Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01009669.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig09701, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Found at i:867 original size:333 final size:332
Alignment explanation
Indices: 13--2007 Score: 2687
Period size: 333 Copynumber: 6.0 Consensus size: 332
3 CGGAAATTTT
*
13 TTTTGCAAAAACTAACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAAATAT
1 TTTTGCAAAAACTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGT-AAAAAATAT
* * * * * *
78 ATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGATTCAAATAACTTTTTTTCAATTTTTTC
65 ATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTGCTAATATCATTTTTTCAATTTTTTC
* *
143 CTGAATTAATTT-TATTTAAATCGACACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCC
130 CCGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCC
* * * * * *
207 ATTATGGCTGATATTT-GGTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGCCGCCAAAAATCAT
195 ATTGTGGCTAAGATTTGGGAT-GATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCAT
* * * *
271 GCAAAACTGAG-CTGGGCCCTGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGA----TG-ACACGATTT
259 GCAAAACTAAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTGTACACGATTT
330 CGGCAAAAA
324 CGGCAAAAA
* * * *
339 TTTGGCAAAAATTTACCCGAAAGATTTCTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAAATAT
1 TTTTGCAAAAACTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGT-AAAAAATAT
* * * * *
404 ATAATTCAATGGCAGAAAGATTGAAGGGCTTTTGAGGC-GTCTAATATCATTTTTTTTC-ATTTT
65 ATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTG-CTAATATCA--TTTTTTCAATTTT
* * * * * *
467 TTTCGGTAA-TAATTTCCGA-TTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTA
127 TTCCCG-AATTAATTT-CTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTA
* * *
530 AATCCAATATGGCTAAGATTTGGGATGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGTGCCAAAAA
190 AATCCATTGTGGCTAAGATTTGGGATGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAA
*
595 TCATGCAAAACTAAGCCGTGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACAC
255 TCATGCAAAACTAAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTT-GTACAC
* *
660 GATTTTGGCAAAAT
319 GATTTCGGCAAAAA
* * * *
674 TTTTGAAAAAACTGACCTGAAAGATTTTTCCTCAATTTCTAACCGCAATAC-CTGTAAAACATAT
1 TTTTGCAAAAACTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTC-GTAAAAAATAT
* * * *
738 ATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAATGGATTTTCATGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTTTTTC
65 ATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTGCTAATATCATTTTTTCAATTTTTTC
*
803 CCGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAACAACAAATCCTTAAATCC
130 CCGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCC
* * *
868 ATTGTGGCTAAGATATGGGATGATGAATATAGATATTACAATTAGTCTTGGCGCCAAAAATCATG
195 ATTGTGGCTAAGATTTGGGATGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATG
**
933 CAAAACTAAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACAATGATGGTTGTTGGTACACGA
260 CAAAACTAAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-G--GTT-GTACACGA
998 TTTCGGCAAAAA
321 TTTCGGCAAAAA
* * *
1010 TTTTGCAAAAACTGACCCAAAAGATATTTCCTGAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATA
1 TTTTGCAAAAACTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATA
* * * *
1075 TAATTCAACACCAGAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTGCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCC
66 TAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTGCTAATATCATTTTTTCAATTTTTTCC
* * * * * *
1140 CTAAATAATTTCTAATTAAATCGAAAAAAGATTCATATGATCGTAAAAACAAATCCGTAAATCCA
131 CGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
* * * *
1205 TTGTGGCTGAGATTCGGGATGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCTTGC
196 TTGTGGCTAAGATTTGGGATGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGC
* *
1270 AAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-G--GTACACGATTTCG
261 AAAACTAAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTGTACACGATTTCG
1332 GCAAAAA
326 GCAAAAA
* *
1339 TTTTGTAAAAACTGACCCGAAAGGTTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATA
1 TTTTGCAAAAACTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATA
* *
1404 TAATTCAACGTCGAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTGCTAATATCATTTTTTCAATTTTTTCC
66 TAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTGCTAATATCATTTTTTCAATTTTTTCC
* * *
1469 CGAATTAATTTCTATTTAAATTGAAACAAGATTAAGATGATCGTAACAACAAATCCTTAAATCCA
131 CGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
* ** *
1534 TTGTGGCTAATATTTTGTCA-GATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATG
196 TTGTGGCTAAGA-TTTGGGATGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATG
* * * *
1598 CAAAACTGAGTCGTGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTTCACGATTT
260 CAAAACTAAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTT-GTACACGATTT
*
1663 CAGCAAAAA
324 CGGCAAAAA
* * * *
1672 TTTTGTAAAAATTGACCC-AAATGATTTCTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCATAAAAAATAT
1 TTTTGCAAAAACTGACCCGAAA-GATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATAT
* * * * *
1736 ATAATTCAATGGCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTGCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTC
65 ATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTGCTAATATCATTTTTTCAATTTTTTC
* * * * *
1801 ACGAATTAATTTCCAATTAAATCGAAAAAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCC
130 CCGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCC
* * * *
1866 ATTGTGGTTGAGATTCGGGATGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCACCAAAAATCATG
195 ATTGTGGCTAAGATTTGGGATGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATG
* * *** *
1931 CAAAACTAAGCCGCGGCCCCGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-AACGTAAACGATTTC
260 CAAAACTAAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTGTACACGATTTC
1995 GGCAAAAA
325 GGCAAAAA
2003 TTTTG
1 TTTTG
Statistics
Matches: 1470, Mismatches: 169, Indels: 55
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
326 98 0.07
327 15 0.01
328 117 0.08
329 333 0.23
330 5 0.00
331 22 0.01
332 19 0.01
333 453 0.31
334 51 0.03
335 62 0.04
336 294 0.20
337 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.15, T:0.31
Consensus pattern (332 bp):
TTTTGCAAAAACTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATA
TAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTGCTAATATCATTTTTTCAATTTTTTCC
CGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
TTGTGGCTAAGATTTGGGATGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGC
AAAACTAAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTGTACACGATTTCG
GCAAAAA
Found at i:1951 original size:998 final size:996
Alignment explanation
Indices: 13--1973 Score: 2888
Period size: 998 Copynumber: 2.0 Consensus size: 996
3 CGGAAATTTT
* *
13 TTTTGCAAAAACTAACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAAATAT
1 TTTTGCAAAAACTAACCCAAAAGATATTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAAATAT
* * * * *
78 ATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGATTCAAATAACTTTTTTTCAATTTTTTC
66 ATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGACTTTTAACGATGCAAATAACATTTTTTCAATTTTTCC
* * * * *
143 CTGAATTAATTTTATTTAAATCGACACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
131 CTGAAATAATTTTAATTAAATCGAAAAAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCGTAAATCCA
* * *
208 TTATGGCTGATATTTGGTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGCCGCCAAAAATCATGC
196 TTATGGCTGAGATTGGGATAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGCCGCCAAAAATCATGC
* *
273 AAAACTGAGCTGGGCCCTGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGACACGATTTCGGCAAAA
261 AAAACTGAGCGGGGCCCCGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGACACGATTTCGGCAAAA
* *
338 ATTTGGCAAAAATTTACCCGAAAGATTTCTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAAATA
326 ATTTGGCAAAAACTGACCCGAAAGATTTCTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAAATA
* * *
403 TATAATTCAATGGCAGAAAGATTGAAGGGCTTTTGAGGCGTCTAATATCATTTTTTTTCATTTTT
391 TATAATTCAACGGCAGAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCGTCTAATATCA-TTTTTTTCATTTTT
* * * * *
468 TTCGGTAATAATTTCCGATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAAT
455 TCCCGTAATAATTTCCGATTAAATCGAAACAAGATTAAGATGATCGTAAAATCAAATCCTTAAAT
* *
533 CCAATATGGCTAAGATTTGGGATGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGTGCCAAAAATCA
520 CCAATATGGCTAAGATTTGGCATGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCA
598 TGCAAAACTAAGCCGTGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGAT
585 TGCAAAACTAAGCCGTGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGAT
** * * * *
663 TTTGGCAAAATTTTTGAAAAAACTGACCTGAAAGATTTTTCCTCAATTTCTAACCGCAATACCTG
650 TTCAGCAAAAATTTTGAAAAAACTGACCTCAAAGATTTCTCCTCAATTTCTAACCGCAATACCTA
* * * * *
728 TAAAACATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAATGGATTTTCATGCTTCTAATATCATTTTTT
715 TAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGATTTTCACGCTGCTAATATCATTTTTT
* * * * * *
793 CAATTTTTTCCCGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAACAACAAAT
780 CAATTCTTTCACGAATTAATTTCCAATTAAATCGAAAAAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAAT
* *
858 CCTTAAATCCATTGTGGCTAAGATATGGGATGATGAATATAGATATTACAATTAGTCTTGGCGCC
845 CCTTAAATCCATTGTGGCTAAGATATGGGATGATGAATATAGATATTACAATGAGTCTTGGCACC
* *
923 AAAAATCATGCAAAACTAAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACAATGATGGTTGT
910 AAAAATCATGCAAAACTAAGCCGCGGCCCCGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACAATGATGGTTGT
988 TGGTACACGATTTCGGCAAAAA
975 TGGTACACGATTTCGGCAAAAA
* *
1010 TTTTGCAAAAACTGACCCAAAAGATATTTCCTGAATTTTTAACCGCAATACTCGT-AAAAAATAT
1 TTTTGCAAAAACTAACCCAAAAGATATTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAAATAT
* * * * *
1074 ATAATTCAACACCAGAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTGCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTC
66 ATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGACTTTTAACGATGCAAATAACATTTTTTCAATT-TTTC
*
1139 CCT-AAATAATTTCTAATTAAATCGAAAAAAGATTCATATGATCGTAAAAACAAATCCGTAAATC
130 CCTGAAATAATTT-TAATTAAATCGAAAAAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCGTAAATC
* * *
1203 CATTGTGGCTGAGATTCGGGAT-GATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCT
194 CATTATGGCTGAGATT-GGGATAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGCCGCCAAAAATCA
*
1267 TGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTACACGATTTCG
258 TGCAAAACTGAG-CGGGGCCCCGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-G-ACACGATTTCG
* * * *
1332 GCAAAAATTTTGTAAAAACTGACCCGAAAGGTTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGT-AA
320 GCAAAAATTTGGCAAAAACTGACCCGAAAGATTTCTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAA
*
1396 AAAATATATAATTCAACGTC-GAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGC-TGCTAATATCA-TTTTTT
385 AAAATATATAATTCAACGGCAG-AAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCGT-CTAATATCATTTTTTT
* *
1458 CAATTTTTTCCCG-AATTAATTT-CTATTTAAATTGAAACAAGATTAAGATGATCGTAACAA-CA
448 C-ATTTTTTCCCGTAA-TAATTTCCGA-TTAAATCGAAACAAGATTAAGATGATCGTAA-AATCA
* * * * *
1520 AATCCTTAAATCCATTGTGGCTAATATTTTGTCA-GATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGG
509 AATCCTTAAATCCAATATGGCTAAGA-TTTGGCATGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGG
* *
1584 CGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGTGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGG
573 CGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGCCGTGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGG
* * * *
1649 TTAGTTCACGATTTCAGCAAAAATTTTGTAAAAATTGACC-CAAATGATTTCTCCTCAATTTTTA
638 TTAGTACACGATTTCAGCAAAAATTTTGAAAAAACTGACCTCAAA-GATTTCTCCTCAATTTCTA
* * *
1713 ACCGCAATA-CTCATAAAAAATATATAATTCAATGGCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTGC
702 ACCGCAATACCT-ATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGATTTTCACGCTGC
1777 TAATATCATTTTTTCAATTCTTTCACGAATTAATTTCCAATTAAATCGAAAAAAGATTCAGATGA
766 TAATATCATTTTTTCAATTCTTTCACGAATTAATTTCCAATTAAATCGAAAAAAGATTCAGATGA
* * * *
1842 TCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCATTGTGGTTGAGAT-TCGGGATGATGAATATAGATATTTCA
831 TCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTAAGATAT-GGGATGATGAATATAGATATTACA
1906 ATGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTAAGCCGCGGCCCCGGAACACGTTTTTAGCCAAA
895 ATGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTAAGCCGCGGCCCCGGAACACGTTTTTAGCCAAA
1971 AAC
960 AAC
1974 CGTGATAACG
Statistics
Matches: 861, Mismatches: 87, Indels: 31
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
996 68 0.08
997 186 0.22
998 482 0.56
999 58 0.07
1000 67 0.08
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.15, T:0.31
Consensus pattern (996 bp):
TTTTGCAAAAACTAACCCAAAAGATATTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAAATAT
ATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGACTTTTAACGATGCAAATAACATTTTTTCAATTTTTCC
CTGAAATAATTTTAATTAAATCGAAAAAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCGTAAATCCA
TTATGGCTGAGATTGGGATAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGCCGCCAAAAATCATGC
AAAACTGAGCGGGGCCCCGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGACACGATTTCGGCAAAA
ATTTGGCAAAAACTGACCCGAAAGATTTCTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAAATA
TATAATTCAACGGCAGAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCGTCTAATATCATTTTTTTCATTTTTT
CCCGTAATAATTTCCGATTAAATCGAAACAAGATTAAGATGATCGTAAAATCAAATCCTTAAATC
CAATATGGCTAAGATTTGGCATGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCAT
GCAAAACTAAGCCGTGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
TCAGCAAAAATTTTGAAAAAACTGACCTCAAAGATTTCTCCTCAATTTCTAACCGCAATACCTAT
AAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGATTTTCACGCTGCTAATATCATTTTTTC
AATTCTTTCACGAATTAATTTCCAATTAAATCGAAAAAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATC
CTTAAATCCATTGTGGCTAAGATATGGGATGATGAATATAGATATTACAATGAGTCTTGGCACCA
AAAATCATGCAAAACTAAGCCGCGGCCCCGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACAATGATGGTTGTT
GGTACACGATTTCGGCAAAAA
Found at i:1974 original size:662 final size:659
Alignment explanation
Indices: 13--2007 Score: 2848
Period size: 662 Copynumber: 3.0 Consensus size: 659
3 CGGAAATTTT
* *
13 TTTTGCAAAAACTAACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAAATAT
1 TTTTGAAAAAACTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGT-AAAAAATAT
* * * * *
78 ATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGATTCAAATAACTTTTTTTCAATTTTTTC
65 ATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTTTTTC
* * *
143 CTGAATTAATTT-TATTTAAATCGACACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCC
130 CCGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAACAACAAATCCTTAAATCC
* * * * *
207 ATTATGGCTGATATTTGGTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGCCGCCAAAAATCATG
195 ATTGTGGCTAATATTTTGTCAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATG
* *
272 CAAAACTGAGC-TGGGCCCTGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-G--A---CACGATTT
260 CAAAACTGAGCGT-GGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTTCACGATTT
* *
330 CGGCAAAAATTTGGCAAAAATTTACCCGAAAGATTTCTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTA
324 CGGCAAAAATTTTGCAAAAATTGACCC-AAAGATTTCTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGT-
* *
395 AAAAAATATATAATTCAATGGCAGAAAGATTGAAGGGCTTTTGAGGC-GTCTAATATCATTTTTT
387 AAAAAATATATAATTCAATGGCAGAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTG-CTAATATCA--TTTT
* * * * * * * *
459 TTCATTTTTTTCGGTAATAATTTCCGATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAATCAAA
449 TTCAATTCTTTCCG-AATAATTTCCAATTAAATCGAAAAAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAA
* * * * *
524 TCCTTAAATCCAATATGGCTAAGATTTGGGATGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGTGC
513 TCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTCGGGATGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGC
* *
589 CAAAAATCATGCAAAACTAAGCCGTGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTA
578 CAAAAATCATGCAAAACTAAGCCGCGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAG---
* *
654 GTACACGATTTTGGCAAAAT
640 GTACACGATTTCGGCAAAAA
* * *
674 TTTTGAAAAAACTGACCTGAAAGATTTTTCCTCAATTTCTAACCGCAATAC-CTGTAAAACATAT
1 TTTTGAAAAAACTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTC-GTAAAAAATAT
* * *
738 ATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAATGGATTTTCATGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTTTTTC
65 ATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTTTTTC
803 CCGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAACAACAAATCCTTAAATCC
130 CCGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAACAACAAATCCTTAAATCC
* * ** * * *
868 ATTGTGGCTAAGA-TATGGGATGATGAATATAGATATTACAATTAGTCTTGGCGCCAAAAATCAT
195 ATTGTGGCTAATATTTTGTCA-GATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCAT
* * **
932 GCAAAACTAAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACAATGATGGTT-GTTGGTACAC
259 GCAAAACTGAG-CGTGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAG-T--T-CAC
* *
996 GATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAACTGACCCAAAAGATATT-TCCTGAATTTTTAACCGCAATA
319 GATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAATTGACCC-AAAGAT-TTCTCCTCAATTTTTAACCGCAATA
***
1060 CTCGTAAAAAATATATAATTCAACACCAGAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTGCTAATATCATT
382 CTCGTAAAAAATATATAATTCAATGGCAGAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTGCTAATATCATT
* * *
1125 TTTTCAATTCTTTCCCTAAATAATTTCTAATTAAATCGAAAAAAGATTCATATGATCGTAAAAAC
447 TTTTCAATTCTTT-CC-GAATAATTTCCAATTAAATCGAAAAAAGATTCAGATGATCGTAAAAAC
* *
1190 AAATCCGTAAATCCATTGTGGCTGAGATTCGGGATGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGG
510 AAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTCGGGATGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGG
* * * *
1255 CGCCAAAAATCTTGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-G
575 CGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGCCGCGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAG
1319 GTACACGATTTCGGCAAAAA
640 GTACACGATTTCGGCAAAAA
* *
1339 TTTTGTAAAAACTGACCCGAAAGGTTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATA
1 TTTTGAAAAAACTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATA
* * *
1404 TAATTCAACGTCGAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTGCTAATATCATTTTTTCAATTTTTTCC
66 TAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTTTTTCC
* *
1469 CGAATTAATTTCTATTTAAATTGAAACAAGATTAAGATGATCGTAACAACAAATCCTTAAATCCA
131 CGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAACAACAAATCCTTAAATCCA
1534 TTGTGGCTAATATTTTGTCAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGC
196 TTGTGGCTAATATTTTGTCAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGC
1599 AAAACTGAGTCGTGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTTCACGATTTC
261 AAAACTGAG-CGTGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTTCACGATTTC
* * *
1664 AGCAAAAATTTTGTAAAAATTGACCCAAATGATTTCTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCATAA
325 GGCAAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAA-GATTTCTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAA
* * * *
1729 AAAATATATAATTCAATGGCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTGCTAATATCATTTTTTCAA
389 AAAATATATAATTCAATGGCAGAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTGCTAATATCATTTTTTCAA
1794 TTCTTTCACGAATTAATTTCCAATTAAATCGAAAAAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCT
454 TTCTTTC-CGAA-TAATTTCCAATTAAATCGAAAAAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCT
* * *
1859 TAAGTCCATTGTGGTTGAGATTCGGGATGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCACCAAA
517 TAAATCCATTGTGGCTGAGATTCGGGATGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAA
* * *
1924 AATCATGCAAAACTAAGCCGCGGCCCCGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAACGTAAAC
582 AATCATGCAAAACTAAGCCGCGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-AGGTACAC
1989 GATTTCGGCAAAAA
646 GATTTCGGCAAAAA
2003 TTTTG
1 TTTTG
Statistics
Matches: 1187, Mismatches: 119, Indels: 53
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
660 80 0.07
661 166 0.14
662 320 0.27
663 2 0.00
664 24 0.02
665 299 0.25
666 6 0.01
668 14 0.01
669 158 0.13
670 51 0.04
671 65 0.05
672 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.15, T:0.31
Consensus pattern (659 bp):
TTTTGAAAAAACTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATA
TAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTTTTTCC
CGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAACAACAAATCCTTAAATCCA
TTGTGGCTAATATTTTGTCAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGC
AAAACTGAGCGTGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTTCACGATTTCG
GCAAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAGATTTCTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAA
AATATATAATTCAATGGCAGAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTGCTAATATCATTTTTTCAATT
CTTTCCGAATAATTTCCAATTAAATCGAAAAAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAA
TCCATTGTGGCTGAGATTCGGGATGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATC
ATGCAAAACTAAGCCGCGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGGTACACGATTT
CGGCAAAAA
Done.