Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167926.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_19, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.16, T:0.34
Warning! 113000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 3 of 117
Found at i:212209 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 211634--213424 Score: 1238
Period size: 181 Copynumber: 10.0 Consensus size: 179
211624 TAAAGTTGTA
* * * *
211634 TAGTAAGCAGATTCATTTTTTTAAAATCTCTTACTCATTAATTTTTACAATATTAATAAATTAGT
1 TAGTAAACAGATTTA-TTTTTT-AAATCT-TTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGT
*** * * * * * *
211699 GA-TATTTTATTTTGAATAAGCCTATATTAACT-GATACAATT-TTTTATGACAAAACAATA-GT
62 -ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
** * * * * * * * *
211760 TCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTTATGACTATTTAAACTTG-T
125 T-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTT
* * * * * *
211815 TCGATAAATATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAATATATTAATAAATTAATA
1 TAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTGA-ATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * *
211879 TTATTTTAATCCAAATAGGCTTGTATG-A-AGAAAAAATTTGTGTCATAACAAAACAAAAAGTCA
63 TTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTA
* * * **
211942 TAATGATGTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCATAGCTATTTGAACTTA-TT
127 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TAGTT
* * * * *
211995 CAATAAACAGA--T-TTTTTT-AATCTTTTACTTATTAGTTATTTGAATATTAAAAAATTTGTAT
1 TAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTAT
* ** * * *
212056 AATTTTATTAGAAATAAGCTTGTGTGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATA
64 TATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
* * * * *
212121 GTGATTTTAAATAGATAATCGTTCAAATAGTCATAATTATTTGTACTCGTT
129 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTT
* * * * *
212172 TGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTGTACTTATTATTTTTTAGAATATTAATAAAATAGAAT
1 TAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
212237 TATGTTATTTCAAATAAGCTGGTATGAATA-AAAATAATTGTTTTGTGATAAAACAAAAGGTCAT
64 TATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
* * * * * *
212301 AATAATTTGAATTAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGCACTAGTC
128 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTT
* ** * * * * *
212353 AAGCCAATAGGTTCACTTTTTAAATTTGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTA-
1 TAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * **
212417 TACTTTATTTCAAATAAGAC-TATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCCT
64 TATTTTATTCCAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
* * * * *
212481 AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAG-CTATAACTAATTGAACTGGTT
128 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAATTATTTGAACTAGTT
* * ** * *
212533 TAGTAAACATATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTCTTAATTTTCAAAATCTTAATAAATTAATAT
1 TAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * *
212597 TATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAACA-AAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAATGGTTAT
64 TATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
* *
212661 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAATCATAATTATTTGAA-TGAG-T
128 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-AGTT
* ** * *
212712 TAGGTAAACAGAATTGGTTTTTAAATC-TTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAGTAAA-TATGCT
1 TA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTA-G-T
* * * * * * * * * *
212775 -TTATTTTATTTCGAATAAG-TTATGAAGAATTGAAAAAATTATTTTATAAAAAAATAAAAGGTC
62 ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGT-ATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * * * * **
212838 ATAATGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTACCTATTTGAACTAGTT
126 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTT
* * * * * * * *
212892 CAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCACTTAGTTATTAATTTTTAGAATACTATTACATTAGTAT
1 TAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * * *
212957 TATTTTATTTCGAATAAACTTGTGTGAATAGAAATAATTATTTTATGAGATAACAAAAAGTTATA
64 TATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
** ** * * * * *
213022 ACAATTCAAAATATATAATTGTTCAAATAGTTAGAATTATTTAAACTGGTT
129 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTT
* * * *
213073 TAGTAAATAGATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTAT
1 TAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTAT
* *
213138 TATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-AT-GAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAA-GTTC
64 TATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-
*
213200 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAAC-----
126 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAATTATTTGAACTAGTT
* * ** * *
213249 ---T---C--ATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGAAATAG
1 TAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * *** ** * *
213306 GATTTTATTTCAATTAAACTTTTATGTATTGAAATGGTTGTTTTATGGTAAAATAAAAGGTCATA
64 TATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
* *
213371 ATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATA-TT
129 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TAGTT
213422 TAG
1 TAG
213425 AATTAAATAG
Statistics
Matches: 1256, Mismatches: 289, Indels: 135
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 126 0.10
169 9 0.01
170 1 0.00
173 1 0.00
176 54 0.04
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179 275 0.22
180 256 0.20
181 418 0.33
182 15 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAT
GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTT
Found at i:213042 original size:720 final size:716
Alignment explanation
Indices: 211651--213249 Score: 1711
Period size: 720 Copynumber: 2.2 Consensus size: 716
211641 CAGATTCATT
* * **
211651 TTTTTAAAATCTCTTACTCATTAATTTTTACAATATTAATAAATTAGTGATATTTTATTTTGAAT
1 TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT-ATATTTTATTTCAAAT
* * * **
211716 AAGCCTATATTAACT-GATACAATT-TTTTATGACAAAAC-AATAGTTCATAACAATTTGAAATA
64 AAGACTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAT-GTTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * * * *
211778 AATAATTATTCAAACAGTTATGACTATTTAAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTAAAATCTT
127 AATAATTGTTCAAATAGCTATAACTATTTGAACTGGTTAGATAAACATATTTATTTTAAAATCTC
* * * ** *
211843 TTACTTATTAATTTTTAATATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAGGCTTGTATGAA
192 TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAACAAACTTATATGAA
* *
211908 GAAAAAATTTGTGTCATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATGTGAAATAAATAATTGTTCATATA
257 CAAAAAATTTGTGTCATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATGTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * *
211973 GTCATAGCTATTTGAACTTATTCAATAAACAGATTTTTTTAATCTTTTACTTATTAGTTATTTGA
322 ATCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACAGATTTTTTTAATC-TTTACTTATTAGTTATTTGA
* * * *
212038 ATATTAAAAAATTTGTATAATTTTATTAGAAATAAGCTTGTGTGAATAGAAAAAATTATTTTATG
386 ATATTAAAAAATATGTATAATTTTATTAGAAATAAGCTTATGAGAATAGAAAAAATTATTTTATA
* * * * * * * * *
212103 ACAAAATAAAAGGTTATAGTGATTTTAAATAGATAATCGTTCAAATAGTCATAATTATTTGTACT
451 AAAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAATCGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACT
* ** * * * * * *
212168 CGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTGTACTTATTATTTTTTAGAATATTAATAAAATA
516 AGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCCTGTACTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAAATA
* * * * *
212233 GAATTATGTTATTTCAAATAAGCTGGTATGAATAAAAATAATTGTTTTGTGATAAAACAAAAGGT
581 GAATTATGTTATTTCAAATAAACTGGTATGAATAAAAATAATTATTTTATGAGAAAACAAAAAGT
* ** * * ** *
212298 CATAATAATTTGAATTAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGCACTAGTCAAGCCAATAG
646 CATAACAATTCAAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCAGAACTATTTAAACTAGTCAAGCAAATAG
* *
212363 GTTCAC
711 ATTAAC
* * *
212369 TTTTTAAATTTGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATACTTTATTTCAAATAA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATATTTTATTTCAAATAA
* *
212434 GACTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCCTAATGATTTGAAATAAATA
66 GACTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGTTCATAATGATTTGAAATAAATA
* * *
212499 ATTGTTCATATAGCTATAACTAATTGAACTGGTTTAG-TAAACATATTTATTTTTTAAAT-TCTT
131 ATTGTTCAAATAGCTATAACTATTTGAACTGG-TTAGATAAACATATTTA-TTTTAAAATCTCTT
* * * *
212562 ACTTCTTAATTTTCAAAATCTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAACA
194 ACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAACAAACTTATATGAACA
* * * ** * * * *
212627 AAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAATGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAA
259 AAAA-ATTTGTGTCATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATGTGAAATAAATAATTGTTCAAATAA
* *
212692 TCATAATTATTTGAA-TGAGTT-AGGTAAACAGAATTGGTTTTTAAATC-TTACTTATTAAG-T-
323 TCATAACTATTTGAACTGA-TTCA-ATAAACAG-ATT--TTTTT-AATCTTTACTTATT-AGTTA
** * * *
212752 TTTGAAATATTAGTAAATATGCT-TTATTTTATTTCG-AATAAG-TTATGAAGAATTGAAAAAAT
381 TTTG-AATATTAAAAAATATG-TATAATTTTA-TTAGAAATAAGCTTATG-AGAATAGAAAAAAT
* * * *
212814 TATTTTATAAAAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTACCT
442 TATTTTATAAAAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAATCGTTCAAATAGCCATAACT
*
212879 ATTTGAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCACT-TAGTTATTAATTTTTAGAATAC
507 ATTTGAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATC-CTGTACTTATTAATTTTTAGAATAC
* * * * * * * * * *
212943 TATTACATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTGTGAATAGAAATAATTATTTTATGAGAT
571 TAATAAAATAGAATTATGTTATTTCAAATAAACTGGTATGAATAAAAATAATTATTTTATGAGAA
* * * * * * *
213008 AACAAAAAGTTATAACAATTCAAAATATATAATTGTTCAAATAGTTAGAATTATTTAAACTGGTT
636 AACAAAAAGTCATAACAATTCAAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCAGAACTATTTAAACTAGTC
* *
213073 TAGTAAATAGATTAAC
701 AAGCAAATAGATTAAC
* *
213089 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTCAAAT
* * * * *
213153 -AGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATA
64 AAGAC-TATATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGTTCATAATGATTTGAAATA
* * *
213216 GATAATTGTTCAAATGGCTATAATTATTTGAACT
127 AATAATTGTTCAAATAGCTATAACTATTTGAACT
213250 CATTTATTTT
Statistics
Matches: 724, Mismatches: 135, Indels: 41
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
715 1 0.00
716 32 0.04
717 171 0.24
718 90 0.12
719 12 0.02
720 311 0.43
721 103 0.14
722 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (716 bp):
TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATATTTTATTTCAAATAA
GACTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGTTCATAATGATTTGAAATAAATA
ATTGTTCAAATAGCTATAACTATTTGAACTGGTTAGATAAACATATTTATTTTAAAATCTCTTAC
TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAACAAACTTATATGAACAAA
AAATTTGTGTCATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATGTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCA
TAACTATTTGAACTGATTCAATAAACAGATTTTTTTAATCTTTACTTATTAGTTATTTGAATATT
AAAAAATATGTATAATTTTATTAGAAATAAGCTTATGAGAATAGAAAAAATTATTTTATAAAAAA
ATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAATCGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAGTTC
AGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCCTGTACTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAAATAGAATT
ATGTTATTTCAAATAAACTGGTATGAATAAAAATAATTATTTTATGAGAAAACAAAAAGTCATAA
CAATTCAAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCAGAACTATTTAAACTAGTCAAGCAAATAGATTAA
C
Found at i:213436 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 213377--213472 Score: 165
Period size: 50 Copynumber: 1.9 Consensus size: 50
213367 CATAATGATT
*
213377 TTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATATTTAGAA
1 TTAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACATATTTAGAA
* *
213427 TTAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATGACTATTTGAATATATTT
1 TTAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACATATTT
213473 GGTAAATATA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 3, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
50 43 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (50 bp):
TTAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACATATTTAGAA
Found at i:214075 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 213675--214174 Score: 587
Period size: 181 Copynumber: 2.8 Consensus size: 180
213665 TTTTAAAATC
* * *** ** *
213675 CTTATTAATTTTTGAAATAATAATGAATTGGTATTATTTTATTATGAATAATTTTGTTTGAATAG
1 CTTATTAATTTTAGAAATAATAAT-AATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAG
* * * * *** * *
213740 AAACAATTATTTTATGACAAAA-AAATG-TTATAAAGATTCGAAATAGATAGCAGTTCAAATGGA
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGATCATAAAGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGT
* * ** * *
213803 CATGACTATTTGGGCTTGTTTGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTAA
130 CATAACTATTAGAACTTGCTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTAA
*
213854 CTTATTAATTTTTAG-AATAATAATAAATTAGTAATATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATA
1 CTTATTAA-TTTTAGAAATAATAAT-AATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATA
* *
213918 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGATCATAAAGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAG
* *
213983 TCATAACTATTAGAACTTGCTTGTTAAACAGATTTATTATTTT-AATCTTTTA
129 TCATAACTATTAGAACTTGCTTGATAAACAGATTTATT-TTTTAAATCTTTAA
* ** *
214035 CTTATTAATTTTAGAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCATGTATGAATAG
1 CTTATTAATTTTAGAAATAATAATAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAG
* * * *
214100 AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATTATCATAATGATTTGAACT-TGATAATTGTTCAAATAG
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGATCATAAAGATTTGAAATAT-ATAATTGTTCAAATAG
214164 TCATAACTATT
129 TCATAACTATT
214175 TCAAATAATT
Statistics
Matches: 275, Mismatches: 39, Indels: 12
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
179 70 0.25
180 18 0.07
181 183 0.67
182 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
CTTATTAATTTTAGAAATAATAATAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGA
AACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGATCATAAAGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTAGAACTTGCTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTAA
Found at i:214201 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 214155--214221 Score: 68
Period size: 19 Copynumber: 3.7 Consensus size: 19
214145 TTGATAATTG
* *
214155 TTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTCAAATAATTATAACTAT
214174 TTCAAATAATTATAACTAT
1 TTCAAATAATTATAACTAT
*
214193 TT-GAATAATTAT--CTAT
1 TTCAAATAATTATAACTAT
* *
214209 TGCAAATCATTAT
1 TTCAAATAATTAT
214222 TACCTTTTAT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 6, Indels: 4
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.12
17 8 0.20
18 9 0.22
19 19 0.46
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.04, T:0.42
Consensus pattern (19 bp):
TTCAAATAATTATAACTAT
Found at i:214733 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 214174--214806 Score: 526
Period size: 181 Copynumber: 3.5 Consensus size: 180
214164 TCATAACTAT
* * * *
214174 TTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTGCAAATCATTATT-ACCTTTTATTTTGTC
1 TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT-TTGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * * *
214238 AAAAAACAAATGTTTTTGTTTATATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
65 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAATAATATTAATTTATTAATATT
* * ** * *
214303 TCAAGAATTAATACA-TAAGAGATTTAAAAAACAAATCTATTTACCAAACCAG
129 ACAAAAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAG
* * * * * *
214355 TTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTC--A--G--AT--CCATTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
214412 TAAAGCAACTGTTTCTATTCATACAATCTTATTCAGAATAAAGTAATGTTAATTTA--AATATTA
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAA-TAATATTAATTTATTAATATTA
** * * * * * *
214475 TGAAAATTAATAAGTAACAGACTTAGAAAATGTAA-CT-GTTAGCTTGAA-TAG
130 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATG-AATCTATTTA-C-CGAACAAG
* * * * * *
214526 TGCAAACAATTATGACTGTTTGAACAACTATCTATTTTAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTTGTCA
* *
214591 CAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAAATAATATAAT-TCAAATTTATTAATAT
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAA-ATAATAT-TAATTTATTAATAT
*
214654 TCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAG
128 TACAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAG
* * * * * * * *
214707 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTATTGTCA
1 TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
214772 TAAAACAATTTTTTTTCTATTTATACAAGATTATT
66 TAAAACAA--TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
214807 TCAAATTTGT
Statistics
Matches: 352, Mismatches: 77, Indels: 44
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.01
171 62 0.18
172 7 0.02
173 53 0.15
174 1 0.00
175 1 0.00
177 1 0.00
178 2 0.01
179 59 0.17
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* * * ** * *
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* * ** * * *
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*** * *
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* * **
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* * * *
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65 GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
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130 CTGTTTACTGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * ** **
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1 TTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
** * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
* * * * * * *
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64 AGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGTAA--AAGATTTAAAAAAT
* * ** *
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* * *
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1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT--T-GTCATAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
* * * * * * * ***
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* * * * * * *
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* * * *
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1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
** * **
216292 GAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA--T------T--AT
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* ** * * * *
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130 CTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * ** * * * * * *
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1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG
* * * * * * * *
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** * * * * * *
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* * * * * * * * *
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1 TTCAAATCATTATGACCTTT-TGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-T
* * * * *
216639 TAGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTT-GAAATT--TAA-TAAGAGAATTAAAAAATT
63 CA-GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* ** * * * * * *
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* * * * * * * *
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1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTC
* ** * * * *
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** ** ** *
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* * * * * * * * *
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1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
217241 AATCTGTTTA-TGGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATTTAT
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* * *
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1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * * *
217359 GATTAAAATAATATTAGTTTATTAACATTTTGACAATTAATAAGTAGAAGATTTTAAAAATAAAT
65 GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
217424 ATATTT-CTCGAACAAGTTTAAATAGTCAT-AGTTATTTGAATAATTATCTAT
130 CTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTAT
** * * ** * * * *
217475 TTCAAATTGTTTTGACCATTT-TTTCATCATAAAACAATTATATC-AGTTCATATAGGCTTATTC
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
* * * * * *
217538 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTTAAAAAA-AG
64 AGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATA-
** ** * * *
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127 AATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * * * *
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1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * *
217720 GAATAAAATAATATAAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAAT
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* *
217784 ATGTTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
130 CTGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * * *
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1 TTCAAATCA-TTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * ** * *
217899 -A-AA-AAAATTAATATTATTTTATGAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAAGACTTAAAAAATA
63 CAGAATAAAA-TAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * ** * * * * *
217961 AATATGTTTACCGAGTAAGTTCAAATAGTTATAATTGTTTGAACAATTATTTAT
127 AATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * *
218015 TTAAAAT-AGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAGTTTATTC
1 TTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * * *** *
218079 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAAGTAATAGGTAGGCGATTTAAAAAATAAG
64 AGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * ** ** * * *
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129 TCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT-AATTATCTAT
* ** * * * * * ** *
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1 TTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * *
218260 AGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAAAGATTTAAAAACTAAA
64 AGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * *
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* * * * * * *
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1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * ** * *
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* * * * * *
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* * ** * * ** ** *
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** * ** * ** * * * * **
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* *
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* *
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1 TTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * * **
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1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-T-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * *
219191 A-AAAAAAATAATATTAATTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAA
64 AGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* ** * * * ** * * * *
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** * * * * *
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1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTC
* * * * ** *
219367 AAAATAAAGTAATGTTAATTTATTAAT-TTTTGAAAATTAATAAGTAATGGATTTAAAAAATGAA
64 AGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* ** * * * *
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** **
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1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT--TGTCATAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * * ** * * * *
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64 AGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * *
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129 TCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* ** * * * *
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1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTC
* * * *
219729 A-ATTAAAATAATA-CAATTTATTAATA-TTTAGACAATTAA-AAGTAAAGGATTTAAAAAATAA
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* * * * * *
219790 ATTTGTTTA-TCGAATAAGTTCAAATA-TTATGACTGTTTGAACAACTATTTAT
128 ATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * * *
219842 TTTAAATCATTTTGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
219906 GATTAAAATATTA-TAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGAGTTT-AAAAATAAA
65 GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAA
* * * * * *
219969 TATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAAG-CATAATTATTTGAATACTTATCTAT
129 TCTGTTTACTGAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * * *
220021 TTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTAT-TAGCTCATATAGGCTTATTC
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* * * * * *
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64 AGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
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129 TCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
** * * ** * *
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1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-C
* **
220263 A-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAA
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220326 T
129 T
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Statistics
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* *
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* * * * * * * *
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* *
215929 AAAATAAAATATTATTATTTTATTAATACTCATAAAATTAATAAGCAAGGAAT
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* * * * *
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* * *
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216110 CAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATA
128 CAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATA
216139 TTTCAAAAAT
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 20, Indels: 9
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
180 2 0.02
181 35 0.27
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183 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAGACTATTAGAACAATTATCTATT
TAAAATAATTATGACCTTATGTTTCATCACAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAA
AATAAAATAATATTACTTTATTAATACTCATAAAATTAATAAGCAAGGAAT
Found at i:219223 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 218555--220328 Score: 1371
Period size: 177 Copynumber: 9.9 Consensus size: 176
218545 AAACACATTT
* * * *
218555 AAATAATTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTATCAT-
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * ** * * * **
218618 AAACTAATTGTTTCTGTTCATACACGCGTATTCGAAATAAAATAATACTAGTTTATTCATATTCC
65 AAAC-AATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTT
* * * *
218683 AAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAAATAAATATGTTTATTGAGCAAA-TTC
128 GAAAATTAATAAG--AAA-ATTT-AAAAAATAAATTTGTTT-TCGA-AAAAGTTC
* * ** * *
218737 AAATAATTATGATTGGTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
218801 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTA
65 AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTG
* * * * *
218866 AAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGCTTACTAAACAAGTTC
129 AAAATTAATA---AGAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTTCGAAA-AAGTTC
* * * * * *
218918 ATATAGTCAT-ATCCATTTGAACAATTATCTATTCCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTTATA
1 AAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * ** *
218982 AAACAATTGTTTTTGTTAATGCAAAATTATTCAGAATAAAATAATATT-ATCTATTAATATTTTG
65 AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTG
* * * *
219046 AAAATTAATAAG-AAATTTAAAAATTAAATCTATTTTCCAAAATAGTTC
129 AAAATTAATAAGAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTTCGAAAA-AGTTC
* * * *
219094 AAATAGTTATTACTATTATAAATAATTATCTATTTCAAATCATTAAGACCTTTTGTTTTGT-AGT
1 AAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-T
* * * * * *
219158 AAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAAAAAATAATATTAATTTATTAACATTTTG
64 AAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTG
* * * * *
219223 AAAATTAATAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACCAGTTC
129 AAAATTAATAAGAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTTCGAAA-AAGTTC
* * ** * * * ** *
219271 AATTAGTTATAAGAATTTAAACAATTGTTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * *
219336 AAGAATTGTTTCTATTGATGC-AGTTTTATTCAAAATAAAGTAATGTTAATTTATTAAT-TTTTG
66 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAG-TTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTG
* * ** *
219399 AAAATTAATAAGTAATGGATTTAAAAAATGAATTTGTTGGCTT-G-ACTAGTGC
129 AAAATTAATAAG-AA--AATTTAAAAAATAAATTTGTT---TTCGAAAAAGTTC
* ** * *
219451 AAATAGTTATGACTGA-TTGAACAATAATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAATAACA
1 AAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * ** * * * * * **
219515 AAACAATTGTTTCTATTTGTACAAGCTTATTCGGAATAACATAATTTTAATTTATTGATA-TTCC
65 AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTG
* *
219579 AAAAGTTAATAAGTAAGATATTTAAAAACTAAATTTGTTTATCGAACAAGTTC
129 AAAA-TTAATAAG-AA-A-ATTTAAAAAATAAATTTGTTT-TCGAAAAAGTTC
* * * ** *
219632 AAATAGGTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTAAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * *
219697 AATAATT-TTTTCTATTCATATAAGCTTATTTCAATTAAAATAATA-CAATTTATTAATATTTAG
66 AACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGTTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTG
* *
219760 ACAATTAA-AAGTAAAGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATAAGTTC
129 AAAATTAATAAG-AAA--ATTTAAAAAATAAATTTGTTT-TCGAAAAAGTTC
* * * * * *
219811 AAATA-TTATGACTGTTTGAACAACTATTTATTTTAAATCATTTTGACCTTTTCTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
219875 AACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGATTAAAATATTA-TAATTTATTAATATTTTGAC
66 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAA
* * *
219939 AATTAATAAGTAAAAGAGTTT-AAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTC
131 AATTAATAAG--AAA-A-TTTAAAAAATAAATTTGTTT-TCGAAAAAGTTC
* * * * * * *
219989 AAATAAG-CATAATTATTTGAATACTTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATA
1 AAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * * *
220053 AAACAATTGTATTAGCTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTGTA
65 AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTG
* * * * * * *
220118 AAAATTAGTAAG-ACATTTAAAAAATGAATCTATTTACTAAACAAGTTC
129 AAAATTAATAAGAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTTCGAAA-AAGTTC
* * * * ** *
220166 AAATAATTATGACTATTTGAATAATTTTTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * ***
220231 AATAATTGTTTCTGCTCATATAAGTTTATTCCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAA
66 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATT-CAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGA
220296 AAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTT
130 AAATTAATAAG--AAAATTTAAAAAATAAATTT
220329 TATTTTTTAA
Statistics
Matches: 1290, Mismatches: 248, Indels: 110
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.00
176 135 0.10
177 332 0.26
178 108 0.08
179 126 0.10
180 198 0.15
181 254 0.20
182 124 0.10
183 8 0.01
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAA
AATTAATAAGAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTTCGAAAAAGTTC
Found at i:219945 original size:714 final size:716
Alignment explanation
Indices: 215149--220328 Score: 2106
Period size: 718 Copynumber: 7.2 Consensus size: 716
215139 ACCGAACAAG
* ** * * *
215149 TTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTTATTC
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTAATAACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATT-
* * * * *
215214 CG-AATAAAATAATATAAATTTACTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAA
64 CGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
** * * * * * * * **
215277 ATCTT--TTTTTGAACATGGTT-AAATAGTTATGA-CTATGTGAATAATTATCTATTTTAAATCA
129 AT-TTGCTTACTAAACA-AGTTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACAATTACCTATTCAAAATCA
* * * * * * **
215338 TTATGACCTCTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATA-AAAGCTTATTTGGAATAAA
191 CTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTATTAATACAAA-ATTATTCAGAATAAA
* * * * * *
215401 ATAATACTAATTTATTAAAATTCCA-AAAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAATAAGTCT-GTT
254 ATAATAC-AATCTATTAATATT-TAGAAAATTAATAAG----AAATTTAAAAAATAAATCTATTT
* ** * * * * * *
215464 TACTGAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCT
313 TCCAAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTATAAACAACTATCTATTTCAAATCATTAAGACCT
* * * * ** *
215528 TTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATATTATTAA
377 TTTCTTTTGT-AGTAAAACAAATATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAA-AAAATAATATTAA
* * * * * * ** ** *
215592 TTTATTAATATTTTAAAAATTACTAAGAGATTTAAAAACTAAATTTATTTATCAGTCAAGTTCAA
440 TTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACCAGTTCAA
* * ** * * * * * * *
215657 ATAGTTATGACTATTTAAATAATTATGTATCTCAAATCGATATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAA
505 TTAGTTATAAGAATTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAA
* ** **** * ** * ** * **
215721 CAATTGTTTCTGCT-ATACAAATTTATTCAGAGCAAAATATTACTAAACTAATAATATTTTAAAA
570 GAATTGTTTCTATTCATACACGCGTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAA
* * * * ** * *
215785 ATAAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATGTAT-TTG-CTAAACCTATTCAAATAGTTA-GAC
635 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAA--TATGTTGATTGAGCAAATGCAAATAATTATGAC
*
215846 T-ATTAGAACAATTATCTAT
698 TGATT-GAACAATAATCTAT
* * * * * * * *
215865 TTCAAATCA-TTTTGACCTTATGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACATGCTTAAT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTAATAACAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
* * * * *
215928 CAAAATAAAATATTATTATTTTATTAATACT-CATAAAATTAATAAGCAAG-GAATTTTAAAAAA
64 CGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAAGAG-A-TTTAAAAAA
* * * ** * * * *
215991 TAAATTTGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGA-CTATTTGATCAATTATC-ATTTTAAAAT
126 TAAATTTGCTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACAATTACCTA-TTCAAAAT
* * * ** ** * * * * *
216054 AATTATGACCTTTTGTTTCATCGCAAAACAATTG-TTTCATTTCATA-AAAGCTTATCCAAAATA
189 CACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTAATACAAA-ATTATTCAGAATA
* * * *
216117 AAATAATATTACTTTATTAATATTTCA-AAAATTCAGA-AATTGGAGA-TTAAAAACATAAATC-
252 AAATAATA-CAATCTATTAATATTT-AGAAAATT-A-ATAA---GAAATTTAAAAA-ATAAATCT
* **** * * * * ** *
216178 AGTTTATTGAATCAATTTAAATGGTTAT-ATCCATCT-T-AACAGTTATCTATTTCAAATCATTT
309 ATTTTCCAAAAT-AGTTCAAATAGTTATGA-CTAT-TATAAACAACTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * * * *
216240 TGAACTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTTT-ATCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAA
371 AGACCTTTTCTTTTGT-AGTAAAACAAATATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCA-AAAAAAATAA
** * ** ** * * * * ** **
216303 TGCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A-AG---TAGGAGAT-TATCTATTTACTGAATTA
434 TATTAATTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACCA
* * * ** * * * * * * *** * *
216362 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAACTATATATTTCAAGTCA-TTGTAATTTTTTCTTTTGT
499 GTTCAATTAGTTATAAGAATTTAAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACCATTTGTTTTAT
* * * * * ** * * *
216426 CATAAAA-AA-TATTTATGTTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATATTAATCTAATAATAT
563 CATAAAAGAATTGTTTCTATTCATACACGCGTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*** * * * * * * * * * *
216488 TATGAAAATTAATAATTAAGAGA-TTCAAAAAATAAATTTGTTTG-TTGAACCAGTTCAAGTAGT
628 TCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATG-TTGATTGAGCAAATGCAAATAAT
* * ** *
216551 TAAGGCT-ATATGATTAATTATCTAT
692 TATGACTGAT-TGAACAATAATCTAT
* * * ** *** * * * * * *
216576 TTCAAATCGTTATGTCATTTAT-TTTTGTCGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTTGTT
1 TTCAAATAGTTATGACCTTT-TGTTTAATAACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATT
* * *** * *
216640 AGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TTGAAATT--TAA-TAAGAGAATTAAAAAATTA
64 CGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * ** * *
216701 ATTTGTTTACCAAAACCAA-TTCAATTAGTTATAACAATTTAAACAATTATTTATTTC-ATATCG
129 ATTTGCTTA-CTAAA-CAAGTTCAAATAGTCATATCCATTTGAACAATTACCTA-TTCAAAATCA
* * * * * * * * *** *
216764 TTATGATCATTTGTTTTTTCATAAAACAATTATTTATATTGATACAGTCTTATTC-GAAATAAAG
191 CTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTAATACAAAATTATTCAG-AATAAAA
* * * * **
216828 TAATGCTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAATATATTTAAAAAATGAATCTGTTGG
255 TAATAC-AATCTATTAATATT-TAGAAAATTAATAAG--A-A-ATTTAAAAAATAAATCTATTTT
* * ** * * * * * *
216892 CCTAATTAGCGCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAGTC-TTATGAACATT
314 CCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTATAAACAACTATCTATTTCAAATCATTAAGACCTTT
* * * * * * * *
216955 TATTTTGTTAG-AAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTGGAAATAATATAAT-TATAAT
379 TCTTTTG-TAGTAAAACAAATATTTTTGTTCATACAAGCTTATT-CAAAAAAAATAATAT-TAAT
* * ** * * * * ** * *
217018 ATATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAACTGAGTTTGTTTATCGAACAAGTT
441 TTATTAACATTTTGAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACCAGTT
* * *** ** * * * *
217083 CAAATAGTTATGACTGTTTAAA-AATTACCTATTTCAAATCA-TCATAACCTTTTGTTTTGTCAT
502 CAATTAGTTATAAGAATTTAAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACCATTTGTTTTATCAT
* * * * * * *
217146 AAAATAATTTTTTCTATTCCTACAAGCTTTTTTC-AATTAAAATAATA-TAAATTTATT-ATCAT
566 AAAAGAATTGTTTCTATTCATACACGC-GTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT-AT
* * * * * ** * * *
217208 T-CAGACAATTAATAATTAAAAGATTT--AAAAATAAATCTGTTTATGGAATAAGTTCAAATAGT
628 TCCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTGATTGAGCAAATGCAAATAAT
* *
217270 TATGACT-ATTTGAATAA-ATATTTAT
692 TATGACTGA-TTGAACAATA-ATCTAT
* ** * * * *
217295 TTCAAATCA-TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTTTTCATACAAGCTTATTC
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTAATAACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * *** * *
217358 -AGATTAAAATAATATTAGTTTATTAACATTTTGACAATTAATAAGT-AGAAGATTTTAAAAATA
65 GA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATA
* * * * * * * * *
217421 AATAT-ATTTCTCGAACAAGTTTAAATAGTCATAGT-TATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATT
128 AATTTGCTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTCATA-TCCATTTGAACAATTACCTA-TTCAAAATC
** * * * ** * * * * * *** *
217483 GTTTTGACCATTT-TTTCATCATAAAACAATT-ATATCAGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAA
190 ACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTAATACAAAATTATTCAGAATAAA
* * * *
217546 ATAATACTAATTTATTAATACTCTA-AAAATTAATGAGTAAGAGATTTTAAAAAA-AGAATCTAA
254 ATAATAC-AATCTATTAATA-TTTAGAAAATT-A--A-TAAGA-AATTTAAAAAATA-AATCTAT
* * * * * *
217609 TTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGAC-AATCTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGAC
311 TTTCCAAA-ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTATAAACAACTATCTATTTCAAATCATTAAGAC
* * * * * * * * *
217671 TTTTTGTTTTGTTA-TAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATACTGAATAAAATAATATA
375 CTTTTCTTTTG-TAGTAAAACAAATATTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAAAAAAATAATATT
** * * * **
217735 AATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACA
438 AATTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAAC-CA
* * ** * * * * *
217800 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATAGTTATGACC-TTTCGTTTTTG
499 GTTCAATTAGTTATAAGAATTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCATTT-G-TTTTA
** * * * * * * * * *
217863 TCATAAACCATTTGTTTTTGTTCATACAAGCATATT-AAAA-AAATTAATATTATTTTATGAATA
562 TCATAAAAGAATTGTTTCTATTCATACACGCGTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * ** * * * *
217926 TTCCAAAAATTAATAAATAAAAGACTT-AAAAAATAAATATGTTTACCGAGTAAGTTCAAATAGT
627 TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTGATTGAGCAAATGCAAATAAT
* * * * *
217990 TATAATTGTTTGAACAATTATTTAT
692 TATGACTGATTGAACAATAATCTAT
* * * ** * * * *
218015 TTAAAATAGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAGTTTATTC-
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTAATAACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG
* *** * * * * *
218079 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAAGTAATAGGTAGGCGATTTAAAAAATAAG
66 A-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * ** * * * *
218144 TATGCTTACCAAACAAGTTTTAATAGTCATGTCCATTTGATCAATTATCTATTTC-AAAT-AGT-
130 TTTGCTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATATCCATTTGAACAATTACCTA-TTCAAAATCACTA
** * * * * * * * *
218206 TAAGACCTTTCATTTTATTATAAAAAAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTTAGAATAAAATA
194 T-A-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTAATACAAAATTATTCAGAATAAAATA
* * *
218271 ATACTAATCTATTAATATTTTA-AAAATTAATAA-AAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACTAAA
257 ATAC-AATCTATTAATA-TTTAGAAAATTAATAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTCCAAA
* * * ** * * * * *
218334 ACAGTTCAAATAATTATGACTATT-TGAGTAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTT
319 ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTATAAACAACTATCTATTTCAAATCATTAAGACCTTTTCTTT
* * * * * ** * *
218397 TGTCGTAAAACAATTGTTTCTT-TTCATACAAACTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTAATA
384 TGTAGTAAAACAAATATTT-TTGTTCATACAAGCTTATTC-AAAAAAAATAATATTAATTTATTA
* ** * ** *
218461 A-AATTCCAAAACTTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATGTGTTTGTTAAACCAGCTCAAAT
447 ACATTTTGAAAA--T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACCAGTTC--A-
218524 AGTTGAGACTATTTTGTCATAAAACACATTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATTTATTT
504 A--T-----TA----G-------------TT--AT-A--A-GA--ATTTAAACAATTATTTATTT
* ** * *
218589 CAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAACTAATTGTTTCTGTTCATACACGCGTATTCGAA
537 CAAATAGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAAGAATTGTTTCTATTCATACACGCGTATTCAAA
* * *
218654 ATAAAATAATACTAGTTTATTCATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAAATAAATA
602 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATA
* * * * * *
218719 TGTTTATTGAGCAAATTCAAATAATTATGATTGGTTGAACAATTATTTAT
667 TGTTGATTGAGCAAATGCAAATAATTATGACTGATTGAACAATAATCTAT
* ** * * * *
218769 TTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTG
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTAATAACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG
* * *
218834 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
218899 TTGCTTACTAAACAAGTTCATATAGTCATATCCATTTGAACAATTATCTATTCCAAATTATTATG
131 TTGCTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATATCCATTTGAACAATTACCTATTCAAAATCACTATA
* * * *
218964 ACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGTTAATGCAAAATTATTCAGAATAAAATAATAT
196 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTAATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATAC
* * *
219029 TATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAAATTTAAAAATTAAATCTATTTTCCAAAATAGTTC
261 AATCTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCCAAAATAGTTC
* * * *
219094 AAATAGTTATTACTATTATAAATAATTATCTATTTCAAATCATTAAGACCTTTTGTTTTGTAGTA
326 AAATAGTTATGACTATTATAAACAACTATCTATTTCAAATCATTAAGACCTTTTCTTTTGTAGTA
* * * * *
219159 AAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAAAAAATAATATTAATTTATTAACATTTTGA
391 AAACAAATATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAAAAATAATATTAATTTATTAACATTTTGA
219224 AAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACCAGTTCAATTAGTTATAAGAATTT
456 AAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACCAGTTCAATTAGTTATAAGAATTT
* * * *
219289 AAACAATTGTTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTGA
521 AAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAAGAATTGTTTCTATTCA
* ** * ** *** **
219354 TGCA-GTTTTATTCAAAATAAAGTAATGTTAATTTATTAAT-TTTTGAAAATTAATAAGTAATGG
586 TACACG-CGTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * *
219417 ATTT-AAAAAATGAATTTGTTGGCTTGA-CTAGTGCAAATAGTTATGACTGATTGAACAATAATC
650 ATTTAAAAAAATAAATATGTT-GATTGAGCAAATGCAAATAATTATGACTGATTGAACAATAATC
219480 TAT
714 TAT
**
219483 TTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTAATAACAAAACAATTGTTTCTATTTGTACAAGCTTATTC
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTAATAACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * * * * *
219547 GGAATAACATAATTTTAATTTATTGATATTCCAAAAGTTAATAAGTAAGATATTTAAAAACTAAA
65 GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
219612 TTTGTTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGGT-ATGA-CTATTTGAACAATTACCTATTTAAAATCGC
130 TTTGCTTACT-AAACAAGTTCAAATA-GTCAT-ATCCATTTGAACAATTACCTATTCAAAATCAC
* * * ** *
219674 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCTATTCATATAAGCTTATTTCA-ATTAAAA
192 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TATTAATACAAAATTA-TTCAGAATAAAA
* * * *
219737 TAATACAATTTATTAATATTTAGACAATTAA-AAGTAAAGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC
255 TAATACAATCTATTAATATTTAGAAAATTAATAAG--AA--ATTTAAAAAATAAATCTATTT-TC
* * * * * * **
219801 GAATA-AGTTCAAATA-TTATGACTGTT-TGAACAACTATTTATTTTAAATCATTTTGACCTTTT
315 CAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTATAAACAACTATCTATTTCAAATCATTAAGACCTTTT
* * ** *
219863 CTTTTGTCA-TAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGATTAAAATATTA-TAATTTA
380 CTTTTGT-AGTAAAACAAATATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAAAAATAATATTAATTTA
* * * **** *
219926 TTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGAGTTT-AAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCA
444 TTAACATTTTGAAAATTAATAAG----AGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACCAGTTC-
* * ** * * * * * *
219990 AATAAG-CATAATTATTTGAATACTTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTATCATA
503 AATTAGTTATAAGAATTTAAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACCATTTGTTTTATCATA
* * * * * * **
220053 AAACAATTGTAT-TAGCTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTGT
567 AAAGAATTGTTTCTA-TTCATACACGCGTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
* * * * * * * * * * *
220117 AAAAA-T--T-AGTAAGACATTT-AAAAAATGAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATG
631 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTGATTGAGCAAATGCAAATAATTATG
* ** *
220177 ACT-ATTTGAATAATTTTTTAT
696 ACTGA-TTGAACAATAATCTAT
* * ** * * * ** * * *
220198 TTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGCTCATATAAGTTTATTCC
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTAATAACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG
* *
220263 AAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
220327 TT
131 TT
220329 TATTTTTTAA
Statistics
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Consensus pattern (716 bp):
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AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
TTGCTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATATCCATTTGAACAATTACCTATTCAAAATCACTATA
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTAATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATAC
AATCTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCCAAAATAGTTC
AAATAGTTATGACTATTATAAACAACTATCTATTTCAAATCATTAAGACCTTTTCTTTTGTAGTA
AAACAAATATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAAAAATAATATTAATTTATTAACATTTTGA
AAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACCAGTTCAATTAGTTATAAGAATTT
AAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAAGAATTGTTTCTATTCA
TACACGCGTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
TTTAAAAAAATAAATATGTTGATTGAGCAAATGCAAATAATTATGACTGATTGAACAATAATCTA
T
Found at i:220572 original size:180 final size:177
Alignment explanation
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220351 TTTTATTACC
* * *
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1 TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATT-AAAATAAAATAATACTAA
* * *
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* *
220491 TAAAAATGTTATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATAA
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* * * * ** *
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1 TT-TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTA-AAATAAAATAATACTA
* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCA-TA-TTAAAATAAAATAATACTA
* ** * * *
220786 ATCTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAAATTTAAAAACTAAATCTATTTACTAAAACAA
64 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAA-TAAATTTGTTTACT-AAATAA
* * * * * * *
220847 TTTAAATA-GTTATGATTATTTGAACAATCATCTATCTAAAATAGTTATGA
127 GTTAAAAATGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAA
* * *
220897 TCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-TTCCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACT
1 T-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT-CATACAAGCATATT-AAAATAAAATAATACT
* ** * *
220961 AATTTAATAATATTCCAAAAATTTGTAAGTAAGAGATTTAAAATATAAATATGTTTACTAAACTA
63 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAA-ATAAATTTGTTTACTAAA-TA
* ** * * * * * * * *
221026 GGTCCAAAA-GTTAAGACTATTAGAACAATTATTTAATTGAAATTGTTTTGACC
126 AGTTAAAAATGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTAT-A-A
* * * ** * * * * *
221079 TTTTGTTTAGTCATAAAA-AATTATTTAGGA-TCATATAACCTTGTTCAAAATAAAATAGTACTA
1 TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CTATTCATACAAGCATATT-AAAATAAAATAATACTA
* ** * ** * * * *
221142 ATTTATTAACATTTGAAAAATTAGTGTGCAAGAGATTTAAAAAAATAAAATCT-ATTACAAGTTC
64 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT--AAAAAT-AAATTTGTTTAC----T-
* * * * *
221206 AAAT-AGATAATAAA--AT-TGATTTGTTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCA-TTATGATC
121 AAATAAGTTAA-AAATGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-AGTTAT-A-A
* * *** * * *
221263 TTTTATTTTCTCATAAAACAATTGTTTCCATTCATGA-AATTTTATTAGAATAAAATAAAACTAC
1 TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCATATTAAAATAAAATAATACTAA
* * ** * *
221327 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTCTGAACT-AG
65 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAA-TAAATTTGTTTACT-AAATAAG
* * * ** * *
221391 TT-TAAATAGTTATGACTCTTTGAACAAATATAAATCTCAAATCA-TTATGA
128 TTAAAAAT-GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATAA
* * * * * * *** *
221441 TCTTTGTTTTCTCATGAAACAATTGCTTATGA-TCATACAAGCTTATTCGGATAAAAATAATAAT
1 T-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCATATTAAAAT-AAAATAATACT
* * * * ** * **
221505 AATTTAATAATATTCCAAACATTCATAAG--AG--ATTT-AAAATAAATGTGTTTGTTGAACCAG
63 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATTTGTTTACTAAATAAG
* ** ** * *
221565 TT-CAAATAGTTAACACTATTACAATAATTATCTATTTCAAATTA-TTCTAA
128 TTAAAAAT-GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATAA
* * * ** *
221615 CCTTTT-TGTTTAGTCATATAACAATTGTTTC-AGTTCATTCAAGCTTATTTGGCAA-AAAACAA
1 --TTTTAT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCATA-TT-AAAATAAAATAA
* * * * * * *
221677 TACTAATTTATTAACT-TTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAGAAAATAAATCTATTTACC
59 TACTAATTTATTAA-TATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-A-AAAATAAATTTGTTTACT
* * * * * *
221741 AAAAAAGTT-CAAATAGTTGTAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA-TTATGA
121 AAATAAGTTAAAAAT-GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATAA
* * * ** * * *
221798 TCATTTGTTTTTTTATAAAACAATTGTTT-TAGTTTGTAAAAGCTTATCGAAAATAAAATAATAC
1 T--TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCATAT-TAAAATAAAATAATAC
* * * *** * * *
221862 TACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATCTA-TTAATC
62 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAATAAATTTGTTTACTAAATA
* * * * *
221926 AGTTCAAATAA--TTATGGCCATTTGAACAACTATTTATTTCAAATCA-TTATTACC
126 AGTT-AAA-AATGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTA-TA-A
* * * * * *
221980 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTCAAAATAAAGTAATACTA
1 TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCATATT-AAAATAAAATAATACTA
* * * * *
222044 ACTTAGTAA-A---CAAGAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACT-A
64 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAATAAATTTGTTTACT-AAATAA
* * * * *
222100 GTT-CAAATAGTTATAACTATTTGAACATTTATTTATTTCAAATTGTTATAA
127 GTTAAAAAT-GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAA
* * ** * * *
222151 CTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGGTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
1 -TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATT-AAAATAAAATAATACTA
* ** * * * * *
222215 ATTTAGTAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAACT-A
64 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAATAAATTTGTTTACT-AAATAA
* * * *
222279 GTTCAAACAT-TTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAA
127 GTT-AAAAATGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
222320 GCTTATTTGG
Statistics
Matches: 1364, Mismatches: 307, Indels: 218
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.00
171 60 0.04
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173 37 0.03
174 53 0.04
175 27 0.02
176 146 0.11
177 57 0.04
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185 22 0.02
186 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTAAAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATTTGTTTACTAAATAAGTTA
AAAATGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAA
Found at i:221018 original size:357 final size:358
Alignment explanation
Indices: 220353--222307 Score: 891
Period size: 357 Copynumber: 5.5 Consensus size: 358
220343 GTTAAATATT
* ** *
220353 TTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCAAAATAAAGT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGAATATTCAAAATAAAGT
* * *
220418 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACT
66 AATACTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG---AAAATTTTAAAAATAAATCTATTTACT
* ** * * * * * *
220483 GAGTAAGTTAAAAATGTTATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATAATTATTTTT
128 AAACAAGTTAAAAATGTTATGACTATTTGAACAATCATCTATCTAAAATAGTTATAATTATTATT
* * * *
220548 TTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAGAAGTTTATTAGAAATAAAATAATAATAATTTACTA
193 TTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATAATAATTTAATA
* * *
220613 ATATTCTAAAAATTAAAAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAGTTCAAATA
258 ATATTCCAAAAATTAAAAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATA
220678 GTCATATCCATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCA
323 GTCATATCCATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCA
* *
220714 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATGCAA-AATTAGTT-AGAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGAA-TA-TTCAAAATAAA
* * **
220777 TTAATACTGATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-AAA-TTTAAAAACTAAATCTATTTACT
64 GTAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAATTTTAAAAA-TAAATCTATTTACT
* * * *
220840 AAAACAATTTAAATA-GTTATGATTATTTGAACAATCATCTATCTAAAATAGTTATGATCT-TTA
128 -AAACAAGTTAAAAATGTTATGACTATTTGAACAATCATCTATCTAAAATAGTTATAAT-TATTA
* * *
220903 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-TTCCATACAAGCTTATTCAG-ATTAAAATAATACTAATTT
191 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATT-CATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATAATAATTT
** * * * *
220966 AATAATATTCCAAAAATTTGTAA-GTAAGAGATTTAAAATATAAATATGTTTACTAAACTAGGTC
254 AATAATATTCCAAAAA-TTAAAAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA-TAAGTT
* * * * * ** * **
221030 CAAA-AGTTA-AGACTATTAGAACAATTATTTAATTGAAATTG
317 CAAATAGTCATA-TCCATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCA
* * * ** * *** * *
221071 TTTTGACCTTTTGTTTAGTCAT-AAAAAATTATTTAGGA-TCATATAACCTTGTTCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTT-CTATTCATACAAGAATATTCAAAATAAAG
* * * ** * ** *
221134 TAGTACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAGTGTGCAAGAGATTTAAAAAAATAAAATCTA-TT
65 TAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-AA-A-ATTT-TAAAAAT-AAATCTATTT
* * * *** * * * * * *
221198 AC-AAGTTCAA-ATAGATAATAAAATTGATTTGTTTGAACAATTATCTATTTAAAGTCA-TTATG
125 ACTAA--ACAAGTTA-AAAATGTTA-TGA-CTATTTGAACAATCATCTATCTAAAAT-AGTTATA
* * * **
221260 ATCTTTTATTTTCTCATAAAACAATTGTTTCCATTCATGA-AATTTTATTAG-AATAAAATAA-A
184 AT-TATTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATA
* * * * ** * *
221322 ACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GTAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTCTGA
247 A-TAATTTAATAATATTCCAAAAATTAA-AAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC-CA
* * * * *** *
221386 ACT-AGTTTAAATAGTTATGA-CTC-TTTGAACAAATATAAATCTCAAATCA
309 AATAAGTTCAAATAGTCAT-ATC-CATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCA
* * * * * * ** *
221435 TTATGATC-TTTGTTTTCTCATGAAACAATTGCTTATGA-TCATACAAGCTTATTCGGATAA-AA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCT-ATTCATACAAGAATATTC--AAAATAA
* * * * * * * * **
221497 A-TAATAATAATTTAATAATATTCCAAACATTCATAAG-AGA-TTT-AAAATAAATGTGTTTGTT
63 AGTAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTACT
* * * ** ** * * * * *
221558 GAACCAGTT-CAAATAGTTAACACTATTACAATAATTATCTATTTCAAATTA-TTCTAACCTT-T
128 AAACAAGTTAAAAAT-GTTATGACTATTTGAACAATCATCTATCT-AAAATAGTTATAA--TTAT
* * * * * *
221620 T-TGTTTAGTCATATAACAATTGTTTC-AGTTCATTCAAGCTTATTTGGCAA-AAAACAATACTA
189 TAT-TTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTAGAAATAAAATAATAATA
* * * * * * * *
221682 ATTTATTAACT-TTCAAAAAATTAATAA-GCATGAGATTTGAGAAAATAAATCTATTTACCAAAA
250 ATTTAATAA-TATTCCAAAAATTAA-AAGGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCAAAT
** * * * *
221745 AAGTTCAAATAGTTGTAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA
312 AAGTTCAAATAGTCATATCCATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCA
* * * * * ** * **
221792 TTATGATCATTTGTTTTTTTATAAAACAATTGTTT-TAGTTTGTAAAAGCTTA-TCGAAAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTA-TTCATACAAGAATATTC-AAAATAAA
* * * * * * *
221855 ATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATCTA
64 GTAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-AA-A-ATTTTAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * * *
221920 TTAATC-AGTTCAAATAA--TTATGGCCATTTGAACAA-CTATTTATTTCAAATCA-TTATTACC
126 CTAAACAAGTT-AAA-AATGTTATGACTATTTGAACAATC-ATCTATCTAAAAT-AGTTA-TA-A
* * * * *
221980 TT-TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTCA-AAATAAAGTAATAC
185 TTATTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATAA
* * * * ** *
222042 TAACTTAGTAA-A---CAAGAATT--AA--TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACT
248 TAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAAAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CCAAAT
* * * * * * **
222099 -AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACATTTATTTATTTCAAATTG
312 AAGTTCAAATAGTCATATCCATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCA
* * * ** * ** * *
222145 TTAT-AACTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGGTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGAATATTCAAAATAAAGT
* * ** * * * *
222208 AATACTAATTTAGTAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCT
66 AATACTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-GAA-A-ATTTTAAAAATAAATCTATTTACT
* * * * *
222273 GAACTAGTTCAAACAT-TTAAGACTATATGAACAAT
128 AAACAAGTT-AAAAATGTTATGACTATTTGAACAAT
222308 TATTTATTTC
Statistics
Matches: 1219, Mismatches: 284, Indels: 190
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
351 96 0.08
352 30 0.02
353 60 0.05
354 38 0.03
355 40 0.03
356 123 0.10
357 269 0.22
358 94 0.08
359 5 0.00
360 6 0.00
361 100 0.08
362 64 0.05
363 57 0.05
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365 42 0.03
366 9 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (358 bp):
TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGAATATTCAAAATAAAGT
AATACTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTACTAAA
CAAGTTAAAAATGTTATGACTATTTGAACAATCATCTATCTAAAATAGTTATAATTATTATTTTA
TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATAATAATTTAATAATA
TTCCAAAAATTAAAAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTC
ATATCCATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCA
Found at i:221987 original size:538 final size:527
Alignment explanation
Indices: 220362--222265 Score: 1647
Period size: 537 Copynumber: 3.5 Consensus size: 527
220352 TTTATTACCT
* * * * *
220362 TTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTC-AAAATAAAGTAATACTAA
1 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTATA-TCATACAAGCTTATTCGATAA-AAA-TAATACTAA
* * * * *
220426 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACTG-AGTAAG
63 TTTAATAATATTCC-AAAATTAATAAG----AGA-TTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACT-AG
* ** * * *
220490 TT-AAAAATGTTATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATAA-TTATTTTTTTA-
121 TTCAAATA-GTTA-AACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTA-TTATAACTT-TTTGTTTAG
* * * * *
220551 TCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATAGAAGTTTA-TTAGAAATAAAATAATAATAATTTACTAA
182 TCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTAGCAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
220614 TATTCTAAAAATTAA-AAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAGTTCAAATA
246 TATTCTAAAAATTAATAA-GCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAAAAGTTCAAATA
** * * * * * *
220678 GTCATATCCATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAA
310 GTTGTATCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTCTCATAAAACAA
* * * *
220743 TTGTTTCTATTCATGCAAAATTAGTTAGAATAAATTAATACTGA-TCTATTAATATTTTAAAAAT
375 TTGTTTCTATT--TGTAAAATTA-TTAGAATAAAATAATACT-ACTTTATTAATATTTCAAAAAT
* * **
220807 TAATAAG--A-A-ATTTAAAAACTAAATCTATTTACTAAAACAATTTAAATAGTTATGATTATTT
436 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTA-TTA-T-TAACAGTTTAAATAGTTATGACCATTT
* *
220868 GAACAATCATCTATCTAAAAT-AGTTATGATC
498 GAACAAT-ATATATCTCAAATCA-TTATGATC
* * * * *
220899 TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTCCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAAT
1 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTATAT-CATACAAGCTTATTC-GATAAAAATAATACTAAT
* *
220964 TTAATAATATTCCAAAAATTTGTAAGTAAGAGATTTAAAATATAAATATGTTTACTAAACTAGGT
64 TTAATAATATTCC-AAAA--T-TAA-TAAGAGATTTAAAA-ATAAATATGTTTATTGAACTA-GT
* * * * * * * *
221029 CCAAA-AGTTAAGACTATTAGAACAATTATTTAATTGAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCAT
122 TCAAATAGTTAA-ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACTTTTTGTTTAGTCAT
* * * * * * * *
221093 AAAA-AATTATTT-AGGATCATATAACCTTGTTCA-AAATAAAATAGTACTAATTTATTAACATT
186 AAAATAATTGTTTCA-GTTCATATAAGCTTATTTAGCAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* ** *
221155 -TGAAAAATTAGTGTGCAAGAGATTTAAAAAAATAAAATCTA-TTA-CAAGTTCAAATAGAT-AA
250 CT-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAAT-AAATCTATTTACCAA----AAA-AGTTCAA
* * * * * *
221216 TAAAATTG-ATTTGTTTGAACAATTATCTATTTAAAGTCATTATGATCTTTTATTTTCTCATAAA
307 -ATAGTTGTATCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTCTCATAAA
* * *
221280 ACAATTGTTTCCATTCATG-AAATTTTATTAGAATAAAATAAAACTACTTTATTAATATTTCAAA
371 ACAATTGTTTCTATT--TGTAAA-ATTATTAGAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAA
* * *
221344 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTCTGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTC
433 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTAT-T-AAC-AGTTTAAATAGTTATGAC-C
*
221409 -TTTGAACAAATATAAATCTCAAATCATTATGATC
494 ATTTGAAC-AATATATATCTCAAATCATTATGATC
* * * *
221443 TTTGTTTTCTCATGAAACAATTGCTTATGATCATACAAGCTTATTCGGATAAAAATAATAATAAT
1 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTAT-ATCATACAAGCTTATTC-GATAAAAATAATACTAAT
* * * *
221508 TTAATAATATTCCAAACATTCATAAGAGATTT-AAAATAAATGTGTTTGTTGAACCAGTTCAAAT
64 TTAATAATATTCCAAA-ATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACTAGTTCAAAT
* * * * *
221572 AGTTAACACTATTACAATAATTATCTATTTCAAATTATTCTAACCTTTTTGTTTAGTCATATAAC
128 AGTTAA-ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAA-CTTTTTGTTTAGTCATAAAAT
* * *
221637 AATTGTTTCAGTTCAT-TCAAGCTTATTTGGCAA-AAAACAATACTAATTTATTAACT-TTCAAA
191 AATTGTTTCAGTTCATAT-AAGCTTATTTAGCAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCTAA
* * *
221699 AAATTAATAAGCATGAGATTTGAGAAAATAAATCTATTTACCAAAAAAGTTCAAATAGTTGTAAC
254 AAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAAAAAGTTCAAATAGTTGTATC
* * *
221764 TATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCATTTGTTTTTTTATAAAACAATTGTTT-T
318 TATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCT
* *
221828 AGTTTGTAAAAGCTTATCGAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
383 A-TTTGTAAAA--TTAT-TAGAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * *
221893 AAGAGATTTAAAAAATAAATCAATCTATTAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTA
444 AAGAGATTTAAAAACTAAATCTAT-TATTAA-CAGTTTAAATAGTTATGACCATTTGAACAA-TA
* * * *
221958 TTTATTTCAAATCATTATTACC
506 TATATCTCAAATCATTATGATC
* * *
221980 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTC-AAAATAAAGTAATACTA
1 -TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTAT-ATCATACAAGCTTATTCGATAA-AAA-TAATACTA
* * *
222044 ACTTAGTAA-A---CAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACTAGTTCA
62 ATTTAATAATATTCCAA-AATTAATAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTATTGAACTAGTTCA
* * * *
222105 AATAGTTATAACTATTTGAACATTTATTTATTTCAAATTGTTATAACTTTTT-TTT-GTCATAAA
125 AATAGTTA-AACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACTTTTTGTTTAGTCATAAA
** * * * *
222168 ATAATTGTTTTTGGTCATATAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTTAA
189 ATAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTAGCAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA
222232 AAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
254 AAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAATCT
222266 GTTTGCTGAA
Statistics
Matches: 1112, Mismatches: 182, Indels: 151
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
532 16 0.01
533 72 0.06
534 21 0.02
535 10 0.01
536 90 0.08
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540 125 0.11
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542 9 0.01
543 9 0.01
544 125 0.11
545 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (527 bp):
TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTATATCATACAAGCTTATTCGATAAAAATAATACTAATTT
AATAATATTCCAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACTAGTTCAAATAGT
TAAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTG
TTTCAGTTCATATAAGCTTATTTAGCAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA
TAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAAAAGTTCAAATAGTTGTATCTATTTGAA
CAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTATTTGTAA
AATTATTAGAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
AACTAAATCTATTATTAACAGTTTAAATAGTTATGACCATTTGAACAATATATATCTCAAATCAT
TATGATC
Found at i:222946 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 222422--223114 Score: 487
Period size: 180 Copynumber: 3.8 Consensus size: 178
222412 GATTTAAGGG
* * ** * * *
222422 ATAATTCTATTTACCAAACCAACTCAAATAATTATA-ACTATTGGAACAATTATCTATTTCAAAT
1 ATAAATCTAATTACCAAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATT-GAATAATTATTTATTTCAAAT
* * * * * ** * * ** *
222486 CATTAT-TACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGA-TCTTACT-
64 CATTATGT-CCTTTTCTTTTATCATAAAACAATT-ATTTTGTTTGTACAAGCTT-ATTCGAAATA
* * *
222548 AAATAATACTAATTT-ATCAATATTT-AGAA--AAATAATCCGTAAGAGATTTAAAAA
126 AAATAATACTAATTTAAT-AATATTTCA-AACTTAATAA-CC--AAGAAAATTAAAAA
* ** * ** *
222602 GTAAATCTGCTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATT
1 ATAAATCTAATTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTGAATAATTATTTATTTCAAATC
* ** * * * * ** * **
222667 GTTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGATTCTGTTCATACTATTTTATTCGAAATAAAA
65 ATTATGTCCTTTTCTTTTATCATAAAACAATT-ATTTTGTTTGTACAAGCTTATTCGAAATAAAA
*
222732 TAATACTAATTTAATAATATTCTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAA
129 TAATACTAATTTAATAATATT-TCAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAA
* * * *
222783 ATAAATCTAATTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATGTGAATGACTATTTATTTCAAATC
1 ATAAATCTAATTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTAT-TGAATAATTATTTATTTCAAATC
* *
222848 ATTATGTCCTTTTCTTTTATCATAAAATAATTATTTTGTTTGTACAAGCTTATTCGAATTAAAAT
65 ATTATGTCCTTTTCTTTTATCATAAAACAATTATTTTGTTTGTACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
** * *
222913 AATACTAATTTAATAATATTTC-AACTATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
130 AATACTAATTTAATAATATTTCAAAC--TTAATAACCAAGAAAATTAAAAA
* ** * * * *
222963 ATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTTAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATC
1 ATAAATCTAATTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATT-GAATAATTATTTATTTCAAATC
* * *
223028 ACTCTGAT-C--TTCTGTTTAGTCTTAAAACAATTATTTTAG-TTGATACAAGCTTATTC-AAGA
65 ATTATG-TCCTTTTCT-TTTA-TCATAAAACAATTATTTT-GTTTG-TACAAGCTTATTCGAA-A
* * * *
223088 TAAATTAATATTAATTTATTAACATTT
124 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
223115 GGAAAATCAA
Statistics
Matches: 413, Mismatches: 80, Indels: 39
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 7 0.02
179 7 0.02
180 236 0.57
181 150 0.36
182 5 0.01
183 3 0.01
184 5 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
ATAAATCTAATTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTGAATAATTATTTATTTCAAATCA
TTATGTCCTTTTCTTTTATCATAAAACAATTATTTTGTTTGTACAAGCTTATTCGAAATAAAATA
ATACTAATTTAATAATATTTCAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAA
Found at i:223780 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 223264--226453 Score: 1883
Period size: 181 Copynumber: 17.7 Consensus size: 179
223254 AAAAGCTTCC
* * * * * * * **
223264 TTAATATCTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAA-ATAGTTTATATACCGAACAAATTTG
1 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTGT-T-TACCAAACCAATTCA
* * * *
223327 AATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
64 AATAATTATGACTATTT-AACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
** ** *
223392 ACAAAGGTTTCAATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
128 ACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
223444 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCAAATCAATTCAA
1 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAACTGTTTACCAAACCAATTCAA
* * * * * * *
223509 ATAATTATGGCAATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAA
65 ATAATTATGACTATTT-AACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * *
223574 CAATTGCTTTTTATT-GTACCAGCTTATTCGAAATATAATATTATTAATTTA
129 CAATTG-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* *
223625 TTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTATGAGATTTAAAAAATAAACTGTTTACCAAACCAATTCAAA
1 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTGTTTACCAAACCAATTCAAA
** * * ** * *
223690 TTGTTATGACTATTTAAGTAATTGTATCCTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
66 TAATTATGACTATTTAA-CAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * ** *
223755 AATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAGAAATCTA
130 AATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * *
223805 ATAATGTTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTTCTAAACCAATTCAA
1 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-CTGTTTACCAAACCAATTCAA
* * * * * * *
223870 ATTATTAAGAATATATGAACAATGATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
65 ATAATTATGACTAT-TTAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * ** * *
223935 TAATT-TTTTCAAATCATATTAGCTTATTCAAAATAAAATAA-AATGTATTTA
129 CAATTGTTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTA
* * * * * * * **
223986 TTAATATTTTAAAAATTGATAAGTAAGTGATTTAAAAAAAAAATTGTTTAACTAACCGGTTCAAA
1 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTGTTTACCAAACCAATTCAAA
* * *
224051 TAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGGTTTGTCATAAAAC
66 TAATTATGACTATTT-AACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * * * *
224115 AAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTTATTTAGAATAAAATAATACTACTCTA
130 AATTGTTTTTATTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
** * * ** *
224166 TTAATATTT-TGAAA-T-CTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACCAGTTCAA
1 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-CTGTTTACCAAACCAATTCAA
* * * * * **
224227 ATAGTTATGACTATTTAAGTAATTATTTATTTCAAATTGTTATAAAATTTTGTTTTG-CTATAAA
65 ATAATTATGACTATTTAA-CAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAA
* * *
224291 ACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCATATTAAAATAATACTAATTTA
128 ACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *** * *
224343 TTAATATTTTAACAATTAATAAATAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTAGTGAACTAAATCAA
1 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-CTGTTTACCAAACCAATTCAA
* * * * * * ** * *
224407 ATAGTCATAAATATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTCTTTTATCATAAAA
65 ATAATTATGACTATTT-AACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * * *
224472 -AACT-ATCTCAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACCAAGTTCA
129 CAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTA
* * * * * *** * *
224523 -AAATATTAT-AAAATTTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCAGTTT-TTGAACAAATTTA
1 TTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAACTGTTTACCAAACCAATTCA
* * * * * * *
224585 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTGATAT-TTACTATAACCTTTT-TGTTCTCATA
64 AATAATTATGACTATTT-AACAATTATATATTTCAAATCGT--TATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* ** * * * * *
224647 ATATGATTTTTTTCTGTGTCATACAAGGCATATTGTC-AAAGAAAATAATACAAATTTA
126 AAACAATTGTTTT-TAT-TCATACAA-GCTTA-T-TCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
224705 TTAATA-TT-AAGGACAATTAATATGTAAAAGCAGTT-AAAAATAAA-TATAATTATACGAA-CA
1 TTAATATTTCAA--A-AATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAACTGT--TTA-CCAAACCA
* * * * **
224765 AGTTCAAAGTCGATT-T-ACTATTTTGAACAAGTATTTATTTCAAATTGTTATGAGTTTTTG-TT
59 A-TTCAAA-T-AATTATGACTA-TTT-AACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
224827 TATCATAAAACAATTG-TATAAGCTT-ATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATATTAATTTA
119 TGTCATAAAACAATTGTTTTTA--TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
** * * * * * * * * *
224887 TTAATATTTTGACACTTTATAAGTAAAAGATTTTAACAATATA-TGTTTATCGAA-CAAGTTCAA
1 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTGTTTACCAAACCAA-TTCAA
* * * * * *
224950 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTGTGTTTTGTAATAAAA
65 ATAATTATGACTATTT-AACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* ** ** ** *
225015 TAATTGTTTCCATTCATTTAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTA
129 CAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* ** * * * *
225066 TTAATATTTCAAAAATTAA-AGAGTAAAAGAATAAAAAAAATTAATCAGCTTACTAAA-CAAGTT
1 TTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAGAG-ATTTAAAAAA-TAAACTGTTTACCAAACCAA-TT
* * * * *
225129 GAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
62 CAAATAATTATGACTATTT-AACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * *
225194 AAACAATTGGTTGTATTCA-AGCAAGCTTATTTC-AAACAAAATAATA-TAAATTTA
126 AAACAATTGTTTTTATTCATA-CAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTA
* ** * * **
225248 TTAATATTTCAAAAACTAATAA-TAA-A-ATTTTGGAAAATAAAACTATTTTCTGAA-CACATTC
1 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAT-AAACTGTTTACCAAACCA-ATTC
* * * * * * * * * *
225309 AATTAGTTGTGATTATTTGAACACTTGTCTATTTAAAATCATTATGACCATTT-TTTTGTCATAA
63 AAATAATTATGACTATTT-AACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
225373 ACCAACTGTTTCTATTCAAACAAGC-TATTTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
127 AACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * *** * * *
225426 TTAATA-TTCCAAAATTAATAAGTATA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAGCGAGTTCA
1 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAA-CTGTTTACCAAACCAATTCA
* * * * * ** *
225489 AATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-ATTATGATATCTTGTTTTGTCATAAA
64 AATAATTATGACTATTT-AACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * **
225553 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
128 ACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
** * ***
225605 TTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATTATTCTATTTATTGAA-CAAGTT
1 TTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAA-TAAACTGTTTACCAAACCAA-TT
* * * * * * * * *
225667 CAAATAGTCATGTCCATTTAAACTATTATCTATTTTAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATA
62 CAAATAATTATGACTATTT-AACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
** * * ** * * *
225732 AAACAATCATTTCTATTCGTACAAAATTATTTAGAAT-AAATAATACTAGTTTA
126 AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * *
225785 TTACTACTTCAAAAA-T--TGA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTCTTGACCGAACCAATTCAA
1 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-CTGTTTACCAAACCAATTCAA
* ** * * * *
225846 ATAGTTATGACTATTTAAACAATTACCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCCTAAAA
65 ATAATTATGACTATTT-AACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * ** * * * *
225910 CATTTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGAAGTAAAAATATTGCTAAATTA
129 CAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTA
* *** *
225962 ATAATA-TTCTAAAAA-T--TAA-TAAGA-ATTTAAAAAATAATTA-TGTTT-TTGATCCAATTC
1 TTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA--ACTGTTTACCAAACCAATTC
* * * * * * *
226019 AAATAGTTAAGACTATTAGAACAATT-TTTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAA
63 AAATAATTATGACTATT-TAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* *
226083 AATAATTG-TTTTAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
127 AACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * * ** **
226136 TTAACA-ATGAGAAAATTATTACGTAAGAAATTTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAATT
1 TTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTT-AAAAAATAAA-CTGTTTACCAAACCAATT
* * * * * * * *
226200 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACTTTTTATTTTATCTTA
62 CAAATAATTATGACTATTT-AACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
** * * ** * *
226265 AAACAATTGTTCCTGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTACTTTA
126 AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * ** * * * * *
226319 TTAACATTTTAAAAATCT-ATAAGTTAGAGATTTAAAACTTAAATTAGTTTATCGAATCAATTTA
1 TTAATATTTCAAAAAT-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACT-GTTTACCAAACCAATTCA
* * * * * *
226383 AATAAGTATGGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAA
64 AATAATTATGACTATTT-AACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
226448 ACAATT
128 ACAATT
226454 TATTTTTGAA
Statistics
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Consensus pattern (179 bp):
TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTGTTTACCAAACCAATTCAAA
TAATTATGACTATTTAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
ATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
Found at i:223961 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 223264--226453 Score: 1288
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223254 AAAAGCTTCC
* * * * * * *
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* * * * * *
223326 GAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
63 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* ** * * * * * *
223391 AACAAAGGTTTCAATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
128 AACAAATGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACAAATCTAATAATATTCCAA
* * * * *
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* * * *
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** * * **
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* * * *
223625 TTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTATGAGATTTAAAAAATAAACTGTTTACCAAACCAATTCAAA
1 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAACTGTTTAACAAACCAATTCAAA
** * * * * *
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* * * *
223754 CAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAGAAATCTAATAATGTTCCAAAA
130 CAAATGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACAAATCTAATAATATTCCAAAA
* * * * *
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* ** * *
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**
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* * * * * **
223986 TTAATATTTTAAAAATTGATAAGTAAGTGATTTAAAAAAAAAATTGTTTAACTAACCGGTTCAAA
1 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAACTGTTTAACAAACCAATTCAAA
* * * *
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66 TAATTATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * * * ***
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131 AAATGTTTTTATTCATACAAG-CTTATTTAAAATAAAATAATACAAATCTAATAATATTCCAAAA
* * ** * * *
224179 A-T-CTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACCAGTTCAAATAGTTAT-GACTA
195 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTATAG-CAA
* * * ** * ** * *
224240 TTT-AAGTAATTATTTATTTCAAATTGTTATAAAATTTTGTTTTG-CTATAAAACAATTGTTTTT
259 TTTCAA-CAATGATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTC-ATAAAACAATT-CTTTT
** * * * * *
224303 GTTCATACAAGCTTATTCATATTAAAATAATACT-AATTTA
321 AATCATACCAGCTTATTCAAAATAAAATAA-AATGTATTTA
* * * * *** * *
224343 TTAATATTTTAACAATTAATAAATAA-AAATTTAAAAAATAAATA-TGTTTAGTGAACTAAATCA
1 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAA-ACTGTTTAACAAACCAATTCA
* * * * * * * ** * *
224406 AATAGTCATAAATATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTCTTTTATCATAAA
64 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * ** * **
224471 A-AACT-ATCTCAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACCAAGT-TCAA-AATATTAT
129 ACAAATGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATA-CAAATCT-AATAATATTCC
* * * * *** * *
224532 AAAATTTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCAGTTT-TTGAACAAATTTAAATAATTAT-G
191 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTATAG
* * * * * * * * * ** * *
224595 ACTATTTGAACAATTATCTA-TTGATATTTACTATAACCTTTT-TGTT-CTCATAATATGATTTT
256 -CAATTTCAACAATGATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGT-TTGGTCATAA-AACAATTC
** * * * * ***
224657 TTTCTGTGTCATACAAGGCATATTGTC-AAAGAAAATAATACAAATTTA
317 TTT-T-AATCATACCA-GCTTA-T-TCAAAATAAAATAAAATGTATTTA
* * * * ** *
224705 TTAATA-TT-AAGGACAATTAATATGTAAAAGCAGTTAAAAATAAATA-TAATTATACGAA-CAA
1 TTAATATTTCAA--A-AATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAA-AAAAACTGTTTA-ACAAACCAA
* * * * * **
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60 -TTCAAA-T-AATTATGACTA-TTTGAACAATTATATACTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * ** ** * *
224828 ATCATAAAACAATTG-TATAAGCTT-ATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATATTAATTTATTA
121 GTCATAAAACAAATGTTTTTA--TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACAAATCTAATA
*** * * * * * * * * *
224890 ATATTTTGACACTTTATAAGTAAAAGATTTTAACAAT--ATATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAAT
184 ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAAT
* * * * * * * * *
224952 AGTTAT-GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTGTGTTTTGTAATAAAAT
248 AATTATAG-CAATTTCAACAATGATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTCATAAAAC
* * * *** ** * * *
225016 AATTGTTTCCATTCATTTAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACT-AATTTA
312 AATTCTTT-TAATCATACCAGCTTATTCAAAATAAAATAA-AATGTATTTA
* * * *
225066 TTAATATTTCAAAAATTAA-AGAGTAAAAGA-ATAAAAAAAATTAATCAGCTT-ACTAAA-CAAG
1 TTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAAAAAA--AA-CTGTTTAAC-AAACCAA-
* * * * * * *
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* * * * * * * *
225192 TAAAACAATTGGTTGTATTCA-AGCAAGCTTATTTCAAACAAAATAATATAAATTTATTAATATT
125 TAAAACAAATGTTTTTATTCATA-CAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACAAATCTAATAATATT
* * ** * * * ** * *
225256 TCAAAAACTAATAA-TAA-A-ATTTTGGAAAATAAAACTATTTTCTGAA-CACATTCAATTAGTT
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* * * * *
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* * * * * * *
225377 ACTGTTTCTATTCAAACAAGC-TATTTCAAAATAAAATAATACT-AATTTA
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* ** *** * * *
225426 TTAATA-TTCCAAAATTAATAAGTATA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAGCGAGTTCA
1 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAA-AAAACTGTTTAACAAACCAATTCA
* * * * * * ** *
225489 AATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-ATTATGATATCTTGTTTTGTCATAAA
64 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * *
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* * * *** * *
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* * * * * ** * *
225680 CCATTTAAACTATTATCTATTTTAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TCATTT
256 CAATTTCAACAATGATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTC-TTT
* * * ** * * * *
225744 CTATTCGTACAAAATTATTTAGAAT-AAATAATA-CTAGTTTA
320 -TAATCATACCAGCTTATTCAAAATAAAATAAAATGTA-TTTA
* * * * * * * * *
225785 TTACTACTTCAAAAA-T--TGA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTCTTGACCGAACCAATTCAA
1 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-AAAAACTGTTTAACAAACCAATTCAA
* * * * *
225846 ATAGTTATGACTATTTAAACAATTACCTAT-C-TCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCCTAA
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** * * * * * * *
225908 AACATTTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGAAGTAAAAATATTGCTAAAT-TAATAATATTCT
128 AACAAATGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTAAAAT-AAAATAATAC-AAATCTAATAATATTCC
* * *** * *
225972 AAAAA-T--TAA-TAAGA-ATTTAAAAAATAATTATGTTT-TTGATCCAATTCAAATAGTTA-AG
191 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTATAG
* ** * * * * * *
226030 ACTATTAGAACAAT-TTTTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT
256 -CAATTTCAACAATGATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTCTTT
* * *
226094 TAGTTCATA-CATGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTA
320 TA-ATCATACCA-GCTTATTCAAAATAAAATAA-AATGTATTTA
* * * * * * * * **
226136 TTAACA-ATGAGAAAATTATTACGTAAGAAATTTTAAAAAAATAAATCTATTT-ACTGAATAAAT
1 TTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAA-AAA-CTGTTTAAC-AAACCAAT
* * * * * * * * *
226199 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACTTTTTATTTTATCTT
61 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* ** * * * ** * * * * **
226264 AAAACAATTGTTCCTGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAACATTTT
126 AAAACAAATGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACAAATCTAATAATATTCC
* ** * * * * *
226329 AAAAATCT-ATAAGTTAGAGATTTAAAACTTAAAT-TAGTTTATCGAATCAATTTAAATAAGTAT
191 AAAAAT-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCAAACCAATTCAAATAATTAT
* * * * * *
226392 GGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
254 AGCAATTTCAACAATGATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATT
226454 TATTTTTGAA
Statistics
Matches: 2185, Mismatches: 498, Indels: 289
0.74 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
349 3 0.00
350 54 0.02
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (360 bp):
TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAACTGTTTAACAAACCAATTCAAA
TAATTATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
AAATGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACAAATCTAATAATATTCCAAAAA
TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTATAGCAATT
TCAACAATGATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTCTTTTAATCA
TACCAGCTTATTCAAAATAAAATAAAATGTATTTA
Found at i:225175 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 223327--226453 Score: 1954
Period size: 180 Copynumber: 17.4 Consensus size: 178
223317 AACAAATTTG
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1 AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
** * * **
223392 ACAAAGGTTTCAATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
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** * * * *
223457 AATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCAAATCAATTCA
130 AATTAA-AAGTAAAAGATTTAAAAAATTAATCAGTTTACTAAA-CAATTCA
* * * * * * *
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1 AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * *
223573 ACAATTGCTTTTTATT-GTACCAGCTTATTCGAAATATAATATTATTAATTTATTAATCTTTCAA
66 ACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAA
** * * *
223637 AAATTAATAAGTATGAGATTTAAAAAA-TAAACTGTTTACCAAACCAATTCA
129 AAATTAA-AAGTAAAAGATTTAAAAAATTAATCAGTTTACTAAA-CAATTCA
* ** * * ** * * *
223688 AATTGTTATGACTATTTAAGTAATTGTATCCTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * ** * * *
223753 ACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAGAAATCTAATAATGTTCCAAA
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAA
* * *** *
223818 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTTCTAAACCAATTCA
130 AATTAA-AAGTAAAAGATTTAAAAAATTAATCAGTTTACTAAA-CAATTCA
* * * * * **
223869 AATTA-TTAAGAATATATGAACAATGATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AA-TAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * ** ** * * *
223933 AATAATTTTTTCAAATCATATTAGCTTATTCAAAATAAAATAA-AATGTATTTATTAATATTTTA
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* ** ** * * **
223997 AAAATTGATAAGTAAGTGATTTAAAAAAAAAAT-TGTTTAACTAACCGGTTCA
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* * * *
224049 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGGTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * ***
224113 ACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTTATTT-AGAATAAAATAATACTACTCTATTAATATTTTG
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA
* * * *
224177 AAATCT--AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATTAAACCAGTTCA
129 AAAT-TAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATTAATC-AGTTTACTAAA-CAATTCA
** * ** * **
224226 AATAGTTATGACTATTTAAGTAATTATTTATTTCAAATTGTTATAAAATTTTGTTTTG-CTATAA
1 AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAA
* * * * *
224290 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCATATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
65 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCA
* * * * * *
224354 ACAATTAATAAATAAAA-ATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTAGTGAACTAAATCA
128 AAAATTAA-AAGTAAAAGATTTAAAAAATTAATCA-GTTTACTAAAC-AATTCA
* * * * * * * * *
224406 AATAGTCATAAATATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTCTTTTATCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * *
224471 A-AACTATCTC-AGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACCAAGTTCA-AAATATT-AT
66 ACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCA-
* * * * * *
224532 AAAATTTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCAGTTT-TTGAACAAATTTA
128 AAAA-TTAA-AAGTAAAAGATTTAAAAAATTAATCAGTTTACTAAAC-AATTCA
* * * * * * * * *
224585 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTGATATTTACTATAACCTTTT-TGTTCTCATAA
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** * * * * * * *
224648 TATGATTTTTTTCTGTGTCATACAAGGCATATTGTCAAAGAAAATAATACAAATTTATTAATATT
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* * * * * *
224713 -AAGGACAATTAATATGTAAAAGCAGTT-AAAAATAAATATAATTATAC-GAACAAGTTCA
126 CAA--A-AATTAA-AAGTAAAAG-ATTTAAAAAATTAAT-CAGTT-TACTAAACAA-TTCA
* * * * ** ** *
224771 AAGTCGATT-T-ACTATTTTGAACAAGTATTTATTTCAAATTGTTATGAGTTTTTG-TTTATCAT
1 AA-TAG-TTATGACTA-TTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
224833 AAAACAATTGTAT-AAGCTT-ATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
63 AAAACAATTGTTTCTA--TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA--
* * ** * * * *
224895 TTGACACTTTATAAGTAAAAGATTTTAACAA-T-AT-ATGTTTA-TCGAACAAGTTCA
124 TTCAAAAATTAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATTAATCA-GTTTACT-AAACAA-TTCA
* * * *
224949 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTGTGTTTTGTAATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * ** *
225014 ATAATTGTTTCCATTCATTTAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAA
** * *
225079 AATTAAAGAGTAAAAGAATAAAAAAAATTAATCAGCTTACTAAACAAGTTGA
130 AATTAAA-AGTAAAAG-ATTTAAAAAATTAATCAGTTTACTAAACAA-TTCA
*
225131 AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * *
225196 ACAATTGGTTGTATTCA-AGCAAGCTTATTTCAAACAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCA
66 ACAATTGTTTCTATTCATA-CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCA
* * ** * * * *
225259 AAAACTAATAA-TAAAA-TTTTGGAAAATAAAACTA-TTTTCTGAACACATTCA
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* * ** * * * *
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** * ** * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * **
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* * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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** * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * * ** * *
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** * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * ** * * *
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* * *
230609 ATAACTAGTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-C
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* * * *
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* * ** * * * *
230717 AAAAACATTTGTTTTACAACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTATATA
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* * * * *
230782 GCCTTAACTATTTAAATTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTAG
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* * * * * *
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* * * ** *
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** * * ** *
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* * * ** * *
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* * * * * ** * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * * ***
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* * * * **
232092 ATTTGAAGTGGTTCGACAAAC
165 TTTTTAA----ATC-TCTTAC
* * * * * * * * * * *
232113 ATATTTATTTTTTA-AATCTCT--T-AGTTATGAATTTTTTGAATATTATTAAATTAGTATTATT
1 TTA-TTAATTTTTAGAATAT-TAATAAATTA-GTATTATTT---TATT-TCAAATAAG-CTTGTA
* * ** * ** * * * * * *
232174 TTATTTCAAATAA-ACTTATATGAACAAAA-ATAATTGCCTTATGATAGAATTAAAGGTTATAAC
58 TGAATAGAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACA-AA-------A-GGT--CA-TAATGATT-TGA-
* * * * *
232237 AATTTAAAATAGATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAATAAATAAATTTAT
108 AA--T-AGATA----ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTAGTAAACAAATTTAT
232302 TTTTTAAATCTCTTAC
165 TTTTTAAATCTCTTAC
* * *
232318 ----TAATTCTT-GAAATATTAAT--A-T--TATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATG--TTG
1 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * * * **
232371 AAAAAAAATATTTTATGAAAAAACAAAAGGTAATAATGATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTT
65 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-----ATTTGAAAT-AGATAAT-TGTT
* * * *** * * ** *** *
232436 GAAAAACAATTGTTTCATAACAAATAAAAAAT-G-TAAT-AAC-AATTTGAAATAGAAAAT-T-G
122 ----CA-AATAG--TCATAAC-TATTTGAACTGGTTAGTAAACAAATTT-ATTTTTTAAATCTCT
232495 TAC
178 TAC
** * * * * * * *
232498 AAAAGGCCATAACTATTT-GAACCTATTCAGA-AAATTGATTTATT-TTTTAAATATCTTATTTA
1 -TTA----TTAA-TTTTTAGAA--TATT-A-ATAAATT-A-GTATTATTTT--ATTTC-AAATAA
* * * * * * *** ****** * * * *
232560 TCAATT-TTTGAAATATTAATAAAATGGTATTAT-TTTATTTTGGAGATGCTTTTATGAATTGAA
51 GC--TTGTATG-AATA-GAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-C-ATAATGATTTGAA
* * * * * * * *
232623 ACA-ATTATT-TAATGACAAAACAAAAGTTCATAACAAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAA-TA
109 ATAGATAATTGT--T--C---A-AATAG-TCATAAC-TATTTGAACT-GGT--TAG-T-AAACAA
* * * * *
232684 ATCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAAC
159 AT--TTATTTTTTAAA--T-CTC--T-TAC
* * * ** * * * * *
232714 -AATTTAGTTTTTCA-AATCTT-AT-GCTTATTAATCTTTTGAATGTT--AATAA-ATTAGTATT
1 TTA-TTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT--AT-TTCAAATAAGCTT-GTATG
* ** ** * * ** * ** * **
232772 ATTTTATCTCGAATAAGCTTGTATGA-ATTGAAACAATTATTTGATGACCAAACAAAAGGTCAAA
60 AATAGA-AAC-AAT-TG-TTTTATGACA---AAACAA--A----A-GGTCATA-ATGA-TTTGAA
* * * * ** * * *
232836 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTTTTTGAACTAATTTAGCATACACATTT
109 AT-A---G----A--TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTAGTAAACAAATTT
* * *
232901 ATTTTCTAAACCACTTAC
163 ATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * * *
232919 TTAGTAATTTTT-GAAATACTATTAAATTACTATTATTTT-TATCCGAATAAGTTTGTATG-ATC
1 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * * * *
232981 GAAA-ATAATGTTTTATGACAAGAC-AAAGATCATAATCATTTGAGATTGATATTTGTGCAAATA
64 GAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * * * * * * * *
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128 GTCATAACTATTTGAACTG-GTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * *
233098 CTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGTTTTTATGAACTT
1 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * *
233162 G-AACAATTG-TTTATGACAAAGCAAAAGGTCAAAACT-ATTTTAAATGGATAATTGTTCAAATA
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** * * * *
233224 TTCATATGTGTTTGAACTTGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTAC
128 GTCATAACTATTTGAAC-TGGTTAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTAC
* * ** *
233279 TTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACTA-
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAG
* * * * * * * * *
233343 AAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTAAGAATGATTTGAAACAAATAATTATTCTAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
233408 CTTAACTATTT-AAGCTGGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATTTCTTAC
130 CATAACTATTTGAA-CTGGTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * *
233460 ATATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTGTTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAAAAC
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * ** * * *
233524 AAATAATTGTTCTATGACGAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAACTATTCAAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* *
233588 CATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAA--TC-T-C
130 CATAACTATTTGAACTGGTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * *
233635 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCTGAATAATTCTT-TATGAACA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAA-GCTTGTATGAATA
* * * * * * *
233699 AAAACAATTGTTTAATGATAAAACAAAAGGTCATAGTAATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATGG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-A
* * * * * *
233764 GT-ATAACTATTTGAATCTGTTTGGTAAATAGAGTTATTTTTTAAATCTCCTAC
128 GTCATAACTATTTGAA-CTGGTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* *** * *
233817 CTATTAATTGCCAGAACATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGA
* *
233881 AACAATTGTTTTATG-----ACAAAA---C----T-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGAC
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** * * * *
233933 ATAACTATTTGCGCTTGCTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
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* * **
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1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * * * *
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66 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * ** * * * *
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* * * *
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* * * * *
234227 AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGATAATTGTTAAAATAT
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
234292 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-GAGTTTCATTTTTTAAATCTCTTAC
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* * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * ** * * *
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129 TCATAACTATTTGAACTGGTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* *** * * * * * * * *
234526 TTATTAGTTGCCAAAATATGAAGAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAACCTTGTGTGAACA-A
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* * * * * * *
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** * ** *
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1 TTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * ***
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* * ** * * *
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128 GTCATAACTATTTGAACTGGTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * ** * * ** *
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1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * ** * * *
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66 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * ** ** *
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131 ATAACTATTTGAACTGGTT-AGTAAACAAATTT-ATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * *
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1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTGTATGAATAG
* * * * * *
235126 AAACAATTGTTCTATGAAAAAACAAATGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * * * *
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130 CATAACTATTTGAACT-GGTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * ** * * * * * *
235243 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTAATTTATTTTGAACAATCTTATACGAACAAA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGA
* ** *
235308 AACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
66 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** *
235664 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * ** *
235729 AATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTGGATCTCCTAC
130 CATAACTATTTGAACTGGTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * *
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1 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-A
* * * * * * *
235843 AAAATAATTGTTTTATGACAAACCAAAAGTTCATAACGATTTGAAAAAGATATTTGTTCAAAT-G
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * **
235907 ACCATAATTATTTGAACTAATTTGATAAATTAATTTA-TTTTTAAATCT-TTAAC
129 -TCATAACTATTTGAACTGGTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-AC
* * * * *** * *
235960 TTATCAAATTTT-GAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTTTTGATAAGCTTTTATGAATTG
1 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * *
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65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * * ** * *
236088 CATAACTATTTGAACTTTTTTGGGATACTGATTT-TTTTTT-AATTTCTTGC
130 CATAACTATTTGAAC-TGGTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * ** **
236138 TTATTAATTTTTTGAAT-GTAAGCAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGAATGTATGAATTA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * * * * *
236202 -AAACAATTATTTTATGACTAAATAAATGGTTAGAATGAGTTGAAAT
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
236248 TTGTTCAGTA
Statistics
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Found at i:230017 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 227508--239063 Score: 4636
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227498 AAATATTTTG
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** * * * * **
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* * *
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** * * * * * *
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* * *
227758 CGGTAAAGATATTT-TTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAGTAT
257 CGGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * *
227818 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-TTGAAAAATAATTGT
321 TATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGT
* * * ** * * *
227859 TTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAGTTACTAAAATA-CCTATAATTAT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTAT
* * * * * * * * *
227923 TT-AAATTGATTCAGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTTTTTCTTATTCACTTTCAAAAAATTA
65 TTGAACTT-ATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
* * *** * * *
227987 CTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAGAA
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * *
228052 CAAAA-TGTC--AACGATTTTAAATAGATAATTATCCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
194 CAAAAGT-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * * *
228114 AGTAAACAAATCTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTA
258 GGTAAA-AAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * ** *
228178 TTATTTT-ATTCCAAAGAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTAT
320 TTATTTTAATT-CGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGT
* * * * ** * * *
228220 TATATGAC-TAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTAATCTAATAATCTTAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
** * ** * * * *
228284 TGAACTGGTTCAACAAACACATTTATTTTTTAAATCTC---C-TATTACTTTTTGAAATATTATT
66 TGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
* * * *
228345 AAATTAATATTATTTT-TATTCAAAAAAGCTTGTATG-ATTAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAA
131 AAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * *
228408 C-AAAGATCATAATGATTT-AAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAGCTGGTT
194 CAAAAGTTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTGTT
* * * *
228470 -TG-AAAAATAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGT
257 CGGTAAAAA-A--TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * *
228533 ATTATTTTATTTC-AGATAA-CTTTTTATAAACT-GAAACAATTGT
319 ATTATTTTAATTCGA-ATAAGC-TTGTATGAA-TAAAAACAATTGT
* * * *
228576 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCCTATCTAT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* *** * * * ** *
228640 TTGAACTTGTACGGTAAACCAATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTGAATGTTA
65 TTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
* * * * * * * *
228705 ATAAATTAGTATTA-TGTA-TTCTGAATAAGGTTATATGAACTAAAATAATTGTTTTATGCCTAA
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * * *
228768 ACAAAAGATCAGAATGATTTGAAATGGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTT
193 ACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * *
228833 GGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGTAATATTATTAAATTAGTAT
258 GGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * *
228898 TATTTTAATCCAAATAAACTTGTGTGAA-AAGAAACAATTGT
321 TATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATAA-AAACAATTGT
* ** * * * * *
228939 TTTATGACAAAA-TAAAGACCATAATTATTTGAGAT-AATAATTATTTAAATAGTCATAATTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *
229002 TGAA-TTGTTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATAGTAA
66 TGAACTT-ATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * * * ** * *
229062 TAGATCAGTATTATTTTA-TTCTAAATAA-TTTTTCATGAACAAAAACAATTATTTTATGAGAAA
130 TAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGT-ATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAA
** * * * * *
229125 ACAAAAGGACATAATGATTTGAAAAAGATAATTGCTCAAATGGACATGACTATTTGAACTT-TT-
193 ACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
** * ** * * *
229188 TTTATAAATATTTATTTTTTAAATCTACTACCTATTAA-TTTTCAGAATGTTAATAAATTAGTAT
258 GGTA-AAAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * *
229252 TA-TTT-ATTCTGAATAAACTAGTATGAATAGAAACAGTTGT
321 TATTTTAATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGT
* * * ** * * *
229292 TTTATTACAAAATACAACATCATAACT-ATTTGAAATAAATATTTGTTCAAACAGTCATAAATAT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
** * * * *
229356 TTGAACTTGCTTGGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
65 TTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
* ** *
229421 ATAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATACA-CTTGTATGAA-TAGAAACAATTGGTTTATGACAA
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA-AGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * *
229484 AACAAAAGGTCATAACT-ATTTTAAATAGATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAACCTGT
192 AACAAAAGTTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * * *
229548 TCAGAAAATAAATTTAGTTTTTT-AAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTGATAAAATT-T
256 TCGGTAAA-AAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAG
* * * *
229610 TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACACTTGT
318 TATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGT
* * *
229654 TTTATGACAAAACAAAATGTCAT-ACGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
229718 TGAACTTATTTAGCAAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATATTAAT
66 TGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
* * * * **
229783 AAATTAGTATTATTTCATTTCAAATAAGCCTATATGAACTGATACAATTGTTTTATGATGAAACA
131 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * *
229848 AAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAAATATTGAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTTGGT
196 AAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT
** * * * * ** *
229913 AAATGTATTCATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATT
261 AAA-AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* *
229978 TTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTGT
325 TTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGT
* * *
230015 TTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATACTCATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
** * * * * * * *
230080 TGAACTTATTCGGTAAACAGAGTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTACT-ATTTGCCT-GAATGTTA
66 TGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT--TTAAAATATTA
* * * * *
230142 ATAAATTTGCATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGACAAA
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * **
230206 ACAAAAGGTT-ATAGTGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATACTCGTAACTATTTGAACTTACT
193 ACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * * * * * * * *
230270 CGATAAACAAATTCAGTTTTTGAATCTCTTATTTATTAATTTTTGGAATAATAATAAATTAGAAT
257 CGGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * ** * * **
230335 TATGTTATTTTGAATAAGTTTGCACAAACATAAATGA-TGT
321 TATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGT
* * * * * *
230375 TTTGTGACAAAAGAAAATGTCATAACGATTTGAAAT--AGAATTGCTCAAATCA-TCATAACTAT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTAT
* * ** * * * * * * *
230437 TTGCAC-TA-GTAGGCCAATAGATTCATTTTTAAAATCTATTACTTTTTAATTTTTAGAATATTA
65 TTGAACTTATTTA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
* * ** * * * * * *
230500 ATAAATCAGCATTACATTATTTCAAATAAGATTATATTAA-TAGAAGCGATTCTTTTATGACAAA
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * ** * * * * * *
230564 ATAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAGTTGAACTAGTTT
193 ACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* *
230629 GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTACTATT
258 GGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
230689 ATTTTACTTTGAACAAAC-TGATATGAACAAAAACATTTGT
322 ATTTTAATTCGAATAAGCTTG-TATGAATAAAAACAATTGT
** * * * * * * *
230729 TTTACAACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTATATAGCCTTAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
230794 T-AAATTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTA
66 TGAACTT-ATTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
* * *
230858 TTAAATTATTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAACAT-AAATAATTGTTTTATGACAA
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATTGTTTTATGACAA
* ** * **
230921 AATAAAAGGTT-ATAATGATTTGAAATTTATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAAT
192 AACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * ** ** *
230985 TCGATAAACAATTTTATTTTTTGTATCTCATACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
256 TCGGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * *
231050 TTATTTT-ATTCCAAATAGGTTTATATG-ATGAAAAACAATT-T
320 TTATTTTAATT-CGAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGT
* * * * *
231091 TTTGATGACAAAACAAAAGTTCACAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCTATAACTA
1 TTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTA
* * *** * * ** * * *
231155 TTTGAACTAATTTAATAAATTGATATAGTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTGAAATATTA
64 TTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
* * *** * * * * *
231220 ATAAAGTAATATTA-TTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTATTTTATTATAAAA
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * *
231284 CAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAATTTGTTCG
194 CAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
** * * * *
231349 GTAAACGTATTTATTTTTTTAAT-TTCTTGCTTACTAATTTTTTG-AATGTTAATAGAA-TAGTA
259 GTAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTA
* * * * * *
231411 TTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATTAACTGAAAA-AATTAT
320 TTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGT
* * * ** * * * *
231453 TTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATATATAATTATGCTAATAGT-ATTAACTAT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTAT
** ** * ** * * * *
231517 TTGAACTGGTTCGGTAAATACTTTTATTTTTGAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTATAGTATTAT
65 TTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
** * * * * * *
231577 TAGTTTAGCAATATTTTACTTT-GAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATAACAAAA
130 TAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * *
231641 TAAAA-ATCATAATGATTTGAGATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAG-TC
194 CAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTC
* * * *
231703 TAGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTAT
258 -GGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * ** * *
231764 TATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAAAAATAACTGT
321 TATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGT
* ** ** * * *
231805 TTTATGACAAAACAATATATCATAACAATTT-AAGAT-AAT-A-T-TTCAAATGGACATGACTAT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * ** * * * *
231865 TTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTAATTCTTTAAGTCTCCAAC--A--CATTATTAAACTGGTTC
65 TTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT-ATT-
* * * ** * *
231926 AGTAAA-TAGAATTATTTTTTAAATTTCTTACTTATAAAATTTGAAATATTAA-T-AAATTAGTA
128 AATAAATTAGTATTA--TTTT--ATTTC--A--AAT-AAGCTTG---TATGAACTGAAA-CA--A
* * ** * *
231988 TTATTTTATTTTGA-ATAAACTTATATGAGCTGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAATTGTCA
178 TTGTTTTA---TGACA-AAAC--A-A-AAG-T-TCATAA-TG-ATT-TG-------AAATAG--A
* * ** * ** * *
232052 TAA-TGATTTGAAATAGACAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAAGTGGTTCGACAAACATA
221 TAATTG--TTCAAATAGTC-A-T-AAC-TAT--T-TGAACTTGTT----CGG-T--A-AAAAAT-
* * * * * *
232116 TT-TATTTTTTAA-ATCTCTTAGTTATGAATTTTTTG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT
268 TTAT-TTTTTAAATCT-T-TTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA
* * * * * *
232178 TTCAAATAAACTTATATGAACAAAAATAATTGC
329 TTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGT
* * * ** * ** * * *
232211 CTTATGATAGAATTAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTGATCAAATAGTCATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *
232276 TGAAC-TAGTTTAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC----TAATTCTTGAAATATTAA
66 TGAACTTA-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * * * * *
232336 T--A-T--TATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATG--TTGAAAAAAAATATTTTATGAAAAAA
130 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTG-AAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * ** * * *
232394 CAAAAGGTAATAATGATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTCATAACAA
194 CAAAAGTTCATAATG-----ATTTGAAAT-AGATAAT-TGTT----CA-AATAG--TCATAACTA
* ** ** ** * ** ** * * ** * *
232459 ATAAAAAATG-T-AAT-AACAATTTGA-AATAGAAA-ATTGTACAAAAGGCCATAACTATTTGAA
245 TTTGAACTTGTTCGGTAAAAAATTT-ATTTTTTAAATCTTTTAC-TTA----TTAA-TTTTTGAA
* * * * * * *
232519 CCTATTCAGA-AAATTGATTTATT-TTTTAAATATCTTATTTATCAATT-TTTGAAATATTAATA
303 -ATATT-A-ATAAATT-A-GTATTATTTT-AAT-TC-GAATAAGC--TTGTATG-AATA--AA-A
*
232581 A-AATGGT
354 ACAATTGT
* *** ****** * * * * * * * * * *
232588 ATTAT-TTTATTTTGGAGATGCTTTTATGAATTGAAACAATTATTTAATGACAAAACAAAAGTTC
1 TTTATGACAAAACAAAAGGT-C-ATAATGATTTGAAATAAATAATT-GT-TC---A-AATAG-TC
* * * * * * * * *
232652 ATAACAAATTT-AAATAGATAATT-GTTCAAA-TAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAAC
57 ATAAC-TATTTGAACT---TATTTAG-T-AAACAAAT--TTATTTTTTAAA--T-CTC--T-TAC
* * * * ** * * * * *
232714 -AATTTAGTTTTTCAAATCTT-AT-GCTTATTAATCTTTTGAATGTT--AATAA-ATTAGTATTA
108 TTA-TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT--AT-TTCAAATAAGCTT-GTATGA
** * ** * * * * **** * *
232773 TTTTATCTCGAATAAGCTTGTATGA-ATTGAAACAATTA-TT--TGATGACCAAACAAAAGGTCA
168 ACTGA-AAC-AAT-TG-TTTTATGACA---AAACAA-AAGTTCATAATGATTTGA-AATAGAT--
* * * * * * ** *** **
232834 AAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTT-TT-TG-AACTAATTTAGCATACA
222 AATTG--TTCAAATAG-TCA-TA-ACT-AT--T-TGAACTTGTTCGGTAAAAAATTTATTTTTTA
* * * * ** * * * * * * * ***
232896 CATTTATTTTCTAAACCACTTACTTAGTAATTTTTGAAATACTATTA-AATTACTATT-ATTTTT
278 AATCT-TTTACT-TATTAATT--TTTG-AAATATT--AATA-AATTAGTATTA-TTTTAATTCGA
* * *
232959 ATCCGAATAAGTTTGTATG-ATCGAAAATAA-TGT
334 AT---AA---GCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGT
* * * * ** * * ** *
232992 TTTATGACAAGAC-AAAGATCATAATCATTTGAGATTGATATTTGTGCAAATAGTTGTAACTAGT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * *
233056 TGAA-TTGATTTGGAAAACAACTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCCTATTAATTTTTGAAATATTAA
66 TGAACTT-ATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * * * * *
233120 TAAAGTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGTTTTTATGAACTTG-AACAATTG-TTTATGACAAAG
130 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * ** * *
233183 CAAAAGGTCAAAACT-ATTTTAAATGGATAATTGTTCAAATATTCATATGTGTTTGAACTTGTTT
194 CAAAAGTTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * *
233247 GGCAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTA
258 GGTAAA-AAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * *
233311 TTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACT-AAAATAATTAT
320 TTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGT
* * * * * * *
233353 TTTATGACTAAACAAAAGGTAAGAATGATTTGAAACAAATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
** * * * * * **
233418 T-AAGC-TGGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATTTCTTACATATTAATTTTTGGAATATTA
66 TGAA-CTTATTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
* * * *** * * *
233481 TTAAATTAGTGTTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAAAACAAATAATTGTTCTATGACGAA
129 ATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * ** * * * *
233545 A-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTC
193 ACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* **
233609 GGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
258 GGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* *
233669 ATTTTAATTCTGAATAATTCTT-TATGAACAAAAACAATTGT
322 ATTTTAATTC-GAATAA-GCTTGTATGAATAAAAACAATTGT
* * * * * * *
233710 TTAATGATAAAACAAAAGGTCATAGTAATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATGGGT-ATAACTAT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTAT
* * * * * * * *** * *
233774 TTGAA-TCTGTTTGGTAAATAGAGTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTGCCAGAACATTA
65 TTGAACT-TATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
*
233838 ATAAATTAGTA-TATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG-----
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * ** *
233896 ACAAAA---C----T-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGCGCTTGCTC
193 ACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * *
233953 AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATT
258 GGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * *
234018 ATTTTGTTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGG
322 ATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGT
* * * * * * * *
234058 TTTATGACAAAATAAAAGGTCATAGCT-TTTTGACATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACAAT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * ** * * * * **
234122 TTGAACGTGTTCAAAAAATATATTTATTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAA
65 TTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * *** *
234186 TAATTTTA-TTTTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTTTTATAACAAA
130 TAA-ATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * *
234249 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGATAATTGTTAAAATATTCATAACTATTTGAACTTGTTC
193 ACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * * *
234314 AGTAAAGAGTTTCATTTTTTAAATCTCTTACTCGA-TAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTA
258 GGTAAAAAATTT-ATTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * *
234377 TTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAACT-GATATAATTGT
320 TTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGT
** * * * * * * *
234419 TTTATGATGAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATCATTATTCAAATAGTTATGACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * ** * * * * *** * *
234484 TAAACTTGTTCAATAATCATTTTTAATTTTAAAATCTTTTACTTATTAGTTGCCAAAATATGAAG
66 TGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
* * * * * * *
234549 AAATTAATATTATTTTAATTCAAATAACCTTGTGTGAAC-AAAACAATTATTTTATGACAAAATA
131 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-C
* * * * ** * * *
234613 AAAAG-TCATAACGATTTGAAATAAATAACTGTTCAAATGGTCATAAGAATTTGAATTTATTTGG
195 AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
* * * **
234677 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTCACTTATTAATTGTTTG-AATATTAATAAATTTGCATCG
260 TAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * *
234741 TTTTATTTTAAATAAGCTTCTATGAATATAAAA-AATTAT
323 TTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATA-AAAACAATTGT
* * * *** ** *
234780 TTTATGGCAAAACAATAGGTTATAGCAATTTGAAATGCATAATTG-TCTAAATAGTCATAACAAT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTAT
* * * * * **
234844 TTAAACTTATTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTAA
65 TTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * ** * * ** ** *
234905 TAAATTAGAATTATGTTATTTTGACTAAGTTTGTACAAAGAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAC
130 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * * * * * **
234970 AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATAACTTTTTGCACTAGTTAAG
195 AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
** *** ** * * *
235035 CCAACGGTTTCATTTTTTAAATC-CATACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGCATTAC
260 TAAAAAATTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
235098 TTTATTTCAAATAAGAC-AGTAAGAATAGAAACAATTGT
324 TTTAATTCGAATAAG-CTTGTATGAATAAAAACAATTGT
* * * * * * * *
235136 TCTATGAAAAAACAAATGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAAGTAAT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * *
235201 TGAA-GTAGTTTTGCAATCATATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTCAAAATATTAA
66 TGAACTTA-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * ** * * * * **
235265 TAAATTAATATTAATTTATTTTGAACAATCTTATACGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAC
130 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
** * * *
235329 AAAAGGTT-ATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTT
195 AAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTC
* * *
235392 GGCAAATAGAA-TTA-TTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT--TAT
258 GGTAAA-A-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-
* * * **
235453 TTAATTTT-ATTATGAATAA-CTTAGTAAGAATTGAAAA-TTTTGT
320 TT-ATTTTAATT-CGAATAAGCTT-GTATGAA-TAAAAACAATTGT
* * * * * * *
235496 TTTACGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* ** * * * * *
235561 TGAACTAATTCGGCAAAC-AA--GATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATT
66 TGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
* * * * * * * *
235623 ACATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATGAGTTTATATGGACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC
131 AAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
** * *
235687 AAAATGTT-ATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAA-TTGGTTC
195 AAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTC
* ** ** *
235750 AGTAAACAAATTTATTTTTTGGATCTCCTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
258 GGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
235815 A-TTT-ATTCCAAATAGGCTTGTATG-TTGAAAAATAATTGT
322 ATTTTAATT-CGAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGT
* * * * * *
235854 TTTATGACAAACCAAAAGTTCATAACGATTTGAAA-AAGATATTTGTTCAAAT-GACCATAATTA
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAA-ATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTA
* ** * * *
235917 TTTGAACTAATTT-GATAAATTAATTTA-TTTTTAAATCT-TTAACTTATCAAATTTTGAAATAT
64 TTTGAACTTATTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTAAAATAT
* * *** * * * *
235979 TAAT-AAGTAATATTATTTTATTTTTGATAAGCTTTTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGATAA
127 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * *
236043 AATAAAAAGTT-ATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTT
192 AA-CAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * *** * * *
236107 TTGGGATACTGATTT-TTTTTT-AAT-TTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AAT-GTAAGCAAATTA
256 TCGGTA-AAAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAA-TAAATTA
* * ** * *
236167 GTATTATTTTATTTTGAATAAGAATGTATGAATTAAAACAATTAT
317 GTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGT
* * * * * * * *
236212 TTTATGACTAAATAAATGGTTAGAATGAGTTG----AAAT--TTGTTCAGTAAATAG--ATTTAT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTC---AAATAGTCA-TAAC
* * * ** * * *** * * * * *
236269 TTTTTAAAATT-TCTT--T---CTTATTAATTTTTTATATGCTAAAAATTAGTAGTAATTT--AT
62 TATTTGAACTTAT-TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-CTCTTACTTATTAAT-TTTTAAAA
* * * * ** * ** * * **
236326 TCTGAATAAGCTT-GTATGAACTGA-AAC-AAT-TG-TTTTATG-ACT-AAACATAAGGTCAAAA
124 TATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACA-ATTGT-----
* ** * ** **
236384 TAATT-TGA-AATAGATAATTGTTC-TAA-CAGTCTT-AACCA-ATTGAATTGATTC-AATAAAC
182 T--TTATGACAA-A-ACAAAAGTTCATAATGA-T-TTGAAATAGA-T-AATTG-TTCAAATAGTC
*
236442 A-AAC---TT--A-TT-TT------------------TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
238 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
* * ** * *
236481 ATATTATTAAATTAGTATTATTTAAA-TAAAAAAAGCTTGTACGAAT-AAAACAATTGT
303 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGT
* * ** * * * * *
236538 TTTACGACAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTCATATAATCTTAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * ** **
236603 TGAAC-TAGTTT-G-ACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATT-ATGTTTCGAAATAT
66 TGAACTTA-TTTAGTA-AA-CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTAAAATAT
* * * * * * * *
236664 TATTAAATTAGTAGTATTTTATTCCAAATAAAAC-AGTATGAACAT-AACCAATTATTTGATGAC
127 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATTGTTTTATGAC
* ** * * * *
236727 AAAACAAAA-TGCTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATG
190 AAAACAAAAGTTC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* ** * *
236791 GTTTGGTAAATAGTTTTACTTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATT
254 GTTCGGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATT
* * * * * * *
236854 AGTATTATTTTATTTTGAACATA-CTTATATTAACAAAAGCAATTGT
316 AGTATTATTTTAATTCGAATA-AGCTTGTATGAATAAAAACAATTGT
* * * * * * *
236900 TTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTAAAACACATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* ** * * * * * * * *
236965 T-AAATTGGTTCGATAAATAGAA-TTAGTTTCTAAATCTTTTACTTATAAATTTTTGAAATATTT
66 TGAACTTATTTAG-TAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
* * ** * * * *
237028 ATAAATTAGTTTTATTCTATTTTGAATAACCTTGTATGAGCTAAAATAATTGTTTTATGACAAAA
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* ** * * * * * * **
237093 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAGTAAATAATTG-TCATATAGTCTTAACTATTTGAGCTGGTTTA
194 CAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* *** * * *
237157 GCAATTGGATTTA-TTTTTAAATCTATTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTAGTATT
259 GTAA-AAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATT
* ** *** * *
237220 ATTTT-ATTCTAAATAATTTTGTGCAAATAGAAATAATTGT
322 ATTTTAATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGT
* * * * * ** * * **
237260 CTTATGATAAAACCAAAGATTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACGGTT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * *
237325 TAAAC-TAGTATGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--T-AT-CTTATTAATTCTTGAAATATTAG
66 TGAACTTA-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
** * * *
237385 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATCTTGTATG--TTGAAAAATAATTGTTTTATGACAAA
130 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * * *
237448 ATAAAAGGTAATAACT-ATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGAT
193 ACAAAAGTTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-T
** ** * * * *
237511 TTAGTAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAA-CTTTCATAATATTAATAAAGTAGT
256 TCGGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGT
* * * * * *
237574 ATAATTTTATTTTGGATAAG-TTTTCATAAACT-AAAACAATTGT
319 ATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGT-ATGAA-TAAAAACAATTGT
* * * * * * *
237617 TTTGTAATAAAACCAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
** * * * *
237682 TGAACTTGCTT-GATAAATAAATTTATTTATTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATGTTA
66 TGAACTTATTTAG-TAAACAAATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
* * * * * * * *
237746 ATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATTGAAATAATTATTATATGACTAAC
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * ** * *
237811 CAAAAGGTT-AGAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAATTATTTGAA-TTGGTT
194 CAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTT
* ** ** * * * *
237874 TGACAAACACTTTTCTTTTTTAAA---TTT-CTTATTGATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAT
257 CGGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * *
237935 TACTTTT-GTCCGAATAAGCTTGTAT-AGTCAAAAACAATTGT
321 TA-TTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGT
* ** * ** * *
237976 TTTATGAAAAAACAAATA--TCATAACAATTTGAGATTGATAATTATTCAAATAGTTATAACTAT
1 TTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
238039 TTGAAC-TAGTTCG-AAAAATAACTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATT
65 TTGAACTTATTTAGTAAACA-AA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * * * * * *
238102 AAT--A-CAG---TA--GTATTTCGAAA-AAGTTTTTATGAATTGAAATAATTATTTTATGAGAA
128 AATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * *
238158 AACAAAAGGTCATAATAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTA-AATCTATTTG-A---G
192 AACAAAAGTTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTG
* * * * * * * *
238217 TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTGCTCACTAATTTTTCG-AATGTTAATAAAGTA
255 TTCGGTAAA-AAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTA
* * * ** *
238281 GTATTATTTT-ATTCTAAAAAAGCTTGTATAAATTGAAATAATTGT
317 GTATTATTTTAATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGT
* * * * * **
238326 TTTATGACTAAACGAAAGGTCCAT-ACGATTT-AAACTAGATGATTGTT-ATAATAGTTTTAACT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGT-CATAATGATTTGAAA-TAAATAATTGTTCA-AATAGTCATAACT
* * * * * *
238388 -TTTGAAC-TAGTTT-GACAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTGATTAACTTTTAGACTA
63 ATTTGAACTTA-TTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATA
* * * *
238450 TT-ATGAAATTAGTATTATTATAATTCAAATAAGCTTATATGGAA-AGAAACAATTGTTTTATGA
126 TTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-GAACTGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * ** ** * ** * *
238513 CAAAA-TAAAGATCTTCACAATTTGTGATAGAAAATTACTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTA
189 CAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* ** * * ** * * *
238577 ATTAAGCAAACAAATTTAGTTTTTAAATC--TT--TTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATCAA
254 GTTCGGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
** * *
238638 TATTATTTT-ATTCTGAATAATTTTGCATGAATAAAAATAATTGT
318 TATTATTTTAATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGT
* * * * * * * * *
238682 TTTATGACAAAACAAACGGTCATAA-CAATTCAAATTAGATAATTGTTTAAATGGACATAATTAT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* ** ** * * * * * * * *
238746 TTCAACTTATTCGGTAATTAGATTAATTCTTTAAATCTCATACCTATTAGTTTTCAAAATTTTAA
65 TTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * * * ** *
238811 TAAATTATTATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTATAAAAAGAAACAACTGTTTTATGACAAAA
130 TAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * ** * *
238875 CCAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAGTTAATTGAACTTGCTC
194 CAAAAGTTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * *
238939 GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATT
258 GGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
239004 ATTTTATTTCGAATATGCTTCTATGAAT----AGAATAG-
322 ATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGT
*
239039 TTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
239064 CTATTTAAAC
Statistics
Matches: 8375, Mismatches: 2134, Indels: 1386
0.70 0.18 0.12
Matches are distributed among these distances:
326 33 0.00
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TGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
AAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT
AAAAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TAATTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGT
Found at i:233281 original size:360 final size:361
Alignment explanation
Indices: 232710--233368 Score: 820
Period size: 360 Copynumber: 1.8 Consensus size: 361
232700 CTTGTTCGAT
* * *
232710 AAACAATTTAGTTTTTCAAATCTTATGCTTATTAATCTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATT
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*
232775 TTATCTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTGATGACCAAACAAAAGGTCAAAATGA
66 TTATCTAGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTGATGACCAAACAAAAGGTCAAAATGA
* * * * *
232840 TTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTTTTTGAACTAATTTAGCATACACATTTATTT
131 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTGTTTGAACTAATTTAGCAAACAAATTTATTT
*
232905 TCTAAACCACTTACTTAGTAA-TTTTTGAAATACTATTAAATTACTATTATTTT-TATCCGAATA
196 TCTAAACCACTTACTTAGTAATTTTTTG-AATACTAATAAATTACTATTATTTTAT-TCCGAATA
* *
232968 AGTTTGTATGATCGAAAATAA-TGTTTTATGAC-AAGACAAAGATCATAATCATTTGAGATTGAT
259 AGTTTGTATGAACGAAAATAATTATTTTATGACTAA-ACAAAGATCATAATCATTTGAGATTGAT
233031 ATTTGTGCAAATAGTTGTAACTAGTTGAATTGATTTGGA
323 ATTTGTGCAAATAGTTGTAACTAGTTGAATTGATTTGGA
233070 AAACAACTTTAGTTTTT-AAATCTCT-TGCCTATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATT
1 AAACAA-TTTAGTTTTTCAAATCT-TATGCCTATTAATCTTTTG-AATATTAATAAAGTAGTATT
* * * *
233132 ATTTTATTTTAG-ATAAGTTTTTATGAACTTG-AACAATTGTTT-ATGA-CAAAGCAAAAGGTCA
63 ATTTTA-TCTAGAATAAGCTTGTATGAA-TTGAAACAATTATTTGATGACCAAA-CAAAAGGTCA
* * * * ** ** *
233193 AAACT-ATTTTAAATGGATAATTGTTCAAATATTCATATGTGTTTGAACTTGTTTGGCAAACAAA
125 AAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTGTTTGAACTAATTTAGCAAACAAA
* * * * ** * *
233257 TTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
189 TTTATTTTCT-AAACCACTTACTTAGTAATTTTTTGAATACTAATAAATTACTATTATTTTATTC
* *
233322 TGAATAAGTTTGTATGAACTAAAATAATTATTTTATGACTAAACAAA
253 CGAATAAGTTTGTATGAACGAAAATAATTATTTTATGACTAAACAAA
233369 AGGTAAGAAT
Statistics
Matches: 252, Mismatches: 35, Indels: 23
0.81 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
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359 76 0.30
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ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (361 bp):
AAACAATTTAGTTTTTCAAATCTTATGCCTATTAATCTTTTGAATATTAATAAAGTAGTATTATT
TTATCTAGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTGATGACCAAACAAAAGGTCAAAATGA
TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTGTTTGAACTAATTTAGCAAACAAATTTATTT
TCTAAACCACTTACTTAGTAATTTTTTGAATACTAATAAATTACTATTATTTTATTCCGAATAAG
TTTGTATGAACGAAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAGATCATAATCATTTGAGATTGATATT
TGTGCAAATAGTTGTAACTAGTTGAATTGATTTGGA
Found at i:233629 original size:541 final size:538
Alignment explanation
Indices: 232471--240698 Score: 4301
Period size: 538 Copynumber: 15.4 Consensus size: 538
232461 AAAAAATGTA
* * * * ** * **
232471 ATAACAATTTGAAATAGAAAATTGTACAAA-AGGCCATAACTATTTGAACCT-ATTCAGAAAATT
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-GTCATAACTATTTGAA-CTGGTTTGGTAAACA
* * * * * *
232534 GATTTATTTTTTAAATATCTTATTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAATGGTATTATTTTATT
64 AATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * *
232599 TTGGAGATGCTTTTATGAA-TTGAAACAATTATTTAATGACAAAACAAAAGTTCATAACAAATTT
128 TT-GATAAGCTTGTATGAACTT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAC-TATTT
* * * *
232663 -AAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAA-CAATTTAGTTTTT
190 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTA-TTTTT
* * * * * *
232726 CAAATCT-TATGCTTATTAATCTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATCTCGAATAAGC
254 TAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
* * * * ** * *
232790 TTGTATGAATTGAAACAATTATTTGATGACCAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAAT
318 TTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * * ***
232855 TATTCTAATAGTCTTAACTTTTTGAACTAATTTAGCATACACATTTATTTTCTAAACCACTTACT
383 TGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTGA-CAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACT
* * * * ** * *
232920 TAGTAATTTTT-GAAATACTATTAAATTACTATTATTTTTATCCGAATAAGTTTGTATGATC-GA
447 TATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAG-
*
232983 AAATAA-TGTTTTATGACAAGACAAAGATC
509 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATC
* * * * ** * * * *
233012 ATAATC-ATTTGAGATTGATATTTGTGCAAATAGTTGTAACTAGTTGAATTGATTTGGAAAACAA
1 ATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAA
* * * *
233076 CTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
233141 TAGATAAGTTTTTATGAACTTGAACAATTG-TTTATGACAAAGCAAAAGGTCAAAACTATTTTAA
129 T-GATAAGCTTGTATGAACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACTATTTGAA
* * ** * * * *
233205 ATGGATAATTGTTCAAATATTCATATGTGTTTGAACTTGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTCAA
193 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTT-AA
* *
233270 ATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGT
257 ATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* * * * * * * *
233335 ATGAACTAAAATAATTATTTTATGACT-AAACAAAAGGTAAGAATGATTTGAAACAAATAATTAT
322 ATGAACTAAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * *
233399 TCTAATAGTCTTAACTATTT-AAGCTGGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATTTCTTACATA
386 TCAAATAGTCTTAACTATTTGAA-CTAGTT-GACAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTA
* * * * *
233463 TTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTGTTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAAAACAAAT
449 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAT
* * *
233528 AATTGTTCTATGACGAAATAAAGATC
513 AATTGTTTTATGACAAAACAAAGATC
* * * * *
233554 ATAACAATTTGAGATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAA
** *
233619 TTTA-TTTTTAAA--TC-TCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCT
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTT
* ** * * * *
233680 GAATAATTCTT-TATGAACAAAAACAATTGTTTAATGATAAAACAAAAGGTC-ATAGTAATTTGA
130 G-ATAA-GCTTGTATGAACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACT-ATTTGA
* * * * *
233743 AATAGATAATTGTTCGAATGGGT-ATAACTATTTGAA-TCTGTTTGGTAAATAGAGTTATTTTTT
192 AATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTT
* * **** * ** *
233806 AAATCTCCTACCTATTAATTGCCAGAACATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTCAAATAAACTT
255 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
*
233870 GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG-----ACAAAA---C-T----ATTTGAAATAAATAATT
320 GTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * ** * * * *
233921 GTTCAAATAGACATAACTATTTGCGCTTGCTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACT
384 GTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTGA-CAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACT
* * *
233985 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAA
447 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAA
* * *
234050 ATAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTC
511 ATAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGATC
* ** * * * * **** * *
234079 ATAGCTTTTTGACATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACAATTTGAAC-GTGTTCAAAAAATAT
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTTGGTAAACAA
* * * * *
234143 ATTTATTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAATTTTA-TTTTATTTTATT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATT
*** *** * *
234206 CAAAATAAGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTG
128 -TTGATAAGCTTGTATGAACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACT-ATTTG
* * * * * *
234270 AAGTAGATAATTGTTAAAATATTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-GAGTTTCATTTTTT
191 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTT-ATTTTTT
* * ** *
234334 AAATCTCTTACTCGA-TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCC
255 AAATCTCTTACT-TATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * * * * * *
234398 TATATGAACTGATATAATTGTTTTATGATGAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATCATT
319 TGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * ** * *
234463 ATTCAAATAGT-TATGACTATTTAAACTTGTTCA-ATAATCATTTTTAATTTTAAAATCTT-TTA
384 GTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTGACA-AA-CAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTA
* *** * * * * ** * *
234525 CTTATTAGTTGCCAAAATATGAAGAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAACCTTGTGTGAACA-
445 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * *
234589 AAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTC
509 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TC
* * * * ** * **
234620 ATAACGATTTGAAATAAATAACTGTTCAAATGGTCATAAGAATTTGAATTTATTTGGTAAACAAA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAA
* * **
234685 TTTATTTTTTAAATCT-TTCACTTATTAATTGTTTG-AATATTAATAAATTTGCATCGTTTTATT
66 TTTATTTTTTAAATCTCTT--CTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * * *
234748 TTAAATAAGCTTCTATGAA-TATAAAAAATTATTTTATGGCAAAACAATAGGTTATAGCAATTTG
128 TT-GATAAGCTTGTATGAACT-TAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACTATTTG
* * * * * *
234812 AAAT-GCATAATTG-TCTAAATAGTCATAACAATTTAAACTTATTCAGTAAATAGATTCATTTTT
191 AAATAG-ATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTT
* * * * *
234875 TAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTTGACTAAGTT
254 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* ** * *
234936 TGTA-CAAAGAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAAT
319 TGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * * *
235000 TATTTAAATAGT-TATAACTTTTTGCACTAGTTAAGCCAAC-GGTTTCATTTTTTAAA-TCCATA
383 TGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTGA-CAAACAGATTT-ATTTTTTAAATTTCTTA
* * * * * *
235062 CTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCAAATAAGAC-AGTAAGAATA
445 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAG-CTTGTATGAACA
* * *
235125 GAAACAATTGTTCTATGAAAAAACAAATGATC
508 GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GATC
* * * * * * * * * * *
235157 ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAAGTAATTGAAGTAGTTTTGCAATCATA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAA
** * *
235222 TTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTAATTTATTTT
66 TTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * ** * * * *
235287 GAACAATCTTATACGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAA
130 G-ATAAGCTTGTATGAACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACTATTTGAAA
* * *
235351 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTTGGCAAATAGAA-TTA-TTTTTAA
194 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAATA-AATTTATTTTTTAA
* *
235413 ATCTCTTATTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATT--TATTTAATTTTATTATGAATAA-CT
257 ATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTA-TT-ATTTTATTTTGAATAAGCT
* * ** * * * * *
235474 TAGTAAGAATTGAAAA-TTTTGTTTTACGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAAGAA
319 T-GTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * *
235538 TTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTAATTCGGCAAACA-A--GATTTTTTAAATCTCTTAG
382 TTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTT-GACAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTAC
* * * * * *
235600 TTATTAATTTTTAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTCTGAATGAGTTTATATGGACAGA
446 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGA
*
235665 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAA-ATGTT
510 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA--TC
* * * **
235695 ATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAAA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAA
** * * *
235760 TTTATTTTTTGGATCTCCTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCC
66 TTTATTTTTTAAATCT-CTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-T
** * ***** * * * * *
235824 AAATAGGCTTGTATGTTGAAAAATAATTGTTTTATGACAAACCAAAAGTTCATAACGATTTGAAA
129 TGATAAGCTTGTATGAACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACTATTTGAAA
* * * * ** * * *
235889 AAGATATTTGTTCAAAT-GACCATAATTATTTGAACTAATTTGATAAATTAATTTA-TTTTTAAA
194 TAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAA
* * * *
235952 TCT-TTAACTTATCAA-ATTTTGAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTTTTG-ATAAGCTT
258 TCTCTT-ACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTTGAATAAGCTT
* * * * * * * * *
236013 TTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGATAAAATAAAAAGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTG
320 GTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* ** ** * * *
236078 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTGGGATACTGATTT-TTTTTT-AATTTCTTGCTTA
385 TTCAAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TAGTTGACAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTA
* * * ** *
236141 TTAATTTTTTGAAT-GTAAGCAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGAATGTATGAATTA-AA
449 TTAATTTTTAGAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-CAGAA
* * * * *
236204 ACAATTATTTTATGACTAAATAAATGGT-
511 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GATC
* * * * * * *
236232 -T-AGAA--TG-AGTTGA-AATTTGTTC-AGTA--AAT-A-GATTT--A-T--TTT--T-TA-AA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAA
* * ** * *
236277 ATTTCTTTCTTATTAAT-T-TT-TTA-T-A-TGCT--AA-A--AAT-TAGTAGTA--ATTTAT-T
65 ATTTATTT-TT-TAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT-TAT
* ** * * *
236327 CTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACATAAGGTCAAAA-TAATTTG
127 TTTGATAAGCTTGTATGAACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACT-ATTTG
* * * * * ** * *
236391 AAATAGATAATTGTTCTAACAGTCTTAACCAATTGAA-TTGATTCAATAAACAAACTTATTTTTT
191 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAATAAATTTATTTTTT
* ** ** *
236455 AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTAAATAAAAAAAGCT
255 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * * * * *
236518 TGTACGAA-TAAAACAATTGTTTTACGACAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATC
319 TGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * ** * **
236582 GTTCATATAATCTTAACTATTTGAACTAGTTTGACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTT
384 GTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAG-TTGACAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTT
* * * * ** * * *
236647 ATT-ATGTTTCGAAATATTATTAAATTAGTAGTATTTTATTCCAAATAAAAC-AGTATGAACATA
448 ATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAT-AAGCTTGTATGAACAGA
** * *
236710 ACCAATTATTTGATGACAAAACAAA-ATGC
510 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAGAT-C
* * * * *
236739 TATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAG
1 -ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAA
* * *
236804 TTTTACTTTTTAAATCTCTTATTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTCTT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
236868 TTGA-ACATACTTATATTAAC-AAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT-AATAA-TGAT
128 TTGATA-A-GCTTGTATGAACTTAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAA-AACT-AT
* * * * * * * *
236929 TTAAAACACATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTT-AAATTGGTTCGATAAATAGAA-TTAGT
188 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAATA-AATTTATT
* * * * * *
236992 TTCTAAATCTTTTACTTA-TAAATTTTTGAAATATTTATAAATTAGTTTTATTCTATTTTGAATA
251 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * * *
237056 ACCTTGTATGAGCTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAGTAAAT
315 AGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * *** * *
237121 AATTG-TCATATAGTCTTAACTATTTGAGCTGGTTTAGCAATTGGATTTA-TTTTTAAATCTATT
380 AATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTGA-CAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTT
* * * ** *** *
237184 AGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTGCAAATA
444 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACA
* * *
237249 GAAATAATTGTCTTATGATAAAACCAAAGATT
508 GAAATAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGATC
* ** * * *
237281 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACGGTTTAAACTAGTATGGTAAACAAA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAA
* * *
237346 TTTATTTTTTAAA--T-ATCTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTG
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
* ***** * *
237408 AATAATCTTGTATGTTGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGT-AATAACTATTTGAAA
131 -ATAAGCTTGTATGAACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAA-AACTATTTGAAA
* * * * ** *
237472 TAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGATTTAGTAAACT-GATTTATTTTTTAA
194 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAA-TAAATTTATTTTTTAA
** * * * *
237535 ATCTCTTACTTA-TAACTTTCAT-AATATTAATAAAGTAGTATAATTTTATTTTGGATAAG-TTT
257 ATCTCTTACTTATTAA-TTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * *
237597 TCATAAACTAAAACAATTGTTTTGTAATAAAACCAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTG
321 T-ATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * *
237662 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTGATAAATAAATTTATTTATTCAAATCTCTTACTT
385 TTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAG-TTGACAAACAGATTTATTT-TTTAAATTTCTTACTT
* ** * **
237727 ATTAATTTTTCA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATTGAA
448 ATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAA
* * * * * *
237791 ATAATTATTATATGACTAACCAAAAGGTT
511 ATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATC
* ** * ** * * * ** **
237820 AGAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAATTATTTGAATTGGTTTGACAAACACT
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAA
* * * * * **
237885 TTTCTTTTTTAAA--T-TTCTTATTGATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTACTTTT-GTCC
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTT
* ** * * *
237946 GAATAAGCTTGTAT-AGTCAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAATA--TCATAACAATTTGA
130 G-ATAAGCTTGTATGA-ACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCAAAACTATTTGA
* * * * * ** * *
238008 GATTGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCGAAAAATAACTTTAGTTTTTAA
192 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAA
* * * * * * *
238073 ATCTCTTGCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAAT--A-CAG---TA--GTATTTCGAAAAAGTTTT
257 ATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * * **
238129 TATGAATTGAAATAATTATTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAATAACTTT-AAATAGATAATTG
321 TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTG
* * ** * * * *
238193 TTCAAATAGT-TAAATCTATTTG-AGT--TTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTGCTC
385 TTCAAATAGTCTTAA-CTATTTGAACTAGTTGACAAACAGATTTATTTTTT-AAATTTCTTACTT
* * * * * * * **
238254 ACTAATTTTTCGAATGTTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCTAAAAAAGCTTGTATAAATTGAAA
448 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* *
238319 TAATTGTTTTATGACTAAACGAAAGGTCC
512 TAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGAT-C
* * ** * **
238348 AT-ACGATTT-AAACTAGATGATTGTT-ATAATAGTTTTAACT-TTTGAACTAGTTTGACAAACA
1 ATAACAATTTGAAA-TAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACA
* * * * *
238409 AATTTATTTTTTAAATATCTTACTGATTAACTTTT-AGACTATT-ATGAAATTAGTATTATTATA
64 AATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAAT-AAATTAGTATTATT-TT
*** * ** * * *** *
238472 ATTCAAATAAGCTTATATGGAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCTTCACAATT
125 ATTTTGATAAGCTTGTAT-GAACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACTATT
** * ** * ** ** * * *
238535 TGTGATAGAAAATTACTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTAATTAAGCAAACAAATTTAGTTTT
189 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTT
*** * * * * **
238600 TAAA--TCTT--TTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATCAATATTATTTTATTCTGAATAATTT
254 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * * * * *
238661 TGCATGAA-TAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAACGGTCATAAC-AATTCAAATTAGATAA
319 TGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA-TAGATAA
* * * * * * ** ** * * * *
238724 TTGTTTAAATGGACATAATTATTTCAACTTA-TTCGGTAATTAGATTAATTCTTTAAATCTCATA
382 TTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TAGTT-GACAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTA
* * * * * * * * *
238788 CCTATTAGTTTTCAAAATTTTAATAAATTATTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATAAAAAG
445 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAG
* *
238853 AAACAACTGTTTTATGACAAAACCAAAGATC
509 AAATAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGATC
* * ** * * * *
238884 ATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAGTTAATTGAACTTGCTCGGTAAACAAA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAA
* * * * *
238949 TTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTC
66 TTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * * *
239014 GAATATGCTTCTATGAA--T--AGAATAG-TTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTT-AAA
130 G-ATAAGCTTGTATGAACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACTATTTGAAA
* * **** * * * * * * * **
239073 -CG-T-GTTCAGAAAATAG--ATTTATTTTTTTAA-TT-TT---T-ACT-TATTAATTTTTGGAA
194 TAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAA
* * * * * * * * * * ****
239126 --TATTA---ATAAATTTATATT-ACT-TTATTTGGAATAAG-CTTGTATGAACAAGAATAATTG
258 TCTCTTACTTATTAATTT-T-TTGAATATTA-AT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA--G
* ** * * * ** * *
239183 -TTTTAT-AAC-AAAACATAACGTCATAATGATTTAAAATAAAA----A-ATTG--TTCAAGTAG
317 CTTGTATGAACTAAAACA-ATTGT-TTTATGA--TAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * ** * * * * *
239238 TCATAACTATT-TGA-A--C-T---TGTTTG-----G-T-AAATA--GATTCATTTTTTTAAATC
378 --ATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTGACAAACAGATTTA-TTTTTTAAATT
* * * * * * *
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440 TCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATG
* * * * * *
239351 AACTGATACAATTATTTTAT-ACGAAACAAAAAGTC
504 AACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TC
** * * * * ** *
239386 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAA
* * * * * *
239451 TTTATTTTTAAAATATGTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTC
66 TTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTT
** ** * * *
239516 AAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAA-GTCATAAC-AGTTTGAA
129 TGATAAGCTTGTATGAACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACTA-TTTGAA
* * * * *
239579 ATAAATAATTGATCAAATAGTCATAA-TAATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTA--TTTTAA
193 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAA
* * * * *
239641 ATCTTTTACTTATTAATTATCTT-AATATTAATAATTTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAGGCT
257 ATCTCTTACTTATTAATT-TTTTGAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCT
* * * * *
239703 TGTATGAAC-AGAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAGATAAT
319 TGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * * *
239767 TGTTCAAATTA-TCATAATTATTTAAACTTGTAT-AGTAAACAAATTTCGTTTTTTAAGTCTCTT
383 TGTTCAAA-TAGTCTTAACTATTTGAACTAGT-TGA-CAAACAGATTT-ATTTTTTAAATTTCTT
* * * * * * *
239830 AATTATTAATTTTTAGAATACTAATAAATTGGCATTATTTTATTTCAATATA-CTTATATGAACT
444 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATA-AGCTTGTATGAACA
* * * *
239894 GAAACAATTCTTTTATGATAAAACAAAAGGTC
508 GAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATC
* * * * * * * * *
239926 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTATAA-AGTCATCAGTAATTGATCTAGTTTGGTAAACAT
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAA
* * * * * * *
239990 ATTTA-TTTTAAAATTTTTTACTTATTAA-TTGTCAAACTATTAATAAATTAATATTATTTTAAT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * ** * **
240053 CCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAAATCATAAGGATTTG
128 TTG-ATAAGCTTGTATGAACT-TAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACTATTTG
* * * *
240117 AAATAAATAATT-TGTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAAATTTATTTTTT
191 AAATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTT
* *** * * * *** * *
240181 AAA--TC-T-CTTATTAGTTTTCAAAATATTAATAGATTATTATTACTTTATTCCAAACAAACTT
255 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * * * *
240242 ATATGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAA-AGAAGAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
320 GTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACA-AA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * ** * * *
240306 TGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGTTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAAATCTCTTA
383 TGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAG-TT-GACAAACAGATTTATTTTTT-AAATTTCTTA
* * ** *
240370 CTTATTAAATTTT-GAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAG-TTAGTAAGAA
445 CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTT-GTATGAA
* * *
240432 TTCA-AAA-AATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTC
506 --CAGAAATAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGATC
* * * * * * * * * **
240466 GTAACATTTTAAAATAGATAATTGTT-ATTAGAGTCTTAAATATTTGAAGTGGTTCGACAAACAA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAA
* * * * * *
240530 ATTTA-TTTTTGATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
240594 TGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
129 TG-ATAAGCTTGTATGAACT-TAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACTATTTGA
* * * *
240658 AGTATACAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA-TTGTT
192 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
240699 TTGTGTTAGC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (538 bp):
ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAA
TTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
ATAAGCTTGTATGAACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACTATTTGAAATA
GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCT
CTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
ACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
TAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTGACAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTT
TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTT
TATGACAAAACAAAGATC
Found at i:235150 original size:179 final size:176
Alignment explanation
Indices: 233904--235821 Score: 699
Period size: 180 Copynumber: 10.7 Consensus size: 176
233894 TGACAAAACT
* ** * ** * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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126 GTC-AGTAAGAACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAACA
* * * * * ** *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAA-TTGAAC-TAGTT-AAGCAATCATATTC
* ** * * ** ***
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* * * * * **
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123 TAAGTC-AGTAAGAACAGAAACAATTGTTTTATGAA-AAAACAAAAGATCATAACA
* * * * * * **
234265 ATTTGAAGTAGATAATTGTTAAAATA-TTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAGAGT-TTCA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT-ATAACTAATTGAACTAGTTAAGCAATCA-TATTCA
* **
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* * * * * ** *
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123 TAAGTC-AGTAAGAACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGA-TCATAACA
* * * * * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTAGTT-AAGCAATCATATTCAT
* * * ** * * * * **
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65 TTTTTAAATC--CT-CTTATTAATT-TTAGAATATTAATAAATTAGA-ATTA-TTTATTTTGAAT
* * ** * *
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* * * * * * ** * * * *
234626 ATTTGAAATAAATAACTGTTCAAATGGTCATAA-GAATTTGAATTTA-TTTGGTAAACAAATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAA-TTGAA-CTAGTTAAGCAATCATATTCA
* * * * *
234689 TTTTTTAAATCTTTCACTTATTAATTGTTTGAATATTAATAAATTTGCATCGT-TTTATTTTAAA
64 TTTTTTAAATC---CTCTTATTAATT-TTAGAATATTAATAAATTAGAAT--TATTTATTTTGAA
* * * * * ** * * * *
234753 TAAGCTTC--TATGAATATAAAAAATTATTTTATGGCAAAACAATAGGTTATAGCA
123 TAAG--TCAGTAAGAACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAACA
* * * * *
234807 ATTTGAAAT-GCATAATTG-TCTAAATAGTCATAAC-AATTTAAACTTA-TTCAGTAAAT-AGAT
1 ATTTGAAATAG-ATAATTGTTC-AAATAGTTATAACTAA-TTGAAC-TAGTTAAG-CAATCATAT
* *
234867 TCATTTTTTAAAT-CTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTTGACT
61 TCATTTTTTAAATCCTCTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTAT-TTATTTTGAAT
** * *
234931 AAGTTTGTACA-AAGAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACA
124 AAGTCAGTA-AGAACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAACA
* * ** * *
234984 ATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATAACTTTTTGCACTAGTTAAGCCAA-CGGT-TTCA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTAGTTAAG-CAATC-ATATTCA
* **
235047 TTTTTTAAATCCATACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCAAATAA
64 TTTTTTAAATCC-T-CTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTA-TTTATTTTGAATAA
* * * * *
235112 GACAGTAAGAATAGAAACAATTGTTCTATGAAAAAACAAATGATCATAACG
126 GTCAGTAAGAACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAACA
* * * ** *
235163 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAAGTAATTGAAGTAGTTTTGCAATCATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTAGTTAAGCAATCATATTCATT
* *
235228 TTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTA-ATATTAATTTATTTTGAACA
66 TTTTAAATC-C-T-CTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGA-ATT-ATTTATTTTGAATA
* * * * *
235292 A-TCTTA-TACGAACAAAAACAATTGTTTTATG-ACAAACAAAAGGTTATAACA
125 AGTC--AGTAAGAACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAACA
* * * * * * ** *
235343 ATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTTGGCAAAT-AGAATT-A
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTAGTTAAGC-AATCA-TATTCA
* * * * *
235406 -TTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-TATTTAATTTTATTATGAA
64 TTTTTTAAATC-C-T-CTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGAATT-A-TTTATTTTGAA
* * ** * * * **
235469 TAACTTAGTAAGAATTGAAA-ATTTTGTTTTACGATAAAACAAAAGATCATAATG
123 TAAGTCAGTAAGAACAGAAACA-ATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAACA
* * * * * * ** * *
235523 ATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCT-TAACTATTTGAACTAATTCGGCAAACA-A--GAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TTATAACTAATTGAACTAGTTAAGCAATCATATTCAT
* * * * * *
235584 TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTCTGAATG
65 TTTTTAAATC-C-T-CTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTA-TTTATTTTGAATA
* * * * * *
235649 AGTTTA-TATGGACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TTATAACA
125 AG-TCAGTAAGAACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAA-GATCATAACA
* * * * * * * * * *
235701 ATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTAGTTAAGCAATCATATTCATT
** * * *
235766 TTTTGGATCTCCTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATT
66 TTTT--AAATCCT-CTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGAATTATTTATT
235822 CCAAATAGGC
Statistics
Matches: 1342, Mismatches: 295, Indels: 201
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
176 3 0.00
177 131 0.10
178 145 0.11
179 234 0.17
180 407 0.30
181 384 0.29
182 26 0.02
183 4 0.00
184 2 0.00
185 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTAGTTAAGCAATCATATTCATT
TTTTAAATCCTCTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTATTTTGAATAAGTCAG
TAAGAACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAACA
Found at i:236392 original size:147 final size:144
Alignment explanation
Indices: 236117--236394 Score: 346
Period size: 147 Copynumber: 1.9 Consensus size: 144
236107 TTGGGATACT
* * *
236117 GATTTTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTAAGCAAATTAGTATTATTTTATTTT
1 GATTTTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTAA-CAAATTAGTAGTAATTTATTCT
* * * * *
236182 GAATAAGAATGTATGAATTAAAACAATTATTTTATGACTAAATAAATGGTTAGAATGAGTTGAAA
65 GAATAAGAATGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAATGGTCAAAATAAGTTGAAA
236247 TTTGTTCAGTAAATA
130 TTTGTTCAGTAAATA
*
236262 GATTTATTTTTTAAAATTTCTTTCTTATTAATTTTTT-ATATGCTAA-AAATTAGTAGTAATTTA
1 GATTT-TTTTTT--AATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGA-ATG-TAACAAATTAGTAGTAATTTA
** * * *
236325 TTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACATAA-GGTCAAAATAATT
61 TTCTGAATAAGAATGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACA-AATGGTCAAAATAAGT
236389 TGAAAT
125 TGAAAT
236395 AGATAATTGT
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 14, Indels: 10
0.82 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
145 5 0.04
146 6 0.05
147 72 0.64
148 27 0.24
149 3 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.06, G:0.12, T:0.45
Consensus pattern (144 bp):
GATTTTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTAACAAATTAGTAGTAATTTATTCTG
AATAAGAATGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAATGGTCAAAATAAGTTGAAAT
TTGTTCAGTAAATA
Found at i:236909 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 236256--239069 Score: 1759
Period size: 181 Copynumber: 15.7 Consensus size: 178
236246 ATTTGTTCAG
* * * *
236256 TAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTTCTTATTAATTTTT-TATATGCTAA-AAATTAGTAGT
1 TAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATAT--TAATAAATTAGTATT
* * * * * *
236319 AATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACATAAGGTCAAAA
63 ATTTTATTTTGAATAA-CTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * * **
236384 TAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAACAGTCTTAACCAATTGAATTGATTCAA
126 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* * * *
236437 TAAACAAACTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTA-
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTAT
** ** * * * * *
236501 TTTAAATAAAAAAAGCTTGTACGAATAAAACAATTGTTTTACGACAAAAGAAAAGGTCATAACAA
65 TTTATTTTGAATAA-CTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA
* * * * *
236566 TTTGAAATAGATAATCGTTCATATAATCTTAACTATTTGAACTAGTTTGA
129 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* * * * ** * * *
236616 CAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATT-ATGTTTCGAAATATTATTAAATTAGTAGTA
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTA
*** * * * * *
236680 TTTTATTCCAAATAAAAC-AGTATGAACATAACCAATTATTTGATGACAAAACAAAATG-CTATA
64 TTTTATTTTGAAT--AACTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATA
* * * *
236743 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGG
125 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* *
236797 TAAATAGTTTTACTTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
236861 TTTTATTTTGAACATACTTATATTAACAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAAT
64 TTTTATTTTGAATA-ACTTGTATGAACAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * * * *
236926 GATTTAAAACACATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAATTGGTTCGA
127 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* * * * * * *
236978 TAAATAGAATTAGTTTCTAAATCTTTTACTTATAAATTTTTGAAATATTTATAAATTAGTTTTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
237043 TCTATTTTGAATAACCTTGTATGAGCTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
65 TTTATTTTGAATAA-CTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * *
237108 ATTTGAAGTAAATAATTG-TCATATAGTCTTAACTATTTGAGCTGGTTT-A
128 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* * * * * *
237157 GCAATTGGATTTA-TTTTTAAATCTATTAGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTA
1 -TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * * * *
237221 TTTTATTCTAAATAA-TTTTGTGCAAATAGAAATAATTGTCTTATGATAAAACCAAAGATTATAA
64 TTTTATTTTGAATAACTTGTATG--AACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* ** * * * *
237285 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACGGTTTAAACTAGTATGG
126 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* * * * *
237338 TAAACAAATTTATTTTTTAAA--T-AT-CTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
237399 TTTATTTTGAATAATCTTGTATGTTGA-AAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAAC
65 TTTATTTTGAATAA-CTTGTATG--AACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * *
237463 TATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTT-A
127 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* * * *
237514 GTAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAACTTTCATAATATTAATAAAGTAGTATA
1 -TAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * *
237577 ATTTTATTTTGGATAAGTTTTCATAAACTAAAACAATTGTTTTGTAATAAAACCAAAGGTCATAA
63 ATTTTATTTTGAATAACTTGT-ATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * *
237642 CGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTGA
126 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* * *
237695 TAAATAAATTTATTTATTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTA
1 TAAATAGATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTA
*** ** * * * * * * * *
237760 TTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATTGAAATAATTATTATATGACTAACCAAAAGGTTAGAAT
64 TTTTATTTTGAAT-AACTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * ** * * *
237825 GATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAATTATTTGAATTGGTTTGA
127 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* * ** * * * *
237877 CAAACACTTTTCTTTTTTAAA--T-TT-CTTATTGATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTAC
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTA-
* ** * *
237938 TTTT-GTCCGAATAAGCTTGTAT-AGTCAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAATA--TCATA
64 TTTTATTTTGAATAA-CTTGTATGA-AC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATA
* * * * * *
237999 ACAATTTGAGATTGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCGA
125 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* * * *
238053 AAAATA-ACTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT--A-CAG---TA
1 TAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * ** * * * *
238111 --GTATTTCGAAAAAGTTTTTATGAATTGAAATAATTATTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAAT
64 TTTTATTTTGAATAA-CTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* *
238174 AACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTA-AATCTATTTG-A---GTTTGG
127 AA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTGGTTTGA
* * * * * *
238222 TAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTGCTCACTAATTTTTCGAATGTTAATAAAGTAGTATTA
1 TAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * ** * * *
238287 TTTTATTCTAAAAAAGCTTGTATAAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACGAAAGGTCCAT-A
64 TTTTATTTTGAATAA-CTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-CATAA
* * ** *
238351 CGATTT-AAACTAGATGATTGTT-ATAATAGTTTTAACT-TTTGAACTAGTTTGA
126 CAATTTGAAA-TAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* * * * * * *
238403 CAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTGATTAACTTTTAGACTATT-ATGAAATTAGTATTA
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAAT-AAATTAGTATTA
* * ** * * * * *
238467 TTATAATTCAAATAAGCTTATATGGAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCTTCA
64 TTTTATTTTGAATAA-CTTGTAT-GAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * ** * ** *
238530 CAATTTGTGATAGAAAATTACTCAAATAGTAATAACTATTTGAACT-AATTAA
126 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* * * * * * * *
238582 GCAAACAAATTTAGTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATCAATATTA
1 -TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
238643 TTTTATTCTGAATAATTTTGCATGAATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAACGGTCATAAC
64 TTTTATTTTGAATAA-CTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * ** * *
238708 AA-TTCAAATTAGATAATTGTTTAAATGGACATAATTATTTCAACTTATTCGG
127 AATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* * * * * * * * *
238760 TAATTAGATTAATTCTTTAAATCTCATACCTATTAGTTTTCAAAATTTTAATAAATTATTATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
238825 TTTATTCTGAATAAACTTGTATAAAAAGAAACAACTGTTTTATGACAAAACCAAAGATCATAACT
65 TTTATTTTGAAT-AACTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* ** * * * * *
238890 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAGTTAATTGAACTTGCTCGG
128 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* * * * * *
238941 TAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
239006 TTTATTTCGAATATGCTTCTATG---AATAGAATAG-TTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTA
65 TTTATTTTGAATA-ACTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA
239067 TTT
129 TTT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTTGAATAACTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
Found at i:239226 original size:140 final size:138
Alignment explanation
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Period size: 140 Copynumber: 2.0 Consensus size: 138
238938 CGGTAAACAA
*
238948 ATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTACTTTATTT
* * * *
239013 CGAATATGCTTCTATGAATAGAATAGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTAAACGTGT
66 CGAATAAGCTTCTATGAAAAGAATAGTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTAAA---GA
*
239078 TCAGAAAATAG
128 TCAAAAAATAG
* *
239089 ATTTATTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTACTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-CTAGTATTACTTTATT
* * *
239152 TGGAATAAGCTTGTATGAACAAGAATAATTGTTTTATAACAAAACATAACG-TCATAA-TGATTT
65 TCGAATAAGCTTCTATGAA-AAGAAT-A--G-TTTATAACAAAACA-AAAGATCATAACT-ATTT
239215 AAA-AT-AAAAAAT
123 AAAGATCAAAAAAT
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Statistics
Matches: 119, Mismatches: 11, Indels: 17
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (138 bp):
ATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTACTTTATTT
CGAATAAGCTTCTATGAAAAGAATAGTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTAAAGATCA
AAAAATAG
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Alignment explanation
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239048 AAACAAAAGA
* * * * * ** *
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1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAA-TTTT
* * * * ** * *
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* * * * * * * *
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** * * * * * * *
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1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAAATCTCTTACTT-ATTAATTT
* * * * * *
239303 T-AGAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGATACAATTATT
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*
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* * * * *
239419 TTATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATATGTTACTTATTAATTGTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATT-TT
* *
239484 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTT
65 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTT
* * *
239549 ATGGCAAAAC-AAAAGTCATAA-CAGTTTGAAATAAATAATTGA-TCAAATAG
130 ATGACAAAACAAAAAGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAG
* *
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1 TCATAACT-ATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATT-
* * * * *
239660 TCT-TAATATTAATAATTTTATATTATTTT-ATTCGAAATAGGCTTGTATGAACAGAAAAAATTA
63 T-TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTA
* * * ** * *
239723 TTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATTA-
126 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAG
* * * * * *
239778 TCATAATTATTTAAACTTGTAT-AGTAAACAAATTTCGTTTTTTAAGTCTCTTAATTATTAATTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGT-TCAGTAAACAAATTT-ATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * *** * * * *
239842 TTAGAATACTAATAAATTGGCATTATTTTATTTC-AATATA-CTTATATGAACTGAAACAATTCT
64 TGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATA-AGCTTGTATGAACAGAAACAATTAT
* * * *
239905 TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTATAA-AG
127 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAG
* * * * * ** * * * * *
239959 TCATCAGTAATTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTA-TTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTC
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTG
* * * *
240023 AAACTATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
66 AAA-TATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTT
* * * * * *
240088 ATAATAGAACAAAAAATCATAAGGATTTGAAATAAATAATT-TGTCAAATAG
130 ATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT-TCAAATAG
* * * * * *
240139 TCATAACTATTTGAACTGGTT-TGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAGT--TTTC
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * * *
240200 AAAATATTAATAGATTATTATTACTTT-ATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTATTT
65 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-CAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTT
* * *
240264 TATGACAAAA-AGAAGAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG
129 TATGACAAAACA-AA-AAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * *
240317 TCATAATTATTTGAA-TTGTTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAAATT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACAAATTTA-TTTTTAAAATCTCTTACTTATT-AATT
* * *
240381 TTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTT-ATTCCAAATAAG-TTAGTAAGAATTCA-AAA-AAT
63 TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-CAAATAAGCTT-GTATGAA--CAGAAACAAT
* * * * * * * *
240442 TATTTTATGACAAAATAAAAGGTCGTAA-CATTTTAAAATAGATAATTGTT-ATTAGAG
124 TATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAG
* * * * * * * *
240499 TCTTAAATATTTGAAGTGGTTC-GACAAACAAATTTATTTTT-GATTCTCTTAGTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAA-TTT
* * * * * ** * * * *
240562 TGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTGTTT
64 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTT
* * * ** * * * * *
240627 TATGATAGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAA
129 TATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
240679 TCATAACTATTTGAA-TTGTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTT
240699 TTGTGTTAGC
Statistics
Matches: 1170, Mismatches: 227, Indels: 129
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 3 0.00
177 62 0.05
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179 143 0.12
180 381 0.33
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182 154 0.13
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184 4 0.00
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTG
AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTA
TGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
Found at i:240122 original size:540 final size:533
Alignment explanation
Indices: 239058--240698 Score: 1661
Period size: 540 Copynumber: 3.0 Consensus size: 533
239048 AAACAAAAGA
* * * * *
239058 TCATAACTATTTAAACGTGTTCAGA-AAATAGATTTATTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATTT-
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACATATTTA--TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTC
* * * * *
239120 TTGGAATATTAATAAATTTATATTACTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAACAAGAATAATTGTT
63 TT--AATATTAATAATTTTATATTACTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAA-AAAAATTATT
* * * * * * *
239185 TTATAACAAAACATAACGTCATAATGATTTAAAATAAAAAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTT
125 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT
* * * * * *
239250 GAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTTAAATCTCCTGCTTAATAAATTTTAGAATATTAAT
190 GAACTTGTTTAGTAAACAAATTCA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTAGAATATTAAT
** * *
239315 AAATTAGTGTTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGATACAATTATTTTAT-ACGAAACA
254 AAATT-GCATTATTTTATTTCAAATAA-CTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * * * * *
239379 AAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCAG
317 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTATAA-AGTCATAAATATTTGAACTAGTTCGG
* *
239443 TAAACATATTTATTTTTAAAATATGTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
381 TAAACATATTTA-TTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTG-TGAAATATTAATAAATTAATATTAT
* * ** *
239508 TTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGGCAAAAC-AAAAGTCATAACA
444 TTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAAGTCATAA-A
*
239572 GTTTGAAATAAATAATTGATCAAATAG
508 ATTTGAAATAAATAATTG-TCAAATAG
239599 TCATAA-TAATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCT
1 TCATAACT-ATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TCT
* *
239663 TAATATTAATAATTTTATATTATTTTATTCGAAATAGGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTA
64 TAATATTAATAATTTTATATTACTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTATTTTA
* * ** * *
239728 TGATAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATTA-TCATAATTATTTAA
128 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAATTATTTGA
* * * * * *
239792 ACTTGTATAGTAAACAAATTTCGTTTTTTAAGTCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATACTAATAA
192 ACTTGTTTAGTAAACAAA-TTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTAGAATATTAATAA
* *
239857 ATTGGCATTATTTTATTTC-AATATACTTATATGAACTGAAACAATTCTTTTATGATAAAACAAA
256 ATT-GCATTATTTTATTTCAAATA-ACTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * *
239921 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTATAAAGTCATCAGTAATTGATCTAGTTTGGTAA
319 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTATAAAGTCATAAATATTTGAACTAGTTCGGTAA
* *
239986 ACATATTTATTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAACTATTAATAAATTAATATTATTTTA
384 ACATATTTATTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTGTGAAA-TATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * * * *
240051 ATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAAATCATAAGGATTT
448 ATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAAGTCATAA-AATTT
240116 GAAATAAATAATTTGTCAAATAG
512 GAAATAAATAA-TTGTCAAATAG
* * * * * * *
240139 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAGT--TTTCA
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTA--TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCT
* * * * * * *
240201 AAATATTAATAGATTAT-TATTACTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTATTTT
64 TAATATTAATA-ATTTTATATTACTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAA-AATTATTTT
* *
240265 ATGACAAAA-AGAAGAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTT
127 ATGACAAAACA-AA-AGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT
240329 GAA-TTGTTTAGGTAAACAAAATT-ATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAAATTTT-GAAATATT
190 GAACTTGTTTA-GTAAAC-AAATTCATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAAATTTTAG-AATATT
* * * * * *
240391 AATAAATT-CATTTTATTTTATTCCAAATAAGTTAGTAAGAATTCAAAAAATTATTTTATGACAA
251 AATAAATTGCA--TTATTTTATTTCAAATAACTTA-TATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAA
* * * * * * * *
240455 AATAAAAGGTCGTAAC-ATTTTAAAATAGATAATT-GTTATTAGAGTCTTAAATATTTGAAGTGG
313 AACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTTA-TAAAGTCATAAATATTTGAACTAG
** * ** * * * * * *
240518 TTCGACAAACAAATTTATTTT-TGATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGT
376 TTCGGTAAACATATTTATTTTAAAATT-TCTTACTTATTAA-TTGTGAAATATTAATAAATTAAT
* * * *
240582 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTCA
439 ATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAAGTCA
* * * *
240647 TAACAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAA
504 TAA-AATTTGAAATAAATAATTG-TCAAATAG
240679 TCATAACTATTTGAA-TTGTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTT
240699 TTGTGTTAGC
Statistics
Matches: 917, Mismatches: 148, Indels: 72
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
537 7 0.01
538 76 0.08
539 244 0.27
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541 49 0.05
542 15 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (533 bp):
TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCTTA
ATATTAATAATTTTATATTACTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAATTATTTTATGA
CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTT
GTTTAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTAGAATATTAATAAATTGC
ATTATTTTATTTCAAATAACTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
AACGATTTGAAATAGATAATTATTTATAAAGTCATAAATATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATT
TATTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTGTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAAT
AAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAAGTCATAAAATTTGAAATAAAT
AATTGTCAAATAG
Found at i:240324 original size:18 final size:20
Alignment explanation
Indices: 240281--240331 Score: 60
Period size: 18 Copynumber: 2.9 Consensus size: 20
240271 AAAAGAAGAG
240281 GTCATAA-TGATTTGAAATA
1 GTCATAATTGATTTGAAATA
240300 G--ATAATTG-TTT-AAATA
1 GTCATAATTGATTTGAAATA
240316 GTCATAATT-ATTTGAA
1 GTCATAATTGATTTGAA
240332 TTGTTTAGGT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 10
0.73 0.00 0.27
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.22
17 7 0.26
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19 3 0.11
ACGTcount: A:0.41, C:0.04, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (20 bp):
GTCATAATTGATTTGAAATA
Found at i:242998 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 242714--243026 Score: 380
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169
242704 CTTCAGCAAG
** * * ** *
242714 TAGATTTATTTTTGAAATCTTTTAGTTATTAAGTTTTGAAATATTGTTAAATTAGTATTATTTTA
1 TAGATTTATTTTTGAAATCTCCTACTTATTAAGTTTTCAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * * * * *
242779 TTCTGAATAAGCTTGTGTAAACTAAAATAATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTT-ATAACGATT
66 TTCTCAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAA-GTTCATAACAATT
*
242843 TGAAATAAGTAATTACTTAAATAGGAACTGGTTCGATAAA
130 TGAAATAAATAATTACTTAAATAGGAACTGGTTCGATAAA
* *
242883 TAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTGTTAA-TTTTCAACATATTAATAAATTAATATTATTTT
1 TAGATTTATTTTTGAAATCTCCTACTTATTAAGTTTTCAA-ATATTAATAAATTAATATTATTTT
* ** * * *
242947 ATT-TCAAGTAAGCTTGTATGATGAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAAT
65 ATTCTCAA-TAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAACAAT
243011 TTGAAATAAATAATTA
129 TTGAAATAAATAATTA
243027 TTGAAATGGC
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 22, Indels: 6
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 12 0.10
169 107 0.90
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (169 bp):
TAGATTTATTTTTGAAATCTCCTACTTATTAAGTTTTCAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
TTCTCAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAACAATTT
GAAATAAATAATTACTTAAATAGGAACTGGTTCGATAAA
Found at i:243413 original size:180 final size:178
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Indices: 242867--244204 Score: 1022
Period size: 171 Copynumber: 7.5 Consensus size: 178
242857 ACTTAAATAG
* * * *
242867 GAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTGTTAA-TTTTCAACATATTAAT
1 GAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT--TTCTTATTAATTTTTGAA-ATATTAAT
* * * * *
242931 AAATTAATATTATTTTATTTC-AAGTAAGCTTGTATG-ATGAAAAACATTTGTTTTATGACAAAA
63 AAATTAGTATTATTTTATTCCGAA-TAAGCTTGTATGAAT-CAAAACAATTATTTTATGACAAAA
* * * * * *
242994 CAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTT
126 C-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * **
243048 AAAC-TGATTTGGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAAT
1 GAACTTG-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT--CTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * **
243112 AAATTATTATTATTATTATTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-CTAAAGTAATTATTTTATGAC
63 -AA--ATTAGTATTA-T-TTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATC-AAAACAATTATTTTATGAC
* * * * *
243176 AAAACAACAGGTCATAACAATTTTAAATATACAATAATTCAAATAGCCATAACTATTT
122 AAAACAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *
243234 GAATTTGTTCAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTAATAATTTTTGAAATGTTAAT
1 GAACTTGTTC-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
** * * * *
243298 AAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATCAAAACGATTGTTTTATGACAAAACA
63 AAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATCAAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * *
243363 AAGGTCATAACAATTTTAAATA-AGTAATTGA-TCAAATATTTATAACTATTT
128 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGA-TAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * ** *
243414 GAGCTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTTAATGTTAAT
1 GAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCT-TT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * *
243479 ATATTAGGA-TATTTTATTCCGAATAAGTTTGTATGATAT-GAAACAAATATTTTATGACTAAAA
63 AAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGA-ATCAAAACAATTATTTTATGAC-AAAA
* * * * * * ** **
243542 -TAAGGTCAGAACGATTCGAAACAGATAACTATTCTTATAGTTTTAACTATTT
126 CAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
243594 GAACTAGTTTGATAAAAACATTTATTTTTTAAATC--TCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAA
1 GAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * *
243657 TTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGCTTCTATG-ATCAGAAACAATTATTTTA-CAGTAAAACA
66 TTAGTATTATTTTAT-TCCGAATAAGCTTGTATGAATCA-AAACAATTATTTTATGA-CAAAACA
** * * *
243719 AAGAACATAACAATTTGAGATTGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTC
128 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *
243770 AAACTGGTT-GATAAATTA-A--T-TTTTTT-AATC--TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATGA
1 GAACTTGTTCGATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * * *
243827 ATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAA
65 ATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAT-CAAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * *
243891 AGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTT
129 AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
243941 TAAC-TGATTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AA-------TATTAATTTTAGAAATATTAATAA
1 GAACTTG-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* ** *
243997 ATTAGTATTATTTTATTCCGTATAAGCTTGTACT-AA-CTGGAACAATTGTTTTATGACAAAACA
65 ATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTA-TGAATC-AAAACAATTATTTTATGACAAAAC-
** * * * * *
244060 AAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTTAAATAGTAATAACTATTT
127 AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
244112 AAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTATTTAAAATCTCTTTCTTATTAAATTTTT-TAATGTTAA
1 GAACTTGTTCGATAAATAGATTTATT-TTTTAAA--TCTTTCTTATT-AATTTTTGAAATATTAA
* *
244176 TAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAG
62 TAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAG
244205 TATTAATTTA
Statistics
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0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
170 72 0.08
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173 3 0.00
174 3 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
GAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
TTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATCAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAG
GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
Found at i:243810 original size:171 final size:173
Alignment explanation
Indices: 242923--244010 Score: 506
Period size: 180 Copynumber: 6.1 Consensus size: 173
242913 AATTTTCAAC
* ** * * * * * *
242923 ATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTTCAAGTAAGCTTGTATGATGAAAAACATTTGTTTTAT
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATACCAAATAAGCTTCTATGATAAAAAACAATTATTTTAC
* ** * * * * *
242987 GACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTAAAC
66 AACAAAAC-AAAGAACATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTCAAAC
* * * * **
243052 TGATTTGGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAAA
130 TGATTCGATAAACAAATT---TTTTT-AAT--C-T-CTTATTAATTTTTGAA
* ** * * * **
243104 ATATTAATAAATTATTATTATTATTATTTATTTCAAATAAACTTGTATGA-ACTAAAGTAATTAT
1 ATATTAAT-AA--ATTAGTATTATT-TTTATACCAAATAAGCTTCTATGATA-AAAAACAATTAT
** ** * * * *
243168 TTTATGACAAAACAACAGGTCATAACAATTTTAAATATACAATAATTCAAATAGCCATAACTATT
61 TTTACAACAAAACAA-AGAACATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTA-T
* ** * * *
243233 TGAATTTG-TTCAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTAATAATTTTTGAA
124 TCAAACTGATTC-GATAAACA-A---ATTTTTTTAATC---T-CTTATTAATTTTTGAA
* ***** * * * *
243290 ATGTTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGA-ATCAAAACGATTGTTTTA
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATACCAAATAAGCTTCTATGATA-AAAAACAATTATTTTA
** ** * *** **
243353 TGACAAAACAAAGGTCATAACAATTTTAAATA-AGTAATTGA-TCAAATATTTATAACTATTTGA
65 CAACAAAACAAAGAACATAACAATTTGAAATAGA-TAATT-ATTCAAATAGCCATAACTATTCAA
* **
243416 GCTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTTA
128 AC-TGATTCGATAAACAAA--T-TTTTTT--AA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAA
* * * * * * * ** * *
243471 ATGTTAATATATTAGGA-TA-TTTTATTCCGAATAAGTTTGTATGATATGAAACAAATATTTTAT
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATACCAAATAAGCTTCTATGATAAAAAACAATTATTTTAC
* * ** * * * * * ** *** **
243534 GACTAAAA-TAAGGTCAGAACGATTCGAAACAGATAACTATTCTTATAGTTTTAACTATTTGAAC
66 AAC-AAAACAAAGAACATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTCAAAC
* *
243598 T-AGTTTGATAAA-AACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGA
130 TGA-TTCGATAAACAA-A--T-TTTTTT-AATCTCTTATTAATTTTTGAA
* * *
243646 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTTA-ACCAAATAAGCTTCTATGATCAGAAACAATTATTTTAC
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATACCAAATAAGCTTCTATGATAAAAAACAATTATTTTAC
** * * *
243710 AGTAAAACAAAGAACATAACAATTTGAGATTGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTCAAACT
66 AACAAAACAAAGAACATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTCAAACT
* **
243775 GGTT-GATAAATTAATTTTTTTAATCTCTTATTAATTTTTGAA
131 GATTCGATAAACAAATTTTTTTAATCTCTTATTAATTTTTGAA
* * ** * * *
243817 ATATTAATGAATTAATATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTATTTTAT
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATACCAAATAAGCTTCTATGATAAAAAACAATTATTTTAC
* * * * **
243881 AACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAACT
66 AACAAAACAAAGAACATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTCAAACT
** *
243946 GATTCGATAAACAAATTTATTTT--T-TAATATTAATTTTAGAA
131 GATTCGATAAACAAATTT-TTTTAATCTCTTATTAATTTTTGAA
243987 ATATTAATAAATTAGTATTATTTT
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTT
244011 ATTCCGTATA
Statistics
Matches: 719, Mismatches: 146, Indels: 94
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
170 37 0.05
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173 5 0.01
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190 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (173 bp):
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATACCAAATAAGCTTCTATGATAAAAAACAATTATTTTAC
AACAAAACAAAGAACATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTCAAACT
GATTCGATAAACAAATTTTTTTAATCTCTTATTAATTTTTGAA
Found at i:244207 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 244182--244225 Score: 88
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
244172 TTAATAAATT
244182 AGTATTAATTTATTCTGAATA
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244203 AGTATTAATTTATTCTGAATA
1 AGTATTAATTTATTCTGAATA
244224 AG
1 AG
244226 CTTGTATCAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (21 bp):
AGTATTAATTTATTCTGAATA
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Alignment explanation
Indices: 244506--245249 Score: 729
Period size: 181 Copynumber: 4.2 Consensus size: 179
244496 TAAGTTTCAT
* * * ** * *
244506 AATATT-ATAAAATTAGTATTATTTTATT-CAGAATAAAATAGTATGGACAAAACCAACTATTTG
1 AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCCA-AATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTG
* ** *
244569 ACGACAAAACAAAATGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAACCAAAACTATTTGA
64 ATGACAAAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCAAAACTATTTGA
* * **
244634 AATGGTTTAGTAAAGAGA-TTAACTTTTAAATCTCTTAACTAATTAATTTTCTA
129 AATAGTTCAGTAAAGAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTAA-TAATTTT-TA
* * * * * *
244687 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTAACAGACTTATATGAACAAAAATTATTGTTTGAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTGAT
* ** * * *
244752 GACAAAAC-AAATAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATACTTATTT-A
66 GACAAAACAAAAT-GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCAAAAC-TATTTGA
* * * *
244814 AACTAGTTCGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTA-TAA-AATTTTGA
129 AA-TAGTTCAGTAAAGAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATAATTTTTA
* * * * *
244864 AATATTAACAAATTAGTTTTATTTTGTTCCAAATAAACTTGTAT-AAGCTAAAATAATTGTTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAA-CAAAAATAATTGTTTGA
* * * * **
244928 TGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAA
65 TGACAAAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCAAAACTATTTGAA
* ** * * * *
244993 CTAGTTCAACAAATG-GATTTATTTTTTAAATCTCCTAGTTATGAATTTTTGG
130 ATAGTTCAGTAAA-GAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAAT-AATTTTT-A
* * * *
245045 AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTGAT
* * * * * * *
245110 GATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC
66 GACAAAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCAAAACTATTTGAAA
* * *
245175 TAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAAT--TCTTTA
131 TAGTTCAGTAAAGAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATAATTTTTA
245222 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
245250 TTGAATAAGC
Statistics
Matches: 468, Mismatches: 78, Indels: 38
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Matches are distributed among these distances:
176 2 0.00
177 153 0.33
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Consensus pattern (179 bp):
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTGAT
GACAAAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCAAAACTATTTGAAA
TAGTTCAGTAAAGAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATAATTTTTA
Found at i:245169 original size:18 final size:17
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Indices: 245126--245173 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 17
245116 ACAAAAGGTT
*
245126 ATAACAATTTGAAATAG
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*
245143 ATAATTATTT-AAATAG
1 ATAACTATTTGAAATAG
245159 TCATAACTATTTGAA
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245174 CTAGTTCAGT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
16 6 0.24
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Consensus pattern (17 bp):
ATAACTATTTGAAATAG
Found at i:245350 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 245242--245379 Score: 213
Period size: 67 Copynumber: 2.1 Consensus size: 67
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** * *
245242 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAGGTTGACAAACAATTGTTTTATGACAAAACGAAAGGTAATAA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAGGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACGAAAAGTAATAA
245307 TG
66 TG
* * *
245309 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAATTAATAA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAGGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACGAAAAGTAATAA
245374 TG
66 TG
245376 ATTT
1 ATTT
245380 AAAATAGATA
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 7, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
67 64 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (67 bp):
ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAGGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACGAAAAGTAATAA
TG
Found at i:245628 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 245309--246304 Score: 791
Period size: 182 Copynumber: 5.5 Consensus size: 181
245299 GGTAATAATG
** * * * *
245309 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG--TTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAA-TTAA
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTGTTTTATGACTAAA-CAAAAGTTCA
* * * * * * *
245371 TAATGATTTAAAATAGATATTTATTCAAAT-GACCATAATTATTTGAAC-TGATTCGGTAAATTA
63 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-CCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAA-CA
* * *
245434 GATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTACT
125 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
245491 ATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTGAAACAATTGTTTTATAAC-AAATCAAAAGTTCACA
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAA-CAAAAGTTCATA
* * * ** *
245555 ACGATTTTATATAGATAATTGTTGAAATAATCATAACTATTTGAATTTGTTCGATAAACAGATTT
65 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTT
* * * * *
245620 ATTTTTTTAAGTGTCTTGCTTATTAATTTTTTG-ACTATTAATAAATTAATATT
130 A-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
245673 ATTTTATTCCT-AATAAACTGGTATGAACTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAAGTT-AG
1 ATTTTATT-TTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAAC-AAAAGTTCAT
* * * * * ** * * *
245736 AACGATTTGAAATAGATAATTTTTCCAATAGGCTTAACCATTTGAACTAATTTGACAAACACATT
64 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATT
* * *
245801 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATT
129 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * ** * * * * * *
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1 A-TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGTTCATA
* * * * * * * * * *
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65 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCAT-AACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATT
* * * *
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129 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATT
* * * * * * *
246034 ATTTTATTTT-AGATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTGATGGCAAAACAAAAGGTCATA
1 ATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGTTCATA
* * * * * * *
246098 ACTATTTTAAATAGTTAATTGTTCAAATAGCCATATCTATTTGAGCTTATTCGATAAATAGATTT
65 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTT
* ** *
246163 ATTTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTCTAATGTTAATAAA-TATGTATT
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** * * * * *
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*
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * ** * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
247893 TCATAATTATTTGAA-TTGGTT-TGGCAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTAATT-ATTT
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* ** * * * *
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1 AAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * **
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* * * *
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* * * *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * ** * ** * * *
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* * * * * * *
248500 AAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACT-G
130 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAG
* * ** * * *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * *
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* * * * * * * *
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1 AAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
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* * **
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* * * * * * * * *
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* *
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* * **
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* * * *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * *
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66 CATAACTATTTGAACT-TGTTCAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTT
* * * * *
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* * * * *
249264 AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
249329 CATAACTATTTAAACTTGTTC-GATAAGCAGAGTTATTTTTTAATTAT-TTTACTCT-TTAATTT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGGTAAACAGATTTATTTTTTAA--ATCCTTACT-TATTAATTT
* * * **
249391 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTATATGAGCAG
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* * * * *
249445 AAACAATTGTTTTGTTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
249510 CATTACTATTTGAACTTATTCA-ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTGTC
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTT
* * * ** *
249574 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTGGTATGAATAG
130 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * *
249626 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAACAATTGTTTAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* *
249691 CATAA-TAATTTGAACTTGTTC-GGTAAACATATTTATTTTTTAAA-CCTTTTACCTATTAATTT
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*
249753 TCT-TAATATTAATAAATT
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* *** * * *
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* * ** * *** * * *
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* ** * * * * * * * *
246649 TTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATT-AATTTTCAAAATATT
257 TTTAAACTAATTCGATAAACAGAGTTATGTTTTAAATAT-CTAACTCTTCAATTTTTAAAATATT
* * * * * * * *
246713 AATAAATTAGTATTACTTTA-TTCTGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGAC-A
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* * * * * * ** * * * *
246776 AATAAAAGATCACAA-GTATTTGAAATAAATATTTCTTTAAGCAATCATAACTATTTGAGCTTGC
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* * * * * *** * * *
246840 TT-GATAAATTA-ATTTATTTTTTTAATAT-TATACTTATTAATTTTTGGAATATTGATGAAGTA
448 TTCAATAAA-CACATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTA--AATTGTCAAAATATTAATAAATTA
* * * * * * ** * * * *
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* * * * ** * * * *
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** * * * ** * * *
247029 A-AATTTTTTTTTTAAT-TTTTACTTACCAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA
636 AGAATTAGTTTTTAAATCTCTTA-TAATTAATGTTTGAAATAGTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
* * * ** * * ** * *
247091 TT-TGGAATAAGCTTA-TATGAAAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAAT
699 TTAT-AAACAAG-TTAGTAAGAACTAAACAAATTATTTTACGACAAAACAAAATATCATGACAAT
* * * ** * * ** * ** *
247153 TTGAAATAGATAATTA-TTCAAATATTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATATTTTCATTT
762 TTAAAATAAAGAA-TAGTTCAAATAGACTTAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACAAATTAATTT
* * * * * * *
247217 TTTAAATCTCTTACTCATTAGGTTTTCAAAATATTAATATATTAATATTATTTTA-TTCTGAATA
826 TTTAAATCTCTAACTTATTA-ATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATA
* *
247281 AGC-CTATATGTAT
889 AACTC-ATATGAAT
**** * * ** ** * * * * *
247294 TGGTATAATTGTTTTATAATGAAACAAAAGTTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTC----A
1 AAAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGATCATAACGAATTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * **
247355 GTCATAACTATTT-AAA-C-C-TGGTCAGTGAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
66 GTCATAACTATTTGAAATCACTTGGT-A---AACAAATTTATTCTTTAAATCTCCAACTTATTAA
* * * * * ** * * * * * *
247416 TTTTTGGATTATTAATAAAATAGAATCATGGTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAAT
127 -TTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCTAAATAGGCTAGTATGAATAAAAACAAT
** * * * * * *
247480 TATTTTGTGATAAAACAAAAGGTT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAAC
191 TGGTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGCCATAAC
** * *** * * *
247544 TATTTGCA-T-TTGTCAGGCCAACATA-TTCATTTTTTAAATCCAT-T-ACT-TATTAATTTTTA
255 TATTTAAACTAAT-TC-GATAAACAGAGTT-ATGTTTTAAAT--ATCTAACTCT-TCAATTTTTA
* * * * * * ** *
247603 GAATATTAATAAATTAGTATTACTTTA-TTCTGAATAAGATGGTATGAACAAAAACAATTGTTTT
314 AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * * *
247667 ATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATTATAACTAATTAA
378 ATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATTACTATTTGA
* * * ** * * **
247732 ATTGGTTTAATAAGTAGATTTATTTTTTAATTCTCTTA-TT-AATT-TTTAAATATTAATAAATT
443 ACTGATTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAAATTGTCAAAATATTAATAAATT
* * * *** * * * * * * * *
247794 AATATTATTTTATTTTGAACAAACTTGTTTAAATAAAAAC-ATTTTTTTATGA-AAAA-ATAAAA
508 AACAATATTTTAATCCAAATAAGCTGGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAGGACAAAACA-AAAA
* * * ** *
247856 GTTTATAAC-GTCTTGAAATAGTTAATTGTTCGAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTTGGCAA
572 G-TCATAACAAT-TTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAT-ATTATTTGAATTGGTTTGACAA
* * * * * ** *
247920 ATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTATTTTTTGAAATATTAATAAATTTTTTTTATTTT
634 AGAGAATTAGTTTTTAAATCTCTTA-TAATTAATGTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * *
247985 ATTATGAACAAGTTAGTAAGAACTAAACAAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATGACAATT
698 ATTATAAACAAGTTAGTAAGAACTAAACAAATTATTTTACGACAAAACAAAATATCATGACAATT
* * * *
248050 TAAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACAAATTTATTTTT
763 TAAAATAAAGAATAGTTCAAATAGACTTAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACAAATTAATTTTT
* * * * * ** *
248115 TAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTTGAGTAAACT
828 TAAATCTCTAACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACT
**
248180 TGTATGAAT
893 CATATGAAT
* * * * * *
248189 AAAAATAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAA-GAAATTGAAATATATAATTGTTCAAAT
1 AAAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGATCATAACG-AATTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* *** *
248253 AGTTATAACTATTT-AAATTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATT
65 AGTCATAACTATTTGAAATCACTT-GGTAAACAAATTTATTCTTTAAATCTCCAACTTATTAATT
**
248317 TTAGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTA-TT-TAGAATAGGCTAGTATG-ATGAAAAACAAT
129 TT-GAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCTA-AATAGGCTAGTATGAAT-AAAAACAAT
* * * * *
248379 TGTTTTATGGCAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATTA-T
191 TGGTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGCCATAACT
* * ** * *
248443 TTTTGAACTAATTCGATAAATTGATTTATGTTTTAAATCTCTAACT-TATCAATTTTTAAAATAT
256 ATTTAAACTAATTCGATAAACAGAGTTATGTTTTAAATATCTAACTCT-TCAATTTTTAAAATAT
*** * * * *
248507 TAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAA
320 TAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * * *
248572 AATAAAAGGTCATATTGATTTTAATTAG-TAATTGTTCTAATAGT-TTTAACTATTTGAACTGGA
385 AACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATT-ACTATTTGAACT-GA
** * * * * * *
248635 TT-GGTAAACACATTTATTTTTTAAATC-CTTAC-T-AATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAA
448 TTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAAATTGTCAAAATATTAATAAATTAACAA
* * *
248696 T-TTTTACTCGAAATAAGCTTGG-ATGAACAAAAACAGA-TGTTTTAGGACAAAACAAATA-TCA
513 TATTTTAATCCAAATAAGC-TGGTATGAACAAAAACA-ATTGTTTTAGGACAAAACAAAAAGTCA
* * *
248757 TAACAATTTGAGATAGATAATTGTTTAAATAGTCATATCTATTTGAATTGGTTTGATAAAGAGAT
576 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAT-TATTTGAATTGGTTTGACAAAGAGAA
*
248822 TTAGTTTTTAAATCTC-T-T-ATTAATGTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAA
640 TTAGTTTTTAAATCTCTTATAATTAATGTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTATAA
* * * * * * *
248884 ATAATTTTGTATGAA-TAGAA-ACAATTATTTTACGACAGAACAAAATGTCAT-ACCAATTTGAA
705 ACAAGTTAGTAAGAACTA-AACA-AATTATTTTACGACAAAACAAAATATCATGA-CAATTTAAA
* * * * ** *
248946 ATAGATAATAGTTCAAATGGACTTAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTAATTTTTTAAA
767 ATAAAGAATAGTTCAAATAGACTTAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACAAATTAATTTTTTAAA
*
249011 TCT-TCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTCAT
832 TCTCT-AACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTCAT
249075 ATGAAT
896 ATGAAT
* * * *
249081 AGAAACAATTGTTTTACGATAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
1 AAAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGATCATAACGAATTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* ***
249146 GTCATAACTATTTGAACTCACTTGGTAAACAAATTTATTCTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
66 GTCATAACTATTTGAAATCACTTGGTAAACAAATTTATTCTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTT
* * * * *
249211 GGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCTAAATATGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGGTT
131 GAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCTAAATAGGCTAGTATGAATAAAAACAATTGGTT
* * *
249276 TATGACAAAACAAATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTA
196 TATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGCCATAACTATTTA
** * * * * * * **
249341 AACTTGTTCGATAAGCAGAGTTATTTTTTAATTATTTTACTCTTTAATTTTTGGAATATTAATAA
261 AACTAATTCGATAAACAGAGTTATGTTTTAAATATCTAACTCTTCAATTTTTAAAATATTAATAA
* * * * *
249406 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAGCAGAAACAATTGTTTTGTTACAAAACAAA
326 AGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
*
249471 AGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATTACTATTTGAACTTATTCAATAA
391 AGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATTACTATTTGAACTGATTCAATAA
* * * *
249536 ACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
456 ACACATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-T-TAAATTGTCAAAATATTAATAAATTAACAATATTTT
* * *
249601 AATCCAAATAAGCTGGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATT
519 AATCCAAATAAGCTGGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAAAGTCATAACAATT
* * *
249666 TGAAATAAACAATTGTTTAAATAGTCATAATAATTTGAA
584 TGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAT-ATTATTTGAA
249705 CTTGTTCGGT
Statistics
Matches: 1908, Mismatches: 407, Indels: 188
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
890 2 0.00
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903 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (901 bp):
AAAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGATCATAACGAATTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
GTCATAACTATTTGAAATCACTTGGTAAACAAATTTATTCTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTT
GAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCTAAATAGGCTAGTATGAATAAAAACAATTGGTT
TATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGCCATAACTATTTA
AACTAATTCGATAAACAGAGTTATGTTTTAAATATCTAACTCTTCAATTTTTAAAATATTAATAA
AGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
AGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATTACTATTTGAACTGATTCAATAA
ACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAAATTGTCAAAATATTAATAAATTAACAATATTTTAA
TCCAAATAAGCTGGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTG
AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATATTATTTGAATTGGTTTGACAAAGAGAATTAGTTTTTAA
ATCTCTTATAATTAATGTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTATAAACAAGTTAGTA
AGAACTAAACAAATTATTTTACGACAAAACAAAATATCATGACAATTTAAAATAAAGAATAGTTC
AAATAGACTTAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACAAATTAATTTTTTAAATCTCTAACTTATTA
ATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTCATATGAAT
Found at i:249800 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 249744--249808 Score: 103
Period size: 34 Copynumber: 1.9 Consensus size: 34
249734 ACCTTTTACC
*
249744 TATTAATTTTCTTAATATTAATAAATTTATAACT
1 TATTAATTTTCTTAATACTAATAAATTTATAACT
* *
249778 TATTTATTTTCTTAGTACTAATAAATTTATA
1 TATTAATTTTCTTAATACTAATAAATTTATA
249809 TTATTTTGTT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
34 28 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.06, G:0.02, T:0.54
Consensus pattern (34 bp):
TATTAATTTTCTTAATACTAATAAATTTATAACT
Found at i:249965 original size:215 final size:215
Alignment explanation
Indices: 249581--249982 Score: 511
Period size: 215 Copynumber: 1.9 Consensus size: 215
249571 GTCAAAATAT
* * *
249581 TAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTGGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
1 TAATAAATTAATATTATTTTAATCAAAATAAGCTGGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAA
* * * * * *
249646 AACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAACAATTGTTTAAATAGTCATAATAATTTGAACTTGTT
66 AACAAAAAGTCATAACAATTTCAAATAAACAACTATTCAAATAATCATAATAATTTGAACTTGAT
* * * * *
249711 CGGTAAACATATTTATTTTTTAAACCTTTTACCTATTAATTTTCT-TAATATTAATAAATTTATA
131 CGGTAAACATATTCAGTTTTTAAACCTCTTAACTATTAATTTT-TAAAATATTAATAAATTTATA
249775 ACTTATTTATTTTCTTAGTAC
195 ACTTATTTATTTTCTTAGTAC
* ** *
249796 TAATAAATTTATATTATTTTGTTCAAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAAAATTTATTTTATGACA
1 TAATAAATTAATATTATTTTAATCAAAATAAGCTGGTATGAATAGAAAAAA-TTATTTTATGACA
* * * *** * * *
249860 AAGCAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAGATAACTATTCAAATAATCATAATTATTTGAACTTGA
65 AAACAAAAAGTCATAACAATTTCAAATAAACAACTATTCAAATAATCATAATAATTTGAACTTGA
* *
249925 TCGGTAAACATATTCAGTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
130 TCGGTAAACATATTCAGTTTTTAAACCTCTTAACTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
249983 CTTAGCATTA
Statistics
Matches: 156, Mismatches: 29, Indels: 4
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
214 6 0.04
215 150 0.96
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (215 bp):
TAATAAATTAATATTATTTTAATCAAAATAAGCTGGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAA
AACAAAAAGTCATAACAATTTCAAATAAACAACTATTCAAATAATCATAATAATTTGAACTTGAT
CGGTAAACATATTCAGTTTTTAAACCTCTTAACTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTATAA
CTTATTTATTTTCTTAGTAC
Found at i:251070 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 250374--251162 Score: 470
Period size: 182 Copynumber: 4.4 Consensus size: 181
250364 ATGTTTTGTC
* ** * * * * * *
250374 ATAAAACAATTATTTCTTTTCACACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAA-AAT
1 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATATTAATATT
* * ** * * * * * * *
250438 TCCAAAAATTAGTAAGTATGAGATTTAAAAACAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAGTTTTACATA
66 TCC-ATAATTAATAAGTAAAAAATTT--AAA-AAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCTA-ATC
* * * * ** * * *
250503 ATTAAGACTA-TTGAACAATTATCTATATCAAATTGTTCTGACCTATTA-TTTAGTC
126 AGTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTA-TA
* * * ** * *
250558 ATAAAATAATTATTTCATTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-T
1 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATATTAATATT
* * * * * * * * *
250622 TCAAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTTAAACAAA-AAATCTGTTTATCGAACAAGTT-TAAAT-A
66 TC-CATAATTAATAAGTAAAA-AATTTAAA-AAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCT-AATCA
* * * * * *
250684 GATTTCACTA-TTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACATTTTGTTTTGCT-
127 G-TATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTATTTT-ATA
* * * * * ** * * *
250739 ATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATCTAAAAT-AAATCCCTTGCT--TAT-CTAAAA
1 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT--AATACTAATATATTAATA
* * * *
250800 CTT--AT--CTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCTAATCAGT
64 TTTCCATAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCTAATCAGT
* * * ** * *
250861 TTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTATTTTATC
129 ATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATA
* * * *
250914 ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTT-AGATTAAAATAATATTTATTTATTAATA
1 ATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATATATTAATA
*
250977 TTTCCATAATTAATAAGTAAAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTT-TAAAT-A
64 TTTCCATAATTAATAAGT-AAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCT-AATCA
* * * * *
251040 GTCATGATTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTA
127 GT-ATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATA
** * *
251096 ATAAAGTAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAATATAATACTAATATATTAATATT
1 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATATTAATATT
251161 TC
66 TC
251163 AAAAATGAAT
Statistics
Matches: 473, Mismatches: 100, Indels: 66
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 3 0.01
174 39 0.08
175 77 0.16
176 10 0.02
177 7 0.01
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180 12 0.03
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185 4 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATATTAATATT
TCCATAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCTAATCAGTAT
GACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATA
Found at i:251751 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 251182--254025 Score: 2025
Period size: 181 Copynumber: 15.8 Consensus size: 180
251172 TTTGTTTATC
* * * ** * *
251182 GAACAAGTTCAAATAGTTACGAGTATCT-AA-AAAAATATATTTCAAAAT-ATTATGACTTTTTG
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTG
* * * * **
251244 TTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TGTTCATGCAACCTTATTTCCAATAAAATAATA-TAAATTT
65 TTTTATCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTT
* * * * *
251307 ACTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAG-TTTAAAAAATAAATATGTCTT-CT
128 ATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTACT
* * *
251360 AAATTC-A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TATTTTATTTCAAATCGTTATGACCATT
1 GAA--CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TTTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * ** * * * *
251422 TATTTTGTCAT-ATGCTAATCTG-TTCTATTCAAACAAGTTTATTT-GAAAAAAAATAATATTAA
63 TGTTTTATCATAAAAC-AAT-TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAA
* * * * *
251484 TTTATTAATACTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAGTCTATTTACC
125 TTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
*** * * * ** *
251540 GAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAACTATTTATTTCAAGTTGTTATGATCTTTTGT
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * *
251605 TTTATGATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTGTT
66 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * *
251670 ATTATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTATT
131 AATATT-TAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
** * * * * * * ** *
251721 GAACAAGTTCAAATAGACATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTTAAATCGTTAAAACATTTTGT
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* *** * *
251786 TTTATCTTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAAATATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATT
66 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATT
** * * * * *
251851 GCTATTTTGAAAAA-TAATAAG----ACATTTAAAAACTAAATATGTTTACC
131 AATA-TTT-AAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * ** * * * *
251898 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCACATATCGTTATGA-TTTTTGA
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * * * * ** * * *
251962 TTTGTCCTAAAACATTTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTTGAGTAAAATCTTGCTAAATTAAT
66 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * *
252027 AATATTCTAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTTAAAAATGAATGTGTTTACC
131 AATATT-TAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * * * * * *
252077 AAACCAA-TGCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCGAATCAATTATGGCCTTTT
1 GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTT
* * * * * * *
252141 G-TTTAGTAATAAAATAATTTTTTC-AGTTTATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
64 GTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATT
* * * * *
252204 TATGAACATTTAAAAAATTAGTAAG-TAATAAATTTAAAAAAAATAAATCTGTTTACT
127 TATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTTAA-AGATTT--AAAAAATAAATCTATTTACT
* * * * * *
252261 GAATAAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAT
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * *
252326 TTTATCATAAAACATTTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAATATTACTTTAT
66 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
252390 TAAAATTTTAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATTAATC-AGTTTA-T
130 TAATA-TTTAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACT
* * * * * * ***
252441 CGAATC-AGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATCATTATGAAAATTT
1 -GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * *
252505 -TTTT-TCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTT
64 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTT
* * * *
252567 AATAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAGGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACT
128 ATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTTA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * * * * *
252620 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATTATTATAATCTTTTGT
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * * * ** *
252685 TCTATCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATATAATAATGCTAACATAAT
66 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * **
252750 AATATTATGAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGCTTACT
131 AATATT-TAAAAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * * * *
252801 GAACAAGTTCAAATAGTTAAG-CTGTATGAACAATTTTTTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGT
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * ** * * ** * *
252865 TCTGTCA-AAAATAA-AATTT-TAGTTCTTCCTAA-CTTATTCGGAATAAAATAAAACAAATTTA
66 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC-AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
252926 TTAGTACTTGAAAAATTAATCAG-TAAGAAATTTGAAAAATAATTCTGATTGT--T
129 TTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAATCT-ATT-TACT
** * * * *
252979 GAATTAGTTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCCTTATGACCTTTTGT
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * * * * *
253044 TTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCAAATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATATTAATTTATT
66 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * *
253109 AACATTTTGAAAATTAATAAG----AGAATTAAAAAATAAATCTATTTACT
131 AATA-TTTAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * * * * *
253156 -AAAATAGTT-TAATAAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCACTATGACCATTG
1 GAACA-AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * *
253219 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-TAGTCATATTCAGAATAAAGTAATGA-TAATT
64 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTAGAATAAAATAAT-ACTAATT
* * **
253282 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAACGAATTTAAAAAATGAATCTATTGGCTT
127 TATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTTAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-T
* ** * *
253338 GACCAA-CACAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTGATTT-AAATCATTATAACCTTTTG
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * ** * * * * *
253401 TTTCATCACAAAACAATTGCTTT-TGTTTGTGCAAGCTTA-ATCGAAATAACATAATTCTAATTT
65 TTTTATCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTT
* * *
253464 ATTAATATTTCAAAAGTTAATAAG-TAATAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
128 ATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* *** * *
253518 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATGTATTTCAAATTGCTATAATCTTTTGT
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * *
253583 TTTATCATAAAACAATTTTTTCTACTCATACAAGCTTATTTCA-TATAAAATAATACAAATTTAT
66 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
253647 TAATATTTAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATT
130 TAATATTTAAA-AATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * * *
253699 GAATAAGTTCAAACAGTTATGA-TATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGA-CTTTTAG
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-G
* * * * * * * *
253762 TTTTCTCATAAAGCAATTGTTTTTGTTCATAGAAGCTTA-TTCGAATTAAACTAATATTAATTTA
65 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTA
* ** * * * * *
253826 TTAATATTTCAACAATTAATAAGAAAAAAAATT-AAAAATAAATGTGTTTACC
129 TTAATATTT-AAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * ** * * * * *
253878 AAACAAGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTAT
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
** * * * *
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66 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTA
*
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129 TTAATATT-TAAAAATTAAT
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TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATT
AATATTTAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
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* * * * * * ** *
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* * * * * * *
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* * ** *
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126 A-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAA
* * * * *
251344 AATAAATATG-TCT-TCTAAATTCA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TATTTTATTTC
189 ACTAAATCTGAT-TATC-GAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTC
* * * ** * * * * *
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* * * * *
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* * * * * **
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* * **
251596 ATCTTTTGTTTTATGATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATAC
440 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATAC
** * *
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505 TAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG-AG
* * * ** *** * *
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* * * ** * **
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* * ** *
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* * * ** * *
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* * * ** * * * *
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257 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTCTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATA
* * * * * * * **
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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449 TTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
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512 AT-AATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAG
* *
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1 ATTT--AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAATATATGAACAATTATC
* * * ** *
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* * * * * * *
252364 TCTAAAATAAAATAATATTACTTTATTAAAATTTTAAAAATTGATAAGTTAGAGATTT-AAAACA
128 TC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAC-
* * * * * * * * * *
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191 TAAATCTGATTATCGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* *** * * ** *
252492 ATTATGAAAATTT-TTTT-TCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTTGGAATAAAA
255 CTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTCTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAA
* * *
252555 TAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAATAAATATGTTTACT
320 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACT
* * * *
252620 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATTATTATAATCTTTTGT
384 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * **
252685 TCTATCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATATAATAATGCTAACATAAT
449 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAAT
* * *
252750 AATATTATGAAAATTAATAACTAAGAG
514 AATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * *
252777 ATTTAAAAAATAAATTTGCTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAG-CTGTATGAACAATTTTTTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAATATATGAACAATTATCTA
* * * * * * *
252841 TTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTCTGTCA-AAAATAAAATTTTAGTTCTTCCTAA-CTTATTC
66 TTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCACAAAACAAAGTTTTAGTTCAT-CAAAGCTTATTC
** * * * * *
252904 GGAATAAAATAAAACAAATTTATTAGTACTTGAAAAATTAATCAGTAAGAAATTTGAAAAA-TAA
130 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAACTAA
* * * * * *
252968 TTCTGATTGTTGAATTAGTTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCCTTA
194 ATCTGATTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCCTTA
* * * *
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259 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTCTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAAT
* * ** * * * * *
253098 ATTAATTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAG-AGA-ATTAAAAAATAAATCTATTTACTAAAAT
324 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAACT
* * * * * * *
253161 AGTT-TAATAAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCACTATGACCATTGGTTTTG
389 AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * *
253225 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-TAGTCATATTCAGAATAAAGTAATGA-TAATTTATTAA
453 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGT-TTATTCAGAATAAAATAAT-ACTAATTTAATAA
253288 TATTCTAAAAATTAATAAGTAACGA-
516 TATTCTAAAAATTAATAAGTAA-GAG
* * ** * ** * * *
253313 ATTTAAAAAATGAATCTATTGGCTTGACCAA-CACAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-TGAACAAGTTCAAATAGTTATGAATATATGAACAATTATCT
* * **
253377 GA-TTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTCATCACAAAACAATTGCTTTT-GTTTGTGC-AAGCTT
65 -ATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCACAAAACAA-AG-TTTTAGTTCAT-CAAAGCTT
* * * * * * * *
253439 AATCGAAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAATAAATTTAAAAAA
126 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAC
* * *
253504 TAAATCT-ATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATGTATTTCAAATT
191 TAAATCTGA-TTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T
* * * * * *
253568 GC-TATAATCTTTTGTTTTATCATAAAAC-AAT-TTTTTCTACTCATACAAGCTTATTTCA-TAT
254 CCTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTCT--TCATACAAGTTTATTT-AGAAT
* *
253629 AAAATAATACAAATTTATTAATATTT-AAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
316 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGT-AAAGATTT-AAAAATAAATCTG
* * *
253693 TTTATTGAA-TAAGTTCAAACAGTTATGA-TATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGA-
378 TTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * * *
253755 CTTTTAGTTTTCTCATAAAGCAATTGTTTTTGTTCATAGAAGCTTATTC-GAATTAAACTAATAT
442 CTTTT-GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAA-TAAAATAATAC
* * * * *
253819 TAATTTATTAATATT-TCAACAATTAATAAGAAAAAA
505 TAATTTAATAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAG
* * ** * * * *
253855 AATT-AAAAATAAATGTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCA-CAACTATTTGAATAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAA-TATATGAACAATTATCT
* * * * ** * * * * * *
253918 ATTTAAAATTATTATGACCTTTTATTTCGTCATAAAACAATTGTATCAGCTCAT-ATAAACTTAT
65 ATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCACAAAACAA-AGTTTTAGTTCATCA-AAGCTTAT
** ** *
253982 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATT
128 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGA-AATT
254039 GAACAATTAT
Statistics
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0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
535 6 0.00
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545 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
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TTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCACAAAACAAAGTTTTAGTTCATCAAAGCTTATTCA
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAACTAAAT
CTGATTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCCTTATG
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTCTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATAC
TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAG
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCA
TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTC
TAAAAATTAATAAGTAAGAG
Found at i:254142 original size:133 final size:133
Alignment explanation
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253894 TCACAACTAT
* *
253904 TTGAATAATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTATTTCGTCATAAAACAATTGTATCAGCT
1 TTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTCGTCATAAAACAATTGTATCAGCT
* *
253969 CATATAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGA
66 CATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGTAAGA
254034 GAA
131 GAA
* * * * ** *
254037 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT
1 TTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTCGTCATAAAACAATTGTATCAGCT
* *
254102 CATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTAAAAAATTA
66 CATACAAACTTATTT-GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCAAAAAATTA
254157 CTAAGTAGAA
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 13, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
132 1 0.01
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TTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTCGTCATAAAACAATTGTATCAGCT
CATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGTAAGA
GAA
Found at i:254311 original size:313 final size:312
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253714 GTTATGATAT
* * * *
253724 TTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGACTTTTAGTTTTCTCATAAAGCAATTGTTTTTGTT
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTAGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGTT
* * * * *
253789 CATAGAAGCTTATTCGAATTAAACTAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGAAAAA
66 CATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATATAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAAAAA
* **
253854 AAATTAAAAATAAATGTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAATAATTATCTA
131 AAATTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCACAAAAATTTGAATAATTATCTA
* *
253919 TTTAAAATTATTATGACCTTTTATTTCGTCATAAAACAATTGTATCAGCTCATATAAACTTATTT
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* *
253984 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAA
260 GAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGAA
*
254037 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTAGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGT
* *
254101 TCATACAAGCTTATTTCGAA-TAAAATAATATAAATTTATTAATATTTAAAAAATTACTAAG-TA
65 TCATACAAGCTTA-TTCGAATTAAAATAATATAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAAA
* * * * * *
254164 GAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACA-TTCAAATAGTTATAAAAATTTGAATAATTA
129 AAAAATT-AAAAATAAATATGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTCACAAAAATTTGAATAATTA
* * * * * * * *
254228 TTTATTTTAAA-TAGTTGTGACCTTTTGTTTTGTGATAAACCAATTATTTCTA-TACATACAAAC
192 TCTATTTAAAATTA-TTATGACCTTTTATTTCGTCATAAAACAATTATATC-ACT-CATACAAAC
* *
254291 TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
254 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
254345 AAGATTTAAA
Statistics
Matches: 266, Mismatches: 35, Indels: 14
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (312 bp):
TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTAGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGTT
CATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATATAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAAAAA
AAATTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCACAAAAATTTGAATAATTATCTA
TTTAAAATTATTATGACCTTTTATTTCGTCATAAAACAATTATATCACTCATACAAACTTATTTG
AAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGAA
Found at i:255203 original size:355 final size:346
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Period size: 355 Copynumber: 3.0 Consensus size: 346
254389 TATAACTGTT
* ** * *
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* * * * * * *
254463 CTT-ATTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAATCTTTTACTTACT-AGTTGTATGAATATTAATAAA
66 -TTCATTTGGCAAACAAATTCATTTTTTAATC-CTTACTTATTAATTTTTA-GAATATTAATAAA
* * * * ** * *
254526 TTTGTATTATTTTAATT-GAAACAAGCTTGTATGGATAAAAAAATATTTTATAACAAAACAAAAG
128 TTAGTATTACTTT-ATTCCAAATAAGCTTGTATAAAT-AAAAATTATTTTATGAC-AAA-AAAAG
* * **
254590 TTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGATAAAC
189 GTTATA-AAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTG-T-AAC
* * *
254655 AAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTAGTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGA-ATTATGTTA
251 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTA--T--TAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTA
** *
254719 TTCCCAATCAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTC
311 TTCTGAA-CAGCTTGTAT-AACAAAAACAATTGTTTTA
* *
254757 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTTATAAT-TATTTGT
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT-ATCTATTTG-
* * *
254821 ACTGGTCA--T-GCCAACATATTCATTTTTTAAATCCATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT
64 AAT--TCATTTGGCAAACAAATTCATTTTTT-AATCC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT
* * * *
254883 AAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGATTGTATTAATAGAAAATTTTTTTTATGACAAAATAA
125 AAATTAGTATTACTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAAATA-AAAA-TTATTTTATGACAAAA-AA
* * * * *
254948 ATGGTTATAAAGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATTAAACTTGTTT-TAT
187 A-GGTTATAAA-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGTA-
* *
255012 ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATCT-TTTTATT
249 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATAT-TATTTTATT
* * * * *
255076 ATGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTATTTTA
313 CTGAAC-AGCTTGTAT-AACAAAAACAATTGTTTTA
* * * * *
255112 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAGAATTGTTCATATAGCCATATCTATTTGAA
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* * * * * * *
255177 TTCATTTGGCAAACAAATTTATTTTTTGAATCTCTTAGTTATTAGTTTTCATAATATTATTAGAT
66 TTCATTTGGCAAACAAATTCATTTTTT-AATC-CTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* ** * *
255242 TAATATTACTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAACATCAATAATTATTTTATGATTAAAAAAAGG
129 TAGTATTACTTTATTCCAAATAAGCTTGTAT-AA-AT-AAAAATTATTTTATGA-CAAAAAAAGG
* * * *
255307 TTATAACAATTTAAAATATATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAGCA
190 TTATAA-AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTT-GTAA-CA
* *
255372 TATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
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** *
255437 CTGAATTTGCTTGTATAATGAAAAACAATTGTTTTA
313 CTGAA-CAGCTTGTATAA-CAAAAACAATTGTTTTA
255473 TGACAAAACAAAAG
1 TGACAAAACAAAAG
255487 TTCACAATGG
Statistics
Matches: 594, Mismatches: 97, Indels: 75
0.78 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
352 3 0.01
354 7 0.01
355 228 0.38
356 18 0.03
357 28 0.05
358 15 0.03
359 87 0.15
360 67 0.11
361 140 0.24
362 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (346 bp):
TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATATCTATTTGAA
TTCATTTGGCAAACAAATTCATTTTTTAATCCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
GTATTACTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAAATAAAAATTATTTTATGACAAAAAAAGGTTATAA
AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGTAACAAATTTATTT
TTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAACAGCTTGT
ATAACAAAAACAATTGTTTTA
Found at i:255355 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 254399--255660 Score: 997
Period size: 181 Copynumber: 7.1 Consensus size: 181
254389 TATAACTGTT
** * * *
254399 TGACAAAACAAAA-GTTATAATGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
1 TGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
* * * * * * *
254463 CTTATTTGGTAAATAGATTCATTTTTT-AATCTTTTACTTACT-AGTTGTATGAATATTAATAAA
66 CTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-GAATATTAATAAA
** * * ** *
254526 TTTGTATTATTTTAAT-TGAAACAAGCTTGTATGGATAAAAA-AA-TATTTTA
130 TTAATATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTATTTTA
* * * **
254576 TAACAAAACAAAAGTTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
1 TGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
* * * * *
254641 CTTGTTTGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTAGTAATTTTTGGAATATTAATAAAT
66 CTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* ** * * *
254706 TAGA-ATTATGTTATTCCCAATCAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTC
131 TA-ATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTATTTTA
* * * * *
254757 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTTATAATTATTTGTA
1 TGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
** * ** * *
254822 CTGGTCAT-GCCAACATATTCATTTTTTAAATC-CATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
66 CTTAT-TTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
** * ** * * * * * *
254885 ATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGATTGTATTAATAGAAA-ATTTTTTTTA
129 ATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTATTTTA
* * * * * * *
254937 TGACAAAATAAATGGTTATAA-AGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATTAA
1 TGACAAAACAAAAGGTTATAACA-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGA
* * * *
255001 ACTTGTTT--TATACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
65 ACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
* * * * * *
255060 TTAATATCT-TTTTATTATGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTATTTTA
130 TTAATAT-TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTATTTTA
* * * * *
255112 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAGAATTGTTCATATAGCCAT-ATCTATTTGA
1 TGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAT-TATTTGA
* * * * * * * *
255176 A-TTCATTTGGCAAACAAATTTATTTTTTGAATCTCTTAGTTATTAGTTTTCATAATATTATTAG
65 ACTT-ATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
* ** *
255240 ATTAATATTACTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAACATCAATAATTATTTTA
129 ATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTATTTTA
** * * *
255293 TGATTAAA-AAAAGGTTATAACAATTTAAAATATATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAA
1 TGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
** * * * *
255357 CTGGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATAAATTTTT-GAAATATTAATAAA
66 CTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA
** ** *
255421 TTAATATTATTTTATTCTGAATTTGCTTGTATAATGAAAAACAATTGTTTTA
130 TTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTATTTTA
* *** * * *
255473 TGACAAAACAAAA-GTTCACAATGGTTTTAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTG
1 TGACAAAACAAAAGGTT-ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC-ATAATTATTTG
* * * * * **
255536 AACTGA-TTCG---ACAAACTAATTTTTCAAATCTCCAACTT-TTCAATTTTTTA-AATATTAAT
64 AACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AA-TTTTTAGAATATTAAT
* * * *
255595 AAAGTAATATTATTTTATGT-T-AGATAAGCTAT-TATGAACTAAAACAATTGTTTTA
127 AAATTAATATTATTTTAT-TCTGA-ATAAGCT-TGTATAAACAAAAACAATTATTTTA
*
255650 TGATAAAACAA
1 TGACAAAACAA
255661 CTGTTCGATA
Statistics
Matches: 859, Mismatches: 190, Indels: 72
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
174 55 0.06
175 63 0.07
176 3 0.00
177 114 0.13
178 87 0.10
179 58 0.07
180 223 0.26
181 255 0.30
182 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
CTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
TAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTATTTTA
Found at i:256414 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 255676--256525 Score: 703
Period size: 181 Copynumber: 4.8 Consensus size: 180
255666 CGATAAACTG
* * * *
255676 ATTTATTTTTTTAAATTTTTTACTTACTAATTTTCTA-AATGTTAATAACA-TAGTATTACTTTA
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TAGAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTA
* * * * * *
255739 TTTCAAAT-AAGTATGTATGAACT-GAAACAATTA-TCTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGA
63 TTTCGAATAAACT-TGTATGAA-TAGAAAC--TTATTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGA
* * * * *
255801 TTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTCAGCAAACAT
124 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAA
* * * * ** * * *
255858 ATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTATTATTTTAGCAATATTTTACTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
255923 CGAATAAGCTTGTATAAACATAAACAATT-TTTTTGTGACAAAACAAAA-ATCATAATGATTTGA
66 CGAATAAACTTGTATGAATAGAAAC--TTATTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGA
* * * * * ** * *
255986 GATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAGCAA
129 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAA
*
256038 ATTTAGTTTTTAAATC---TA-TTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** * *
256097 CCTGAATAATTTTGTATGAATA-AATAC--A-GTTTAT----AAACAAAATG-TCATAATGATTT
65 TC-GAATAAACTTGTATGAATAGAA-ACTTATTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACGATTT
* * * * * * * *
256153 GAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAT
127 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAA
**
256207 ATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
256272 CGAATAAACTTGTATGAATAGAAACTTATGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAA
66 CGAATAAACTTGTATGAATAGAAACTTAT-TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAA
* * * *
256337 ATA-ACTAATTGTTTAAATAGTCATAACCATTTGAACTCGCT-AGGCAAACAA
130 ATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCA-GCAAACAA
* * *
256388 ATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTT-GTAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
256452 CCGAATAAGCTT-AATTGAATAGAAA-TAATTAGTTTATGACAAGACAAAAGGT-ACTAACGATT
65 TCGAATAAACTTGTA-TGAATAGAAACTTATT--TTTATGACAAAACAAAAGATCA-TAACGATT
256514 TGAAATAGATAA
126 TGAAATAGATAA
256526 AATCATTATA
Statistics
Matches: 537, Mismatches: 96, Indels: 71
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.01
169 67 0.12
172 5 0.01
173 57 0.11
174 5 0.01
175 5 0.01
176 50 0.09
177 6 0.01
179 1 0.00
180 76 0.14
181 249 0.46
182 8 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
CGAATAAACTTGTATGAATAGAAACTTATTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAA
TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAA
Found at i:257423 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 257108--258784 Score: 1284
Period size: 181 Copynumber: 9.3 Consensus size: 181
257098 GTACAAGCTG
* * ** * *
257108 AATTTTCAAAATAATAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGATTAGAAACAA
1 AATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * ** * ** * * * *
257173 ATGTTTTATGACAAAATAGGAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGAC
66 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
** * * *
257238 TATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTGCCTACT
131 TATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * *
257289 AATTTTCAAAATATTTATAAATCAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAA
1 AATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * * * *
257354 TTTTTTTATGACAAAACAAAGGGTAATAA-ATATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTGATAA
66 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * *
257418 CTATTTGAACTTGCTTAGTAAATAGACTTATTT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATT
130 CTATTTGAACTTG-TTCG---ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
*** * * ** * *
257473 AATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCAAATACGCTTATATGAATAGAAACAA
1 AATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
** ** * * *
257538 TTGGATTATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAATCATAAT
66 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * * *
257603 TATTTGAA-TGTGTTC-AGAAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATT
131 TATTTGAACT-TGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * *
257652 AA-TTTCTAGAATATTAAAAAATTTA-TATTATTTTATTTAGACTAAGCTTGTATGAATAGCAAC
1 AATTTTC-AAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
*
257715 AACTT-TTTTATGACAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAGAGATAA-TAGTTCAAATAGTC
64 AA-TTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTC
* * * * * * * * *
257778 ATAACTATTTGAACTTGATCAAAAAATAAAATCATTTTTTAAATCTCTTACTCATT
126 ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * *
257834 AATTTTCAGAATATTGATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACT-GATACA
1 AATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACA
** * * * ** **
257898 ATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTTACAACAATTTGAAATGGATAATTATTCAAATAGTTTTGC
65 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * * *
257963 CTATTTGAACTTCTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTAGT
130 CTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * * * * * * *
258015 GATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTAAATTCGAATAAGCTTTTATAAATAAAAATAA
1 AATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * * * *
258080 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATCTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAGC
66 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
258145 TATTTGAACTTATTC-AGTAAATAGATTTCTTTTGTAAAT-TTTTACTTATT
131 TATTTGAACTTGTTCGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* ** * * * * * *
258195 AGTTGTT-TGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-ATTGAAATAGGCTCGTATGAATCGAAAA
1 AATT-TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
** * * * * ** * *
258258 AATAATTTAATGACAAAA-TAAAGGTTATAGCGCTTTGAAATAGAGAATTGTTCAAATAGTCATA
64 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* ** * * * * * * ** *
258322 ATTATTACAACTAGTTCGATAAATAGATTCAATTTTCAAATCAGTTATTTATT
129 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
*** ** * *** * * *
258375 AATTTTTTGAATATTAATAAATTAAAATTATGTTATTCCAAATAAG-TT-TATAAAAAAAAAACA
1 AATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-GAATAGAAACA
** * * * *
258438 ATTGCATTGTGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATGT-TTCAAATAGTCATA
65 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT-TATTCAAATAGTCATA
* * * ** *
258502 ACAATTTGCA-TTGATT-AAGCCAACATATTCATTTTTTAAAT-TCTTTACTTATT
129 ACTATTTGAACTTG-TTCGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATT
* * * * ** * *
258555 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCGAATAAGATTGTA-GCAATAGAAATA
1 AATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACA
* ** * * * * * *
258619 ATTATTTTATGACAAAACAAATTGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATTGTTATAA
65 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * *
258684 CTAATTGAACTGGTT-TAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATT
130 CTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
** * *
258732 AATTTTCAAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTATTTTGAACAAACTTGTAT
1 AATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
258785 TATTTTATTT
Statistics
Matches: 1172, Mismatches: 282, Indels: 87
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
177 48 0.04
178 7 0.01
179 163 0.14
180 287 0.24
181 444 0.38
182 72 0.06
183 8 0.01
184 133 0.11
185 10 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
Found at i:257918 original size:361 final size:363
Alignment explanation
Indices: 257108--258784 Score: 1071
Period size: 361 Copynumber: 4.6 Consensus size: 363
257098 GTACAAGCTG
* * * ** *** ** *
257108 AATTTTCAAAATAATAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGATTAGAAACAA
1 AATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAATAGAAACAA
* ** * ** * * ** * * * *
257173 ATGTTTTATGACAAAATAGGAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGA-CATGA
66 TTGGATTATGACAAAACAAAAGGTCACAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAAT-AATCATAA
* * * ** * * * *
257237 CTATTTGAACTTGTTC-GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTGCCTACTAATTTTCAAAAT
130 CTATTTGAACTTCTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTAGTAATTGTCAAAAT
* * * * * *
257301 ATTTATAAATCAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTATGAC
194 ATTAAAAAATTAATATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTTTTTATGAC
* * *
257366 AAAACAAAGGGTAATAA-ATATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTGATAACTATTTGAACT
258 AAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAAATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * ** * ** * *
257429 TGCTTAGTAAATAGACTTATTTTTTTTTAAATCTTTTACTTATT
321 TGATCAAAAAATAGAC-AATCATTTTTTAAATCTCTTACTCATT
** * * * *
257473 AATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCAAATACGCTTATATGAATAGAAACAA
1 AATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAATAGAAACAA
* ** *
257538 TTGGATTATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAATCATAAT
66 TTGGATTATGACAAAACAAAAGGTCACAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAATCATAAC
* * * *
257603 TATTTGAA-TGTGTTCAG-AAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATT-TCTAGAAT
131 TATTTGAACT-TCTTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTAGTAATTGTC-AAAAT
* * *
257664 ATTAAAAAATTTATATTATTTTATTTAGACTAAGCTTGTATGAATAGCAACAACTTTTTTATGAC
194 ATTAAAAAATTAATATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTTTTTATGAC
* *
257729 AAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAGAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
258 -AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
257794 GATCAAAAAATA-A-AATCATTTTTTAAATCTCTTACTCATT
322 GATCAAAAAATAGACAATCATTTTTTAAATCTCTTACTCATT
* ** *
257834 AATTTTCAGAATATTGATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACT-GATACA
1 AATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAA-TAGAAACA
** ** * * * * ** **
257898 ATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTTACAACAATTTGAAATGGATAATTATTCAAATAGTTTTGC
65 ATTGGATTATGACAAAACAAAAGGTCACAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAATCATAA
** * *
257963 CTATTTGAACTTCTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTAGTGATTGTCAAAATA
130 CTATTTGAACTTCTTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTAGTAATTGTCAAAATA
* * * * * * * *
258028 TTAATAAATTAATATTATTTAAATTCGAATAAGCTTTTATAAATAAAAATAATTGTTTTATGACA
195 TTAAAAAATTAATATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TTTTATGACA
* * * *
258093 AAACAAAAAGTCATAACAATCTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTT-A
259 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGA
** ** * * *
258157 TTCAGTAAATAGA-TTTC-TTTTGTAAAT-TTTTACTTATT
324 -TCAAAAAATAGACAATCATTTTTTAAATCTCTTACTCATT
* * * * * * * *
258195 AGTTGTT-TGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAAT-AGGCTCGTATGAATCGAAA-
1 AATT-TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCT-ATATGAATAGAAAC
* * * * * * ** * * *
258257 AAAT-AATTTAATGACAAAA-TAAAGGTTATAGCGCTTTGAAATAGAGAATTGTTCAAATAGTCA
64 AATTGGA-TT-ATGACAAAACAAAAGGTCACAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAATCA
* ** ** * * * * ** * * * ***
258320 TAATTATTACAACTAGTTC-GATAAATAGATTCAATTTTCAAATCAGTTATTTATTAATTTTTTG
127 TAACTATTTGAACTTCTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTAGTAATTGTCAA
* * * * * * * **
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* * * *
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* * *** * * * *
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* * * * * ** * *
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*** ** * * * * * * ** *
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* ** * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* ***
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* * * * * *
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* *** * *
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* * *
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TATAT
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*
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * ** * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * * ** *
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* * * * * ** * *
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** *** *
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* * ** * **
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* * *
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* * * * **
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1 ATTTCGAATAAACTTATATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATT
* * *
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* * * * * * *
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** * ** ** * * ** *
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1 ATTTCGAATAAACTTATATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATG---
* * ** * * * ** * * *** *
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* * *** * * * * * *
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171 TATTATTTT
* * * * * * * * * *
261246 AAATCTTTTACTTATTGATCTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATGTTATTTTGGA-TAAACT
1 --A---TTT-C-GAATAAAC-TT---ATA-TGA-ACAGAAATAAT-TGTT-TTAT-GACAAAAC-
* ** * ** * * * * *
261310 TTTATGAA-CCAAAACAAAAGTT--CATA-ATGATT-TT-AAATAGGTAATCATTCAAATAGTCA
49 ---A-AAAGGTAATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-G---TCA-T-AACTA-T-T
* ** *
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* *
261432 CAAA-AGTTAATAAATTAGTATTATTTT
154 -AAATA-TTATTAAATTTGTATTATTTT
* * * ** * * * ** * ** * *
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* * * * **
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63 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACGA-ATTTAT
* * * **
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* * * * * * * * * * *
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1 AT-TTCGAATAAACTTATATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGAT
* * * * * *
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* * *
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* ** * ** * * * * *
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1 ATTTCGAATAAACTTATATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTAATAATGAT
* * * ** * * *
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65 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAAC-GAATTTATTT
* * * *
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* * * * * * * *
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1 ATTTCGAATAAACTTATATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATT
* * *
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** * * **
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* * * ** * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * ** * *****
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* * *
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* * * * * * ** * *
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* * * **
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* * * * * *
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* ** * * * * * * * **
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* * * * * ** **** *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * ** *** *
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* * ** *
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* * * ** * * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * **
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131 TAAATCTCTTAGTTATAATTTT-TAAATATTATTAAATTTGTATTATTTT
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1 ATTT
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ATTTCGAATAAACTTATATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATT
TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACGAATTTATTTTT
TAAATCTCTTAGTTATAATTTTTAAATATTATTAAATTTGTATTATTTT
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* * *
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** * * * ** * * * * *
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** * * ** * ** * *
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* * * * *
260006 ATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGC-TCAAATAGTTATA
189 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAATGATTTGAAATAGATAATT-CTTCATATAGTTTTA
* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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1 AACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAA
* * * *
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* ** * * ** *
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129 TTTTGAAATACTAAAAAATTAGTTTTATTTTATTCCAATAAACTTAGGAAGAGCTGAAAAATTGT
** * * * * * *
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194 TTTATGACAAAACAAAAGG-TATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCATATAGT-TTTAACTAT
* * * * * * *
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257 TTGAAATGGTTTGGTAAACGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA-T-ATTTTTAAAATATTTT
* * * *
260496 TAGA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
320 TA-ATTTTGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATG
* * * * * *
260533 AATAGAAATAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTGTAATGATTTCAAATATATAATTGTTGAA
1 AACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAA
*
260598 ATAGTTATAATTATTTGAACT-GTTTTGGAAAATAAGT-TTTTTTAAATCTCTAACTTTTAA-AA
66 ATAGTCATAATTATTTGAACTAG-TTTGGAAAATAAGTATTTTTTAAATCTCTAAC--TTAATAA
** * *
260660 -TTTTGAAATACTAAAAAATTAGTTTTATTTTATTATGAATAAACTT-GGATGAGTTGAAATAAT
128 TTTTTGAAATACTAAAAAATTAGTTTTATTTTATT-CCAATAAACTTAGGAAGAGCTGAAA-AAT
*
260723 T-TCTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTCTTCATATAGTTTTAAC
191 TGT-TTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCATATAGTTTTAAC
* ** * *
260787 TATTTGAATTGGTTCAGCAAACGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGATTTTTACAATATT
254 TATTTGAAATGGTTTGGTAAACGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTAT-ATTTTTAAAATATT
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318 TTTAATTTTGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATG
* * * ** *
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1 AACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAA
* * * * *
260956 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTGAATCTC---C-TACTAAT
66 ATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGGAAAATA-A-GTATTTTTTAAATCTCTAACTTAATAAT
* * * * *
261017 TCTTGAAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATT
129 TTTTGAAATACTAAAAAATTAGTTTTATTTTATT
261051 TAAAATAAGC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (356 bp):
AACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAA
ATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGGAAAATAAGTATTTTTTAAATCTCTAACTTAATAATTT
TTGAAATACTAAAAAATTAGTTTTATTTTATTCCAATAAACTTAGGAAGAGCTGAAAAATTGTTT
TATGACAAAACAAAAGGTATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCATATAGTTTTAACTATTTGA
AATGGTTTGGTAAACGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATATTTTTAAAATATTTTTAATTT
TGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATG
Found at i:260906 original size:539 final size:535
Alignment explanation
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Period size: 539 Copynumber: 2.5 Consensus size: 535
259642 AAAAAATTGT
* * * * ** * * *
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1 TTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTGGAAATAGATAATTCTTCAAATAATCATAACTATT
* * * * * * *
259717 TAAACTTA-TTCAG--TAACA-GATTCATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
66 TGAAC-TAGTT-AGACAAACATAATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATT
* * * * * * ** *
259778 AATAAATTAT-AATTATGTTATTCTAATTAAGCTT-GTACA-AACAGAAAAAATTATTTTATGAC
128 AGTAAATT-TGTATTATTTTATTCCAA-TAAACTTAGTA-AGAACA-AAAAAATTGTTTTACAAT
** * * * * * *
259840 AAAACAAAAGG-TCATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAGCAGTCATAATTGTTTGCACTA
189 AAAACAAAAGGCT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAAATA
* ** * * *
259904 GTTAGGCT-AACAAATACATTTTCTAAATCCTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTA
253 GTTTGG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTA
*
259968 GCATTAATTTATTTTGAATAAGACTACGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCA
317 GCATTAATTTATTTTGAATAAGACTACGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * **
260033 TAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAAGTAATTGAACTGGTTTGGTAAATGATT
382 TAATGATTTCAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAAGTAATTGAACTGGTTTGGAAAATGAAG
* * ** *
260098 TATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTATTATTATTTTATTCCAAACAA
447 TATTTTTTAAATCTCTTATTAAATTTTAAAATACTAAAAAATTATTATTATTTTATTACAAACAA
* * *
260163 ACTTATATGAACAAAAACATTTTT
512 ACTTAGATGAACAAAAACAATTTC
* * * * *
260187 TTTATGACAAACCAAAAGGTAATAATGATTGGAAATAGATAATTGTTGAAATAATCATAATTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTGGAAATAGATAATTCTTCAAATAATCATAACTATT
*
260252 TGAACTAGTTTGACAAACATAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAGT
66 TGAACTAGTTAGACAAACATAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAGT
* * ** * ** *
260317 AAATTTGTTTTATTTTATTCCAATTATGTTAGTAAGAGCTGAAAAATTGTTTTACAATAAAATAA
131 AAATTTGTATTATTTTATTCCAATAAACTTAGTAAGAACAAAAAAATTGTTTTACAATAAAACAA
** * * * *
260382 AAGGCTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGATACA-TCCTTAACTATTTGAAATGGTTTGGT
196 AAGGCTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGT-CATAACTATTTGAAATAGTTTGGT
* * * * * * *
260446 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTGTCAGAATCTTATTAGATTAGTATTATT
260 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGCATTAAT
* * * **
260511 TTATTTTGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTGTAATG
325 TTATTTTGAATAAGAC---TACGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
260575 ATTTCAAATATATAATTGTTGAAATAGTTATAATTATTTGAACTGTTTTGGAAAAT-AAGT-TTT
387 ATTTCAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAAGTAATTGAACTGGTTTGGAAAATGAAGTATTT
* * ** *
260638 TTTAAATCTCTAACTTTTAAAATTTTGAAATACTAAAAAATTAGTT-TTATTTTATTATGAATAA
452 TTTAAATCTCT---TATT-AAATTTTAAAATACTAAAAAATTA-TTATTATTTTATTACAAACAA
* **** *
260702 ACTTGGATGAGTTGAAATAATTTC
512 ACTTAGATGAACAAAAACAATTTC
* * * **
260726 TTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTCTTCATATAGTTTTAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTGGAAATAGATAATTCTTCAAATAATCATAACTATT
* * * * *
260791 TGAATTGGTTCAG-CAAACGA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTT-ATGATTTTT-ACAATATT
66 TGAACTAGTT-AGACAAAC-ATAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGA-AATATT
** * * * ** *
260852 TTTAATTTTGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTA-TATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAG
128 AGTAAATTTGTATTATTTTA-TTCCAATAAACTTAGTAAGAACAAAAA-AATTGTTTTACAATAA
* * *
260916 AACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
191 AACAAAAGGCTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAAATAGTT
* * *
260981 TGGTAAATAGATTTATTTTTTGAATCT
256 TGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
261008 CCTACTAATT
Statistics
Matches: 660, Mismatches: 137, Indels: 44
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
534 6 0.01
535 213 0.32
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537 92 0.14
538 41 0.06
539 238 0.36
540 5 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (535 bp):
TTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTGGAAATAGATAATTCTTCAAATAATCATAACTATT
TGAACTAGTTAGACAAACATAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAGT
AAATTTGTATTATTTTATTCCAATAAACTTAGTAAGAACAAAAAAATTGTTTTACAATAAAACAA
AAGGCTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAAATAGTTTGGTA
AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGCATTAATT
TATTTTGAATAAGACTACGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
CAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAAGTAATTGAACTGGTTTGGAAAATGAAGTATTTTTTA
AATCTCTTATTAAATTTTAAAATACTAAAAAATTATTATTATTTTATTACAAACAAACTTAGATG
AACAAAAACAATTTC
Found at i:261151 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 261043--261180 Score: 231
Period size: 67 Copynumber: 2.1 Consensus size: 67
261033 AATTAGTATC
261043 ATTTTATTTAAAATAAGCTTGCATGTTCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAACAA
1 ATTTTATTTAAAATAAGCTTGCATGTTCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAACAA
261108 TG
66 TG
* * * * *
261110 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAA
1 ATTTTATTTAAAATAAGCTTGCATGTTCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAACAA
261175 TG
66 TG
261177 ATTT
1 ATTT
261181 GAAATAGATA
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 5, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
67 66 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (67 bp):
ATTTTATTTAAAATAAGCTTGCATGTTCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAACAA
TG
Found at i:262175 original size:538 final size:542
Alignment explanation
Indices: 261309--263079 Score: 1382
Period size: 542 Copynumber: 3.3 Consensus size: 542
261299 TTGGATAAAC
* * * *
261309 TTTTATGAACCAAAACAA-AAGTTCATAATGATTTTAAATAGGTAATCATTCAAATAGTCATAAC
1 TTTTATG-ACTAAAATAATAAG-TCATAACGATTTTAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAAC
261373 TATTTGAACGTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTACTAATTTTTCAAAAG
64 TATTTGAACGTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTACTAATTTTTCAAAAG
* * *
261438 TTAATAAATTAGTATTATTTTCATCCAACTAAGCTTGTTATGAATTGAAACAATTATTTTATAAT
128 TTAATAAATTAGTATTATTTTCATCCAACTAAGCTTGATATGAACTGAAACAATTATTTTATAAC
* * * * *
261503 TAAATAAAACATTAGAATGATTTGAAATAGATATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTAAT
193 TAAACAAAACATCAGAATGATTTGAAATAGATATTATTCTAAAACTCCTAACTATTTAAACTAAT
* **
261568 TTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATAATATTAAATTAATA
258 TTAGCAAACACATTTATTTTAAAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATAATATTAAATTAATA
* * *
261633 TTATTTTTATCCGAAT-TAGCTTGTATGATCAA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCA
323 TTATTTTAATCCAAATAT-GCTTGTATGA-AAAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCA
* * * * * * *
261696 TATTGATTTGAGATTGATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGGTTTGA-AAAGCAA
386 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATC--AACTATTTGAACCT-GTTCGATAAA--AA
* * * *
261759 -CTTTAGTTTTT-AAACCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATA-TTAATAAAGTATTATTATTTTA
446 GATTTAGTTTTTCAAACCTCTTACTTAATAATTTTTCAAA-AGTTAATAAAGTAGTATTATTTTA
* * * * * *
261821 TTTCAAATAAGTTTTTATGAATTGAAATAATTA
510 TTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTA
* * * **
261854 TTTTATGA-TAAAATAATAAGTCATAACGATTTTAAATAGATAAT-GTTTAAATAGTTATATTTA
1 TTTTATGACTAAAATAATAAGTCATAACGATTTTAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * **
261917 TTTGAACTTGTTTAGTAAACT-GATTT-TTTTTT-AATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAAAGTT
66 TTTGAACGTGTTCAGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTCAAAAGTT
** * * * *
261979 AATAAATTAGTATTATTTT-ATTTTGAA-TAAGCTT-ATCTGAACTGAAATAATTGTTTTATGAC
130 AATAAATTAGTATTATTTTCA--TCCAACTAAGCTTGATATGAACTGAAACAATTATTTTATAAC
* * * * * **
262041 TAAGCAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAAAACTCCTAACTATTTGAACTGG
193 TAAACAAAACATCAGAATGATTTGAAATAGAT-ATTATTCTAAAACTCCTAACTATTTAAACTAA
* *** *
262106 TTTAGCAAACATATTT-TTTTAAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAAT
257 TTTAGCAAACACATTTATTTTAAAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATAATATTAAATTAAT
* *
262170 ATTATTTTAATCCAAATATGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCAT
322 ATTATTTTAATCCAAATATGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCAT
*
262235 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAACTGTTTGAACCTGTTCGATAAAAAGATTTA
387 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAACTATTTGAACCTGTTCGATAAAAAGATTTA
* ** * * *
262300 TTTTTTCAAATTTCTTACTTATTAATTTTTCAAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCCAAA
452 GTTTTTCAAACCTCTTACTTAATAATTTTTCAAAAGTTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCCAAA
*
262365 TATGCTTGTATGAACTAAAACAATTA
517 TAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTA
* * * * * * * * *
262391 TTTTATGACTAAACA-AA-AGGTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGCCTTAACT
1 TTTTATGACTAAA-ATAATAAGTCATAACGATTTTAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAACT
** * * * * * * *
262454 ATTCAAAC-TGATTCAATGAACACATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAAATA
65 ATTTGAACGTG-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTCAAAA-G
* * * * * *
262517 TTATTAAATTAGTATTATTTTTATCCAAATTAGCTTGATA--AA---AAACAATTACTTTATGAC
128 TTAATAAATTAGTATTATTTTCATCCAACTAAGCTTGATATGAACTGAAACAATTATTTTATAAC
* ** * * * * * *
262577 AAAAC-AATTATCATAATGATTT-AAGATTGATATT-TGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT
193 TAAACAAAACATCAGAATGATTTGAA-ATAGATATTAT-TCTAAA-ACTCCTAACTATTTAAACT
** * ** * * * * * * * *
262639 GGTTCAAAAAATAGC-TTTAGTTTT-TAAATCTATTACTTAATAATTTTTAAAATATTAATAAAG
255 AATTTAGCAAACA-CATTTA-TTTTAAAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATAATATTAAAT
* * * * * * * * ** ** *
262702 TAGTATTATTTTATTTCAGAGAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGGTTTATTACAAAACAAAAG
318 TAATATTATTTTAATCCAAATATGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAG
* ** * * * * * * * * *
262767 ATTATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATATCTGTTTAAACTTATTCAATAAAT
382 ATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCA-A-CTATTTGAACCTGTTCGATAAAA
* ** ** ** * * *
262832 AGATTTATCTTTTTTTTGAATTTCTTGTTTACTAACTTTTT-GAAAGTTAATAAATTAGTATTAT
445 AGATTTA---GTTTTTCAAACCTCTTACTTAATAA-TTTTTCAAAAGTTAATAAAGTAGTATTAT
* * *
262896 TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTG
506 TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTA
* ** * * * * * *
262933 TTTTATGACT-AAATAA-AAGGTCAAAATAATTTGAAATAAATCATTATTCTAATAGTCCTAACT
1 TTTTATGACTAAAATAATAA-GTCATAACGATTTTAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAACT
** ** * * * ** *
262996 ATTTG-ATTTGGTTCAACAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCTGGAATA-
65 ATTTGAACGT-GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTT-TTCAAAAG
*
263059 TTATTAAATTAGTATTATTTT
128 TTAATAAATTAGTATTATTTT
263080 AATACTAATA
Statistics
Matches: 1001, Mismatches: 183, Indels: 87
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
533 1 0.00
534 10 0.01
535 51 0.05
536 122 0.12
537 147 0.15
538 206 0.21
539 130 0.13
540 50 0.05
541 15 0.01
542 219 0.22
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544 7 0.01
545 7 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (542 bp):
TTTTATGACTAAAATAATAAGTCATAACGATTTTAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAACTA
TTTGAACGTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTCAAAAGTTA
ATAAATTAGTATTATTTTCATCCAACTAAGCTTGATATGAACTGAAACAATTATTTTATAACTAA
ACAAAACATCAGAATGATTTGAAATAGATATTATTCTAAAACTCCTAACTATTTAAACTAATTTA
GCAAACACATTTATTTTAAAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATAATATTAAATTAATATTA
TTTTAATCCAAATATGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAATG
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAACTATTTGAACCTGTTCGATAAAAAGATTTAGTTT
TTCAAACCTCTTACTTAATAATTTTTCAAAAGTTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG
CTTGTATGAACTAAAACAATTA
Found at i:262546 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 261321--263254 Score: 1486
Period size: 180 Copynumber: 10.8 Consensus size: 181
261311 TTATGAACCA
* * * ** *
261321 AAACAAAAGTTCATAATGATTTTAAATAGGTAATCATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-GTG
1 AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTG-G
* * * * *
261385 TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTACTAATTTTTCAAAA-GTTAATAAATTA
65 TTCAATAAACACATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAAATATTAATAAATTA
* * * * *
261449 GTATTATTTTCATCCAACTAAGCTTGTTATGAATTGAAACAATTATTTTATAATT
128 GTATTATTTTTATCCAAATAAGCTTG-TATGAACTGAAACAATTATTTTATGACT
* * * * * * * **
261504 AAATAAAACATTAGAATGATTTGAAATAGAT-ATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTAAT
1 AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGGT
**** * * * *
261568 TTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATAATATTAAATTAATA
66 TCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
* * * ** *
261633 TTATTTTTATCCGAATTAGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGACA
131 TTATTTTTATCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACT
* * * *
261684 AAAC-AAAGATCATATTGATTTGAGATTGATATTTGTT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG
1 AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AATAGTCATAACTATTTGAACTGG
* * * * * * * *
261747 TTTGAA-AAGCA-ACTTTAGTTTTTAAACCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTA
65 -TTCAATAAACACA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA
* * * * * *
261810 TTATTA-TTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAATTGAAATAATTATTTTATGA-T
128 GTATTATTTTTA-TCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACT
* * * * **
261863 AAAATAATAAG-TCATAACGATTTTAAATAGATAA-TGTT-TAAATAGTTATATTTATTTGAACT
1 -AAACAA-AAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * ** * * * *
261925 TGTTTAGTAAACTGATTT-TTTTTT-AATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAAA-GTTAATAAATT
63 GGTTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAAATATTAATAAATT
*** * * * *
261987 AGTATTA-TTTTATTTTGAATAAGCTTATCTGAACTGAAATAATTGTTTTATGACT
127 AGTATTATTTTTA-TCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACT
* * * *
262042 AAGCAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAAAACTCCTAACTATTTGAACTGGT
1 AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGGT
* ** * ** ** * *
262107 TTAGCAAACATATTT-TTTTAAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATA
66 TCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
* * ** *
262171 TTATTTTAATCCAAATATGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGAC-
131 TTATTTTTATCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACT
* * *
262221 AAA-ATAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATC--AACTGTTTGAACCT-
1 AAACA-AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAA-CTG
* * * * *
262282 GTTCGATAAAAAGATTTATTTTTTCAAATTTCTTACTTATTAATTTTTCAAAA-GTTAATAAATT
64 GTTCAATAAACACATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAAATATTAATAAATT
* *
262346 AGTATTATTTTCT-TCCAAATATGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACT
127 AGTATTATTTT-TATCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACT
* * * * * * * ** *
262401 AAACAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGCCTTAACTATTCAAACTGAT
1 AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGGT
* * *
262466 TCAATGAACACATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTA
66 TCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
* * * *
262531 TTATTTTTATCCAAATTAGCTTG-AT-AA--AAAACAATTACTTTATGACA
131 TTATTTTTATCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACT
** * *
262578 AAAC-AATTATCATAATGATTT-AAGATTGATATTTGTT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
1 AAACAAAAGATCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCT-AATAGTCATAACTATTTGAACTG
* * * * * *
262640 GTTCAAAAAATAGC-TTTAGTTTTTAAATCTATTACTTAATAATTTTTAAAATATTAATAAAGTA
64 GTTCAATAAACA-CATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA
* * * * * ** * *
262704 GTATTA-TTTTATTTCAGAGAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGGTTTATTACA
128 GTATTATTTTTA-TCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACT
* ** * ** * * * **
262758 AAACAAAAGATTATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATATCTGTTTAAACTTAT
1 AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGGT
* * * * ** * * *
262823 TCAATAAATAGATTTATCTTTTTTTTGAATTTCTTGTTTACTAACTTTTTGAAA-GTTAATAAAT
66 TCAATAAACACATTTA----TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAAATATTAATAAAT
* *
262887 TAGTATTA-TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACT
126 TAGTATTATTTTTA-TCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACT
* * * * * * * * **
262943 AAATAAAAGGTCAAAATAATTTGAAATAAATCATTATTCTAATAGTCCTAACTATTTGATTTGGT
1 AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGGT
* * * * * ** *
263008 TCAACAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCTGGAATATTATTAAATTAGTA
66 TCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * * * *
263073 TTATTTTAATACTAATATGCTTGTATGAA-AGAAATAATTGTTCTATGACG
131 TTATTTTTATCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACT
* * * * * *
263123 AAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGT
1 AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGGT
* * * *
263187 T-AGATAAACAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAGT
66 TCA-ATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT
263247 ATTATTTT
130 ATTATTTT
263255 ATTTAAACAA
Statistics
Matches: 1389, Mismatches: 309, Indels: 114
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 42 0.03
176 108 0.08
177 50 0.04
178 103 0.07
179 280 0.20
180 324 0.23
181 240 0.17
182 78 0.06
183 24 0.02
185 132 0.10
186 8 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (181 bp):
AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGGT
TCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTTATCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACT
Found at i:262917 original size:542 final size:535
Alignment explanation
Indices: 262047--263258 Score: 1349
Period size: 542 Copynumber: 2.2 Consensus size: 535
262037 TGACTAAGCA
* * *
262047 AAAGATCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCTAAA-ACTCCTAACTATTTGAACTGGTTTA
1 AAAGATCATAATGATTT-AAGATTGATAATTGTT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-TTA
* * ** * *
262110 GCAAACATATTT--TTTTAAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATT
63 G-AAAAATATTTAGTTTT-TAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAGTATT
* * * * * * *
262173 ATTTTAATCCAAATATGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAAT
124 ATTTTATTTCAAAGAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGGTTTATGACAAAAAAAAGATCATAAC
* * * * *
262238 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAACTGTTTGAACCTGTTCGATAAAAAGATTTATTT
189 AATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAATCAACTGTTTAAACCTATTCAATAAAAAGATTTATTT
* * *
262303 TTTCAAATTTCTTACTTATTAATTTTTCAAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCCAAATAT
254 TTTCAAATTTCTTACTTACTAATTTTTCAAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
* * * *
262368 GCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGATA
319 GCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATAATTTAAAATAAATA
**
262433 ATTATTCTAATAG-CCTTAACTATTCAAACTGATTCAATGAACACATTTATTTTTAAAATCTCTT
384 ATTATTCTAATAGTCC-TAACTATTCAAACTGATTCAACAAACACATTTATTTTTAAAATCTCTT
* * *
262497 ACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCCAAAT-TAGCTTG-AT-AAA
448 ACTTATTAATTTCTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATACAAATAT-GCTTGTATGAAA
262559 -AAACAATTACTT-TATGACAAAAC
512 GAAACAATT-CTTCTATGACAAAAC
** *
262582 AATTATCATAATGATTTAAGATTGATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCA-A
1 AAAGATCATAATGATTTAAGATTGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-AGA
*
262646 AAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTATTACTTAATAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTAT
65 AAAATA--TTTAGTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAGTATTAT
* * * ** * *
262711 TTTATTTCAGAGAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGGTTTATTACAAAACAAAAGATTATAACA
126 TTTATTTCAAAGAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGGTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAACA
* * * *
262776 ATTTTAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATATCTGTTTAAACTTATTCAATAAATAGATTTATC
190 ATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAATCA-A-CTGTTTAAACCTATTCAATAAAAAGATTTA--
** ** *
262841 TTTTTTTTGAATTTCTTGTTTACTAACTTTTT-GAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
251 -TTTTTTCAAATTTCTTACTTACTAA-TTTTTCAAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
* * * * *
262905 AATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAATAATTTGAAAT
314 AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATAATTTAAAAT
* ** ** * * * *
262970 AAATCATTATTCTAATAGTCCTAACTATTTGATTTGGTTCAACAAATATATTTATTTTTTAAATC
379 AAATAATTATTCTAATAGTCCTAACTATTCAAACTGATTCAACAAACACATTTATTTTTAAAATC
* ** *
263035 TTTTACTTATTAATTTCTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATACTAATATGCTTGTATG
444 TCTTACTTATTAATTTCTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATACAAATATGCTTGTATG
* * * *
263100 AAAGAAATAATTGTTCTATGACGAAAT
509 AAAGAAACAATTCTTCTATGACAAAAC
* * * *
263127 AAAGATCATAACGATTTGAGATAT-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTAGA
1 AAAGATCATAATGATTTAAGAT-TGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGA
* *
263191 TAAACAAATTTAGTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAGTATTATT
65 -AAA-ATATTTAGTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT-AGTATTATT
263253 TTATTT
127 TTATTT
263259 AAACAATAAA
Statistics
Matches: 565, Mismatches: 87, Indels: 44
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
533 6 0.01
534 8 0.01
535 49 0.09
536 79 0.14
537 41 0.07
538 1 0.00
539 25 0.04
540 1 0.00
541 40 0.07
542 209 0.37
543 10 0.02
544 6 0.01
545 84 0.15
546 4 0.01
547 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (535 bp):
AAAGATCATAATGATTTAAGATTGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGAA
AAATATTTAGTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATAGTATTATTTTAT
TTCAAAGAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGGTTTATGACAAAAAAAAGATCATAACAATTTGA
AATAGATAATTGTTAAAATAATCAACTGTTTAAACCTATTCAATAAAAAGATTTATTTTTTCAAA
TTTCTTACTTACTAATTTTTCAAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTA
TGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATAATTTAAAATAAATAATTATTC
TAATAGTCCTAACTATTCAAACTGATTCAACAAACACATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTA
ATTTCTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATACAAATATGCTTGTATGAAAGAAACAATT
CTTCTATGACAAAAC
Found at i:263743 original size:183 final size:181
Alignment explanation
Indices: 263358--264857 Score: 954
Period size: 180 Copynumber: 8.4 Consensus size: 181
263348 TTGTAGAATA
* * * * * *
263358 TGTATGAACAAAAATAATTCTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
1 TGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT
* ** * * * * * *
263423 GTTCAAGT-G-GACATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTCTTTGTT-AAATCTCCTA
66 GTTCAAATAGTCTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGT-AATATATTTATTTTTTAAAAT-T-CTA
* * **** * *
263485 CCTATTAAATTGCAAAATATTAATAAATTAGTATGATTTTA-TTCAGAATAAACT
128 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCT
* * * * * *
263539 TCTTTGAATAGAAATAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGAG-CATAACTATTTGAAAAAAATAAT
1 TGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAG-GTCATAACAATTTGAAATAAATAAT
* * * *
263603 TGTTCAAATAGTCAGTCATAACTATTTTAACTTGCTTGGTAA-ATATTTATTTTTTAAATATTTT
65 TGTTCAAATAGTC--TCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAATATATTTATTTTTTAAA-ATTCT
263667 ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
127 ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* * * * * *
263722 TGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAACGGTCATATCAATTTGGAATAATTAACT
1 TGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT
* * * ** * *
263787 GTTCAAATAGTTAAATAGTCATAATTATTTGAACGGGTTCAT-AAAATATATTTATTTTTTTAAT
66 GTTCAAATAG-----T-CTCATAACTATTTGAACTGGTT--TGGTAATATATTTATTTTTTAAAA
* * *
263851 TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATT--TAATTATTTTA-TTCGGAATAAGCT
123 TTCTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTC-AAATAAGCT
* * * *
263909 TGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGAAAAATC-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
1 TGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT
* *
263973 GTTCAAATAG-C-CATAACTATTTGAACAT-GTTTGGTAAATAGATTAATTTTTT--AATTCT-C
66 GTTCAAATAGTCTCATAACTATTTGAAC-TGGTTTGGT-AATATATTTATTTTTTAAAATTCTAC
* * * ** *
264032 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAGTTAGAATTATGTTATTTTGAATATGCT
129 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* * * * * * * ** *
264085 TGTA-CAAGCAAAGACAATTATTTTATGATAAAACAAATGCTCATAATGACTTGAAATAAATAAT
1 TGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAAT
* * *
264149 TGTTCAAATAGT-T-ATAACTAATTGAACTGGTTTAGTAATAGATTTATTTTTTTAAAATCTCTA
65 TGTTCAAATAGTCTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAATATATTTA-TTTTTTAAAAT-TCTA
* *** * * * * *
264212 CTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATCTTATTTTTTTTCAAACAAACT
128 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* * * * *
264266 TATATGAACAAAAACATTTGTTTTAT-------------GTCATAACGATTTCAAATAAATAATT
1 TGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT
* * * * * * * *
264318 GTTCAAATAG--ACATAATTATTTAAATTGGTTTGGCAAACAAAATTATTTTTT-AAA-TCT-CT
66 GTTCAAATAGTCTCATAACTATTTGAACTGGTTTGG-TAATATATTTATTTTTTAAAATTCTACT
* * * **
264378 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTTTGAATAAG-T
130 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* * * * * * * * *
264429 TACTAAGAACTGAAAA-AATTGTTCTA-CACAAAACAAAAAGTCATAGCAATTTGAAATAAAGAA
1 T-GTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAA
* * * * * *
264492 TTGTTCATAT-GGC-CTTAACTATTTCAACTGGTTTGGCAAATAAATTTATTTTTT-AAATCTCT
64 TTGTTCAAATAGTCTCATAACTATTTGAACTGGTTTGG-TAATATATTTATTTTTTAAAAT-TC-
* * * * * * ** * *
264554 TAGTTATTAACTTTTAGAATTTTATTACATTAGTATTATTTTATTTTGAGTAAACT
126 TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* * * * * * * * * *
264610 TGTGTGAACAGAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAATAATTTGGAATATATAATT
1 TGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT
* * * *
264675 GTTCAAATAG---CATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
66 GTTCAAATAGTCTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGT-AATATATTTATTTTTTAAA-ATTCTAC
* * * * ** *
264737 ATATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTACTTTATTTTGAATAAACT
129 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
** * * * ** * ** *
264790 TAAATG-ATCAAAAACATTTGTTATATCACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAAT
1 TGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAAT
264854 TGTT
65 TGTT
264858 TGAAATGATT
Statistics
Matches: 1035, Mismatches: 216, Indels: 137
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
163 2 0.00
164 54 0.05
165 7 0.01
167 3 0.00
168 55 0.05
169 7 0.01
175 30 0.03
176 121 0.12
177 61 0.06
178 33 0.03
179 8 0.01
180 190 0.18
181 159 0.15
182 7 0.01
183 114 0.11
184 9 0.01
185 22 0.02
186 38 0.04
187 63 0.06
188 36 0.03
189 16 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT
GTTCAAATAGTCTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAATATATTTATTTTTTAAAATTCTACTT
ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
Found at i:263914 original size:187 final size:187
Alignment explanation
Indices: 263500--263982 Score: 517
Period size: 183 Copynumber: 2.6 Consensus size: 187
263490 TAAATTGCAA
* * * * * * * *
263500 AATATTAATAAATTAGTATGATTTTA-TTCAGAATAAACTTCTTTGAATAGAAATAATTGTTTTA
1 AATATTAACAAATTAG-ATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGCTTTA
* * * * * *
263564 TGAAAAAACAAAAGAG-CATAACTATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAATAG-T---CAGTCATAA
64 TGAAAAATC-AAAG-GTCATAACAATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAGTTAAATAGTCATAA
* * * * **
263624 CTATTTTAACTTGCTTGGT--AA-ATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGG
127 TTATTTGAAC-GGGTTCATAAAATATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGG
* *
263683 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTAT
1 AATATTAACAAATTAG-ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGCTTTAT
* *
263748 GACAAAA-CAAACGGTCATATCAATTTGGAATA-ATTAACTGTTCAAATAGTTAAATAGTCATAA
65 GA-AAAATCAAA-GGTCATAACAATTTGAAATAGA-TAACTGTTCAAATAGTTAAATAGTCATAA
*
263811 TTATTTGAACGGGTTCATAAAATATATTTATTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGG
127 TTATTTGAACGGGTTCATAAAATATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGG
* *
263871 AATATTAACAAATTTA-ATTATTTTA-TTCGGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTA
1 AATATTAACAAA-TTAGATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGCTTTA
*
263934 TGAAAAATCAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
64 TGAAAAATCAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAG
263983 CCATAACTAT
Statistics
Matches: 258, Mismatches: 26, Indels: 29
0.82 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
182 5 0.02
183 85 0.33
184 9 0.03
186 43 0.17
187 64 0.25
188 33 0.13
189 19 0.07
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (187 bp):
AATATTAACAAATTAGATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGCTTTATG
AAAAATCAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAGTTAAATAGTCATAATTAT
TTGAACGGGTTCATAAAATATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGG
Found at i:264498 original size:176 final size:175
Alignment explanation
Indices: 264292--265459 Score: 560
Period size: 180 Copynumber: 6.7 Consensus size: 175
264282 TTTGTTTTAT
* * * *
264292 GTCATAACGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGACATAATTATTTAAATTGGTTTGGCAAAC
1 GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-CATAACTATTTAAACTGGTTTGGCAAAC
* * *
264357 AAAATTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTTTG
65 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
* *
264422 AATAAGTTACTAAGAACTGAAAAAATTGTTCTA-CACAAAACAAAAA
130 AATAACTT-CTAAGAACAGAAAAAATTGTTCTATCACAAAACAAAAA
* * * * * * *
264468 GTCATAGCAATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATGGCCTTAACTATTTCAACTGGTTTGGCAAAT
1 GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-CATAACTATTTAAACTGGTTTGGCAAAC
* * * *
264533 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTT-ATTAACTTTTAGAATTTTATTACATTAGTATTATTTTA
65 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAATT---TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * ** * * * * *
264597 TTTTGAGTAAACTTGTGTGAACAGAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAG
125 TTTTGAAT-AACTTCTAAGAACAGAAAAAATTGTTCTATCACAAAACAAAAA
* * * * * *
264649 GTTATAATAATTTGGAATATATAATTGTTCAAATAGCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACA
1 GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCATAACTATTTAAACTGGTTTGGCAAACA
* * *
264714 AATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTACTTTATT
66 AATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
264779 TTGAATAAACTT-AAATGATCA-AAAACATTTGTTATATCACCAAACAAAAG
127 TTGAAT-AACTTCTAA-GAACAGAAAA-AATTGTTCTATCACAAAACAAAAA
* ** * *
264829 GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT----T-G-A-AA-TGA-TT---C-GG--T---AAAT
1 GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCATAACT-ATTTAAACTGGTTTGGCAAAC
* * * * * *
264876 AGATTCAATTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCT
65 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-T
* * * ** * * * * *
264941 -AATAAGCTTGTATGAACTGAAACGATTGTTTTATGATAGAACAAAAG
129 GAATAA-CTTCTAAGAACAGAAAAAATTGTTCTATCACAAAACAAAAA
* * * * * * * *
264988 GTTAAAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTCATATAGTCTTAAAC-GTTTGAACT-GTTTCGGCAA
1 GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-CAT-AACTATTTAAACTGGTTT-GGCAA
* * *
265051 A-AAGATTTATTTTTTAAATCTCATAGTTGTTAA-TTTTAAAATATTATTAAATTAG--TTATTT
63 ACAA-ATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * ** * * * * * *
265112 TATTTCGAATAAGCTTTTGTGAACTG-AAAAATTATTTTAT-AGTAGAACAAAAG
123 TATTTTGAATAA-CTTCTAAGAACAGAAAAAATTGTTCTATCA-CAAAACAAAAA
* * ** * * * *
265165 GTTATAACGATTTG-AATAGGTAATTATTCAAATAG-----------GAACTGGTTTGGTAAATA
1 GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCATAACTATTTAAACTGGTTTGGCAAACA
*
265218 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
66 AATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
*** * * * ** * * *
265283 CCAAATAGGCTTGTATGATGA-AAAACAATTATTTTATGAC-AAAC-AAAA
127 TTGAATA-ACTTCTAAGAACAGAAAA-AATTGTTCTATCACAAAACAAAAA
* * * * * * * * * *
265331 GTTCATAACGATTTGAAATAGATTATTGTTGAAATGGCCA-AAATATTTTGAATTGATTTGGTAA
1 G-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-CATAACTA-TTTAAACTGGTTTGGCAA
* * * *
265395 ACAAATTCACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTATG-AATATTAATAAATTATTATTATTATTAT
63 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTAT
265459 T
126 T
265460 ATTTATTTTG
Statistics
Matches: 773, Mismatches: 143, Indels: 151
0.72 0.13 0.14
Matches are distributed among these distances:
158 2 0.00
159 89 0.12
160 5 0.01
163 19 0.02
164 31 0.04
165 25 0.03
166 7 0.01
167 41 0.05
168 34 0.04
169 2 0.00
171 2 0.00
172 3 0.00
173 4 0.01
174 1 0.00
175 1 0.00
176 132 0.17
177 61 0.08
178 30 0.04
179 7 0.01
180 216 0.28
181 52 0.07
183 3 0.00
184 6 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (175 bp):
GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCATAACTATTTAAACTGGTTTGGCAAACA
AATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
ATAACTTCTAAGAACAGAAAAAATTGTTCTATCACAAAACAAAAA
Found at i:265924 original size:178 final size:175
Alignment explanation
Indices: 265604--265928 Score: 386
Period size: 178 Copynumber: 1.8 Consensus size: 175
265594 ATTCATAATG
* ** * *
265604 AAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACTAAGAAAATAAAAAAAAATCTAATTG
1 AAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAAAATAAAAAAAAATCTAATTA
* * * *
265669 CTAAACCAATTCAAATAGTTAAGAATATATGAATGATTATCAATTTCAAATCTTTATGACTTTTA
66 CTAAACCAATT-AAATAGTTAAGAATATATGAATAATTATCAATTTCAAATCGTTATAACTTCTA
265734 GCTTTATCATAAAACAAATTTTTCTTTGTACAAGCATATTTGGTTTA
130 -CTTTATCATAAAACAAATTTTTCTTTGTACAAGCATATTTGGTTTA
* ** * *
265781 AAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATT
1 AAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGA-AAATAAAAAA-AAATCTAAT
* * * * *
265846 TACTGAACCACTT-AATAGGTTAAGACTAT-TAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACTT
64 TACTAAACCAATTAAATA-GTTAAGAATATAT-GAATAATTATCAATTTCAAATCGTTATAACTT
265909 CCTA-TTTAGTCATAAAACAA
127 -CTACTTTA-TCATAAAACAA
265929 TTGTTTCAGC
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 19, Indels: 11
0.80 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
177 48 0.39
178 56 0.46
179 19 0.15
ACGTcount: A:0.46, C:0.10, G:0.07, T:0.37
Consensus pattern (175 bp):
AAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAAAATAAAAAAAAATCTAATTA
CTAAACCAATTAAATAGTTAAGAATATATGAATAATTATCAATTTCAAATCGTTATAACTTCTAC
TTTATCATAAAACAAATTTTTCTTTGTACAAGCATATTTGGTTTA
Found at i:266187 original size:177 final size:174
Alignment explanation
Indices: 265779--268667 Score: 1056
Period size: 177 Copynumber: 16.4 Consensus size: 174
265769 ATATTTGGTT
* * * *
265779 TAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
** * ** * * * * * *
265844 TTTACTGAACCACTT--AATAGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAAC
62 TTTACT-AAATAGTTCAAATA---TATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAC
* * * * *
265907 -TTCCTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGCTCATACAAG-TTA-GC--AA
123 ATT-TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTATACAAAA
* * * * *
265955 TAAATTAATGCAAATTTATTAAAATTTGAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTTAAAAAATAAATCT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGA-TTTAAAAAATAAATCT
* * * *
266020 ATTTACTGATTAGGTTCAAATAGTCATTACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGAC
61 GTTTACTAAATA-GTTCAAATA-T-ATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAC
* * * * *
266085 ATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTAATACGAGCTTATACAAAA
123 ATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTATACAAAA
* * * * * *
266137 TAAAATAATATTCATTTATTAATATTTCTAAAATTTATAAGAGATTTAAAAGATAAATTTGTTTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
** * * * * * *
266202 CTAAATCAGTAAAAATAATTTTGGCCATTTGAGCAATTATCTATCTT-AAATCATTCT-AAACTT
66 CTAAAT-AGTTCAAAT-ATATT-ACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAAATCATTATGACA-TT
* * * * * * * ***
266265 TTATTTTGTTATAAACCAACTATTTTTGATGAGACAAGCTTATTTGAAA
126 TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTATACAAAA
* *
266314 TAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAGATAAATGTGTTT
1 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * * * *
266379 -TTGAATAGTT---A-A-A--ACTATTAGAATAATTATCTATTTGAAATCGTT-TGACCA-TGT-
65 ACTAAATAGTTCAAATATATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA-CATTTTA
* * * * * **
266433 TTTAGTGATAAAATATTTGTTTT-GCATCATACAAGCTTATTCGGAA
129 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG-ATCATACAAGCTTATACAAAA
* * * * *
266479 TAAAATAATCCTAATATATTAACA-TTCAAAAAATCAATAAGCAAGAGATTGGAAAAAATAAATC
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAAT---TAA-TAAGAGATT-TAAAAAATAAATC
* * *
266543 TGTTTACTAAATAAGCTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTA-CTTATTTAAAATCATTATG
60 TGTTTACTAAAT-AGTTCAAAT-A-TATTACTATTTGAACAATTATC-TATTTAAAATCATTATG
* * * *
266607 ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-ATTAATACAAGCTTATACAGAA
121 ACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGA-TCATACAAGCTTATACAAAA
* * *
266661 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * *
266726 CTGAATCGGGTAAAATA-ATTAATGTCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTT
66 CTAAAT-AGTTCAAATATATT-A-CT-ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTT
* * *
266790 TATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATAA
127 TATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTA-T----A-CAA-AA
* * * * *
266845 TAATAATAATAATAATTTATTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATTTGTT
1 TAA-AATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * * * * * * *
266909 TACCAAATCAATTCAAAATATTTTGGCCATTTCAACAATAATCTATTTCAAATCGTTATGA-ACT
64 TACTAAAT-AGTTC-AAATATATT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACA-T
* ** * ****
266973 TTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTTGGAA
125 TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTATACAAAA
*
267022 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * * * *
267087 TTTACCAAACCAGTTC----------CTATTTGAATAATTACCTA-TTCAAATCGTTATAACCTT
62 TTTACTAAA-TAGTTCAAATATATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATT
* * * * * * * * * *
267141 TTGTTCT-ACTATAAAATAATT-TTTCAGTTCACAAAAGCTTATTCGAAA
126 TTATTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTATACAAAA
* * * *
267189 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAACAACTATGAGATTTAAAAAATAAATCTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT---AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * ** * * ** * * *
267254 TTTGCCGAAACAGTTCAAACGTTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTAACC
62 TTT-ACTAAATAGTTCAAA--TATATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACA
* * * * *
267319 TTTTGTTCTAT-TCATAAAACAATCGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTA-GAAA
124 TTTTATT-T-TGTCATAAAACAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTA-TACAAAA
* * * * * *
267371 TAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
** * * * *
267436 C-CGA-A--TC----AT-TT-C-A----AACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTT
66 CTAAATAGTTCAAATATATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTATT
* * * * * ** * *
267486 TGGTGATATAACAAATGTTTTTGATCATTTAAGTTTATTCAAAA
131 TTGTCATAAAACAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTATACAAAA
* * * *
267530 TAAAGTAATACCAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-A--TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * ** * * *
267595 TTTACCAAACCAGTTCAAATAGT-TATGCTA-TTGAACAATTATATATTCCAAATTATTATAACC
62 TTTACTAAA-TAGTTCAAATA-TAT-TACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACA
* * * * * *
267658 TTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCT-GTTCACACAAGTTTACT-CAAAA
124 TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGATCATACAAGCTTA-TACAAAA
* * * * *
267709 TAAAATAATACTAATGTAATAA-AATTCTAAAAGTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA---ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * * * * * ***
267773 ATTTGCCAAACCAGTTGAAATAGT-TAAGGCCATATGAACAATTCTTTATTTCAAATTGCTATGA
61 GTTTACTAAA-TAGTTCAAATA-TATTA--CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA
* * * * * * * * *
267837 CTTTTTGTTTTGT-GTAGAACAATT-TTTTCAGTTCTTAGTAA-CTTATTCAGAA
122 CATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-AGATCATA-CAAGCTTATACAAAA
* * * * *
267889 TAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * * * *
267954 CCAAACCAATTTAAATA-ATTATGTCTATTTGAACAATTATTTATTTGAAATCGTTATGACATAA
66 CTAAA-TAGTTCAAATATATTA---CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACAT--
* * ** * * *
268018 AACAAATGT-TTTTGTTCATATAA-GTTTG-TTT-GA-AATA-AA----ATA-AGAT
125 ------TTTATTTTG-TCATAAAACAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTATACAAAA
** * * * * * * *
268064 TAATTTATTAAT-ATTT-TGAA-AATT--AAGA--AGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCT-ATT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTT
* * * * * *
268121 ACTAAACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAGTCATTATGAGCA-T
65 ACTAAA-TAGTTCAAATA--TATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA-CATT
* * * * ** * *
268185 TTGTTTTATCATAAAATAATTGTCTTT-GCTTGTACAAGCATATTCAAAA
126 TTATTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTAGATCATACAAGCTTATACAAAA
* * * * * * *
268234 TAACATAATTCTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * ** * ** * *
268299 CCAAACATGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTG
66 CTAAATA-GTTCAAATA--TATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTT
* * * * **
268364 ATTTTTTCATAAAGCAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCCGAA
128 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGATCATACAAGCTTATACAAAA
* * * * *
268411 TAAAATAAT--TAAATTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATATA
1 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATCT-
* *** * * *
268474 TTTTA-TGAACCCGTTCAAATAATTATGACTATTTAACTATTTGAACAGTTAAT-TATTCCAAAT
61 GTTTACT-AAATAGTTC----AA--AT-A-TA-TT-ACTATTTGAACAATT-ATCTATT-TAAAA
* ** * * ***
268537 TGA-TATGACCGTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAA
113 TCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTAGATCATACAAGCTTATACAAAA
* * *
268598 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTG
268663 TTTAC
62 TTTAC
268668 CAAGCAAGTT
Statistics
Matches: 2082, Mismatches: 437, Indels: 375
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
158 1 0.00
159 59 0.03
160 43 0.02
161 8 0.00
163 31 0.01
164 32 0.02
165 37 0.02
166 7 0.00
167 129 0.06
168 99 0.05
169 30 0.01
170 16 0.01
171 10 0.00
172 11 0.01
173 13 0.01
174 8 0.00
175 19 0.01
176 188 0.09
177 340 0.16
178 164 0.08
179 186 0.09
180 136 0.07
181 59 0.03
182 154 0.07
183 13 0.01
184 50 0.02
185 99 0.05
186 7 0.00
187 74 0.04
188 40 0.02
189 19 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (174 bp):
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
CTAAATAGTTCAAATATATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTATT
TTGTCATAAAACAATTGTTTTAGATCATACAAGCTTATACAAAA
Found at i:266595 original size:524 final size:525
Alignment explanation
Indices: 265859--266896 Score: 1274
Period size: 524 Copynumber: 2.0 Consensus size: 525
265849 TGAACCACTT
* *
265859 AATAGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACTTCCTATTTAGTCATAA
1 AATAGGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAAC-TCATATTTAGTCATAA
* * * **
265924 AACAATTGTTTCAGCTCATACAAGTTAGCAATAAATTAATGCAAATTTATTAAAATTTGAAAAAT
65 AACAATTGTTTCAGCTCATACAAGTTAGCAATAAAATAATCCAAATATATTAAAATTCAAAAAAT
* ** * * * * * *
265989 TAATAAGAAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACTGATTAGGTTCAAATAGTCATTACTATT
130 CAATAAGAAAAAGATTGGAAAAAATAAATCTATTTACTAAATAAGCTCAAATAATCATGACTATT
* * * * * *
266054 TGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTA
195 TCAACAATTACTTATTTAAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTA
* * * *
266119 ATACGAGCTTATACAAAATAAAATAATATTCATTTATTAATATTTCTAAAATTTATAAGAGATTT
260 ATACAAGCTTATACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGAGATTT
* * * *
266184 AAAAGATAAATTTGTTTACTAAATC-AGTAAAAATAATT-TTGGCCATTTGAGCAATTATCTATC
325 AAAAAATAAATTTATTTACTAAATCGAGT-AAAATAATTAAT-GCCATTTGAACAATTATCTAT-
* * * ** *
266247 TT-AAATCATTCTAA-ACTTTTATTTTGTTATAAACCAACTATTTTTGATGAGACAAGCTTATT-
387 TTAAAATCATTATAACA-TTTTATTTTGTCATAAAACAACTATTTCAGATCAGACAAGCTTATTA
*
266309 TGAAAT-A-AA-AATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGAGATTTAAAAGATA
451 T-AAATAATAATAATAATAATAATTTATTAATA-TTCATAAAATTAATAAGAGATTTAAAAGATA
266370 AATGTGTTTTTG
514 AATGTGTTTTTG
* * * *
266382 AATA-GTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTGAAATCGTT-TGAC-CATGTTTTAGTGATAA
1 AATAGGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACTCAT-ATTTAGTCATAA
* * * * * *
266444 AATATTTGTTT-TGCATCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATCCTAATATATTAACATTCAA
65 AACAATTGTTTCAGC-TCATACAAG-TTA---GCAATAAAATAATCCAAATATATTAAAATTCAA
* * * *
266508 AAAATCAATAAGCAAGAGATTGGAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATAAGCTCAAATAATTATGA
125 AAAATCAATAAGAAAAAGATTGGAAAAAATAAATCTATTTACTAAATAAGCTCAAATAATCATGA
*
266573 CTATTTCAACAATTACTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
190 CTATTTCAACAATTACTTATTTAAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
*
266638 AATTAATACAAGCTTATACAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGA
255 AATTAATACAAGCTTATACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGA
* * *
266703 GATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAATCGGGTAAAATAATTAATGTCATTTGAACAATTATCT
320 GATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAATCGAGTAAAATAATTAATGCCATTTGAACAATTATCT
* * * * *
266768 ATTTAAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT
385 ATTTAAAATCATTATAACATTTTATTTTGTCATAAAACAACTATTTCAGATCAGACAAGCTTATT
*
266833 CAAAATAAATAATAATAATAATAATAATTTATTAATATTCATAAAATTAATAAGTGATTTAAAA
450 ----ATAAATAATAATAATAATAATAATTTATTAATATTCATAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
266897 AGTGAATTTG
Statistics
Matches: 434, Mismatches: 62, Indels: 30
0.83 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
519 4 0.01
520 28 0.06
521 6 0.01
522 36 0.08
523 6 0.01
524 297 0.68
525 4 0.01
528 4 0.01
529 2 0.00
530 6 0.01
531 41 0.09
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (525 bp):
AATAGGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACTCATATTTAGTCATAAA
ACAATTGTTTCAGCTCATACAAGTTAGCAATAAAATAATCCAAATATATTAAAATTCAAAAAATC
AATAAGAAAAAGATTGGAAAAAATAAATCTATTTACTAAATAAGCTCAAATAATCATGACTATTT
CAACAATTACTTATTTAAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTAA
TACAAGCTTATACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGAGATTTA
AAAAATAAATTTATTTACTAAATCGAGTAAAATAATTAATGCCATTTGAACAATTATCTATTTAA
AATCATTATAACATTTTATTTTGTCATAAAACAACTATTTCAGATCAGACAAGCTTATTATAAAT
AATAATAATAATAATAATTTATTAATATTCATAAAATTAATAAGAGATTTAAAAGATAAATGTGT
TTTTG
Found at i:267421 original size:710 final size:695
Alignment explanation
Indices: 265779--267442 Score: 1731
Period size: 710 Copynumber: 2.4 Consensus size: 695
265769 ATATTTGGTT
* * *
265779 TAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TT
1 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTT
* * * * * *
265843 ATTTACTGAACCACTT-AATAGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAA-
66 -TTT-CCGAAACAGTTCAA-AGATTAAGACTATT-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC
* * * * * *
265906 CTTCCTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGCTCATACAAG----TTAGCAATAAATTAATGCA
127 CTT-TTATTTATTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACA
* * * *
265967 AATTTATTAAAATTTGAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACTGATTA
191 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATC
* * * * *
266032 GGTTCAAATAGTCATTACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGT
251 GGGTAAAATAGTAATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTATTTTGT
* * * * *
266097 CATAAAATAATTGTTTTAGTTAATACGAGCTTATACAAAATAAAATAATATTCATTTATTAATAT
316 CATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTATAAAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* *
266162 TTCTAAAATTTATAAGAGATTTAAAAGATAAATTTGTTTACTAAATCAGTAAAAATAATTTTGGC
381 TTCTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAGATAAATTTGTTTACCAAATCAGTAAAAATAATTTTGGC
* * * * * * *
266227 CATTTGAGCAATTATCTATCTTAAATCATTCTAAACTTTTATTTTGTTATAAACCAACTATTTTT
446 CATTTCAACAATAATCTATCTTAAATCATTATAAACTTTTAGTTTGTCATAAAACAACTATTTTT
* * *
266292 GATGAGACAAGCTTATTTGAAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA
511 CATCAGACAAGCCTATTTGAAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA
* * * *** * * *
266357 GATTTAAAAGATAAATGTGTTTTTGAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTGAAATCG
576 GATTTAAAAAATAAATCTATTTCCAAACAGTT--AACTATTAGAATAATTACCTATTTCAAATCG
* * * * * * *
266422 TTTGACCATGTTTTAGTGATAAAATATTTGTTTTGCATCATACAAGCTTATTCGGAA
639 TTTAACCATGTTCTACTGATAAAATATATGTTTTGCATCACAAAAGCTTATTCGAAA
* * * * * * *
266479 TAAAATAATCCTAATATATTAACATTCAAAAAATCAATAAGC-AAGAGATTGGAAAAAATAAATC
1 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAA-CTAAGAGATT-TAAAAAATAAATC
* * * * * * * * * * *
266543 TGTTTACTAAATAAGCTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTA-CTTATTTAAAATCATTATG
64 TTTTTCCGAAA-CAGTTCAAA-GATTAAGACTA-TTGAACAATTATC-TATTTCAAATCGTTATA
* * *
266607 ACCTTTTATTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTA-TACAGAATAAAATAAT
125 ACCTTTTATTTAT-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTAGA-AATAAAATAAT
* * *
266670 ACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAATCGG
188 ACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATCGG
*
266735 GTAAAATAATTAATGT-C-ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTATTTTGT
253 GTAAAAT-AGTAAT-TACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTATTTTGT
*
266798 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATAATAATAATAATAATAATTT
316 CATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTA-T--AAA-AAATAA-AATAAT-AT--TAATTT
* * * *
266863 ATTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTGATTTAAAA-AGTGAATTTGTTTACCAAATCAATTCAAA
373 ATTAATATTTC-TAAAATTAATAAGAGATTTAAAAGA-TAAATTTGTTTACCAAATC-AGTAAAA
* *
266926 AT-ATTTTGGCCATTTCAACAATAATCTAT-TTCAAATCGTTATGAACTTTT-GTTTGTCATAAA
435 ATAATTTTGGCCATTTCAACAATAATCTATCTT-AAATCATTATAAACTTTTAGTTTGTCATAAA
* * * *
266988 ACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTTGGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
499 ACAACTATTTTTCATCAGACAAGCCTATTTGAAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* *
267052 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTT-CCTATTTGAATAAT
564 AAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-CCAAA-CAGTTAACTATTAGAATAAT
*
267116 TACCTA-TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTACT-ATAAAATA-AT-TTTT-CAGTTCACAAA
623 TACCTATTTCAAATCGTT-TAACC--ATGTTCTACTGATAAAATATATGTTTTGCA--TCACAAA
267176 AGCTTATTCGAAA
683 AGCTTATTCGAAA
* * *
267189 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAACAACTATGAGATTTAAAAAATAAATCTT
1 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTT
* * *
267254 TTTGCCGAAACAGTTCAAACGTTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTAACC
66 TTT-CCGAAACAGTTCAAA-GATTAAGACTAT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC
* *
267319 TTTTGTTCTATTCATAAAACAATCGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACAA
128 TTTTATT-TATTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACAA
* * * * *
267384 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTACCGAATC
192 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATC
267443 ATTTCAAACA
Statistics
Matches: 783, Mismatches: 134, Indels: 84
0.78 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
700 42 0.05
701 123 0.16
702 73 0.09
703 6 0.01
704 2 0.00
705 8 0.01
706 43 0.05
707 34 0.04
708 47 0.06
709 165 0.21
710 191 0.24
711 36 0.05
712 9 0.01
713 4 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (695 bp):
TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTT
TTTCCGAAACAGTTCAAAGATTAAGACTATTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTT
TATTTATTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACAAATTT
ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATCGGGTAAAATA
GTAATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAA
TTGTTTCAGTTAATACAAGCTTATAAAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCTAAAATT
AATAAGAGATTTAAAAGATAAATTTGTTTACCAAATCAGTAAAAATAATTTTGGCCATTTCAACA
ATAATCTATCTTAAATCATTATAAACTTTTAGTTTGTCATAAAACAACTATTTTTCATCAGACAA
GCCTATTTGAAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA
ATAAATCTATTTCCAAACAGTTAACTATTAGAATAATTACCTATTTCAAATCGTTTAACCATGTT
CTACTGATAAAATATATGTTTTGCATCACAAAAGCTTATTCGAAA
Found at i:267760 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 267449--268013 Score: 462
Period size: 179 Copynumber: 3.2 Consensus size: 180
267439 AATCATTTCA
* * * * * * * * *
267449 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTGATATAACAAATGTTTTTGATCAT
1 AACAATTATATATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
** * * * * * * *
267514 TTAAGTTTATTCAAAATAAAGTAATACCAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAAAGAT
66 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAGAGAT
*
267579 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATG-CTA-TTG
130 TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * *
267628 AACAATTATATATTCCAAATTATTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCAC
1 AACAATTATATATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
* * * * * *
267693 ACAAGTTTACTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAAAATTCTAAAAGTTAATAACTAAGAGAT
66 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA-TTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * * *
267758 TTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACCAGTTGAAATAGTTAAGGCCATATG
130 TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * ** * * * * * *
267809 AACAATTCTTTATTTCAAATTGCTATGACTTTTTGTTTTGT-GTAGAACAATTTTTTCAGTTCTT
1 AACAATTATATATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
* * * * *
267873 AGTAA-CTTATTCAGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATT-TCAAAA--ATTAA-TAAGAGA
66 A-CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * * * *
267933 TTTAAAAAATAATTTTGTTTGCCAAACCAATTTAAATAATTATGTCTATTTG
129 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * **
267985 AACAATTATTTATTTGAAATCGTTATGAC
1 AACAATTATATATTTCAAATTATTATGAC
268014 ATAAAACAAA
Statistics
Matches: 312, Mismatches: 69, Indels: 13
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
176 75 0.24
177 4 0.01
178 7 0.02
179 136 0.44
180 53 0.17
181 37 0.12
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
AACAATTATATATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATT
TAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
Found at i:267956 original size:176 final size:177
Alignment explanation
Indices: 267520--268932 Score: 502
Period size: 176 Copynumber: 7.9 Consensus size: 177
267510 TCATTTAAGT
* * * * *
267520 TTATTCAAAATAAAGTAATACCAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAAAGATTTAAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATT-A-A-CTAAGAGATTTAAAA
* * * * *
267585 AATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTT-ATGCTATTGAACAATTATATATTCCAAATT
63 AATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATTGAACAATTATTTATTTCAAATT
* * * *
267649 ATTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCACACAAGT
128 GTTATGACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCACACAAGC
* * * * *
267699 TTACTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAA-AATTCTAAAAGTTAATAACTAAGAGATTTAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTC-AAAA---ATTAACTAAGAGATTTAAA
* * * *
267763 AAATAAATTTATTTGCCAAACCAGTTGAAATAGTTAAGGCCATATGAACAATTCTTTATTTCAAA
62 AAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTAT-TGAACAATTATTTATTTCAAA
* * * * * * ** *
267828 TTGCTATGACTTTTTGTTTTGT-GTAGAACAATTTTTTCAGTTCTTAGTAA-C
126 TTGTTATGACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCACA-CAAGC
* * *
267879 TTATTCAGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-TAAGAGATTTAAAAAAT
1 TTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAACTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * *
267943 AATTTTGTTTGCCAAACCAATTTAAATAATTATGTCTATTTGAACAATTATTTATTT-GAA----
66 AAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTA-TTGAACAATTATTTATTTCAAATTGT
* * * ** * *** *
268003 -AT---C----GTTATGACATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGT
130 TATGACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCAGTTC--A-CA-CAAGC
* * ** * * *** * * *
268047 TTGAAAT-AAAATAAGATTAAT--TTA-TTAATATTTTGAAAATTAA-GAAGTAAGAGATTTAAA
1 TT--ATTCAAAATAA-AATAATACAAATTTAATAATATTTCAA-AAATTAACTAAGAGATTT-AA
* * * * * *
268107 AAAATAAATCT-ATTACTAAACCAGTTCAATTAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCA
61 AAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTA-AGGCTA-TTGAACAATTATTTATTTCA
* ** * * * * * * * **
268170 AGTCATTATGAGCATTTGTTTTATCATAAAATAATTGTCTT-TGCTT-GTACAAGC
124 AATTGTTATGACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTAT-TTCAG-TTCACACAAGC
* * * * * * * *
268224 ATATTCAAAATAACATAATTCTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAA-TAAGAGAATTAAAAAAT
1 TTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAACTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
268288 TAATCTATTTACCAAA-CATGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
66 AAATTTGTTTGCCAAACCA-GTTCAAATAGTTAAGGCTA-TTGAACAATTATTTATTTCAAATTG
* * * * *
268352 TTATGACC-TTTGATTTTTTCATAAAGCAATTGTTTCTA-TTCATACAAGC
129 TTATGACCTTTTG-TTATGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCACACAAGC
** * ** * * *
268401 TTATTCCGAATAAAATAAT-TAAATTTGTTAATATTCCAAAAATTAA-TAAGTAAAAATTAAAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAACTAAG---AGATTTAAAA
* * **** * * ** * *
268464 AATAAATATATTTTATGAACCCGTTCAAATAATTATGACTATTTAACTATTTGAACAGTTAATTA
63 AATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAAT-AGT-T-A--A---GGCTA-TTGAACAATTATTTA
* * * * * * *
268529 TTCCAAATTGATATGACCGTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGC
119 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATT-ATTTCAGTTCACACAAGC
** * * * *
268588 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA-TAAGTAAAATATTTAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAACTAAG----AGATTTAAA
* * * * * * * *
268652 AAATAAATCTATTTACCAAGCAAGTTAAAATAGTTATGACTGACTATTTGAACAATTATTTTTTT
62 AAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTA--A--GGCTA-TTGAACAATTATTTATTT
* * * * * *
268717 CAAATAGTTATG-CTCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCAAAGAAGT
122 CAAATTGTTATGAC-CTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCACACAAGC
** * * * * *
268773 TTATTCTGAATAAAAT-CT--AAA-TTAATTATATTTGC--AATTTAA-TAGGTGAGATTTAACA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTT-CAAAAATTAACTA--AGAGATTTAAAA
* * * * * * * * * * *
268831 AAGAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCACTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
63 AATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTA-TTGAACAATTATTTATTTCAAAT
* * *
268896 TGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAGAATTATTT
127 TGTTATGACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTT
268933 TTGTTCATAC
Statistics
Matches: 940, Mismatches: 224, Indels: 145
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
163 5 0.01
164 15 0.02
167 14 0.01
168 55 0.06
169 18 0.02
170 8 0.01
174 58 0.06
175 9 0.01
176 119 0.13
177 111 0.12
178 54 0.06
179 102 0.11
180 65 0.07
181 70 0.07
182 11 0.01
184 5 0.01
185 74 0.08
186 2 0.00
187 77 0.08
188 37 0.04
189 31 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (177 bp):
TTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAACTAAGAGATTTAAAAAAT
AAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTT
ATGACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCACACAAGC
Found at i:268190 original size:344 final size:344
Alignment explanation
Indices: 267706--268358 Score: 718
Period size: 345 Copynumber: 1.9 Consensus size: 344
267696 AGTTTACTCA
* *
267706 AAATAAAATAATACTAATGTAATAAAATTCTAAAAGTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAAGACTAATGTAATAAAATTCTAAAAGTTAAGAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * **
267771 TTATTTGCCAAACCAGTTGAAATAGTTAAGGCCATATGAACAATTCTTTATTTCAAATTGCTATG
66 CTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACCATATGAACAATTATTTATTTCAAATCACTATG
* * * * * *
267836 ACTTTTTGTTTTGT-GTAGAACAATT-T-TTTCAGTTCTTAGT-AA-CTTATTCAGAATAAAATA
131 ACTATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTCTTT--G--CTT-GTAAAGCATATTCAAAATAAAATA
* * * * * *
267896 AAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAA-TAATTTTGTTTGCCAAAC
191 AAACAAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAGAATTAAAAAATTAA-TCTATTTACCAAA-
* * *
267960 CAAT-TT-AAATAATTATGTCTATTTGAACAATTATTTATTTGAAATCGTTATGACATAAAACAA
254 C-ATGTTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATAAAACAA
268023 ATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTG
318 ATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTG
* * * * * *
268050 AAATAAAATAAGATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-TTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAA
1 AAATAAAATAAGACTAATGTAATAAAATTCT-AAAAGTTAAGAACTAAGAGATTT-AAAAAATAA
* * * * * *
268114 ATCTA-TTACTAAACCAGTTCAATTAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAGTCATT
64 ATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACCATATGAACAATTATTTATTTCAAATCACT
* *
268177 ATGAGC-ATTTGTTTTATCATAAAATAATTGTCTTTGCTTGTACAAGCATATTCAAAATAACATA
128 ATGA-CTATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTCTTTGCTTGTA-AAGCATATTCAAAATAAAATA
** *
268241 ATTCTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACCAAACA
191 AAACAAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACCAAACA
* *
268306 TGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
256 TGTTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
268359 CTTTGATTTT
Statistics
Matches: 253, Mismatches: 43, Indels: 25
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
342 2 0.01
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AAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATAAAACAAATGTTTTT
GTTCATATAAGTTTGTTTG
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* * * * * *
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*
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* * * *
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* * * * *
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*
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* * *
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* *
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*
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*
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*
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* *
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* *
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* * * *
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*
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* * * * *
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* ** *
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* * * * * * *
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*
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* * * * *
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** *
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* *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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*
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* ** * *
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* * *
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* *
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* *
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* ** ** * * * *
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* * * *
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* ** * ** *
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** * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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1 A
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* *
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*
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ACGTcount: A:0.72, C:0.04, G:0.02, T:0.22
Consensus pattern (22 bp):
AATAAATAATAATAAAAACAAG
Found at i:323720 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 323671--323730 Score: 59
Period size: 24 Copynumber: 2.5 Consensus size: 24
323661 ACGTACAAAT
* *
323671 TATAAAATAATTTTGTAAATTTAA
1 TATAAAATAATTTTATAAATTAAA
*
323695 TATAAAATAAATTTTAT-TATTAAA
1 TATAAAAT-AATTTTATAAATTAAA
*
323719 TAGTAAATTAAT
1 TA-TAAAATAAT
323731 AAATAACTTT
Statistics
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Consensus pattern (24 bp):
TATAAAATAATTTTATAAATTAAA
Found at i:323763 original size:16 final size:16
Alignment explanation
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323732 AATAACTTTT
323742 AATCATTTATTAATAA
1 AATCATTTATTAATAA
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*
323776 AATAATTTATTAATAA
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Statistics
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Consensus pattern (16 bp):
AATCATTTATTAATAA
Found at i:323792 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 323776--323800 Score: 50
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323766 TTTGACATAA
323776 AATAATTTATT
1 AATAATTTATT
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1 AATAATTTATT
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1 AAT
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Statistics
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AATAATTTATT
Found at i:323819 original size:19 final size:20
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Indices: 323775--323821 Score: 53
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323765 ATTTGACATA
*
323775 AAATAA-TTTATTAATAATT
1 AAATAATTTTATAAATAATT
* *
323794 TATTAATTTTATAAAT-ATT
1 AAATAATTTTATAAATAATT
323813 AAATAATTT
1 AAATAATTT
323822 AAAATTTTTA
Statistics
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AAATAATTTTATAAATAATT
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324336 TTTATCTATA
** *
324346 TAAACTATGATTTTTTTAAAAATCGTTGTCCTTTTATATAT
1 TAAACTAT-A-TTTTTTAAAAATCGTAATCCTTTTA-ATAC
* * *
324387 TAGACTATAATTTTTTGAAAATCGTAATCTTTTTAATAC
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1 TAAACTATATTTTTTA
324442 TACTAAACTA
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Matches: 46, Mismatches: 9, Indels: 3
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Found at i:324439 original size:20 final size:19
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Indices: 324416--324452 Score: 65
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324406 AATCGTAATC
*
324416 TTTTTAATACTAAACTATA
1 TTTTTTATACTAAACTATA
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1 TTTTTTATACTAAACTAT
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Found at i:324558 original size:22 final size:22
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Indices: 324534--324604 Score: 92
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324524 AAATTTATCA
324534 AATTATTTAAAAATAAGAATAA-
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*
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1 AATT
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Statistics
Matches: 43, Mismatches: 2, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (22 bp):
AATTATTTAAAAATAAAATAAT
Done.