Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01009667.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig09699, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Indices: 1--1263 Score: 1700
Period size: 333 Copynumber: 3.8 Consensus size: 334
* *
1 CTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAATCGCAGTCTCTGAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGT
1 CTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAATCGCAGGCTCTGAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGT
* *
66 TTTTACGAGTATCGGAATGTTGTTTCAATTTAATTAAAAATTAATTCGG--AAAAAATGGAAAAA
66 TTTTACGAGCATCGGAATCTTGTTTCAATTTAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAAAATGGAAAAA
*
129 CGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGGCGTTGAATTAAATATTTTTTCTCAGTA
131 CGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGGCGTTGAATTAAATATTTTTTCTGAGTA
*
194 TTGTGGCAAAAAATTCAGAAAAAATAAATTATGGTAAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGTACTGTTA
196 TTGTGGCAAAAAATTCAGAAAAAATAAATTATGGTAAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGTA-TGTAA
259 CATCATGGTTTTTGGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGC
260 CATCATGGTTTTTGGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGC
*
324 AGAAATACTC
325 ACAAATACTC
* *
334 CTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAATCTCAGGCTCTGAGCTACATTAGATTTAAGGATTTGT
1 CTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAATCGCAGGCTCTGAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGT
* * *
399 TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAAAAATCAATTAGGAAAAAAAATGGAAAAA
66 TTTTACGAGCATCGGAATCTTGTTTCAATTTAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAAAATGGAAAAA
** * *
464 CGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGAAAATCA-TTTTGACGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGT
131 CGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAAT-ATTTTTGGCGTTGAATTAAATATTTTTTCTGAGT
* ** * ** * * * *
528 ACTGTGGCAAAAAATTGTGAAAAAACT--TTTCCGATCAGTTTTTAGCCG-AAATCATGTA-CTA
195 ATTGTGGCAAAAAATTCAGAAAAAA-TAAATTATGGTAAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGTATGTA
* ** *
589 ACCATCACGGTTTTT-GGCTAAAAACGCG-TTCCCGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTG
259 A-CATCATGGTTTTTGGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTG
** *
652 GTGCAAAGACTC
323 GCACAAATACTC
* * * * * **
664 CCTGAAATATCTATATTCATCAAACCAA----ATG-TC--AGCCACATTGGATATAAGGATTTAA
1 CTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAATCGCAGGCTCTGAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGT
* * * *
722 TTTTACGAGCATCTGAGTCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAATTGGAAAA
66 TTTTACGAGCATCGGAATCTTGTTTCAATTTAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAAAA-TGGAAAA
* * * * * * * *
787 ATGATATTAAAAGCGTGAAAAGACCATCAATCTTTTTGTTC-TTGAGTTATATATTTTTTCTGAG
130 ACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTG-GCGTTGAATTAAATATTTTTTCTGAG
* * * * * *
851 TATTGTGGCAAAAATTTCTGAAAAAAAAAATTCTAGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGTAT-TA
194 TATTGTGGCAAAAAATTCAGAAAAAATAAATTATGGTAAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGTATGTA
* * *
915 ACCATCATGGTTTTTGGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTG
259 A-CATCATGGTTTTTGGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTG
*
980 GCATAAATACTC
323 GCACAAATACTC
* *
992 CTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAATCGCAGGCTCTGAGCCACATTAGATGTAAGGATTTGT
1 CTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAATCGCAGGCTCTGAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGT
* * * *
1057 TTTTACGAGTATCGGAATGTTGTTTCAATTTAATTAAAAATTAGTTCGG-AACAAAATGGAAAAA
66 TTTTACGAGCATCGGAATCTTGTTTCAATTTAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAAAATGGAAAAA
1121 CGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGGCGTTGAATTAAATATTTTTTCTGAGTA
131 CGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGGCGTTGAATTAAATATTTTTTCTGAGTA
*
1186 TTGTGGCAAAAAATTCAGAAAAAATAAATTATGGTAAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGTAATGTTA
196 TTGTGGCAAAAAATTCAGAAAAAATAAATTATGGTAAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGT-ATGTAA
1251 CATCATGGTTTTT
260 CATCATGGTTTTT
1264 TTTTTTTACG
Statistics
Matches: 800, Mismatches: 106, Indels: 47
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
323 72 0.09
324 82 0.10
325 20 0.03
326 27 0.03
327 13 0.02
328 62 0.08
330 66 0.08
331 15 0.02
332 15 0.02
333 231 0.29
334 37 0.05
335 158 0.20
336 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (334 bp):
CTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAATCGCAGGCTCTGAGCCACATTAGATTTAAGGATTTGT
TTTTACGAGCATCGGAATCTTGTTTCAATTTAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAAAATGGAAAAA
CGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGGCGTTGAATTAAATATTTTTTCTGAGTA
TTGTGGCAAAAAATTCAGAAAAAATAAATTATGGTAAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGTATGTAAC
ATCATGGTTTTTGGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCA
CAAATACTC
Found at i:1438 original size:210 final size:208
Alignment explanation
Indices: 1056--1450 Score: 544
Period size: 210 Copynumber: 1.9 Consensus size: 208
1046 TAAGGATTTG
** * * * *
1056 TTTTTACGAGTATCGGAATGTTGTTTCAATTTAATTAAAAATTAGTTCGGAACAAAATGGAAAAA
1 TTTTTACGACAATCGGAATCTTGTTTCAATTTAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAAATCGAAAAA
*
1121 CGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGGCGTTGAATTAAATATTTTTTCTGAGTA
66 CGATATTAGAAGAGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGGCGTTGAATTAAATATTTTTTCTGAGTA
*
1186 TTGTGGCAAAAAATTCAGAAAAAATAAATTATGGTAAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGTAATGTTA
131 TTGTGGCAAAAAATT-AGAAAAAATAAATTATGATAAGTTTTTAGCCG-AAATCGTGTAATGTTA
1251 CATCATGGTTTTTTT
194 CATCATGGTTTTTTT
*
1266 TTTTTACGACAATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAAATCGAAAAA
1 TTTTTACGACAATCGGAATCTTGTTTCAATTTAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAAATCGAAAAA
* * * * * *
1331 CGTTATTAGAAGAGTGAATAGCCCGTCAATCTTTTTGTCGTTGAATTATATATTTTTTTCTTAGT
66 CGATATTAGAAGAGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGGCGTTGAATTAAATA-TTTTTTCTGAGT
* * * *
1396 ATTGTGGC-CAAAATT-GAAAAAA-AAACTTTTCCGATCAGTTTTTAGTCGAAATCGT
130 ATTGTGGCAAAAAATTAGAAAAAATAAA-TTAT--GATAAGTTTTTAGCCGAAATCGT
1451 ACATCATGGT
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 19, Indels: 9
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
207 3 0.02
208 10 0.06
209 7 0.04
210 123 0.76
211 19 0.12
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (208 bp):
TTTTTACGACAATCGGAATCTTGTTTCAATTTAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAAATCGAAAAA
CGATATTAGAAGAGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGGCGTTGAATTAAATATTTTTTCTGAGTA
TTGTGGCAAAAAATTAGAAAAAATAAATTATGATAAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTAATGTTACA
TCATGGTTTTTTT
Found at i:2528 original size:868 final size:867
Alignment explanation
Indices: 388--3010 Score: 3450
Period size: 868 Copynumber: 3.0 Consensus size: 867
378 ACATTAGATT
* *
388 TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAAAAATCAATT-AGGAAAA
1 TAAGTATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAAAAATTAATTCA-G-AAA
* ** *
452 AAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGAAAATCATTTTGACGTTGAATTATATAT
64 AAAATGGAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGACGTTGAATTATATAT
* * * *
517 TTTTTCTGAGTACTGTGGCAAAAAATTGTG--AAAAAACTTTTCCGATCAGTTTTTAGCCGAAAT
129 TTTTTTTGTGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAACTTTTCCGATCAGTTTTTAGCCGAAA-
* **
580 CATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCCGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATG
193 C-CGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCCGAGCCCCAACTCAATTTTGCATG
* *
645 ATTTTTGGTGCAAAGACTCCCTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATGTCAGCCACATTGGAT
257 ATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATGTCAGCCACATTGGAT
* *
710 ATAAGGATTTAATTTTACGAGCATCTGAGTCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAA
322 ATAAGGATTTGATTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG-AATTAATTCGG-AAA
* * *
775 AAAATTGGAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGACCATCAATCTTTTTGTTCTTGAGTTATATA
385 AAAATTGGAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGACCATCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATA
* *
840 TTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAATTTCTGAAAAAAAAAATTCTAGTCAGTTTTTAGCCGAAAA
450 TTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTCTGAAAAAAAAAATTCTGGTCAGTTTTTAGCCGAAAA
*
905 TCGTGTATTAACCATCATGGTTTTTGGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGGCCCCGACTTAGTTTTGC
515 TCGTGTATTAA-CATCATGGTTTTTGGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGGCCCCGGCTTAGTTTTGC
* * * * *
970 ATGATTTTTGGCATAAATACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAATCGCAGGCTCTGAGC
579 ATGATTTTTGGCAGAAACACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAATCTCAGGCTCTCAGC
* * * *
1035 CACATTAGATGTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCGGAATGTTGTTTCAATTTAATTAA--A-AA
644 CACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATATTGTTTCAATTTAATTAATTAGAA
* * * * * *** **
1097 TTAG-TTCGGAACAAAATGGAAAAACGATA-TTAGAAGCGTGAAAAGCCCGT-CAATATTTTTGG
709 ATAGATTCGGAAAAAAATAGAAAAATGATATTTA-AAGCGAGAAAA--TATTACAAT-TTTTTTT
*** * ** * ***** ** * * *
1159 C--GTTGAATTAAATATTTTTTCT-GAGTAT-TGTGGCAAAAAATTCAGAAAAAATAAATTATG-
770 CTAGTTGAATTGTGTATTTTTTGTCGAAAATATAT---ATTTTTTTTTG----CATAATTTTTGA
* * * * ** * *
1219 -GTAAGT--T-TTTAGCCGAAAAT-CGTG-TAATGTTAC-ATCA
828 CGTAAATACTCCTT-GACGTAAATCCCAGCCACT-TT-CGAT-A
* * * *
1256 T-GGTTTTTTTTTTTTACGA-CAATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAAAAATTAATTCGGAAA
1 TAAG-TATTTGTTTTTACGAGC-ATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAA
* * * *
1319 AAAATCGAAAAACGTTATTAGAAGAGTGAATAGCCCGTCAATCTTTTTGTCGTTGAATTATATAT
64 AAAATGGAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGACGTTGAATTATATAT
* *
1384 TTTTTTCT-TAGTATTGTGGC-CAAAATTGA-AAAAAAAACTTTTCCGATCAGTTTTTAGTCGAA
129 TTTTTT-TGT-GTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAACTTTTCCGATCAGTTTTTAGCCGAA
* * * * * *
1446 ATCG---T-A-CATCATGGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAACTCAGTTTTGCAT
192 ACCGTACTAACCATCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCCGAGCCCCAACTCAATTTTGCAT
*
1506 GATTTTTGGCAG-AAAGGCTCCTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATGTCAGCCACATTGG
256 GATTTTTGGC-GCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATGTCAGCCACATTGG
* *
1570 ATATAAGGATTTGATTTTACGACCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAGATTAATTCAGAA
320 ATATAAGGATTTGATTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA-ATTAATTCGGAA
1635 AAAAATTGGAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGACCATCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATAT
384 AAAAATTGGAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGACCATCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATAT
* * * * * *
1700 -TTTTTT-TTAGTATTGTGGAAAAAAATTCTGAAAAAAAAAATTCGGGTCAGGTTTTAGTCAAAA
449 ATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTCTGAAAAAAAAAATTCTGGTCAGTTTTTAGCCGAAA
* * **
1763 ATTGTGTATTAACAATCATGGTTTTTGGCCTAAAAACGCGTTTCAAGGGCCCCGGCTTAGTTTTG
514 ATCGTGTATTAAC-ATCATGGTTTTTGGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGGCCCCGGCTTAGTTTTG
* * * * * *
1828 CATGATTTTTGACAGAAAGACTCTTTGAAATATCTATATTCTTGTAACCAATCTTAGGCTCTCAG
578 CATGATTTTTGGCAGAAACACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAATCTCAGGCTCTCAG
1893 CCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATATTGTTTCAATTTAATTAATTAGA
643 CCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATATTGTTTCAATTTAATTAATTAGA
1958 AATAGATTCGGAAAAAAATAGAAAAATGATATTTAAAGCGAGAAAATATTACAATTTTTTTTCTA
708 AATAGATTCGGAAAAAAATAGAAAAATGATATTTAAAGCGAGAAAATATTACAATTTTTTTTCTA
*
2023 GTTGAATTGTGTATTTTTTGTCGAAAATATATATTTTTTTTTGCATCATTTTTGACGTAAATACT
773 GTTGAATTGTGTATTTTTTGTCGAAAATATATATTTTTTTTTGCATAATTTTTGACGTAAATACT
2088 CCTTGACGTAAATCCCAGCCACTTTCGATA
838 CCTTGACGTAAATCCCAGCCACTTTCGATA
* * *
2118 TAAGTATTTCTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCAATTTAATTAAAAATTAATTCATAGAAA
1 TAAGTATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAAAAATTAATTCAGA-AAA
* * *
2183 AAATGGAATAACGATATTAGAAGTGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGCCGTTGAATTATATATT
65 AAATGGAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGACGTTGAATTATATATT
*
2248 TTTTTTGTGTATTATGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAACTTTTCCGATCAGTTTTTAGCCGAAACC
130 TTTTTTGTGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAACTTTTCCGATCAGTTTTTAGCCGAAACC
2313 GTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCCGAGCCCCAACTCAATTTTGCATGATT
195 GTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCCGAGCCCCAACTCAATTTTGCATGATT
*
2378 TTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAATCCAAATGTCAGCCACATTGGATATA
260 TTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATGTCAGCCACATTGGATATA
*
2443 AGGATTTGATTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATATAATTAGAATTTAATTCGGAAAAAAA
325 AGGATTTGATTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA-TTAATTCGGAAAAAAA
2508 TTGGAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGACCATCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTT
389 TTGGAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGACCATCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTT
* * *
2573 TTCTGAGTATTTTGGCAAAAAATTCTGAAAAAAATAATTCTGTTCAGTTTTTAGCCGAAAATCGT
454 TTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTCTGAAAAAAAAAATTCTGGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCGT
** * * * * *
2638 GTA-CGACATCATGGTTTTTGGGCTTAAAACGTGTTTCGGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCAAGAT
519 GTATTAACATCATGGTTTTTGGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGAT
*
2702 TTTTGGCAGAAACACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAATCTCAGGCTCTCAGCCACAT
584 TTTTGGCAGAAACACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAATCTCAGGCTCTCAGCCACAT
* * *
2767 TAGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATATGGTTTCGATTTAATTAATTAGAAATAGA
649 TAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATATTGTTTCAATTTAATTAATTAGAAATAGA
2832 TTC-GAAAAAAATAGAAAAATGATATTTAAAGCGAGAAAATATTACAA-TTTTTTT-TAGTTGAA
714 TTCGGAAAAAAATAGAAAAATGATATTTAAAGCGAGAAAATATTACAATTTTTTTTCTAGTTGAA
* * * * *
2894 TTGTGTATTTTTTGTCGAAAATATTTTTTTTTGTGTTTTTTCATGATTTTTTACGTAAATACTCC
779 TTGTGTATTTTTTGTCGAAAATA--TATATTT-T-TTTTTGCATAATTTTTGACGTAAATACTCC
* *
2959 TTGACGTAAATCCTAGCCACGTTCGATA
840 TTGACGTAAATCCCAGCCACTTTCGATA
*
2987 TAAGTATTTGTTTTTATGAGCATC
1 TAAGTATTTGTTTTTACGAGCATC
3011 GTGTACGACA
Statistics
Matches: 1540, Mismatches: 167, Indels: 95
0.85 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
858 8 0.01
859 218 0.14
860 11 0.01
861 80 0.05
862 240 0.16
863 137 0.09
864 44 0.03
865 33 0.02
866 8 0.01
867 126 0.08
868 490 0.32
869 90 0.06
870 55 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (867 bp):
TAAGTATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAA
AATGGAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGACGTTGAATTATATATTT
TTTTTGTGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAACTTTTCCGATCAGTTTTTAGCCGAAACCG
TACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCCGAGCCCCAACTCAATTTTGCATGATTT
TTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATGTCAGCCACATTGGATATAA
GGATTTGATTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTAATTCGGAAAAAAATT
GGAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGACCATCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTT
CTGAGTATTGTGGCAAAAAATTCTGAAAAAAAAAATTCTGGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGT
ATTAACATCATGGTTTTTGGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTT
TTGGCAGAAACACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAATCTCAGGCTCTCAGCCACATTA
GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATATTGTTTCAATTTAATTAATTAGAAATAGATT
CGGAAAAAAATAGAAAAATGATATTTAAAGCGAGAAAATATTACAATTTTTTTTCTAGTTGAATT
GTGTATTTTTTGTCGAAAATATATATTTTTTTTTGCATAATTTTTGACGTAAATACTCCTTGACG
TAAATCCCAGCCACTTTCGATA
Found at i:3782 original size:327 final size:324
Alignment explanation
Indices: 3054--4838 Score: 1958
Period size: 327 Copynumber: 5.4 Consensus size: 324
3044 TGTTTCGGGG
*
3054 GCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAACACTCCTTGAAATATCTATATTCATC-TA
1 GCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGC-GAAAA-ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAT-
* * * * * *
3118 ACCAATCTCAGGCTCTGAGCCACATTAGATTTATGGATTTGTTTTTACGAGCACCTGAATCTTGT
63 ACCAA----ATG-T-T-AGCCACATTGGATATAAGGATTTGATTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * * * * * ** *
3183 TTCAATTTAATTAAAAATCAATTTGGAAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGTTTGAAAAGC
121 TTCGATTTAATTAGAAATTAA-TTCGAAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGA
* * * *
3248 CCGTCAATCTTTTTGGC-ATTGAAATATATATTTTTTCTGAGTATTATGGCAAAAAATTGAG-AA
185 CCATCAATCTTTTT-GCTGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAA
* *
3311 AAAACCTTTCCGATCAGTTTTTAGCCG-AATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGG-CTAAGAA
249 AAAACCTTTTCGATCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGACTAAAAA
3374 CGCGTTCCCGA
314 CGCGTTCCCGA
* * * *
3385 GCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTGGGCGCAAAGACTCTTTGAAATATCTATATTCATCAAAC
1 GCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCG-AAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCATAC
* *
3450 CAAATGTTAGCCACATTGGATGTAAGGATTTGATTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTT
65 CAAATGTTAGCCACATTGGATATAAGGATTTGATTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTA
* *
3515 ATTAGAAATTAATTACGAAAAAAAAAATTGAAAAAATGATATTAAAAGCGTGAGAAGACCATCAA
130 ATTAGAAATTAATT-CG--AAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGACCATCAA
3580 TCTTTTTGCTGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAACCTT
192 TCTTTTTGCTGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAACCTT
* * *
3645 TTCGATCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACAGTTTTTTG-CTAAAAACGCGTTCC
257 TTCGATCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGACTAAAAACGCGTTCC
3709 CGA
322 CGA
* * *
3712 GCCCCGACTCAATTTTGCATGGTTTTTGACGTAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCATTC
1 GCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCG-AAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCATAC
** * * *
3777 CAAATGCCACCCACATTGGATATAAGAATTTGATTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGTTTTA
65 CAAATGTTAGCCACATTGGATATAAGGATTTGATTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTA
3842 ATTAGAAATTAATTCGAAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGACCATCAATCT
130 ATTAGAAATTAATTCGAAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGACCATCAATCT
* * * *
3907 TTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGACAAAAAATCTGA-AAAAAAA---ATT
195 TTTTGCTGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAT-TGAGAAAAAAACCTTTT
* * * * * *
3968 CGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGTACGTTA-CATCATGGTTTATGGTCTTAAAACGCGTTT
259 C-GATCAGTTTTTAGCCG-AAATCGTGTAC-TAACCATCACGGTTTTTGGACTAAAAACGCG-TT
** *
4032 CGGGG
320 CCCGA
* * * *
4037 GCCCCGGCTCAGTTTTGCAAGATTTTTGGCAAAAACACTCCTTGAAATATCTATATTCAT-ATAA
1 GCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGAAAA-ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAT-A
* * * ** *
4101 CCAATCTCAGGCTCTGAGCCACATTAGATTTCTGGATTTGTTTTTAACTTAAGAGCATCTGAATC
64 CCAA----ATG-T-T-AGCCACATTGGATATAAGGATTTGATTTT-AC----GAGCATCTGAATC
* * * * *
4166 TTGTTTCAATTTAATTAAAAATTAATTCGGGAAAAAAA-TGGAAAAATGTTATTAGAAGCGTGAA
117 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAAAAGCGTGAA
* * *
4230 AAGCCCGA-AAATCTTTTTGCCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA
181 AAGACC-ATCAATCTTTTTGCTGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA
*
4294 G-AAAAAACTTTTTCGATCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTAC--ACCATCACGGTTTTT-GACTA
245 GAAAAAAACCTTTTCGATCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGACTA
* **
4355 AAACCG-GTTGTCGA
310 AAAACGCGTTCCCGA
* * * *
4369 GTCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGACGAAAAGAATCCTTGAAATATCTATATTCATCAAAC
1 GCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGAAAA-ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCATAC
* *
4434 CAAATGTCAGCCACATTGGATATAAGGATTTGATTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTA
65 CAAATGTTAGCCACATTGGATATAAGGATTTGATTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTA
* * *
4499 ATTAGAAATTAATTCGGAAAAAACTTGGAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGACCATTAATCT
130 ATTAGAAATTAATTCGAAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGACCATCAATCT
* * ***
4564 TTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTCTGAATATTGTGGCAAAAAATTCTGA-ACAAAAAAAAAT
195 TTTTGCTGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAA-T-TGAGA-AAAAAACCTT
* * * * * *
4628 TTGGGTCAGGTTTTAGCCGAAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTGGCCTAAAAACGCTTTT
257 TTCGATCAGTTTTTAGCCG-AAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGACTAAAAACGC-GTT
** *
4693 CAAGG
320 CCCGA
* * * *
4698 GCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATC-TAA
1 GCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGC-GAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAT-A
* ** * *
4762 CCAATCGCAGGCTCTCAGCCACATTATATTTAAGGATTTG-TTATTACGAGCATCTGAATATTGT
64 CCAA----ATG-T-T-AGCCACATTGGATATAAGGATTTGATT-TTACGAGCATCTGAATCTTGT
4826 TTCGATTTAATTA
121 TTCGATTTAATTA
4839 ATTAGAAATA
Statistics
Matches: 1236, Mismatches: 160, Indels: 111
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (324 bp):
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AAATGTTAGCCACATTGGATATAAGGATTTGATTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAA
TTAGAAATTAATTCGAAAAAAAATTGGAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGACCATCAATCTT
TTTGCTGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAACCTTTTCG
ATCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGACTAAAAACGCGTTCCCGA
Found at i:4470 original size:657 final size:656
Alignment explanation
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3204 TTTGGAAAAA
* * ** * * ** *
3214 AAATTGGAAAAACGATATTAGAAGTTTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCATTGAAATATATAT
1 AAATTGGAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGACCATCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATAT
* ** * *
3279 TTTTTCTGAGTATTATGGCAAAAAAT-TGAGAAAAAACCTTTCCGATCAGTTTTTAGCCG--AAT
66 TTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATCTGA-AAAAAA-AATTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAAT
* ** * * *
3341 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGC-TAAGAACGCG-TTCCCGAGCCCCGACTCAATTTTGCA
129 CGTGTACTAACCATCATGGTTTTTGGCTTAA-AACGCGTTTCAAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCA
* ** * *
3404 TGATTTTGGGCGCAAAGACTCTTTGAAATATCTATATTCATCA-AACCAA---ATG-T-TAGCCA
193 TGATTTTTGGCAAAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAT-ATAACCAATCCAGGCTCTAGCCA
* * * *
3463 CATTGGATGTAAGGATTTGATTTTAC---GAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTTATTAGAAATT
257 CATTAGATTTAAGGATTTG-TTTTACTTAGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATT
* * *
3525 AATTACGAAAAAAAAAATTGAAAAAATGATATTAAAAGCGTGAGAAGACCATCAATCTTTTTGCT
321 AATTACGAAAAAAAAAATTGAAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGACCATAAATCTTTTTGCC
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386 GTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAACCTTTTCGATCAGT
* *
3655 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACAGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCCCGAGCCCCGAC
451 TTTTAGCCGAAATCGTGTAC-AACCATCACAGGTTTTTGCTAAAAACGCGTTCCCGAGCCCCGAC
* ** *
3720 TCAATTTTGCATGGTTTTTGACGTAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCATTCCAAATGCC
515 TCAATTTTGCATGATTTTTGACG-AAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATGTC
* * *
3785 ACCCACATTGGATATAAGAATTTGATTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGTTTTAATTAGAAA
579 AGCCACATTGGATATAAGGATTTGATTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA
3850 TTAATTCGAAAAA
644 TTAATTCGAAAAA
3863 AAATTGGAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGACCATCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATAT
1 AAATTGGAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGACCATCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATAT
* *
3928 TTTTTATGAGTATTGTGACAAAAAATCTGAAAAAAAAATTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCG
66 TTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATCTGAAAAAAAAATTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCG
* * ** *
3993 TGTACGTTA-CATCATGGTTTATGGTCTTAAAACGCGTTTCGGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCAA
131 TGTAC-TAACCATCATGGTTTTTGG-CTTAAAACGCGTTTCAAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCAT
*
4057 GATTTTTGGCAAAAACACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAATCTCAGGCTCTGAGCCA
194 GATTTTTGGCAAAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAATC-CAGGCTCT-AGCCA
** *
4122 CATTAGATTTCTGGATTTGTTTTTAACTTAAGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAAAAA
257 CATTAGATTTAAGGATTTG-TTTT-ACTT-AGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAA
** * * * *
4187 TTAATT-CG-GGAAAAAAA-TGGAAAAATGTTATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGA-AAATCTTTTT
319 TTAATTACGAAAAAAAAAATTGAAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGACC-ATAAATCTTTTT
*
4248 GCCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG-AAAAAACTTTTTCGATC
383 GCCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAACCTTTTCGATC
* ** *
4312 AGTTTTTAGCCGAAATCGTGTAC-ACCATCAC-GGTTTTTGACTAAAACCG-GTTGTCGAGTCCC
448 AGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACAACCATCACAGGTTTTTG-CTAAAAACGCGTTCCCGAGCCCC
*
4374 GACTCAATTTTGCATGATTTTTGACGAAAAGAATCCTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAAT
512 GACTCAATTTTGCATGATTTTTGACGAAAA-ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAAT
*
4439 GTCAGCCACATTGGATATAAGGATTTGATTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAG
576 GTCAGCCACATTGGATATAAGGATTTGATTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
*
4504 AAATTAATTCGGAAAA
641 AAATTAATTCGAAAAA
* *
4520 AACTTGGAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGACCATTAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATAT
1 AAATTGGAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGACCATCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATAT
* * *
4585 TTTTTCTGAATATTGTGGCAAAAAATTCTGAACAAAAAAAAATTTGGGTCAGGTTTTAGCCGAAA
66 TTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAA-TCTG---AAAAAAAAATTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAA
* * *
4650 ATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTGGCCTAAAAACGCTTTTCAAGGGCCCCGGCTTAGTTTTG
127 ATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTGG-CTTAAAACGCGTTTCAAGGGCCCCGGCTCAGTTTTG
* *
4715 CATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAATCGCAGGCTCTCAG
191 CATGATTTTTGGCAAAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAATC-CAGGCTCT-AG
* *
4780 CCACATTATATTTAAGGATTTG--TTA-TTACGAGCATCTGAATATTGTTTCGATTTAATTAA
254 CCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTACTTA-GAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAA
4840 TTAGAAATAG
Statistics
Matches: 857, Mismatches: 91, Indels: 51
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
648 18 0.02
649 85 0.10
650 26 0.03
651 10 0.01
652 65 0.08
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ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (656 bp):
AAATTGGAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGACCATCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATAT
TTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATCTGAAAAAAAAATTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCG
TGTACTAACCATCATGGTTTTTGGCTTAAAACGCGTTTCAAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGA
TTTTTGGCAAAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAATCCAGGCTCTAGCCACATT
AGATTTAAGGATTTGTTTTACTTAGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTA
CGAAAAAAAAAATTGAAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGACCATAAATCTTTTTGCCGTTGA
ATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAACCTTTTCGATCAGTTTTTA
GCCGAAATCGTGTACAACCATCACAGGTTTTTGCTAAAAACGCGTTCCCGAGCCCCGACTCAATT
TTGCATGATTTTTGACGAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATGTCAGCCACA
TTGGATATAAGGATTTGATTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC
GAAAAA
Done.