Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01008864.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig08891, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 743
Length: 1239
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.15, T:0.37
Found at i:230 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 206--262 Score: 56
Period size: 19 Copynumber: 3.4 Consensus size: 19
196 TTCTATCTAT
206 TTGAATTTTAATTAATTCA
1 TTGAATTTTAATTAATTCA
*
225 TTGAA--TT-ACT-A-T--
1 TTGAATTTTAATTAATTCA
237 TTGAATTTTAATTAATTCA
1 TTGAATTTTAATTAATTCA
256 TTGAATT
1 TTGAATT
263 AATTAAAATT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 14
0.64 0.04 0.31
Matches are distributed among these distances:
12 5 0.17
14 3 0.10
15 3 0.10
16 3 0.10
17 3 0.10
19 12 0.41
ACGTcount: A:0.35, C:0.05, G:0.07, T:0.53
Consensus pattern (19 bp):
TTGAATTTTAATTAATTCA
Found at i:240 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 202--263 Score: 124
Period size: 31 Copynumber: 2.0 Consensus size: 31
192 CTAATTCTAT
202 CTATTTGAATTTTAATTAATTCATTGAATTA
1 CTATTTGAATTTTAATTAATTCATTGAATTA
233 CTATTTGAATTTTAATTAATTCATTGAATTA
1 CTATTTGAATTTTAATTAATTCATTGAATTA
264 ATTAAAATTC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 31 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.06, G:0.06, T:0.52
Consensus pattern (31 bp):
CTATTTGAATTTTAATTAATTCATTGAATTA
Done.