Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01009709.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig09741, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3460
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.16, T:0.38
Found at i:1494 original size:330 final size:331
Alignment explanation
Indices: 231--1739 Score: 1675
Period size: 330 Copynumber: 4.6 Consensus size: 331
221 TCTAGGGGGC
* *
231 TTAGTTTTGCATGGTTTTTTGGCGCCGACACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTGATTAAATCT
1 TTAGTTTTGCATGG-TTTTTGGCGCCGACACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCT
* * *
296 CAGCCACATTGCA--TAAGTATTTGTTTTTACAAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATTGGAA
65 CAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA
* * * * * *
359 ACTAATTCACAAAAATATGAAAAACGAA-ATTAGAAGAGTGACAATTCCTCCAATTTTTTTGGTG
130 ATTAATTCAAAAAAATATGAAAAAC-AATATGAAAACAGTGAAAATTCCTCCAATTTTTTTGGTG
* * * * * *
423 TTAAATTATATATATTTTATTAGTATTTTATCCT-AAAATTGGGGGAAAAACATTTCGGGTCATT
194 TTAAATTATATAT-TTTTATGAGTATTGTA-ACTAAAAATTGGAGGAACAACTTTTCGGGTCATT
* ** * *
487 TTTTACAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAAGTATCACGGCTTTTTGTATAAAAACGCGTTTC
257 TTTCACAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTG-CTAAAAACGCGTTTC
*
552 AGGGTCCCGGA
321 GGGGTCCCGGA
* *
563 TTAG-TTTGCATGGTTTTTGGCGCCGACACTCCTTCAAATATCTATTTTCATCTAATAAAATCTT
1 TTAGTTTTGCATGGTTTTTGGCGCCGACACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCTC
* * *
627 AGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTGGATTTAATTAGAAA
66 AGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA
* ** *
692 TTAATTCAGAAAAAAATATGAAAAACGATATGAAAACCTTGAAAATTCCTTCAATTTTTTTGGTG
131 TTAATTC--AAAAAAATATGAAAAACAATATGAAAACAGTGAAAATTCCTCCAATTTTTTTGGTG
* * * *
757 TTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTCACTAAAAATT-GAGGAACAATTTTTCTGGTCATTT
194 TTAAATTATAT-ATTTTTATGAGTATTGTAACTAAAAATTGGAGGAACAACTTTTCGGGTCATTT
* * *
821 TTCGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA--A--A-----------T-----CGTGTTTCGG
258 TTCACAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGG
*
866 GG-CTCCGGC
323 GGTC-CCGGA
* * * * * * *
875 TCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAAAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTC
1 TTAGTTTTGCATGGTTTTTGGCGCCGACACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCTC
* * * * *
940 AGCCACATTGCATTTAGGGATTTATTTTTACAAGTATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATTTGAAA
66 AGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA
** ** * * * * * *
1005 TTAATTCTGAAAAATATGAAAAATTATATTAGAAGAGTGAATAGTCCTCCAAATATTTTTGGTGT
131 TTAATTCAAAAAAATATGAAAAACAATATGAAAACAGTGAAAATTCCTCC-AATTTTTTTGGTGT
* * * * *
1070 TAAATTATATA-TATTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGGGGGAA-AACTTTTCGGGTCATTTTT
195 TAAATTATATATTTTTATGAGTATTGTAACTAAAAATTGGAGGAACAACTTTTCGGGTCATTTTT
* * *
1133 TACAAAATTTCAGCCAAAATCGTGGACTAACCATCACGGTTTTTTGTCTAAAAACGCGTTTCGGG
260 CACAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTG-CTAAAAACGCGTTTCGGG
*
1198 GTCTCGGA
324 GTCCCGGA
* * * * *
1206 TTAG-TTTGCGTGGTTTTTGGCGCCGACGCTCCTTCAATTATCTATATTCATCTATTAAAATCTT
1 TTAGTTTTGCATGGTTTTTGGCGCCGACACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCTC
* * *
1270 AGCCACATTGCATTTACGGA-TTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTGGATTTAATTAGAAA
66 AGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA
** * * ** **
1334 TTAATTCAAAAAAATATGAAAAACAATATGAAAACCTTGAAAATCCCTTCAATCCTTTTGGCATT
131 TTAATTCAAAAAAATATGAAAAACAATATGAAAACAGTGAAAATTCCTCCAATTTTTTTGGTGTT
* ** * *
1399 GAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCTAAAAATT-GAGGAACAATTTTTCTGGTCATTTTT
196 AAATTATAT-ATTTTTATGAGTATTGTAACTAAAAATTGGAGGAACAACTTTTCGGGTCATTTTT
* * * *
1463 CGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAATCGTGTTTCGGGG
260 CACAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGG
* *
1528 CCCCGGC
325 TCCCGGA
* * * * * * *
1535 TCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTC
1 TTAGTTTTGCATGGTTTTTGGCGCCGACACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCTC
1600 AGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATC-ATAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA
66 AGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTA-AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA
* *
1664 ATTAATTCACAAAAATATGAAAAACGAA-ATTG-AAAGAGTGAAAATTCCTCCAATTTTTTTGGT
130 ATTAATTCAAAAAAATATGAAAAAC-AATA-TGAAAACAGTGAAAATTCCTCCAATTTTTTTGGT
1727 GTTAAATTATATA
193 GTTAAATTATATA
1740 CTCCCTCCCA
Statistics
Matches: 974, Mismatches: 162, Indels: 84
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
310 63 0.06
311 38 0.04
312 40 0.04
313 117 0.12
314 1 0.00
317 1 0.00
326 1 0.00
328 19 0.02
329 106 0.11
330 276 0.28
331 124 0.13
332 61 0.06
333 51 0.05
334 74 0.08
335 2 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (331 bp):
TTAGTTTTGCATGGTTTTTGGCGCCGACACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAATAAAATCTC
AGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA
TTAATTCAAAAAAATATGAAAAACAATATGAAAACAGTGAAAATTCCTCCAATTTTTTTGGTGTT
AAATTATATATTTTTATGAGTATTGTAACTAAAAATTGGAGGAACAACTTTTCGGGTCATTTTTC
ACAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGT
CCCGGA
Done.