Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01008950.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig08977, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 942
Length: 1570
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.16, T:0.36
Found at i:1290 original size:322 final size:322
Alignment explanation
Indices: 1--1515 Score: 1668
Period size: 322 Copynumber: 4.7 Consensus size: 322
* * * *
1 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACATTGGATTTTAGGATTTGATTT
1 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTT
* * * *
66 TACGAGCATATCAGTCCTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTTAG--AAAAAAATAGGAAAAAT
66 TACGAGCATCTAAATCGTGTTTCGATTT-AATAGAAATTAATTTAGAAAAAAAAATAGGAAAAAT
* * *
129 GATATTAGAAGTGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTAAATTATTTATTTTTAT-GAGTAT
130 GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATTTATTTTTATAGAGTAT
* * * *
193 TTTGGCTAAAATTTGAGGGAAAAAAATTTCGGGTCAATTTTAGCCGAAA-CTGTGTACTAACCGT
195 TTTGGCTAAAAATTGAGGG-AAAAAATTTCGGGTCAATTTTAACCGAAATC-GTGTATTAACCAT
* *
257 CACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTTGATGCCA
258 CACAGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCAGGG-CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTG-TGCCA
321 AG
321 AG
*
323 ACTCCTTGAAATATCTATATTCGTCTAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTT
1 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTT
* ** *
388 TACGAGCATCTAAAT-GTTGTTTCGATTTAATTAGAATTTAATACAGAAAAAACAATAGGAAAAA
66 TACGAGCATCTAAATCG-TGTTTCGATTTAA-TAGAAATTAATTTAGAAAAAAAAATAGGAAAAA
* * * * * * *
452 CT-ATATTAGAAGCATGAAAAGCCATTAAATCTTTTTTGCGTTGAGTTATATAATTTTTAT-GAC
129 -TGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTAT-TTATTTTTATAGAG
* ** * * *
515 TATTGTGGCTAAAAATTGA-GGAAAATTTTTTCTGGTCATTTTTTTAAAATTTTAACCAAAACCG
192 TATTTTGGCTAAAAATTGAGGGAAAA-AATTTCGGGTC----------AATTTTAACCGAAATCG
* * * * *
579 TGTAATAACCATCACGGTTTTTGGCT-AAAACACATTCCAAAGTCCCGGCTCAGTTTTGCATGAT
246 TGTATTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCC-AGGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGAT
*
643 TTTTTGCGCCAAG
310 TTTTTGTGCCAAG
** * * * * *
656 ACTGATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAGTCTCAGCCACATGGGTTTTAAGGAATTGTTTT
1 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTT
* * * * *
721 TACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTGA-TT-CAAAAAAAAA-AGGAAAAAC
66 TACGAGCATCTAAATCGTGTTTCGATTTAA-TAGAAATTAATTTAGAAAAAAAAATAGGAAAAAT
* * * * * * *
783 GATATTAGAAGTGTGAAAAGTCCATCAATCTTTTTAGTGTTGAATTATATATTTATAT-GAGTAT
130 GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATTTATTTTTATAGAGTAT
* * *
847 TTTGGCCACAAATTGAGGG-AAAAATTTCGGGCCAATTTTAACCGAAATCGTGTACGTTAACCAT
195 TTTGGCTAAAAATTGAGGGAAAAAATTTCGGGTCAATTTTAACCGAAATCGTGTA--TTAACCAT
* ** * * * *
911 CACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGGCCTCAGCTCAGTTTTGGATGATTTTTTGGGTCAA
258 CACAGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCAGGGCC-CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGTGCCAA
976 G
322 G
*
977 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCATATTGGATTTAAGGATTT-TTTT
1 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTT
* * * * * *
1041 TACGAGTATCTCAATCGTGTTTCAATTTAATAAAAATTTAATTTAGAAAAAAAAATACGAAAATT
66 TACGAGCATCTAAATCGTGTTTCGATTTAATAGAAA-TTAATTTAGAAAAAAAAATAGGAAAAAT
* *
1106 GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTTAATT-TTTATTTTTATAG-GTAT
130 GATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATTTATTTTTATAGAGTAT
* * *
1169 TTTGGCTAAAAATTGAGTGGAAAAAATTTCAGGTCAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCGTC
195 TTTGGCTAAAAATTGAG-GGAAAAAATTTCGGGTCAATTTTAACCGAAATCGTGTATTAACCATC
* * * *
1234 ACAGTTTTTGGCTAAAAATGCATTCCGGGGCCCGGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTTATGCCAAG
259 ACAGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCAGGGCCC-GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGTGCCAAG
* * *
1299 ACTCCTTGAAATATCTATATTCGTGTAACCAAATCGCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTT
1 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTT
** * * *
1364 TACGAGCATCTAAAT-GTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATACAGACAAAACAATGGGAAAAA
66 TACGAGCATCTAAATCG-TGTTTCGATTTAA-TAGAAATTAATTTAGAAAAAAAAATAGGAAAAA
** * * * * * * *
1428 CAATATTAGAAGCATGAAAATCCATTCAATCTTTTTTGCGTTGAGTTATATGATTTTTAT-TAGT
129 TGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTAT-TTATTTTTATAGAGT
*
1492 ATTGTGGCTAAAAATTGA-GGAAAA
193 ATTTTGGCTAAAAATTGAGGGAAAA
1516 CTTTTTCTGG
Statistics
Matches: 996, Mismatches: 156, Indels: 81
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
318 19 0.02
319 5 0.01
320 56 0.06
321 95 0.10
322 251 0.25
323 145 0.15
324 102 0.10
325 57 0.06
328 7 0.01
329 28 0.03
330 48 0.05
331 8 0.01
333 129 0.13
334 45 0.05
335 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (322 bp):
ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAAATTGGATTTAAGGATTTGTTTT
TACGAGCATCTAAATCGTGTTTCGATTTAATAGAAATTAATTTAGAAAAAAAAATAGGAAAAATG
ATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATTTATTTTTATAGAGTATT
TTGGCTAAAAATTGAGGGAAAAAATTTCGGGTCAATTTTAACCGAAATCGTGTATTAACCATCAC
AGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCAGGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGTGCCAAG
Done.