Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01009670.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig09702, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 985
Length: 1642
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Found at i:1162 original size:326 final size:325
Alignment explanation
Indices: 1--1642 Score: 1741
Period size: 326 Copynumber: 5.0 Consensus size: 325
* * *
1 AATTTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAATATTTTTCGGGACATTTTTTGCAAAATTT
1 AATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGACAGTTTTTG-AAAATTT
* *
66 TGACCGAAATAGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACACGCGTT-TCAGAG-CCCGAC
65 TGACCGAAATCGTGTACT-A--ATCACAGTTTTTGGCT-AAAA-ACGCGTTCT-TG-GCCCCGAC
* *
129 TTAGTTTTGCATGATTTTTGGCATCAAGACTCCTTAAAATATTTATATACATCTAACCAAATCTC
123 TTAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGCAAGACTCCTTAAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTC
*
194 AGCCACAATGGATTTAAGGATA-ATTTTTTACGAGCTTCTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAA
188 AGCCACAATGGATTTAA-GATATATTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAA
*
258 ATTAATTC-G---A-A--AAAAA-TATATTAGAAGCCTGAAAAGCCCTTAAATTTTATT--ATCG
252 ATTAATTCGGAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCCTTAAATTTTATTGGAT--
313 TTGAATTATAT
315 TTGAATTATAT
* *
324 -ATTTGTTATGAGTATTGTGGCCAAAATTTGAGGAAAAATTTTTCGAGG-TAGTTTTTGCAAAAT
1 AATTT-TTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCG-GGACAGTTTTTG-AAAAT
* * * * *
387 TCTGGCCGATATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCTAAAAACGCGCGTTCTGGGGCCCCGA
63 TTTGACCGAAATCGTGTACT-A--ATCACAGTTTTTGGCTAAAAA--CGCGTTCT-TGGCCCCGA
* * * *
452 CTTAGTTTTGCTTGATTTTTGACAGCAAGACTCCTTAAAATATTTATATTCATATAACCACATCT
122 CTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGCAAGACTCCTTAAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCT
* * *
517 CAGCCACAATGGATTTAAGA-ATAATATTTTACGAGCATCTAAATTATGTTTCGATTTAAATAGA
187 CAGCCACAATGGATTTAAGATAT-ATTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGA
* * **
581 AATTAATTCGGAAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCTTTAAATTTTATTGGCGT
251 AATTAATTCGGAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCCTTAAATTTTATTGGATT
* *
646 TGATTTAAAT
316 TGAATTATAT
* * *
656 -ATTTTCTATGAGTATTGTGGTCAAAAATTGGGGAAAAA-TTTTCCGGACAGTTTTTGCAAAATT
1 AATTTT-TATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGACAGTTTTTG-AAAATT
* * * * * *
719 TT-AGCCGAAATCATATACTAACCATCACAGTTTTTGACTAAAAATGCGTTCTTGAGCCCGGACA
64 TTGA-CCGAAATCGTGTACT-A--ATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTTG-GCCCCGACT
* ** * ** * * **
783 CAGTTTTGCATGATTTTTGGC-GCCAAGTGTCATTGTAATATCTATATTCATCTAAACATTTCTC
124 TAGTTTTGCATGATTTTTGGCAG-CAAGACTCCTTAAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTC
* * * * *
847 GGCCACATTGGATTTAA-ATATTTGTTTTTATGAGCATTTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAA
188 AGCCACAATGGATTTAAGATATAT-TTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAA
* * ** * *
911 ATTAATTCGGAAAAAATTA-GAAAAACGAAAATT-GAAGCGTCTAAAGCCCTTCAGTCTTT-TTG
252 ATTAATTCGG--AAAA-TAGGAAAAACG-ATATTAGAAGCCTGAAAAGCCCTTAAAT-TTTATTG
973 GATTTGAATTATAT
312 GATTTGAATTATAT
*
987 AATTTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGACAGTTTTTG-AAATTTT
1 AATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGACAGTTTTTGAAAATTTT
* * * **
1051 GACCGAAATCGTGTACT-ATCACAATTTTTGGCTAAAAATGTGTTCTTAGGCCCCGACACAGTTT
66 GACCGAAATCGTGTACTAATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTT-GGCCCCGACTTAGTTT
* * * *
1115 TGGATGATTTTTGGCAGCAAGACTCCTTAAAATATCTATTTTCATCTAACCAAATCTCAGACACA
130 TGCATGATTTTTGGCAGCAAGACTCCTTAAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACA
** *
1180 ATGGATTTAAAGATA-AGGTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATT
195 ATGGATTT-AAGATATATTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT
* ** * *
1244 CGGAAAATAGGAAAAACGATATTATAAGTATGAAAAGCCCTTAAATTTTTTTAGCGA--TGAGTT
259 CGGAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCCTTAAATTTTATT-G-GATTTGAATT
1307 ATAT
322 ATAT
* * * *
1311 ATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAAGTGAGGAAAAATTTTTCAGGAGAGTTTTTGCAAAATTT
1 AATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGACAGTTTTTG-AAAATTT
* ** *
1376 TGGCCGAAATCGTG---TAATCATTGTTTTTGGCTAAAAACACGCGTTC-TGGAGCCCGACTTAG
65 TGACCGAAATCGTGTACTAATCACAGTTTTTGGCT-AAAA-ACGCGTTCTTGG-CCCCGACTTAG
* *
1437 TTTTGCATGATTTTTTGGCATCAAGACTCCTTAAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAAC
127 TTTTGCATGA-TTTTTGGCAGCAAGACTCCTTAAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGC
1502 CACAATGGATTTAAGGATA-ATTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATT
191 CACAATGGATTTAA-GATATATTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATT
** * **
1566 AATTC--------GGAAAAATTATATTTGAAGCCTGAAAAGCCCTTAAATTTTATTGGCGTTGAA
255 AATTCGGAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCCTTAAATTTTATTGGATTTGAA
1623 TTATAT
320 TTATAT
1629 -ATTTGTTATGAGTA
1 AATTT-TTATGAGTA
Statistics
Matches: 1118, Mismatches: 148, Indels: 111
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
316 1 0.00
317 4 0.00
318 54 0.05
321 1 0.00
322 9 0.01
323 104 0.09
324 237 0.21
325 26 0.02
326 284 0.25
327 4 0.00
328 8 0.01
329 126 0.11
330 22 0.02
331 132 0.12
332 106 0.09
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (325 bp):
AATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGACAGTTTTTGAAAATTTT
GACCGAAATCGTGTACTAATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTTGGCCCCGACTTAGTTTT
GCATGATTTTTGGCAGCAAGACTCCTTAAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAA
TGGATTTAAGATATATTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG
GAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCCTTAAATTTTATTGGATTTGAATTATAT
Found at i:1256 original size:655 final size:651
Alignment explanation
Indices: 2--1642 Score: 1953
Period size: 655 Copynumber: 2.5 Consensus size: 651
1 A
* * * *
2 ATTTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAATATTTTTCGGGACATTTTTTGCAAAATTTT
1 ATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAA-AATTTTCAGGACAGTTTTTGCAAAATTTT
67 GACCGAAAT-AGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACACGCGTT-TCAGAGCCCGACT
65 G-CCGAAATCA-TGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACACGCGTTCT-AGAGCCCGACT
*
130 TAGTTTTGCATGATTTTTGGCATCAAGACTCCTTAAAATATTTATATACATCTAACCAAATCTCA
127 TAGTTTTGCATGATTTTTGGCATCAAGACTCCTTAAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCA
195 GCCACAATGGATTTAAGGATAATTTTTTACGAGC-TTCTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAA
192 GCCACAATGGATTTAA-GATAATTTTTTACGAGCATT-TGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAA
* * *
259 TTAATTC-G-----AAAAAAATATATTAGAAGCCTGAAAAGCCCTTAAATTTTATTATCGTTGAA
255 TTAATTCGGAAAAAAAAAAAAAAAATTAGAAGCCTCAAAAGCCCTTAAATTTTATTATC-TTGAA
* *
318 TTATATATTTGTTATGAGTATTGTGGCCAAAATTTGAGGAAAAATTTTTCGAGGTAGTTTTTGCA
319 TTATATATTTGTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGGCAGTTTTTG-A
* * ** *
383 AAATTCTGGCCGATATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCTAAAAACGCGCGTTCTGGGGCC
383 AAATTCTGACCGAAATCGTGTACT-A--ATCACAATTTTTGGCTAAAAAC-CGCGTTCTGAGGCC
** * * *
448 CCGACTTAGTTTTGCTTGATTTTTGACAGCAAGACTCCTTAAAATATTTATATTCATATAACCAC
444 CCGACACAGTTTTGCATGATTTTTGACAGCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATATAACCAA
* * *
513 ATCTCAGCCACAATGGATTTAAGAATAATATTTTACGAGCATCTAAATTATGTTTCGATTTAAAT
509 ATCTCAGACACAATGGATTTAAGAATAAGATTTTACGAGCATCTAAATTATGTTTCAATTTAAAT
* * * *
578 AGAAATTAATTCGGAAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCTTTAAATTTTATTGG
574 AGAAATTAATTCGGAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCATGAAAAGCCCTTAAATTTTATTAG
* *
643 CGTTGATTTAAAT
639 CGATGAGTTAAAT
* * *
656 ATTTTCTATGAGTATTGTGGTCAAAAATTGGGGAAAAATTTTCCGGACAGTTTTTGCAAAATTTT
1 ATTTT-TATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCAGGACAGTTTTTGCAAAATTTT
* * * * **
721 AGCCGAAATCATATACTAACCATCACAGTTTTTGACT-AAAA-ATGCGTTCTTGAGCCCGGACAC
65 -GCCGAAATCATGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACACGCGTTCTAGAGCCC-GACTT
** ** * ** * * ** *
784 AGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGTGTCATTGTAATATCTATATTCATCTAAACATTTCTCGG
128 AGTTTTGCATGATTTTTGGCATCAAGACTCCTTAAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAG
* * *
849 CCACATTGGATTTAA-ATATTTGTTTTTATGAGCATTTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAAT
193 CCACAATGGATTTAAGATA-AT-TTTTTACGAGCATTTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAAT
* * * *
913 TAATTCGGAAAAAATTAGAAAAACGAAAATT-GAAGCGTCTAAAGCCCTTCAGTCTTT-TTGGAT
256 TAATTCGGAAAAAA--A-AAAAA--AAAATTAGAAGCCTCAAAAGCCCTTAAAT-TTTATT--AT
*
976 -TTGAATTATATAATTT-TTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCG-GGACAG
313 CTTGAATTATAT-ATTTGTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGG-CAG
* * * *
1038 TTTTTG-AAATTTTGACCGAAATCGTGTACT-ATCACAATTTTTGGCTAAAAA-TGTGTTCTTAG
376 TTTTTGAAAATTCTGACCGAAATCGTGTACTAATCACAATTTTTGGCTAAAAACCGCGTTCTGAG
* * * *
1100 GCCCCGACACAGTTTTGGATGATTTTTGGCAGCAAGACTCCTTAAAATATCTATTTTCATCTAAC
441 GCCCCGACACAGTTTTGCATGATTTTTGACAGCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATATAAC
* *
1165 CAAATCTCAGACACAATGGATTTAA-AGATAAGGTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTT
506 CAAATCTCAGACACAATGGATTTAAGA-ATAAGATTTTACGAGCATCTAAATTATGTTTCAATTT
* * * *
1229 AATTAGAAATTAATTCGGAAAATAGGAAAAACGATATTATAAGTATGAAAAGCCCTTAAATTTTT
570 AAATAGAAATTAATTCGGAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCATGAAAAGCCCTTAAATTTTA
*
1294 TTAGCGATGAGTTATAT
635 TTAGCGATGAGTTAAAT
* *
1311 ATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAAGTGAGGAAAAATTTTTCAGGAGAGTTTTTGCAAAATTT
1 A-TTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAA-TTTTCAGGACAGTTTTTGCAAAATTT
* ** *
1376 TGGCCGAAATC--GT-GT-A--ATCATTGTTTTTGGCTAAAAACACGCGTTCTGGAGCCCGACTT
64 T-GCCGAAATCATGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACACGCGTTCTAGAGCCCGACTT
1435 AGTTTTGCATGATTTTTTGGCATCAAGACTCCTTAAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCA
128 AGTTTTGCATGA-TTTTTGGCATCAAGACTCCTTAAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCA
* *
1500 ACCACAATGGATTTAAGGATAATTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAAT
192 GCCACAATGGATTTAA-GATAATTTTTTACGAGCATTTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAAT
** * * * **
1565 TAATTCGG------AAAAATTATATTTGAAGCCTGAAAAGCCCTTAAATTTTATTGGCGTTGAAT
256 TAATTCGGAAAAAAAAAAAAAAAATTAGAAGCCTCAAAAGCCCTTAAATTTTATTATC-TTGAAT
1624 TATATATTTGTTATGAGTA
320 TATATATTTGTTATGAGTA
Statistics
Matches: 835, Mismatches: 115, Indels: 86
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
641 11 0.01
642 38 0.05
643 4 0.00
644 1 0.00
650 13 0.02
651 22 0.03
652 130 0.16
653 120 0.14
654 70 0.08
655 250 0.30
656 38 0.05
657 19 0.02
659 1 0.00
661 22 0.03
662 7 0.01
663 76 0.09
664 11 0.01
665 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (651 bp):
ATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCAGGACAGTTTTTGCAAAATTTTG
CCGAAATCATGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACACGCGTTCTAGAGCCCGACTTAGT
TTTGCATGATTTTTGGCATCAAGACTCCTTAAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCA
CAATGGATTTAAGATAATTTTTTACGAGCATTTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT
CGGAAAAAAAAAAAAAAAATTAGAAGCCTCAAAAGCCCTTAAATTTTATTATCTTGAATTATATA
TTTGTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGGCAGTTTTTGAAAATTCTG
ACCGAAATCGTGTACTAATCACAATTTTTGGCTAAAAACCGCGTTCTGAGGCCCCGACACAGTTT
TGCATGATTTTTGACAGCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATATAACCAAATCTCAGACACA
ATGGATTTAAGAATAAGATTTTACGAGCATCTAAATTATGTTTCAATTTAAATAGAAATTAATTC
GGAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCATGAAAAGCCCTTAAATTTTATTAGCGATGAGTTAAA
T
Done.