Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01009512.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig09544, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 618

Length: 1030
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.07, T:0.42


Found at i:674 original size:172 final size:173

Alignment explanation


    Indices: 433--861  Score: 549
    Period size: 172  Copynumber: 2.4  Consensus size: 173

        423 ATTTTTATAG

                      *      *    *            *                  *          
        433 TTTTACTCAACTAAAAACTCTACTTTTATTTAATTTAATCTAATATATTTATAAATATTTTATTT
          1 TTTTACTCAATTAAAAATTCTATTTTTATTTAATTAAATCTAATATATTTATAACTATTTTATTT

                                                            *                
        498 TTACCATTTTACTATTTTAATTAAAAAACTTAGATATATTAGAATTTTTTAAATATATTTCTTAC
         66 TTACCATTTTACTATTTTAATTAAAAAA-TTAGATATATTAGAATTTTCTAAATATATTTCTT-C

                   ***                      * *  *       
        563 CCTT-A-TTTTTC-AAATATATTTCTTAAATGCCTTTGTTTAAAC
        129 CCTTGACAGATTCTAAATATATTTCTTAAATGACATTATTTAAAC

                                              *                              
        605 TTTTACTCAATTAAAAATTCTATTTTTATTTAATAAAATCTAATATATTTATAACTATTTTATTT
          1 TTTTACTCAATTAAAAATTCTATTTTTATTTAATTAAATCTAATATATTTATAACTATTTTATTT

                                                                          ***
        670 TTACCATTTTACTATTTTAATTAAAAAATTAGATATATTAGAATTTTCTAAATATATTTCTTTTT
         66 TTACCATTTTACTATTTTAATTAAAAAATTAGATATATTAGAATTTTCTAAATATATTTCTTCCC

                                                        
        735 TTGACGAGATTCTAAATATATTTCTTAAATGACATTATTTAAAC
        131 TTGAC-AGATTCTAAATATATTTCTTAAATGACATTATTTAAAC

                       *       *                           *      *          
        779 TTTTACAATTTTATTTTATCAAAAATTCTATTTTTATTTAATTAAATTTAATATTTTTATAACTA
          1 TTTTAC----TCA----ATTAAAAATTCTATTTTTATTTAATTAAATCTAATATATTTATAACTA

                  *           
        844 TTTTATCTTTACCATTTT
         58 TTTTATTTTTACCATTTT

        862 TTTAGGGAAT


Statistics
Matches: 223,  Mismatches: 22, Indels: 14
        0.86            0.08        0.05

Matches are distributed among these distances:
 170    2  0.01
 171   34  0.15
 172   87  0.39
 173    3  0.01
 174   34  0.15
 178    2  0.01
 182   61  0.27

ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.02, T:0.52


Consensus pattern (173 bp):   
TTTTACTCAATTAAAAATTCTATTTTTATTTAATTAAATCTAATATATTTATAACTATTTTATTT
TTACCATTTTACTATTTTAATTAAAAAATTAGATATATTAGAATTTTCTAAATATATTTCTTCCC
TTGACAGATTCTAAATATATTTCTTAAATGACATTATTTAAAC
Done.