Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01009687.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig09719, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:648 original size:333 final size:331
Alignment explanation
Indices: 4--3394 Score: 3121
Period size: 334 Copynumber: 10.4 Consensus size: 331
1 TCC
* * * * *
4 TTAAATCGAAACAAGATACAAATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAACATGGAAT-AGATT
1 TTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATATGG-GTGAGATT
* * * * *
68 TGGTTAGAGGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCAAAAAAT-ATGCAAAACAGAGCCTGA
65 TGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCC-GG
* * * * * * * *
132 GCCCCG-ATACGTGTTTTTAGCTAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGGTTTCGGCTAAGA-TTTT
129 GGCCCGTA-ACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTATACGATTTCGGCTAA-ATTTTT
* * * * * * *
195 GCAAAAATTTACCCGAAACAGTATTT--CTCAATTTTTGGCCACGATACAT-ATAAAAAATATAT
192 GCAAAAAATGAACTG-AA-AGTTTTTCCCTCAATTTTTAGCCACTATAC-TCATAAAAAATATAT
* * * * *
257 AATTCAACGCCAAAAAGATTGAATGGCTTTTAACGCATCTAATATCGGTTTT-CCTATTTTTTCC
254 AATTCAACGCCAAAATGATTGAATGGTTTTTCACGCTTCCAATATC-GTTTTCCCTATTTTTTCC
*
321 AAATTAATTTCTAG
318 AAATTAATTTCTAA
** *
335 TTAAATCGAAACATGATTCAGATGGC-CGTAAAACCAAATCCTTAAATCCAATACGGGTGAGATT
1 TTAAATCGAAACATGATTCAGAT-GCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATATGGGTGAGATT
** * * * *
399 TGGTTAGATGAATATAGATATTTCACTGTGCCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGG
65 TGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGG
464 GCCACGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCCGTGATAGTTAGTATACGATTTCGGCTAAATTTTTG
130 GCC-CGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAA-CCGTGATAGTTAGTATACGATTTCGGCTAAATTTTTG
* * *
529 CAAAAAATGAATTGAAAGTTTTTCCCTC-ATTTTATAGCCACTATACTCATAATATATATATAAT
193 CAAAAAATGAACTGAAAGTTTTTCCCTCAATTTT-TAGCCACTATACTCATAAAAAATATATAAT
593 TCAACGCCAAAATGATTGAATGGTTTTTCACGCTTCCAATATCGTTTTCCCTATTTTTTCCAAAT
257 TCAACGCCAAAATGATTGAATGGTTTTTCACGCTTCCAATATCGTTTTCCCTATTTTTTCCAAAT
**
658 TAATTTCTCC
322 TAATTTCTAA
* * **
668 TTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAACATGGAAGAGATTT
1 TTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATATGGGTGAGATTT
* * * *
733 GGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCTGAG
66 GGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCC-GGG
* * * * * * *
798 CCCCG-ATACGTGTTTTTAGCTAAAAACTGTGATGGTTAGTACACTATTTCGGCTAAGA-TTTTG
130 GCCCGTA-ACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTATACGATTTCGGCTAA-ATTTTTG
* * * * ** *
861 CAAAAATTTACCCGAAAGAGAATTT--CTCAATTTTTGGCCA-TGATACTCATAAAAAATATATA
193 CAAAAAATGAACTG-AA-AGTTTTTCCCTCAATTTTTAGCCACT-ATACTCATAAAAAATATATA
* * * * * * *
923 ACTCAACGTCAAAAAGATTGAAAGG-CTTT-A------AAATATTTGTTTT-CCTATTTTTTCCA
255 ATTCAACGCCAAAATGATTGAATGGTTTTTCACGCTTCCAATA-TCGTTTTCCCTATTTTTTCCA
*
979 AATTAATTTCTCA
319 AATTAATTTCTAA
* *
992 TTAAATCGAAACATGATTCAGATGGC-CGTAAAACA-AAATCCTTCAATCCAATATGGGTGAGTT
1 TTAAATCGAAACATGATTCAGAT-GCTCGTAAAA-ATAAATCCTTAAATCCAATATGGGTGAGAT
* ** * * *
1055 TTGGTTAAATGAATATAGATATTTCACTGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGAAAAACTA-TGTCG
64 TTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAAC-AGAGCCG
* * *
1119 GAGCTCCGTAACGCTTTTTTAGCAAAAAACCGTGATAGTTAGTATACGATTTCGGCTAAATTTTT
128 GGGC-CCGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTATACGATTTCGGCTAAATTTTT
* * * * *
1184 ACAAAAAATTGAACTGATAGTTTGTCCCTCAAATTTTTAGCCACTAGACTCATAAAATATATATA
192 GCAAAAAA-TGAACTGAAAGTTTTTCCCTC-AATTTTTAGCCACTATACTCATAAAAAATATATA
* *
1249 ATTCAACGCCAAAATGATTGAATGGTTTTTCACGCTTCCAATATCGTTTTCCCTATTTTTTTCGA
255 ATTCAACGCCAAAATGATTGAATGGTTTTTCACGCTTCCAATATCGTTTTCCCTATTTTTTCCAA
1314 ATTAATTTCTAA
320 ATTAATTTCTAA
* ** **
1326 ATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAACGTGGAGT-AGATT
1 TTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATATGG-GTGAGATT
* * *
1390 TGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCT-GCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCTA
65 TGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCT-TGGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCC-G
* * ** * * * * *
1454 AGCCCCAAAACGTGTTTTTAGCTAAAAACTGTGATGGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAATTTTG
128 GGGCCCGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTATACGATTTCGGCTAAATTTTTG
* * * * *
1519 CAAAAATTTACCCGAAAGAATATTT--CTCAATTTTT-GCTCA-TGATACTCATAAAAAATATAT
193 CAAAAAATGAACTGAAAG--TTTTTCCCTCAATTTTTAGC-CACT-ATACTCATAAAAAATATAT
* * * * * * * * * * *
1580 AACTCAACGCTAAAAAGATTGAAAGGCTTTTAACACATCTAATATGGGTTGT-CCTATTTTTTTT
254 AATTCAACGCCAAAATGATTGAATGGTTTTTCACGCTTCCAATAT-CGTTTTCCCTA--TTTTTT
1644 CCAAATTAATTTCTAA
316 CCAAATTAATTTCTAA
* * *
1660 TTAAATCGAAACATGATTCAGATGGCT-GTAAGAACAAATCCTTGAATCCAATATGGGTGAGATT
1 TTAAATCGAAACATGATTCAGAT-GCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATATGGGTGAGATT
* * ** * * * * * **
1724 TGGTTAGATGAATATTGATATTTTACTGTGTCTTGGTGCCCAAAATAATGCAATACTGAGTAGGG
65 TGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAG-CCGG
* *
1789 GGCCCGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTAATAGTTAGTATACGATTTCGGCTAGATTTTT-C
129 GGCCCGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTATACGATTTCGGCTAAATTTTTGC
*
1853 AAAAAATGAACTGAAAGTTTTTCCCTCAATTTTTAGCCACTATACTCATAAAATATATATAATTC
194 AAAAAATGAACTGAAAGTTTTTCCCTCAATTTTTAGCCACTATACTCATAAAAAATATATAATTC
* * * * * * *
1918 AACGCGAAAATGTTTCAATGGTTTGTCACGCTTCCGATATCGTTTTCCCTATTTTATCCGAATTA
259 AACGCCAAAATGATTGAATGGTTTTTCACGCTTCCAATATCGTTTTCCCTATTTTTTCCAAATTA
1983 ATTTCTAA
324 ATTTCTAA
* * * * * * ** *
1991 TTAAATCAAAAAAT-ATTCAGGTGCTTGTAAAAATAAATCCATAAATCTAACGTGGATGAGATTT
1 TTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATATGGGTGAGATTT
* * * *
2055 GGTTAGATGAATATGGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCTGAG
66 GGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCC-GGG
* * * * *
2120 TCCCGAAACGTG-TTTTA-TCAAACAACCCT-AT--TT--T-T---A-----GCT-AATATTTTG
130 GCCCGTAACGCGTTTTTAGCCAAA-AACCGTGATAGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAT-TTTTG
* * ** * * * * * *
2168 CAAAAAAATTTATCCAAAAGAATATT-ACTTAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATA
193 C-AAAAAA-TGAACTGAAAG-TTTTTCCCTCAATTTTTAGCCACTATACTCATAAAAAATATATA
** * * *
2232 ATTCAGTGCCGAAAA-GATTGAAAGG-CTTTCA------AAATATCAGTTTT-CCTATTTTTTCC
255 ATTCAACGCC-AAAATGATTGAATGGTTTTTCACGCTTCCAATATC-GTTTTCCCTATTTTTTCC
*
2288 AAATTAATTTCTAG
318 AAATTAATTTCTAA
2302 TTAAATCGAAACATGATTCAGATGGC-CGT-AAAA-AAATCCTTAAATCCAATATGGGTGAGATT
1 TTAAATCGAAACATGATTCAGAT-GCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATATGGGTGAGATT
* ** * * *
2364 TGGTTAGATGAAAATAGATATTTCATCGAGTCTTGGTGCCAAATATCATGCAAAACTGAGTCGGG
65 TGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGG
* * * * * *
2429 GCCCCGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATAATAATCAGTATACGTTTTCGGCTAAACTTTTGC
130 G-CCCGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTATACGATTTCGGCTAAATTTTTGC
** * * * *
2494 AAAAAAATGAACTGAACCTTTTTCCTTCAAATTCTTAGCTACTATACTCATAAAATATATATAAT
194 -AAAAAATGAACTGAAAGTTTTTCCCTC-AATTTTTAGCCACTATACTCATAAAAAATATATAAT
* * **
2559 TCAACACCAAAATGATTGAATGGTTTTTCATGCTTCCAATATCGTTTTCCCTATTTTTTCTGAAT
257 TCAACGCCAAAATGATTGAATGGTTTTTCACGCTTCCAATATCGTTTTCCCTATTTTTTCCAAAT
2624 TAATTTCTAA
322 TAATTTCTAA
* * * * * * * ** **
2634 TTAAATTGAAACAAGATTTAGGTGCTTGTAAAAGTAAATCCTTAAATTCAACGTGAATGAGATTT
1 TTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATATGGGTGAGATTT
* *
2699 AGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCTGGG
66 GGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCC-GGG
* * * *
2764 TCCCGAAACGTGTTTTTAG-CAAACAACCCT-AT--TT--T-T---A-----GCT-AATATTTTG
130 GCCCGTAACGCGTTTTTAGCCAAA-AACCGTGATAGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAT-TTTTG
* * * ** * * * * * *
2813 CAAAAATTTACCCAAAAGAATATT-ACTCAATTTTTGGCCACGACACTCATAAAAAATATATAAT
193 CAAAAAATGAACTGAAAG-TTTTTCCCTCAATTTTTAGCCACTATACTCATAAAAAATATATAAT
* * * * *
2877 TCAATGCCGAAAA-GATTGAAAGGCTTTT-A-------AATATCTTTTTTCCTATTTTTTCCAAA
257 TCAACGCC-AAAATGATTGAATGGTTTTTCACGCTTCCAATATCGTTTTCCCTATTTTTTCCAAA
*
2933 TTAATTTCTCA
321 TTAATTTCTAA
* ** * *
2944 TTAAATCGAAACATGATTCAGTTGGC-CGTAAAACCAAATCCTTCAATCCAATATGGGTGAGTTT
1 TTAAATCGAAACATGATTCAGAT-GCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATATGGGTGAGATT
* ** * * * *
3008 TGGTTAAATGAATATAGATATTTCACTGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGAAAAACTGTGTCGGG
65 TGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGG
* * * * *
3073 GCTCCGTAACTCGTTTTTAGCAAAAAACTGTGATAGTTAGTATACGATTTCGACTAAATTTTTAC
130 GC-CCGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTATACGATTTCGGCTAAATTTTTGC
* * * *
3138 -AAAAATGAATTGAAAGTTTGTCCCTCAAATTTTTAGCCACTAGACTCATAAAATATATATAATT
194 AAAAAATGAACTGAAAGTTTTTCCCTC-AATTTTTAGCCACTATACTCATAAAAAATATATAATT
*
3202 CAACGCCAAAATGATTGAATGGTTTTTCACGCTTCCAATATCGTTTTCCCTATTTTTT--GAATT
258 CAACGCCAAAATGATTGAATGGTTTTTCACGCTTCCAATATCGTTTTCCCTATTTTTTCCAAATT
3265 AATTTCTAA
323 AATTTCTAA
* ** *
3274 ATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAA-A-GCGGAGTAGAT
1 TTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATATG-GGTG-AGAT
* * *
3337 TTAGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCT-GCGCCAAAAATCATGCAAAACA
64 TTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCT-TGGTGCCAAAAATCATGCAAAACA
3395 AAGCATGGG
Statistics
Matches: 2447, Mismatches: 468, Indels: 291
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
309 6 0.00
310 237 0.10
311 61 0.02
312 20 0.01
313 4 0.00
314 3 0.00
315 8 0.00
316 3 0.00
317 12 0.00
318 103 0.04
319 26 0.01
320 13 0.01
322 2 0.00
323 28 0.01
324 259 0.11
325 83 0.03
326 59 0.02
327 4 0.00
328 9 0.00
329 20 0.01
330 202 0.08
331 151 0.06
332 278 0.11
333 379 0.15
334 464 0.19
335 13 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (331 bp):
TTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATATGGGTGAGATTT
GGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGG
CCCGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTATACGATTTCGGCTAAATTTTTGCAA
AAAATGAACTGAAAGTTTTTCCCTCAATTTTTAGCCACTATACTCATAAAAAATATATAATTCAA
CGCCAAAATGATTGAATGGTTTTTCACGCTTCCAATATCGTTTTCCCTATTTTTTCCAAATTAAT
TTCTAA
Found at i:1406 original size:658 final size:652
Alignment explanation
Indices: 4--3394 Score: 4564
Period size: 658 Copynumber: 5.2 Consensus size: 652
1 TCC
* * * * *
4 TTAAATCGAAACAAGATACAAATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAACATGGAATAGATTT
1 TTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAACGTGGAGTAGATTT
* *
69 GGTTAGAGGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCAAAAAAT-ATGCAAAACAGAGCCTGAG
66 GGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCTGAG
* *
133 CCCCGATACGTGTTTTTAGCTAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGGTTTCGGCTAAGATTTTGCA
131 CCCCGAAACGTGTTTTTAGCTAAAAACTGTGATGGTTAGTA-AT-ATTTCGGCTAAGATTTTGCA
*
198 AAAATTTACCCGAAACAGTATTTCTCAATTTTTGGCCACGATACAT-ATAAAAAATATATAATTC
194 AAAATTTACCCGAAA-AGAATTTCTCAATTTTTGGCCACGATAC-TCATAAAAAATATATAATTC
* *
262 AACGCCAAAAAGATTGAATGGCTTTTAACGCATCTAATATCGGTTTTCCTATTTTTTCCAAATTA
257 AACGCCAAAAAGATTGAAAGGC-TTT-A---A---AATATTGGTTTTCCTATTTTTTCCAAATTA
* *
327 ATTTCTAGTTAAATCGAAACATGATTCAGATGGCCGTAAAACCAAATCCTTAAATCCAATACGGG
314 ATTTCTA-TTAAATCGAAACATGATTCAGATGGCCGTAAAACAAAATCCTTAAATCCAATATGGG
* *
392 TGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCACTGTGCCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTG
378 TGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCACTGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTG
*
457 AGTCGGGGCCACGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCCGTGATAGTTAGTATACGATTTCGGCTAA
443 AGTCGGGGCC-CGTAACGCGTTTTTAG-CAAAAAACCGTGATAGTTAGTATACGATTTCGGCTAA
* * *
522 ATTTTTGCAAAAAATGAATTGAAAGTTTTTCCCTC--ATTTTATAGCCACTATACTCATAATATA
506 ATTTTTACAAAAAATGAACTGAAAGTTTTTCCCTCAAATTTT-TAGCCACTATACTCATAAAATA
585 TATATAATTCAACGCCAAAATGATTGAATGGTTTTTCACGCTTCCAATATCGTTTTCCCTATTTT
570 TATATAATTCAACGCCAAAATGATTGAATGGTTTTTCACGCTTCCAATATCGTTTTCCCTATTTT
* * **
650 TTCCAAATTAATTTCTCC
635 TTTCGAATTAATTTCTAA
* *
668 TTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAACATGGAAG-AGATT
1 TTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAACGTGG-AGTAGATT
*
732 TGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCTGA
65 TGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCTGA
*
797 GCCCCGATACGTGTTTTTAGCTAAAAACTGTGATGGTTAGTACACTATTTCGGCTAAGATTTTGC
130 GCCCCGAAACGTGTTTTTAGCTAAAAACTGTGATGGTTAGTA-A-TATTTCGGCTAAGATTTTGC
* *
862 AAAAATTTACCCGAAAGAGAATTTCTCAATTTTTGGCCATGATACTCATAAAAAATATATAACTC
193 AAAAATTTACCCGAAA-AGAATTTCTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTC
* *
927 AACGTCAAAAAGATTGAAAGGCTTTAAAATATTTGTTTTCCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTCA
257 AACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTAAAATATTGGTTTTCCTATTTTTTCCAAATTAATTTCT-A
* *
992 TTAAATCGAAACATGATTCAGATGGCCGTAAAACAAAATCCTTCAATCCAATATGGGTGAGTTTT
321 TTAAATCGAAACATGATTCAGATGGCCGTAAAACAAAATCCTTAAATCCAATATGGGTGAGATTT
* * *
1057 GGTTAAATGAATATAGATATTTCACTGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGAAAAACT-ATGTCGGA
386 GGTTAGATGAATATAGATATTTCACTGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGA-GTCGGG
*
1121 GCTCCGTAACGCTTTTTTAGCAAAAAACCGTGATAGTTAGTATACGATTTCGGCTAAATTTTTAC
450 GC-CCGTAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATAGTTAGTATACGATTTCGGCTAAATTTTTAC
* * *
1186 AAAAAATTGAACTGATAGTTTGTCCCTCAAATTTTTAGCCACTAGACTCATAAAATATATATAAT
514 AAAAAA-TGAACTGAAAGTTTTTCCCTCAAATTTTTAGCCACTATACTCATAAAATATATATAAT
1251 TCAACGCCAAAATGATTGAATGGTTTTTCACGCTTCCAATATCGTTTTCCCTATTTTTTTCGAAT
578 TCAACGCCAAAATGATTGAATGGTTTTTCACGCTTCCAATATCGTTTTCCCTATTTTTTTCGAAT
1316 TAATTTCTAA
643 TAATTTCTAA
*
1326 ATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAACGTGGAGTAGATTT
1 TTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAACGTGGAGTAGATTT
* * *
1391 GGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCTAAG
66 GGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCTGAG
* * *
1456 CCCCAAAACGTGTTTTTAGCTAAAAACTGTGATGGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGCA
131 CCCCGAAACGTGTTTTTAGCTAAAAACTGTGATGGTTAGTA-A-TATTTCGGCTAAGATTTTGCA
* *
1521 AAAATTTACCCG-AAAGAATATTTCTCAATTTTT-GCTCATGATACTCATAAAAAATATATAACT
194 AAAATTTACCCGAAAAG-A-ATTTCTCAATTTTTGGC-CACGATACTCATAAAAAATATATAATT
* *
1584 CAACGCTAAAAAGATTGAAAGGCTTTTAACACATCTAATATGGGTTGTCCTATTTTTTTTCCAAA
256 CAACGCCAAAAAGATTGAAAGGC-TTTAA-A-A--T-AT-T-GGTTTTCCTA--TTTTTTCCAAA
* *
1649 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGGCTGTAAGAAC-AAATCCTTGAATCCAATA
311 TTAATTTCT-ATTAAATCGAAACATGATTCAGATGGCCGTAA-AACAAAATCCTTAAATCCAATA
* * * * * *
1713 TGGGTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATATTTTACTGTGTCTTGGTGCCCAAAATAATGCAAT
374 TGGGTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCACTGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAA
* * *
1778 ACTGAGTAGGGGGCCCGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTAATAGTTAGTATACGATTTCGGC
439 ACTGAGT-CGGGGCCCGTAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATAGTTAGTATACGATTTCGGC
*
1843 TAGATTTTT-CAAAAAATGAACTGAAAGTTTTTCCCTC-AATTTTTAGCCACTATACTCATAAAA
503 TAAATTTTTACAAAAAATGAACTGAAAGTTTTTCCCTCAAATTTTTAGCCACTATACTCATAAAA
* * * * *
1906 TATATATAATTCAACGCGAAAATGTTTCAATGGTTTGTCACGCTTCCGATATCGTTTTCCCTATT
568 TATATATAATTCAACGCCAAAATGATTGAATGGTTTTTCACGCTTCCAATATCGTTTTCCCTATT
* *
1971 TTATCCGAATTAATTTCTAA
633 TTTTTCGAATTAATTTCTAA
* * * *
1991 TTAAATC-AAA-AAATATTCAGGTGCTTGTAAAAATAAATCCATAAATCTAACGTGGA-TGAGAT
1 TTAAATCGAAACAAA-ATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAACGTGGAGT-AGAT
*
2053 TTGGTTAGATGAATATGGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCTG
64 TTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCTG
* * ** *
2118 AGTCCCGAAACGTG-TTTTATC-AAACAACCCT-AT--TT--T--TA-----GCTAATATTTTGC
129 AGCCCCGAAACGTGTTTTTAGCTAAA-AACTGTGATGGTTAGTAATATTTCGGCTAAGATTTTGC
* *
2169 AAAAAAATTTATCC-AAAAGAATATTACTTAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAA
193 --AAAAATTTACCCGAAAAGAAT-TT-CTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAA
** * **
2233 TTCAGTGCCGAAAAGATTGAAAGGCTTTCAAAATATCAGTTTTCCTATTTTTTCCAAATTAATTT
254 TTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTT-AAAATATTGGTTTTCCTATTTTTTCCAAATTAATTT
2298 CTAGTTAAATCGAAACATGATTCAGATGGCCGT-AAA-AAAATCCTTAAATCCAATATGGGTGAG
318 CTA-TTAAATCGAAACATGATTCAGATGGCCGTAAAACAAAATCCTTAAATCCAATATGGGTGAG
* *
2361 ATTTGGTTAGATGAAAATAGATATTTCA-TCGAGTCTTGGTGCCAAATATCATGCAAAACTGAGT
382 ATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCACT-GAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGT
* * * * * * *
2425 CGGGGCCCCGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATAATAATCAGTATACGTTTTCGGCTAAACTT
446 CGGGG-CCCGTAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATAGTTAGTATACGATTTCGGCTAAATTT
* ** * * *
2490 TTGCAAAAAAATGAACTGAACCTTTTTCCTTCAAATTCTTAGCTACTATACTCATAAAATATATA
510 TTAC-AAAAAATGAACTGAAAGTTTTTCCCTCAAATTTTTAGCCACTATACTCATAAAATATATA
* *
2555 TAATTCAACACCAAAATGATTGAATGGTTTTTCATGCTTCCAATATCGTTTTCCCTA-TTTTTTC
574 TAATTCAACGCCAAAATGATTGAATGGTTTTTCACGCTTCCAATATCGTTTTCCCTATTTTTTTC
2619 TGAATTAATTTCTAA
639 -GAATTAATTTCTAA
* * * * * * * *
2634 TTAAATTGAAACAAGATTTAGGTGCTTGTAAAAGTAAATCCTTAAATTCAACGT-GAATGAGATT
1 TTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAACGTGGAGT-AGATT
* * *
2698 TAGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCTGG
65 TGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCTGA
* ** *
2763 GTCCCGAAACGTGTTTTTAGC-AAACAACCCT-AT--TT--T--TA-----GCTAATATTTTGCA
130 GCCCCGAAACGTGTTTTTAGCTAAA-AACTGTGATGGTTAGTAATATTTCGGCTAAGATTTTGCA
*
2815 AAAATTTACCC-AAAAGAATATTACTCAATTTTTGGCCACGACACTCATAAAAAATATATAATTC
194 AAAATTTACCCGAAAAGAAT-TT-CTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTC
* * * *
2879 AATGCCGAAAAGATTGAAAGGCTTTTAAATATCT-TTTTTCCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTC
257 AACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTAAAATAT-TGGTTTTCCTATTTTTTCCAAATTAATTTCT-
* * * *
2943 ATTAAATCGAAACATGATTCAGTTGGCCGTAAAACCAAATCCTTCAATCCAATATGGGTGAGTTT
320 ATTAAATCGAAACATGATTCAGATGGCCGTAAAACAAAATCCTTAAATCCAATATGGGTGAGATT
* * *
3008 TGGTTAAATGAATATAGATATTTCACTGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGAAAAACTGTGTCGGG
385 TGGTTAGATGAATATAGATATTTCACTGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGG
* * *
3073 GCTCCGTAACTCGTTTTTAGCAAAAAACTGTGATAGTTAGTATACGATTTCGACTAAATTTTTAC
450 GC-CCGTAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATAGTTAGTATACGATTTCGGCTAAATTTTTAC
* * *
3138 -AAAAATGAATTGAAAGTTTGTCCCTCAAATTTTTAGCCACTAGACTCATAAAATATATATAATT
514 AAAAAATGAACTGAAAGTTTTTCCCTCAAATTTTTAGCCACTATACTCATAAAATATATATAATT
3202 CAACGCCAAAATGATTGAATGGTTTTTCACGCTTCCAATATCGTTTTCCCTA-TTTTTT-GAATT
579 CAACGCCAAAATGATTGAATGGTTTTTCACGCTTCCAATATCGTTTTCCCTATTTTTTTCGAATT
3265 AATTTCTAA
644 AATTTCTAA
* * *
3274 ATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAAAGCGGAGTAGATTT
1 TTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAACGTGGAGTAGATTT
* * *
3339 AGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCTGCGCCAAAAATCATGCAAAACA
66 GGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACA
3395 AAGCATGGG
Statistics
Matches: 2472, Mismatches: 199, Indels: 136
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
639 5 0.00
640 253 0.10
641 6 0.00
642 251 0.10
643 193 0.08
644 263 0.11
645 39 0.02
646 2 0.00
647 1 0.00
649 15 0.01
650 7 0.00
651 70 0.03
652 2 0.00
654 1 0.00
656 52 0.02
657 194 0.08
658 356 0.14
659 10 0.00
660 4 0.00
661 1 0.00
662 5 0.00
663 16 0.01
664 228 0.09
665 270 0.11
666 28 0.01
667 7 0.00
668 185 0.07
669 8 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (652 bp):
TTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAACGTGGAGTAGATTT
GGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCTGAG
CCCCGAAACGTGTTTTTAGCTAAAAACTGTGATGGTTAGTAATATTTCGGCTAAGATTTTGCAAA
AATTTACCCGAAAAGAATTTCTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACG
CCAAAAAGATTGAAAGGCTTTAAAATATTGGTTTTCCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTATTAAA
TCGAAACATGATTCAGATGGCCGTAAAACAAAATCCTTAAATCCAATATGGGTGAGATTTGGTTA
GATGAATATAGATATTTCACTGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCGT
AACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATAGTTAGTATACGATTTCGGCTAAATTTTTACAAAAAAT
GAACTGAAAGTTTTTCCCTCAAATTTTTAGCCACTATACTCATAAAATATATATAATTCAACGCC
AAAATGATTGAATGGTTTTTCACGCTTCCAATATCGTTTTCCCTATTTTTTTCGAATTAATTTCT
AA
Done.