Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01009787.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig09819, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5791
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Found at i:1098 original size:333 final size:333
Alignment explanation
Indices: 2--2137 Score: 2740
Period size: 329 Copynumber: 6.5 Consensus size: 333
1 A
* *
2 TTTTTTTTCTAAATTAATTTCTACTTAAATTGAAACAAGATTCAGATGTTCGTAAAATCAAATAC
1 TTTTTTTTCTAAATTAATTTCTACTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGTTCGTAAAATCAAATTC
*
67 TTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAACGAGTCTTGGCACCAA
66 TTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTTGGCACCAA
* * * * *
132 AAATCAAGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAATGCGTTTTTTGCTAGAAACCGTGATGGTTAGTA
131 AAATCAAGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTTGCCAAAAATCGTGATGGTTAATA
* ** * *
197 CACGATTTCAGC--------T--AAAAATTGACCCGAAAGAATTTCCTTCAATTCCTGACCATAA
196 CACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGCCATGA
* * * * *
252 TACTCATAAAAAATATGTAAATT-AACTCCAAAAATATTGAAA-GTTTTTTCACGGTTGTAATA-
261 TACTCATAAAAAATATAT-AGTTCAACTCCAAAAATATTGAAACG-CTTTTCACGCTTCTAATAT
* **
314 CCTTTTTTAT
324 CGTTTTTCCT
* * * * * * *
324 TATTATTTTCGT-AATTGATTTCTTA-ATAAATCGAAACAAAATCCAGATGCTCGTAAAA-AAAA
1 T-TTTTTTTC-TAAATTAATTTC-TACTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGTTCGTAAAATCAAA
* * * * * * * *
386 TTTCTTAAATCCAACGCGGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGCCAAGAAGTCTTGACG
63 -TTCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTTGGCA
* * * *
451 CCAAAAACCAAACAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGACAAAAATCGTGATGGTT
127 CCAAAAATCAAGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTTGCCAAAAATCGTGATGGTT
* * * *
516 AGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTTACCCGAAA-ATAATTTCTTCAATTTTTTGC
192 AATACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGA-ATTTTCTTCAATTTTTGGC
*
580 CATGATACTCATAAAAAATATATAGTTCAACTCCAAAAATATTGAAACGCTTTTCATGCTTCTAA
256 CATGATACTCATAAAAAATATATAGTTCAACTCCAAAAATATTGAAACGCTTTTCACGCTTCTAA
645 TATCGTTTTT-CT
321 TATCGTTTTTCCT
*** *
657 AAATTTTTCTCAATTAATTTCTACTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGTTCGTAAAATCAAATTC
1 TTTTTTTTCTAAATTAATTTCTACTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGTTCGTAAAATCAAATTC
* *
722 TTAAATCCAATGTGGATGATATTTGCTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTTGGCACCAA
66 TTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTTGGCACCAA
* *
787 AAATCAAGCAAAACTGAGCCGGGG-TCCGGAATGCGTTTTTTGCCAAAAATCGTGATGGTTAATC
131 AAATCAAGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTTGCCAAAAATCGTGATGGTTAATA
* * **
851 CACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGCTACCA
196 CACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGCCATGA
* *
916 TACTCATAAAAAATTATATAGTTCAACTCCAAAAATATTGAAATGCTTTTCATGCTTCTAATATC
261 TACTCATAAAAAA-TATATAGTTCAACTCCAAAAATATTGAAACGCTTTTCACGCTTCTAATATC
* *
981 ATGTTTCCT
325 GTTTTTCCT
990 TTTTTTTTCTAAATTAATTTCTACTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGTTCGTAAAATCAAATTC
1 TTTTTTTTCTAAATTAATTTCTACTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGTTCGTAAAATCAAATTC
1055 TTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTTGGCACCAA
66 TTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTTGGCACCAA
* *
1120 AAATCAAGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTTGCCAGAAACCGTGAT-G----TA
131 AAATCAAGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTTGCCAAAAATCGTGATGGTTAATA
* * *
1180 CACGATTTCAGTTAAAAATTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAA-TTTCATTCAATTCTTGGCCATG
196 CACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTC-TTCAATTTTTGGCCATG
* * *
1244 ATACTCATAAAAAATATATAAATT-AACTCCAAAAATATTGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAATAT
260 ATACTCATAAAAAATATAT-AGTTCAACTCCAAAAATATTGAAACGCTTTTCACGCTTCTAATAT
*
1308 CGTTTTT-AT
324 CGTTTTTCCT
* * * * * * ** *
1317 TATTATTTTCCAAATTGATTTCTTA-ATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAAGAATT
1 T-TTTTTTTCTAAATTAATTTC-TACTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGTTCGTAAAATCAAAT
* * * * * *
1381 TCTTAAATCCAACGCGGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATGTCAAGGAGTCTTGGCGCC
64 TCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTTGGCACC
* ** * * *
1446 AAAAACCAAGCAAAACTGAGCCGGGGCCCTAGAATGCGTTTTTAGACAAAAATCGTGATGGTTAG
129 AAAAATCAAGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTTGCCAAAAATCGTGATGGTTAA
* * * * *
1511 TAGACGATTTCAACTGAAATTTTGCAAAAATTTACCCG-AA-AATTTTCTTCAATTTTTTGCCAT
194 TACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGCCAT
*
1574 GATACTCATAAAAAATATATAGTTCAACTCCAAAAATATTGAAACTCTTTTCACGCTTCTAATAT
259 GATACTCATAAAAAATATATAGTTCAACTCCAAAAATATTGAAACGCTTTTCACGCTTCTAATAT
1639 CGTTTTTCC-
324 CGTTTTTCCT
* *
1648 TATTTTTTCTGAATT-ATTTCTACTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGTTCGTAAAATCAAATTC
1 TTTTTTTTCTAAATTAATTTCTACTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGTTCGTAAAATCAAATTC
* * *
1712 TTAAGTCCAATGTGGATGATATTTGCTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTTGGCACCAA
66 TTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTTGGCACCAA
* * * * *
1777 AAATCAAGCAAAACTAAGCC-GGG-TCCGGAATGCGTTTTTTGCCAAAAATCCTGATAGTTAATG
131 AAATCAAGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTTGCCAAAAATCGTGATGGTTAATA
* * * * * **
1840 CACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAGAATTTACTTTAATTTTTGGCTACCA
196 CACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGCCATGA
* * *
1905 TACTCATAAAAAATATATATTTCAACTCCAAAAATATTGAAACGCTTTTCATGCTTCTAATATCA
261 TACTCATAAAAAATATATAGTTCAACTCCAAAAATATTGAAACGCTTTTCACGCTTCTAATATCG
1970 TTTTTCCT
326 TTTTTCCT
* * ** * * *
1978 TATTTTTT-TGAATTAAAATCTACTTAAATCGAATCAAGATTTAGATGTTCGTAAAATCAAAATC
1 TTTTTTTTCTAAATTAATTTCTACTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGTTCGTAAAATCAAATTC
* * * * * *
2042 TTAAATCCAATGTGGACGATATTTAGTTAGATGAATATAGATATGTGAAGGAGTCTTGGAACTAA
66 TTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTTGGCACCAA
*
2107 AAATCAAGCAAAACTAAGCCGGGGCCCCGGA
131 AAATCAAGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGA
2138 GTACATGATT
Statistics
Matches: 1573, Mismatches: 197, Indels: 78
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
322 4 0.00
323 171 0.11
324 3 0.00
327 63 0.04
328 219 0.14
329 280 0.18
330 143 0.09
331 192 0.12
332 193 0.12
333 269 0.17
334 36 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (333 bp):
TTTTTTTTCTAAATTAATTTCTACTTAAATCGAAACAAGATTCAGATGTTCGTAAAATCAAATTC
TTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTTGGCACCAA
AAATCAAGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTTGCCAAAAATCGTGATGGTTAATA
CACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGCCATGA
TACTCATAAAAAATATATAGTTCAACTCCAAAAATATTGAAACGCTTTTCACGCTTCTAATATCG
TTTTTCCT
Found at i:3016 original size:331 final size:333
Alignment explanation
Indices: 2137--5652 Score: 4321
Period size: 331 Copynumber: 10.6 Consensus size: 333
2127 GGGGCCCCGG
* * *
2137 AGTACATGATTTCAGCTAAAATTTTGAAAAAAATT-ACCCAAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGC
1 AGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTG-CAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGC
* * * * * *
2201 TACCATTCTCATAAAAAATTATATAGTTCAACTCCAAAAATATTGAAACGCTTTTCATGCTTCTA
65 CACGATACTCATAAAAAA-TATATAATTCAACTCCAAAAATATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTA
* ** * * * * *
2266 ATATCATTTTTCCTAGTT-TTTCTCTAAATTAATTTC-TACTTAAATTGAAACAAGATTTAGATG
129 ATATCGTTTTTATTA-TTATTT-TCCAAATTAATTTCTTA-ATAAATCGAAACAAAATTCAGATG
* ** * ** * * *
2329 TTCGTAAAATCAAATTCTTAAATCCAATTTGGATGAGATTTGGTTTGATGAATATGGATATGTCA
191 CTCGTAAAAAGAATTTCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCA
* * * * * *
2394 AGGAGTCTTTGCACCAAAAATCAAGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCAGAATGCGTTTTTTGCCAGA
256 AGGAGTCTTGGCGCCAAAAACCAAGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAA
*
2459 AACCGTGATGGTC
321 AACCGTGATGGTT
* * * *
2472 AGTACACAATTTCAGGTTAAAA-TTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTCCTTCAATTCTTGGC
1 AGTACACGATTTCA-GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGC
* *
2536 CAGGATACTCATAAAAAATATATAAATT-AACTCCAAAAATATTGAAAGGTTTTTCACGCTTCTA
65 CACGATACTCATAAAAAATATAT-AATTCAACTCCAAAAATATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTA
* * *
2600 ATATCGTTTTTATTATTATTTTCCAAACTGATTTCTTAATAAATCGAAACAAAATTCATATGCTC
129 ATATCGTTTTTATTATTATTTTCCAAATTAATTTCTTAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTC
* *
2665 GTAAAAAGAATTTCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATATGGTTAGATAAATATAGATATGTCAAGG
194 GTAAAAAGAATTTCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGG
* * * * *
2730 AGTCCTGGCGCCAAAAACCAAGCAAAACTTAGTTGGGGCCCCGGAATGTGTTTTTAGACAAAAAC
259 AGTCTTGGCGCCAAAAACCAAGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAAC
*
2795 TGTGATGGTT
324 CGTGATGGTT
** * * *
2805 AGTACAAAATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATCGACCCGAAAGAA-TTTCTTTAATTTTTAGCC
1 AGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGCC
* * * *
2869 ACGACACTCATAAAAAA-ATATAATTTAACTCCAAAAATATTGAAAGGATTTTCACGCTTCTATT
66 ACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAATATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTAAT
* * *
2933 ATCATTTTTATTATTATTTTCAAAATTCATTTCTTAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGT
131 ATCGTTTTTATTATTATTTTCCAAATTAATTTCTTAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGT
*
2998 AAAAAGAATTTCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATCA-ATATTTCAAGGA
196 AAAAAGAATTTCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATAT-AGATATGTCAAGGA
* *
3062 GTCTTGGGTGCTAAAAACCAAGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAAC
260 GTCTT-GGCGCCAAAAACCAAGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAAC
* *
3127 CATGTTGG--
324 CGTGATGGTT
* * * *
3135 -GTACACGATTTCAACTAAAATTTTGCAAAAATTTACCTGAAAGAATTTTC-TCAATTTTTGGCT
1 AGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGCC
* * *
3198 ACGATACTCATAAAAATTATATCATTCAACTCCAAAAATATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAAT
66 ACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAATATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTAAT
* * *
3263 ATCTTTTTTATTATTATTTT-CAAATTTAATTTCTTAAAAAATCGAAACAAAATTTAGATGCTCG
131 ATCGTTTTTATTATTATTTTCCAAA-TTAATTTCTTAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCG
* * * * *
3327 TAAAAGGAATTCCTTTAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTCAGATGAATATAGATATGTCAAGGA
195 TAAAAAGAATTTCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGA
* * *
3392 TTCTTGAG-GCCAAAAACCAAGCAAAACTGAATCGGGGCCCCAGAATGCGTTTTTAGCCAAAAAC
260 GTCTTG-GCGCCAAAAACCAAGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAAC
* *
3456 TGTGATGGTC
324 CGTGATGGTT
* *
3466 AGTACACGATTTCAGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCTGAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGCC
1 AGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGCC
* * * *
3531 AGGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAATGTTGAAAGCCTTTT-ACGCTTTTAAT
66 ACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAATATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTAAT
* * *
3595 ATCGTTTTTATTATTATTTTCCAAA-AAGATTACATAATAAATCGAAACAAAAATT-AGATGCTC
131 ATCGTTTTTATTATTATTTTCCAAATTA-ATTTCTTAATAAATCGAAAC-AAAATTCAGATGCTC
* * *
3658 GTATAAAGAATTTCTTAAATGCACTGCGGC-GAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGG
194 GTAAAAAGAATTTCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGG
* * * * *
3722 AGTCTTGGCACTAAAAACCAAGCAAATCTAAG-CTGGGGCCCCGGAATGCGTTTATAGCCAAAAA
259 AGTCTTGGCGCCAAAAACCAAGCAAAACTGAGTC-GGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAA
*
3786 CCGTGACGG-T
323 CCGTGATGGTT
* * *
3796 CGTACTCGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCTG-AAGAATTTTCTCCAATTTTTGGC
1 AGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCC-GAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGC
* * * * * *
3860 TACCATACTCATAAAAAATATATAGTTCAACTCCAAAAATATTGAAACGATTTTCACGTTTCTAA
65 CACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAATATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTAA
* ** * * * * * *
3925 TATCCTTTTTCCTATTTTTTTCTAAATTAATTTC-TACTTAAATCAAAACAAGATTCAGATGTTC
130 TATCGTTTTTATTATTATTTTCCAAATTAATTTCTTA-ATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTC
* ** * * * * * *
3989 GCAAAATCAAATTCTTAAGTCCAATGTGGATGATATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGA
194 GTAAAAAGAATTTCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGG
* * * *
4054 AGTATTGGCACCAAAAATCAAGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTTGCCAAAAAA
259 AGTCTTGGCGCCAAAAACCAAGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCC-AAAAA
*
4119 TCGTGATGGTT
323 CCGTGATGGTT
* * * * *
4130 AGTTCACGATTTCAACTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCAAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGCT
1 AGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGCC
* * * * * * * *
4195 ACCATATTCATAAAAAATTATATAGTTTAAGTCCAAAAATATTAAAACGCTTTTCATGCTTCTAA
66 ACGATACTCATAAAAAA-TATATAATTCAACTCCAAAAATATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTAA
* ** * * * * *
4260 TATCATTTTTCCTATT-TTTTCTAAATTAATTTC-TACTTAAATTGAAACAAGATTCAGATGTTC
130 TATCGTTTTTATTATTATTTTCCAAATTAATTTCTTA-ATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTC
** * * * * * * *
4323 GTAAAATCAAATTATTAAATCAAATGTGGATGAGATGTAGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGG
194 GTAAAAAGAATTTCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGG
* * * *
4388 AGTCTAGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAG-CTGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTTGCCAGAAA
259 AGTCTTGGCGCCAAAAACCAAGCAAAACTGAGTC-GGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAA
4452 CCGTGATGGTT
323 CCGTGATGGTT
4463 AGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGCC
1 AGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGCC
* * * *
4528 ACGAAACTCAT-AAAAATATATAATTTAACTCAAAAAATATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTATT
66 ACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAATATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTAAT
*
4592 ATCGTTTTTATTATTATTTTCCAAATTCATTTCTTAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGT
131 ATCGTTTTTATTATTATTTTCCAAATTAATTTCTTAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGT
*
4657 AAAAGGAATTTCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATCA-ATATGTCAAGGA
196 AAAAAGAATTTCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATAT-AGATATGTCAAGGA
* *
4721 GTCTTGGTGCAAAAAACCAAGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACC
260 GTCTTGGCGCCAAAAACCAAGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACC
* *
4786 ATGTTGG--
325 GTGATGGTT
* * * *
4793 -GTACACGATTTCAACTAAAATTTTTGCAAAAATTTACCTGAAAGAATTTTTTTCAATTTTTGGC
1 AGTACACGATTTCAGCTAAAA-TTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGC
* * * *
4857 CACGATACTCATAAAAATTATATTATTCAACTCCAAAAATATTGAAGGGCTTTTCACGTTTCTAA
65 CACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAATATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTAA
* * * * * *
4922 TATCTTTTTTATTATTATTTTCCAAATTAATTTCTAAAAAAATTGAAACAAAATTTAGATGTTCG
130 TATCGTTTTTATTATTATTTTCCAAATTAATTTCTTAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCG
* * * *
4987 TAAAACGAATTCCTTAAATCCAATGCGGCTGAAATTTGGTTAGATGAATATGGATATGTCAAGGA
195 TAAAAAGAATTTCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGA
* * * *
5052 TTCTTGAG-GCCAAAAGCCAAGCAAAACTGAATCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCTAAAAAC
260 GTCTTG-GCGCCAAAAACCAAGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAAC
*
5116 CGTGATGGTC
324 CGTGATGGTT
* * *
5126 AGTACACGATTTCAGTTAAAATATTGCAAAAATTGAGCCGAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGCC
1 AGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGCC
* * *
5191 AGGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAATGTTGAAAGCCTTTTCACGCTTCTAAT
66 ACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAATATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTAAT
* * * *
5256 ATCGTTTTTATTATTATTTTCCAAATTGATTTCTTAATAAATCGGAACAAAAATCATATGCTCGT
131 ATCGTTTTTATTATTATTTTCCAAATTAATTTCTTAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGT
* *
5321 ATAAAGAATTTCTTAAATCCAATGCGGC-GAGATTTGGTTAGGTGAATATAGATATGTCAAGGAG
196 AAAAAGAATTTCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAG
* * * * *
5385 TCTTGGCACCAAAAACCAAGCAAATCTGAGCCGGGG-CCC-----GCGTTTTCAACCAAAAACCG
261 TCTTGGCGCCAAAAACCAAGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCG
*
5444 TGACGGTT
326 TGATGGTT
* * * ** *
5452 AGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCTAAA-AGTTTCTCCTCTTTTTATTTG
1 AGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTT-TCTTCAATTT-TTGG
* * * *
5516 CCA-GAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCC-AAAATAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTC
64 CCACG-ATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAAT-ATTGAAAGGCTTTTCACGCTTC
* * * * *
5579 TAATATCGTTTTTCCTT-TT-TTTTCCCGAATTTATTTC-TAATTAAATCGAAACAATATTTAGA
127 TAATATCGTTTTT-ATTATTATTTT-CCAAATTAATTTCTTAA-TAAATCGAAACAAAATTCAGA
5641 TGCTCGTAAAAA
189 TGCTCGTAAAAA
5653 CAAACTATTT
Statistics
Matches: 2766, Mismatches: 361, Indels: 116
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
325 4 0.00
326 82 0.03
327 105 0.04
328 2 0.00
329 146 0.05
330 330 0.12
331 610 0.22
332 523 0.19
333 533 0.19
334 310 0.11
335 115 0.04
336 6 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (333 bp):
AGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGCC
ACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAATATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTAAT
ATCGTTTTTATTATTATTTTCCAAATTAATTTCTTAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGT
AAAAAGAATTTCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAG
TCTTGGCGCCAAAAACCAAGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCG
TGATGGTT
Found at i:4052 original size:663 final size:662
Alignment explanation
Indices: 2137--5651 Score: 4236
Period size: 663 Copynumber: 5.3 Consensus size: 662
2127 GGGGCCCCGG
* * *
2137 AGTACATGATTTCAGCTAAAATTTTGAAAAAAATT-ACCCAAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGC
1 AGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTG-CAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGC
* * * * *
2201 TACCATTCTCATAAAAAATTATATAGTTCAACTCCAAAAATATTGAAA-CGCTTTTCATGCTTCT
65 CACGATACTCATAAAAAA-TATATAATTCAACTCCAAAAATATTGAAAGC-CTTTTCACGCTTCT
** * * * *
2265 AATATCATTTTTCCTAGTT-TTTCTCTAAATTAATTTCTACTTAAATTGAAACAAGATTTAGATG
128 AATATCATTTTTATTA-TTATTT-TCCAAATTAATTTCTA-ATAAATTGAAACAAAAATTAGATG
* * ** * * *
2329 TTCGTAAAATCAAATTCTTAAATCCAATTTGGATGAGATTTGGTTTGATGAATATGGATATGTCA
190 TTCGTAAAATGAATTTCTTAAATCCAATGCGG-CGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCA
* * * * *
2394 AGGAGTCTTTGCACCAAAAATCAAGCAAAACTGAG-TCGGGGCCCCAGAATGCGTTTTTTGCCAG
254 AGGAGTCTTGGCACCAAAAACCAAGCAAAACTGAGCT-GGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAA
* * *
2458 AAACCGTGATGGTCAGTACACAATTTCAGGTTAAAA-TTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTC
318 AAACCGTGATGGTC-GTACACGATTTCA-GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTT
* * *
2522 CTTCAATTCTTGGCCAGGATACTCATAAAAAATATATAAATT-AACTCCAAAAATATTGAAAGGT
381 CTTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATAT-AATTCAACTCCAAAAATATTGAAAGGC
* *
2586 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTATTATTATTTTCCAAACTGATTTCTTAATAAATCGAAACA
445 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTATTATTATTTTCCAAATTAATTTCTTAATAAATCGAAACA
* * *
2651 AAATTCATATGCTCGTAAAAAGAATTTCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATATGGTTAGATAAATA
510 AAATTCAGATGCTCGT-AAAAGAATTTCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATA
* * * *
2716 TAGATATGTCAAGGAGTCCTGGCGCCAAAAACCAAGCAAAACTTAGTTGGGGCCCCGGAATGTGT
574 TAGATATGTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAACCAAGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAATGCGT
*
2781 TTTTAGACAAAAACTGTGATGGTT
639 TTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTT
** * * *
2805 AGTACAAAATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATCGACCCGAAAGAA-TTTCTTTAATTTTTAGCC
1 AGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGCC
* * ** *
2869 ACGACACTCATAAAAAA-ATATAATTTAACTCCAAAAATATTGAAAGGATTTTCACGCTTCTATT
66 ACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAATATTGAAAGCCTTTTCACGCTTCTAAT
* * * *
2933 ATCATTTTTATTATTATTTTCAAAATTCATTTCTTAATAAATCGAAAC-AAAATTCAGATGCTCG
131 ATCATTTTTATTATTATTTTCCAAATTAATTTC-TAATAAATTGAAACAAAAATT-AGATGTTCG
* *
2997 TAAAAAGAATTTCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATCA-ATATTTCAAGG
194 TAAAATGAATTTCTTAAATCCAATGCGGC-GAGATTTGGTTAGATGAATAT-AGATATGTCAAGG
** *
3061 AGTCTTGGGTGCTAAAAACCAAGCAAAACTGAG-TCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAA
257 AGTCTT-GGCACCAAAAACCAAGCAAAACTGAGCT-GGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAA
* * * * *
3125 ACCATGTTGG--GTACACGATTTCAACTAAAATTTTGCAAAAATTTACCTGAAAGAATTTTC-TC
320 ACCGTGATGGTCGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCTTC
* * * *
3187 AATTTTTGGCTACGATACTCATAAAAATTATATCATTCAACTCCAAAAATATTGAAGGGCTTTTC
385 AATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAATATTGAAAGGCTTTTC
* *
3252 ACGCTTCTAATATCTTTTTTATTATTATTTT-CAAATTTAATTTCTTAAAAAATCGAAACAAAAT
450 ACGCTTCTAATATCGTTTTTATTATTATTTTCCAAA-TTAATTTCTTAATAAATCGAAACAAAAT
* * * * *
3316 TTAGATGCTCGTAAAAGGAATTCCTTTAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTCAGATGAATATAGA
514 TCAGATGCTCGTAAAA-GAATTTCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGA
* * *
3381 TATGTCAAGGATTCTTGAG-GCCAAAAACCAAGCAAAACTGAATCGGGGCCCCAGAATGCGTTTT
578 TATGTCAAGGAGTCTTG-GCGCCAAAAACCAAGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAATGCGTTTT
*
3445 TAGCCAAAAACTGTGATGGTC
642 TAGCCAAAAACTGTGATGGTT
* *
3466 AGTACACGATTTCAGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCTGAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGCC
1 AGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGCC
* * *
3531 AGGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAATGTTGAAAGCCTTTT-ACGCTTTTAAT
66 ACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAATATTGAAAGCCTTTTCACGCTTCTAAT
* * * * *
3595 ATCGTTTTTATTATTATTTTCCAAA-AAGATTACATAATAAATCGAAACAAAAATTAGATGCTCG
131 ATCATTTTTATTATTATTTTCCAAATTA-ATTTC-TAATAAATTGAAACAAAAATTAGATGTTCG
* *
3659 TATAAA-GAATTTCTTAAATGCACTGCGGCGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGA
194 TA-AAATGAATTTCTTAAATCCAATGCGGCGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGA
* * * *
3723 GTCTTGGCACTAAAAACCAAGCAAATCTAAGCTGGGGCCCCGGAATGCGTTTATAGCCAAAAACC
258 GTCTTGGCACCAAAAACCAAGCAAAACTGAGCTGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACC
* * *
3788 GTGACGGTCGTACTCGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCTG-AAGAATTTTCTCCAA
323 GTGATGGTCGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCC-GAAAGAATTTTCTTCAA
* * * * *
3852 TTTTTGGCTACCATACTCATAAAAAATATATAGTTCAACTCCAAAAATATTGAAACGATTTTCAC
387 TTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAATATTGAAAGGCTTTTCAC
* * ** * * * * *
3917 GTTTCTAATATCCTTTTTCCTATTTTTTTCTAAATTAATTTC-TACTTAAATCAAAACAAGATTC
452 GCTTCTAATATCGTTTTTATTATTATTTTCCAAATTAATTTCTTA-ATAAATCGAAACAAAATTC
* * * * * * * *
3981 AGATGTTCGCAAAATCAAATTCTTAAGTCCAATGTGGATGATATTTGGTTAGATGAATATAGATA
516 AGATGCTCGTAAAA-GAATTTCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATA
* * * * *
4046 TGTCAAGAAGTATTGGCACCAAAAATCAAGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTTG
580 TGTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAACCAAGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAG
*
4111 CCAAAAAATCGTGATGGTT
645 CCAAAAACT-GTGATGGTT
* * * * *
4130 AGTTCACGATTTCAACTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCAAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGCT
1 AGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGCC
* * * * * * *
4195 ACCATATTCATAAAAAATTATATAGTTTAAGTCCAAAAATATT-AAAACGCTTTTCATGCTTCTA
66 ACGATACTCATAAAAAA-TATATAATTCAACTCCAAAAATATTGAAAGC-CTTTTCACGCTTCTA
** * * *
4259 ATATCATTTTTCCTATT-TTTTCTAAATTAATTTCTACTTAAATTGAAAC-AAGATTCAGATGTT
129 ATATCATTTTTATTATTATTTTCCAAATTAATTTCTA-ATAAATTGAAACAAAAATT-AGATGTT
* * * * * * * *
4322 CGTAAAATCAAATTATTAAATCAAATGTGGATGAGATGTAGTTAGATGAATATAGATATGTCAAG
192 CGTAAAATGAATTTCTTAAATCCAATGCGG-CGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAG
* * * * *
4387 GAGTCTAGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGCTGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTTGCCAGAAA
256 GAGTCTTGGCACCAAAAACCAAGCAAAACTGAGCTGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAA
*
4452 CCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCTTC
321 CCGTGATGG-TCGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCTTC
* * *
4517 AATTTTTGGCCACGAAACTCAT-AAAAATATATAATTTAACTCAAAAAATATTGAAAGGCTTTTC
385 AATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAATATTGAAAGGCTTTTC
* *
4581 ACGCTTCTATTATCGTTTTTATTATTATTTTCCAAATTCATTTCTTAATAAATCGAAACAAAATT
450 ACGCTTCTAATATCGTTTTTATTATTATTTTCCAAATTAATTTCTTAATAAATCGAAACAAAATT
4646 CAGATGCTCGTAAAAGGAATTTCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATCA-A
515 CAGATGCTCGTAAAA-GAATTTCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATAT-AGA
* *
4710 TATGTCAAGGAGTCTTGGTGCAAAAAACCAAGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTT
578 TATGTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAACCAAGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTT
** *
4775 AGCCAAAAACCATGTTGG--
643 AGCCAAAAACTGTGATGGTT
* * * *
4793 -GTACACGATTTCAACTAAAATTTTTGCAAAAATTTACCTGAAAGAATTTTTTTCAATTTTTGGC
1 AGTACACGATTTCAGCTAAAA-TTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGC
* * * * *
4857 CACGATACTCATAAAAATTATATTATTCAACTCCAAAAATATTGAAGGGCTTTTCACGTTTCTAA
65 CACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAATATTGAAAGCCTTTTCACGCTTCTAA
* * *
4922 TATCTTTTTTATTATTATTTTCCAAATTAATTTCTAAAAAAATTGAAACAAAATTTAGATGTTCG
130 TATCATTTTTATTATTATTTTCCAAATTAATTTCT-AATAAATTGAAACAAAAATTAGATGTTCG
* * * *
4987 TAAAACGAATTCCTTAAATCCAATGCGGCTGAAATTTGGTTAGATGAATATGGATATGTCAAGGA
194 TAAAATGAATTTCTTAAATCCAATGCGGC-GAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGA
* * * * *
5052 TTCTTGAG-GCCAAAAGCCAAGCAAAACTGA-ATCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCTAAAAA
258 GTCTTG-GCACCAAAAACCAAGCAAAACTGAGCT-GGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAA
* * *
5115 CCGTGATGGTCAGTACACGATTTCAGTTAAAATATTGCAAAAATTGAGCCGAAAGAATTTTCTTC
321 CCGTGATGGTC-GTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCTTC
* * *
5180 AATTTTTGGCCAGGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAATGTTGAAAGCCTTTTC
385 AATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAATATTGAAAGGCTTTTC
* * *
5245 ACGCTTCTAATATCGTTTTTATTATTATTTTCCAAATTGATTTCTTAATAAATCGGAACAAAAAT
450 ACGCTTCTAATATCGTTTTTATTATTATTTTCCAAATTAATTTCTTAATAAATCGAAACAAAATT
* *
5310 CATATGCTCGTATAAAGAATTTCTTAAATCCAATGCGGC-GAGATTTGGTTAGGTGAATATAGAT
515 CAGATGCTCGTA-AAAGAATTTCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGAT
* * * *
5374 ATGTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAACCAAGCAAATCTGAGCCGGGG-CCC-----GCGTTTTCA
579 ATGTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAACCAAGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTA
* * *
5433 ACCAAAAACCGTGACGGTT
644 GCCAAAAACTGTGATGGTT
* * * ** *
5452 AGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCTAAA-AGTTTCTCCTCTTTTTATTTG
1 AGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTT-TCTTCAATTT-TTGG
* * * **
5516 CCA-GAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCC-AAAATAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTC
64 CCACG-ATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAAT-ATTGAAAGCCTTTTCACGCTTC
* * * * * * *
5579 TAATATCGTTTTTCCTT-TT-TTTTCCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAATATTTAGAT
127 TAATATCATTTTT-ATTATTATTTT-CCAAATTAATTTCTAA-TAAATTGAAACAAAAATTAGAT
*
5642 GCTCGTAAAA
189 GTTCGTAAAA
5652 ACAAACTATT
Statistics
Matches: 2444, Mismatches: 341, Indels: 132
0.84 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
657 21 0.01
658 4 0.00
659 37 0.02
660 194 0.08
661 323 0.13
662 272 0.11
663 605 0.25
664 327 0.13
665 194 0.08
666 326 0.13
667 107 0.04
668 34 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (662 bp):
AGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGCC
ACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAATATTGAAAGCCTTTTCACGCTTCTAAT
ATCATTTTTATTATTATTTTCCAAATTAATTTCTAATAAATTGAAACAAAAATTAGATGTTCGTA
AAATGAATTTCTTAAATCCAATGCGGCGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAGTC
TTGGCACCAAAAACCAAGCAAAACTGAGCTGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTG
ATGGTCGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCTTCAATTTT
TGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAATATTGAAAGGCTTTTCACGCTT
CTAATATCGTTTTTATTATTATTTTCCAAATTAATTTCTTAATAAATCGAAACAAAATTCAGATG
CTCGTAAAAGAATTTCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAA
GGAGTCTTGGCGCCAAAAACCAAGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAA
ACTGTGATGGTT
Found at i:4469 original size:997 final size:992
Alignment explanation
Indices: 2137--5651 Score: 4436
Period size: 997 Copynumber: 3.5 Consensus size: 992
2127 GGGGCCCCGG
* * * *
2137 AGTACATGATTTCAGCTAAAATTTTGAAAAAAATTACCCAAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGCT
1 AGTACACGATTTCAACTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCAAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGCT
* *
2202 ACCATTCTCATAAAAAATTATATAGTTCAACTCCAAAAATATTGAAACGCTTTTCATGCTTCTAA
66 ACCATACTCATAAAAAATTATATAGTTCAACTCCAAAAATATTGAAACGCTTTTCACGCTTCTAA
* * * * * *
2267 TATCATTTTTCCTAGTT-TTTCTCTAAATTAATTTC-TACTTAAATTGAAACAAGATTTAGATGT
131 TATCATTTTTACTA-TTATTT-TCTAAATTAATTTCTTA-ATAAATCGAAACAAAATTCAGATGC
* * *
2330 TCGTAAAATCAAATTCTTAAATCCAATTTGGATGAGATTTGGTTTGATGAATATGGATATGTCAA
193 TCGTAAAA-CAAATTCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAA
* * * *
2395 GGAGTCTTTGCACCAAAAATCAAGCAAAACTGAG-TCGGGGCCCCAGAATGCGTTTTTTGCCAGA
257 GGAGTCTTGGCACCAAAAACCAAGCAAAACTGAGCTCGGGGCCCCAGAATGCGTTTTTAGCCAAA
* * *
2459 AACCGTGATGGTCAGTACACAATTTCAGGTTAAAA-TTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTCC
322 AACCGTGATGGTCAGTACACGATTTCA-GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTC
* *
2523 TTCAATTCTTGGCCAGGATACTCATAAAAAATATATAAATT-AACTCCAAAAATATTGAAAGGTT
386 TTCAATTTTTGGCCAGGATACTCATAAAAAATATAT-AATTCAACTCCAAAAATATTGAAAGGCT
*
2587 TTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTATTATTATTTTCCAAACTGATTTCTTAATAAATCGAAACAA
450 TTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTATTATTATTTTCCAAAATGATTTCTTAATAAATCGAAACAA
* * *
2652 AATTCATATGCTCGTAAAAAGAATTTCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATATGGTTAGATAAATAT
515 AATTCAGATGCTCGT-AAAAGAATTTCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* * * *
2717 AGATATGTCAAGGAGTCCTGGCGCCAAAAACCAAGCAAAACTTAGTTGGGGCCCCGGAATGTGTT
579 AGATATGTCAAGGAGTCTTGGCGCAAAAAACCAAGCAAAACTAAG-TGGGGCCCCGGAATGCGTT
* * ** *
2782 TTTAGACAAAAACTGTGATGGTTAGTACAAAATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATCGACCC-GA
643 TTTAGCCAAAAACCGTGATGG-T-GTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCTGA
* * * *
2846 AAGAA-TTTCTTTAATTTTTAGCCACGACACTCATAAAAAA-ATATAATTTAACTCCAAAAATAT
706 AAGAATTTTCTTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATAT-ATTCAACTCCAAAAATAT
* * *
2909 TGAAAGGATTTTCACGCTTCTATTATCATTTTTATTATTATTTTCAAAATTCATTTCTTAATAAA
770 TGAAAGGATTTTCACGTTTCTAATATCATTTTTATTATTATTTTCAAAATTAATTTC-TAATAAA
* *
2974 TCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAA-AGAATTTCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTGGTT
834 TCGAAACAAAATTCAGATGTTCGTAAAACA-AA-TTCTTAAATCCAATGCGGCTGAAATTTGGTT
* *
3038 AGATGAATATCA-ATATTTCAAGGAGTCTTGGGTGCTAAAAACCAAGCAAAACTGAGTCGGGGCC
897 AGATGAATAT-AGATATGTCAAGGAGTCTT-GG-GCCAAAAACCAAGCAAAACTGAGTCGGGGCC
* *
3102 CCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGTTGG-
959 CCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT
* * **
3135 -GTACACGATTTCAACTAAAATTTTGCAAAAATTTACCTGAAAGAATTTTC-TCAATTTTTGGCT
1 AGTACACGATTTCAACTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCAAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGCT
* **
3198 ACGATACTCAT-AAAAATTATATCA-TTCAACTCCAAAAATATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTA
66 ACCATACTCATAAAAAATTATAT-AGTTCAACTCCAAAAATATTGAAACGCTTTTCACGCTTCTA
* * * *
3261 ATATCTTTTTTATTATTATTTTC-AAATTTAATTTCTTAAAAAATCGAAACAAAATTTAGATGCT
130 ATATCATTTTTACTATTATTTTCTAAA-TTAATTTCTTAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCT
** * * *
3325 CGTAAAAGGAATTCCTTTAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTCAGATGAATATAGATATGTCAAG
194 CGTAAAACAAATT-CTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAG
* * *
3390 GATTCTTGAG-GCCAAAAACCAAGCAAAACTGA-ATCGGGGCCCCAGAATGCGTTTTTAGCCAAA
258 GAGTCTTG-GCACCAAAAACCAAGCAAAACTGAGCTCGGGGCCCCAGAATGCGTTTTTAGCCAAA
* * *
3453 AACTGTGATGGTCAGTACACGATTTCAGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCTGAAAGAATTTTCT
322 AACCGTGATGGTCAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCT
* *
3518 TCAATTTTTGGCCAGGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAATGTTGAAAGCCTTT
387 TCAATTTTTGGCCAGGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAATATTGAAAGGCTTT
* * * *
3583 T-ACGCTTTTAATATCGTTTTTATTATTATTTTCCAAAAAGATTACATAATAAATCGAAACAAAA
452 TCACGCTTCTAATATCGTTTTTATTATTATTTTCCAAAATGATTTCTTAATAAATCGAAAC-AAA
* *
3647 ATT-AGATGCTCGTATAAAGAATTTCTTAAATGCACTGCGGC-GAGATTTGGTTAGATGAATATA
516 ATTCAGATGCTCGTA-AAAGAATTTCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATA
* * *
3710 GATATGTCAAGGAGTCTTGGCACTAAAAACCAAGCAAATCTAAGCTGGGGCCCCGGAATGCGTTT
580 GATATGTCAAGGAGTCTTGGCGCAAAAAACCAAGCAAAACTAAG-TGGGGCCCCGGAATGCGTTT
* * *
3775 ATAGCCAAAAACCGTGACGGTCGTACTCGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCTG-AA
644 TTAGCCAAAAACCGTGATGGT-GTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCTGAAA
* * *
3839 GAATTTTCTCCAATTTTTGGCTACCATACTCATAAAAAATATATAGTTCAACTCCAAAAATATTG
708 GAATTTTCTTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATA-TTCAACTCCAAAAATATTG
* * ** * * *
3904 AAACGATTTTCACGTTTCTAATATCCTTTTTCCTATTTTTTTCTAAATTAATTTCTACTTAAATC
772 AAAGGATTTTCACGTTTCTAATATCATTTTTATTATTATTTTCAAAATTAATTTCTA-ATAAATC
* * * * * * *
3969 AAAACAAGATTCAGATGTTCGCAAAATCAAATTCTTAAGTCCAATGTGGATGATATTTGGTTAGA
836 GAAACAAAATTCAGATGTTCGTAAAA-CAAATTCTTAAATCCAATGCGGCTGAAATTTGGTTAGA
* * * *
4034 TGAATATAGATATGTCAAGAAGTATTGGCACCAAAAATCAAGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGA
900 TGAATATAGATATGTCAAGGAGTCTTGG-GCCAAAAACCAAGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGA
* *
4099 ATGCGTTTTTTGCCAAAAAATCGTGATGGTT
964 ATGCGTTTTTAGCC-AAAAACCGTGATGG-T
*
4130 AGTTCACGATTTCAACTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCAAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGCT
1 AGTACACGATTTCAACTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCAAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGCT
* * * * *
4195 ACCATATTCATAAAAAATTATATAGTTTAAGTCCAAAAATATTAAAACGCTTTTCATGCTTCTAA
66 ACCATACTCATAAAAAATTATATAGTTCAACTCCAAAAATATTGAAACGCTTTTCACGCTTCTAA
* * * * *
4260 TATCATTTTTCCTATT-TTTTCTAAATTAATTTC-TACTTAAATTGAAACAAGATTCAGATGTTC
131 TATCATTTTTACTATTATTTTCTAAATTAATTTCTTA-ATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTC
* * * *
4323 GTAAAATCAAATTATTAAATCAAATGTGGATGAGATGTAGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGG
195 GTAAAA-CAAATTCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGG
* * * * * *
4388 AGTCTAGGCGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGCT-GGGGCCCCGGAATGCGTTTTTTGCCAGAAA
259 AGTCTTGGCACCAAAAACCAAGCAAAACTGAGCTCGGGGCCCCAGAATGCGTTTTTAGCCAAAAA
*
4452 CCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCTTC
324 CCGTGATGGTCAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCTTC
* * * *
4517 AATTTTTGGCCACGAAACTCAT-AAAAATATATAATTTAACTCAAAAAATATTGAAAGGCTTTTC
389 AATTTTTGGCCAGGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAATATTGAAAGGCTTTTC
* * *
4581 ACGCTTCTATTATCGTTTTTATTATTATTTTCCAAATTCATTTCTTAATAAATCGAAACAAAATT
454 ACGCTTCTAATATCGTTTTTATTATTATTTTCCAAAATGATTTCTTAATAAATCGAAACAAAATT
4646 CAGATGCTCGTAAAAGGAATTTCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATCA-A
519 CAGATGCTCGTAAAA-GAATTTCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATAT-AGA
* *
4710 TATGTCAAGGAGTCTTGGTGCAAAAAACCAAGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTT
582 TATGTCAAGGAGTCTTGGCGCAAAAAACCAAGCAAAACTAAGT-GGGGCCCCGGAATGCGTTTTT
* * * *
4775 AGCCAAAAACCATGTTGG-GTACACGATTTCAACTAAAATTTTTGCAAAAATTTA-CCTGAAAGA
646 AGCCAAAAACCGTGATGGTGTACACGATTTCAGCTAAAA-TTTTGCAAAAATTGACCCTGAAAGA
* *
4838 ATTTTTTTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAATTATATTATTCAACTCCAAAAATATTGAA
710 ATTTTCTTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATA-TATTCAACTCCAAAAATATTGAA
* * * * * *
4903 GGGCTTTTCACGTTTCTAATATCTTTTTTATTATTATTTTCCAAATTAATTTCTAAAAAAATTGA
774 AGGATTTTCACGTTTCTAATATCATTTTTATTATTATTTTCAAAATTAATTTCT-AATAAATCGA
* *
4968 AACAAAATTTAGATGTTCGTAAAACGAATTCCTTAAATCCAATGCGGCTGAAATTTGGTTAGATG
838 AACAAAATTCAGATGTTCGTAAAACAAATT-CTTAAATCCAATGCGGCTGAAATTTGGTTAGATG
* * * *
5033 AATATGGATATGTCAAGGATTCTTGAGGCCAAAAGCCAAGCAAAACTGAATCGGGGCCCCGGAAT
902 AATATAGATATGTCAAGGAGTCTTG-GGCCAAAAACCAAGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAAT
*
5098 GCGTTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGT
966 GCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT
** * * * *
5125 CAGTACACGATTTCAGTTAAAATATTGCAAAAATTGAGCCGAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGC
1 -AGTACACGATTTCAACTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCAAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGC
* ** * *
5190 CAGGATACTCATAAAAAA-TATATAATTCAACTCCAAAAATGTTGAAA-GCCTTTTCACGCTTCT
65 TACCATACTCATAAAAAATTATATAGTTCAACTCCAAAAATATTGAAACG-CTTTTCACGCTTCT
* * * * * * *
5253 AATATCGTTTTTATTATTATTTTCCAAATTGATTTCTTAATAAATCGGAACAAAAATCATATGCT
129 AATATCATTTTTACTATTATTTTCTAAATTAATTTCTTAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCT
* * * * *
5318 CGTATAAAGAATTTCTTAAATCCAATGCGG-CGAGATTTGGTTAGGTGAATATAGATATGTCAAG
194 CGTA-AAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAG
* * *
5382 GAGTCTTGGCACCAAAAACCAAGCAAATCTGAGC-CGGGG-CCC-----GCGTTTTCAACCAAAA
258 GAGTCTTGGCACCAAAAACCAAGCAAAACTGAGCTCGGGGCCCCAGAATGCGTTTTTAGCCAAAA
* * * * *
5440 ACCGTGACGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCTAAA-AGTTTCTCC
323 ACCGTGATGGTCAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTT-TCT
** * * * * * *
5504 TCTTTTTATTTGCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCC-AAAATAATTGAAGGGTT
387 TCAATTT-TTGGCCAGGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAAT-ATTGAAAGGCT
* * * *
5568 TTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTT-TT-TTTTCCCGAATTTATTTC-TAATTAAATCGAAA
450 TTTCACGCTTCTAATATCGTTTTT-ATTATTATTTT-CCAAAATGATTTCTTAA-TAAATCGAAA
* *
5630 CAATATTTAGATGCTCGTAAAA
512 CAAAATTCAGATGCTCGTAAAA
5652 ACAAACTATT
Statistics
Matches: 2185, Mismatches: 276, Indels: 119
0.85 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
988 4 0.00
989 72 0.03
990 24 0.01
991 133 0.06
992 179 0.08
993 263 0.12
994 261 0.12
995 183 0.08
996 283 0.13
997 618 0.28
998 164 0.08
999 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (992 bp):
AGTACACGATTTCAACTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCAAAAGAATTTTCTTCAATTTTTGGCT
ACCATACTCATAAAAAATTATATAGTTCAACTCCAAAAATATTGAAACGCTTTTCACGCTTCTAA
TATCATTTTTACTATTATTTTCTAAATTAATTTCTTAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCG
TAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATGTCAAGGAG
TCTTGGCACCAAAAACCAAGCAAAACTGAGCTCGGGGCCCCAGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACC
GTGATGGTCAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCTTCAA
TTTTTGGCCAGGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAATATTGAAAGGCTTTTCAC
GCTTCTAATATCGTTTTTATTATTATTTTCCAAAATGATTTCTTAATAAATCGAAACAAAATTCA
GATGCTCGTAAAAGAATTTCTTAAATCCAATGCGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATG
TCAAGGAGTCTTGGCGCAAAAAACCAAGCAAAACTAAGTGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCA
AAAACCGTGATGGTGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCTGAAAGAATTTTC
TTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATATTCAACTCCAAAAATATTGAAAGGATTT
TCACGTTTCTAATATCATTTTTATTATTATTTTCAAAATTAATTTCTAATAAATCGAAACAAAAT
TCAGATGTTCGTAAAACAAATTCTTAAATCCAATGCGGCTGAAATTTGGTTAGATGAATATAGAT
ATGTCAAGGAGTCTTGGGCCAAAAACCAAGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTTAG
CCAAAAACCGTGATGGT
Done.