Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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ACGTcount: A:0.27, C:0.23, G:0.23, T:0.27
Warning! 357000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 3 of 402
Found at i:184078 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 183980--184321 Score: 386
Period size: 42 Copynumber: 8.0 Consensus size: 42
183970 AATTTTAATC
* * * * *
183980 AAAGCTCATTTAAGCAGAGGCTAAACGACTTTGAAAAACATAAAC
1 AAAGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACGACTTTG--AAA-ATAAAT
*
184025 AAAGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAATGACTTTGAAAATAAAT
1 AAAGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACGACTTTGAAAATAAAT
* *
184067 AAAGCTTCTCTAATCAGAGGCTCAACAACTTTGGAAAATAAAT
1 AAAGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACGACTTT-GAAAATAAAT
* **
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1 AAAGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACGACTTTGAAAATAAAT
184152 AAAGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACGACTTTGAAAATAAAT
1 AAAGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACGACTTTGAAAATAAAT
* * *
184194 --GGCTCCTCTAATAAGAGGCTCAACAACTTTGGAAAAATAAAT
1 AAAGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACGACTTT-G-AAAATAAAT
* * * *
184236 AAACCTCTTCTAAACAAAGGCTCAACGACTTTGAAAATAAAT
1 AAAGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACGACTTTGAAAATAAAT
* * *
184278 AAAGCTCCTTTAAAT-AGAGGCATC-ACAACTTTATAAAATAAAT
1 AAAGCTCCTCT-AATCAGAGGC-TCAACGACTTT-GAAAATAAAT
184321 A
1 A
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Statistics
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41 1 0.00
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Consensus pattern (42 bp):
AAAGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACGACTTTGAAAATAAAT
Found at i:184128 original size:85 final size:84
Alignment explanation
Indices: 183994--184321 Score: 396
Period size: 85 Copynumber: 3.8 Consensus size: 84
183984 CTCATTTAAG
* * * *
183994 CAGAGGCTAAACGACTTTGAAAAACATAAACAAAGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAATGACTTTGA
1 CAGAGGCTCAACGACTTTG--AAA-ATAAATAAAGCTCCTCTAAACAGAGGCTCAATAACTTTGA
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63 AAATAAATAAAGCTTCTCTAAT
*
184081 CAGAGGCTCAACAACTTTGGAAAATAAATAAAGCTCCTCTAAACAGAGGCTCAATAACTTTGAAA
1 CAGAGGCTCAACGACTTT-GAAAATAAATAAAGCTCCTCTAAACAGAGGCTCAATAACTTTGAAA
*
184146 ATAAATAAAGCTCCTCTAAT
65 ATAAATAAAGCTTCTCTAAT
* *
184166 CAGAGGCTCAACGACTTTGAAAATAAAT--GGCTCCTCTAATA-AGAGGCTCAACAACTTTGGAA
1 CAGAGGCTCAACGACTTTGAAAATAAATAAAGCTCCTCTAA-ACAGAGGCTCAATAACTTT-G-A
* *
184228 AAATAAATAAA-CCTCTTCTAAA
63 AAATAAATAAAGCTTC-TCTAAT
* * * * *
184250 CAAAGGCTCAACGACTTTGAAAATAAATAAAGCTCCTTTAAATAGAGGCATC-ACAACTTTATAA
1 CAGAGGCTCAACGACTTTGAAAATAAATAAAGCTCCTCTAAACAGAGGC-TCAATAACTTT-GAA
184314 AATAAATA
64 AATAAATA
184322 GCTCATTGAC
Statistics
Matches: 215, Mismatches: 17, Indels: 20
0.85 0.07 0.08
Matches are distributed among these distances:
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83 4 0.02
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88 1 0.00
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Consensus pattern (84 bp):
CAGAGGCTCAACGACTTTGAAAATAAATAAAGCTCCTCTAAACAGAGGCTCAATAACTTTGAAAA
TAAATAAAGCTTCTCTAAT
Found at i:185343 original size:27 final size:26
Alignment explanation
Indices: 185311--185374 Score: 76
Period size: 27 Copynumber: 2.5 Consensus size: 26
185301 TCTTGAATCC
*
185311 TTCTTTTTCATTCACTTTTTTTCATT
1 TTCTTTTTCATTCACTTTTTTTAATT
** *
185337 TTCCTTTTTTTTTCATTTTTTTTAATT
1 TT-CTTTTTCATTCACTTTTTTTAATT
185364 TT-TTTTTCATT
1 TTCTTTTTCATT
185375 TTTTTTCATT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 6, Indels: 3
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
25 7 0.23
26 2 0.06
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Consensus pattern (26 bp):
TTCTTTTTCATTCACTTTTTTTAATT
Found at i:185348 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 185342--185389 Score: 78
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185332 TCATTTTCCT
185342 TTTTTTTTCA
1 TTTTTTTTCA
*
185352 TTTTTTTTAA
1 TTTTTTTTCA
185362 TTTTTTTTTCA
1 -TTTTTTTTCA
185373 TTTTTTTTCA
1 TTTTTTTTCA
185383 TTTTTTT
1 TTTTTTT
185390 GTTCAAGCAT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 2, Indels: 2
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
10 26 0.74
11 9 0.26
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Consensus pattern (10 bp):
TTTTTTTTCA
Found at i:185355 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 185335--185394 Score: 79
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185325 CTTTTTTTCA
*
185335 TTTTCCTTTTT
1 TTTTCATTTTT
185346 TTTTCA-TTTT
1 TTTTCATTTTT
*
185356 TTTTAATTTTT
1 TTTTCATTTTT
185367 TTTTCA-TTTT
1 TTTTCATTTTT
185377 TTTTCATTTTT
1 TTTTCATTTTT
185388 TTGTTCA
1 TT-TTCA
185395 AGCATAGTAT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 3, Indels: 5
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
10 19 0.44
11 20 0.47
12 4 0.09
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Consensus pattern (11 bp):
TTTTCATTTTT
Found at i:185365 original size:17 final size:16
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Indices: 185326--185386 Score: 65
Period size: 17 Copynumber: 3.8 Consensus size: 16
185316 TTTCATTCAC
185326 TTTTTTTCATTTTCCTT
1 TTTTTTTCATTTT-CTT
185343 TTTTTTTCATTTT-TT
1 TTTTTTTCATTTTCTT
*
185358 TTAATTTTT--TTTTCAT
1 TT--TTTTTCATTTTCTT
185374 TTTTTTTCATTTT
1 TTTTTTTCATTTT
185387 TTTGTTCAAG
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 1, Indels: 11
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Matches are distributed among these distances:
14 5 0.13
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Consensus pattern (16 bp):
TTTTTTTCATTTTCTT
Found at i:185365 original size:21 final size:21
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Indices: 185341--185394 Score: 90
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185331 TTCATTTTCC
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*
185362 TTTTTTTTTCATTTTTTTTCA
1 TTTTTTTTTCATTTTTTTTAA
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1 TTTTTTT-TTCA
185395 AGCATAGTAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
21 27 0.87
22 4 0.13
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Consensus pattern (21 bp):
TTTTTTTTTCATTTTTTTTAA
Found at i:185426 original size:20 final size:19
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Indices: 185385--185426 Score: 50
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185375 TTTTTTCATT
*
185385 TTTTTGTTCAAGCATAGTA
1 TTTTTGTTCAAGCATAGAA
185404 TTTTT-TTCACAGCATCAGAA
1 TTTTTGTTCA-AGCAT-AGAA
185424 TTT
1 TTT
185427 ATTGGATGGG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
18 4 0.20
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Consensus pattern (19 bp):
TTTTTGTTCAAGCATAGAA
Found at i:194779 original size:15 final size:15
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Indices: 194755--194785 Score: 53
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194745 TGTTAAGTGT
*
194755 AATGAGTGAGAATGC
1 AATGAATGAGAATGC
194770 AATGAATGAGAATGC
1 AATGAATGAGAATGC
194785 A
1 A
194786 TGTATGCAAA
Statistics
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15 15 1.00
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Consensus pattern (15 bp):
AATGAATGAGAATGC
Found at i:198120 original size:6 final size:6
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Indices: 198102--198174 Score: 82
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198092 TAAAGAAAAT
* *
198102 AATAAC AAT-AA AATAAA AATAAA AATAAA AATAAA AATAAA GATAAA
1 AATAAA AATAAA AATAAA AATAAA AATAAA AATAAA AATAAA AATAAA
*
198149 AAT-AG AAT-AA AAT-AA AATAAGA AATA
1 AATAAA AATAAA AATAAA AATAA-A AATA
198175 CTAAATAATT
Statistics
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5 17 0.29
6 37 0.63
7 5 0.08
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Consensus pattern (6 bp):
AATAAA
Found at i:198128 original size:17 final size:16
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Indices: 198102--198174 Score: 76
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198092 TAAAGAAAAT
198102 AATAACAATAAAATAAA
1 AATAA-AATAAAATAAA
198119 AATAAAAATAAAAATAAA
1 AAT-AAAAT-AAAATAAA
*
198137 AATAAAGATAAAA-ATAG
1 AATAAA-ATAAAATA-AA
198154 AATAAAATAAAATAAGA
1 AATAAAATAAAATAA-A
198171 AATA
1 AATA
198175 CTAAATAATT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 2, Indels: 12
0.77 0.03 0.19
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16 8 0.17
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18 15 0.31
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Consensus pattern (16 bp):
AATAAAATAAAATAAA
Found at i:198215 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 198200--198237 Score: 58
Period size: 3 Copynumber: 12.7 Consensus size: 3
198190 CTAATCAATA
* *
198200 AAT AAT AAC AAT AAT AAT AAC AAT AAT AAT AAT AAT AA
1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AA
198238 ATAAAAAAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 31 1.00
ACGTcount: A:0.68, C:0.05, G:0.00, T:0.26
Consensus pattern (3 bp):
AAT
Found at i:198218 original size:6 final size:6
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Indices: 198099--198237 Score: 65
Period size: 6 Copynumber: 23.3 Consensus size: 6
198089 ATTTAAAGAA
* * * * *
198099 AATAAT AACAAT AA-AAT AAAAAT AAAAAT AAAAAT AAAAAT AA-AGAT
1 AATAAT AATAAT AATAAT AATAAT AATAAT AATAAT AATAAT AATA-AT
* * * * ** *
198146 AAAAAT -AGAAT AA-AAT AA-AAT AAGAAAT ACTAAAT AATTCT AAT-CT
1 AATAAT AATAAT AATAAT AATAAT AA-TAAT AAT-AAT AATAAT AATAAT
* *
198192 AATCAAT AAATAAT AACAAT AATAAT AACAAT AATAAT AATAAT AA
1 AAT-AAT -AATAAT AATAAT AATAAT AATAAT AATAAT AATAAT AA
198238 ATAAAAAAAT
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 12, Indels: 20
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5 25 0.23
6 69 0.62
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Consensus pattern (6 bp):
AATAAT
Found at i:198248 original size:12 final size:13
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Indices: 198111--198250 Score: 78
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198101 TAATAACAAT
198111 AAAATAAA-AATA
1 AAAATAAATAATA
198123 AAAATAAA-AATA
1 AAAATAAATAATA
*
198135 AAAATAAA-GATA
1 AAAATAAATAATA
*
198147 AAAATAGAATAAAA
1 AAAATA-AATAATA
198161 TAAAATAAGA-AATA
1 -AAAATAA-ATAATA
* *
198175 CTAAATAATTCTAATCTA
1 -AAAATAA--ATAA--TA
*
198193 ATCAATAAATAATA
1 A-AAATAAATAATA
*
198207 ACAAT-AATAATA
1 AAAATAAATAATA
*
198219 ACAAT-AATAATA
1 AAAATAAATAATA
*
198231 ATAATAAATAA-A
1 AAAATAAATAATA
198243 AAAATAAA
1 AAAATAAA
198251 AAAAATGAAA
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 13, Indels: 20
0.76 0.09 0.14
Matches are distributed among these distances:
12 60 0.57
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14 15 0.14
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18 7 0.07
ACGTcount: A:0.71, C:0.04, G:0.02, T:0.23
Consensus pattern (13 bp):
AAAATAAATAATA
Found at i:199136 original size:42 final size:43
Alignment explanation
Indices: 199090--199270 Score: 140
Period size: 42 Copynumber: 4.2 Consensus size: 43
199080 AATCAAATAA
* *
199090 AAAAATGTTAATAGATAATTAA-AAGAA-AATAATTAGATAAAC
1 AAAAATATTAATAGATAAATAATAAGAATAATAA-TAGATAAAC
* *
199132 AAAAATATTAATAGATAAATAATAATAATAATAATAGATAAAT
1 AAAAATATTAATAGATAAATAATAAGAATAATAATAGATAAAC
* * *
199175 AATAATATATAAATAGATAAATAATAA-TA-AATACATATATATAA-
1 AA-AA-ATATTAATAGATAAATAATAAGAATAATA-ATAGATA-AAC
* * * * *
199219 TAATATATAAATAGATAAATAATAA-ATATATATTAACAGATAAAT
1 AAAAATATTAATAGATAAATAATAAGA-ATA-A-TAATAGATAAAC
199264 AAAAATA
1 AAAAATA
199271 AATAAATATT
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 14, Indels: 19
0.78 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
42 41 0.36
43 20 0.18
44 18 0.16
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46 2 0.02
ACGTcount: A:0.64, C:0.02, G:0.05, T:0.30
Consensus pattern (43 bp):
AAAAATATTAATAGATAAATAATAAGAATAATAATAGATAAAC
Found at i:199207 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 199141--199349 Score: 85
Period size: 4 Copynumber: 54.5 Consensus size: 4
199131 CAAAAATATT
* *
199141 AATA GATA AAT- AAT- AAT- AAT- AAT- AATA GATA AAT- AAT- AATA
1 AATA AATA AATA AATA AATA AATA AATA AATA AATA AATA AATA AATA
* * * * *
199182 TATA AATA GATA AAT- AAT- AATA AATA CATA TATA TAAT- AATA TATA
1 AATA AATA AATA AATA AATA AATA AATA AATA AATA -AATA AATA AATA
* * * *
199228 AATA GATA AAT- AATA AATA TATATT AACA GATA AAT- AA-A AATA AATA
1 AATA AATA AATA AATA AATA -A-ATA AATA AATA AATA AATA AATA AATA
* * *
199275 AATA TTTATT AATA AATA GTAAT- AATA AATA AATA CATA AGATA CAA-A
1 AATA --AATA AATA AATA --AATA AATA AATA AATA AATA A-ATA -AATA
199323 AAT- AAT- AATA AATA AATA AA-A AATA AA
1 AATA AATA AATA AATA AATA AATA AATA AA
199350 ATGGGCCTAC
Statistics
Matches: 158, Mismatches: 27, Indels: 40
0.70 0.12 0.18
Matches are distributed among these distances:
3 51 0.32
4 91 0.58
5 8 0.05
6 8 0.05
ACGTcount: A:0.65, C:0.02, G:0.03, T:0.30
Consensus pattern (4 bp):
AATA
Found at i:199341 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 199134--199341 Score: 135
Period size: 14 Copynumber: 14.4 Consensus size: 14
199124 AGATAAACAA
* *
199134 AAATATTAATAGAT
1 AAATAATAATAAAT
199148 AAATAATAAT-AAT
1 AAATAATAATAAAT
199161 -AATAATAGATAAAT
1 AAATAATA-ATAAAT
199175 -AATAATATATAAAT
1 AAATAATA-ATAAAT
*
199189 AGATAAATAAT-AAT
1 AAAT-AATAATAAAT
*
199203 AAATACAT-ATATAT
1 AAATA-ATAATAAAT
199217 -AATAATATATAAAT
1 AAATAATA-ATAAAT
*
199231 AGATAAATAATAAAT
1 AAAT-AATAATAAAT
* * * *
199246 ATATATTAACAGAT
1 AAATAATAATAAAT
*
199260 AAATAAAAATAAAT
1 AAATAATAATAAAT
199274 AAATATTTATTAATAAAT
1 AAATA---A-TAATAAAT
*
199292 -AGTAATAATAAAT
1 AAATAATAATAAAT
199305 AAATACATAAGATACAA-
1 AAATA-AT-A-ATA-AAT
199322 AAATAATAATAAAT
1 AAATAATAATAAAT
199336 AAATAA
1 AAATAA
199342 AAAATAAAAT
Statistics
Matches: 154, Mismatches: 20, Indels: 40
0.72 0.09 0.19
Matches are distributed among these distances:
12 9 0.06
13 21 0.14
14 74 0.48
15 18 0.12
16 11 0.07
17 12 0.08
18 9 0.06
ACGTcount: A:0.64, C:0.02, G:0.03, T:0.31
Consensus pattern (14 bp):
AAATAATAATAAAT
Found at i:199635 original size:153 final size:152
Alignment explanation
Indices: 199453--199738 Score: 389
Period size: 153 Copynumber: 1.9 Consensus size: 152
199443 AACAAGTATC
*
199453 TATTTCAAATCATTATGACAATTTATTTTGT-TATAAACTAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTA
1 TATTTCAAATCATTATGACAATTTATTTTGTCTA-AAAC-AATTGCTTCTATTCATAAAAGCTTA
*
199517 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
64 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
199582 AAATCTATTTGTCGAATAATTATT
129 AAATCTATTTGTCGAATAATTATT
* * *
199606 TATTTCAAAT-AGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGCTTCTATTCATACAAGCTT
1 TATTTCAAATCA-TTATGA-CAATTTATTTTGTC-TAAAACAATTGCTTCTATTCATAAAAGCTT
** * * * ***
199669 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAGTTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAA
63 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
199734 TAAAT
128 TAAAT
199739 TTGTTCATTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
152 1 0.01
153 108 0.93
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155 2 0.02
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Consensus pattern (152 bp):
TATTTCAAATCATTATGACAATTTATTTTGTCTAAAACAATTGCTTCTATTCATAAAAGCTTATT
CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
ATCTATTTGTCGAATAATTATT
Found at i:200221 original size:181 final size:179
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 4.5 Consensus size: 179
199590 TTGTCGAATA
* * *
199600 ATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGCTTCTATTCATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* ** * **
199664 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAGTTAATAAGTTGGAGATTTA
65 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATAATAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTT-
* * * * * *
199729 AAAAATAAATTTGTTCATTGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAACT
128 AAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAAT
* * *
199781 ATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATATAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
** * * *
199846 AATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-ATTCACAAA-T-TAA-TAAGAGATTTAA
66 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATAAT-AAAAATTATAAGTAAGAGATTTAA
* ** * * *
199907 AAACTAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAACA-
130 AAA-TAAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AAAAT
* * * * * *
199958 ATTATCTATCTCAAATCATTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * * * * * *
200022 GCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATAATAAAAATTGATAAGCAAGAGATTTAA
66 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATAATAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAA
* * * *
200087 ACAATAAATGTGTTTGTTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACT-TTTAAAATT
130 A-AATAAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAA-T
* ** * * * * * * *
200138 ATTATTTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCTTAAAATAATTTTTTCAATTCATACAC
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * * *
200203 GCTTATTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAACAT--TCAAAAATTTAATAAGCAAAAAATTA
66 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATAAT-AAAAA-TT-ATAAGTAAGAGATT-
* * *** * * *
200266 AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTGTGACTATTTGAACA-
127 TAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AAAAT
* * * * * * * *
200319 ATTATCTATTTAAAATAAATATGACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATAAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA
*
200383 AGCTTATCCGAAATAAAA
65 AGCTTATTCGAAATAAAA
200401 AAGTAGCAAA
Statistics
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0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
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179 7 0.01
180 69 0.14
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182 7 0.01
183 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATAATAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAA
AATAAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAAT
Found at i:201080 original size:180 final size:181
Alignment explanation
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Period size: 180 Copynumber: 6.3 Consensus size: 181
200435 AACCAACTCA
* * * * * * * * *
200445 TATTTGAATAATTATCTATTTC-AATCGTTATAACCTTTTATTCTATTATAAAATAATTGTTTTA
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* * * * * * *
200509 G-TTTATATAAGCTT-TTTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATGAATAAC
66 GATTCATATAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
200572 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAAGTAGTTTAAACAGT-TAAGAC
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAATAT-A-AC
* * * * *
200625 T-TTATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCCTTTTTTTTTATCATAAAACAATTGTTT
1 TATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA-TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * * * * *
200689 CAG-TTAATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
64 TTGATTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* ** * * * * * **
200753 GTAAGTGATTTAAAATGTGAATATGTTTATTGAA-TCAGTTGAAATAATTATGGC
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACT-AGTTCAAATAA-TATAAC
* * * * * *
200807 CATGTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTATCTTTTGTTTCGTCATATAACAATTGTTTTT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* * * *
200872 GA-ACAT-TCAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAACCCATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG
66 GATTCATAT-AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
*
200935 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACTAGTTCAAATAATATAAC
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAATATAAC
* ** * * *
200987 TATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCATTATAATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* * * * * *
201052 -ATTCATATTAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATCCAATAATATTCCAAAAATTGATAAC
66 GATTCATATAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * * *
201115 TATGAGATTTAAAAAATAATTTTTTTTGCTCAACTAATTCAAATAGT-TAAGAC
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAATAT-A-AC
* * * *
201168 TATATGAACAATTATCTATTTCAAATC-TTATGATCTTTTG--TTGTCATAAAATAATTTTTTTT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* * * *
201230 AATTCATACT-AGCTTATTCAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
66 GATTCATA-TAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * *
201293 GTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCT-AACCAGTTCAAATAATTATGAC
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAACTAGTTCAAATAA-TATAAC
* ** * * *
201347 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* *
201412 GA-TCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATACTAATCCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-
66 GATTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAAT-CTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * *
201472 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAA-TAAGTTTAAATAGTTATGAC
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACT-AGTTCAAATA-ATATAAC
* * * * *
201525 TACTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTATTATGA-CTTTTTGTTTTGT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATC-TTTTGTTTTGT
201572 TATATGTTCA
Statistics
Matches: 776, Mismatches: 137, Indels: 70
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 1 0.00
177 1 0.00
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182 175 0.23
183 4 0.01
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
GATTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAATATAAC
Found at i:202011 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 201690--202201 Score: 537
Period size: 180 Copynumber: 2.9 Consensus size: 178
201680 TGACCTTTTG
* * * *
201690 TTTTGTCATAAAA-AAATATTTCTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAACTAATACTAAGTTAT
1 TTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAAATTAT
* * * * *
201754 TAATATTCCAAA-AATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAATTTAA
65 TAATATT-AAAACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAA
* * **
201818 ATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTGAAATTGCTATAACCTTGCA
128 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTT-AAACCGCTATAACCTTGCA
* * *
201870 TTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-GAAATTAT
1 TTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAAATTAT
* * * *
201934 TAATATTAAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTGAAAATTAAATCTATTTACTATACAAGTTCAAA
65 TAATATTAAAACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAA
* * * * * * **
201999 TTGTTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAACCGTTATGACTTTTTA
129 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAACCGCTATAACCTTGCA
* * * * * * * *
202049 TTTTGCCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAACCTTATTTAGATTAAATGATATTAATTTATT
1 TTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAATAAAATAATACTAAATTATT
*** * * *
202114 AATATTTTGACAAATAATAAGT-AAAGATGTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTTAAAT
66 AATATTAAAACAATTAATAAGTAAAAGAT-TTAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAAT
* *
202178 AGTCATAACTATTTGAATAATTAT
130 AGTTATGACTATTTGAATAATTAT
202202 CTAGGTTAAA
Statistics
Matches: 275, Mismatches: 53, Indels: 10
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
178 63 0.23
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ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAATAAAATAATACTAAATTATT
AATATTAAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATA
GTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAACCGCTATAACCTTGCA
Found at i:202134 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 201676--202361 Score: 535
Period size: 180 Copynumber: 3.8 Consensus size: 178
201666 AGATCAAATT
* * * *
201676 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATATTTCTATTCATATAAGCTTATTT-GAAATAAA
1 GTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTAG-ATTAAA
* * * * * *
201739 CTAATACTAAGTTATTAATATTCCAAA-AATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTT
65 -TAATA-TAAATTATTAATATT-TAAACAAATAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTT
* * * **
201803 ACCAAACAAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTGAAATT
126 ACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTGAAACC
* * ** * * * *
201856 GCTATAACCTTGCATTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAA
1 GTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AGATTAAA
* * * * *
201921 TAATAGAAATTATTAATATTAAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTGAAAATTAAATCTATTTACT
65 TAATATAAATTATTAATATTTAAACAAATAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACC
* * * * *
201986 ATACAAGTTCAAATTGTTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTT-CAACC
129 AAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTGAAACC
* * * *
202035 GTTATGACTTTTTATTTTGCCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAACCTTATTTAGATTAAAT
1 GTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAT
* * ** * *
202100 GATATTAATTTATTAATATTTTGACAAATAATAAGT-AAAGATGTTAAAAATAAATATGTTTACC
66 AATA-TAAATTATTAATATTTAAACAAATAATAAGTAAAAGAT-TTAAAAATAAATCTATTTACC
* * * * *
202164 AAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTAGGTT-AAATC
129 AAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTA-TTTGAAACC
* * ** * * * * * * * * *
202214 ATTATGACCTTTTGTTTCATCAAAAAACAATTGTATC-AGTTCATATAGGCTTATTCAAAGTAAA
1 GTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGA-TTAA
* * * * * *
202278 ATAATATTAATTTATTAATATTCTAAA-AATTATTGAA-TTAGAGATTTAAAAAATGAATCTATT
64 ATAATA-TAAATTATTAATATT-TAAACAAATAAT-AAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATT
** *
202341 TACTGAACAAGTTCAAATAGT
125 TACCAAACAAGTTTAAATAGT
202362 ATTATTTTAA
Statistics
Matches: 403, Mismatches: 90, Indels: 25
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
178 66 0.16
179 127 0.32
180 138 0.34
181 68 0.17
182 4 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
GTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAT
AATATAAATTATTAATATTTAAACAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCAA
ACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTGAAACC
Found at i:202828 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 202368--203078 Score: 771
Period size: 179 Copynumber: 3.9 Consensus size: 179
202358 TAGTATTATT
* *
202368 TTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTCG-AATCAA-CTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGA
* * *
202431 CAAAACAAAGGATCTTAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTC
64 CAAAACAAATG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-
* * * * *
202496 CCTT-AGTAAACAGATTTATTTTTAAAATATTTTATTTATTAA-TTTTGGAATA
127 -GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * *
202548 TTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCT-AAATAAGTTTTTTTGAATAGAAAAAATTGGTTTACGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGAC
* *
202611 AAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTG
65 AAAACAAAT-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TG
** * *
202676 TTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAACA
128 TTCAGTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* **
202727 TTAATAAATTTA-TATTATTTCATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAACCAATTGTTTTATGAC
1 TTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGAC
* * * *
202791 AAAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAA-AAGGTAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTT
65 AAAAC-AAATGTCATAATGATTTGAAATAA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-T
* * * **
202855 GTTCAGTAAATA-AATT-TTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTGTCAAAATA
127 GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * * *
202906 TTAATAGATTATTATTATTTTAATTAAAATAAGCTCGTATGGATAGAAATAATTGTTTTATGATA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACA
* *
202971 AAACAAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACAT
66 AAAC--AAATGTCATAATG-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-T
** * *
203035 GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTTTTAATT
127 GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATT
203079 GTTGTTAGCC
Statistics
Matches: 445, Mismatches: 67, Indels: 36
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 28 0.06
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ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACA
AAACAAATGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTC
AGTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
Found at i:204967 original size:181 final size:180
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Indices: 204474--206243 Score: 1555
Period size: 180 Copynumber: 9.9 Consensus size: 180
204464 GTGCCTTGTG
*
204474 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
204539 T-AGATAAGC-T-T-TGATACTGAAACAATTGTTTTATGACCAAACAAAAGTTCATAATGATTTT
66 TGA-ATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* *
204600 AAATAGATAATTGGTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTT-AGTAAACAA
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGA-TAAACAA
* * * * * *
204653 ATTTATTTTTCAAATCT-TTGGCTTATTAATTTTAG-AATGTTAATAAATCAGTATTTTTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * * *
204716 TTGAATAATTTTGCATGAACAGAAATAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
65 TTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * *
204781 AATAGATAATTATTCAAATGGACATGACTATTTGGATTGATTTGATAAACAA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTTGATAAACAA
* * * * * * *
204833 ATTAACTTTTTAAATCACTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TTTTATTCTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
* * *
204897 TTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTA
65 TTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * *
204962 AATAGACAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTAAATTTGTTCGGTAAACAA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGATAAACAA
* * * * * * * *
205014 ATTTATTTTTTAAAACTTTTGCTTATCAATTCTGGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * *
205079 T-AGATAAGCTTTTAT-AAGTTGAAACAATTCTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTCATAGCGATTT
66 TGA-ATAAGCTTGTATGAA-CTGAAACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * *
205141 TAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAAC-ATTTGAACTTGTTCGATAAAGAG
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGATAAACAA
* * * * *
205194 ATTTATTTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTTGAATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
205259 TTGAAAAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAA--A-TTT-TGACTAAACAAAATGTCAAAACGATTTG
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* * * ** * * * *
205319 AAATAGATAATTATCCTAATAGTTTTAACTATTTGAATCGGTTCGGTTAACAA
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGTTTGATAAACAA
* * *
205372 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAA
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-T
* * * * *
205436 TTGAATAAGTTTCTATGATCAGAAAC-A--A---TATGACAAAACAAATA--TCTTAACGATTTG
65 TTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTG
* * * * * * *
205493 AGATTGATAATTATTCAAATAGTCAT-ACAATTTGAACTAGTTTGATAAATAG
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGATAAACAA
* *
205545 ATTTATTTCTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * ** * * *
205610 TGAATAAACTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTAAA
66 TGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * * *** * * *
205674 ATAGATAATCGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAACAAATTTGGTAAATAG
131 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGATAAACAA
* * * *
205725 ATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATATTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * * ** * * * *
205790 CGTCTAAGCTTGTATTAACT-AGACAATGGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAAAGATTTTAA
66 TGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * * * * *
205854 ATAGACAATTGTTAAAATAATAATAGCTATTTAAACTTGTTTAATAAACAG
131 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGATAAACAA
* * *
205905 ATTTATTTTTTAAATCTCCTT-CTTATTAATTTTTCAAATATT-ATTAATTAGTATTAATTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
205968 TTGAATAAGCTTGTATGAACTCAAACAATTTTTTTATGACTAAAGAAAATGTCAGAATGATTTGA
65 TTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * * *
206033 AATAGATAATTATTC-AATAGTCTTAACCATTTAAACTGATTCGATAAACTA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTTGATAAACAA
* * * *
206084 ATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATGTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * *
206145 CGAATAAGCTTGTACGGA-T-AAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTAA
66 TGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * *
206208 AATAGGTAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
206244 CTGATACGAA
Statistics
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TGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTGATAAACAA
Found at i:206090 original size:359 final size:359
Alignment explanation
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*
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1 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * *
204538 TT-AGATAAGC-T-T-TGATACTGAAACAATTGTTTTATGACCAAACAAAAGTTCATAATGATTT
66 TTGA-ATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * **
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* ** * * * ** **
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* *
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257 TTGTATGAACAGAAAT-G--GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* *
204791 TATTCAAATGGA-CAT-GACTATTTGGA-TTGATTTGATAAACA
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* * * * * * * *
204832 AATTAACTTTTTAAATCACTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TTTTATTCTAT
1 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT
* * * * *
204896 TTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTT
65 TTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* *
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130 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTAAA-CTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTT
* * * * * * *
205025 AAAACTT-TTGCTTATCAATTCTGGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATT-CTAGATAAGC
194 -AAATTTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGA-ATAAGC
* * * ** * * *
205088 TTTTAT-AAGTTGAAACAATTCTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTCATAGCGATTTTAAATAAATA
257 TTGTATGAA---CAGA-AATGGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * *
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* * * * *
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1 GATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * *
205258 TTTGAAAAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAA---ATTT-TGACTAAACAAAATGTCAAAACGATTT
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* * * * * * *
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129 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACT-GATTCGGTAAACAAATTTATTTTT
* *
205382 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAATT--GAATAA
193 TAAATTTCTTACTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTT-ATTCCGAATAA
* * * *** * * *
205444 GTTTCTATGATCAGAAA---CAATATGACAAAACAAATA--TCTTAACGATTTGAGATTGATAAT
255 GCTTGTATGAACAGAAATGGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * *
205504 TATTCAAATAGTCATA-CAATTTGAACTAGTTTGATAAATA
319 TATTCAAATAATCATAGCTATTTGAACTTGTTTGATAAACA
* *
205544 GATTTATTTCTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * ** * * *
205609 TTGAATAAACTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTAA
66 TTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * * ** * * *
205673 AATAGATAATCGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAACAAATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAA
131 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* **
205738 ATTTCTTACTTATTAATATTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGTCTAAGCTTGT
196 ATTTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGT
* * * * * * * *
205803 ATTAACTAGACAATGGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAAAGATTTTAAATAGACAATTGTTA
261 ATGAAC-AGA-AATGGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * *
205868 AAATAATAATAGCTATTTAAACTTGTTTAATAAACA
324 AAATAATCATAGCTATTTGAACTTGTTTGATAAACA
* * *
205904 GATTTATTTTTTAAATCTCCTT-CTTATTAATTTTTCAAATATT-ATTAATTAGTATTAATTTAT
1 GATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
205967 TTTGAATAAGCTTGTATGAACTCAAACAATTTTTTTATGACTAAAGAAAATGTCAGAATGATTTG
65 TTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * *
206032 AAATAGATAATTATTC-AATAGTCTTAACCATTTAAACTGATTCGATAAACTAATTTATTTTTTA
130 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* *
206096 AA--TC-T-CTTATTAATGTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTT
195 AATTTCTTACTTATTAAT-TTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTT
* * * ** * * * * * *
206156 GTACGGATAAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTAAAATAGGTAATTGT
259 GTA-TGA-ACAGAAATGGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAT
* * **
206221 TCAAATAGTTATAATTATTTGAACT
322 TCAAATAATCATAGCTATTTGAACT
206246 GATACGAAAA
Statistics
Matches: 1130, Mismatches: 232, Indels: 108
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
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GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
TTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
AATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
ATTTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGT
ATGAACAGAAATGGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
ATAATCATAGCTATTTGAACTTGTTTGATAAACA
Found at i:206314 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 206282--206314 Score: 50
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206272 TGCTTAGCCA
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1 AATAATTATACTATTT
206315 TAAATCGTTC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:207009 original size:181 final size:181
Alignment explanation
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206635 GCTAAACTAG
* * * *
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* * ** *
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* * * * *
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* * * *
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1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT-TATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTA
* ** * *
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65 GAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AA
* * * * * *
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** * * ** *
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1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTT-TGTTCATACAAGCTTA-TT
* * *
207070 AG-AATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAACAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
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* * * * * * * *
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* * * * * ** * *
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1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTAG
*
207252 AAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A-A-ACTTAAAAAATAAAT
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* * ** * * * * *
207313 CTATTTATCAAACTGGTT-TAA-A-TTAAGGCTATTT-AATCGATTATTTAT
131 CTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATATAT
** * * * * * * *
207361 TTCAAATCATTATAACTTTTTGTTCTATTATAAAACAA-TAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTA-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTA
* ** * ** * * * * *
207425 GAATTAAAATAATAAAAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGAAAAAAATGTAAAAAAAATA
65 GAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT-T-TAAAAAATA
* ** * * * * *
207490 AATATGTTTA-CTGAATTAGATCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTAT
128 AATCTGTTTATC-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATAT
* * * ** * * *** *
207544 TTCAAATCGTTATGATC-ATTCCTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATT-G
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTAG
* * *
207607 AAAATAAAAT-ATATTAAGT-TATTAATATTAT-AAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAATATA
66 -AAATAAAATAATACTAA-TCTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * ** * * * * *
207669 AATCTGTTTACCAAATAAGTTTAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTAT
128 AATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATAT
* * * * * ** * *
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1 TTCAAATTGTTATGACCTTTT-GTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTA
* ** * *
207786 CAAATAAAATAATAGAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGCATA-AGATTTAAAAAAT
65 GAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAAT
* * * * *
207848 AAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATCA-TTATGACTATTTGAATAATTATTTAT
127 AAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATATAT
*
207903 TTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTATTT
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT
207945 CTATTTGTAG
Statistics
Matches: 884, Mismatches: 195, Indels: 83
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
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174 100 0.11
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TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTAG
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CTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATAT
Found at i:208078 original size:13 final size:14
Alignment explanation
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208086 TTTTATTT
1 TTTTATTT
208094 ATTAGTATTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.15, C:0.00, G:0.00, T:0.85
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TTTTATTTTTATTT
Found at i:208133 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 208088--208220 Score: 64
Period size: 25 Copynumber: 5.4 Consensus size: 24
208078 TTTTATTTTT
*
208088 TTATTTATTAGTATT-ATTATTAATA
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* *
208113 TTATTTATTTATTAACATATTATTT
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* *
208138 TTATTT-TATCATTTATCTATTAATA
1 TTATTTAT-TTA-TTAACTATTAATA
208163 TTTTTATTTATTTATTAA-TA-TATATA
1 ---TTATTTATTTATTAACTATTA-ATA
* *
208189 TT-TTTA-TTATTTATCTATTATTA
1 TTATTTATTTA-TTAACTATTAATA
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1 TTATTTATTT
208221 TCTTTTTTAT
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 11, Indels: 29
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Matches are distributed among these distances:
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TTATTTATTTATTAACTATTAATA
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208071 TTTTTTATTT
* * * *
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*
208133 TATTTTTA-T-TTTATC-ATTTATCTATTAATATTTTTATTTATTTATTAATATATA
1 TATTTTTATTATTTATCTA-TTAT-TATTAATATTTTTATTTATTTATTAACATATA
*
208187 TATTTTTATTATTTATCTATTATTATTATTATTTT
1 TATTTTTATTATTTATCTATTATTATTAATATTTT
208222 CTTTTTTATC
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 6, Indels: 13
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Matches are distributed among these distances:
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TATTTTTATTATTTATCTATTATTATTAATATTTTTATTTATTTATTAACATATA
Found at i:208194 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 208101--208220 Score: 136
Period size: 49 Copynumber: 2.4 Consensus size: 49
208091 TTTATTAGTA
* * *
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* * *
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* *
208199 TTATCTATTATTATTATTATTT
1 TTATCTATTAATATTTTTATTT
208221 TCTTTTTTAT
Statistics
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TTATCTATTAATATTTTTATTTATTAACATAATATATATATTTTATCAT
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208052 CATTTGCATT
* * *
208062 TTATTT TTATT- TT-TTA TT-TTA TT-TTT TTATTTA TTAGTA TTATTA
1 TTATTA TTATTA TTATTA TTATTA TTATTA TTA-TTA TTATTA TTATTA
* ** * *
208107 TTAATA TTATTTA TTTATTA ACA-TA TTATTT TTATT- TTATCA TTTATCTA
1 TTATTA TTA-TTA -TTATTA TTATTA TTATTA TTATTA TTATTA -TTAT-TA
* * * *
208157 TTAATA TTTTTA TTTATTTA TTAATA -TATATA TTTTTA TTATTTA TCTATTA
1 TTATTA TTATTA -TTA-TTA TTATTA TTAT-TA TTATTA TTA-TTA T-TATTA
208209 TTATTA TTATT
1 TTATTA TTATT
208220 TTCTTTTTTA
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 21, Indels: 30
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TTATTA
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* *
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*
208987 TTTTTTAATTATT
1 TTTTTTAAGTATT
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Statistics
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TTTTTTAAGTATTTTACTTATTTAT
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208943 TAGTATTTTC
208953 TTATTTATTTTAT
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**
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*
208979 TTATTTGTTTT-T
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*
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209000 AAATTAAAAA
Statistics
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TTATTTATTTTAT
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1 ATAATAATAA
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1 ATAATAATAA
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1 ATAAT
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ATAATAATAA
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*
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1 GAGCAATTTATTTTTCCAAAGTTGTGGTGCCTCTGTTTAGAG
* *
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1 GAGCAATTTA-TTTTTCCAAAGTTGTGGTGCCTCTGTTTAGAG
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1 GAGCAATTTATTTTTCCAAAGTTGTGGTGCCTCTGTTTAGAG
* *
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1 GAGCAATTTA-TTTTTCCAAAGTTGTGGTGCCTCTGTTTAGAG
* ** *
217348 GAGGCAGTTTACTTTTT-CAAAGTAATGGTTGCCTCTGTTTAGAT
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* * ***
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* * *
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1 GAGCAATTTA--T-TTTTCC-AAAGTTGTGGTGCCTCTGTTTAGAG
* ***
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* * * * *
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* *
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Statistics
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GAGCAATTTATTTTTCCAAAGTTGTGGTGCCTCTGTTTAGAG
Found at i:217364 original size:85 final size:83
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217170 GATTGTCAAA
*
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**
217244 TTGTGGTGCCTCTGTTTAGAG
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1 GAGCAATTTATTTTTCCAAAGTTGTGGTGCCTCTGTTTAGAGGAGC-ATTTA-TTTTTCAAAAGT
** *
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64 TGTGAAGCCTCTGTTTAGAG
* ** *
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*
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60 AAGTTGTGAAGCCTCTGTTTAGAG
* * * *
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1 GAGCAATTTA--T-TTTTCC-AAAGTTGTGGTGCCTCTGTTTAGAGGAGC-ATTTATTTTTCAAA
* *
217499 AGTCGTTAAGCCTCTGTTTAGAG
61 AGTTGTGAAGCCTCTGTTTAGAG
* * * * * * * **
217522 GAGTAATTTATTTTTCGAAAGTTGTTGAGCCTCTGCTTAGAGGAGC-TTTGTTTTTCGAAAGTCA
1 GAGCAATTTATTTTTCCAAAGTTGTGGTGCCTCTGTTTAGAGGAGCATTTATTTTTCAAAAGTTG
* * *
217586 TTAAGCTTCTGATTAGAG
66 TGAAGCCTCTGTTTAGAG
** * * * * *
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217652 TTTGATCAAA
Statistics
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83 2 0.01
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GAGCAATTTATTTTTCCAAAGTTGTGGTGCCTCTGTTTAGAGGAGCATTTATTTTTCAAAAGTTG
TGAAGCCTCTGTTTAGAG
Found at i:217426 original size:44 final size:43
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217175 TCAAAGAGCA
* *
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1 ATTTATTTTT-CAAAAGTTGTTGAGCCTCTGTTTAGAGGAGC-TT
* * * *
217229 -TTATTTTTTTC-AAAGTTGTGGTGCCTCTGTTTAGAGGAGC-A
1 ATT-TATTTTTCAAAAGTTGTTGAGCCTCTGTTTAGAGGAGCTT
* * * *
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1 ATTTATTTTTCAAAAGTTGTTGAGCCTCTGTTTAGAGGAGCTT
* * *
217312 ATTTACTTTTTC-AAAGTTGTGGTGCCTCTATTTAGA-GAGGC--
1 ATTTA-TTTTTCAAAAGTTGTTGAGCCTCTGTTTAGAGGA-GCTT
*
217353 AGTTTACTTTTTC-AAAGTAATGGTT--GCCTCTGTTTAGATGAGCTTT
1 A-TTTA-TTTTTCAAAAGT--T-GTTGAGCCTCTGTTTAGAGGAGC-TT
*
217399 ATTTATTTTTCAAAAGTTGTTAAGCCTCTGTTTAGAGGAGCTTT
1 ATTTATTTTTCAAAAGTTGTTGAGCCTCTGTTTAGAGGAGC-TT
* * * *
217443 ACTTATTTTCCAAAAGTAGTTGAGCCTCTGTTTAGAGGAGC-A
1 ATTTATTTTTCAAAAGTTGTTGAGCCTCTGTTTAGAGGAGCTT
* * * *
217485 ATTTATTTTCCAAAAGTCGTTAAGCCTCTGTTTAGAGGAG-TA
1 ATTTATTTTTCAAAAGTTGTTGAGCCTCTGTTTAGAGGAGCTT
* *
217527 ATTTATTTTTCGAAAGTTGTTGAGCCTCTGCTTAGAGGAGC--
1 ATTTATTTTTCAAAAGTTGTTGAGCCTCTGTTTAGAGGAGCTT
* * ** * * *
217568 -TTTGTTTTTCGAAAGTCATTAAGCTTCTGATTAGAGGAGCTTT
1 ATTTATTTTTCAAAAGTTGTTGAGCCTCTGTTTAGAGGAGC-TT
* * * * * *
217611 GTTTATCTTTCGAAAGTCGTTGTGCCTCTGCTTAGAGGAGCTT
1 ATTTATTTTTCAAAAGTTGTTGAGCCTCTGTTTAGAGGAGCTT
217654 TGATCAAAAT
Statistics
Matches: 368, Mismatches: 34, Indels: 47
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Matches are distributed among these distances:
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ATTTATTTTTCAAAAGTTGTTGAGCCTCTGTTTAGAGGAGCTT
Found at i:217655 original size:44 final size:43
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Indices: 217378--217654 Score: 271
Period size: 44 Copynumber: 6.5 Consensus size: 43
217368 AGTAATGGTT
* *
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1 GCCTCTGTTTAGAGGAGCTTTATTTA-TTTTCAAAAGTCGTTAA
* * *
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*
217466 GCCTCTGTTTAGAGGAGC--AATTTATTTTCCAAAAGTCGTTAA
1 GCCTCTGTTTAGAGGAGCTTTATTTATTTT-CAAAAGTCGTTAA
* * * *
217508 GCCTCTGTTTAGAGGAG--TAATTTATTTTTCGAAAGTTGTTGA
1 GCCTCTGTTTAGAGGAGCTTTATTTA-TTTTCAAAAGTCGTTAA
* * * *
217550 GCCTCTGCTTAGAGGAGC-TT-TGT-TTTTCGAAAGTCATTAA
1 GCCTCTGTTTAGAGGAGCTTTATTTATTTTCAAAAGTCGTTAA
* * * * **
217590 GCTTCTGATTAGAGGAGCTTTGTTTATCTTTCGAAAGTCGTTGT
1 GCCTCTGTTTAGAGGAGCTTTATTTAT-TTTCAAAAGTCGTTAA
*
217634 GCCTCTGCTTAGAGGAGCTTT
1 GCCTCTGTTTAGAGGAGCTTT
217655 GATCAAAATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GCCTCTGTTTAGAGGAGCTTTATTTATTTTCAAAAGTCGTTAA
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Period size: 45 Copynumber: 2.2 Consensus size: 45
217910 TTGCATTTTA
217920 TTTTTATTTTTTTGTTTA-TTTATTAATATTA-TTATTAATATTATT
1 TTTTTATTTTTTTGTTTATTTTA-TAAT-TTATTTATTAATATTATT
* *
217965 TTTTTATTTTTATT-TTTATTTTATCATTTATTTGTTAATATTATT
1 TTTTTATTTTT-TTGTTTATTTTATAATTTATTTATTAATATTATT
*
218010 TATTTATTT
1 TTTTTATTT
218019 ATTAATATAT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 3, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (45 bp):
TTTTTATTTTTTTGTTTATTTTATAATTTATTTATTAATATTATT
Found at i:217988 original size:5 final size:6
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Indices: 217915--217986 Score: 58
Period size: 6 Copynumber: 11.5 Consensus size: 6
217905 CCCATTTGCA
** *
217915 TTTTAT TTTTAT TTTT-T TGTTTAT TTATTAAT ATTATTAT TAATAT TATT-T
1 TTTTAT TTTTAT TTTTAT T-TTTAT TT-TT-AT -TT-TTAT TTTTAT TTTTAT
217966 TTTTAT TTTTAT TTTTAT TTT
1 TTTTAT TTTTAT TTTTAT TTT
217987 ATCATTTATT
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 4, Indels: 12
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Matches are distributed among these distances:
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TTTTAT
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Indices: 217918--218056 Score: 79
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217908 ATTTGCATTT
* *
217918 TATT-TTTATTTTTTTGTTTA
1 TATTATTTATTTATTT-TTAA
* *
217938 T-TTATTAATATTATTATTAA
1 TATTATTTAT-TTATTTTTAA
* *
217958 TATTATTTTTTTATTTTTAT
1 TATTATTTATTTATTTTTAA
*
217978 TTTTATTTTATCATTTATTTGTTAA
1 TATTA--TT-T-ATTTATTT-TTAA
218003 TATTATTTATTTATTTATTAA
1 TATTATTTATTTATTT-TTAA
218024 TATATATATT-TTTATTATTTAA
1 TAT-TAT-TTATTTATT-TTTAA
218046 CTATT-TTTATT
1 -TATTATTTATT
218057 ATTATTATTT
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 13, Indels: 25
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Matches are distributed among these distances:
19 2 0.02
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Consensus pattern (20 bp):
TATTATTTATTTATTTTTAA
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1 TT-AT-TTA
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1 TTATT--TA
*
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1 TTATTTA
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1 TTATTTA
217980 TTATTTTA
1 TTA-TTTA
*
217988 TCATTTA
1 TTATTTA
217995 TT-TGTTA
1 TTAT-TTA
*
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*
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1 -TTATTTA
*
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1 TTATTTA
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1 TTATTT-A
*
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1 TTATTTA
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1 TTATTTA
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1 TTATT
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Statistics
Matches: 94, Mismatches: 11, Indels: 32
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Matches are distributed among these distances:
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TTATTTA
Found at i:218063 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 217939--218065 Score: 55
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217929 TTTTGTTTAT
* * * * *
217939 TTATTA ATATTA TTATTA ATATTA TT-TTT TTATTT TTATTT TTATT-
1 TTATTA TTATTA TTATTA TTATTA TTATTA TTATTA TTATTA TTATTA
* * * *
217985 TTATCA TTTATTTG TTAATA TTATTTA TTTATTTA TTAATA -TATATA
1 TTATTA -TTA-TTA TTATTA TTA-TTA -TTA-TTA TTATTA TTAT-TA
* * * *
218032 TTTTTA TTATT- TAACTA TTTTTA TTATTA TTATT
1 TTATTA TTATTA TTATTA TTATTA TTATTA TTATT
218066 TTTTTATCTT
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 21, Indels: 18
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Matches are distributed among these distances:
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TTATTA
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Indices: 219556--219580 Score: 50
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219546 ACAAAAATTG
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1 ATAATAATAA
219566 ATAATAATAA
1 ATAATAATAA
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1 ATAAT
219581 TTTTTTCGAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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ATAATAATAA
Found at i:220141 original size:57 final size:57
Alignment explanation
Indices: 220080--220193 Score: 147
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* * *
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* * * * * *
220137 AAAAAATGAATTTGCTTACTGATCAAGTTGAAATAATTATCACTATCTAAACAATTA
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Statistics
Matches: 48, Mismatches: 9, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:220562 original size:179 final size:177
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* *
220186 AACAATTATCTATTTCAAAGCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* ** * *
220250 TGCAAGTGTATTTCAAATAAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA
65 TACAAGT-TATTTGGAAT-AAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAATTAAT-AGAAAAA
* *
220314 TTTTAGAAAATAAAGCTATTTTTTGAATACATTCAAATAGTTATGACTATTTG
125 TTTTAAAAAATAAAGCTATTTTTTGAATACATTCAAATAGGTATGACTATTTG
* * *
220367 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGCCATAAACCAATTGTTTCTGA-TCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCA
*
220431 AACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAGAAAAATATT
65 TACAAG-TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAGAAAAAT-TT
* * * *
220496 TAAAAAATAAA-TTTTTTTGTTGAGTGAC-TTCAAATAGGTATGACTGTTTG
128 TAAAAAATAAAGCTATTTT-TTGAAT-ACATTCAAATAGGTATGACTATTTG
* * * * *
220546 AACAATTATTTATTTCAAGTCGTTATG-CTCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* * ** *
220610 TACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGA
65 TACAAG-TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAATTAAT-AG--AAAAA
* * *** * *
220675 -TTTAAAAAATAAATC-AGTTTACCAA-ACAAGTTCAAATA-GTCATGTCCATTTG
125 TTTTAAAAAATAAAGCTATTTTTTGAATAC-A-TTCAAATAGGT-ATGACTATTTG
* ** * *
220727 AACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CATTT-TGTTTGTCGTAAAATAATTGTTTCTATTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* ** * * *
220790 TACAAAATTATTTATAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATA-AGAGA-TT
65 TAC-AAGTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAGAAAAATTT
* * * * * * * * * *
220853 TAAGAACTAAATCTCTTTATCGAACTA-ATTTAAATAGTTATGAATATTTA
128 TAAAAAATAAAGCTATTTTTTGAA-TACATTCAAATAGGTATGACTATTTG
* * ** * * * * * *
220903 AACAATTATCAATCTCAAATTGTTATGATC-TTTATTTTGTCCTAAAACATTTGTTTATGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
*
220967 ACAAGCTTATTTGGAGTAAAATAA
66 ACAAG-TTATTTGGAATAAAATAA
220991 ATGTGTTTGC
Statistics
Matches: 515, Mismatches: 80, Indels: 63
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
176 100 0.19
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180 114 0.22
181 126 0.24
182 4 0.01
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
ACAAGTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAGAAAAATTTTAA
AAAATAAAGCTATTTTTTGAATACATTCAAATAGGTATGACTATTTG
Found at i:220842 original size:360 final size:360
Alignment explanation
Indices: 220186--220845 Score: 838
Period size: 360 Copynumber: 1.8 Consensus size: 360
220176 TCACTATCTA
220186 AACAATTATCTATTTCAAAGCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAAGCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTCAT
* *
220251 GCAAGTGTATTTCAAATAAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATT
66 ACAAGTGTATTTCAAATAAAAATAATATAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATT
* * *** * *
220316 TTAGAAAATAAAGCTATTTTTTGAATACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT
131 TTAAAAAATAAAGCTAGTTTACCAATACATTCAAATAGTCATGACCATTTGAATAATTATCTATT
* ** *
220381 TCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGCCATAAACCAATTGTTTCTGATCAAACAAGCTTATTTGG
196 TCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTGATCAAACAAAATTATTTAG
220446 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAGAAAAATATTTAAAAAATAAATTTT
261 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAGAAAAATATTTAAAAAATAAATTTT
220511 TTTGTTGAGTGACTTCAAATAGGTATGACTGTTTG
326 TTTGTTGAGTGACTTCAAATAGGTATGACTGTTTG
* * * * *
220546 AACAATTATTTATTTC-AAGTCGTTATG-CTCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTC
1 AACAATTATCTATTTCAAAG-CATTATGAC-ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTC
* ** * *
220609 ATACAAGTTTATTTGGAAT-AAAATAATACT-AATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTTGG
64 ATACAAGTGTATTTCAAATAAAAATAATA-TAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAG-T-A
* * *
220672 AGA-TTTAAAAAATAAATC-AGTTTACCAA-ACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT-AT
126 AAATTTTAAAAAATAAAGCTAGTTTACCAATAC-A-TTCAAATAGTCATGACCATTTGAA-TAAT
** * * * *
220733 TATCTATTTCAAATTGTTATGA-CATTT-TGTTTGTCGTAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAA
188 TATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGT-TTTGCCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCAAACAA
* *
220795 AATTATTTATAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATA
251 AATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATA
220846 AGAGATTTAA
Statistics
Matches: 255, Mismatches: 34, Indels: 22
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
358 4 0.02
359 113 0.44
360 135 0.53
361 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
AACAATTATCTATTTCAAAGCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTCAT
ACAAGTGTATTTCAAATAAAAATAATATAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATT
TTAAAAAATAAAGCTAGTTTACCAATACATTCAAATAGTCATGACCATTTGAATAATTATCTATT
TCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTGATCAAACAAAATTATTTAG
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAGAAAAATATTTAAAAAATAAATTTT
TTTGTTGAGTGACTTCAAATAGGTATGACTGTTTG
Found at i:220989 original size:176 final size:177
Alignment explanation
Indices: 220167--220990 Score: 740
Period size: 181 Copynumber: 4.6 Consensus size: 177
220157 GATCAAGTTG
* * * * * * *
220167 AAATAATTATCACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAGCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCA-TTTGTTTTGTCCTA
* * **
220231 AAACAATTGATTCTATTCATGCAAG-TGTATTTCAAATAAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT
65 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTTGGAAT-AAAATAATACT-AATTTATTAATATT
* * * * * *
220294 CCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAGAAAATAAAGCTATTTTTTGAA-TACATTC
127 TCAAAAATTAATAAG--AGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTA-ATTC
* * *
220348 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTG-CCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCATTTGTTTTGTCC-TA
* *
220412 AACCAATTGTTTCTGA-TCAAACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
65 AAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * * * *
220476 -AAAATTAATAGAAAAATATTTAAAAAATAAATTTTTTTGTTG-AGTGACTTC
129 AAAAATTAAT---AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACT-AATTC
* * * * * * *
220527 AAATAGGTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAGTCGTTATGCTCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCATTTGTTTTGTCCTAA
* * *
220592 AATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCTA
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-A
* *
220656 AAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTACCAAAC-AAGTTC
130 AAAATTAATAA----GAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCGAACTAA-TTC
* * * * * *
220708 AAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CATTT-TGTTTGTCGTA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCATTTGT-TTTGTCCTA
* ** ** *
220771 AAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTATAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCA
65 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * *
220836 AAAATTAATAAGAGATTTAAGAACTAAATCTCTTTATCGAACTAATTT
130 AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAATTC
* * * * * *
220884 AAATAGTTATGAATATTTAAACAATTATCAATCTCAAATTGTTATGATC-TTTATTTTGTCCTAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCATTTGTTTTGTCCTAA
* * * *
220948 AACATTTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATAA
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAA
220991 ATGTGTTTGC
Statistics
Matches: 527, Mismatches: 89, Indels: 59
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
176 112 0.21
177 6 0.01
178 5 0.01
179 138 0.26
180 117 0.22
181 142 0.27
182 7 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCATTTGTTTTGTCCTAA
AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
AAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAATTC
Found at i:221517 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 221034--223794 Score: 1011
Period size: 181 Copynumber: 15.4 Consensus size: 178
221024 AGTTAAGACT
* * *
221034 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCT-AACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTA
* * * *
221098 GTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCA
65 GATCAT-CATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTA
* * * *
221163 AGAAATTTAAAGAAAATAAATCTA-TTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACT
129 A-AGATTT--A-AAAATAAATC-AGTTTATCAAAACAA-TTCAAATAATTTTGACC
* * * * * * *
221217 ATTTGAATAATTATCTATCTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTATTTCAG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAG
* * * * * * * *
221282 ATCATAAAAGCTTATCCCAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTA
66 ATCAT-CATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG-TA
* * *
221347 AAGATTTAAAACATAAATCAGTTTATCGAATCAATTAAAATAATTATTG-CC
129 AAGATTTAAAA-ATAAATCAGTTTATCAAAACAATTCAAATAATT-TTGACC
* * **
221398 ATTTGAACATTTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAG
* * ** * *
221462 ATCATCCTCGCCTATTCGTAATAAAATAATAGTAATTTGTTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAG
66 ATCATCAT-GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTA-
* * *
221527 CAGATTTAAAAATAAAT-ATGTTTATCAAACCAATTCAAATAGA-TATG---
129 AAGATTTAAAAATAAATCA-GTTTATCAAAACAATTCAAATA-ATTTTGACC
* * * * * *
221574 A-TT-----ATT-TGTATTTCAATTTC-TTCTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATTTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAA-ATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTA
* * * * * * * *
221630 TGTTCAGACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAA-AATTATAAAAATTAAT-AC
65 -GATCA-TCATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAAATTAATAAG
** * * * * ** * *
221693 TAATAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTT-GCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGGCT
127 TAA-AGATTT--AAAAATAAATCAGTTTATCAAAAC-AATTCAAATAATTTTGACC
* * * * * ** * * * *
221748 ATATGAATAATTCTTTATTTTAAATTGTTATG-ACATTT-TGTTGCATCGTAAAATAGTT-TTTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTG--TCATAAAATAATTGTTTT
** * * * * *
221810 CACTTCTTGC-TAACTTATTCAGAATAAAGTACA-A-TAAATTTATTAATATTT-CAAAATTAAT
64 -AGATCAT-CAT-GCTTATTCAAAATAAAATA-ATACT-AATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT
* ** * * * * * *
221871 CAA-TAAGAGATTTAATAAATAATTTTGTTT-GCTGAACCAGTTAAAATAATTTTGACT
124 -AAGTAA-AGATTTAA-AAATAAATCAGTTTATC-AAAACAATTCAAATAATTTTGACC
** ** * * *
221928 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAAACAAATGTTT-TGTTCTGTCATAAAACAAATGTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGAACT-TTTAT-TT-TGTCATAAAATAATTGTT
* * * * * ** * * *
221992 TTTGTTCAAAT-AAGTTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATGCTTT-GAAAATTAAT
62 TTAGATC--ATCATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTAAAAAATTAAT
* ** * * * * * * *
222055 AAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACCAGTTCAATTAGTTATAACT
124 AAGTAA-AG-ATTTAAAAATAAATCAGTTTATC-AAAACAATTCAAATAATTTTGACC
* * * * * *
222112 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATG-ACTATTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACT-TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTA
* * * *
222176 GTTCAT-ATAGTCTTATTCATAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATA-TTATAAAAATTAATAAG
65 GATCATCAT-G-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAAATTAATAAG
* * * ** ** * * * **
222239 TAATGGATTTAAAAAAAGAATCTG-TTGGCCTAACTAGTGT-AAATAGTTATGATT
127 TAA-AGATTTAAAAATA-AATCAGTTTATCAAAAC-AAT-TCAAATAATTTTGACC
* ** * * ** * ** *
222293 GTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-TACGATTTGCTTTATCAGGAAATAATTGGTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTATTTTGTCATAAAATAATT-GTTTT
* * * ** * * **
222357 -GTTCGTACAAGCTTATTTGAAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-
64 AGATCAT-CATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGT
* * ** * * * * * **
222420 --AGATTTAAAAAATGAATCTG-TTCGCCAAACAAGTTGATATAGTTATGATT
128 AAAGATTT-AAAAATAAATCAGTTTATCAAAACAA-TTCAAATAATTTTGACC
* * *
222470 ATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTATTTTTGTCATAAAA-AAATCTTTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTA-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTT
* * * * * * *
222533 ATATTCGTAGAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACAAATTTCTTCATATTCT-AAAAATTAA-A
64 AGA-TCAT-CATGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATA
* ** * * * * * *
222595 GAGTAAAAAATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATA-AGTTCAAATAGTTATGACT
125 -AGT-AAAGATTT--AAAAATAAATCAGTTTATC-AAAACAATTCAAATAATTTTGACC
* * ** * *
222653 ATTTGAACAATTAT-TTTTTAAAAATTGTTATG-ACTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTT-T
* * * * * * * * *
222716 A-TTCATACAAGCTTAGTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAGACAATTAATAATT
64 AGATCAT-CATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGT
* * * * ** * *
222780 AAAATATTTTAAAAATAAAT-ATGTTTATC-GAACAAGTCCAAATAGTCATAACT
128 -AAAGA-TTTAAAAATAAATCA-GTTTATCAAAACAA-TTCAAATAATTTTGACC
* * * ** * * * * * ***
222833 ATTTGAATAACTATCTACTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCGTTATAAAAAAATTGTACCA-
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAG
*** *
222897 ATTCAT-ATAGGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATGAG
66 A-TCATCAT--GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAG
* * * * ** **
222960 CAAGAGATTTAAAAAATGAATCTA-TTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTGATGATT
127 TAA-AGATTT-AAAAATAAATC-AGTTTATCAAAACAA-TTCAAATAATTTTGACC
* * * * *
223014 ATTTGGACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TA
* * *** ** * **
223079 -TTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAATTTGTTAAGT
65 GATCAT-CATGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGT
** * *** * * * * *
223142 AGAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTTTTTTAATATGTTCAAATAGTTATGACT
128 A-AAGATTT-AAAAATAAATCAGTTTATCAAAACA-ATTCAAATAATTTTGACC
* **
223195 ATTGGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTTATG-ACTTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAAC-TTTTATTTTGTCATAAAATAATTG-TTT
* * * ** * * ** *
223258 TA-TTCAATAAAGCTTATTTGAAATAAAATATTATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATATG
63 TAGATC-ATCATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG
* ** ** * * * * * *
223322 TAAAATATTTAAGAAATAAATTTGTTTA-CCGAGCAAGCTCAAATAGTTATGGCT
127 T-AAAGATTTAA-AAATAAATCAGTTTATCAAAACAA-TTCAAATAATTTTGACC
* * * * ** *
223376 GTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTT-T
* * * *
223440 A-ATTATACAAT-TTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGG
64 AGATCAT-C-ATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG
* * * * ** *
223503 TAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCC
127 TA-AAGATTT-AAAAATAAATCAGTTTATCAAAACAA-TTCAAATAATTTTGACC
* * *
223557 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTG-TTTAT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTA-
* ** * * * *
223621 GTTCATACATAATTATTTAGAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG--
65 GATCAT-CATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTA
** * * * *
223684 -AGATTTAAAAACTAAATCTA-TTTA-CTGAACCATTCAAATAGTTATGACT
129 AAGATTTAAAAA-TAAATC-AGTTTATCAAAACAATTCAAATAATTTTGACC
* * * * * * *
223733 ATTTGAACAATTATCTATCTCAAGTCATTCTGATC-GTTATTTTGTCATAGAAGAATTGTTTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTT
223795 TTTTTCATAT
Statistics
Matches: 2011, Mismatches: 423, Indels: 295
0.74 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
169 35 0.02
170 64 0.03
171 27 0.01
174 1 0.00
175 21 0.01
176 59 0.03
177 89 0.04
178 65 0.03
179 46 0.02
180 260 0.13
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182 87 0.04
183 207 0.10
184 91 0.05
185 10 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAG
ATCATCATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAA
GATTTAAAAATAAATCAGTTTATCAAAACAATTCAAATAATTTTGACC
Found at i:222253 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 221582--223842 Score: 1537
Period size: 181 Copynumber: 12.5 Consensus size: 178
221572 TGATTATTTG
* * * * * * * *
221582 TATTTCAATTTCTTCTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATGTTCAGACAAGT-TTA
1 TATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTATTCATA-AAGTCTTA
* * * * * *
221646 TTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAAAATTATAAAAATTAAT-ACTAATAGATTTAAAAAAA
64 TTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-GGATTT-AAAAAA
* * * * * * * *
221710 TAAATTTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTCTT
126 TAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* *** * * * * * *
221763 TATTTTAAATTGTTATGACATTTTGTTGCATCGTAAAATAGTT-TTTTCACTTCTTGCTAA--CT
1 TATTTCAAATTGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTA-TTCAT--AAAGTCT
* *
221825 TATTCAGAATAAAGTACA-A-TAAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAA
62 TATTCA-AATAAAATA-ATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AAGTAAG-GATTTAA
* * * * * * * *
221886 TAAATAATTTTGTTTGCTGAACCAGTTAAAATAATTTTGACTATTTGAACAATTATC
122 AAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
221943 TATTTCAAATTGTTA-AACAAATGTTTTGTTCTGTCATAAAACAAA-TGTTTTTGTTCAAATAAG
1 TATTTCAAATTGTTATGAC-----TTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATTGTTTTTATTCATA-AAG
* * * * * *
222006 T-TTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATGCTT-TGAAAATTAATAAGTAAGAGAATTA
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* * * *
222069 AAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATT
121 AAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
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1 TATTTCAAATTGTTATGACT-TTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTATTCATAAAGTCTTAT
* * *
222192 TCATAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAATGGATTTAAAAAA-A
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* ** * * *
222256 GAATCTGTTGGCCT-AACTAGTGT-AAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATC
128 -AATTTGTT-TACTAAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * ** * * * * *
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1 TATTTCAAATTGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTATTCATA-AAGTCTTA
* * * * * *
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64 -TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATA
* ** * * * *
222434 AATCTGTTCGCCAAACAAGTTGATATAGTTATGATTATTTGAACAATTATC
128 AATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * * * *
222485 CATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTTGTCATAAAAAAATCT-TTTATATTCGTAGAAG-CT
1 TATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-GTTTTGTCATAAAAAAAT-TGTTTTTATTCATA-AAGTCT
* * * **
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62 TA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA-AGT-AAGGATTT-AAA
** *
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123 AAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
222667 TTTTTAAAAATTGTTATGACTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTA
1 TATTT-CAAATTGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTATTCATA-AAGTCTTA
* * * * * ** *
222731 GTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAGACAATTAATAATTAAAATATTTTAAAAA
64 TTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGT-AAGGATTTAAAAAA
* * * * * * *
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126 TAAATTTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * **** * *
222848 TACTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCGTTATAAAAAAATTGTACCAATTCATATAGGCTTAT
1 TATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTATTCATAAAGTCTTA-
** * * *
222913 TTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATG
64 TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATA
* * * * * *
222978 AATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTGATGATTATTTGGACAATTATC
128 AATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * *
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1 TATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTATTCATA-AAGTCTTA
** * * ** *
223093 TTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAATTTGTTAAGT-AGAAATTTAAAAAA
64 -TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAA
** * * * *
223156 TAAATTTGTTTTTTTTAATATGTTCAAATAGTTATGACTATTGGAACAATTATC
126 TAAATTTG-TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* **
223210 TATTTCAAATAT-TTATGACTTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTATTCAATAAAG-CTT
1 TATTTCAAAT-TGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTATTC-ATAAAGTCTT
* * * * * ** *
223273 ATTTGAAATAAAATATTATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATATGTAAAATATTTAAGAAA
63 A-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AAGGATTTAAAAAA
** * * * * *
223338 TAAATTTGTTTACCGAGCAAGCTCAAATAGTTATGGCTGTTTGAACAATTATT
126 TAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * * *
223391 TATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTAATT-ATACAA-TTTT
1 TATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTT-TTATTCATA-AAGTCTT
* * *
223454 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAA
63 ATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAA
* * * * *
223519 TAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATC
126 TAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** * * * * * *
223572 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTGTTTATGTTCATACA-TAATTA
1 TATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTATTCATAAAGT-CTTA
* * * *
223636 TTTAGAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG--A-GATTTAAAAACTA
64 TTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATA
* * * *
223698 AATCTATTTACTGAACCA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
128 AATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * ** * * * * * * *
223748 TATCTCAAGTCATTCTGA-TCGTTATTTTGTCATAGAAGAATTGTTTTTTTTTCATATAA-ACTT
1 TATTTCAAATTGTTATGACT-TTTGTTTTGTCATAAAAAAATTG-TTTTTATTCATA-AAGTCTT
* *
223811 ATTCGAATTAAGAA-AATACTAATTTAATAATA
63 ATTC-AAATAA-AATAATACTAATTTATTAATA
223843 AAAAATAAAT
Statistics
Matches: 1663, Mismatches: 330, Indels: 179
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 18 0.01
176 81 0.05
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185 2 0.00
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Consensus pattern (178 bp):
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Alignment explanation
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221006 TAGTTCAAAT
* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * *
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* * * * *
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1 GTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *** * *
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* * *
221506 ATT-TAAAAAATTAATAAGT-AGCAGATTT-AAAAATAAATATGTTTATCAAACCAA-TTCAAAT
128 ATTCT-AAAAATTAA-AAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAAT
* * * * * *
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189 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * ** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * ** * ***
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1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * *
221795 GTAAAATAGTT-T-TTTCACTTCTTGCTAA-CTTATTCAGAATAAAGTACA-A-TAAATTTATTA
66 ATAAAAAAATTGTATTT-A-TTCAT-ATAAGCTTATTTAAAATAAAATA-ATACT-AATTTATTA
* * * * * * * *
221855 ATATT-TCAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAATAAATAATTTTGTTTGCTGAACCAGTTAAAAT
126 ATATTCTAAAAATTAA--AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAAT
* * * *
221918 AATTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA-AACAAATGTTTTGTTCTGTCATAA
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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65 CATAAAAAAATTGTATTTATTCATATAAG-CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* ** * *
222222 TTATAAAAATTAATAAGTAATG-GATTTAAAAAA-AGAATCTGTTGGCCTAACTAGTGT-AAATA
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* * * * * * ** *
222284 GTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACGATTTGCTTTATCAGGAAATAA
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* * * * *
222349 TTGGTTCTGTTCGTACAAGCTTATTTGAAATAACATAAT-TCTAATTTATTAATATTTTGAAA--
254 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTAGAAATT
* * **
222411 ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTCGCCAAACAA
318 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA
* * * * * *
222452 GTTGATATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTTGT
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGT
* * * * * *
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* * * *
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128 ATTCTAAAAATTAAA-AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG
* * *
222645 TTATGACTATTTGAACAATTAT-TTTTTAAAAATTGTTATGACTTTTTTTTTGTCATAAAACAAT
191 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATTGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * *
222709 TGTTTCTATTCATACAAGCTTAGTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAGACAATTA
255 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAGA-AATTA
* * * * * * *
222774 ATAATTAAAATATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACAA
319 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA
* * * * * * ** * *
222815 GTCCAAATAGTCATAACTATTTGAATAACTATCTACTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCGTT
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
*** * **
222880 ATAAAAAAATTGTACCAATTCATATAGGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
66 ATAAAAAAATTGTATTTATTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
222945 CTAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTGAT
131 CTAAAAATTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * *
223010 GATTATTTGGACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
195 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * **
223075 TCTATTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCA-AAATTTGTT
259 TCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAGAAA-TTAAT
* * **** * *
223138 AAGT-AGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTTTTTTAATAT
321 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTTACCAAACAA
* * *
223177 GTTCAAATAGTTATGACTATTGGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTTATGACTTTTTATTTTGT
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGT
** * * * *
223241 CATAAACCAATTGTTTTTATTCA-ATAAAGCTTATTTGAAATAAAATATTATTAATTTATTAATA
65 CATAAAAAAATTGTATTTATTCATAT-AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * *
223305 TTCCAAAAATTAATATGTAAAATATTTAAGAAATAAATTTGTTTACCGAGCAAGCTCAAATAGTT
129 TTCTAAAAATTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * **
223370 ATGGCTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTG
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** ** * *
223435 TTTCTAATT-ATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA
257 TTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAGAAATTAA
* *
223499 TAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA
320 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA
* * *
223539 GTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * *
223604 GTAAAATAATTGT-TTATGTTCATACATAA--TTATTTAGAATAAAATAATACTGATTTATTAAT
66 ATAAAAAAATTGTATT-TATTCAT--ATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
223666 ATTTTAAAAATT--AA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACTGAACCA-TTCAAATAGTT
128 ATTCTAAAAATTAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * ** * * * * *
223727 ATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAGTCATTCTGA-TCGTTATTTTGTCATAGAAGAATTG
193 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * * * * *** *
223791 TTTTTTTTTCATATAAACTTATTCGAATTAAGAA-AATACTAATTTAATAATAAAAAATAAATGT
257 -TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAA-AATAATATTAATTTATTAAT-ATTTAGAAAT-T
** ** * * * ** * ** * *
223855 GTTTTGCCGAACCAG-TTCAAATAGCTAAGAT-TACTAGAACAATTATCTA
318 AATAAG--TAA-GAGATTTAAA-AAATAA-ATCT-GTTTACCAA--A-CAA
* * * * * ** ** *
223904 TTTCAAATTA-TTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAAT-TATTTCATTTCA-TACT-AGC--
1 GTTCAAA-TAGTTATGA-C---TATTT-G--A-ACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TGACCTT
* ** * ** **
223963 TT-ATTTGGAATAAAAAAATT-TAATTTATTAACATTAGAAAAATTAATAAACAAGAGATTTTAA
56 TTGTTTTGTCATAAAAAAATTGT-ATTTATT--CA-TA-TAAGCTT-AT--TTAA-A-A---TAA
* * * * * * * *
224026 AAAAATA--AATCTGTT--TA-TC-AAACAAGCTTAAATAGATATGACTATTTGAATAAT-TATC
108 AATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA-AA--TTAAA-AG-TAAGA-GATTTAAAAAATAAATC
* ** * **
224084 TATTT----AA-AA--TC-----GTTATGACCT-TTTG---TTTTATC-A--T-AAAATAAT-TG
167 TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
** * * * * * * * **
224128 -CTTCAG---T-TCATAAAA-ACTTATTTGAAATAAAATAATACTA-CTT-TATTGATATTTCAA
231 ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT---CT--ATTCATACAAGCTTAT-TTGA-AATAAAA
** * * * * * * **
224185 -AA-ATT-A-TTAGGGAAGAGATTTAAAAACTAA-AATTGTTTTTCGAACCAG-TTCAGATAGTT
289 TAATATTAATTTA--TTA-ATATTTAGAAATTAATAA--G----T--AA-GAGATTTA-AAAAAT
* * * *
224244 ACAA-CTATTTGAACAAATATC
341 A-AATCTGTTT-ACCAAACA-A
* * ** * *** ** *
224265 GATCTCAAATCA-TTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAAAAAT-TGTTTTTGATCA-TACAAGC--
1 G-T-TCAAAT-AGTTATGA-C--T-ATTTG--A-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * ** * * ** ** *
224325 TT-ATTCG-GATAAAAATAATACTAATTTAATAATAT-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
56 TTGTTTTGTCATAAAAA-AATTGT-ATTTATTCATATAAGC-TTATTTAA-AA-TAA-A-A--TA
* ** * * * * * * *
224387 A-A-AAATAAATGT-GT-TTGCCAAATCAGTTCAAATGGTTAAGA-CTATTAGAATAAT-TATCT
112 ATACTAATTTAT-TAATATT-CTAAA--AATT-AAA-AG-TAAGAGAT-TTA-AAAAATAAATCT
* * * ** * ** * * * * * **
224446 ATTT--CAAATC-A-TTCTAA-CCTTTTGTTTAGTCAT-AA-AATAAT-TGTCTC-AGTTCATA-
168 GTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTA-T-TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * ** * * ** * ** *
224501 CAATTTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATT-TATTAACATTCAA--AAAATT--AATAAGCAA
230 GACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT--TGTTTCTATT--CATACAAGCTTATTTGAAATAA--AA
* * * *** * * * * * *
224560 GAGTGTTGAAAACATAAATCCTTTTATCAAA-TAAGTTCAAATAGTAATGATTATTTGAACAAT-
289 TAATATT-AATTTATTAAT--ATTTA-GAAATTAA--T---A-AGTAA-GA-GATTTAAAAAATA
* *
224623 TATCTATTTA--AAATC-A
342 AATCTGTTTACCAAA-CAA
* * * * * ** * * ** * *
224639 -TT-ATGA-ACTTTTGA-T-TTGTCATAAAACAAT-TGTTTCAATTCA-TAAAAGC-----TTAT
1 GTTCA-AATAGTTATGACTATT-TGA-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* ** * ** * * ** **
224692 -CCA-AAATAAAATACTACTTTATTACTATTTCAAAAATTA-ATAAGAAGAGATTTAA-AAAAAT
63 GTCATAAA-AAAATTGTA-TTTATT-C-ATAT--AAGCTTATTTAA-AATA-AAATAATACTAAT
** * * *
224753 AAATCAAT-TTACTAAACAATTCAAA-TAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-
120 TTATTAATATT-CTAAA-AATTAAAAGTAA-GA--G--ATTT-AA-AA--A---A--T-AAATCT
*** ** *** * * ** * *
224815 GTTATTACCTTTCATTTTCTCATAA-AACAATTG--TTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAA--
168 G-T-TTACCGAACA-AGT-TCA-AATAGTTA-TGACTATTTGAACA-ATTATC-TATTTCAAATT
* ** * * ** * * * * *
224875 -TAAAAACATTATTACCTTTCATTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTCA-ACCTACAAGCTTATTT
225 GTTATGAC-TT-TT--GTTT--TGTCATAAAA---CAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTT
* * * * * *
224938 GAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTT--CAA-GAATTAGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT
280 GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAGAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* *
225000 TTGTTTACCAAACTA
345 CTGTTTACCAAACAA
* * * *
225015 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTCTAT
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
225079 CATAAAATAA-T-TATTTATGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTAATAAT
65 CATAAAAAAATTGTATTTA--TTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* ** * * ** * * **
225142 ATTAC-GAATGTTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGCCAAACCAA-TTCAACCA
128 ATT-CTAAAAATT-AAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATA
* * * * *
225205 ATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTGTTTTGTCATAAGAC-AT
190 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * *
225269 TATTTC-AGCTCATACAAGTTTATTT-AGAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCA-AAAT
255 TGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AGAAA-
* * * *** *
225331 TTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTATTGAACCA
316 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA
* * * ** * *
225375 GCTCAAATAAG-TATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTA-CTTTTCGTTTTA
1 GTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTG
* * * * * * * *
225438 TGATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATA
64 TCATAAAAAAATTGTATTTATTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * * *
225503 TT-TAGAAAATTATTCAGTAAGAGATTTCAAAAACAAATCTTTTTACCAAACCATTTCAAATAGT
129 TTCTA-AAAATTA-AAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * * *
225567 TTTGGCTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCATCAAATAATT
192 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * ** ** * * *
225632 GGTTCTATTCTTGCTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCA-AAACTTA
256 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAGAAA-TTA
** ** * * ** * * *
225696 ATAACCAAGA-AAATAAGAAATAAATTTAATTGCGAAACCA
319 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA
* * * * **
225736 GTTCAAATAATTAAGACT-TTATGAACGATTATCAATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
1 GTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *** * *
225800 CATAAAGCAACATT-T-TTTATTCGTATAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACAAATTTAATAAT
65 CATAAA--AAAATTGTATTTATTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * * *
225863 ATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTGAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTTATATGG
128 ATTCT-AAAAATTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG
* * * * **
225927 TTAAGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTCAGTCATAAAACAA
191 TTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* ** * * * *
225991 TTGTTT-AAGTTCATACAAGCTTATCCGAAAT-AAATCAATACTAATTTA-TCATCATTAAAAAA
254 TTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT-AATATTAATTTATTAAT-ATTTAGAAA
* * *
226053 TTAATACA--AAGGAGATTTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAA
316 TTAATA-AGTAA-GAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA
** * * * * ** * *
226098 GTTCAAATAGTTATTCCTATTTGAATAATTGTCTATCTAAAATTGTTATAACCATTTGTTTTGTC
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * ****
226163 ATAAAACAATTGT-TTTAGCTAATACAAGCTTATACGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
66 ATAAAAAAATTGTATTTA-TTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
* ** ** ** *
226227 TTCT-AAAATT--AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATTAGTAAAAATAATTA
129 TTCTAAAAATTAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * *
226288 TGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTG
194 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-C-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * *
226353 CTTT-TGA-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTA
257 -TTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AGAAATTA
* * * *
226416 ATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCA
319 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA
* ** * * * * *
226457 TTTTGAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTC
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * **** * *
226521 -TAAAATAA-T-TATTTGTGATCATAGAAGCTTA-TTCGGTTAAAAATAATACTAATTGAATAAT
66 ATAAAAAAATTGTATTTAT--TCATATAAGCTTATTTAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAT
* ** *
226582 ATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATGTGTTT-CTTAAACTAGTTCAAATAG
128 ATTCTAAAAATTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CGAACAAGTTCAAATAG
* ** * * * * * *
226645 CTAAAACTATTAGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAAC--AT-TTTT-TAATAAAA-AATT
191 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * *
226705 ATTTATTTAATATCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAGTAAT-TCGAATATATT-ATCATTCATA
256 -GTT-TCT-AT-TCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATAT-TAATTTATTAAT-ATT--TA
* * * ** **
226767 -AAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACTTATTAA
312 GAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA
* * * **
226815 GCTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTA-CTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * **
226879 CATAAAACAA-T-CATTTAGTTCA-AAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
65 CATAAAAAAATTGTATTTA-TTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* *
226941 TT-TCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTCAT-TTT-CTGAACCAA-TTCAAAT
129 TTCT-AAAAATTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TC-TGTTTACCGAA-CAAGTTCAAAT
* * * **
227002 AGTTACT-ACTATTTGGACAATTGTAC-ATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
189 AGTTA-TGACTATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * ** *
227065 CAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTAATTGAGATAAAATAATAACAATTTATTAATATTCTAAAA
251 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAGAA
* * * * * *
227130 ATTGATAAGTAAGTGATTTAAATAGTGAATCTATTTACCAAATC-A
315 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAA
* * * * * * * * *
227175 GTTTAAATAATTATGGCAATTTTAACAATTATCTATTTCATAGCGTTATGAACTTCTT-TTTTGT
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT-TTGTTTTGT
* * * *
227239 CATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
65 CATAAAAAAATTGTATTT-ATTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
*
227303 TT-TCAAAAATT--AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCG---AA---C---TAG-T
129 TTCT-AAAAATTAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT
* ** * ** * * * * * *
227354 -T-CCTATTTGAGTAATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTCTGTTATAAAATAATAG
193 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
** ** * * *
227417 TTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTAATAATATTCCAAAAATTAA
257 TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAGAAATTAA
* * * ** *
227481 TAACTAAGAGATATAAAAAATAAATCTACTTGT-TGAAGCAA
320 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTT-TACCAAACAA
* * * ** **
227522 -TTCAAACAATTAAGACTACATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** * * * ** *
227586 ATCAAACAATCAT-TTTAGTC-CAT-A-CATATTCGAAAT--AA-AATACAAATTTATTAATATT
66 ATAAAAAAATTGTATTTATTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * ** * * * * * * * **
227644 -TCAAAATT-TAA-TAATTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTATCGAATCATGTT-AAAAAATCGT
131 CTAAAAATTAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT
* * * ** * * ** ** *
227705 G-GTCATTTCAACAATTATCAATTTCAAATCATTATTACCTTTTATTCGGTCATGTAACAAATGT
195 GACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * * *
227769 TTTTGA-TCATTCAAGCTTATTTGGAATAAAATTATACTAATTTATTAATCTTTCA-AAA--ATT
258 TTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AGAAATTAAT
* *
227830 AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCA
321 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA
* * * * * ** * * * *
227868 GTTCAAATAGTTATGACTATTTCAATAATTGTATACTTCAAATTGTTATAACCTTATGCTTTATC
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
227933 ATAAAACAATT-TTTTCTGTTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATAATAATAT
66 ATAAAAAAATTGTATT-TATTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* ** * * *** * *
227997 T-TAAAAAATTAATAACTACTAGAATT-AAAAATAAATTTGTTTGTTGAACTAGTTCAAATATTT
130 TCT-AAAAATTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT
** * * *** ** * * *
228060 AAAACTGTAAT-AACAATTATCTATTTCAAAACATTATGATCTTTTGTTCCG-AAT-AAGC--TA
193 ATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * ** * * * * * * * **
228120 GTAT-GAAT-AGAAAATTTTGTTTTATCATAAAACAAAATT--TTCTATTCATA-CTAGCTTATT
256 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATATTAATT-TATTAATATTTAG-AAATT
* * ** * ** ***
228180 CGGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAA-AAAT-TAATAAGTAAGGGA
318 ---AAT-AAGTAAGA-G-ATTTA--AA-A----AATAAATCTGTTTACCAAACAA
* * * * * * * * * * * *
228233 TTTAAAAAAATTAAT-TCT-TTTTACCCA--A-CCAATTCAAATAATTATGA-C---T-ATTTG-
1 GTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* ** * * * * *** * ** **
228287 -A-ACAATTA-TCTATTTTAAATCAT-TATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGT
65 CATAAAAAAATTGTA-TTT-ATTCATATAAG-C---TT-ATTTAAAATAAAA-TAATACTAAT-T
* * * * * *** * * * *
228348 TCATATAAGT-TTGTTCAGAA-T-AAAGT-A-ACA-CTAATCTATTAATAT-TTTGAAAACTAA-
121 T-AT-TAA-TATT-CTAAAAATTAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT---ACCGAAC
* ** * * * * *
228405 AGAGATTTAAA-AAATA-AATCTATTT-ATCAA--A-CTAGTTCAAATAGTTATGAC-----TAT
179 A-AG-TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTGTTT
* * ** * * * * ** * ** * **
228459 T-TAACAAATTATTTATTTCAAATCATTATGGC-ATTTTTTTCTGCTAT-AAACAATATTTTTGT
241 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA-TA---CAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATATTAAT-T
* * ** * * *
228521 TCATACAAGCT-TATTCG-AATTACAATAA-TACTA-ATTTATTAATACTAATAAATATGTATAT
300 T-AT-TAA--TAT-TTAGAAATT--AATAAGTAAGAGATTTA--AA-A--AATAAATCTGTTTAC
** *
228582 TGAACTA
353 CAAACAA
* * * * *
228589 GATCAATTAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGT
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGT
* * ** * *
228654 CATAAAAAGAATTGT-TTCAATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACCAATTTATCAAT
65 CATAAAAA-AATTGTATT-TATTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* ** * * * * * *
228718 ATTTTGGAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTA-CTAGACAAGTTTAAATAA
128 ATTCTAAAAATTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA-ACAAGTTCAAATAG
* * * * * *** * * *
228782 TTATCACAATTTGAATAATTATTTATTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAAT
191 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * *
228847 TTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTAAGACAATTA
255 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAGA-AATTA
* * * *
228912 ATAAGTAAAATATTTAAAAAAT-AATCTGTTTATCGAACAA
319 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA
* ** * * *
228952 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGCC
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * * * * *
229017 TTACAATAATTGT-TTCTGTTCATACAAGGTTACTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATAT
66 ATAAAAAAATTGTATT-TATTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* *** * * * *
229081 TTTGGCAATTAATAAGT-AGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTGAAATAGTC
130 TCTAAAAATTAA-AAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * ** *
229145 ATGACAATTTTAATAATTAACTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTG
193 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * *
229210 TTT-TAGTTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAA
257 TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAGAAATTAA
* * * *
229274 TAAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATCTGTTTA-CGAACTAT
320 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AA
* * * *
229314 GTTCAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTTAAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGT
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * ** **
229378 CACAAAATATTTGT-TTTCGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAAT
65 CATAAAAAAATTGTATTT-ATTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * * * * *** **
229441 ATTCCAAAAATT--AATTAA-AAATTTTAAAAATAAATCTGTTTTCTTTACACTTTCAAATAGTT
128 ATTCTAAAAATTAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * * * * *
229503 ATGATTATTTAAACAATTTTCTATTTCAAATCGTTATCACAATTTGTTTTATAATAAACCAATTA
193 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * *
229568 TTTCTGTTCATAAAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAAATTTCAAAAATTA
257 TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATT-AATATTT-AGAAATTA
* * * * * *
229632 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAACAAATCTGTTTATCGAGCGA
319 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA
* * * * ** * *
229673 GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTACTTCAAATTGTTATGATCTTTTATTTTGTC
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
229738 ATAAAACAATTGCT-TCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
66 ATAAAAAAATTG-TATTTATTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * **
229802 TACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTT-AAAAATAAGT-TAGTTTATTGAAT
130 T-C--TA--AA-AATT--AAAA--G-T-A---AGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCGAA-
* * * ***
229865 C-ATTTCAAATAATTATGGCTATTT-AACAATTA-CTATTTC-AAGCATTATGAACTTTTGTTTT
178 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG-ACTTTTGTTTT
* * * * *
229926 ATCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATAAAAGCATATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTA
242 GTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTA
* * * *
229989 ATATTTTAAAAATTAATAAGT-AGTAGATCTAAAAAGTAAATCTGTTTACCGAAC--
305 ATA-TTTAGAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA
* * * * ** *
230043 ---C---------T--CTATTTGAATAATTATATATTTC-AACCATTATAACCTTTTGTTTCATT
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * **
230093 ATAAAATAATTGT-TTTAGTTCATACAAG-TTTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTCAAAAATA
66 ATAAAAAAATTGTATTTA-TTCATATAAGCTTATTT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * ** * * *
230156 TTTTAAAAATGAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTT-GCTAAAACAGTTCAAATAGT
129 TTCTAAAAATTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA-AGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
230220 TAAGACTCTATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCCTTTGTTTTATCATAAAATAATT
192 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * ** * * *
230285 GTTTC-AGTTCATGCAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTA
256 GTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AGAAATTA
* ** * * ** *
230349 ATAAGTAAGTGATTTAAAATGTGAATATGTTTATTGAATCAA
319 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAA
* * * * * * * * * *
230391 -TTGAAAAAATAATGGCCATGTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTT-TTTTGGT
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-GT
* * * * ** *
230454 AATATAACAATTGT-TTT-TTAACAT-TCAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAAGTTATTAA
65 CATAAAAAAATTGTATTTATT--CATAT-AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * **
230516 TTTTC-AAAAATT--AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATTAGTTCAAATAGT
127 TATTCTAAAAATTAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
* * * ** * ** * * **
230577 TATAACTGTTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCATTAT-ATCCTTTTGTTCTATCATAAAATGAT
192 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA--CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * ** * * * * *
230641 TATTTTTGTTCATACTAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTA
255 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAGAAATTA
* * * * * *
230706 ATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTTTTTACCGAACTA
319 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA
* * * * * *
230747 GTTCAAATAGTTAAGAATATATGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTAAGACCTTTTTTTTTTGT
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGT
* * * * * *
230811 CATAAGACAATT-TTTTTAATTCATACT-AGCTTATTCAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAA
65 CATAAAAAAATTGTATTT-ATTCATA-TAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * * *
230873 TATT-TCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAGTTCAAATA
127 TATTCT-AAAAATTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATA
* * * * * *
230937 ATTATAACTATTTTAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAA
190 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * * * *
231002 ATGTTTTTGTTCATATAA-CTTTGTTTGGAATAAAAACAATACTAATCCTATTAATATTTCA-AA
254 TTGTTTCTATTCATACAAGC-TTATTTGAAAT-AAAATAATATTAAT-TTATTAATATTT-AGAA
* *
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* *
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1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
231139 TTACTTCAGA
Statistics
Matches: 7230, Mismatches: 1823, Indels: 1415
0.69 0.17 0.14
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (359 bp):
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TATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAGAAATTAATAAGTA
AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA
Found at i:223303 original size:543 final size:535
Alignment explanation
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* * * * * *
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* * * * *
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* ** * * * *
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** * * * * * * * *
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* * * **** * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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**** * * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * * * * * * * * *
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193 AA--CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTT-TAGTCATAAAAAAATT
* * * * * ** * *
221806 TTTTCACTTCTTGCTAA-CTTATTCAGAATAAAGTACA-A-TAAATTTATTAATATT-TCAAAAT
255 GTTCCAATTCATAC-AAGCTTATTTGGAATAAAATA-ATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAAT
** * * * * ** * * * * *
221867 TAATCAATAAGAGATTTAATAAATAATTTTGTTTGCTGAACCAGTTAAAATAATTTTGACTATTT
317 TAAT-AGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT-AGTATGATTATTT
** * * * * * *
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380 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC----CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * *
221996 TTCA-AATAAGTTTGTTT-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATGCTTT-GAAAATTAATAAG
441 TTCATAA-AAGCTTATTTAG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAAT-ATTTCAAAAATTAATAAG
*
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502 -AAGA-AATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CA
* * * * * *
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1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACTTTTTATTTTGTC
* * * * * **
222159 ATAAAAAAATTATTTTTGTTCATA-TAGTCTTATTC-ATAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATA
65 ATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAG-CTTATTCGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATA
* *** * * ** * * ** *
222222 TTATAAAAATTAATAAGTAATGGATTTAAAAAAAGAATCTGTTGGCCTAACTAGTGTAAATAGTT
128 TT-TAAAAATTAATAATTAAAATATTTAAAAATA-AATGTGTTTACCGAACAAGTCCAAATAGTC
* * * * * ** ** *
222287 ATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACGATTTGCTTTA-TCAGGAAATAATT
191 ATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAAAAATT
** * * * * * *
222351 GGTT-CTGTTCGTACAAGCTTATTTGAAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTA
255 -GTTCCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA
* ** * *
222415 AT---AAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTCGCCAAACAAGTTGATATAGTTATGATTATTTGAA
319 ATAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TATGATTATTTGAA
* * * * * *
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383 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTATTCAT
* * * * *
222541 AGAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACAAATTTCTTCATA-TTCTAAAAATTAA-AGAGTAAAA
446 AAAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA-AG-AAGA
* *
222603 AATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATAA
506 AATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CA
* * *
222635 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TTTTTAAAAATTGTTATGACTTTTT-TTTTGT
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAA-TATTATGACTTTTTATTTTGT
* * *
222698 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAGTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATAT
64 CATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * *
222763 TTAGACAATTAATAATTAAAATATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTCCAAATAGTCA
129 TTA-AAAATTAATAATTAAAATA-TTTAAAAATAAATGTGTTTACCGAACAAGTCCAAATAGTCA
* * * * * * *
222828 TAACTATTTGAATAACTATCTACTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCGTTATAAAAAAATTGT
192 TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATTGT
* * *
222893 ACCAATTCATATAGGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATG
257 TCCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-
* * *
222958 AGCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTGATGATTATTTGGACA
321 AGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGT-ATGATTATTTGAACA
* *
223023 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
385 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAA
* * * ** *
223088 GCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAATTTGTTAAGTAGAAATTTAAA
450 GCTTATTTAGAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAAATTTAAA
** * *
223153 AAATAAATTTGTTTTTTTTAATA
514 AAATAAATTTG-TTTACTGAACA
*
223176 TGTTCAAATAGTTATGACTATTGGAACAATTATCTATTTCAAATATTTATGACTTTTTATTTTGT
1 -GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATA-TTATGACTTTTTATTTTGT
* * *
223241 CATAAACCAATTGTTTTTATTCAATA-AAGCTTATTTGAAATAAAATATTATTAATTTATTAATA
64 CATAAAACAATTGTTTTTATTC-ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
* * *
223305 TTCCAAAAATTAAT-ATGTAAAATATTTAAGAAATAAATTTGTTTACCGAGCAAG-CTCAAATAG
128 TT-TAAAAATTAATAAT-TAAAATATTTAA-AAATAAATGTGTTTACCGAACAAGTC-CAAATAG
* ** * * * * * ** *
223368 TTATGGCTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TAGTTATGATCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAA
189 TCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA-TTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAA
* ** *** *
223432 TTGTTTCTAATT-ATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAAT
253 TTG-TTCCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAT
* * *
223496 TAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATG-TCCATT
317 TAATA-GCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGT-ATGAT-TATT
* * * *
223560 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTGTTTATGTTC
379 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* *
223625 ATACATAA--TTATTTAGAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-AG-
444 ATA-A-AAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGA
* * *
223686 -ATTTAAAAACTAAATCTATTTACTGAACCA
506 AATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CA
* * * **
223716 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAGTCATTCTGA-TCGTTATTTTGTC
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACTTTTTATTTTGTC
* * * * * *
223779 ATAGAAGAATTGTTTTTTTTTCATATAAACTTATTCG-AAT----T-A-A--GA---A--AATA-
65 ATAAAACAATTG-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * *
223829 CT---AATT--TAA-T--AATA---AAAAATAAATGTGTTTTGCCGAACCAGTTCAAATAG-C-T
129 TTAAAAATTAATAATTAAAATATTTAAAAATAAATGTG-TTTACCGAACAAGTCCAAATAGTCAT
* *
223881 AA-GATTACTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATT
193 AACTATT--T-GAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATT
* * * * * * * **
223945 ATTTCATTTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAAAAAT-TTAATTTATTAACATTAGAAAAATTAA
255 GTTCCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA
* * *
224009 TAAACAAGAGATTTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGCTT-AAATAGATATGACTATTT
320 T-AGCAAGAGA-TTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG-TTCAAATAG-TATGATTATTT
* * * * * *
224073 GAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGCTTC-AGTTC
380 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTC
* * * * *
224137 ATAAAAACTTATTT-GAAATAAAATAATACTACTTTATTGATATTTCAAAAATTATTAGGGAAGA
444 ATAAAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGAAGA
* * * *
224201 GATTTAAAAACTAAAATTGTTT-TTCGAACCA
506 AATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAA-CA
* ** * * * * *
224232 GTTCAGATAGTTACAACTATTTGAACAAATATCGATCTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTGTC
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACTTTTTATTTTGTC
* * * *
224296 ATAAAAAAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCG-GATAAAAATAATACTAATTTAATAATA
65 ATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATA
* * * * * * *
224359 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAATC-AGTTCAAATGGT
128 TTT-AAAAATTAATAATTAAAATATTT-AAAAATAAATGTGTTTACCGAA-CAAGTCCAAATAGT
* * * * * *
224423 TA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAAT
190 CATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAAT
* ** ** * *
224487 TG-TCTCAGTTCATACAATTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATT
254 TGTTC-CAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT
* * *
224551 AATAAGCAAGAG-TGTTGAAAACATAAATCCT-TTTATCAAATAAGTTCAAATAGTAATGATTAT
318 AAT-AGCAAGAGAT-TT-AAAAAATAAAT-CTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGT-ATGATTAT
* * * *
224614 TTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATT
378 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
** * * * * *
224679 CATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT-A-CTACTTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAGAAGAGA
443 CATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAAA
*** *
224742 TTTAAAAAAATAAATCAATTTACTAAACA
508 TTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACA
* * * * * * * * *
224771 ATTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTCATTTTCTC
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACTTTTTATTTTGTC
* * *
224836 ATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTTGAAATAAAA-ACATTATTACCTTTCATT-
65 ATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATA-A-TATTA-ATTT-ATTA
* * * ** * * ** *
224898 TTGTCATAAACCAATTGTTTTTCAACCTACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAG-TTA-T
125 ATAT-TTAAA--AA---TTAAT-AA-TTA-AA--ATATTT---A-AAAATAA-A-TGTGTTTACC
* * ** * ** * * * * * * * *
224961 TAATATTTCAAGAATTAGT-AGGA-GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTT-TAA-A
173 GAACAAGTCCA-AA-TAGTCATAACTATTTGAACAAT-TATCTATTT--CAAATTA-TTATAACC
** * ** * * * * * * **
225022 TAGTTATGACTA-T-TTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAA
232 T--TT-TGTTTAGTCAT-AA-AAAAAT-TGTTCCAATTCA--TACAAGCTTAT-TTGGA--ATAA
* * * * ** ** *
225084 AATAATTATTTATGTTCATACAAGTTTATTC--AAAATAAAATAATATTA-ATTTAATAATATTA
286 AATAA-TACTAAT-TT-AT-TAA---TATTCTAAAAAT-TAATAGCAAGAGATTTAA-AA-AATA
* * * * * * * * * * *
225146 CGAA--TGTTCATAACTAA-GAGATTTAAAAAATA-AATCCATTTGCCAAACCAATTCAACCAAT
341 --AATCTGTT--TACCAAACAAG-TTCAAATAGTATGAT-TATTTG---AA-CAATT-ATCTATT
* * ** ** *
225207 T-AAGA-C-TATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGT--TATGACCTTTGTTTTGTCATAAGAC
395 TCAA-ATCAT-TATG-AC-CTT-T-T-GTT----TTGTCATAAAACAATTG-TTTCT-AT-----
* * * *
225267 ATTATTTCAGCTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAATT
442 ------TCA--T-A-A-AAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * *
225332 TTATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTATTGAACCA
495 TAATAAG-AAGAAATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACTGAA-CA
* * * * * ** *
225375 GCTCAAATAAG-TATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTCGTTTTAT
1 GTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATGACTTTTTATTTTGT
* * * * * * * *
225439 GATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATAT
64 CATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * * * * * * * * * * **
225504 TTAGAAAATTATTCAGTAAGAGATTTCAAAAACAAATCTTTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTT
129 TTA-AAAATTAATAATTAAAATATTT-AAAAATAAATGTGTTTACCGAACAAGTCCAAATAGTCA
** * ** * * * *
225569 TGGCTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCATCAAATAATTGG
192 TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATT-G
* * * * ** *** * * *
225634 TT-CTATTCTTGCTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAACTTAAT
256 TTCCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
* ** * * ** * * * * * *
225698 AACCAAGA-AAATAAGAAATAAATTTAATTGCGAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTT-TATGAA
321 -AGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT-AGTATGA-TTATTTGAA
* * ** * *
225761 CGATTATCAATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAACATT-TTT-TATTCGT
383 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-A-ATTGTTTCTATTCAT
* ** * *
225824 ATAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGA
446 AAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAGAA-A
* **
225888 TTTGAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCA
508 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CA
* * * * * * * * * **
225917 GTTTATATGGTTAAGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTCAGT
1 GTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACTTTTTATTTTGT
* * * *
225981 CATAAAACAATTG-TTTAAGTTCATACAAGCTTATCCGAAAT-AAATCAATACTAATTTA-TCAT
64 CATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT-AATATTAATTTATTAAT
* * * *
226043 CATTAAAAAATTAATACA--AAGGAGAT-TTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAA
127 -ATTTAAAAATTAATA-ATTAA--A-ATATTT-AAAAATAAATGTGTTTACCGAACAAGTCCAAA
* ** * * * * * * * *
226105 TAGTTATTCCTATTTGAATAATTGTCTATCTAAAATTGTTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAAC
186 TAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAA
** ** * **
226170 AATTGTTTTAGCTAATACAAGCTTATACGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAA
251 AATTGTTCCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAA
* * ** ** * ***
226234 ATTAAT---AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATTAGTAAAAATAATTATGGCCATT
315 ATTAATAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT-AGTATGATTATT
* * *
226296 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGCTTT-TGA
379 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCT-A
* * * *
226360 -TCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAACTA
441 TTCATAAAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GA
* *
226423 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCGAACCA
503 AGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAA-CA
* ** * * * * * *
226457 TTTTGAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATCTCAAATCGTTATGA-TCTTTGTTTTGTC
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACTTTTTATTTTGTC
* * * * ** * * *
226521 -TAAAATAATTATTTGTGA-TCATAGAAGCTTATTCG-GTTAAAAATAATACTAATTGAATAATA
65 ATAAAACAATTGTTT-TTATTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATA
* * * ** * *
226583 TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATGTGTTT-CTTAAACTAGTTCAAATAG-C
128 TT-TAAAAATTAATAATTAAAATATTTAAAAATAAATGTGTTTAC-CGAACAAGTCCAAATAGTC
* * * * * *
226646 TAAAACTATTAGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAA-CATTT-TTTA---ATAAAAAATTA
191 -ATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAA--A
** ** * * * *
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253 TTGT-TCCAAT-TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCTA-AA
* * ** ** * *
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314 AATTAAT-AGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TATGATT
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226833 ATTTGAACAATTA-CTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TCATT-T
376 ATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
** *
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440 A-TTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-
* ** *
226959 AAGAGATTTAAAAAATAAATTCATTTTCTGAACCA
502 AAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CA
* * * * * *
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1 GTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAAT-ATTATGACTTTTTATTTTG
** * * **
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* * * * * * * * **
227121 ATTCTAAAAATTGATAAGT-AAGTGATTTAAATAGTGAATCTATTTACCAAATC-AGTTTAAATA
127 ATT-TAAAAATTAATAATTAAAAT-ATTTAAA-AATAAATGTGTTTACCGAA-CAAGTCCAAATA
* * ** * * * *** * *
227184 ATTATGGCAATTTTAACAATTATCTATTTCATAGCGTTATGAA-CTTCTT-TTTTGTCATAAAAC
188 GTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTAT-AACCTT-TTGTTTAGTCATAAAAA
* *
227247 AATTGTTTTTC-A-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAA
251 AATTG--TTCCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AA
* * **
227309 AAATTAAT---AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-C---C--G---AACTAGT-T-CCTAT
313 AAATTAATAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTATGATTAT
** * * * * * * *
227360 TTGAGTAATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTCTGTTATAAAATAATAGTTTC-AGT
378 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-T
* * * * * * *
227424 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAG
442 TCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GAAG
* * * ** **
227489 AGATATAAAAAATAAATCTACTTGTTGAAGCA
505 AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CA
* * * * ** * * *
227521 ATTCAAACAATTAAGACTACATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATGACTTTTTATTTTGTC
* ** * *
227586 ATCAAACAA-TCATTTTAGTCCATAC-A---TATTCGAAATAAAAT-ACA--AATTTATTAATAT
65 ATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * * * * * * * *
227643 TTCAAAATTTAATAATT----GATTTAAAAAGTGAATCTATTTATCGAATCATGT-TAAAAAATC
129 TT-AAAAATTAATAATTAAAATATTTAAAAA-TAAATGTGTTTACCGAA-CAAGTCCAAATAGTC
* ** * * * * * ** * *
227703 GT-GGTCATTTCAACAATTATCAATTTCAAATCATTATTACCTTTTATTCGGTCATGTAACAAA-
191 ATAACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTAGTCAT-AAAAAAAT
*** * * *
227766 TGTTTTTGA-TCATTCAAGCTTATTTGGAATAAAATTATACTAATTTATTAATCTT-TCAAAAAT
254 TG-TTCCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAAT
* * * *
227829 TAAT---AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTC
317 TAATAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TATGATTATTTG
* * * * ** * * * * * *
227891 AATAATTGTATACTTCAAATTGTTATAACCTTATGCTTTATCATAAAACAATTTTTTCTGTTCAT
381 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * * *
227956 AGAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTTAAAAAATTAATAACTACTAG-
446 AAAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GA--AGA
**
228019 AA-TT-AAAAATAAATTTGTTTGTTGAACTA
506 AATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAC-A
* ** * * *
228048 GTTCAAATATTTAAAACTGTAAT-AACAATTATCTATTTCAAAACATTATGATCTTTTGTTCCGA
1 GTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTC-AAATATTATGA-C-TTT-TT----
* * * *
228112 ATAAGCTAGTATGAATAGAAAATTTTGTTTTATCATAAAACAAAAT-TTTCTATTCATACTAGCT
57 AT----T--T-TG--T----CA--------TA--A-A--AC-AATTGTTTTTATTCATACAAGCT
* * * * ***
228176 TATTCGGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAA
95 TATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAATTAAAATATTT--AAA
* * * * * * * * *
228241 AATTAATTCTTTTTACCCAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAA
157 AA-TAAATGTGTTTACCGAA-CAAGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * **** * * * **
228305 ATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAA-TGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAGAAT
220 ATTATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAA-AAATTGTTCCAATTCATACAAGCTTATTTGGAAT
* * * ** * *
228369 AAAGTAACACTAATCTATTAATATT-TTGAAA--ACTA--AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
284 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * * * *
228429 TATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AACAAATTATTTATTTCAAATCATTATGGCAT
349 TACCAAACAAGTTCAAATAG-TATGATTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * *
228493 TTT-TTTCTG-C-TATAAACAATAT-TTT-TGTTCATACAAGCTTA-TTCGAATTACAATAATAC
412 TTTGTTT-TGTCATA-AAACAAT-TGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATA-
* * * * * * * * *
228552 TAATTTATTAATA-CT-AATAAA-T-AT--G--TATATTGAACTAGATCAATTAG-TCA-TG-AC
472 TAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAGAAGAAATTTAA-AAAATAAATTTGTTTACTGAAC
228606 TA
535 -A
** * * * ** * * **
228608 -TTTGAATAATTAT--TTATTT---CAA--ATC-ATTATGACCT-TT-T---TGTTT-TGTCAT-
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATATTATGACTTTTTATTTTGTC
* ** * * ** *
228657 A-AAAAGAATTGTTTCAATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACCAATTTATCAATATT
65 ATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-T
** * * * * * ** * *
228721 TTGGAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTA-CTAGACAAGTTTAAATAATTA
129 TTAAAAATTAATAATTAAAATATTT-AAAAATAAATGTGTTTACCGA-ACAAGTCCAAATAGTCA
* * * * * * * * *
228785 TCACAATTTGAATAATTATTTATTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTA-TCATAAAATAATTT
192 TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAAAAATTG
* * **
228849 TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-T-TAAGACAATT
256 TTCCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAA-A-AATT
* * * * * *
228911 AATAAGTAAAATATTTAAAAAAT-AATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
318 AAT-AGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TATGATTATTTG
* ** * * * * * * *
228975 AACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGCCTTACAATAATTGTTTCTGTTCAT
381 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * * * **** *
229040 ACAAGGTTACTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGGCAATTAATAAGTAGAAGAT
446 AAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAA-AT
*
229105 TTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAA
509 TTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAC-A
* * * * * * * * *
229133 GTTGAAATAGTCATGACAATTTTAATAATTAACTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTA
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACTTTTTATTTTGTC
* * * * *
229198 ATAAAACAATTG-TTTTAGTTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAAT
65 ATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * * * * *
229262 TCCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-ATTAAAAAATGAATCTGTTTA-CGAACTATGTTCAAATAGT
129 T-TAAAAATTAATAATTAA-A-ATATTTAAAAATAAATGTGTTTACCGAAC-AAGTCCAAATAGT
* * * * * * * * * * * *
229325 TATGACTATCTAAATAATTATCTATTTTAAAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAATATTT
190 CATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATT
* * * * *
229390 GTTTTC-GTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATT
255 G-TTCCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATT
* * *** ** *
229453 AATTA--AA-A-ATTTTAAAAATAAATCTGTTTTCTTTACACTTTCAAATAGTTATGATTATTTA
318 AA-TAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TATGATTATTTG
* * * ** * * * * *
229514 AACAATTTTCTATTTCAAATCGTTATCACAATTTGTTTTATAATAAACCAATTATTTCTGTTCAT
381 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* *
229579 AAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAG
446 AAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATT-AATATTTCAAAAATTAATAAG-AAGAA-
* * *
229643 ATTTAAAAAACAAATCTGTTTA-TCGAGCGA
507 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAAC-A
* * * * *
229673 GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTACTTCAAATTGTTATGA-TCTTTTATTTTGT
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATGACT-TTTTATTTTGT
* * * *
229737 CATAAAACAATTGCTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
64 CATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATT-A-A-
* * * * **
229802 TACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAATAAGT-TAGTTTATTGAATC
126 TA-TTTA--AA-AATT-AATAA-T--TAA---A-ATATTTAAAAATAAATGT-GTTTACCGAA-C
* * * * ** **
229866 -ATTTCAAATAATTATGGCTATTT-AACAATTA-CTATTTC-AAGCATTATGAA-CTTTTGTTTT
177 AAGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTAT-AACCTTTTG-TTT
* * * * *
229926 A-TCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATAAAAGCATATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATT
240 AGTCATAAAAAAATTG--TTCCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * *
229988 AATATTTTAAAAATTAATAAG-TAGTAGATCTAAAAAGTAAATCTGTTTACCGAAC-----C---
303 AATATTCTAAAAATTAAT-AGCAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAA
* * * * * ** * *
230044 -----T--CTATTTGAATAATTATATATTTC-AACCATTATAACCTTTTGTTTCATTATAAAATA
366 TAGTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * ** *
230101 ATTGTTT-TAGTTCATACAAG-TTTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTCAAAAATATTTTAAAA
431 ATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * *** * *
230164 ATGAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTGCTAAAACA
493 ATTAATAA-GAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACA
* * * * * ** * *
230209 GTTCAAATAGTTAAGACTCTATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCCTTTGTTTTATC
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACTTTTTATTTTGTC
* * * * * * *
230274 ATAAAATAATTG-TTTCAGTTCATGCAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATAT
65 ATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * * * ** ** * *
230338 TTCAAAAATTAATAAGT-AAGTGATTTAAAATGTGAATATGTTTATTGAATCAA-TTGAAAAAAT
129 TT-AAAAATTAATAATTAAAAT-ATTTAAAA-ATAAATGTGTTTACCGAA-CAAGTCCAAATAGT
* ** * * * * * * * * * * *
230401 AATGGCCATGTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTTTTTGGTAATATAACAATT
190 CATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATT
** * * * *
230466 GTT--TTTTAACATTCAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAAGTTATTAATTTTC-AAAAATT
255 GTTCCAATT--CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT
* * ** * * *
230528 AAT---AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATTAGTTCAAATAGTTATAACTGTTTGA
318 AATAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TATGATTATTTGA
* ** * * * ** * * *
230590 ACAATTGTAAACTTCAAATCATTAT-ATCCTTTTGTTCTATCATAAAATGATTATTTTTGTTCAT
382 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
** * * * * * *
230654 ACTAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAAAT
446 AAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GAAGAAAT
* *
230719 TTAAAAAATAAATTTTTTTACCGAACTA
509 TTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAC-A
* * * * * *
230747 GTTCAAATAGTTAAGAATATATGAACAATTATCTATTTCAAATGTTAAGACCTTTTTTTTTTGTC
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTATGA-CTTTTTATTTTGTC
* * * *
230812 ATAAGACAATT-TTTTTAATTCATACTAGCTTATTC-AGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATA
65 ATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATA
* * * * * * * * * * *
230875 TTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAGTTCAAATAATT
128 TTT-AAAAATTAATAATTAAAATATTT-AAAAATAAATGTGTTTACCGAACAAGTCCAAATAGTC
* * ** * * *
230940 ATAACTATTTTAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAAA-T
191 ATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAA-AAATT
**** * * * *
231004 GTTTTTGTTCATATAA-CTTTGTTTGGAATAAAAACAATACTAATCCTATTAATATT-TCAAAAA
255 GTTCCAATTCATACAAGC-TTATTTGGAAT-AAAATAATACTAAT-TTATTAATATTCT-AAAAA
* * *
231067 TTAAT---AAGAGATTTAAAAAATAAA-CTTGTTTATCC-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTAC
316 TTAATAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATC-TGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAG-TATGATTAT
* * * * * * * * * *
231127 TTGAGCAATTATTTACTTCAGACCATTAT-AAC-TTT-TTAT-TC-T------A-T-TATATGTT
378 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * * * * * *
231179 CATACAAGCTTATTCA-ACTTAAAATAATACTAGTTTACTAAAATTTCAACAATTAATAAGTAAA
443 CATAAAAGCTTATTTAGA-ATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAG
* * * *
231243 AAATTTTAAAAATAAATATGTTTA-TCAAACTT
505 AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAAC-A
* * ** * *
231275 GATCAAATCGTTATGAC-ATTTTG---GTTTGTC-A--T-AAA-A--A--A------ATTAT-T-
1 GTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTATGACTTTTTATTTTGTC
* * * *
231319 -T------A-TG------TTCATATAAGC-TATTTGAAATAAAAT-ATACTAAGTTATTAATATT
65 ATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
* *** * * * ** * *
231368 CCAAAAATTAATAATTAAGGGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAATTAT
130 -TAAAAATTAATAATTAAAATATTT-AAAAATAAATGTGTTTACCGAACAAGTCCAAATAGTCAT
* * * * * * ** ** * ** *
231433 GACTATATGAATAATTATTTTTTTGAAATTGCTATAACCTTTCATTTTGTCATAAAATGATTTTT
193 AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATTGTT
* * * * *
231498 TCTATTCATACCAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-T-TAAGAGAATTAAT
258 CCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAAT
* * * * * * *
231561 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-CCAAATAAGTTCAAATTATTATGACTATTTGAAC
321 -AGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAA-TAGTATGATTATTTGAAC
* * * ** * * * * * * **
231625 AATTATTTATTTTAACTTGTAATGACTTTTTGTTTCGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATTCA
384 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAA
** * * * ** * *
231690 AGCTTATTCGGATTAAAATAATTTTAATTTGTTAATATTTTGACAATTGATAAGTAA-AAGATTT
449 AGCTTATTTAGAATAAAATAA-TATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAGAA-ATTT
** * ** *
231754 AAAAAATAAAAATGTTTGCCAAAAAA
511 AAAAAATAAATTTGTTT-ACTGAACA
* * * * * * *
231780 GTTCAAATGGTCATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTA
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACTTTTTATTTTGTC
* * * * *
231845 ATAAAATAATTG-TTTTAGGTCATATAAGAC-TAGTT-GAAGTAAAATAATACTAATTTATTAAT
65 ATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAG-CTTA-TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
* * * * * * * *
231907 ATTTCAAAAATAAATGAGTAAGAGA-ATTAAAAAAAAGAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATA
127 ATTT-AAAAATTAATAATTAA-A-ATATTTAAAAATA-AATGTGTTTACCGAACAAGTCCAAATA
* * * * * ** * * * *
231971 GTTATGACAATCTAAACAATTATCTATTTCAAAAGATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
188 GTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAA
** * * *
232036 TTGGTT-CTGTTCGT----GC--A---AGAATAAAATAATA-TACATTTATTAATATTCCAAAAA
253 TT-GTTCCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTCTAAAAA
* * ** * ** ** *
232090 TTAATAAGTAAAAG-TTTAAAAAATAAAAATGTTTTCTTAACACA-TTCAAATAGTCAAAACTAT
316 TTAAT-AGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGT-ATGATTAT
** * * * * * *
232153 TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGCTGTGCCAT-AAACTAACTATTTCTAT
378 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTAT
* * * *
232217 TCATACAAATC-GATTT-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGCA
442 TCATA-AAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-A
* * * * *
232280 A-AAGATTAAAAAAATAAGTCTATTTAC-CAAGCGA
503 AGAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-C-A
* * * *
232314 GTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTA-CTTAGTTT-AAATCATTTTCATAATTTTTTGTT
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TA-TTTCAAAT-A--TT-ATGACTTTTTATT
* * * *
232377 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT-
60 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTA
* ** * * * * * *
232441 AT-TGTTATAAAATTAATGAGTT-GTACATTTAAAAGATTAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAA
125 ATAT-TTA-AAAATTAAT-AATTAAAATATTTAAAA-ATAAATGTGTTTACCGAACAAGTCCAAA
* ** *** * * * * *
232504 GAGTCATATGTTCATTTGAATTGTTATCTATTTCAAATAATTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAA
186 TAGTCATA-ACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAA
* * *** * * * *
232569 ATAATTATTTTTATTCATATGAA-ATTATTTAGAATAAAATAACACTAATTTATTAATACTTC-A
249 AAAATTGTTCCAATTCATA-CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTA
** * * * * *
232632 AAAATTAAT---AAGAGATTTAAAACCTAAATCTATTTATCGAACCAA-TTTAAATAGTTATGAC
312 AAAATTAATAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAG-TATGAT
* * * *
232693 TATTTGAATAATTAGCTATCTT-AAATCATTATGA--TTTTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTC
375 TATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* ** * * * * ** * * *
232755 TATTCGTTCAAGCCTCTTTAGAGTAAAATATTACTAAACTAATAATA-TTCTAAGATTAATAAGT
439 TATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-
* * * *
232819 AAGATATTTAAAAAATAAATATATTT-GTCGAAACA
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* * * * * * * * *
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1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACTTTTTATTTTGTC
* * * * * * * *
232919 TTAAAATAATTG-TTTCAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACAT
65 ATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * * * ** * *
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129 TTA-AAAATTAATAATTAA-AATATT--TAAAAATAAATGTGTTTACCGAACAAGTCCAAATAGT
* * * * ** * * * *
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190 CATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAAAAAT
* * * * ** *
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*** * ** * * **
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* * * * * * *
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* * * * * *
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*
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* *
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1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT--CTATTT---C-A--A-ATA-TT---A-TG--
* * * *
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50 ---A-CTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * * * * * * * *
233528 AATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAAT-TATTTGC
110 AATATTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAATTAAAATATTT-AAAAAT-AAATGTGTTTAC
* * * * * * *
233592 CAAACCAA-TTCAAATAGT-A-AGGCTATATGAATAATTAT-TAATTTCAAATCATTATGACCTT
172 CGAA-CAAGTCCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATTATTATAACCTT
* ** *** * * * * ** * *
233653 TTGTTTTGTTGTAAAACAAA-TGCTT-TTGTTCAAATAAGTTTGTTCAGAAT-AAATAAGATTAA
234 TTGTTTAGTCATAAAA-AAATTG-TTCCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
* *
233715 TTTATTAATATT-TGAAAATTAAT---AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTT
297 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTT
* * * ** * * * *
233776 CAATTATTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTATCATA
362 CAAATA-GTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * *
233841 AAACAATTGTTTCTATTGAT-ATAGTCTTA-TTCGAAATAAAGTAA-AGCTAATTTATTAATATT
426 AAACAATTGTTTCTATTCATAAAAG-CTTATTTAG-AATAAAATAATA--TAATTTATTAATATT
* * * * ** * ** **
233903 TTAAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAAACAATGAACCTATTGGCCTGGCCA
487 TCAAAAATTAATAAG-AA-GAAATTTAAAAAATAAATTTGTT-TACTGAACA
* * * * * *
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1 GTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATGACTTTTTATTTTGT
* * * * *
234018 CACAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAATAACATAAT-TCTAATATT-TTAAT
64 CATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT-TAAT-TTATTAAT
* * * ** *
234081 ATTTTGAAAA-T--TAA-TAAAAGATTTAAAAATTGAA-GTTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAG
127 A-TTTAAAAATTAATAATTAAAATATTTAAAAA-TAAATG-TGTTTACCGAACAAGTCCAAATAG
* * * * * ** *
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189 TCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAAT
* **** * * * * *
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254 TGTTCCAATTCATACAAGCTTATTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT
* * * * ** ** *
234269 AATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAAATCTATTTACTGAGTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
318 AAT-AGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TATGATTATTTG
* * * * * * * *
234334 AACAATTATTTATTTC-AATCA-TATTAACTTTTTTTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCA
381 AACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* * * * **** * *
234397 TACTAA-CTTA-TTCGGATTAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGTCAATTAGTAAGTAA-AG
445 TA-AAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAGAA
* **
234459 ATGTT-AAAAATAAATATGTTTACCAAACAA
507 AT-TTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAC-A
* * * * * * * * **
234489 ATTCAAAAAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTCTATTTCATC
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATGACTTTTTATTTTGTC
* * * *
234554 AAAAAACAATTG-TATTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
65 ATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * * * * *** *
234618 TTCAAAAATTATTGAA-TAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTGTTGAACAAGAT-CAAATAAT
129 TT-AAAAATTAAT-AATTAAAATATTT-AAAAATAAATGTGTTTACCGAACAAG-TCCAAATAGT
* ** * * * ** * * *
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190 CATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATT
* **** * **
234746 ATTTTTGTTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT
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TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATTGTTCCA
ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGCAA
GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTATGATTATTTGAACAATTATC
TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAT
TTAGAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAAATTTAAAAAATAAA
TTTGTTTACTGAACA
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* ** *
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*
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * ** * * *
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* * ** * *
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* * *
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* ** * * * * *
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* * * * ** **
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*
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* * *
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* * * * * * *
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** * *
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128 GGAATAAAAAAATACTAATTTATTAAC-ATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
** * *
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* * ** * * *
224806 TTTCAAATCGTTATTACCTTTCATTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTCA--ACATACAAGCTTAT
63 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTAT
*
224869 TTGAAATAAAAA
126 TTGGAATAAAAA
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CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGA
ATAAAAAAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
Found at i:224446 original size:873 final size:878
Alignment explanation
Indices: 223020--224629 Score: 1991
Period size: 873 Copynumber: 1.8 Consensus size: 878
223010 GATTATTTGG
* * * * *
223020 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
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* * * * ** * **
223085 CAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAATTTGTTAAGTAGAAATTT
66 CAAGCTTATTTGGAATAAAAAAATATAAATTTATTAACATTCAAAAATTAATAAACAAGAAATTT
* * ** * * *
223150 AAAAAATAAATTTGTTTTTTTTAATATGTTCAAATAGTTATGACTATTGGAACAATTATCTATTT
131 AAAAAATAAATCTGTTTTATCAAACAAGTTCAAATAGATATGACTATTGGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * *
223215 CAAATATTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTATTCAATAAAGCTTATTTGAA
196 AAAATAGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTCTTCATTCAATAAAACTTATTTGAA
* * * * * *
223280 ATAAAATATTATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATATGTAAAATATTTAAGAAATAAATTT
261 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGGGAAAAGATTTAAGAAATAAAATT
* *** * * ** *
223345 GTTTACCGAGCAAGCTCAAATAGTTATGGCTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGAT
326 GTTTACCGAACAAGCTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAAATATCGATCTCAAATAGTTATGAT
** * * **
223410 CTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTAATTATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTA
391 CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * *
223475 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
456 ATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* * * * * *
223540 TTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCG
521 TTCAAATAGTCAAGACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCA
* * * *
223605 TAAAATAATTGT-TTATGTTCATAC-ATAATTATTTAGAATAAAATAATACTGATTTATTAATAT
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** * *
223668 TTTAAAAATTAATAAG-AGA-T-TTAAAAAC-TAAAT-CTATTTA-CTGAACCA-TTCAAATAGT
649 TCAAAAAATTAATAAGAAGAGTGTTAAAAACATAAATCCT-TTTATC-AAACAAGTTCAAATAGT
*
223726 TATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAGTCATTCTGATCGTTATTTTGTCATAGAAGAATTG
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223791 TTTTTTTTTCATATAAACTTATTCGAATTAAGAAAATACTAATTTAATAATAAAAAATAAATGTG
777 TTTTTTTTTCATATAAACTTATTCGAATTAAGAAAATACTAATTTAATAATAAAAAATAAATGTG
223856 TTTTGCCGAACCAGTTCAAATAGCTAAGATTACTAGA
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* *
223893 ACAATTATCTATTTCAAATTATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATTATTTC-ATTTCAT
1 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATTATTTCTA-TTCAT
* * * *
223957 ACTAGCTTATTTGGAATAAAAAAAT-TTAATTTATTAACATTAGAAAAATTAATAAACAAGAGAT
65 ACAAGCTTATTTGGAATAAAAAAATATAAATTTATTAACATT-CAAAAATTAATAAACAAGA-AA
* *
224021 TTTAAAAAAATAAATCTG-TTTATCAAACAAGCTT-AAATAGATATGACTATTTGAATAATTATC
128 TTT-AAAAAATAAATCTGTTTTATCAAACAAG-TTCAAATAGATATGACTATTGGAACAATTATC
* * *
224084 TATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTG-CTTCAGTTC-ATAAAAACTT
191 TATTTAAAATAGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTCTTCA-TTCAAT-AAAACTT
* * * * *
224147 ATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTGATATTTCAAAAATTATTAGGGAAGAGATTTAA-AAA
254 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGGGAAAAGATTTAAGAAA
** * * *
224211 CTAAAATTGTTTTTCGAACCAGTTCAGATAGTTACAACTATTTGAACAAATATCGATCTCAAATC
319 -TAAAATTGTTTACCGAACAAGCTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAAATATCGATCTCAAAT-
* * **
224276 A-TTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTC-GGATAAA
382 AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTCAAAAT-AA
*
224338 AATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT
446 AATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * * *
224403 GCCAAATC-AGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTT
511 ACCAAA-CAAGTTCAAATAGTCAAGACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTT
*
224467 TTGTTTAGTCATAAAATAATTGTCTCAGTTCATACAATTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
575 TTGTTTAGTCATAAAATAATTGTCTCAGTTCATACAATATTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
* *
224532 TATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGTGTTGAAAACATAAATCCTTTTATCAAATAAGTT
640 TATTAACATTCAAAAAATTAATAAG-AAGAGTGTTAAAAACATAAATCCTTTTATCAAACAAGTT
*
224597 CAAATAGTAATGATTATTTGAACAATTATCTAT
704 CAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTAT
224630 TTAAAATCAT
Statistics
Matches: 611, Mismatches: 105, Indels: 36
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (878 bp):
ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATTATTTCTATTCATA
CAAGCTTATTTGGAATAAAAAAATATAAATTTATTAACATTCAAAAATTAATAAACAAGAAATTT
AAAAAATAAATCTGTTTTATCAAACAAGTTCAAATAGATATGACTATTGGAACAATTATCTATTT
AAAATAGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTCTTCATTCAATAAAACTTATTTGAA
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGGGAAAAGATTTAAGAAATAAAATT
GTTTACCGAACAAGCTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAAATATCGATCTCAAATAGTTATGAT
CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
ATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
TTCAAATAGTCAAGACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCA
TAAAATAATTGTCTCAGTTCATACAATATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTC
AAAAAATTAATAAGAAGAGTGTTAAAAACATAAATCCTTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTAATG
ACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAGTCATTCTGATCGTTATTTTGTCATAGAAGAATTGTTTT
TTTTTCATATAAACTTATTCGAATTAAGAAAATACTAATTTAATAATAAAAAATAAATGTGTTTT
GCCGAACCAGTTCAAATAGCTAAGATTACTAGA
Found at i:224550 original size:361 final size:361
Alignment explanation
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Period size: 361 Copynumber: 2.6 Consensus size: 361
223911 TTATTCTAAC
* * * * *
223921 CTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATTATTTCATT-TCATACTAGCTTATTTGGAATAAAAAAAT-TT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTT--TTATCATACAAGCTTATTCGG-ATAAAAAAATACT
* ** * *
223984 AATTTATTAACATTAGAAAAATTAATAAACAAGAGATTTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAC
63 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGAAGAGA-TTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC
* * * *
224049 AAGCTTAAATAGATATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA
126 AAGCTTAAATAGATAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTA
* * * *
224114 TCATAAAATAATTGCTTCAGTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTGATA
191 TCATAAAATAATTGCTTCAGTTCATAAAAACTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA
* * * ** * * *
224179 TTTCAAAAATTATTAGGGAAGAGAT-TTAAAAAC-TAAAATTGTTTT-TCGAACCAGTTCAGATA
256 TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-TGTTAAAAACAT-AAATCCTTTTATCAAACAAGTTCAAATA
* * *
224241 GTTACAACTATTTGAACAAATATCGATCTCAAATCATTATGAT
319 GTAACAACTATTTGAACAAATATCGATCTAAAATCATTATGAA
224284 C-TTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCGGATAAAAATAATACTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTT-ATCATACAAGCTTATTCGGATAAAAA-AATACTA
* * *
224348 ATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATGTGTTTGCCAAATC-
64 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CA
* * * *
224411 AG-TTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTG-TTTA
127 AGCTT-AAATAGATAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTA
* **
224474 GTCATAAAATAATTG-TCTCAGTTCATACAATTTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTA
191 -TCATAAAATAATTGCT-TCAGTTCATAAAAACTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* *
224537 ACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGTGTTGAAAACATAAATCCTTTTATCAAATAAGTTCAAA
253 ACATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGTGTTAAAAACATAAATCCTTTTATCAAACAAGTTCAAA
** * * * *
224601 TAGTAATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAA
317 TAGTAACAACTATTTGAACAAATATCGATCTAAAATCATTATGAA
* * ** * *
224646 CTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTA-TC-CA-AAATAAAATACTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTA-TCATACAAGCTTATTCGGATAAA-AAAATACTA
* * ** *
224708 CTTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAAATAAATCAATTTACTAAACAA-
64 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* * * * * * * * ** *
224772 -TTCAAATA-ATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTCATTTTCT
129 CTT-AAATAGA-TAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTAT
*
224835 CATAAAACAATTG
192 CATAAAATAATTG
224848 TTTTTCAACA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (361 bp):
CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTATCATACAAGCTTATTCGGATAAAAAAATACTAAT
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGCT
TAAATAGATAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATA
AAATAATTGCTTCAGTTCATAAAAACTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCA
AAAATTAATAAGCAAGAGTGTTAAAAACATAAATCCTTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTAACAA
CTATTTGAACAAATATCGATCTAAAATCATTATGAA
Found at i:224929 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 224816--224946 Score: 235
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224806 TTTCAAATCG
224816 TTATTACCTTTCATTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAAA
1 TTATTACCTTTCATTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAAA
224881 CA
66 CA
* * *
224883 TTATTACCTTTCATTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTCAACCTACAAGCTTATTTGAAATAAAA
1 TTATTACCTTTCATTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
224947 TAATACTAAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
67 61 1.00
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Consensus pattern (67 bp):
TTATTACCTTTCATTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAAA
CA
Found at i:225225 original size:181 final size:180
Alignment explanation
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224886 TTACCTTTCA
* ** *
224896 TTTTGTCATAAACCAATTG-TTT-TTCAACCTACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAGTT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTC-A--TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * *
224959 ATTAATATTTCAAGAA-T--T-AGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTTA
63 AATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCA
* * *
225020 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTG
128 AATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
* * * * * *
225073 TTCTATCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTAA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAA
* * ** * * * * *
225138 TAATATTACGAATGTTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGCCAAACCAATTCAAC
65 TAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAA
* * *
225203 CAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC-TTTG
130 TAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
* * * * * * * * **
225253 TTTTGTCATAAGAC-ATTATTTCAGCTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAAAACTAATTTGT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAA
* * * * *** *
225317 TAATATTTCAAAATTTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTATTGAACCAGCTCAAA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAA
* * *
225382 TAAGTATA-ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTA-CTTTTCG
130 TAATTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTT-G
* * * * * * *
225433 TTTTATGATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAACAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAA
* * * * * * *
225498 TAATATTT-AGAAAATTATTCAGTAAGAGATTTCAAAAACAAATCTTTTTACCAAACCATTTCAA
65 TAATATTTCA-AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAA
* ** * * * *
225562 ATAGTTTTGGCTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTG
129 ATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
* * * * * * * **
225614 TTTTGTCATCAAATAATTGGTTCTATTCTTGCTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAA
1 TTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAA
* * * ** * * * * *
225679 TAATATTCCAAAACTTAATAACCAAGA-AAATAAGAAATAAATTTAATTGCGAAACCAGTTCAAA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAA
* * *
225743 TAATTAAGACT-TTATGAACGATTATCAATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
130 TAATTAAGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
* * * * ** *
225794 TTTTGTCATAAAGCAACATT-TTTTATTCGTATAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACAAATTTA
1 TTTTGTCATAAAAC-A-ATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * *
225858 ATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTGAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTTAT
64 ATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAA
** * *
225923 ATGGTTAAGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTG
129 ATAATTAAGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
** * * *
225975 TTCAGTCATAAAACAATTGTTTAAGTTCATACAAGCTTATCCGAAAT-AAATCAATACTAATTT-
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT-AATACTAATTTA
* * * * * *
226038 ATCATCA-TTAAAAAATTAAT-ACAAAGGAGATTTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTT
64 ATAAT-ATTTCAAAAATTAATAACTAA-GAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTT
* *** * * * * *
226101 CAAATAGTTATTCCTATTTGAATAATTGTCTATCTAAAATTGTTATAACCATTTG
126 CAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
* * * ** *
226156 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGCTAATACAAGCTTATACGGAATAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAA
* * * * ** **
226221 TAATATTTCTAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATTAGTAAAAA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAA
* * * * *
226282 TAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTG
130 TAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TTTTG
* * * * *
226334 TTTTGTTATAAAATAATTGCTTTTGATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAA
* * * * * **
226399 TAATATTTCAAAAACTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCATTTTGAA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAA
* * * * * * * *
226464 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATCTCAAATCGTTATGATC-TTTG
130 TAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
* * * * *** *
226514 TTTTGTC-TAAAATAATTATTTGTGATCATAGAAGCTTATTC-GGTTAAAAATAATACTAATTGA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTA
* * * * *
226577 ATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATGTGTTT-CTTAAACTAGTTC
64 ATAATATTTC-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAACCAGTTC
** * * * * *
226639 AAATAGCTAAAACTATTAGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAA-CATTT-
127 AAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
** * ** * * * * * *
226691 TTTAAT-AAAAAATTATT-TATTTAATATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAGTAATTCGAATAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGT-TTT-GT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * ** ***
226754 -ATTATCA-TTCATAAAATTAATAAGC-ATGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACTTATTAAG
63 AATAAT-ATTTCA-AAAATTAATAA-CTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAG
* ** * * *
226816 CTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTA-CTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTG
124 TTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
** * * * *
226873 TTTTGTCATAAAACAATCATTTAGTTCA-AAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAAT
* ** *
226937 AATATTTCAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAAT-TCATTTTCTGAACCAATTCAA
66 AATATTTCAAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACCAAACCAGTTCAA
* ** * * * ** *
227000 ATAGTTACTACTATTTGGACAATTGTAC-ATTTAAAATCATTATGACCTTTTG
129 ATAATTAAGACTATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
** * * *
227052 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTAATT-GAGATAAAATAATAAC-AATTT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTT-ATTCAAAATAAAATAAT-ACTAATTT
* * * * * * * * *
227115 ATTAATA-TTCTAAAAATTGATAAGTAAGTGATTTAAATAGTGAATCTATTTACCAAATCAGTTT
63 AATAATATTTC-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTC
* * * * * **
227179 AAATAATTATGGCAATTTTAACAATTATCTATTTCATAGCGTTATGAA-CTTCTT-
127 AAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACCTT-TTG
**
227233 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TCATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGT--TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
227297 TTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAGTTC--
64 ATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAA
** * ** *
227356 ----------CTATTTGAGTAATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTA
129 ATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
* * * * * *
227398 TTCTGTTATAAAATAATAGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTAA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAA
* * * **** * *
227463 TAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATATAAAAAATAAATCTACTTGTTGAAGCAATTCAAA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAA
* ** *
227528 CAATTAAGACTACATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
130 TAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
* ** * * * *
227579 TTTTGTCATCAAACAATCATTTTAGTCCATAC-A---TATTCGAAAT--AA-AATACAAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAA
** * * * * *
227637 TAATATTTC-AAAATT--TAA-TAATTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTATCGAATCATGTT-AA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCA-GTTCAA
* * * * * ** * *
227697 AAAATCGT-GGTC-ATTTCAACAATTATCAATTTCAAATCATTATTACCTTTTA
129 ATAAT--TAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
** ** * * * *** * *
227749 TTCGGTCATGTAACAAATGTTTTTGATCATTCAAGCTTATTTGGAATAAAATTATACTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAA
*
227814 TAATCTTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAA
* * * * * * * *
227875 TAGTTATGACTATTTCAATAATTGTATACTTCAAATTGTTATAACCTTATG
130 TAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
* * * * ** *
227926 CTTTATCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATAA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAA
* ** *
227991 TAATATTTAAAAAATTAATAACTACTAGAATT-AAAAATAAAT
65 TAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
228033 TTGTTTGTTG
Statistics
Matches: 2310, Mismatches: 528, Indels: 241
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
164 4 0.00
165 94 0.04
166 1 0.00
167 1 0.00
168 3 0.00
169 30 0.01
170 82 0.04
171 12 0.01
172 1 0.00
173 6 0.00
174 27 0.01
175 3 0.00
176 12 0.01
177 321 0.14
178 204 0.09
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180 339 0.15
181 736 0.32
182 117 0.05
183 9 0.00
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAAT
AATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAAT
AATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
Found at i:225957 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 224925--228038 Score: 1877
Period size: 360 Copynumber: 8.7 Consensus size: 360
224915 TTTTTCAACC
* * * * * *
224925 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTCAAGAA-TTAGT----AGGAG
1 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAACTTAATAACAAAGAG
* * * * * * *
224985 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
65 ATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAA
* * * * * * * * *
225050 TTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAA-TAATTATTTATGTTCATACAAGTTTATT
130 TCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTT-TATTCATATAAGCTTATT
** * * * ** * *
225114 CAAAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTACGAATGTTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAA
193 CGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAA
*** * * * ** * * *
225179 ATCCATTTGCCAAACCAATTCAACCAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
257 ATTTGTTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * **
225244 TGAC-CTTTGTTTTGTCATAAGA-CATT-ATTTCAGCTCA
322 TAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTT-AATTCA
* * * ** * * **
225281 TACAAGTTTATT-TAGAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTC-AAAATTTTATAAGTAAGA
1 TACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAACTTAATAACAAAGA
* * ** * * * *
225344 GATTTAAAAAATAATTCTATTTATTGAACCAGCTCAAATAAG-TATAACTATTTAAACAATTATC
64 GATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACCAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * * * * * * *
225408 TATTTCAAATTGTTATTA-CTTTTCGTTTTATGATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTG
128 AATCTCAAATTGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAAAT-TTTTTATTCATATAAGCTTA
** * * * *
225472 TTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTATTCAGTAAGAGATTTCAAAAA
191 TTCGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA
* ** * *
225536 CAAATCTT-TTTACCAAACCA-TTTCAAATAGTTTTGGCTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAAT
254 TAAAT-TTGTTTACCAAACCAGTTT-AAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* *
225599 CGTTATAACATTTTGTTTTGTCATCAAATAATTGGTTCT-ATTCT
317 CGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTT-TAATTCA
* * ** * * *
225643 TGCTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAACTTAATAACCAAGA-A
1 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAACTTAATAACAAAGAGA
** * * * * * * **
225707 AATAAGAAATAAATTTAATT-GCGAAACCAGTTCAAATAATTAAGACT-TTATGAACGATTATCA
66 TTTAAAAAATAAATATATTTACCG-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAATAATTATCA
* * *
225770 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAACATTTTTTATTCGTATAAGCTTATT
129 ATCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-ATTTTTTATTCATATAAGCTTATT
* *
225835 CGGAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTGAAAAATAA
193 CGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAA
* *
225900 ATTTGTTTACCAAACCAGTTTATATGGTTAAGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCGTT
257 ATTTGTTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * ** *
225964 CTAACCTTTTGTTCAGTCATAAAACAATT-GTTTAAGTTCA
321 ATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTTAA-TTCA
* * *
226004 TACAAGCTTATCCGAAAT-AAATCAATACTAATTT-ATCATCATT-AAAAAATTAAT-ACAAAGG
1 TACAAGCTTATTCGAAATAAAAT-AATACTAATTTAATAAT-ATTCAAAAACTTAATAACAAA-G
* ** *
226065 AGATTTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATTCCTATTTGAATAATTGT
63 AGA-TTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * *
226130 CTATCTAAAATTGTTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTAGCTAATACAAGCTT
127 CAATCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTTTA-TTCATATAAGCTT
* * *
226194 ATACGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAA
190 ATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA
* ** ** * * * *
226255 TAAATTTGTTTACTAAATTAGTAAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
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* * * * *
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* *
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1 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAACTTAATAACAAAGAG
* * * * **
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65 ATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAA
* * * *
226492 TCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTC-TAAAA-TAATTATTTGTGA-TCATAGAAGCTTAT
130 TCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTT-T-ATTCATATAAGCTTAT
* *
226553 TCGG-TTAAAAATAATACTAATTGAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAT
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* * * * * * * * *
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* ** * * **
226680 TTCTAACA-TTT-TTTAAT-AAAAAATTATTTATTTAATATCA
319 TTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTTAAT-TCA
* * * * * *
226720 TACAAGCTTATTC-AGAATAAAGTAATTCGAATAT-ATTATCATTCATAAAA-TTAATAAGC-AT
1 TACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTAATAAT-ATTCA-AAAACTTAATAA-CAAA
* * ** *** * * *
226781 GAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACTTATTAAGCTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTA
62 GAGATTT-AAAAAATAAATATATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
* * * ** *
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126 TC-AATCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTTTA-TTCATATAAGCT
* ** * *
226908 TATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA
189 TATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAA
** * ** * * ** * * *
226973 ATAAATTCATTTTCTGAACCAATTCAAATAGTTACTACTATTTGGACAATTGTAC-ATTTAAAAT
253 ATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAAT
* * * *
227037 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAATTCA
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* * * * **
227081 TATAAGCTTAATT-GAGATAAAATAATAAC-AATTTATTAATATTCTAAAAA-TTGATAAGTAAG
1 TACAAGCTT-ATTCGAAATAAAATAAT-ACTAATTTAATAATATTC-AAAAACTTAATAACAAAG
* * * * * * * * * * * * *
227143 TGATTTAAATAGTGAATCTATTTACCAAATCAGTTTAAATAATTATGGCAATTTTAACAATTATC
63 AGATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * ** * * *
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* * *
227271 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAA
190 ATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA
* * ** * *
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254 TAAATTTGTTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * *
227385 TTATAACCTTTTATTCTGTTATAAAATAA-TAGTTTCAGTTCA
319 TTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTT-AATTCA
* * *
227427 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTAATAATATTCCAAAAA-TTAATAACTAAGAG
1 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-CAAAAACTTAATAACAAAGAG
* * * *** * * * * * ** * *
227491 ATATAAAAAATAAATCTACTTGTTGAAGCAATTCAAACAATTAAGACTACATGAACAATTATCTA
65 ATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAA
* * * * * *
227556 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATCAAAC-AATCATTTTAGTC-CAT-A-CATATTC
130 TCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-TTTTTATTCATATAAGCTTATTC
* * * ** *
227617 -GAA-ATAA-AATACAAATTTATTAATATTTC-AAAATT--TAA-TAATTGATTTAAAAAGTGAA
194 GGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAA
* * * * * * * * * * * *
227675 TCTATTTATCGAATCA-TGTTAAAAAATCGT-GGTC-ATTTCAACAATTATCAATTTCAAATCAT
258 TTTGTTTACCAAACCAGT-TTAAATAGT--TAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * ** ** * * * *
227737 TATTACCTTTTATTCGGTCATGTAACAAATGTTTTTGA-TCA
320 TATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-GTTTAATTCA
* * * * * *
227778 TTCAAGCTTATTTGGAATAAAATTATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAA-TTAAT----AAGAG
1 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT-ATTCAAAAACTTAATAACAAAGAG
* * * *
227838 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAATAATTGT--A
65 ATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAA
* * * * * * *
227901 TACTTCAAATTGTTATAACCTTATGCTTTATCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATAGAAGCTTAT
130 T-C-TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTT-TATTCATATAAGCTTAT
* * * * * ** *
227966 TTGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTTAAAAAATTAATAACTACTAGAATTAAAAATAA
192 TCGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAA
228031 ATTTGTTT
257 ATTTGTTT
228039 GTTGAACTAG
Statistics
Matches: 2160, Mismatches: 465, Indels: 265
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
338 9 0.00
339 41 0.02
340 3 0.00
341 2 0.00
342 5 0.00
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344 4 0.00
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350 2 0.00
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353 9 0.00
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ATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTTAATTCA
Found at i:226121 original size:542 final size:537
Alignment explanation
Indices: 224925--234799 Score: 2415
Period size: 537 Copynumber: 18.4 Consensus size: 537
224915 TTTTTCAACC
*** * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * ** *
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** * ** *
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* * ** *
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* * * * *
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** * *
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* * **
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* * * * * *
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1 TACAAGCTTATCCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTATACAG-AAGGAG
* * * * * * * *
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65 ATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATT-ACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
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129 ATTTCAAATAGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTATATTCTTACAAGTTTATT
** *
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193 CAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAA-TTAATAA-CAAGAATTTAAAAAATAAA
* * * *
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* *
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321 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAG-AACATTATTTTA-TCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAAT
* * * * * *
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* *
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225976 TCAGTCATAAAACAATTGTTTAAGTTCA
511 TCA-TCATAAAACAATTGTTTAAGTTCA
* * *
226004 TACAAGCTTATCCGAAA-TAAATCAATACTAATTTA-TCATCA-TTAAAAAATTAATACA-AAGG
1 TACAAGCTTATCCAAAACAAAAT-AATACTAATTTATTAAT-ATTTAAAAAATT-ATACAGAAGG
* * * *
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* * * * * * *
226130 CTATCTAAAATTGTTATAACCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-GCTAATACAAGCT
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* ** * * *
226193 TATACGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAA-GAG-ATTTAAAAAAT
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* * * ** ** * * * *
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253 AAATTTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTA-AGACTTTATGAACAATTATCTATTTCAAATTG
* * *
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* * *
226383 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
378 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * * *
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** * * ** *
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* **** * *
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* * * * * ** * *
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62 GAGATTTAAAAAATAAATATATTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTA
* * ** * * * * *
226666 TCTATTTCAAATTGTTCTAACA-TTT-TTTAAT-AAAAAATTATT-TATTTAATATCATACAAGC
126 TCTATTTCAAATAGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT-TAT-AT-TCTTACAAGT
* * * * * * * *
226727 TTATTCAGAATAAAGTAATTCGAATAT-ATTATCATTCATAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAA
188 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT-ATTC-CAAAATTAATAA-CAAGA-ATTT-AA
* * ** *** * ** * *
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* * * **
226854 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AA-AACAATCA-TTTAGTTCA-AAAAGCTTATCCAA
311 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGAAC-ATTATTTTA--TCATACAAGCTTATTCGG
*
226915 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATT
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** * * ** ** * * *
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* **
227043 GACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAA-TTCA
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* ** * *
227081 TATAAGCTTAAT-TGAGATAAAATAATAAC-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTGATA-AGTAA
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* * * * * * * ** * *
227142 -GTGATTTAAATAGTGAATCTATTTACCAAATC-AGTTTAAATAATTATGGCAATTTTAACAATT
61 GGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATT
* ** *
227205 ATCTATTTCATAGCGTTATGAAC-TTCTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTT-T-TTCATCATACA
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* ** * * *
227266 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GAG-ATTTAAA
185 AGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCCAAAATTAATAACAAGAATTTAAA
* * * * * ** *
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** * * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * * * ** * * *
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440 TTTATCGAACCAGTT-TAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AAC
** * ** * *
227574 TTTT-GTTTTGTCATCAAACAATCATTTTAGTCCA
503 TTTTCGTTTCATCATAAAACAATTGTTTAAGTTCA
* * * * * * **
227608 TAC-A---TATTC-GAA-ATAA-AATACAAATTTATTAATATTT-CAAAATT-TA-ATAA-TTGA
1 TACAAGCTTATCCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTATACAGAAGGAGA
* * * * * * * * ** *
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* * * * ** ** * * * *
227724 AATTTCAAATCA-TTATTACCTTTTATTCGGTCATGTAACAAATGTT-TTTGATCATT-CAAGCT
128 TATTTCAAAT-AGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTATAT--TC-TTACAAGTT
*** * * * * *
227786 TATTTGGAATAAAATTATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAA-GAG-ATTTAAAAAAT
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* * * * * * * * *
227849 AAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TCAATAATTGTATACTTCAAATTG
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227913 TTATAACCTTATGCTTTATCAT-AA-AACAATTTTTTCTGTTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAA
317 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGAAC-ATTATTT-T-ATCATACAAGCTTATTCGGAATAAA
* * * * ** * *
227976 ATAATACTAATATAATAATATTTAAAAAATTAATAACTACTAGAATT-AAAAATAAATTTGTTTG
379 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * * * * * *
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* *
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228166 CA
536 CA
* * ** * * *
228168 TACTAGCTTATTCGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAGG
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* * * * * *
228231 -GATTTAAAAAAATTAATTCTTTTTACCCAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
63 AGATTT-AAAAAA-TAAATATATTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATT
* * * * * * * * *
228294 ATCTATTTTAAATCA-TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGT
125 ATCTATTTCAAAT-AGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTATATTCTTACAAGT
* * * * * * *** *
228358 TTGTTCAGAATAAAGTAACACTAATCTATTAATATTTTGAAA--ACT-A-AAGAGATTTAAAAAA
188 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAATTAATAACAAGA-ATTTAAAAAA
* ** * * * *
228419 TAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATT-T-AACAAATTATTTATTTCAAAT
252 TAAATTTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACT-TTATGAAC-AATTATCTATTTCAAAT
** * * * *
228482 CATTATGGCATTTT-TTTCTG-CTATAAACAATATT-TTTGT-TCATACAAGCTTATTC-GAATT
315 TGTTATGACCTTTTGTTT-TGTC-ATAAAGAACATTATTT-TATCATACAAGCTTATTCGGAA-T
* * * * * * * *
228542 ACAATAATACTAATTTATTAATA-CT-AATAAA-T-AT--GT---ATATTGAACTAGATCAATTA
376 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAATAAATTT
* * * ** *
228598 G-TCAT-G-ACTA-TTTGAATAATT-A-TTTATTT---CAA--ATC-A-TT---AT-G----ACC
439 GTTTATCGAACCAGTTT-AATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC
* ** *
228642 TTTTTGTTTTGTCATAAAAAGAATTGTTTCAA-TTCA
503 TTTTCGTTTCATCAT-AAAACAATTGTTT-AAGTTCA
* * * * * * * *** *
228678 TATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACCAATTTATCAATATTTTGGAAATTAATA-ATTAA-GA
1 TACAAGCTTATCCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATT-ATACA-GAAGGA
* * * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
228806 ATTTGAAATCA-CTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTAT
129 ATTTCAAAT-AGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTGTTATATTCTTACAAGTTTA-
* * * *
228870 TTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAA
191 TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTCCA-A-AATTAATAA-CAAGA-ATTTAAAAA
* * ** * * * * *
228932 AT-AATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATTTATTTCAAAT
251 ATAAATTTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACT-TTATGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * * * * * *
228995 TGTTATGACTTTTTATTTTGCCTTACAA-TA-ATTGTTTCTGTTCATACAAGGTTACTCAGATTA
315 TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAGAACATTATTT-T-ATCATACAAGCTTATTCGGAATA
* **** *
229058 AAATAATATTAATTTATTAATATTTTGGCAATTAATAAGT-AGAAGATTTAAAAAATAAATATGT
377 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * * * * * * * *
229122 TTA-CTGAACAAGTTGAAATAGTCATGACAATTTTAATAATTAACTATTTCAAATCATTATGACC
441 TTATC-GAACCAGTT-TAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AAC
** * *
229186 TTTT-GTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCA
503 TTTTCGTTTCATCATAAAACAATTGTTTAAGTTCA
* * *** * * **
229220 AATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATA-AGTAA-GA
1 TACAAGCTTATCCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATT-ATACAG-AAGGA
* * * * * * * * * *
229283 GAATTAAAAAATGAATCTGTTTA-CGAACTATGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATC
64 GATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * * *
229347 TATTTTAAAATA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAATATTTGTTTTCGTTCATGCAAGCTTA
128 TA-TTTCAAATAGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTAT-ATTCTTACAAGTTTA
*** * * *
229411 TTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATTA-AA-AATTTTAAAAATA
191 TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTCC-AAAATTAATAACAAGAATTTAAAAAATA
* * * *** * * * * * * *
229473 AATCTGTTTTCTTTA-CACTTTCAAATAGTTATGA-TTATTTAAACAATTTTCTATTTCAAATCG
254 AATTTATTTGCCAAACCA-GTTCAAATAATTAAGACTT-TATGAACAATTATCTATTTCAAATTG
* ** * * ** * * *
229536 TTATCACAATTTGTTTTATAATAAACCA-ATTATTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAA
317 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGAACATTATTT-T-ATCATACAAGCTTATTCGGAATAAAA
* * * * *
229600 TAATATTAATTTATTAAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAACAAATCTGTTTA
380 TAATACTAATTTATT-AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * * * * * * * *
229665 TCGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTACTTCAAATTGTTATGATCTTTT
444 TCGAACCAGTT-TAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACTTTT
* **
229730 -ATTTTGTCATAAAACAATTGCTTCT-A-TTCA
507 CGTTTCATCATAAAACAATTG-TT-TAAGTTCA
*** * * * * *
229760 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAAT
1 TACAAGCTTATCCAAAACAAAATAATACTAATTTATT-A-A-TA-TTTA--AAAAATT-ATACA-
* ** * * * **
229825 TGATAAGTTAGAGATTT-AAAAATAAGT-TAGTTTATTGAATC-ATTTCAAATAATTATGGCTAT
58 -G--AAG---GAGATTTAAAAAATAAATATA-TTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTAT
** * *
229887 TT-AACAATTA-CTATTTCAAGCA-TTATGAAC-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT-T-TT
115 TTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTAT-AACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTATATT
* ** * * * ** **
229946 CATCATAAAAGCATATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTA
179 C-T--TACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCCAAAATTAATAACAA
* * * * * * *
230011 GTAGATCTAAAAAGTAAATCTGTTTACCGAACC---TC-------T---A--TT-TGAATAATTA
240 G-A-ATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTTTATGAACAATTA
* *** * ** * * *
230060 TATATTTC-AACCATTATAACCTTTTGTTTCATTATAAA-ATA-ATTGTTTTAGTTCATACAAGT
303 TCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGA-ACATTATTTTA--TCATACAAGC
* ** * ** * * *
230122 TTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTCAAAAATATTTTAAAAATGAATAACTAAGAGATTTAAAA
365 TTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
*** * * * * * * * *
230187 AATAAATCAATTT-GCTAAAACAGTTCAAATAGTTAAGACTCTATGAATAATTATCTATTTCAAA
430 AATAAATTTGTTTATC-GAACCAGTT-TAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * *
230251 TCGTTATGACCCTTT-GTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCA
493 TCGTTAT-AACTTTTCGTTTCATCATAAAACAATTGTTTAAGTTCA
* * * * * * *
230296 TGCAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAA-GT
1 TACAAGCTTATCCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATT-ATACAG-AAGGA
** * * ** * * * * * ** * * * *
230359 GATTTAAAATGTGAATATGTTTATTGAATCAA-TTGAAAAAATAATGGCCATGTCAATAATTATC
64 GATTTAAAAAATAAATATATTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
230423 TATTTCAAATCA-TTATTACCTTTT-TTTTGGTAATATAACAATTGTT-TTTTAACATT-CAAGT
128 TATTTCAAAT-AGTTATAACATTTTGTTTT-GTCATAAAATAATTGTTATATT--C-TTACAAGT
*** * * * * *
230484 TTATTTGGAATAAAATAATACTAAGTTATTAATTTTCAAAAATTAATAA-GAG-ATTTAAAAAAT
188 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAATTAATAACAAGAATTTAAAAAAT
* * * * ** * * ** * *
230547 AAATATGTTTACCGAATTAGTTCAAATAGTTATA-ACTGTT-TGAACAATTGTAAACTTCAAATC
253 AAATTTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTA-AGACT-TTATGAACAATTATCTATTTCAAATT
* * * ** * * **
230610 ATTAT-ATCCTTTTGTTCTATCATAAA-ATGATTATTTTTGTTCATACTAGCTTATTCAAAATAA
316 GTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAGAACATTA-TTTT-ATCATACAAGCTTATTCGGAATAA
* * * * * *
230673 AATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTTTTT
378 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * *
230738 ACCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGAATATATGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTA-AGACCTT
443 ATCGAACCAGTT-TAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATA-A-CTT
** ** * *
230801 TTTTTTTTGTCATAAGACAATTTTTTTAA-TTCA
505 TTCGTTTCATCATAAAACAA-TTGTTTAAGTTCA
* * * * * * * *
230834 TACTAGCTTATTCAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAA-GA
1 TACAAGCTTATCCAAAACAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAAAAAATT-ATACAGAAGGA
* * * * * * *
230897 GATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTTAACAATTATCT
64 GATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * * * * * * *
230962 ATTTGAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAACTTTGTT
129 ATTTCAAATAGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTATATTCTTACAAGTTTATT
*** * * * * *
231027 TGGAATAAAAACAATACTAATCCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GAG-ATTTAAAAAATAA
193 CAAAAT-AAAATAATACTAAT-TTAATAATA-TTCCAAAATTAATAACAAGAATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * * * ***
231090 ACTTGTTTATCC-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTACT-TGAGCAATTATTTACTTCAGACCAT
255 ATTTATTT-GCCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACT-TTATGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
* * *
231153 TAT-AAC-TTT-TTAT-TC-T-------ATTATATGT-TCATACAAGCTTATTC--AACTTAAAA
318 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGAACATTAT-TTTATCATACAAGCTTATTCGGAA--TAAAA
* * * * * * * *
231203 TAATACTAGTTTACTAAAATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTAT
380 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAT
* ** ** * * **** * * *** *
231268 CAAACTTGATCAAATCGTTATGAC-ATTT--TGGTTTGTC-A--TAAAAAAATTAT---TTAT-G
445 CGAACCAG-TTTAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTTTTCG
* * ** **
231323 -TTCAT-AT-AAGCTATTTGAAATAAAAT-A
509 TTTCATCATAAAAC-AATTG-TTTAAGTTCA
* * * *
231350 TACTAAG-TTAT--------TAAT-ATTC-CA---A--AA-A-TT-AATAA-T-T----AAGG-G
1 TAC-AAGCTTATCCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTATACAGAAGGAG
* * * * * * * * * *
231389 ATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATATGAATAATTATTTT
65 ATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * ** * * * * * * *
231454 TTTGAAATTGCTATAACCTTTCATTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTATTCATACCAGCTTATTT
130 TTTCAAATAGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTGTTATATTCTTACAAGTTTATTC
** * * * * *
231519 TGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-AAGAGAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
194 AAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCA-A-AATTAATAA-CAAGA-ATTTAAAAAATAA
** * * * * * *
231583 ATTTATTT-CCAAATAAGTTCAAATTATTATGACTATT-TGAACAATTATTTATTTTAACTTGTA
255 ATTTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACT-TTATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * * * *
231646 ATGACTTTTTGTTTCGTCATAAA-ATA-ATTGTTTTTGTTCATTCAAGCTTATTCGGATTAAAAT
319 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGA-ACATT-ATTTT-ATCATACAAGCTTATTCGGAATAAAAT
** * ** * * * ** **
231709 AATTTTAATTTGTTAATATTTTGACAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAAATGTTTGCC
381 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC
* ** * * * * * * * * *
231774 AAAAAAGTTCAAATGGTCATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTC-
446 GAACCAGTT-TAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACTTTTCG
** * * * *
231838 TTTTGTAATAAAATAATTGTTTTAGGTCA
509 TTTCATCATAAAACAATTGTTTAAGTTCA
* ** ** * * *
231867 TATAAGAC-TAGT-TGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TAAATGAGTAA-
1 TACAAG-CTTA-TCCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTATA-CAG-AAG
* * * * * * * * *
231928 GAGAATTAAAAAAAAGAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACAATCTAAACAATTA
62 GAGATTTAAAAAATA-AATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTA
* * * * * * *
231993 TCTATTTCAAA-AGATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCGTGCAAG--
126 TCTATTTCAAATAG-TTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTATATTCTTACAAGTT
* * *
232055 -AAT-AAAAT--AAT-ATAC--ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAGTTTAAAAA
189 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCC-AAAATTAATAA-CAAGAA-TTTAAAAA
** * * ** * * *
232112 ATAAAAATGTTTTCTTAACACA-TTCAAATAGTCAAAACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAA
251 ATAAATTTATTTGCCAAAC-CAGTTCAAATAATTAAGACT-TTATGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * * * *
232175 TTGTTATAACCTTTTGCTGTGCCATAAACTAAC--TATTTCTATTCATACAA-ATCGATTTGAAA
314 TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-GAACATTATTT-TA-TCATACAAGCT-TATTCGGAA
* * * * * * * * *
232237 TAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTAAAAAAATAAGTCTA
375 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * * *
232302 TTTA-CCAAGCGAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTA-CTTAGTTT-AAATCATTTTC
440 TTTATCGAA-CCAGTT-TAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATC-TA-TTTCAAATC--GTT-
* * ** *
232364 ATAATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA
498 ATAACTTTTCGTTTCATCATAAAACAATTGTTT-AAGTTCA
* * * * * ** *
232404 TACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT-AT-TGTTATAAAATTA-ATGAGTTGTA
1 TACAAGCTTATCCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTAAAAAATTATA-CAGAAGGA
* * * * ** * * ***
232466 CATTTAAAAGATTAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAAGAGTCATATGTTC-ATTTGAATTGTTA
64 GATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGT--TAT-TACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * *
232530 TCTATTTCAAATAATTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTATTTTTATTCATATGAA-AT
126 TCTATTTCAAATAGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTATATTCTTA-CAAGTT
* * * * * * **
232594 TATTTAGAATAAAATAACACTAATTTATTAATACTTCAAAAATTAATAA-GAG-ATTTAAAACCT
189 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCCAAAATTAATAACAAGAATTTAAAAAAT
* ** * * * * * * * *
232657 AAATCTATTTATCGAACCAATTTAAATAGTTATGACTATT-TGAATAATTAGCTATCTT-AAATC
253 AAATTTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACT-TTATGAACAATTATCTAT-TTCAAATT
* * * * * * ** *
232720 ATTATGA--TTTTTTTTTGTCAT-AA-AACAATTATTTCTATTCGTTCAAGCCTCTTTAGAGTAA
316 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGAAC-ATTATTT-TA-TCATACAAGCTTATTCGGAATAA
* ** * * * * * *
232781 AATATTACTAAACTAATAATA-TTCTAAGATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATATATTT
378 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * * * * * *
232845 GTCGAAACAGTTCAAATACTTAAGACTA-TTAGAATAATTATCTTTTTAAAATCATTTTGACCTT
443 ATCGAACCAGTT-TAATAGTTAAGACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACTT
* * * *
232909 TT-ATTT-AGTCTTAAAATAATTGTTTCAGTTCA
505 TTCGTTTCA-TCATAAAACAATTGTTTAAGTTCA
* * * * *
232941 TACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TTAAGAAAATTAATA-AGTAA-G
1 TACAAGCTTATCCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA-AAAATT-ATACAG-AAGG
* * * *** * *
233003 AAATTAAAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
63 AGATT-TAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * * * * * * *
233068 CTGTTTAAAATCGTTGTGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTA
127 CTATTTCAAATAGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTATATTCTTACAAGTTTA
* * * * **
233133 -TCTAAAACAAAATAATA-TAACTTTATTAATATTTCAAAAATTGA-AACGTTGGAGATTTAAAA
191 TTC-AAAATAAAATAATACTAA-TTTAATAATA-TTCCAAAATTAATAAC--AAGA-ATTTAAAA
* **** * * ** * * *
233195 AATAAAATTCATTTATTGAATCAGTTCAAATAATTATGACCATCTGAATAATTATCTATTTTAAA
250 AAT-AAATTTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTTTATGAACAATTATCTATTTCAAA
** * * * * * *
233260 TCATTATGAACTTTTGTTCTATCAT-AA-AACAATTGTTTGTCATCATACAAGCCTATTCGAAAT
314 TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGAAC-ATTATTT-T-ATCATACAAGCTTATTCGGAAT
* *
233323 AAAATAATACTAATTTATTAATGTTTCAAAAATTAATGAGT-AGCAGATTTAAAAAATAAATTTG
376 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * *
233387 TTTATAGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATGATTATTTGAACAACTATATA
440 TTTATCGAACCAGTT-TAATAGTTAAGACTATTT--A-AA-CA--ATTA--T------C----TA
* * ** *
233452 TTTCAAATTGTTATAACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTAAGTTCA
486 TTTCAAATCGTTATAA-CTTTTCGTTTCATCATAAAACAATTGTTTAAGTTCA
* * * * * * *
233505 TACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA-TTATGAAAATTAATA-ACTAA-G
1 TACAAGCTTATCCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAAATT-ATACA-GAAGG
* *** * *
233567 AGATTTAAAAAATAAA-ATTATTTGCCAAACCAA-TTCAAATAG-TAAGGCTATATGAATAATTA
63 AGATTTAAAAAATAAATA-TATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTA
* * ** * * * * ** *
233629 T-TAATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAAATGCTTTTGTTCAAATAAGT
126 TCT-ATTTCAAAT-AGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTATATTCTTACAAGT
* * * * * ** *
233692 TTGTTCAGAAT-AAATAAGATTAATTTATTAATATTTGAAAATTAATAA-GAG-ATTTAAAAAAT
188 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAATTAATAACAAGAATTTAAAAAAT
* * * * * * * * *
233754 AAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAATTATTTATA-ACAATT-TGAACAATTATTTATTTCAAATC
253 AAATTTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTA-AGAC-TTTATGAACAATTATCTATTTCAAATT
* * * * * * * *
233817 ATTATGATCATTTGTTTTATCAT-AA-AACAATTGTTTCTATTGATA-TAGTCTTATTCGAAATA
316 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGAAC-ATTATTT-TA-TCATACAAG-CTTATTCGGAATA
* * * * ** *
233879 AAGTAA-AGCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAAACAATGAACCTA
377 AAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATTTG
*** * * * * * * * * ** *
233942 TTGGCCTG-GCCAATCTAAATAGTTATGATTGTTTGAGCAATTATCTATTTCAAATTATTATGAC
440 TTTATC-GAACCAGT-TTAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AA
** * * *
234006 CTTTT-GTTTTGTCACAAAAAAATTGTTTCTA-TTCA
502 CTTTTCGTTTCATCATAAAACAATTGTTT-AAGTTCA
* * * * * * ** *
234041 TACAAACTTATTCGAAATAACATAATTCTAATATT-TTAATATTTTGAAAATTA-ATA-AA--AG
1 TACAAGCTTATCCAAAACAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTAAAAAATTATACAGAAGGAG
* * * *** * *
234101 ATTTAAAAATTGAAGT-TGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTACCT
65 ATTTAAAAAAT-AAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * * * *
234165 ATTTCAAGTCA-CTA-AACCTTTTGTTTTCTCATAAAAGAATTTTTTTTGTTCATACAAGCTTAT
129 ATTTCAAAT-AGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTGTTATATTCTTACAAGTTTA-
* * * * * * *
234228 TTC-AATTAAAATAATACAAATTTATTAGTA-TCCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAA
191 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCC--AAAATTAATAA-CAAGA-ATTTAAAAAA
* * ** *** * * *
234291 TAAATCTATTTACTGAGTAAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATTTATTTC-AATC
252 TAAATTTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACT-TTATGAACAATTATCTATTTCAAAT-
* * * *
234354 ATATTA--ACTTTTTTTTTTGTCATAAA-ATA-ATTATTTTTGTTCATACTAA-CTTATTCGG-A
315 -TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGA-ACATTA-TTTT-ATCATAC-AAGCTTATTCGGAA
* * **** * *
234413 TTAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGTCAATTAGTAAGTAA-AGATGTT-AAAAATAAATAT
375 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT-TTAAAAAATAAATTT
* * * * * * * * * * *
234476 GTTTACCAAACAAATTCAAAAAGTCATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
439 GTTTATCGAACCAGTT-TAATAGTTA-AGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA
* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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** * * *
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* *
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* *
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* *
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* *
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* * * * * * *
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** * *
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*
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* * * * ** *** * ** * * *
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* ** * * ** * **
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* * *
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* * *
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** * ** * * * * ** * *
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* ** * * * * * * * ** *
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* *
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* * * ** *
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* * * ** *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * * * * *
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* * * * * * ** *
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* ** * * * *
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** * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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489 AATAAATTTGTTTACTAATTAAGCTAAAATAACTATGACCATT
* * *** * ** * * *
230050 TGAATAATTATATATTTC-AACCATTATAACCTTTTGTTTCATTATAAAATAATTGTTTTAGTTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTCTTTT-GATC
* * * * * ** * *
230114 ATACAAGTTTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTCAAAAATATTTTAAAAATGAATAACTAAGAG
64 ATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAG
** * * * * * * * * * *
230179 ATTTAAAAAATAAATCAATTT-GCTAAAACAGTTCAAATAGTTAAGACTCTATGAATAATTATCT
129 ATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATC-GAACCAATT-TAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCA
* * * * * *
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191 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-AGATCATACAAGCTTATT
*** * * * * *
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255 CGGTA-AAAATAATACTA-ATTAATAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-ATA
* ** * * ** ** * * * * * *
230372 AATATGTTTATTGAATCAA-TTGAAA-AAATAATGGCCATGT-CAATAATTATCTATTTCAAATC
316 AATATATTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGCTAA-AACTAT-TAGAAAAATTATCTATCTAAAATT
* * * * ** * ** * * ***
230434 ATTATTACCTTTTTTTTGGT-AATATAACAATTGTTTTTTA-ACATTCAAGTTTATTTGGAATAA
378 GTTATAACCATTTGTTTAATCAA-AAAACAATTGTTTTAGATA-ATACAAGCTTATACAGAATAA
* * *
230497 AATAATACTAAGT-TATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
441 AATAATACGAA-TATATTAATATTTCTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-C
* * * ** * **
230560 GAATT-AGTTCAAATAGTTATAACTGTT
504 TAATTAAGCTAAAATAACTATGACCATT
* ** * ** * * * * *
230587 TGAACAATTGTAAACTTCAAATCATTAT-ATCCTTTTGTTCTATCATAAAATGATTATTTTTGTT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATT-CTTTTGAT
** * * * *
230651 CATACTAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGA
63 CATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGA
* * * * * * * * * *
230716 AATTTAAAAAATAAATTTTTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGAATATATGAACAATTATCT
128 GATTTAAAAAATAAA-TTGTTTATCGAACCAATT-TAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCA
* * * * *
230781 ATTTCAAAT-GTTAAGACCTTTTTTTTTTGTCATAAGACAATTTTTTTA-ATTCATACTAGCTTA
191 ATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTAGA-TCATACAAGCTTA
* * * * *
230844 TTCAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAA
253 TTCGGTA-AAAATAATACT-AA-TTAATAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAA
* * * * ** * ** * * * *
230907 ATAATTCTATTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTTAACAATTATCTATTTGAAATC
313 ATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGCTAAAACTATTAGAAAAATTATCTATCTAAAATT
* * *** * * * * * * * ***
230972 GTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAA-CTTTGTTTGGAATAAA
378 GTTATAACCATTTGTTTAATCAAAAAACAATTGTTTTAGATAATACAAGC-TTATACAGAAT-AA
* * * * *
231036 AACAATACTAATCCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAACTTGTTTA
441 AATAATACGAAT-ATATTAATATTTCTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
231099 TCCAACCAGT
Statistics
Matches: 4189, Mismatches: 811, Indels: 683
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Consensus pattern (531 bp):
TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTCTTTTGATCAT
AAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAT
TTAAAAAATAAATTGTTTATCGAACCAATTTAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTC
AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAGATCATACAAGCTTATTCGGTAA
AAATAATACTAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATATTTA
CCAAACAAGTTCAAATAGCTAAAACTATTAGAAAAATTATCTATCTAAAATTGTTATAACCATTT
GTTTAATCAAAAAACAATTGTTTTAGATAATACAAGCTTATACAGAATAAAATAATACGAATATA
TTAATATTTCTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAATTAAGCTAAAATAA
CTATGACCATT
Found at i:228913 original size:181 final size:178
Alignment explanation
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228581 TTGAACTAGA
* * *
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* * * * * *
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** * * *
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* * * * * * * * *
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1 TCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* *
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* * *
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* * ** * * * *
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1 TCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
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66 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATA--T
*** *
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* * * * ** *
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1 TCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
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66 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT-
* * * *
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128 -AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAGAC-AAGT
* * *
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1 TCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * **
229380 CAAAATATTTGTTT-TCGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATT
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* * * ** **
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128 --AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAGACAAGT
* * * * ** * *
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1 TCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATT-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
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65 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-TAATTTATT-AATA-
* * * *
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126 TT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAGA-CAAGT
* ** * *
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1 TCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* *
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66 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTA-
* * *
229805 TTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTT-AAAAATAAGT-TAGTTTA-TTGA-ATC
129 ---A--AA-A-TT-----A---ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACTAGACA--
*
229866 ATT
176 AGT
* * * * * * *
229869 TCAAATAATTATGGCTATTT-AACAATTA-CTATTTC-AAGCATTATGAACTTTTGTTTTATCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * *
229931 AAAACAATTGTTTTTCA-TCATAAAAGCATATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
66 AAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATA--
* *
229994 TTAAAAATTAATAAGT-AGTAGATCTAAAAAGTAAATCTGTTTAC----C--G-
126 TTAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAGACAAGT
** * * * * ** *
230040 ----A-A--CCT--CTATTTGAATAATTATATATTTC-AACCATTATAACCTTTTGTTTCATTAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * **
230095 AAAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAG-TTTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTCAAAAATATT
66 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA--
* * ** * *
230158 TTAAAAATGAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTGCTA-AAACAGT
126 TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAGACA-AGT
* * * * * * * *
230211 TCAAATAGTTAAGACTCTATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCCTTTGTTTTATCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
230276 AAAATAATTGTTTC-AGTTCATGCAAGCCTA-TTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATT
66 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-T
* ** * * *
230339 TCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAATGTGAATATGTTTA-TTGAATCAA-T
127 T-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAG-A-CAAGT
* * * * * * * * * * *
230392 TGAAAAAATAATGGCCATGTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTT-TTTTGGTAA
1 TCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-GTCA
* * * ** * *
230456 TATAACAATTGTTT-T-TTAACATTCAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAAGTTATTAATTT
65 TAAAACAATTGTTTCTATT--CATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATAT
* *
230519 TCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC-CGA-ATTAGT
127 T-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAGACA--AGT
* * * * * ** * * *
230568 TCAAATAGTTATAACTGTTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCATTAT-ATCCTTTTGTTCTATCA
1 TCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCA
** * * * * * *
230632 TAAAATGATTATTTTTGTTCATACTAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATT
65 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT
* * * * * *
230696 CCAAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTTTTTAC-CGAACTAGT
128 --AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAG-ACAAGT
* * * * * * * * *
230749 TCAAATAGTTAAGAATATATGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTAAGACCTTTTTTTTTTGTCA
1 TCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCA
* * * *
230813 TAAGACAATT-TTTTTAATTCATACTAGCTTA-TTCAGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATAT
65 TAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATAT-AATTTATTAATA-
* * * *
230876 TTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTA-ACCAGT
126 TT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAGACAAGT
* * * * * * * *
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1 TCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * ** * *
230995 AAAACAAATGTTTTTGTTCATATAA-CTTTGTTTGGAATAAAAACAATACTAATCCTATTAATAT
66 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC-TTATTTCAAAT-AAAATAATA-TAAT-TTATTAATA-
* *
231059 TTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA-CTTGTTTATCCA-ACCAGT
126 TT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-TGTTTA-CTAGACAAGT
231109 TCAAATAGTTATGACTA
1 TCAAATAGTTATGACTA
231126 CTTGAGCAAT
Statistics
Matches: 1859, Mismatches: 361, Indels: 268
0.75 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
162 7 0.00
163 12 0.01
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170 1 0.00
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175 6 0.00
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179 64 0.03
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AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTAAA
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Found at i:229889 original size:194 final size:193
Alignment explanation
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229590 CAGAATAAAA
229600 TAATATTAATTTATTAAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAACAAATCTGTTTA
1 TAATATTAATTTATTAAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAACAAATCTGTTTA
* * * *** *
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66 TCGAGCGAGTTCAAATAATTATGACTATTT-AACAATTA-CTACTTC-AAGCATTATGAACTTTT
* * *
229730 ATTTTGTCATAAAACAATTGCTTCT-ATTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATT
128 ATTTTATCATAAAACAATTGCTTCTCA-TCATAAAAGCATATTTAG-AATAAAATAATACTAATT
229793 TAT
191 TAT
* * * * * * *
229796 TAATATTACTTTATT-AATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTT-AAAAATAAGT-TAGTTT
1 TAATATTAATTTATTAAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAACAAATCT-GTTT
* * * * * *
229858 ATTGAATC-ATTTCAAATAATTATGGCTATTTAACAATTACTATTTCAAGCATTATGAACTTTTG
65 ATCG-AGCGAGTTCAAATAATTATGACTATTTAACAATTACTACTTCAAGCATTATGAACTTTTA
* *
229922 TTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCATCATAAAAGCATATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
129 TTTTATCATAAAACAATTGCTTCTCATCATAAAAGCATATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
229987 TAATATT
1 TAATATT
229994 TTAAAAATTA
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 25, Indels: 13
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
191 76 0.45
192 7 0.04
193 8 0.05
194 35 0.21
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196 14 0.08
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (193 bp):
TAATATTAATTTATTAAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAACAAATCTGTTTA
TCGAGCGAGTTCAAATAATTATGACTATTTAACAATTACTACTTCAAGCATTATGAACTTTTATT
TTATCATAAAACAATTGCTTCTCATCATAAAAGCATATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
Found at i:230725 original size:538 final size:540
Alignment explanation
Indices: 230071--231120 Score: 1257
Period size: 538 Copynumber: 1.9 Consensus size: 540
230061 ATATTTCAAC
* * * *
230071 CATTATAACCTTTTGTTTCATTATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGTTTTTTCAAAATAAA
1 CATTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
** * *
230136 ATAATACTAATTCAAAAATATTTTAAAAATGAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTG
66 ATAATACTAATTCAAAAATATTCCAAAAATGAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATCAATTTA
* * * *
230201 CTAAAAC-AGTTCAAATAGTTAAGACTCTATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-CT
131 C-AAAACTAGTTCAAATAGTTAAGAATATATGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTAAGACCTCT
* * * * *
230264 TTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATGCAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACT-AGT
194 TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAA-AATGAAT
* * ** * * *
230328 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAATGTGAA-TATGTTTA-TTGAATCAA
258 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAT-AATTATATTTACCT-AACCAA
* ** * * *
230391 TTGAAAAAATAATGGCCATGTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTT-TTTTGGTA
321 TTCAAAAAATAATAACCATGTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-GCA
* * * *
230455 ATATAACAATTGTTTTT-TAACAT-TCAAGTTTATTTGGAAT-AAAATAATACTAAGT-TATTAA
385 ATAAAACAAATGTTTTTGT-ACATAT-AACTTTATTTGGAATAAAAACAATACTAA-TCTATTAA
**
230516 T-TTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA-TATGTTTA-CCGAATTAGTTCAAATAGTT
447 TATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAACT-TGTTTATCC-AACCAGTTCAAATAGTT
230578 ATAACTGTTTGAACAATTGTAAACTTCAAAT
510 ATAACTGTTTGAACAATTGTAAACTTCAAAT
* * * *
230609 CATTATATCCTTTTG-TTCTATCATAAAATGATTATTTTTGTTCATACTAGCTTATTCAAAATAA
1 CATTATAACCTTTTGTTTC-ATCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAA
* * ***
230673 AATAATACTAA-TCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTTTT
65 AATAATACTAATTC-AAAAATATTCCAAAAATGAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATCAATT
** *
230737 TACCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGAATATATGAACAATTATCTATTTCAAATGTTAAGACCTTT
129 TACAAAACTAGTTCAAATAGTTAAGAATATATGAACAATTATCTATTTCAAATGTTAAGACCTCT
* * * * * * * *
230802 TTTTTTTGTCATAAGACAATTTTTTTAATTCATACTAGCTTATTCAGAATAAAATAAAATGAATT
194 TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAAAATGAATT
* *
230867 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAGTTC
259 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAATTATATTTACCTAACCAATTC
* * * * * * * *
230932 AAATAATTATAACTATTTTAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAA
324 AAAAAATAATAACCATGTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCAATAA
* *
230997 AACAAATGTTTTTGTTCATATAACTTTGTTTGGAATAAAAACAATACTAATCCTATTAATATTTC
389 AACAAATGTTTTTGTACATATAACTTTATTTGGAATAAAAACAATACTAAT-CTATTAATATTTC
231062 AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAACTTGTTTATCCAACCAGTTCAAATAGTTAT
453 AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAACTTGTTTATCCAACCAGTTCAAATAGTTAT
231121 GACTACTTGA
Statistics
Matches: 428, Mismatches: 68, Indels: 29
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (540 bp):
CATTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
ATAATACTAATTCAAAAATATTCCAAAAATGAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATCAATTTA
CAAAACTAGTTCAAATAGTTAAGAATATATGAACAATTATCTATTTCAAATGTTAAGACCTCTTT
GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAAAATGAATTTA
TTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAATTATATTTACCTAACCAATTCAA
AAAATAATAACCATGTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCAATAAAA
CAAATGTTTTTGTACATATAACTTTATTTGGAATAAAAACAATACTAATCTATTAATATTTCAAA
AATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAACTTGTTTATCCAACCAGTTCAAATAGTTATAACTGTTTG
AACAATTGTAAACTTCAAAT
Found at i:231890 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 231277--233430 Score: 880
Period size: 182 Copynumber: 12.0 Consensus size: 178
231267 TCAAACTTGA
* * * * * *
231277 TCAAATCGTTATGACATTTTGGTTTGTCATAAAAAAATT-ATTTATGTTCATAT-AAGC-TATTT
1 TCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTA-GGTCAT-TCAAGCTTA-TT
* * * ** *
231339 GAAATAAAAT-ATACTAAGTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAATTAAGGGATTTAAAAAATGA
63 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
** * * * * * * * * *
231402 ATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATATGAATAATTATTTTTT
126 AAATGTTT-CCAAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATT
* *** * * ** * * * * *
231456 TGAAATTGCTATAACCTTTCATTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTA-TTCATACCAGCTTATTTT
1 TCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGGTCATTCAAGCTTA--TT
* * * *
231520 GAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGAGAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
63 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAA
* * * *
231585 TTATTTCCAAATAAGTTCAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATTTATT
128 ATGTTTCCAAAAAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATT
* * ** * * * *
231636 TTAACTTGTAATGACTTTTTGTTTCGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATTCAAGCTTATTCGG
1 TCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGGTCATTCAAGCTTATT--G
* ** * * * *
231701 ATTAAAATAATTTTAATTTGTTAATATTTTGACAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAAA
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAAA
* * *
231766 TGTTTGCCAAAAAAGTTCAAATGGTCATGACTATTTGAATAATTATATATT
129 TGTTT-CCAAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATT
* * *
231817 TCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAATAATTGTTTTAGGTCATAT-AAGAC-TAGTT
1 TCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGGTCAT-TCAAG-CTTA-TT
* * * *
231880 GAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATAAATGAGTAAGAGAATTAAAAAA-AA
63 GAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * *
231943 GAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACAATCTAAACAATTATCTATT
126 -AA-ATGTTT-CCAAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATT
** * * ** *
231999 TCAAAAGATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCT--G---TTCGTGC--A-AGA
1 TCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTTAGGTCATTCAAGCTTATTGA
*
232056 ATAAAATAATA-TACATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAAAAG-TTTAAAAAATAAAA
65 ATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAA
* * * * ** *
232118 ATGTTTTCTTAACACA-TTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACAATTATCTATT
128 ATG-TTTC-CAAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATT
** * * * * * * * * * * * *
232170 TCAAATTGTTATAACCTTTTGCTGTGCCATAAACTAACTATTTCTA-TTCATACAA-ATCGATTT
1 TCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGGTCATTCAAGCT-TA-TT
* * * * *
232233 GAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCA-AAAATTAATAAGCAAAAGATTAAAAAAATAA
63 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
*** * *** *
232297 GTCTATTTACCAAGCGAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTACT-TAGTT
126 AAATGTTT-CCAAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TATA-TT
* * * * * *
232352 T-AAATCATTTTCATAATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTAT
1 TCAAATCA--TT-ATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGGTCATTCAAGCTTAT
* * * *** * *
232415 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATT-AT-TGTTATAAAATTAATGAGTTGTACATTTAAAAGAT
62 T--GAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* ** * ** * * * *** *
232478 TAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAAGAGTCATATG-TTCATTTGAATTGTTATCTATT
124 AAAAATGTTT-CCAAAAAAGTTCAAATAGT--TATGACT-ATTTGAACAATTATATATT
* * * * * * *
232536 TCAAATAATTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTATTTTTA-TTCATATGAA-ATTATTT
1 TCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTTAGGTCAT-TCAAGCTTA-TT
* * **
232599 AGAATAAAATAACACTAATTTATTAATACTTCA-AAAATTAATAAG----AGATTTAAAACCTAA
63 -GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * ** * * **
232659 ATCTAT-TTATCGAACCAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAGCTATCT
126 A--AATGTT-TCCAAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATAT-T
* * * *
232714 T-AAATCATTATGA-TTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCGTTCAAGCCTCT-TT
1 TCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGGTCATTCAAG-CT-TATT
* * ** * * * *
232774 AGAGTAAAATATTACTAAACTAATAATATTCT--AAGATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAA
63 -GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * * * *
232837 ATATATTTGTCGAAACAGTTCAAATACTTAAGACTATTAGAATAATTATCTTTT
126 AAATGTTT-CCAAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATT
* * * * * * * * * * *
232891 TAAAATCATTTTGACCTTTTATTTAGTCTTAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTCAA
1 TCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGGTCATTCAAGCTTATT--G
* * * *
232956 AATAAAATAATACTATTTTATTAACATTAAGAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTAAAAAAAATAAA
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAA-AAGATT-TAAAAAATAAA
* ** * * *
233020 TCTAT-TTATTGAACAAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTGTT
127 --AATGTT-TCCAAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATT
* * * * * * * * **
233073 TAAAATCGTTGTGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATCTA
1 TCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGGTCATTCAAGCTTAT-T-
* * * ***
233137 AAACAAAATAATA-TAACTTTATTAATATTTCA-AAAATTGAA-ACGTTGGAGATTTAAAAAATA
63 GAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTT-AGAAAATT-AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * *** ** * * * * *
233199 AAATTCATTTATTGAATCAGTTCAAATAATTATGACCATCTGAATAATTATCTATT
125 AAAAT-GTTT-CCAAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATT
* * * * * *
233255 TTAAATCATTATGAAC-TTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTGTCA--TCATACAAGCCTATT
1 TCAAATCATTATG-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-T-AGGTCATTCAAGCTTATT
* * **
233317 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATGTTTCA-AAAATTAATGAGTAGCAGATTTAAAAAATA
63 -G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
** ** ** *
233381 AATTTGTTTATAGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTAT
125 AAAATGTTTCCA-AAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
233431 GATTATTTGA
Statistics
Matches: 1529, Mismatches: 337, Indels: 216
0.73 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.00
171 62 0.04
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174 22 0.01
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
TCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGGTCATTCAAGCTTATTGAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAAATG
TTTCCAAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATT
Found at i:233147 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 231279--234799 Score: 1690
Period size: 181 Copynumber: 19.5 Consensus size: 179
231269 AAACTTGATC
* * * * * * * * *
231279 AAATCGTTATGACATTTTGGTTTGTCATAAAAAAATTATTTATGTTCATATAAGC-TATTTGAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTAAAA
* * ** *
231343 TAAAAT-ATACTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGGGATTTAAAAAATGAATCTA
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * * *
231407 TTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATATGAATAATTATTTTTTTG
129 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
*** * ** ** * * **
231458 AAATTGCTATAACCTTTCATTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTATTCATACCAGCTTATTTTGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTAAAA
* *
231523 TAAAATAATACAAATTTATTAATATT-AAGAGAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATT
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATC
* * * * *
231586 TATTT-CCAAATAAGTTCAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTT
127 TATTTATCGAACAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
* ** * * * * * * * ** *
231638 AACTTGTAATGACTTTTTGTTTCGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATTCAAGCTTATTCGGAT
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-AAAA
** * ** * * **
231703 TAAAATAATTTTAATTTGTTAATATTTTGACAATTGATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAAAAT
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCT
* ** * * * * * * *
231767 GTTTGCCAAAAAAGTTCAAATGGTCATGACTATTTGAATAATTATATATTTC
128 ATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
* * * * * *
231819 AAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAATAATTGTTT-TAGGTCATATAAGAC-TAGTTGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAG-CTTA-TTAA
* * * *
231882 AGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAAATGAGTAAGAGAA-TTAAAAAAAAGAA
63 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGA-AATTTAAAAAATA-AA
* * * * *
231946 TATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACAATCTAAACAATTATCTATTTCA
125 TCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-A
* * * * * * *
232002 AAA-GATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCGTGCAAG---AATAAAAT
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTAAAAT
* ** *
232063 --AAT-ATAC--ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAGTTTAAAAAATAAAAATGT
66 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTAT
* * ** *
232122 TT-TCTTAACACA-TTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
130 TTATC-GAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
** * * * * * * * * *
232172 AAATTGTTATAACCTTTTGCTGTGCCAT-AAACTAACTATTTCTATTCATACAA-ATCGATTTGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TA-TTAA
* * * * *
232235 AATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGCAA-AAGATTAAAAAAATAAGT
63 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAAT
* * *
232299 CTATTTA-CCAAGCGAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTA-CTTAGTTT-
126 CTATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TA-TTTA
* ** *
232353 AAATCATTTTCATAATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCA
1 AAATCA--TT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-A
* * * * * * *
232418 AAATAAAATAATACTAATTTATTATTGTT-ATAAAATTAATGAGT-TGTACATTTAAAAGATTAA
62 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAG-AAATTTAAAAAATAAA
* * *** *
232481 TCTATTTA-CTGAACAAGTTCAAAGAGTCATATG-TTCATTTGAATTGTTATCTATTTC
125 TCTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGT--TATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTA
* * * * * * * * *
232538 AAATAATTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTATTTTTATTCATATGAA-ATTATTTAGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-CAAGCTTA-TTAAA
* **
232602 ATAAAATAACACTAATTTATTAATACTTCAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAACCTAAATCT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCT
* * *
232663 ATTTATCGAACCAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAGCTATCTT-
128 ATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTA
* * * * *
232715 AAATCATTATGA--TTTTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCGTTCAAGCCTCT-TTAGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CT-TATTAAA
* * ** * * * * *
232777 GTAAAATATTACTAAACTAATAATATTCTAAGATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATATA
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * *
232842 TTTGTCGAA-ACAGTTCAAATACTTAAGACTATTAGAATAATTATCTTTTTA
129 TTTATCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
* * * * * *
232893 AAATCATTTTGACCTTTTATTTAGTCTTAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACATGCTTATTCAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT-AAA
* * * *
232957 ATAAAATAATACTATTTTATTAACATTAAGAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAAAAAATAAATC
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAAATT-TAAAAAATAAATC
* * *
233022 TATTTATTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTGTTTA
127 TATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
* * * * *
233075 AAATCGTTGTGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATCTAAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TAAAA
* * ** *
233140 CAAAATAATA-TAACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAA-ACGTTGGAGATTTAAAAAATAAAAT
65 TAAAATAATACTAA-TTTATTAATA-TTCAAAAATT-AATAAGTAAGAAATTTAAAAAAT-AAAT
* * * * * *
233203 -TCATTTATTGAATC-AGTTCAAATAATTATGACCATCTGAATAATTATCTATTTT
126 CT-ATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
* * * * * *
233257 AAATCATTATGAACTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTGTCA-TCATACAAGCCTATTCGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATT-AAA
* * * *
233321 ATAAAATAATACTAATTTATTAATGTTTCAAAAATTAATGAGT-AGCAGATTTAAAAAATAAATT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAG-AAATTTAAAAAATAAATC
* * * * *
233385 TGTTTATAGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATGATTATTTGA
127 TATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT--CTATTT-A
**** * * ** * * * *
233441 ACAA-C-TATAT-A--TTTCAAATTGTTAT-AACCTTTTTGTTT-T-GTCATA-AAAC-AATT-T
1 A-AATCAT-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTAA
** ** * * * * * * * *
233495 TTTAAGTTCATAC-AAGTTTATTCAA-AAT-AAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATT
63 AATAAAATAATACTAA-TTTATT-AATATTCAAAA-ATTAATAA-GTAAGAA-ATT-TAAAAAAT
* *** ** ** * * * * * *
233557 AATAACTAAGAGATTTAA-AAAATAAAATTA-TT-TGCCAAACCAATTCAA-ATAGTAAGGCTAT
122 AA-ATCT-ATTTATCGAACAAGTTCAAA-TAGTTATG----ACTATTTGAACA-A-TTA-TCTAT
*
233618 ATGA
177 -TTA
* * * * ** * * *
233622 ATAATTATTAATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAAATGCTTT-TGTTCAA
1 A-AATCATT-A--T--GA-CCTTTTG----TTT----TGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCAT
* * * * * * **
233686 ATAAGTTTGTTCAGAAT-AAATAAGATTAATTTATTAATATTTGAAAATTAATAAG--AG--ATT
50 ACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATT
* * * * * * * * *
233746 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAATTATTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTT
114 TAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
*
233811 C
179 A
* * * * * *
233812 AAATCATTATGATCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTGATA-TAGTCTTATTCGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATT-AAA
* * * * * *
233876 ATAAAGTAA-AGCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAAACAATGAAC
64 ATAAAATAATA-CTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-GAAATTTAAAAAATAAAT
*** ** * * * *
233939 CTATTGGCCTGGCCAA--TCTAAATAGTTATGATTGTTTGAGCAATTATCTATTTC
126 CTATTTATC-GAACAAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
* * * * *
233993 AAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-AAAA
* * ** * *
234058 TAACATAATTCTAATATT-TTAATATTTTGAAAATTAATAA--AAG--ATTTAAAAATTGAAGT-
65 TAAAATAATACTAAT-TTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAT-AAATC
* * * * *
234117 TGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTACCTATTTC
127 TATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
* * * * * * * * * *
234170 AAGTCACTA-AACCTTTTGTTTTCTCATAAAAGAATTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCAAT
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTAAAA
* * * *
234234 TAAAATAATACAAATTTATTAGTATCCAAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAGAAAATAAATCT
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCT
** *
234298 ATTTA-CTGAGTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT-
128 ATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
* * * * * * * * ***
234349 CAATCA-TATTAACTTTTTTTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACTAA-CTTATTCGG
1 AAATCATTA-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTAAA
* * **** * * *
234412 ATTAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGTCAATTAGTAAGTAA-AGATGTT-AAAAATAAATA
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAAT-TTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * *
234475 TGTTTACCAAACAAATTCAAAAAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTC
127 TATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
** * * ** * *
234528 AAATTGTTATGACCTTCTATTTCATCAAAAAACAATTGTAT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT-AAA
* * *
234592 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTGAA-TAAGAGATTTAAAAAATGAATC
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAAT-AAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * *
234656 TATTTGTTGAACAAGATCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTTTCTATTTC
127 TATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
** * * * * * *
234709 AAATCATTATGATATTTTGTTTTGTGATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATTTCAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTAAAA
234774 TAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT
65 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATT
234800 TCAATAGTCA
Statistics
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0.72 0.17 0.11
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Consensus pattern (179 bp):
AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTAAAAT
AAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATT
TATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
Found at i:233432 original size:18 final size:17
Alignment explanation
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Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 17
233399 GTTCAAATAG
233409 TTATGACTATTTCAACAA
1 TTATGA-TATTTCAACAA
*
233427 TTATGATTATTTGAACAA
1 TTATGA-TATTTCAACAA
*
233445 CTAT-ATATTTCAA
1 TTATGATATTTCAA
233458 ATTGTTATAA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.06, T:0.43
Consensus pattern (17 bp):
TTATGATATTTCAACAA
Found at i:234171 original size:358 final size:350
Alignment explanation
Indices: 233434--234800 Score: 1097
Period size: 358 Copynumber: 3.8 Consensus size: 350
233424 CAATTATGAT
* * ** * * *
233434 TATTTGAACAACTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-C-ATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTT
* * * *
233498 AAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA-TTATGAAAATTAATAA
64 -A-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAAATTAATAA
* * ** * * * * * *
233562 CTAAGAGATTTAAAAAATAAAAT-TATTTGCCAAACCAAT-TCAAATAG-TAAGGCTATATGAAT
125 GTAAG-GATTT-AAAAAT-GAATCTA-TTGCTGAGCAAATCT-AAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * ** ** *
233624 AATTAT-TAATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAAA-TGCTTTTGTTCAAA
185 AATTATCT-ATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATTATTTTTGTTCATA
* ** * * *
233687 TAAGTTTGTTC-AGAATAAATAAGATTAATTTATTAATA-TTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAA
248 CAAACTTATTCGA-AATAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAAAGATTT-AA
* * * *
233750 AAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAATTATTTATAAC
311 AAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAAC
* *
233790 AATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-T
* * * *
233855 ATTGATA-TAGTCTTATTCGAAATAAAGTAA-AGCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
64 ATTCATACAAG-CTTATTC-AAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG
* * * * *
233918 TAACGGATTTAAACAATGAACCTATTGGCCTG-GCCAATCTAAATAGTTATGATTGTTTGAGCAA
126 TAA-GGATTTAAA-AATGAATCTATT-G-CTGAGCAAATCTAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * *
233982 TTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAA
187 TTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTGTTCATACAAA
234047 CTTATTCGAAATAACATAAT-TCTAATATT-TTAATATTTTGAAAATTAATAAAAGATTTAAAAA
252 CTTATTCGAAATAA-ATAATAT-TAAT-TTATTAATATTTTGAAAATTAATAAAAGATTTAAAAA
* ***
234110 TTGAAGT-TGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAAC
314 -T-AAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAAC
* * * * * * * *
234148 TATTTGAACAATTACCTATTTCAAGTCACTA-AACCTTTTGTTTTCTCATAAAAGAATTTTTTTT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTGTTTTATCATAAAACAA-TTGTTTT
* * * * **
234212 GTTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAGTATCCAAAAAATTAATAAGTA
64 ATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGT-
* * * * *
234277 AAAGATTTAGAAAATAAATCTATTTACTGAGTAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
127 AAGGATTTA-AAAATGAATCTA-TTGCTGAGCAAATCT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * *
234341 ATTTATTTC-AATCATATTA--ACTTTTTTTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACTAA
189 ATCTATTTCAAAT--TATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTGTTCATACAAA
* * ** *
234403 CTTATTCGGATTAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGTCAATTAGTAAGTAAAGATGTTAAAA
252 CTTATTCGAAATAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A--AAAGAT-TTAAAA
* * *
234468 ATAAATATGTTTACCAAACAAATTCAAAAAGTCATAAC
313 ATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAAC
* ** * * * * *
234506 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTCTATTTCATCAAAAAACAATTGTATTA
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATT-TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTA
* *
234571 GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTGAA-T
65 -TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT-AAGT
* * * *
234635 AAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTGTTGAACAAGATC-AAATAATTATGGCTATTTGAACAAT
127 AAG-GATTT-AAAAATGAATCTA-TTGCTGAGCAA-ATCTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * *
234699 TTTCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTGATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGC
188 TATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTGTTCATACAAAC
*
234764 TTATTTC-AAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTT
253 TTA-TTCGAAAT-AAATAATATTAATTTATTAATATTT
234801 CAATAGTCAT
Statistics
Matches: 808, Mismatches: 150, Indels: 101
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
354 12 0.01
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360 48 0.06
361 27 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (350 bp):
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAT
TCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGG
ATTTAAAAATGAATCTATTGCTGAGCAAATCTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
TCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTGTTCATACAAACTTATTCGA
AATAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAAAGATTTAAAAATAAATATGTTTA
CCAAACAAGTTCAAATAGTTATAAC
Found at i:235074 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 234802--237425 Score: 1997
Period size: 181 Copynumber: 14.6 Consensus size: 180
234792 TTAATATTTC
* ** * *
234802 AATAGTCATAACTAATTGAACTAGTTTGGTAAAGAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * ** ** * *
234863 TTTTGA-AATAGTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATATAAATAATT
65 TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
* ** * * *
234927 GTTTTACAGA-AAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATAGTTCA
130 GTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * ** *
234978 AATGGACATGACTATTTGAACATATTCAGTAAAAAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTACTAA
1 AATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* *
235043 TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATT
65 TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
* * * * *
235108 GTTTTATGGCAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTA
130 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * *
235159 AATAGCCATAACTATTTGAACTCACTCAATAAATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTATTTATTAA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* ** * * * * *
235224 -TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGGTTTTTTGAACATAAACAATT
65 TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
* *
235288 AG-TTTATAACAAAACAAATGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
130 -GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * **
235339 AACAGTCA-AA--ACTTGAACATGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAA
1 AATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * * *
235399 TTTTTGGAACATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACT-GAACCAA
65 TTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAA
* * ** * *
235462 CTATTTTATGATTAAACAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTATTCA
128 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * *
235515 GATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTA-TAAATAGATTTATTTTTTTTTAATTCTTTTACTCT
1 AATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTC-AGTAAATAGATTTA---TTTTTTAAATCTTTTACT-T
* ** *
235579 -TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAATTGAAA
60 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * * *
235643 CAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCA
125 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * ** * * * * *
235699 GATAGTTATAACTATTTAAACTTATTTGGCAAACATA-TT-TTTTTTAAATCTTTTACTTGTTAG
1 AATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * * * * * * * * * * *
235762 TTGTCAAAATATTAATAGATCAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTCGTATGGACAAAAATAATT
65 TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
* * * *
235827 GTTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTATTCA
130 GTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * ** *
235879 AATAGCCACAA-TAATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTA
1 AATAGTCATAACT-ATTTGAAC-TATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* *** * * **
235943 ATTGTCCTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGTTTGTATGAACCGAAACAA
64 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
** * * * ** * *
236007 TCATTTTATGAC-AAACTAAAAGGTTATAGTGATTCCAAATCGATAATTGCTCA
128 TTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * *
236060 AATAGTCAT-ATTATTTAAACCTGTTTAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA
1 AATAGTCATAACTATTTGAA-CTATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * * *
236124 TTTTCAGAATATTAATAACA-TAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTATACGAAGT-GAAATAA
65 TTTTTAGAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAA
* * * *
236187 TTTTTTTATGACAAAACAATAGGTCATAAAAATTTGAAATAGATAATTATTCA
128 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * *
236240 AATAGTCACAA-TGATTTGATCTAGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTA
1 AATAGTCATAACT-ATTTGAACTA-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * * * *
236303 ATTGTCA-AACTATTAATAAAATTAGTATTATTTTAATAT-GAATAAGTTTGTATGAACAGAAAC
64 ATTTTTAGAA-TATTAAT-AAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * ** * * * * *
236366 TATTGTTCTACAATAGAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATT-TCTTA
126 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGT-TCA
* * * * *
236421 AATATTCATAACTATTTGAACTGGTT-TGATAAATGGATTTATTTTTTAAA---TAT-CTTATTA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * ** * * * ** * * *
236481 ATTTTCAAAATATTAATATCTTAGTATTATTTTATTCCAAACAAACTTAAATGAACAAAAACATT
64 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * *
236546 TGTTTTATGAAAAAAC-AAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGCTCA
129 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * *
236597 AATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTCAGCATACATA-A-TTATTTTTTAAATCTCTTACTGATT
1 AATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCAG--TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * *
236660 AATTTTT-GAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTCAAATAATC-AGTAAGAA-ATGAAA
63 AATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAA
* * * * ** * *
236721 AAATTGTTTAATGAAAAAACATAAGGTCATAACGATTTG-AATAAAGAATTGTTCA
125 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * ** * *
236776 TATAGCCTTAGCTATTTGAACTACTTCAACAAATA-AGTTTATTTTTTAAATC-CTTAGTTATTA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTCAGTAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * *
236839 ATTTTTAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAAT
64 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * *
236903 TGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATATATAATTGTTCA
129 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * **
236955 AATAGTCATTACTATTTGAACTAGTT-TGATAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCCTACTTATT
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTCAG-TAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * *
237019 AATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCCAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAAT
63 AATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAAC
* * * * *
237082 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTAATAATGATTTGAAATATATAATTATTCA
126 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * ** * * * *
237137 AATGGCCATAATTATTTAAACTGATTTGGTAAACT-GATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCAGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * * * *
237201 ATTTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTA-TTCCAATAAGTTTTTATGAACT-GAAACA
64 A-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACA
* * * *
237264 ATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCA
127 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* **
237318 AATAGTCAGAACTATTTGAACT-TGTTTGATAAATAGA--T-TTTTTT-AA---TTT-CTTATTA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTAT-TCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * *
237374 A-TTTTATGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTAT
64 ATTTTTA-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
237426 TTTATGACTA
Statistics
Matches: 1959, Mismatches: 398, Indels: 185
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
171 5 0.00
172 23 0.01
173 20 0.01
174 1 0.00
175 12 0.01
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177 101 0.05
178 108 0.06
179 231 0.12
180 410 0.21
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182 218 0.11
183 9 0.00
184 137 0.07
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AATAGTCATAACTATTTGAACTATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
Found at i:235326 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 234802--240270 Score: 2855
Period size: 361 Copynumber: 15.2 Consensus size: 357
234792 TTAATATTTC
* * * * * *
234802 AATAGTCATAACTAATTGAACTAGTTTGGTAAAGAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * * * *
234863 TTTTGAAATAGTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATATAAATAATTG
66 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTT-TATGAACATAAACAATTG
* ** * * *
234928 TTT-TACAGAAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATGGACATGACTA
130 TTTATA-A-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGTCATAACTA
* *
234992 TTTGAACATATTCAGTAAAAAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTACTAATTTTTAGAATATTA
193 TTTGAAC-TATTCAGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTT-AACTTATTAATTTTTAGAATATTA
* * *
235057 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGGCAAAA
256 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * *
235122 CAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTA
321 CAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* *** * * *
235159 AATAGCCATAACTATTTGAACTCACTCAATAAATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTATTTATTAA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * *
235224 TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGGTTTTTTGAACATAAACAATTA
66 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-GTTTTATGAACATAAACAATT-
* * * * * *
235289 GTTTATAACAAAACAAATGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCA-AA--AC
129 GTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
235351 TTGAACATGTTCA-AAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTACTTATTAATTTTTGGAACATTAA
194 TTGAAC-TATTCAGTAAAA-AGATTTATTTTTTAAATCTTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
* * * * * **
235414 TAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACT-GAACCAACTATTTTATGATTAA
257 TAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* *
235477 ACAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTATTCA
320 ACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * *
235515 GATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCTATAAATAGATTTATTTTTTTTTAATTCTTTTACTCT-
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA---TTTTTTAAATCTTTTACT-TA
* * ** *
235579 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAA-TTGAAA
62 TTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-TTTTATGAACAT-AAA
* * * * * * *
235643 CAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAGTAGATAATTA-TTCAGATAGTTA
124 CAATT-GTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAA-TAGTTCAAATAGTCA
* ** * * * * * * * * *
235707 TAACTATTTAAACTTATTTGGCAAACATA-TT-TTTTTTAAATCTTTTACTTGTTAGTTGTCAAA
187 TAACTATTTGAAC-TATTCAGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATC-TTAACTTATTAATTTTTAGA
* * * * * * * * * *
235770 ATATTAATAGATCAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTCGTATGGACAAAAATAATTGTTTTATG
250 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * *
235835 ACAAAACAAAAAAGTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTATTCA
315 ACAAAAC-AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * *
235879 AATAGCCACAA-TAATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTA
1 AATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
*** * * **
235943 ATTGTCCTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGTTTGTATGAACCGAAACAA
65 ATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGTTT-TATGAACATAAACAA
* * * ** ** * *
236007 TCAT-TTTATGAC-AAACTAAAAGGTTATAGTGATTCCAAATCGATAATTGCTCAAATAGTCAT-
127 T--TGTTTATAACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
236069 ATTATTTAAACCTGTTTAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAA-TTATTAATTTTCAGAA
189 ACTATTTGAA-CTATTCAGTAAAAAGATTTATTTTTTAAA--TCTTAACTTATTAATTTTTAGAA
* * * * *
236133 TATTAATAACA-TAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTATACGAAGT-GAAATAATTTTTTTAT
251 TATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT
* * *
236196 GACAAAACAATAGGTCATAAAAATTTGAAATAGATAATTATTCA
314 GACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * *
236240 AATAGTCACAA-TGATTTGATCTAGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTA
1 AATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * * *
236303 ATTGTCAAACTATTAATAAAATTAGTATTATTTTAATAT-GAATAAGTTTGTATGAACAGAAACT
65 ATTTTGAAA-TATTAAT-AAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGTTT-TATGAACATAAACA
* * * * * *
236367 ATTGTTCTACAATAGAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAAT--TTCTTAAATATTCAT
126 ATTGTT-TATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATAGTTC--AAATAGTCAT
* * ** * * *
236430 AACTATTTGAACTGGTT-TGATAAATGGATTTATTTTTTAAA---TATCTTATTAATTTTCAAAA
188 AACTATTTGAACT-ATTCAG-TAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTAACTTATTAATTTTTAGAA
** * * * ** * * *
236491 TATTAATATCTTAGTATTATTTTATTCCAAACAAACTTAAATGAACAAAAACATTTGTTTTATGA
251 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
236556 AAAAAC-AAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGCTCA
316 CAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * *
236597 AATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTCAGCATACATA-A-TTATTTTTTAAATCTCTTACTGAT
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTC-G-ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * ** *
236659 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTCAAATAA-TCAGTAAGAA-ATGAAA
63 TAA-TTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGT-TTTATGAACAT-AAA
* * * * * * * *
236721 AAATTGTTTAATGAA-AAAACATAAGGTCATAACGATTTG-AATAAAGAATTGTTCATATAGCCT
124 CAATTGTTT-AT-AACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGTCA
* ** *
236784 TAGCTATTTGAACTACTTCAACAAATAAG-TTTATTTTTTAAATCCTT-AGTTATTAATTTTTAG
187 TAACTATTTGAACTA-TTCAGTAAA-AAGATTTATTTTTTAAAT-CTTAACTTATTAATTTTTAG
* * * *
236847 AATATTATTACATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTAT
249 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * *
236911 GACAGAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATATATAATTGTTCA
314 GACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * **
236955 AATAGTCATTACTATTTGAACTAGTTTGATAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCCTACTTATTA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * ** * *
237020 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCCAATAGGCTTGTATGATGAAAAATAAT
65 A-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-TTTTATGAACATAAACAAT
* * * * * * *
237085 TGTTTTATGACAAAACAAAAGTTAATAATGATTTGAAATATATAATTA-TTCAAATGGCCATAAT
128 TG-TTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAA-TAGTTCAAATAGTCATAAC
* ** ** * * *
237149 TATTTAAACTGATTTGGTAAACTGATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTTATAATA
191 TATTTGAACT-ATTCAGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCT-TAACTTATTAA-TTTTTAGAATA
* * * * * *
237214 TTAATAAAGTAATATTATTTTA-TTCCAATAAGTTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGAT
253 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * *
237277 AAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCA
317 AAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* *
237318 AATAGTCAGAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGA--T-TTTTTT-AA---TTT-CTTATTAA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* *
237375 TTTT-ATGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG---CATG----T-----A-T
66 TTTTGA--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTTATGAACATAAACAATT
* * * * * * * * *
237426 -TTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTAT
129 GTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGTCATAACTAT
*** * * *
237490 TT-AA--A--C--T-----G----ATTTGGCAAATCCTT-ACTTATTAATGTTTATAATATTATT
194 TTGAACTATTCAGTAAAAAGATTTATTTTTTAAAT-CTTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT
* * * * * * * * * *
237538 AATTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAAATGTTTTAGGATAGAAC-
258 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * *
237602 AAAGAT-ATAACAATTTGAGATAAATAATTGTTCA
323 AAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * *
237636 AATAGTCATAACAATTTGAA-TTGGTTCAATAAAGAGATTTAATTTTTAAATC---T-CGTATTA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * *
237696 ATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAATAATTTTATATG-A-ATAGA-AA
65 A-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGTTT-TATGAACATAAACAA
* * * * *
237757 -TG------ACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAA-ATATAATGGTTCAAATAGACATGACT
127 TTGTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGTCATAACT
* * ** * *
237814 ATTTGAACTTGTTC-GATAAATAA-ATTAATTGCTTAAATATTCAAATTATTAATTTTTAGAATA
192 ATTTGAAC-TATTCAG-TAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTT-AACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * *
237877 TTAATAAATTAGTATTATTTTA-CTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTCTATGTC
253 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
237941 AAAAC-AAAGGATCATAACAAATTGAAATAAATAATTATTTA
317 AAAACAAAAGG-TCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * *
237982 AATAGTCATAGCTATTTGAACTTGCTCGGTAAACAGATTT-TTTTTTAAACTCTTTTACTTATTA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAA-TCTTTTACTTATTA
* * * *
238046 ATTTTGAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGGTTTTTTGAATAGAAACAATT
65 ATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-GTTTTATGAACATAAACAATT
* * * * * *
238111 GGTTTATGACAAAACAAATGGTCATACTAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAATCATAAAC
129 -GTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAA-TAGTTCAAATAGTCAT-AAC
* * * * * *
238175 TATTTGAA-TATGTTCA-AAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTATGGAACA
191 TATTTGAACTA--TTCAGTAAAA-AGATTTATTTTTTAAATCTTAACTTATTAATTTTTAGAATA
* * *
238238 TTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTGTTTTATGA
253 TTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGA
** *
238301 CAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCA
316 CAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * *
238343 GATATTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TT
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACT-TATT
* * * * * *
238407 GAACTTGTT-CAATA--AACATATT--TATTTTTTTAATTCTCTTACTCTTTAA-TTTT-TGGAA
64 -AA-TT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATT-TC-GA----ATAAGTTTTAT-GAA
* *** *** * * * * * **
238465 TAATAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAG-CTTAGATGAATTGAAACAATTGTTTTA-
118 -CATAA-ACAATT-GT-TTATAACAAAACAAA-AGGTCATA-ATGATTTGAAATAA--ATAATAG
* * * * * * * * *
238527 TTACAAAACAAAAAGTCACAA-TAATTTGAAGTAGATAATTGTTCTAATAG-TTATGACTATTTG
175 TT------CAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTA-TTCA--G-T-AAAAAGATT-T-A-TTTTTT
* * * * * ** * *
238590 AACATGTTCGATAAACATATT--TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTGTCAAAACATTA-ATA
225 AA-A---TC--TTAACTTATTAATTTTTAGAA-----TA-TTAATAAAT-T---AGTATTATTTT
* * * * *** ** *
238652 AATT-AATATTATG-TTAATCTGAATAAGCTTATATGGACAGAAACAATTGTTTTAGGACAAAAC
274 ATTTCAA-A-TAAGCTT-GTATGAAT-AG---A-AACAATT---------GTTTTATGACAAAAC
* * *
238715 AAAGAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTGTTCA
322 AAA-AGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * *
238752 AATAATCATAACGATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAGTAA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * * * * *
238817 TTGTCT-TAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATAAACAGAAAAAA
66 TT-T-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAG-TTTTATGAACATAAACAA
* * * * * * * * *
238880 TCAT-TTTATGACAAACCAAAAGGTTATAACGAATTCAAATCAATAATTGTTCAAATGGTCATAA
127 T--TGTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * *
238944 TTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTCATTTTATAAATCTCTTAA-TTATTAATTTTTAGAAT
190 CTATTTGAAC-TATTCAGTAAAAAGATTTATTTTTTAAA--TCTTAACTTATTAATTTTTAGAAT
** * * * * *
239008 ATTAATAACA-TAGTATTATTTTTATTTTGAATAACCTTATATTAACTA-AAATAATTTTTTTAT
252 ATTAATAA-ATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT
* * ** * * *
239071 GACAAAACAAAAAGTCACAACGATTTTAAATGGATAATTATTCA
314 GACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * ** * * * *
239115 AATAGTCATGACTATTTGATCAAGTTC-AGTAAAAATATTTA-TTTTAAAATTTTTTTACTTATT
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAA-TCTTTTACTTATT
** * * * * * *
239178 AATTGTCAAAATATTCATAAATTAGTATTATTTTAATAT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACT
64 AATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAG-TTTTATGAACATAAACA
* * * * ** * * *
239242 ATTATTT-TATACAAGAACAAAAAGTTAGAACAATTTGAAATAAACAATTGCTT-AAATATTCAT
126 ATTGTTTATA-ACAA-AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATAG-TTCAAATAGTCAT
* * * * *
239305 AATTATTTGAAGTGGTT-TGTTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATC-T--CTTATTAATTTTTAAA
188 AACTATTTGAACT-ATTCAG-TAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTTAACTTATTAATTTTTAGA
* * * * * * *
239365 ATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTCTATGAACA-AAAAAATTTATTTTAT
250 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTAT
* * ** * *
239429 -AAAAAATAAAATTTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
314 GACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * ** *
239472 AATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTAGATAAATA-A-AAATTTTTT-AATCTCTTACTTATTAA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * *** *
239534 TTTTTGAAATCTTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCGAATAAGCGAGTATGAA-TTGAGAA-A
66 -TTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAG-TTTTATGAACAT-A-AACA
* * * * * * * *
239596 ATTATTTTATGACAAGACAGAAGGTTATAATGATTTGAATTAGATAATTA-TTCATATAGTCATA
126 ATT-GTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAA-TAGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
239660 ACTATTTAAACTGGTTCGGCAAACAA-ATTTATTTTTTAAATATCTT-AGTTATTAATTTTT-GA
189 ACTATTTGAACT-ATTCAGTAAA-AAGATTTATTTTTT-AA-ATCTTAACTTATTAATTTTTAG-
* * * *** *
239722 AATATTATTAGAGTAGTATTATTTTATTTTGTATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTAT
249 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
239787 GA-AAAACAAAAATGTTATAATGATTTGAAGTATATAATTGTTCA
314 GACAAAAC-AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * *
239831 AATAGTCATAACTATTTGAAATGGTT-TAGTAAATAAATTTATATTTTAAATCTCTTACTTATTA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * *
239895 ATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTC-AATAAGATTGTATGATCAAAAACAA
65 A-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAG-TTTTATGAACATAAACAA
* * * * * ** * * * * *
239959 TTATTATATGACTAAACAAAATGTGATAACAATTTGAAATAGATAATTA-TTGAAATGGCCTTAA
127 TTGTT-TATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAA-TAGTTCAAATAGTCATAA
* ** * * * * *
240023 TTATTT-ACACTGATTCAGCCAACA-ATTCACTTTTTAATTCACTTAA-TTA-TAAATTTTAGGA
190 CTATTTGA-ACT-ATTCAGTAAAAAGATTTATTTTTTAAAT--CTTAACTTATTAATTTTTA-GA
* *
240084 ATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTAT-AATGAACTA-AAACAATTGTTTTA
250 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT-TGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA
** * * *
240147 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAACAATTGTTCA
313 TGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * ** *
240192 AATAGTCATAACTATTTTAATTTTTTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCATGCTTATTA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
240256 ATTTTTGAAATATTA
65 A-TTTTGAAATATTA
240271 TTGTTAGCTT
Statistics
Matches: 3943, Mismatches: 836, Indels: 662
0.72 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
317 2 0.00
318 52 0.01
319 32 0.01
320 44 0.01
321 14 0.00
322 44 0.01
323 4 0.00
324 1 0.00
325 1 0.00
326 27 0.01
327 26 0.01
328 1 0.00
330 1 0.00
332 3 0.00
334 2 0.00
337 3 0.00
338 52 0.01
340 1 0.00
341 1 0.00
342 2 0.00
343 8 0.00
344 74 0.02
345 9 0.00
346 57 0.01
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349 42 0.01
350 15 0.00
351 3 0.00
352 3 0.00
353 10 0.00
354 158 0.04
355 67 0.02
356 189 0.05
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360 246 0.06
361 743 0.19
362 345 0.09
363 412 0.10
364 96 0.02
365 10 0.00
366 9 0.00
367 16 0.00
368 10 0.00
369 4 0.00
370 1 0.00
373 3 0.00
374 13 0.00
375 10 0.00
377 7 0.00
378 11 0.00
379 11 0.00
380 8 0.00
381 7 0.00
382 2 0.00
384 7 0.00
385 4 0.00
386 10 0.00
387 8 0.00
388 2 0.00
389 3 0.00
390 12 0.00
391 1 0.00
392 7 0.00
393 11 0.00
394 12 0.00
395 1 0.00
396 18 0.00
397 2 0.00
399 2 0.00
400 1 0.00
401 2 0.00
402 2 0.00
403 12 0.00
404 15 0.00
405 7 0.00
406 9 0.00
407 10 0.00
408 37 0.01
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410 1 0.00
411 8 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTTATGAACATAAACAATTGT
TTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTT
GAACTATTCAGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
GGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
Found at i:238050 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 237756--240270 Score: 749
Period size: 181 Copynumber: 13.7 Consensus size: 178
237746 ATGAATAGAA
* ** * ** *
237756 ATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAA-ATATAATGGTTCAAATAGA-CATGACTATTTG
1 ATGACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-ATCATAACTATTTG
* * * ** ** *
237819 AACTTGTTCGATAAATAAATTAATTGCTTAAATATTCAAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
64 AACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
* *
237884 ATTAGTATTATTTTA-CTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTCT
128 ATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT-T
* * * * * *
237936 ATGTCAAAACAAAGGATCATAACAAATTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAGCTATTTGA
1 ATGACAAAACAAAGG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGA
* ** * * *
238001 ACTTGCTCGGTAAACAGATTT-TTTTTTAAACTCTTTTACTTATTAATTTTGA-AATGTTAATAA
65 ACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAA-T-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
* * * *
238064 ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGGTTTTTTGAATAGAAACAATTGGTTT
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1 ATGACAAAACAAA-GGTCATAAC-AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCAT-AACTATTT
* * * *
238180 GAA-TATGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTATGGAACATTAATA
63 GAACT-TGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
* * *
238244 AATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTGTTTT
127 AA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTG-TTT
*** * *
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1 ATGACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGA
* * *
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* * * * *** ** *
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125 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT-A----T-GAATAGA-AA-CAATT-GT-TT
* * * * ** * ** *
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1 A--TGA---CAAAACAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA-T-AATTATT-C---A-AATAA-TC
* * * * * * * *
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53 ATAACT-ATTTGAACTTGTTCAA----T-AAATAGATT-T-A-TTTTTTAA-AT-TT---T-TAC
* * * * * ** ** * ** * *
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103 TTATTAATTTTTAGAATATTAATA--AATT-A--GT-ATTATTTTATTTCAAA-TAAGCTTGTAT
* * *
238666 TAATCTG-AATAA--GCTTAT
161 GAAT-AGAAACAATTG-TT-T
* * * * * *
238684 ATGGACAGAAACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAGAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTGT
1 AT-GACA-AAACAA-------AGGTCATAAC----AA-T--T-TGAA----ATA-GA-TAATTAT
* *** *
238749 TCAAATAATCATAACGATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAG
43 TCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAT
* * *
238814 TAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATAAACAGAA
107 TAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAA
*
238876 AAAATCAT-TTT
169 ACAAT--TGTTT
* * * * ** *
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1 ATGACAAAAC-AAAGGTCATAAC-AATTTGAAAT-AGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTT
* * * * * *
238950 AAACTTGTTCAGTAAATAGATTCATTTTATAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATA
63 GAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
** * * * * *
239015 ACA-TAGTATTATTTTTATTTTGAATAACCTTATATTAACTA-AAATAATTTTTTT
127 A-ATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAA-TTGTTT
* * * * * * *
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1 ATGACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGA
* ** * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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1 ATGACAA-AAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAATCATAACTATTT
* * *** * * * * *
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63 GAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
* * * * * *
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* * ** * ** * * * *
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1 ATGACAAAA-CAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGA
* ** * *
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* * ** * *
239551 AATTCA-TTTTATTTTATTTCGAATAAGCGAGTATGAATTGAGAA-AATTATTTT
127 AATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGA-AACAATT-GTTT
* * ** * * * *
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1 ATGACAAAACA-AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGA
* *** * * * * * *
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65 ACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAA
* *** *
239733 AGTAGTATTATTTTATTTTGTATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTT
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* * ** * * * *
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1 ATGACAAAAC--AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTG
* * * * * * * *
239849 AAATGGTTTAGTAAATAAATTTATATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAAGATTAATA
64 AACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATA
* * *
239913 AATTAGTATTATTTTATTCTC-AATAAGATTGTATG-ATCAAAAACAATTATTAT
127 AATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTT-T
* * * * *** * *
239966 ATGACTAAACAAAATGTGATAACAATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGCCTTAATTATTT-A
1 ATGACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGA
*** * * * * * *
240030 CAC-TGATTCAGCCAACA-ATTCACTTTTT-AATTCACTTAATTA-TAAATTTTAGGAATATTAA
65 -ACTTG-TTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATT--TTTACTTATTAATTTTTA-GAATATTAA
* *
240091 TAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTAT-AATGAACTA-AAACAATTGTTTT
125 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT-TGTATGAA-TAGAAACAATTG-TTT
* * * * * * *
240146 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTA
1 ATGACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGA
* * ** * * * ** *
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240271 TTGTTAGCTT
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*
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*
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238451 TTT
1 TTT
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* *
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* *
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* * ** *
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* * * * *
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** *
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* * *
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*
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189 TGTTCAATAAA
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TAAATAGATTTATTTTTTTAATTCTCTTACTC
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* * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * *
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* * * * * *
238916 AAATCA-ATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAG
129 AAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAA
* * *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAA-ATTAGTATTA-TTTTAT
* * * * * * * * *
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* * * * * ** *
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127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAA
* * * ** * *
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1 -ATTTATTTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * *
239214 TATAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTATTTTAT-ACAAGAACAAAAAGTTAGAA-CAATT
63 TCTAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAA-AACAAAAAGTTATAATGAATT
* * * * * * * *
239277 TGAAATAAACAATTGCTT-AAATATTCATAATTATTTGAAGTGGTTTGTTAAACAA
127 TGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAA
*
239332 ATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATT-
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * **
239392 TCAAACAAACTTCTATGAACA-AAAAAATTTATTTTAT-AAAAAATAAAATTTTATAATG-ATTT
65 T-AAATAAGCTTATATGAACAGAAACAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGAATTT
* * * *
239454 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTAGATAAATAA
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAA
* * *
239508 A--AATTTTTT-AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATCTTAATAAATTCA-TTTTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT
* * ** * * *
239569 -TCGAATAAGC-GAGTATGAATTGAGAA-AATTATTTTATGACAAGACAGAAGGTTATAATG-AT
64 CT-AAATAAGCTTA-TATGAACAGA-AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGAAT
* * * * * *
239630 TTGAATTAGATAATTATTCATATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGGCAAACAA
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* * * * * *
239686 ATTTATTTTTTAAATATCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGAGTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * * *
239751 TGTATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGA-AAAACAAAAATGTTATAATG-ATTTG
65 TAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAA-GTTATAATGAATTTG
* * * **
239814 AAGTATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTAGTAAATAA
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAA
* *
239867 ATTTATATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * * * * *
239932 TCAATAAGATTGTATGATCAAAAACAATTATTATATGACTAAACAAAATGTGATAA-CAATTTGA
65 TAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGAATTTGA
* * * * * * * * ** *
239996 AATAGATAATTATTGAAATGGCCTTAATTATTT-ACACTGATTCAGCCAA-CA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTGGTTCGGTAAATAA
* * * * * * *
240047 ATTCACTTTTTAATTCACTTAATTA-TAAATTTTAGGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * *
240111 -TCAAATAAGC-TATAATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG-AT
64 CT-AAATAAGCTTAT-ATGAAC-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGAAT
* * * * * ** * * *
240172 TTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAATTTTTTTGATAAACAA
126 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAA
* *
240228 ATTTATTTTTTTAAA-CTCATGCTTATTAATTTTTGAAATATTA
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTA
240271 TTGTTAGCTT
Statistics
Matches: 1312, Mismatches: 286, Indels: 131
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.00
174 7 0.01
175 4 0.00
176 66 0.05
177 123 0.09
178 73 0.06
179 96 0.07
180 205 0.16
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183 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
AAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGAATTTGAA
ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAA
Found at i:239666 original size:535 final size:536
Alignment explanation
Indices: 238432--240208 Score: 1597
Period size: 535 Copynumber: 3.3 Consensus size: 536
238422 ACATATTTAT
* * *
238432 TTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTTGGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
1 TTTTTTAA-TCTCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * * *
238496 CAAGCTTAG-ATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTCACAATAATTTGAAGTA
64 TAAGCTTAGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAATA
* * * * *
238560 GATAATTGTTC-TAATAGTTATGACTATTTGAACATGTTCGATAAACATATTT-TTTTAAAATCT
129 GATAATTATTCAT-ATAGTCATGACTATTTGAACAAGTTCG-TAAAAATATTTATTTTAAAATAT
* * * * * * *
238623 TTTACTTATTAACTGTCAAAACATTAATAAATTAATATTATGTTAATCTGAATAAGCTTATATGG
192 TTTACTTATTAATTGTCAAAATATT-ATAAATTAGTATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTATGA
* * * *
238688 ACAGAAACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAGAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
256 ACAGAAACTATTGTTTTA-TACAAAACAAA-AAGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * * *
238753 ATAATCATAACGATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAGTAAT
319 ATAATCATAACTATTTGAAATGGTTT-GTAAATAAATTTATTTTTTAAATC--TTACTTATTAAT
* *
238818 TGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATAAACAGAAAAAAT
381 T-T-TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAATAAGCTTCTATAAACAGAAAAAAT
* * *
238881 CATTTTATGACAAACCAAAAGGTTATAACGAATTCAAATCAATAATTGTTCAAATGGTCATAATT
444 CATTTTATGAAAAAACAAAAGGTTATAACGAATTCAAATCAATAATTGTTCAAATAGTCATAATT
* **
238946 ATTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTCA
509 ATTTAAACTGGTTCAGTAAATAGATAAA
* * *
238974 TTTTATAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-AGAATATTAATAACA-TAGTATTATTTTTATTTTG
1 TTTT-TTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAA-ATTAGTATTA-TTTTATTTCG
* * * * * * * *
239037 AATAACCTTA-TATTAACTAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCACAACGATTTTAAA
62 AATAAGCTTAGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAA
* * *
239101 TGGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCAAGTTCAGTAAAAATATTTATTTTAAAATT
127 TAGATAATTATTCATATAGTCATGACTATTTGAACAAGTTC-GTAAAAATATTTATTTTAAAA-T
* *
239166 TTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTCATAAATTAGTATTATTTTAATATAAATAAGCTTGTAT
190 ATTTTACTTATTAATTGTCAAAATATT-ATAAATTAGTATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTAT
* * *
239231 GAACAGAAACTATTATTTTATACAAGAACAAAAAGTTAGAACAATTTGAAATAAACAATTGCTT-
254 GAACAGAAACTATTGTTTTATACAA-AACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTG-TTC
* * * *
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317 AAATAATCATAACTATTTGAAATGGTTTG-TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAAT
* *
239358 TTTTAAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTCAAACA-AA-CTTCTATGAACA-AAAAAAT
381 TTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA-ATAAGCTTCTATAAACAGAAAAAA-
* * ** * * *
239420 TTATTTTAT-AAAAAATAAAATTTTATAATGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
443 TCATTTTATGAAAAAACAAAAGGTTATAACGAATTCAAATCA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAA
239483 TTATTTAAACTGGTT-AGATAAATA-A-AAA
507 TTATTTAAACTGGTTCAG-TAAATAGATAAA
* *
239511 TTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATCTTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCGAAT
1 TTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * * * * *
239575 AAGC-GAGTATGAATTGAGAA-AATTATTTTATGACAAGACAGAAGGTTATAATGATTTGAATTA
65 AAGCTTAGTATGAATTGA-AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAATA
* * ** * *
239638 GATAATTATTCATATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGGCAAACAA-ATTTATTTTTTAAATA
129 GATAATTATTCATATAGTCATGACTATTTGAACAAGTTC-GTAAA-AATATTTA-TTTTAAAATA
* * * ** * * * * *
239702 TCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGAGTAGTATTATTTTATTTTGTATAAGCTTGTATG
191 TTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTA-TAAATTAGTATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTATG
* ** * *
239767 AATAGAAA-TAATTGTTTTATGA-AAAACAAAAATGTTATAATGATTTGAAGTATATAATTGTTC
255 AACAGAAACT-ATTGTTTTAT-ACAAAACAAAAA-GTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTC
* *
239830 AAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTAGTAAATAAATTTATATTTTAAATCTCTTACTTATTA
317 AAATAATCATAACTATTTGAAATGGTTT-GTAAATAAATTTATTTTTTAAA--TCTTACTTATTA
* * * * *
239895 ATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTC--AATAAGATTGTATGATCA-AAAAC
379 ATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAAATAAGCTTCTATAAACAGAAAA-
* * ** * * * * * * * *
239957 AATTATTATATGACTAAACAAAATGTGATAAC-AATTTGAAAT-AGATAATTATTGAAATGGCCT
441 AATCATTTTATGAAAAAACAAAAGGTTATAACGAA-TTCAAATCA-ATAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** * **
240020 TAATTATTTACACTGATTCAGCCAACA-ATTCA
504 TAATTATTTAAACTGGTTCAGTAAATAGATAAA
* * * * * * * *
240052 CTTTTTAATTCACTTAATTATAAATTTTAGGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAAT
1 TTTTTTAA-TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * * * * *
240117 AAGC-TA-TAATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATA
65 AAGCTTAGT-ATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAATA
* * * * *
240180 AACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
129 GATAATTATTCATATAGTCATGACTATTT
240209 TAATTTTTTT
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TAATTATTCATATAGTCATGACTATTTGAACAAGTTCGTAAAAATATTTATTTTAAAATATTTTA
CTTATTAATTGTCAAAATATTATAAATTAGTATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTATGAACAGA
AACTATTGTTTTATACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCA
TAACTATTTGAAATGGTTTGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTAAATAT
TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAATAAGCTTCTATAAACAGAAAAAATCATTTTATGAAA
AAACAAAAGGTTATAACGAATTCAAATCAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGT
TCAGTAAATAGATAAA
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Alignment explanation
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241965 AACAATTATG
* * * * *
241975 AAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCATT-TATGAACTTAAACAATTGTTTTATGTCAAAAC
1 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC-TTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAC
* * * * *
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* * * * *
242104 TAAACAGACTTATTTTTTCAAATCAT-TTGCTTATT-AATTTTCCAAATGTTCAT
129 TAAACAGATTTATTTTTT-AAATC-TCTTACTTATTAAATTTT-GAAATATTAAT
* * * * * *
242157 AAATTTGGATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTA--AGACATGAAACAAATATTTTATGACTAA
1 AAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATTA-AC-TAAAACAATTGTTTTATGAC-AA
* * * * **
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62 ACAAAAGGTTAT-AATGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-G
* * * * *
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** * * * * * * *
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1 AAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAA-TAAGCTTGTATTAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * * *
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1 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACA
* * ** * * * *
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* * *
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** * *
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1 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAA-CA
* * * *
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65 AAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT
* * * * *
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130 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGAAATATTAAT
* * * *
242864 AAATTAGTATTAATTTATTGT-GAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAAC
1 AAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAC
* * * * * * * * *
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64 AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTT
* * * *
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127 GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGAAATATTAAT
* * * * * *
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1 -AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAACA
* * * **** * * * ** *
243107 AAAAGTTATAACGATTTAAAATAGATAACCAATCATATAATCTTAACTATTTGAA-TTGGCTCG-
65 AAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT
* * * * * * ** *
243170 ACAATTAG-TTT-TTTTATTAATTTTCCTAGTTATTAAGTTTCAAAATATTATT
130 A-AA-CAGATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGAAATATTAAT
* * * * ** * * *
243222 AAATTTGCATTATTTCA-TTCTAAATAAAATAGTA-TAAATAAAACCAATTGTTTGATGACAAAA
1 AAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATTAACTAAAA-CAATTGTTTTATGAC-AAA
* * * * *
243285 TAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATAGTTTG
63 CAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
* ** * * * *
243350 GCAAGTAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAACTTTTCTAAATATTAAT
128 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTT-GAAATATTAAT
* * * * * * * *
243404 AAATTAGTGTTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTAACAAAAAGAATTATTTTATGACAAAACA
1 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACA
* *
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* * * * *
243530 TTGTAAATAGAATTATTTTCTAAATATCTTACTTA-TAAATTTTTGAAATATTAAT
126 TGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAA-TTTTGAAATATTAAT
* * * * * * * * * * *
243585 AAATTAATTTTATTCTATTCCAAATAGGCTTATA-TAAGTTGAAATAATTGCTTTATGACAAAAC
1 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATTAA-CTAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAC
** * * * * * *
243649 AAAAGGTTATAACAATTTGGAAA-AAAAAATTTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAG-TT
64 AAAAGGTTATAATGATTT-GAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
* ** * * * *
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127 G-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTT-GAAATATTAAT
* * *
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1 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATTAACTA-AAACAATTGTTTTATGACA-AAC
** * *
243830 -AAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTG------T--TC----C-ATTTGAACTAGTTTAG
64 AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* *
243881 TAAATAGATTTCTTTTTTAAA--TC-T-CTTATT-AATTCTTGAAATATTAAT
129 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATT-TTGAAATATTAAT
* * * * *
243929 ATATTAGCATTATTTTATTTCGAAAAAGCTTGTATGTTGA--AAAACAATTATTTTATGACAAAA
1 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTA--TTAACTAAAACAATTGTTTTATGAC-AAA
* * * * * * *
243992 CAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAGTTGTTTAAATAGCCATGATTATTTGAAC-TGATTT
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* * *
244056 GGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
127 GGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGAAATATTAAT
* * * * * * *
244110 AAAGTA-TATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTAAAATAATTGTTTTATGAGAAA-AT
1 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAACA-
* * * * * * * **
244173 GAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAGCCATAATTATTTGAACTTATTCAG
65 -AAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * *
244238 TGAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTG-AATGTCAAT
129 TAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-ATTTTGAAATATTAAT
* * * * * * * * *
244291 AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGCATGAATTGAAATAATTATTATATGACTAAACA
1 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACA
* * * * *
244356 AAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTAGTTTGG
65 AAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGG
* * * * *
244420 CAAACACA--T-TTTTTAAAATCTCTTA-TTGATT---TTTAG-AATATTATT
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* * * * *
244465 AAATTAGTATTATTTT-TATCCGAATAAGCTTGT-GTGA-TAAAAATAATTGTTTTTTGAGGC-A
1 AAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATTAACT-AAAACAATTGTTTTATGA--CAA
* * * * * * * *
244526 ACAAATA--TCATAACGATTTGAGATTGATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAGTGGTT
62 ACAAA-AGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
** * * * * * * *
244589 CAGAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTTAT
126 TGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAAATTTTGAAATATTAAT
* * * ** * *
244645 AAAGTAGTATTATTTTATTTC-AGATAAGTTTTTAGGAACTGAAACAATTGATTTATGACAAAAC
1 AAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAC
* ** * * * *
244709 AAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAGATAGTTA-AATCTATTTCAATTTGTTT
64 AAAAGGTTATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTT
* * *
244772 GGTAAACAGATTTATTTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATATTTTG-AATGTTAAT
127 GGTAAACAGATTTA--TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-ATTTTGAAATATTAAT
* * * * *
244828 AAATTAGTGTTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAAC
1 AAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAC
* * * * * **
244892 AAAAGGTTAAAATGATTTGAAATATATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAG
64 AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * *
244957 CAAACACAATTATTTTTTAAATCTCTTAC----TAATTTTTGGAATATTATT
129 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGAAATATTAAT
* * * ** ** * *
245005 AAATTAGTATCATTTCAATTCGAATAAGCTTGTGTGAAAAGAAAAAAAAAATTGTTTTTTG-CTA
1 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC-T-TGT-ATTA-ACTAAAACAATTGTTTTATGAC-A
* * * * * *
245069 AA-TAAAGATCATAAAGATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTT
61 AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * *
245132 TCAGTAAATAGATTTCA-TTTGTAAATCTCTTA
126 T-GGTAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCTCTTA
245164 TTAATTATCA
Statistics
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Consensus pattern (180 bp):
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AAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTA
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Period size: 706 Copynumber: 12.6 Consensus size: 694
241965 AACAATTATG
* * * * *
241975 AAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCATT-TATGAACTTAAACAATTGTTTTATGTCAAAAC
1 AAATTAGTATTATTTTATTTT-GACAAGC-TTATATTAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * * * * * **
242039 AAAGGGTTATAAAGATTTTACATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
64 AAAAGGTAATAATGATTTTAAATAGATAATTGTT-AAATAAT-ATAA-TATTTGAACTTGTTCAG
* * * ** * * *
242104 TAAACAGACTTATTTTTTCAAATCAT-TTGCTTATT-AATTTTCCAAATGTTCATAAATTTGGAT
126 TAAACAAATTTATTTTTT-AAATC-TCTTACTTATTAAATTTT-GGAATGTTAATAAATTAGTAT
* ** * * * * * * * ***
242167 TATTTTATTCTGAATAAACTTGTAAGACA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAATAAAATGTTTG
188 TAATTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-ATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAA
* * * * *
242231 AATGATTTGAAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAATTGGTTT-AGCAAACACA
252 AATGATTTG--AATAAATAATTATTATAATAGTCTTAACTATTTGAAAT-ATTTGA-C-AA-ACA
* *
242295 TTT-TTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAA-A
311 TTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTA-AATATTA-TAAATTAGTATTA-TTTTAATC
* * * ** ** * * * * *
242354 C-AATTAAGTTTCTATGATTAGCAATAATTATTTTATGACA-AAAGAAAGATTTTAACGATTTGA
373 CGAA-TAAGCTTGTATCAACATAAACAATTGTTTTATGACAGAAAAAAAG-TTATAACAATTT--
* * * * * * * * *
242417 GATTGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAGCTAG-TTCGTAAAGAGATTTATTGTTTAA
434 -A---A-AA----T-AGATAACCA-ATCCATTTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTTCTTTTTTAA
* * * * * * * * * *
242481 ATATGTTACTGA-T-T---ATTGTTCAATCAATTAGTA-TATTTTATTTCGAATAAAAT--TATA
488 ATCTCTTATTAATTCTCAAAATATT-AATAAATTAGCATTATTTCATTTCGAAAAAAATAGTATA
* * * *
242538 ATAAAAAATAATTCTTTTATGACAAAATAAAAGGTCAA-AATGATTTGAAATAGATAATCATTCA
552 ATGAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGT-AATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * * * *
242602 AATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAATTTTATTTTTTAAATGTATTACTTATTAA
616 AATAGCCATAATTATTTGAACTGATTTGGAAAATAA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
**
242667 TTTAGGAAATATTAAT
680 TTT-TTAAATATTAAT
* * *
242683 AAATTAGTATTATTTTATTTCGTCTAAGCTTATATTAACTAAAACAATTATTTTATGACAAATCA
1 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAC-AAGCTTATATTAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* *
242748 AAAGGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGTTCGGT
65 AAAGGTAATAATGATTTTAAATAGATAATTGTT-AAATAAT-ATAA-TATTTGAACTTGTTCAGT
* *
242813 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTTCTTATTAAATTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTAAT
127 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTAAT
*** * *
242878 TTATTGTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAGGGTCAAAATGA
192 TTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGA
* * *
242943 TTTGAAGTATATAATTATTATAATAGTCTTAACCATTTGAAATGATTTGATAAACAAATTTATTT
257 TTTGAA-TAAATAATTATTATAATAGTCTTAACTATTTGAAAT-ATTTGACAAAC--ATTTATTT
*
243008 TTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTATGAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAG
318 TTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT-AAATATTAT-AAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAG
* *
243073 CTTGTA-CAA-ATAAAACAATTGTTTTGTGACA-AAAAAAAGTTATAACGATTTAAAATAGATAA
381 CTTGTATCAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAGAAAAAAAGTTATAACAATTTAAAATAGATAA
* * *
243135 CCAATCATATAATCTTAACTA-TTTGAATTGGCTCGACAATTAG-TTT-TTTTATTAATTTTCCT
445 CCAATC-CAT--T-TGAACTAGTTT--A---G-T--A-AA-TAGATTTCTTTT-TTAA--AT-CT
* * * *
243197 AGTTATTAAGTT-TCAAAATATTATTAAATTTGCATTATTTCA-TTCTAAATAAAATAGTATAAA
492 -CTTATTAA-TTCTCAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTCATTTCGAAA-AAAATAGTAT-AA
* * * *
243260 T-AAAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
553 TGAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * * * *
243324 TAGTCAAAACTATTTGAAAT-AGTTTGGCAAGTAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAAC
618 TAGCCATAATTATTTGAACTGA-TTTGGAAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-
243388 TTTTCTAAATATTAAT
680 TTTT-TAAATATTAAT
* * * *
243404 AAATTAGTGTTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTAACAAAAAGAATTATTTTATGACAAAACA
1 AAATTAGTATTATTTTATTTTG-ACAAGCTTATATTAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * * **
243469 AAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTGTAAATAGCTATAATCATTTGAA-TTGGTTTTG
65 AAAGGTAATAATGATTTTAAATAGATAATTGT-TAAATA-ATATAAT-ATTTGAACTT-GTTCAG
* * * * * *
243533 TAAATAGAA-TTATTTTCTAAATATCTTACTTA-TAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAT-TT
126 TAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAA-TTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
243595 TATTCTATTCCAAATAGGCTTATAT-AAGTTGAAATAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
189 AATT-TATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAA
** * * * * *
243659 AACAATTTGGAAAAAAAAATTTATTCAT-ATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTGAGCAAATGGA
252 AATGATTT-GAATAAATAA-TTATT-ATAATAGTCTTAACTATTTGAAATATTTGA-CAAA--CA
* * * * *
243723 TTT-TTTTTTAAATCTCATAG-TTATTAATTTTCAAAATATTACTAAATTATTATTATTTTATTT
311 TTTATTTTTTAAATCTC-TTGCTTATTAATTTT-TAAATATTA-TAAATTAGTATTATTTTAATC
* * * * *
243786 CGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAGGTTATAACAATTTGAAA
373 CGAATAAGCTTGTATCAACATAAACAATTGTTTTATGACAGAAAAAAAGTTATAACAATTTAAAA
****
243851 TAGATAATTGTTCCATTTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTTCTTTTTTAAATCTCTTATTAATTC
438 TAGATAACCAATCCATTTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTTCTTTTTTAAATCTCTTATTAATTC
** * * ** * **
243916 TTGAAATATTAATATATTAGCATTATTTTATTTCGAAAAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTATT
503 TCAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTCATTTCGAAAAAAATAGTATAATGAAAAACAATTATT
* * * * * *
243981 TTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAGTTGTTTAAATAGCCATGATTATTT
568 TTATGACAAAATAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAATTATTT
* *
244046 GAACTGATTTGGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
633 GAACTGATTTGG-AAAATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAAT
* * * * * * * **
244110 AAAGTA-TATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTAAAATAATTGTTTTATGAGAAAATG
1 AAATTAGTATTATTTTATTTT-GACAAGCTTATATTAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * ** *
244174 AATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAGCCATAATTATTTGAACTTATTCAGT
65 AAAGGTAATAATGATTTTAAATAGATAATTGTT-AAATA-ATATAA-TATTTGAACTTGTTCAGT
* * * * * * * *
244239 GAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAATGTCAATAAATTAGTATTAT
127 AAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAAATTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTAA
* * *
244304 TTTATTCCAAATAAGCTTGCATGAATTGAAATAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAATG
191 TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATG
* * * * *
244369 ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTTGGCAAACA--CATTTT
256 ATTTG-AATAAATAATTATTATAATAGTCTTAACTATTTGAAATA-TTTGACAAACATTTATTTT
* * *
244432 TTAAA-ATC-T-CTTATTGATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCCGAATAAGC
319 TTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTA-AATATTA-TAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGC
* * * * * * * *
244494 TTGTGTGATA-A-AAATAATTGTTTTTTGAGGCA-ACAAATA-TCATAACGATTTGAGATTGATA
382 TTGTATCA-ACATAAACAATTGTTTTATGA--CAGAAAAAAAGTTATAACAATTT-A-A---A-A
* ** * * * * * * * **
244555 TTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAGTGGTTCAGAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTT
438 ------TAGATAACCA-ATCCATTTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTTCTTTTTTAAA--TC--T
* ** * * * * * * * * * *
244620 GCTTATTAATTTTTGAAATATTTATAAAGTAGTATTATTTTATTTC-AGATAAGT--TTTTAGGA
492 -CTTATTAATTCTCAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTCATTTCGAAAAAAATAGTATAATGA
* * ** *
244682 ACTGAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCA
556 A---AAACAATT-ATTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCA
* ** * * * * * *
244745 GATAGTTA-AATCTATTTCAATTTG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTTAAATCTCTTGCTCA
616 AATAGCCATAAT-TATTTGAA-CTGATTTGGAAAATA-ATTTA--TTTTTTAAATCTCTTACTTA
* *
244808 TTAATATTTTGAATGTTAAT
676 TTAAT-TTTTAAATATTAAT
* ** * * * * * * *
244828 AAATTAGTGTTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACA
1 AAATTAGTATTATTTTATT-TTGACAAGCTTATATTAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * * *
244893 AAAGGTTAA-AATGATTTGAAATATATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAG
65 AAAGG-TAATAATGATTTTAAATAGATAATTGTT-AAATAAT-ATAA-TATTTGAACTTGTTCAG
* * * * *
244957 CAAACACAA-TTATTTTTTAAATCTCTTAC----TAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTA-TC
126 TAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTA
* * ** * * * *
245016 ATTTCAATT-CGAATAAGCTTGTGTGAAAAGAAAAAAAAAATTGTTTTTTG-CTAAA-TAAAGAT
190 ATTT--ATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTG----AAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGT
* * * *
245078 CATAAA-GATTTGAGATAAATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCAGTA-AA
249 CA-AAATGATTTGA-ATAAATAATTATT-ATAATAGTCTTAACTATTTGAAATATTT--G-ACAA
* * ** * * *
245140 TAGATTTCA-TTTGTAAA--TC-T-CTTATTAATTATCAAAATATTAATAGATCACTATTATTTT
308 -ACATTT-ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATT-TTTAAATATT-ATAAATTAGTATTATTTT
** * * *
245200 -AT-----T-A---TG-----A-AT----AATT-TTGCATGAACAG-ATAATAG-T-T--CAAAT
369 AATCCGAATAAGCTTGTATCAACATAAACAATTGTTTTATG-ACAGAAAAAAAGTTATAACAATT
** * * *
245239 GGACAT-G---A-C--T--ATTTGAACTTA-TTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCAAA
433 TAAAATAGATAACCAATCCATTTGAAC-TAGTT-TAGTAAATAGATTTCTTTTTTAAATCT----
* * * * * * * * * *
245293 CTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAATTAGTACTATTTAATTTTGAATAAAATTGTATGAAT-A
492 CTTATTAATTCTCAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTCATTTCGAAAAAAATAGTAT-AATGA
* * * * * * ** * *
245357 GATACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAA
556 AAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * *
245422 TCATAACT-TTTGAACTTG-CTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
621 CCATAATTATTTGAAC-TGATTTGGAAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
*
245485 TAAAATTTTAAT
684 T-AAATATTAAT
* * * * * *
245497 GAATTAGTATTATTTTGTTTTGAAAAAGCTTTTATGAAC-ATAAATAATTGA-TTTATGACAAAA
1 AAATTAGTATTATTTTATTTTG-ACAAGCTTATATTAACTA-AAACAATT-ATTTTATGACAAAA
* * * * *
245560 CAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTT
63 C-AAAAGGTAATAATGATTTTAAATAGATAATTGTT-AAATAAT-ATAA-TATTTGAACT-TGTT
* * * * ** * * * *
245624 TAGAAAATATATTTATTTTTTTAAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-A
123 CAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGGAATGTTAATAAA-TTAGT
* ** ** *
245688 ATTATTTTATTTGAAATAAGCTT-TCATGAACAG-AATCAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGG-
186 ATTAATTTATTCCAAATAAGCTTGT-ATGAATTGAAAT-AATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGT
* * * * * * * * *
245749 CATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAATCATAACTATTTGAACT-TATTCAGTAAAC
249 CAAAATGATTTG-AATAAATAATTATTAT-AATAGTCTTAACTATTTGAAATAT-TTGA-CAAAC
* * * *
245812 ATAGTCT-TTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTA-ATAATTAGCATTATCTTA
310 AT--T-TATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTA-AATATTATA-AATTAGTATTATTTTA
* * * * * * * * * * **
245875 CTTCAAATAAGCTTATATGAA-TTGAAACAAGTGTTTTATTACA-AAAGTAAAGCTCATAATGAT
370 ATCCGAATAAGCTTGTATCAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAGAAA-AAAAG-TTATAACAAT
* * * * ** * * *
245938 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTT
432 TTAAAATAGAT-A--A--C-CA-A-TC----C-ATTTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTTCTTTT
* * ** * *
246003 TTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTATAAATTAATATTAGTTT-AATTCGAATAAA
484 TTAAATC---T-CTTATTAATTCTCAAAATATTAATAAATTAGCATTA-TTTCATTTCGAAAAAA
* * * * * * * * * *
246067 TTTGTATGAAT-AGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATAAGTTT-AAATAAAT
544 ATAGTAT-AATGAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAATGA-TTTGAAATAGAT
* ** * * * *
246130 AATTATTCAAATAGACATAACGATTTCAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
607 AATTATTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTGATTTGGAAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTT
246195 ACTTATTAATTATTGT-AATATTAAT
671 ACTTATTAATT-TT-TAAATATTAAT
* * * * * * * *
246220 AAATTTGTAATATTTTA-TTTGAAATAAGCTTAGATGAACATAAAAAAAATTCTTTTATGATAAA
1 AAATTAGTATTATTTTATTTTG--ACAAGCTTATATTAAC-T-AAAACAATTATTTTATGACAAA
* * * * * * * *
246284 ACAAAAAGTTATACCT-ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTAAATTTGCT
62 ACAAAAGGTAATA-ATGATTTTAAATAGATAATTGTT-AAATAAT-ATAA-TATTTGAACTTG-T
* * * * * *
246348 T-AGTAAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTACT
122 TCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAAATTTTGGAATGTTAATAAATTAGT
* **** * * * * * * *
246411 ATTATTTTATTTTGTATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTCTTTTATGACAAAATAAAAGGTCA
186 ATTAATTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
* * * ** **
246476 TAACGA-TT-AAT---T-A-T-TT-GAAT--TGGT---TAGGT-AAATA---G----A-A-TTAT
251 AAATGATTTGAATAAATAATTATTATAATAGTCTTAACTATTTGAAATATTTGACAAACATTTAT
* ** * *
246517 TTTTTAAATCTGTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT--TATTTCATTTTATTCCAAA
316 TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT-AAATATT-ATAAATTAGTA-TT-ATTTTAATCCGAA
* * * ** **
246580 AAAGCTAGTATGAATTCAACA-AAAC-A-TATTTTATGACA-AAACAAAAGGTCGTAACAATAAA
377 TAAGC---T-TGTA-TCAACATAAACAATTGTTTTATGACAGAAA-AAAA-GTTATAACAATTTA
** * * * * * * *
246641 AAGATAATTGTTCATATAGTTTTAAAT--ATTTAAATTGGTTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAA
435 AA-AT-A--G---ATA-A----CCAATCCATTTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTTCTTTTTTAA
* * *** ** * ** * * *
246704 TTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTTTTAGATTAGTGTTATTTTATTTC-AAATAAACTTG
488 ATCTC----TTATTAATTCTCAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTCATTTCGAAA-AAAATAG
* * * * * * ** *
246768 TATGAA-CAAAAATAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTA
548 TAT-AATGAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* * ** *
246832 TTTAAATAGTCATAGCTATTTGAACT-AGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
612 TTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTGA-TTTGGAAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* *
246896 ATTAACTTTTGAAAGATTAAT
675 ATTAA-TTTTTAAATATTAAT
*** * * * * **
246917 AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGA-ATGT-TC-AAATACAATTCTTATATGATGAA
1 AAATTAGTATTATTTTATT-TTGACAAGCTT-ATAT-TAACTAAA-ACAATTATTTTATGACAAA
* * * *** **
246979 ACAAAAGCTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTAACATTGCCATAATTATTTGAACTAATTC
62 ACAAAAGGTAATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTAA-A-TAATATAA-TATTTGAACTTGTTC
* * * * * * *
247044 -GATAAATAGATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTTT
124 AG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGGAATGTTAATAAATTAGTAT
* *** * * *
247104 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATGATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCAT
188 TAATTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCAA
* * * * * * *
247168 AACGATTTGAAGTAGATAATTGTTCAT-ATAGTTTTAACTGA-TTGAACTACTTTGGCAAATAGA
252 AATGATTTGAA-TAAATAATTATT-ATAATAGTCTTAACT-ATTTGAAATA-TTTGAC-AA-ACA
** * * * *
247231 TTTATTTTTTAAATCTCTTAG-TTATTAATTTCCAAAATATTATTAAATTAATATTAATTTATTT
311 TTTATTTTTTAAATCTCTT-GCTTATTAATTT-TTAAATATTA-TAAATTAGTATTATTTTAATC
* * * * * * ** *
247295 CGAATAAGCTTATA-CGAAC-TGAAATAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTG
373 CGAATAAGCTTGTATC-AACAT-AAACAATTGTTTTATGACAGAA-AAAAAGTTATAACAATTTA
** * * ** * * * *
247358 AAATAGATAATTATTCAAATAAGAACTGGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCATCTACTT
435 AAATAGATAACCAATC-CATTTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTTCTTTTTT-AA--ATCT-CTT
* ** * * * ** *
247423 ATAAATGT-TTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAAAAGGCAT-GCATAAT--A
495 ATTAAT-TCTCAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTCATTTC-GAAAA-AAATAGTATAATGAA
* * ** * * * *
247483 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAACTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATGGC
557 AAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGC
* * * * * *
247548 CATAATTATTTAAACTGATTTGATAAAATGACTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTG
622 CATAATTATTTGAACTGATTTG-GAAAATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-
247613 AAATATTAAT
685 AAATATTAAT
* * * * * * *
247623 AAAGTAATATTATTTTATTTCAGATAAGCTT-TCATGAACTAGAACAATTATTTTATGATAAAAC
1 AAATTAGTATTATTTTATTT-TGACAAGCTTAT-ATTAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * * * * **
247687 AAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTGTTTGG
64 AAAAGGTAATAATGATTTTAAATAGATAATTGTT-AAATAAT-ATA-ATATTTGAACTTGTTCAG
* * * * * * *
247752 TAAATAAATTTATTTTTTTAAAATTTCTT-GTGTATTAATTTTTTGAATGTTACTAAATTGGTAT
126 TAAACAAATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACT-TATTAAATTTTGGAATGTTAATAAATTAGTAT
* *** * * *
247816 TATTTTATTTTTAATAAGCATGTATGAACTT-AAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGGTCA
188 TAATTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TTGAAATAATTGTTTTATGACTAAAC-AAAAGGTCA
* * * * * * * * **
247880 GAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAACAGTCTTAATTATTTGAATTGGTTCAACAAACACAT
251 AAATGATTTG-AATAAATAATTATTATAATAGTCTTAACTATTTGAAAT-ATTTGAC-AA-ACAT
* * * * * * *
247945 TTATATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCTG
312 TTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTA-AATATTA-TAAATTAGTATTATTTTAATCCG
* * * *
248010 AAATAAGCTTGTTTGAACAGAAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAG--AT--C-A--T--AA
375 -AATAAGCTTGTATCAACA-TAAACAATTGTTTTATGACAGAAAAAAAGTTATAACAATTTAAAA
* ** *
248065 T-G-----------ATTTGAACTAGTTT-GATAAACAGATTTAGTTTTTATATCTCTTATTAA-T
438 TAGATAACCAATCCATTTGAACTAGTTTAG-TAAATAGATTTCTTTTTTAAATCTCTTATTAATT
** * * ** *
248116 CTTTGAAATATTAA-AAATTTAGCATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTA-TATAAAT-AGAAACA
502 C-TCAAAATATTAATAAA-TTAGCATTATTTCATTTCGAAA-AA-AATAGTAT-AATGAAAAACA
** ** * * * * * ** *
248177 ATTATTTTACAACAAAATAAAATATCACAACGATTTCAAATAGATGA-TAGTTCAAAT-GGTATG
562 ATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGCCATA
* * * * **
248240 ATTATTTAAACTTG-TTTGGTAAACAAGTTTATCTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAAAA
626 ATTATTTGAAC-TGATTTGGAAAATAA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAA
248304 TATTAAT
688 TATTAAT
* ** *
248311 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGA-ATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAA
1 AAATTAGTATTATTTTATTTTG-ACAAGCTT-ATATTAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAA
* * * * * * * * *
248374 CAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGCTCG
63 CAAAAGGTAATAATGATTTTAAATAGATAATTGTT-AAATAAT-ATAA-TATTTGAACTTGTTCA
* * *
248439 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC---TT--ATTTT----T-TTAATAAATTAATATTA
125 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTA
* *** * ** * * * *
248494 TTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACAGAAAAAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
190 ATTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAAT
* * * * *
248559 GATTTGAAAAAGATAATTCTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTTAGA-AAACATATCT
255 GATTTGAATAA-ATAATTATT-ATAATAGTCTTAACTATTTGAA-ATATTT-GACAAACAT-T-T
* * * **
248622 ATTTTTAAAAT-TGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTACTAAATTTA-TATTATTTT-ATTTGA
314 ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT-AAATATTA-TAAA-TTAGTATTATTTTAATCCG-
* * * * * * * * * *
248684 AATAAACTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTAATGACA-AAACAAAAGGTCATAATATTTTAAAA
375 AATAAGCTTGTATCAACATAAACAATTGTTTTATGACAGAAA-AAAA-GTTATAACAATTTAAAA
* ** *
248748 TAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAAC-ATGTTCGGTAAATAG-CTTCATTTTTTAA
438 TAGAT-A--A--C---CAATC----C-ATTTGAACTA-GTTTAGTAAATAGATTTC-TTTTTTAA
* * ** * * * * *
248811 TTCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGT-TT
488 AT--C-T-CTTATTAATTCTCAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTCATTTCGAAAAAAATAGT
* * * * *
248874 AT-ATGAACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAACAAAAGGTTACAATGATTTGAAATAGAT
549 ATAATG-A--AAAACAATTATTTTATGAC---A-AAATAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * *
248938 AATTATTCAAATAGTCATGACTATTTCAACTTG-TTTGGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTT
607 AATTATTCAAATAGCCATAATTATTTGAAC-TGATTTGGAAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCT
249002 TACTTATT-ATTTGTTGAAATATTAAT
670 TACTTATTAATTT-TT-AAATATTAAT
* * * * *
249028 AAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC
1 AAATTAGTATTATTTTATTTTG-ACAAGCTTATATTAACT-AAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * * * * * * * **
249092 AAAAAGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAAATTTGAACTTATTTGG
64 AAAAGGTAATAATGATTTTAAATAGATAATTGTT-AAATAAT-AT-AATATTTGAACTTGTTCAG
* * * * * **
249157 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA-TATATT-AGTTGTCT-TAATATTAATAAATTTTTAT
126 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAAATT-T-TGGAATGTTAATAAATTAGTAT
* * * * ** * ** * * * *
249219 TATTTTGTTCGAAATAAGCTTGAATGAACTAAAAAAAATCATTTTATAACAAAACTAAAGGT-TA
188 TAATTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAA
* * * * * * * ** *
249283 TAGGAATTTCAA-ACAGATAATTGTTGA-AATAGTCATAATTATTT-AAATTTGTTTGGTAAATA
252 AATG-ATTTGAATA-A-ATAATTATT-ATAATAGTCTTAACTATTTGAAA--TATTTGACAAACA
* * * ** * * * *
249345 GATT-TTTTTTAATTCTTTTAATTCTTAATTTTTGAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTT
311 -TTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT-AAATATT-ATAAATTAGTATTATTTTAATC
* * * * * *** * *
249409 CGAATAAGCTTATATTAAC-TAAAATAATTTTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCACGGCGATTTG
373 CGAATAAGCTTGTATCAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAGAAA-AAAA-GTTATAACAATTTA
** * * * *
249472 AAATAGATATTTATTCAAACAGTCATGAATATTTGATCTAGTTCAGT-AA-ACATAT-TTTTTT-
435 AAATAGATA---A--C---CA---AT--CCATTTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTTCTTTTTTA
* * * * * * ** *
249533 -A---GTTATTAATTAC-CAAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTA
487 AATCTCTTATTAATT-CTCAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTCATTTC-GAAAAAAATAGTA
** * * * * * * * * ** * * **
249592 TGAAT-AGCAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAGAAATAATTGCT
550 T-AATGAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * *
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614 CAAATAGCCATAATTATTTGAACTGATTTGGA-AAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * *
249718 -AGTTTTGAAATATTAAC
677 TAATTTTTAAATATTAAT
* *** * * * * * *
249735 AGATTAGTATT-TTTT-TTCAAACAAACTTATGTGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAA
1 AAATTAGTATTATTTTATTTTGACAAGCTTATATTAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * *
249798 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-CGATT-AGG
66 AAGGTAATAATGATTTTAAATAGATAATTGTT-AAATAAT-ATAA-TATTTGAACTTG-TTCA-G
* * * * * *
249861 TAAACAAAACTT-TTTTTTAAATCCCTTGCATATT-AATTTTGGAAATATTAATAAATTCA-TTT
126 TAAAC-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGG-AATGTTAATAAATT-AGTAT
* ** * *
249923 TATTTTATTCTGAATAAGCTAGTATGAATTGAAA-AATTATTTTATTG-C---A-AAAA----AA
188 TAATTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTA-TGACTAAACAAAAGGTCAA
* * * * * *
249978 AAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAT-ATAATCTTAACTATTGGAATTAGTTTGGTA-AAGAAA
252 AATGATTTG-AATAAATAATTATT-ATAATAGTCTTAACTATTTGAAATA-TTT-G-ACAA-ACA
* ** * * *
250040 TTTATTTTTTAAATCAT-TTGGTTATTAATTGTTGGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTT
311 TTTATTTTTTAAATC-TCTTGCTTATTAATT-TTTAAATATTA-TAAATTAGTATTATTTTAATC
* ** * * * * **
250104 TGAATAAGCTTGTAGGAACAAAAATAATTGTTTCATGACAGACCAAAAAGTTATAATGATTTGAA
373 CGAATAAGCTTGTATCAACATAAACAATTGTTTTATGACAGA-AAAAAAGTTATAACAATTT-AA
* * * * * * * * *
250169 GTATACAACTATTTA-AATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAA
436 -AATA-GA-TA---ACCA-A-TC-----CATTTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTTCTTTTTTAA
* ** * * * ** *
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488 ATCTCTTATTAATTCTCAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTCATTTCGAA-AAAAATAGTATA
* * * * * * * * * *
250297 ATAAAAAATAATTGTTATATGAC-AAACAACATGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAA
552 ATGAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * ** * * *
250361 ATGGCCATAATTATTTGAACT-AATTCAATAAATGAATTCACTTTTTAAA----TTACTAATTAA
617 ATAGCCATAATTATTTGAACTGATTTGGA-AAAT-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
*
250421 TTTTTGGAATATTAAT
680 TTTTT-AAATATTAAT
* * * * * *
250437 -AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA-TGACTGAAACAATTGTTTTTATGACAAAAT
1 AAATTAGTATTATTTTATTTTG-ACAAGCTTATATTAACTAAAACAATT-ATTTTATGACAAAAC
* * * * * * * * ** * ** **
250500 AAAAAGTTATAATGATTTGAAACACATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGGTTAAACTACTTTGG
64 AAAAGGTAATAATGATTTTAAATAGATAATTGTT-AAATAAT-ATAA-TATTTGAACTTGTTCAG
* * * * * * ** *
250565 CAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTAGTTATT-AATTTGTAGAATATTGTTAAATTAGTACTA
126 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTT-TGGAATGTTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * * * * * * *
250628 TTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTATTTTATAACAAAATAAAAGGTTATAAT
190 ATTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAAT
* * * * * * *
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255 GATTTG-AATAAATAATTATT-ATAATAGTCTTAACTA-TTTGAAATATTTGACAAACATTTATT
* * * *
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317 TTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT-AAATATT-ATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAA
* ** * *
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380 GCTTGTATCAACATAAACAATTGTTTTATGACAGAAA-AAAAGTT
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AATAAATAATTATTATAATAGTCTTAACTATTTGAAATATTTGACAAACATTTATTTTTTAAATC
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Found at i:244187 original size:180 final size:181
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* * * *
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* * * **** * *
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* * * * *
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*
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* **** * * *
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** * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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130 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCATAATT
* * * * *
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* * * * *
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** * * * * *
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* * ** * * * *
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1 ATTTGAACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTGCTTATTAATTTTTAG-AATA
* * * * * * * * * *
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** * * *
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* * *
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1 ATTTGAA-CTGATTTGGTAAACAGATTTA--TTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAAT-TTTTAGAA
* * * *
244821 TGTTAATAAATTAGTGTTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGA
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* * * * * *
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** * * * * *
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1 ATTTGAACTGA-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAGAATAT
* * * * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * *
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:244972 original size:183 final size:181
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Period size: 182 Copynumber: 7.1 Consensus size: 181
243855 TAATTGTTCC
* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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** * *
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* * ** * * * *
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** * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* ** * * *
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* ** * * * *
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** * * * * *
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128 AAAACAAA-AGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AATAGTCATAACT
* * * * * *
244576 ATTTGAAGTGGTTCAGAAAATAGC-TTTA-GTTTTTAAATCTCTTTGCTTATTAATTTTTGAAAT
1 ATTTGAACTAGTTCAGTAAACA-CAATTATTTTTTTAAATCTC-TTGCTTATTAATTTTTG-AAT
* * * * * * * *
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63 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGA
* ** *
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127 CAAAACAAAAGGTCAAAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCTA-ATAGTCATAA-CT
* * * ** * * * *
244758 ATTTCAATTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATATTTTGAATG
1 ATTTGAACTAGTTCAGTAAACACAATTA-TTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAAT-TTTTGAATA
* *
244823 TTAATAAATTAGTGTTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACT
64 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACA
* * *
244888 AAACAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATATATAATTGTTCTAATAGTCTTAACT
129 AAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACT
* *
244941 ATTTGAACTAGTTCAGCAAACACAATTA-TTTTTTAAA--TC-T-CTTACTAATTTTTGGAATAT
1 ATTTGAACTAGTTCAGTAAACACAATTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT-GAATAT
* * * * * ** * *
245001 TATTAAATTAGTATCATTTCAATTC-GAATAAGCTTGTGTGAAAAGAAAAAAAAAATTGTTTTTT
65 TAATAAATTAGTATTATTT-TATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTG----AAATAATTGTTTTAT
* * * * * *
245065 G-CTAAA-TAAAGATCATAAA-GATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
125 GACAAAACAAAAGGTCA-AAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACT
245120 ATTTGAACT-GTTTCAGTAAA
1 ATTTGAACTAG-TTCAGTAAA
245140 TAGATTTCAT
Statistics
Matches: 859, Mismatches: 180, Indels: 116
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
171 1 0.00
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175 1 0.00
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Consensus pattern (181 bp):
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AATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAA
ACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACT
Found at i:245360 original size:133 final size:129
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Period size: 133 Copynumber: 2.0 Consensus size: 129
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* *
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1 ATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGTTTCAGTAAATAGATTTCATTTGTAAATCTC
* * * * **
245161 TTATTAATTATCAAAATATTAATAGATCACTATTATTTTATTATGAATAATTTTGCATGAACAG
66 TTATTAATTATCAAAATACTAATAAATCACTACTATTTAATTATGAATAAAATTGCATGAACAG
* * *
245225 ATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACT-TATTC-GATAAATAGATTT-ATTTTTTAAAT
1 ATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGT-TTCAG-TAAATAGATTTCA-TTTGTAAAT
* * * * * * *
245287 CTCAAACTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAATTAGTACTATTTAATTTTGAATAAAATTGTAT
63 CT----CTTATTAATTATCAAAATACTAATAAATCACTACTATTTAATTATGAATAAAATTGCAT
*
245352 GAATAG
124 GAACAG
245358 ATA
1 ATA
245361 CAATTGTTTT
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 19, Indels: 10
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
128 3 0.03
129 53 0.48
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Consensus pattern (129 bp):
ATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGTTTCAGTAAATAGATTTCATTTGTAAATCTC
TTATTAATTATCAAAATACTAATAAATCACTACTATTTAATTATGAATAAAATTGCATGAACAG
Found at i:245554 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 245246--248073 Score: 1279
Period size: 181 Copynumber: 15.9 Consensus size: 180
245236 AATGGACATG
* * ***
245246 ACTATTTGAACTT-ATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTAGAA
1 ACTATTTGAACTTGCTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * * * * * *
245310 TACTAATAAATTAGTACTATTTAATTTTGAATAAA-ATTGTATGAATAGATACAATTGTTTTATG
65 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAA-AAAGCTTATATGAACATAAACAATTGTTTTATG
* * ** *
245374 ATAAAATAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATA
128 ACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATA
* * *
245427 ACT-TTTGAACTTGCTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAAT
1 ACTATTTGAACTTGCTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAT
* * * * * *
245491 TTTAATGAATTAGTATTATTTTGTTTTGAAAAAGCTTTTATGAACATAAATAATTGATTTATGAC
66 ATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAAAAAGCTTATATGAACATAAACAATTGTTTTATGAC
* * *
245556 AAAACAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATA
130 AAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATA
* * * ** *
245608 ACTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAATATATTTATTTTTTTAAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGA
1 ACTATTTGAACT-TGCTTAGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGA
* * *
245672 ATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTTGAAATAAGCTT-TCATGAACAGAATCAATTGTTTTA
64 ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAAA-AAGCTTAT-ATGAACATAAACAATTGTTTTA
* * * *
245735 TGACAAAAC-AAAG-GCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATA
126 TGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATA
* * * *
245788 ACTATTTGAACTT-ATTCAGTAAACATAG-TCT-TTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTAG
1 ACTATTTGAACTTGCTT-AGT-AA-ATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG
* * * * * *
245850 AATATTAAT-AATTAGCATTATCTTACTTCAAATAAGCTTATATGAA-TTGAAACAAGTGTTTTA
63 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAA-AAGCTTATATGAACAT-AAACAATTGTTTTA
* ** * * *
245913 TTACAAAAGTAAAGCTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATG
126 TGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATA
* * * * * * *
245968 ACTATTTAAACTTG-TTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAA
1 ACTATTTGAACTTGCTT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * * * * * * * *
246032 TATTTATAAATTAATATTAGTTTAATTCGAATAAA-TTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATG
65 TATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTGAA-AAAGCTTATATGAACATAAACAATTGTTTTATG
* * *
246096 ATAAAACAAAA-AGTCATAATAAGTTT-AAATAAATAATTATTCAAATAGA-CATA
128 ACAAAACAAAAGA-TCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-ATCATA
* * ** * *
246149 ACGATTTCAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATT-GTAA
1 ACTATTTGAACTTGCTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AA
* * * * *
246213 TATTAATAAATTTGTAATATTTTATTTGAAATAAGCTTAGATGAACATAAAAAAAATTCTTTTAT
65 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAA-AAGCTTATATGAACAT--AAACAATTGTTTTAT
* * * * * * *
246278 GATAAAACAAAA-AGTTATACCT-ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATA
127 GACAAAACAAAAGA-TCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATA
* * * * * *
246332 ACTATTTAAATTTGCTTAGTAAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGAT
1 ACTATTTGAACTTGCTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * *
246396 TATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGTATAAGCTTATATGAAC-TAAAACAATTCTTTTATG
65 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAAAAGCTTATATGAACAT-AAACAATTGTTTTATG
* * * * ** * ** *
246460 ACAAAATAAAAGGTCATAACGA-TT-AATTATTTGAATTGGTT-AGGTAAAT-AGA
128 ACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGAT-AATT-ATTCAAAT-AATCATA
* * * * * * * * * * * * *
246512 ATTATTTTTTAA-AT-C-T-GTTAAT-TATTAATTTTTGAAA--TATTAATAAATTTA-TTTCAT
1 ACTA--TTTGAACTTGCTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTTTAG
** * * * * * ** ** * ** *
246569 TTTATTCCAAAAAAGCTAGTATGAATTCA--ACAAAACATATTTTATG-ACA-AAACAAAAGGTC
63 AATATT--AATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAAAA-AGCTTATATGAACATAAAC-AATTGTT
* * * * * *
246630 GTA--ACAATA-AAAAGAT-A-ATTG--TT--CAT--ATAGTT-TT-AAAT-AT-TTA
123 TTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATA
* * * * * * *
246673 A--A-TTG--GTT-C--AGCAAATAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAAT
1 ACTATTTGAACTTGCTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAT
** * * * * * * * *
246730 ATTTTTAGATTAGTGTTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGAC
66 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAA-AAGCTTATATGAACATAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * ** * * *
246795 AGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTATTTAAATAGTCATA
130 AAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATA
* * * * * *
246846 GCTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTT-GAAA
1 ACTATTTGAACTTGCTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AA
* ** ** * *
246910 GATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGA-ATGTTCA-AATACAATTCTTATAT
65 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAA-AAGCTT-ATATGAACATAA-ACAATTGTTTTAT
** * * * * ***
246973 GATGAAACAAAAGCTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT-AACATTGCCATA
127 GACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA-ATAATCATA
* ** * * * *
247027 ATTATTTGAAC-TAATTCGATAAATAGATTCACTTTTTAAATC----ACTTATTAAATTTT-GAA
1 ACTATTTGAACTTGCTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-A
* * * **
247086 ATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAATGATTGTTTTAT
64 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAAAAGCTTATATGAACAT-AAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * **
247150 GATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTGTTCATATAGTTTTA
127 GACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATA
* * * * * ** *
247204 ACTGA-TTGAAC-TACTTTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTCCAAA
1 ACT-ATTTGAACTTGC-TTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGA
* * * * * * *
247267 ATATTATTAAATTAATATTAATTTATTTCGAATAAGCTTATACGAAC-TGAAATAATTATTTTAT
64 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAAAAGCTTATATGAACAT-AAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
247331 AATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-A--AGA
127 GACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATA
** * * * * * *** * ** * ** * *
247382 ACTGGTT---C-AG-TAAATAAATTTA-TTTTTTAAATCATCTACTTATAAAT-G----TTTGA-
1 ACTATTTGAACTTGCTTAGTAAA--TAGATTTATTTTTTAAAT-CTTTTACTTATTAATTTTTAG
* * * ** *
247435 AATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAAAGGCATGCAT-AATA-AAACAATTGTTTTAT
63 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAAAAGCTTATATGAACATAAACAATTGTTTTAT
** * * ***
247498 GACAAAACAAAACTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATGGCCATA
127 GACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATA
* * * * * * * *
247552 ATTATTTAAAC-TGATTTGATAAA-ATGACTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTT-GA
1 ACTATTTGAACTTGCTTAG-TAAATA-GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-
* * * * *
247614 AATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAGATAAGCTT-TCATGAAC-TAGAACAATTATTTT
63 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA-AAAAGCTTAT-ATGAACATA-AACAATTGTTTT
* * * * * * *
247677 ATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
125 ATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATA
* * * * * *
247733 GCTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTTAAAAT-TTCTT-GTGTATTAATTTTTT
1 ACTATTTGAACTTGCTTAGTAAATAGATTTA-TTTTTT-AAATCTT-TTACT-TATTAATTTTTA
* * * * * * * * * *
247796 GAATGTTACTAAATTGGTATTATTTTATTTTTAATAAGCATGTATGAACTTAAAAAATTATTTTA
62 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAAAAGCTTATATGAACATAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * *
247861 TGACTAAACAAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAACAGTCTTA
126 TGACAAAAC-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATA
* * ** * * * *
247917 ATTATTTGAA-TTGGTTCAACAAACACATTTATATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
1 ACTATTTGAACTTGCTT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * * * * * *
247981 TATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCTGAAATAAGCTTGTTTGAACAGAAAACAATTGTTTTAT
65 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAA-AAGCTTATATGAACA-TAAACAATTGTTTTAT
248046 GACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAA
127 GACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAA
248074 CTAGTTTGAT
Statistics
Matches: 1994, Mismatches: 501, Indels: 303
0.71 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
155 15 0.01
156 15 0.01
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158 21 0.01
159 4 0.00
160 4 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ACTATTTGAACTTGCTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAT
ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAAAAGCTTATATGAACATAAACAATTGTTTTATGACA
AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATA
Found at i:245668 original size:183 final size:180
Alignment explanation
Indices: 245223--246483 Score: 1104
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245213 TTGCATGAAC
* * * * * *
245223 AGATAA-TAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTT-ATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAA
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*** * * * * *
245286 TCTCAAACTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAATTAGTACTATTTAATTTTGAATAAA-ATTGT
64 TCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAA-AAAGCTTAT
* * * * * **
245350 ATGAATAGATACAATTGTTTTATGATAAAA-TAAAAGATCATAACAATTTGAAAT
127 ATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAAT
* * * * * *
245404 AAATAATTATTCAAATAATCATAACT-TTTGAACTTGCTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATC
1 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATATATTTATTTTTTAAATC
* * * * *
245468 TTTTACTTATTAATTTTTAAAATTTTAATGAATTAGTATTATTTTGTTTTGAAAAAGCTTTTATG
66 TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAAAAAGCTTATATG
* *
245533 AACATAAATAATTGATTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
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* *
245585 AGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAATATATTTATTTTTTTAAA
1 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTAGTAAATATATTTA-TTTTTTAAA
** * *
245649 AATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTTGAAATAAGCTT-T
64 TCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAAA-AAGCTTAT
* * * *
245712 CATGAACAGAATCAATTGTTTTATGACAAAAC--AAAGGCATAATGTTTTGAAAT
127 -ATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * * *
245765 AGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACATAGTCT-TTTTTTAATT
1 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATATA-TTTATTTTTTAAAT
* * * * *
245829 CTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AATTAGCATTATCTTACTTCAAATAAGCTTATAT
65 CTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAA-AAGCTTATAT
* * * **
245893 GAA-TTGAAACAAGTGTTTTATTACAAAA-GTAAAGCTCATAATGATTTGAAAT
129 GAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAAT
* * ** *
245945 AGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATC
1 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATATATTTATTTTTTAAATC
* * * * * * * * *
246010 TTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTATAAATTAATATTAGTTTAATTCGAATAAA-TTTGTAT
66 TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTGAA-AAAGCTTATAT
* * * * * *
246074 GAATAGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATAAGTTT-AAAT
129 GAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGA-TTTGAAAT
* * * * * * *
246126 AAATAATTATTCAAATAGACATAACGATTTCAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
1 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATATATTTATTTTTTAAATC
* * * *
246191 TTTTACTTATTAATTATT-GTAATATTAATAAATTTGTAATATTTTATTTGAAATAAGCTTAGAT
66 TTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAA-AAGCTTATAT
* * * * * *
246255 GAACATAAAAAAAATTCTTTTATGATAAAACAAAAAGTTATACCT-ATTTCAAAT
129 GAACAT--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA-ATGATTTGAAAT
* * * * * * *
246309 AGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTAAATTTGCTTAGTAAATAAATTCATTTTTTAAATC
1 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATATATTTATTTTTTAAATC
* * * * *
246374 TCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGTATAAGCTTATAT
66 T-TTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAAAAGCTTATAT
* * * *
246438 GAAC-TAAAACAATTCTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATT
129 GAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATT
246484 AATTATTTGA
Statistics
Matches: 880, Mismatches: 162, Indels: 76
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
177 3 0.00
178 46 0.05
179 46 0.05
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATATATTTATTTTTTAAATC
TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAAAAGCTTATATGA
ACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
Found at i:246650 original size:153 final size:153
Alignment explanation
Indices: 246350--246650 Score: 319
Period size: 153 Copynumber: 2.0 Consensus size: 153
246340 AATTTGCTTA
* * *
246350 GTAAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTTATTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTACTATTA
1 GTAAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTA
**** * * * *
246415 TTTTATTTTGTATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTCTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAC
66 TTTTATTCCAAAAAAGCTTATATGAACTAAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* ** **
246480 GATTAATTATTTGAATTGGTTAG
131 GAATAAAAAGATGAATTGGTTAG
*
246503 GTAAATAGAATT-ATTTTTTAAATCTGTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT--TATT
1 GTAAATA-AATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTA-T
*
246565 TCATTTTATTCCAAAAAAGC-TAGTATGAATTCAACAA-AACATATTTTATGACAAAACAAAAGG
64 T-ATTTTATTCCAAAAAAGCTTA-TATGAACT-AA-AACAA-ATATTTTATGACAAAACAAAAGG
*
246628 TCGTAAC-AATAAAAAGAT-AATTG
124 TCATAACGAATAAAAAGATGAATTG
246651 TTCATATAGT
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 19, Indels: 14
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
151 2 0.02
152 4 0.03
153 74 0.61
154 14 0.11
155 28 0.23
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (153 bp):
GTAAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTA
TTTTATTCCAAAAAAGCTTATATGAACTAAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
GAATAAAAAGATGAATTGGTTAG
Found at i:247540 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 247520--247561 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 17
247510 CTTCATAACG
247520 ATTTGAAATAG-ATAATT
1 ATTT-AAATAGCATAATT
*
247537 ATTTAAATGGCCATAATT
1 ATTTAAATAG-CATAATT
247555 ATTTAAA
1 ATTTAAA
247562 CTGATTTGAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 3
0.85 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.23
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ACGTcount: A:0.45, C:0.05, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (17 bp):
ATTTAAATAGCATAATT
Found at i:247619 original size:348 final size:350
Alignment explanation
Indices: 246676--247901 Score: 815
Period size: 358 Copynumber: 3.4 Consensus size: 350
246666 ATATTTAAAT
* * * * * ** *
246676 TGGTTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAATTC-TCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTTTTAGAT
1 TGGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCATC-TACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * * * * * *
246740 TAGTGTTATTTTATT-TCAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAGAACAAAA
65 TAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCATGCATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * ** * * * * * * *
246804 GGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTATTTAAATAGTCATAGCT-ATTTGAACTAGTTTGGTAA
129 CGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTGA-TTAAACTACTTTGGAAA
* * * ** * * * *
246868 ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTT-TGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTT
193 ATAGACTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAA-TTTCCAAAATATTAATAAAGTAATATTAATT
* * ** * ** * * * * * * * *
246932 TATTCCAAATAAGCTTGAATGTTC-AAATACAATTCTTATATGATGAAACAAAAGCTAATAACGA
257 TATTTCAGATAAGCTTTCACGAACTAGA-ACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAATGA
*
246996 TTTGAAATAGATAATTGTTAACATTGCCATAATTATTTGAAC
321 TTTGAAATAGATAA---TT---ATT--CA-AA-TA--AGAAC
** * * *
247038 TAATTC-GATAAATAGATTCACTTTTT-AA--ATC-ACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAAT
1 TGGTTCAG-TAAATAAATTTATTTTTTAAATCATCTACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * * ** * *
247098 TAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATGATTGTTTTATGATAAAACAAAAG
65 TAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCATGCATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAC
* * * *** * *
247163 GTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTGTTCATATAGTTTTAACTGATTGAACTACTTTGGCAAAT
130 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTGATTAAACTACTTTGGAAAAT
* * * * * *
247228 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTCCAAAATATTATTAAATTAATATTAATTTAT
195 AGACTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTCCAAAATATTAATAAAGTAATATTAATTTAT
* * *
247293 TTC-GAATAAGCTTAT-ACGAACT-GAAATAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAATGAT
260 TTCAG-ATAAGCTT-TCACGAACTAG-AACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAATGAT
247355 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAAGAAC
322 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAAGAAC
*
247384 TGGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCATCTACTTA-TAAATGTTTGAAATTTTAATAAAT
1 TGGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCATCTACTTATTAAAT-TTTGAAATATTAATAAAT
247448 TAGTATTATTTTATTCTGAA-AAGGCATGCAT-AA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
65 TAGTATTATTTTATTCTGAATAA-GCATGCATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * *
247510 CTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATGGCCATAA-TTATTTAAACTGA-TTTGATA
129 CGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTGA-TTAAACT-ACTTTG-GA
*** *
247573 AAAT-GACTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATT
191 AAATAGACTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTCCAAAATATTAATAAAGTAATATTAAT
* * * *
247637 TTATTTCAGATAAGCTTTCATGAACTAGAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTA
256 TTATTTCAGATAAGCTTTCACGAACTAGAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAATGA
* *
247702 TTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAAC
321 TTTGAAATAGATAATTATTC--A-A---ATA---A---GAAC
* ** * ** * * *
247744 TTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTTAAAAT-TTCTTGTGTATTAATTTTTTG-AATGTTACTA
1 TGGTTCAGTAAATAAATTTA-TTTTTT-AAATCATCTACT-TATTAA-ATTTTGAAATATTAATA
* * * * * *
247807 AATTGGTATTATTTTATTTTTAATAAGCATGTATGAACTTAAAA-AATTATTTTATGACTAAACA
62 AATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCATGCATGAAC-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-
* * *
247871 AAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATT
125 AAAACGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
247902 GTTCTAACAG
Statistics
Matches: 695, Mismatches: 125, Indels: 85
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
346 23 0.03
347 6 0.01
348 190 0.27
349 21 0.03
350 49 0.07
351 1 0.00
352 3 0.00
354 3 0.00
355 2 0.00
357 4 0.01
358 235 0.34
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360 23 0.03
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362 59 0.08
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364 18 0.03
365 32 0.05
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (350 bp):
TGGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCATCTACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATT
AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCATGCATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAACG
TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTGATTAAACTACTTTGGAAAATA
GACTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTCCAAAATATTAATAAAGTAATATTAATTTATT
TCAGATAAGCTTTCACGAACTAGAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
AATAGATAATTATTCAAATAAGAAC
Found at i:247956 original size:183 final size:182
Alignment explanation
Indices: 247397--248073 Score: 408
Period size: 183 Copynumber: 3.7 Consensus size: 182
247387 TTCAGTAAAT
* * * * *
247397 AAATTTATT-TTTTAAATCATC-TACTTATAAATGTTT-GAAATTTTAATAAATTAGTATTATTT
1 AAATTTATTATTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTAG-AATGTTACTAAATTGGTATTATTT
* * * * ** * *
247459 TA-TTCTGAAAAGGCATG-CAT-AA-TA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAACTTCATAAC
64 TATTTCAGATAA-GC-TGTCATGAACTAGAAA-AATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAGAAT
* * ** * * * ** *
247519 GATTTGAAATAGATAATTATTTAAATGGCCATAATTATTTAAAC-TGATTTGATAAA-
126 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAACAAAC
* * * * * * * **
247575 ATGACTTATT-TTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAATATTATTT
1 A-AATTTATTATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATGTTACTAAATTGGTATTATTT
* * * * *
247638 TATTTCAGATAAGCTTTCATGAACTAGAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTAT
64 TATTTCAGATAAGCTGTCATGAACTAGAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAGAATGAT
* * * **** *
247703 TTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTGTTTGGTAAAT
129 TTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAACAAAC
* * * *
247757 AAATTTATTTTTTTAAAATTTCTT-GTGTATTAATTTTTTGAATGTTACTAAATTGGTATTATTT
1 AAATTTATTATTTT-AAATCTCTTACT-TATTAATTTTTAGAATGTTACTAAATTGGTATTATTT
*
247821 TATTTTTA-ATAAGCATGT-ATGAACTTA-AAAAATTATTTTATGACT-AAACAAAAAGGTCAGA
64 TA-TTTCAGATAAGC-TGTCATGAAC-TAGAAAAATTATTTTATGA-TAAAAC-AAAAGGTCAGA
* * *
247882 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAACAGTCTTAATTATTTGAA-TTGGTTCAACAAAC
124 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAACAAAC
* * * * * * *
247941 ACATTTA-TATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTA
1 AAATTTATTATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATGTTACTAAATTGGTATTATTTTA
* * * * * * * *
248005 CTCTGAAATAAGCTTGT-TTGAAC-AGAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATG
66 -TTTCAGATAAGC-TGTCATGAACTAG-AAA-AATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAGAATG
248067 ATTTGAA
127 ATTTGAA
248074 CTAGTTTGAT
Statistics
Matches: 398, Mismatches: 76, Indels: 46
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
178 4 0.01
179 57 0.14
180 9 0.02
181 78 0.20
182 71 0.18
183 94 0.24
184 85 0.21
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (182 bp):
AAATTTATTATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATGTTACTAAATTGGTATTATTTTA
TTTCAGATAAGCTGTCATGAACTAGAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAGAATGATTT
GAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAACAAAC
Found at i:248895 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 248059--251021 Score: 2190
Period size: 181 Copynumber: 16.7 Consensus size: 180
248049 AAAACAAAGA
* * * *
248059 TCATAA-TGATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTAGTTTTT--ATATC-T-CTTATTAATCTT
1 TCATAACT-ATTTGAACT-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * ** * *
248119 TGAAATATTAA-AAATTTAGCATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTATAT-AAATAGAAACAATTA
64 TGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTG
** * ** * * * * * *
248181 TTTTACAACAAAATAAAATATCACAACGATTTCAAATAGATGATAGTTCAAATGG
126 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * **
248236 T-ATGATTATTTAAACTTGTTTGGTAAACA-AGTTTATCTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAAC-TGTTTGGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * ** *
248299 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGA-ATGAA-TAGAAACAATTAT
64 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-ATATGAACTA-AAACAATTGT
* * *
248362 TTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
127 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
248416 TCATAACTATTTAAACTTGCTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC---TT-A-TTTT
1 TCATAACTATTTGAAC-TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
248476 ----T-TTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAAC-AGAAAAAATTGATT
65 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTT
* *
248535 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAAAGATAATTCTTCAAATAG
129 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
248587 TCATAACTATTTGAATGTGTTTAGAAAACATATCTATTTTTAAAAT-TGTTACTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAA-CTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * ** *
248651 GAAATATTACTAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAACTTGCATGAA-TAGAACCAATTGT
65 GAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGT
* * * *
248713 TTAATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTTAAAATAGATAATTATTCAAATAA
127 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
248767 TCATAACTATTTGAACATGTTCGGTAAATAGCTTCATTTTTTAATTCACTTACTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAAC-TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* *
248832 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACTAAAACAATTGTTTT
65 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTT
* * * *
248897 ATTACAAAACAAACAAAAGGTTACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
130 ATGAC---A-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
248952 TCATGACTATTTCAACTTGTTTGGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGT
1 TCATAACTATTTGAAC-TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-T
* * *
249016 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTATT
64 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACT-AAAACAATTGTT
* * *
249080 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
128 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * * *
249133 TCATAAAAATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA-TATATTAGTTGT
1 TCATAACTATTTGAAC-TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATT-T
** * *
249197 CTT--AATATTAATAAATTTTTATTATTTT-GTTCGAAATAAGCTTGA-ATGAACTAAAAAAAAT
63 -TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTT-ATATGAACT-AAAACAAT
** * * * * * * *
249258 CATTTTATAACAAAACTAAAGGTTAT-AGGAATTTCAAACAGATAATTGTTGAAATAG
124 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
249315 TCATAATTATTTAAATTTGTTTGGTAAATAGA-TT-TTTTTTAATTCTTTTAATTCTTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAA-CTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * *
249378 GAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATTAACTAAAATAATTTTTTT
65 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTT
**** * * *
249443 ATGACAAAACAAAAGGTCACGGCGATTTGAAATAGATATTTATTCAAACAG
130 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * **
249494 TCATGAA-TATTTGATCTAGTTCAGTAAAC--A--TA---TTT---T-T-TTAGTTATTAATTAC
1 TCAT-AACTATTTGAACT-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** * * * * *
249546 CAAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGCAACTATTGT
64 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGT
* * * * ** * * *
249609 TTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAGAAATAATTGCTCAAATAG
127 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
249663 TCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAAGTTTT
1 TCATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * * *
249724 GAAATATTAACAGATTAGTA-T-TTTT-TTTCAAACAAACTTATGTGAACAAAAACATTTGTTTT
65 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTT
249786 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
130 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
249837 TCATAATTATTTGAACCGATTAGGTAAACAAAACTT-TTTTTTAAATCCCTTGCATATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTG-TTTGGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *
249901 GGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCTGAATAAGC-TAGTATGAATTGAAA-AATTA
64 TGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTA-TATGAACTAAAACAATTG
* *
249962 TTTTATTG-C--AA-AAAA----A-AAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAA
126 TTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * ** *
250008 TCTTAACTATTGGAATTAGTTTGGTAAAGAAATTTATTTTTTAAATCAT-TTGGTTATTAATTGT
1 TCATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * *
250072 TGGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAGGAACAAAAATAATTGTTT
64 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTT
* * * * * * * * * * *
250137 CATGACAGACCAAAAAGTTATAATGATTTGAAGTATACAACTATTTAAATAG
129 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
250189 TCATAATTATTTAAACTGGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
250250 GAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGATA-AAAAATAATTGTTA
65 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGA-ACTAAAACAATTGTTT
* * * * * *
250314 TATGAC-AAACAACATGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGG
129 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *** * * * *
250365 CCATAATTATTTGAACTAATTCAATAAA-TGAATTCACTTTTTAAA----TTACTAATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * *
250425 TGGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ACTGAAACAATTGTTT
64 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTG-TT
* * * * * *
250488 TTATGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAACACATAATTGTTCATATAG
128 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * * * * * *
250541 TCTTAACTGGTTAAACTACTTTGGCAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTGT
1 TCATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
** * * *
250605 -AGAATATTGTTAAATTAGTACTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTATT
65 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTT
* * *
250668 TTATAACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
128 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
250721 ----GA--A-TT--A--GTTTGGTGAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTG
1 TCATAACTATTTGAACTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * *** *
250775 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTATTTTA
66 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTA
* ** * *
250840 TGACAAAACAAAAGTTTGTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGG
131 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
250890 CCATAATTATTTGAACTGATTCGATAAACAGACTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * * *
250955 GAAATATTATTAAAGTAATATTAATTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTT
65 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTT
251020 AT
130 AT
251022 AATAAAAAAA
Statistics
Matches: 2210, Mismatches: 439, Indels: 270
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 21 0.01
169 237 0.11
170 15 0.01
171 244 0.11
172 17 0.01
173 10 0.00
174 108 0.05
175 70 0.03
176 185 0.08
177 105 0.05
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179 96 0.04
180 392 0.18
181 425 0.19
182 84 0.04
183 3 0.00
184 6 0.00
185 149 0.07
186 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TCATAACTATTTGAACTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
Found at i:249147 original size:546 final size:534
Alignment explanation
Indices: 248059--251021 Score: 2230
Period size: 532 Copynumber: 5.6 Consensus size: 534
248049 AAAACAAAGA
* * * * * *
248059 TCATAA-TGATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTAGTTTTTATA-TCT-CTTATTAATCTTTG
1 TCATAACT-ATTTGAA-TTGTTTGA-AAACATATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTG
* ** * * * *
248121 AAATATTAA-AAATTTAGCATTATTTTATTCT-AAATAATTTTATATAAATAGAAACAATTATTT
63 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTT
** * ** * * * * * * * *
248184 TACAACAAAATAAAATATCACAACGATTTCAAATAGATGATAGTTCAAATGGT-ATGATTATTTA
126 TATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG
* * * * * ** *
248248 AACTTGTTTGGTAAACAAGTTTATCTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
190 AAC-TGTTCGGTAAA-TAGCTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * * *
248313 ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGA-ATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACA
253 ATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGTTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * *
248376 AAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGCTCGGT
316 AAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGT
*
248441 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC---TTATT-TT---T-TTAATAAATTAATATTATTTT
381 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTGTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * *
248498 ATTTTGAATAAGCTTTTATGAACAGAAAA-AATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
446 ATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA-AAAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGA
*
248561 TTTGAAA-AAGATAATTCTTCAAATAG
509 TTTGAAATAA-ATAATTGTTCAAATAG
* *
248587 TCATAACTATTTGAATGTGTTTAGAAAACATATCTATTTTTAAAATTGTTACTTATTAATTTTTG
1 TCATAACTATTTGAAT-TGTTT-GAAAACATATTTATTTTTTAAATT-TTACTTATTAATTTTTG
* * * * *
248652 AAATATTACTAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAACTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTA
63 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTT
* * * *
248716 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTTAAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGA
127 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGA
*
248781 ACATGTTCGGTAAATAGCTTCATTTTTTAATTCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
191 AC-TGTTCGGTAAATAGCTT-ATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* *
248846 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAC
254 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGAC---A-AAAC
* * *
248911 AAAAGGTTACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTCAACTTGTTTGG
315 AAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGG
* * *
248976 AAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
380 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA-TTGTTG-AATATTAATAAATTAGTATTAT
*
249041 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATA
443 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
249106 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
508 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
** * * * *
249133 TCATAAAAATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA-TATATTAGTTGT
1 TCATAACTATTTGAA-TTGTTT-GAAAACATATTTATTTTTTAAA--TTTTACT-TATTAATT-T
** * * * * * **
249197 CTT--AATATTAATAAATTTTTATTATTTTGTTCGAAATAAGCTTGAATGAACTAAAAAAAATCA
60 -TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAACTTGTATGAA-TAAAAACAATTG
* * * * * *
249260 TTTTATAACAAAACTAAAGGTTATAGGA-ATTTCAAACAGATAATTGTTGAAATAGTCATAATTA
123 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA--ATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
* * * * * ** * *
249324 TTTAAATTTGTTTGGTAAATAGATT-TTTTTTAATTCTTTTAATTCTTAATTTTTGAAATATTAA
186 TTTGAA-CTGTTCGGTAAATAGCTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * *
249388 TAACTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATTAACTAAAATAATTTTTTTATGACAAAAC
250 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
*** * * * * * **
249453 AAAAGGTCACGGCGATTTGAAATAGATATTTATTCAAACAGTCATGAA-TATTTGATCTAGTTCA
315 AAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTAAACTTGTTTG
* * * **** *
249517 GTAAAC--A--TATTTTTTTAGT-TATTA---ATTA--CCAAAATATTAATAAATTAGTATTGTT
379 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTGTTGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * * * * * **
249572 TTA-ATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGCAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACA
444 TTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* *
249636 ATTTGAAAGAAATAATTGCTCAAATAG
508 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * *
249663 TCATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCT-CTTATTAAGTTTTGA
1 TCATAACTATTTGAATT-GTTTGA-AAACATATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * * * *
249726 AATATTAACAGATTAGTA-T-TTTT-TTTCAAACAAACTTATGTGAACAAAAACATTTGTTTTAT
64 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTAT
249788 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC
129 GACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC
* * * * * * * *
249853 CGATTAGGTAAACAAAACTT-TTTTTTAAATCCCTTGCATATTAATTTTGGAAATATTAATAAAT
193 TG-TTCGGT-AA-ATAGCTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * *
249917 TCA-TTTTATTTTA-TTCTGAATAAG-CTAGTATGAATTGAAA-AATTATTTTATTG-C--AA-A
255 T-AGTATTATTTTATTTC-GAATAAGTTTA-TATGAACTAAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACA
* * * * **
249974 AAA----A-AAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAATCTTAACTATTGGAA-TTAGTTTGG
316 AAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT-GTTTGG
* * * ** * *
250032 TAAAGAAATTTATTTTTTAAATCATTTGGTTATTAATTGTTGGAATATTATTATATTAGTATTAT
380 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTGTT-GAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * *
250097 TTTATTTTGAATAAGCTTGTAGGAACAAAAATAATTGTTTCATGACAGACCAAAAAGTTATAATG
443 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * * *
250162 ATTTGAAGTATACAACTATTTAAATAG
508 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
250189 TCATAATTATTTAAACTGGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAA-TCT-CTTATTAATTTTTGA
1 TCATAACTATTTGAA-TTGTTT-GAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * *
250252 AAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAACTTATATG-ATAAAAAATAATTGTTAT
64 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAATAAACTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
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127 ATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGA
* ** * * * *
250379 ACTAATTCAATAAAT-GAATTCACTTTTT-AA--A-TTACTAATTAATTTTTGGAATATTAAT-A
191 ACT-GTTCGGTAAATAG-CTT-ATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * * * *
250438 ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ACTGAAACAATTGTTTTTATGACAAAATAA
253 ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTATATGAACTAAAACAATTG-TTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * * ** ** *
250502 AAAGTTATAATGATTTGAAACACATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGGTTAAACTACTTTGGCA
317 AAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTA
* * * * ** *
250567 AATAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTGTAGAATATTGTTAAATTAGTACTATTT
382 AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-A-TTGTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * *
250631 TA-TTCTGAATAAGCTTATATGAACT-AAAATAATTATTTTATAACAAAATAAAAGGTTATAATG
445 TATTTC-GAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
*
250694 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
508 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
250721 ---GAATTAGTTTG----G--TG--AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTG
1 TCATAACTA-TTTGAATTGTTTGAAAACATATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTG
* ** *
250775 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCG-AATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTATTT
63 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAACTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTT
* ** * * *
250838 TATGACAAAACAAAAGTTTGTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTG
126 TATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG
* * * * * *
250903 AACTGATTCGATAAACAGACTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTATTAA
190 AACTG-TTCGGTAAATAG-CTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * * * * *
250968 AGTAATATTAATTTATTTTGAATAAACTTT-TATGAACTGAAACAATTGTTTTAT
253 ATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGTTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTAT
251022 AATAAAAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TCATAACTATTTGAATTGTTTGAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGT
TCGGTAAATAGCTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
TATTTTATTTCGAATAAGTTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCACA
ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAGATTT
ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTGTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
AGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAAT
AATTGTTCAAATAG
Found at i:250864 original size:169 final size:168
Alignment explanation
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Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 168
250557 TACTTTGGCA
** **
250567 AATAGATTTATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTGTAGAATATTGTTAAATTAGTACTATTTT
1 AATAGATTTATTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTGTAGAATATTAATAAATTAGTACTATTTT
* * * *
250632 ATTCTGAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTATTTTATAACAAAATAAAAGGTTATAATGATT
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* *
250735 AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AATAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTGTAG-AATATTAATAAATTAGTACTATT
* * ** * * *
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*
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169 121 0.91
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Consensus pattern (168 bp):
AATAGATTTATTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTGTAGAATATTAATAAATTAGTACTATTTT
ATTCCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAATGATT
TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGGAATTAGTTTGGTG
Found at i:252357 original size:182 final size:180
Alignment explanation
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Period size: 182 Copynumber: 2.0 Consensus size: 180
252033 NNNNATATTT
* * * *
252043 ATTTTAAATAGATAATTATTCAAATATTCATAACTATTTAAACTTATTCGATAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGACAAACACATTTATT
* * * * * * *
252108 TTTTTAAATTTCTTGTGTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
66 TTTTAAAATCTCTTCTGTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCAATATTTTATTTCAAATA
* *
252173 TGCATGTACAAACTA-AAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTAATAAC
131 TGCATGTACAAAC-AGAAAAAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATAATAAC
* * * * * *
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1 -ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTA-TTCGACAAACACATTTA
* * *
252288 TTTTTTAAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTT-G
64 TTTTTTAAAATCTCTT-CTGTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCAATATTTTA-TTTCA
* ** * * *
252351 AATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAAC
127 AATATGCATGTACAAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAGATAATAAC
252405 ATTTGAA
1 ATTTGAA
252412 CTGGTTTGGT
Statistics
Matches: 155, Mismatches: 28, Indels: 10
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (180 bp):
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGACAAACACATTTATT
TTTTAAAATCTCTTCTGTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCAATATTTTATTTCAAATA
TGCATGTACAAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAGATAATAAC
Found at i:252768 original size:18 final size:18
Alignment explanation
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Period size: 18 Copynumber: 3.2 Consensus size: 18
252706 TGATAAAATA
*
252716 AAATA-TCATAACGATTT
1 AAATAGTCATAACTATTT
* *
252733 AAAATAG--ATAATTGTTT
1 -AAATAGTCATAACTATTT
252750 AAATAGTCATAACTATTT
1 AAATAGTCATAACTATTT
252768 AAAT
1 AAAT
252772 TCGCTTAGTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.48, C:0.07, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (18 bp):
AAATAGTCATAACTATTT
Found at i:252841 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 252420--252894 Score: 494
Period size: 181 Copynumber: 2.6 Consensus size: 179
252410 AACTGGTTTG
* *
252420 GTAAATAGATTTAGTTTTTAAATC-TT--TTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTAT
1 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-AATAATTAGTATTAT
** ** * ** *
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* * * * ** * *
252546 TGATTTGAAATAGATGACAGTTCAAATGGACATGTCTATTTGAACTTGTTC
129 CGATTTAAAATAGATAACAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAAATTGTTA
* * ** *
252597 GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAGTTAGTATT
1 G-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-TTAGTATT
*
252662 ATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAT-AAAATATCATA
63 ATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAATATCACA
** * *
252726 ACGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTT-AAATTCGCTTA
128 ACGATTTAAAATAGATAACAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAAATT-G-TTA
* *
252779 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATGAATTAGTATTA
1 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTA
* ** * ** *
252844 TTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTAATTTATGACAAAA
64 TTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAA
252895 CAAAGCATAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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178 20 0.08
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ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (179 bp):
GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTAGTATTATT
TTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAATATCACAACG
ATTTAAAATAGATAACAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAAATTGTTA
Found at i:253244 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 253000--253458 Score: 509
Period size: 182 Copynumber: 2.5 Consensus size: 180
252990 CTGTTTTAAC
* * * *
253000 AATTACTTATTTTAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATT-TTTTCTATTCATA
1 AATTATTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATCAATTGTTTT-TATTCATA
* * * *
253064 CAAGCTTATTTCAACTAAAATAATTCAAATTTATTAATA-TTTAGACAATTAATAAGTAAAAGAT
65 CAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATTCTAATTTATTAACACTTCA-ACAATTAATAAGTAAAAGAT
*** * *
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128 TTAAAAAACAAATAT-GTCTACCAAACAAATTCAAATAGTAATAACTATTTG-AT
**
253181 AATTATTTATTTCAAATCGTTATAAATTTTTGTTTTGTCATAAAATTCAATTGTTTTTATTCATA
1 AATTATTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TCAATTGTTTTTATTCATA
*
253246 CAAGTTTATTCAAATCAAAATAATAT-TAATTTATTAACACTTCAACAATTAATAAGTAAAAGAT
65 CAAGCTTATTCAAAT-AAAATAAT-TCTAATTTATTAACACTTCAACAATTAATAAGTAAAAGAT
** * * * *
253310 TTTTAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAT
128 TTAAAAAACAAATATGTCTACCAAACAAATTCAAATAGTAATAACTATTTGAT
* * ** * *
253363 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAA-CAATTG-TATCAGTTCATA
1 AATTATTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATCAATTGTTTTTA-TTCATA
* *
253426 TAAGCTTATTCGAAATAAAATAATGCTAATTTA
65 CAAGCTTATTC-AAATAAAATAATTCTAATTTA
253459 AAATATGAAT
Statistics
Matches: 235, Mismatches: 33, Indels: 21
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AATTATTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATCAATTGTTTTTATTCATAC
AAGCTTATTCAAATAAAATAATTCTAATTTATTAACACTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTA
AAAAACAAATATGTCTACCAAACAAATTCAAATAGTAATAACTATTTGAT
Found at i:253592 original size:146 final size:144
Alignment explanation
Indices: 253311--253581 Score: 357
Period size: 146 Copynumber: 1.9 Consensus size: 144
253301 GTAAAAGATT
* * *
253311 TTTAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGATAATTATCTATTTC
1 TTTAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGCTCAAATAGTCATAACTATTTGACAATTATCCATTTC
* ** *
253376 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCAGTTCATATAAGCTTATTCGAAA
66 AAATCATTATGACCTTTCATTTCATCATAAAACAATTGTATCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
253441 TAAAATAATGCTAA
131 TAAAATAATGCTAA
* * *
253455 TTTAAAATATGAATTTGTTTACCAAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCCAT
1 TTTAAAATA--AATATGTTTACCAAACAAGCTCAAATAGTCATAACTATTTG-ACAATTATCCAT
* * * * *
253520 TTCAAATCATTATGACCTTTCATTT-TTGC-TAAAATAATTGTTTCTGTTCATACATGCTTATT
63 TTCAAATCATTATGACCTTTCATTTCAT-CATAAAACAATTGTATCAGTTCATACAAGCTTATT
253582 TTTAATAAAA
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 15, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (144 bp):
TTTAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGCTCAAATAGTCATAACTATTTGACAATTATCCATTTC
AAATCATTATGACCTTTCATTTCATCATAAAACAATTGTATCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
TAAAATAATGCTAA
Found at i:253769 original size:326 final size:329
Alignment explanation
Indices: 253157--253784 Score: 729
Period size: 326 Copynumber: 1.9 Consensus size: 329
253147 TTGAATAAAT
* ** * *
253157 TCAAATAGTAATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATAAATTTTTGTTTTGTCAT
1 TCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCATTATAAATTTATGTTTTGTCAT
* * *
253222 AAAATTCAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCAAATCAAAATAATATTAATTTATTAACACT
66 AAAATTCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATCAAAATAATATAAATTTATTAACACT
* * *
253287 TCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCAT
131 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTATAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGCCAT
* * * * *
253352 AACTATTTGATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTAT
196 AACTATTTGACAATTAACGATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGATTCATCATAAAACAATTGTAT
* * *
253417 CAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATGCTAATTTAAAATATGAATTTGTTTACCAAAC
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253482 AAGC
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* **
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* ** ** *
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**
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* * * * * *
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* * * *
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* * *
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* **
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* * * * * * * *
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**
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117 --A----TACAAGC--TTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT
** * * * * * * * * * *
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173 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT--TA--CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * ** ** ** * ** *
259152 AGAA-AATAATTCTATTTACTGAACTAATTAAAATAATTATAACTATTTG--A-ACAATTATCTA
234 -GAACAATTA-TCTATTT-C--AAATCATTATGA-CCTT-T-TGT-TTTGTCATAAAACAAT-TG
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289 TTT----TTGTTCA-TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT--AAT-A---T-T
* * *
259276 TC-GAAA-TAAAATAATAA
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1 -AATTTAAAAAATAAATTT-G----TTTACCGA-ACCA-ATTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAA
* * ** * * *
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** * * ** * *
259477 TTCAATAATTTTCCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAAGT-GCAGAACCAG
160 TT---T-A------AAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA-AACAAG
* * * * *** ** * *
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* * * *
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276 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* *
259667 TTCAAAAATTAATAACTAGGA
341 TTCAAAAATT-A-AAGTAAGA
* * ** * * * *
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1 AATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
* * * * * *
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66 ATTTCAAAT-AGTTATGA-CTCTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * * * * * *
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129 TCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* *** * *
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192 TAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TC
* * * * * * *** * * **
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256 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAA
*
260006 ATAATGCTAATTTATTAATATTTTCTAAATTAA-TAAA-TAAGA
320 ATAATACTAATTTATTAATA-TTTC-AAA--AATTAAAGTAAGA
* * * * * * *
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1 AATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAATTC--AAATAGTTATGACTATTTGAAT-AATTA
* * * *
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63 TCTATTTCAAATAGTTATGA-CTCTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCT
* * * *
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126 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * *
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191 ATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * *
260300 ATTAAGATC-ATTGTTTTGTCATAACAA-AATTGTTTTTAATCAGTTAAAAATAATACTAATTTA
256 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA-AACAATTG-TTTT--T--GTT-CATACAA-GCTTA-TT-
* * *
260363 ATAATATTCAGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAAGT-AA-TAAGA
311 -CAA-A---A--T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAGTAAGA
* * * ** ** ** *
260418 GATTTAAAAAATAAATGTGCTT-GTGAAACCAATTCAAATAGTTAAAACCCCTAT-AATAATTAT
1 AATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCG-AACCAATTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTAT
* * * * * * * * * *
260481 CTATTTTAGATTGTTCTCATCTTTTGTTTAGTCATAAAA-TATTTTTTC-ATATCTTACAAGCTT
64 CTATTTCAAATAGTTATGA-CTCTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTT
* * * * * * *
260544 ATT-GAGAATAAAATAATCCAAATTTAATAACATTTGAAAAATTAATAAGCAAAATG-TTTGAAA
127 ATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTT-AAA
* * * * * *
260607 AAATAAATCTATTTACC-GACAAGTTCAAACAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATCTAAAA
189 AAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* ** * *
260671 T-AGTTATGACCTTTTGTTTAGAT-ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAT
254 TCA-TTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
*
260734 AAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATT-AA-TAAGCA
317 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAGTAAG-A
* * * ** * *
260776 AGAGTTTAAAAAAATTAATTTGCTTACTGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTG
1 A-A-TTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
* * * * * *
260841 TCTATTTAAAATCGTTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGTT
63 TCTATTTCAAATAGTTATGAC-TCTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCT
* ** * * *
260905 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGGAAGTGATTTAAAAT
126 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * * * * * *
260970 GTGATTTTGTTTACCGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTGAAAT
191 ATAAATCTATTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * *
261034 TATTATTACCTTTTGTTTAGTTATAGAACAATTGTTTTCGATT-ATACAAGCTTATT-AAAA-AA
255 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAA
*
261096 AATAATATTAATTTATTAATCA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGA
319 AATAATACTAATTTATTAAT-ATTTCAAAAATT-A-AAGTAAGA
* * * ** * * * * * *
261139 AATTTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CTGTTGATATAGTTATAACTATTTGAACAGTTATAT
1 AATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
* * * * * *
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66 A-TT----TCAAATAGTT-----AT-GA-CTCTTGTTTTGTCATAAAAC-A--A--T-TG-TT-T
* * * * * * * **
261268 TTATGTTTATTCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATAATAATACTCCAAAAATTAATA
111 CTA--TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * ** * * * * * * *
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174 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* **
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* * ** * *
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302 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-AAGTAAGA
* * * * * * *
261520 GATTTAAAAAGT-AATTCTGCTTACCTAACCAATTCAAATAATTATGATTATTTGAATAACTATC
1 AATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * * * * * *
261584 TATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAA-AAATGTTT-TTTTTATATAAGTTTGG
65 TATTTCAAATAGTTATGAC-TCTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT--
* * * * *
261647 A-TAG-AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGATATCTAAAAAA
127 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * *
261706 TAAATCTTTTTATCAATTC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATT
192 TAAATCTATTTACCAA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * * *** *
261770 ATTATGACTTTTTATTCTT-TTATAAAACAATAGTTTCTATTCATATAAACTTATTTGGATTAAA
256 ATTATGACCTTTTGTT-TTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * *
261834 ATAATACCAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGTAAAA
320 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-AAGTAAGA
* * * * * **
261876 AATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAAATT-AAATAGTCATGACTATTTGAAAAATTCGC
1 AATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * * * * * * *
261940 TATTTCAAATCGTTATAACTTTTATTTTCTCATAAAA-AATTATTT-AAGTTAATATAAGCTTAT
65 TATTTCAAATAGTTATGACTCTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
* * * * * * *
262003 TCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAGTATTTTGAAAATTATTAATTAAGAGATTTAAAAAATG
129 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * * * * *
262068 AATATGTTTATCGAACAATTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATATGAAAT-AGC
194 AATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-T
* * ** * * ***
262132 TATAACCGTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TCTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAAT
258 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* *
262196 AATACAAATTTATTAAGA-TT-AAGACAATTAATAAGTAA-A
322 AATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATT-A-AAGTAAGA
* * ** **
262235 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAATAAATTCAAATCA-TTATGACTATTTGAATAATTAT
1 A-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAATTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * *
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64 CTATTTCAAATAGTTATGAC-TCTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* ** * * ** * * * *
262364 TT-TAGTTTAAAATAATATTATTTTATTAATATTTCGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAACAAG
128 TTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * *
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192 TAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * ** * * **
262493 TTATGACATTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCAGTTAATATAAGCTTATTTGAAATAAAAT
257 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
*
262558 AATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGA
322 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA--AGTAAGA
* * * * * **
262598 GAATTAAAAAAATGAGTTTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATTGTTAT
1 -AATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* ** * ** **
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64 CTATTTC-AAATAGTTATGA-CTCTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCT
* * *
262725 TATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAA
126 TA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * * *
262787 AAATAAATTTGTTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTGCAAA
189 AAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * *
262852 TCGTTATGACCATTTGTTTTGTTATAAATCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAA
254 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAA
* *
262917 AATAATACTAATTTATGAATA-CTCAAAAAATTAATAAGTAA-A
319 AATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT-A-AAGTAAGA
* * * * * * * *
262959 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAGCTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATT
1 A-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * * * *
263024 TATTTTAAATTGTTATGATCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTACTATTCATACAAGCTTGT
65 TATTTCAAATAGTTATGA-CTCTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * **
263089 T-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTTGAGATTTAAAAAAT
129 TCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * **
263153 AAATCTATTTATCGAATAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGT
193 AAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * ** *
263218 TATGA-CATTTGTTTTATCGTAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAAT-
258 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* *
263281 ATACCAATTTATTACTATTTCAAAAATT-AA-TAAG-
323 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAGTAAGA
* * ** * * * * * * * *
263315 GATTT-AAAAATAAATGTGTTTGTCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACAATTAGAACAATTATGT
1 AATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
* * * *
263379 ATTTCAAATCAGTT-TGAC-CTTTTCTTTAATCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACATGCTT
66 ATTTCAAAT-AGTTATGACTCTTGT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT
** * * * * * * *
263441 ATTAAAAATATAGTAATATTAATTTATTAACA-TTCAAAAATTTAATAAGCAAGAAATTTTAAAA
127 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA-TTAATAAGTAAGAGA-TTT--AA
* * * * *
263505 AAAATAAATTTGTTTACCAAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA
188 AAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * *
263570 ATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTGCATAAAAGCTTATCCGAAATA
253 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATA
* * *
263635 AAATAATA-TCACTTTATTAATATTTCCAAAATTGATAAGTTAGA
318 AAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-AAGTAAGA
* ** ** * * * * * * *
263679 GATTTCCAAAATAAATCAGTTTATCAAATCAATTAAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCT
1 AATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
* * * * *
263744 ATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAACACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTAT
66 ATTTCAAATAGTTATG-ACTCTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTAT
* * * * * *
263808 TCAAAATAAAATAATTCTAATTTACTAGTATTTCATAAATTAATAAGTAAGAGA-TT-----AT-
129 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * **
263866 --T-TGTTTATCGAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TATTATATATTTCAAATTGT
194 AATCTATTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * ** * * *
263926 TGTAACC-TTTGCTATGTCAAAAAATGATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATA
258 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * * *
263990 ATACTAATGTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAAA
323 ATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT-A-AAGTAAGA
* ** * * * * * * * * * *
264029 AATTCAAAAAATAAATTTGTTTGTCAAACCAGTTTAAACAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTT
1 AATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
* * * * *
264094 ATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATT-TTTTTAGTTCTTAGTAA-CTT
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*
264156 A-T--AAATTAAAATAAT--T--TTT-TTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAA
127 ATTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAA
* * * * * * * *
264213 AATAATTCTATTT-GC---C-AGTTCAAATAATTATGAATATTTGAATAATAATTTTTTTTTTCA
190 AATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG---AACAATTATCTATTTCA
* * * * * * * ***
264273 AATCGTTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAAT
252 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* * **
264338 AAAATAATATTAAATTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGA
317 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-AAGTAAGA
* ** * * * * *
264383 AATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACCAATTCAATTAGTTATAACTATTTTAACAATTATTT
1 AATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
* * * * *
264448 ATTTCAAATCGTTATGA-TCATTTGTTTTATCATAAAAATAATTGCTTCTATCCATAC-AGTCTT
66 ATTTCAAATAGTTATGACTC--TTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTT
* ** * ** * * * * *
264511 ATTTGGTATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCCATAAATCAATAAGTAACAAATTGAAAAAA
127 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * *** * * *
264576 TAAAT-TTTTTGGCTTGACTAA-TGCAAATAGTTATCACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAAT
192 TAAATCTATTT-ACCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
** * * * * * ** *
264639 TGTTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAAAAATTGTTTTTGTTCGTACAAGCATATTTGAAATAAC
255 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * *
264704 ATATTTCTACTTTATTAATA-TTCTAAAACTTAATAAGTAAGA
320 ATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT-A-AAGTAAGA
* * * * * ** * *
264746 GACTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTAACTAAACAATTATCT
1 AATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
* * * * * * * * *
264811 ATTTTAAATTGCTATAACCTTTTATTTTGTCATAGAACAATTTTTTCTAATCATACAAG-TCTAT
66 ATTTCAAATAGTTATGA-CTCTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TA-
* * * *
264875 TTC-AAATAAAATTATACAAATTTATTAATA-TTTAGACAATTAAT-AGATAAAAGATTTAAAAA
128 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAA
* ** * * *
264937 ATAAATCTTTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATC
191 ATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * **
265002 ATTATGACATTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTAATCTGAATAAAA
256 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
265067 TAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-A
321 TAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-AAGTAAGA
* * * * * * * **
265107 AATTAAAAAAATAAATCTATTTTCTGAA-CATGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACCATTATC
1 AATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * * * *
265171 TATTTCAAATAGTTATGGCCTTTTATTTTATCATAAATCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAT
65 TATTTCAAATAGTTAT-GACTCTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* ** * * *
265236 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAACTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATA
129 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * ** * * *
265301 ATTTTGTTTATCGAGTAAGCTCAAATAGTTATGACTATTCGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGT
194 AATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-T
*** * * * **
265365 TATGTTTTTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAA
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** *
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* * * * * * **
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* * * * * *
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66 ATTTCAAATAGTTATGA-CTCTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTAT
* * * *
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* * * * * **
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* * * ** * *
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* ** **
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* * ** * * * ** **
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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** * * * * * * *
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* * *
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* * * **** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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** ** ** * * * *
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* * * ** * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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129 T
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Statistics
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*** * * *
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* ** * ** * *
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** * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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** * *
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* * * * * *
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* *** * **
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* * **
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* * * * * * ** * *
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** * * * **
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*** * * *
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* * ** * * * * * *
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* * * * * *
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** *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* ** * * * *
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1 ATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTAT
** * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* **
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* * *
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1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * **
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** * *
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* * * *
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** * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* ** * * * * * *
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** * * * * * *
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129 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * * * *
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1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * *** * * *
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66 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATA-AAGCTTATT
* * *
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130 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAG
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1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTGAACAAGTT-CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * * **
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*** * ** * * *
256074 ATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAAT-AGCCAAGAA
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1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * ***
256193 ATTTCAAAT-AGTTATAACATTTTCTTTTGTCGTAGAACAATTATTTTGTTCTTAT-AAGCTTAT
66 ATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAAT-TTATAAAGCTTAT
** * * * *
256256 TCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAGAATTAATAAGTAAGAG
129 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * * *
256309 ATTTAAAAAATAAATTTATTTACC-GAATCAA-TTCAAATGGATAAGACTATTAGAATAATTATA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
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256372 TATTGCAAAT-AGTTATGACCTTTTACTTACTCATAAAACAACTATTTCAATTCATACGAGCTTA
65 TATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATA-AAGCTTA
* * * *
256436 CTT-AGAATAAATTAATACTAATTTATAAACA-TTCAGAAAATTAATAAG-AA-AG
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256488 ATTTTAAAAAAATAAATCTATTTACC-AAACAAGTTTAAATAGTTATTATTATTTAAACAATTGT
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** * * * * * * ** *
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1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
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256734 TACTACAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTTTTATCATACAAGCTT
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127 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * *
256854 ATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACCAA-TTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT-
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
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256916 TAATCTCAAATTGTTAAAATC-TCTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATAAAAGCTT
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** * * * * * *
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* * * * * * *
257161 TCGAAATAAAATAATCCAAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATTAGCAAAAG
129 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAG
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257214 ATTTAAAACAATAAATCTATCTACC-AAACAAGTTAAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTATT
1 ATTTAAAA-AATAAATCTGTTTACCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
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* * * * *
257343 CCAAAAT-AAA-AATACTAATTTTTTAATATTTCCAAAATTAATAAGAAATAG
129 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * ** *
257394 -TTTAAAAAAATAAATTTGTTTACC-GAACAAATTCAAATAGTTACAACTATTTGAATAATTATC
1 ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * *
257457 TATTTAAAATCATTATGACCTTCTATTCTATTATAAAATAATTGTTT-AAGTTCATACAAGCTTA
65 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAA-TTTATA-AAGCTTA
** ** *
257521 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT---T-AGTG
128 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * ** * * * *
257571 ATTTAAAAAGTGAATCTGTTTA-CAAAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATC
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
257634 TATTTCAAATCGTTATTACCTTTGGTTTGGTCATAAAACAATTATTT--TTTTACATACAAGCTT
65 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTT--ATA-AAGCTT
*
257697 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAG
127 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * *
257748 ATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTAT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * ** * *
257812 ACTTCAAATCCTTATAACCTTTTGTTATGTCATCAAGCAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATT
66 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATA-AAGCTTATT
* * * * * * *
257877 CGAAATAAAATAATGCTAATCTAATAA-AATTCAAAAACTGAATAACTAAGAG
130 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAAGAG
* * *
257929 ATTTAAAAAATAAATTTGTTT-GC-GAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATATT-AACAATTAT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTAT
* * * * * * *
257990 TTATTTCAAAAT-GTTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAACTCATGAAAGCTT
64 CTATTTC-AAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTTAT-AAAGCTT
*** * * * *
258054 ATTTGGAATAGAATAAAACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAG
127 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * *
258109 ATTTAGAAAATAATTCTATTTA-CTGAATC-AGTTTAAATAATTATAACTATTTACCGAACCAAT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT---GAA-CAA-
** ** * * * * ** ** * * *
258172 TTAT-TAAATCAGTTCA-AATAA--TTATGGCTATT-TAAGCAATTATTTATTTTAAATCATTAT
60 TTATCTATTTCAAATCATTATAACCTT-TTG-TTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAAT--TTAT
* * **** * ** * *
258232 GAA-CTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGT-TTTTCATCATACAAGCCTATTTCATATAAAATAA
120 AAAGC--TT-ATTCAAAATAAAATAATACTAATTT-AT--T--AA---TATTTCA-A-AAATTAA
* ***
258295 T-ACTAATTT
172 TAAGTAAGAG
* ** ** * * ** * *
258304 A-TTAATATTTCAAAT-TGTTATAAGT-AA-GAGATTTAAA-AAATA-AATCTATTT--AC--TG
1 ATTTAAAAAAT-AAATCTGTT-TACCTGAACAAG-TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATT
* * * * * ** * ***
258359 AACCAGTTCAAAT-AGCTATGA-CTATTTGAACAATTAT-ATATTTCAAATTGTTAT-AACTTT-
62 ATCTATTTCAAATCA-TTATAACCT-TTTG---TTTTGTCATAAAAC-AATTGTT-TCAA-TTTA
* * * * * * * * *
258419 T--TG-TTCTTTCATAAA-ACAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAC
119 TAAAGCTT-ATTCA-AAATA-AAATAATACTAATTTAT-TAA---TATTT--CA-AAAAT--TAA
* *
258479 TAATCTAATGAT
172 TAA-GTAA-GAG
* * * ** * **** *
258491 ATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAACAA-TTGTTTTAGTTCATAAAAGCCTA
1 ATTT-AAAAAATAA-ATCT----G--TT--TACCTGAACAAGTTCAAATAGTT-AT----GACTA
*** * * *** * ** * *** *
258555 TCCAAAATAAAATAATGCTACTTTTGTGAT-ATTTTGAAAATTGATAAGTAAGAGAT-TTAAAA-
51 T--TTGA-ACAATTAT-CTA--TTTCAAATCATTAT-AACCTT--T-TGT-TTTG-TCATAAAAC
*** * * * **
258617 AA-TAAATCAATTTATCGAA--TTGGTTC-AAAT--AATTATAGCT-ATTTGAACAACAATCTAT
104 AATTGTTTCAATTTAT-AAAGCTT-ATTCAAAATAAAATAATA-CTAATTT----ATTAA--TAT
** ** ** ** *
258675 TTCAAATCGTTGTTACCTTTTG-T
160 TTCAAA-AATTAATA-AGTAAGAG
* * * * *** * *
258698 TTTGTCATAAAA-CAAT-TGTTTTTCAACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-ACTAATTT
1 ATT-T-AAAAAATAAATCTG-TTTACCTGA-ACAAG----TTC-AAAT--AGTTATGACT-ATTT
** * * * * ** * ** * * *
258760 -ATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTAAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACTAGTTTAAAT
54 GAACAAT-TATC--TATTTCA-AA-TCATT-ATAACCT---TTTG-TT-TTG-TC-A--TAAAAC
* * ** * * ** * ** ** ** *
258824 AGTTATGACTATTTGA-ACAA--TTA-TCTATTTCAAATTGTTGTAACCTTT-TGTTCTATCAT-
104 AATTGTTTCAATTT-ATA-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA--TTTAT-TAATAT-TTC
**
258883 AAAACATTTATTTCTATTCATA-TAAGCTT
163 AAAA-A-TTA-----A-T-A-AGTAAG-AG
* * * * ** * * *
258912 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTGAA-AA-TT--AATAACTAAGA-GATTTA
1 ATT-TAAA-AAA----TA--AATCT-GT-TTA-CCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * *** ***** * * * *
258972 AAAAATAAATCGATTTGCTAAAACAGTTCA-AATAGTTAAAACTAT-ATGAACAATTATTTATTT
55 AACAAT-TATCTATTT-C-AAATCA-TT-ATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AA-AA-CAATTGTTT
* * *** *** * ** *
259035 CAAATTGT-TATGACCTT-TT-ATTTTGTCATAA-AATAA-TTATT--TCAACTCATAAAAGTTT
112 C-AATT-TATA-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTCA-AAAA-TTA
** * *
259093 ATTCGGAATAG
171 ATAAGTAAGAG
* * * * ** * * * * * * *
259104 A-AT-AAAACT-AATTTATTAATATGTCAA-AAATTTATA-AG-TAAGA-GATTTAGAA-AATAA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTT--TACCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAACAATTA
* * * ** ** * ** *
259161 TTCTATTTACTGAACTAATTAAAATAATTATAACTATTTG--A-ACAATTATCTATTTCAAATTG
63 -TCTATTT-C--AAATCATTATAA-CCTT-T-TGT-TTTGTCATAAAACAAT-TGTTTC-AA-T-
**** * **** * ** ** *
259223 TTATTACTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTGTTAAAATAAGTTTGTTCGAAATAA--A
116 TTA-TAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT--AAT-A---T-TTC-AAA-AATTA
*
259286 ATAA-TAATA-
171 ATAAGTAAGAG
* * ** ***** * * * * * * ** *
259295 ATTTATTAATATTTAGAAAATTA-ATCAATAAGAGATTTAAAAAG-TA-AATCTGCTTG-CCAA-
1 ATTTA-AAAAATAAATCTGTTTACCTGAA-CA-AG-TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAAT
* ** * * * *** * * *
259355 -A-CCATTTCAAAT-AGTCGTGA-CTCTTTGAATAATTATC-TATTTCAAATCTTTATAATCTT-
61 TATCTATTTCAAATCA-TTATAACCT-TTTG--T-TTTGTCATAAAACAATTGTTT-CAAT-TTA
* ** ** * * * **
259414 T-TATTTTATCATCAAACAATTGGTTCTATTCATACTATTTTATTTAGAATAAAAT-AATATTAA
119 TAAAGCTTAT--TC-AA-AA-----TAAAATAATACTAATTTA-TT--AAT-ATTTCAA-A--AA
*
259477 TTCAATAATTTTCCAA-A-
168 TT-AATAA--GT--AAGAG
* * *** ** * * * * *
259494 ACTTAATAACCAAGAAAAT-T-AAAAAATAAATCTAAGTGCAGAACCAG-T-TGAAATAGTTAAG
1 ATTTAA-AA--AA-TAAATCTGTTTACCTGAA-C-AAGTTCA-AA-TAGTTATG-ACTA-TT-TG
** * * *
259555 ACTATATCAATGCTTATCTATTTCAAATCGCTATGACTTTTTTTTCATTGT-A-AAAA-AATTGT
55 ---A-A-CAA---TTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT--TTGTCATAAAACAATTGT
* * * * *
259617 TT-TATTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATA
110 TTCAATTTATA-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* *
259681 ACTAGGAG
174 AGTAAGAG
* * ** * * * *
259689 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC-AAATTAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
259753 ATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTTA-AAAACAATTGTTTCAATTCAAACAAGCTTATT
66 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATA-AAGCTTATT
* * * * * * * *
259817 CAGAATAAATTCATAC-AGTTTATAAACA-TTCAGAAAATTAAAAAGAAAGAG
130 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAG
* * ** *
259868 ATTTAAAAAATAAATCTATTCACC-GGTCAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
** * * * * *
259932 ATTT-AAATTTGTTATAACGTTTTGATTTATCATGAAACAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTAG
66 ATTTCAAA-TCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATA-AAGCTTA-
* ** * * * *
259996 AT-GGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTTC-TAAATTAATAAATAAGAA
128 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* ** * * * *
260049 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACC--AA-ATCTTCTAAAATAATTATGGCTATTTGATCGATTAT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTGAACAAGTTC--AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
260111 CTATTCCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT--TTTATCATACAAGCT
64 CTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATT-T-ATA-AAGCT
** * *
260174 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAACTAATATGTAAGAG
126 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
** * * * *
260229 ATTTAAAAAATAAATCCATTTACC---ATAA-TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * *
260290 ATCTCAAATCATTA-AGATC-ATTGTTTTGTCATAACAA-AATTGTTTTTAATCAGTTA-AAA-A
66 ATTTCAAATCATTATA-ACCTTTTGTTTTGTCATAA-AACAATTG-TTTCAAT---TTATAAAGC
* * * ** * * * ** * * * * * *
260350 TAATAC-TAATTTAATAATATTCAGTTAAAAATAATAC-TAATTTAATAA-TATTTCAAAA
125 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA----AGAG
* * * * ** * * ** ** *
260408 AGTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGCT-TGTGAAACCAATTCAAATAGTTAAAACCCCTAT
1 A-T-TTAA-A-A---AATAAAT--CTGT-TTACCTG-AACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTT
* * * ** * * * * * *
260472 -AATAATTATCTATTTTAGATTGTTCTCATCTTTTGTTTAGTCATAAAA-TATTTTTTCATATCT
54 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-AT-T
* * * * * * * * * *
260535 TA-CAAGCTTATTGAGAATAAAATAATCCAAATTTAATAACATTTGAAAAATTAATAAGCAAAAT
117 TATAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-
260599 G
181 G
* * * *
260600 -TTTGAAAAAATAAATCTATTTACC-G-ACAAGTTCAAACAGTTATGACTATTTAAACAATTATT
1 ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
260662 TATCTAAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTAGAT-ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTT
65 TATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCAATTTAT-AAAGCTT
* * *
260725 ATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAG
127 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * *
260780 -TTTAAAAAAATTAATTTGCTTA-CTGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTC
1 ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * *
260843 TATTTAAAATCGTTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTAT
65 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATA-AAGCTTAT
* *
260908 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGGAAGTG
129 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAG
** * * * * * * *
260961 ATTTAAAATGTGATTTTGTTTACC-GAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATC
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * *
261024 TATTTGAAATTATTATTACCTTTTGTTTAGTTATAGAACAATTGTTTTCGA-TTATACAAGCTTA
65 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAATTTATA-AAGCTTA
* *
261088 TT-AAAA-AAAATAATATTAATTTATTAATCA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAA
128 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * *
261140 ATTTTAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAAC-TGTTGATATAGTTATAACTATTTGAACAGTTATAT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * *
261203 ACTTCAAATCAATTATTTAAAAAATAAATCTTTTGTTATATCATAAAACAATTATTTATGTTT-A
66 ATTTCAAATC----A-TT-----AT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-A--A--T-TGTTTCA
* ** * * * *
261267 TTTATGTTTATTCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATAATAATACTCCAAAAATTAAT
114 ---A--TTTA-TAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
*
261332 AACTAAGAG
173 AAGTAAGAG
* * ** * * * * * *
261341 CTATAAATGATAAATTTGTTTA-CTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * *
261405 ATTTCAAAT-AGGTATGACCTTTTGTTTTG-CATAAAACAATTTTTTCAATTCATACTAGCTTAT
66 ATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATA-AAGCTTAT
* ** * *
261468 TTAGGATAAAATAA-AATGAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
129 TCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * *
261521 ATTTAAAAAGTAATTCTGCTTACCT-AACCAA-TTCAAATAATTATGATTATTTGAATAACTATC
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** * * * * ** *
261584 TATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAA-AAATGTTT-TTTTTATATAAGTTTGG
65 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATA-AAGCTT--
* * *
261647 A-T-AGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAT
127 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * *
261696 ATCTAAAAAATAAATCTTTTTA--TCAATTC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTAT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTGAA--CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * *
261758 TTATTTCAAATTATTATGACTTTTTATTCTT-TTATAAAACAATAGTTTCTATTCATATAAA-CT
64 CTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT-TTGTCATAAAACAATTGTTTCAATT--TATAAAGCT
*** * * * * *
261821 TATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGTAAAAA
126 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * **
261877 ATTTTAAAAATAAATATGTTTACC-GAACTAAATT-AAATAGTCATGACTATTTGAAAAATTCGC
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
261940 TATTTCAAATCGTTATAA-CTTTTATTTTCTCATAAAA-AATTATTT-AAGTTAATATAAGCTTA
65 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAA-TTTATA-AAGCTTA
* * ** * *
262002 TTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAGTATTTTGAAAATTATTAATTAAGAG
128 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * *
262056 ATTTAAAAAATGAATATGTTTATC-GAACAATTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * ** * *
262120 ATATGAAAT-AGCTATAACCGTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TCTTCTATTCATACAAGCTTA
66 ATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCAATTTATA-AAGCTTA
*** * * *
262183 TTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAAGA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAG
128 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAG
* * * * *
262237 ATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTAAATAAATTCAAATCA-TTATGACTATTTGAATAATTATC
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTGAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** * * * *** * * *
262300 TATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATTCAGGCTTAT
65 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTTA-TAAAGCTTAT
* *** * * * * *
262365 TTAGTTTAAAATAATATTATTTTATTAATATTTCGACAATTAATAAGTAAAAG
129 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * *
262418 ATTTAACAAGTAAATATGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAATAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
262482 ATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCAGTTAATATAAGCTTATT
66 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATA-AAGCTTATT
** * *
262547 TGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAG
130 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * ***
262599 AATTAAAAAAATGAGTTTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATTGTTATC
1 -ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * *** * *
262663 TATTTCAAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTCATTATAAAACAATTGGTTT-TGCTCATGTAAGCTT
65 TATTTC-AAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAATTTAT-AAAGCTT
* *
262726 ATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAA-AA
127 A-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * *
262780 ATTTTAAAAATAAATTTGTTT-TCTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * *** *
262844 ATTGCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTTATAAATCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT
66 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATA-AAGCTTATT
* * * *
262909 CAGAATAAAATAATACTAATTTATGAATA-CTCAAAAAATTAATAAGTAAAAG
130 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * *
262961 ATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAGCTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATTT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* ** * * * * * * *
263025 ATTTTAAATTGTTATGATCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTACTATTCATACAAGCTTGTT
66 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATA-AAGCTTATT
* * **
263090 TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTTGAG
130 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * * *
263142 ATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAATAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
** * * * * * * * **
263206 ATTTCAAATTGTTATGA-CATTTGTTTTATCGTAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATT
66 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATA-AAGCTTATT
* * *
263270 CAGAATAAAAT-ATACCAATTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAA-TAAG-G
130 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* ** * * * * * *
263316 ATTT-AAAAATAAATGTGTTTGTC-AAACTAGTTCAAATAGTTAAGACAATTAGAACAATTATGT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * ** * * * *
263379 ATTTCAAATCAGTT-TGACCTTTTCTTTAATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTAT
66 ATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATA-AAGCTTAT
* * * * * * *
263443 TAAAAATATAGTAATATTAATTTATTAACA-TTCAAAAATTTAATAAGCAAGAA
129 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAAGAG
* * * *
263496 ATTTTAAAAAAAATAAATTTGTTTACC-AAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
1 A-TTT--AAAAAATAAATCTGTTTACCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * *** **
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* * * * * *
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1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
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* * * *
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1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** * * * * ** * ** * *
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *** * *
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* *** * * ** * *
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* * * * * * *
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1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * ** *
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**** * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * *** ** *
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* *** * * * *
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* * * *
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* * * *
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** *
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* * * * * *
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** * * * ** *
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* * * *
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129 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
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**** * * *
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** ** * * *
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* * * *
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66 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATT--TATAAAGCTTAT
* * *
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* * * *
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Statistics
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* ** * * * **
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* * * * * * *
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* * ** * * * * * *
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*
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* * * ** * * * * ** * * * *
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** ** * * * * * ***
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* * * * * * *
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* * ** * * * ** * *
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* * * * * * * * * *
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** * * * * * * * *
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* * *
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* * ** * * *
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* * * * ** **
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** * * * * * * * * * * *
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** * *
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623 -AAACAATTGTTTCTGTTCTTATA-AGCTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTC
*
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686 TAAAATTAA-TAATAAGAG
* * ** *
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* * * * *
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* * **
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* * *
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* ** * *
255211 TACTACTTTATTAATATTT-CAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAATAAA-TC-AG-T---
324 TACTAATTTATTAATATTTAC-AAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATTCTTGCTAAA
* * *
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388 CATTAAATAATTTTGACCATTTGAA-TATTATCTATTTCAAATCATT-TTA-CTTTTA-TTTGT-
** * * *
255332 ATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATAAAAGCTTATTCGTAACAAAATAATACTAATTTATTAATA-
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* * ** * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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129 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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* *
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* * **
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* * * *
256888 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTAATCTCAAATTGTTA-AA-ATCTCTATTTTATCATA
560 AAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACAT-TTTATTTTATCAT-
* * * *
256951 AAACAATTGTTTCTGATCATAAAAGCTTATTTG-ATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT
623 AAACAATTGTTTCTGTTCTTATAAGCTTATTCGAATT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTCT
* *
257015 AAAAATAATAAATAAGTG
687 AAAATTAAT-AATAAGAG
* * * * * * *
257033 ATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCC-AAACTAGTTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATC-AATTCAAATAGATAAGACTATTAGAATAATTATCT
* * * *
257097 ATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATACTTGTTTCATATT-GTACAAGCTTAT
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* * *
257161 TCGAAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATTAGCAAAAGATTTAAAACAAT
129 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAA-AAT
* * * * * *
257226 AAATCTATCTACCAAACAAGTTAAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCGT
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* * * * *
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* * * * * * *
257354 ATACTAATTTTTTAATATTTCCAAAATTAATAAGAAATAG-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTACC
323 ATACTAATTTATTAATATTTACAAAATTAATAAGTAAGAGAATT-AAAAAATAAA-TT-CTT-GC
* * * *** * * * *
257418 GAACAAATTCAAATAGTTACAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTCTAT
384 TAA-ACATT-AAATAATTTTGACCATTTGAAT-ATTATCTATTTCAAATCATT-TTA-CTTTTAT
* * *
257483 TCTATTATAAAATAATTGTTTAAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
444 T-T-GTA-AAAAT-TTTGTTT---TTCATACTAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * * * * *
257548 AATATTTTGAAAATTAATTAG-TG--ATTTAAAAAGTGAATCT-GTTTACAAAATCAATTCAAAT
502 AATATTTTCAACATTAA-TAGAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTT-C-AAACCAGTTTAAAT
* ** * * * * * * * ** **
257609 AATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTGGTTTGGTCATAAAACA
564 AGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACATTTTATTTTATCAT-AAACA
* * * * * * * *
257674 ATTATTT-TTTTACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTT-TCAAAA
628 ATTGTTTCTGTT-CTTATAAGCTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-AAAA
*
257737 --ATTAATAAGAG
691 TTAATAATAAGAG
* * * * * * * * * * *
257748 ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTATA
1 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCAATTCAAATAGATAAGACTATTAGAATAATTATCTA
* ** * * ** ** *
257813 CTTCAAATCCTTATAACCTTTTG-TTATGTCATCAAGCAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATT
66 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTA-GTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATT
* * * * * * *
257877 CGAAATAAAATAATGCTAATCTAATAAAATTCAAAAACTGAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATA
130 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGC-AAAAGATTTAAAAAATA
* * * * * * ** * *
257941 AATTTGTTTGCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATATT-AACAATTATTTATTTCAAAAT-G
194 AATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATTACTAT-TTAAACAATTATCTATTT-AAAATCA
* ** * * * *** *
258003 TTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCAACTCATGAAAGCTTATTTGGAATAGAA
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* * * * *
258067 TAAAACTAATTTTTTAATATTT-CAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAAT-AATTCT
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GAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAA
TCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATTACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTAT
GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATA
CTAATTTATTAATATTTACAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATTCTTGCTAAACAT
TAAATAATTTTGACCATTTGAATATTATCTATTTCAAATCATTTTACTTTTATTTGTAAAAATTT
TGTTTTTCATACTAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTCAACATTAATA
GAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTTCAAACCAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAATT
ATTTATTTCAAATTGTTATAACATTTTATTTTATCATAAACAATTGTTTCTGTTCTTATAAGCTT
ATTCGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAATTAATAATAAGAG
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257949 TGCGAACCAA
* * *
257959 TTCAAATAGTTAAGACTATATTAACAATTATTTATTTCAAAATGTTATGACCCTTTGTTTTGTCA
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* * * *
258024 TAAAACAATTTTTTCAACTCATGAAAGCTTATTTGGAATAGAATAAAACTAATTTTTTAATATTT
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* * * *
258089 CAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTACTGAATCAGTTTAAATAATTATA
131 CAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATA
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* * * * *
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1 TTCAAATAATTAAGACTATATTAA-CAATTATTTATTTCAAAAT-ATTATGAACCTTTGTTTTGT
*
258247 CATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCAT-ACAAGCCTATTT-CATATAAAATAATACTAATTTATTA
64 CATAAAACAA-T-TTTTTCAACTCATGA-AAGCCTATTTGCA-ATAAAATAAAACTAATTTATTA
*
258308 ATATTTC-AAATTGTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACCAGTTCAAAT
125 ATATTTCAAAAAT-TTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACCAGTTCAAAT
258372 A
189 A
258373 GCTATGACTA
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TAAAACAATTTTTTCAACTCATGAAAGCCTATTTGCAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTT
CAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATA
ACTATTTACCGAACCAATTTATTAAATCAG
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258419 TTGTTCTTTC
* * ****
258429 ATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTAATGATAT
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* * * * **
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1 ATAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAATACTAATCTAATGATATT
** * * *
258588 TTGAAAATTGATAAGTAAGAGATTTAAAAA
66 TCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAA
*
258618 ATAAATCAATT
1 ATAAAACAATT
258629 TATCGAATTG
Statistics
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ATAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAATACTAATCTAATGATATT
TCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAA
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258516 ATTAAAAAAT
* * * * * * *
258526 AAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAATGCTACTTT-TGTGATATTT
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* * * * *** *
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** * * * *
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* *
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* * * ** *
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* * *
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127 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * * * *
258884 AAACATTTATTTCTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTG
1 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TA
* * **
258949 AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCGATTTGCTAAAACAGTTCAAATAGTTAAAAC
65 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCGATTTACTAAAACAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * *
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130 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * * * * * * * * *
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1 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTA
* * * * * * * * *
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65 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCGATTTACTAAAAC-AGTTCAAATAGTTATGA
* * *
259194 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTA-CTTTTTTTTTGTCATA
129 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * * * * * * *
259245 AAACAATTGTTTTTTGTTAAAATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTA
1 AAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA
* * * * * * **
259310 GAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTG-CTTGCCAAACCATTTCAAATAGTCGT
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* * * * * *
259373 GACTCTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCT-TTATAATCTTTTATTTTATCATC
127 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * ** * * * *
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1 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-
* ** * * * ** * * * *
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64 -AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCGATTTACTA-AAACAGTTCAAATAGTTAT
* * *** * * **
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127 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT-ATCATA
* * *
259607 AAAAAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTC-AGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC
1 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-
* * * * ** * *
259670 AAAAATTAATAACTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTTACCAAATTAGTTCAAATGGTTAAG
64 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCGATTTACTAAAACAGTTCAAATAGTTATG
* * ** * *
259734 ACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTG-TTTAGTTA-A
128 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATA
* * * * * * * *
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1 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA
* * * * **** *
259849 GAAAATTAAAAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTCAC-CGGTCAAGTTCAAATAGTTATT
65 -AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCGATTTACTAAAAC-AGTTCAAATAGTTATG
* * * *
259913 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTTGTTATAACGTTTTGATTTATCATG
128 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * * * *
259966 AAACAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTAGAT-GGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTT
1 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT
** * * * * * *
260030 CTAAATTAATAAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATC--TTCTAAAATAATTAT
64 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCGATTTACTAAAACAGTTC--AAATAGTTAT
* * * * * *
260093 GGCTATTTGATCGATTATCTATTCCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
127 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * *
260147 AAACAATTGTTT-TTTATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
1 AAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA
* * * * * * *
260211 AAAACTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTAC-CATA-A-TTCAAATAATTATAAC
65 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCGATTTACTAAAACAGTTCAAATAGTTATGAC
* * ** * * * *
260273 TATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCATTAAGATC-ATTGTTTTGTCATA
130 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * ** * * * * * * ** *
260323 ACAA-AATTGTTTTTAATCAGTTA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTCAGTTAAAAATAATA
1 A-AACAATTGTTTCTATTCA--TACAAGCTTATTCGAA-ATAA-AATAAT-A-CT-AATTTATTA
* * * * * * *
260386 CTAATTTAATAA-TATTTCAA-AAAGTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-G-TGCTT-GTGAAA
58 AT-ATTTAAAAATTA-AT-AAGTAAG-----AGA-TTTA-AAAAATAAATCGAT--TTACT-AAA
* * ** ** * * * * * * *
260446 CCAATTCAAATAGTTAAAACCCCTAT-AATAATTATCTATTTTAGATTGTTCTCATCTTTTG-TT
110 ACAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
260509 TAGTCATA
174 TA-TCATA
* * * * * * *
260517 AAA-TATTTTTTC-ATATCTTACAAGCTTATT-GAGAATAAAATAATCCAAATTTAATAACATTT
1 AAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * ** * *
260579 GAAAAATTAATAAGCAAAATG-TTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGACA-AGTTCAAACAGTTA
64 -AAAAATTAATAAGTAAGA-GATTT-AAAAAATAAATCGATTTACTAAAACAGTTCAAATAGTTA
* * * * * *
260642 TGACTATTTAAACAATTATTTATCTAAAATAGTTATGACCTTTTGTTTAGAT-ATA
126 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT-TATCATA
* * * *
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1 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-
* * * *
260761 AAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAAATTAATTTG-CTTACTGAATAA-A-TTCAAATAGTT
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* * * * * *
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125 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * * *
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1 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-T
* * ** ** * ** * *
260942 AAAAATTAATAAGGAAGTGATTTAAAATGTGATTTTG-TTTACCGAATCAGTTCAAATAATTATG
64 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCGATTTACTAAAACAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
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128 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATA
* * * * *
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1 AAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTT
* * * * * * *
261121 AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTTAAAAATAAATCTG-TTTACT-GAACTGTTGATATAGTTATA
64 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-GATTTACTAAAACAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
261184 ACTATTTGAACAGTTATATACTTCAAATCAATTATTTAAAAAATAAATCTTTTGTTATATCATA
128 ACTATTTGAACAATTATCTATTTC--A--AATT-GTT-----AT-GACCTTTTGTTTTATCATA
* * * * * *
261248 AAACAATTATTTATGTTTATTTATGTTTATTCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATAA
1 AAAC-A--A--T-TG-TT-TCTA--TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
** * * * ** * *
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* * * * * *
261377 ATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATAGGTATGACCTTTTGTTTT-GCATA
119 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * * * * * *
261438 AAACAATTTTTTCAATTCATACTAGCTTATT-TAGGATAAAATAA-AATGAATTTCTTAATATTT
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* * * * * *
261501 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTAATTCTG-CTTACCT-AACCAATTCAAATAATTA
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* * * *
261564 TGATTATTTGAATAACTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATA
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* * ** **
261680 CAAAAA-T--TAA-TAAGATATCTAAAAAATAAATCTTTTTA-TCAATTCAGTTCAAATAGTTAT
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* * * * * *
261740 GACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTTTTTATTCTT-TTATA
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* * * * * * *
261794 AAACAATAGTTTCTATTCATATAAACTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCA
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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** * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * * * *
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*** * * * *
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* * * *
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* * * * *
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TTCAAATAATTATGACTAT
Found at i:264995 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 264959--265006 Score: 53
Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 17
264949 ACTGAATAAG
*
264959 TTCAAATAGTTATGACTAT
1 TTCAAATAATTAT--CTAT
264978 TT-AAATAATTATCTAT
1 TTCAAATAATTATCTAT
*
264994 TTCAAATCATTAT
1 TTCAAATAATTAT
265007 GACATTTTGT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 4
0.81 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.23
17 9 0.35
18 9 0.35
19 2 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.04, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
TTCAAATAATTATCTAT
Found at i:266089 original size:182 final size:181
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Indices: 265832--266160 Score: 410
Period size: 182 Copynumber: 1.8 Consensus size: 181
265822 GTTTATTGAA
* *
265832 CCAGTTCAAATAGTGAAGACTATTAAAACGATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTCTGTGTA
1 CCAGTTCAAATAATGAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTCTGTGTA
* *
265897 GTCCTAAAACAATTATTTCAGCTT-ATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAAAAATAATTTATTAA
66 GTCATAAAACAAATATTTCAG-TTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAAAAATAATTTATTAA
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130 CATTCAAAAA-TTAATAAGCAATAGACTAAAAAAAATAATCCTGTTTGCCAAT
* * * * * * *
266014 CCAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATT-ACCTTTTGTTT
1 CCAGTTCAAATAATGAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCGTT-TTGACCTTCTGTGT
* * ** * * * * *
266078 TGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAA
65 AGTCATAAAACAAATATTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAAAAATAATTTATTAA
* **
266143 TATTTGAAAATTAATAAG
130 CATTCAAAAATTAATAAG
266161 GCATTTAAAA
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 23, Indels: 5
0.81 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
181 10 0.08
182 110 0.90
183 2 0.02
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CCAGTTCAAATAATGAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTCTGTGTA
GTCATAAAACAAATATTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAAAAATAATTTATTAAC
ATTCAAAAATTAATAAGCAATAGACTAAAAAAAATAATCCTGTTTGCCAAT
Found at i:266610 original size:177 final size:177
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Indices: 265712--266654 Score: 594
Period size: 181 Copynumber: 5.3 Consensus size: 177
265702 TTAATTTGTA
* * * * * ** * * *
265712 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTTTTCATATAAGCATATTCGGATTAAAATAGTACTAATTT-T
1 TTTTGTCATAAAACAATCGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAATTTAT
* ** * * * *** *
265776 AAAATATTCCATAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACCAGTTCAA
66 -TAATATTTGA-AAATTAATAAGT---ATATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAA
* * ** * * * * *
265841 ATAGTGAAGACTATTAAAACGATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTCTG
126 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG
* * * ** * * ***
265893 TGTAGTCCTAAAACAATTATTTC-AGCTT-ATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAAAAATAATTT
1 TTTTGTCATAAAACAATCGTTTCTA--TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAATTT
* ** * ** * * * *
265956 ATTAACATTCAAAAATTTAATAAGCAATAGACTAAAAAAAAT-AATCCTGTTTGCCAATCCAGTT
64 ATTAATATTTGAAAA-TTAATAAG---TATA-TTTAAAAAATGAAT-TTGTTTACCAAACAAGTT
* * * ** *
266020 CAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTG
123 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG
* * * * * * *
266075 TTTTGTCATAAAACAAAT-GTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATAT-TAATTT
1 TTTTGTCATAAAAC-AATCGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-TCTAATTT
** * * ****
266138 ATTAATATTTGAAAATTAATAAG-GCATTTAAAAAATAAATTTGTATACCAAACCAA-TTTGGTT
64 ATTAATATTTGAAAATTAATAAGTATATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAAT
* * * * *
266201 AGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCATTTA
128 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG
* * * * * * * *
266251 TTTTGTCATAAAGCAA-CTGTTTTTGTTCACACAATCTTATTCATAATAATATAATGCTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATC-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAATTTA
* * * * * * * ** ** * *
266315 TTAGTATTTTGAGAATTAATAAGTAATGGATTTAGAATATGTATCTATTGGCCTGACTAGTGCAA
65 TTAATA-TTTGAAAATTAATAAGT-AT--ATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAA
* * *
266380 ACAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTG
126 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG
* * * * * *
266432 TTTTGTCACAAAACAATCATTTCTATTCGTACAAGCTTATTCAAAACAACATAATTCTAGTTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATCGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAATTTAT
* *
266497 TAATATTTCAAAAATTGATAAGTATATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG
66 TAATATTT-GAAAATTAATAAGTATATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG
*
266562 TT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGCTATAACCTTTTG
130 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTG
* **
266609 TTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAA
1 TTTTGTCATAAAACAATCGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAA
266655 TTTGTTTACC
Statistics
Matches: 587, Mismatches: 147, Indels: 59
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
176 115 0.20
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180 10 0.02
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183 3 0.01
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
TTTTGTCATAAAACAATCGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAATTTAT
TAATATTTGAAAATTAATAAGTATATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG
Found at i:266746 original size:120 final size:118
Alignment explanation
Indices: 266534--266775 Score: 335
Period size: 120 Copynumber: 2.0 Consensus size: 118
266524 TTAAAAAATG
266534 AATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCTA
1 AATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCTA
266599 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA
66 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT-TATTCATACAAGCTTATTT-A
* * * * * *
266653 AATTTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATTGTT
1 AATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCT
* * * * *
266718 ATGA-CTATTTGTTTTTTCATAAAGTAATTGTTTTTGTTCATACATGCTTATTTA
65 ATAACCT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTA
266772 AATT
1 AATT
266776 AAAATATTAT
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 11, Indels: 6
0.87 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
119 36 0.33
120 69 0.63
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ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.09, T:0.47
Consensus pattern (118 bp):
AATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCTA
TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTA
Found at i:267130 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 266652--268731 Score: 1752
Period size: 180 Copynumber: 11.6 Consensus size: 180
266642 AGCTTATTTC
* * * * * **
266652 AAATTTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATTGT
1 AAATCTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* ** * *
266717 TATGA-CTATTTGTTTTTTCATAAAGTAATTGTTTTTGTTCATACATGCTTATT-TAAATTAAAA
66 TATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAA
* * * * * *
266780 TATTATTAATTTATTAATATTTCTATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAT
128 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * ** * * * *
266833 AAATATGTTTATCATATAAGTT-TTATAGTAATAACTATTTGGATAATTATCTATTTCAAATCAT
1 AAATCTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* ** * * *** * * *
266897 TATAATTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGCATCAATTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAACA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATA
* * * *
266962 ATATTAACTTATTCATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAT
130 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * *
267013 GAATCTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATCACTAATTCAACAATTATCTATTTCAAATCAT
1 AAATCTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
*
267078 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTGGTTCATACAAGCTTATTCCG-AATAAAAT
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GTTCATACAAGCTTATT-CGAAATAAAAT
** * *
267142 AATA-TAAATTTACGAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAG-TTTAAAAAAT
129 AATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * *
267193 AAATCTATTT-TCTGAACACA-TTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
1 AAATCTGTTTATC-AAATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * *
267256 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAACCTTATTCGAAATAAAA
64 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
* *
267321 TAATACT-ATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
128 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
267373 AGATCGGTTTA-CTAAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCA
1 AAATCTGTTTATC-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * * * * * *
267437 TTATGATTTTTTGTATTGTCATAGAACAATTGTTTCTATTCAAAGAAGTTTATTCAAAATAAAAT
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* **
267502 AATACTAATTTATTAATATTT-TAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAAT
129 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * * * * *
267553 AAATTTATTTACCGAATAAATTCCAATAGTTATGTCCATTTAAACTATTATCAATTTTAAATCGT
1 AAATCTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
** * * * * *
267618 TATGATATTTTCTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACCAA-ATTATTCAAAATAAAAT
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATA-CAAGCTTATTCGAAATAAAAT
*
267682 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-AA--AAGAGATTTAAAAACT
129 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
** * * **
267730 AAATCTGTTTATCGAACCAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTG
1 AAATCTGTTTATC-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
267794 GTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTATGTTCTTACAAACTTATT-TAGAGTAAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAA
* * * * **
267857 TATTACTAAACTGA-TAATATTTTAAAAATTAATAACAAAGAGATTTAAAAAAT
128 TAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * *
267910 AAATGTGTCTACCAAACT-AGCTCAAATAATTAGGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCG
1 AAATCTGTTTATCAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * * *
267974 TTCTAACCTTTTGTTTAGTTATAACATAATTGTTTCAGTTCATATATGCTTATTCCAAATAAAAT
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * * * * *
268039 AATAATATTTTATTAA-AGTTCAGAAAATTAATAAGCATG-GAATTTAAGAAAAC
129 AATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAA-AAAAT
* * * * * * *
268092 AAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGCTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCAT
1 AAATCTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * *
268157 TATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTTAGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATTAAAT
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTT-GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* ** * * * **
268222 AATATTACCTTATTAATATGTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAAT
129 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
268274 AAAT-TAGTTTATCAAATCAGTTCAAATAGTTTTGGCCATTTTAACAATTATCTATTTCAAATTA
1 AAATCT-GTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
268338 TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTT-TCATCATACAAGCCTATTTGGAATAAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGT--TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
* *
268402 TAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAGGAGA--T------T
128 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * *
268447 --ATCTGTTTATCAAACCAA-TTCAAAAAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCA
1 AAATCTGTTTATCAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * *
268509 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAATTTATGTTCATACCAGCTTATTCGAAATATAAT
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * * * * *
268574 AATACTAGTCTAATAATACTAT-GAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
129 AATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * *
268626 AAATTTGTTTACCAAA-ACAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCA
1 AAATCTGTTTATCAAATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * **
268690 TTATTACCTTTCGTTTTATTGTAAAACAATTGTTTTTGTTCA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCA
268732 AATAAGTTTG
Statistics
Matches: 1522, Mismatches: 314, Indels: 126
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
171 132 0.09
172 5 0.00
173 3 0.00
175 4 0.00
176 58 0.04
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178 5 0.00
179 47 0.03
180 602 0.40
181 367 0.24
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184 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAATCTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
Found at i:268607 original size:171 final size:171
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Indices: 268280--268617 Score: 401
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
268270 AAATAAATTA
* * * * * * * *
268280 GTTTATCAAATCAGTTCAAATAGTTTTGGCCATTTTAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGAA
1 GTTTATCAAACCAATTCAAAAAGTTATGACCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGAA
* * * * *
268345 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTCATCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTA
66 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAATTTATCATCATACAAGCCTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * *
268410 ATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAGGAGATTATCT
131 ATCTAATAATATATCCAAAATTAATAAGTAAGAGATTATCT
* *
268451 GTTTATCAAACCAATTCAAAAAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTAT-AA
1 GTTTATCAAACCAATTCAAAAAGTTATGACCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGAA
** * * *
268515 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAATTTATGTTCATACCAGCTTATTCGAAATATAATAATACT
66 -CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAATTTATCATCATACAAGCCTATTCGAAATAAAATAATACT
* * *
268580 AGTCTAATAATACTAT-GAAACTTAATAAGTAAGAGATT
130 AATCTAATAATA-TATCCAAAATTAATAAGTAAGAGATT
268618 TAAAAAATAA
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 27, Indels: 4
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
171 134 0.97
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
GTTTATCAAACCAATTCAAAAAGTTATGACCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGAA
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAATTTATCATCATACAAGCCTATTCGAAATAAAATAATACTA
ATCTAATAATATATCCAAAATTAATAAGTAAGAGATTATCT
Found at i:269502 original size:176 final size:175
Alignment explanation
Indices: 269088--270051 Score: 858
Period size: 176 Copynumber: 5.4 Consensus size: 175
269078 CTAGTTCAGC
* * * * *
269088 AAATGGATTTATTTTTAAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAAGT-TTACTAAATTAGCATTAT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
269152 TTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-TTGCAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGCTTATAAC
61 TTTATTTTAAATAAGCTTGTATGTTG-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * *
269216 AATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGAT
125 GATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTAG-T
* *
269269 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-CAGTTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* *
269333 TTTTAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTT
65 TTTTAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * *
269398 GAAAGAGAT-AGTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTTAGT
130 -AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTTAGT
* *
269445 AAACT-GATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA
1 AAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * **** * * *
269509 TTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAATACAAAAAGTCATAATGATTT
65 TTTTAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TT
* *
269574 TAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGAT
129 TAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAG-T
*
269622 AAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTA
1 AAATAGATTTATTTTTT-AAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * *
269686 TTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTATTATATGACTAAAC-AAAGAGTC-T
60 TTTTATTTTAAATAAGCTTGTATG--TTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCAT
* * * * *
269747 GAACGATTTCAAATAGATAATTATTCTAACAGTCTTAATTATTTGAATTGGTTTAGC
122 -AACGATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTAGT
* ** *
269804 AAACACTTTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTCA
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-A
* * * * * * *
269869 -TTCAAATAAGCTTGTATGATT-AGAAATAATTGTTTTATAAGAAAA-TAAAGATCATAACGATT
65 TTTTAAATAAGCTTGTATG-TTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * * *
269931 TAAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGACTTGGTTTGGA
129 TAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTAGT
* * * *
269980 AAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTAGCTTATTAATGTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAA--TCT--CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
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62 TTATTTT
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Consensus pattern (175 bp):
AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
TTTAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTA
AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTAGT
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Alignment explanation
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269565 TAATGATTTT
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1 AAATAG-CATAACTATT
269608 TGAACTTGTT
Statistics
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Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAACTATTC
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Alignment explanation
Indices: 270696--270750 Score: 67
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270686 CCACTTTAAG
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1 TATTTTTTATTTTGATTT
*
270714 TATTTTTTATTTAAGTATTT
1 TATTTTTTATTT-TG-ATTT
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1 TATTT-TTTATTTTGATT
270751 ATCTATTATT
Statistics
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ACGTcount: A:0.20, C:0.00, G:0.07, T:0.73
Consensus pattern (18 bp):
TATTTTTTATTTTGATTT
Found at i:271462 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 271423--271477 Score: 92
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271413 GGTTTCATGG
*
271423 ACTAGAATCTACTATTTAAAGATACCT
1 ACTAGAATATACTATTTAAAGATACCT
*
271450 ACTAGAATATACTATTTAAATATACCT
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1 A
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Statistics
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ACTAGAATATACTATTTAAAGATACCT
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Indices: 274628--274658 Score: 55
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1 AAAAA
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Consensus pattern (9 bp):
AAAAATGAA
Found at i:274647 original size:8 final size:8
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Indices: 274628--274657 Score: 51
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274618 ATCTTGCTTG
274628 AAAAATGAA
1 AAAAATG-A
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1 AAAAA
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Statistics
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Consensus pattern (8 bp):
AAAAATGA
Done.