Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01009619.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig09651, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Indices: 1--41 Score: 82
Period size: 2 Copynumber: 20.5 Consensus size: 2
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
42 TCAAAAGTTT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 39 1.00
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Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:515 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 490--519 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
480 AATAATTATT
490 TTTAGATTATAATATA
1 TTTAGATTATAATATA
506 TTTA-ATTATAATAT
1 TTTAGATTATAATAT
520 TATTATTTAT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
15 10 0.71
16 4 0.29
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Consensus pattern (16 bp):
TTTAGATTATAATATA
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849 AAACTTTACA
* * * * * * * * * *
859 TCATCAAACCAAATCTCAGCAACATTGGATTCATGAATTTGTTTTTATGAGTATTTGAATCTTGT
1 TCATCTAATCAAATCTAAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * * * * * *
924 TTCAATTTAATTAAAAATTAATTTAGAAAAAATAAGAAATATGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCC
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAA-TT-CAAAAAATAGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCC
* * * * *
989 TCCAATATTTTTGGCGTTCAATTA-A-ATACTTATATAATTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAA
129 TCCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATATA-TTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGAAAAA
* * * * * * *
1052 ATTTTTTGTGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATAGTGTACTAATCATCACGGTTTTTGGC
193 ATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACGGTTTTTGGC
* * * * * * * * *
1117 TAAAAACGCGTTCCGGGGACCTGTCTCAATTTTACATGATTTTTGGCTCTAAGACTACTTAAAAT
258 TAAAAACGCGTTCC-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAAT
1182 ATCTATAT
322 ATCTATAT
* * * * *
1190 TCATCTAAGCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGCTTTTACGTGCATATGAATCTTGT
1 TCATCTAATCAAATCTAAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * * * *
1255 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTAAAAAAATAGGAAAAGCAATATTAGAAA-CGTCAAAAG-CTT
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAAAAAATAGGAAAAACGATATTA-AAAGCGTGAAAAGTC-C
* ** * * * * * *
1318 TTCAACCTTTTTGGCATTGAAATATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCAAAAAATTGAGGAAATA
129 TCCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGAAAAAA
* *** *
1383 TCTTTTGGGTCAATTTTTATGAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACAGTTTTTGGCT
194 TCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACGGTTTTTGGCT
* * * *** * * * *
1448 AAAAAAGCGTTCCAGGTCCTAACTGAGTTTTGCATAACTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAGATAT
259 AAAAACGCGTTCCGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGA-A-AT
*
1513 CCATACCATAT
322 --AT-CTATAT
* * *
1524 TCATCTAATCAAATCTTAGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACTAGCATCTGAATCTTGT
1 TCATCTAATCAAATCTAAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * *
1589 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGACTAAATATGAAAAACAATATTAAAAGCGTGAAAAGTCC
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCA-A-AAAATAGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCC
* * * *
1654 TCCAATATTTTTGGAGTTAAATTATATATATTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAA
129 TCCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGAAAAAA
* * * * * * * *
1719 TTTTTCGGAG-AAATTTTTTTACAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAAGCATCACTGATTTTG
194 TCTTTCGG-GTCAA--TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACGGTTTTTG
* * * *
1783 GCTAAAAACGCGTTTCGGGAACCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTATGGCGCCGAGACTCCTTGAA
256 GCTAAAAACGCGTTCCGGG-CCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAA
*
1848 ATATCTATAC
320 ATATCTATAT
* * * * * * *
1858 TCATATAATTAAATCTTAGCCACATAGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAATTTGAATCTTGT
1 TCATCTAATCAAATCTAAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * * * **
1923 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAATGATACTAGAAGCGTAAAAAAAAC
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTC--AAAAAATAGGAAAAACGATATTAAAAGCGT--GAAAAGT
* * * *
1988 CCTTCAATATTTTTGGCATTGAATTATATATAATTTTTTATTGAGTATTTTAGCCAAGACTTGAG
127 CCTCCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATAT-A--TTTTA-TGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAG
* ** *
2053 GAAGTATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCACGGTTT
188 AAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACGGTTT
* ** * * * *
2118 TTGGCTAAAAACGTGTTTCAAGACCCCGGGTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCAAGAGTCCTT
253 TTGGCTAAAAACGCG-TTCCGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTT
* *
2183 GAGATATCCATAT
317 GAAATATCTATAT
* * * * *
2196 TTATCTAATCAAATCTCATCCACATTGCATTTAAGGAATTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
1 TCATCTAATCAAATCTAAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * * * * *
2261 TTCAATTTAATTTGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATGAAATGTGTG-AAAGTCC
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTC--AAAAAATAGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCC
* ** * *
2325 TCCAATCTTTTTGGCGCTAAACAAATTATATATATTTCATGATTATTTTAGCCAAAAATTGAGAG
129 TCCAATATTTTTGGCG-T---TGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGA-
** * * *
2390 AAAAAT-TTTCGGGTCAATTTTTGC--AA---TA---GAAATTATTTACTAAGCATCACGGTTAT
189 AAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACGGTT-T
* * * * * ** * *
2446 TTTGCTAAAAACGCATTTCGAGGCCACAGCTCAG-TTTGCATGATTTTTGGCATCGAGACTTCTT
253 TTGGCTAAAAACGCGTTCCG-GGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTT
2510 GAAATATCTATAT
317 GAAATATCTATAT
* **
2523 TCATCTAATC-AATCTCAGCCACATTTAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
1 TCATCTAATCAAATCTAAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * *
2587 TTCAATTTAATTAGAAAATTAATTTAGAAAAATATG-AAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCC
66 TTCGATTTAATTAG-AAATTAATTCA-AAAAATAGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCC
* * *
2651 TCCAATATTTTTGGAGTTGAATTATATATATTTTTTGAGTATTTTAGACAAAAATTGAGAAAAAA
129 TCCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGAAAAAA
* * *
2716 TATTTCTGGTCAATTTTTGCAAAATATTAG-C-----C-----A-AA--ATCACGGTTTTTGGCT
194 TCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACGGTTTTTGGCT
* * * ** * * * *
2767 AAAAAAGCGTTCCGGGACCCCGGTTCAGTGTTATATGATTTTTGGTGTCGAGACTCCTTGAACTA
259 AAAAACGCGTTCCGGG-CCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATA
2832 TCTATAT
323 TCTATAT
* * * * ** *** * * **
2839 TTATCTAAACAAAACTCAGATACATTGGATTTAAGGATTTG-TAAAACAATCATCTGAATCACGT
1 TCATCTAATCAAATCTAAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * * **
2903 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAATAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCATGAAAAACC
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTC--AAAA-AATAGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTC
* * * * * * *
2968 CTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA-ATTTTTATGATTATTGTGGCTATAAATTGAGGAAA
128 CTCCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATATA-TTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGA-GAAA
* * * * ***
3032 TAA-CTTTCGGG-AAAATTTTGCAAAATATTAGCCGAAATCGTGTAATAGTTATCACGGTTTTTG
191 AAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACGGTTTTTG
** * * * * *
3095 GCTAAAAACGCGTTTTGTGGCCCCTGCTAAGTTTTCCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCTTTGAG
256 GCTAAAAACGCGTTCCG-GGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAA
3160 ATATCTATAT
320 ATATCTATAT
* ** * *
3170 TCATCTAATCAAATCAAAGCTTCATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGT
1 TCATCTAATCAAATCTAAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * *
3235 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCATAAAATATGAAAGAACGATATTAAAAGCGTGAAAGGTCCT
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAAAAAATAGGAAA-AACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCT
* * * * * *
3300 CCAATTTTTTTGGCGTTCAATTATATATATTTTATGAATATTGTGGCTAAAAATTGAGAAAAAAT
130 CCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGAAAAAAT
* ** * * *
3365 ATTTCATGTCAACTTTTACAAAATTTTAGCTGAAATCGTG---T-ACCATCACGGTTTTTTGGCT
195 CTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACGG-TTTTTGGCT
* * * * ** * *
3426 GAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGGTCAGTTTTGCATGATTTTCGGTGTTAAAACTCCTTGTAATA
259 AAAAACGCGTTCCGG-GCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATA
3491 TCTATAT
323 TCTATAT
* * * *
3498 TCATCTAACCAAATAATAA-CCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCATG
1 TCATCTAATCAAAT-CTAAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTG
* * * ** ** *
3562 TTTCTATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAGAAATAGGAAAAACAATATTTGAAGTATGAGAAG-
65 TTTCGATTTAATTAGAAATTAA-TT-CAAA-AAATAGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGT
* * * * * *
3626 CCTTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTTTATA-ATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAAAA
127 CC-TCCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATATA-TTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTG--AG
* *
3690 AAAAAATATTTCGGGTCAATTTTTGCAAAA-TTTAGCTGAAATC--GT-AT-ACCATCACGGGTT
188 AAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCAC-GGTT
* * * * *
3750 TTTGCCTAAAAATGTGTTCCGGGGCCCCGGGTCAGTTTTGCAT-ATTTTTTGCGCCAAGACTCCT
252 TTTGGCTAAAAACGCGTTCC-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCT
**
3814 AAAATATATCTATAT
316 TGAA-ATATCTATAT
* * * * * * * *
3829 TTATCTAACCAAATCTCAGGCACATTGTATTTAAGGATTTGTTTTCACGAGTATCTAAATCTTGT
1 TCATCTAATCAAATCTAAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * * * *
3894 TTCGATTTAATCAAAAATTAATTTAGAAGTAAAATAGGAAAAACGATATCAGAAGCGTGAAAAAG
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAA-TT-CAA--AAAATAGGAAAAACGATATTAAAAGCGTG-AAAAG
* * * * * * ** * * *
3959 ACAAT-CAATTTTTTTGGTGTTGAACTATATAT-TTCGTATGAGTATTTTCTCTAGAAATTGAGG
126 TC-CTCCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATATATT-TTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGA
** * * *
4022 AAAAGCCTTTCGGCTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACAGTTTT
189 AAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACGGTTTT
** * * * * * * **
4087 CAGCTAAAAACGCATTCTGGGGCCCGGCTTAGTTTTGTATGATTTTTTGTACCAAGACTCCTTGA
254 TGGCTAAAAACGCGTTCCGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGA
*
4152 AATATCAATAT
319 AATATCTATAT
* *
4163 TCATCTAA-CTAAATCTCAA-CCATATTGGATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATCTGAATCTT
1 TCATCTAATC-AAATCT-AAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTT
* * *
4226 GTTTTGATTTAATTAGAAATTAGTTCAGAAAAAGTAGGAAAAACAATATTAAAA
64 GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCA-AAAAA-TAGGAAAAACGATATTAAAA
4280 ACTATATTTT
Statistics
Matches: 2512, Mismatches: 471, Indels: 213
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
314 2 0.00
315 34 0.01
316 85 0.03
317 50 0.02
318 78 0.03
319 6 0.00
321 6 0.00
322 54 0.02
323 1 0.00
324 2 0.00
325 19 0.01
326 93 0.04
327 86 0.03
328 162 0.06
329 100 0.04
330 273 0.11
331 391 0.16
332 127 0.05
333 55 0.02
334 294 0.12
335 103 0.04
336 137 0.05
337 5 0.00
338 262 0.10
339 53 0.02
340 34 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (329 bp):
TCATCTAATCAAATCTAAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAAAAAATAGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTC
CAATATTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGAAAAAATC
TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACGGTTTTTGGCTAA
AAACGCGTTCCGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCT
ATAT
Done.