Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01009686.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig09718, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 4160
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36


Found at i:926 original size:332 final size:331

Alignment explanation

Indices: 4--2195 Score: 2354 Period size: 331 Copynumber: 6.6 Consensus size: 331 1 AAG * * 4 CCCTTCAATCTTTTT-GCCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTCTAGCCAAAAATTGAGGA 1 CCCTTCAATCTTTTTAG-CGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTAGCCAAAAATTGAGGA * * 68 AATATCTTTCGAGTCAA-TTTTACCAAAATTTTAGCCGAAAT--TG---T-GTCAT---AGTTTT 65 AATATCTTTCGGGTCAATTTTTA-CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCACAGTTTT * * * * * * ** 123 TGGCTGAAAAACCGTTCTAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACT-CAAAGACTTGTT 129 TGGCTAAAAAAGCGTTATGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTT-AGTGCCAAGACTCCTT * * * * * 187 GAGACATTTATATTCATCTGATCAAATCTCAGCCACAATGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGC 193 GAGATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC-AGC * * 252 ATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATATGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAT 257 ATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAA * 317 ACGTCAAAAG 322 ACGTCAAAAA * * * * * * * 327 CCCTTCAATTTTTTTAGAGTTGAATTGTATA-TCTTTACTGCGTATTCTGGCCAAAATTTGA-GA 1 CCCTTCAATCTTTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTA-TGAGTATTCTAGCCAAAAATTGAGGA * * * * * * 390 ATTTATCTTTCTGGTCAATTTTTACAAAATTTAAG-CAAAATCGTGTAATAACCATTACAGTTTT 65 A-ATATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCACAGTTTT * * * * * * * * 454 TGGCTAATAAAGTGTTTTGGGGCCCCTGCTTAATTTTGCATGATTCTTAGCGCCAAGACTCCTTG 129 TGGCTAAAAAAGCGTTATGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTAGTGCCAAGACTCCTTG * * * * * 519 ATATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAACCACATTGGATTCAAGAATTTGTTTTTACAACTA 194 AGATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAGC-A * * * * * * 584 TCTAAATCTTGATTCGATTTAATTAGAAATTAGTTTGGGAAAAACAGGAAAAACGATATTAGATA 258 TCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAA 649 CGTCAAAAA 323 CGTCAAAAA * * * * 658 ACCTTCAATCTTTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTTTAGCCAAATATTGAGGAA 1 CCCTTCAATCTTTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTAGCCAAAAATTGAGGAA * * * 723 ATATCTTTCGGGTTAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCATAG-TTTTC 66 ATATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCACAGTTTTTG * * * * * 787 CCAAAAAAAAGCGTTATGGGGCCGCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTAGTGCCAAGACTTCTTGA 131 GC-TAAAAAAGCGTTATGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTAGTGCCAAGACTCCTTGA * 852 GATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGACACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCAT 195 GATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC-AGCAT * * * * 917 CTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAA-TAATTTGGAAAAAATAGGAAAAACAATAATAGAAAT 259 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAAC 981 GTCAAAAA 324 GTCAAAAA * * * * 989 CCCTTCAAT-TTTTTTGTCGTTGAATTATATATGTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTTAGGA 1 CCCTTCAATCTTTTTAG-CGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTAGCCAAAAATTGAGGA * 1053 AATATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTG---TAACCATCACAGTTTTT 65 AATATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCACAGTTTTT * 1115 GGCTAAAAAAGCG-TACTGGGG-CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTAGTGCCAAGACTCCTTA 130 GGCTAAAAAAGCGTTA-TGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTAGTGCCAAGACTCCTTG * 1178 AGTTATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCA 194 AGATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC-AGCA * 1243 TCTGAATCTTGTTTAGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAA 258 TCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAA * * 1308 CGTTAAAAG 323 CGTCAAAAA * * * * 1317 CGCTTCAAT-TTTTTTGTCGTTGAATTATATATTTTTAATGAGTATTCTAGTCAAAAATTGAGGA 1 CCCTTCAATCTTTTTAG-CGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTAGCCAAAAATTGAGGA * * * 1381 AATATCTTTCGGGTCAATTTTTTCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTAATAATCATCGCAGTTTTT 65 AATATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCACAGTTTTT * * * * * 1446 GGCTGAAAAAGTGTTCTAGGGCCCCGGTTCAGTTTTGCATGATTTTT-GCCT-CCAAGACTTCCT 130 GGCTAAAAAAGCGTTATGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTAG--TGCCAAGAC-TCCT * * * 1509 TGAGATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCATCCACATTTGATTTAAGAATTTGTTTTTACATG 192 TGAGATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACA-G * * * * 1574 CATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTACAAATTAATTTAG-AAAAATACGAAAAACGATATCA-A 256 CATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGA ** * ** 1637 TTGCGTGAAATG 321 -AACGTCAAAAA * * * * * * * * 1649 TCCTCCAATCGTTTTGGCATTTAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAT 1 CCCTTCAATCTTTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTAGCCAAAAATTGAGGA- * * * * * * * * 1714 AAAAT-TTTCAGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAAAACATCATAGTTTT 65 AATATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAAT-AATCATCACAGTTTT * * * * * * * * * * 1778 TGGGTAAAAACGCGTT-TCGAGGCCCCGACTCATTTTTCCATGATTTTTGGCGCCGATACTCCTT 129 TGGCTAAAAAAGCGTTAT-GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTAGTGCCAAGACTCCTT * ** * * * * * 1842 GAAATATCTATATTCCGCTAATAAAATATTAGCCACATTGCATTTAAGTATTTGTTTTTACAGGC 193 GAGATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACA-GC * ** * * 1907 ATCTGAATCTCGTTTTTGCCGTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACTAT 257 ATCTGAATCT--TGTTT--C---GATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATAGGAAAAACGAT * * 1972 ATTA-AAAGCGTGAAAAC 315 ATTAGAAA-CGTCAAAAA * * * * * 1989 CCCTTCAATCTTTTTGGAGTTGAATTATATA-TTTTTATGAGTATTATGGCTAAAAATTGAGGAA 1 CCCTTCAATCTTTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTAGCCAAAAATTGAGGAA * * * 2053 ATATCTTTCGGTTCAATTTTTGA-AAATTTTTAGCCGAAATCATGTAATAATCATCAC-GATTTT 66 ATATCTTTCGGGTCAATTTTT-ACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCACAG-TTTT * * ** * * * * 2116 TGGCTAAAAATGCGTT-TCGAGG-CTTGGTTCAGTTTTGAATGATTTTT--TACACTGAGACTCC 129 TGGCTAAAAAAGCGTTAT-GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTAGTGC-C-AAGACTCC * 2177 TTGAAATATCTATATTCAT 191 TTGAGATATCTATATTCAT 2196 GTTTAGATCC Statistics Matches: 1578, Mismatches: 237, Indels: 94 0.83 0.12 0.05 Matches are distributed among these distances: 322 13 0.01 323 67 0.04 324 8 0.01 327 131 0.08 328 167 0.11 329 5 0.00 330 9 0.01 331 415 0.26 332 378 0.24 333 164 0.10 334 5 0.00 335 1 0.00 336 2 0.00 337 43 0.03 338 35 0.02 339 83 0.05 340 52 0.03 ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.15, T:0.38 Consensus pattern (331 bp): CCCTTCAATCTTTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTAGCCAAAAATTGAGGAA ATATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCACAGTTTTTG GCTAAAAAAGCGTTATGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTAGTGCCAAGACTCCTTGAG ATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAGCATCT GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAACGT CAAAAA Found at i:1340 original size:659 final size:654 Alignment explanation

Indices: 1--2131 Score: 2403 Period size: 659 Copynumber: 3.2 Consensus size: 654 * 1 AAGCCCTTCAATCTTTTTGCCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTCTAGCCAAAAATTGAG 1 AAGCCCTTCAATCTTTTTG-CGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTCTAGCCAAAAATTGAG * * 66 GAAATATCTTTCGAGTCAA-TTTTACCAAAATTTTAGCCGAAAT--TG------T-GTCATAGTT 65 GAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTA-CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCATAGTT * * * * * 121 TTTGGCTGAAAAACCGTTCTAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACTCAAAGACTTGT 129 TTTGGCTGAAAAAGCGTTCTAGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTT-AGTCCAAGACTTCT * * * * * 186 TGAGACATTTATATTCATCTGATCAAATCTCAGCCACAATGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAG 193 TGAGATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAG * * 251 CATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATATGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGA 258 CATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATAGGAAAAACGATAATAGA * * * * * * * * 316 TACGTCAAAAGCCCTTCAATTTTTTTAGAGTTGAATTGTATATCTTTACTGCGTATTCTGGCC-A 323 AATGTCAAAAGCCCTTCAATTTTTTT-GCGTTGAATTATATATTTTTA-TGAGTATTTTAGCCAA * * * 380 AAATTT-GAGAATTTATCTTTCTGGTCAATTTTTACAAAATTTAAG-CAAAATCGTGTAATAACC 386 AAATTTAG-GAA-ATATCTTTCAGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCAAAATCGTG--ATAACC * * * * * * 443 ATTACAGTTTTTGGCTAATAAAGTGTTTTGGGGCCCCTGCTTAATTTTGCATGATTCTTAGCGCC 447 ATCACAGTTTTTGGCTAAAAAAGCG-TTTGGGG-CCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTAGCGCC * * * 508 AAGACTCCTTGATATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAACCACATTGGATTCAAGAATTTGT 510 AAGACTCCTTAAT-TATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGAATTTGT * * * * * * * 573 TTTTACAACTATCTAAATCTTGATTCGATTTAATTAGAAATTAGTTTGGGAAAAACAGGAAAAAC 574 TTTTACAGC-ATCTGAATCTTGTTTAGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATAGGAAAAAC * 638 GATATTAGATACGTCAAA 638 GATATTAGAAACGT-AAA * * * 656 AA-ACCTTCAATCTTTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTTTAGCCAAATATTGAG 1 AAGCCCTTCAATCTTTTT-GCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTCTAGCCAAAAATTGAG * 720 GAAATATCTTTCGGGTTAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCATAG-TT 65 GAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCATAGTTT ** ** * * * 784 TTCCCAAAAAAAAGCGTTATGGGGCCGCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTAGTGCCAAGACTTCT 130 TTGGC-TGAAAAAGCGTTCTAGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTAGT-CCAAGACTTCT * 849 TGAGATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGACACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAG 193 TGAGATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAG * * 914 CATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAA-TAATTTGGAAAAAATAGGAAAAACAATAATAGA 258 CATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATAGGAAAAACGATAATAGA * 978 AATGTCAAAAACCCTTCAATTTTTTTGTCGTTGAATTATATATGTTTTATGAGTATTTTAGCCAA 323 AATGTCAAAAGCCCTTCAATTTTTTTG-CGTTGAATTATATAT-TTTTATGAGTATTTTAGCCAA * * 1043 AAATTTAGGAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTG-TAACCATCA 386 AAATTTAGGAAATATCTTTCAGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCAAAATCGTGATAACCATCA * * * 1107 CAGTTTTTGGCTAAAAAAGCGTACTGGGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTAGTGCCAAGAC 451 CAGTTTTTGGCTAAAAAAGCGT-TTGGGGCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTAGCGCCAAGAC * 1172 TCCTTAAGTTATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTA 515 TCCTTAA-TTATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTA 1237 CGAGCATCTGAATCTTGTTTAGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATAGGAAAAACGATAT 579 C-AGCATCTGAATCTTGTTTAGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATAGGAAAAACGATAT * 1302 TAGAAACGTTAA 643 TAGAAACGTAAA * * * * * 1314 AAGCGCTTCAATTTTTTTGTCGTTGAATTATATATTTTTAATGAGTATTCTAGTCAAAAATTGAG 1 AAGCCCTTCAATCTTTTTG-CGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTCTAGCCAAAAATTGAG * * ** 1379 GAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTTCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTAATAATCATCGCAGTTT 65 GAAATATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCATAGTTT * 1444 TTGGCTGAAAAAGTGTTCTAGGGCCCCGG-TTCAGTTTTGCATGATTTTT-GCCTCCAAGACTTC 130 TTGGCTGAAAAAGCGTTCTAGGGCCCCGGCTT-AGTTTTGCATGATTTTTAG--TCCAAGACTT- * * * 1507 CTTGAGATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCATCCACATTTGATTTAAGAATTTGTTTTTAC- 191 CTTGAGATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACG * * * 1571 ATGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTACAAATTAATTTAG-AAAAATACGAAAAACGAT-AT 256 A-GCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATAGGAAAAACGATAAT * * * * * * * * * * 1634 -CAATTGCGTGAAATGTCCTCCAATCGTTTTGGCATTTAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTA 320 AGAAAT--GTCAAAAGCCCTTCAAT-TTTTTTGCGTTGAATTATATA-TTTTTATGAGTATTTTA * * * * * 1698 TCCAAAAATTGAGGATAAAAT-TTTCAGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACT 381 GCCAAAAATTTAGGA-AATATCTTTCAGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCAAAATCGTG-A-T * * * * * * * * * 1762 AAAACATCATAGTTTTTGGGTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCGACTCATTTTTCCATGATTTTTG 443 -AACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAAAGCGTTT-G-GGGCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTA * * * ** * * * * * 1827 GCGCCGATACTCCTTGAAATATCTATATTCCGCTAATAAAATATTAGCCACATTGCATTTAAGTA 505 GCGCCAAGACTCCTT-AATTATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGAA * * ** 1892 TTTGTTTTTACAGGCATCTGAATCTCGTTTTTGCCGTTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAA 569 TTTGTTTTTACA-GCATCTGAA--TC-TTGTT----TAGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAA * * * 1957 AATATGAAAAACTATATTA-AAAGCGTGAA 626 AATAGGAAAAACGATATTAGAAA-CGTAAA * * * * * * 1986 AACCCCTTCAATCTTTTTGGAGTTGAATTATATA-TTTTTATGAGTATTATGGCTAAAAATTGAG 1 AAGCCCTTCAATCTTTTT-GCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTCTAGCCAAAAATTGAG * * * * 2050 GAAATATCTTTCGGTTCAATTTTTGA-AAATTTTTAGCCGAAATCATGTAATAATCATCA-CGAT 65 GAAATATCTTTCGGGTCAATTTTT-ACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCATAG-T 2113 TTTTGGCT-AAAAATGCGTT 128 TTTTGGCTGAAAAA-GCGTT 2132 TCGAGGCTTG Statistics Matches: 1264, Mismatches: 157, Indels: 94 0.83 0.10 0.06 Matches are distributed among these distances: 654 91 0.07 655 8 0.01 656 2 0.00 658 11 0.01 659 310 0.25 660 235 0.19 661 18 0.01 662 115 0.09 663 166 0.13 664 29 0.02 665 95 0.08 666 2 0.00 667 2 0.00 668 4 0.00 670 6 0.00 671 93 0.07 672 76 0.06 673 1 0.00 ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.15, T:0.37 Consensus pattern (654 bp): AAGCCCTTCAATCTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTCTAGCCAAAAATTGAGG AAATATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCATAGTTTT TGGCTGAAAAAGCGTTCTAGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTAGTCCAAGACTTCTTGA GATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCAT CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATAGGAAAAACGATAATAGAAAT GTCAAAAGCCCTTCAATTTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATT TAGGAAATATCTTTCAGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCAAAATCGTGATAACCATCACAGTT TTTGGCTAAAAAAGCGTTTGGGGCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTAGCGCCAAGACTCCTTA ATTATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACAGCATC TGAATCTTGTTTAGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAACG TAAA Done.