Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01008849.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig08876, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5599
ACGTcount: A:0.31, C:0.15, G:0.15, T:0.39
Found at i:338 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 312--345 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
302 TCAAATTATT
*
312 TCGGGTTCGGCCTCGGG
1 TCGGGATCGGCCTCGGG
329 TCGGGATCGGCCTCGGG
1 TCGGGATCGGCCTCGGG
346 CTGCCTCGGG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 16 1.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.29, G:0.47, T:0.21
Consensus pattern (17 bp):
TCGGGATCGGCCTCGGG
Found at i:374 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 355--394 Score: 62
Period size: 16 Copynumber: 2.5 Consensus size: 16
345 GCTGCCTCGG
*
355 GTTCGGGTATTTTCGA
1 GTTCGGGTAATTTCGA
*
371 GTTCGGGTAATTTCGG
1 GTTCGGGTAATTTCGA
387 GTTCGGGT
1 GTTCGGGT
395 CGTTGACTTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 22 1.00
ACGTcount: A:0.10, C:0.12, G:0.38, T:0.40
Consensus pattern (16 bp):
GTTCGGGTAATTTCGA
Found at i:2653 original size:59 final size:58
Alignment explanation
Indices: 2557--2673 Score: 189
Period size: 59 Copynumber: 2.0 Consensus size: 58
2547 AAAAGGACAG
* * * *
2557 ATAATATGGGACGAAGGGAGTAAAAATCAAAGTCAAATTGGCTTTTGAATGATGACCAA
1 ATAATATGGGACGAAAGGAGTAAAAACCAAAGGCAAATTGGC-TTTCAATGATGACCAA
2616 ATAATATGGGACGAAAGGAGTAAAAACCAAAGGCAAATTGGCTTTCAATGATGACCAA
1 ATAATATGGGACGAAAGGAGTAAAAACCAAAGGCAAATTGGCTTTCAATGATGACCAA
2674 TAGGCCTAAT
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 4, Indels: 1
0.92 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
58 15 0.28
59 39 0.72
ACGTcount: A:0.44, C:0.12, G:0.23, T:0.21
Consensus pattern (58 bp):
ATAATATGGGACGAAAGGAGTAAAAACCAAAGGCAAATTGGCTTTCAATGATGACCAA
Found at i:4658 original size:833 final size:834
Alignment explanation
Indices: 3050--4722 Score: 2870
Period size: 833 Copynumber: 2.0 Consensus size: 834
3040 TGTTGAATTA
3050 TTTATCTAATGATCCTCATACTTTTATGCTTTATACTATTTAGTCCTTTACAATTATAGGTTAAA
1 TTTATCTAATGATCCTCATACTTTTATGCTTTATACTATTTAGTCCTTTACAATTATAGGTTAAA
* * * *
3115 CGATTTAACGCGTTGGCTTTTATTTTTGTATTTTTTTTTTCAATTTTTCCGATTAAGGTAATTCA
66 CGATTTAACGCGTTGCCTTTTATTTTAGTATTCTTTTTTTCAATTTGTCCGATTAAGGTAATTCA
* *
3180 AGTGTCTATTAAAAGATAATTTCATGATCTACAATTTTCAGGTAGAACTCAAAAGCCAATTTTAA
131 AGTGTCTATTAAAAGATAATTTCATGATCTACAATTTTCAGGAAGAACACAAAAGCCAATTTTAA
*
3245 TGTTTTGATTTAGAAAAATACTTCCGAAATTTTGTGGTTTTGATTGCCTGTAAATTTAATATCGT
196 TGTTTTGATTTAGAAAAATACTTCCGAAATTTTGTGGTTTTGATTGCCGGTAAATTTAATATCGT
* * *
3310 ATAATTTTTTGTCTACATGTCCGATTGAAGTTATTGAAATGTCAGTTAAAAGGTTATTGCATAAT
261 ATAATTCTTTGTCCACATGTCCGATTGAAGTTATTGAAATGTCAGTTAAAAGGTTATTACATAAT
3375 TTACGACTTTAATGAAGGACCCCAAAGCTAAATTTGATCTACGAGTTTCATGAAGGATTTAAAAG
326 TTACGACTTTAATGAAGGACCCCAAAGCTAAATTTGATCTACGAGTTTCATGAAGGATTT-AAAG
* *
3440 GGAATTTTTATGCTTCAAGATCTCCATTAACAAACATTTTCTTATTTGGATTATTTATCAAATTA
390 GGAATTTTTATGCTTCAAAATCTCCATTAACAAACATTTTCTTATTTGGATTATTTATCAAATGA
* * *
3505 CCCTCAGATTTTTCTACTTTATACTAGTTAGTCCTTTACAAATTCTATTTTAATCTAACGTTTAT
455 CCCTCAGATTTTTCTACTTTATACTACTTAGTCCTTTACAAATTCTATCTTAATCTAACGTTTAA
*
3570 GATTTTTTTTATTTTTTTTCTATCTGTCTAATTAAATAGATTCACGTGTCTATTAAAAGGTAATT
520 GATTTTTTTTATTTTTTTTCTATCTATCTAATTAAATAGATTCACGTGTCTATTAAAAGGTAATT
3635 TCATGATCGACAACTTTCATGAAGAACTCAAAAGCAAATTTTTATGTTTTAATTCAAAAAAATGC
585 TCATGATCGACAACTTTCATGAAGAACTCAAAAGCAAATTTTTATGTTTTAATT-AAAAAAATGC
*
3700 TTCCTAAATTTGGTCGTTTCGATTGTTGGTCTATTTAATAACATATAATTTTCGATCCACATGTC
649 TTCCTAAATTTGGTCGTTTCAATTGTTGGTCTATTTAATAACATATAATTTTCGATCCACATGTC
*
3765 CAATTAAAGTTATTCAAGTGTCGGTTAAAAGGTTACTGTGTGATCTACGACTTTCATGAAGAACC
714 CAATTAAAGTTATTCAAGTGTCGGTTAAAAGGTTACTGTATGATCTACGACTTTCATGAAGAACC
*
3830 CGAAAGTTAATTTGATGTACGAGTTTCATTAAGGGTTCAAAAGGGAATTTTTATGT
779 CGAAAGTTAATTTGATCTACGAGTTTCATTAAGGGTTCAAAAGGGAATTTTTATGT
*
3886 TTTATCTAATGATCCTCATACTTTTATGCTTTATACTATTTAGTCCTTTACAATTATAGGTTGAA
1 TTTATCTAATGATCCTCATACTTTTATGCTTTATACTATTTAGTCCTTTACAATTATAGGTTAAA
3951 CGATTTAACGCGTTGCCTTTTATTTTAGTA-TCTTTTTTTCAATTTGTCCGATTAAGGTAATTCA
66 CGATTTAACGCGTTGCCTTTTATTTTAGTATTCTTTTTTTCAATTTGTCCGATTAAGGTAATTCA
*
4015 AGTGTCTATTAAAAGATAATTTCATGATCTACAATTTTCATGAAGAACACAAAAGCCAATTTTAA
131 AGTGTCTATTAAAAGATAATTTCATGATCTACAATTTTCAGGAAGAACACAAAAGCCAATTTTAA
* *
4080 TGTTTTGATTTAGAAAAATGCTTCCGAAATTTTGTGGTTTTGATTGCCGGTCAATTTAATAT-GT
196 TGTTTTGATTTAGAAAAATACTTCCGAAATTTTGTGGTTTTGATTGCCGGTAAATTTAATATCGT
* * * **
4144 TTAATTCTTTGTCCACATGTCCGATTGAAGTTATTGAAGTTTCAGTT-AAATTTTATTACATAAT
261 ATAATTCTTTGTCCACATGTCCGATTGAAGTTATTGAAATGTCAGTTAAAAGGTTATTACATAAT
* *
4208 TTACGACTTTCATGAAGGACCCCAAAGCTAAATTTGATCTACGAGTTTCATGAAGGGTTT-AAGG
326 TTACGACTTTAATGAAGGACCCCAAAGCTAAATTTGATCTACGAGTTTCATGAAGGATTTAAAGG
4272 GAATTTTTATGCTTCAAAATCTCCATTAACAAACATTTTCTTATTTGGATTATTTATCAAATGAC
391 GAATTTTTATGCTTCAAAATCTCCATTAACAAACATTTTCTTATTTGGATTATTTATCAAATGAC
* *
4337 CCTCATATTTTTCTACTTTATACTACTTAGTCCTTTAGAAATTCTATCTTAATCTAACGTTTAAG
456 CCTCAGATTTTTCTACTTTATACTACTTAGTCCTTTACAAATTCTATCTTAATCTAACGTTTAAG
* * * ** *
4402 ATTTATTTTTTATTTTTTGTTCTATCTATCTGATTAAGTTGATTCATTTGTCTATTAAAGGGTAA
521 A-TT-TTTTTTATTTTTT-TTCTATCTATCTAATTAAATAGATTCACGTGTCTATTAAAAGGTAA
* * * *
4467 TTTCATGATCTATAACTTTTATGAAGAACTCAAAAGCCAATTTTTATGTTTTAACTT-AAAAAAT
583 TTTCATGATCGACAACTTTCATGAAGAACTCAAAAGCAAATTTTTATGTTTTAA-TTAAAAAAAT
*
4531 GCTTCCTAAATTTGGTCGTTTCAATTGTTGGTCTATTTAATACCATATAATTTTCGATCCACATG
647 GCTTCCTAAATTTGGTCGTTTCAATTGTTGGTCTATTTAATAACATATAATTTTCGATCCACATG
4596 TCCAATTAAAGTTATTCAAGTGTCGGTTAAAAGGTTACTGTATGATCTACGACTTTCATGAAGAA
712 TCCAATTAAAGTTATTCAAGTGTCGGTTAAAAGGTTACTGTATGATCTACGACTTTCATGAAGAA
4661 CCCGAAAGTTAATTTGATCTACGAGTTTCATTAAGGGTTCAAAAGGGAATTTTTATGT
777 CCCGAAAGTTAATTTGATCTACGAGTTTCATTAAGGGTTCAAAAGGGAATTTTTATGT
4719 TTTA
1 TTTA
4723 AAATATCCAT
Statistics
Matches: 790, Mismatches: 43, Indels: 11
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
831 128 0.16
832 2 0.00
833 280 0.35
834 133 0.17
835 155 0.20
836 92 0.12
ACGTcount: A:0.31, C:0.14, G:0.14, T:0.42
Consensus pattern (834 bp):
TTTATCTAATGATCCTCATACTTTTATGCTTTATACTATTTAGTCCTTTACAATTATAGGTTAAA
CGATTTAACGCGTTGCCTTTTATTTTAGTATTCTTTTTTTCAATTTGTCCGATTAAGGTAATTCA
AGTGTCTATTAAAAGATAATTTCATGATCTACAATTTTCAGGAAGAACACAAAAGCCAATTTTAA
TGTTTTGATTTAGAAAAATACTTCCGAAATTTTGTGGTTTTGATTGCCGGTAAATTTAATATCGT
ATAATTCTTTGTCCACATGTCCGATTGAAGTTATTGAAATGTCAGTTAAAAGGTTATTACATAAT
TTACGACTTTAATGAAGGACCCCAAAGCTAAATTTGATCTACGAGTTTCATGAAGGATTTAAAGG
GAATTTTTATGCTTCAAAATCTCCATTAACAAACATTTTCTTATTTGGATTATTTATCAAATGAC
CCTCAGATTTTTCTACTTTATACTACTTAGTCCTTTACAAATTCTATCTTAATCTAACGTTTAAG
ATTTTTTTTATTTTTTTTCTATCTATCTAATTAAATAGATTCACGTGTCTATTAAAAGGTAATTT
CATGATCGACAACTTTCATGAAGAACTCAAAAGCAAATTTTTATGTTTTAATTAAAAAAATGCTT
CCTAAATTTGGTCGTTTCAATTGTTGGTCTATTTAATAACATATAATTTTCGATCCACATGTCCA
ATTAAAGTTATTCAAGTGTCGGTTAAAAGGTTACTGTATGATCTACGACTTTCATGAAGAACCCG
AAAGTTAATTTGATCTACGAGTTTCATTAAGGGTTCAAAAGGGAATTTTTATGT
Done.