1 -A-AATTGAAGA-ATTGAAGAATTG
*
663 AATTTGAAGAATTGAA-ATATTG
1 AAATTGAAGAATTGAAGA-ATTG
** * *
685 AAACATTGGTGGATTG--GATTTGAAG
1 -AA-ATTGAAGAATTGAAGAATT---G
*
710 AAATTGAAAAATTG-A-AATTG
1 AAATTGAAGAATTGAAGAATTG
730 AAGGATTGAA-ATATTG-A-AATTG
1 AA--ATTGAAGA-ATTGAAGAATTG
* * *
752 AAACACTGAAGGATTG-A-ATTTG
1 -AA-ATTGAAGAATTGAAGAATTG
774 AAGAATTG-A-AATTGAA-ACATTG
1 -A-AATTGAAGAATTGAAGA-ATTG
*
796 AAGGATT-AA-ATTTGAAGAATTG
1 AA--ATTGAAGAATTGAAGAATTG
818 AAATTGAAGGATTGGATATGAAGAATTG
1 AAATTGAA-GA----AT-TGAAGAATTG
* *
846 AAATTGAA-ACATTAAAGGATTG
1 AAATTGAAGA-ATTGAAGAATTG
*
868 AATTTGAAGAATTG-A-AATTG
1 AAATTGAAGAATTGAAGAATTG
* *
888 AAACATTGAAGGATTG-A-ATTTG
1 -AA-ATTGAAGAATTGAAGAATTG
910 AAGAATTG-A-AATTGAAGAATTG
1 -A-AATTGAAGAATTGAAGAATTG
*
932 AAATATTAAGAATTG-A-AATTG
1 AAAT-TGAAGAATTGAAGAATTG
* * *
953 AAAAATTAAAGGATTG-A-ATTTG
1 --AAATTGAAGAATTGAAGAATTG
975 AAGAATTGAA-ATATTGAA-ACATTGG
1 -A-AATTGAAGA-ATTGAAGA-ATT-G
* * *
1000 AACACTGAAGGATT-AA-ATTTG
1 AA-ATTGAAGAATTGAAGAATTG
*
1021 AAGAATTG-A-AATTGAAGGATTG
1 -A-AATTGAAGAATTGAAGAATTG
*
1043 -GATATGAAGAATTG-A-AATTG
1 AAAT-TGAAGAATTGAAGAATTG
* *
1063 AAACATTGAAGGATTG-A-ATTTG
1 -AA-ATTGAAGAATTGAAGAATTG
1085 AAGAATTG-A-AATTGAA-ACATTG
1 -A-AATTGAAGAATTGAAGA-ATTG
** * *
1107 AAGGATTGAA-ACATTGGTGGA-TC
1 AA--ATTGAAGA-ATTGAAGAATTG
*
1130 AAATTTGAAGAAATTGAAAAATTG
1 AAA-TTGAAG-AATTGAAGAATTG
1154 AAATTGAAGAATTGAA-ATATTG
1 AAATTGAAGAATTGAAGA-ATTG
* *
1176 AAATTGAA-ACTCTGAAGGATTG
1 AAATTGAAGAAT-TGAAGAATTG
1198 AAATTGAAGAA
1 AAATTGAAGAA
1209 AGACCACACT
Statistics
Matches: 687, Mismatches: 102, Indels: 237
0.67 0.10 0.23
Matches are distributed among these distances:
19 2 0.00
20 52 0.08
21 50 0.07
22 374 0.54
23 96 0.14
24 57 0.08
25 15 0.02
26 11 0.02
27 8 0.01
28 22 0.03
ACGTcount: A:0.46, C:0.03, G:0.22, T:0.30
Consensus pattern (22 bp):
AAATTGAAGAATTGAAGAATTG
Found at i:308 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 289--1208 Score: 358
Period size: 14 Copynumber: 64.6 Consensus size: 14
279 AAATTGATGT
289 ATTGAAGAATTGAA
1 ATTGAAGAATTGAA
303 ATTGAAGAATTGAA
1 ATTGAAGAATTGAA
317 GTATTG-A-AATTGAA
1 --ATTGAAGAATTGAA
*
331 GCATTGAAGGATT-AA
1 --ATTGAAGAATTGAA
346 ATTTGAAGAAATTGAA
1 A-TTGAAG-AATTGAA
362 ATTGAA-ACATTG-A
1 ATTGAAGA-ATTGAA
375 A--G--G-ATTGAA
1 ATTGAAGAATTGAA
*
384 TTTGAAGAATTGAA
1 ATTGAAGAATTGAA
*
398 ATTGAAGGATTGGATTCA
1 ATTGAAGAATT-GA---A
416 ATTTGAAGAATTGAA
1 A-TTGAAGAATTGAA
*
431 ATTGAA-ACATTAAA
1 ATTGAAGA-ATTGAA
*
445 GGATTG-A-ATTTGAAGA
1 --ATTGAAGAATTG-A-A
461 ATTG-A-AATTGAA
1 ATTGAAGAATTGAA
*
473 TTTGAAGAATTGAA
1 ATTGAAGAATTGAA
487 ATTGAAGAATTGAAA
1 ATTGAAGAATTG-AA
* *
502 TATTAAAGGATTGAA
1 -ATTGAAGAATTGAA
*
517 TTTGAAGAATTGAA
1 ATTGAAGAATTGAA
531 ATTGAAGAATTGAAA
1 ATTGAAGAATTG-AA
*
546 CATTGAAGGATTGAA
1 -ATTGAAGAATTGAA
*
561 TTTGAAGAATTGAA
1 ATTGAAGAATTGAA
575 ATTGAAGAATTGAA
1 ATTGAAGAATTGAA
589 ATATCGAATTTGAA--GAA
1 AT-T-GAA---GAATTGAA
*
606 ATTGAAAAAATTGAA
1 ATTG-AAGAATTGAA
621 ATTGAATG-ATTGAA
1 ATTGAA-GAATTGAA
*
635 TTTGAAGAATTGAAA
1 ATTGAAGAATTG-AA
* * *
650 CACTGAAGGATCGAA
1 -ATTGAAGAATTGAA
*
665 TTTGAAGAATTGAAA
1 ATTGAAGAATTG-AA
**
680 TATTGAA-ACATTGGTGG
1 -ATTGAAGA-ATT-G-AA
*
697 ATTG--GATTTGAAGAA
1 ATTGAAGAATT---GAA
*
712 ATTGAAAAATTGAA
1 ATTGAAGAATTGAA
*
726 ATTGAAGGATTGAAA
1 ATTGAAGAATTG-AA
741 TATTG-A-AATTGAAA
1 -ATTGAAGAATTG-AA
* *
755 CACTGAAGGATTGAA
1 -ATTGAAGAATTGAA
*
770 TTTGAAGAATTGAA
1 ATTGAAGAATTGAA
784 ATTGAA-ACATTG-A
1 ATTGAAGA-ATTGAA
797 A--G--G-ATT-AA
1 ATTGAAGAATTGAA
805 ATTTGAAGAATTGAA
1 A-TTGAAGAATTGAA
* *
820 ATTGAAGGATTG-G
1 ATTGAAGAATTGAA
833 ATATGAAGAATTGAA
1 AT-TGAAGAATTGAA
*
848 ATTGAA-ACATTAAA
1 ATTGAAGA-ATTGAA
*
862 GGATTG-A-ATTTGAAGA
1 --ATTGAAGAATTG-A-A
878 ATTG-A-AATTGAAA
1 ATTGAAGAATTG-AA
*
891 CATTGAAGGATTGAA
1 -ATTGAAGAATTGAA
*
906 TTTGAAGAATTGAA
1 ATTGAAGAATTGAA
920 ATTGAAGAATTGAA
1 ATTGAAGAATTGAA
*
934 ATATTAAGAATTGAA
1 AT-TGAAGAATTGAA
*
949 ATTGAAAAATT-AA
1 ATTGAAGAATTGAA
962 A--G--G-ATTGAA
1 ATTGAAGAATTGAA
*
971 TTTGAAGAATTGAAA
1 ATTGAAGAATTG-AA
986 TATTGAA-ACATTGGAA
1 -ATTGAAGA-ATT-GAA
* *
1002 CACTGAAGGATT-AA
1 -ATTGAAGAATTGAA
1016 ATTTGAAGAATTGAA
1 A-TTGAAGAATTGAA
* *
1031 ATTGAAGGATTG-G
1 ATTGAAGAATTGAA
1044 ATATGAAGAATTGAA
1 AT-TGAAGAATTGAA
1059 ATTGAA-ACATTG-A
1 ATTGAAGA-ATTGAA
1072 A--G--G-ATTGAA
1 ATTGAAGAATTGAA
*
1081 TTTGAAGAATTGAA
1 ATTGAAGAATTGAA
1095 ATTGAA-ACATTGAA
1 ATTGAAGA-ATTGAA
1109 GGATTGAA-ACATTG--
1 --ATTGAAGA-ATTGAA
* *
1123 GTGGATCA-AATTTGAAGAA
1 ATTGA--AGAA-TT---GAA
*
1142 ATTGAAAAATTGAA
1 ATTGAAGAATTGAA
1156 ATTGAAGAATTGAAA
1 ATTGAAGAATTG-AA
1171 TATTG-A-AATTGAA
1 -ATTGAAGAATTGAA
*
1184 ACTCTGAAGGATTGAA
1 A-T-TGAAGAATTGAA
1200 ATTGAAGAA
1 ATTGAAGAA
1209 AGACCACACT
Statistics
Matches: 698, Mismatches: 90, Indels: 236
0.68 0.09 0.23
Matches are distributed among these distances:
8 16 0.02
9 4 0.01
11 8 0.01
12 8 0.01
13 35 0.05
14 380 0.54
15 91 0.13
16 121 0.17
17 14 0.02
18 6 0.01
19 15 0.02
ACGTcount: A:0.46, C:0.03, G:0.22, T:0.30
Consensus pattern (14 bp):
ATTGAAGAATTGAA
Found at i:337 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 289--1117 Score: 330
Period size: 36 Copynumber: 23.4 Consensus size: 36
279 AAATTGATGT
* *
289 ATTGAAGAATTGAAATTGAAGAATTGAAGTATTGAA
1 ATTGAAGGATTGAAATTGAAGAATTGAAGAATTGAA
* *
325 ATTGAAGCATTGAAGGATT-AA-ATTTGAAGAAATTGAA
1 ATTGAAGGATTGAA--ATTGAAGAATTGAAG-AATTGAA
** *
362 ATTGAAACATTGAAGGATTG-A-ATTTGAAGAATTGAA
1 ATTGAAGGATTGAA--ATTGAAGAATTGAAGAATTGAA
398 ATTGAAGGATTGGATTCAATTTGAAGAATTG-A-AATTGAAA
1 ATTGAAGGATT-GA---AA-TTGAAGAATTGAAGAATTG-AA
* *
438 CATTAAAGGATTGAATTTGAAGAATTG-A-AATTGAA
1 -ATTGAAGGATTGAAATTGAAGAATTGAAGAATTGAA
* * *
473 TTTGAAGAATTGAAATTGAAGAATTGAA-ATATTAAA
1 ATTGAAGGATTGAAATTGAAGAATTGAAGA-ATTGAA
*
509 GGATTGAA--TTTGAAGAATTG-A-AATTGAAGAATTGAAA
1 --ATTGAAGGATTG-A-AATTGAAGAATTGAAGAATTG-AA
*
546 CATTGAAGGATTGAATTTGAAGAATTG-A-AATTGAAGA
1 -ATTGAAGGATTGAAATTGAAGAATTGAAGAATTG-A-A
** * * *
583 ATTGAAATATCGAATTTGAAGAAATTGAAAAAATTGAA
1 ATTGAAGGATTGAAATTGAAG-AATTG-AAGAATTGAA
* * *
621 ATTGAATGATTGAATTTGAAGAATT---GAA---AC
1 ATTGAAGGATTGAAATTGAAGAATTGAAGAATTGAA
* * *
651 ACTGAAGGATCGAATTTGAAGAATTGAA-ATATTGAAA
1 ATTGAAGGATTGAAATTGAAGAATTGAAGA-ATTG-AA
** * * *
688 CATTGGTGGATTGGATTTGAAGAAATTGAAAAATTGAA
1 -ATTGAAGGATTGAAATTGAAG-AATTGAAGAATTGAA
726 ATTGAAGGATTGAAA-T-----ATTG-A-AATTGAAA
1 ATTGAAGGATTGAAATTGAAGAATTGAAGAATTG-AA
* *
755 CACTGAAGGATTGAATTTGAAGAATTG-A-AATTGAAA
1 -ATTGAAGGATTGAAATTGAAGAATTGAAGAATTG-AA
791 CATTGAAGGATT-AAA-T------TTGAAGAATTGAA
1 -ATTGAAGGATTGAAATTGAAGAATTGAAGAATTGAA
*
820 ATTGAAGGATTG-GATATGAAGAATTG-A-AATTGAAA
1 ATTGAAGGATTGAAAT-TGAAGAATTGAAGAATTG-AA
* *
855 CATTAAAGGATTGAATTTGAAGAATTG-A-AATTGAAA
1 -ATTGAAGGATTGAAATTGAAGAATTGAAGAATTG-AA
*
891 CATTGAAGGATTGAATTTGAAGAATTGAAATTGAAGAATTGAA
1 -ATTGAAGGATTGAAATT---GAA--G-AATTGAAGAATTGAA
* * * * *
934 ATATTAAGAATTGAAATTGAAAAATTAAAGGATTGAA
1 AT-TGAAGGATTGAAATTGAAGAATTGAAGAATTGAA
* *
971 TTTGAAGAATTGAAA-T-----ATTGAA-ACATTGGAA
1 ATTGAAGGATTGAAATTGAAGAATTGAAGA-ATT-GAA
*
1002 CACTGAAGGATT-AAA-T------TTGAAGAATTGAA
1 -ATTGAAGGATTGAAATTGAAGAATTGAAGAATTGAA
*
1031 ATTGAAGGATTG-GATATGAAGAATTG-A-AATTGAAA
1 ATTGAAGGATTGAAAT-TGAAGAATTGAAGAATTG-AA
*
1066 CATTGAAGGATTGAATTTGAAGAATTG-A-AATTGAAA
1 -ATTGAAGGATTGAAATTGAAGAATTGAAGAATTG-AA
1102 CATTGAAGGATTGAAA
1 -ATTGAAGGATTGAAA
1118 CATTGGTGGA
Statistics
Matches: 637, Mismatches: 68, Indels: 176
0.72 0.08 0.20
Matches are distributed among these distances:
28 31 0.05
29 9 0.01
30 63 0.10
31 9 0.01
32 9 0.01
33 3 0.00
34 33 0.05
35 13 0.02
36 242 0.38
37 84 0.13
38 59 0.09
39 24 0.04
40 16 0.03
41 15 0.02
42 7 0.01
43 15 0.02
44 5 0.01
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.22, T:0.30
Consensus pattern (36 bp):
ATTGAAGGATTGAAATTGAAGAATTGAAGAATTGAA
Found at i:634 original size:32 final size:31
Alignment explanation
Indices: 572--687 Score: 92
Period size: 30 Copynumber: 3.6 Consensus size: 31
562 TTGAAGAATT
*
572 GAAATTGAAGAATTGAAATATCGAATTTGAA
1 GAAATTGAAAAATTGAAATATCGAATTTGAA
*
603 GAAATTGAAAAAATTGAAATTGAATGATTGAATTTGAA
1 GAAATTG-AAAAATTG--A---AAT-ATCGAATTTGAA
* * **
641 G-AATTGAAACACTGAAGGATCGAATTTGAA
1 GAAATTGAAAAATTGAAATATCGAATTTGAA
*
671 G-AATTGAAATATTGAAA
1 GAAATTGAAAAATTGAAA
688 CATTGGTGGA
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 10, Indels: 15
0.73 0.11 0.16
Matches are distributed among these distances:
30 25 0.37
31 8 0.12
32 7 0.10
34 2 0.03
36 6 0.09
37 8 0.12
38 12 0.18
ACGTcount: A:0.48, C:0.03, G:0.20, T:0.28
Consensus pattern (31 bp):
GAAATTGAAAAATTGAAATATCGAATTTGAA
Found at i:668 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 623--679 Score: 96
Period size: 30 Copynumber: 1.9 Consensus size: 30
613 AAATTGAAAT
* *
623 TGAATGATTGAATTTGAAGAATTGAAACAC
1 TGAAGGATCGAATTTGAAGAATTGAAACAC
653 TGAAGGATCGAATTTGAAGAATTGAAA
1 TGAAGGATCGAATTTGAAGAATTGAAA
680 TATTGAAACA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 25 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.05, G:0.23, T:0.28
Consensus pattern (30 bp):
TGAAGGATCGAATTTGAAGAATTGAAACAC
Found at i:1122 original size:8 final size:7
Alignment explanation
Indices: 289--1184 Score: 160
Period size: 8 Copynumber: 122.0 Consensus size: 7
279 AAATTGATGT
289 ATTGAAGA
1 ATTGAA-A
297 ATTG-AA
1 ATTGAAA
303 ATTGAAGA
1 ATTGAA-A
*
311 ATTGAAGT
1 ATTGAA-A
319 ATTG-AA
1 ATTGAAA
*
325 ATTGAAGC
1 ATTGAA-A
*
333 ATTGAAGG
1 ATTGAA-A
341 ATT-AAA
1 ATTGAAA
*
347 TTTGAAGAA
1 ATTG-A-AA
356 ATTG-AA
1 ATTGAAA
362 ATTGAAA
1 ATTGAAA
*
369 CATTGAAGG
1 -ATTGAA-A
378 ATTG-AA
1 ATTGAAA
*
384 TTTGAAGA
1 ATTGAA-A
392 ATTG-AA
1 ATTGAAA
*
398 ATTGAAGG
1 ATTGAA-A
406 ATTGGATTCAA
1 ATT-GA---AA
*
417 TTTGAAGA
1 ATTGAA-A
425 ATTG-AA
1 ATTGAAA
431 ATTGAAA
1 ATTGAAA
438 CATT-AAA
1 -ATTGAAA
445 GGATTG-AA
1 --ATTGAAA
*
453 TTTGAAGA
1 ATTGAA-A
461 ATTG-AA
1 ATTGAAA
467 ATTG-AA
1 ATTGAAA
*
473 TTTGAAGA
1 ATTGAA-A
481 ATTG-AA
1 ATTGAAA
487 ATTGAAGA
1 ATTGAA-A
495 ATTGAAA
1 ATTGAAA
502 TATT-AAA
1 -ATTGAAA
509 GGATTG-AA
1 --ATTGAAA
*
517 TTTGAAGA
1 ATTGAA-A
525 ATTG-AA
1 ATTGAAA
531 ATTGAAGA
1 ATTGAA-A
539 ATTGAAA
1 ATTGAAA
*
546 CATTGAAGG
1 -ATTGAA-A
555 ATTG-AA
1 ATTGAAA
*
561 TTTGAAGA
1 ATTGAA-A
569 ATTG-AA
1 ATTGAAA
575 ATTGAAGA
1 ATTGAA-A
583 ATTGAAA
1 ATTGAAA
*
590 TATCG-AA
1 -ATTGAAA
*
597 TTTGAAGAA
1 ATTG-A-AA
606 ATTGAAAAA
1 ATTG--AAA
615 ATTG-AA
1 ATTGAAA
*
621 ATTGAATG
1 ATTGAA-A
629 ATTG-AA
1 ATTGAAA
*
635 TTTGAAGA
1 ATTGAA-A
643 ATTGAAA
1 ATTGAAA
* *
650 CACTGAAGG
1 -ATTGAA-A
*
659 ATCG-AA
1 ATTGAAA
*
665 TTTGAAGA
1 ATTGAA-A
673 ATTGAAA
1 ATTGAAA
680 TATTGAAA
1 -ATTGAAA
***
688 CATTGGTGG
1 -ATT-GAAA
*
697 ATTG-GA
1 ATTGAAA
*
703 TTTGAAGAA
1 ATTG-A-AA
712 ATTGAAAA
1 ATTG-AAA
720 ATTG-AA
1 ATTGAAA
*
726 ATTGAAGG
1 ATTGAA-A
734 ATTGAAA
1 ATTGAAA
741 TATTG-AA
1 -ATTGAAA
748 ATTGAAA
1 ATTGAAA
* *
755 CACTGAAGG
1 -ATTGAA-A
764 ATTG-AA
1 ATTGAAA
*
770 TTTGAAGA
1 ATTGAA-A
778 ATTG-AA
1 ATTGAAA
784 ATTGAAA
1 ATTGAAA
*
791 CATTGAAGG
1 -ATTGAA-A
800 ATT-AAA
1 ATTGAAA
*
806 TTTGAAGA
1 ATTGAA-A
814 ATTG-AA
1 ATTGAAA
*
820 ATTGAAGG
1 ATTGAA-A
* *
828 ATTGGAT
1 ATTGAAA
835 A-TGAAGA
1 ATTGAA-A
842 ATTG-AA
1 ATTGAAA
848 ATTGAAA
1 ATTGAAA
855 CATT-AAA
1 -ATTGAAA
862 GGATTG-AA
1 --ATTGAAA
*
870 TTTGAAGA
1 ATTGAA-A
878 ATTG-AA
1 ATTGAAA
884 ATTGAAA
1 ATTGAAA
*
891 CATTGAAGG
1 -ATTGAA-A
900 ATTG-AA
1 ATTGAAA
*
906 TTTGAAGA
1 ATTGAA-A
914 ATTG-AA
1 ATTGAAA
920 ATTGAAGA
1 ATTGAA-A
928 ATTGAAA
1 ATTGAAA
935 TATT-AAGA
1 -ATTGAA-A
943 ATTG-AA
1 ATTGAAA
949 ATTGAAAA
1 ATTG-AAA
957 ATT-AAA
1 ATTGAAA
963 GGATTG-AA
1 --ATTGAAA
*
971 TTTGAAGA
1 ATTGAA-A
979 ATTGAAA
1 ATTGAAA
986 TATTGAAA
1 -ATTGAAA
*
994 CATTGGAAC
1 -ATT-GAAA
* *
1003 ACTGAAGG
1 ATTGAA-A
1011 ATT-AAA
1 ATTGAAA
*
1017 TTTGAAGA
1 ATTGAA-A
1025 ATTG-AA
1 ATTGAAA
*
1031 ATTGAAGG
1 ATTGAA-A
* *
1039 ATTGGAT
1 ATTGAAA
1046 A-TGAAGA
1 ATTGAA-A
1053 ATTG-AA
1 ATTGAAA
1059 ATTGAAA
1 ATTGAAA
*
1066 CATTGAAGG
1 -ATTGAA-A
1075 ATTG-AA
1 ATTGAAA
*
1081 TTTGAAGA
1 ATTGAA-A
1089 ATTG-AA
1 ATTGAAA
1095 ATTGAAA
1 ATTGAAA
*
1102 CATTGAAGG
1 -ATTGAA-A
1111 ATTGAAA
1 ATTGAAA
***
1118 CATTGGTGG
1 -ATT-GAAA
*
1127 A-TCAAA
1 ATTGAAA
*
1133 TTTGAAGAA
1 ATTG-A-AA
1142 ATTGAAAA
1 ATTG-AAA
1150 ATTG-AA
1 ATTGAAA
1156 ATTGAAGA
1 ATTGAA-A
1164 ATTGAAA
1 ATTGAAA
1171 TATTG-AA
1 -ATTGAAA
1178 ATTGAAA
1 ATTGAAA
1185 CTCTGAAGGA
Statistics
Matches: 656, Mismatches: 106, Indels: 253
0.65 0.10 0.25
Matches are distributed among these distances:
6 174 0.27
7 115 0.18
8 324 0.49
9 36 0.05
10 4 0.01
11 2 0.00
12 1 0.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.21, T:0.30
Consensus pattern (7 bp):
ATTGAAA
Done.