Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01008772.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig08799, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 819
Length: 1365
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.17, T:0.32
Warning! 1 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1319 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 1297--1353 Score: 56
Period size: 19 Copynumber: 3.4 Consensus size: 19
1287 AATTTTAATT
1297 AATTCAATGAATTAATTAA
1 AATTCAATGAATTAATTAA
*
1316 AATTC-A--AA-T-AGT--
1 AATTCAATGAATTAATTAA
1328 AATTCAATGAATTAATTAA
1 AATTCAATGAATTAATTAA
1347 AATTCAA
1 AATTCAA
1354 ATAGATAGAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 14
0.64 0.04 0.31
Matches are distributed among these distances:
12 5 0.17
13 1 0.03
14 2 0.07
15 3 0.10
16 3 0.10
17 2 0.07
18 1 0.03
19 12 0.41
ACGTcount: A:0.53, C:0.07, G:0.05, T:0.35
Consensus pattern (19 bp):
AATTCAATGAATTAATTAA
Found at i:1331 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 1296--1357 Score: 124
Period size: 31 Copynumber: 2.0 Consensus size: 31
1286 GAATTTTAAT
1296 TAATTCAATGAATTAATTAAAATTCAAATAG
1 TAATTCAATGAATTAATTAAAATTCAAATAG
1327 TAATTCAATGAATTAATTAAAATTCAAATAG
1 TAATTCAATGAATTAATTAAAATTCAAATAG
1358 ATAGAATT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 31 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.06, G:0.06, T:0.35
Consensus pattern (31 bp):
TAATTCAATGAATTAATTAAAATTCAAATAG
Done.