Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01009804.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig09836, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8534
ACGTcount: A:0.32, C:0.20, G:0.19, T:0.30
Found at i:5995 original size:6 final size:7
Alignment explanation
Indices: 5972--6015 Score: 65
Period size: 7 Copynumber: 6.6 Consensus size: 7
5962 AGAAAACAAA
*
5972 AAAAGTG
1 AAAATTG
5979 AAAATTG
1 AAAATTG
5986 AAAA-TG
1 AAAATTG
5992 AAAA-TG
1 AAAATTG
5998 AAAATTG
1 AAAATTG
6005 AAAATTG
1 AAAATTG
6012 AAAA
1 AAAA
6016 AAGCATAAGA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 1, Indels: 2
0.92 0.03 0.05
Matches are distributed among these distances:
6 12 0.34
7 23 0.66
ACGTcount: A:0.64, C:0.00, G:0.16, T:0.20
Consensus pattern (7 bp):
AAAATTG
Found at i:6001 original size:19 final size:21
Alignment explanation
Indices: 5972--6015 Score: 74
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 21
5962 AGAAAACAAA
5972 AAAAGTGAAAATTGAAAA-TG
1 AAAAGTGAAAATTGAAAATTG
5992 AAAA-TGAAAATTGAAAATTG
1 AAAAGTGAAAATTGAAAATTG
6012 AAAA
1 AAAA
6016 AAGCATAAGA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 2
0.92 0.00 0.08
Matches are distributed among these distances:
19 13 0.57
20 10 0.43
ACGTcount: A:0.64, C:0.00, G:0.16, T:0.20
Consensus pattern (21 bp):
AAAAGTGAAAATTGAAAATTG
Found at i:7407 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 7355--8101 Score: 964
Period size: 40 Copynumber: 18.8 Consensus size: 40
7345 GGGTTTTAAT
* * * *
7355 CCTGCTCAGGATCATCTATTTACCAAATTAATTTCAGAAT
1 CCTGCTCAGGATCATCTTTTTATCAAATTAATTTCAAAAC
* *
7395 CCTGCTCAGGATCATCTTTTTATCAAATTAATTTCAGAAT
1 CCTGCTCAGGATCATCTTTTTATCAAATTAATTTCAAAAC
* * *
7435 CCTGCTCAGGATCAT-TGCTTTATCAAATTAATTTCAGAAT
1 CCTGCTCAGGATCATCT-TTTTATCAAATTAATTTCAAAAC
* * **
7475 CCTGCTCAGGATCAT-TGCTGTATCAAATTAATTTCAAATT
1 CCTGCTCAGGATCATCT-TTTTATCAAATTAATTTCAAAAC
* *
7515 CCTGCTCAGGATCATCTCTATATCAAATTAATTTC-AAAC
1 CCTGCTCAGGATCATCTTTTTATCAAATTAATTTCAAAAC
* *
7554 CCTGCTCAGGATCAT-TACTTTATCAAATTAATTTCAAAAT
1 CCTGCTCAGGATCATCT-TTTTATCAAATTAATTTCAAAAC
7594 CCTGCTCAGGATCATCTTTTTATCAAATTAATTTCAAAAC
1 CCTGCTCAGGATCATCTTTTTATCAAATTAATTTCAAAAC
** * * *
7634 CCTGCTCAGGATCAT-TGCCTTATAAAATTAATTTCAGAAT
1 CCTGCTCAGGATCATCT-TTTTATCAAATTAATTTCAAAAC
* **
7674 CCTGCTTAGGATCATCTTTTTATCAAATTAATTT-TTAAC
1 CCTGCTCAGGATCATCTTTTTATCAAATTAATTTCAAAAC
* * * * *
7713 CTTGCACAGGATCGT-TGCTTTATCAAATTAATTTCAAAAT
1 CCTGCTCAGGATCATCT-TTTTATCAAATTAATTTCAAAAC
*
7753 CCTGCTCAGGATCATCTTTATATCAAATTAATTTCAAAAC
1 CCTGCTCAGGATCATCTTTTTATCAAATTAATTTCAAAAC
*
7793 CCTGCTTAGGATCAT-TGTTTTATCAAATTAATTTC-AAAC
1 CCTGCTCAGGATCATCT-TTTTATCAAATTAATTTCAAAAC
*
7832 CCTGCTCAGGATCATCTTTATATCAAATTAATTTCAAAAC
1 CCTGCTCAGGATCATCTTTTTATCAAATTAATTTCAAAAC
7872 CCTGCTCAGGATCATCTTTTTATCAAATTAATTTCAAAAC
1 CCTGCTCAGGATCATCTTTTTATCAAATTAATTTCAAAAC
7912 CCTGCTCAGGATCATCTTTTTATCAAATTAATTTCAAAAC
1 CCTGCTCAGGATCATCTTTTTATCAAATTAATTTCAAAAC
*
7952 CCTGCTCATGATCATCTTTTTATCAAATTAATTTCAAAAC
1 CCTGCTCAGGATCATCTTTTTATCAAATTAATTTCAAAAC
7992 CCTGCTCAGGATCATCTTTTTATCAAATTAATTTC-AAAC
1 CCTGCTCAGGATCATCTTTTTATCAAATTAATTTCAAAAC
* * *
8031 CCTGCTCAGGATCAT-TGCTTTATCAAATTAA--TCACAAT
1 CCTGCTCAGGATCATCT-TTTTATCAAATTAATTTCAAAAC
* * *
8069 CCTGTTCAGGATCAT-TGCTTTATCAATTTAATT
1 CCTGCTCAGGATCATCT-TTTTATCAAATTAATT
8102 AATTTCCAAA
Statistics
Matches: 639, Mismatches: 51, Indels: 34
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
37 2 0.00
38 34 0.05
39 133 0.21
40 466 0.73
41 4 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.21, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (40 bp):
CCTGCTCAGGATCATCTTTTTATCAAATTAATTTCAAAAC
Found at i:7576 original size:159 final size:156
Alignment explanation
Indices: 7352--8167 Score: 1037
Period size: 159 Copynumber: 5.1 Consensus size: 156
7342 TATGGGTTTT
* * * *
7352 AATCCTGCTCAGGATCATCTATTTACCAAATTAATTTCAGAATCCTGCTCAGGATCATCTTTTTA
1 AATCCTGCTCAGGATCATCTTTTTATCAAATTAATTTCA-AACCCTGCTCAGGATCAT-TCTTTA
* * *
7417 TCAAATTAATTTCAGAATCCTGCTCAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAGAATCCTGCTC
64 TCAAATTAATTTCAAAATCCTGCTCAGGATCATT-CTTTATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTC
*
7482 AGGATCATTGCTGTATCAAATTAATTTCA
128 AGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCA
* *
7511 AATTCCTGCTCAGGATCATCTCTATATCAAATTAATTTCAAACCCTGCTCAGGATCATTACTTTA
1 AA-TCCTGCTCAGGATCATCTTTTTATCAAATTAATTTCAAACCCTGCTCAGGATCATT-CTTTA
*
7576 TCAAATTAATTTCAAAATCCTGCTCAGGATCATCTTTTTATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTC
64 TCAAATTAATTTCAAAATCCTGCTCAGGATCAT-TCTTTATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTC
* *
7641 AGGATCATTGCCTTATAAAATTAATTTCA
128 AGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCA
* ** * * *
7670 GAATCCTGCTTAGGATCATCTTTTTATCAAATTAATTTTTAACCTTGCACAGGATCGTTGCTTTA
1 -AATCCTGCTCAGGATCATCTTTTTATCAAATTAATTTCAAACCCTGCTCAGGATCATT-CTTTA
7735 TCAAATTAATTTCAAAATCCTGCTCAGGATCA-TCTTTATATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCT
64 TCAAATTAATTTCAAAATCCTGCTCAGGATCATTC-TT-TATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCT
* *
7799 TAGGATCATTGTTTTATCAAATTAATTTCA
127 CAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCA
* * *
7829 AACCCTGCTCAGGATCATCTTTATATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATCTTTTTA
1 AATCCTGCTCAGGATCATCTTTTTATCAAATTAATTTC-AAACCCTGCTCAGGATCAT-TCTTTA
* *
7894 TCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATCTTTTTATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTC
64 TCAAATTAATTTCAAAATCCTGCTCAGGATCAT-TCTTTATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTC
* *
7959 ATGATCATCT-TTTTATCAAATTAATTTCAA
128 AGGATCAT-TGCTTTATCAAATTAATTTC-A
*
7989 AACCCTGCTCAGGATCATCTTTTTATCAAATTAATTTCAAACCCTGCTCAGGATCATTGCTTTAT
1 AATCCTGCTCAGGATCATCTTTTTATCAAATTAATTTCAAACCCTGCTCAGGATCATT-CTTTAT
* * * * *
8054 CAAATTAA--TCACAATCCTGTTCAGGATCATTGCTTTATCAATTTAATTAATTTCCAAATCCTA
65 CAAATTAATTTCAAAATCCTGCTCAGGATCATT-CTTTATC-A---AATTAATTTCAAAACCCTG
* * * * *
8117 TTCAGGATCATTGCCTCATCAAGTCAATTTCA
125 CTCAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCA
**
8149 AGATCCTATTCAGGATCAT
1 A-ATCCTGCTCAGGATCAT
8168 GGCTTATCAG
Statistics
Matches: 579, Mismatches: 58, Indels: 38
0.86 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
156 1 0.00
157 26 0.04
158 39 0.07
159 378 0.65
160 82 0.14
161 53 0.09
ACGTcount: A:0.32, C:0.21, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (156 bp):
AATCCTGCTCAGGATCATCTTTTTATCAAATTAATTTCAAACCCTGCTCAGGATCATTCTTTATC
AAATTAATTTCAAAATCCTGCTCAGGATCATTCTTTATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTCAGG
ATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCA
Found at i:7700 original size:199 final size:197
Alignment explanation
Indices: 7355--8101 Score: 1030
Period size: 199 Copynumber: 3.8 Consensus size: 197
7345 GGGTTTTAAT
* * * *
7355 CCTGCTCAGGATCATCTATTTACCAAATTAATTTCAGAATCCTGCTCAGGATCATCTTTTTATCA
1 CCTGCTCAGGATCATCTCTTTATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATCTTTTTATCA
* *
7420 AATTAATTTCAGAATCCTGCTCAGGATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAGAATCCTGCTCAGG
66 AATTAATTTCA-AACCCTGCTCAGGATCATTGCTTTATAAAATTAATTTCAGAATCCTGCTCAGG
* *
7485 ATCATTGCTGTATCAAATTAATTTCAAATTCCTGCTCAGGATCATCTCTATATCAAATTAATTTC
130 ATCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAAA--CCTGCTCAGGATCATCTCTTTATCAAATTAATTTC
7550 -AAAC
193 AAAAC
*
7554 CCTGCTCAGGATCAT-TACTTTATCAAATTAATTTCAAAATCCTGCTCAGGATCATCTTTTTATC
1 CCTGCTCAGGATCATCT-CTTTATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATCTTTTTATC
* *
7618 AAATTAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATTGCCTTATAAAATTAATTTCAGAATCCTGCTTAG
65 AAATTAATTTC-AAACCCTGCTCAGGATCATTGCTTTATAAAATTAATTTCAGAATCCTGCTCAG
* ** * *
7683 GATCATCT-TTTTATCAAATTAATTTTTAACCTTGCACAGGATCGT-TGCTTTATCAAATTAATT
129 GATCAT-TGCTTTATCAAATTAATTTCAAACC-TGCTCAGGATCATCT-CTTTATCAAATTAATT
*
7746 TCAAAAT
191 TCAAAAC
*
7753 CCTGCTCAGGATCATCT-TTATATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTTAGGATCAT-TGTTTTAT
1 CCTGCTCAGGATCATCTCTT-TATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATCT-TTTTAT
* *
7816 CAAATTAATTTCAAACCCTGCTCAGGATCA-T-CTTTATATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTC
64 CAAATTAATTTCAAACCCTGCTCAGGATCATTGCTTTATA--AAATTAATTTCAGAATCCTGCTC
* *
7879 AGGATCATCT-TTTTATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATCTTTTTATCAAATTAA
127 AGGATCAT-TGCTTTATCAAATTAATTTC-AAA-CCTGCTCAGGATCATCTCTTTATCAAATTAA
7943 TTTCAAAAC
189 TTTCAAAAC
* *
7952 CCTGCTCATGATCATCTTTTTATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATCTTTTTATCA
1 CCTGCTCAGGATCATCTCTTTATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATCTTTTTATCA
* * *
8017 AATTAATTTCAAACCCTGCTCAGGATCATTGCTTTATCAAATTAA--TCACAATCCTGTTCAGGA
66 AATTAATTTCAAACCCTGCTCAGGATCATTGCTTTATAAAATTAATTTCAGAATCCTGCTCAGGA
*
8080 TCATTGCTTTATCAATTTAATT
131 TCATTGCTTTATCAAATTAATT
8102 AATTTCCAAA
Statistics
Matches: 494, Mismatches: 35, Indels: 40
0.87 0.06 0.07
Matches are distributed among these distances:
196 7 0.01
197 37 0.07
198 97 0.20
199 337 0.68
200 10 0.02
201 6 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.21, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (197 bp):
CCTGCTCAGGATCATCTCTTTATCAAATTAATTTCAAAACCCTGCTCAGGATCATCTTTTTATCA
AATTAATTTCAAACCCTGCTCAGGATCATTGCTTTATAAAATTAATTTCAGAATCCTGCTCAGGA
TCATTGCTTTATCAAATTAATTTCAAACCTGCTCAGGATCATCTCTTTATCAAATTAATTTCAAA
AC
Done.