Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01009525.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig09557, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2363
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.17, T:0.35
Found at i:1606 original size:658 final size:647
Alignment explanation
Indices: 1--2047 Score: 2268
Period size: 658 Copynumber: 3.1 Consensus size: 647
* ** * *
1 CCAAATCTCAGCGACATTAGATTTGAGGATTTCATTTTACGAGCATATGAATTATGTTTCGATTT
1 CCAAATCTCAGCCACATTAGATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTT
* * * * *
66 AATTATAAATAAATTTTTAAAAAAAAAGGGAAAAACGATATTAGAAGCATGAAAAGCCCTTCAAT
66 AATTAAAAATTAA---TTAAAAAAATA-GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAA-
* *
131 CTTTTTTGGCAATGAAGTGTATACTTTTTATGAGTATTGTGGAAAAAAATTGAGGGAAAAACTTT
126 -TTTTTTGGCAATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGT-GAAAAAAATTGAGGGAAAAACTTT
* *
196 CGGTTCAATTTTTGCAAAATTTAAGCGGAAATTGTGTACTAA-CATCCACAGTTTTTGGCTAAAA
189 CGGTTCAATTTTTGCAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCAT-CACAGTTTTTGGCTAAAA
* * * * * * * * ** *
260 ATGCGT-TTC-GGGGCCCCGGCTAAATTTTGCATGATTTTTGGTTTCAATACTCCTTTTAGTATC
253 A--CGTGTTCTGGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTTGCTCCAACAGTACTTAAAATATC
* * ** * * * *
323 TATATTAATCTAACCAAATCTTAGGCATGTCGGATTTAAGGATTTGTTTTTAGGAGCATCAAAAA
316 TATATT-ATCTAATCGAATCTTAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCAGAAA
*
388 CCGGTTTCAATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAAAGGAAAAACGATATTAGA-AGCGTGAA
380 CCAGTTTCAATTTAATTAAAAATTAATTCAG-AAAAAAAGGAAAAACGATATTAGATA---T--A
* * * * *
452 AAGCACTTCAATCTTCTTGGCGGTGATTTATATACATTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAG
439 AAGCCCTTCCAT-TT-TTGGCGATGAATTATAT--ATTTTTTGAGTATTGTGGCCAAAAATTGA-
* * *
517 GGAAAAACT--TTCGGTTCGATTTTTGCAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGT
499 GGAAAAA-TAATTAGG-TCAATTTTTGCAAAATTTAA-CCGAAATCGTATACTAACCATCACAGT
* * * *
580 TTTTACCTAAAAATGCATTCCGAGGACCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAA-ACTCAT
561 TTTTAGCAAAAAATGCATTCCGAGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCTT
644 TGAAATATCTATATTCATCTAA
626 TGAAATATCTATATTCATCTAA
* * * **** *
666 CCAAATCTCAGCAACATTGGATTTGAGGATTTGGTTTTACGAGCATCTGAAACCGGTTTTAATTT
1 CCAAATCTCAGCCACATTAGATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTT
* * * *
731 AATTAGAAATTAATTAAGAAAAATGGGAAAAACAATATTAGAGGCGTGAAAAGCCATTTC-ATTT
66 AATTAAAAATTAATTAA-AAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCC-TTTCAATTT
* * * * *
795 TTCTGGCGATGAATTATTTACTGTTTATGAGTATTGTGGTAAAAAATTAAGGGAAAAAACTTTCG
129 TT-TGGCAATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGT-GAAAAAAATTGAGGG-AAAAACTTTCG
* * * *
860 ATTCATTTCTTTG-AGAAATTTAAGCCGAAATCGTATACTAACCGTCACAGTTTTTGGCTAAAAA
191 GTTCAATT-TTTGCA-AAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAA
* * * * * * * *
924 CGCGTTCTGGGGCCCCGACTTAGTTTTGCTTTATTTTTTACGCCTACAGTTCTTAAAATATCTAT
254 CGTGTTCTGGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTTGCTCCAACAGTACTTAAAATATCTAT
* * * * *
989 ATTCATCTAATCGAATATCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGACCGTCAGAAACCA
319 ATT-ATCTAATCGAATCTTAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCAGAAACCA
* * * *
1054 GTTTCAATTTAATTAAAAATTATTTCGGAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGATATTAAGCCCTT
383 GTTTCAATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAA-AGGAAAAACGATATTAGATATAAAGCCCTT
*
1119 CCATTGTTTGGCGATGAATTATATATTATTTTGAGTATTATGG-CAAAACATTGAGGAAAAATAA
447 CCATT-TTTGGCGATGAATTATATATT-TTTTGAGTATTGTGGCCAAAA-ATTGAGGAAAAATAA
*
1183 TCTAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTATACTAACCATCACAGTTTTTGGCAAAA
509 T-TAGGTCAATTTTTGCAAAA-TTTAACCGAAATCGTATACTAACCATCACAGTTTTTAGCAAAA
* * *
1248 AATGCATTCTGAGGCCCAGCTCAATTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCTTTGAAATATCT
572 AATGCATTCCGAGGCCCGGCTC-AGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCTTTGAAATATCT
*
1313 ATATTAATCTAA
636 ATATTCATCTAA
* * *
1325 CCAAATCTCAGCCACATTAAATTTGAGGATTTGTTTTTAGGAGCATCTGAATTATATTTCAATTT
1 CCAAATCTCAGCCACATTAGATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTT
1390 AATTAAAAATTAATTCGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAATGT
66 AATTAAAAATTAATT--AAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAAT-T
* * *
1455 TTTTGGCAATGAATTATATACTTTTTATGACTATTGTGACAAAAAATTGAGGGGAAACCTTTCGG
128 TTTTGGCAATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGA-AAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGG
* *
1520 TTCAATTTTTGCAAAATTTTAA-CCGAAATCATGTACTAACCATCACAGTTTTTTGCTAAAAACG
192 TTCAATTTTTGCAAAA-TTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACG
* * * *
1584 TGTTCTGGGGGCTCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTTGCTCCAACAGTAATTGAAATATCTATAT
256 TGTTCTGGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTTGCTCCAACAGTACTTAAAATATCTATAT
* *
1649 ATATCTAATCGAATCTTAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAACATTAGAAACCAGT
321 -TATCTAATCGAATCTTAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCAGAAACCAGT
* * * * *
1714 TTCAGTTTAATTAGAAATTAATTCATAAAATAAAGGAAAAACGATATTAGACGCGTAAAAAGCCA
385 TTCAATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAA-AAAGGAAAAACGATATTAGA----TATAAAGCCC
* * *
1779 TTCCATTTTTTTTGG-GATGAATTATATATTTTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTAATGAAAA
445 TTCCA---TTTTTGGCGATGAATTATATA-TTTTT-TGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAA
* * * * * * * * *
1843 ATCATTCGGGTCACTTTTTGGAAAA-TTGA-GGAAA----A-CCGAA--ATCAC-TTTTTTAGCT
505 ATAATT-AGGTCAATTTTTGCAAAATTTAACCGAAATCGTATACTAACCATCACAGTTTTTAGC-
1898 AAAAAATGCATTCCGAGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACT-TATTGAAAT
568 AAAAAATGCATTCCGAGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCT-TTGAAAT
1962 ATCTATATTCATCTAA
632 ATCTATATTCATCTAA
** * * *
1978 CCAAATCTCAGCCGTATTGGACTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCGATTT
1 CCAAATCTCAGCCACATTAGATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTT
2043 AATTA
66 AATTA
2048 GAAGCGTGAA
Statistics
Matches: 1172, Mismatches: 168, Indels: 96
0.82 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
652 1 0.00
653 119 0.10
654 29 0.02
655 1 0.00
656 18 0.02
657 87 0.07
658 244 0.21
659 134 0.11
660 83 0.07
661 56 0.05
662 74 0.06
663 206 0.18
664 48 0.04
665 72 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (647 bp):
CCAAATCTCAGCCACATTAGATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTT
AATTAAAAATTAATTAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAATTTTT
TGGCAATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGAAAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGTTCA
ATTTTTGCAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTC
TGGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTTGCTCCAACAGTACTTAAAATATCTATATTATCT
AATCGAATCTTAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCAGAAACCAGTTTCAAT
TTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAAGGAAAAACGATATTAGATATAAAGCCCTTCCATTTTTG
GCGATGAATTATATATTTTTTGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATAATTAGGTCAATTT
TTGCAAAATTTAACCGAAATCGTATACTAACCATCACAGTTTTTAGCAAAAAATGCATTCCGAGG
CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCTTTGAAATATCTATATTCATCTAA
Found at i:1640 original size:332 final size:331
Alignment explanation
Indices: 1--2047 Score: 1874
Period size: 332 Copynumber: 6.2 Consensus size: 331
* * ** * *
1 CCAAATCTCAGCGACATTAGATTTGAGGATTTCATTTTACGAGCATATGAATTATGTTTCGATTT
1 CCAAATCTCAGCCACATTGGATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTT
* * ** * * *
66 AATTATAAATAAATTTTTAAAAAAAAAGGGAAAAACGATATTAGAAGCATGAAAAGCCCTTCAAT
66 AATTAAAAATTAA-TTCGAAAAAAATA-GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAA-
* * * *
131 CTTTTTTGGCAATGAAGTGTATACTTTTTATGAGTATTGTGGAAAAAAATTGAGGGAAAAACTTT
128 -TTTTTTGGCGATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGGAAAAACTTT
* *
196 CGGTTCAATTTTTGCAAAATTTAAGCGGAAATTGTGTACTAA-CATCCACAGTTTTTGGCTAAAA
192 CGGTTCAATTTTTGCAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCAT-CACAGTTTTTGGCTAAAA
* * * *** * * ** *
260 ATGCGTT-TCGGGGCCCCGGCTAAATTTTGCATGATTTTTGGTTTCAATACTCCTTTTAGTATCT
256 ACGCGTTCT-GGGGGCCCGGCTAAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAACACTCATTGAAATATCT
324 ATATTAATCTAA
320 ATATTAATCTAA
* * ** * * * ** ****
336 CCAAATCTTAGGCATGTCGGATTTAAGGATTTGTTTTTAGGAGCATCAAAAACCGGTTTCAATTT
1 CCAAATCTCAGCCACATTGGATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTT
401 AATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAA-AGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCAC-TTCAAT
66 AATTAAAAATTAATTC-GAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGC-CTTTCAAT
* * * * *
464 CTTCTTGGCGGTGATTTATATACATTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTC
129 -TTTTTGGCGATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGGAAAAACTTTC
* ** *
529 GGTTCGATTTTTGCAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTACCTAAAAAT
193 GGTTCAATTTTTGCAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAAC
* * * * *
594 GCATTC-CGAGGACCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAA-ACTCATTGAAATATCTATA
258 GCGTTCTGGGGGCCCGGCTAAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAACACTCATTGAAATATCTATA
*
657 TTCATCTAA
323 TTAATCTAA
* * **** *
666 CCAAATCTCAGCAACATTGGATTTGAGGATTTGGTTTTACGAGCATCTGAAACCGGTTTTAATTT
1 CCAAATCTCAGCCACATTGGATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTT
* * * *
731 AATTAGAAATTAATT--AAGAAAAATGGGAAAAACAATATTAGAGGCGTGAAAAGCCATTTC-AT
66 AATTAAAAATTAATTCGAA-AAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCC-TTTCAAT
* * * *
793 TTTTCTGGCGATGAATTATTTACTGTTTATGAGTATTGTGGTAAAAAATTAAGGGAAAAAACTTT
129 TTTT-TGGCGATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGG-AAAAACTTT
* * * *
858 CGATTCATTTCTTTG-AGAAATTTAAGCCGAAATCGTATACTAACCGTCACAGTTTTTGGCTAAA
192 CGGTTCAATT-TTTGCA-AAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAA
* * * * * ** * * * *
922 AACGCGTTCTGGGGCCCCGACTTAGTTTTGCTTTATTTTTTACGCCTACAGTTC-TTAAAATATC
255 AACGCGTTCTGGGGGCCCGGCTAAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAACA-CTCATTGAAATATC
*
986 TATATTCATCTAA
319 TATATTAATCTAA
* * * * * * * * * **
999 TCGAATATCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGACCGTCAGAAACCA-GTTTCAATT
1 CCAAATCTCAGCCACATTGGATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTG-AATTATGTTTCAATT
* * * * * *
1063 TAATTAAAAATTATTTCGGAAAAAATAGGAAAAACAATATTAG-A---T-ATTAAGCCCTTCCAT
65 TAATTAAAAATTAATTCGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGA-AAAGCCTTTCAAT
* * * * * *
1123 TGTTTGGCGATGAATTATATA-TTATTT-TGAGTATTATGGCAAAACATTGAGGAAAAATAATCT
129 TTTTTGGCGATGAATTATATACTT-TTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGGAAAA-ACTTT
* * *
1186 AGG-TCAATTTTTGCAAAATTTTAA-CCGAAATCGTATACTAACCATCACAGTTTTTGGCAAAAA
192 CGGTTCAATTTTTGCAAAA-TTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAA
* * * * * * *
1249 ATGCATTCT-GAGGCCCAGCTCAATTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCTTTGAAATATCT
256 ACGCGTTCTGGGGGCCCGGCT-AAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAACACTCATTGAAATATCT
1313 ATATTAATCTAA
320 ATATTAATCTAA
** * *
1325 CCAAATCTCAGCCACATTAAATTTGAGGATTTGTTTTTAGGAGCATCTGAATTATATTTCAATTT
1 CCAAATCTCAGCCACATTGGATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTT
1390 AATTAAAAATTAATTCGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAATGT
66 AATTAAAAATTAATTCGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAAT-T
* * * * *
1455 TTTTGGCAATGAATTATATACTTTTTATGACTATTGTGACAAAAAATTGAGGGGAAACCTTTCGG
130 TTTTGGCGATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGG
* *
1520 TTCAATTTTTGCAAAATTTTAA-CCGAAATCATGTACTAACCATCACAGTTTTTTGCTAAAAACG
195 TTCAATTTTTGCAAAA-TTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACG
* * * * * * *
1584 TGTTCTGGGGGCTCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTTGCTCCAACAGTAATTGAAATATCTATA-
259 CGTTCTGGGGGCCCGGCTAAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAACACTCATTGAAATATCTATAT
1648 TATATCTAA
324 TA-ATCTAA
* * * * * * * ** *
1657 TCGAATCTTAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAACAT-TAGAAACCA-GTTTCAGT
1 CCAAATCTCAGCCACATTGGATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATCT-G-AATTATGTTTCAAT
* * * *
1720 TTAATTAGAAATTAATTC-ATAAAATAA-AGGAAAAACGATATTAGACGCGTAAAAAGCCATTCC
64 TTAATTAAAAATTAATTCGA-AAAA-AATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCC-TTTC
* * * * **
1783 ATTTTTTTTGG-GATGAATTATATATTTTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAATT-AATGAAAAATC
126 A-ATTTTTTGGCGATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGGAAAAA-C
* * * * * * * * *
1846 ATTCGGGTCACTTTTTGGAAAA-TTGAG--GAAAAC-----CGAA--ATCAC-TTTTTTAGCTAA
189 TTTCGGTTCAATTTTTGCAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCT-A
* * * * * * *
1900 AAAATGCATTC-CGAGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTTATTGAAATAT
253 AAAACGCGTTCTGGGGGCCCGGCTAAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAACACTCATTGAAATAT
*
1964 CTATATTCATCTAA
318 CTATATTAATCTAA
** * *
1978 CCAAATCTCAGCCGTATTGGACTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCGATTT
1 CCAAATCTCAGCCACATTGGATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTT
2043 AATTA
66 AATTA
2048 GAAGCGTGAA
Statistics
Matches: 1391, Mismatches: 270, Indels: 116
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
320 3 0.00
321 113 0.08
322 16 0.01
324 3 0.00
325 12 0.01
326 177 0.13
327 18 0.01
328 35 0.03
329 99 0.07
330 135 0.10
331 120 0.09
332 420 0.30
333 143 0.10
334 32 0.02
335 65 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (331 bp):
CCAAATCTCAGCCACATTGGATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTT
AATTAAAAATTAATTCGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAATTT
TTTGGCGATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGT
TCAATTTTTGCAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCG
TTCTGGGGGCCCGGCTAAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAACACTCATTGAAATATCTATATTA
ATCTAA
Done.