Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01009051.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig09079, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 835

Length: 1393
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.14, T:0.37


Found at i:1104 original size:332 final size:331

Alignment explanation


    Indices: 4--1393  Score: 1733
    Period size: 333  Copynumber: 4.2  Consensus size: 331

          1 CAA

                   *                 *    *                *                 
          4 GAAGACTTCTTGAAATATTTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG
          1 GAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTG

            *        *      *          *    *   *                     *      
         69 CTTTTACGACCATCTGAATCATGTTTCGATTTTATTTGAAATTAATTC-AAAAAAATTAGAAAAC
         66 TTTTTACGAGCATCTGTATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAAAAAAAATTGGAAAAC

                   **   *                                                  * 
        133 GATATTAGTTGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGCCTTTGAATTATATATATTTTATGAGAGT
        131 GATATTAAATGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGCCTTTGAATTATATATATTTTATGAGAAT

                   *                                                     * **
        198 TGTGGCCTAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCATTT
        196 TGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTGC

               * *       **               *                 *                
        263 ACTTTTCATCACGGCTTTAAGCTAAAAACATGTTTCGGGACACCGACTTAGTTTTTGCATGATTT
        261 ACTATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGGGACACCGACTCAG-TTTTGCATGATTT

              *    
        328 TTTGCAC
        325 TTGGCAC

            *  *       *                              *                     *
        335 AAATACTCCTTCAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCATCCACTTTGGATTTAAGGATTTA
          1 GAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTG

                  *      *                       *         *                 
        400 TTTTTATGAGCATTTGTATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTAAGAAAAAAATTGGAAAA
         66 TTTTTACGAGCATCTGTATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCA-AAAAAAATTGG-AAA

                                    *     *       *                          
        465 ACGATATTAAATGCCTGAAAAACCTTTCAAGCTTTTTGTCTTTGAATTATATAT-TTTCTATGAG
        129 ACGATATTAAATGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGCCTTTGAATTATATATATTT-TATGAG

                   * *               *    * **                     * *       
        529 AATTGTGTCAAAAAATTGAGGAAAATTTTTTCATATCAATTTTTGCAAAATTTTACCCGAAATCG
        193 AATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCG

                            *               *                                
        594 TGCACTATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGG-C-CCTGACTCAGTTTTGCATG
        258 TGCACTATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACACGTTTCG-GGACACC-GACTCAGTTTTGCATG

                       
        657 ATTTTTGGCAC
        321 ATTTTTGGCAC

                              *                   * *  *  *   * *            
        668 GAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGACCAAATTTAAGTCATTTTTGTTTTAAGGATTTG
          1 GAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTG

                                      *                                      
        733 TTTTTACGAGCATCTGTATCATGTTTATATTTAATTCGAAATTAATTCAAAAAAAATTGGAAAAA
         66 TTTTTACGAGCATCTGTATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAAAAAAAATTGG-AAAA

                                   *              *                          
        798 CGATATTAAAAT-CCTGAAAAACACTTCAATCATTTTTTCCTTT-AA-TATATATATTTTCTATG
        130 CGATATT-AAATGCCTGAAAAACCCTTCAATC-TTTTTGCCTTTGAATTATATATA-TTT-TATG

                                *                         *            *     
        860 AGAATTGTGGCCAAAAATTGTGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTCCAAAATTTTAGCCGAAAT
        191 AGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAAT

                     *            *          **            *   *             
        925 CGTGCACTACCCATCACGATTTAAAGCTAAAAATGCGTTTCGAGG-CCCCGGCTCAGTTTTGCAT
        256 CGTGCACTATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACACGTTTCG-GGACACCGACTCAGTTTTGCAT

                        
        989 GA-TTTTGGCAC
        320 GATTTTTGGCAC

                 *        *    *     *                                       
       1000 GAAGATTCCTTGAACTATTGATATTAATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTG
          1 GAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTG

                   *  *                 *                     *              
       1065 TTTTTACAAGAATCTG-ATTCATGTTTCCATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAA
         66 TTTTTACGAGCATCTGTA-TCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAAAAAAAATTGGAAAA

                                                  *    *           *         
       1129 CGATATTAGAA-GCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCTTTAAATTATATATAATTTATGAGA
        130 CGATATTA-AATGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGCCTTTGAATTATATATATTTTATGAGA

            *       *                   **                                   
       1193 TTTGTGGCGAAAAATTGAGGAAAAATTTGACGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGT
        194 ATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGT

            **   *                                         *   *             
       1258 ATACTTTCCATCAC-ATCTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGGGACACCAACTTAGTTTTGCATGAT
        259 GCACTATCCATCACGAT-TTTAAGCTAAAAACACGTTTCGGGACACCGACTCAGTTTTGCATGAT

                *    
       1322 TTTTTGCAC
        323 TTTTGGCAC

            *  *                                      *             *      
       1331 AAATACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCATCCACTTTGGATTTGAGGATT
          1 GAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATT


Statistics
Matches: 911,  Mismatches: 129, Indels: 38
        0.85            0.12        0.04

Matches are distributed among these distances:
 329    4  0.00
 330  121  0.13
 331  200  0.22
 332  165  0.18
 333  266  0.29
 334  153  0.17
 335    2  0.00

ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.14, T:0.37


Consensus pattern (331 bp):   
GAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTG
TTTTTACGAGCATCTGTATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAAAAAAAATTGGAAAAC
GATATTAAATGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGCCTTTGAATTATATATATTTTATGAGAAT
TGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTGC
ACTATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGGGACACCGACTCAGTTTTGCATGATTTT
TGGCAC
Done.