Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01009961.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig09993, whole genome shotgun sequence
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Indices: 34--3353 Score: 2508
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24 TTTTTTTCAG
* * *
34 TTGAATTATGTATTTCTTAGGAGTATTGTGGCAAAGAATTAAGT-AAAAAT-TTTCCGGGTCTAT
1 TTGAATTATATATTTTTTAGGAGTATTGTGGCAAAAAATT--GTGAAAAATATTT-CGGG--T-T
* * * * * * *
97 TTTTTTTTCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTTTGCTAAAAATGCGTT
60 TGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT
* * * * * * * *
162 CCGCGGCACCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGTAAAGATTTCTTGATATATCTATATTCTT
125 CCG-GGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCAT
* * * * * * *
227 CGAACCAAATCCCAGCCACTTTGGA-ATGAAGAATTTGTTTATACGAGAATCTAAATATTGTTT-
189 CGAACCAAAT-CTAGCCACATTGGATAT-AAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTC
* * * *
290 GATTTAATTAGAATTTAATT-AAAAAAATGGAAATACGATATTAGATGTGTGAAAAACCCTTCAA
252 GATTTAATTAGAAATTAATTAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAA
*
354 TCTTTTTGACA
317 TCTTTTTGGCA
*
365 TTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGTGAAATAATATTTCGGGTTTGTTT
1 TTGAATTATATATTTTTTAGGAGTATTGTGGCAAAAAATTGTGAAA-AATATTTCGGGTTTGTTT
* * *
430 TTGCAAAATTTTAGCCGCAAATCGTGTACTGACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGA
65 TTGCAAAATTTTAGCCG-AAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCG-
* * * * * *
495 GACCTCGGCTTACTTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAAAGTCCTTGAAATATATATATTCATCGAA
128 GGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAA
* * *
560 CCAAATCTAGGCCACAATGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTT-GTTTT
193 CCAAATCTA-GCCACATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTT
* * * * * *
624 AATTAGAAAGTAATTCGGAAAAAAAT-GAATAAATGATATTAGAAACGTGAAAAGCCCGTCAATC
257 AATTAGAAATTAATT--AAAAAAAATGGAA-AAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATC
688 TTTTTGGCA
319 TTTTTGGCA
** * * ** *
697 TTGAATTATATATTTTTTTCCCGAGTGTTGCGGCAAAAAA-T-CCAGAAA-ATTT----TTT-TT
1 TTGAATTATATA-TTTTTT-AGGAGTATTGTGGCAAAAAATTGTGAAAAATATTTCGGGTTTGTT
** * * * * * *
754 TGGGTC--AGTTTTAACAGAAAT-G-GT-GT-ACCATCACGGTTTTTGGGATAAAAACGCATTTC
64 TTTG-CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTT-GGCTAAAAACGC-GTTC
* * * * * *
813 GGGGCCCCGTCTCAGTTTTGCATCACTTTTGGCAG-AAAGACTCCTCGAAATATCTATATTCATC
126 CGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC-GCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATC
* * * *
877 TAACCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGA-TTGTGTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCG
190 GAACCAAATCT-AGCCACATTGGATATAAGGATTTGT-TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCG
* * ** * * *
941 ATTTAATTAGAAGTAAATTCAGAAATAAAATTAACAAAAAAAAACGATATTAAAACCATGAAAAA
253 ATTTAATTAGAAATTAATT-A-AAA-AAAA-T-----GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAA
**
1006 CCCTT-AAT-TTTTTTTCA
309 CCCTTCAATCTTTTTGGCA
* * * **
1023 GTTGAATTATATATTTCTCT-GGAGTATTGTGGCAAAGAATTAAGT-AAAAATTTTTCGGGTCAG
1 -TTGAATTATATATTT-TTTAGGAGTATTGTGGCAAAAAATT--GTGAAAAATATTTCGGGTTTG
* * * *
1086 ATTTTT-CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTTTGTTAAAAACGCGTTC
62 -TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTC
* * * * * * ** *
1150 ACGGGCCCCAGCTCA-ATTTGTATGATTTTTGGCGTAAAGAGTTGTTGATATATCTATATTCATC
126 -CGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATC
* * * * *
1214 AAACCAAATTCCAGCCATATTGGA-ATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATTGTTTCG
190 GAACCAAA-TCTAGCCACATTGGATA-TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCG
* * * *
1278 ATTTAATTAG-AATTAATTCAAAAAAATGGAAATACGATATTAGATGCGTGAAAAACCTTTCAAT
253 ATTTAATTAGAAATTAATTAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAAT
*
1342 CATTTTGGCA
318 CTTTTTGGCA
* * *
1352 TCGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAAATTGAGAAATAATATTTCGGGTTTGTT
1 TTGAATTATATATTTTTTAGGAGTATTGTGGC-AAAAAATTGTGAAA-AATATTTCGGGTTTGTT
* * * * * **
1417 TTTGCAAAATTTTTGCCTCAAATCGTGTATTAACAATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTTTG
64 TTTGCAAAATTTTAGCC-GAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCG
* * * * * *
1482 AGACCTCGGCTTACTTTTTCATGATTTTTGGCGCAAAAACTCCTTGAAATATATATATTCATCGA
128 -GGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGA
* * *
1547 ACCAAATCTCGGCCACATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTTGATT
192 ACCAAATCT-AGCCACATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATT
* * * * *
1612 TACA-TAGAAAGTAATTCGGAAAAAAAAATGGATAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAGCCCGTCA
256 TA-ATTAGAAATTAATT----AAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCA
* **
1676 ATATTTTTGGGG
316 ATCTTTTTGGCA
* * * * * *
1688 GTAAATTATATATTTTTCCA-GAGTGTTGCGGCAAAAAATT-TAGAAAAACTTTTTC-GG---G-
1 TTGAATTATATATTTTT-TAGGAGTATTGTGGCAAAAAATTGT-GAAAAA-TATTTCGGGTTTGT
* * * * *
1746 ---T-C--AGTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACTGTTTTTGAGCTAAAACCGCTTTTC
63 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTG-GCTAAAAACGC-GTTC
* * ** * * * *
1805 GGGGCTCTTGCTCAGTTTTGCAT-CTCTTTTGGTAG-AAAGACTCCTCGAAATATCTATATTCAT
126 CGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGAT-TTTTGG-CGCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCAT
* * * ** * *
1868 CTAACCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGGGTATACGAGCATCCGAATCTTGTTTCG
189 CGAACCAAATCT-AGCCACATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCG
* * ** *
1933 ATTTAATTAGAAGTAAATTCAGAAAAAAAAATTTAAAAAAAAAACGATATGAGAAGCGTGAAAAA
253 ATTTAATTAGAAATTAATT----AAAAAAAA--T---GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAA
* * * **
1998 CCTTTAAATTTTTTTTTTCA
309 CCCTTCAA-TCTTTTTGGCA
* * * * **
2018 GTTGAATTATGTATTTCTTAGGAGTATTCTGGCAAAGAATTAAGT-AAAAAT-TTTCCGGGTCAG
1 -TTGAATTATATATTTTTTAGGAGTATTGTGGCAAAAAATT--GTGAAAAATATTT-CGGGTTTG
* * ** *
2081 TTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCATG-AGCTAACCATCACAATTTTTTGCTAAAAACGCGTTT
62 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA-CTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCG-TT
** ** * *
2145 CCGGG-CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCTTAAATAA-TTGTTGATATATCTTTATTCAT
125 CCGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCAAA-AACTCCTTGAAATATCTATATTCAT
* * * * * * * *
2208 CAAACCAAATCCCAACCATATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCAACTAAATATTGTTTCG
189 CGAACCAAAT-CTAGCCACATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCG
* * *
2273 ATTCAATTAGAAA-TAATTAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCTTG-AAAAGCCTTCAAT
253 ATTTAATTAGAAATTAATTAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAAT
*
2336 CTTTTTGGCG
318 CTTTTTGGCA
* * * ** *
2346 TTGAATTATATATTTTTCCA-GAGTGTTGTCGC-AAAAATATCAGAAAAATATTT----TTCG--
1 TTGAATTATATATTTTT-TAGGAGTATTGTGGCAAAAAAT-TGTGAAAAATATTTCGGGTTTGTT
** * * * * *
2403 GGT-C--AGTTTTAGCCGAAATCGTGTACAAATCATCACGGTTTTTGGACTAAAAATGCGTTTCG
64 TTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGG-CTAAAAACGCG-TTCC
* * * *
2465 GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATCACTTTTGGCAG-AAAGACT-TTTCGAAATATCTATATTCATC
127 GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC-GCAAAAACTCCTT-GAAATATCTATATTCATC
** * * * * * * * * *
2528 TTACCAAATCTCAACCGCATTGAATTTAAGGGTTTGGTTTTACTAGCATGTCAATCTTGTTTCGA
190 GAACCAAATCT-AGCCACATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGA
* * ** * *
2593 TTTAATTAGAAGTAAATTCAGAAAAAAAAATTAAAAAAAGAAGATATTAGAAGCGTTAAAAACCC
254 TTTAATTAGAAATTAATT----AAAAAAAA-T-GGAAAA-ACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCC
* * ** *
2658 ATAAAT-TTTTTTTCTG
312 TTCAATCTTTTTGGC-A
* * *
2674 TTGAATTATATATTTCTTT-GGAGTATTAG-GGCAAAGAATTAAGT-AAAATTTTTTCGGGTCAT
1 TTGAATTATATATTT-TTTAGGAGTATT-GTGGCAAAAAATT--GTGAAAAATATTTCGGGT--T
* * * * *
2736 T-TTTTTTCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTTTGCTAAAAACGCGTT
60 TGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT
* * * * * * * *
2800 CCGCGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTTGCGTAAAGACTTCTTGATATATCTATATTCTT
125 CCG-GGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCAT
* * * * * *
2865 CGAACCAAATCCCAGCCACTTTGGA-ATGAAGGATTTGTTTATACGAGAATCTAAATATTGTTT-
189 CGAACCAAAT-CTAGCCACATTGGATAT-AAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTC
* * * *
2928 GATTTAATTAGAATTTAATT-AAAAAAATGGAAATACGATATTAGATGCATGAAAAACCCTTCAA
252 GATTTAATTAGAAATTAATTAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAA
*
2992 TCTTTTTGACA
317 TCTTTTTGGCA
*
3003 TTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGTGAAATAATATTTCGGGTTTGTTT
1 TTGAATTATATATTTTTTAGGAGTATTGTGGCAAAAAATTGTGAAA-AATATTTCGGGTTTGTTT
* * *
3068 TTGCAAAATTTTAGCCGCAAATCGTGTACTGACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGA
65 TTGCAAAATTTTAGCCG-AAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCG-
* * * ** * *
3133 GACCTCGGCAT-ACTTTTGCATGATTTTTGATGCAAAAACTCCTTGAAATATATATAATCATCGA
128 GGCCCCGGC-TCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGA
* * * * *
3197 ACCAAATCTCGGCCACATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACAAGCATTTGAATCTTGTTTTGTTT
192 ACCAAATCT-AGCCACATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATT
* * * * *
3262 TAATTAGAAAGTAATTCGGAAAAAAATGGATAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATC
256 TAATTAGAAATTAATT--AAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATC
**
3327 TTTTTGGTG
319 TTTTTGGCA
3336 TTGAATTATATATTTTTT
1 TTGAATTATATATTTTTT
3354 TCCCGAGTGT
Statistics
Matches: 2346, Mismatches: 479, Indels: 326
0.74 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
317 32 0.01
318 22 0.01
319 125 0.05
320 114 0.05
321 27 0.01
322 7 0.00
323 33 0.01
324 157 0.07
325 24 0.01
326 32 0.01
327 98 0.04
328 155 0.07
329 453 0.19
330 113 0.05
331 179 0.08
332 84 0.04
333 79 0.03
334 24 0.01
335 42 0.02
336 77 0.03
337 126 0.05
338 129 0.05
339 56 0.02
340 106 0.05
341 20 0.01
342 32 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (327 bp):
TTGAATTATATATTTTTTAGGAGTATTGTGGCAAAAAATTGTGAAAAATATTTCGGGTTTGTTTT
TGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGC
CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCA
AATCTAGCCACATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATT
AGAAATTAATTAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGG
CA
Found at i:2466 original size:659 final size:648
Alignment explanation
Indices: 22--3350 Score: 2629
Period size: 657 Copynumber: 5.0 Consensus size: 648
12 AAAAGCAATT
* *
22 TTTTTTTTTCAGTTGAATTATGTATTTCTTAGGAGTATTGTGGCAAAGAATTAAGTAAAAATTTT
1 TTTTTTTTTCAGTTGAATTATATATTTCTTAGGAGTATTCTGGCAAAGAATTAAGTAAAAATTTT
* *
87 CCGGGTCTATTTTTTTTTCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTTTGCTA
66 -CGGGTC-A--GTTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTTTGCTA
* * *
152 AAAATGCG-TTCCGCGGCACCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGTAAAGATTTCTTGATATA
127 AAAACGCGTTTCCGCGGC-CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGAATTCTTGATATA
* * * * *
216 TCTATATTCTTCGAACCAAATCCCAGCCACT-TTGGAATGAAGAATTTGTTTATACGAGAATCTA
191 TCTATATTCATCGAACCAAATCCCAGCCA-TATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAA-CTA
* * *
280 AATATTGTTTGATTTAATTAGAATTTAATT-AAAAAAATGGAAATACGATATTAGATG-TGTGAA
254 AATATTGTTTGATTTAATTAGAA-ATAATTAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCT-TGAA
* * * **
343 AAACCCTTCAATCTTTTTGACATTGAATTATATATTTTT-TATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGT
317 AAACCCTTCAATCTTTTTGACGTTGAATTATATATTTTTCCA-GAGTATTGTCGCAAAAAATTAA
* * * * *
407 GAAATAATATTTCGGGTTTGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGCAAATCGTGTACTGACCATCATGGT
381 GAAAAAATTTTTC-GG---G----T-C--AGTTTTAGCCG-AAATCGTGTACTAACCATCACGGT
* * * * * * * * * *
472 TTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGAGACCTCGGCTTACTTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAAAGTCC
434 TTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGAGCAAAGACTCC
* * * * * * *
537 TTGAAATATATATATTCATCGAACCAAATCT-AGGCCACAATGGATATAAGGATTTGTTTTTACG
499 TCGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCA-ACCACATTGGATTTAAGGATTTGGTTTTACG
** * * * * *
601 AGCATTTGAATCTTGTTT-GTTTTAATTAGAAAGT-AATTCGGAAAAAAATGAATAAATGATATT
563 AGCATCCGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG-AAGTAAATTCGAAAAAAAATAAAAAAACGATATT
* * * *
664 AGAAACGTGAAAAGCCCGTCAA
627 AGAAGCGTGAAAAACCCTTAAA
* ** * ** * * **
686 TCTTTTTGGCA-TTGAATTATATATTTTTTTCCCGAGTGTTGC-GGCAAAAAATCCAG--AAAAT
1 TTTTTTTTTCAGTTGAATTATATA-TTTCTT-AGGAGTATT-CTGGCAAAGAATTAAGTAAAAAT
* * * * * * *
747 TTT----T---TTTTGGGTC--AGTTTTAACAGAAAT-G-GTG-T-ACCATCACGGTTTTTGGGA
63 TTTCGGGTCAGTTTT--TTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTT-TGC
* * * * * * * * *
799 TAAAAACGCATTT-CGGGGCCCCGTCTCAGTTTTGCATCACTTTTGGCAG-AAAGACTCCTCGAA
125 TAAAAACGCGTTTCCGCGG-CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC-GTAAAGAATTCTTGAT
* * * * *
862 ATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGA-TTGTGTTTTACGAGTAT
188 ATATCTATATTCATCGAACCAAATCCCAGCCATATTGGATTTAAGGATTTGT-TTTTACGAG-AA
* * * **
926 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAGTAAATTCAGAAATAAAATTAACAAAAAAAAACGATAT
251 CTAAATATTGTTT-GATTTAATTAGAAAT-AATT-A-AAA-AAAA-T-----GGAAAAACGATAT
* * * ** * ** *
991 TAAAACCATGAAAAACCCTT-AAT-TTTTTTTCAGTTGAATTATATATTTCTCTGGAGTATTGTG
305 TAGAAGCTTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGAC-GTTGAATTATATATTTTTCCAGAGTATTGTC
* * *
1054 GCAAAGAATTAAGTAAAAATTTTTCGGGTCAGATTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTA
369 GCAAAAAATTAAGAAAAAATTTTTCGGGTCAG-----------TTTTAGCCGAAATCGTGTACTA
* * * * * * *
1119 ACCATCACAGTTTTTTGTTAAAAACGCG-TTCACGGGCCCCAGCTCA-ATTTGTATGATTTTTGG
423 ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC-GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
* * * ** * * * * * *
1182 CGTAAAGAGTTGTTGATATATCTATATTCATCAAACCAAAT-TCCAGCCATATTGGAATTAAGGA
487 AGCAAAGACTCCTCGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT-CAACCACATTGGATTTAAGGA
* ** * * **
1246 TTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATTGTTTCGATTTAATTAGAA-TTAATTC--AAAAAAATGGA
551 TTTGGTTTTACGAGCATCCGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAGTAAATTCGAAAAAAAATAAA
* * * *
1308 AATACGATATTAGATGCGTGAAAAACCTTTCAA
616 AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTAAA
** ** * * * * * *
1341 TCATTTTGGCA-TCGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAAATTGAG-AAATAATA
1 TTTTTTTTTCAGTTGAATTATATATTTCTTAGGAGTATTCTGGC-AAAGAATTAAGTAAA-AAT-
** * * * ** * * *
1404 TTTCGGGTTTGTTTTTGCAAAATTTTTGCCTCAAATCGTGTATTAACAATCACGGTTTTTGGCTA
63 TTTCGGGTCAGTTTTTTCAAAATTTTAGCC-GAAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTTTGCTA
* * * * * * * * * *
1469 AAAATGCGTTT-TGAGACCTCGGCTTACTTTTTCATGATTTTTGGCGCAAA-AACTCCTTGAAAT
127 AAAACGCGTTTCCGCGGCC-CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGAA-TTCTTGATAT
* * * * * ** *
1532 ATATATATTCATCGAACCAAATCTCGGCCACATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTG
190 ATCTATATTCATCGAACCAAATCCCAGCCATATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAG-AACTA
* *
1597 AATCTTGTTTTGATTTACA-TAGAAAGTAATTCGGAAAAAAAAATGGATAAACGATATTAGAAG-
254 AATATTG-TTTGATTTA-ATTAGAAA-TAATT----AAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGC
* * * ** * * *
1660 TGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGGGGGTAAATTATATATTTTTCCAGAGTGTTG-CGGCAAAA
312 T-TGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACGTTGAATTATATATTTTTCCAGAGTATTGTC-GCAAAA
* * * *
1724 AATTTAGAAAAACTTTTTCGGGTCAGTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACTGTTTTTGA
375 AATTAAGAAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTG-
* * * ** *
1789 GCTAAAACCGCTTTTCGGGGCTCTTGCTCAGTTTTGCAT-CTCTTTTGGTAG-AAAGACTCCTCG
439 GCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGAT-TTTTGG-AGCAAAGACTCCTCG
* *
1852 AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGGGTATACGAGCA
502 AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGGTTTTACGAGCA
1917 TCCGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAGTAAATTCAGAAAAAAAAATTTAAAAAAAAAACGATA
567 TCCGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAGTAAATTC-G-AAAAAAAA--T---AAAAAAACGATA
* *
1982 TGAGAAGCGTGAAAAACCTTTAAA
625 TTAGAAGCGTGAAAAACCCTTAAA
*
2006 TTTTTTTTTTCAGTTGAATTATGTATTTCTTAGGAGTATTCTGGCAAAGAATTAAGTAAAAATTT
1 -TTTTTTTTTCAGTTGAATTATATATTTCTTAGGAGTATTCTGGCAAAGAATTAAGTAAAAATTT
* * *
2071 TCCGGGTCAGTTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCATGAGCTAACCATCACAATTTTTTGCTAAA
65 T-CGGGTCAGTTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTTTGCTAAA
* * *
2136 AACGCGTTTCCG-GGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCTTAAATAATTGTTGATATATCT
129 AACGCGTTTCCGCGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGAATTCTTGATATATCT
* * *
2200 TTATTCATCAAACCAAATCCCAACCATATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCAACTAAATA
194 ATATTCATCGAACCAAATCCCAGCCATATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAG-AACTAAATA
* *
2265 TTGTTTCGATTCAATTAGAAATAATTAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCTTG-AAAAGC
258 TTGTTT-GATTTAATTAGAAATAATTAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACC
* * *
2329 CTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTCCAGAGTGTTGTCGC-AAAAATATCAGAAAA
322 CTTCAATCTTTTTGACGTTGAATTATATATTTTTCCAGAGTATTGTCGCAAAAAAT-TAAGAAAA
* * *
2393 ATATTTTTCGGGTCAGTTTTAGCCGAAATCGTGTACAAATCATCACGGTTTTTGGACTAAAAATG
386 A-ATTTTTCGGGTCAGTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGG-CTAAAAACG
* * **
2458 CGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATCACTTTTGGCAG-AAAGACTTTTCGAAATATCTATA
449 CGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG-AGCAAAGACTCCTCGAAATATCTATA
* * * * * *
2522 TTCATCTTACCAAATCTCAACCGCATTGAATTTAAGGGTTTGGTTTTACTAGCATGTC-AATCTT
513 TTCATCTAACCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGGTTTTACGAGCAT-CCGAATCTT
* *
2586 GTTTCGATTTAATTAGAAGTAAATTCAGAAAAAAAAATTAAAAAAAGAAGATATTAGAAGCGTTA
577 GTTTCGATTTAATTAGAAGTAAATTC-G-AAAAAAAA-T-AAAAAA-ACGATATTAGAAGCGTGA
*
2651 AAAACCCATAAA
637 AAAACCCTTAAA
* * ** *
2663 -TTTTTTTTCTGTTGAATTATATATTTCTTTGGAGTATTAGGGCAAAGAATTAAGTAAAATTTTT
1 TTTTTTTTTCAGTTGAATTATATATTTCTTAGGAGTATTCTGGCAAAGAATTAAGTAAAA-ATTT
* *
2727 TCGGGTCATTTTTTTTCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTTTGCTAAA
65 TCGGGTCA-GTTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTTTGCTAAA
* * * *
2792 AACGCG-TTCCGCGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTTGCGTAAAGACTTCTTGATATATC
129 AACGCGTTTCCGCGG-CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGAATTCTTGATATATC
* * * *
2856 TATATTCTTCGAACCAAATCCCAGCCACT-TTGGAATGAAGGATTTGTTTATACGAGAATCTAAA
193 TATATTCATCGAACCAAATCCCAGCCA-TATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAA-CTAAA
* * * *
2920 TATTGTTTGATTTAATTAGAATTTAATT-AAAAAAATGGAAATACGATATTAGATGCATGAAAAA
256 TATTGTTTGATTTAATTAGAA-ATAATTAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAA
* * * **
2984 CCCTTCAATCTTTTTGACATTGAATTATATATTTTT-TATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGTGAA
320 CCCTTCAATCTTTTTGACGTTGAATTATATATTTTTCCA-GAGTATTGTCGCAAAAAATTAAGAA
* * * * *
3048 ATAATATTTCGGGTTTGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGCAAATCGTGTACTGACCATCATGGTTTT
384 AAAATTTTTC-GG---G----T-C--AGTTTTAGCCG-AAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTT
* * * * *
3113 TGGCTAAAAACGCGTTTCGAGACCTCGGCAT-ACTTTTGCATGATTTTT-GATGCAAAAACTCCT
437 TGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGC-TCAGTTTTGCATGATTTTTGGA-GCAAAGACTCCT
* * * * ** * * *
3176 TGAAATATATATAATCATCGAACCAAATCTCGGCCACATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACAAG
500 CGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGGTTTTACGAG
** * * * ** *
3241 CATTTGAATCTTGTTTTGTTTTAATTAGAAAGT-AATTCGGAAAAAAATGGATAAACGATATTAG
565 CATCCGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG-AAGTAAATTCGAAAAAAAATAAAAAAACGATATTAG
* * *
3305 AAGCGTGAAAAGCCCGTCAA
629 AAGCGTGAAAAACCCTTAAA
**
3325 TCTTTTTGGT--GTTGAATTATATATTT
1 T-TTTTTTTTCAGTTGAATTATATATTT
3351 TTTTCCCGAG
Statistics
Matches: 2159, Mismatches: 369, Indels: 276
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Consensus pattern (648 bp):
TTTTTTTTTCAGTTGAATTATATATTTCTTAGGAGTATTCTGGCAAAGAATTAAGTAAAAATTTT
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CGCGTTTCCGCGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGAATTCTTGATATATCTAT
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TTTGATTTAATTAGAAATAATTAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAACCCTTC
AATCTTTTTGACGTTGAATTATATATTTTTCCAGAGTATTGTCGCAAAAAATTAAGAAAAAATTT
TTCGGGTCAGTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCG
GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGAGCAAAGACTCCTCGAAATATCTATATTCATCTA
ACCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGGTTTTACGAGCATCCGAATCTTGTTTCGATT
TAATTAGAAGTAAATTCGAAAAAAAATAAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTAAA
Found at i:3219 original size:986 final size:976
Alignment explanation
Indices: 34--7507 Score: 5104
Period size: 986 Copynumber: 7.6 Consensus size: 976
24 TTTTTTTCAG
* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * ** * *
163 CGCGGCACCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGTAAAGATTTC-TTGATATATCTATATTCTT
126 CGAGGCCCCGGCT-ACTTTTGCATGATTTTTGGTGCAAA-AACTCGTTGAAATATCTATATTCAT
* * * * * * * *
227 CGAACCAAATCCCAGCCACTTTGGAATGAAGAATTTGTTTATACGAGAATCTAAATATTGTTT-G
189 CAAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATTGTTTCG
* * * * *
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254 ATTTAATTAGAA-ATAATTCAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTG-AAAAGCCTTCAA
* * * * * * * * *
354 TCTTTTTGACATTGAATTATATATTTTT-TATGAGTATTGTGGCAAAAA-AT-TGTGAAATAATA
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* *
416 TTTCGGGTTTGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGCAAATCGTGTACTGACCATCATGGTTTTTGGCTA
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* * * * * * * * * * *
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429 AAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATCACTTTTGGCAG-AAAGACT-CTTCGAAAT
* * * * * * *
544 ATATATATTCATCGAACCAAATCT-AGGCCACAATGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTT
492 ATCTATATTCATCTAACCAAATCTCA-ACCACATTGGATTTAAGGATTTGGTTTTACGAGCATCT
* * * * *
608 GAATCTTGTTT-GTTTTAATTAGAAAGT-AATTC-GGAAAAAAA-T-GAATAAATGATATTAGAA
556 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAG-AAGTAAATTCAGAAAAAAAATTAAAAAAAAAGATATTAGAA
* * * * ** * * * *
668 ACGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCA-TTGAATTATATATTTTTTTCCCGAGTGTTGCGGCA
620 GCGTGAAAAACCCTTAAAT-TTTTTTTCAGTTGAATTATATATTTCTTT--GGAGTATTGTGGCA
* ** * * *
732 AAAAATCCAG-AAAATTTTTTTTTGGGTCAG--TTTT----A----A-CAGAAAT-G-GTG-T-A
682 AAGAATTAAGTAAAA--ATTTTTCGGGTCAGATTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAA
* * * * * * * * *
781 CCATCACGGTTTTTGGGATAAAAACGCATTTCGGGGCCCCGTCTCAGTTTTGCATCACTTTTGGC
745 CCATCACAGTTTTT-TGCTAAAAACGC-GTTCCGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGC
* * *
846 AG-AAAGACTCCTCGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGA-
808 -GTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCCCAACCACATTGGAATTAAGGAT
* * * *
909 TTGTGTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAGTAAATTCAGAAATAAAATTA
872 TTGT-TTTTACGAGCATCTAAATATTGTTTCGATTTAATTAGAA-TTAATTC--AAA-AAAA-T-
** * * * * **
974 ACAAAAAAAAACGATATTAAAACCATGAAAAACCCTT-AAT-TTTTTTTCA
930 ----GGAAATACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACA
* * * * **
1023 GTTGAATTATATATTTCTCT-GGAGTATTGTGGCAAAGAATTAAGTAAAAATTTTTCGGGTCAGA
1 -TTGAATTATATATTT-TTTAGGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG-AAAAATATTTCGGGTTTG-
* * * * *
1087 TTTTT-CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTTTGTTAAAAACGCGTTCA
62 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT-T
* * * * * * * * *
1151 CG-GGCCCCAGCT-CAATTTGTATGATTTTTGGCGTAAAGAGTTGTTGATATATCTATATTCATC
126 CGAGGCCCCGGCTAC-TTTTGCATGATTTTTGGTGCAAAAACTCGTTGAAATATCTATATTCATC
* *
1214 AAACCAAAT-TCCAGCCATATTGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATTGTTTCG
190 AAACCAAATCT-CAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATTGTTTCG
* * * *
1278 ATTTAATTAGAATTAATTC-AAAAAAATGGAAATACGATATTAGATGCGTGAAAAACCTTTCAAT
254 ATTTAATTAGAAATAATTCAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCC-TTCAAT
* * * * * * * * * *
1342 CATTTTGGCATCGAATTATATATTTTT-TATGAGTATTGTGGCAAAAAAAT-TGAGAAATAATAT
318 CTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTCCA-GAGTGTTGTCGCAAAAATATCAGA-AAAAAATTT
* * *
1405 TTCGGGTTTGTTTTTGCAAAATTTTTGCCTCAAATCGTGTATTAACAATCACGGTTTTTGGCTAA
381 TTC-GG---G----T-C--AGTTTTAGCC-GAAATCGTG---TAAC-ATCACGGTTTTTGGCTAA
* * * * * * * * * * *
1470 AAATGCGTTTTGAGACCTCGGCTTACTTTTTCATGATTTTTGGC-GCAAAAACTCCTT-GAAATA
430 AAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATCACTTTTGGCAG-AAAGACT-CTTCGAAATA
* * ** * * *
1533 TATATATTCATCGAACCAAATCTCGGCCACATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGA
493 TCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGGTTTTACGAGCATCTGA
* * * ** * *
1598 ATCTTGTTTTGATTTACA-TAGAAAGT-AATTCGGAAAAAAAAAT-GGATAAACGATATTAGAAG
558 ATCTTGTTTCGATTTA-ATTAG-AAGTAAATTCAGAAAAAAAATTAAAAAAAAAGATATTAGAAG
* * * * * *** * * ** * * *
1660 TGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGGGGGTAAATTATATATTT-TTCCAGAGTGTTGCGGCAAAA
621 CGTGAAAAACCCTTAAATTTTTTTTCAGTTGAATTATATATTTCTT-TGGAGTATTGTGGCAAAG
* * *
1724 AATTTAG-AAAAACTTTTTCGGGTCAG-----------TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTAT
685 AATTAAGTAAAAA-TTTTTCGGGTCAGATTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCAT
* * * * * * ** * * *
1777 CACTGTTTTTGAGCTAAAACCGCTTTTCGGGGCTCTTGCTCAGTTTTGCAT-CTCTTTTGGTAG-
749 CACAGTTTTT-TGCTAAAAACGC-GTTCCGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGAT-TTTTGG-CGT
* * *
1840 AAAGACTCCTCGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTG
810 AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCCCAACCACATTGGAATTAAGGATTTG
** * ** * *
1905 GGTATACGAGCATCCGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAGTAAATTCAGAAAAAAAAATTTAAA
875 TTTTTACGAGCATCTAAATATTGTTTCGATTTAATTAGAA-TTAATTC----AAAAAAA--T---
** * * * * * **
1970 AAAAAAACGATATGAGAAGCGTGAAAAACCTTTAAATTTTTTTTTTCA
930 GGAAATACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAA-TCTTTTTGACA
* * * * * **
2018 GTTGAATTATGTATTTCTTAGGAGTATTCTGGCAAAGAATTAAGTAAAAAT-TTTCCGGGTCAGT
1 -TTGAATTATATATTTTTTAGGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG-AAAAATATTT-CGGGTTTGT
* * ** *
2082 TTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCATG-AGCTAACCATCACAATTTTTTGCTAAAAACGCGTTTC
63 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA-CTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTT-
* * * * *
2146 CG-GG-CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCT-TAAATAA-TTGTTGATATATCTTTATTCA
126 CGAGGCCCCGGCT-ACTTTTGCATGATTTTTGG-TGCAAA-AACTCGTTGAAATATCTATATTCA
* * * *
2207 TCAAACCAAATCCCAACCATATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCAACTAAATATTGTTTC
188 TCAAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATTGTTTC
* *
2272 GATTCAATTAGAAATAATT-AAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCTTGAAAAGCCTTCAAT
253 GATTTAATTAGAAATAATTCAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTCAAT
*
2336 CTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTCCAGAGTGTTGTCGCAAAAATATCAGAAAAATATTTTT
318 CTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTCCAGAGTGTTGTCGCAAAAATATCAGAAAAAAATTTTT
*
2401 CGGGTCAGTTTTAGCCGAAATCGTGTACAAATCATCACGGTTTTTGGACTAAAAATGCGTTTCGG
383 CGGGTCAGTTTTAGCCGAAATCGTGT---AA-CATCACGGTTTTTGG-CTAAAAACGCGTTTCGG
* *
2466 GGCCCCGGCTCAGTTTTGCATCACTTTTGGCAGAAAGACTTTTCGAAATATCTATATTCATCTTA
443 GGCCCCGGCTCAGTTTTGCATCACTTTTGGCAGAAAGACTCTTCGAAATATCTATATTCATCTAA
* * * * * *
2531 CCAAATCTCAACCGCATTGAATTTAAGGGTTTGGTTTTACTAGCATGTCAATCTTGTTTCGATTT
508 CCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGGTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTT
* *
2596 AATTAGAAGTAAATTCAGAAAAAAAAATTAAAAAAAGAAGATATTAGAAGCGTTAAAAACCCATA
573 AATTAGAAGTAAATTCAG-AAAAAAAATTAAAAAAA-AAGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTA
* *
2661 AATTTTTTTTCTGTTGAATTATATATTTCTTTGGAGTATTAG-GGCAAAGAATTAAGTAAAATTT
636 AATTTTTTTTCAGTTGAATTATATATTTCTTTGGAGTATT-GTGGCAAAGAATTAAGTAAAAATT
** *
2725 TTTCGGGTCATTTTTTTTCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTTTGCTA
700 TTTCGGGTCA-GATTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTTTGCTA
* * * *
2790 AAAACGCGTTCCGCGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTTGCGTAAAGACTTCTTGATATAT
764 AAAACGCGTTCCG-GGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATAT
* * * * * * *
2855 CTATATTCTTCGAACCAAATCCCAGCCACTTTGGAATGAAGGATTTGTTTATACGAGAATCTAAA
828 CTATATTCATCTAACCAAATCCCAACCACATTGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAA
* *
2920 TATTGTTT-GATTTAATTAGAATTTAATT-AAAAAAATGGAAATACGATATTAGATGCATGAAAA
893 TATTGTTTCGATTTAATTAGAA-TTAATTCAAAAAAATGGAAATACGATATTAGAAGCGTGAAAA
2983 ACCCTTCAATCTTTTTGACA
957 ACCCTTCAATCTTTTTGACA
* *
3003 TTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGTGAAATAATATTTCGGGTTTGTTT
1 TTGAATTATATATTTTTTAGGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAA-AATATTTCGGGTTTGTTT
* *
3068 TTGCAAAATTTTAGCCGCAAATCGTGTACTGACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGA
65 TTGCAAAATTTTAGCCG-AAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGA
* * * * * * *
3133 GACCTCGGCATACTTTTGCATGATTTTTGATGCAAAAACTCCTTGAAATATATATAATCATCGAA
129 GGCCCCGGC-TACTTTTGCATGATTTTTGGTGCAAAAACTCGTTGAAATATCTATATTCATCAAA
* * * * * * * *
3198 CCAAATCTCGGCCACATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACAAGCATTTGAATCTTGTTTTGTTTT
193 CCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATTGTTTCGATTT
* * *
3263 AATTAGAAAGTAATTCGGAAAAAAATGGATAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCT
258 AATTAGAAA-TAATTC-AAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAG-CCTTCAATCT
* *
3328 TTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTTCCCGAGTGTTG-CGGCAAAAA-ATCCAG--AAAAA---
320 TTTTGGCGTTGAATTATATA--TTTTTCCAGAGTGTTGTC-GCAAAAATAT-CAGAAAAAAATTT
3386 --C--G-C-G-TTT--------T--TG---------GG----T---TAAAAACGCGTTTCGGGGC
381 TTCGGGTCAGTTTTAGCCGAAATCGTGTAACATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGC
* * * * * *
3418 CGCGTCTCAGTTTTGCTTCACTTTTGGCAGAAAGACTCCTCGAAATATTTATATTCATTTAACCA
446 CCCGGCTCAGTTTTGCATCACTTTTGGCAGAAAGACTCTTCGAAATATCTATATTCATCTAACCA
*
3483 AATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGGTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
511 AATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGGTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
* * * *
3548 TAGAAGTAAATTCAGAAATAAAATTAACAAAAAAACGATATTAAAACCGTGAAAAACCCTTAATT
576 TAGAAGTAAATTCAGAAAAAAAATTAA-AAAAAAA-GATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTAAAT
*
3613 TTTTTTTCAGTTGAATTATATATTTCTCTGGAGTATTGTGGCAAAGAATTAAGTAAAAATTTTTC
639 TTTTTTTCAGTTGAATTATATATTTCTTTGGAGTATTGTGGCAAAGAATTAAGTAAAAATTTTTC
* *
3678 GAGTCAGATTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTG-T-ATCATCACAGTTTTTTGCTAAAAAC
704 GGGTCAGATTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTTTGCTAAAAAC
* * * ** *
3741 GCGTTCACGAGCCCCGGCTCAATTTTGTATGATTTTTGGCGTAAAGAGTTGTTGATATATCTATA
769 GCGTTC-CGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATA
* *
3806 TTCATCAAACCAAATCCCAACCATATTGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATTG
833 TTCATCTAACCAAATCCCAACCACATTGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATTG
** * *
3871 TTTCGATTTTTTTAGAATTAATTCAAAAAAATGGAAATACGATATTAGATGCGTGAAAAACCTTT
898 TTTCGATTTAATTAGAATTAATTCAAAAAAATGGAAATACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTT
*
3936 CAATCTTTTTGGCA
963 CAATCTTTTTGACA
*
3950 TTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAAATTGAGAAATAATATTTCGGGTTTGTT
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
4145 CCAAATCTCGGCGACATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTTGTTTT
193 CCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATTGTTTCGATTT
* ** *
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* * *
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* * ** *
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* ** * *
4400 CCTGTTTCAGTTCTGCATCACTTTTGGCAGAAAGACTCCTCGAAATATCTATATTCATCTAACCA
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*
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * ** *
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* * *
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831 TATTCATCTAACCAAATCCCAACCACATTGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATAT
* * *
4855 TGTTTCGATTTTATTAGAATTAATTCAAAAAAATGGAAATACGATATTAGATGCGTGAAAAACCT
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*
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* *
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* * *
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* * * *
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129 GG-CCCCGGCTAC--TTTTGCATGATTTTTG--GTGCAAAAACTCGTTGAAATATCTATATTCAT
* * * *
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189 CAAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATTGTTTCG
* * * * * *
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** ** * * * *
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* ** *
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* * * *
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430 AAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATCACTTTTGGCAG-AAAGAC-TCTTCGAAATA
* * * * * * * *
5442 TCTATATTCTTCCAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTGAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAA
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* * * *** * * * *
5507 ATATTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT----AAAAAAA-T-GGTAATACGATATTAGATGCA
558 ATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAGTAAATTCAGAAAAAAAATTAAAAAAAAAGATATTAGAAGCG
* * ** * * *
5566 TGATAAACCCTTCAATCTTTTTGGCA-TGGAATTATATATTT-TTTATGAGTATTGTGGCAAAAA
623 TGAAAAACCCTTAAAT-TTTTTTTCAGTTGAATTATATATTTCTTT-GGAGTATTGTGGCAAAGA
* ** *
5629 ACTGTAA--AAAAATATTTCGGGTTTG-TTTTTGCAAAATTTTAGCCGCAAATCGTGTACTAACC
686 A-T-TAAGTAAAAATTTTTCGGGTCAGATTTTT-CAAAATTTTAGCCG-AAATCGTGTGCTAACC
* * * * * * * * * * *
5691 ATCA-TGGTTTTTGGTTAAAATGCGTTTCGAGACCTCGGCTTACTTTTGCATGATTTTTGGCGCA
747 ATCACAGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCCG-GGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTA
* * * * * **** *
5755 AAAAATCCTTGAAATATATATATTCATTTAACCAAATCTCGGTAACATTGG-ATATAATGATTTG
811 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCCCAACCACATTGGAAT-TAAGGATTTG
* * * * * * *
5819 TTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAAGTAATTCGGAAAAAATGGATA-AC
875 TTTTTACGAGCATCTAAATATTGTTTCGATTTAATTAG-AATTAATTC-AAAAAAATGGAAATAC
* * * * *
5883 GATATTAGAAGTGTGAAAAGCCCGTCAATTTTTTTGACG
938 GATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACA
* * * *
5922 TTGAATTATATATTTTTCT-GGAGTGTTGCGGCAAAAAATTCAGAAAAATTTTTTC-GG---G--
1 TTGAATTATATATTTTT-TAGGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAA-TATTTCGGGTTTGTT
* * * *
5980 --T-C--AGTTTTAGCCGATATCGTGTACTAACCATCACGTTTTTTTGGGCTAAAAACACGTTTC
64 TTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACG-GTTTTT-GGCTAAAAACGCGTTTC
* * * * * *
6040 GAGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATCACTTTTGGTAG-AAAGACTCCTGGAAATATCTATATTCATC
127 GAGGCCCCGGCT-ACTTTTGCATGATTTTTGGT-GCAAAAACTCGTTGAAATATCTATATTCATC
* * * * * *
6104 TAACCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGGTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGA
190 AAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATTGTTTCGA
* ** * * *
6169 TTTAATTAGAAGTAAATTCAGAAAAAAAAATTAAAAAAAAAAGATATGAGAAGCGTGAAAAACCA
255 TTTAATTAGAAAT-AATTC---AAAAAAAA-T--GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCC-
** ** * *
6234 TT-AAT-TTTTTTTCAGTTGAATTATATATTTCTT-GGGAGTATTGTGGCAAAGAAT-T-ATGTA
312 TTCAATCTTTTTGGC-GTTGAATTATATATTT-TTCCAGAGTGTTGTCGCAAA-AATATCA-G-A
* ** * * *
6294 AAAAAATTTCGGTTTAGTTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTGCGTTA-ATCACAGTTTTT
372 AAAAAA-TT---TTTCG---GGTC--AGTTTTAGCCGAAATC--GT--GTAACATCACGGTTTTT
* * * * *
6358 CGCTAAAAA--CGTATTCTGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCCTGAATTTTTGGCATAAAGACTTCT
424 GGCTAAAAACGCGT-TTC-GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCAT-CACTTTTGGCAGAAAGAC-TCT
* * * * * * * *
6421 T-GATATATCTATATTCTTCAAACCAAATCCCAGCCACTTTGGATTAAAGGATTTGTTTTTACGA
485 TCGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGGTTTTACGA
* * **
6485 GCATCTAAATATTGTTTCGATTTAATT---AG-AAATT---------AATTAAAAAAATGGA-A-
550 GCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAGTAAATTCAGAAAAAAAATTAAAAAAAAAGATAT
* * * * *
6535 -A-TA-C--G--ATA---TTAGA------TGCA-TTGAATTATATATTT-TTTATGAGTATTGTG
615 TAGAAGCGTGAAAAACCCTTAAATTTTTTTTCAGTTGAATTATATATTTCTTT-GGAGTATTGTG
* * * ** * *
6582 GCAAAAAATTGAG-AAATAATGTTTCGGGTTTG-TTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTAC
679 GCAAAGAATTAAGTAAA-AATTTTTCGGGTCAGATTTTT-CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGC
* * * * * * *
6645 TAATCATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGCGTTCCAAGGCCCGGGCTCAATTTTGCATAATTTTTG
742 TAACCATCACAGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCC-GGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTG
* * * * **
6710 ACGCAAAGACTCCTTGAAATATATATATAT-ATATATATATATATTCATCGAACCAAATCTCGGC
806 GCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATAT-TCATCTA-A-CCA-A---ATC---CC-AA---C--C
* * * *
6774 TACATTGG-ATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAAGT
855 -ACATTGGAAT-TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATTGTTTCGATTTAATTAG-AATT
* * * * * *
6838 AATTCGGAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAATCCCGTCAATCTTTTTGGCT
917 AATTC---AAAAAAATGGAAATACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGACA
*** * *
6901 TTGAATTATATATTTTTCCTGAGTATTGTGGCAAAAAAATTCAGAAAAAAATTATTC-GG---G-
1 TTGAATTATATATTTTTTAGGAGTATTGTGGC-AAAAAATTGAGAAAAATA-T-TTCGGGTTTGT
* *
6961 ---T-C--AGTTTTAGCCGAAATCGTGTA-T---CATCACGGTTTTTGGGTTAAAAACGCGTTTC
63 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTT-GGCTAAAAACGCGTTTC
* * * * *
7016 GAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGACTTTT-G-GCAGAAAGACTTC-TCGAAATATATATATTCA
127 GAGGCCCCGGCT-ACTTTTGCATGATTTTTGGTGCA-AAA-AC-TCGTTGAAATATCTATATTCA
* * * ** * *
7078 TCTAACCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGGTTTTACGAGCATCCGAATCTTATTTC
188 TCAAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATTGTTTC
* ** * * *
7143 GATTTAATTAGAAGTAAATTCAGAAAAAAAAATAAAAATAAAAACGATATGAGAAGCTTGAAAAA
253 GATTTAATTAGAAAT-AATTC---AAAAAAAAT----GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAG
* ** * ** * * * *
7208 CCATTAAAT-TTTTTTTCAGTTGGATTATATATTTCTT-GGGAGTATTGTGGCTAAGAAT-TAAG
310 CC-TTCAATCTTTTTGGC-GTTGAATTATATATTT-TTCCAGAGTGTTGTCGC-AAAAATATCAG
* *
7270 TAAAAAA-TTTTCGGGTCAGTTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCATCACCGTT
371 AAAAAAATTTTTCGGGTCAG-----------TTTTAGCCGAAATC--GTG-TAA-CATCACGGTT
* * * * * * * * *
7334 TTTTGCTAAAAACACGTTCCCGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCATAAAGAAT-TG
421 TTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATCACTTTTGGCAGAAAGACTCT-
* * * *
7398 TTGATATATCTATATTCATCAAACCAAATCCCAACCACATTGGATTTAAGGATTT-GTTTTAACG
485 TCGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGGTTTT-ACG
* * * *
7462 AGCATCTAAATATTGTTTCGATTAAATTAGAA-TTAATTCA-AAAAAA
549 AGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAGTAAATTCAGAAAAAA
7508 TGGAAATACG
Statistics
Matches: 5501, Mismatches: 676, Indels: 615
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
944 5 0.00
945 23 0.00
946 146 0.03
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954 1 0.00
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Consensus pattern (976 bp):
TTGAATTATATATTTTTTAGGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAATATTTCGGGTTTGTTTT
TGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGAGG
CCCCGGCTACTTTTGCATGATTTTTGGTGCAAAAACTCGTTGAAATATCTATATTCATCAAACCA
AATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATTGTTTCGATTTAAT
TAGAAATAATTCAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTCAATCTTTTTGG
CGTTGAATTATATATTTTTCCAGAGTGTTGTCGCAAAAATATCAGAAAAAAATTTTTCGGGTCAG
TTTTAGCCGAAATCGTGTAACATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAG
TTTTGCATCACTTTTGGCAGAAAGACTCTTCGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACC
ACATTGGATTTAAGGATTTGGTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAGTAAA
TTCAGAAAAAAAATTAAAAAAAAAGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTAAATTTTTTTTCAGTT
GAATTATATATTTCTTTGGAGTATTGTGGCAAAGAATTAAGTAAAAATTTTTCGGGTCAGATTTT
TCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCCGGGCC
CCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAA
ATCCCAACCACATTGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATTGTTTCGATTTAATT
AGAATTAATTCAAAAAAATGGAAATACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGAC
A
Found at i:4846 original size:656 final size:648
Alignment explanation
Indices: 3693--7527 Score: 2434
Period size: 656 Copynumber: 5.9 Consensus size: 648
3683 AGATTTTTCA
* * * * * *
3693 AAATTTTAGCCGAAATCGTGTG-T-ATCATCACAGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCACGA-G-CC
1 AAATTTTAACCAAAATCG-GTGCTAACCATCACGGTTTTTGGATAAAAACGCGTTC-CGAGGCCC
* * * * * * * ** * *
3754 CCGGCTCAATTTTGTATGATTTTTGGCGTAAAGAGTTGTTGATATATCTATATTCATCAAACCAA
64 CCGGCACAATTCTGCATCACTTTTGACGTAAAGACTCCTCGAAATATCTATATTCATCAAACCAA
* **
3819 ATCCCAACCATATTGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATTGTTTCGATTTTTTT
129 ATCCCAACCACATTGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATTGTTTCGATTTAATT
*
3884 AGAATTAATTCAAAAAAAT--GGAAATACGATATTAGATGCGTGAAAAACCTTTCAATCTTTTTG
194 AGAATTAATTCAAAAAAATAAGGAAATACGATATTAGATGCGTGAAAAACCCTT-AAT-TTTTT-
* * * * * *
3947 GCA-TTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAAATTGAGAA-ATAATATTTCGGGT
256 TCAGTTGAATTATATATTTCTTGTGAGTATTATGGC--AAAAATT-A-AATAAAATTTTTCGGGT
** * * * * *
4010 TTGTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTGCTAACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAACGCGT
317 CAGTTTTT-CAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTGCTAACTATCATAGTTTTTTGC-AAAAACGCGT
* * * * * * * * * *
4075 TCCGAGACCTCGGCTTACTTTTGCATGATTTTTGGTGCAAAAAGTCTTTCAAATATATATATTCA
380 TCCGAG-CCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGAGT-TTTGATATATCTATATTTA
* * * * * * *
4140 TCGAACCAAATCTCGGCGACATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTT
443 TCAAACCAAATCTCAGCAACATTGGAT-TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATTGTTTC
* ** *
4205 GTTTTAATTAGAAAGTAATTCGGAAAAAAAATGGATAA-ACGATATTAGA-AAATGAAAAGCCCG
507 GTTTTAATTAGAAATTAATTC---AAAAAAATGGATAATACGATATTAGATGCATGAAAA-CCCT
* * * * *
4268 TCAATCTTTTTGACGTTGAATTATATATTTTTCCGGAGTGTTGCGG-CAAAAGATCT-AGAAA-A
568 TCAATCTTTTTGACATTGAATTATATATTTTTCAGGAGTATTGCGGAAAAAAAAT-TGAGAAATA
4330 A-AATT-TTTG-GGT-C
632 ATAATTGTTTGTGGTGC
* * *
4343 -AATTTTAACTAAAATC-GTG-TAA-CATCACGGTTTTTAGGATAAAAACGCGTTTCG-GG-GCC
1 AAATTTTAACCAAAATCGGTGCTAACCATCACGGTTTTT-GGATAAAAACGCGTTCCGAGGCCCC
* *** * * *
4402 TGTTTCAGTTCTGCATCACTTTTGGCAG-AAAGACTCCTCGAAATATCTATATTCATCTAACCAA
65 CGGCACAATTCTGCATCACTTTTGAC-GTAAAGACTCCTCGAAATATCTATATTCATCAAACCAA
* * * * * *
4466 ATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGGTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATT
129 ATCCCAACCACATTGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATTGTTTCGATTTAATT
* ** * * ** *
4531 AGAAGTAAATTCAGAAATAAAATTAAAAAAAAACGATATTAAAACCGTGAAAACCCCCTTAAAGT
194 AGAA-TTAATTC--AAA-AAAA-TAAGGAAATACGATATTAGATGCGTGAAAA-ACCCTT-AA-T
* *
4596 TTTTTTCAGTTGAATTATATATTTCTTGGGAGTATTTTGGCAAAGAATTAAATAAAACTTTTTCG
251 TTTTTTCAGTTGAATTATATATTTCTTGTGAGTATTATGGCAAA-AATTAAATAAAA-TTTTTCG
* *
4661 GGTCAGATTTTTCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTGTTAACTATCACAGTTTTTTGCAAAAAAAA
314 GGTCAG-TTTTTCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTGCTAACTATCATAGTTTTTTGC---AAAAA
*
4726 CGCGTTCACGAGCCCCGGCTCAATTTTGTATGATTTTTGGCGTAAAGAGTTGTTGATATATCTAT
375 CGCGTTC-CGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGAGTT-TTGATATATCTAT
* *
4791 ATTTATCAAACCAAATCCCAACAACATTGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATT
438 ATTTATCAAACCAAATCTCAGCAACATTGG-ATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATT
*
4856 GTTTCGATTTT-ATTAG-AATTAATTCAAAAAAATGGA-AATACGATATTAGATGCGTGAAAAAC
502 GTTTCG-TTTTAATTAGAAATTAATTCAAAAAAATGGATAATACGATATTAGATGCATG-AAAAC
* * * * *
4918 CTTTCAATCTTTCTGACATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGAAAAAAAATTGAGAAA
565 CCTTCAATCTTTTTGACATTGAATTATATATTTTTCAGGAGTATTGCGGAAAAAAAATTGAGAAA
* **
4983 TAATATTTCGGGTTTGTTTTTGC
630 TAATAATT---GTTTG-TGGTGC
* *
5006 AAAATTTTAGCCAAAATCGTGTGCTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGAGGCCC
1 -AAATTTTAACCAAAATCG-GTGCTAACCATCACGGTTTTTGGATAAAAACGCGTTCCGAGGCCC
* * * * ** * * *
5071 CCGGCACAATTTTGCATGATTTTTGACGTGAAGACTTGTTGATATATCTATATTCGTCAAACCAA
64 CCGGCACAATTCTGCATCACTTTTGACGTAAAGACTCCTCGAAATATCTATATTCATCAAACCAA
* * *
5136 ATCCCAGCCACTTTGGAATGAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATTGTTTCGATTTAATT
129 ATCCCAACCACATTGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATTGTTTCGATTTAATT
*
5201 AGAATTAATTCAAAAAAA-AAGGAAATACGATATTAGATGCGTTAAAAACCCTTAATTTTTTTTC
194 AGAATTAATTCAAAAAAATAAGGAAATACGATATTAGATGCGTGAAAAACCCTTAA-TTTTTTTC
* *
5265 AGTTGAATTATATATTTCTTGTGAGTATTATGGTAAAAATTGAATAAAAATTTTTCGGGTCAGTT
258 AGTTGAATTATATATTTCTTGTGAGTATTATGGCAAAAATTAAAT-AAAATTTTTCGGGTCAG-T
* *
5330 TTTTCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTGCTAACTATCATAGTTTTTTGCTAAAACGCGTTCCGGG
321 TTTTCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTGCTAACTATCATAGTTTTTTGCAAAAACGCGTTCC-GA
* * * *
5395 GCCCCGACTCAGTTTTGCATGA--TTTGGCGTAAAGACTTCTTGATATATCTATATTCT-TCCAA
385 GCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGAGTT-TTGATATATCTATATT-TATCAAA
* * * *
5457 CCAAATCTCAGCCACTTTGGATTGAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATTGTTTCGATTT
448 CCAAATCTCAGCAACATTGGATT-AAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATTGTTTCGTTTT
5522 AATTAGAAATTAATT-AAAAAAATGG-TAATACGATATTAGATGCATGATAAACCCTTCAATCTT
512 AATTAGAAATTAATTCAAAAAAATGGATAATACGATATTAGATGCATGA-AAACCCTTCAATCTT
* * * * * * * * *
5585 TTTGGCATGGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGG-CAAAAAACTGTA-AAAAAATATTTCG
576 TTTGACATTGAATTATATATTTTTCAGGAGTATTGCGGAAAAAAAATTG-AGAAATAATAATT--
**
5648 GGTTTGTTTTTGC
638 -GTTTG-TGGTGC
* * * * * * * *
5661 AAAATTTTAGCCGCAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTGG-TTAAAATGCGTTTCGA-GAC
1 -AAATTTTAACC-AAAATCG-GTGCTAACCATCACGGTTTTTGGATAAAAACGCGTTCCGAGGCC
* ** * * * * * * * * * * **
5724 CTCGGCTTACTTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAAAATCCTTGAAATATATATATTCATTTAACCA
63 CCCGGCACAATTCTGCATCACTTTTGACGTAAAGACTCCTCGAAATATCTATATTCATCAAACCA
* **** * * * * *
5789 AATCTCGGTAACATTGG-ATATAATGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTTGATTTAA
128 AATCCCAACCACATTGGAAT-TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATTGTTTCGATTTAA
* * * * * * *
5853 TTAGAAAGTAATTCGGAAAAAAT--GGATA-ACGATATTAGAAGTGTGAAAAGCCCGTCAATTTT
192 TTAG-AATTAATTC-AAAAAAATAAGGAAATACGATATTAGATGCGTGAAAAACCC-TTAATTTT
* * * ** *
5915 TTTGACGTTGAATTATATATTT-TTCTGGAGTGTTGCGGCAAAAAATTCAGAA-AAATTTTTTCG
254 TTTCA-GTTGAATTATATATTTCTTGT-GAGTATTATGGC-AAAAATT-A-AATAAAATTTTTCG
* * * * *
5978 GGTCAG----------TTTTAGCCGATATCGTGTACTAACCATCA-CGTTTTTTTGGGCTAAAAA
314 GGTCAGTTTTTCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTGCTAACTATCATAG-TTTTTT--GC-AAAAA
* * * * * * * * * *
6032 CACGTTTCGAGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATCACTTTTGGTAG-AAAGACTCCTGGAAATATCTA
375 CGCGTTCCGA-GCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGG-CGTAAAGAGT-TTTGATATATCTA
* * * * * * * *
6096 TATTCATCTAACCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGGTTTTACAAGCATCTGAATCT
437 TATTTATCAAACCAAATCTCAGCAACATTGGA-TTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATAT
* * * ** * * * * * *
6161 TGTTTCGATTTAATTAGAAGTAAATTCAGAAAAAAAAATTAAAAAAAAAAGATATGAGAAGCGTG
501 TGTTTCGTTTTAATTAGAAATTAATTC----AAAAAAA-T-GGATAATACGATATTAGATGCATG
* ** * * * *
6226 AAAAACCATT-AAT-TTTTTTTCAGTTGAATTATATATTTCTT-GGGAGTATTGTGG-CAAAGAA
560 -AAAACCCTTCAATCTTTTTGACA-TTGAATTATATATTT-TTCAGGAGTATTGCGGAAAAAAAA
** *
6287 TT-ATGTAAA-AA-AATTTCGGTTTAGTTTTTTC
622 TTGA-G-AAATAATAA-TT--GTTT-G-TGGTGC
* * * * * * * ** * *
6318 AAAATTTTAGCCGAAATCATGTGCGTTA--ATCACAGTTTTTCGCTAAAAACGTATTCTG-GGGC
1 -AAATTTTAACCAAAATC-GGTGC-TAACCATCACGGTTTTTGGATAAAAACGCGTTCCGAGGCC
* * * * * * * * * * * *
6380 CCCGGCTCAGTTTTGCCTGAATTTTTGGCATAAAGACTTCTTGATATATCTATATTCTTCAAACC
63 CCCGGCACAATTCTGCAT-CACTTTTGACGTAAAGACTCCTCGAAATATCTATATTCATCAAACC
* *
6445 AAATCCCAGCCACTTTGG-ATTAAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATTGTTTCGATTTA
127 AAATCCCAACCACATTGGAATT-AAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATTGTTTCGATTTA
6509 ATTAGAAATTAATT-AAAAAAAT--GGAAATACGATATTAGA----TG-----------------
191 ATTAG-AATTAATTCAAAAAAATAAGGAAATACGATATTAGATGCGTGAAAAACCCTTAATTTTT
* * * * *
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** * * * ** * *
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* * * * *
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379 TTCCGA-GCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGA------G---T-T-T-TGATA
* * *
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431 TATCTATAT-T-TA-TCA---AACCAAATCTCAGCAACATTGGAT-TAAGGATTTGTTTTTACGA
* * ** * *
6804 GCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAAGTAATTCGGAAAAAAAATGGA-AAAACGATATT
489 GCATCTAAATATTGTTTCGTTTTAATTAGAAATTAATTC---AAAAAAATGGATAATACGATATT
* * * * * * ** * *
6868 AAAAGCGTGAAAATCCCGTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTCCTGAGTATTGTGGC
551 AGATGCATGAAAA-CCCTTCAATCTTTTTGACATTGAATTATATATTTTTCAGGAGTATTGCGGA
* * *
6933 AAAAAAATTCAGAAA-AA-AATTATTCG-GGT-C
615 AAAAAAATTGAGAAATAATAATTGTTTGTGGTGC
* * * * * *
6963 -AGTTTTAGCCGAAATC-GTG-T-ATCATCACGGTTTTTGGGTTAAAAACGCGTTTCGAGG-CCC
1 AAATTTTAACCAAAATCGGTGCTAACCATCACGGTTTTT-GGATAAAAACGCGTTCCGAGGCCCC
* * * * * * * * *
7023 CGACTCAGTTTTGCATGACTTTTGGCAG-AAAGACTTCTCGAAATATATATATTCATCTAACCAA
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* * * ** * *
7087 ATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGGTTTTACGAGCATCCGAATCTTATTTCGATTTAATT
129 ATCCCAACCACATTGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATTGTTTCGATTTAATT
* ** * * * * *
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* * **
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* * * * * *
7347 ACGTTCCCGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCATAAAGAATTGTTGATATATCTATA
376 GCGTT-CCGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGAGTT-TTGATATATCTATA
* * * * *
7412 TTCATCAAACCAAATCCCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTAACGAGCATCTAAATATTG
439 TTTATCAAACCAAATCTCAGCAACATTGGA-TTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATTG
* * *
7477 TTTCGATTAAATTAG-AATTAATTCAAAAAAATGGA-AATACGATAATAGATG
503 TTTCGTTTTAATTAGAAATTAATTCAAAAAAATGGATAATACGATATTAGATG
7528 TGTAAAGACT
Statistics
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0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
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631 3 0.00
632 1 0.00
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676 7 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (648 bp):
AAATTTTAACCAAAATCGGTGCTAACCATCACGGTTTTTGGATAAAAACGCGTTCCGAGGCCCCC
GGCACAATTCTGCATCACTTTTGACGTAAAGACTCCTCGAAATATCTATATTCATCAAACCAAAT
CCCAACCACATTGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATTGTTTCGATTTAATTAG
AATTAATTCAAAAAAATAAGGAAATACGATATTAGATGCGTGAAAAACCCTTAATTTTTTTCAGT
TGAATTATATATTTCTTGTGAGTATTATGGCAAAAATTAAATAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTC
AAAATTTTAGTCGAAATCGTGTGCTAACTATCATAGTTTTTTGCAAAAACGCGTTCCGAGCCCCG
GCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGAGTTTTGATATATCTATATTTATCAAACCAAATCT
CAGCAACATTGGATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATTGTTTCGTTTTAATTAGAAA
TTAATTCAAAAAAATGGATAATACGATATTAGATGCATGAAAACCCTTCAATCTTTTTGACATTG
AATTATATATTTTTCAGGAGTATTGCGGAAAAAAAATTGAGAAATAATAATTGTTTGTGGTGC
Found at i:6735 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 6728--6753 Score: 52
Period size: 2 Copynumber: 13.0 Consensus size: 2
6718 ACTCCTTGAA
6728 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
6754 TCATCGAACC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 24 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:7647 original size:142 final size:142
Alignment explanation
Indices: 7388--7669 Score: 449
Period size: 142 Copynumber: 2.0 Consensus size: 142
7378 ATTTTTGGCA
* *
7388 TAAAGAATTGTTGATATATCTATATTCATCAAACCAAATCCCAACCACATTGGATTTAAGGATTT
1 TAAAGAATTCTTGATATATCTATATTCATCAAACCAAATCCCAACCACATTGGATTAAAGGATTT
7453 GTTTTAACGAGCATCTAAATATTGTTTCGATTAAATTAGAATTAATTCAAAAAAATGGAAATACG
66 GTTTTAACGAGCATCTAAATATTGTTTCGATTAAATTAGAATTAATTCAAAAAAATGGAAATACG
7518 ATAATAGATGTG
131 ATAATAGATGTG
* * * *
7530 TAAAGACTTCTTGATATATCTATATTCTTCAAACCAAATCCCAGCCACTTTGGATTAAAGGATTT
1 TAAAGAATTCTTGATATATCTATATTCATCAAACCAAATCCCAACCACATTGGATTAAAGGATTT
* * * *
7595 GTTTTTACGAGCATCTAAATATTGTTTCGATTTAATTCGAAATTGATT-AAAAAAATGGAAATAC
66 GTTTTAACGAGCATCTAAATATTGTTTCGATTAAATTAG-AATTAATTCAAAAAAATGGAAATAC
*
7659 GATATTAGATG
130 GATAATAGATG
7670 CATGAAAAAC
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 11, Indels: 2
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
142 121 0.95
143 7 0.05
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (142 bp):
TAAAGAATTCTTGATATATCTATATTCATCAAACCAAATCCCAACCACATTGGATTAAAGGATTT
GTTTTAACGAGCATCTAAATATTGTTTCGATTAAATTAGAATTAATTCAAAAAAATGGAAATACG
ATAATAGATGTG
Found at i:8948 original size:330 final size:329
Alignment explanation
Indices: 7561--8988 Score: 1385
Period size: 330 Copynumber: 4.3 Consensus size: 329
7551 ATATTCTTCA
* * ** *
7561 AACCAAATCCCAGCCACTTTGGAT-TAAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATATTGTTTCGA
1 AACCAAATCTCAACCACAATGGATAT-AAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGA
* * * * *
7625 TTTAATTCGAAATTGATT-AAAAAAATGGAAATACGATATTAGATGCATGAAAAACACTTCAATC
65 TTTAATTAG-AATTAATTCAAAAAAATGAAAATACGATATTAGATGCGTGAAAAACCCTTCAATC
* * *
7689 TTTTTGGCATTGAA-CTATATATTTTATCTGACTATTGTGGCAAAAAATTGTG-AAATAATATTT
129 TTTTTGGCATTGAATC-ATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAATAATATTT
*
7752 CGGGTTTGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGCAAATCCTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAA
193 CGGGTTTGTTTTT-CAAAATTTTAGCCG-AAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAA
* * * * * **
7817 ACGCGTTTCGAGACCTCGGCTTACTTTTGCATGATTTTTGATGCAAAAACTCCTTGAAATATATA
256 ACGCGTTCCGAGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAAACTCCTTGAAATATATA
7882 TAATCATCG
321 TAATCATCG
** * * * * *
7891 AACCAAATCTCGGCCACATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTCAATCTTATTTTGAT
1 AACCAAATCTCAACCACAATGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGAT
* * * *
7956 TTAATTAGAAAGTAATTCGGAAAAAAATGGATAA-ACGATATTAGATGCGTGAAAAGCCCGTCAA
66 TTAATTAG-AATTAATTC--AAAAAAAT-GAAAATACGATATTAGATGCGTGAAAAACCCTTCAA
* * * * * * * * *
8020 TCTTTTTGGCGTTGAATTATATA-TTTTTCCGAAGTGTTGTGGTAAAAAGTTCAGAAAAAAAAAT
127 TCTTTTTGGCATTGAATCATATATTTTTTCTG-AGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAATAATAT
* * * *
8084 TTC-AG---G----TC--AGTTTTAACCGAAATCGTGTA-TAACCATCACGGTTTTTGGGCTCAA
191 TTCGGGTTTGTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTT-GGCTAAA
* * * * * * *
8138 AACGCGTT-TGGGGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTGGCAG-AAAGACTCCTCGAAATATC
255 AACGCGTTCCGAGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC-GCAAAAACTCCTTGAAATATA
* *
8201 TATATTCATCT
319 TATAATCATCG
* * * *
8212 AACCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGGTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAT
1 AACCAAATCTCAACCACAATGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGAT
* * * *
8277 TTAATTAGAAGTAAATTCAGGAAAAAATTTTTTAAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCT
66 TTAATTAGAA-TTAATTCA--AAAAAA-----TGAAAATACGATATTAGATGCGTGAAAAACCCT
* * ** * * ** * * *
8342 TAAATTTTTTTTTCAATTGAATTATATATTTCTTGGGAGTATTGTGGCAAAGAATTAAGTAAA-A
123 TCAATCTTTTTGGC-ATTGAATCATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAATA
* ** * * *
8406 ATTTTTCGGGTCAGGTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTTTGC
187 ATATTTCGGGT-TTGTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGC
* * * * ** *
8471 TAAAAACGCGTTCCCG-GGTCTCGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCGTAAAGAA-TTGTTGAT
251 TAAAAACGCGTT-CCGAGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCAAA-AACTCCTTGAA
* * * *
8534 ATATTTCTATTCATCA
314 ATATATATAATCATCG
* * * * *
8550 AACCAAATCCCAACCA-AATTGGATTTACGGATTTGTTTTTTCGAGCATCTAAATATTGTTTCGA
1 AACCAAATCTCAACCACAA-TGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGA
* *
8614 TTTAATTAGAATTAGTTCAAAAAAATGAAAATACGATATTAGATGCGTGAAAAACCTTTCAATCT
65 TTTAATTAGAATTAATTCAAAAAAATGAAAATACGATATTAGATGCGTGAAAAACCCTTCAATCT
* *
8679 TTTTGGCATTGAATCATTTATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG-AAATAATATTTCG
130 TTTTGGCATTGAATCATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAATAATATTTCG
* *
8743 GGTTTGTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACG
195 GGTTTGTTTTT-CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACG
* *
8808 CGTTCCGAGGCCCCTGGCTCAATTTTGCATAATTTTTGGCGCAAAAACTCCTTGAAATATATATA
259 CGTTCCGAGGCCCC-GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAAACTCCTTGAAATATATATA
8873 ATCATCG
323 ATCATCG
** * * * * * *
8880 AACCAAATCTCGGCCACAATAGATAGAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTATTTTGAT
1 AACCAAATCTCAACCACAATGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGAT
* * *
8945 TTAATTAGAAAGTAATTCGGAAAAAATGGATAA-ACGATATTAGA
66 TTAATTAG-AATTAATTC-AAAAAAAT-GAAAATACGATATTAGA
8989 AG
Statistics
Matches: 889, Mismatches: 162, Indels: 92
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
319 1 0.00
320 2 0.00
321 142 0.16
322 24 0.03
323 9 0.01
325 4 0.00
326 41 0.05
327 33 0.04
328 17 0.02
329 106 0.12
330 209 0.24
331 11 0.01
332 24 0.03
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334 13 0.01
335 8 0.01
337 39 0.04
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339 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (329 bp):
AACCAAATCTCAACCACAATGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGAT
TTAATTAGAATTAATTCAAAAAAATGAAAATACGATATTAGATGCGTGAAAAACCCTTCAATCTT
TTTGGCATTGAATCATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAATAATATTTCGG
GTTTGTTTTTCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCG
TTCCGAGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAAACTCCTTGAAATATATATAATC
ATCG
Done.