Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01009808.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig09840, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 934
Length: 1557
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.37
Found at i:970 original size:326 final size:327
Alignment explanation
Indices: 4--1556 Score: 2063
Period size: 327 Copynumber: 4.7 Consensus size: 327
1 AGT
*
4 CCTCCAAATTTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGTCAAAAATTGAGGAA
1 CCTCC-AATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGTCAAAAATTGAGGAA
* * * *
69 AATTTTTTCGGGTCATTTTATGAAAAATTTTATCTGAAACCGTG-----TCACGGTTTTTGGCTA
65 AATTTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTATCACGGTTTTTGGCTA
* * * * * *
129 AAAACGCGTTTCAGGGCCCCTACTTAGCTTTGCAAGATTTTTGGCAACGAGACTCCTTAAAATAT
130 AAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTCTGGCACCGAGACTCCTTAAAATAT
*
194 CTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTATC-AGCATCTGA
195 CTATATTCTTCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTG-TTTT-TCGAGCATCTGA
** *
258 ATCTTGATTCGATTTAATTAGATTTTAATTTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAACGAGA
258 ATCTTGATTCGATTTAATTAGAAATTAATTTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGAGA
323 AAAGC
323 AAAGC
* * *
328 CCTCCAATCTATTTGGCATTAAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGACAAAAATTGAGGAAA
1 CCTCCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGTCAAAAATTGAGGAAA
*
393 ATTTTTTCGGGTCATTTTTTGGAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTT-G
66 ATTTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACT----ATCACGGTTTTTGG
* **
457 CTAAAAACGCGTTTC-GGGACCCGACTTAGTTTTGCATGA-TTCTGGGGCCGAGACT-CTTAGAA
127 CTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTCTGGCACCGAGACTCCTTA-AA
* * *
519 ATATCTATATGCTTCTAATCAAATCTCAGCGACATTGCATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATC
191 ATATCTATATTCTTCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTG-TTTTTCGAGCATC
* *
584 TGAATCTTGATTCGATTTAAAT-CAAATTAA-TTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCG
255 TGAATCTTGATTCGATTTAATTAGAAATTAATTTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCG
*
647 AGAAAAGT
320 AGAAAAGC
* * * *
655 TCTCCAATCTTTTTTGCGTTAAATTATATATATTTTCTGAG-ATATTACTGTCAAAAATTGA-GA
1 CCTCCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGAGTATTTTA--GTCAAAAATTGAGGA
* *
718 AACTTTTTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAA-TTTAGCTAAAATCGTGTACTATCACGGTTTTTGGC
64 AAATTTTTTCGGGTCA-TTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTATCACGGTTTTTGGC
*
782 TAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTCTGGCACCGAGACTGC-TAGAAA
128 TAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTCTGGCACCGAGACTCCTTA-AAA
* *
846 TATCTATATTCTTCTAATCAAATCTCAGCCATATTTCATTTAAGGATTTGTTTTTCGAGCATCTG
192 TATCTATATTCTTCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTCGAGCATCTG
* * *
911 AATATTTATTCGATTTAATTAGAAATTAA-TTAAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGAG
257 AATCTTGATTCGATTTAATTAGAAATTAATTTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGAG
*
975 AAAAGT
322 AAAAGC
* * **
981 CCTCCAATCTTTTTGGCGGT-AATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGTGAAAAATTGTGAAAA
1 CCTCCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGTCAAAAA-T-TGAGGA
* * * * *
1045 AAAATTTTT-GGGTCCTTTTTTGCAAAATTTTAACTGAAAACCGTGTAATAACCATCACGGTTTT
64 AAATTTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCTG-AAATCGTG---T-ACTATCACGG-TTT
* * * *
1109 TTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCGACTTAGTTTTGGATGAGTTT-TGGCGCCGATACTCCT
123 TTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGA-TTTCTGGCACCGAGACTCCT
* * *
1173 TAAAATATCCATATT-TATCTAATCAAATCTCATCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTAAGA
187 TAAAATATCTATATTCT-TCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTT-CGA
* * *
1237 GCATCTAAATCTTGATTCGATTTAATTATAAATTAATTTCAGAAAAATATGAAAAA-AATATTAA
250 GCATCTGAATCTTGATTCGATTTAATTAGAAATTAATTTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAA
1301 AAGCGAGAAAAGC
315 AAGCGAGAAAAGC
* * *
1314 CCTTCAATCTATTCGGCGTTAAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGTCAAAAATTGAGGAAA
1 CCTCCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGTCAAAAATTGAGGAAA
* *
1379 ATTATTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTATAACGGTTTTTGGCTAA
66 ATTTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTATCACGGTTTTTGGCTAA
* * * * *
1444 AAACGCGTTTCGGGGCCTCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGACACCGAGATTCCTTAAAATATC
131 AAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTCTGGCACCGAGACTCCTTAAAATATC
* * *
1509 AATATTCATT-AAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTAAAGGATTTGTT
196 TATATTC-TTCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTT
1557 C
Statistics
Matches: 1082, Mismatches: 107, Indels: 77
0.85 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
323 107 0.10
324 28 0.03
325 86 0.08
326 157 0.15
327 231 0.21
328 41 0.04
329 95 0.09
330 21 0.02
331 26 0.02
332 138 0.13
333 100 0.09
334 52 0.05
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (327 bp):
CCTCCAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGTCAAAAATTGAGGAAA
ATTTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTATCACGGTTTTTGGCTAA
AAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTCTGGCACCGAGACTCCTTAAAATATC
TATATTCTTCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTCGAGCATCTGAATC
TTGATTCGATTTAATTAGAAATTAATTTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGAGAAAA
GC
Found at i:1445 original size:659 final size:653
Alignment explanation
Indices: 19--1556 Score: 2183
Period size: 659 Copynumber: 2.3 Consensus size: 653
9 AAATTTTTTT
19 GGCGTTAAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGTCAAAAATTGAGGAAAATTTTTTCGGGTCA
1 GGCGTTAAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGTCAAAAATTGAGGAAAATTTTTTCGGGTCA
* * * * *
84 TTTTATGAAAAATTTTATCTGAAACCGTGT-C---ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGG
66 TTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTATACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGG
* * * * *
145 CCCCTACTTAGCTTTGCAAGATTTTTGGCAACGAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAATC
131 CCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTAAAATATCTATATTCTTCTAATC
*
210 AAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTATCAGCATCTGAATCTTGATTCGATTTAA
196 AAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTG-TTTTATCAGCATCTGAATATTGATTCGATTTAA
** *
275 TTAGATTTTAATTTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAACGAGAAAAGCCCTCCAATCTAT
260 TTAGAAATTAATTTAAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAACGAGAAAAGCCCTCCAATCTAT
* ** *
340 TTGGCATTAAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGACAAAAATTGAGGAAAATTTTTTCGGGT
325 TTGGCAGTAAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGACAAAAATTGAAAAAAAATTTTTCGGGT
* * * *
405 CATTTTTTGGAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGCTAAAAACGCGTT
390 CATTTTTTGCAAAATTTTAACTGAAACCGTGTAATAACCATCACGGTTTTTGCTAAAAACGCGTT
* *
470 TCGGGACCCGACTTAGTTTTGCATGATTCTGGGGCCGAGACTCTTAGAAATATCTATATGCTTCT
455 TCGGGACCCGACTTAGTTTTGCATGATTCTGGCGCCGAGACTCTTAGAAATATCCATATGCTTCT
* * *
535 AATCAAATCTCAGCGACATTGCATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATCTGAATCTTGATTCGAT
520 AATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGATTTTAAGAGCATCTAAATCTTGATTCGAT
* **
600 TTAAATCAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGAGAAAAGTTCTCCAATCT
585 TTAAATCAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACAATATTAAAAGCGAGAAAAGCCCTCCAATCT
* *
665 TTTT
650 ATTC
* * * *
669 TGCGTTAAATTATATATATTTTCTGAG-ATATTACTGTCAAAAATTGA-GAAACTTTTTTCGGGT
1 GGCGTTAAATTATATATATTTTATGAGTATTTTA--GTCAAAAATTGAGGAAAATTTTTTCGGGT
*
732 CATTTTTTTGCAAAA-TTTAGCTAAAATCGTGTACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC
64 CA-TTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAT-ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC
* *
796 GGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTCTGGCACCGAGACTGC-TAGAAATATCTATATTCTTC
127 GGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTA-AAATATCTATATTCTTC
* * *
860 TAATCAAATCTCAGCCATATTTCATTTAAGGATTTGTTTT-TCGAGCATCTGAATATTTATTCGA
191 TAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTATC-AGCATCTGAATATTGATTCGA
* *
924 TTTAATTAGAAATTAA-TTAAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGAGAAAAGTCCTCCAA
255 TTTAATTAGAAATTAATTTAAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAACGAGAAAAGCCCTCCAA
* * **
988 TCTTTTTGGCGGT-AATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGTGAAAAATTGTGAAAAAAAATTT
320 TCTATTTGGCAGTAAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGACAAAAA-T-TGAAAAAAAATTT
*
1052 TT-GGGTCCTTTTTTGCAAAATTTTAACTGAAAACCGTGTAATAACCATCACGGTTTTTTGGCTA
383 TTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAACTG-AAACCGTGTAATAACCATCACGG-TTTTT-GCTA
* * * *
1116 AAAACGCGTTTCGGAGCCCCGACTTAGTTTTGGATGAGTTTTGGCGCCGATACTCCTTA-AAATA
445 AAAACGCGTTTCGG-GACCCGACTTAGTTTTGCATGA-TTCTGGCGCCGAGACT-CTTAGAAATA
* * *
1180 TCCATAT-TTATCTAATCAAATCTCATCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTAAGAGCATCTA
507 TCCATATGCT-TCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGATTTTAAGAGCATCTA
1244 AATCTTGATTCGATTTAATTAT-AAATTAATTTCAGAAAAATATGAAAAA-AATATTAAAAGCGA
571 AATCTTGATTCGATTTAA--ATCAAATTAA-TTCAGAAAAATATGAAAAACAATATTAAAAGCGA
*
1307 GAAAAGCCCTTCAATCTATTC
633 GAAAAGCCCTCCAATCTATTC
*
1328 GGCGTTAAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGTCAAAAATTGAGGAAAATTATTTCGGGTCA
1 GGCGTTAAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGTCAAAAATTGAGGAAAATTTTTTCGGGTCA
1393 TTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTATAACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGG
66 TTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAT-ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGG
* * * * * *
1458 GCCTCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGACACCGAGATTCCTTAAAATATCAATATTCATT-AAA
130 GCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTAAAATATCTATATTC-TTCTAA
*
1522 TCAAATCTCAGCCACATTGCATTAAAGGATTTGTT
194 TCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTT
1557 C
Statistics
Matches: 786, Mismatches: 75, Indels: 45
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
649 5 0.01
650 56 0.07
651 23 0.03
652 33 0.04
653 82 0.10
654 72 0.09
655 118 0.15
656 18 0.02
657 21 0.03
658 115 0.15
659 213 0.27
660 30 0.04
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (653 bp):
GGCGTTAAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGTCAAAAATTGAGGAAAATTTTTTCGGGTCA
TTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTATACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGG
CCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTAAAATATCTATATTCTTCTAATC
AAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTATCAGCATCTGAATATTGATTCGATTTAAT
TAGAAATTAATTTAAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAACGAGAAAAGCCCTCCAATCTATT
TGGCAGTAAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGACAAAAATTGAAAAAAAATTTTTCGGGTC
ATTTTTTGCAAAATTTTAACTGAAACCGTGTAATAACCATCACGGTTTTTGCTAAAAACGCGTTT
CGGGACCCGACTTAGTTTTGCATGATTCTGGCGCCGAGACTCTTAGAAATATCCATATGCTTCTA
ATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGATTTTAAGAGCATCTAAATCTTGATTCGATT
TAAATCAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACAATATTAAAAGCGAGAAAAGCCCTCCAATCTA
TTC
Done.