Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01000912.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig00912, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6677
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.17, T:0.33
Found at i:478 original size:149 final size:149
Alignment explanation
Indices: 297--593 Score: 549
Period size: 149 Copynumber: 2.0 Consensus size: 149
287 ACAAACTGAA
* *
297 GAGATTTGTGCGGTAAAGAAATTATAATTTTTTAATATATATTATTTAATTTAGTTGATAAATGA
1 GAGATTTGTGCGATAAAGAAATTATAATTTTTTAACATATATTATTTAATTTAGTTGATAAATGA
362 AATTACATATTAAACCTTAAAAGTTAAATCTAATATTTAAAATTAAGAAGGATATTTTAGATATT
66 AATTACATATTAAACCTTAAAAGTTAAATCTAATATTTAAAATTAAGAAGGATATTTTAGATATT
* *
427 TCAGGTCAAATTTTTTGAT
131 TCAAGTCAAAATTTTTGAT
*
446 GAGATTTGTGCGATAAAGAAATTATAATTTTTTGACATATATTATTTAATTTAGTTGATAAATGA
1 GAGATTTGTGCGATAAAGAAATTATAATTTTTTAACATATATTATTTAATTTAGTTGATAAATGA
511 AATTACATATTAAACCTTAAAAGTTAAATCTAATATTTAAAATTAAGAAGGATATTTTAGATATT
66 AATTACATATTAAACCTTAAAAGTTAAATCTAATATTTAAAATTAAGAAGGATATTTTAGATATT
576 TCAAGTCAAAATTTTTGA
131 TCAAGTCAAAATTTTTGA
594 AGTTTAGACT
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 5, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
149 143 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.05, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (149 bp):
GAGATTTGTGCGATAAAGAAATTATAATTTTTTAACATATATTATTTAATTTAGTTGATAAATGA
AATTACATATTAAACCTTAAAAGTTAAATCTAATATTTAAAATTAAGAAGGATATTTTAGATATT
TCAAGTCAAAATTTTTGAT
Found at i:646 original size:149 final size:145
Alignment explanation
Indices: 310--646 Score: 408
Period size: 149 Copynumber: 2.2 Consensus size: 145
300 ATTTGTGCGG
* *
310 TAAAGAAATTATAATTTTTTAATATATATTATTTAATTTAGTTGATAAATGAAATTACATATTAA
1 TAAAGAAATTATAATTATAT-ATATA-ATTA--TAATTTAGTTGATAAATGAAATTACATATTAA
* *
375 ACCTTAAAAGTTAAATCTAATATTTAAAATTAAGAAGGATATTTTAGATATTTCAGGTCAAATTT
62 ACCTTAAAAGTTAAATCTAATATTTAAAATTAAGAAGGATATTTTAGATATTTCAAGTCAAAATT
* **
440 TTTGATGAGATTTGTGCGA
127 TTTGATGAGATTTATAAGA
* * *
459 TAAAGAAATTATAATTTTTTGACATATATTATTTAATTTAGTTGATAAATGAAATTACATATTAA
1 TAAAGAAATTATAATTATAT-ATATA-ATTA--TAATTTAGTTGATAAATGAAATTACATATTAA
524 ACCTTAAAAGTTAAATCTAATATTTAAAATTAAGAAGGATATTTTAGATATTTCAAGTCAAAATT
62 ACCTTAAAAGTTAAATCTAATATTTAAAATTAAGAAGGATATTTTAGATATTTCAAGTCAAAATT
* *
589 TTTGAAGTTTAGACTTATATAATA
127 TTTG-A--TGAGA-TT-TATAAGA
* *
613 TAAAGATA-TAT-ATATATATATATAATTAAAATTT
1 TAAAGAAATTATAAT-TATATATATAATTATAATTT
647 TAAAAGTCTT
Statistics
Matches: 168, Mismatches: 14, Indels: 12
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
149 135 0.80
150 1 0.01
151 4 0.02
152 10 0.06
153 8 0.05
154 10 0.06
ACGTcount: A:0.44, C:0.04, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (145 bp):
TAAAGAAATTATAATTATATATATAATTATAATTTAGTTGATAAATGAAATTACATATTAAACCT
TAAAAGTTAAATCTAATATTTAAAATTAAGAAGGATATTTTAGATATTTCAAGTCAAAATTTTTG
ATGAGATTTATAAGA
Found at i:984 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 917--1017 Score: 193
Period size: 52 Copynumber: 1.9 Consensus size: 52
907 CTTATAGTAA
917 GAGTGGATCGATCTTAACACACGATGGAGATAAGTAAGAATTTATATGAGAG
1 GAGTGGATCGATCTTAACACACGATGGAGATAAGTAAGAATTTATATGAGAG
*
969 GAGTGGATCGATCTTAACACAGGATGGAGATAAGTAAGAATTTATATGA
1 GAGTGGATCGATCTTAACACACGATGGAGATAAGTAAGAATTTATATGA
1018 AAGAACCTTG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
52 48 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.27, T:0.26
Consensus pattern (52 bp):
GAGTGGATCGATCTTAACACACGATGGAGATAAGTAAGAATTTATATGAGAG
Done.