Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01008870.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig08897, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 639
Length: 1065
ACGTcount: A:0.21, C:0.18, G:0.19, T:0.41
Found at i:287 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 2--1065 Score: 1619
Period size: 154 Copynumber: 7.0 Consensus size: 154
1 T
* * *
2 TTTGGCAAACCTCAATCCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGAT
1 TTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCAATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTCAGAT
* *
67 TAGT-GACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATT
66 TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATT
*
131 AGTTCCGTTTTGAATTGTCTTCGA
131 AGTTCCGTTTTCAATTGTCTTCGA
* *
155 TTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCAATTGTTTATGGACTAACTACAATCATTTTGGTCAGAT
1 TTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCAATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTCAGAT
* * *
220 TTGTCCACTGTGATGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATT
66 TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATT
*
285 AGTTCCGTTTTGAATTGTCTTCGA
131 AGTTCCGTTTTCAATTGTCTTCGA
*
309 TTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCAATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGA-AT
1 TTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCAATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTCAGAT
* * *
373 TAGTCGACTGTGAAGTTTTTAGCTTCATTTGGAAGACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCAAT
66 TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGC-TCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCAT
*
438 TAGTTCTGTTTTCAATTGTCTTCGA
130 TAGTTCCGTTTTCAATTGTCTTCGA
* * *
463 TTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTGATGGCCTAACTGTAATCATTTTGGTCAGAT
1 TTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCAATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTCAGAT
* * * *
528 TAGTCCACTGTGAAGTTTATAGCTGATTTGGAACACTTGTTATTCTGGGCCAATCGGGGCCCATT
66 TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATT
*
593 AGTTTCG--TTC----GTCTTCGA
131 AGTTCCGTTTTCAATTGTCTTCGA
* *
611 TTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCAATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGA-AT
1 TTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCAATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTCAGAT
* * *
675 TAGTCGACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAGACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCAATT
66 TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATT
*
740 AGTTCGGTTTTCAATTGTCTTCGA
131 AGTTCCGTTTTCAATTGTCTTCGA
* * *
764 TTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTGATGTCCTAACTATAATCATTTTGGTCAGAT
1 TTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCAATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTCAGAT
* * * * *
829 TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTGATTTGGAACACTTGTTATTATGGGCCTAACGTGGCGCATT
66 TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATT
*
894 AGTTCCG-TTTCGAATCGTCTTCGA
131 AGTTCCGTTTTC-AATTGTCTTCGA
* * *
918 TTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCATTCAATTGTTTATGGACTAACTACAATCATTTTGGTCAGAT
1 TTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCAATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTCAGAT
* *
983 TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAGACTTG-TATTTTGGGCCTATCGGGGCCAATT
66 TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATT
*
1047 AGTTCTGTTTTCAATTGTC
131 AGTTCCGTTTTCAATTGTC
Statistics
Matches: 823, Mismatches: 76, Indels: 24
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
147 65 0.08
148 65 0.08
149 3 0.00
152 3 0.00
153 186 0.23
154 478 0.58
155 23 0.03
ACGTcount: A:0.21, C:0.18, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (154 bp):
TTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCAATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTCAGAT
TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATT
AGTTCCGTTTTCAATTGTCTTCGA
Found at i:860 original size:455 final size:458
Alignment explanation
Indices: 2--1051 Score: 1603
Period size: 455 Copynumber: 2.3 Consensus size: 458
1 T
* *
2 TTTGGCAAACCTCAATCCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGAT
1 TTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTCAGAT
* *
67 TAGT-GACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATT
66 TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATT
* *
131 AGTTCCGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCAATTGTTTATGGAC
131 AGTTCCG--TT--ATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCAATTGTTTATGGAC
* *
196 TAACTACAATCATTTTGGTCAGATTTGTCCACTGTGATGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
192 TAACTACAATCATTTTGGTCAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTT
* *
261 ATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
257 ATTTTGGGCCTATCGAGGCCAATTAGTTCCGTTTTCAATTGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
* * *
326 CTTTTCTTTCAATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAATTAGTCGACTGTGAAGTTT
322 CTTTTCTTTCAATTGTTGATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTCAATTAGTCCACTGTGAAGTTT
* * * *
391 TTAGCTTCATTTGGAAGACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGC-CAATTAGTTCTGTTTTC-AAT
387 TTAGCTTCATTTGGAACACTTGTTATTATGGGCCTAACGGGGCGC-ATTAGTTCCG-TTTCGAAT
*
454 TGTCTTCGA
450 CGTCTTCGA
* *
463 TTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTGATGGCCTAACTGTAATCATTTTGGTCAGAT
1 TTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTCAGAT
* * * *
528 TAGTCCACTGTGAAGTTTATAGCTGATTTGGAACACTTGTTATTCTGGGCCAATCGGGGCCCATT
66 TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATT
* *
593 AGTTTCG-T-TCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCAATTGTTTATGGCCTAAC
131 AGTTCCGTTATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCAATTGTTTATGGACTAAC
* * * *
656 TATAATCATTTTGGTGA-ATTAGTCGACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAGACTTGTTATTT
196 TACAATCATTTTGGTCAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTT
* *
720 TGGGCCTATCGGGGCCAATTAGTTCGGTTTTCAATTGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTT
261 TGGGCCTATCGAGGCCAATTAGTTCCGTTTTCAATTGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTT
* *
785 TCTTTCCATTGTTGATGTCCTAACTATAATCATTTTGGTCAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTA
326 TCTTTCAATTGTTGATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTCA-ATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTA
* *
850 GC-TGATTTGGAACACTTGTTATTATGGGCCTAACGTGGCGCATTAGTTCCGTTTCGAATCGTCT
390 GCTTCATTTGGAACACTTGTTATTATGGGCCTAACGGGGCGCATTAGTTCCGTTTCGAATCGTCT
914 TCGA
455 TCGA
* * * *
918 TTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCATTCAATTGTTTATGGACTAACTACAATCATTTTGGTCAGAT
1 TTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTCAGAT
* *
983 TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAGACTTG-TATTTTGGGCCTATCGGGGCCAATT
66 TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATT
1047 AGTTC
131 AGTTC
1052 TGTTTTCAAT
Statistics
Matches: 536, Mismatches: 49, Indels: 15
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
454 30 0.06
455 288 0.54
456 92 0.17
459 1 0.00
461 65 0.12
462 60 0.11
ACGTcount: A:0.22, C:0.18, G:0.20, T:0.41
Consensus pattern (458 bp):
TTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTCAGAT
TAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATT
AGTTCCGTTATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCAATTGTTTATGGACTAAC
TACAATCATTTTGGTCAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTT
TGGGCCTATCGAGGCCAATTAGTTCCGTTTTCAATTGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTT
TCTTTCAATTGTTGATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTCAATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAG
CTTCATTTGGAACACTTGTTATTATGGGCCTAACGGGGCGCATTAGTTCCGTTTCGAATCGTCTT
CGA
Done.