Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01009724.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig09756, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7748
ACGTcount: A:0.25, C:0.23, G:0.18, T:0.33
Found at i:896 original size:159 final size:159
Alignment explanation
Indices: 604--914 Score: 604
Period size: 159 Copynumber: 2.0 Consensus size: 159
594 GCCCCACTTC
*
604 ATGTATATCTCCCTCCTTTTTCCTCTTACTCTGGTGGCCTTTCTTCTCAACTTCCTCAAATACCC
1 ATGTATATCTCCCTCCTTTTTCCTCTTACTCTGGTGACCTTTCTTCTCAACTTCCTCAAATACCC
669 CGGCTCGAAGCCCTGATTCATAAGCCTCCCCTGCTATAATTAGTCTGGTGAAAGAATCTGTTGCT
66 CGGCTCGAAGCCCTGATTCATAAGCCTCCCCTGCTATAATTAGTCTGGTGAAAGAATCTGTTGCT
734 GCCTGGTATAGTTCACGGAAGTGAACTAT
131 GCCTGGTATAGTTCACGGAAGTGAACTAT
763 ATGTATATCTCCCTCCTTTTTCCTCTTACTCTGGTGACCTTTCTTCTCAACTTCCTCAAATACCC
1 ATGTATATCTCCCTCCTTTTTCCTCTTACTCTGGTGACCTTTCTTCTCAACTTCCTCAAATACCC
*
828 CGGCTCGAAGCCCTGATTCATAAGCCTCCCCTGCTATAATTAGTCTGGTGAAAGAATCTGTTGTT
66 CGGCTCGAAGCCCTGATTCATAAGCCTCCCCTGCTATAATTAGTCTGGTGAAAGAATCTGTTGCT
893 GCCTGGTATAGTTCACGGAAGT
131 GCCTGGTATAGTTCACGGAAGT
915 ATTCTTTTGG
Statistics
Matches: 150, Mismatches: 2, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
159 150 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.28, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (159 bp):
ATGTATATCTCCCTCCTTTTTCCTCTTACTCTGGTGACCTTTCTTCTCAACTTCCTCAAATACCC
CGGCTCGAAGCCCTGATTCATAAGCCTCCCCTGCTATAATTAGTCTGGTGAAAGAATCTGTTGCT
GCCTGGTATAGTTCACGGAAGTGAACTAT
Found at i:2359 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 2306--2373 Score: 109
Period size: 35 Copynumber: 1.9 Consensus size: 35
2296 TATCATAAAA
*
2306 CCATTGTTCCGAGGATAAAAGTTAAGGATTACAGG
1 CCATTGTTCCGAGAATAAAAGTTAAGGATTACAGG
* *
2341 CCATTGTTCTGAGAATAAAATTTAAGGATTACA
1 CCATTGTTCCGAGAATAAAAGTTAAGGATTACA
2374 AACCATCGTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 30 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.21, T:0.29
Consensus pattern (35 bp):
CCATTGTTCCGAGAATAAAAGTTAAGGATTACAGG
Found at i:6072 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 5912--6799 Score: 1302
Period size: 47 Copynumber: 19.1 Consensus size: 47
5902 TTGACTACTC
* * *
5912 TTTACTACTTAATTCAATTACCTGGAATTAAACTAATTTCTTCTTC-
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
* * *
5958 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAAAATTAAACTAATCTCTTCCT-T
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
* *
6004 TTTACTGCTTAGTTTAATTACCTAGAATTACACTAATTTCTTCTTCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
* *
6051 TTTACTACCTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTC--CT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
* *
6096 TTT-TTAC-T-GCTTTAATTACCTAGAATTAAACTAGTTTCTTCTTC-
1 TTTACTACTTAG-TTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
6140 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
* * *
6187 TTTACTACTTAATTCAATTACTTAGAATTAAACTAATTT-TCTCTTCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCT-TCTTCT
*
6234 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCCTT-T
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTT-CTTCT
* * * *
6281 TATAATGCTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAGTTTCTTCTTC-
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
6327 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
* * *
6374 TTTACTACTTAATTCAATTACCTAGAATTAAACTAATTTTTTCTTCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
*
6421 TTTACTACTTAGTTCAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
*
6468 TTTGCTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
* *
6515 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCCT-T
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
* *
6561 TTTACTGCTTAGTTTAATTTCCTAGAATTAAACTAATTT-TCTCTTCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCT-TCTTCT
* *
6608 TTTACTACTTAGTTCAATTGCCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
*
6655 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCCTT-T
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTT-CTTCT
* *
6702 TTTACTGCTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTCATTTCTTCTTCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
*
6749 TTTACTACTTAGTTCAATTACCTAGAATTAAACTAATTT-TCTCTTCT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCT-TCTTCT
6796 TTTA
1 TTTA
6800 GTTTAAAATT
Statistics
Matches: 760, Mismatches: 62, Indels: 39
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
42 1 0.00
43 30 0.04
44 6 0.01
45 10 0.01
46 203 0.27
47 502 0.66
48 8 0.01
ACGTcount: A:0.29, C:0.18, G:0.05, T:0.48
Consensus pattern (47 bp):
TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
Found at i:6368 original size:187 final size:187
Alignment explanation
Indices: 5912--6799 Score: 1353
Period size: 187 Copynumber: 4.8 Consensus size: 187
5902 TTGACTACTC
* * *
5912 TTTACTACTTAATTCAATTACCTGGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTACTACTTAGTTTAATT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTACTACTTAGTTTAATT
* * * * * *
5977 ACCTAAAATTAAACTAATCTCTTCCT-TTTTACTGCTTAGTTTAATTACCTAGAATTACACTAA-
66 ACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTCAATTACCTAGAATTAAACTAAT
* *
6040 TTTCTTCTTCTTTTACTACCTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTC--CT
131 TTTC-TCTTCTTTTACTACTTAGTTCAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCTTCT
* *
6096 TTT-TTAC-T-GCTTTAATTACCTAGAATTAAACTAGTTTCTTCTTCTTTACTACTTAGTTTAAT
1 TTTACTACTTAG-TTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTACTACTTAGTTTAAT
* *
6158 TACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAATTCAATTACTTAGAATTAAACTAA
65 TACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTCAATTACCTAGAATTAAACTAA
*
6223 TTTTCTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCCTT-T
130 TTTTCTCTTCTTTTACTACTTAGTTCAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTT-CTTCT
* * * *
6281 TATAATGCTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAGTTTCTTCTTCTTTACTACTTAGTTTAATT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTACTACTTAGTTTAATT
*
6346 ACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAATTCAATTACCTAGAATTAAACTAAT
66 ACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTCAATTACCTAGAATTAAACTAAT
* *
6411 TTTTTCTTCTTTTACTACTTAGTTCAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
131 TTTCTCTTCTTTTACTACTTAGTTCAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCTTCT
*
6468 TTTGCTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAAT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTC-TTTACTACTTAGTTTAAT
* * * * *
6533 TACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCCT-TTTTACTGCTTAGTTTAATTTCCTAGAATTAAACTAA
65 TACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTCAATTACCTAGAATTAAACTAA
* *
6597 TTTTCTCTTCTTTTACTACTTAGTTCAATTGCCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
130 TTTTCTCTTCTTTTACTACTTAGTTCAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCTTCT
* * *
6655 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCCTTTTTTACTGCTTAGTTTAAT
1 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTT-CTTCTTTACTACTTAGTTTAAT
*
6720 TACCTAGAATTAAACTCATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTCAATTACCTAGAATTAAACTAA
65 TACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTCAATTACCTAGAATTAAACTAA
6785 TTTTCTCTTCTTTTA
130 TTTTCTCTTCTTTTA
6800 GTTTAAAATT
Statistics
Matches: 647, Mismatches: 44, Indels: 22
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
182 74 0.11
183 82 0.13
184 8 0.01
185 3 0.00
186 5 0.01
187 379 0.59
188 96 0.15
ACGTcount: A:0.29, C:0.18, G:0.05, T:0.48
Consensus pattern (187 bp):
TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTACTACTTAGTTTAATT
ACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTCAATTACCTAGAATTAAACTAAT
TTTCTCTTCTTTTACTACTTAGTTCAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCTTCT
Found at i:6449 original size:234 final size:233
Alignment explanation
Indices: 5912--6785 Score: 1322
Period size: 234 Copynumber: 3.8 Consensus size: 233
5902 TTGACTACTC
* *
5912 TTTACTACTTAATTCAATTACCTGGAATTAAACTAATTTCTTCTTC-TTTACTACTTAGTTTAAT
1 TTTACTACTTAATTCAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTCAAT
* * *
5976 TACCTAAAATTAAACTAA--TCTCTTCCTTTTTACTGCTTAGTTTAATTACCTAGAATTACACTA
66 TACCTAGAATTAAACTAATTTCTCTT-C-TTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTA
*
6039 ATTTCTTCTTCTTTTACTACCTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCCTTTTT--TA
129 ATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCCTTTTTACTA
*
6102 C-T-GCTTTAATTACCTAGAATTAAACTAGTTTCTTCTTC-
194 CTTAG-TTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
* * *
6140 TTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAATTCAAT
1 TTTACTACTTAATTCAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTCAAT
*
6205 TACTTAGAATTAAACTAATTTTCTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAA
66 TACCTAGAATTAAACTAA-TTTCTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAA
* * * * * *
6270 TCTCTTCCTT-TTATAATGCTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAGTTTCTT-CTTCTTTACT
130 TTTCTT-CTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCCTT-TTTACT
6333 ACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
193 ACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
*
6374 TTTACTACTTAATTCAATTACCTAGAATTAAACTAATTTTTTCTTCTTTTACTACTTAGTTCAAT
1 TTTACTACTTAATTCAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTCAAT
*
6439 TACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTGCTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAA
66 TACCTAGAATTAAACTAATTTC-TCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAA
*
6504 TTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCCTTTTTACTGC
130 TTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCCTTTTTACTAC
*
6569 TTAGTTTAATTTCCTAGAATTAAACTAATTT-TCTCTTCT
195 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCT-TCTTCT
* * *
6608 TTTACTACTTAGTTCAATTGCCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAAT
1 TTTACTACTTAATTCAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTCAAT
* * *
6673 TACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCCTT-TTTTACTGCTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTC
66 TACCTAGAATTAAACTAATTTC-T-CTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTA
*
6737 ATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTCAATTACCTAGAATTAAACTAAT
129 ATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAAT
6786 TTTCTCTTCT
Statistics
Matches: 590, Mismatches: 40, Indels: 26
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
228 43 0.07
229 35 0.06
230 80 0.14
231 4 0.01
232 9 0.02
233 42 0.07
234 371 0.63
235 6 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.18, G:0.05, T:0.47
Consensus pattern (233 bp):
TTTACTACTTAATTCAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTCAAT
TACCTAGAATTAAACTAATTTCTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAAT
TTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATCTCTTCCTTTTTACTACT
TAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTTCTTCT
Done.