Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01009551.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig09583, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2486
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.14, T:0.35
Found at i:1911 original size:809 final size:807
Alignment explanation
Indices: 288--2212 Score: 2742
Period size: 809 Copynumber: 2.4 Consensus size: 807
278 GGGCGTGACA
*
288 CTACCTCTCATGGAACCTACTGAGAAGTCTGCATCTATAGACCCATCCTATTAAACATACAAA--
1 CTACCCCTCATGGAACCTACTGAGAAGTCTGCATCTATAGACCCATCCTATTAAACATACAAATC
* *
351 -GCAGGCAATTAATGTACAATTTGATAAGTCAGCA-GCTACTGACCCATCATATTAAACATATAA
66 TGCAGCCAATTAATGTACAATTTGATAAGTCAGCATG-TACTGACCCATCATATCAAACATATAA
* * * * *
414 ATCTGCCCTTAAGTGTATGTACATAAGTCTGCAATGAAGTGAAATTTAACGTGGAAAATTATTAA
130 ATCTGCCCCTAAGTGTACGTACATAAGTCTGCAACGAAATGAAATTCAACGTGGAAAATTATTAA
* *
479 AAGTGCATTATTGAACCACCTATATATACGAATACGTGATTGTAGACATCTTTGTCTTAAATTTT
195 AGGTGCATTATTGAACCACCTATATATAAGAATACGTGATTGTAGACATCTTTGTCTTAAATTTT
* *
544 G-TTTCTTGTTAATAAGTAATACAACTATCAAATATCTATTAGGCTCAT-A-A--T-G--ATTTT
260 GTTTTCTTGTTAATAAGTAATACAACTAACAAATATCTATTTGGCTCATAATATTTGGTCATTTT
* * ** *
601 TTTTTTTAATTCATAATGATTCATTAGTGTTAACATCACGTGCAGAATTTAAGAAAAAAAATATA
325 TTTTTTGAATTCATAATAATTCATTAGTAATAACATCACGTACAGAATTTAAGAAAAAAAATATA
** * *
666 AAGATCGATAATGGTGTGTGACAGAATAGTTGTTGTCGTGTCAATAAATACTATAAATACCAAGT
390 AAGATCGATAATGGCATGTGACAGAAAAGTTGTTGTCGTGTCAATAAATACAATAAATACCAAGT
* * * *
731 TGAGCCACCTATATATATATGCTTTTAAGGTATTTTGTCTTAAATTTTGGTAAAGTACTACAACT
455 TGAGCCACC-ATATATATACGCTTTTAAGGCATGTTGTCTAAAATTTTGGTAAAGTACTACAACT
* *
796 AACTAGTATTACAACCACCAAATATCCATAAGGGTTATAATGATTCATCAGTATTAACATCACAT
519 AACTAGTACTACAACCAACAAATATCCATAAGGGTTATAATGATTCATCAGTATTAACATCACAT
* * * *
861 GTAGAGAAATTATGGTGAAAATGTAGAGATCGATAATGACGTCTAGCAAAAAACTTTGAACATCT
584 GCAAAGAAATTATGGAGAAAATGTAGAGATCGATAATGACGTCTAACAAAAAACTTTGAACATCT
* *
926 TTGGACCACCTTTATAATAATGCTACTTGCTCCGCCTAATTTTATTAGCTAATATCTCATCTAAC
649 TTGGACCACCTTTATAATAATGCTACTTGCTCCGACTAATTTTATTAGCTAATATCTCATCGAAC
* *
991 GTGTCATTAGAAAAGTTACAATAATTTCTAAACACATATTCAATATTATCATTGAATCAAGGAGT
714 GTGTCATTAGAAAAGTTACAATAATTTCTAAACACATATCCAATAATATCATTGAATCAAGGAGT
*
1056 TGACCAGTAAACTCTCCTTATTTATAAAT
779 TGACCAGTAAACTCTCATTATTTATAAAT
*
1085 CTACCCCTCAAGGAACCTACTGAGAAGTCTGCATCTATAGACCCATCCTATTAAACATACAAATC
1 CTACCCCTCATGGAACCTACTGAGAAGTCTGCATCTATAGACCCATCCTATTAAACATACAAATC
* *
1150 TGCCAGCCAATTAATGTACAATTGGATAATTCAGCATGTACTGACCCATCATATCAAACATATAA
66 TG-CAGCCAATTAATGTACAATTTGATAAGTCAGCATGTACTGACCCATCATATCAAACATATAA
*
1215 ATCTGCCCCTAAATGTACGTACATAAGTCTGCAACGAAATGAAATTCAACGTGGAAAATTATTAA
130 ATCTGCCCCTAAGTGTACGTACATAAGTCTGCAACGAAATGAAATTCAACGTGGAAAATTATTAA
* * *
1280 AGGTGCTTTATTGAACCACCTATATATAAGAATACGTGATTGTTGACATGTTTGTCTTAAATTTT
195 AGGTGCATTATTGAACCACCTATATATAAGAATACGTGATTGTAGACATCTTTGTCTTAAATTTT
* *
1345 GTTTTCTTGTTAATAAATAATACAACTAACAAATATCTATTTTGCTCATAATATTTGGCTCATTA
260 GTTTTCTTGTTAATAAGTAATACAACTAACAAATATCTATTTGGCTCATAATATTTGG-TCATT-
*
1410 TTTTTTTTGGAATTCATAATAATTCATTAGTAATAACAT-ACGTACA-TATATTAAG-AAAAAAA
323 TTTTTTTT-GAATTCATAATAATTCATTAGTAATAACATCACGTACAGAAT-TTAAGAAAAAAAA
* *
1472 TATAAAGATCGATAATGGCATGTGATAGAAAAGTTGTTGTCGTGTCAATAAATACAATAACTACC
386 TATAAAGATCGATAATGGCATGTGACAGAAAAGTTGTTGTCGTGTCAATAAATACAATAAATACC
* * * * * *
1537 AAGTTGGGCCACC-TATATGTACGTTTTTTATGCATGTTGTCTAAAATTTTGTTATAAGTACTAC
451 AAGTTGAGCCACCATATATATACGCTTTTAAGGCATGTTGTCTAAAATTTTGGTA-AAGTACTAC
* * *
1601 AACTAACTAGTACTACAACGAACAAATATCCATAAGGGTTATAATGTTTCATCAGTATTAATATC
515 AACTAACTAGTACTACAACCAACAAATATCCATAAGGGTTATAATGATTCATCAGTATTAACATC
* * * * *
1666 ACATGCAAAGAAATTATGGAGAAATTGTAGAGATTGATAATGACGTGTAACAAAAAATTTTGTAC
580 ACATGCAAAGAAATTATGGAGAAAATGTAGAGATCGATAATGACGTCTAACAAAAAACTTTGAAC
* * *
1731 ATCTTTGGACCTCCTTTGTAATAATGCTACTTGCTCCGACTAATTTTATTAGCTAATATCTCGT-
645 ATCTTTGGACCACCTTTATAATAATGCTACTTGCTCCGACTAATTTTATTAGCTAATATCTCATC
* * *
1795 GAGGCGTGTCATTAGAAAAGTTGCGATAATTTCTAAACACATATCCAATAATATCATTGAATCAA
710 GA-ACGTGTCATTAGAAAAGTTACAATAATTTCTAAACACATATCCAATAATATCATTGAATCAA
* * *
1860 GGTGTTGCCCTGTAAACTCTCATTATTTATAAAT
774 GGAGTTGACCAGTAAACTCTCATTATTTATAAAT
* * * *
1894 CTACCCCTCATGGAACCTACTTAGATGTCTGCATGTATAGACCCATCCTATTAAACATGCAAATC
1 CTACCCCTCATGGAACCTACTGAGAAGTCTGCATCTATAGACCCATCCTATTAAACATACAAATC
* * * * * * *
1959 T--A-CCAATTGATGTACAATTTAATAAGTCAACTTGTACTAAACCATTATATCAAACATATAAA
66 TGCAGCCAATTAATGTACAATTTGATAAGTCAGCATGTACTGACCCATCATATCAAACATATAAA
* * *
2021 TCTGCCCCTAAGTGTACATACATAAGACTGCAACGAAATGAAACTCAACGTGGAAAATTATTAAA
131 TCTGCCCCTAAGTGTACGTACATAAGTCTGCAACGAAATGAAATTCAACGTGGAAAATTATTAAA
* * * **
2086 GGTGCATTACTGAACCACCTATATATTCA-AATACATGATTGGGGACATCTTTGTC-TATAATTT
196 GGTGCATTATTGAACCACCTATATA-TAAGAATACGTGATTGTAGACATCTTTGTCTTA-AATTT
* * * *
2149 TGTTTTCTTATTAATAAGTTATACAACTACCAAATATCTATTTGGCTAATAATATTTGGGTCAT
259 TGTTTTCTTGTTAATAAGTAATACAACTAACAAATATCTATTTGGCTCATAATATTT-GGTCAT
2213 GTAATACTTT
Statistics
Matches: 1004, Mismatches: 102, Indels: 36
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
797 61 0.06
800 1 0.00
801 176 0.18
802 44 0.04
803 1 0.00
804 3 0.00
805 217 0.22
806 6 0.01
807 1 0.00
808 33 0.03
809 333 0.33
810 83 0.08
811 19 0.02
812 26 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (807 bp):
CTACCCCTCATGGAACCTACTGAGAAGTCTGCATCTATAGACCCATCCTATTAAACATACAAATC
TGCAGCCAATTAATGTACAATTTGATAAGTCAGCATGTACTGACCCATCATATCAAACATATAAA
TCTGCCCCTAAGTGTACGTACATAAGTCTGCAACGAAATGAAATTCAACGTGGAAAATTATTAAA
GGTGCATTATTGAACCACCTATATATAAGAATACGTGATTGTAGACATCTTTGTCTTAAATTTTG
TTTTCTTGTTAATAAGTAATACAACTAACAAATATCTATTTGGCTCATAATATTTGGTCATTTTT
TTTTTGAATTCATAATAATTCATTAGTAATAACATCACGTACAGAATTTAAGAAAAAAAATATAA
AGATCGATAATGGCATGTGACAGAAAAGTTGTTGTCGTGTCAATAAATACAATAAATACCAAGTT
GAGCCACCATATATATACGCTTTTAAGGCATGTTGTCTAAAATTTTGGTAAAGTACTACAACTAA
CTAGTACTACAACCAACAAATATCCATAAGGGTTATAATGATTCATCAGTATTAACATCACATGC
AAAGAAATTATGGAGAAAATGTAGAGATCGATAATGACGTCTAACAAAAAACTTTGAACATCTTT
GGACCACCTTTATAATAATGCTACTTGCTCCGACTAATTTTATTAGCTAATATCTCATCGAACGT
GTCATTAGAAAAGTTACAATAATTTCTAAACACATATCCAATAATATCATTGAATCAAGGAGTTG
ACCAGTAAACTCTCATTATTTATAAAT
Done.