Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167926.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_19, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 113000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 72 of 117
Found at i:13266349 original size:23 final size:21
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1 AAGTCTTACAAATTATGCTT-A
** *
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1 AAGTCTTACAAAT
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AAGTCTTACAAATTATGCTTA
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13266216 AAATTTTAAG
* * * *
13266226 GATTATGCTTAGAGATCTTACAAATTTCAAAATCTTTGAATGCTTCTTCAATCAAAAGTATTGAA
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* *
13266291 ACTTTAAAATTTTAAAATATTTTACCCAGAAGTCTTACAAATTATGCTTAAAAGATCTTTGA
66 ACTTTAAAAATTTAAAATATTTTACCCAGAAATCTTACAAATTATGCTTAAAAGATCTTTGA
* * * *
13266353 GATTATGCTTAAAG-TCTTACAAATATCAACATCTTTGAATG-TTCCTCTTAATTAAAGGCATTA
1 GATTATGCTTAAAGATCTTACAAATATCAAAATCTTTGAATGCTT-CT-TCAATCAAAAGCATTA
* * *
13266416 AAACTTTAAAAATTTATAATATTTTACCC-GAAAATTTTAGAAATTATG
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GATTATGCTTAAAGATCTTACAAATATCAAAATCTTTGAATGCTTCTTCAATCAAAAGCATTAAA
ACTTTAAAAATTTAAAATATTTTACCCAGAAATCTTACAAATTATGCTTAAAAGATCTTTGA
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* *
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CTAATATAAGCTTAGGTACTAG
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13267010 AACTAAATTT
* * * *
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*
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* * * ** * * *
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*
13267116 GGCTTAGTTTGATTT-AGATGTCAGCTAGACTA
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* *
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GGCTTAGTTTGATTTGAGTGCCAGCTAGACTA
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13267012 CTAAATTTGG
** * * * * * *
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* ** * *
13267086 CTTGGTTTGATCTGGGTGTTAGCTTGATTGGGCTTAGTTTGATTTAGATGTCAGCTAGACTAGA
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*
13267150 CTTAGTTTGATTTGGGTGCCAACTTGATTGGGCTTA
1 CTTAGTTTGATCTGGGTGCCAACTTGATTGGGCTTA
13267186 AATATCTCAT
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CTTAGTTTGATCTGGGTGCCAACTTGATTGGGCTTAGTTTGATTTAGATGCCAGCTAGACTAGA
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13267360 TTTTTTTTTA
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1 TTTTTCTCTTTC
*
13267393 TTAGTTTCT-TTTA
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13267406 TTTTTCTCTTT-
1 TTTTTCTCTTTC
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1 TTTT
13267421 CTTTATTTTT
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TTTTTCTCTTTC
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13267360 TTTTTTTTTA
* *
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1 TTTTTT
13267444 TCAAACTTTT
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Consensus pattern (21 bp):
TTTTTTCTTTATTTTTCTCTT
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13267387 TCTTTCTTAG
*
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1 TTTCTCTTATT
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1 TTTCTCTTATT
13267428 TTTCTCT
1 TTTCTCT
13267435 CCTTTTTTTT
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TTTCTCTTATT
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13267406 TTTTTCTCTT
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* * *
13267450 TTTTCCTCTTATTTTTTTCTCTTTTTTTTTTCAAAC
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13267486 TTTTTC
1 TTTTTC
13267492 CTTTTCTTAT
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13268162 TACTATTATT
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1 ATTATCATCATC
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1 ATTAT
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ATTATCATCATC
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13268206 GTACTATATT
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*
13268257 -TATAGTATATTATATTA-
1 TTATAGTATAGTATATTAG
13268274 TTAT
1 TTAT
13268278 TATCAACTTT
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13268207 TACTATATTT
* * * * *
13268217 TATAG TATAG TATAT TAGAT TATAG TATAG TATAG TGTAG TATAG TATAT
1 TATAG TATAG TATAG TATAG TATAG TATAG TATAG TATAG TATAG TATAG
13268267 TATA
1 TATA
13268271 TTATTATTAT
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TATAG
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1 AATTTTTTTTT
13270581 AATTTTTTTTT
1 AATTTTTTTTT
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1 AATTTTTT
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1 TTATTTT
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*
13271252 TATTTTATTATTTTTATAT
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1 TATTTTTTATTT--TTATAA
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1 TATTTTTTA
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AAAGAAAAAAAA
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13272389 CCGAATAAGG
*
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*
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1 AAAGAAAAA
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1 AAAGAAAAA
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1 AAA
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AAAGAAAAA
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*
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1 AAAAA
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*
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1 GGCATTTGCATCATTTAGAA
13275880 GGCATTTGCATCATTTAGAA
1 GGCATTTGCATCATTTAGAA
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1 GGCATTTGCAT
13275911 AACATTTGTC
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** *
13276098 AAAATTTTTCGAATGTGAATCTTTGAAATTTCATATGTAAATCCT
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* * ** * *
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* ** * *
13276187 AAAATTTTTCAAATGTGAGTCTTTGAAATTTCAGATGTGAATCCT
1 AAAATTTTT-GAATGAAAATCTTTGAAATTTCAGATGTAAATCCT
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1 AAAATTTTTGAATGAAAATCTTT
13276255 AATTTTTGGA
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Found at i:13276281 original size:45 final size:42
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Indices: 13276140--13276284 Score: 137
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13276130 ATATGTAAAT
*
13276140 CCTAAAATTCTTGAATGAAAATCTTTAATTTTTGGATGTGAAA
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* * ** * * **
13276183 CCCCAAAATTTTTCAAATGTGAGTCTTTGAAATTTCAGATGTGAA
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13276228 TCCTAAAATTTTTGAATGAAAATCTTTAATTTTTGGATGTGAGA
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1 CC-T-AAAATTTT
13276285 CAAACAAAAA
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13276065 ATGAGATTCG
* ** * *
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* *
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*
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* ** * **** * *
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66 CCTAAAATTCTTGAATGAAAATCT
**** ** *
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*
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* **
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* ** * * *
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* * *
13277468 TAG TAT TAT TAT TATT TAT TAC TAT TAT TAT TAT TAT TAT CAT TAT
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* * * *
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TAT
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TATTA
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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** *
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* * * *
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*
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* *
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ACTC
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* *
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* *
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* *
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*
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* *
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* * **
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* ** * * * *
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* * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * *
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13297236 TTAAACGGGG
* * * * *
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* * * *
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* ** * *
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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** *
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*
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1 TGCTTAGAGGTCTTAAAAAT
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13298316 AAAAATATTT
* * * * *
13298326 TGCCCAGAGGTCTTAAAGATTATGCCCGGATGTCTTATAAATCTCAAAATCTTTTAAATGCTCCT
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* * ** *
13298391 CCAATTAGAGGCATTAAAACTTTAAAAATTTAAAATGTTTTGCTTGGAGGTTTTGAAAATTA
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** *
13298453 TGCCCAAAGGTCTTAAAAATTATGCTTAGAGGTCTTACAAATCTCAAAATC-TTTGAATGCTCCT
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*
13298517 CCAATCAGAGGCATTAAAACTTTAAAATTTTAAAAAT-TTTTGCCTAAAGGTCTTGAAAATTA
66 CCAATCAGAGGCATTAAAACTTTAAAAATTT-AAAATGTTTTGCCTAAAGGTCTTGAAAATTA
13298579 TGC
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13298582 TTTGAGGTTT
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 14, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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13298443 TTGAAAATTA
* * *
13298453 TGCCCAAAGGTCTTAAAAATTATGCTTAGAGGTCTTACAAATCTCAAAATCTTTGAATGCTCCTC
1 TGCCTAAAGGTCTTGAAAATTATGCTTAGAGGTCTTACAAATCTAAAAATCTTTGAATGCTCCTC
* * *
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* * *
13298557 TGCCTAAAGGTCTTGAAAATTATGCTTTGAGGTTTTTACAAATCTTAAAATC-TTGAAATGCTCC
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* * *
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* ** * ** *
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* * *
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* *
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1 T
13298866 CCCCCAATCA
Statistics
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* **
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*
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TTA
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*
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*
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* * ** * * * *
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* * * ****
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* *
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* * * *
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*
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*
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*
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* * *
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ATTTCAAATGCACA
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AT
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** *
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ATTCATTTGACAAAACATAATATATCTAGGGTTAAAT
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13328559 TTCATTTAAA
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*
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1 A
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*
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*
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*
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*
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1 GGTTTTTTATTTTTTG
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*
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* *
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1 TTTTT
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13330366 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
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AT
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13331429 TTTTTTTCGT
* *
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1 TTTTAAATT-TTTTAAGAATATTTTATTA
*
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1 -TTTTA-AATTTTTTAAGAATATTTTATTA
*
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* *
13336329 ATTATACCTTTATATCATAATTACAAAAATACCCCTTCTTTTATAATTATTTACTAAATAATCT-
1 ATTATTCC-TTATATCATAATTACAAAAATA-CCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTC
* * * * ** * * * *
13336393 TTTAGAAAATTACCTAAATATCCTTTCCATTATACAATGAGAAATAGACAAGTGGCCAAATTGA-
64 TTAAG-AAATTACCAAAATACCCTTTTCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGTCAAATTGAC
13336457 T
128 T
* * * * *
13336458 AGTTATGCCCTTAT-GCATAATTACAAAAATACTCATTCTCTTATAATTAGTTA-TAAAAAATCT
1 A-TTAT-TCCTTATATCATAATTACAAAAATAC-CCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCT
* * * * * * *
13336521 C-T-AGCAAATTACTAAAATGCCATTTTCATTATATGATAGGAAATTGATATGTGATTAAATTGA
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13336584 -T
127 CT
* * ** **
13336585 AATTACTCATTTATATCATAATTACAAAGCTACATTTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATC-
1 -ATTATTC-CTTATATCATAATTACAAAAATAC-CCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCT
* ** * * * *
13336649 CTTTATGAAATTAAGAAAATACTC-TTTCATTATATGATAAAAAATTGATATGTGATCAAATTGA
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13336713 CT
127 CT
* * * * * * *
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1 ATTATTCC-TTATATCATAATTACAAAAATA-CCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTC
* * * * * * *
13336780 TCAAGAAATTACTAAAATA-CTTTTTGTATTACATGGTAAGAAATTGACATGTAGTCAAATTGAC
64 TTAAGAAATTACCAAAATACCCTTTT-CATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGTCAAATTGAC
13336844 T
128 T
* * * *
13336845 ATTATATACTTATATTATAATTACAAAAATACACCTTCTCTTATAATTATTTATTAAAAAAATCT
1 ATTAT-TCCTTATATCATAATTACAAAAATAC-CCTTCTCTTATAATTATTTACT-AAATAATCT
* * *
13336910 CTTAAGAAATCACCAAAATACCCTTTTCATTATATGATAAGAAATTGACATATGGCCAAA-TGCA
63 CTTAAGAAATTACCAAAATACCCTTTTCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGTCAAATTG-A
13336974 CT
127 CT
* ** *
13336976 ATTATTCTCTTATACCATAATTATGAAAATATCCCTTTTCTTATAATTATTTACTAAATAATC-C
1 ATTATTC-CTTATATCATAATTACAAAAATA-CCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTC
13337040 TTTATA-AAATTACCAAAATACC
64 -TTA-AGAAATTACCAAAATACC
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AAGAAATTACCAAAATACCCTTTTCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGTCAAATTGACT
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13336327 TCATTATACC
* * *
13336337 TTTATATCATAATTACAAAAATACCCCTTCTTTTATAATTATTTACTAAATAATCT-TTTAGAAA
1 TTTATATCATAATTACAAAAATACACCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTTAAG-AA
* * * ** * *
13336401 ATTACCTAAATATCCTTTCCATTATACAATGAGAAATAGACA-AGTGGCCAAATTGA-TAGTTAT
65 ATTACCAAAATACCCTTTTCATTATATGATAAGAAATTGACATA-TGGCCAAATTGACTA-TTAT
* * * * * *
13336464 GCCCTTAT-GCATAATTACAAAAATA-CTCATTCTCTTATAATTAGTT-ATAAAAAATCTCTAGC
128 G-CCTTATACCATAATTACGAAAATATC-CCTTTTCTTATAATTATTTAATAAATAATCTCTAGC
* * * * *
13336526 AAATTACTAAAATGCCATTTTCATTATATGATAGGAAATTGATATGTGATTAAATTGATAATTAC
191 AAATTACTAAAATGACATTTTCATTACATGATAAGAAATTGACATGTGATCAAATTGATAATTAC
13336591 TCA
256 TCA
** ** *
13336594 TTTATATCATAATTACAAAGCTACATTTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATC-CTTTATGAA
1 TTTATATCATAATTACAAAAATACACCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTC-TTAAGAA
** * * * * ** *
13336658 ATTAAGAAAATACTC-TTTCATTATATGATAAAAAATTGATATGTGATCAAATTGACTCTTATGC
65 ATTACCAAAATACCCTTTTCATTATATGATAAGAAATTGACATATGGCCAAATTGACTATTATGC
*
13336722 CATCATACCATAATTACGAAAATATCCCTTCTT-TTATAATTATTTAATAAATAATCTCTCAAG-
130 C-TTATACCATAATTACGAAAATATCCCTT-TTCTTATAATTATTTAATAAATAATCTCT--AGC
* * *
13336785 AAATTACTAAAAT-ACTTTTTGTATTACATGGTAAGAAATTGACATGT-AGTCAAATTGACT-AT
191 AAATTACTAAAATGACATTTT-CATTACATGATAAGAAATTGACATGTGA-TCAAATTGA-TAAT
13336847 TA-T-A
253 TACTCA
* * *
13336851 TACTTATATTATAATTACAAAAATACACCTTCTCTTATAATTATTTATTAAAAAAATCTCTTAAG
1 T--TTATATCATAATTACAAAAATACACCTTCTCTTATAATTATTTACT-AAATAATCTCTTAAG
*
13336916 AAATCACCAAAATACCCTTTTCATTATATGATAAGAAATTGACATATGGCCAAA-TGCACTATTA
63 AAATTACCAAAATACCCTTTTCATTATATGATAAGAAATTGACATATGGCCAAATTG-ACTATTA
* * *
13336980 TTCTCTTATACCATAATTATGAAAATATCCCTTTTCTTATAATTATTTACTAAATAATC
127 TGC-CTTATACCATAATTACGAAAATATCCCTTTTCTTATAATTATTTAATAAATAATC
13337039 CTTTATAAAA
Statistics
Matches: 362, Mismatches: 61, Indels: 40
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Matches are distributed among these distances:
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TTTATATCATAATTACAAAAATACACCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTTAAGAAA
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TTATACCATAATTACGAAAATATCCCTTTTCTTATAATTATTTAATAAATAATCTCTAGCAAATT
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* * *
13336337 TTTATATCATAATTACAAAAATACCCCTTCTTTTATAATTATTTACTAAATAATCT-TTTAGAAA
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* * * ** * *
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* * * * * * * *
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128 G-CCTTATACCATAATTACGAAAATATC-CCTTTTCTTATAATTATTTATAAATAATCTTTA-AA
* * * * *
13336527 AATTACTAAAATGCCATTTTCATTATATGATAGGAAATTGATATGTGATTAAATTGATAATTACT
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254 CA
** ** *
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** * * * * ** *
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65 ATTACCAAAATACCCTTTTCATTATATGATAAGAAATTGACATATGGCCAAATTGACTATTATGC
* *
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* * *
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190 AATTACTAAAATACATTTT-CATTACATGATAAGAAATTGACATGTGA-TCAAATTGA-TAATTA
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252 CTCA
* * *
13336851 TACTTATATTATAATTACAAAAATACACCTTCTCTTATAATTATTTATTAAAAAAATCTCTTAAG
1 T--TTATATCATAATTACAAAAATACACCTTCTCTTATAATTATTTACT-AAATAATCTCTTAAG
*
13336916 AAATCACCAAAATACCCTTTTCATTATATGATAAGAAATTGACATATGGCCAAA-TGCACTATTA
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* *
13336980 TTCTCTTATACCATAATTATGAAAATATCCCTTTTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCTTTAT
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*
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TTACCAAAATACCCTTTTCATTATATGATAAGAAATTGACATATGGCCAAATTGACTATTATGCC
TTATACCATAATTACGAAAATATCCCTTTTCTTATAATTATTTATAAATAATCTTTAAAAATTAC
TAAAATACATTTTCATTACATGATAAGAAATTGACATGTGATCAAATTGATAATTACTCA
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** **
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* *
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* * *
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*
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GTTTTAATTTATAGGTTTTGATTTAGG
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* * *
13338562 TTA TATA TT- TTA TTTA TTA TTA TTA TTA TTA TT- TTT TTA ATC TT-
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*
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1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TT
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TTA
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*
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*
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1 TTT-ATATTT
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*
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* *
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1 TTTTTATTTTA
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TTTTTATTTTAAGTCATTT
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*
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1 GGTTTC
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* *
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*
13339778 TTTTGGTTCCAGTTTTC-ACTCCC
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1 TTTT
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13340517 ATTA ATTA ATTA ATTA ATTA ATTA AT
1 ATTA ATTA ATTA ATTA ATTA ATTA AT
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13341009 TTTTTTATAA
* * * * * *
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* * * * * * ** * *
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13341146 TTAT
126 TTAT
* * * * *
13341150 AATTA-TTACGAAATCATCCCTTATTAAATTATCAAAATACCATTTCTATTTTATTATAAGAAGT
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* * *
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* * * *
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13340941 ATATGTATAT
* * * * * *
13340951 AATTAACATGTGGCCAAATAACCTATAATACCTTCATATCATAATTACGAAAACA-TCTTTTTTT
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* * * *
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64 AT--AATTATTTACTAAATAATCC-CTATGAAATTACCAAAATACTATTTCCATTATATGATAAG
13341080 A
126 A
* * * * ** * *
13341081 AATTGAA-AAGTGGCCAAATTGATAATTATTTTCTCATA-CTATAAGTACA-AAAAGATTCCTTC
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* * * * * * * *
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13341207 AAGA
123 AAGA
* * * * * *
13341211 AGTTTACATGTGGTAAAATGATCTATTATACTCTTATACCATAATTAAGAAAATATTCATTCTTT
1 AATTAACATGTGGTCAAATGAT-TATAATAC-CTCATATCATAATTAAGAAAATATTC-TTCTTT
* * * *
13341276 TATAATTATTTACTATATAATCCCTATGGAATTACCAAAATACTATTTCTATTATATGATAATA
63 TATAATTATTTACTAAATAATCCCTATGAAATTACCAAAATACTATTTCCATTATATGATAAGA
* * * * * **
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* * * * *
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13341469 A
126 A
* * * * * * * * * * * *
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** * * * * * * *
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* * * * * * * *
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Statistics
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AATTATTTACTAAATAATCCCTATGAAATTACCAAAATACTATTTCCATTATATGATAAGA
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Indices: 13341726--13342199 Score: 444
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13341716 CCAATGAAAA
* * * *
13341726 ATTATGCGCTCATATCATAATTAC-AAAATTACCCTTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCT
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* * * * * * * * * ** * * *
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13341854 CT
129 CT
* * ** * * *
13341856 ATTATGCTCTTATATCATAATTACGAAAATATCCATTCTCATACAATTATTTATTAAATGATCTC
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* * *
13341921 GTATGAAATTACCAAAATACATATTCTATTATTTGATAAGAAATTGACATGTAACCAAATAGACT
66 ATATGAAATTACCAAAATACATATTCTATTATATGACAAGAAATTGACATGTAACCAAATAGACT
* *
13341986 ATTATTCTCTCATATCATAATTATGAAAATACCCATTCTTTTAAAATTA-TTACTAAATAATCTC
1 ATTATGCTCTCATATCATAATTACGAAAATACCCATTCTTTTAAAATTATTTACTAAATAATCTC
* * * * *
13342050 ATACT-AAATTACCAAAATACGCT-TT-TGATTATATGACAAGAAGTTTACATGTAGCCAAATAA
66 ATA-TGAAATTACCAAAATAC-ATATTCT-ATTATATGACAAGAAATTGACATGTAACCAAATAG
*
13342112 ATT
128 ACT
* * *
13342115 ATTATGC-CTTCATATCATAATTACGAAAGTACCC-TTATTCTTATAATTATTTACTAAATAATC
1 ATTATGCTC-TCATATCATAATTACGAAAATACCCATTCTT-TTAAAATTATTTACTAAATAATC
* *
13342178 -CCTCATGAAATTACCCAAATAC
64 TCAT-ATGAAATTACCAAAATAC
13342200 CCTTTTTGTT
Statistics
Matches: 287, Mismatches: 47, Indels: 20
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
128 6 0.02
129 106 0.37
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Indices: 13342437--13342987 Score: 449
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* * *
13342437 AATTACGAAAATATCTCTTT-TCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATAAAATTACCAAAA
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* * * * * * **
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64 TATCATTTCCATTATATAATAAAAAATT-AACA-AGTGGCCAAAT-AGACTATTATTCTATCATA
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126 CCAT
* * * * *
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1 AATTACGAAA-ATACCTTTCTCTTATAATTATTTACAAAATAATCCCTTAT-ATAATTACCAAAA
* ** * * * * * * * * * *
13342630 TACCCCTTCCATTATATGATAAGAATTTGATATGTGACAAAATGGACTATTATTCTATCATAACA
64 TATCATTTCCATTATATAATAAAAAATTAACAAGTGGCCAAATAGACTATTATTCTATCATACCA
13342695 T
129 T
* * *
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1 AATTACGAAAATACCTTTCTCTTATAATTATTTACAAAATAATCCCTTATATAATTACCAAAATA
* *
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66 TCATTTCCATTATATAATAAAAAATTAACAAGTGGCCAAATAGACTA-T-TATT-CTATCATACC
13342823 AT
128 AT
* * * * * * * *
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1 AATTACGAAAATACCTTTCTCTTATAATTATTTACAAAATAATCCCTTATATAATTACCAAAATA
* * ** * * * *
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* *
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AATTACGAAAATACCTTTCTCTTATAATTATTTACAAAATAATCCCTTATATAATTACCAAAATA
TCATTTCCATTATATAATAAAAAATTAACAAGTGGCCAAATAGACTATTATTCTATCATACCAT
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * **
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194 ACCCCTTCCATTATATAATAAAAAATTAACATGTGACAAAATAAACTATTATTCTATCATAACAT
* **
13342696 AATTACAAAAATACCTTTCTCTTATAATTATTTACAAAATAATCCCCTATATTATTACCAAAATA
1 AATTACGAAAATACCTTTCTCTTATAATTATTTACAAAATAATCCCCTATAAAATTACCAAAATA
* * * * *
13342761 TCATTTGCATTATATAACAAAAAATT-AACA-AGTGGCCAAAT-AGACTATTATATTCCT-ATAT
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* * * * * * * * **
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127 CATAATTA-CAAACATACATTCCTCTTATAATAATTTACAAAATAATCCCTTATGAAATTACCAA
* * * * * * * *
13342886 AATGCCTCTTCCATTATATAATAAAAAATTAACCTGTGCCCAAATAAACTATTATTTTCTCATAC
191 AATACCCCTTCCATTATATAATAAAAAATTAACATGTGACAAAATAAACTATTATTCTATCATAA
13342951 CAT
256 CAT
* *
13342954 AATTACGAAAATGCCATTCT-TTGATAATTATTTA
1 AATTACGAAAATACCTTTCTCTT-ATAATTATTTA
13342988 TTAAATATTT
Statistics
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AATTACGAAAATACCTTTCTCTTATAATTATTTACAAAATAATCCCCTATAAAATTACCAAAATA
TAATTTCCATAATATAACAAAAAATTGAAATATGGCCAAATGAGATATTATACCCTCATACCATA
ATTACAAACATACATTCCTCTTATAATAATTTACAAAATAATCCCTTATGAAATTACCAAAATAC
CCCTTCCATTATATAATAAAAAATTAACATGTGACAAAATAAACTATTATTCTATCATAACAT
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*
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1 CTAAATGCATTATTATGCCCTTATGC
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1 C
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CTAAATGCATTATTATGCCCTTATGC
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13343092 CTAAATGCAT
* * * ** *
13343102 TATTATGCCGTTATGCCATAATTAAGAAAATACCTATTCTT-TTATAATTATTTTGTAGATAATC
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* * *
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13343231 AC
130 AC
* * **
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* * * * ** * ** * *
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13343362 AC
130 AC
* * * * * * *
13343364 TATTATGCCTTCATATCATAATTACAAAAATTCTTATTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCC
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* * * * ** ** **
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13343492 A-
130 AC
* * * ** * * * *
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* * * * * * * * * *
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***
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127 TA-AAC
* * * ** * *
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* * * * * ** * *
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66 CTTATAAAATTACCAAAATATCC-TTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGCGACCAAATAA
13343750 AC
130 AC
* * * * * *
13343752 TATTATG-CTTTCATATCATAATTATGAAGATA-TTGGTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT
1 TATTATGCCTTT-ATACCATAATTACGAAAATACCT-ATTTTCTTATAATTATTTACTAAATAAT
* * * * * ** **
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*
13343878 TAAC
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* ** * ** * ** **
13343882 -ATGTACGCAATCATATAATAATTACAAAAATTTTCT-TTCTT-TTATAATTATTTACTAAGCAA
1 TAT-TATGCCTTTATACCATAATTACGAAAA-TACCTATT-TTCTTATAATTATTTACTAAATAA
* * * * * * *
13343944 TCCCTTATGAAATTA--AGAAATA-CCCTTTCCATTATGTGATAAAAAATTGACATGTGATCAAA
63 TCTCTTATAAAATTACCA-AAATATCCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGCGACCAAA
***
13344006 TTGTC
127 TAAAC
* * * * * * *
13344011 TATTACGCCCTTATGCCATACA-TATGAAAATGCAC-ATTCTCTTATAACTATTTACTAAATAAT
1 TATTATGCCTTTATACCATA-ATTACGAAAATAC-CTATTTTCTTATAATTATTTACTAAATAAT
* * ** * * * *
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13344138 AAC
129 AAC
* * * * ** ** *
13344141 TATTATTTCC-TTATATCATCATTACAAAAATACC-CCTACCGTTATAGTTATTTACTAAATAAT
1 TATTA-TGCCTTTATACCATAATTACGAAAATACCTATTTTC-TTATAATTATTTACTAAATAAT
* * * * * * * * ** * * *
13344204 CCCTTATGAAATTAGCAAAAT-GCCATTTCCATTCTATAATAACAAATTGACATATGGCAAAATG
64 CTCTTATAAAATTACCAAAATATCCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGCGACCAAATA
* *
13344268 TAT
129 AAC
* * ** *
13344271 TATTAT-TCTCTCATATTATAATTACAAAAATA--TACCTTTTCTTATAATTA-TTACTAAATAA
1 TATTATGCCT-TTATACCATAATTACGAAAATACCTA--TTTTCTTATAATTATTTACTAAATAA
* *** * * * * * *
13344332 TCT-TTATTAAATTTTAAAAATACCCTTTT-TATTATATGATAAGAAGTTTACATGTGGCCAAAT
63 TCTCTTATAAAATTACCAAAATATCCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGCGACCAAAT
**
13344395 GGA-
128 AAAC
* * * *
13344398 TCATTATGCCCTTATACCATAATTACAAAAATACCTATTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATA
1 T-ATTATGCCTTTATACCATAATTACGAAAATACCTATTTTCTTATAATTATTTACTAAATAATC
* * **
13344463 TCCTATGAAATTATAAAAATA-CTCTTTT-CATTATATG
65 TCTTATAAAATTACCAAAATATC-CTTTTCCATTATATG
13344500 TTATTCAATA
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TATTATGCCTTTATACCATAATTACGAAAATACCTATTTTCTTATAATTATTTACTAAATAATCT
CTTATAAAATTACCAAAATATCCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGCGACCAAATAAA
C
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13344585 ATTATACCCT
** * * **
13344595 TCATAATTATGAAAATACCCCTTCTCTT-CTAATTATTTTCTAAATAATCCTCTATGAAATTATT
1 TCATAATTACAAAAATACCCTTTCTCTTAC-AATTATTTACTAAATAATCCTCTATGAAATTACC
* * *
13344659 GAAATACACTTTCCATTATATAATAAGAAATTTACATGTGACCAAATTGATTA-TATGC-CATCG
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13344722 TA
128 TA
* * * * * *
13344724 TCATAATTACGAAAATA-GCTATTCTTTTACAATTATTTACCAAATAATCCTTTA-GAAAATAAC
1 TCATAATTACAAAAATACCCT-TTCTCTTACAATTATTTACTAAATAATCCTCTATG-AAATTAC
* * * * * *
13344787 CAAAATGCCTTTTCATTATATGATATGAAATTTACATGTGGCCAAATTGACTATTATGCACTTAT
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13344852 A
129 A
* *
13344853 TCATAGTTACAAAAATACCCTTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT-CTCTTATGAAATTACC
1 TCATAATTACAAAAATACCCTTTCTCTTACAATTATTTACTAAATAATCCTC-TATGAAATTACC
* * * * * * ** * *
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65 AAAAT-ACCTTTCCATTATATAATAAGAAATTTACATGTGA-CCAAATTGACTATTATGCACTCA
13344981 TA
128 TA
* ** * * * * * * *
13344983 CCATGTTTACTAAATTATCTTTTCTTTTAAAATTATTTACT-AATAATCCCCTATGA
1 TCATAATTACAAAAATACCCTTTCTCTTACAATTATTTACTAAATAATCCTCTATGA
13345039 TAAGAAATTG
Statistics
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TCATAATTACAAAAATACCCTTTCTCTTACAATTATTTACTAAATAATCCTCTATGAAATTACCA
AAATACCTTTCCATTATATAATAAGAAATTTACATGTGACCAAATTGACTATTATGCACTCATA
Found at i:13345423 original size:130 final size:129
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Period size: 130 Copynumber: 8.2 Consensus size: 129
13345174 CTAAATAATG
* ** *
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* * * * * ***
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*
13345310 AATT
126 AATA
* * *
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* * * ** ** **
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*
13345443 T
129 A
* * * * *
13345444 GACTATTATGCTTTCATA-CAGTAATTACAAAAATGCCCATTCTCTTATAATTATTCACTAAATA
1 GACTATTATGCCTTCATACCA-TAATTATAAAAATACCC-CTCTCTTATAATTATTTACTAAATA
* * * * * * *
13345508 ATCTCTTATAAAATTACCAAAATACCCTTTCGAATATATGATACA-AAATTAACATGTGGCGAAA
64 ATCTCTTATGAAATTATCAAAATACCTTTTCCATTATATGATA-AGAAATTGACATGTGGCCAAA
13345572 TA
128 TA
* ** * * *
13345574 GACTATTATGCC-TCATACTATAATTAGGAAAATACCCCTTTATTATAATTATTGACTAAATAAT
1 GACTATTATGCCTTCATACCATAATTATAAAAATACCCCTCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT
* * * * * * * * * *
13345638 CACTTTTGAAATTACCAAAATACCTTTTTCCATTAAATAACAAGAAGTTTACATGTGGCTAAATT
66 CTCTTATGAAATTATCAAAATACC-TTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATA
* * *
13345703 GACTATTATGCCATCATATCACAATTATAAAAATACCCCATCTCTTCA-AATTATTTACTAAATA
1 GACTATTATGCCTTCATACCATAATTATAAAAATACCCC-TCTCTT-ATAATTATTTACTAAATA
* * * *
13345767 AT-TGCCTT-TGAAATTATCAAAGTGCGC--TTCCATTATCTGATAA-AAATTGACTTGTGGCCA
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13345827 AATA
126 AATA
* * **
13345831 AACTATTATGCCCTT-ATA-CATAGTTATAAAAATACCGATTCTCTTATAATTATTTACTAAATA
1 GACTATTATG-CCTTCATACCATAATTATAAAAATACC-CCTCTCTTATAATTATTTACTAAATA
* * ** * *
13345894 ATCTCTTAAGAAATTAAT-AAAATGCCTTTTTAATTATATGATAAGAAATTGACATATGGTCAAA
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*
13345958 TG
128 TA
* * * * ** * *
13345960 GAGTAGTATTCCCTCATATTATATTTATAAAAATACCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAG
1 GACTATTATGCCTTCATACCATAATTATAAAAATACCCC-TCTCTTATAATTATTTACTAAATAA
* * * * *
13346025 TCTCTTA-GTTAATTACCAAAATACCATTTTCTATTATATGATAAGAAATTAACATGTGGCCGAA
65 TCTCTTATG-AAATTATCAAAATACC-TTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAA
13346089 TA
128 TA
* * * **
13346091 AACTATTATGCCTTCATACCATCATTACAAAAATATCCTTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAA
1 GACTATTATGCCTTCATACCATAATTATAAAAATA-CCCCTCTCTTATAATTATTTACTAAATAA
* * * * * * *
13346156 TCTCTCAAGAAATTATTAAAATGCCCTTTCCATTATATGATAAGGAATTGACATATGGCCAAAT-
65 TCTCTTATGAAATTATCAAAATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATA
* *
13346220 GAACTATTAT-TCTCTCATAACATAATTACTAAA
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13346253 TAATCCTTTA
Statistics
Matches: 752, Mismatches: 149, Indels: 75
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (129 bp):
GACTATTATGCCTTCATACCATAATTATAAAAATACCCCTCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT
CTCTTATGAAATTATCAAAATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATA
Found at i:13346005 original size:516 final size:521
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Period size: 516 Copynumber: 2.2 Consensus size: 521
13345024 AATAATCCCC
* * * * * *
13345034 TATGATAAGAAATTGATATGTGGCTC-AATAGATTATTAAGCCCTCATACCATAATTACAAAAAT
1 TATGATAAGAAATTAACATGTGGC-CGAATAAACTATTATGCCTTCATACCATAATTACAAAAAT
* * * * * * *
13345098 ACCCCTTATCTTATAATAATTTG-CTAAATAATCTCTTATGAAATTATCCAAAATACCCTTCT-C
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* *** * * *
13345161 -TT--AT---AATAA-TTTAC---TAAAT-AATGGACTATTATGTCCTCATACCATAATTATGAA
128 ATTAAATAACAAGAAGTTTACATGTGGCTAAATTGACTATTATGTCCTCATACCACAATTATAAA
**
13345215 AATAACCATTCTCTTGTAATTATTTACTAAATAATCCTTTAAGAAATTTCTAAAATGCACTTTCC
193 AATAACCATTCTCTTCAAATTATTTACTAAATAATCCTTT-AGAAATTTCTAAAATGCACTTTCC
* ** ** *
13345280 ATTATTTGATAAGAAATTGATAGGTGATTAAATTGACTATTATGCCTTCATACCATAATTATGAA
257 ATTATCTGATAAGAAATTGATAGGTGACCAAATAAACTATTATGCCTTCATACCATAATTATAAA
** * *
13345345 AATACCTCCACTCTTATAATTATTTACTAAACAATCTCTTATGAAAATTTTAAAATACCTTTTCT
322 AATACCGACACTCTTATAATTATTTACTAAACAATCTCTTAAGAAAATTATAAAATACCTTTTCT
* ** * * **
13345410 ATTATATGGTAAGAAATTGTTATACGTACAAATTGACTATTATGCTTTCATACAGTAATTACAAA
387 ATTATATGATAAGAAATTGACATACGTACAAATGGACTAGTATGCCCTCATACAGTAATTACAAA
*
13345475 AATGCCCATTCTCTTATAATTATTCACTAAATAATCTCTTA-TAAAATTACCAAAATACC-CTTT
452 AATACCCATTCTCTTATAATTATTCACTAAATAATCTCTTAGT-AAATTACCAAAATACCACTTT
13345538 CGAATA
516 CGAATA
* * **
13345544 TATGATACA-AAATTAACATGTGG-CGAAATAGACTATTATGCC-TCATACTATAATTAGGAAAA
1 TATGATA-AGAAATTAACATGTGGCCG-AATAAACTATTATGCCTTCATACCATAATTACAAAAA
13345606 TACCCCTT-TATTATAATTATTGACTAAATAATCACTTTTGAAATTACCAAAATACCTTTTTCCA
64 TACCCCTTCTATTATAATTATTGACTAAATAATCACTTTTGAAATTACCAAAATACCTTTTTCCA
*
13345670 TTAAATAACAAGAAGTTTACATGTGGCTAAATTGACTATTATG-CCATCATATCACAATTATAAA
129 TTAAATAACAAGAAGTTTACATGTGGCTAAATTGACTATTATGTCC-TCATACCACAATTATAAA
* * *
13345734 AATACCCCA-TCTCTTCAAATTATTTACTAAATAATTGCCTTT-GAAATTATC-AAAGTGCGC-T
193 AATA-ACCATTCTCTTCAAATTATTTACTAAATAA-T-CCTTTAGAAATT-TCTAAAATGCACTT
* * *
13345795 TCCATTATCTGATAA-AAATTGACT-TGTGGCCAAATAAACTATTATGCCCTT-ATA-CATAGTT
254 TCCATTATCTGATAAGAAATTGA-TAGGTGACCAAATAAACTATTATG-CCTTCATACCATAATT
** * *
13345856 ATAAAAATACCGATTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTTAAG-AAATTAATAAAATGCC
317 ATAAAAATACCGACACTCTTATAATTATTTACTAAACAATCTCTTAAGAAAATT-ATAAAATACC
* * * *
13345920 TTTT-TAATTATATGATAAGAAATTGACATATGGT-CAAATGGAGTAGTATTCCCTCATATTA-T
381 TTTTCT-ATTATATGATAAGAAATTGACATA-CGTACAAATGGACTAGTATGCCCTCATA-CAGT
* * * * * *
13345982 ATTTATAAAAATACCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAGTCTCTTAGTTAATTACCAAAAT
443 AATTACAAAAATACCCATTCTCTTATAATTATTCACTAAATAATCTCTTAGTAAATTACCAAAAT
* * *
13346047 ACCATTTTCTATTA
508 ACCACTTTCGAATA
*
13346061 TATGATAAGAAATTAACATGTGGCCGAATAAACTATTATGCCTTCATACCATCATTACAAAAATA
1 TATGATAAGAAATTAACATGTGGCCGAATAAACTATTATGCCTTCATACCATAATTACAAAAATA
* * * *
13346126 TCCTTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATC
66 CCCCTTCTATTATAATTATTGACTAAATAATC
13346158 TCTCAAGAAA
Statistics
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0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.16, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (521 bp):
TATGATAAGAAATTAACATGTGGCCGAATAAACTATTATGCCTTCATACCATAATTACAAAAATA
CCCCTTCTATTATAATTATTGACTAAATAATCACTTTTGAAATTACCAAAATACCTTTTTCCATT
AAATAACAAGAAGTTTACATGTGGCTAAATTGACTATTATGTCCTCATACCACAATTATAAAAAT
AACCATTCTCTTCAAATTATTTACTAAATAATCCTTTAGAAATTTCTAAAATGCACTTTCCATTA
TCTGATAAGAAATTGATAGGTGACCAAATAAACTATTATGCCTTCATACCATAATTATAAAAATA
CCGACACTCTTATAATTATTTACTAAACAATCTCTTAAGAAAATTATAAAATACCTTTTCTATTA
TATGATAAGAAATTGACATACGTACAAATGGACTAGTATGCCCTCATACAGTAATTACAAAAATA
CCCATTCTCTTATAATTATTCACTAAATAATCTCTTAGTAAATTACCAAAATACCACTTTCGAAT
A
Found at i:13346083 original size:388 final size:388
Alignment explanation
Indices: 13345315--13346229 Score: 942
Period size: 388 Copynumber: 2.4 Consensus size: 388
13345305 GATTAAATTG
* * ** *
13345315 ACTATTATGCCTTCATACCATAATTATGAAAATACCTCCA-CTCTTATAATTATTTACTAAACAA
1 ACTATTATGCCATCATACCATCATTACAAAAATACC-CCATCTCTTATAATTATTTACTAAATAA
* * * * * * * ** * **
13345379 TCTCTTATGAAAATT-TTAAAATACCTTTTCTATTATATGGTAAGAAATTGTTATACGTACAAAT
65 TCTCTCAAG-AAATTATCAAAATGCCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATATGGCCAAAT
** * *
13345443 TGACTATTATGCTTTCATACAGTAATTACAAAAATGCCCATTCTCTTATAATTATTCACTAAATA
129 AAACTATTATGCCTTCATACAGTAATTACAAAAATACCCATTCTCTTATAATTATTCACTAAATA
* *
13345508 ATCTCTTATAAAATTACCAAAATACCCTTTCGAATATATGATACAAAATTAACATGTGGCGAAAT
194 ATCTCTTATAAAATTAACAAAATACCCTTTCGAATATATGATACAAAATTAACATATGGCGAAAT
* * *
13345573 AGACTATTATGCCTCATACTATAATTAGGAAAATACCCCTTTATTATAATTATTGACTAAATAAT
259 AGACTAGTATCCCTCATACTATAATTAGAAAAATACCCCTTTATTATAATTATTGACTAAATAAT
* * * * *
13345638 CACTTTTGAAATTACCAAAATACCTTTTTCCATTAAATAACAAGAAGTTTACATGTGGCTAAATT
324 CACTTTT-AAATTACCAAAATACCATTTTCCATTAAATAACAAGAAATTAACATGTGGCCAAATA
*
13345703 G
388 A
* *
13345704 ACTATTATGCCATCATATCA-CAATTATAAAAATACCCCATCTCTTCA-AATTATTTACTAAATA
1 ACTATTATGCCATCATACCATC-ATTACAAAAATACCCCATCTCTT-ATAATTATTTACTAAATA
** * * * * *
13345767 AT-TGC-CTTTGAAATTATCAAAGTGCGC-TTCCATTATCTGATAA-AAATTGACTTGTGGCCAA
64 ATCT-CTC-AAGAAATTATCAAAATGCCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATATGGCCAA
* * * *
13345828 ATAAACTATTATGCCCTT-ATACA-TAGTTATAAAAATACCGATTCTCTTATAATTATTTACTAA
127 ATAAACTATTATG-CCTTCATACAGTAATTACAAAAATACCCATTCTCTTATAATTATTCACTAA
* * ** *
13345891 ATAATCTCTTA-AGAAATTAATAAAAT-GCCTTTTTAATTATATGATA-AGAAATTGACATATGG
191 ATAATCTCTTATA-AAATTAACAAAATACCCTTTCGAA-TATATGATACA-AAATTAACATATGG
* * * * * * *
13345953 TC-AAATGGAGTAGTATTCCCTCATATTATATTTATAAAAATACCCCTTCTCTTATAATTATTTA
253 -CGAAATAGACTAGTA-TCCCTCATACTATAATTAGAAAAATACCCCTT-TATTATAATTATTGA
* * * * * *
13346017 CTAAATAGTCTCTTAGTT-AATTACCAAAATACCATTTTCTATTATATGATAAGAAATTAACATG
315 CTAAATAATCACTT--TTAAATTACCAAAATACCATTTTCCATTAAATAACAAGAAATTAACATG
*
13346081 TGGCCGAATAA
378 TGGCCAAATAA
* * **
13346092 ACTATTATGCCTTCATACCATCATTACAAAAATATCCTTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT
1 ACTATTATGCCATCATACCATCATTACAAAAATACCCCATCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT
* * *
13346157 CTCTCAAGAAATTATTAAAATGCCCTTTCCATTATATGATAAGGAATTGACATATGGCCAAATGA
66 CTCTCAAGAAATTATCAAAATGCCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATATGGCCAAATAA
13346222 ACTATTAT
131 ACTATTAT
13346230 TCTCTCATAA
Statistics
Matches: 429, Mismatches: 76, Indels: 41
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Matches are distributed among these distances:
385 9 0.02
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ACGTcount: A:0.39, C:0.17, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (388 bp):
ACTATTATGCCATCATACCATCATTACAAAAATACCCCATCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT
CTCTCAAGAAATTATCAAAATGCCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATATGGCCAAATAA
ACTATTATGCCTTCATACAGTAATTACAAAAATACCCATTCTCTTATAATTATTCACTAAATAAT
CTCTTATAAAATTAACAAAATACCCTTTCGAATATATGATACAAAATTAACATATGGCGAAATAG
ACTAGTATCCCTCATACTATAATTAGAAAAATACCCCTTTATTATAATTATTGACTAAATAATCA
CTTTTAAATTACCAAAATACCATTTTCCATTAAATAACAAGAAATTAACATGTGGCCAAATAA
Found at i:13346326 original size:100 final size:99
Alignment explanation
Indices: 13346165--13346351 Score: 252
Period size: 100 Copynumber: 1.9 Consensus size: 99
13346155 ATCTCTCAAG
*
13346165 AAATTATTAAAATGCCCTTTCCATTATATGATAAGGAATTGACATATGGCCAAATGAACTATTAT
1 AAATTATCAAAATGCCCTTTCCATTATATGATAAGGAATTGACATATGGCCAAATGAACTATTAT
13346230 -TCTCTCATAACATAATTACTAAATAATCCTTTATT
66 GTC-CTCATAACATAATTA-TAAATAATCCTTTATT
* * * ** * *
13346265 AAATTATCAAAATTCCCTTTTCATTATATGATAA-GAAGTTTACATATGGTTAATTGGACTATTA
1 AAATTATCAAAATGCCCTTTCCATTATATGATAAGGAA-TTGACATATGGCCAAATGAACTATTA
*
13346329 TGTCCTCATATCATAATTATAAA
65 TGTCCTCATAACATAATTATAAA
13346352 AATAAGCATT
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 9, Indels: 5
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
99 7 0.09
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Consensus pattern (99 bp):
AAATTATCAAAATGCCCTTTCCATTATATGATAAGGAATTGACATATGGCCAAATGAACTATTAT
GTCCTCATAACATAATTATAAATAATCCTTTATT
Found at i:13347519 original size:130 final size:130
Alignment explanation
Indices: 13347305--13347804 Score: 472
Period size: 130 Copynumber: 3.9 Consensus size: 130
13347295 CATACCATAA
* * * * * * * * * *
13347305 TTACTAAATAATACATTATTAAATTAACAAAATACAATCTCTATCATATGATAAGAAGTTTACAT
1 TTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACCAAAATACTATTTCCATTATATGATAAGAAATTGACAT
* * ** * * *
13347370 GTGACCAATTTGATTATTATGCCATCATATTATAATTATGAAAATACCCATTCTCTTATAATTAT
66 GTGACCAAATAGACAATTATGCCATCATATCATAATCACGAAAATACCCATTCTCTTATAATTAT
* **
13347435 TTACTAAATAATCCCTTATGAAATTATCAAAATACTATTTCCATTATACAATAAGAAATTGACAT
1 TTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACCAAAATACTATTTCCATTATATGATAAGAAATTGACAT
** * * *
13347500 GT-AGCCAAATAGACAATTATGTCC-TCATATC-TCAATTGCAAAAATACCCATTTTCTTATAGT
66 GTGA-CCAAATAGACAATTATG-CCATCATATCAT-AATCACGAAAATACCCATTCTCTTATAAT
*
13347562 TGT
128 TAT
* **
13347565 TTACTAAATAATCCCTTATGATATTACCAAAATACTATTTTCCAAAATATGATAAGAAATTGACA
1 TTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACCAAAATACTA-TTTCCATTATATGATAAGAAATTGACA
* * * * ** * * * *
13347630 TTTGACCAAATTGACTATTATGCCTTCATGCCATAA-CATGAAAATACCCCTTCCCCTATAATTA
65 TGTGACCAAATAGACAATTATGCCATCATATCATAATCACGAAAATACCCATTCTCTTATAATTA
*
13347694 G
130 T
* ** * * * *
13347695 TTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATACCCTTT-CATTAAATGTTAAGAAGTTAACAT
1 TTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACCAAAATACTATTTCCATTATATGATAAGAAATTGACAT
* *
13347759 ATGGCCAAATAGACAATTATG-CATTCATATCATAATCACGAAAATA
66 GTGACCAAATAGACAATTATGCCA-TCATATCATAATCACGAAAATA
13347805 TGCCTTTTCA
Statistics
Matches: 298, Mismatches: 63, Indels: 19
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Matches are distributed among these distances:
127 1 0.00
128 44 0.15
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ACGTcount: A:0.41, C:0.17, G:0.07, T:0.35
Consensus pattern (130 bp):
TTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACCAAAATACTATTTCCATTATATGATAAGAAATTGACAT
GTGACCAAATAGACAATTATGCCATCATATCATAATCACGAAAATACCCATTCTCTTATAATTAT
Found at i:13348634 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 13348165--13348650 Score: 489
Period size: 179 Copynumber: 2.7 Consensus size: 178
13348155 TTATAATATT
* * * * * * * *
13348165 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-ACTAGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAA
1 AATAAATTA-TATAATTTTATTTCGAATAAGATTA-CATGAACAGAAATAATTAGTTTATAACAA
* * * * * * * * * * *
13348229 AATAAAAGATTATAATGATCTAAAATAAACAATTGTTCACATAGTCATAAGTATTTGAACTCACT
64 AATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAAATATTTGAACTTACT
*
13348294 CTATAAACAGATTTATTTTTTAAATAGTTTAGTTATTAATTTTTGGAATA
129 CTATAAACAGATTTATTTTTTAAATAGTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
* * *
13348344 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGATTATATGAACAGAAAATAATTGGTTTATAACAA
1 AATAAATTA-TATAATTTTATTTCGAATAAGATTACATGAACAG-AAATAATTAGTTTATAACAA
* **
13348409 AATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAAATATTTGAACTTTTT
64 AATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAAATATTTGAACTTACT
* *
13348474 C-ATAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAGCATT
129 CTAT-AAACAGATTTATTTTTTAAATAGTTTACTTATTAATTTTTGGA--ATA
* * * ** * * *
13348525 AATGAATT-TATAATTTTTTTTTGAAATAATCTTGCATGAACAG-AATCAATTATTTTATATCAA
1 AATAAATTATATAATTTTATTTCG-AATAAGATTACATGAACAGAAAT-AATTAGTTTATAACAA
* * *
13348588 AATGAAAGGTCAAAAT-ATTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTTATAACTATTTGAACTTA
64 AATAAAAGGTCAAAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAAATATTTGAACTTA
13348651 TTTGGCAAAC
Statistics
Matches: 261, Mismatches: 38, Indels: 16
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
178 4 0.02
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ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AATAAATTATATAATTTTATTTCGAATAAGATTACATGAACAGAAATAATTAGTTTATAACAAAA
TAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAAATATTTGAACTTACTCT
ATAAACAGATTTATTTTTTAAATAGTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
Found at i:13350355 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 13350330--13350364 Score: 54
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18
13350320 TCCTTATCTC
13350330 TTTATTTTGATTATAGTT
1 TTTATTTTGATTATAGTT
*
13350348 TTTA-TTTGCTTATAGTT
1 TTTATTTTGATTATAGTT
13350365 CATCAATTTA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 12 0.75
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Consensus pattern (18 bp):
TTTATTTTGATTATAGTT
Found at i:13352116 original size:181 final size:181
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Indices: 13350514--13354134 Score: 1844
Period size: 181 Copynumber: 20.2 Consensus size: 181
13350504 AACAAGCTTG
* * * * * *
13350514 TATGAATAGAAACAATTTTTTTATGATAGAACAAAAAGTTATAACA-ATTTCAAAATAGATAATT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-ATATTT-GAAATAGATAATT
* * ** * * *
13350578 GTTCAAACACTTGTGACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-T---T
64 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACCT
** * ** * * *
13350639 ATTAATTCATGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTG
129 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTCT-AAATAAACTTT
* * * * * *
13350692 TATG-TTGAAAAACAATTGTTTTATTG-CAAAACAAAAGATAATAACA-ATTTGAAATATATAGT
1 TATGAAT-AGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAA-ATATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * ** *
13350754 TATTCAAATGGCCATCATTATATG-ACTTGATTCAGCAT-CCTA-ATTTATTTTTTAAATTTCTT
63 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTC-G-ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * ** ** *
13350816 ACTTATTAATTTTTGAAATATTACTAAACTAGTATTATTTTATAT-TGGATAAGCTTT
125 ACCTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAACATTATTTTAT-TCTAAATAAACTTT
* * * * *
13350873 TATGAATTA-AAACAGTTGTTTTATGATAAAATAAAAAGGTCAT-AATGATTTTAAATAAATAAT
1 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAAAT-ATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * * * *
13350936 TATTCAAATAGGCATAATTATTTGAATTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTCAATCTCTTGC
63 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * ** * * *
13351001 TTATTAATTTTTTGAATGTTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA
127 CTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTCTAAATAAACTTT
* * * ** ** * *
13351056 TATGAAGT-GAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAAATCATAACGATTTCAAATAGATAATTA
1 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAATATTTGAAATAGATAATTG
** * * * ** * * * *
13351120 TTTTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACATATGTA-ATTTTAAATCTC-T---TA
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTA
* * * ** * * *
13351180 TTAATATTTGAAATATT-TTAAAATTAGTATTATTTTTATTC-GAATAAGCTTG
130 TTAATTTTTGGAATATTAAT-AAATTAACATTA-TTTTATTCTAAATAAACTTT
* * * * * * * *
13351232 TATG-ATCA-TAACTAATTTTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCA-CAATGATTTGAGATTGATATT
1 TATGAAT-AGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAT-ATTTGAAATAGATAAT
* * * * * *
13351293 TGTTCAAATAGTCAAAACTACTTG-AGTTGGTTTCGA-AAATAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTG
63 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-G-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * ** * * **
13351356 CTTATTAATTTTTGAAATATCAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTTAATAAGTTTT
126 CCTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTCTAAATAAACTTT
*
13351412 TATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT-AATGACTTT-AAATA-ATAAT
1 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAT-A-TTTGAAATAGATAAT
* * *
13351473 TGTTCAAATAGT-AAAATCTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTT-
63 TGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTA
* * ** * * * * *
13351536 GCTCATTAATTTTTTGAACGTTAATAAA-TAAGTAATATTTT-TT-TGAATAAGCTTA
126 CCT-ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAA-CATTATTTTATTCTAAATAAACTTT
* * *
13351591 TATGAACT-GAAATAATTGTTTCATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAT-TTTGAAATAGATAATT
1 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-ATATTTGAAATAGATAATT
* * * * * ** * * * * *
13351654 ATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACACATTTTATTTTTTAACTATCTTACT
64 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACC
* ** * * *
13351719 TATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGC---
128 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTCTAAATAAACTTT
* * * * **** * * ** *
13351770 T-TGAAAAGAAACAATTGCTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAGCGGTTTGAGATTGATGGTTAT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAATATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * *
13351833 TTAAATAGTCATGATTATTTAAACTAT-TAC-AGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTA--T
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACCT
*** * * * *
13351894 -TT-ATTTTCAAAATATTAATAGATTAATAATATTTTATTCTAAATAAATTTT
129 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTCTAAATAAACTTT
* * * *
13351945 TATGATTAGAAACTACTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTCATAAATATTTGAAATAGATAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAATATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * *
13352010 TCAAATGGACATGACTATTTGAATTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTAT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTAT
* * *
13352075 TAACTTTTAGAATATTAATAAATTAACATTATATTATTCTAAATAAACTTT
131 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTCTAAATAAACTTT
* * * *
13352126 TAT-ATATAGAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTG
1 TATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAATATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * *
13352190 TTAAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TAGTAAATGGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTT
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACCT
* ** *
13352254 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-ACTATTATTCTATT-TCAAATATGCTTG
129 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAAC-ATTATTTTATTCT-AAATAAACTTT
* * * * * *
13352307 CATGAATAGAAACAATTGGTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTTAAAAAGATAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAATATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *
13352372 TTAAATAGTTATAACTATTTGAA-TGTGTTCAGA-AAATAGATCTT-TTTCTTAAAT-TTTTACT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTC-GATAAATAGAT-TTATTTTTTAAATCTCTTACC
* * * * ** *
13352433 TATTAATTTTTTGGAGTATTAATAAATTTATATTATTTTATAC-AGAATAAGGTTA
128 TATTAA-TTTTTGGAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTCTA-AATAAACTTT
* * *
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1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAT-ATTTGAAATAGATAATTG
* * * * *
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65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACCT-
* ** * * *
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** * * ** * * * * **
13352671 TA--AGCAGATATAATTGTTTTATGATGAAGCAAAAAGTCAT-GATGATTTGACATAGATAATAA
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAT-ATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * ** * *
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65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTA
* ** * * * ** *
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* * * * *
13352850 TATAAACA-AACACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTCAT-AATGATTTGAAATAAATAATT
1 TATGAATAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAT-ATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
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* * **** * ** *
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* * * * * * * *
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1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-AATATTTGAAATAGATAATTG
* * * ** * * * **
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * * ** * *
13353210 TACGAACAAAAATAATTATTTTGTTATAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTAT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAATATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * * * * *
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66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATA--AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACCT
* * * * *
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129 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTCTAAATAA-ACTTT
* * * * * *
13353391 TATCAAGAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACA-ATTTAAAATAAATAATTG
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-ATATTTGAAATAGATAATTG
* * ** ** * * * * *
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65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTA
** * * *
13353516 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TCAAACAAACTTA
130 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTCT-AAATAAACTTT
* * * ** * *
13353568 TATGAACAAAAACATTTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTTAT-AATGATTTGAAATAGATAATTA
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAT-ATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * * * *
13353632 TTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTTGGACAAACAAATTTATTTTCTAAATCTCTTA-GTG
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACCT-
* ** * * ** *
13353696 A-TAATATTTATAATATT-ATTAGTTAGTATTATTTTATTTCT-AATAAGCTTT
129 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAACATTATTTTA-TTCTAAATAAACTTT
* * * * * * *
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1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-AATATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * *
13353811 TTCAAATAATCATAACTAGTTGAAATAGTTCGATAAATA-A---A------AAATCTCCTGCTTA
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTA
* *** * ** *
13353866 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-TCGAATAGGCTTG
130 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTCT-AAATAAACTTT
* * ** *
13353918 TATG-ATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAACTTCATAACA-ATTTGAAAAAGATAATT
1 TATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-ATATTTGAAATAGATAATT
* * * ** * * *
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* * * * * ** *
13354044 CT-TCTCAATTTTTGAAATGTTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTT
127 CTAT-T-AATTTTTGGAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTCTAAATAAACTTT
* *
13354100 TATCAACTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAA
1 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
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Alignment explanation
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* * * * * * *
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* * ** * *
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** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * **
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* ** * *
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* * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * ** * ** ** *
13351775 A-AGAAACAATTGCTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAGCGGTTTGAGATTGATGGTTATTTAAA
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* * * * * *
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** * * * *
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** * * * * * *
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* * * * *
13352003 TAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGAATTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCC
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* * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
13352300 ATGCTTGCATGAATAGAAACAATTGGTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTTAAAAAGA
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* * * *
13352365 TAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAA-TGTGTTCAGA-AAATAGATCTT-TTTCTTAAAT-
66 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTC-GATAAACAGAT-TTATTTTTTAAATC
* * * * * *
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* * * * * *
13352490 TGAATAGAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATATTTGTT
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* * * * * * *
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*
13352619 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
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* * * * * * ** * * * *
13352662 AAGCCTAT-TTAAGCAGATATAATTGTTTTATGATGAAGCAAAAAGTCATGA-TGATTTGACATA
1 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATA
** * * * * * * * **
13352725 GATAATAATTCAAATAATTACAACTATTGGAGCTTGTTCGATAAATATATTTATTTTAAAAATCT
64 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * *
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* * *
13352853 AA-ACAAACACAATTGTTTTATTACAAAACAAAA-AGTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGT
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* * * *
13352915 TCAAATAGTCA-AACTATTTGAAGTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
13353023 ATGCTTGTATGAATAGAAA-ATTTATTTTTTGATAAAACAAAATGTTATAGCAATTTGAAATAGG
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * ** ** * * * *
13353448 ATAATTGTTCAAATTGTTATAACTGGTTGAACAAGTTTGGTAAACAAATTTATATTTTAAA--TC
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * *
13353511 -T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TCAAACAAACTTATATGA
130 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTATAT-A
* * * ** * * * *
13353573 ACAAAAACATTTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTTATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAT
193 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAA
* * * * * * * * * * *
13353637 ATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTT-GGACAAACAAATTTATTTTCTAAATCTCTTAGTGA-TAA
257 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * *
13353700 TATTT-ATAATATT-ATTAGTTAGTATTATTTTATTTCTAAT
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* * * * * * * * *
13353740 AAGCTTTTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATATA
1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGA
* * * * * *
13353805 TAATTGTTCAAATAATCATAACTAGTTGAAATAGTTCGATAAATA-A---A------AAATCTCC
66 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT
* ** * * * *
13353860 TGCTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-TCGAATAGGCTTGTATGA
131 TACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTATATAA
* * ** * *
13353923 TGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAACTTCATAACAATTTGAAA-AAGATAATTGTTCAA
194 T-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAA-ATAATTATTCAA
* * * ** * * * * *
13353987 ATGGCCATAATTATTTGAACTAATTC-GATAAATTGATTTATTTTTAAAAT-TTTGCAACTTCTC
257 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTT--TACTTATT
* * * * *
13354050 AATTTTTGAAATGTTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGAT
319 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * *
13354093 AAGCTTTTATCAACTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAA
1 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
13354135 TGGTTAATGA
Statistics
Matches: 2548, Mismatches: 590, Indels: 268
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (361 bp):
AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGA
TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT
TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATAATA
GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
Found at i:13354144 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 13354107--13354145 Score: 51
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
13354097 TTTTATCAAC
* * *
13354107 TAAAACAATTGTTTTATGA
1 TAAAACAAATGGTTAATGA
13354126 TAAAACAAATGGTTAATGA
1 TAAAACAAATGGTTAATGA
13354145 T
1 T
13354146 TTTAAATAGA
Statistics
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0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 17 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (19 bp):
TAAAACAAATGGTTAATGA
Found at i:13354792 original size:181 final size:179
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Indices: 13354148--13355196 Score: 764
Period size: 181 Copynumber: 5.8 Consensus size: 179
13354138 TTAATGATTT
* * * * * *
13354148 TAAATAGATTAATTTTTTTAAATTCCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATAGTATTA
1 TAAATAGATTTA-TTTTTTAAA-TCTTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTACTATTA
* * * * * * * *
13354213 TTTTATTTCAAATAAGA-ATGTATGAACTGAAACAACTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAA
63 TTTTATTTCGAATAA-ACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
* * * * * ** * * **
13354277 CAATTAGAAATAGATAATTGTT-ATAATATTTTTAACTATTTAAACTAGTTCAA
127 CGATTTGAAATAGAAAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA
* ** * * * **
13354330 CAAGCACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAGTTTAGC-AGTT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTA-CTA-TT
* * ** * * * * * * *
13354394 TTTTTCTTT-GAATAAGTTTGTATGAATATAAATAGTTGTTTTATGAAAAAAC-AAAGATCTTAT
62 ATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
* * * * * *
13354457 TGATTTGATAA-GGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGG
127 CGATTTGA-AATAGAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA
** * * * *
13354510 TAAGCA-ATTTTAGTTTTTAAATC--T-CTTATCAATTTATGAAATATTAACAAATTACTATTAT
1 TAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTACTATTAT
* ** * * * * *
13354571 TTTATTTTGAATAATTTTTTATGAACAGAAGCAATTGTTTTATAACAAAACAAAATATCATAATG
64 TTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACG
* * * * * *
13354636 ATTTGAAGTAGAAAATAACTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGA
129 ATTTGAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA
* * * *
13354687 TAAATCGATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTACTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT-TACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTACTATTAT
* ** *
13354752 TTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATGAAATAAAAGATCATAACG
64 TTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACG
* * * * ****
13354817 AATTAAAATA-AATCATTATTTAAATAGTCATTAA-TATTTGAACTT-ACCCA
129 ATTTGAAATAGAA-AATTATTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTTGA
* *
13354867 GTAAATAAATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTACTATTA
1 -TAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTACTATTA
* * * * * * * * * *
13354932 TTTTATTTCGGATAAGCTTTTATTAACAGATATAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAT
63 TTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
* *
13354997 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTTAGA
128 GATTTGAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTT-GA
** * **
13355050 -AAATAGATTCGTTTTTTAAA-CTTTTACTTGTTAATTTTTGGAATATTGGTAAATTA-TATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTACTATTAT
** * * * *
13355112 TTTATTAGGAATATACTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAATAGGTCATAACG
64 TTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACG
*
13355177 ATTTGAAATAGATAATTATT
129 ATTTGAAATAGAAAATTATT
13355197 TGATAAACAA
Statistics
Matches: 674, Mismatches: 163, Indels: 63
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 10 0.01
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178 1 0.00
179 78 0.12
180 107 0.16
181 331 0.49
182 22 0.03
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTACTATTATTT
TATTTCGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGAT
TTGAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA
Found at i:13355506 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13355207--13355570 Score: 428
Period size: 180 Copynumber: 2.0 Consensus size: 180
13355197 TGATAAACAA
* *** * * *
13355207 ATTTAATTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAGTTAGCATTATTTATTTC
1 ATTTAATTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAACATTATTTAATTC
* * * * * *
13355272 GAATAAGCCTATATGAACTAATACAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAA
66 AAATAAGCCTATATAAACAAAAACAATTCTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACGATTTGAAA
* ** * * *
13355337 CAAATAATTATTTAAATAGTTATTACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAT
131 CAAATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAATAG
* *
13355387 ATTTATTTTTTAAATCT-TTAC-CTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT
1 ATTTAATTTTTAAATCTCTTACTC-ATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAACATTA-TTTAAT
* * *
13355450 TCAAATAAGCTTGTATAAACAAAAAACAATTCTTTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAATGATTTG
64 TCAAATAAGCCTATATAAAC-AAAAACAATTCTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACGATTTG
* * * *
13355514 AAATAAATGATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAG
128 AAACAAATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAATAG
13355567 ATTT
1 ATTT
13355571 GAAATAAGCT
Statistics
Matches: 153, Mismatches: 28, Indels: 6
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.01
179 30 0.20
180 101 0.66
181 21 0.14
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ATTTAATTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAACATTATTTAATTC
AAATAAGCCTATATAAACAAAAACAATTCTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACGATTTGAAA
CAAATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAATAG
Found at i:13355506 original size:332 final size:331
Alignment explanation
Indices: 13354868--13355518 Score: 773
Period size: 331 Copynumber: 2.0 Consensus size: 331
13354858 ACTTACCCAG
* * * *
13354868 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTACTATTAT
1 TAAACAAATTTAATTTTTAAATCATTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTAT
* * * * * * *
13354933 TTTATTTCGGATAAGCTTTTATTAACAGATATAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATG
66 TTTATTTCGAATAAGCCTATATGAACAGATACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * *
13354998 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTTAGAAAATAGATTCGTT
131 ATTTGAAACAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTCAGAAAATAGATTCATT
* * * *** **
13355063 TTTTAAACTTTTACTTGTTAATTTTTGGAATATTGGTAAATTATATTATTTTATTAGGAATATAC
196 TTTTAAACTTTTACCTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTA-GAATATAC
* * * *
13355128 TTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAATAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
260 TTGTATAAACAAAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
13355193 TATTTGA
325 TATTTGA
* *
13355200 TAAACAAATTTAATTTTTAAATC-TCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAGTTAGC-ATT
1 TAAACAAATTTAATTTTTAAATCAT-TTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-CTATT
* * *
13355263 A-TTTATTTCGAATAAGCCTATATGAACTA-ATACAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTCATA
64 ATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAAC-AGATACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * *
13355326 ACGATTTGAAACAAATAATTATTTAAATAGTTATTACTATTTGAACT-TGTTCA-ATAAATATAT
128 ACGATTTGAAACAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAGA-AAATAGAT
*
13355389 TTATTTTTTAAA-TCTTTACCTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCA
191 TCATTTTTTAAACT-TTTACCTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATT-ATATTATTTT-ATT-A
*
13355453 -AATA-AGCTTGTATAAACAAAAAACAATTCTTTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAATGATTTGA
252 GAATATA-CTTGTATAAAC-AAAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGA
13355515 AATA
315 AATA
13355519 AATGATTGTT
Statistics
Matches: 269, Mismatches: 39, Indels: 22
0.82 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
330 2 0.01
331 138 0.51
332 102 0.38
333 26 0.10
334 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (331 bp):
TAAACAAATTTAATTTTTAAATCATTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTAT
TTTATTTCGAATAAGCCTATATGAACAGATACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
ATTTGAAACAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTCAGAAAATAGATTCATT
TTTTAAACTTTTACCTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTAGAATATACT
TGTATAAACAAAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
ATTTGA
Found at i:13355633 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 13355452--13355683 Score: 306
Period size: 120 Copynumber: 1.9 Consensus size: 120
13355442 ATTTTAATTC
* **
13355452 AAATAAGCTTGTATAAACAAAAAACAATTCTTTTATGACAAAAAAAAAGTCATAATGATTTGAAA
1 AAATAAGCTTGTATAAACAAAAAACAATTCTTTTACGACAAAAAAAAAGTCATAACAATTTGAAA
*
13355517 TAAATGATTGTTCAAATAGC-CATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAGATTTG
66 TAAATAATTGTTCAAATA-CTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAGATTTG
* * * * * * *
13355572 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTACGACAAAAGAAAAGGTTATAGCAATTTGAA
1 AAATAAGCTTGTATAAACAAAAAACAATTCTTTTACGACAAAA-AAAAAGTCATAACAATTTGAA
* * *
13355636 ATAGATAATTGTTCAAATACTCATAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAA
65 ATAAATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAA
13355684 CAAATTCTTC
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 14, Indels: 4
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
119 17 0.18
120 79 0.82
ACGTcount: A:0.46, C:0.09, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (120 bp):
AAATAAGCTTGTATAAACAAAAAACAATTCTTTTACGACAAAAAAAAAGTCATAACAATTTGAAA
TAAATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAGATTTG
Found at i:13356347 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 13355573--13356863 Score: 575
Period size: 176 Copynumber: 7.2 Consensus size: 178
13355563 ATAGATTTGA
* * * * * * ***
13355573 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTGTTTTACGACAAAAGAAAAGGTTATAGCAATTTGAAA
1 AATAAACTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * ** * * *
13355637 TAGATAATTGTTCAAATACTCATAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA-AATTCTTCTTTTAAA
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTAAACAGGTT-ACTAAAAAGAATTATT-TTTTAAA
* * * *
13355701 TC--T-CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCA
127 TCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * ** * * **
13355750 AATAAGCTTGTA-CAAATAGAAACAATTGTTTCGTGACAAAATAAAAAGGTTATAACAATTTGAA
1 AATAAACTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGAC-AAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * ** ** * * * * * *
13355814 ATAGATAATTATTCAAATAATTATAATTGCTTTGCACTGGTCAGGC-CAATAG-ATACATTTTCT
63 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-AATTAAACAGGTTA--CTAAAAAGAAT-TATTTTTT
* *
13355877 AAATCTGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTA-TTCAG
124 AAATCT-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-G
*
13355933 AATAAAAC-TATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATA-GTCATAATGATTTGA
1 AAT-AAACTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGA-CAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGA
* * * * * *
13355995 AATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACAGTTTACTAAACAGATTTATTTTTTAAA
62 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTAAACAGGTTACTAAAAAGAATTATTTTTTAAA
* * * * * *
13356060 ---TAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATGTT-TTTTGTTTCA
127 TCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * *
13356108 AACAAACTTATATGAACAAAAACATTTAG-TTTATGACAAAACAAAAGGT-ACTAATGATTTGAA
1 AATAAACTTATATGAACTAAAACAATT-GTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCA-TAATGATTTGAA
* * * * ** *
13356171 ATAGATAATTGTTTAAATAGTCATGATTATTTAAATTGGTTAGGC-AAAAATAATTATTTTTTTA
63 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTAAACAGGTTA--CTAAAAAGAATTA-TTTTTTA
* *
13356235 AATCTCTTGCTTATTAAATTTTT-GAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
125 AATCT-TTACTTATT-AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * *
13356290 AATAAACTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGGCAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATA
1 AATAAACTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * ** * * * *
13356355 GATAATTGTTCTAACAATCTTAACT-ATCTGAATTGGTTA-TGCAAATATATTTATTTTTGAAAT
66 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAAT-TAAACAGGTTACT--AAAAAGAATTATTTTTTAAAT
* * ** * *
13356418 C--T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTCGATTACTATTATTTTAATTCG
128 CTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
** * * * ** ** * **
13356466 AATACGC-TAGTATGAA-AAGAAATAGTTGTTCCATGACAAA-ATAAATATCAGAACAATTT-AA
1 AATAAACTTA-TATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * ** ** * * * *
13356527 GATAGAAAATTGTTCAAATATTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAATAGATTTAGTTTTCAA
63 -ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTAAACAGG-TTACTAAAAAGAATTATTTTTTAA
* * * * * * * **
13356592 GTC--T-CCTATTAATTTTTAAAATATGAATAGATAAATATTATTTTATTTTA
126 ATCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
** * * * * ***
13356642 AATAATTTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATTACAAAATAAAAGGTAATAGCAATTTGAAA
1 AATAAACTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * ** * * * *
13356706 TAGATAATTGTTCAAATGGACATAACTATTTTAACTTGAT-CGGCAAATAGATTTATTTTTTAAA
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTAAACAGGTTAC--TAAAAAGAATTATTTTTTAAA
* * ** * *
13356770 TATTCTACCTATTAATTTGCCA-AATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTTG
127 TCTT-TACTTATTAATTT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * *
13356823 AATAAACTTGTACGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGATAAAC
1 AATAAACTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAC
13356864 TTACTCAATA
Statistics
Matches: 869, Mismatches: 184, Indels: 119
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
174 6 0.01
175 92 0.11
176 232 0.27
177 113 0.13
178 50 0.06
179 23 0.03
180 30 0.03
181 163 0.19
182 89 0.10
183 66 0.08
184 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AATAAACTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTAAACAGGTTACTAAAAAGAATTATTTTTTAAATCTT
TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
Found at i:13356956 original size:122 final size:122
Alignment explanation
Indices: 13356750--13356980 Score: 286
Period size: 122 Copynumber: 1.9 Consensus size: 122
13356740 CTTGATCGGC
*
13356750 AAATAGATTTATTTTTTAAATATTCTACCTATTAATTTGCCAAATATTAATAAATTAGTACTATT
1 AAATAGATTTATTTTTAAAATATTCTACCTATTAATTTG-CAAATATTAATAAATTAGTACTATT
** *
13356815 TTATTTTGAATAAACTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAACTTACTCAAT
65 TTATTTCCAATAAACTTGTACGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAACTTACTCAAT
* * * * **
13356873 AAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTG-GAATATTAATAAATTAGTTTTATT
1 AAATAGATTTATTTTTAAAATATTCTACCTATTAA-TTTGCAAATATTAATAAATTAGTACTATT
* * * * *
13356937 TTA-TTCCAACTAAATTTGTATGAACATAAATAATTTTTTTATGA
65 TTATTTCCAA-TAAACTTGTACGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
13356981 CATAATAAAA
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 15, Indels: 5
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
121 4 0.04
122 52 0.57
123 31 0.34
124 4 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.07, T:0.47
Consensus pattern (122 bp):
AAATAGATTTATTTTTAAAATATTCTACCTATTAATTTGCAAATATTAATAAATTAGTACTATTT
TATTTCCAATAAACTTGTACGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAACTTACTCAAT
Found at i:13357949 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 13357238--13365950 Score: 3406
Period size: 181 Copynumber: 48.3 Consensus size: 181
13357228 TATGTTTTCG
* * * * *
13357238 AAATCTTTAACTTATCAATTTTTTA-AATTTTAATAAAGT-GATATTATTTTATTTCAGATAAGC
1 AAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCAAATAAGC
* * * * * *
13357301 TTTTATGCACTAAAACAATCATTTGATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAAT
64 TTATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * *
13357366 TATTCAAATAGTCATAACTATGTGTACTTATTCTA-TAAACAGATTTTATTTTTT
129 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAACAGA-TTTATTTTTT
* * * *
13357420 -AAT-TTCTTGA-ATATTAATTTTTTGAATGTGAATAAATTAGTATT-TTTATATTTCAAATAAG
1 AAATCTT-TT-ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT-TATTTCAAATAAG
* * * * * * *
13357481 CATGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAATGATTTAAAATAGATAA
63 CTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
* * * *
13357546 TTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAGCAAACACATTTATTTTTT
128 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT
* * * * *
13357600 AAATC---T-C-TATTAATTTTT-GAAATAGTGATAAATT-GATATTATTTTA-CTCTGAATAAT
1 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTC-AAATAAG
* * * * * ** *
13357657 TTTGTATGAA-TAGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAAAAGATA
63 CTTATATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * *
13357721 A-TAGTTTAAAT-GAACATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATCTTTT
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* * *
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* * * * * *
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64 TTA--TATGAACTAAAACAATT--ATT-T-TA--TG-ACAAA-A--CA-AA-AGGTCAT-AATGA
* * * *
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* ***
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173 TTATTTTTT
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* ***
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * **
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* * **
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* * * * *
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* * ** * * * * *
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** * * * * *
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* * * * ** *
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* ** * * *
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* * * ** *
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* * * * *
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* * * * *
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1 AAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
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* * * * * * *
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* * * * * *
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128 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT
* * * *
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* **
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* * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * ** *
13362715 TATATGAA-TAGAAATAATTGTTTCATGACATAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATATATAAT
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* * ** *
13362779 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT
129 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * * * *
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13363498 TTTAAAATGGATAA-TAGTTTAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATATATTTATT
114 TTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATT
13363562 TTTT
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* * *
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* * * *** * *
13363694 GTTCAAATAGTTATAACAATTTGAACTCACTCGGTAAACAAATTTA-TTTTT
130 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT
* * *
13363745 AAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGGAATTTTAATAAATTGGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT
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* * * * **
13363809 TGTATGAACAAAAACAATTGA-TTTATCACAAAAGAAATA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAA
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* * * * * * * *
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** * * * * **
13360321 AGTTTTCTTATTCATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCAAATAAGCTT
192 AAATCT-TTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * * * *
13360386 ATATGAACTGAAATAATTGTTTTATTACAAAAAAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTA
255 CTATGAA-TGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * *
13360451 TTCAAATAGTCATGATTATTTGAAC-ATGTTCAGTAAACAT
319 TTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTA-GTTCAGTAAACAA
* * * * * * * *
13360491 ATTTACTTTTTACATCTTTTGCTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAT-
* * * * * *
13360556 TGAAA-AAACTTATATGTACAGAAA-CATATGTTTTGTGACAAAACAAAA-AGTCATAACAAGTT
64 TTAAATAAACTTATATGAATAGAAATAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTT
* * ** * * * *
13360618 GGAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTT
127 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT
* ***
13360683 AAATCTTTCAATTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGC
192 AAATCTTT-ATTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTTTGAATAAGC
* * * * * * * *
13360746 TTGTATGAACTTAAATAATTGCTTTATCACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAAT
253 TTCTATGAA-TGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * ** * *
13360811 TATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAC
317 TGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAA
* * *
13360853 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-AT
* * * * * * * * ** * *
13360918 TCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACATTTATTTTATGAC-AAAC-AAAGATTATAATGACTGGA
64 TTAAATAAACTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGA
* * * ** * **
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* * * *
13361045 AATC--T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTTC-
193 AATCTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCT
* * * * * *
13361105 A--CAT-AAACAGATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGCTAATTGTC
257 ATGAATGAAA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
** * * * *
13361167 CAAACGGAT-ATGATTATTTGAACTTA-TTCAGTAAATAA
321 CAAATAG-TCTTAACTATTTGAAC-TAGTTCAGTAAACAA
* * * *
13361205 ATTTATTTTTTAAATCTCCTA-TCTATTACTTTTCAGAATATTAATAAATAAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
13361269 CCAAATAAACTTGTAT-AATAGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAACTATTTGA
65 -TAAATAAACTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGA
** * * *
13361333 AATAAATAATTGTTCAAGCAATCATAACCATTTGAACTTA-CTTGGTAAATAGATTTATTTTTTA
129 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTA
* * * * * * * * * ** *
13361397 ACTCTTTCACTTATGAATTTTTGGAATATTAACAAA--CTATTACTATTATTTCGATTTCGCTTG
193 AATCTTT-ATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATTA-TTTTATTTTGAATAAGCTTC
* * * *
13361460 TATGAAT-ATAAACAATTGGTTTATGGCAAAAGAAAATGTCATAACT-ATTTTGAAATAGATAAT
256 TATGAATGA-AAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGA-TTTGAAATAGATAAT
* * ** *
13361523 TGTTCAACTAGTCATAACTATTTGAACGT-GTTCAAAAAACAT
317 TGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TAGTTCAGTAAACAA
* * *
13361565 ATTTATTTTTTAAAT-T-TTAACTTA-TAAATTTTGGAATATTAATAAATTTA-TGTTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT
* * * * * ** *
13361626 TTGAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGGCAAAACTGAAGGTCATAACAATTTG
64 TT-AAATAAACTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTG
* * * **
13361691 AAATAGATAATTGTTCAAATATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAATTTA-TTCGAAAAATA-
128 AAAT--A-AA----T---A-ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTTGGTAAATAG
* * *
13361754 TTTTCATTTTTTAAACCTCTTTCTCATTATT--TTTTTG-AATATTAAT-AA--GTATTATTTTA
181 ATTT-ATTTTTTAAA--TCTTTAT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATTATTTTA
* * *** * * *
13361813 TTTCGAATAAGC--CTAT--ATG--ACAATTG-TTTATGGTGAAACAAATGGTCATAATAATTTT
241 TTTTGAATAAGCTTCTATGAATGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
** * ** * *
13361871 AAATAGATAATTACTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACTTTTTCGGTAAACAT
306 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAA
* * * * *
13361924 ATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTT-GAAATATTAA-ATATTAGTTTTATTTTAAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-AT
** ** * * * * * *
13361987 CCAAATAAGTTTGTATG--GAGAAATACAATTTTTTTAGGACAAAA-AAAATG-TTATAACATTT
64 TTAAATAAACTTATATGAATAGAAAT--AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACAATT
* * * * * * * *
13362048 TAAAATAAATAATTGCTCAAGTAGTTATAACTATTTGAATTTA-TTCGGTAATTAAATTTA-TTT
126 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTT
* * * *
13362111 TTAAATCTTTTACTTACTAATTGTTT-AAATATTAATAAATTTGTATAATTTTA-TTTGAAATAA
190 TTAAATC-TTTATTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTTTG-AATAA
* * * * * * ***
13362174 GCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATAAAAAAATAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATA
251 GCTTCTATGAAT-GAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * * *
13362239 ATTGTTTAAATGGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGTTAAACAG
315 ATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAG-TAAACAA
* * * * *
13362283 ATTCATTTTTTAAATCTCTTA--TA--AATATTAAGAATATTAATAAATTAG-ATTTATGTCATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTA-T
* * ** * * * * * * * * *
13362343 TTGAATAAGC-TATTACAAACAAAAACAATTGCTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATTACGATTTG
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* * ** ** * *
13362407 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACCGGTTTGACAAATAGAATTATTTTTCA
128 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTA
*
13362472 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCAT-TCTATTTTATTTTGAATAAG-TT
193 AATCT-TTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-ATAT-TATTTTATTTTGAATAAGCTT
* ** * *
13362535 ACTAAGAACTGAAAAAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATT
255 -CTATGAA-TGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * ** *
13362600 GTTCATATAGCCTTAACTATTTAAACTAGTTCAACAAATAA
318 GTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAA
* * *
13362641 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTGCAA-TAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATT
* * * *
13362705 TTAATAAACTTATATGAATAGAAATAATTGTTTCATGACATAACAAAAGATTATAACAATTTGAA
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*
13362770 ATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
130 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * * *
13362835 TCTCCTATTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTTTTATTTTATTTTGAATAGGCTTGC-
195 TCT-TTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-CT
* * * * *
13362899 ATG-ATGAAAAACAATTATTTTATGATAAAACGAAAGTTCATAAGGATTTGAAATAGATAATTGT
257 ATGAATG-AAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * **
13362963 TTAAAT-GGCTATAATTATTTGAATTTATTTGA-TAAATTA
320 TCAAATAGTCT-TAACTATTTGAA-CTAGTTCAGTAAACAA
* * * *
13363002 ATTTATTTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTT-GAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTAT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * *
13363065 TTCAAATAAGCTTTTACGCACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACAATTT
64 TT-AAATAAACTTATATG-AATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTT
* * * * *
13363129 TAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACT-GATTTATTTTT
127 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAA-TAGATTTATTTTT
* ** * ** *
13363193 TTAAT-TCTTACCTATTAATTTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGG
191 TAAATCT-TTATTTATTAA--TTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTTGAATAAG
* * * * * * * * *
13363256 CATGTATGAGCTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAATGATTTTAAATAGATAA
252 CTTCTATGA-ATGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * * *
13363321 TTATTCTAATAGTTTTAACTATTCGAAATGGTTCGGCAAACAC
316 TTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAA
* *
13363364 ATTTATTTTTTAAA--TC---CTTATTAATTTTT-GAAATAGTAATAAATTGGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** * * * *
13363423 CTGAATAATTTTGTATGAATACCAATTATCCTAAATAATTGTATTATTTTCCGACAAAACAAAAT
65 -TAAATAA-ACT-TAT--AT--GAA-TA---GAAATAATTG--TT-TTAT--GACAAAACAAAAG
* ** * * * * * * *
13363488 ATCATAACAATTTAAAATGGATAATAGTTTAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAT
114 ATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAAT
* *
13363553 ATATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
179 AGATTTATTTTTTAAATCTT-TATTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA-TATTATTTTA
*** * * * * * * *
13363617 TTCCAAATAAACTTTTATCAATAGAAATAATT-TTTTATGACGAAAGAAAAGATCATAATGATTT
241 TTTTGAATAAGCTTCTATGAAT-GAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * *
13363681 GAAATAAATATTTGTTCAAATAGT-TATAACAATTTGAACTCA-CTCGGTAAACAA
305 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACT-AGTTCAGTAAACAA
* * *
13363735 ATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGGAATTTTAATAAATTGGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * *
13363798 CCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGATTTATCACAAAAGAAATAG-TCATAACAATTTG
65 -TAAATAAACTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGATCATAACAATTTG
* * * * * ** * * *
13363862 AAATAGATAATTATTTAAATAATCATAACTATTTAAACGT-GTTTAGAAAAACAAATTTATTATT
128 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTT-GGTAAATAGATTTATTTTT
* * * ***
13363926 TAAAT-TATTATTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTTATATTAGTTTAGTCAAAATAAGCT
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*** * *
13363989 T-TCATGAATAGATCCAATTGCTTTT-TGACAAAACAAAAAGACATAATG-TGTTGAAATAGATA
254 TCT-ATGAAT-GAAAAAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT-TTGAAATAGATA
** * * *
13364051 ATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACT-TTTTAATAAACAA
315 ATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAA
* * * *
13364094 ATTCATTTTTTTAATTCTCTTA-TTCATTAATTTTT-GAAATATTAATAAGTTAGCATTA-TTTA
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * * **
13364156 TTTCAAATAAACTTATATTAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAATAAAAGGTCACAATGATTT
63 TTT-AAATAAACTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTT
* * * * * * *
13364221 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTA-TTTTA
127 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT
* * * * * *
13364285 AAATTTTTTACTTATT-ATTTATTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAATGAGCT
192 AAA-TCTTTATTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * * **
13364349 TGT-TCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACT-ATTTG---T-G-----
254 TCTATGAAT-GAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAAT
* * * ** *
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317 TGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAA
* * * *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * ***
13364506 TTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAGA-AA-TGTTTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAGTGAT
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* * * * * *
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* * * ** * **
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* * * *
13364698 ------ATGAATTCAAATAATT-TCTTTAATGACAAAA-AAAAAGTAATAACT-ATTTGAAATAG
251 GCTTCTATGAA-TGAAAAAATTGT-TTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAG
* * * ** ** *
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312 ATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAA
* * *
13364801 ATTTATTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT
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*** * * * * * * **
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* * * * * * * * * *
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* * * *** *
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* * * * * * *
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254 TCTATGAATGAAAAAA-TTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * * **
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* * * * * *** * *
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* * * * * **
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* * * ** * *
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* * * ** * * *
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* *
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* * * * ** * * * * *
13365589 CTAAACAACCTTGTATG-ATAAAAATAATTGTCATATAACGAAACAAAAGGTAATAACGATTTGA
65 -TAAATAAACTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGA
* * * * * * * * * * * * * * * *
13365653 AATAGATAAATATTGAGATGGCCAAAATTATTTGAA-TTGATTTGATAAACAAATTCACTTCTTA
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* * * ** * *
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* * * * *
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256 TATGAA-TGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * *
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* *
13365886 ATTTATTTTTTTAAA-CTCTTATTTATTAATTTTT-GAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTAT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
13365949 TT
64 TT
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Statistics
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AAATAAACTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAA
TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
CTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGA
ATGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
AGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAA
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13364021 ACAAAAAGAC
*
13364031 ATAATGTGTTGAAATAG
1 ATAATGTGTTCAAATAG
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1 ATAATGTGTTCAAATAG
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ATAATGTGTTCAAATAG
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* * * * **
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* * * * *
13364468 TTAATTGTCT-TAATATTAACAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAG
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* * * * *
13364532 AA-A-TGTTTT-TATGACAAAACAAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAG
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* * * * *
13364594 TCATAATTATTTAAACTTGTTC-GGT-AAACAATTTCATTTTTTAAAATCTCCTAATGATTAATT
189 TCATAATTATTTGAA-TTGGTCTGATAAAAAAATTTC-TTTTTT-AAATC-ACT--T-ATTAATT
** *
13364657 TTTGGGATATTAATA-ACTTAGTATTATTTTATTTCAAAT-A----A-ATGAATTCAAATAATT-
247 TTTGAAATATTAATAGA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTAAAATAATTG
* * * * *
13364714 TCTTTAATGACAAAA-AAAAAGTAATAACTATTTGAAATAGATAATTA
311 T-TTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAACTA
* * *
13364761 TTCAAGTAGTCATAACTATTTG-GTCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTTAATTTTTACTTA
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAATTTTTACTTA
* * *
13364825 TTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTAGGAATAAAAAC
65 TTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAA-
*
13364890 TATTGTTTTATAG-TAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAAATAATAGCTTCA-ATAGTCA
129 TATTGTTTTATAGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAAATAATA--TTCAGATAGTCA
* *
13364953 TAATTATTTTAATTGGTCTGATAAAAAAATTTGTTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATAT
192 TAATTATTTGAATTGGTCTGATAAAAAAATTTCTTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * * *
13365018 TAATAGATTAGTATTATTTTGTTCCAAAGAAGCTTATATGAA-TAAAAAAATTTGTTTTTTTAAC
257 TAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTAAAATAA-TTG-TTTTATGAC
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320 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAACTA
* * * * * *
13365119 TT-AAATAGTCAT-ACTTATTAGAATTAGTTAGGTAAATAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTT
1 TTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAATTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAT-TTTTACTT
* * * *** * *
13365182 ATTAATT-TTACAAATTTTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAATAAGCTAGCATGAATTGT
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* * * * * * * *
13365245 AAAAAT-TT-TTTTAT-GATAGAAGAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATA
124 AAAAATATTGTTTTATAGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAAATAA-TATTCAGATA
* * * * * * * **
13365307 GTCTTAACTATTTGAACTGGT-TCAATAAATAAATTTCATTGTTAAATCTGTTAGTT-ATTAATT
188 GTCATAATTATTTGAATTGGTCT-GATAAAAAAATTTCTTTTTTAAATCACTTA-TTAATT--TT
* * * * * * *
13365370 TGGAATATTATTAGATTACTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATCAA-CATAAATAATTGTT
249 TGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTA-AAATAATTGTT
** * *** *
13365434 TTATGGTAGAACAAAAGGT--TAATTTTTTAAATATTTGATTTGAAGTATACAATTG
313 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAA-A--T-A---G-A-TA-AC---TA
* * * * *
13365489 TTCAAATAGTCAAAACTATTT-AATTTGGTTTGATAAACAAATTTA-TTTTTTAA-ATCT-CTTA
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAATTTTTACTTA
* * * * * *
13365550 TTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAACCTTGTATG-ATAAAAAT
65 TTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAAT
** * * * * * * * *
13365614 AATTGTCATATA-ACGAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAAATATTGAGATGGCCAA
130 -ATTGTTTTATAGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAAAT-AATATTCAGATAGTCAT
* * * * * * *
13365678 AATTATTTGAATTGATTTGATAAACAAATTCACTTCTTAAATTATTTACTTATTAATTTTTGAAA
193 AATTATTTGAATTGGTCTGATAAAAAAATT-TCTTTTTTAA--A-TCACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * *
13365743 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGA
254 TATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTAAAATAATTGTTTTATGA
* * *
13365808 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGACAATTA
319 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAACTA
* ** * * *
13365846 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCTTATTTA
1 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTT-AATTTTTACTTA
* *
13365911 TTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATT
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13365950 TTGGATAAGT
Statistics
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TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAATTTTTACTTAT
TAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAATA
TTGTTTTATAGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAAATAATATTCAGATAGTCATAAT
TATTTGAATTGGTCTGATAAAAAAATTTCTTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
AGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACA
AAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAACTA
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Period size: 540 Copynumber: 6.6 Consensus size: 533
13362373 GCTTTGTGAT
* * * * * * * * ***
13362383 AAAACAAAAGGTCATTACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACCGG
1 AAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAAATATT-AAATAGCCAAAATTATTAGAATTAG
* * * *
13362448 TTTGACAAATAGAATTA-TTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA
65 TTAGATAAATAAAATTACTTCTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-A
** * * * **
13362512 -T-TCTATTTTATTTTGAATAAGTTACT-AAGAACTGAAAAAATTGTTTTACAACAAAACAAAAG
128 GTAT-TATTTTATTTCAAATAAG-CA-TGATGAATTG-AAAAATT-TTTTATGACAAAA-AAAAG
* * * * * * * * * ** *
13362574 GTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTAAACTAGTTCAACAAAT
187 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCAGTAAAC
* * * * *
13362639 AAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTGCAA-TAGTATTATTTT
252 AAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAA-TTTGA-AATATTAAT-AAATTACTATTATTTT
*** * * * * * *
13362702 -ATTTTAATAAACTTATATG-AATAGAAA-TAATTGTTTCAT-G-ACATAAC-AAAAGATTATAA
313 AATCCAAATAAGCTTGTA-GCAACAAAAACT-ATTGTTTTATAGTA-A-AACAAAAAG-TAATAA
** * * * * * * * * * * *
13362761 CAATTTGAAATATATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTT
373 TGATTTGAAATAAACAATAGCTTC-AATAGTCAAAACTATTTTAATTGGTCTGATAAAAAAATTT
* * * * * * ***
13362825 ATTTTTTAAATCTCCTATTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTTTTATTTTATTTTGAA
437 ATTTTTTAAA--T-C-ACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAA
* ** ** * *
13362890 TAGGCTTGCATG-ATGAAAAACAATTAT-TT--TATGAT
498 CAACCTTATATGAAT-AAAAA-AATT-TGTTCATATAAC
* * * * * * * * * * *
13362925 AAAACGAAAGTTCATAAGGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGCTATAATTATTTGAATTTA
1 AAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAAAT-ATTAAATAGCCAAAATTATTAGAA-TTA
* * * * * * * *
13362990 -TTTGATAAATTAATTTATTTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAAT-AAGTA
64 GTTAGATAAATAAAATTA-CTTCTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * * *
13363053 ATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTACGCACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGT
128 GTATTATTTTATTTCAAATAAGC-ATGATGAATTGAAA-AATT-TTTTATGACAAAA-AAAAGGT
* * * * * * *
13363118 CATAACAATTTTAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACT
189 CATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTCAGTAAACA
* * * * *
13363182 GATTTATTTTTTT-AATTCTTACCTATTAATTTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA
253 AATTTATTTTTTTAAACTCTTACTTATTAA----TTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTA
* * * * * ** * * *
13363245 TTTCAAATAGGCATGTATG-AGCTGAAACAATTATTTTATGACT-AAACAAAAAGTCAA-AATGA
314 ATCCAAATAAGCTTGTA-GCAACAAAAACTATTGTTTTAT-AGTAAAACAAAAAGT-AATAATGA
* * * *** ** * ** * *
13363307 TTTTAAATAGATAATTA--TTCTAATAGTTTTAACTATTCGAAATGGT-TCGGCAAACACATTTA
376 TTTGAAATAAACAA-TAGCTTC-AATAGTCAAAACTATTTTAATTGGTCT-GATAAAAAAATTTA
* * ** ** * **
13363369 TTTTTTAAATC-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTGGTATTATTTTATTCTGAATAATT
438 TTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAACC
* * * *
13363433 TTGTATGAATACCAATTATCCTAAATAATTGTATTATTTTCCGAC
503 TTATATGAATA--AA--A----AAAT--TTGT-TCA-TAT--AAC
** * * * * * ** * *
13363478 AAAACAAAATATCATAACAATTTAAAATGGAT-AATAGTTTAAATGGACATGACTATTTGAACTT
1 AAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAAATA--TTAAATAGCCAAAATTATTAGAA-TT
* * * * * *
13363542 -GTTCGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCT-TCTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAAT
63 AGTTAGATAAATAAAATTACTTCTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAAT
* * * * * * * *
13363604 TAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTTTATCAATAGAAATAATTTTTTATGACGAAAGAAAAGA
126 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-ATGATGAATTGAAA-AATTTTTTATGAC-AAAAAAAAGG
* * * * * * * * *
13363669 TCATAATGATTTGAAATAAATATTTGTTCAAATAGTTATAACAATTTGAACTCA-CTCGGTAAAC
188 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTCAGTAAAC
* * * **
13363733 AAATTTA--TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGGAATTTTAATAAATTGGTATTATTTTA
252 AAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAA-TTT-GAAATATTAATAAATTACTATTATTTTA
* * * * * * * **
13363796 TTCCAAATAAGCTTGTATG-AACAAAAACAATTGATTTATCA-CAAAAGAAATAGTCATAACAAT
314 ATCCAAATAAGCTTGTA-GCAACAAAAACTATTGTTTTAT-AGTAAAACAAAAAGTAATAATGAT
* * * * * * ** *
13363859 TTGAAATAGATAATTA-TTTAAATAATCATAACTA-TTTAAACGTGTTTAGA-AAAACAAATTTA
377 TTGAAATAAACAA-TAGCTTCAATAGTCAAAACTATTTTAATTG-GTCT-GATAAAA-AAATTTA
* * * * * * * * * *
13363921 TTATTTAAATTA-TTATTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTTATATTAGTTTAGTCAAAATA
438 TTTTTTAAATCACTTA-TTA--ATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACA
* *** * *
13363985 AGCTT-TCATGAATAGATCCAA-TTGCTT--TTTGAC
500 ACCTTAT-ATGAATA-AAAAAATTTG-TTCATATAAC
* * * * * * * *
13364018 AAAACAAAAAG-ACATAATG-TGTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TAATAACTATTTGAAC
1 AAAACAAAAGGTA-ATAACGAT-TTAAAATAGATAAATATT-AAATAGCCAA-AATTATTAGAA-
* * * * *
13364080 TT-TTTA-ATAAA-CAAATTCATTTTTTTAATTCTCTTA-TTCATTAATTTTTGAAATATTAATA
61 TTAGTTAGATAAATAAAATT-A-CTTCTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * * *
13364141 AGTTAGCATTA-TTTATTTCAAATAAACTTAT-ATTAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAATA
123 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC--ATGATGAATTGAAA-AATT-TTTTATGACAAAA-A
* * * **
13364204 AAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTT-GTTTGG
183 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTCAG
* * * * * * *
13364268 TAAACATATTTA--TTTTAAAATTTTTTACTTATTATTTATTAAAATATTAATAAATTAATATTA
247 TAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTACTTATTA-AT-TTGAAATATTAATAAATTACTATTA
*** * * * * * * * *
13364331 TTTTAATATGAATGAGCTTGT-TCAATAGAAACAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAAATCATAA
309 TTTTAATCCAAATAAGCTTGTAGCAACAAAAACTATTGTTTTATAG-TAAAACAAAAAGTAATAA
* * ** * * * * * *
13364394 CT-ATTTG----------T-GGTTCAAATAATCTTAACGATTTGAACTT-GTTTGGTAAACATAT
373 -TGATTTGAAATAAACAATAGCTTC-AATAGTCAAAACTATTTTAA-TTGGTCTGATAAAAAAAT
* * * * ** *
13364446 TTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAACAAATTTGTATTATTTTATTTC
435 TTATTTTTTAAA---TCACTTATTAATT-T-TTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTCC
* * * * *
13364509 AAATAAACTTGTATGAATAGAAGAAATGTT-TT--TATGAC
495 AAACAACCTTATATGAATA-AAAAAAT-TTGTTCATATAAC
* ** * * * * * *
13364547 AAAACAAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTA-AACT
1 AAAAC-AAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAAATATT-AAATAGCCAAAATTA-TTAGAA-T
* * * * * * * * * ** *
13364611 T-GTTCGGTAAA-CAATTTCATTTTTTAAAATCTCCTAATGATTAATTTTTGGGATATTAATAAC
62 TAGTTAGATAAATAAAATT-ACTTCTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* *
13364674 TTAGTATTATTTTATTTCAAAT-A--A--ATGAATTCAAATAATTTCTTTAATGACAAAAAAAAA
125 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGATGAATTGAAA-AATTT-TTT-ATGACAAAAAAAAG
* * * * **
13364734 GTAATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTCATAACTATTTG-GTCTAGTTTGGTAAA
187 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TAGTTCAGTAAA
* * * *
13364798 CATATTTATTTTTTT-AATTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
251 CAAATTTATTTTTTTAAACTCTTACTTATTAA-T-TTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTA
* * *
13364862 ATCCGAATAAGCTTGTAGGAATAAAAACTATTGTTTTATAGTAAAACAAAAAGTAATAATGATTT
314 ATCCAAATAAGCTTGTAGCAACAAAAACTATTGTTTTATAGTAAAACAAAAAGTAATAATGATTT
* * * *
13364927 GAAATAAATAATAGCTTCAATAGTCATAATTATTTTAATTGGTCTGATAAAAAAATTTGTTTTTT
379 GAAATAAACAATAGCTTCAATAGTCAAAACTATTTTAATTGGTCTGATAAAAAAATTTATTTTTT
* * * * * *
13364992 AAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTGTTCCAAAGAAGCTTATAT
444 AAATCACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAACCTTATAT
** *
13365057 GAATAAAAAAATTTGTTTTTTTAAC
509 GAATAAAAAAATTTGTTCATATAAC
* * * * *
13365082 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAACTATTAAATAGTCATACTTATTAGAATTAGT
1 AAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAAATATTAAATAGCCAAAATTATTAGAATTAGT
* * * ** *
13365147 TAGGTAAATAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTACAAATTTTAATAAATTCA-T
66 TAGATAAATAAAATTACTTCTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGT
* ** * *
13365211 TTTATTTTATTTTGAATAAGC-TAGCATGAATTGTAAAAATTTTTTTATGATAGAAGAAAAGGTC
130 ATTATTTTATTTCAAATAAGCAT-G-ATGAATTG-AAAAA-TTTTTTATGACA-AAAAAAAGGTC
* * * * * * * *
13365275 ACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATAAA
190 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCAGTAAACAAA
* * * * * * * * *
13365340 TTTCA--TTGTTAAATCTGTTAGTTATTAATTTGGAATATTATTAGATTACTTTTATTTTATTTC
255 TTT-ATTTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTAATCC
* * * * *
13365403 AAATAAGCTTGTATCAACATAAA-TAATTGTTTTATGGTAGAACAAAAGGTTAATTTTTTAAATA
318 AAATAAGCTTGTAGCAACAAAAACT-ATTGTTTTATAGTAAAACAAAAAG-TAA-----T--A-A
* * * * *
13365467 TTTGATTTGAAGTATACAATTG-TTCAAATAGTCAAAACTA-TTTAATTTGGTTTGATAAACAAA
373 --TGATTTGAAATAAACAATAGCTTC-AATAGTCAAAACTATTTTAA-TTGGTCTGATAAAAAAA
* *
13365530 TTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAAC
434 TTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAAC
*
13365595 AACCTTGTATG-ATAAAAATAA-TTG-TCATATAAC
499 AACCTTATATGAATAAAAA-AATTTGTTCATATAAC
* * * * *
13365628 GAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAAATATTGAGATGGCCAAAATTATTTGAATT-G
1 AAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAAATATT-AAATAGCCAAAATTATTAGAATTAG
* * *
13365692 ATTTGATAAA-CAAATTCACTTCTTAAAT-TATTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
65 -TTAGATAAATAAAATT-ACTTCTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
*
13365755 AGTATTATTTTAATTCAAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
127 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATG-ATGAATTGAAA-AATT-TTTTATGACAAAA-AAAAGG
* * *
13365820 TCATAACGATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAACA
188 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCAGTAAACA
* * *
13365885 AATTTATTTTTTTAAACTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTA
253 AATTTATTTTTTTAAACTCTTACTTATTAA--TTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTA
13365948 TTTTGGATAA
Statistics
Matches: 2371, Mismatches: 470, Indels: 357
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
524 1 0.00
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AAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAAATATTAAATAGCCAAAATTATTAGAATTAGT
TAGATAAATAAAATTACTTCTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
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ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCAGTAAACAAATTTATT
TTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTAATCCAAATAAGC
TTGTAGCAACAAAAACTATTGTTTTATAGTAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAAACAAT
AGCTTCAATAGTCAAAACTATTTTAATTGGTCTGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCACTTATT
AATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAACCTTATATGAATAAAAAAAT
TTGTTCATATAAC
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*
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TTAAATTTCTTGCTTATTAATT
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* * * * *
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* * * * * *
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** *
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* * * * *
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* * *
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* * ** *
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* * ** * * *
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1 AATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * *
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66 ATAGTTATAACTATTTGAAC-TATTCAGTAAATAGATTTATTTTT-AAATCTTCTACTTATTAAT
* * * * *
13367354 TTTGGTAATATTAATCAATTTA-TATTTTTTTA-TTGAAATAAGCTTGCATG
129 TTTTG-AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
* * * * * ** * *
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1 AATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * *
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* * *
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***** * * * * * *
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* * * * ** * * *
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* *** * * * *
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* * ** ** * * *
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1 AATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * *
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* * *
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* * * * ** * *
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1 AATA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * ** * * * * * *
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65 AATAGTTATAACTATTTGAACTAT-TCAG-TAAATAGATT-TATTTTTAAATCTTC-TACTTATT
* * * *
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126 AATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
* * * *
13368124 AACT-TAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTA
1 AA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * * * * *
13368188 AATAGTCATGATTATTTGATCTAGTTC-GACAAACATATATATTTTAAAATTTTTTACTTATTAA
65 AATAGTTATAACTATTTGAACTA-TTCAG-TAAATAGATTTATTTTTAAATCTTCTACTTATTAA
* * * * * * * *
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128 TTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
* * * * ** * * *
13368304 AATAGAAACAATTTTTTTTATAATAGGACAAAA-AGTCATAACGGTTTGAAATAAATAATT-TGT
1 AATAAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT-T
* * * * *
13368367 CAAATAGTCATAACAATTTGAACTGGTT-TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC-T-T--GTAT
63 CAAATAGTTATAACTATTTGAACT-ATTCAG-TAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTCTACTTAT
* * * * * * *
13368427 TAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTCCAAACAAACTTATTTG
125 TAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
* * * * * * *
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1 AATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * ** *
13368547 ATAGTCATAATTATTTGAACTAGTT-AGGTAAACCA-AAATATTTTGTAAATC-ACTTACTTATT
66 ATAGTTATAACTATTTGAACTA-TTCA-GTAAA-TAGATTTATTTT-TAAATCTTC-TACTTATT
* * * *
13368609 AATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTA-TTTATTCCAAATAAGCTAGTATA
126 AATTTTTG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
** * * * * *
13368662 AATTGAAA-AATTATTTTATGATAAAACAAAATG-TCATAA-CATTTTAAAATGGATAATTGTTC
1 AATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTC
** * * * * ** *
13368724 ATGTAGCCTTA-AA-TATTTGAA-TGGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTACTTC-TCTTAGTTA-
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* *
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125 TA-ATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
* * * * * * ** * * * *
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1 AATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * *
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* * ** **
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* * * * * ** *
13369020 ATAAAAAAACATTTGTTATATGACCAAACAAAA-AGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTG
1 A-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* ** * * ** * *
13369084 AAATGGCCATAATTATTTGAAATGATTTGGTAAATAGATTCACTTTCTAAA---TC-ACTTATTA
64 AAATAGTTATAACTATTTGAACT-ATTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTCTACTTATTA
* ** *
13369145 ATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATT
127 ATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
** * * ** *
13369198 AATTGAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTGTAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAA
1 AATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * *
13369263 GTAGTAATAACTATTTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTAT-TTCTTATTA
66 ATAGTTATAACTA-TTTGAAC-TATTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCT-TCTACTTATTA
* * *
13369327 ATTTTTTGAATGTTAATAAATTAG-ATTAATTTATTTCAAATAAGCTTGCATG
127 A-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
* * * * * * *
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1 A-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * *
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* * * * *
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127 ATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
* * ** *
13369556 AATAAAAA-AATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAT
1 AATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
** * * * * * **
13369620 ATAGTCT-TAACTATTTGAACCGGTTTAGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAA
66 ATAGT-TATAACTATTTGAA-CTATTCAGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTTC-TACTTATTAA
* * ** **
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128 -TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * * *
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1 AATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * ** * * * *
13369800 AATAGTGAAAATTATTTGAAATTTTTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAAT-GTCTTA-TTGACT
65 AATAGTTATAACTATTTG-AACTATTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTC-TACTT-ATT
* * * * * *
13369863 AATTTTCTAAATATTAAAAAATTAGTATTCTTTTATTTCAAACAAACTTATATG
126 AATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
* ** * * * *
13369917 AACAAAAACAATTAATTTATAACAAAACAAAA-AGTAATAATGATTTGAAATATAT-ATTTTTCA
1 AATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
** * * * * * * *
13369980 AATAGTTATAGTTA-TTCAATTTGGTTTAGTAAATAAAATTATTTTTTAAA---TCT-CTTATAA
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* * *
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* * * * * *
13370090 AGCT-AAAATAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
1 A-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * *
13370154 TATTGTCT-TAACTATTTTAACTAGTTCAGGAAAT-GAATTTATTTTTTAAA---TCT-CTTATG
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* * * ** **
13370213 AATTTTCAGAATATTATTAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAATTTGTATG
126 AATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
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1 AAT
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* * * *
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** * *
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* * * * * * * * * *
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* ** * * * * * *
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*** * *
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* ** ** * * **
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1 TTATTTTATAACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAA
* * * * * * * *
13367300 CT-ATTTAAAC-GTGTTCAGA-AAATATATTTATTTTTAAAATTTTTGCTTATTAATTTTGGTAA
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* * * * * * * **
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* * * * *
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* * * * *
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** * * * ***
13367550 TTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTATTTGAACTGGGGTAA-
311 TTA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAT
* * * * * * * ** *
13367594 TTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTTA-AATAATTTGAAATAGTTAATTTTTCAAATAATCATGAC
1 TTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCAT-AA
* ** * * *
13367658 T-ATTTTAACTTATTTGGTAAA-TGTATTTATTTTTTTAAATATTTTACTT--TTTAGTTGTCAA
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * **
13367849 TTA-TTCGATAAATA-AATTTTTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTGTCCTAATATTAATAAAT
249 -TAGTTCGATAAACAGAA-ATATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAA-
* * * * *
13367912 TTATATTATTTTATTCAAAATAACCTTGCATGAACAGAAAAAA
311 TTATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAT
* * * * * * **
13367955 TTATTTTATGACAAAAC-AAAAGTTTATAGCGATTTCAAACAGATAATTGTTCAAATAGTTATAA
1 TTATTTTATAACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAA
* * * * * *
13368019 TTATTTAAACTTGTTTGATAAACATATTCT-TTTTTTTAATCTCTTAATTTTTAATTTTTAAAAT
65 TAATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATT-TATTTTTTAAATCT-TT-A---TTAATTTTTGAAAT
* * * *
13368083 ATTAATAAATGA-TATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACTTAAACAATTCTTTTATGAC
124 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAAC-AAAAC-ATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
13368147 AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATGATTATTTGATCTAG
187 AAAACAAAAGGTGATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
* * * * * * * * * *
13368212 TTCGACAAACATATATATTTTAAAATTTTTTACTTATTAAATGTCGAAAAACTAACAAATTAGTA
252 TTCGATAAACAGAAATATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTA-TA
*
13368277 TTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
316 TTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AAT
* * ** ** * *
13368316 TTTTTTTATAATAGGACAAAAAGTCATAACGGTTTGAAATAAATAATT-TGTCAAATAGTCATAA
1 TTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGCCATAA
* *
13368380 CAATTTGAACTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTGTATTAATTTTTGAAATATTAA
65 TAATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * * *
13368445 TAGATTAGTATTACTTTATTCCAAACAAACTTATTTGAACAAACACATTTGTTTTATGACAAAAC
129 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAA-ACA-TTGTTTTATGACAAAAC
* * * *
13368510 AAAAGGTGATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGG
192 AAAAGGTGATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
* * * *
13368575 TAAACCA-AAATATTTTGTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTA
257 TAAA-CAGAAATATTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATT-ATATTA
* * *
13368639 -TTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAATTGAAAAA-
319 TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAT
* * * * * * ** *
13368672 TTATTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACATTTTAAAATGGATAATTGTTCATGTAGCCTTAA-
1 TTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAAT
* * * **
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* * * * *
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* * * * * * *
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187 AAAACAAAAGGTGATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
* * ** * * * *
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252 TTCGATAAACAGAAATA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTA-T
* *** ** *
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315 ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAAA-AT
* * * * * * *
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1 TTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAAT
* * * * * * * * * *
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66 AATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* ** * * **
13369162 AAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATTAATTGAAACATTTGTTTTATGACAAAACA
130 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-CAAAACA-TTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * *
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193 AAAGG-TGATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTAGTTCG
* ** * * * * * *
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256 A-TAAACAGAAATA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTGTCGAAATATTAATAAATTATATT
* * * *
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318 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAA-AAT
* * * * * ** * * * * * *
13369390 TTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATGGATAATTGTTCTAATAGTCTTTAC
1 TTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAAT
* * ** * * * * *
13369455 CATATGAACTAATTCAGA-AAATAAATTTATATTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAT
66 AATTTGAACTGGTT-TGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * * * * *
13369519 TAAATTTGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTAAGAATAAAAAAATTGTTTTAAGACAAAACA
129 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-CAAAACATTGTTTTATGACAAAACA
* * ** * * ** *
13369584 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACCGGTT-TAG
193 AAAGGTGATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA-
* ** ** * * ** * * *
13369648 CAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTT-TTGGAATATTATTAAATTAGTATTA
257 TAAACAGAAATA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTGTCGAAATATTAATAAATTA-TATTA
* ** ** *
13369712 -TTTATTTCAAATAAAATAATATGAACA-AAACCAA-
319 TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA--AAT
* * * * * * ** *
13369746 -TAGTTTGATGACAAAACAAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAAATATTCAAATAGTGAAA
1 TTA-TTTTATAACAAAACAAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATA
* * ** * * * *
13369810 ATTATTTGAAATTTTTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAATGTCTTATTGACTAATTTTCT-AAA
64 ATAATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-TT-ATTAATTTT-TGAAA
* * * * ** *
13369874 TATTAAAAAATTAGTATTCTTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTAATTTATAA
123 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAAC-AAAAC-ATTGTTTTATGA
* * * * * * ** * *
13369939 CAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATATAT-ATTTTTCAAATAGTTATAGTTA-TTCAATTT
186 CAAAACAAAAGGTGATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CT
* * * * * *
13370002 GGTT-TAGTAAATA-AAATTATTTTTTAAATCTCTTA--TA-AAATT-TTGAAATATTAACAAAT
250 AGTTCGA-TAAACAGAAA-TA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAAT
* * *
13370061 TAGT-TT-TTTT-TTTCAAATAAACTTGTATGAGCTA-AAATAA-
312 TA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAA-AAT
* * * * * * * *
13370101 TTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATTGTCTTAAC
1 TTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAA-
* * * * * * *
13370166 T-ATTTTAACTAG-TTCAGGAAA-TGAATTTATTTTTTAAATCTCTTATGAA-TTTTCAGAATAT
65 TAATTTGAACTGGTTTGA-TAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCT-TTATTAATTTTTGA-AATAT
* * ** *
13370227 TATTAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAATTTGTATG------A-A------T-TG----AA
126 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAAACATTGTTTTATGACAAAA
* * ** * * * *
13370274 -ATAA-TTGAT--TTATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAATTTG
191 CAAAAGGTGATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCG
* ** ** * *
13370335 GTAAGTAGATTTATTTTTTAAATCAT-TTAC----TAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
256 ATAAACAGAAATA-TTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTA-TATT
* * *
13370395 ATTTTATTTCATATAAGCTTGTAT-ATTGAGAAACAA-
318 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAA-AAT
* * ** * * * * *
13370431 TTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATGGCCATAAT
1 TTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAAT
* * * * **
13370496 TATTTGAATTGATTCGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATAT
66 AATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T--TTATTAATTTTTGAAATAT
* * *** * * * *
13370561 TAATAAAGTAGTATTATTTTTTTTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTCTTATGACA
126 TAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAAC-AAAAC-ATTGTTTTATGACA
* * * * * * *
13370626 AAACAAAAGTTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAATTATTTGAACTTGT
188 AAACAAAAGGTGATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT
* * ** * * * * *
13370691 TCGGTAAACATATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAG
253 TCGATAAACAGAAATA-TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTGTCGAAATATTAATAAATTA-
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314 TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA-AAT
* ** * * ** * * * ** ****
13370795 TTATTTTATGACAAAACAAAATCTTAGAATGATTTGGAATATATAATTATTTTAATAATTTTAAT
1 TTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAAT
* * ** * ** * * *
13370860 CATTTAAACTAATTAGGCAAACACATTTATTTTTTAAAACTCTTT-CTAATTTTTGAAATATTAT
66 AATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTT-AAA-TCTTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * *
13370924 TAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAATAAGCTTGTATGATCATAAATAATTTTTTTTTATGACAA
129 TAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAACTTGTATGAACA-AAA-CA--TTGTTTTATGACAA
* * ** * * * * ** * *
13370988 AAC-AAAGATCATAGTGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATGGTTGTAACTATTTGCACTGGTT
189 AACAAAAGGTGATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* * * *** ** * * * * ** *
13371052 TGAAAAATAGCTTTAACTATGAATCTCTTCCTTAATT--TTTTTTAAATATTAATAAAGTAGTAT
254 CGATAAACAGAAATATTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTA-TAT
**** * * *
13371115 TATTTTATTTTGGATAAGTTTTTGTGAACT-GAAACAA-
317 TATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA-AAT
* * * * * *
13371152 TTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AT
1 TTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAAT
* * * * * * * * *
13371216 CTATTTGAGCTTGTTTGGTAAATATATATA-TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTCAAATG
66 -AATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T--TTATTAATTTTTGAAATA
* *
13371280 TTAATAAATTAGTATTATTTTACTTT-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAATA-ATTGTTTTATGA
125 TTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAACTTGTATGAAC--AAA-ACATTGTTTTATGA
* * ** * * * *
13371343 CTAAACAAAAGGTCA-AAATATTTTGAAATAGATAATTGTTC-TATAGTCTTGACTATTTGAATT
186 CAAAACAAAAGGTGATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * ** * * *
13371406 GGTTTG-GCAA-AG-GACA--TTT--AT-T-TT--TTATT-A-T-T---AA-ATTAGT--ATTAT
250 AGTTCGATAAACAGAAATATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAT
** * ** *
13371451 CCTA----ATT-CAAGTAAGCTAATATGAAAAGAAACAA-
315 ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AAT
* * * * * ** **
13371485 TTGTTCTATGACAAAATAAAGA-TCATAATGATTT-AAGATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAA
1 TTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAA
* * * * * **
13371548 CT-ATTTGAATTGGTTCGGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTA
65 -TAATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * ** * * * **
13371612 AAAAATCAATATTATTTTATTTTGAA-CAATTCTGTATGAACAAAAACAATTATTTTACAACAAA
128 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACT-TGTATGAAC-AAAAC-ATTGTTTTATGACAAA
* * * * * * *
13371676 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GGCATGACTATTTGAACTTGTTT
190 ACAAAAGGTGATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC
* * * * * * **
13371740 GGTAAATAGATATATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
255 GATAAACAGAAATA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTA-TATT
* ** * *
13371805 ATTTTATTCTAAATAAATTTGTTTGAATTGAAACAA-
318 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AAT
* * * * * * * *
13371841 TTGTTTGATCACAAAAC-AAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAA
1 TTATTTTATAACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAA
* * * * * *
13371905 CT-ATTAGAGCTTGCTCTG-CAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AGA
65 -TAATTTGAAC-TGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC---T--TTATTAATTTTTGA-A
* **
13371967 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTAG-TTTAT
122 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACA-AAAC-ATT-GTTTTAT
* ** * * *
13372031 G-CAAAACATAAGGCCATAACTATTTGAAATATATAATTGTTCAAATATTCATAACTATTTGAAC
184 GACAAAACAAAAGGTGATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * ** * * *
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249 TA-GTTCGATAAACAGAAATA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAA-
* * *
13372157 TTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAA-
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* * * * * * **
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* * * *
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* * * * * * * *
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** * * * * * * * *
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187 AAAACAAAAGGTGATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TA
* * ** * * * ** * *
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** * * * *
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* * ** * * *
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1 TTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAA-
** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * *
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* * * * *
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314 TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AAT
* * * ** * * *
13372916 TGT-TTTTATGATAAAACAAAAAGTCATTATGATTT-ATAAAAAAAAATTGTTCAAATA-CTCAT
1 T-TATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGC-CAT
* * **
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * *
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66 AATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTA-TTAAT-TTTTGA-AATATT
** * * * * *
13373389 AATAAATTAGCCTTACTTTATTCCGAATAAGAC-TGTATAAATATAAACAATTGTTTTATGACAA
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* * * * * * *
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189 AACAAAAGGTGATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTAG-
* ** * * * * *
13373516 TT--ACTAAATAGATTTACTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAACTAA
252 TTCGA-TAAACAGAAATA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAA-TTA
* * * * * *
13373579 TTTTATTTTATTCTAAACAAAG-TTATTTGAACA-AAAACAT
314 TATTATTTTATTCCAAA-TAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AT
* * * * * * * * * *
13373619 TTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAACTATTC-AATTGTCATAAC
1 TTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAA-
* * * * * *
13373683 T-GTTTAAACTAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTACTACTTATTAACTTTTG--A-A
65 TAATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--T-CT--TTATTAATTTTTGAAATA
** *** * *
13373744 --AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGTTTGTAAGAAGAAAAACAATTGTTTTATGACA
125 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-CAAAAC-ATTGTTTTATGACA
** * * * * * * *
13373807 AAATGAAAGTTCATAACGATTT-ATAATAGATAATTGCTCAAATTGCCATAATTATTTGAAATAG
188 AAACAAAAGGTGATAACGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
13373871 TT
252 TT
13373873 ATAAGTATTT
Statistics
Matches: 5162, Mismatches: 1114, Indels: 728
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (353 bp):
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AATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAAACATTGTTTTATGACAAAACAAAA
GGTGATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAA
CAGAAATATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTATATTATTTTATT
CCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAT
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Alignment explanation
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* * * * *
13366867 AAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAATGTTA-AACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAT-
1 AAAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
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65 GCCAT-A-ATTATTTGAAATGAT-TTGA-TAAATAGATTTACTTTTTAAAT-T-C--TTGTATTA
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251 TATTTGAACTTGTT-AGTAAACAGAAATATTTTTTAAATC-ACTTCTTATTAATTTTTTGAATAT
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439 AGTTCAGAAAATAAATTTATTTTT-AAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATT-ATTAAATTA
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560 GTTATAACAATTTGAAGTATA-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTTGGTAAA
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65 GCCATAATTATTTGAAATGATTTGATAAATAG-ATTTA-CTTTTTAAAT-TCTT--GTATTAATT
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125 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAACAAACTTATTTGAACA-AACACATTTG
* * * ** * * * * **
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189 TTTTATGACAAAACAAAAGGTGATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT
* * * * * ** * **
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254 TTGAACTTGTTAG-TAAACAGAAATATTTTTTAAATCACTT-CTTATTAATT-TTTTGAATATTA
* * * * * *
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316 ATAAA-TTAGTTTTA-TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAA
* * * * ** * * * *
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379 ACAAAAGGTCATAAC-ATTTTGAAATGGATAATTGTTCATATAGTCT-TAACTATTTGAACTAGT
* * * * * * * *
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442 TCAGA-AAATAAATT-TATTTTTAAATCTCTT-A---TTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGT
* * * * * *
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501 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA--TAGAATAATTGTTTT-TGATAAAACAAAAAGTT
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563 -ATAACAATTTGAAGTATA-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAG
* * * * * * * * * * * *
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626 ATTTATTTTTTAAA-TTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTT
* ** *
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689 TAAATAAGCTTAAATGATAA
* * * * * * *
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1 AAAAACAATTGTTTATGACAA-A--ACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGT-TCAA
* ** * * *
13368370 ATAGTCATAACAATTTGAACTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA-TCTTGTATTAATTTT
62 ATAGCCATAATTATTTGAAATGATTTGATAAATAGATTTACTTTTTAAATTCTTGTATTAATTTT
* *
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*
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192 TATGACAAAACAAAAGGTGATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG
* *
13368564 AACTAGTTAGGTAAACCA-AAATATTTTGTAAATCACTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAAT
257 AACTTGTTA-GTAAA-CAGAAATATTTTTTAAATCACTT-CTTATTAATTTTTTG-AATATTAAT
* * * *
13368627 AAATTCA-TTTTATTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAATTGAAA-AATTATTTTATGATAAAACA
318 AAATT-AGTTTTATTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * * * *
13368690 AAATGTCATAACATTTTAAAATGGATAATTGTTCATGTAGCCTTAAATATTTGAA-TGGTTCAGC
382 AAAGGTCATAACATTTTGAAATGGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGA
* ** *
13368754 AAACAAATTTATTTTTACTTCTCTTAGTTATACATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTT
447 AAATAAATTTATTTTTAAATCTCTTA--T-TA-ATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTT
* *
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508 TATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAATAATTGTTTT-TGATAAAACAAAAAGTTATAACAATT
* *
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* *
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699 TAAATGATAA
* * * * *
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1 AAAAACAATTGTT-TATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
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65 GCCATAATTATTTGAAATGATTTGATAAATAGATTTACTTTTTAAATTC-TTGTATTAATTTTTG
* * * ** * * * **
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* * *
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192 TATGACAAAACAAAAGG-TGATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA-TT
* * ** * *
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255 TGAACTTGTT-AGTAAACAGAAATATTTTTTAAATC-ACTTCTTATTAATTTTTTGAATATTAAT
* * * * * * *
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* * * *
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383 AAGGTCATAACAT--TTTGAAATGGATAATTGTTCAT-ATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCA
*
13369471 GAAAATAAATTTATATTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTT
445 GAAAATAAATTTAT-TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * * * **
13369536 AATTCGAATAAGCTTGTAAGAATAAAAAAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
509 ATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAATAATTGTTTT-TGATAAAACAAAAAGTTATAACAATTT
* * ** * * ** * * *
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573 GAAGTATA-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT
* * * * * * **
13369666 AATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTATTTCAAATAA-AATA
637 AA-ATTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTTTAAATAAGCTTA
*
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701 A-ATGATAA
* * * * *
13369738 AAAACCAATAGTTTGATGACAAAACAAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAAATATTCAAAT
1 AAAAACAATTGTTT-ATGACAAAACAAAAA-GTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
** * ** * * * * *
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* * * * *
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126 T-TGAAATATTAATAAATTAGTATTAC-TTTATTTCAAACAAACTTATTTGAACAAACACATTTG
* * * * * * * * *
13369931 ATTTATAACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATATAT-ATTTTTCAAATAGTTATAGTTA-
189 TTTTATGACAAAACAAAAGGTGATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT
* * * **
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254 TTGAACTT-G-TTAGTAAACAGAAA-TATTTTTTAAATCACTTCTTATTAATTTTTTG-AATATT
* * * * * *
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* * * *
13370117 TAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCATATTGTCTTAACTATTTTAACTAGTTC
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* * * * *
13370181 AGGAAATGAATTTATTTTTTAAATCTCTTATGAA-TTTTCAGAATATTATTAAATTATTATTATT
444 AGAAAATAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGA-AATATTATTAAATTAGTATTATT
* ** * *
13370245 TTATTTTGAATAAATTTGTATGAATTGAAATAATTG--ATT--T---------A-TT-T--CAA-
507 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAG-AATAATTGTTTTTGATAAAACAAAAAGTTATAACAAT
* * * *
13370292 AT--AG-AT-AATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAGTAGATTTATTTTT
571 TTGAAGTATAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTT
* * * * *
13370353 TAAA-TC--ATTTACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCATATAAGCTT
636 TAAATTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTAAATAAGCTT
** **
13370415 GTAT-ATTG
700 AAATGATAA
* ** * * *
13370423 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATG
1 AAAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
13370488 GCCATAATTATTTGAATTGATTCGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTT
65 GCCATAATTATTTGAAATGATTTGATAAATAGATTTACTTTTTAAAT-TCTTG--TATTAATTTT
* * * *** * *
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127 TGAAATATTAATAAATTAGTATTA-CTTTATTTCAAACAAACTTATT-TGAAC--AAACACATTT
* * * * * * *
13370615 GTCTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAATTA
188 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTGATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
* * ** ** *
13370680 TTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTT
253 TTTGAACTTGTT-AGTAAACAGAAATATTTTTT-AAATCACTT-CTTATTAATTTTTTGAATATT
*
13370745 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAA
315 AATAAATTAGTTTTA-TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAA
* * ** * * * * *
13370810 ACAAAA--TCTTAGA-ATGATTTGGAATATATAATTATT-TTAATAATTTTAA-TCATTTAAACT
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* * * * *
13370870 AATT-AGGCAAACACATTTATTTTTTAAAACTCTT-TCTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGT
439 AGTTCA-GAAAATAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTAT-TAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGT
* * * * *
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* *** * * * ** * * **
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561 -TTATAACAATTTGA-AGT-ATAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAA
* ** * * ** * *
13371059 TAGCTTTA-ACTATGAATCTCTTCCTTAATT--TTTTTTAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTT
623 TAGATTTATTTTTTAAAT-TCTTAGTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTT
** * *** *
13371121 ATTTTGGATAAGTTTTTGTGA-AC
685 ATTTTAAATAAGCTTAAATGATAA
** * * ** *
13371144 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATA
1 AAAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** * * * *
13371209 GTCAT-ATCTATTTGAGCTTG-TTTGGTAAATATATATA-TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATT
65 GCCATAAT-TATTTGA-AATGATTTGATAAATAGATTTACTTTTTAAAT-TCTT--GTATTAATT
* * * * * * * * *
13371271 TTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTACTTT-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAATA-A-T
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* * * * * * * *
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* ** * * *
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251 TATTTGAACTT-GTTAGTAAACAGAAATATTTTTTAAATCACTTCTTATTAATTTTTTGAATATT
* ** * ** ** * *
13371443 AGT--ATTA-TCCTA---ATT-CAAGTAAGCTAATATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGACAAAA
315 AATAAATTAGTTTTATTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAA
* * * * * * *
13371501 -TAAAGATCATAATGA-TTT-AAGATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAATTGGT
380 CAAAAGGTCATAA-CATTTTGAA-ATGGATAATTGTTCATATAGTCT-TAACTATTTGAACTAGT
* * * ** ** * *
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442 TCAGAAAATAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTAT
* * * * * * * ** * * *
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506 TTTATTTCGAATAAGCT-TGTATGAA-TAGAATAATTGTTTT-TGATAAAACAAAAAGTTATAAC
* * * * * * *
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568 AATTTGAAGTATA-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTAT
* ** * *
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** *** *
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** * * * * * *
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* * * ** * * * * * * * *
13371897 AGTCATAACTATTAGAGCTTGCTCTG-CAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
64 AGCCATAATTATTTGA-AATGATTTGATAAATAGATTTACTTTTTAAAT-TCTT--GTATTAATT
* * ** * * *
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125 TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAACAAACTTATTTGAACA-AACAC-ATT
* * ** * * * *
13372024 AG-TTTATG-CAAAACATAAGGCCATAACT-ATTTGAAATATATAATTGTTCAAATATTCATAAC
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* ** * ** ** *
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251 TATTTGAACTTGTT-AGTAAACAGAAATATTTTTTAAATCACTTCTTATTAATTTTTTG-AATAT
* * * * * *
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* * ** *
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* * * * * * *
13372276 GTT-TGATAAACAGATTCTTTTTTTTAATCTCTTACTCATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAATT
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* * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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623 TAGATTTATTTTTTAAAT-TCTTAGTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTT
* * * *
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* * * * * *
13372551 AAAAACAATTATTTTTTGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATA
1 AAAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * *
13372616 GTCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAATAGATTCATTTTTTCAATCTCTTTCTCATTAATTTT
65 GCCATAATTATTTGAAATGATTTGATAAATAGATTTACTTTTTAAAT-TC-TTGT-ATTAATTTT
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13372681 TGGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAACTGATACAATTGTTT
127 TGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAACAAACTTATTTGAACAAACACATTTGTTT
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13372746 TATTACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAACTATTCAAA-ATGTTATGACTATTT
192 TATGACAAAACAAAAGGTGATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATA-GTCATAATTATTT
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13372810 -AGACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTAA
256 GA-ACTTGTT-AGTAAACAGAAATATTTTTTAAATCACTT-CTTATTAATTT-TTTGAATATTAA
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13372873 TATAA-TA-ATTTA---ATT-CAAATAAGCTAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTTATGATAAAA
317 TA-AATTAGTTTTATTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT-ATTTTATGACAAAA
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13372932 CAAAAAGTCATTATGATTTAT-AAA-AAAAAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAACTTA-T
380 CAAAAGGTCA-TAACATTT-TGAAATGGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAAC-TAGT
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13372994 TCAGTAAAA-AAGTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTTTTAATTGGCTG-AATGTTAATAAATTTG
442 TCAG-AAAATAAATTTA-TTTTTAAATC---T-CTTATTAATT-TTTGAAATATTATTAAATTAG
* * * * * * *
13373057 TGTTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTACGAACAGAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
500 TATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAG--AATAATTGTTTT-TGATAAAACAAAAAG
* * * * * * ** *
13373121 TCATAGCAATTTGAA-AATATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTAAACTTGTTCAGTAAACA
561 TTATAACAATTTGAAGTATA-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATA
* * * *
13373185 -ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATGAATAAGTTAGAATTATGTTATT
625 GATTTATTTTTTAAAT-TCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTATT
* * *** *
13373249 TCAAATAAGGTTGTGTGA-AT
688 TTAAATAAGCTTAAATGATAA
* * * * * * * *
13373269 AGAAACAATTGATTTGTAATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATA
1 AAAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
13373334 G
65 G
13373335 TTAGAACCAA
Statistics
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Consensus pattern (708 bp):
AAAAACAATTGTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
CCATAATTATTTGAAATGATTTGATAAATAGATTTACTTTTTAAATTCTTGTATTAATTTTTGAA
ATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAACAAACTTATTTGAACAAACACATTTGTTTTATG
ACAAAACAAAAGGTGATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT
TGTTAGTAAACAGAAATATTTTTTAAATCACTTCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGT
TTTATTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
AACATTTTGAAATGGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAATAAATT
TATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG
CTTGTATGAATAGAATAATTGTTTTTGATAAAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAGTATAAATTG
TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTCTTAGTTAT
TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTTTAAATAAGCTTAAATGATAA
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Alignment explanation
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Period size: 153 Copynumber: 1.9 Consensus size: 153
13370122 GGTCATAACG
* * ** * * *
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* * * *
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131 GTATGAATTGAAATAATTGATTT
* *
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1 ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAATTCAGGAAATG-A-ATTTA
*
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64 TTTTTTAAATC-TCTTA-TGAATT-TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCA-AT
*
13370409 AAGCTTGTAT
125 AAACTTGTAT
13370419 ATTGAGAAAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.06, G:0.09, T:0.48
Consensus pattern (153 bp):
ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAATTCAGGAAATGAATTTATT
TTTTAAATCTCTTATGAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCAATAAACTT
GTATGAATTGAAATAATTGATTT
Found at i:13370651 original size:182 final size:180
Alignment explanation
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Period size: 182 Copynumber: 6.1 Consensus size: 180
13370275 TAATTGATTT
* * * *
13370285 ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAGTAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAATAGATTTATT
* * * *
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* ** * *
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130 GCTTGTATGAACT--GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAG
* *** * * * *
13370462 ATTTGAAATATATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTCGATAAATTGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAATAGATTTATT
* * *
13370527 TTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTTTTTTTGGATA
66 TTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATA
* * *
13370592 AGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTCTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAAG
129 AGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAG
* * * *
13370644 ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAATTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAAC-TGATTTGGTAAATAGATTTAT
* * ***
13370708 TTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
65 TTTTT-AAATCTCTT-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
* *
13370772 TAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA--TCTTAGAATG
127 TAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-AA-G
* * * ** ** * * * * * * *
13370826 ATTTGGAATATATAATTATTTTAATAATTTTAATCATTTAAACTAATTAGGCAAACACATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAATAGATTTATT
* * * ***
13370891 TTTTAAAACTC-T-TT-CTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAATAA
66 TTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAA
* * * * **
13370952 GCTTGTATGATCAT-AAATAATTTTTTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAGTG
130 GCTTGTATGAAC-TGAAACAA--TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAG
* * * ** ** * * * ** * *
13371004 ATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATGGTTGTAACTATTTGCACTGGTTTGAAAAATAGCTTTA-A
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAATAGATTTATT
* * * * * *
13371068 CTATGAATCTCTTCCTTAATT--TTTTTTAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATA
66 TTTTAAATCTCTT-CTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * *
13371131 AGTTTTTGTGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATA-
129 AGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AG
* * * * *
13371183 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ATCTATTTGAGCTTG-TTTGGTAAATATATATA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAAT-TATTTGAAC-TGATTTGGTAAATAGATTTA
* * * *
13371246 -TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTACTTTGAAT
64 TTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * *
13371310 AAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA-AAAT
128 AAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAG
13371362 ATTTTGAAATAGATAATTGTTC
1 A-TTTGAAATAGATAATTGTTC
13371384 TATAGTCTTG
Statistics
Matches: 735, Mismatches: 151, Indels: 69
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 7 0.01
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ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (180 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAATAGATTTATT
TTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
CTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAG
Found at i:13371841 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13371431--13373335 Score: 1635
Period size: 181 Copynumber: 10.6 Consensus size: 180
13371421 ATTTATTTTT
* * * * * ** * * *
13371431 TATTATTAAATTAGTATTATCCTAATTCAAGTAAGCTAATATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGA
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* * ** *
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* * *
13371558 TGGTTCGGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAA
129 T-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * * **
13371607 TATTAAAAAATCAATATTATTTTATTTTGAACAA-TTCTGTATGAACAAAAACAATTATTTTACA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCT-TGTATGAACAGAAACAATTATTTTATG
* * *
13371671 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GGCATGACTATTTGAACT
64 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * ** *
13371735 TGTTTGGTAAATAGATATATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAAAA
129 TGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
** * ** * * *
13371787 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAATTTGTTTGAATTGAAACAATTGTTTGATCA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGA
* * * * * * *
13371852 CAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTAGAGCTT
65 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * *
13371917 GCTCTGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAA
130 GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * *
13371968 TATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTAGTTTATG-
1 TATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGA
* * * * * *
13372032 CAAAACATAAGGCCATAACTATTTGAAATATATAATTGTTCAAATATTCATAACTATTTGAACAT
65 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
*** * * *
13372097 GTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTAC-TATTAATTTTTGAAA
130 GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * *
13372146 TATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATT
1 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATG
* * * *
13372210 ACAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATAGTGATAACTATTTGAACT
64 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * *
13372275 TGTTTGATAAACAGATTCT-TTTTTTTAATCTCTTACTCATTAATTTTCAGAA
129 TGTTCGGTAAACAGATT-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * *
13372327 TATTAATAAATTAGTATTA-TTT-TTTGAATAAGCCTATATGAACTGATACAATTATTTTATTAC
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAC
** * * * * * * *
13372390 AAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAGATGACTATTCAAATAGTTATGACTATTTGGACTTA
66 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * *
13372455 TTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAATGTTTTACTTATT-ATTTGTTAAAA
131 TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TTAAAA
* * * * * * * *
13372505 TATTAACAAACTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGCAAGAACAAAAACAATTATTTTTTGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGA
* ** * *
13372570 CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
65 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * * **
13372635 ATTTGATAAATAGATTCATTTTTTCAATCTCTTT-CTCATTAATTTTTGGAA
130 GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * * *
13372686 TATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAACTGATACAATTGTTTTATTA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGA
* * * * *
13372751 CAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAACTATTCAAA-ATGTTATGACTATTT-AGAC
65 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-GTCATAACTATTTGA-AC
* * * *
13372814 TTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTCAAAA
128 TTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TTAAAA
* * * * * *
13372867 TATTAAT--A-TA--ATAATTTAATTCAAATAAGCTAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT-ATTTTATGA
* * * ** * * * *
13372927 TAAAACAAAAAGTCATTATGATTT-ATAAAAAAAAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAACT
65 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * ** *
13372991 TATTCAGTAAA-AAAGTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTTTTAATTGGCT-GAA
129 TGTTCGGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAAA
* * * * *
13373043 TGTTAATAAATTTGTGTTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTACGAACAGAAAAAAATTATTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAATTATTTTATG
* * * *
13373108 ACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAA-ATATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTAAACT
64 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * *
13373172 TGTTCAGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
129 TGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * *
13373223 TATGAATAAGTTAGAATTATGTTATTTCAAATAAGGTTGTGTGAATAGAAACAATTGATTTGTA-
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT-ATTT-TAT
* * ** *
13373287 -ATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGT
63 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
13373336 TAGAACCAAC
Statistics
Matches: 1376, Mismatches: 301, Indels: 100
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 27 0.02
176 188 0.14
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178 196 0.14
179 127 0.09
180 290 0.21
181 432 0.31
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183 8 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAC
AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
Found at i:13372319 original size:359 final size:360
Alignment explanation
Indices: 13371431--13374140 Score: 1900
Period size: 359 Copynumber: 7.6 Consensus size: 360
13371421 ATTTATTTTT
* * * * ** * *
13371431 TATTATTAAATTAGTATTATCCTAATTCAAGTAAGCTAATATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGA
1 TATTAATAAATTA-TATTAT-TTTATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
13371496 CAAAA-TAAAGATCATAATGATTT-AAGATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-T
64 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * * *
13371558 TGGTTCGGTAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAAAAAATC
128 T-GTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
* * * * * **
13371619 AATATTATTTTATTTTGAA-CAATTCTGTATGAACAAAAACAATTATTTTACAACAAAACAAAAG
192 AGTATTATTTTATTTTGAATAAACT-TGTATGAACAGAAACAATTAGTTTATTACAAAACAAAAG
** * ** *
13371683 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GGCATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAT
256 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC
* * *
13371747 AGATATATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAAAA
321 AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAAAA
** * ** * *
13371787 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAATTTGTTTGAATTGAAACAATTGTTTGATCA
1 TATTAATAAATTA-TATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
13371852 CAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTAGAGCT
64 CAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
13371916 TGCTCTG-CAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
128 TG-TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
* * *
13371980 AGTATTATTTTTTTTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTAGTTTA-TGCAAAACATAAGG
192 AGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTAGTTTATTACAAAACAAAAGG
* * * * * ** *
13372044 CCATAACTATTTGAAATATATAATTGTTCAAATATTCATAACTATTTGAACATGTTCAAAAAATA
257 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA
*
13372109 GATTTATTTTTTAAAT-TTCTAC-TATTAATTTTTGAAA
322 GATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAAAA
* *
13372146 TATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATTA
1 TATTAATAAA-TTATATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
13372211 CAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATAGTGATAACTATTTGAACTT
64 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * *
13372276 GTTTGATAAACAGATTCT-TTTTTTTAATCTCTTACTCATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTA
129 GTTTGATAAACAGATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
* * * * * * **
13372340 GTATTA--TT-TTTTGAATAAGCCTATATGAACTGATACAATTATTTTATTACAAAACAAAAAAT
193 GTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTAGTTTATTACAAAACAAAAGGT
* * * * * *
13372402 CATAACAATTTGAAATAGATGACTATTCAAATAGTT-ATGACTATTTGGACTTATTCGGTAAACA
258 CATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-TTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA
* * * *
13372466 TATTTATTTTTAAAATGTTTTACTTATT-ATTTGTTAAAA
322 GATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTT-TTAAAA
* * ** * * * * *
13372505 TATTAACAAACTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGCAAGAACAAAAACAATTATTTTTTGA
1 TATTAATAAA-TTATATTATTTT-ATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* *
13372570 CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
64 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * * *
13372635 ATTTGATAAATAGATTCATTTTTTCAATCTCTTTCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAAGTAG
129 GTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
13372700 TATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAACTGATACAATT-GTTTTATTACAAAACAAAATGT
194 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTAG-TTTATTACAAAACAAAAGGT
* * *
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258 CATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAT-TCATAACTATTTGA-ACTTGTTCAGTAAAC
* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * ** *
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129 GTTTGA-TAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAAT
* * * * * * *
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* * * * * *
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*
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* * * * * * * * * *
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1 TATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
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* * * * * *
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** * ** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 TATTAATAAA-TTATATTATTTTATTC-AAA-TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * ** * * * * * *
13373629 ACAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAACTATTC-AATTGTCATAACTGTTTAAACT
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* * * *
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128 TGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
*** * * * * **
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* * * *
13373816 TTCATAACGATTT-ATAATAGATAATTGCTCAAATTGCCATAATTATTTGAAATAGTTATAAGTA
256 GTCATAACAATTTGA-AATAGATAA-T--T---ATT--C--AA--A--T---AT--TCATAACTA
* * * * * * *
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301 TTTGAACT-TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TCTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * ** * *
13373940 TATTAATAAATGAGTTTTATTCTTTTTTGAATAAGCTTGTAT-AAGCTA-AAATAATTATTTTAT
1 TATTAATAAATTA-TATTATT-TTATTCAAATAAGCTTGTATGAA-C-AGAAACAATTGTTTTAT
** * * ** * *
13374003 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATGGTTTTAATTGTTTGAAC
62 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * ** * * * * **
13374068 -TGGTTCAGCAAATGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATTTTGCTAAAT
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13374132 TAGTATTAT
191 TAGTATTAT
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Statistics
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TTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTAGTTTATTACAAAACAAAAGGTCAT
AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATT
TATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAAAA
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AAATAGTATGACTATTC
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* * * *
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* ** *
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** * * * ** * * *
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* *
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* * * * *
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** * * * * *
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* * * *
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** * *
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* *
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* *
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* * * *
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*
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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*
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* * * * * * * *
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* ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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** * ** * *
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* * * ** * * * * *
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* * ** *
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* *
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* * * ***
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* * * *
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* * * * * * *
13373210 TTAATTTTTGAAATATGAAT-AAGTTAGAATTATGTTATTTCAAATAAGGTTGTGTGAATAGAAA
129 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * * * ** * *
13373274 CAATTGATTTGTAATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAA-A-T-A-G
194 CAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAATAGTGATG
* * * * * * *
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** ** * * * * *
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322 TATTAATAAATTAGTATTA-TTT-TT-TAAATAAG-CTATATGAACT-GAAACAATTATTTTATC
*** * * * **
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382 ACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGGAC
* * * * * * * * *
13373512 -TAGCTT-ACTAAATAGATTTACTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAA
446 TTA--TTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
* * * * * *
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509 TTAGTATTATTTTTATT-TGAA-TAAGCTTG
* * * * * ** * *
13373604 TTTGAACAAAAAC-ATTTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAACTA
1 TATGAACAGAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTG
* * * * *
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* ** * * * * *
13373731 ATTAACTTTTG--A-A--AATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGTTTGTAAGAAGAAAA
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* ** * *
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Statistics
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TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTATT
AATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA
ATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAATAGTGATGAC
TATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTTTAAATAAGCTATATGAACTGAAACAATTATTTTATCACAAAACAA
AAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGGACTTATTCAGTA
AACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TTATTTGAATAAGCTTG
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Indices: 13374015--13374266 Score: 414
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* *
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* * *
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* *
13374141 GGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTTTTAACTGTTTGAATTGGTTTAGCAAA
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* * *
13374206 TAGATTTACTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATTTTACTAAATTATTATTAT
66 TAGATTTACTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATTTTACTAAATTAGTATTAT
13374267 TTTATTTCAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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13374728 TAAACTTGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
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** * * * ** * * * *
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* * * *
13374205 ATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTAG-TTATTAATTTTTAGAATTTTACTAAATTATTATTATTT
65 ACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTT-GCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * * * * * **
13374269 TATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAGAGCAAAAGGTTAAAACAAT
128 TATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGAT
* * * * *
13374334 TTAAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGCTCGACAAACAGATTTATTT
193 TT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGACAAACACATTTATTT
* * * *
13374399 TTTAAATCTCTTATTAATTCTTGGAATATTCA-TAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAACT
257 TTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATT-ATTAAATTAGTATTATTTT-TATCGAAATAAGCT
* *** * * * * * * *
13374462 TTTATGTTGAAAAACAAATGTTTTATGACAAAATACAAGGA-AATAACAATTTGA-AGTGGACAG
320 TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAA-ACAAAGATCATAACGATTTGAGA-TAGATAA
* * * * * *
13374525 TTGTTCAAATGGCCATAATTATATGAACTAG-TTCAACAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTG
382 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGAA-AAATAGATTT-TTTTTTAAATCTCTTG
* * *
13374589 TTGTTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAATTTTTAT-AAAGGC
445 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAATTTTTATGAAATG-
*
13374653 AAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAA
509 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* *
13374680 GGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAA
1 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAA
**
13374745 CAGATTTATATTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTTAATATTAATAAATTAATATTATTTT
66 CAGATTTAT-TTTT-AAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* * * * * * *
13374810 ATTCCGAATTAGTTTGTATGAATTGAAACAATTATTATATGACCAAACAAAATGTCAAAATGATT
129 ATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATT
* * * * * * *
13374875 TTAAACAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAAATTGGTTTGGCAAACACATTTATTTT
194 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-GAATTGGTTTGACAAACACATTTATTTT
* * *
13374940 TTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTGAAATAAGCTTTT
258 TTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCGAAATAAGCTTGT
* * ** * * *
13375005 ATGATCAGAAACAATTGTTTTATGGGAAAACAAAGATCATAACGATTTGAGATTGATATTTGTTT
323 ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTC
*
13375070 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGAAAAATAGCTTTTGTTTTTAAATCTCTTAGTTATTA
388 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGAAAAATAGATTTT-TTTTTAAATCTCTT-GTTATTA
* * * * * *
13375135 ATTTTCAAAACATTAATAAAGTGGTATTATTTTATTTTTGATAAGTTTTTATGAACTGAAACAAT
451 ATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAATTTTTATGAAATGAAACAAT
*
13375200 TGTTTTATGACAAAACCAAA
516 TGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * *
13375220 GGTTATAATGAGTTGAAATTGATAAATTGTTCAAATAGT-AAAATCTATTTGAACTTATTTGGTA
1 GGTCATAATGATTTGAAATAGAT-AATTATTCAAATAGTCATAAT-TATTTGAACTTGTTTGGTA
* * * * * *
13375284 AATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTGAATGTTAACAAATTAGTATTATT
64 AACAGATTTA--TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATT
* * * * * *
13375349 TTATTTTGAATGAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTCAGAATGA
127 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGA
* * * * *
13375414 TTTGAAATAGATAATTGCTCTAAGAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTT-AGCAAACACATTTATT
192 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGA-CAAACACATTTATT
* * * * *
13375478 TTTTAAATCTCTTACCTATTAACTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTAGTTTAATCCAAATAA
256 TTTTAAATCTC-T---TATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCGAAATAA
* * * * * *
13375543 GCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTGTGATAAAATAAAGATCATAATGGTTTGAGATAGGTA
317 GCTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATA
* * * * *
13375607 ATTATTCAAATAG-CTATAACTATTTAAATTA-TTTCAAAAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTC-
381 ATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTAGTTT-GAAAAATAGATTT-TTTTTTAAATCTCT
* * * * *
13375669 --TTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AATTTTCCATCAAC
443 TGTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAATTTT-TATGAA-
* * *
13375731 A-GAAACAATTTTTTTATGAAAAAATAAAA
506 ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * * * *
13375760 TGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGATTGTTTGAACCTGTTTAGTCAA
1 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAA
* * * * *
13375825 CAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTA
66 CAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * * * * * *
13375890 TTTTGAATAAACTTGTGTGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACT-ATT
130 TTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-AAATGATT
* * * * * * * *
13375954 TGACATAAATATTTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTT
194 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGACAAACACATTTATTTTT
* * *
13376019 TAAA---CTTATTAATCTTTGAAATATTAGTAAATTTA-TATTATTTTGT-TCAAAATAAGCTTG
259 TAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAA-TTAGTATTATTTT-TATCGAAATAAGCTTG
* * * * *
13376079 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATGTGAAATAGATAATTGT
322 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGT
* * * * **
13376144 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCGT
386 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGAAAAATAGATT-TTTTTTTAAATCTCTT-GTTAT
* * * *** * * *
13376209 TAATTTTTAGAATATTAAT-AAGTTAGTATTAGTTTATTTCGGATAAGCCTATATGAATTGATAC
449 TAATTTTTAAAATATTAATAAAG-TAGTATTATTTTATTTTGGATAAATTTTTATGAAATGAAAC
* ** *
13376273 GATTGTTTTATGATGAAAGAAAA
513 AATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * *
13376296 GGTCATAATGATTTGAAATCGATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACTTGTTAGGTAAA
1 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAA
* * * * *
13376361 CATATTTATTTTTTAA-GTCTT--TTATTAA-TTGTGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
66 CAGATTTATTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * *** * * *
13376422 -ATCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
130 TTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTT
*
13376486 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT
195 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT
13376526 TTTTCGATAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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531 157 0.10
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533 4 0.00
534 4 0.00
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Consensus pattern (535 bp):
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CAGATTTATTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
TTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTG
AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGACAAACACATTTATTTTTTA
AATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCGAAATAAGCTTGTATG
AACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAA
TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGAAAAATAGATTTTTTTTTAAATCTCTTGTTATTAATTTT
TAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAATTTTTATGAAATGAAACAATTGTTT
TATGACAAAACAAAA
Found at i:13375548 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 13374141--13376523 Score: 1944
Period size: 181 Copynumber: 13.3 Consensus size: 178
13374131 TTAGTATTAT
** * * ** *
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1 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGCAA
* * * * *
13374205 ATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATTTTACTAAATTATTATTATTTT
65 ACAGATTTATTTTTTAAATCTC-T--TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * *
13374270 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAGAGCAAAA
127 ATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * ** * * *
13374322 GGTTAAAACAATTTAAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAG-CTCGAC
1 GGTCATAATGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAG-C
* * *
13374385 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTATTAATTCTTGGAATATTCATAAATTAGTATTATTTTA
63 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * *
13374449 TTTCGAATAAACTTTTATG-TTGAAAAACAAATGTTTTATGACAAAATACAA
128 TTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
** ** * * * * * * * * * * *
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1 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGCAAA
** * *
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* * ** * *
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128 TTTCGAATAAGCTTGTATGAATA-G-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * *
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1 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGCAAA
* ** *
13374745 CAGATTTATATTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTTAATATTAATAAATTAATATTATTTT
66 CAGATTTAT-TTTTTAAATCTC-T--TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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1 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGCAA
* * *
13374927 ACACATTTATTTTTTAAATCTC-TTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TA
65 ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-
* **
13374990 TT-GAAATAAGCTTTTATG-ATCAGAAACAATTGTTTTATGGGAAAAC-AAA
129 TTCG-AATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * *
13375039 GATCATAACGATTTGAGATTGATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT-GAAAA
1 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-CAA
* * * * * * *
13375103 ATAGCTTT-TGTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAACATTAATAAAGTGGTATTATTT
65 ACAGATTTAT-TTTTTAAATCTC-T--TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * *
13375167 TATTTTTG-ATAAGTTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACCAAA
126 TA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * *
13375220 GGTTATAATGAGTTGAAATTGATAAATTGTTCAAATAGT-AAAATCTATTTGAACTTATTTGGTA
1 GGTCATAATGATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTTAGCA
* * * *
13375284 AATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTGAATGTTAACAAATTAGTATTATT
64 AACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTT--T-ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * *
13375349 TTATTTTGAATGAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAA
125 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * *
13375403 AGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCTAAGAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAA
1 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGCAAA
* * * * *
13375468 CACATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAACTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTAGTTTA
66 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTT---TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * *
13375533 ATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTGTGATAAAA-TAAA
128 TTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * **
13375583 GATCATAATGGTTTGAGATAGGTAATTATTCAAATAG-CTATAACTATTT-AAATTATTTCAAAA
1 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTT-AGCA
* * * *
13375646 AATAGATTTAGTTTTTAAATCTC-TTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTAT
64 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* ** ** * * * * *
13375710 TTTGAATAATTTTCCATCAACAGAAACAATTTTTTTATGAAAAAATAAAA
129 TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * *
13375760 TGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGATTGTTTGAACCTGTTTAGTC-A
1 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-CAA
* *
13375824 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAATTAGTATTATTTT
65 ACAGATTTATTTTTTAAATCT-CT--TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * *
13375889 ATTTTGAATAAACTTGTGTGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA
127 ATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * *
13375941 GATCATAACT-ATTTGACATAAATATTTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAATTTGTTT-GATA
1 GGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-CA
* * *
13376004 AATAGATTTATTTTTTAAA---C-TTATTAATCTTT-GAAATATTAGTAAATTTA-TATTATTTT
64 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT
* * * *
13376063 -GTTCAAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
127 ATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* *
13376115 GGTCATAATGATGTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-GATAA
1 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-CAA
* * * * *
13376179 ATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCGTTAATTTTTAGAATATTAATAAGTTAGTATTAGTTT
65 ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT--T-ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * ** *
13376244 ATTTCGGATAAGCCTATATGAATTGATACGATTGTTTTATGATGAAAGAAAA
127 ATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * *
13376296 GGTCATAATGATTTGAAATCGATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACTTG-TTAGGTAA
1 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA-GCAA
* * * * *
13376360 ACATATTTATTTTTTAAGTCT-TTTATTAA-TTGTGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-
65 ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
13376422 ATCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTGTGACAAAACAAAA
129 TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
*
13376472 GGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
1 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
13376524 TTTTTTCGAT
Statistics
Matches: 1753, Mismatches: 374, Indels: 155
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 4 0.00
174 143 0.08
175 5 0.00
176 176 0.10
177 187 0.11
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179 9 0.01
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183 120 0.07
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGCAAA
CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
CGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
Found at i:13375777 original size:357 final size:353
Alignment explanation
Indices: 13374151--13376523 Score: 1990
Period size: 357 Copynumber: 6.6 Consensus size: 353
13374141 GGTCATAACA
* * * * * ** *
13374151 ATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTTTTAACTGTTTG-AATTGGTTTAGCAAATAGATTTAC
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TATAACTATTTGAAATT--TTTAATAAATAGATTTAT
* * * **
13374215 TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATTTTACTAAATTATTATTATTTTATTTCAAAT
63 TTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * * * ** *
13374279 AAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAGAGCAAAAGGTTAAAACAATTTAAAAATAG
123 AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-GAAATAG
* *
13374344 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGCTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAA--T
187 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTG-CAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
13374406 C-T-CTTATTAATTCTTGGAATATTCATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTTTATG-
250 CTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * * **
13374468 -TTGAAAAACAAATGTTTTATGACAAAATACAAGGA-AATAACA
315 ATTG--AAACAATTGTTTTATGATAAAA-A-AA-GATCATAATG
* * * * * * * * * * * * * *
13374510 ATTTGAAGTGGACAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATATGAACTAGTTCAACAAATTGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TATAACTATTTGAAAT-TTTTAATAAATAGATTTATT
* * * *
13374575 TTTTAAATCTCTTGTTGTTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAA
64 TTTTAAATCTC---TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
* * * *
13374640 TTTTTAT-AA-AGGCAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGAT
126 CTTGTATGAACA-G-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * *
13374703 AATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATATTTTCAAATCTCT
189 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-GCAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCT
* ** * * * *
13374768 TGCTTATTAATTTTTTTAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATTAGTTTGTATGAAT
252 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * *
13374833 TGAAACAATTATTATATGACCAAACAAAATG-TCAAAATG
317 TGAAACAATTGTTTTATGA-TAAA-AAAA-GATCATAATG
* * * * * *** * *
13374872 ATTTTAAACAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAAATTGGTTTGGCAAACACATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-ATAACTATTTGAAATT--TTTAATAAATAGATTTAT
* * *
13374937 TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATTGAAATAAGC
63 TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGC
* * ** * * * * *
13375001 TTTTATGATCAGAAACAATTGTTTTATGGGAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAGATTGATATT
127 TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * *
13375065 TGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGAAAAATAGCTTT-TGTTTTTAAATCTCTTAG
192 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG-CAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * * * *
13375129 TTATTAATTTTCAAAACATTAATAAAGTGGTATTATTTTATTTTTG-ATAAGTTTTTATGAACTG
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* * *
13375193 AAACAATTGTTTTATGACAAAACCAAAGGTTATAATG
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* * * * * **
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* *
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* ** * * * *
13375359 TGAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTCAGAATGATTTGAAATAG
122 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * *
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187 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-GCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * * * *
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251 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
** *
13375554 AAGAAACAATTGTTTTGTGATAAAATAAAGATCATAATG
316 TTGAAACAATTGTTTTATGATAAAA-AAAGATCATAATG
* * * * *
13375593 GTTTGAGATAGGTAATTATTCAAATAGCTATAACTATTT-AAATTATTTCAAAAAATAGATTTAG
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TATAACTATTTGAAATT-TTT-AATAAATAGATTTAT
* * **
13375657 TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTT
63 TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
** * * * * * *
13375722 TCCATCAACAGAAACAATTTTTTTATGAAAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
128 TGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * *
13375787 GTTCAAATGGACATGATTGTTTGAACCTGTTTAGTC-AACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACT
193 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-G-CAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * *
13375851 TATTAATTTTTAGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTGTGAATAGAA
256 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAA
13375916 ACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACT-
321 ACAATTGTTTTATGAT-AAA-AAAAGATCATAA-TG
* * * * * * *
13375951 ATTTGACATAAATATTTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGATAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-ATAACTATTTGAAATT-TTTAATAAATAGATTTATT
* * * ***
13376016 TTTTAAA---CTTATTAATCTTTGAAATATTAGTAAATTTA-TATTATTTTGTTCAAAATAAGCT
64 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* *
13376077 TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATGTGAAATAGATAATT
128 TGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * *
13376142 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTC
193 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG-CAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * * * *
13376207 GTTAATTTTTAGAATATTAATAAGTTAGTATTAGTTTATTTCGGATAAGCCTATATGAATTGATA
257 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAA
* *
13376272 CGATTGTTTTATGATGAAAGAAAAGGTCATAATG
322 CAATTGTTTTATGAT-AAA-AAAAGATCATAATG
* * * * * * *
13376306 ATTTGAAATCGATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACTTGTTAGGTAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TATAACTATTTGAAATTTTTA-ATAAATAGATTTATT
* * * * * * **
13376371 TTTTAAGTCTTTTATTAATTGTGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCAAATAAGCTT
64 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * *
13376435 GTATGAACAAAAATAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTG
129 GTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
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TTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
ATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAAT
TGTTTTATGATAAAAAAAGATCATAATG
Found at i:13377284 original size:182 final size:181
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* *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * ** ** **
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* * ** * * *
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127 TATTATTTTATTATGAATAAG-TTGGTATGAGTGAAAAA-AATTGTTTTATAACAAA
* * * * * * *
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1 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT-
* * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * *
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** * * * * * * *
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* ** * * * * *
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1 AC----AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTG
* * *
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* * * * * * * * **
13378338 A-TTAGTATTATTTTCTT-TCAAATAAGCTT-ATGTGAACT-ACAAAAATTATTTTATGATTAA
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* * * ** * * * * * **
13378398 GCAAAAGGTTAAAATAATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTT
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* * * * *
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** * * * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * ** * * * **
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* * * * *
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*** * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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1 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGG-TT
** * * * * * * * * *
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* * * ** ** *
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* * * * * * * ** *
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*** * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * *
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1 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT-
* * * *
13379360 AATAAAGAGATTTATTTTTTAAATCT-TCTACCTATTAA--TTTGCATAATATTAATAAA-TTAG
65 AACAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTG-A-AATATTAATAAATTTAG
* * * * *
13379421 TATTATTTTATTTTGAATAAAATT-GTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAA
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* * * * * * * * * **
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1 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGGT
**** * * *
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* * ** * *
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* * *
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1 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTG-G-T
* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * ***
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* * * *** * *
13379952 A-TATTTTATT-TAGAATAAGCCT-ATATGAACTG-ATGCAATTGTCTTATGACAAA
128 ATTATTTTATTAT-GAATAAG-TTGGTATG-AGTGAAAAAAATTGTTTTATAACAAA
* * * ** * * * * *
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1 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGGTT
*** * * * * * **
13380070 GGTAAACATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAACAT
65 AACAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTAT
*** * *
13380133 TATTTTAATT-TGAATAAGGTT-GTATGAAAAAAAAATAATTGTTTTATGATAAA
130 TATTTT-ATTATGAATAA-GTTGGTATGAGTGAAAAA-AATTGTTTTATAACAAA
* * * * ** **
13380186 ACAAAA-GTCAAAATGATTTGAAATAAATAATTGTTC-AA-AGACATAGCTATTTGAACTTATTC
1 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT-
** * * * * *
13380248 AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTGTTAATTATCTG-AATATTAATAAATTT-GTA
65 AACAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTTAGTA
* * * * *
13380311 TTATTTTAAT-TGAAATAAGCTT-GTATGAAT-AGAAAATTTGTTTTATGACAAA
129 TTATTTTATTATG-AATAAG-TTGGTATGAGTGAAAAAAATTGTTTTATAACAAA
** * * *
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1 ACAAAAGGTC-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATT
13380414 TATTAATATT
Statistics
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ACAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATT
ATTTTATTATGAATAAGTTGGTATGAGTGAAAAAAATTGTTTTATAACAAA
Found at i:13378055 original size:67 final size:67
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Indices: 13377922--13378055 Score: 160
Period size: 67 Copynumber: 2.0 Consensus size: 67
13377912 GGTATTATTA
* * * * * * *
13377922 TATTTCAAATAAACTTGTATGTTTAAAAACAATTGTTTCATGACAAAACAAAATGTACTAATGAT
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66 TT
* * * **
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66 TT
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TT
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * ** * * *
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* * * * * * * * *
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* ** * * * * *
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64 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* **** * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* *
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* * * * *
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1 AAACAATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAGT-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * * * *
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64 TCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * **
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** * * * * *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGT
** * * * *
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65 CATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * **
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* * * * *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
13379339 CATGACTATTTAAACTTGTTCAATAAAGAGATTTATTTTTTAAATCT-TCTACCTATTAA--TTT
65 CATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTT
**
13379401 GCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATGAA-TAG
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* * * *
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* * ** * * * *
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* * * *
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* * *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGTTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
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65 CATAACTATTTGAACT-TG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTT
* * *** *
13379760 TTGGAATATTCATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAACCTTGTATGAA-TAG
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* * *
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1 AAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
13379877 TTA-AACT-TTT----TTAG-T--A-AAA-AAAATCATTTTTTTAATTCTCTTGCTCATTAATTT
64 TCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
*** * * *
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127 TTGAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAG
** * ** * *
13379984 ATGCAATTGTCTTATGACAAAACAAAAGATT-ATAATGATTTGATGTAGATAATTATTTAAATAG
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* * * * * * * *
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** * * ** *
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* * * * *
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* * * * * * *
13380227 CATAGCTATTTGAACTTATTC-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTGTTAATTATC
65 CATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TT
* *
13380291 TG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAG
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* * * * * *
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64 TCATAA
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Statistics
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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** * * * * ** * * * *
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* * * *
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** * ** * * *
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** * * * ** * *
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** * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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319 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC
* * *
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1 GGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * *
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* **
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* * * * *
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1 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTAGTAT
* ** *
13379243 TATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAACAGAGACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
65 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT-ACAAAACAAAAGGTCATA
* * ** * * * * *
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129 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACATATT
*
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** * *
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255 TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA-AAATGATTTGA
* * * *
13379498 AATAAAAAAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAGCTTACTC
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* *
13379542 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
13379607 ATTTTACTTCGAATAAGTTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTAT-CACAA-AAAAGGTCATAAC
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13379670 T-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAACATATTT
130 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT-TGTTTAGAAAACATATTT
* * * * * ***
13379733 ATTTTTTAAAT-T-TTCAATCATTAAGTTTTGGAATATTCATAAATTTA-TATTATTTTATTCAA
194 ATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG
* **
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257 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCAAAATGATTTGAAA
* * *
13379859 TAGATAATTATTCAAAT-TTTA-AACT-TTT----TTA---
321 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC
* * * * * * * ***
13379890 -GTAAAAAAAATCATTTTTTTAATTCTCTTGCTCATTAATTTTCCCAATATTAAT-AATTAGTGA
1 GGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-A
* * * * ** * * *
13379953 -TATTTTATTTAGAATAAGCCTATATGAACTGATGCAATTGTCTTATGACAAAACAAAAGATTAT
64 TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT-ACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * * *
13380017 AATGATTTGATGTAGATAATTATTTAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATT
128 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACATATT
* * ** *
13380082 TA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAACATTATTTTAATTTGA
193 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
* * * * *
13380146 ATAAGGTTGTATGAAAAAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAG-TCAAAATGATTTGAAAT
258 ATAAGCTTGTATG-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAAT
* * *
13380210 AAATAATTGTTC-AA-AGACATAGCTATTTGAACTTATTC
322 AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC
* * * * * *
13380248 AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTGTTAATTATCTG-AATATTAATAAATTTGTAT
1 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * *
13380312 TATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-ATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-CTA
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* * * * *
13380374 TAGTGATTTGAAATAGGTAACTATTCAAATAGTCATAA
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13380412 TTTATTAATA
Statistics
Matches: 1536, Mismatches: 331, Indels: 168
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (361 bp):
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GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACATATTTAT
TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAAT
AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC
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Alignment explanation
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* * * *
13380409 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGGTTA-TCGAAC
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* * * ** *
13380473 AAGTTCAAATAGTTA-GAACTATTTGAACAATTACCTATTTCATATCGCTATAACCTTTTGTTTT
64 AAGTTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* *
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* * * ** * *
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* * * *
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* * *
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* * * **
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64 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
13380898 TCATAAAACAATTGTAT-TAGTTCATATAGGCTTA-TTCTAAATAAAATAATAC
129 TCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATAC
*** * * * *
13380950 TAATTTATTAATATT-TTGAATTAGTGAGTAAGAA-ATTTAAAAAAATGAAT-TTTTTA-TCGAA
1 TAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACT-GAA
* * **
13381011 CAAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
63 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * ** *
13381076 GTTATAAAATAATTGTTTATGTTCGTACAAACTTATTTTGACTAAAATAATA-
128 GTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC
* * **
13381128 TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAAAAGTAAAA-ATTAAAAAAATAAATCTGTTTTTTGAAC
1 T-AATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC
** * * * *
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* *
13381256 GTCAT-AAATAAATTGTTTCTAGTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAGTA-
128 GTCATAAAAT-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATAC
* ** * *
13381308 TAAATTTATTATTATTCCAAAACCTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TTAAG
1 T-AATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-
* * ** * * **
13381372 TAAGCT-AAATAGTTATGACCGTTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTTTGTTCTTTTGTTT
63 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTT
* * * * **
13381435 TGTTATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATAC
127 TGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC
*** * * *
13381489 TAATTTATTAATATTTGCAAATTAATAGGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCT-AACA
1 TAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACA
* * * * * * * *
13381553 AGTACAAATATTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATAATTATAACCTTTTG-TTTGC
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-
* * * * ** **
13381617 TCATACAACAATT-TTTTTATTCATGCAAAATTATTAAAAATAAAATAATAC
129 TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC
* ** * * ** * *
13381668 TAATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGGTTTAAAAACTAAAAGTGTTCACT-AAAA
1 TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA
* * * * * **
13381728 TAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATCTCAAATCATTATGATC-TTTACTTTG
65 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
13381792 TTATAAAATAATTATTTCTTTTTATACAAG--TATATTCAGATTAAAA-AATAC
129 TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TTCA-AATAAAATAATAC
* * * * * * * * ** *
13381843 TAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAATTAAATATATTTACCAAACT
1 TAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA
* * * * ** * * * *
13381908 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTGGAACAATTTTCTATTTCAAATTGTTTTGACATTTTGTTTAGA
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
13381973 CATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAG-GT-TGTCAAAATAAAATAATAC
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* ** * * * *
13382023 TAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAAATGAATCTATTTACTGAAT
1 TAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC
* * * *
13382088 AAGTTCAAATAGATATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCACTATGACCTTTTGTTTTA
64 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
13382153 TCTTAAAATAATTATTTC-AGTTCATAAAAACTTA-TCCGAAATAAAATAATAG
129 TCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATAC
* * * * * *
13382205 TACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAA-ATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTCTAAAC
1 TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC
* ** * * * ** * *** * *
13382269 CAGTTCAAATAGTTACAATTATTTGAAAAAATATGAATCTCAAATTGCTATGA-TTTTTATTTTG
64 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
13382333 TGATAAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTGA-TTCAGATAAAAATAATAC
129 TCAT-AAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAAT-AAAATAATAC
* * * *
13382386 TAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GTCAAAT
1 TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAA-
* * * * * * * * *
13382446 CAA-TTCAAATAGCTA-AACTATTAGAATAATTATCTACTTCAAATCGTTCTGACTTTTTATTTA
63 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* ** ** *
13382509 GCCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATGAGCTTATTTGGAAGAAAATAATAC
128 GTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC
* * * * *
13382562 TAATTTATTAACT-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTATTTACCGAA
1 TAATTTATTAA-TATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAA
* * * *
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63 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTT
* * * *
13382688 TGTCATAAAAAAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGTTTA-TCCAAAATAAAATAATAC
127 TGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATAC
* * * * *
13382742 TATTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTTCTGAAT
1 TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACTGAA-
* * * * ** *
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13382857 TCGCTTGCCC
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* ** * ** *
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* * *
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* * * * *
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* ** * * *
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* * *
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* * * ** *
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*
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* * *
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*** * * * * * * *
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* *** *
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* * * ** *
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* * * ** * * *
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* * * ** * *
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* * * * * * *
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* ** ** ** * **
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* ** * * *
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* * * *
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*** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * ** *
13381616 CTCATACAACAATTTTTTTATTCATGCAAAATTATTAAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATA
130 -TCATAAAATAATTTTTATATTCATACAAACTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** ** * ** * * *
13381681 TTTTGAAAATTAATAAG---AGGTTTAAAAACTAAAAGTGTTCACTAAAATAGTTTAAATAGTTA
194 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * *
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259 TAACTATTTGAATAATTATTTATCTCAAATCACTATGATTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTT
* * * * *
13381808 TCTTTTTATACAAG-TATATTCAGATTAAAA-AATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATA
324 TC-TATCATACAAGCT-TATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAACTAATA
* * * * * * *
13381871 ACTAAGATATTTAAAAATTAAATATATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTGGAACA
387 AGTAAAATATTTAAAAA-TAAATATGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTAA-ACTATTTGAATA
* ** * * * * *
13381936 ATTTTCTATTTCAAATTGTTTTGACATTTTGTTTAGACATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAA
450 ATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-TA
* **
13382001 GG-TT-GTCAAAATAAAATAATAC
514 GGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * * * *
13382023 TAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAAATGAATCTATTTACTGAAT
1 TAATTTATTAATATT-AAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
* * * * *
13382088 AAGTTCAAATAGATATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCACTATGACCTTTTGTTTTA
65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
13382153 TCTTAAAATAATTATTTCA-GTTCATAAAAACTTA-TCCGAAATAAAATAATAGTACTTTATTAA
130 TCATAAAATAATT-TTT-ATATTCATACAAACTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
13382216 TATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAAATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTCTAAACCAGTTCAAATAG
192 TATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAG
* * * * ** ** * *
13382281 TTACAATTATTTGAAAAAATATGAATCTCAAATTGCTATGATTTTTATTTTGTGATAAAAACAAT
256 TTATAACTATTTGAATAATTATTTATCTCAAATCACTATGATTTTTATTTTGTCAT-AAAATAAT
* * *
13382346 TGTTTCTAATCATACAAGCTGATTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTA
320 TGTTTCT-ATCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAACTA
* * * ** * *
13382411 ATAAG--AGAT-TTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAATC-AATTCAAATAGCTAAACTATTAGAA
384 ATAAGTAAAATATTTAAAAATAAATATGTTTACCAAA-CAAATTCAAATAGTTAAACTATTTGAA
* * * * * * *
13382472 TAATTATCTACTTCAAATCGTTCTGACTTTTTATTTAGCCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAT
448 TAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAT
* *
13382537 -GAGCTTATTTGGAAGAAAATAATAC
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* *
13382562 TAATTTATTAACT-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTATTTACCGAA
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* * * * *
13382626 CAAGTTCAAATA-TTATGGCTATTTGAATAATTATCTA-TT-AAACTCATTGTGAA-CTTTTATT
64 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCACTAT-AACCTTTTGTT
* * * * *
13382687 TTGTCATAAAAAAATTGTTTCA-GTTCATA-AAAGTT-TATCCAAAATAAAATAATACTATTTTA
127 TTGTCATAAAATAATT-TTT-ATATTCATACAAACTTAT-TTC-AAATAAAATAATACTAATTTA
* * *
13382749 TTAATATTTCAAAAGTTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAAT
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13382793 TAGTTTTCTG
Statistics
Matches: 1480, Mismatches: 307, Indels: 116
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Consensus pattern (537 bp):
TAATTTATTAATATTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGT
CATAAAATAATTTTTATATTCATACAAACTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
TCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATA
ACTATTTGAATAATTATTTATCTCAAATCACTATGATTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
TATCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAACTAATAAGTA
AAATATTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTAAACTATTTGAATAATTATC
TATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAGGCTTAT
TTGAAATAAAATAATAC
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13383189 AATTGCTTTG
* * *
13383199 GTCATGAAACAATTGTTTTTCAA--CATACATGCTCATTT-AAGATAAAATAATACTAATTTATT
1 GTCATAAAACAA-T-TTTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAA-ATAAAATAATACTAATTTATT
* * * *
13383261 AATATTTCAAGAA-T--T-AGTATGAGATTTAAAAAATAAAGT-TGTTTACCAAACCAATTTAAA
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* * * * *
13383321 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTG-TTCT
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* * ** * * ** * * *
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1 GTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * *
13383439 A-TT-ATAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATCAATTCAAACAA
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* * * * * *
13383502 TTA-AGACTATATGAAGAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
130 TTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACTTTTGATTT
* * * * * * *
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* * * * *
13383619 ATTTCAAAAATTTATAGGTAAGAAATTTAAAAAATAATTCTATTTACCGAACCAATTCAAATAAT
66 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAAT
* * *
13383684 TATAACTATTTGAATAATTTTATATTTCAAATCGTTATAACATTTTGATCT
131 TATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-TTTTGATTT
* ** * * *
13383735 ATCATAAAACAATTATTTT-TGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAA
1 GTCATAAAACAATT-TTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * * * * * *
13383799 TATTTTGACAACTAAAAACTAGGAAATTTAAAAAATAAATT-TGTTTGA-CAAACCACTTCAAAT
65 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTGTTT-ACCAAACCAATTCAAAT
* * * * * * *
13383862 AGTT-TAGGCTATATGAACAA-TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTCATTTT
128 AATTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTTTTGA-TTT
* ** * * * * * *
13383915 GTCATAAAATAAAATTTTCAGCTT-TTACTAA-CTTATTTGGAATAAAATAAAACAAATTTATTT
1 GTCATAAAACAATTTTTTCA-ATTCATAC-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * *
13383978 ATATTTCAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTT-GCATAACCAATTCAAAT
64 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCA-AACCAATTCAAAT
* * * * * *
13384042 AATTATGACTTTTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATTACCTTTT-ATTTT
128 AATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TAACTTTTGA-TTT
* ** * * * * * ** * *
13384096 GTCATAAAACAAATATTTT-GGTTAACATAAGTTTGTTCAAAATAAAATATTATTAATTTATTAA
1 GTCATAAAAC-AATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
13384160 TATTTTAAAAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCAAACTAGTTCAATTA
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* * * * * *
13384220 GTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTT
129 ATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACTTTTGATTT
* * * * * * *
13384273 GTCAAAAAACAATTGTTT-ATGTTCATAC-AGTCTTATTTGGAACAAAGTAATGCTAATTTATTA
1 GTCATAAAACAATTTTTTCA-ATTCATACAAG-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * ** * * * * *
13384336 ATATTTTC-AAAATTAATAAGTAACAGATTTAGAAAAT-GTATCTGTTGGCCTAACTAGTGCAAG
64 ATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAT-TCTGTTTACCAAACCAATTCAAA
* * * * * *
13384399 CAATTATAACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTGTTTT
127 TAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTTTTGATTT
* * ** * * **
13384453 GTCACAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAACATAATTTTAATTTATTAAT
1 GTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *** *
13384517 ATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAA-AGAATCTATTTATTGAA-CAAGTTCAACTA
66 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-ATTCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATA
* * * * * *
13384580 GTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATGTCAAATTGTTATAACTTTTTATTTT
129 ATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTTTTGA-TTT
* * *
13384633 GGCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAAT
1 GTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAAT
13384676 CTGTTTACTA
Statistics
Matches: 1010, Mismatches: 234, Indels: 108
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
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182 23 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
GTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAAT
TATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTTTTGATTT
Found at i:13384010 original size:361 final size:355
Alignment explanation
Indices: 13383240--13384670 Score: 1140
Period size: 361 Copynumber: 4.0 Consensus size: 355
13383230 CTCATTTAAG
* * * * *
13383240 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T-TAGTATGAGATTTAAAAAATAAAGTTGT
1 ATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAGGAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGT
* * *
13383303 TTACCAAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCT
65 TTACCAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATAACCT
* * * * * *
13383368 TTTGTTCTGCCATAAAACAATTATTTCTCTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAGTACTGA-
130 TTTGATCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
13383432 -TAATAATATTATAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATCAATTC
195 TTAATAATATT-TTAAA-TAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTC
* * * * * * * *
13383496 AAACAATTAAGACTATATGAAGAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATGATAA
258 AAATAGTTTAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAA
** * *
13383561 AACAATTTTTTCAACTCATCCAAGTTTATTTGTA
322 AACAAAATTTTCAACTCATCCAAGCTTATTTGGA
*
13383595 ATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAGGTAAGAAATTTAAAAAATAATTCT
1 ATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTATAGG-AAGAGATTTAAAAAATAATT-T
* * * * * * *
13383660 ATTTACCGAACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTTTATATTTCAAATCGTTATAAC
63 GTTTACCAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATAAC
* * * ***
13383725 ATTTTGATCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTA
128 CTTTTGATCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * *
13383790 ATTTAATAATATTTTGACAACTAAAAACTAGGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTGA-CAAACCA
193 ATTTAATAATATTTT-A-AA-TAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ACCAAACCA
* * *
13383854 CTTCAAATAGTTTAGGCTATATGAACAA-TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTCATTTTGTC
254 ATTCAAATAGTTTAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT-GTTTTGTC
* * ** *
13383918 ATAAAATAAAATTTTCAGCTTTTACTAA-CTTATTTGGA
318 ATAAAACAAAATTTTCAACTCAT-CCAAGCTTATTTGGA
* *
13383956 ATAAAATAAAACAAATTTATTTATATTTCAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAATTAT
1 ATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AT-AGGAAGAGATTTAAAAAATAATT-T
* * * *
13384021 GTTT-GCATAACCAATTCAAATAATTATGACTTTTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATTA
63 GTTTACCA-AACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATAA
* * * * * * * *
13384085 CCTTTT-ATTTTGTCATAAAACAAATATTTTGGTTAACATAAGTTTGTTCAAAATAAAATATTAT
127 CCTTTTGA-TCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * *
13384149 TAATTTATTAATATTTTAAA-AATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGT
191 TAATTTAATAATATTTTAAATAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAAT
* * * * *
13384213 TCAATTAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCA
256 TCAAATAGTT-TAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGTCA
* * ** *
13384277 -AAAA-ACAATTGTTTATGTTCATAC-AGTCTTATTTGGA
319 TAAAACAAAATT-TTCA-ACTCATCCAAG-CTTATTTGGA
* * ** * * * * *
13384314 ACAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTC-AAAATTAATAAGTAACAGATTTAGAAAATGTATC
1 ATAAAATAAAACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATT-AT-AGGAAGAGATTTAAAAAAT-AATT
** * * * * ** * * * * * *
13384378 TGTTGGCCTAACTAGTGCAAGCAATTATAACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
62 TGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATAA
* * * * * * * **
13384443 CC-TTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTT-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAACATAATTT
127 CCTTTTGATCTGTCATAAAACAATTATTT-TTGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * ***
13384505 TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAA-AGAATCTATTTATTGAA
191 TAATTTAATAATATTT--TAAA-TAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATA-AATTTGTTTACCAAA
* * * * * * * * *
13384568 -CAAGTTCAACTAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATGTCAAATTGTTATAACTTTTTATTT
251 CCAA-TTCAAATAGTTTAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTGTTT
* ** * * *
13384632 TGGCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
314 TGTCATAAAACAAAATTTTCAACTCATCCAAGCTTATTT
13384671 CAAATCTGTT
Statistics
Matches: 864, Mismatches: 171, Indels: 77
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
355 32 0.04
356 34 0.04
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363 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (355 bp):
ATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAGGAAGAGATTTAAAAAATAATTTGTT
TACCAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATAACCTT
TTGATCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
TAATAATATTTTAAATAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAA
TAGTTTAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACA
AAATTTTCAACTCATCCAAGCTTATTTGGA
Found at i:13385302 original size:657 final size:655
Alignment explanation
Indices: 13384033--13385303 Score: 1433
Period size: 657 Copynumber: 1.9 Consensus size: 655
13384023 TTGCATAACC
* * * *
13384033 AATTCAAATAATTATGACTTTTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATTACCTTTTATTTTGT
1 AATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTATTTTAT
* * * * *
13384098 CATAAAACAAATATTTTGGTTAACATAAGTTTGTTCAAAATAAAATATTATTAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAAATATTTTGATTAACAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAA
* * * *
13384163 TTTAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAATTAGTTATAAC
131 TATAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAATTAGTTATAAC
* *
13384228 TATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCAAAAAACAATTGTTTAT
196 TATTT-AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCAAAAAACAATTGTTTAT
* * * ** *
13384293 GTTCATACAGTCTTATTTGGAACAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTCAAAATTAATAAGTA
260 GCTCATACAGTCTTATTCGGAACAAAATAAAACTAATTTATCAATATTTTCAAAATT-ATAAGTA
* * * * *
13384358 ACAGATTTAGAAAATGTATCTGTTGGCCTAACTAGTGCAAGCAATTATAACTGTTTGAATAATTA
324 ACAGATTTAAAAAATGAATCTGTTAGCCTAACTAGTGCAAACAATTATAACTGTTTGAACAATTA
** *
13384423 TCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTA
389 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTCTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTA
* * * *
13384488 TTCAAATAACATAATTTTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAAG
454 TTCAAATAAAATAATATGAATTTATTAATATTTAAAAAAGTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAAG
* *** ** **
13384553 AATCTATTTATTGAACAAGTTCAACTAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATGTCAAATTGTT
519 AATATATTTACCAAACAAGTTCAAAAAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATGTCAAATCATT
*
13384618 ATAACTTTTTATTTTGGCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATCTGTTTA
584 ATAACCTTTTATTTTGGCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATCTGTTTA
13384683 CTAAATA
649 CTAAATA
* * * *
13384690 AATTCATATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTATTATAACCTTTT-TTTTAT
1 AATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTATTTTAT
* * * * *
13384754 CATAAAATAATTATTTCT-ATTCATAAAAGTTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTAATT-AT
66 CATAAAACAAATATTT-TGATTAACAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTT-ATTAAT
* * * ** *
13384817 AATATGAATATTCACAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTGTCGAACCAATTCAATTAGT
129 AATATAAAAATT----AATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAATTAGT
* * * *
13384882 TA-AGACTATATT-ATCAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAA
190 TATA-ACTAT-TTAAT-AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCAAAAAACAA
* * *
13384945 TTATTT-TAGCTCATACAAGT-TTATTCGGAATAAAATAAAACTAATTTGTCAATATTTT-AAAA
252 TTGTTTAT-GCTCATAC-AGTCTTATTCGGAACAAAATAAAACTAATTTATCAATATTTTCAAAA
* * * * * *
13385007 TT-TTA-TAAGAGATTTAAAAAAT-AAT-T-TTATCTACTGAGCTAGTTCAAATAATTATAACTG
315 TTATAAGTAACAGATTTAAAAAATGAATCTGTTAGC--CT-AACTAGTGCAAACAATTATAACTG
* * *
13385067 TTTGAACAATTA-CGTATTTCAAATCATTATTACTTTTCCTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TT
377 TTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACCTTT-CTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTT
* * * * * * *
13385130 GTT-GTATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATATGAATTTATTAATATTTAGAAAAGTAATTAGTA
440 -TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATGAATTTATTAATATTTAAAAAAGTAATAAGCA
* * * * *
13385194 AGAGATTTAAAAAGTA-AATATGTTTACCAAACCATTTCAAAAAGTTTTTACTATTTGAATAATT
503 AGAGATTTAAAAA-AAGAATATATTTACCAAACAAGTTCAAAAAGTTTTGACTATTTGAATAATT
* * * *
13385258 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATT
567 ATCTATGTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGGCATAAAACAATT
13385304 GGTTTTGTTT
Statistics
Matches: 506, Mismatches: 89, Indels: 38
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
653 3 0.01
654 1 0.00
655 5 0.01
656 138 0.27
657 209 0.41
658 1 0.00
659 10 0.02
660 134 0.26
661 5 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (655 bp):
AATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTATTTTAT
CATAAAACAAATATTTTGATTAACAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAA
TATAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAATTAGTTATAAC
TATTTAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCAAAAAACAATTGTTTATG
CTCATACAGTCTTATTCGGAACAAAATAAAACTAATTTATCAATATTTTCAAAATTATAAGTAAC
AGATTTAAAAAATGAATCTGTTAGCCTAACTAGTGCAAACAATTATAACTGTTTGAACAATTATC
TATTTCAAATCATTATGACCTTTCTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATT
CAAATAAAATAATATGAATTTATTAATATTTAAAAAAGTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAAGAA
TATATTTACCAAACAAGTTCAAAAAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATGTCAAATCATTAT
AACCTTTTATTTTGGCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATCTGTTTACT
AAATA
Found at i:13385897 original size:358 final size:357
Alignment explanation
Indices: 13385254--13387220 Score: 859
Period size: 358 Copynumber: 5.5 Consensus size: 357
13385244 CTATTTGAAT
* * * * * *
13385254 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTC-ATCAAACAATTGGTTTTGT-TTATA
1 AATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTAG-CAATAAAACAATT-ATTTTGTATCATA
* ** * * * * ** * *
13385317 CTATTTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAACTTAATAACCAAGAAA-A
64 CAAGCTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTAAAAAAATTAATAA-GAA-AAAGA
* ** ** * * *
13385381 TTT-AAAAATAAATCTAATTGCCAAAGTAGTTCAAAT-ATTAAGACTATTTGAA-AATTATCAAT
127 TTTAAAAAATAAATCTATTTAACAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * **
13385443 TTCAAA---CT---ATT-TTTGTTTTGTTATAAAACAAAT--TTTTGTGTTCGTACAAGCTTATT
192 TTAAAATTGTTAAGATTGTTTGTTTTCTTATAAAA-TAATGGTTTT-AGTTAATACAAGCTTATT
* * *
13385499 TGAATTAAAATAATACAAATTTAATACTATTTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATTA
255 GGAATTAAAATAATACAAATTTAATACTATTACAAAAATTAATAACAAATTTAAAAAATAAATTA
*** * * * *
13385564 TTTATTGAA-CTAGTTCATATAGTT-TAAACTATTAGAAC
320 TTTACCAAATC-AGTTAAAATAATTAT-AACCATTAGAAC
* * *
13385602 AATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTTGTTTAGTC-ATAAGACAATTATTTTAGT-TCAT
1 AATTATCTATTTCAAATTATTATGACC-TTTTGTTTAG-CAATAAAACAATTATTTT-GTATCAT
* *** *
13385665 ATAAGC-TATTTGGAATAAATTAATACTAATTTATTAAC-ATTAAAAAAATTAATAA-AAAAGAG
63 ACAAGCTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATT-ACTATTAAAAAAATTAATAAGAAAA-AG
* * * * * *
13385727 ATTTAAAAAAGTAAATTTATTTATCGAACAAGTTTAAATAGTTATTACTATTTTAACAATTATCT
126 ATTTAAAAAA-TAAATCTATTTAACAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
13385792 ATTTAAAATTGTTAAGATTGTTTGTTTTCTTATAAAATAATGGTTTTAGTTAATACAAGCTTATA
190 ATTTAAAATTGTTAAGATTGTTTGTTTTCTTATAAAATAATGGTTTTAGTTAATACAAGCTTAT-
* * * * * *
13385857 TGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTGA-TATTACTAAAATTAATAACAGATTTAAAAACTAATT
254 TGGAATTAAAATAATACAAATTTAAT-ACTATTACAAAAATTAATAACAAATTTAAAAAATAAAT
* * * *
13385920 TTTTTACCAAATCAGTTAAAATAATTATAGCCATTGGAAT
318 TATTTACCAAATCAGTTAAAATAATTATAACCATTAGAAC
* * * *
13385960 AATTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGCAATAAAACAATTCTTTTTTATCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTAGCAATAAAACAATTATTTTGTATCATACA
** * *
13386025 AGCTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAGATTAATAAGTAAAAGATTTA
66 AGCTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTAAAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTA
* * * * *
13386090 AAAAATAAATCTATTTAACAAACCAGTTTGAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCA
131 AAAAATAAATCTATTTAACAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAA
** * * * ** * * *
13386155 AATCATTATGATCTTCGTGATCTTTGTTTTGC-AATAAAACAATTATTTTTGATCATACAAGCTT
196 AATTGTTAAGA---T--TG---TTTGTTTT-CTTATAAAATAATGGTTTTAGTTAATACAAGCTT
* * * * * *
13386219 ATTCGG--TTAAAAATAATACTAATTCAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATA
252 ATT-GGAATT-AAAATAATACAAATTTAATACTATTACAAAAATTAATAACAAATTTAAAAAATA
* * * * * * * ** * *
13386282 AATGTGTTTATCGAACCAATTCAAATAGTTGA-AATTATTTGAAT
315 AAT-TATTTACCAAATCAGTTAAAATAATT-ATAACCATTAGAAC
* * * * * * * * ****
13386326 AATTATCTTTTTCAAATCATTCTAACCTTTT-TTTAGCCATAAAATATTTGTTCCACATCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTAGCAATAAAACAATTATTTTGTATCATACA
* * * *
13386390 AGCTTATT-CAAATAAAATAATCCTAATATATTAAC-ATTAAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTT
66 AGCTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATT-ACTATTAAAAAAATTAATAAGAAAAAGATTT
* * * * * ** * * * *
13386453 GAAGAAATAAACCTGTTTACCAAATAAACTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTA-CTAATT
130 -AAAAAATAAATCTATTTAACAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATT
* * * * * * ** * * * ***
13386517 TAAAAGTGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAATTCATAAAAGCTTATCCA
193 TAAAATTGTTAAGA-TTGTTTGTTTTCTTATAAAATAATGGTTTTAGTTAATACAAGCTTATTGG
** * * * * * *
13386581 AAAGAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTCAAAAAAATAAA
257 AATTAAAATAATACAAATTTAATACTATTACAAAAATTAATAA--CA-A-ATT-TAAAAAAT-AA
* **** * * * * * * *
13386646 ATATGTTTTTTGAA-CAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
316 AT-TATTTACCAAATC-AGTTAAAATAATTATAACCATTAGAAC
* * * * * * *
13386689 AATTGTATATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAATAATTGTTTTAGT-TCATA
1 AATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTAG-CAATAAAACAATTATTTT-GTATCATA
* * * * ** * *
13386752 CAA-CTTAATTCAAAATAAAATAATAATAACTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAG----TGAT
64 CAAGCTT-ATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTAAAAAAATTAATAAGAAAAAGAT
** * * * * * * * *
13386812 TTAAAAGGTGAATCTGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTATGACCATTTCAATAATTATCTAT
128 TTAAAAAATAAATCTATTTAAC-AAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * * * *** *
13386876 TTTAAATCATTATAAACT-TTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAG-TCTATT
192 TTAAAATTGTTA-AGATTGTTTGTTTTCTTATAAAATAATGGTTTTAGTTAATACAAGCT-TA-T
* * * ** * *
13386939 TGGAA-TAAAATAATACTAATCTAAAAAAATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATA
254 TGGAATTAAAATAATACAAATTTAATACTATTACAAAAATTAATAAC--A-A-ATTTAAAAAATA
* * * * * * *
13387003 AATTTGTTTGCCAAACCAATTCAAAT-ATTGA-AATCTATATA-AAT
315 AA-TTATTTACCAAATCAGTTAAAATAATT-ATAA-CCAT-TAGAAC
* * * * * * *
13387047 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAATAGGTTTTTTTGAATTCAT
1 AATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTAG-CAATAAAACA-ATTATTTTGTA-TCAT
*** * * ** * *
13387111 ACTAA-CTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAATAG
63 AC-AAGCTTATTAAAAATAAAATAATACT-AATTTATTACTATTAAAAAAATTAATAAGAAAAAG
* * * * * * *
13387174 ATTTAAAGAATAATTCTATTTACCTAACCAGTTCAAATCATTATGAC
126 ATTTAAAAAATAAATCTATTTAACAAACAAGTTTAAATAATTATGAC
13387221 CTTTTGTTTT
Statistics
Matches: 1264, Mismatches: 271, Indels: 152
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
345 2 0.00
346 3 0.00
347 4 0.00
348 69 0.05
349 48 0.04
350 12 0.01
351 14 0.01
354 1 0.00
356 2 0.00
357 174 0.14
358 249 0.20
359 35 0.03
360 174 0.14
361 22 0.02
362 11 0.01
363 66 0.05
364 113 0.09
365 210 0.17
366 54 0.04
367 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
AATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTAGCAATAAAACAATTATTTTGTATCATACA
AGCTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTAAAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTA
AAAAATAAATCTATTTAACAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAA
AATTGTTAAGATTGTTTGTTTTCTTATAAAATAATGGTTTTAGTTAATACAAGCTTATTGGAATT
AAAATAATACAAATTTAATACTATTACAAAAATTAATAACAAATTTAAAAAATAAATTATTTACC
AAATCAGTTAAAATAATTATAACCATTAGAAC
Done.