Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01009685.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig09717, whole genome shotgun sequence
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* * *
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* * *
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* * ** * *
130 AATTTTTCATCAATTTTTGGCCACAATTCTCATAAAAAATATGGAATTCAACGCCAATAAAATTT
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** *** *
195 AATGACTTTTCAG--GCTTCTAATA-----TAAAC-A-TTTTTCTGAATTAATTTATAATTAAAT
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* * * *
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*
316 ATGAATATAAA
318 ATGAATATAGA
* * * *
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1 TATTTTAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTATGTCGGGG-CCC-AGAA--CGCGTT
* * *
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62 TTTAGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAA
* *
457 AAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCAAAAAAAATATGTAACTCAACACCAATAAAATT
127 AAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAA-ACCAATAAAATT
**
522 TAAGGGTTTTCAG--GCTTCTAATATAATTTTTCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATC
191 TAAGGGTTTT-AGATGCTTC-AATATCGTTTTTCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATC
* * * *
585 GAAACAAAATTCTGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCAATTGTGTCTGAGATTTTGTTAGA
254 GAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTAGA
* *
650 TAAAAATAGA
319 TGAATATAGA
* * * * * *
660 TCTTTTATGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGCCGGGGCTCAGGAACGCGTTTTT
1 TATTTTAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTATGTCGGGGCCCA-GAACGCGTTTTT
* * * * *
725 AGCAAAAAACTGTGATAGTTAGTACATGATTTCAGCCAAAAATTTGCGAAAACTGTCCCGAAAAA
65 AGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAA
* * * * * *
790 CTTTTCCTCAATTTTTAGCCACGACACTCATAAAAAATATAT-ACTTCAAATCCAA-AAAGACTG
130 TTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAAC-TCAAA-CCAATAAA-ATTT
* * *
853 AAGGGTTTTAGATGCTTCAATTTTCGTATTTCCTATTTTTCTCCTAATTAATTTCTAATTAAATC
192 AAGGGTTTTAGATGCTTCAA-TATCGTTTTTCCTATTTTT-T-CGAATTAATTTCTAATTAAATC
* * ** * * * * *
918 GAAACA-AGATTCAGATGCTCTTAAAAACAAATCTTTCAATCCAATGTGGCTGAGAATTGGTTAG
254 GAAACATA-ATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTAG
982 ATGAATATAGA
318 ATGAATATAGA
* * ** * *
993 TATTTCAATGACACTTGGTGCCAAAAATCATACAAAACTATGTCGGGGCCCAAGAACGTGTTTTT
1 TATTTTAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTATGTCGGGGCCC-AGAACGCGTTTTT
* * * *
1058 AGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCCAAAATTTCT-CAAAAACTATCACGAAAA
65 AGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTT-TGCAAAAACTGTCCCGAAAA
* ** * * * *** * *
1122 AGTTTTCCTCAAAAATTTGGCCACCATAGTCATAAAAGAT-TAATAACTCAAGGAAAAAAAATGT
129 ATTTTTCCTC-AATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATAT-ATAACTCAAACCAATAAAATTT
* * * *
1186 AAGGGCTTTT-CATGCTTTTATAATATCGTTTTTACTA-TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAAT
192 AAGGG-TTTTAGATGC--TT-CAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAAT
* * *
1249 CGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAATCTTATCCTTAAATCCATTGTGTCTGTGATTTGGTTTG
253 CGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTAG
*
1314 ATGAATATAAA
318 ATGAATATAGA
* * * *
1325 TATTTTAAGGAGTC-TGCTGCAAAAAATCATGTAAAACTAAGTCGGGGCCCCCAGAACGCGCGTT
1 TATTTTAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTATGTCGGGG--CCCAGAA--CGCGTT
* * *
1389 TTTAGCAAAAAACAGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTATCCCGAA
62 TTTAGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAA
* *
1454 AAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCA-AAAAAAAATGTAACTCAACACCAATAAAATT
127 AAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAA-ACCAATAAAATT
** *
1518 TAAGGGTTTTCAG--GCTTCTAATATAATTTTTCCTAGTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATC
191 TAAGGGTTTT-AGATGCTTC-AATATCGTTTTTCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATC
* * *
1581 GAGACAAAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTTGTTAGA
254 GAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTAGA
*
1646 TGAAAATAGA
319 TGAATATAGA
* * * * * *
1656 TCTTTTATGGATTCTTGGTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGCCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTT
1 TATTTTAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTATGTCGGGGCCCA-GAACGCGTTTTT
* ** * * *
1721 AGCCAAAAACTGTGATAATTAGTACACGATTTCAGCCAAAAATTTGCGAAAACTGTCCCGAAAAA
65 AGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAA
* * * * *
1786 TTTTTCCTCAATTTTTGGCCACGACACTCATAAAAAATATAT-ACTTCAAATCCAA-AAGGACTG
130 TTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAAC-TCAAA-CCAATAA-AATTT
* * * ** * *
1849 AAGGGCTTTAGATGCCTCAATTTTCGCATTTCCTATTTTTCTCCTAATTAATTTTTAAATTAAAT
192 AAGGGTTTTAGATGCTTCAA-TATCGTTTTTCCTATTTTT-T-CGAATTAATTTCT-AATTAAAT
* * ** * * * * *
1914 CGAAACA-AGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTCAATCCAATGTGGCTGAGAATTGGTTA
253 CGAAACATA-ATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTA
1978 GATGAATATAGA
317 GATGAATATAGA
* * ** *
1990 TATTTCAATGACACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTATGTCGGGGCCCAAGAACGCGTTTTT
1 TATTTTAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTATGTCGGGGCCC-AGAACGCGTTTTT
*
2055 AGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTCT-CAAAAACTGTCCCGAAAA
65 AGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTT-TGCAAAAACTGTCCCGAAAA
** * * * ** *
2119 AGTTTTT-CTCAAAAATTTGGCCACCATAGTCATAAAATAT-TAATAACTC-AAGGAAAAAAATT
129 A-TTTTTCCTC-AATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATAT-ATAACTCAAACCAATAAAATT
* * * *
2181 TAAGGGCTTTT-CATGCTTTTATAATATCGTTTTTACTATTTTCT-GAATTAATTTCTAATTAAA
191 TAAGGG-TTTTAGATGC--TT-CAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAA
* * *
2244 TCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAATTCCATTGTGTCTGAGATTTTGTTT
252 TCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTA
*
2309 GATGAATATAAA
317 GATGAATATAGA
* * * * * * *
2321 TATTTTAAGGAGTCTTGCTGCAAAAAATCAAT-TAAAACTAAGTCAGGACCTCAAAACGCGCGTT
1 TATTTTAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAATC-ATGCAAAACTATGTCGGGGCC-CAGAA--CGCGTT
** * * *
2385 TTTAGCAAAAAAAAGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGTAAAAACTGTCCCGAA
62 TTTAGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAA
* * *
2450 AAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTTAACGCCAATAAAGTT
127 AAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAA-ACCAATAAAATT
* * * ** ** *
2515 TAAGGGCTTTACATGCTT--TTA-C------AATATGGTTT-GAATTAATTTTTAATTAAATCGA
191 TAAGGGTTTTAGATGCTTCAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGA
* *
2570 AACATAATTTAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTTGATG
256 AACATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTAGATG
*
2635 AATATAAA
321 AATATAGA
* * * ** *
2643 TATTTTAAGGAGTTTTGCTGACAAAAAATCATATAAAACTAAGTCGGGGCCCCAGAACGCGCGTT
1 TATTTTAAGGAGTCTTGGTG-CCAAAAATCATGCAAAACTATGTCGGGG-CCCAGAA--CGCGTT
* ** * *
2708 TTTAGCCAAAAAAACAGTGATTATTAGTACACGATTTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTATCTC
62 TTTAG-C-AAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGA-TTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCC
* * *
2773 GAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGACACAATACTCAAAAAAAATATGTAACTCAATACCAATAAA
124 GAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAA-ACCAATAAA
** *
2838 ATTTAAGGGATTTTCAG--GCTTCTAATATAATTTTTCCTATTTTTTTGAATTAATTTCTAATTA
188 ATTTAAGGG-TTTT-AGATGCTTC-AATATCGTTTTTCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTA
* * * * * * *
2901 AATCGAAAGATGATTCAGATTCTCATAAAACCTTATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGGT
250 AATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTGGT
*
2966 TAGATGAAAATAGA
315 TAGATGAATATAGA
* * * * *
2980 TCTTTTAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAAATCATCCAAAACCAAGTCGAGGCCCCAGAACGCGCGTT
1 TATTTTAAGGAGTCTTGGTGCC-AAAAATCATGCAAAACTATGTCG-GGGCCCAGAA--CGCGTT
* *
3045 TTTAGCAAAAAACAGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTATCCCGAA
62 TTTAGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAA
* * *
3110 TAATTTTT-CTCAATTTTT-GCCACAATACTCATAAAAAATATGTAACTCAACGCCAATAAAATT
127 AAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAA-ACCAATAAAATT
* *
3173 AAAGGGCTTTTCAG--GCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAAT
191 TAAGGG-TTTT-AGATGCTTC-AATATCGTTTTTCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAAT
*
3236 CGAAACATAATTCAGATGCCCGTAAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTAG
253 CGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTAG
*
3301 ATGAAAATAGA
318 ATGAATATAGA
* * * *
3312 TCTTTTAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGTGCCGGGGCCCAGGAACGTGTTTTT
1 TATTTTAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTATGTCGGGGCCCA-GAACGCGTTTTT
* * * * *
3377 TGCCAAAAATTGTGATGG-T-GTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCGAAAATTGTCCCGAAAAA
65 AGCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAA
* * * * * * * *
3440 ATTTTCCTCAATATTTGGCCACGACACTCATAAAAAATATATAATTCAAATTCAA-AAAGACTGA
130 TTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAAA-CCAATAAA-ATTTA
* * * * *
3504 AAGGCTTTAGATGCTTCAATTCTCGTATTTCCTATTTTTCTCCTAATTAATTTCTAATTAAATCG
193 AGGGTTTTAGATGCTTCAA-TATCGTTTTTCCTATTTTT-T-CGAATTAATTTCTAATTAAATCG
**** * * * *
3569 AAACA-AGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTCAATCCAATGTGGCTGAGAATTGGTTAGA
255 AAACATA-ATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTAGA
3633 TGAATATAGA
319 TGAATATAGA
* * ** ** *
3643 TATTTCAATGACACTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTATGTCGGTGCCCAAGAACGCGTTTTT
1 TATTTTAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTATGTCGGGGCCC-AGAACGCGTTTTT
* *
3708 AGCCAAAAACTGTGA-----ACGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTTCAAAAACTGTCCC-AAAA
65 AGCAAAAAACTGTGATGGTTA-GTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAA
* * * ** *
3767 AGTTTTTCCTCAATTTGTGGACTCAATACTCATAAAAAATATATAACTCAATGTCAATAAAATCT
129 A-TTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAA-ACCAATAAAATTT
3832 AAGGGCTTTT
192 AAGGG-TTTT
3842 CAGACTTCTA
Statistics
Matches: 2951, Mismatches: 442, Indels: 234
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
319 3 0.00
320 45 0.02
321 25 0.01
322 119 0.04
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324 3 0.00
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335 88 0.03
336 14 0.00
337 141 0.05
338 2 0.00
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Consensus pattern (328 bp):
TATTTTAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTATGTCGGGGCCCAGAACGCGTTTTTA
GCAAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAAT
TTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAAACCAATAAAATTTAAGG
GTTTTAGATGCTTCAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAT
AATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
AGA
Found at i:2342 original size:997 final size:995
Alignment explanation
Indices: 225--3811 Score: 4656
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215 ATATAAACAT
* * *
225 TTTTCTGAATTAATTTATAATTAAATCGAAACATAATTCAGTTGCTCGTAAAACCTTATTCTTAA
1 TTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAA
*
290 ATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAAATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCAAAAAAT
66 ATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAAATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCAAAAAAT
*
355 CATGTAAAACTAAGTCGGGGCCCCTAGAACGCGCGTTTTTAGCAAAAAACAGTGATGGTTAGTAC
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*
420 ACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTATCCTGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAAT
196 ACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTATCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAAT
*
485 ACTCA-AAAAAAATATGTAACTCAACACCAATAAAATTTAAGGGTTTTCAGGCTTCTAATATAAT
261 ACTCATAAAAAAA-ATATAACTCAACACCAATAAAATTTAAGGGTTTTCAGGCTTCTAATATAAT
* *
549 TTTTCCTATTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCTGATGCTCGTAAAACCT
325 TTTTCCTAGTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAACCT
* * * * *
614 TATCCTTAAATCAATTGTGTCTGAGATTTTGTTAGATAAAAATAGATCTTTTATGGAGTCTTGGT
390 TATCCTTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTAGATGAAAATAGATATTTTATGGATTCTTGGT
* * * *
679 GCCAAAAATCATCCAAAACTGTGCCGGGGCTCAGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACTGTGATAGT
455 GCCAAAAATCATCCAAAACTATGCCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATAAT
* * * * *
744 TAGTACATGATTTCAGCCAAAAATTTGCGAAAACTGTCCCGAAAAACTTTTCCTCAATTTTTAGC
520 TAGTACACGATTTCAGCCAAAAATTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGA
* *
809 CACGACACTCATAAAAAATATATACTTCAAATCCAAAAAGACTGAAGGGTTTTAGATGCTTCAAT
585 CACAACACTCATAAAAAATATATACTTCAAATCC-AAAAGACTGAAGGGATTTAGATGCTTCAAT
*
874 TTTCGTATTTCCTATTTTTCTCCTAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCT
649 TTTCGTATTTCCTATTTTTCTCCTAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCA
939 TAAAAACAAATCTTTCAATCCAATGTGGCTGAGAATTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGA
714 TAAAAACAAATCTTTCAATCCAATGTGGCTGAGAATTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGA
*
1004 CACTTGGTGCCAAAAATCATACAAAACTATGTCGGGGCCCAAGAACGTGTTTTTAGCCAAAAACT
779 CACTTGGTGCCAAAAATCATACAAAACTATGTCGGGGCCCAAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACT
* * *
1069 GTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCCAAAATTTCTCAAAAACTATCACGAAAAAGTTTTCCTCAA
844 GTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTCTCAAAAACTATCCCGAAAAAGTTTTTCTCAA
*
1134 AAATTTGGCCACCATAGTCATAAAAGATTAATAACTCAAGGAAAAAAAATGTAAGGGCTTTTCAT
909 AAATTTGGCCACCATAGTCATAAAA-ATTAATAACTCAAGG-AAAAAAATTTAAGGGCTTTTCAT
1199 GCTTTTATAATATCGTTTTTACTA
972 GCTTTTATAATATCGTTTTTACTA
* *
1223 TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAATCTTATCCTTAA
1 TTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAA
*
1288 ATCCATTGTGTCTGTGATTTGGTTTGATGAATATAAATATTTTAAGGAGTC-TGCTGCAAAAAAT
66 ATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAAATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCAAAAAAT
*
1352 CATGTAAAACTAAGTCGGGGCCCCCAGAACGCGCGTTTTTAGCAAAAAACAGTGATGATTAGTAC
131 CATGTAAAACTAAGTCGGGGCCCCCAGAACGCGCGTTTTTAGCAAAAAACAGTGATGGTTAGTAC
1417 ACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTATCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAAT
196 ACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTATCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAAT
*
1482 ACTCA-AAAAAAAATGTAACTCAACACCAATAAAATTTAAGGGTTTTCAGGCTTCTAATATAATT
261 ACTCATAAAAAAAATATAACTCAACACCAATAAAATTTAAGGGTTTTCAGGCTTCTAATATAATT
*
1546 TTTCCTAGTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAGACAAAATTCAGATGCTCGTAAAACCTT
326 TTTCCTAGTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAACCTT
* *
1611 ATCCTTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTTGTTAGATGAAAATAGATCTTTTATGGATTCTTGGTG
391 ATCCTTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTAGATGAAAATAGATATTTTATGGATTCTTGGTG
*
1676 CCAAAAATCATCCAAAACTGTGCCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATAATT
456 CCAAAAATCATCCAAAACTATGCCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATAATT
* *
1741 AGTACACGATTTCAGCCAAAAATTTGCGAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCC
521 AGTACACGATTTCAGCCAAAAATTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGAC
* * *
1806 ACGACACTCATAAAAAATATATACTTCAAATCCAAAAGGACTGAAGGGCTTTAGATGCCTCAATT
586 ACAACACTCATAAAAAATATATACTTCAAATCCAAAA-GACTGAAGGGATTTAGATGCTTCAATT
* * * *
1871 TTCGCATTTCCTATTTTTCTCCTAATTAATTTTTAAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCG
650 TTCGTATTTCCTATTTTTCTCCTAATTAATTTCT-AATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCA
1936 TAAAAACAAATCTTTCAATCCAATGTGGCTGAGAATTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGA
714 TAAAAACAAATCTTTCAATCCAATGTGGCTGAGAATTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGA
* *
2001 CACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTATGTCGGGGCCCAAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACT
779 CACTTGGTGCCAAAAATCATACAAAACTATGTCGGGGCCCAAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACT
*
2066 GTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTCTCAAAAACTGTCCCGAAAAAGTTTTTCTCAA
844 GTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTCTCAAAAACTATCCCGAAAAAGTTTTTCTCAA
2131 AAATTTGGCCACCATAGTCATAAAATATTAATAACTCAAGGAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCATG
909 AAATTTGGCCACCATAGTCATAAAA-ATTAATAACTCAAGGAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCATG
2196 CTTTTATAATATCGTTTTTACTA
973 CTTTTATAATATCGTTTTTACTA
2219 TTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAA
1 TTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAA
* *
2284 TTCCATTGTGTCTGAGATTTTGTTTGATGAATATAAATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCAAAAAAT
66 ATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAAATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCAAAAAAT
* * * * *
2349 CAAT-TAAAACTAAGTC-AGGACCTCAAAACGCGCGTTTTTAGCAAAAAAAAGTGATGGTTAGTA
131 C-ATGTAAAACTAAGTCGGGGCCCCCAGAACGCGCGTTTTTAGCAAAAAACAGTGATGGTTAGTA
* * * *
2412 CACGATTTCGACTAAAATTTTGTAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAA
195 CACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTATCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAA
* * * * * * *
2477 TACTCATAAAAAATATATAACTTAACGCCAATAAAGTTTAAGGGCTTTACATGCTT-T--TACAA
260 TACTCATAAAAAAAATATAACTCAACACCAATAAAATTTAAGGG-TTTTCAGGCTTCTAATATAA
* * * * *
2539 ----T-AT-G-GTTT-GAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACATAATTTAGATGCTCGTAAAACC
324 TTTTTCCTAGTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAACC
* * * *
2596 TTATCCTTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAAATATTTTAAGGAGTT-TTG
389 TTATCCTTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTAGATGAAAATAGATATTTTATGGA-TTCTTG
* * ** * * *
2660 CTGACAAAAAATCATATAAAACTAAGTCGGGGCCCCA-GAACGCGCGTTTTTAGCCAAAAAAACA
453 GTG-CCAAAAATCATCCAAAACTATGCCGGGG-CCCAGGAA--CGCGTTTTTAGCC--AAAAACT
* * * * *
2724 GTGATTATTAGTACACGATTTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTATCTCGAAAAATTTTTCCTCA
512 GTGATAATTAGTACACGA-TTTCAGCCAAAAATTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCA
* * * * * * *
2789 ATTTTTGGACACAATACTCAAAAAAAATATGTAAC-TC-AATACCAATAAAATTTAAGGGATTTT
576 ATTTTTGGACACAACACTCATAAAAAATATAT-ACTTCAAAT-CCAA-AAGACTGAAGGGATTTA
* * * ** * * *
2852 CAGGCTTCTAA-TATAATTTTTCCTATTTTT-T--TGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAGATG
638 GATGCTTC-AATTTTCGTATTTCCTATTTTTCTCCT-AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
* * ** * * * * *
2913 ATTCAGATTCTCATAAAACCTTATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTAGATGAAAATA
701 ATTCAGATGCTCATAAAAACAAATCTTTCAATCCAATGTGGCTGAGAATTGGTTAGATGAATATA
* * * ** * * * * *
2978 GATCTTTTAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAAATCATCCAAAACCAAGTCGAGGCCCCAGAACGCGCG
766 GATATTTCAATGACACTTGGTGCC-AAAAATCATACAAAACTATGTCGGGGCCCAAGAA--CGCG
* *
3043 TTTTTAGCAAAAAACAGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTT-TGCAAAAACTATCCC
828 TTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTCT-CAAAAACTATCCC
* * * * * * * * *
3107 GAATAA-TTTTTCTC--AATTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATGTAACTCAACGCCAATAA
892 GAAAAAGTTTTTCTCAAAAATTTGGCCACCATAGTCATAAAAATTA-ATAACTCAA-G-GAAAAA
* * * * *
3169 AATTAAAGGGCTTTTCAGGC--TTCTAATATCATTTTTCCTA
954 AATTTAAGGGCTTTTCATGCTTTTATAATATCGTTTTTACTA
* *
3209 TTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCCCGTAAAACCTTATCCTTA
1 TTTTCT-GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTA
* * * * * *
3274 AATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTAGATGAAAATAGATCTTTTAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAA
65 AATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAAATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCAAAAAA
* ** * * * * **
3339 TCATGCAAAACTGTGCCGGGG--CCCAGGAA--CGTGTTTTTTGCCAAAAATTGTGATGG-T-GT
130 TCATGTAAAACTAAGTCGGGGCCCCCA-GAACGCGCGTTTTTAGCAAAAAACAGTGATGGTTAGT
* * * * * *
3398 ACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCGAAAATTGTCCCGAAAAAATTTTCCTCAATATTTGGCCACG
194 ACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTATCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACA
* * * * * * * *
3463 ACACTCATAAAAAATATATAATTCAA-ATTCAA-AAAGACTGAAAGGCTTT-AGATGCTTC-AAT
259 ATACTCATAAAAAAAATATAACTCAACA-CCAATAAA-ATTTAAGGGTTTTCAG--GCTTCTAA-
* ** * * * *
3524 TCTCGTATTTCCTATTTTTCTCCTAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCG
319 TATAATTTTTCCTAGTTTT-T-CGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCG
**** * * * * * *
3589 TAAAAAAAAATCCTTCAATCCAATGTGGCTGAGAATTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAT-G
382 TAAAACCTTATCCTTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTAGATGAAAATAGATATTT-TATGG
** ** * * * *
3653 ACACTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTATGTCGGTGCCCAAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC
446 ATTCTTGGTGCCAAAAATCATCCAAAACTATGCCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC
* * * *
3718 TGTG--AA--CGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTTCAAAAACTGTCCC-AAAAAGTTTTTCCTC
511 TGTGATAATTAGTACACGATTTCAGCCAAAAATTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAA-TTTTTCCTC
* * *
3778 AATTTGTGGACTCAATACTCATAAAAAATATATA
575 AATTTTTGGACACAACACTCATAAAAAATATATA
3812 ACTCAATGTC
Statistics
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Consensus pattern (995 bp):
TTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAA
ATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAAATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCAAAAAAT
CATGTAAAACTAAGTCGGGGCCCCCAGAACGCGCGTTTTTAGCAAAAAACAGTGATGGTTAGTAC
ACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTATCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAAT
ACTCATAAAAAAAATATAACTCAACACCAATAAAATTTAAGGGTTTTCAGGCTTCTAATATAATT
TTTCCTAGTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAACCTT
ATCCTTAAATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTAGATGAAAATAGATATTTTATGGATTCTTGGTG
CCAAAAATCATCCAAAACTATGCCGGGGCCCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATAATT
AGTACACGATTTCAGCCAAAAATTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGAC
ACAACACTCATAAAAAATATATACTTCAAATCCAAAAGACTGAAGGGATTTAGATGCTTCAATTT
TCGTATTTCCTATTTTTCTCCTAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATA
AAAACAAATCTTTCAATCCAATGTGGCTGAGAATTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGACA
CTTGGTGCCAAAAATCATACAAAACTATGTCGGGGCCCAAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGT
GATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTCTCAAAAACTATCCCGAAAAAGTTTTTCTCAAAA
ATTTGGCCACCATAGTCATAAAAATTAATAACTCAAGGAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCATGCTT
TTATAATATCGTTTTTACTA
Found at i:3939 original size:113 final size:113
Alignment explanation
Indices: 3741--3953 Score: 324
Period size: 113 Copynumber: 1.9 Consensus size: 113
3731 GATTTCGGCC
*
3741 AAAATTTTTCAAAAACTGTCCCAAAAAGTTTTTCCTCAATTTGTGGACTCAATACTCATAAAAAA
1 AAAATTTTTCAAAAACTGTCCCAAAAAGTTTTTCCTCAATTTGTGGACACAATACTCATAAAAAA
* *
3806 TATATAACTCAATGTCAATAAAATCTAAGGGCTTTTCAGACTTCTAAT
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*
3854 AAAATTTTGT-AAAAACTGTCCCGAAAAA-TTTTTCCTCAACTTT-TGGCCACAATACTCATAAA
1 AAAATTTT-TCAAAAACTGTCCC-AAAAAGTTTTTCCTCAA-TTTGTGGACACAATACTCATAAA
* *
3916 AAATATATAACTTAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTT
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3954 ACATGCTTTT
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AAAATTTTTCAAAAACTGTCCCAAAAAGTTTTTCCTCAATTTGTGGACACAATACTCATAAAAAA
TATATAACTCAACGCCAATAAAATCTAAGGGCTTTTCAGACTTCTAAT
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3844 GACTTCTAAT
* * * **
3854 AAAATTTTGTAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAACTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAA
1 AAAATTTTGAAAAAACTATCCCGAAAAACTTTTCCTCAAAATTTGGCCACAATACTCATAAAAAA
* * * * * * **
3919 TATATAACTTAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTACATG-CTT-T--TACAA----TA-T-GGT
66 TATATAACTCAACGCAAAAAAAATTTAACGGCTTTTCA-GACTTATAATATAATTTTTACTATTT
* * * *
3974 TT--GAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTGGTAAAAAAATATTCTTAAAT
130 TTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGT-AAAATATATCCTTAAAT
* *
4037 CCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATATATAATTTAAGGAGTCTTGCTGCCAAAAATCA
194 CCATTGTGTCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATAATTTAAGGAGTCTTGCTGCCAAAAATCA
* * *
4102 TGCAAAACTAAGTTGGGGCCCCAGAACACGCGTTTTTAGCAACAAAA-AGTT-ATAGTTAGTACA
259 TACAAAACTAAGTCGAGGCCCCAGAACACGCGTTTTTAGCAA-AAAACA-TTGATAGTTAGTACA
**
4165 CGA-TTTCGGCC
322 CGACTTT-GAAC
* * *
4176 AAAATTTTGAAAAAACTATCCCGAAAAATTTTTCCTCAAAATTTGGCCACCATAGTCATAAAAAA
1 AAAATTTTGAAAAAACTATCCCGAAAAACTTTTCCTCAAAATTTGGCCACAATACTCATAAAAAA
* **
4241 T-TAATAACTCAAGGCAAAAAAAATTTAACGGCTTTTCATG-CTTTTATAATATCGTTTTTACTA
66 TAT-ATAACTCAACGCAAAAAAAATTTAACGGCTTTTCA-GAC--TTATAATATAATTTTTACTA
* *
4304 -TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCATATGCTCGTAAAATCTTATCCTTA
127 TTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAAT-ATATCCTTA
* * *
4368 AATCCATTCTGTCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCCAAAAA
191 AATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATAATTTAAGGAGTCTTGCTGCCAAAAA
* ** * *
4433 TCATACGAAACTAAGTCGAGGCCCCAGAATGCGCGTTTTTAGCAAAAAACATTGATGGTTAGTCC
256 TCATACAAAACTAAGTCGAGGCCCCAGAACACGCGTTTTTAGCAAAAAACATTGATAGTTAGTAC
4498 ACGACTTTGAAC
321 ACGACTTTGAAC
* * **
4510 AAAATTTTGCAAAAACTATCCCGAAATACTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAA
1 AAAATTTTGAAAAAACTATCCCGAAAAACTTTTCCTCAAAATTTGGCCACAATACTCATAAAAAA
* * * * * *
4575 TATGTAACTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGACTTCTAATATAATTTTTCCTATTTT
66 TATATAACTCAACGCAAAAAAAATTTAACGGCTTTTCAGACTTATAATATAATTTTTACTATTTT
* * *
4640 TTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTTAGATGCTCGTAAAAATGTATCCTTAAATC
131 TCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGT-AAAATATATCCTTAAATC
4705 CATTGTGTCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATAATT
195 CATTGTGTCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATAATT
4744 AGTACATGAT
Statistics
Matches: 486, Mismatches: 60, Indels: 33
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
321 1 0.00
322 92 0.19
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325 1 0.00
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ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (332 bp):
AAAATTTTGAAAAAACTATCCCGAAAAACTTTTCCTCAAAATTTGGCCACAATACTCATAAAAAA
TATATAACTCAACGCAAAAAAAATTTAACGGCTTTTCAGACTTATAATATAATTTTTACTATTTT
TCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAATATATCCTTAAATCC
ATTGTGTCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATAATTTAAGGAGTCTTGCTGCCAAAAATCATA
CAAAACTAAGTCGAGGCCCCAGAACACGCGTTTTTAGCAAAAAACATTGATAGTTAGTACACGAC
TTTGAAC
Found at i:5031 original size:252 final size:250
Alignment explanation
Indices: 4521--4983 Score: 569
Period size: 251 Copynumber: 1.8 Consensus size: 250
4511 AAATTTTGCA
* * * *
4521 AAAACTATCCCGAAATACTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATGTAACTCA
1 AAAACTGTCCCGAAATAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAAATATATAACTCA
* * * *
4586 ACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGACTTCTAATATAATTTTTCCTATTTTTTCGAATTAAT
66 AAGCCAATAAAACTGAAGGGCTTTTCAGACTTCTAATATAATATTTCCTATTTTTTCGAATTAAT
** * *
4651 TTCTAATTAAATCGAAACATAATTTAGATGCTCGTAAAAATGTATCCTTAAATCCATTGTGTCTG
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* * **
4716 AGATTTGGTTAGATGAATATAAATAATTAGTACATGATTTCGGCCAAAATTTTGCG
196 AGAATTGGTTAGATGAATATAAATAATTA-TACATGACTTCGGCCAAAATCATGCG
* *
4772 AAAACTGTCCC-AAATAATTTATCCTCAATTTTTTGCCACAACACTCATAAAAAATATATAATTC
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* * * ** *
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* * *
4897 ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAT-TCTTTCAATCCAAT
125 ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTTAGATGCTCGTAAAAA-AATATCCTTAAATCCAAT
4961 GTGGCTGAGAATTGGTTAGATGA
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4984 GTTTAGATAT
Statistics
Matches: 181, Mismatches: 24, Indels: 13
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Matches are distributed among these distances:
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AAAACTGTCCCGAAATAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAAATATATAACTCA
AAGCCAATAAAACTGAAGGGCTTTTCAGACTTCTAATATAATATTTCCTATTTTTTCGAATTAAT
TTCTAATTAAATCGAAACATAATTTAGATGCTCGTAAAAAAATATCCTTAAATCCAATGTGGCTG
AGAATTGGTTAGATGAATATAAATAATTATACATGACTTCGGCCAAAATCATGCG
Done.