Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01009546.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig09578, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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1 GT
* * * * * *
3 AAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTTAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAATTATATAAT-T
1 AAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAA-TTTTAGCCAAAATACTCAT--AAA-TATATAATAA
* * * * * *
67 CGACATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCATATTTTTCCGAATTA
62 CG-C--CAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCATATTTTTCAGAATTA
* * * * * *
132 ATTTCGAATTAAATCAAAATAAGATTCTGATGCTCCTAAAAACAAATCCTTAAA-TCTAATATGG
124 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTC-AATGTGG
* * * * * *
196 TTGAAATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGCAGTTTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACT
188 CTGAAATTTGATTAGATGAATATATATATTTCAAGGAGTCTTGCCA-CAAAAATCATGCAAAACT
* * * *
261 GAGCC-GGGCCGCAGAACA--CGTTTTTAGCCGAAAACCATGTTGGTTAGTTCACGATTTCGGCT
252 GAGCCGGGGCC-CCGAA-ATGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGAT-G--A-TACACGATTTCGGCT
323 -AAATTTTGC
311 AAAATTTTGC
** * * *
332 AAAAATTGACCCCGAAAGGTTTTTCCTCGATTTCTAGCGAAAATACACATAAAAAATATATAATT
1 AAAAATTGA-CCCGAAATATTTTTCCTCAATTT-TAGCCAAAATACTCAT---AAATATATAA-T
* * * * * ***
397 CAACGCCAAAAAAATTGAAAGACTTTTTCAGACTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTATTTTAAT
60 -AACGCCAAAAAGATTGGAGGAC-TTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCATATTTT-TCAGAAT
* * * ** *
462 AAATTTCTAATTAAATTGAAACAAGATTTAGAAACTCGTAAAAACAAATCCTTAAATACAATGTG
122 TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTG
* * *
527 ACTGAGATTTGATTAGATGAATATATAAATATTTTAAGGAGTCTTGCTGC-CAAAAATCATGCAA
187 GCTGAAATTTGATTAGATGAATATAT--ATATTTCAAGGAGTCTTGC--CACAAAAATCATGCAA
* * * *
591 AACAGA-CCTAGGGCCCCGAAATGCGTTTTTAGTCAAAAAAACCATGATGGTACACGATTTCGGC
248 AACTGAGCC-GGGGCCCCGAAATGCGTTTTTAG-C-CAAAAACCATGATGATACACGATTTCGGC
*
655 TAAAATTTTGT
310 TAAAATTTTGC
* *
666 AAAAGTTGACCCGAAATATTTTTCTTCTCAATTTATAGCCACAATACTCATAAA-A-A-AA-AA-
1 AAAAATTGACCCGAAATATTTTTC--CTCAATTT-TAGCCAAAATACTCATAAATATATAATAAC
* *** * * * * * * *
726 --TAATTTGAAT--A-G-CTTCTCACGCTTCTAATATCATTTTTCTTTTCTTTTTTCA-ATTTAA
63 GCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTC--AT-ATTTTTCAGAATTAA
* * * * *
784 TTTCTAATTAAATTGAAACATGATTCATATGCTCGTAAAAACAAACCCTTAAATCCAATGTGG-T
125 TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTGGCT
* * * * * *
848 TAAGATTTGGTTAGATGAATATATATTTTTCAAGGACTGTTGCCACAAAAAATTATGCAAAACTG
190 GAA-ATTTGATTAGATGAATATATATATTTCAAGGAGTCTTGCCAC-AAAAATCATGCAAAACTG
* * *
913 ACCCGGGGCCCCGAAATGCGTTTTTAGCTAAAGAACCATGATGATACACGATTTCAGCTAAAATT
253 AGCCGGGGCCCCGAAATGCGTTTTTAGCCAAA-AACCATGATGATACACGATTTCGGCTAAAATT
*
978 TTGT
317 TTGC
* *
982 AAAAATTGACCCGAAATATTTCTCCTCAATTTTAAGCCACAATACTCAT-AA-A-AT-A-AACGC
1 AAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTT-AGCCAAAATACTCATAAATATATAATAACGC
* *
1042 CAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACACTTTTAATATCGTTTTTCATTTTTTTCAGAATTAATTTCT
65 CAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCATATTTTTCAGAATTAATTTCT
* *
1107 AATTAAATCGAACCAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTGGCTGAAAT
130 AATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTGGCTGAAAT
* * * * *
1172 TCGATTAGATGAATGT-TGATGTATCAAGGAGTCTCGGTG-C-CAAAAATCATGCAAAACTAAGC
195 TTGATTAGATGAATATAT-ATATTTCAAGGAGTCT---TGCCACAAAAATCATGCAAAACTGAGC
* * * * * * *
1234 CGGAGTCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT-TA--ATAT---C-AAAACTTTTG
256 CGGGGCCCCGAAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGATACACGATTTCGGCTAAAA-TTTTG
1292 CC
320 -C
* * * * *
1294 AAAAAAAAAATGATCCGAAAAATTTTTCCATCAATTTTTGGCATAAATACTCATAAGATATATAT
1 ----AAAAATTGACCCGAAATATTTTTCC-TCAATTTTAGCCA-AAATACTCAT-A-A-ATATAT
* *
1359 AATTTAACACCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACAGCTT-TAATATCG-TTTTCATATTTTTCTG
57 AA--TAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACA-CTTCTAATATCGTTTTTCATATTTTTCAG
* * * *
1422 AATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAAAAAAT-TTTAAA-TCTAA
119 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTC-AA
* * ** * * ***
1485 TGTAGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATATCTCAAAGAGTCTTGGTGTCAAAAATCAT-CT
183 TGTGGCTGAAATTTGATTAGATGAATATATATATTTCAAGGAGTCTT-GCCACAAAAATCATGC-
* * * * * *
1549 AAAACTTAGCCGGGGCCCCGGATTGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTATTACCCGATTTA
246 AAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAATGCGTTTTTAGCCAAAAACC---ATGATGA-TACACGATTTC
* * *
1614 AGCTAGATTTTTGC
307 GGCTAAAATTTTGC
* * * *
1628 AAAAATTGACTCGACAGT-TATTTT-CTCATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATT
1 AAAAATTGACCCGA-AATAT-TTTTCCTCAATTTTAGCCAAAATACTCAT---AAATATATAA-T
** * * ** ** *
1691 CAACGCCGCAAAGATTGAAGGATTTTTCATGCTTCTAATATCGTTTTTTTTTTATTTTCCA-AAT
60 -AACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACACTTCTAATATCG--TTTTTCATATTTTTCAGAAT
* * *** *
1755 TAATTTCTAATTAAAT-----CATGATTCCGATGCT--TATTTTACAAATCCTTAAATCCAATGT
122 TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTA-AAAACAAATCCTTAAATTCAATGT
* * * * * * * ** *
1813 GGATGAAATTTGGTTAGATTAATATAGATATTTTAAGAAGTCTCGGCGTCAAAAATCATGCAACA
186 GGCTGAAATTTGATTAGATGAATATATATATTTCAAGGAGTCT-TGCCACAAAAATCATGCAAAA
* * * * * * *
1878 CTGAACCGGGGCCCTGGAATGCGCTTTTATCCAAAATCCGTGATTTCGACTTACGTACACGATTT
250 CTGAGCCGGGGCCCCGAAATGCGTTTTTAGCCAAAAACC---A--T-GA-TGA--TACACGATTT
*
1943 CGGCTAATATTTTGC
306 CGGCTAAAATTTTGC
* * * * *
1958 AAAAATTGATCAGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGTCTAAAATGCTCATAAAATATATATAATTC
1 AAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTAG-CCAAAATACTCAT--AA-ATATATAA-T-
* * * * * *
2023 AACTCCGAAAATATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATATTTCAGAATTAA
60 AACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCATATTTTTCAGAATTAA
* * * * * * *
2088 TTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTTGTAAAAATAAATCCTTAAATGCAATGTGACC
125 TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTGGCT
* *
2153 GAGATTTGATTAGATG--TATATATATTTCAAGGAGTTTTGACGCA-AAAAATCATGCAAAACTG
190 GAAATTTGATTAGATGAATATATATATTTCAAGGAGTCTTG-C-CACAAAAATCATGCAAAACTG
* * * * * *
2215 AACCGGAGCCCCGAAATGCATATTTAG-CAAAAACCCGTGATGGTTAGTCTACGATTTCGGCTAA
253 AGCCGGGGCCCCGAAATGCGTTTTTAGCCAAAAA-CCATGAT-GATA--C-ACGATTTCGGCTAA
2279 AATTTTGC
313 AATTTTGC
** * * *
2287 -AAAATATGACCATAATTATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATATATATAATT
1 AAAAAT-TGACCCGAAATATTTTTCCTCAA-TTTTAGCCAAAATACTCAT--AA-ATATATAA--
* * * * *
2351 TAACGCCTAAAAGATTGGAGGACTTTTCAGACTTTTCATATCGTTTTTCAAATTTTTCTA-AATT
59 TAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCATATTTTTC-AGAATT
* * * * *
2415 AATTTCTAATTATATCGAAACAAGATTTAGATGTTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTAG
123 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTGG
* * ** * *
2480 TTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATATCTT-AAGTAGTCTTATCGC-CAAAAATCATGCAAAA
188 CTGAAATTTGATTAGATGAATATATATAT-TTCAAGGAGTCTT-GC-CACAAAAATCATGCAAAA
******* * * ** * *
2543 CTGTGATGATAATAATTACCCG-ATTTCGGCTAAAATTTT-G-C-AAAA-TTTGATCGGAAAGA-
250 C--TGA-G---CCGGGGCCCCGAAATGC-G-T----TTTTAGCCAAAAACCATGAT--GATACAC
* * *
2602 TATTTC--CTCAATTTTTGGC
301 GATTTCGGCTAAAATTTT-GC
* ** * * * *
2621 AAAAA-T-ACTCATGAAA-AAATAT-AT-AA--TT---C---A-ACGC-TAAA-A-A-AAT--TG
1 AAAAATTGAC-C-CGAAATATTTTTCCTCAATTTTAGCCAAAATACTCATAAATATATAATAACG
* ** * * *** * * * * *
2666 ---TAGGGTTTTTGTTAACTTTTTTACGCTTCTAATATCATTTTTTC-TAATTTTTCTGAATTGA
64 CCAAAAAG-ATTGGAGGAC-TTTTCACACTTCTAATATC-GTTTTTCAT-ATTTTTCAGAATTAA
* * * * * * * *
2727 TTTTTAATTAAATCGAAATAAGATTTATATGTTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCAATGTGACT
125 TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTGGCT
* * * * * * *
2792 GAGATTTGATTAGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTCTTGGCGCTAAAAATTATGCAATACTGA
190 GAAATTTGATTAGATGAATATATATATTTCAAGGAGTCTTGCCAC-AAAAATCATGCAAAACTGA
* * ** * * * * *
2857 CCCGAGGTGCCGGAATGCATTTTTTGCAAAAACAAAAAAAACCCATAAT-ATTACACGATTTAGG
254 GCCGGGGCCCCGAAATGCGTTTTTAGC-----C---AAAAA-CCATGATGA-TACACGATTTCGG
* *
2921 CTAATATTTTGT
309 CTAAAATTTTGC
* *
2933 AAAAAATGACCCGAAATATTTTTCTTCAATTTTTAG-CAACAATACTCATAAAAAATATATAATT
1 AAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAA-TTTTAGCCAA-AATACTCAT---AAATATATAA-T
** * * *
2997 CAACGCCAAAAAGATTCAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATT
60 -AACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCATA-TTTTTCAGAATT
* * * *
3062 AATTTCTAATTAAAACGAAACATGATTCAGATGCTTGT---AA-AAA----T-AA-T-GA--T--
123 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTGG
* * * * * * *
3112 -TGAGATTTGGTTTA-ATGGATATAGATATTTCAAGCAGTCTCGGCGC-CAAAAATCATTCAAAA
188 CTGAAATTT-GATTAGATGAATATATATATTTCAAGGAGTCT-TGC-CACAAAAATCATGCAAAA
* * * * * * * *
3174 -TGAACC-GGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGATGATAATTACACAATTTTGGCT
250 CTGAGCCGGGGCCCCGAAATGCGTTTTTAGCCAAAAACC---ATGATGA-TACACGATTTCGGCT
3237 AAAATTTTGC
311 AAAATTTTGC
* * * **
3247 AAAATTTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTAGCCATGATACTCATAAAAATTATATAATTA
1 AAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAA-TTTTAGCCAAAATACTCAT--AAA-TATATAA-TA
* * ** * * * **
3312 CTCGCCAAAAATATT-GAAAAGCTTTTTGACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTTGAATT
61 -ACGCCAAAAAGATTGGAGGA-C-TTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCATATTTTTCAGAATT
* * *
3376 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATGCAATCTGG
123 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTGG
* * * * * ** *
3441 CT-AAGATTTTATTAGATGAATACAGAT-TCTTTAAGGAGTGTCAACGC-CAAAACTCATGCAAA
188 CTGAA-ATTTGATTAGATGAATATATATAT-TTCAAGGAGTCT-TGC-CACAAAAATCATGCAAA
* * * * * * ** *
3503 ACTGAGCTGGTGCCCCGAAACGTGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTATACGATTTTTGT
249 ACTGAGCCGGGGCCCCGAAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGAT-G--A-TACACGATTTCGGC
*
3568 TATAATTTTGC
310 TAAAATTTTGC
* * * * * * *
3579 AAAAAATGACTCGAAAAATTTTTGCTTAATTTTTG-GATGAAATACTCATAAAAGATATATAATT
1 AAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTAGCCA--AAATACTCAT--AA-ATATATAA--
* ** * * *
3643 TAACAG-TAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGTTTTTAATATCGCTTTTCATA-TTTTCCGAATT
59 TAAC-GCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCATATTTTTCAGAATT
** * * * *
3706 AATTTCTAATTAAATTTAAACAAAATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGG
123 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTGG
* * * * * * * *
3771 CTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATCTCAAGGATTCTTGGCGCTAAATATCATGAAAAACT
188 CTGAAATTTGATTAGATGAATATATATATTTCAAGGAGTCTTGCCAC-AAAAATCATGCAAAACT
* * * * * ** *
3836 GAGTCGGGG-CCCAAAACGCTTTTTTATCCAAAAACTGTGATGGTTATTACACGATTTCGGGTAA
252 GAGCCGGGGCCCCGAAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGAT-G--A-TACACGATTTCGGCTAA
*
3900 AATTTTGT
313 AATTTTGC
* * * *
3908 TAAAATTGAGCCGAAAGATGTTTCCTCAATTTT
1 AAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTT
3941 GGATAAAATA
Statistics
Matches: 2800, Mismatches: 561, Indels: 496
0.73 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
299 4 0.00
300 1 0.00
303 1 0.00
304 4 0.00
305 3 0.00
306 1 0.00
307 2 0.00
308 9 0.00
309 18 0.01
310 135 0.05
311 15 0.01
312 14 0.00
313 31 0.01
314 161 0.06
315 36 0.01
316 89 0.03
317 93 0.03
318 167 0.06
319 99 0.04
320 35 0.01
321 54 0.02
322 10 0.00
323 12 0.00
324 11 0.00
325 202 0.07
326 69 0.02
327 45 0.02
328 70 0.03
329 330 0.12
330 317 0.11
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339 5 0.00
340 4 0.00
341 2 0.00
342 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (320 bp):
AAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTAGCCAAAATACTCATAAATATATAATAACGCC
AAAAAGATTGGAGGACTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCATATTTTTCAGAATTAATTTCTA
ATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTGGCTGAAATT
TGATTAGATGAATATATATATTTCAAGGAGTCTTGCCACAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGG
CCCCGAAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
Found at i:2309 original size:329 final size:326
Alignment explanation
Indices: 771--5474 Score: 2361
Period size: 329 Copynumber: 14.3 Consensus size: 326
761 TTTCTTTTCT
* * * * *
771 TTTTTCA-ATTTAATTTCTAATTAAATTGAAACATGATTCATATGCTCGTAAAAACAAACCCTTA
1 TTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
** * * * * * *
835 AATCCAATGTGGTTAAGATTTGGTTAGATGAATAT-ATATTTTTCAAGGACTGTTGCCACAAAAA
66 AATCCAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATATGATA--TTTCAAGGAGTCTTGGCGC-AAAA
* * * *
899 ATTATGCAAAACTGACCCGGGGCCCCGAAATGCGTTTTTAGCTAAAGAACCATGAT-GATA-C-A
128 ATCATGCAAAACTGAACCGGGGCCCCGAAATGCGTTTTTAGC-AAA-AACCGTGATGGTTATCTA
* * * * *
961 CGATTTCAGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAATATTTCTCCTCAATTTTAAGCCACAATA
191 CGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCAGAAATATTTTTCCTCAATTTT-TGCCAAAATA
*
1026 CTCAT---A-A-A-AT-A---AACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACACTTTTAATATCGTT
255 CTCATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTT
*
1081 TTTCATT
320 TTTCATA
* *
1088 TTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
1 TTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
* * * * * * * * *
1153 AATTCAATGTGGCTGAAATTCGATTAGATGAATGTTGATGTATCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAA
66 AATCCAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAAT-ATGATATTTCAAGGAGTCTTGGCG-CAAAAA
* * * *
1218 TCATGCAAAACT-AAGCCGGAGTCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATATC
129 TCATGCAAAACTGAA-CCGGGGCCCCGAAATGCGTTTTTAG-CAAAAACCGTGATGGTT-ATCT-
** * * * * *
1282 AAAACTTT-TGCCAAAA------AAAAAATGATCC-GAAAAATTTTTCCATCAATTTTTGGCATA
190 ACGA-TTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CCAGAAATATTTTTCC-TCAATTTTTGCCA-A
* * *
1339 AATACTCATAAGATATATATAATTTAACACCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACAGC-TTTAATA
251 AATACTCATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCAC-GCTTTTAATA
1403 TCG-TTTTCATA
315 TCGTTTTTCATA
* * * * *
1414 TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAAAAAAT-TTTA
1 TTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
* * * *
1478 AATCTAATGT-AGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATATCTCAAAGAGTCTTGGTGTCAAAA
66 AATCCAATGTGA-CTGAGATTTGATTAGATGAATAT-GATATTTCAAGGAGTCTTGGCG-CAAAA
* * * * *
1542 ATCAT-CTAAAACTTAGCCGGGGCCCCGGATTGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTAT-TA
128 ATCATGC-AAAACTGAACCGGGGCCCCGAAATGCGTTTTTAG-CAAAAACCGTGATGGTTATCTA
* * * *
1605 CCCGATTTAAGCTAGATTTTTGCAAAAATTGACTC-GACAGT-TATTTT-CTC-ATTTTTAGCCA
191 --CGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAC-CAGA-AATAT-TTTTCCTCAATTTTT-GCCA
* * ** * * * *
1666 CAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCGCAAAGATTGAAGGATTTTTCATGCTTCTAATA
250 AAATACTCATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATA
**
1731 TCGTTTTTTTTTTA
315 TCG--TTTTTCATA
* * * ***
1745 TTTTCCA-AATTAATTTCTAATTAAAT-----CATGATTCCGATGCT--TATTTTACAAATCCTT
1 TTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTA-AAAACAAATCCTT
* * * * * *
1802 AAATCCAATGTGGA-TGAAATTTGGTTAGATTAATATAGATATTTTAAGAAGTCTCGGCGTCAAA
65 AAATCCAATGT-GACTGAGATTTGATTAGATGAATAT-GATATTTCAAGGAGTCTTGGCG-CAAA
* * * * * * *
1866 AATCATGCAACACTGAACCGGGGCCCTGGAATGCGCTTTTATCCAAAATCCGTGATTTCGACTTA
127 AATCATGCAAAACTGAACCGGGGCCCCGAAATGCGTTTTTA-GCAAAAACCGTGA--T-G-GTTA
* * *
1931 -CGTACACGATTTCGGCTAATATTTTGCAAAAATTGATCAGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGTC
187 TC-T--ACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCAGAAATATTTTTCCTCAATTTTTG-C
* * * * *
1995 TAAAATGCTCATAAAATATATATAATTCAACTCCGAAAATATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAA
248 CAAAATACTCATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAA
2060 TATCGTTTTTCATA
313 TATCGTTTTTCATA
* * * * *
2074 TATTTCAGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTTGTAAAAATAAATCCTTA
1 TTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
* * * * *
2139 AATGCAATGTGACCGAGATTTGATTAGATGTATAT-ATATTTCAAGGAGTTTTGACGCAAAAAAT
66 AATCCAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATATGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGC-AAAAAT
* * *
2203 CATGCAAAACTGAACCGGAGCCCCGAAATGCATATTTAGCAAAAACCCGTGATGGTTAGTCTACG
130 CATGCAAAACTGAACCGGGGCCCCGAAATGCGTTTTTAGCAAAAA-CCGTGATGGTTA-TCTACG
* * * *
2268 ATTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAATATGACCATAATTATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATAC
193 ATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAAT-TGACCAGAAATATTTTTCCTCAATTTTT-GCCAAAATAC
* * * *
2332 TCATGAAATATATATAATTTAACGCCTAAAAGATTGGAGGACTTTTCA-GACTTTTCATATCGTT
256 TCATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACG-CTTTTAATATCGTT
*
2396 TTTCAAA
320 TTTCATA
* * *
2403 TTTTTCTA-AATTAATTTCTAATTATATCGAAACAAGATTTAGATGTTCGTAAAAACAAATCCTT
1 TTTTTC-AGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
* * * **
2467 AAATGCAATGT-AGTTGAGATTTGATTAGATGAATATGGATATCTT-AAGTAGTCTTATCGCCAA
65 AAATCCAATGTGA-CTGAGATTTGATTAGATGAATAT-GATAT-TTCAAGGAGTCTTGGCG-CAA
* ** ***** ** * ** * *** ***
2530 AAATCATGCAAAACTG---TGATGATAATAATTACCCGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAATTTG
126 AAATCATGCAAAACTGAACCGGGGCCCCGAA--ATGCGTTTTTAGCAAAAACCGTG--ATGGTT-
* * * * ** * *
2592 ATCGGAAAGATATTTC--CTCAATTTTTGGCAAAAA-T-ACTCATGAAA-AAATAT-AT-AA---
186 ATC--TACG--ATTTCAGCTAAAATTTT-GCAAAAATTGAC-CA-GAAATATTTTTCCTCAATTT
* ******* *
2647 TT--C---A-ACGC-TAAAA-A-A-AT--TGT--A-GGGTTTTTG-TT--A--ACTTTTTTACGC
244 TTGCCAAAATACTCATAAAATATATATAAT-TCAACGCCAAAAAGATTGGAGGAC-TTTTCACGC
* *
2692 TTCTAATATCATTTTTTC-TAA
307 TTTTAATATC-GTTTTTCAT-A
* * * * * * * *
2713 TTTTTCTGAATTGATTTTTAATTAAATCGAAATAAGATTTATATGTTCGTAAAAAAAAATCCTTA
1 TTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
*
2778 AATCCAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTCTTGGCGCTAAAAA
66 AATCCAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATAT-GATATTTCAAGGAGTCTTGGCGC-AAAAA
* * * * ** * * * * * *
2843 TTATGCAATACTGACCCGAGGTGCCGGAATGCATTTTTTGCAAAAACAAAAAAAACCCATAAT-A
129 TCATGCAAAACTGAACCGGGGCCCCGAAATGC-GTTTTT-----AGC---AAAAA-CCGTGATGG
* * * * *
2907 TTA-C-ACGATTT-AGGCTAATATTTTGTAAAAAATGACCCGAAATATTTTTCTTCAATTTTTAG
184 TTATCTACGATTTCA-GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCAGAAATATTTTTCCTCAATTTTT-G
* ** * *
2969 -CAACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTCAAGGGCTTTTCACGCTTCT
247 CCAA-AATACTCATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTT
3033 AATATCGTTTTTCATA
311 AATATCGTTTTTCATA
* * * *
3049 TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAAACGAAACATGATTCAGATGCTTGT-------AA-----
1 -TTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
* * * * *
3102 AAAT--AA--TGATTGAGATTTGGTTTA-ATGGATATAGATATTTCAAGCAGTCTCGGCGCCAAA
65 AAATCCAATGTGACTGAGATTT-GATTAGATGAATAT-GATATTTCAAGGAGTCTTGGCG-CAAA
* * * * * *
3162 AATCATTCAAAA-TGAACC-GGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGATGATAAT-TA
127 AATCATGCAAAACTGAACCGGGGCCCCGAAATGCGTTTTTAG-CAAAAACCGTGATGGTTATCT-
* ** * * * * **
3224 CACAATTTTGGCTAAAATTTTGCAAAATTTGACCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTAGCCATGA
190 -ACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCAGAAATATTTTTCCTCAATTTTT-GCCAAAA
* * ** *
3289 TACTCATAAAA-ATTATATAATT-ACTCGCCAAAAATATT-GAAAAGCTTTTTGACGCTTTTAAT
253 TACTCATAAAATA-TATATAATTCA-ACGCCAAAAAGATTGGAGGA-C-TTTTCACGCTTTTAAT
3351 ATCGTTTTTCATA
314 ATCGTTTTTCATA
** *
3364 TTTTTTTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTA
1 TTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
* * * * * * * * ***
3429 AATGCAATCTGGCTAAGATTTTATTAGATGAATACAGAT-TCTTTAAGGAGTGTCAACGCCAAAA
66 AATCCAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATA-TGATAT-TTCAAGGAGTCTTGGCG-CAAAA
* * * * * * *
3493 CTCATGCAAAACTGAGCTGGTGCCCCGAAACGTGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTATA
128 ATCATGCAAAACTGAACCGGGGCCCCGAAATGCGTTTTTAG-CAAAAACCGTGATGGTTA-TCTA
** * * * * * * *
3558 CGATTTTTGTTATAATTTTGCAAAAAATGACTC-GAAAAATTTTTGCTTAATTTTTG-GATGAAA
191 CGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAC-CAGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGCCA--AAA
* * * *
3621 TACTCATAAAAGATATATAATTTAACAG-TAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGTTTTTAATATC
253 TACTCATAAAATATATATAATTCAAC-GCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATC
*
3685 GCTTTTCATA
317 GTTTTTCATA
* ** * * *
3695 -TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATTTAAACAAAATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATTCTTA
1 TTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
* * * *
3759 AATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATCTCAAGGATTCTTGGCGCTAAATA
66 AATCCAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATAT-GATATTTCAAGGAGTCTTGGCGC-AAAAA
* ** * * * * *
3824 TCATGAAAAACTGAGTCGGGG-CCCAAAACGCTTTTTTATCCAAAAACTGTGATGGTTAT-TACA
129 TCATGCAAAACTGAACCGGGGCCCCGAAATGCGTTTTTA-GCAAAAACCGTGATGGTTATCT--A
* * ** * * * **
3887 CGATTTCGGGTAAAATTTTGTTAAAATTGAGCC-GAAAGATGTTTCCTCAATTTTGGATAAAATA
191 CGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CCAGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGCCAAAATA
* * * * *
3951 CGCAAAAAATTACCTGAAATATTTTTCCTCAATTTTTAGCAACAATACTCATAAAA-AAT--A-T
255 CTCATAAAA-TA--T---ATA-------T-AA---TT--CAAC---GC-CA-AAAAGATTGGAGG
** * * **** * *
4012 ACAATACAACACCAAAAAAATTGACGGCTTTTCACGCTTCTAATA
296 ACTTTTC-ACGCTTTTAATA-T--C-GTTTTT-------C--ATA
* * * * *
4057 CCGTTTTTCATATTTTATTCCGAATTAATTTTTAATTAAAACGAAACATGATTCGGATGCTTGT-
1 ---TTTTTC-------A----GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTA
* * *
4121 ------AA-----AAA--CAATG-G-CTGGGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGCAGT
52 AAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATAT-GATATTTCAAGGAGT
* * * *
4171 -TTCGGCACCAAAAATCATTCAAAA-TGAACC-GGG-CCCAAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACC
116 CTT-GGC-GCAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGGGCCCCGA-AATGCGTTTTTAG-CAAAAACC
* * * * * *
4232 GTGATGATAAT-TACATGATTTC-GACTAAAATTTTGCAATAATTGACCCGAAAGATATTTCCTC
177 GTGATGGTTATCTAC--GATTTCAG-CTAAAATTTTGCAAAAATTGACCAGAAATATTTTTCCTC
* * * **
4295 AATTTTTAGCCATAATACTCATAAAA-AAATATAATT-AATCGCCAAAAATATT-GAAAAGCTTT
239 AATTTTT-GCCAAAATACTCATAAAATATATATAATTCAA-CGCCAAAAAGATTGGAGGA-C-TT
*
4357 TTGACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA
300 TTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA
** * * * *
4384 TTCTTTTTGAATGAATTTCAAATTAAATCAAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTT
1 TT-TTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
* * * * * * * **
4449 AAATGCAATGTGGCTAAGATTTTATTAGATAAATATAGATATTTTAAGGAGTGTCAGCGCAAAAA
65 AAATCCAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATAT-GATATTTCAAGGAGTCTTGGCGC-AAAA
* * * * * * *
4514 ATCATGCAAAACTGAGCTGGTGCCCTGAAACGTGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGGTAGTAC-
128 ATCATGCAAAACTGAACCGGGGCCCCGAAATGCGTTTTTAG-CAAAAACCGTGATGGTTA-T-CT
** * * *** * ** * *
4578 ACGATTTTGGTTAGAATTTTGCAAAAAAAAAAAACTCCCA-AAAAAAGTTTCCTTAATTTTTGGA
190 ACGATTTCAGCTAAAATTTTGC---AAAAATTGA---CCAGAAATATTTTTCCTCAATTTTT-GC
* * * * ***
4642 TAAAATATTCAT-AAA-ATATATAATTTAACGGCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCATATTTTTAA
248 CAAAATACTCATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAA
*
4705 TATCGTTTTTCATG
313 TATCGTTTTTCATA
* ** * *
4719 TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATTTAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATTCTTA
1 TTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
* * *
4784 AATCCAATGTGGCTGAGATTTAATTAGATGAATATAGATATCTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAA
66 AATCCAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATAT-GATATTTCAAGGAGTCTTGGCG-CAAAAA
* * * * * *
4849 TCATGAAAAACTGAGCCGGGGCCCC-AGAACGC-TTCTTTATCAAAAAACTGTGATGGTT-TTTA
129 TCATGCAAAACTGAACCGGGGCCCCGA-AATGCGTT-TTTAGC-AAAAACCGTGATGGTTATCT-
* * * ** * * * * *
4911 CACGATCTCGGTTAAAATTTTGTTAAAATTGAACAGAAAGATATTTCCTCAAATTTTGCATAAAA
190 -ACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCAGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGC-CAAAA
* * * * * *
4976 TACTCATAAAAAATATATAAATCAACGTCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTGACG-TTTCTAATATC
253 TACTCATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTT-TAATATC
*
5040 GTTTTTCCTA
317 GTTTTTCATA
* *
5050 TTTTTTCCAAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAGAAATCCT
1 -TTTTT-CAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCT
* ** * * * * *
5115 TAAATTCAATGTGGGTGAGATTTGATCAGATGAATATAGATATTTCAAGTACTCTCGGAGCCAAA
64 TAAATCCAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATAT-GATATTTCAAGGAGTCTTGGCG-CAAA
* ** * * * * *
5180 AATCATGCAAAATTGAGTCGGGTG-CCTGGAACGCGTTTTTAGCTAAAAACTGCGATTGTTTGTT
127 AATCATGCAAAACTGAACCGGG-GCCCCGAAATGCGTTTTTAGC-AAAAAC--CG--TGATGGTT
* * * * *
5244 AGTATACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CACGAAGTATTTCTCCTGAATTTTTGGC
186 A-TCTACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCA-GAAATATTTTTCCTCAATTTTT-GC
* * * * *
5308 TAAAATACTCATAAAA-ATATATAATTTAACGTCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTTACGCTTTTAA
248 CAAAATACTCATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAA
* *
5372 TATCGTATTTCTTATT
313 TATCGT-TTT-TCATA
* * * * *
5388 TTTTTCTA-AATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTTGCAAAAACAAATTCTT
1 TTTTTC-AGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
5452 AAATCCAATGTTG-CTGAGATTTG
65 AAATCCAATG-TGACTGAGATTTG
5475 TCATTTGGTT
Statistics
Matches: 3375, Mismatches: 671, Indels: 663
0.72 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
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309 17 0.01
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354 3 0.00
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370 2 0.00
377 36 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (326 bp):
TTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
AATCCAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATATGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCAAAAATC
ATGCAAAACTGAACCGGGGCCCCGAAATGCGTTTTTAGCAAAAACCGTGATGGTTATCTACGATT
TCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCAGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGCCAAAATACTCATA
AAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCAT
A
Found at i:5137 original size:333 final size:331
Alignment explanation
Indices: 4129--5473 Score: 1315
Period size: 334 Copynumber: 4.0 Consensus size: 331
4119 GTAAAAACAA
* ** * * * *
4129 TGGCTGGGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGCAGTTTCGGCACCAAAAATCATTCAAA
1 TGGCTGAGATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAA
* * * * *
4194 A-TGAACC-GGGCCCAAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATAATTACATGATTTCGAC
66 ACTGAGCCGGGGCCC-AGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGC
* * *
4257 TAAAATTTTGCAATAATTGACCCGAAAGATA-TTTCCTCAATTTTTAGCCAT--AATACTCATAA
130 TAAAATTTTG-AAAAATTGAACAGAAAGATAGTTTCCTCAATTTTTAG-CATAAAATACTCATAA
* * * ** *
4319 AAAAATAT-AATTAATCGCCAAAAATATTGAAAAGCTTTTTGACGCTTTTAATATCGTTTTTCAT
193 AAATATATAAATTAA-CGTCAAAAAGATTGAAGGGC-TTTTGACGCTTTTAATATCGTTTTTCCT
* * * *
4383 ATTCTTTT-TGAATGAATTTCAAATTAAATCAAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTC
256 ATT-TTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTC
*
4447 TTAAATGCAATG
320 TTAAATCCAATG
* * * * * * *
4459 TGGCTAAGATTTTATTAGATAAATATAGATATTTTAAGGAGTGTCAGCGCAAAAAATCATGCAAA
1 TGGCTGAGATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAA
* * * * * * * *
4524 ACTGAGCTGGTGCCCTGAAACGTGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGGTAGTACACGATTTTGGT
66 ACTGAGCCGGGGCCCAG-AACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGC
* *** ** * * * * *
4589 TAGAATTTTGCAAAAAAAAAAAACTCCCAAAAAAAGTTTCCTTAATTTTT-GGATAAAATATTCA
130 TAAAATTTTG---AAAAATTGAA--CAGAAAGATAGTTTCCTCAATTTTTAGCATAAAATACTCA
* * * * * ***
4653 T-AAAATATATAATTTAACGGCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCATATTTTTAATATCGTTTTT-C
190 TAAAAATATATAAATTAACGTCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTGACGCTTTTAATATCGTTTTTCC
* ** *
4716 -ATGTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATTTAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATT
255 TAT-TTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATT
4780 CTTAAATCCAATG
319 CTTAAATCCAATG
* * *
4793 TGGCTGAGATTTAATTAGATGAATATAGATATCTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGAAAA
1 TGGCTGAGATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAA
* * * * *
4858 ACTGAGCCGGGGCCCCAGAACGC-TTCTTTATCAAAAAACTGTGATGGTTTTTACACGATCTCGG
66 ACTGAGCCGGGG-CCCAGAACGCGTT-TTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGG
* * *
4922 TTAAAATTTTGTTAAAATTGAACAGAAAGATA-TTTCCTCAAATTTT-GCATAAAATACTCATAA
129 CTAAAATTTTG-AAAAATTGAACAGAAAGATAGTTTCCTCAATTTTTAGCATAAAATACTCAT-A
*
4985 AAAATATATAAATCAACGTCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTGACG-TTTCTAATATCGTTTTTCCT
192 AAAATATATAAATTAACGTCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTGACGCTTT-TAATATCGTTTTTCCT
* * *
5049 ATTTTTTCCAAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAGAAATCC
256 ATTTTTT-CTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTC
*
5114 TTAAATTCAATG
320 TTAAATCCAATG
* * * * * *
5126 TGGGTGAGATTTGATCAGATGAATATAGATATTTCAAGTACTCTCGGAGCCAAAAATCATGCAAA
1 TGGCTGAGATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAA
* * ** * * * * *
5191 ATTGAGTCGGGTGCCTGGAACGCGTTTTTAGCTAAAAACTGCGATTGTTTGTTAGTATACGATTT
66 ACTGAGCCGGG-GCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC--CG--TGATGGTTATTACACGATTT
** * * *
5256 TAGCTAAAATTTTGCAAAAATTG-ACACG-AAG-TATTTCTCCTGAATTTTTGGC-TAAAATACT
126 CGGCTAAAATTTTG-AAAAATTGAACA-GAAAGATAGTT-TCCTCAATTTTTAGCATAAAATACT
* * * *
5317 CATAAAAATATATAATTTAACGTCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTTACGCTTTTAATATCGTATTT
188 CATAAAAATATATAAATTAACGTCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTGACGCTTTTAATATCGTTTTT
* * * * *
5382 CTTATTTTTTTCTAAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTTGCAAAAACAAA
253 CCTA-TTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAA
5447 TTCTTAAATCCAATG
317 TTCTTAAATCCAATG
*
5462 TTGCTGAGATTT
1 TGGCTGAGATTT
5474 GTCATTTGGT
Statistics
Matches: 828, Mismatches: 154, Indels: 60
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
329 25 0.03
330 63 0.08
331 54 0.07
332 64 0.08
333 155 0.19
334 180 0.22
335 30 0.04
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337 90 0.11
338 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (331 bp):
TGGCTGAGATTTAATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAA
ACTGAGCCGGGGCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCT
AAAATTTTGAAAAATTGAACAGAAAGATAGTTTCCTCAATTTTTAGCATAAAATACTCATAAAAA
TATATAAATTAACGTCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTGACGCTTTTAATATCGTTTTTCCTATTTT
TTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAAT
CCAATG
Done.