Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01009233.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig09261, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:781 original size:331 final size:328
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Indices: 1--839 Score: 787
Period size: 326 Copynumber: 2.6 Consensus size: 328
** * * * *
1 TTCCGAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACATGAGTCAAATGCTCGTAAAATTAAATCCTTAAAT
1 TTCCGAATTAATTTCCAATTAAATCGAAACATAATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAAA
* * * *** * * * * *
66 CCAAGGTGGCTGAGATTGGGGATGATGAATATTGATAAATCAA--TGTCTTGGGGACAAAAATCA
66 CCAAGGAGGATAAGATTTATGATGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTCTTCGGGCCAAAAATCA
* * * * * *
129 TGCAAAACAGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAACAATCGTGATTAGTTTACGATATC
131 TGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTAAGCCAAAAACCGTGATGAGTTTACGATATC
* * * * * *
194 GGCGAAAAATTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACTGCAATACTCGTAA
196 GGCGAAAAATTTCCAAAAATTGACCCAAAAGATATTTCCTCAAGTTTTAACCGCAATACTCATAA
** * * *
259 AAAATATATAATTCAACAGCCAAAAATTTTGAAGGGGTTTGCAAGCTTCTAATATCATTTTTTTA
261 AAAATATATAATTCAACAGCCAAAAAAATTCAAGGGCTTTGCAAGCTTCTAATATCATTTTTCTA
324 TTT
326 TTT
* * *
327 TTCCGAATTAATTTCCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAAT
1 TTCCGAATTAATTTCCAATTAAATCGAAACATAATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAAA
* * * * *
392 CCAAGGAGGCTAAGATTTGTGATGATGAATATAGATAATTCAATGAGTCTTGGGGCCAAAATTCA
66 CCAAGGAGGATAAGATTTATGATGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTCTTCGGGCCAAAAATCA
* *
457 TGCAAAATTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTAAGCCAAAAACCGTGATGATTATTACACGAT
131 TGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTAAGCCAAAAACCGTGATGAGT-TT--ACGAT
* * * * * * ** * *
522 TTCGGCTAGAATTTTCCAAAAATTGACTCAAAAG-TAATTTCCTCGAGTTTTGGCCGTAATAGTC
193 ATCGGCGAAAAATTTCCAAAAATTGACCCAAAAGAT-ATTTCCTCAAGTTTTAACCGCAATACTC
* * * * * *
586 ATAAAAATTATATAATTCAA-TGCCAAAAAAATTCAAGGGCTTTTCATGCTTCTAGTATCGTTTT
257 ATAAAAAATATATAATTCAACAGCCAAAAAAATTCAAGGGCTTTGCAAGCTTCTAATATCATTTT
650 TCCTATTATT
322 T-CTA-T-TT
* * * ***
660 TTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGAT-C-CTTATTTTACAAATCCTTAAA
1 TTCCGAATTAATTTCCAATTAAATCGAAACATAATTCAAATGCTCGTAAAAT-CAAATCCTTAAA
** * * * *
723 ACCATTGTGGATGAGATTTCATTA-GA-GTAATATAGATATTTCAAGGAGTC-TCGGGCCAAAAA
65 ACCAAGGAGGATAAGATTT-ATGATGATG-AATATAGATAATTCAAGGAGTCTTCGGGCC-AAAA
* * * * * * * **
785 ATCATGCAACACTAAACTGGGGCCCTGGAACGTGTTTTTAGGAAAAAACCGTGAT
127 ATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTAAGCCAAAAACCGTGAT
840 TTCGACTAAC
Statistics
Matches: 423, Mismatches: 77, Indels: 20
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
326 99 0.23
328 64 0.15
329 2 0.00
330 37 0.09
331 83 0.20
332 97 0.23
333 41 0.10
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (328 bp):
TTCCGAATTAATTTCCAATTAAATCGAAACATAATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAAA
CCAAGGAGGATAAGATTTATGATGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTCTTCGGGCCAAAAATCA
TGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTAAGCCAAAAACCGTGATGAGTTTACGATATC
GGCGAAAAATTTCCAAAAATTGACCCAAAAGATATTTCCTCAAGTTTTAACCGCAATACTCATAA
AAAATATATAATTCAACAGCCAAAAAAATTCAAGGGCTTTGCAAGCTTCTAATATCATTTTTCTA
TTT
Found at i:1723 original size:333 final size:328
Alignment explanation
Indices: 1--2057 Score: 1452
Period size: 335 Copynumber: 6.2 Consensus size: 328
* * * * **
1 TTCCGAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACATGAGTCAAATGCTCGTAAAATTAAATCCTTAAAT
1 TTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT
* * * * * * * *
66 CCAAGGTGGCTGAGATTGGGGA-T-GATGAATATTGATAAATCAA--TGTCTTGGGGACAAAAAT
66 CCAATGTGGCTGAGATT--TGATTAGATGAATATAGAT-ATTCAAGGAGTC-TCGCGCCAAAAAT
* * * * * * * * *
127 CATGCAAAACAGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAACAATCGTGATTAGT-TT--ACG
127 CATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGATTATTACACG
* * * * ** *
189 ATATCGGCGAAAAATTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACTGCAATACT
192 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCAGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGCT-AAATACT
* * ** * *
254 CGTAAA-AAATATATAATTCAACAGCCAAAAATTTTGAAGG-GGTTTGCAAGCTTCTAATATCAT
256 CATAAATAAATATATAATTCAAC-GCCAAAAATATTGAAGGATTTTTAC-A-CTTCTAATATCGT
*
317 TTTTTTA-TTT
318 TTTTCTATTTT
** * * *
327 TTCCGAATTAATTTCCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAAT
1 TTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT
* * * * * * * *
392 CCAAGGAGGCTAAGATTTG-TGATGATGAATATAGATAATTCAATGAGTCTTGGGGCCAAAATTC
66 CCAATGTGGCTGAGATTTGATTA-GATGAATATAGAT-ATTCAAGGAGTC-TCGCGCCAAAAATC
* * * *
456 ATGCAAAATTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTAAGCCAAAAACCGTGATGATTATTACACGA
128 ATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGATTATTACACGA
* * * * *
521 TTTCGGCTAGAATTTTCCAAAAATTGACTCA-AAAG-TAATTTCCTCGAGTTTTGGCCGT-AATA
193 TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAC-CAGAAAGAT-TTTTCCTCAATTTTTGG-C-TAAATA
* * * * * ** *
583 GTCATAAA-AATTATATAATTCAATGCCAAAAAAATTCAAGGGCTTTT-CATGCTTCTAGTATCG
254 CTCATAAATAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAGGATTTTTACA--CTTCTAATATCG
646 TTTTTCCTATTATT
317 TTTTT-CTATT-TT
* ***
660 TTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATA-ATTCAGAT-C-CTTATTTTACAAATCCTTAA
1 TTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA-AGATTCAGATGCTCGTA-AAAACAAATCCTTAA
* * * * *
722 AACCATTGTGGATGAGATTTCATTAGA-GTAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGGCCAAAAAA
64 ATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATG-AATATAGATA-TTCAAGGAGTCTCGCGCC-AAAAA
* * * * * * * *
786 TCATGCAACACTAAACTGGGGCCCTGGAACGTGTTTTTAGGAAAAAACCGTGATTTCGACTAACG
126 TCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGA--T-GA-TTA-T
* * * * **
851 TACACGATTTCGGCTAATA-TTTGCAAAAATTGACCATAAATATTTTTCCTTAATTTTTTTTCTA
186 TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCAGAAAGATTTTTCCTCAA-TTTTTGGCT-
* * * * *
915 AAATACTCATAAA-ATATATATAATTCAACTCCAAAAATATT-AGAGGACTTTTCACGCTTTTAA
249 AAATACTCATAAATAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGA-AGGA-TTTTTACACTTCTAA
* *
978 AATC-TATTTTTTATATTT
312 TATCGT-TTTTCTAT-TTT
* ** * * * * * *
996 TTCTGAATTAAAATCTTATTATATCGAAACAAGATTGAGGTGCTCGTATAAACAAATCTTTAAAT
1 TTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT
* * * ** *
1061 GCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATACATATATTTCAAGGAGTCTCGATACTAAAAATCA
66 CCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATA-TTCAAGGAGTCTCG-CGCCAAAAATCA
* ** * * *
1126 TACAAAACTGAGCCGGGGCACC-GGAACGCGTTTTTAGCAAAAGAAAACTATGATGGTAAGTACA
129 TGCAAAACTGAGCCGGGGC-CCTGGAACGCGTTTTTAGC--AA-AAAACCGTGATGATTATTACA
* * * *
1190 CGATTTCGCCTAAAATTTTGCAAGAAA-GGACAAGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAAT
190 CGATTTCGGCTAAAATTTTGCAA-AAATTGACCAGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGCT-AAAT
* * * * * * * * *
1254 ACTCAT-GATATATATTTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGAGGATGTTT-CACGATTTTCATATC
253 ACTCATAAATAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAGGATTTTTACAC--TTCTAATATC
*
1317 GTTTTTTATATTTT
316 G-TTTTTCTATTTT
** * *
1331 TTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAGATAT-AGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTTAA
1 TTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGAT-TCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAA
* * * * * * * *
1395 TGCAATGTGTCTGAGTTTTGATTACATGAATATGGATATCGCAAGTAGTCTCAGCGTCAAAAATC
65 TCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATAT-TCAAGGAGTCTC-GCGCCAAAAATC
* * * * * *
1460 ATGCAAAACTGACCCCGGGCCCTAGAACGCATTTTTAGCCAAAAATCGTGATGATTATTAC-CGA
128 ATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGATTATTACACGA
* * * *
1524 TTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGACCGGAAAGATATTTCCTCAATTTTTTGCTAAATTA-TC
193 TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCAGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAA-TACTC
** *
1588 ATAAAATAAATATATAATTTTACGCCAAAAATATTGAAGGATTTCTTACACTTCTAATATTGTTT
257 AT-AAATAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAGGATTT-TTACACTTCTAATATCGTTT
1653 TTCCTACTTTT
320 TT-CTA-TTTT
* * * *
1664 TTCCGAATTAAATTCTAATTAAATCGAAATAAGATTTAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAAT
1 TTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT
* * * * *
1729 CCAATGTGGCCGAGATTTGATTTGATGAATATAGATAGTTTAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCA
66 CCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATA-TTCAAGGAGTC-TCGCGCCAAAAATCA
* * * * *** * *
1794 TGCAATACTGACCCGGAGTCCTGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAAAAAAATCG-TGA-TGTTGC
129 TGCAAAACTGAGCCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGC----AAAAAACCGT-GATGATTATTAC
* * * * * * *
1857 ACAATTTCGGCTTATATTTTGCAAAAAAAAAAATGACCCA-AAATATTTTTTCTCAATTTTTAG-
189 ACGATTTCGGCTAAAATTTTGC-----AAAAATTGA-CCAGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGC
* * * *
1920 TCACAATACTCAT-AA-AAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCT
248 T-A-AATACTCATAAATAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAA-GGATTTTTACACTTCT
* * **
1983 AACACCGTTTTTCCCCTTTT
310 AATATCGTTTTT-CTATTTT
* * * * **
2003 TTCCGAATTAGTTTCTAATTAAAACGAAACATGATTTAGATGCTTATAAAAACAA
1 TTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAA
2058 TGGTTAGGAT
Statistics
Matches: 1382, Mismatches: 263, Indels: 159
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
324 1 0.00
326 95 0.07
328 64 0.05
329 3 0.00
330 42 0.03
331 137 0.10
332 155 0.11
333 188 0.14
334 13 0.01
335 213 0.15
336 107 0.08
337 197 0.14
338 12 0.01
339 54 0.04
340 55 0.04
341 8 0.01
342 30 0.02
343 8 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (328 bp):
TTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT
CCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTCAAGGAGTCTCGCGCCAAAAATCATG
CAAAACTGAGCCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGATTATTACACGATTT
CGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCAGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAATACTCATAA
ATAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAGGATTTTTACACTTCTAATATCGTTTTTCTAT
TTT
Found at i:2055 original size:672 final size:670
Alignment explanation
Indices: 199--2057 Score: 1541
Period size: 672 Copynumber: 2.8 Consensus size: 670
189 ATATCGGCGA
* * * ** ** * *
199 AAAATTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAA-TTTTTAACTGCAATACTCGTAAAAAA
1 AAAATTTGAAAAAATTGACCAGAAAGATATTTCCTCAATTTTTTTGCTAAAATACTCATAAAATA
* ** * *
263 TATATAATTCAACAGCCAAAAAT-TTTGAAGGGGTTTGCA-AGCTTCTAATATC-ATTTTTT-TA
66 TATATAATTCAAC-GCCAAAAATATTAG-AGGACTTTTCACA-CTTCTAAAATCTATTTTTTATA
** ** * * * *
324 TTTTTCCGAATTAATTTCCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTA
128 TTTTTCCGAATTAAAATCTAATTAAATCGAAACAAGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
* * ** * * * * * ***
389 AATCCAAGGAGGCTAAGATTTG-TGATGATGAATATAGATAATTCAATGAGTCTTGGGGCCAAAA
193 AATCCAATGTGGCCGAGATTTGATTA-GATGAATACAGATATTTCAAGGAGTCTCGACACCAAAA
* * * * * * * **** * *
453 TTCATGCAAAATTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTAAGC--CA-AAAACCGTGAT-GATTAT
257 ATCATACAAAACTGACCCGGGGCACCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAGAAAACAAAAATCG-TAAG
* * * * *** *** * * * * **
514 TACACGATTTCGGCTAGAATTTTCCAA-AAATTGACTCAAAAGTAATTTCCTCGAGTTTTGGCCG
321 TACACAATTTCGCCTAAAATTTTGCAAGAAAAAAAAAGAAAAAT-TTTTCCTCAATTTTTGGCTA
* * * * * * *
578 TAATAGTCATAAAAATTATATAATTCAATGCCAAAAAAATTCAAGGGCTTTTCATGCTTCTAGTA
385 AAATACTCATAAAAA-TATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATA
* * *
643 TCGTTTTTCCTATTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATCCTTAT-
449 TCGTTTTTCCTATT-TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTTAGATGCTTATA
*** * * **
707 TTTACAAATCCTTAAAACCATTGTGGATGAGATTTCATTAGAGTAATATAGATATTTCAAGGAGT
513 AAAACAAATCCTTAAAACCAATGTGGATGAGATTTCATTACAGTAATATAGATATCGCAAGGAGT
* * ** * ** *
772 CTCGGGCCAAAAAATCATGCAACACTAAACTGGGGCCCTGGAACGTGTTTTTAGGAAAAAACCGT
578 CTCGCGCCAAAAAATCATGCAAAACTAAACCCGGGCCCTAGAACGCATTTTTAGCAAAAAACCGT
837 GATTTCGACTAACGTACACGATTTCGGCT
643 GA-TTCGACTAACGTACACGATTTCGGCT
* * * * * * *
866 AATATTTGCAAAAATTGACCATAAATATTTTTCCTTAATTTTTTTTCTAAAATACTCATAAAATA
1 AAAATTTGAAAAAATTGACCAGAAAGATATTTCCTCAATTTTTTTGCTAAAATACTCATAAAATA
* * *
931 TATATAATTCAACTCCAAAAATATTAGAGGACTTTTCACGCTTTTAAAATCTATTTTTTATATTT
66 TATATAATTCAACGCCAAAAATATTAGAGGACTTTTCACACTTCTAAAATCTATTTTTTATATTT
* * * * * *
996 TTCTGAATTAAAATCTTATTATATCGAAACAAGATTGAGGTGCTCGTATAAACAAATCTTTAAAT
131 TTCCGAATTAAAATCTAATTAAATCGAAACAAGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT
* * * * *
1061 GCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATACATATATTTCAAGGAGTCTCGATACTAAAAATCA
196 CCAATGTGGCCGAGATTTGATTAGATGAATACAGATATTTCAAGGAGTCTCGACACCAAAAATCA
* * ** *
1126 TACAAAACTGAGCCGGGGCACCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAGAAAACTATGATGGTAAGTACAC
261 TACAAAACTGACCCGGGGCACCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAGAAAACAAAAATCGTAAGTACAC
* ** *
1191 GATTTCGCCTAAAATTTTGCAAGAAAGGACAAGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATAC
326 AATTTCGCCTAAAATTTTGCAAGAAAAAAAAAGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATAC
* * * * * * * * *
1256 TCATGATATATATTTAATTTAACGCCAAAAAGATTGGA-GGATGTTTCACGATTTTCATATCGTT
391 TCAT-AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCT-TTTCACGCTTCTAATATCGTT
** ** * * * **
1320 TTTTATATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAGATATAGATGCTCGTAAAAACA
454 TTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTTAGATGCTTATAAAAACA
* ** ** * * * *
1385 AATCCTTTAATGCAATGTGTCTGAGTTTTGATTACA-TGAATATGGATATCGCAAGTAGTCTCAG
519 AATCCTTAAAACCAATGTGGATGAGATTTCATTACAGT-AATATAGATATCGCAAGGAGTCTC-G
* * * * *
1449 CGTC-AAAAATCATGCAAAACTGACCCCGGGCCCTAGAACGCATTTTTAGCCAAAAATCGTGA-T
582 CGCCAAAAAATCATGCAAAACTAAACCCGGGCCCTAGAACGCATTTTTAGCAAAAAACCGTGATT
* *
1512 -GA-TTA-TTAC-CGATTTCGGCT
647 CGACTAACGTACACGATTTCGGCT
* *
1532 AAAATTTTGAAAAAATTGACCGGAAAGATATTTCCTCAA-TTTTTTGCTAAATTA-TCATAAAAT
1 AAAA-TTTGAAAAAATTGACCAGAAAGATATTTCCTCAATTTTTTTGCTAAAATACTCATAAAAT
** * * *
1595 AAATATATAATTTTACGCCAAAAATATT-GAAGGA-TTTCTTACACTTCTAATAT-TGTTTTTCC
65 --ATATATAATTCAACGCCAAAAATATTAG-AGGACTTT-TCACACTTCTAAAATCTATTTTT--
* * * *
1657 TACT-TTTTTCCGAATTAAATTCTAATTAAATCGAAATAAGATTTAGATGCTCGTAAAAATAAAT
124 TA-TATTTTTCCGAATTAAAATCTAATTAAATCGAAACAAGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAAT
* * * *
1721 CCTTAAATCCAATGTGGCCGAGATTTGATTTGATGAATATAGATAGTTT-AAGGAGTCTTGGCAC
188 CCTTAAATCCAATGTGGCCGAGATTTGATTAGATGAATACAGATA-TTTCAAGGAGTCTCGACAC
* * * *
1785 CAAAAATCATGCAATACTGACCCGGAGTC-CTGGAACGCGTTTTTAGCAAAA-AAAA-AAAAATC
252 CAAAAATCATACAAAACTGACCCGG-GGCACCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAGAAAACAAAAATC
* * * * * *
1847 GTGATGTTGCACAATTTCGGCTTATATTTTGCAA-AAAAAAAAATGACCCAAAATATTTTTTCTC
316 GT-AAG-TACACAATTTCGCCTAAAATTTTGCAAGAAAAAAAAA-G----AAAA-ATTTTTCCTC
* *
1911 AATTTTTAG-TCACAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTC
373 AATTTTTGGCT-AAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTC
* * ** * *
1975 ACGCTTCTAACACCGTTTTTCCCCTTTTTTCCGAATTAGTTTCTAATTAAAACGAAACATGATTT
437 ACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTT
2040 AGATGCTTATAAAAACAA
502 AGATGCTTATAAAAACAA
2058 TGGTTAGGAT
Statistics
Matches: 944, Mismatches: 212, Indels: 67
0.77 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
665 9 0.01
666 42 0.04
667 139 0.15
668 214 0.23
669 146 0.15
670 3 0.00
671 44 0.05
672 302 0.32
673 45 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (670 bp):
AAAATTTGAAAAAATTGACCAGAAAGATATTTCCTCAATTTTTTTGCTAAAATACTCATAAAATA
TATATAATTCAACGCCAAAAATATTAGAGGACTTTTCACACTTCTAAAATCTATTTTTTATATTT
TTCCGAATTAAAATCTAATTAAATCGAAACAAGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT
CCAATGTGGCCGAGATTTGATTAGATGAATACAGATATTTCAAGGAGTCTCGACACCAAAAATCA
TACAAAACTGACCCGGGGCACCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAGAAAACAAAAATCGTAAGTACAC
AATTTCGCCTAAAATTTTGCAAGAAAAAAAAAGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATAC
TCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTT
TCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTTAGATGCTTATAAAAACAAA
TCCTTAAAACCAATGTGGATGAGATTTCATTACAGTAATATAGATATCGCAAGGAGTCTCGCGCC
AAAAAATCATGCAAAACTAAACCCGGGCCCTAGAACGCATTTTTAGCAAAAAACCGTGATTCGAC
TAACGTACACGATTTCGGCT
Done.