Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167926.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_19, whole genome shotgun sequence
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* *
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* *
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* ** * * *
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* * * * * *
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* *** * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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311 ATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAG
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* * * * *
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* * ** * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * *
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*
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* * * * *
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* * * * * * *
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190 A-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
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* * ** * *
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* * * * ** * * * **
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** * * *
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* * * ** * * * * *
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1 TTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTCTTTGTTTTGTC
* ** * * * *
13390784 ATAAAACAATTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
66 ATAAAACAATTATTTTAATCATACAAGCTTATCTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
* * * * * ** * *
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* * * * *
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* * * * **
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* * *
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* * * * * *** * * *
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1 TTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTCTTTGTTTTGTC
* * * * * ** * * * *
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* * *
13391208 TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATACTT-TTT-TTGAA-TATATTCAAATAG
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* * * * * ** * ** * *
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* * * **
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 TT-CAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTCTTTGTTTTGT
* * * ** * * * *
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* * * * * *
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** * ** * * * *
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187 T--TAAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * ** * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * *
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* ** * ** *
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* * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** *
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** * * * * *
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* * * * * * **
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** * * ** * *
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1 T-TCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTCTTTGTTTTGT
* * * * * *
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* * * *
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* * * * * **
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** * * * * *** * *
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* * * * *
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1 TTCAAAT--A-A-TTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTCTTTGTTT
* * * ** * * ** * * *
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* * * * *** *
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* * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * ** *
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1 TTCAAATA-ATTATGACTATTTAAACAATTATC-TATTTAAAATCATTATGACCTCTTTGTTTTG
* * ** * * * *
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** * ** * * *
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* *
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* * * * * * * *
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313 TAAT
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Statistics
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TTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAG
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** *
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* * * ** *
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* * * * * * * * * **
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* * * * *
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* * *
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*
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*** * *
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* * * ** * * *
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* * * *
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*
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* * ** * * *
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* * *
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* * * * *
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1 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATA
* * *
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1 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATA
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* * ** * *
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* * * * * *
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1 ATCAT-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAA
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* * * * * * *
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13393642 A
179 A
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* * * *
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* *** * ** ** * * *
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1 ATCATTATG-ACCTTTTGTTTTGT-CA-TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CA--A-G-CTTA
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115 A-AAATAAATTTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-T-TATCTATTT
**
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177 -CAA
* *** * * * * ** ** *
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1 AT-CATTATGACCTTTTGTT-T-TGTCA-TAAAACAATTGT-T-TCT---ATTCATACAAGC-TT
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56 A-TTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAA---AAATT--AAT-AAGTAA-A--GA
* * * * * * * * * * *
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110 TTT-A-AA-A---AATAAATTTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAAC-AA
*
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167 TTA-TCT--AT--TTCAA
** * **
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1 -ATC-ATTATG-AC--CT-TT--TGTT----TTG-TCATAAAACAATTG-TTT-CT-AT-TCATA
** * * *
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* * * * *
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* * * *
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1 A-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAT-ACAAGCTTATTTC-A
* * * * * *
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* * * * * * * *
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** * * * * **
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1 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCAAAT
* *
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65 -AAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* ** * * * *
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** * ** * * * * *
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1 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAAT
* * * * * * *
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65 AAAATAATACTAATTTATTAATATT--CAAAAATTAATAAGTA-AAGATTT-AAAAAATAAATTT
* *
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* * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * *
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1 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCAAAT
* * * * * *
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* * *
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1 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-CAAAT
* * * ***
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* ** * * * * * * *
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1 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAAT
*
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* * *** * *
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* * * *
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1 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCA-TACAAGCTTAT-TTC-A
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* * * * * * * **
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1 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTC-TATTCATACAAGCTTATTTCAAA
* * * ** * * *
13395929 T-AAATAATACTATTTTAATAATATTCCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAA-TCG
64 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * ** *
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** ** * * ** *
13396045 ATTGTTATGACCTTTTCCTTTGTCATAAAACAATTGCTTT-T-TTCGTACAAGCGTATTTGGATT
1 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAAT
* * *
13396108 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAATTTAATAAGTAAGAGATTT--AAAATAAATTTAT
65 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * * ** ** *
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1 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAAT
* * *** * * * **
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* * * * * * * * *
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128 TTACT-AAAT-AAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * *
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1 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTC-AA
* *
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63 ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATTT
** * * *
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** ** * * * * **
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1 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATA
* * * ** * *
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*** * * * * * * *
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* * * * ** ** **** * * **
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* * *
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* * * * * * *
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* * ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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** * * * * * * * **
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* * * *
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* * *
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* * **
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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** * * * * * *
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* * ** * *
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* * * * *
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** * * * *
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* * * ** * *
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* * *
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* * *
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323 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** * * *
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1 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAAT
* * * * *
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65 AAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * *
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128 TTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATCATTATGACC
* * * * * * * *
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192 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAA
* * * *
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*
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319 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * ** * *
13388441 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAGCAATCTTTTCTACCCATAAAAGTTTATTT-AGAAT
1 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AAT
* * * * * *
13388505 AAAATAATATTAATTAATTAAAATTTCAAAAGTTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTG-
65 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * *** *
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128 TTACT-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * *
13388632 CATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAG-TTTTTTAGAAATAAAATAATACT
191 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATATT
* * * * ** *
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255 AATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATTTGTTTATCGAAT-
* *
13388757 AA-TTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCT-TTCTTAA
317 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAA
* * * * * * * * *
13388799 ATCATTATGATC-ATTGTTTTGTCCTAAAACAATTGTTTGTGTTTAGACAAGCTTA-TTCAAAGT
1 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAA-T
* * * * *
13388862 AAAATATTGA-TAAATTAATAATATTCTAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATGTGTT
65 AAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * * *
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129 TACTAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGAC
* * * * * * * * **
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191 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATATT
* ** * * *
13389047 AAATTAACAATA-TTCTAAAATTAATAAG----AGATTTAAAACATAAATGTT-TTTGTCGAACC
255 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-ATAAAT-TTGTTTATCGAA-T
* *
13389106 AA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAACTATCTATTTCAA
317 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** * * * * * * *
13389148 ATTGTT-TCAACCTTTTTGTATAGTTATAAAATAATTCTTT-TAGTTCATACATA-CTTATCTGA
1 ATCATTAT-AACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACA-AGCTTATTTCA
* * *
13389210 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAATTTAATAAACATGAAA-TTTTAAAAAATAAA
62 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAA-TTAAT-AA-GT-AAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
13389274 TCAGTTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATAAATT
123 TCTGTTTACT-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-CATT
* * *
13389338 -TGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATAAAAGCTTATTT-GAAATAAAAT
186 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAAT
* * * * * * *
13389400 AATATTATTTTATTAATAGTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAGTTAGTTTATC
249 AATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATC
* * * * *
13389465 GAAT-CGATTAAAATAATTAAGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAA
313 GAATAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * * **
13389512 ATCATTTTGAA-TTTTTGTCTTGTCAAAAAACAATTATTTT-TCA-TCTTACAAGCCTATTTGGA
1 ATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCAA
*
13389574 ATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGTAA-ATTTAAAAAATAAATC
63 ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTA--AAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * ** *
13389638 TATTTAC--CA-AA---C---CAGTTCT---TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAA
125 TGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * ** * * * * * *
13389691 CCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTCA-GCTCATATATGCTTACTCAAAACAAAATAATAT
190 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAT
* * * ** * * * *
13389755 TAATTTAATATTATTTTGAAAAA-TGCTAACTAAGAGATTTAAAAA-AAAATTGTTTATCCAAGT
254 TAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-T
* * * * *
13389818 -AGTTCAAATAATTAAGACTATATAAACAATTATGTATTTCAA
317 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** * * * * * *
13389860 ATTGTTATAACCATTTG-TTTCTCATAAAGCAATTGTTT-TAGTTCACACAAGCTTATTTGAAAT
1 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAAT
* * * *
13389923 AAAATAATACTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGT
65 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * ** * * *
13389988 TTA-TCAAATCAGTTCAAATAATTATGGCCACATCAACAATTTTCTATTTCAAATCATTATTACC
128 TTACT-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * ** ** * * * *
13390052 TTTTG-ATTGTCATATAACAATTGTTTTTAAACATGTAGGCTTATTTACAATAAAATAATACTAT
192 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAA
* * * * **
13390116 TTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGT-AAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTCACCAAACCAGT
257 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATCGAATAAGT
* * * * * ** *
13390179 TTAAATAATTATGATTATTTGAATAATTGTAAACTTCAA
321 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * *
13390218 ATCATTATAAACTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTT-TGTTCATACAAGTTTA-TTCGAAA
1 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAA
* * * * * *
13390281 TAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAAGAGAATTAAAATACAAATTT
64 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGT-AA-AGATTTAAAAAATAAATCT
* ** * * * * * * *
13390345 ATTTGTTGAACT-AGTTC-AATATTTAAGACTATATGAATAATTATCTAATTAAAATCATTATGA
126 GTTTACT-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * * * *
13390408 CCTTTTTATTTTGTCACAAAATAAGTTTTTTTTTAATTCATACTAGATTATTTAGAACAAAATAA
190 CC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTTTAT-ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAA
* * * *
13390473 AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG-TTTAAAAAAATAATTTTGTTTATCT
251 TATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT--AAAAATAAATTTGTTTATCG
** * * *
13390537 AACCAGTTCAAATAATTGTGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAA
314 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** * * * * * * * *
13390583 ATTGTTATGATCTCTAGTTTTGTCTTAAAACAAATGTTTT-TGTTCATATAAG-TT-TGTTCGAA
1 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTTTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TTC-AA
* *
13390645 ATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AAAGATTTAAAAAATAAATCTA
63 ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
* ** *
13390707 TTTA-TCAAACT-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAAATCATTATGA
127 TTTACT-AAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * * *
13390770 CTTTTTGTTCTGTTATAAAACAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACT
190 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATT
* * * * *
13390834 AATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATCAAATTA
255 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAATAA
* * * * * *
13390899 GATCAAATAATCATAACT-TTTAGAATAATTATATATTTCAA
319 GTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * * *
13390940 ATCCTTA-AGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTATATCAATTCATATAAGCTTATTTGAAAT
1 ATCATTATA-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAAT
* *
13391004 AAAATAATACTAATTTATTAATCATCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
65 AAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGT-AA-AGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * * *** * *
13391068 TTTACTAAACAAGTTTAAATAATTATGACTTTTTGAACAATTATCTCTTTGAAATTGCTATAACA
127 TTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * *
13391133 TTTTGTATTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTCA-AACAAAATAAT-TTA
192 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATATTA
* *
13391196 AGTTTATTAAT-GTTCTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATACTT-TTT-TTGAA
256 A-TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAAT--TTGTTTATCGAA
* * *
13391257 TATA-TTCAAATAGTTGA-GACTATTTAAACAATTATTTCTTTCAA
316 TA-AGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** ** *
13391301 ATTGTTATAACCACTTGTTTTGTCATAAAAC-ATTTGTTTCTATTCATAAAAGCTTA-TTCAAAA
1 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAA
* *
13391364 TAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAAATAAATCTG
64 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTG
* *** * * * * * *
13391429 TTTACCAAGCGA-TTGCAAAGAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATCATGAT
127 TTTACTAAATAAGTT-CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * ** *
13391493 CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTTGTACAAGTTTA-TTAGAAATAAAATAATATT
191 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATATT
* * *** * *
13391557 AATTTATTAA-AATTCTAAAAATTAATCAGTTGGAGATTTGAAAAATAAATTTATTTATCGAACA
255 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATCGAATA
* * * * * *
13391621 AGTTTAACTAGTCATAT-CCT-TTTAAACCATTATGTATTTCAA
318 AGTTCAAATAGT--TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * ** *
13391663 ATTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TATTCACACAAAATTATTTAAAAT
1 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAAT
* * ** * * *
13391727 AAAATAACACTAATTTTTTAATATTTTAAAATTACTAAG---AGATTTAAAAACTAAATCTATTT
65 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* ** * * * *
13391789 ACCGAGCT-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTGAAATCATTATGATC-T
130 A-CTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * * ** *
13391852 TCGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTA-AAGTAAAATATTGGTAAA
194 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATATTAAT
* * * ** * *
13391916 CTAGTT-ATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAATTAG
258 TTA-TTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATCGAATAAG
* * * *
13391979 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAA
320 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* *** * * *
13392019 ATCGTTCGGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT-TAGTTCACT-CATGCTTA-TTCAAA
1 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCA-TACAAGCTTATTTC-AA
* * * * *
13392081 ATAAAATAATACTATTTTAGTCATATTCAGAAAATTAATAAG--AA-ATTTTAAAAATAAACCTG
63 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * *
13392143 TTTACCAAAAAAGTTCAAATAGTT-TAGACTATTTGAACAATTACCTACTTAAAATCGTTATGAC
127 TTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * **
13392207 CTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTGTCA-ATTCATTA-AAGCTTATCAAGAATAAAATAATAT
191 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTATATTCA-TACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAT
* * * ** * *
13392270 TACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAATTGAAGATTTAAAAAATAAA-TTGATTGATCAAAT
254 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTG-TTTATCGAAT
** * * * * * *
13392334 CGGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAATAATTATTTATTTCAA
317 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * ***
13392377 ATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATGAAATAATTGTGTTAC-A-TCACACAAGCCTATTAGGA
1 ATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-T-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAA
* * * *
13392439 AT-AAACAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATACATAT
63 ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * *
13392503 GCTTACCAAACT-AGTAT-ATATAGTTATGACTATCTAAATAATTATATATTTCAAATCATGATG
126 GTTTACTAAA-TAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
** * *
13392566 ACCTTTTGTTTTAACATAAGAA-AATTATTTATATTCATACAAGCTTATTTAGAATAACATAATA
189 ACCTTTTGTTTTGTCATAA-AACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA
* * * * * * *
13392630 CTAATCTAATAGTATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA
253 TTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATCGAA
* * * * * *
13392694 CGAA-TTCAAGTAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAA
316 -TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* ** * * * *
13392738 ATCATTATGACCTTTTG-TTTG-C--CGAACAATTGTTTCTATCCATA-TAGTCCTA-TTCAAAA
1 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTC-AAA
* * * * * * *
13392797 TAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAATGGATTTAGAAAATATATTTG
64 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTG
** * * *
13392862 TTGGCCTAACCAGTGCAA-AT-AAATAGTTATGACCATTTGACCAATTATCTATTTCAAATCATT
127 TT-TACTAA--A-T--AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * ** * * * *
13392925 ATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTTGTGCAA-ATTGATTCAAAATAACAA-
186 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTT-ATTTAGAATAA-AAT
* * * * * ***
13392988 AAT-TCTAACTTATTAATA-TTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGACTTAAAAACTGAATCAATTTAT
249 AATAT-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATTTGTTTAT
* * *
13393051 CGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAA
312 CGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** * * * *
13393099 ATCACCATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTCTTTCAATTA
1 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATA
* *
13393164 AAATAATAC-ATATTTATTAATATTCAAACAATTACTAAGCACAAGATTTAAAAAATAAATCTGT
66 AAATAATACTA-ATTTATTAATATTCAAA-AATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGT
** * * **
13393228 TTA-TCGGATAAATTCAAATATTTTATGACTATTTGAACAATTA-CATATTTCAAATTGTTATGA
128 TTACT-AAATAAGTTCAAATA-GTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGA
* * * * * *
13393291 CTTTTTGTTTTGTCATAAAACTATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATT
190 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATT
** * * * *
13393356 AATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAATAAATATATTTA-CTGAATA
255 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAATTTGTTTATC-GAATA
* ** * *
13393420 AGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA-TATTATCTATTTTAA
318 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * * *
13393461 AT--TGT-TGA-C-TTT-TTTTGTCATAAAATAATTATATC-AGTTCATATAGGCTTATTTAAAA
1 ATCAT-TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAA
* * ** *** *
13393519 T-AAATAATACTAATTTATTACTATTCAAAAAATTAATGAGTAATAG-TTCCATTCATAAAGCT-
64 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTG
** * * * * * *
13393581 TATT-CTAAATAAAAT-AATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTT-AA
127 T-TTACTAAATAAGTTCAA-AT--AGTTATGACTATTTGAACAATT-AT--CT-----ATTTCAA
** * * * ** ** * * * * * * **
13393643 AAAATAAATTA--GTTTGTTGAGGAAGTTCAAATAATT-ATGACTGTTTGA-ACAATTATTTATT
180 ATCAT-TATGACCTTTTGTTTTGTCA--TAAAACAATTGTTTA-T-ATTCATACAA--GCTTATT
** * * * * * **** * **
13393704 TCA-AATAGTTATGATTTTTTATTTTATCATAAAACAATTCTTTCTATTCATACAAGTTTATTTA
238 T-AGAATA-AAAT-A-ATATTAATTTAT--T--AATATTTC-AAAAATT-A-ATAAG--TA-AAA
* * * * * * * * *
13393768 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA-AAATT--AATAGGTAGGA-GATTT-AAAAGA
289 GATTTAAA-AATA--AATTTGTT--TA-TCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-A
* * * *
13393828 TAAATTTGTTTACCGA
347 T-TATCTATTT--CAA
* ** ** * * *
13393844 A-CAAGTTCA-AA----TAGTTACGTCCATTTGAACAA--TTATCTATTTCAAATCATTATGACC
1 ATC-A-TT-ATAACCTTTTGTTTTGT-CA-TAAAACAATTTTTTCTA-TTCATA-CA--A-G-CT
**** *** * * * * *
13393901 T-TTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGT-TT-CTATTCATGCAAAATTATTCAGAATAAAATAATA
55 TATTTCAAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTCA---AAAATTAAT-A-AGT-AAA-GAT-
* * * ** * * * * ** * *
13393962 TTGATATATTTAT-TTTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAA-AACTA-AATCTATTT--AC--TG
111 TTAAAAAATAAATCTGTTT---ACTAAAT-A-AG-TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATT
* * * * *** *
13394020 ATAC-AGTTCAAAT-AGTTATGA-GTATTTAAACAATTATCTCTC-TCAAATTGTTATGATCTTT
169 AT-CTATTTCAAATCA-TTATGACCT-TTT-----GTT-T-TGTCAT-AAA--ACAAT--TGTTT
* * * ** * * ** *
13394081 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTT-TCATACAAGCTTAT-TTGGAATAAAATAATACTAATT
219 A-TAT-TCAT---ACAA--GCTTATTTAGAATA-AA-ATAATATT--AATTTATTAATA-T--TT
* * * * * *
13394144 TAATAATATTCAAAAAATTAGTAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATGTGTTTACCAAATCAG-TC
270 CAA-AA-ATT------A--A-TAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAATAAGTTC
* * *
13394208 TAAATAGTTAAGACTATTAGAACAACTAT-TCATTTCAA
323 -AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAA
** * ** ** * * * * * *
13394246 ATTGTTCT-GGCAATTGCTTTGGTCATAAAATAATTATTT-TAGTTCATACAAGCCTA-ATAAGA
1 ATCATTATAACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCA-A
* * * * *
13394308 ATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATGAGCAACAGA-TTAGAAAAATAAATT
63 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTA-AAAAATAAATC
* * *
13394372 TTTTTA-TCGAATAAGTTCAAATAG-AATTGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTA
125 TGTTTACT-AAATAAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTA
* * * * *
13394434 TGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATAAAAAACTTA-TTCGAAATAAAAT
187 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATA-TTCAT-ACAAGCTTATTTAG-AATAAAAT
* * * * *
13394497 AATACTAGTTTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGCAAGAA-ATTTAAAAACTAAAGTTGTTT-
249 AATATTA-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAA-TAAATTTGTTTA
* * * * * * * *
13394560 TCTAA-ACTATTTCAAATAATTATTAATATTTGAACAACTATCAATATCAA
311 TCGAATA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** * * * * **
13394610 ATTGTTATGATC-TTTGTTCTCTCATAAAACAATTGTTTT-TGA-TCATACAAGCTTA-TTCGTA
1 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCAAA
* *
13394671 TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATGTG
64 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
* ** * * * * ** *
13394733 TTTACGGAACCAA-CTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGAC
127 TTTAC-TAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
** * * * * * *
13394797 CTTTTGTTTCATTATATAATAATTGTTTCAT-TTCATACAAGCTTAGTCAG-ATAAAATAATACT
191 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATT
* ** * ** * * *
13394860 AATTTATTAACATTAAAAAAAATTAATAAGCATTAGATTTGAAAATATATATCTGTTTATCAAAT
255 AATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAA-ATAAATTTGTTTATCGAAT
* *
13394925 AAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATTTAAA
317 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * *
13394967 ATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTA-TCCAAAA
1 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAA
* * *
13395030 TAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGT-AATTTA
64 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCT-
* * * * * *
13395094 GTTTAC-ATAATCAGTTCAGATAATTATG-GTCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATT
126 GTTTACTA-AATAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * *
13395157 AGCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAAT
189 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAT-ATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAAT
** * * * * * *
13395220 ACAAATTTGTTAATATTTCAAGAATTAAT-A--AAGAGATATAAAAATAAATTGGTTTA-CTAA-
252 ATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAAT
* * *
13395280 ACTAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATTTGTTTCAA
317 A--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** * * * * *
13395325 ATTGTTATAACCATTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAAA-
1 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-CAAAT
* * * **
13395389 AAAATAATGCTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCAT
65 AAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGT
* ** * * * * * * * ** *
13395454 TTGGC-ATACCAA-TTCAAACAATCAAGTCTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAA
128 TT-ACTA-AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* ** * * * * *
13395517 CTTTTGTTTTGTCA-AAAACAATTATTTCA-GCTCATGCAAGCTTATTCA-AAAAAGAATAAAAC
191 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATATTCATACAAGCTTATTTAGAATAA-AATAATAT
* * * *
13395579 TAATTTATTAATATTTCAAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAATTCTATTTACCAAA
254 TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATA-AATT-TGTTTATCGAA
*** * *
13395642 CCGGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
316 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * *
13395686 ATCATGATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-T-GTCAGTATAAG-TT-TGTTCAA
1 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCA-TACAAGCTTAT-TTC-A
** * * *
13395747 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGGAAAATTAATCAA-TAAGAAATTTAAAAAGTTAAT
62 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAAT-AAGTAA-AGATTTAAAAAATAAAT
** * * ** * * * * * *
13395811 CTACTTACCAGACCATTTTAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATA
124 CTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * ** *
13395876 ACATTTTATTTTGTTATCAAAA-AATTGGTCT-TGTTCATACTATTTTATTCA-AAT-AAATAAT
189 ACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATT-GTTTATATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT
* * * * * ** * * * * * *
13395937 ACTATTTTAATAATATTCCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAA-TCGAATT-GCCA
252 ATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAATAAATTTG-TTTATCGA
* ** *
13396000 A-ACAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATGATAATCTATTTCAA
315 ATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** * ** * * * ** *
13396045 ATTGTTATGACCTTTTCCTTTGTCATAAAACAATTGCTTT-T-TTCGTACAAGCGTATTTGGATT
1 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAAT
* * * *
13396108 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAATTTAATAAGTAAGAGATTT--AAAATAAATTTAT
65 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * *
13396171 TTACCAAAT-CGTAT-AAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATGTT-AAATCGTTATGAC
128 TTACTAAATAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGAC
* * * * * * * * *
13396233 CTTCT-CTTAGTTATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAACTTATTCA-AAAAAAATTTATAC
191 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA-TAATAT
* * * *
13396295 TAATTTATTAACATGT-AGAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CAGAA
254 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATC-GAA
* * * * * * *
13396357 CAATTTGAAATAGTTATTATTATTTGGA-AATTGTCTATTTCAA
316 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * ** * * * ** ** *
13396400 ATCATTGTAACCGTTTAATTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATACAAGATTAGATGGAAC
1 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAAT
* * *** * * * *
13396464 AAAATAATATTAATTTGTTAATATTTCCTGAATTAGTAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCAGT
65 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * * * * *
13396529 TT-TTCGAATCAA-TTAAAATAAG-TACGGCCATTT-AACGATTATATATTTTAAATCGTTATGA
128 TTACT-AAAT-AAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * * *
13396590 TCTTTTGTTTTATCATAAAAAAAATTGTTTTTGA-TCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATA
190 CCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTAT-ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA
* * ** * *
13396654 CTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGTAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAAC
253 TTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATCGAAT
* * * *
13396719 CAGTTCAAATAGCTATAACTATTTG---AATAAT-TA--TCAA
317 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** * * * * * **
13396756 ATTGTTAAAATC-TTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTC-A-T-AGA-AA-CTTA-TTCACTTA
1 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATA
* * * * * *
13396814 AAATAATACT-A---ATT-A-A-T-----A--AGTAAG-ATA-A-TTAAAATATAAATGTATTTG
66 AAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * ** * * * * * *
13396862 CAAAATCAGTTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTGAAATCGTTATAATCTTTT
131 CTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * * * * *
13396927 ATTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATA-TCTTTCAAGCTTATTCA-AAAAAAATAATCA-AAATA
196 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT-ATTAATT
* * * * * * * * *
13396989 TACTAACA-TTCAAAAAATTAAT-ATTCAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACACG
259 TATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT-AAAAGATTT--AAAAATAAATTTGTTTATCGAATAAG
* *
13397052 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTT-AA
320 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** * * ** * * * * *
13397091 GATTGTTATGACCTTTTATTTTAACATAAAATAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTA-TCCAAAT
1 -ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAAT
* * ** * *
13397155 AAAATAATACTAATTTCTTAATGTTTTGAAAATTAATAAG-CAAGAATTTTAAAAAATAAATTTG
65 AAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAAG-A-TTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * **
13397219 TCTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTA--TCAACATTGTTATGAC
127 TTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA-ATCATTATGAC
* ** * * *
13397282 ATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTA-AGTTTATA-AGAGTTTATTT-GAAATAAAAGAATA
191 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATA-TTCATACA-AGCTTATTTAG-AATAAAATAATA
* * *
13397344 ATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAGTGAATTCGTTTA-CTGA
253 TTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAA-TAAATTTGTTTATC-GA
* * * *
13397407 ATCAA-TTCAAATAATTATGGCGATTTCAACAATTATCTATTTCAA
315 AT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** * * * * * * * * **
13397452 ATTGTTATTACCTTTTGTTTGGTTATATAACAACTGTTTATAATCATACAAATTTATTT-AGAAT
1 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AAT
* * * *
13397516 AAAATAATACTAGTTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATCTAAAAAATAAATATGT
65 AAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGT
** * * * * * *
13397581 TTACTAGACCAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATCGTTATAACC
128 TTACTA-AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * ** * * * **
13397645 TTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTTGTAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAA
192 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAA
* * * * * * * * **
13397710 TCTAATAA-AATCCATAAAATTAATAACTAAGAGATTTCAAAAATAAATTTATTT-GCTGAACCA
257 TTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATC-GAATAA
* * * * *
13397773 GTTCAAATAATTAAGACTGTATGAACAATTATCTATTTAAA
319 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* ** * * * *
13397814 ATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAAATTTTCAATTTATACTAGCTTATTAT-GAAT
1 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TCAAAT
* * * * * * * *
13397878 AAAATAA-AATGAATTTACTAATATTTTAAATATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAATTTTA
65 AAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTG
* *
13397942 TTTACCTAACT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
127 TTTA-CTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * * *
13398006 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTCG-TT-TCTTCTTATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATAA
191 CTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATT-GTTTATATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAT
* * * * *
13398069 TAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--AAGACA-TAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAAAC
254 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAATA-
* * * *
13398130 AATTTAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTACTTT-AA
318 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAA
* * * * * ** * * *
13398172 ATCATTATGA-CTTTT-TATTCTAATACAAATAATAGTTT-TGTTCACACAAGCTTA-TTCAGAT
1 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AA
** * *
13398233 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAGCAATTAATAAGTAAAAACTTTTAAAAAATAAATAT
64 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAGA--TTTAAAAAATAAATCT
* * * * * **
13398298 GTTTA-TCAAACT-AGATCAAATAGTCATGACAATTTGAA-AATTTGTTTATTTCAAATTGTTAT
126 GTTTACT-AAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * *
13398360 GACCTTTTGTTTTG-CTATAAATACTA-T-TTCA-GTTCATATAAGCTTA-TTCGAAATAAAATA
188 GACCTTTTGTTTTGTC-ATAAA-ACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATA
* * * * * * * *
13398420 ATACTAAGTTATTAATATTCCCAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTATTTATCG
250 ATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATCG
* * * * * * *
13398485 AACAAGTTTAAATAATTATGAC-ATTTGGATAATTTTCTATTTGAA
314 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
*** * ** * * *
13398530 ATTGCTATAACCATTTGTTTTGTCATAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTCTTTCGAATA
1 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATA
* * *
13398595 AAATAATACAAATTTATTAAT-TT-AAGATAATTAATATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTAT
66 AAATAATACTAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* ** * * * *
13398658 TTGCCGAACAAGTTCAAATCA-TTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACTTC-TTATGAC
128 TTACTAAATAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA-ATCATTATGAC
* * * * * *
13398721 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTCTTTCTATTCATACAAGCTTATTCATATTAAAATAATATTA
191 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTA
13398786 ATTTATTAA
256 ATTTATTAA
13398795 CATGAACAAT
Statistics
Matches: 8382, Mismatches: 1986, Indels: 1373
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
328 5 0.00
329 39 0.00
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* * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * **
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* * * * **
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* * * * *
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* ** * * * * * * *
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* * * *
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* * *** * * *
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* *
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* * * *
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** * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * **
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* * * ** *
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* * * ** * * * * *
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* *
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* ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
13389409 TTATTAATAGTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAGTTAGTTTATCGAATC-GAT
190 TTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-CAAAT
* * * ** * *
13389473 TAAAATAATTAAGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGA-ATTTTTGTCTTGTCA
252 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACA-TTTTGTTTTGTCA
* * * * * ** *
13389537 AAAAACAATTATTTTTCA-TCTTACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTATTTTATTAATATT
316 TAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
13389601 TCAAAAATTAATAAGTAGTAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTAC--CA-AA---C---CAGTTC
380 TTAAAAATTAATAAGTA-AAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTA
* ** * * * * *
13389656 T---TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGT
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* * * * *
13389718 TTC-AGCTCATATATGCTTACTCAAAACAAAA
508 TTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * ** * * **
13389749 TAATATTAATTTAATATTATTTTGAAAAA-TGCTAACTAAGAGATTTAAAAAAAAAT-TGTTTAT
1 -AATACTAATTT-AT-TAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCAATTTAT
* * * * * * * ** * * *
13389812 CCAA-GTAGTTCAAATAATTAAGACTATATAAACAATTATGTATTTCAAATTGTTATAACCATTT
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* ** * * *
13389876 G-TTTCTCATAAAGCAATTGTTT-TAGTTCACACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
128 GTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * *
13389939 AGTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTATCAAATC-AGTTC
192 ATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-CAAATTC
* * ** * * ** * * * *
13390003 AAATAATTATGGCCACATCAACAATTTTCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTG-ATTGTCATAT
254 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
* ** ** * * * * *
13390067 AACAATTGTTTTTAAACATGTAGGCTTATTTACAATAAAATAATACTATTTTATTAATCTTTCAA
319 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA
* * * ** ** * * *
13390132 AAATTAATAAGT-AAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTCACCAAACCAGTTTAAATAATTATGATT
384 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACT
* ** * * * * * * * *
13390195 ATTTGAATAATTGTAAACTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTG
449 ATTTGAAT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* *
13390260 TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAA
513 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * ** *
13390286 TAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAAGAGAATTAAAATACAAATTTATTTG
1 -AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAA-ATAAATCAATTTA
** * * * * * * *
13390350 TTGAAC-TAGTTC-AATATTTAAGACTATATGAATAATTATCTAATTAAAATCATTATGACCTTT
62 TCCAACATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATCATGACC-TT
* * * * * * * *
13390413 TTATTTTGTCACAAAATAAGTTTTTTTTTAATTCATACTAGATTATTT-AGAACAAAATAA-AAT
126 TTGTTTTGTCATAAAATAA--TTATTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACT
* *
13390476 GAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-AGTTTAAAAAAATAATTTTGTTTATCTAAC
187 -AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAGA-TTT-AAAAAATAAATTTGTTTATCGAAC
* * * * * *
13390540 CAGTTCAAATAATTGTGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATC-TCTAGTTTT
248 AAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CATTTTGTTTT
* * * * * * * ** *
13390604 GTCTTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAGTAATACTAATTTATTAAT
312 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * *
13390669 ATTTCAAAAA-T--TAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAA-ACTAGTTCAAATA
377 ATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAATA--AGTTCAAATA
* * * * * *
13390728 GTTATAACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTCTGTTATAAAACAA
440 GTTATGACTATTTGAAT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * *
13390793 TT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAA
504 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * *
13390827 TAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAAT-ATGTTTA
1 -AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAATCA-ATTTA
* * * * * * *
13390891 T-CAA-ATTAGATCAAATAATCATAACT-TTTAGAATAATTATATATTTCAAATCCTTAAGACCT
62 TCCAACA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAATAATTATATATTTCAAATCATCATGACCT
* * * * *
13390953 TTTGTTTTGTCATAAAAGAATTATATCAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
125 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAAT
* * *
13391018 TTATTAATCATCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACAAG
190 TTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGT-AA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAACAAA
* * * * * * *
13391081 TTTAAATAATTATGACTTTTTGAACAATTATCTCTTTGAAATTGCTATAACATTTTGTATTGTCA
251 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
13391146 TAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTCAAACAAAATAAT-TTAAGTTTATTAATGTT
316 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATT
* **
13391210 CTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATACT-TTTTTTGAATATA-TTCAAATAGTT
380 TTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA-TATTTACTGAATA-AGTTCAAATAGTT
* * * * ** * ** *
13391272 GA-GACTATTTAAACAATTATTTCTTTCAAATTGTTATAACCACTTGTTTTGTCATAAAACATTT
443 -ATGACTATTTGAA-TATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
*
13391336 GTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA
506 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * **
13391369 TAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAAATAAATCTGTTTA-
1 -AATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAATAAATCAATTTAT
* * * * *
13391433 CCAAGCGAT--TGCAAAGAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATCATGATCTT
63 CCAA-C-ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATCATGACCTT
* * ** * ** *
13391496 TTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTTGTACAAGTTTATTAGAAATAAAATAATATTAATT
126 TTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATT
* * ** * * * *
13391561 TATTAAAATTCTAAAAATTAATCAGTTGGAGATTTGAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTT
191 TATTAATATTC-AAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAATTC
* * * * * * *
13391626 AACTAGTCATAT-CCT-TTTAAACCATTATGTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCAT
254 AAATAAT--TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCAT
* * ** * *
13391689 AAAACAATTGTTTTTATTCACACAAAATTATTTAAAATAAAATAACACTAATTTTTTAATATTTT
317 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
* * * * * *
13391754 -AAAATTACTAAG----AGATTTAAAAACTAAATCTATTTACCGAGCT-AGTTTAAATAGTTATG
382 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGA-ATAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
13391813 ACTATTTGAACAATTATCTATCTGAAATCATTATGATC-TTCGTTTTGTCACAAAACAATTGTTT
446 ACTATTTGAA-TATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* *
13391877 CTATTCATACAAGCTTATTTAAAGTAAAA
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* ** **
13391906 TATTGGTAAACTAGTT-ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT--ATGTT
1 -AATACTAATTTA-TTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCAAT-TT
* * * * *
13391968 -TGCCAA-ATTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTC-GGAC
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*
13392030 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT-TAGTTCACT-CATGCTTA-TTCAAAATAAAATAATA
123 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA-TTCA-TACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA
* * * * ** * *
13392092 CTATTTTAGTCATATTCAGAAAATTAATAAG--AA-ATTTTAAAAATAAACCTGTTTA-CCAAAA
185 CTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACA
* * * * * * *
13392153 AAGTTCAAATAGTT-TAGACTATTTGAACAATTACCTACTTAAAATCGTTATGACCTTTTATTTT
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* * * * * *
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* * * ** * * **
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375 ATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT-ATTTACT-GAATAAGTTCAAA
* * * * * * * *
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438 TAGTTATGACTATTTGAAT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * *
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502 AATTGT-TT-CTATTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAA
* *
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1 AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCA-AT--TTA
* * * *
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* * * * *
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188 ATTTATTAATATTCA--AAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAA
* * * * * * ** *
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250 ATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTC
** * * * * * *
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315 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * * ** ** *
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* *
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439 AGTTATGACTATTTGA--ATATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
** * *
13392950 AATTGTTTCTATTTGTGCAA-ATTGATTCAAAATAACAA
502 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCAAAATAA-AA
* * * * * *
13392988 AATTCTAACTTATTAATATTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGACTTAAAAACTGAATCAATTTATCG
1 AATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCAATTTATCC
* ** * *
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65 AACATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATCATGACCTTTTGT
* * * *
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* * * * *
13393181 TAATATTCAAACAATTACTAAGCACAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGGATAAATTCAAA
194 TAATATTCAAA-AATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAATTCAAA
* *
13393246 TATTTTATGACTATTTGAACAATTA-CATATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAA
257 TA-ATTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
* * * ** * * * *
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320 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA
** * **
13393375 AATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAATAAATATATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTCAAAACTA
385 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * *
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450 TTTGAATATTATCTATTTCAAATCAT-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-
* * * *
13393498 TTCATATAGGCTTATTTAAAATAAAT
513 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * *** * *
13393524 AATACTAATTTATTACTATTCAAAAAATTAATGAGTAATAG-TTCCATTCATAAAGCTTATTCTA
1 AATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAATAAATC-AATT-TA
*** * * * * * * **
13393588 AATAAAATAATAT-AAAT--TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAAATA
62 TCCAACATAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-AT-A-T-----ATTTCAAATCAT-
* * * ** ** * ** * * **
13393649 AATTA--GTTTGTTGAGGAAGTTCAAATAATTATGACTGTTTGA-ACAATTATTTATTTCAAATA
117 CATGACCTTTTGTTTTGTCA--TAAAATAATTATTTCT-ATTCATACAA--GCTTATTTCAAATA
** * ** * * **** * * *
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177 -AAAT-A-ATACTAATTTAT--T--AA-TATTC-AAAAATT-A-ATAAG--TA--AAGATTTAAA
* * ** * * * * *
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227 A-AATA--AATTTGTT--TA-TCGAACAAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACA-AT-TATCT
* * * ** ** * *
13393835 GTTTACCGAACA-AGTTCA--A-A--TAGTTACGTCCATTTGAACAA-T-TATCTATTTCAAATC
284 ATTT--C-AA-ATTGTT-ATGACATTTTGTTTTGT-CA-TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-C
* *** * * * * *
13393892 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATGCAAAATTATTCAGAATAAA
340 A--A-G--C--TT-ATTTAAAATAAAATAA----TACTAATTTAT-TAATATT-TT---AA-AAA
* * *** * * ** * ** *
13393956 ATAATATTGATATATTTATTTTTTGAAAATTAAT-AAGAGATTTA-AAAACTAA-ATCTATTTAC
387 TTAATA-AG-TA-A---AAGATTT-AAAA--AATAAATATATTTACTGAA-TAAGTTC-AAATAG
* ** * *
13394018 TGAT-AC-AGTTCAAATAGTTATGAGTATTTAAACAATTATCTCTCTCAAATTGTTATGATC-TT
441 TTATGACTA-TTTGAATA-TTAT--CTATTT---CAA--A------TC--A---TTATGACCTTT
* * ***
13394080 TATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
486 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * ***
13394133 TAATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAGTAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATGTGTTTA-
1 -AATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAATCAATTTAT
* * * * ** *
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63 CCAACAT-AGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATAT-ATTTCAAA-TCATCATGACC
** * * * *
13394257 AATTGCTTTGGTCATAAAATAATTATTT-TAGTTCATACAAGCCTA-ATAAGAATAAAATAATAC
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* * * * * *
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186 TAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTA-AAAAATAAATTTGTTTATCGAAC
* * **
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* * * ** *
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311 TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAT-ACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTA-ATTTAT
* * * * * * * *
13394511 TAATATTTCAAAAACTAATAAGCAAGAA-ATTTAAAAACTAAAGT-TGTTTTCTAAACT-ATTTC
373 TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAA-TATATTTACTGAA-TAAGTTC
* * * * * * * ** * * *
13394573 AAATAATTATTAATATTTGAACAACTATCAATATCAAATTGTTATGATC-TTTGTTCTCTCATAA
435 AAATAGTTATGACTATTTGAA-TATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * *
13394637 AACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCGTATAA-AAAT
499 AACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC--AAAATAAAA
* ***
13394678 AATACTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTA-C
1 AATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCAATTTATC
* * * * * ** **
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64 -CAA-CATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATCATGACCTTT
** * * * * *
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127 TGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * * * *
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191 TATTAATATT--CAAAAATTAATAAGTA-AAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAAT
* * **
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252 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCA
* * ** *
13394992 TAAAATAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATT
316 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * *
13395056 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGT-AATTTAGTTTACAT-AATCAGTTCAGATAATT
380 TTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATA-TTTAC-TGAATAAGTTCAAATAGTT
* * * * * *
13395119 ATG-GTCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATTAGCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATT
443 ATGACT-ATTTGAA-TATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * **
13395183 GTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
506 GTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * ***
13395216 TAATACAAATTTGTTAATATTTCAAGAATTAAT-A--AAGAGATATAAAAATAAATTGGTTTA-C
1 -AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCAATTTATC
* * * * * ** * * *
13395277 TAA-ACTAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATTTGTTTCAAATTGTTATAACCATTT
64 CAACA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATCATGACCTTTT
* * * * * *
13395341 GTTCTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAAA-AAAATAATGCTAATTT
128 GTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTT-CAAATAAAATAATACTAATTT
* * *** ** *
13395405 AGTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGGC-ATACCAATTC
192 ATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGA-ACAAATTC
* * * * * *
13395469 AAACAATCAAGTCTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-ACTTTTGTTTTGTCA-A
254 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACA-TTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
13395532 AAACAATTATTTC-AGCTCATGCAAGCTTATTCAAAA-AAGAATAAAACTAATTTATTAATATTT
318 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAA-AATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * ** *** *
13395595 CAAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCAAACCGGTTCAAATAATTAT
381 -TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
13395659 AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATGATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
445 GACTATTTGAA-TATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * *
13395724 T-T-TGTCAGTATAAGTTTGTTCAAAATAAAA
509 TCTAT-TCA-TACAAGCTTATTCAAAATAAAA
** * * * *
13395754 TAATACTAATTTATTAATATTTGGAAAATTAATCAA-TAAGAAATTTAAAAAGTTAATCTACTTA
1 -AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCAATTTA
* * * * * *
13395818 -CCAGACCAT--TTTAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAACAT
62 TCCA-A-CATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATCATGACCT
* * ** * * **
13395880 TTTATTTTGTTATCAAAA-AATT-GGTCTTGTTCATACTATTTTA-TTCAAAT-AAATAATACTA
125 TTTGTTTTGTCAT-AAAATAATTATTTC-TATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTA
* * * ** * * * * ** *
13395941 TTTTAATAATATTCCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAA-TCGAATTGCCAAAC-A
188 ATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTG-TTTATCGAACAA
* * * ** * * **
13396004 GTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATGATAATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCCTTTGTC
250 ATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTC
* * ** * *
13396069 ATAAAACAATTGCTTT-T-TTCGTACAAGCGTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATAT
315 ATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * ** * *
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379 TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAATAAGT-TCAAATAGTT
* * * * * * *
13396193 AAGACTATTAGAATAATTATCTATGTT-AAATCGTTATGACCTTCT-CTTAGTTATAAAACAATT
443 ATGACTATTTGAAT-ATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
*
13396256 GTTT-TAGTTCATACAAACTTATTCAAAA-AAAA
506 GTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * *
13396288 TTTATACTAATTTATTAACATGT-AGAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTT
1 --AATACTAATTTATTAATAT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCA-ATTT
* * * * * * * * ** * *
13396351 A-CAGAACA-ATTTGAAATAGTTATTATTATTTGGA-AATTGTCTATTTCAAATCATTGTAACCG
61 ATC-CAACATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATCATGACCT
** * * * * ** ** * *
13396413 TTTAATTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATACAAGATTAGATGGAACAAAATAATATTAA
125 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAA
* *** * * * ** *
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189 TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-CAAA
* * * * * * * * * *
13396541 TTAAAATAAGTACGGCCATTT-AACGATTATATATTTTAAATCGTTATGATC-TTTTGTTTTATC
251 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CATTTTGTTTTGTC
* * * * *
13396604 ATAAAAAAAATTGTTTTTGA-TCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
315 AT-AAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* ** * * *
13396668 TTTCAAAAATTAATAAGTAGTAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCAA-ACCAGTTCAAATAG
378 TTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAATA--AGTTCAAATAG
* * ** ** * *
13396731 CTATAACTATTTGAATA--AT-TA--TCAAATTGTTAAAATC-TTTGTTTTGTCATAAAGCAATT
441 TTATGACTATTTGAATATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * *
13396790 ATTTC-A-T-AGA-AA-CTTATTC--ACT----
506 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * ** *
13396812 --TA--AA---A-TAATA--C--TAATTAATAAGTAAGATAATTAAAATATAAATGTA-TT-TGC
1 AATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-ATAAATCAATTTATCC
* * ** * * * * * * * *
13396863 AAAATCAGTTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTGAAATCGTTATAATCTTTTA
65 AACAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATCATGACCTTTTG
* * * * * * * *
13396928 TTTAGTCATAAAATATTTGTTTC-ATATCTTTCAAGCTTA-TTCAAAAAAAATAAT-CAAAATAT
129 TTTTGTCATAAAATAATTATTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC-TAATTT
* * * * * * * **
13396990 ACTAACATTCAAAAAATTAAT-ATTCAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACACGTT
192 ATTAATATTC-AAAAATTAATAAGT--AAAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAATT
* * * * * **
13397054 CAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTT-AAGATTGTTATGACCTTTTATTTTAACAT
253 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA-ATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCAT
* * * ** * *
13397118 AAAATAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTA-TCCAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATGTTTT
317 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
* * * * * * * *
13397182 GAAAATTAATAAGCAAGAA-TTTTAAAAAATAAATTTGTCTACTGAACAAATTCAAATAGTTATG
382 AAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATG
* * ** * **
13397246 ACTATTTGAACAATTGTCTA--TCAACATTGTTATGACATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTT
446 ACTATTTGAA-TATTATCTATTTCAA-ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * **
13397309 T-AAGTTTATA-AGAGTTTATTTGAAATAAAA
509 TCTA-TTCATACA-AGCTTATTCAAAATAAAA
* * * *
13397339 GAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAGTGAATTC-GTTTA
1 -AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-T-AAATCAATTTA
* * * * * * * ** * *
13397403 -CTGAATCA-A-TTCAAATAATTATGGCGATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCT
62 TC-CAA-CATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATCATGACCT
* * * * * * * * ** *
13397465 TTTGTTTGGTTATATAACAACTGTTTATAATCATACAAATTTATTT-AGAATAAAATAATACTAG
125 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAA
* * * * *
13397529 TTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATCTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAGACCAA
189 TTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGA-ACAAA
* * * * * * * * * *
13397593 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTATCA
251 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCA
* * ** * * * * * * *
13397658 TAAAATAATTATTTCTATTTGTAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATCTAATAA-AATC
316 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * ** * *
13397722 CATAAAATTAATAACTAAGAGATTTCAAAAATAAATTTATTTGCTGAACCAGTTCAAATAATTAA
381 TA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
13397787 GACTGTATGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAAAT-T
445 GACTATTTGAA-TATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGT
* * * *
13397851 TTCAATTTATACTAGCTTATT-ATGAATAAAA
508 TTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAA
* * * * * * **
13397882 TAA-AATGAATTTACTAATATTTTAAATATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAATTTTATTTA
1 -AATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCAATTTA
* * * *
13397946 -CCTAAC-TAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
62 TCC-AACATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATCATGACCTT
* * * * *
13398009 TTGTTTTGTCATAAAACAAATTCGTTTC--TTCTTATAAG-TT-TGTTCAAAATAAAATAATAAT
126 TTGTTTTGTCATAAAA-TAATT-ATTTCTATTCATACAAGCTTAT-TTC-AAATAAAATAATACT
* ** *
13398070 AATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AAAGACATAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAAACA
187 AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACA-A
* * * * ** * *
13398131 ATTTAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTACTTT-AAATCATTATGAC-TTTT-TATTCT
250 ATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGT
* * * * * * * *
13398193 AATACAAATAATAGTTT-TGTTCACACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATA
314 CATA-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* ** * * *
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378 TTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGA--TTTAAAAAATAAATATATTTACTGAATA--AGTTCAAAT
* * * * * **
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439 AGTTATGACTATTTGAATA-TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAA-A
* * *
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* * * * **
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * ** *
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* * * * * *
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* * * * *
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ACATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATCATGACCTTTTGTT
TTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
ATATTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAATTCAAATAAT
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* * *
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64 AATAGTTCCA
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65 A
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*
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* * * *
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* *
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* * ** * * ** *
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* *
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66 CCAAATCGTATAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATAATCTATGTTAAATCGTTATGACCTTCTC
*
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TTAGTCATAAAACAATTGTTTTTTCGTACAAGCGTATTTGGATTA
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13398684 ACTATTTGAG
* * * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATGAA
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** *
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* ** * * * * ** *
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* *
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* *
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* ** * * * **
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* **
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* * * * *
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65 AAGTACAAATAGTTACAACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATAATAACATTTTAATTTG
* ** * ** *
13400068 TGACAAAAAAATTTGTTTCGGTTCATA-AATGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAA
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* * * * * *
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193 TATTTCCAAAA-TTAATAAGTAAGGAATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCAAATC-AATTAAAA
*
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CACAAAAAAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTAGACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
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CGATCAAATGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTCAAATTATTTTTTATCATAATTA
TGCCCA
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13399931 ATTATGCCCA
* * * * * * * * * *
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* * * * *
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** *
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* * *
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**
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* *
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* *
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* * * * * * * * * *
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* * ** * *
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* * *
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ATTCAAATAGTTACGACTATTTGAACAATTATTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTAGTCA
TAAAACAATTGTTTCAATCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACT
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * **
13401380 CTGAACAAGTTCAATTTGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGT
128 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * * *
13401434 TATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACATGCTTATTCGTATTAAATTA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* ** *
13401499 ATATTAATTTATTAATATTTGGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TC
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* * * * ** *
13401563 AAACAAGTTC-AATAATCATGAC---TT----AATTATCTTTTTGGAATCAA
130 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * *
13401607 TATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAAT
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * *
13401671 AATACTAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAA-AGAGTAAAAGAATTAAAAAAATAAATTTGTTTG
65 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATATGTTTA
** * * *
13401735 CTGAACAAAATCGAATAGTTATGATTATTT-AA-AATATATCTATTTCAAAACAT
128 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT-TATCTATTTCAAATCAT
* * * *
13401788 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTGATGCAAGCTTTTTTTG-AATAAAAT
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC-TTATTTGAAATAAAAT
* * * * * *
13401852 AATA-TAAATTTATTAATA-TTCCAAAATTGATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATTAATCTATTTTC
65 AATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* *
13401914 TGAACACA-TTCAAATAGTTATGATTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCAT
129 TGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
13401967 TATGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATT-TGTTCTATTCAAAGAAGCTTATTTGGAATAAAAT
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * *
13402031 AATATTAATTTTTTAATA-TTAAAAAATTAATAAGTAAATA-ATTAAAAAAATAAATATGTTTAG
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* ** * * *
13402094 TGAGCAAGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATTTATTTC-AAGCTGT
129 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-AT
* * * * *
13402147 TATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATGCATAAAAGTTTATTTGAAATAAAATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* ** * * *
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* * * * * *
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* * * **
13402328 T-TGACATTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTT-AGAAT-AAAT
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAAT
** * * * * *
13402390 AATAC-AATTTATTGCTATTTCAAAAATTAATAAG----ACATTTAAAAACTAAATCTCTTTACC
65 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT
* * ** * *
13402450 GAAGC-GGTTCAAACAGTTAAAACTA-ATGAACTATTATGC-ATTTCAAATCAT
130 GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAATCAT
* * * * *
13402501 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT-TAGTTCATACAATCTTATTCGAATTAAAAT
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * * * * *
13402565 AATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAATGACTTAAAAAGTGAATCTATTTACC
65 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT
* * * * * * * * *
13402630 GAATAATTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTTAAAACTT
130 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * ** *
13402682 TATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTTTTGGTCATTCAAGCTTATTTGAAATAAAATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * *
13402747 ATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAA-AACGTAAGATATTTTTAAAAATAAATTTGTTTAC
66 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * * * * **
13402811 TAAACTAA-TTCAAATAGCTATGACTGTATGAATAATAGAACAATTGTATACTTCAAATTGT
129 TGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGAC--TAT---T--T-GAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
13402872 TATAACCTTTTGTTTTATTATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* ** * ** * * * * **
13402937 ATGCTAAACTAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAAAGAATT-AAAATTAAATTTGTTTGTTG
66 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTG
* * * * * *
13403001 AACCAGTTTAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATGTATTTCAAA--AT
131 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
13403050 GTCATGACCTTTTTATTTTGTCATATAACAATT-TTTCAATTCATACTAGCTTA-TTCAGAATAA
1 -T-ATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAA
* * *** * * *
13403113 AATAA-AATGAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGCTATTTCAAAAATAATTTTGTT
62 AATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT
** *
13403177 TACCAAACCAGTTCAAAT
126 TACTGAACAAGTTCAAAT
13403195 CATTATAATT
Statistics
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Consensus pattern (181 bp):
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13401067 TTTAAATTTC
* * *
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1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAT-TTTCTATTGATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATAAT
* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
13401269 TGACATAAA-ATAAATTTTCTATACAAACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAA
191 TGTCATAAACA-AATTTTTCTATTCAAACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
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*
13401397 GTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAA
318 GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC-TTTTGTTTTATCATAAAACAA
* * * * * * * * * *
13401462 TTGTTTTTGTTCATACATGCTTATTCGTATTAAATTAATATTAATTTATTAATATTTGGATAATT
382 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTT-GAAAATT
* **
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446 AATAAGTAAAAGATTTAAAAATTAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAATCATGACTTAATT
* * * **
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511 ATCTTTTT-GAATCAATATGACATTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAAAT
*
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* * * * * * ** * * *
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13401786 AT
703 AT
* * *
13401788 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTGATGCAAGCTTTTTTTGAA-TAAAAT
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATT--TTCTATTGATACAAGC-TTATTCGAAGTAAAAT
* * *
13401852 AATATAAATTTATTAATATTCCAAAATTGATAAGTAAAAATTTAAAAAATTAATCTATTTTCTGA
62 AATATAAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATGAATCTATTTACTGA
* * *
13401917 ACACA-TTCAAATAGTTATGATTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTT
127 ACA-AGTTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC-TTTGTT
* * * *
13401981 TTGTCATAAACCAATTTGTTCTATTCAAAGAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTTTTA
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* * *
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254 ATATTAAAAAATTAATAAGTAAATAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAG
** **
13402111 TTAAAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAGCTGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
319 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
* * * *
13402176 TGTTTCTATGCATAAAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTCTAAAAATTA
383 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATT-TGAAAATTA
** * * *
13402241 ATAAGTTGAAGATTTAAAAATTTAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGA
447 ATAAGTAAAAGATTTAAAAATTAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAATCATG---ACTT--
*
13402306 ACTATTATCTATTTT-ACATC-ATTTGACATTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA
507 A--ATTATCT-TTTTGA-ATCAATATGACATTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTC-AGTTCA
* **
13402368 TACAAAATTATTTAGAAT-AAATAATAC-AATTTATTGCTATTTCAAAAATT-A-A-T-AAGACA
567 TACAAAATTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAGTAAAGA-A
* * *** *
13402427 TTTAAAAACTAAATCTCTTTACCGAAGC-GGTTCAAACAGTTAAAACTAATG-AACTATTATGC-
631 TTAAAAAAATAAATCTCTTTACCGAA-CAAAATCAAACAGTTAAAACTAATGAAAATA-TAT-CT
*
13402489 ATTTCAAATCAT
693 ATTTCAAAACAT
* * * *
13402501 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAATCTTATTCGAATTAAAATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATT-TTCTA-TTGATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATA
* * * * *
13402566 ATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAATGACTTAAAAAGTGAATCTATTTACCG
63 ATATAAATTTATTAATATTCC-AAAATTAATAAGTAAA-AATTTAAAAAATGAATCTATTTACTG
* * * * * * * *
13402631 AATAATTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTTAAAACTTTATTACCTTTTGTT
126 AACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC-TTTGTT
* ** ** *
13402696 TGGTCATATAACAAATGTTTT-TGGTCATTCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
190 TTGTCATA-AACAAAT-TTTTCTATTCAAACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * *
13402760 AATCTTTCAAAAATTAA-AACGTAAGATATTTTTAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAA-TTCA
253 AAT-ATTAAAAAATTAATAA-GTAA-ATAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAAC-AAGTTCA
* * * * *
13402823 AATAGCTATGACTGTATGAATAATAGAACAATTGTATACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTT
314 AATAGTTATGAC--TAT---T--T-GAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTT
* * * * * *
13402888 ATTATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATGCTAA-ACTAATAA
370 ATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTC-ATTAA
* * * * * * *
13402952 TATTTTGAAAATTAATAACTAAAAGAATT-AAAATTAAATTTGTTTGTTGAACCAGTTTAAATAT
434 TA-TTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATTAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAA
* * * * * * * * * *
13403016 TTAAGACTATATGAACAATTATGTATTTCAA--AATGTCATGACCTTTTTATTTTGTCATATAAC
498 TCATGAC--T-T----AATTATCTTTTTGAATCAA--T-ATGA-CATTTTGTTTTATAATAAAAC
* * ** * * * *
13403079 AATT-TTTCAATTCATACTAGCTTATTCAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTTAAAA
552 AATTGTTTCAGTTCATACAAAATTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAA
* * ** * * *
13403142 ATTAATAAGT-AAGCTATTTCAAAAATAATTTTGTTTA-C---C-AAA-C---CAGTT----C--
616 ATTAA-GAGTAAAG-AATTAAAAAAATAAATCTCTTTACCGAACAAAATCAAACAGTTAAAACTA
*
13403191 ------A-A-ATC-A-TT--ATA-A-
679 ATGAAAATATATCTATTTCAAAACAT
** * ** * ** * * * *
13403203 T-T----TTTCATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGGTCATTTAAGTTTATTTGAAATAAAGTA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAA-AAAT-TTTCTATTGATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATA
* * * *
13403263 ATACT-AATATATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--ACAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TC
63 ATA-TAAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATGAATCTATTTACT-
* * ** * * * * * *
13403323 AAACTAGTTCAAATTTTTATGACTATTT-GACAAATTGTTTATCTT-AAATCGTTATGACTTTTT
125 GAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTCAAC-AATTATCTAT-TTCAAATCATTATAAC-CTTT
* * * * *** *
13403386 GTTTTTTTATAAA-ACAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATTCATATTAAAATAATACTAATTT
187 GTTTTGTCATAAACA-AATT-TTTCTATTCAAACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTT
* * * * ** **
13403450 ATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACTTGATT-
250 ATTAATA-TTAAAAAATTAATAAGTAAATAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAG-TTC
** * * ** * * *
13403514 AAATAGCCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCCTTATGACCTTTCGTTTTGTCATAC
313 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTATCATAA
* * * * * *
13403579 AAGAATTGTTTC-AGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATGTCAAATT-ATTAAGATTTT
377 AACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-ACTAATTCATTAATA-TTT
* * * * * *
13403642 GAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAAT-CGTTTATTGAACAAGATT-AAATAATTATG
439 GAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATTAAATATGTTTATTGAACAAG-TTCAAATAATCATG
**** * * * *
13403705 AC-T-ATT-TGAAATT---TC--TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATT-TTGT--GTTCA
503 ACTTAATTATCTTTTTGAATCAATATGACATTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTT-TCAGTTCA
* * * * *
13403758 TATAAACTTATTTCAAATAAAATGATA-TAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAA
567 TACAAAATTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAA-GAGT-AA
* * * ** ** * *
13403820 AGACTT-AAAAAATAAATCTGTTTATC-AAGCAAGTTCAAATCA-TTATGA-TATTTG-AACTAT
627 AGAATTAAAAAAATAAATCTCTTTACCGAA-CAAAATCAAA-CAGTTAAAACTA-ATGAAAATA-
*
13403880 TATCTATTTCAAATCAT
688 TATCTATTTCAAAACAT
* * * * *
13403897 TATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAATAGTTGTTTCTATTCATACAAAG-TTATTAAGAA-TAAAA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-A-AT-TTTCTATTGATAC-AAGCTTATT-CGAAGTAAAA
* * * * * * * *
13403960 TAATACT-AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA-T--AGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTAT
61 TAATA-TAAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATGAATCTATTTAC
* * * * * *
13404021 TGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTGT
124 TGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTGT
* * * * ** * * * *
13404086 TTTATAATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGACTAAAATATTACTAAATTAAT
189 TTTGTCATAAACAAATT-TTTCTATTCAAACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * *
13404151 AATATTCTAAAAATTAATAAG---A-GATTT--AAAA-AAATGTGTTT-GTCCAACCAGTTCAAA
253 AATATT-AAAAAATTAATAAGTAAATAATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACAAGTTCAAA
* * *
13404208 TAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCA
316 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCA
13404241 GATCGTTCTA
Statistics
Matches: 1943, Mismatches: 362, Indels: 316
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (704 bp):
TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTTTCTATTGATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATAATA
TAAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATGAATCTATTTACTGAACAA
GTTCAAATAATTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTGTTTTGTCA
TAAACAAATTTTTCTATTCAAACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAA
AAAATTAATAAGTAAATAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
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TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTGAAAATTAATAAGTAAA
AGATTTAAAAATTAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAATCATGACTTAATTATCTTTTTGA
ATCAATATGACATTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAAATTATTTAAAATA
AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAGTAAAGAATTAAAAAAATAAATCTCTTT
ACCGAACAAAATCAAACAGTTAAAACTAATGAAAATATATCTATTTCAAAACAT
Found at i:13402582 original size:354 final size:352
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Indices: 13401077--13403150 Score: 1291
Period size: 354 Copynumber: 5.8 Consensus size: 352
13401067 TTTAAATTTC
* ** * * * *
13401077 TATGACCTTTTGTTTTGTCA-AGAA-AATAT-TTCAATTGATATAAGCTTATTCGAAGTAAAATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTTATTCATACAATCTTATTCGAATTAAAATA
* * * *
13401139 ATACTAAGTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAA-TTAAAAGATTTAAAAAATGAATATGTCTAC
65 ATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTT-AAAGATTTAAAAAATTAATATGTTTAT
* * * * * * *
13401202 TGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTAT-TATTTGAAATCACTATAACCTATTG
128 TGAACAAGTTCAAATAATCATG-TTATTT-AACAATTATCTATTTTAAATCA-TATGACATTTTG
* * * * *
13401266 TTTTGA-CATAAAATAAATTTTCTATACAAACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTAT
190 TTTT-ATAATAAAACAATTTTTCTATTCAAACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTAT
13401330 TAATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAA
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* * ** * * **
13401394 TTTGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGT
313 ATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATTCATTTCAAATCAT
* * * * *
13401434 TATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAC-ATGCTTATTCGTATTAAATT
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAT-CTTATTCGAATTAAAAT
* * * * *
13401498 AATATTAATTTATTAATATT-TGGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
64 AATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATTAATATGTTTAT
** * * *
13401562 CAAACAAGTTC-AATAATCATG--ACTT---AATTATCT-TTTTGGAATCAATATGACCTTTTGT
128 TGAACAAGTTCAAATAATCATGTTATTTAACAATTATCTATTTT-AAATC-ATATGACATTTTGT
* * * * * *
13401620 TTTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTGT
191 TTTATAATAAAACAATT-TTTCTA-TTCAAACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTAT
* * * * ** *
13401684 TAATATTTCAAAAATTAAAGAGTAAAAGAATTAAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACAAAATCGA
254 TAATA-TTCAAAAATT--A-A-TAAGA-AATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAA
** * *
13401749 ATAGTTATGATTATTT-AA-AA-TATATCTATTTCAAAACAT
313 ATAGTTAAAACTATTTGAACAATTAT-TC-ATTTCAAATCAT
* * * * * *
13401788 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTGATGCAAGCTTTTTTTGAA-TAAAAT
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAATC-TTATTCGAATTAAAAT
* * * * *
13401852 AATA-TAAATTTATTAATATTC-CAAAATTGATAAG-TAAAAATTTAAAAAATTAATCTATTT-T
64 AATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATTAATATGTTTAT
* * *
13401913 CTGAACACA-TTCAAATAGTTATGATTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCA-T
128 -TGAACA-AGTTCAAATAATCATG-TTATTT-AACAATTATCTATTTTAAATCA-TATGA-CATT
* * * * * **
13401976 TTGTTTTGTCATAAACCAATTTGTTCTATTCAAAGAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATT
187 TTGTTTTATAATAAAACAATTT-TTCTATTCAAACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACAAATT
* * * * *
13402041 TTTTAATATTAAAAAATTAATAAGTAAATAATTAAAAAAATAAATATGTTTAGTGAGCAAGTTCA
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* * *
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* * * * * *
13402147 TATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATGCATAAAAGT-TTATTTGAAATAAAAT
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAA-TCTTATTCGAATTAAAAT
* * *
13402211 AATACTAATTCATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAATTTAATATGTTTATT
64 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATTAATATGTTTATT
* * * * *
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* ** *
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192 TTATAATAAAACAATT-TTTCTATTCAAACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATTA
* * * * * * *
13402404 CTATTTCAAAAATTAATAAGACATTTAAAAACTAAATCTCTTTACCGAAGC-GGTTCAAACAGTT
256 ATA-TTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTT
* * *
13402468 AAAACTA-ATGAACTATTATGCATTTCAAATCAT
319 AAAACTATTTGAACAATTATTCATTTCAAATCAT
* *
13402501 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAATCTTATTCGAATTAAAATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAATCTTATTCGAATTAAAATA
* * * * * * * **
13402566 ATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAATGACTTAAAAAGTGAATCTATTTACC
65 ATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAAA-GATTTAAAAAATTAATATGTTTATT
* * * ** * * * *
13402630 GAATAATTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTTAAAACTTTATTACCTTTTGT
129 GAACAAGTTCAAATAATCAT-GTTATTT-AACAATTATCTATTTTAAATC-ATATGACATTTTGT
** * * ** ** *
13402695 TTGGTCATATAACAAATGTTTT-TGGTCATTCAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTA
191 TTTATAATAAAAC-AAT-TTTTCTATTCAAACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACAAATTTA
* * * * *
13402758 TTAATCTTTCAAAAATTAAAACGTAAGATATTTTTAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAA-TTC
253 TTAAT-ATTCAAAAATT--AA--TAAGA-AATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC-AAGTTC
* ** * * **
13402822 AAATAGCTATGACTGTATGAATAATAGAACAATTGTAT-ACTTCAAATTGT
311 AAATAGTTAAAAC--TAT---T--T-GAACAATTAT-TCATTTCAAATCAT
* * * * * *
13402872 TATAACCTTTTGTTTTATTATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAA-TAAAAT
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAATCTTA-TTCGAATTAAAAT
* ** * * * * * * * *
13402936 AATGCTAAACTAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAAAGAATT--AAAATTAAATTTGTTTGT
64 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATT-AATATGTTTAT
* * * * * * * * * * *
13402999 TGAACCAGTTTAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATGTATTTCAAAAT-GTCATGACCTTTT
128 TGAACAAGTTCAAATAATCATG-TTAT-TTAACAATTATCTATTT-TAAATCAT-ATGA-CATTT
* * * * * * * * * **
13403063 TATTTTGTCATATAACAATTTTTCAATTCATACTAGCTTATTCAGAATAAAATAAAATGAATTTA
188 TGTTTTATAATAAAACAATTTTTCTATTCAAACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTA
*
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253 TTAATA-TTCAAAAATTAATAAG
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Statistics
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TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAATCTTATTCGAATTAAAATAA
TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATTAATATGTTTATTGA
ACAAGTTCAAATAATCATGTTATTTAACAATTATCTATTTTAAATCATATGACATTTTGTTTTAT
AATAAAACAATTTTTCTATTCAAACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT
CAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAAACTA
TTTGAACAATTATTCATTTCAAATCAT
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* ** * * * * *
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* *
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** * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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** *
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* * * * * *
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* * * * * ** *
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* *
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* * * *
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1 TTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTA
* * * *
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* *
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* * * * *
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1 TTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATA-TAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTA
* * * **
13403973 ATAATATTTCAAAAATTAATAA-T---AGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTATTGAACTAGTTCAA
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* * *
13404034 ATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTG
128 ATAGTTATGACTATTTGAA-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTG
* * * * * * *
13404085 TTTTATAATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGACTAAAATATTACTAAATTAA
1 TTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
13404150 TAATATTCTAAAAATTAATAAG----AGATTT--AAAA-AAATGTGTTTGTCCAACCAGTTCAAA
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* *
13404208 TAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCA
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13404241 GATCGTTCTA
Statistics
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AATATTTCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATA
GTTATGACTATTTGAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTG
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* ** * *
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** * * * * *
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* *
13403724 ACCTTTTGTTTTGTCATA-AAAAATT-TTGT-GTTCATATAAACTTATTTCAAATAAAATGATAT
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* *
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*
13403851 AGTTCAAATCATTATGATATTTGAA
130 AGTTCAAATAATTATGATATTTGAA
13403876 CTATTATCTA
Statistics
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AATTTATTAAGATTAAGAAAATTAATAAGTAAAAGACTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAGCAA
GTTCAAATAATTATGATATTTGAAATTTCTATA
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* * *
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*
13403887 TTCAAATCATTATGACAT
1 TTCAAATCATTATGATAT
13403905 TT
1 TT
13403907 TGTTTTGTCG
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TTCAAATCATTATGATAT
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13403817 AAAAGACTTA
* * *
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* ** * *
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* *
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* * *
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* *
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*
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* * * * *
13404178 -AAAA-AAATGTGTTTGTCCAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTAT
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13404237 TTCAGATCGT
Statistics
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AAAAATAAATCTGTTTATTCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCA
AATCATTATGACATTTGTTTTATAATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTAAGAATA
AAATAATACTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTT
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* * * *
13404794 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAA
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* * *
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* * * * * ** * *
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*
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** * * * * * * * * * * * *
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* * * *
13405104 TTCTTATTACCTTTAGTTTGGCCATATAACAATTGTTTTTGAATATTCAAGC
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* * * * **
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* * * * * * * * * * ** *
13405217 AATAAATTTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATCTGAACATTTGTAAACTTCAAAT
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* ** * * * *
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* *** * * ** * *
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Statistics
Matches: 338, Mismatches: 82, Indels: 21
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Matches are distributed among these distances:
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AATAAATCTATATACCAAAGTAGTTCAAACAATTAAGACCATATAAACAATTATCTATTTCAAAT
TCTTATAACCTTTAGTTTGGCCATAAAACAATTGTTTTAGAATATACAAGC
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Indices: 13405191--13405692 Score: 490
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13405181 TTCTTAATCC
* *
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* * * ** * * *
13405256 TATCTGAACATTTGTAAACTTCAAATTGTTATAACCTTTT-ATTCTATCATAAAATAATTATTTT
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* * *
13405320 TATTCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATATTAATCTAACAAATAT
130 TATTCATACAAGCCTATTTGGAAAAAAATAAAATGAATCTAACAAATAT
* * * * *
13405369 TTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTT-GCTGAACCAGTTCAAATATTT
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* * * * *
13405433 AAGATTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTGTGACCTTTTGCTTTGTCATAAAATAAGTT
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* * ** * ** *
13405498 TTTTTTTTTAATTCATACTAGGTTATTTGGAAAAAAATTAAAATGAAT-TTATTAATTT
123 -TTATTTTT-ATTCATACAAGCCTATTTGGAAAAAAA-TAAAATGAATCTAACAAATAT
* * *
13405556 TTCAAAAACTAATAAGAGATTTATAAAAT-AATTCTATTTACCTAACTAGTTCAAATAGTTATGA
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* * * * * *
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*
13405685 TGTTCATA
130 TATTCATA
13405693 TAAGTTTGTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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181 5 0.02
182 90 0.34
183 90 0.34
184 6 0.02
186 11 0.04
187 32 0.12
188 8 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TTCAAAAAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGAC
TATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGATTTGTCATAAAATAATTATTTTT
ATTCATACAAGCCTATTTGGAAAAAAATAAAATGAATCTAACAAATAT
Found at i:13405722 original size:21 final size:21
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Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
13405687 TTCATATAAG
13405697 TTTGTTTAGGAATAAAGTAAA
1 TTTGTTTAGGAATAAAGTAAA
13405718 TTTGTTTAGGAATAAAGTAA
1 TTTGTTTAGGAATAAAGTAA
13405738 TACTAATCTA
Statistics
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1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 20 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.00, G:0.20, T:0.39
Consensus pattern (21 bp):
TTTGTTTAGGAATAAAGTAAA
Found at i:13405991 original size:180 final size:177
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Indices: 13405730--13406063 Score: 395
Period size: 180 Copynumber: 1.9 Consensus size: 177
13405720 TGTTTAGGAA
* * *
13405730 TAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
1 TAAACTAATACTAATCTATTAATATATCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * * * **
13405795 TCAAATTAGTTCAAATAGTTATTACTATTTTAGTT-ATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTT
66 TCAAACTAGATCAAATAATCATGACCA-TTTAATTAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * *
13405858 TTTTTTGTTATAAAATAATTATTTCTGTACATACAAACTTATTTGGAT
130 TGTTTTGTCATAAAAGAATTATTTCTGTACATACAAACTTATTTGGAT
* * *
13405906 TAAACTAATACTAATTTATTAGTATATCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATAC-
1 TAAACTAATACTAATCTATTAATATATCAAAAATTAATAAG----AAATTTAAAAAATAAAT-CT
* *
13405970 ATTTGTCGAACTAGATCAAATAATCATGACCATTTAATTAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
61 ATTTATCAAACTAGATCAAATAATCATGACCATTTAATTAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
*
13406035 CTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTC
126 CTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTATTTC
13406064 AATTCATATA
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 22, Indels: 9
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 36 0.28
179 6 0.05
180 61 0.47
181 26 0.20
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (177 bp):
TAAACTAATACTAATCTATTAATATATCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA
TCAAACTAGATCAAATAATCATGACCATTTAATTAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
GTTTTGTCATAAAAGAATTATTTCTGTACATACAAACTTATTTGGAT
Found at i:13406285 original size:213 final size:214
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Indices: 13405887--13406308 Score: 618
Period size: 213 Copynumber: 2.0 Consensus size: 214
13405877 TATTTCTGTA
*
13405887 CATACAAACTTATTTGGATTAAACTAATACTAATTTATTAGTATATCAACAATTAATAAGTAAAA
1 CATACAAACTTATTTGGATTAAACTAATACTAATTTATTAATATATCAACAATTAATAAGTAAAA
* * *
13405952 AATTTAAAAAATAAATACATTTGTCGAACTAGATCAAATAATCATGACCATTTAATTAATTATCT
66 AATTTAAAAAAGAAATACATTTGACAAACTAGATCAAATAATCATGACCATTTAATTAATTATCT
* * *
13406017 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTAGT
131 ATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAAGAATTCTTTCAATTCATATAAGCTTAGT
13406082 CAAAATAAAATAATCTATT
196 CAAAATAAAATAATCTATT
* * *
13406101 CATACAAGCTTATTTGGATTAAACTAATATTAATTTATTAATATATCGACAATTAATAAGTAAAA
1 CATACAAACTTATTTGGATTAAACTAATACTAATTTATTAATATATCAACAATTAATAAGTAAAA
* ** * * *
13406166 AATTT-TAAAAGAAATATGTTT-ACAAAACTAGATCAAATAATCGTGACTATTT-GTATAATTAT
66 AATTTAAAAAAGAAATACATTTGAC-AAACTAGATCAAATAATCATGACCATTTAAT-TAATTAT
*
13406228 CTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAAGAATTCTTT-AACTTCATATAATCTT
129 CTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAAGAATTCTTTCAA-TTCATATAAGCTT
* *
13406292 ATTCGAAATAAAATAAT
193 AGTCAAAATAAAATAAT
13406309 ATTAATTTAT
Statistics
Matches: 186, Mismatches: 19, Indels: 7
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
212 4 0.02
213 116 0.62
214 66 0.35
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (214 bp):
CATACAAACTTATTTGGATTAAACTAATACTAATTTATTAATATATCAACAATTAATAAGTAAAA
AATTTAAAAAAGAAATACATTTGACAAACTAGATCAAATAATCATGACCATTTAATTAATTATCT
ATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAAGAATTCTTTCAATTCATATAAGCTTAGT
CAAAATAAAATAATCTATT
Found at i:13406519 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 13406099--13406892 Score: 545
Period size: 181 Copynumber: 4.4 Consensus size: 181
13406089 AAATAATCTA
** * * *
13406099 TTCATACAAGCTTATTTGGATTAAACTAATATTAATTTATTAATA-TATCGACAATTAATAAGTA
1 TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTA-AGACAATTAATAAGTA
* * * * * ** *
13406163 AAAAATTT-TAAAAGAAATATGTTTACAAAACTAGATCAAATAATCGTGACTATTTGTATAATTA
65 AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACAAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGGATAATTA
* **
13406227 TCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAAGAATTCTTTAAC
130 TCTATTTCAAATCACTACAACATTTTATTTTGTCATAAAAGAATTCTTTAAC
* * *
13406279 TTCATATAATCTTA-TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAATCTAA-A-AATTAATTA-
1 TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAAT-AT-TAAGACAATTAATAAG
* * ** * *
13406340 TAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGGATAA
63 TAAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACAAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGGATAA
* * * * * **
13406405 TTTTCTATTTGAAATCACTACAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTC
127 TTATCTATTTCAAATCACTACAACATTTTATTTTGTCATAAAAGAATTCTTTAAC
**
13406459 TGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGT
1 --TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGT
* * * ** * *
13406524 AAAAGATCTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATTGTTATGACTATTT-AAGCAAT
64 AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACAAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGGA-TAAT
* * * * ** * * * * * * ***
13406588 TATTTACTTT-AACTTATTATGACTTTTTGTTTTTTCATAAAACAACTATTTCTT
128 TATCTA-TTTCAAATCACTACAACATTTTATTTTGTCATAAAAGAATTCTTTAAC
* *
13406642 TTCATACGAG-TGTA-TTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT-------TT-ATAAGT
1 TTCATACAAGCT-TATTTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGT
* * * * * * **
13406697 AAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAACTTCAAATAGTCATGACAATTTAAATAATT
64 AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACAAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGGATAATT
* * ** * *** *
13406762 ATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTCGATTGT-ACTAAAAGAATTATTTCAA-
129 ATCTATTTCAAATCACTACAACATTTTATTTTGTCA-TAAAAGAATTCTTT-AAC
* * * * * *
13406815 TTCATATAAGCTTATTTGAAGTAAACTAATACTAATTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATGAGT
1 TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT--AAGACAATTAATAAGT
* *
13406878 AAGAGAATTAAAAAA
64 AAAAGATTTAAAAAA
13406893 GAATCTGAAC
Statistics
Matches: 490, Mismatches: 93, Indels: 61
0.76 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
172 4 0.01
173 131 0.27
174 7 0.01
179 6 0.01
180 61 0.12
181 141 0.29
182 124 0.25
183 16 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAA
AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACAAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGGATAATTAT
CTATTTCAAATCACTACAACATTTTATTTTGTCATAAAAGAATTCTTTAAC
Found at i:13406853 original size:173 final size:174
Alignment explanation
Indices: 13406098--13406861 Score: 599
Period size: 173 Copynumber: 4.3 Consensus size: 174
13406088 AAAATAATCT
* * *
13406098 ATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAACTAATATTAATTTATTAATATATCGACAATTAATAAGTA
1 ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT-T-----ATTAATAAGTA
* * * * * * * * **
13406163 AAAAATTT-TAAAAGAAATATGTTTACAAAACTAGATCAAATAATCGTGACTATTTGTATAATTA
60 AAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTAAATAATTA
* * *
13406227 TCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAAGAATTCTTT-A
125 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTGTCATAAAAGAATTATTTCA
* * * *
13406277 ACTTCATATAATCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAATCTAAAAATTAATTA-T
1 A-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT-AT-T----ATTAATAAGT
* ** * * * **
13406341 AAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGGATAAT
59 AAA-AGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTAAATAAT
* * * ** * * *
13406406 TTTCTATTTGAAATCACTACAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTCT
123 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAAGAA-TTATTTCA
* * **
13406460 GTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTA
1 ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT------ATTAATAAGTA
* * * ** * **
13406525 AAAGATCTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATTGTTATGACTATTTAAGCAATTA
60 AAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTAAATAATTA
* * * * * * * *
13406590 TTTACTTT-AACTTATTATGACTTTTTGTTTTTTCATAAAACAACTATTTCT
125 TCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAAGAATTATTTCA
* * * *
13406641 TTTCATACGAG-TGTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TT-ATAAGTAAAAGA
1 ATTCATACAAGCT-TATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTATTAATAAGTAAAAGA
* * *
13406703 TTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAACTTCAAATAGTCATGACAATTTAAATAATTATCTAT
65 TTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTAAATAATTATCTAT
* *
13406768 TTCAAATTATTATGACCTTTTCGATTGT-ACTAAAAGAATTATTTCA
130 TTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTGTCA-TAAAAGAATTATTTCA
* * * *
13406814 ATTCATATAAGCTTATTTGAAGTAAACTAATACTAATTTATTAATATT
1 ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
13406862 CCAAAAATTA
Statistics
Matches: 469, Mismatches: 100, Indels: 38
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
172 4 0.01
173 137 0.29
174 4 0.01
179 5 0.01
180 54 0.12
181 127 0.27
182 131 0.28
183 7 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (174 bp):
ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTATTAATAAGTAAAAGAT
TTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTAAATAATTATCTATT
TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAAGAATTATTTCA
Found at i:13407218 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 13406900--13408100 Score: 877
Period size: 180 Copynumber: 6.7 Consensus size: 179
13406890 AAAGAATCTG
** * * *
13406900 AACAATTATCTATCACAAAACATTATGA-ATTTATGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
** ** *** * *
13406964 TGCAAGTTTATTTTGAATAAAATAAT-TTAAATTTACTAATATTCCT-AAAATTAATAAGTAAAA
65 TAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CTAAAAATTAATAAGTAAAA
* *
13407027 ATTTCAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACATTCAAATAGTTATGACTATGTA
128 ATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTA
* ** * * * *
13407080 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATTATGTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCTATGCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * *
13407145 AAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTTAAAAA-TAACAAGTAAAAGAT
66 AAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAA-AT
* * * *
13407209 TTAAAAAATAAATCTGTTTGCT-AAGCATGTTCAAATAGTTATAACTATTTA
130 TTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAA-CA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTA
** * * *
13407260 AGTAATTATTTATTTCAAA-CTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-ATATGTTTCTATTC
1 AACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTATTC
* *** ** ** * *
13407323 ATAGAGTTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCAATTAATATTCTAAAAATTAAAAAGTTAGAA
64 ATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAAAA
* * * * * *
13407388 ATTT--AAAA-AAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTA
128 ATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTA
* ** * * * *
13407438 AACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTCT-TTTGGTCATGAAACAATTGTTTCCATTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* * * *
13407502 -AACAAGCTTATTCTAAATAAAGTAATA-TAAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA
65 TAA-AAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAA
* * * * * *
13407565 ATTTAAGAAATAAATATGTTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTCTTTA
128 ATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTA
* *
13407618 AACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCCTTTGTTTTGTCAT-AAGCTAATTGTTTCTATTC
1 AACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTC
* * * * * *
13407681 AT-ACAAGTGAATT-AGAAATAAAATAATACT-AGTTATTGATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA
64 ATAAAAACT-TATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AA
* * * * * * * *
13407743 AAATTTTAAAAATAAATTTA-TTAC-CAAGCTAGTTCAAATCGTTATGACTGTTTG
126 AAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAA-C-AATTCAAATAGTTATGACTATTTA
* * ** * * *
13407797 AATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTACAATCTTTTGTTTTGTCCTAAAACAGTT-TTTCCTATTC
1 AACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CTATTC
* ** *** * * * * *
13407860 ATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTGATTAATACTT-TGAAAATCAGT-AGCTAGG
64 ATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAG-TA-A
* ** * * * *
13407923 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTTCCAAACAAATTCAAATAGTCATGTCCATTTG
126 AAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTA
* * * * * *
13407978 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * * * *
13408043 GCAAAA-TTATTCAAAATAAACTAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAGTTAATAAGT
66 -AAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
13408101 GATTTAAAAA
Statistics
Matches: 800, Mismatches: 176, Indels: 89
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
177 12 0.01
178 123 0.15
179 152 0.19
180 373 0.47
181 126 0.16
182 14 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
AAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATT
TAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTA
Found at i:13407601 original size:358 final size:357
Alignment explanation
Indices: 13406933--13407754 Score: 857
Period size: 358 Copynumber: 2.3 Consensus size: 357
13406923 TATGAATTTA
* *
13406933 TGTTTTGTCATAAAACA-ATTGATTCTATTCAT-GCAAGTTTATTTTG-AATAAAATAAT-TTAA
1 TGTTTTGTCATAAAACATATTGTTTCTATTCATAG--AGTTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-A
* * *
13406994 ATTTACTAATATTCCT-AAAATTAATAAG-TAAAAATTTCAAAAATAAATCTATTTTCTGAACAC
62 A-TTATTAATATT-CTAAAAATTAATAAGTTAAAAATTT--AAAA-AAATCTATTTACCGAACAC
* * * ** *
13407057 ATTCAAATAGTTATGACTATGTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTATGTTTTGTTTTATC
122 ATTCAAATAGTCATGACCATGTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTGATC
* *
13407122 ATAAAATAATTATTTCTATGCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATT
187 ATAAAACAATTATTTCCATGCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATT
** * *
13407187 TTAAAAATAACAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTAAGCATGTTCAAATAGTTATA
252 CCAAAAATAACAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTAAGCACGTTCAAATAGTTATA
** * * *
13407252 ACTATTTAAGTAATTATTTATTTCAAACT-GTTATGATCTTT
317 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACCCTT
13407293 TGTTTTGTCATAAAACATA-TGTTTCTATTCATAGAGTTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATC
1 TGTTTTGTCATAAAACATATTGTTTCTATTCATAGAG-TTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT-
* * * *
13407357 AATTAATATTCTAAAAATTAAAAAGTTAGAAATTTAAAAAAATCTATTTACCGAACA-AGTTTAA
64 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAAAAATTTAAAAAAATCTATTTACCGAACACA-TTCAA
* * * ** * *
13407421 ATAGTCATGTCCATTTAAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTCT-TTTGGTCATGAA
128 ATAGTCATGACCATGTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTT-TGTTTGATCATAAA
* * * * * *
13407485 ACAATTGTTTCCATTCA-AACAAGCTTATTCTAAATAAAGTAATA-TAAGTTTATTAATATTCCA
192 ACAATTATTTCCATGCATAA-AAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAAAATTCCA
* * ** *
13407548 AAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAGAAATAAATATGTTTTTTGAA-CACGTTCAAATAGTTATGA
255 AAAA-TAACAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCT-AAGCACGTTCAAATAGTTATAA
*
13407611 CTCTTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCCTT
318 CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCCTT
* * ** * *
13407651 TGTTTTGTCAT-AAGC-TAATTGTTTCTATTCATACAAGTGAATTAGAAATAAAATAATACTAGT
1 TGTTTTGTCATAAAACAT-ATTGTTTCTATTCATA-GAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* * * *
13407714 TATTGATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAA
64 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAAAAATTTAAAAAA
13407755 TAAATTTATT
Statistics
Matches: 386, Mismatches: 58, Indels: 39
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
356 1 0.00
357 45 0.12
358 235 0.61
359 29 0.08
360 65 0.17
361 11 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
TGTTTTGTCATAAAACATATTGTTTCTATTCATAGAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTA
TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAAAAATTTAAAAAAATCTATTTACCGAACACATTCAAATA
GTCATGACCATGTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTGATCATAAAACAA
TTATTTCCATGCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATA
ACAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTAAGCACGTTCAAATAGTTATAACTATTTAA
ACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCCTT
Found at i:13408138 original size:537 final size:536
Alignment explanation
Indices: 13407000--13408127 Score: 1139
Period size: 538 Copynumber: 2.1 Consensus size: 536
13406990 TTAAATTTAC
* * * * * * *
13407000 TAATATTCCTAAAATTAATAAGTAAAAATTTCAA-AAATAAATCT-ATTTTCTGAACACATTCAA
1 TAATATTCCAAAAATTAATAAGT--AAATTT-AAGAAACAAATATCAATTAC-CAACACGTTCAA
* ***
13407063 ATAGTTATGACTATGTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTATGTTTTGTTTTATCATAAAA
62 ATAGTTATGACTATGTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCCTTTGTTTTATCATAAAA
* * **
13407128 TAATTATTTCTATGCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTTAAAA
127 TAATTATTTCTATGCATAAAAACTAATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAAAATTCCAAAA
* * *
13407193 ATAACAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTAAGCATGTTCAAATAGTTATAACTATT
192 ATAACAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAGCATGTTCAAATAGTTATAACTATT
**
13407258 TAAGTAATTATTTATTTCAAACTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACATATGTTTCTATTC
257 TAAGTAATTATTTATTTCAAACTGTTACAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACATATGTTTCTATTC
* *
13407323 ATAGAGTTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCAATTAATATTCTAAAAATTAAAAAGTTAGAA
322 ATAAAGTTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCAATTAATATTCTAAAAATTAAAAAGCTAGAA
* * *
13407388 ATTTAAAAAAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTAAACTATTATCTATTT
387 ATTTAAAAAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTCATGTCCATTTAAACTATTATCTATTT
** * * * ** *
13407453 CAAATTGTTATGACATTTCTTTTGGTCATGAAACAATTGTTTCCATTCAAACAAGCTTATTCTAA
452 CAAATCATTATAACATTTCTTTTGCTCATAAAACAATTGTTTCCATTCAAACAAAATTATTCAAA
* *
13407518 ATAAAGTAATATAAGTTTAT
517 ATAAACTAATATAAGTCTAT
* *** ***
13407538 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAGAAATAAATATGTTTTTTGAACACGTTCAAAT
1 TAATATTCCAAAAATTAATAAGT--AAATTTAAGAAACAAATATCAATTACCAACACGTTCAAAT
* * * **
13407603 AGTTATGACTCTTTAAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAGCT
64 AGTTATGACTATGTAAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCCTTTGTTTTATCATAAAAT
* * * * * *
13407667 AATTGTTTCTATTCAT-ACAAGTGAATT-AGAAATAAAATAATACT-AGTTATTGATATTCCAAA
128 AATTATTTCTATGCATAAAAACT-AATTCA-AAATAAAATAATACTAAGTTATTAAAATTCCAAA
* * * *
13407729 AATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAAT-T-TATTACCAAGC-TAGTTCAAATCGTTATGAC
191 AA-TAACAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGT-TTACCAAGCAT-GTTCAAATAGTTATAAC
* *
13407791 TGTTTGAA-TAATTATTTATTTCAAA-TAGTTACAATCTTTTGTTTTGTCCTAAAACAGT-T-TT
253 TATTT-AAGTAATTATTTATTTCAAACT-GTTACAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-TATGTT
* ** * *
13407852 TCCTATTCATACAAG-TTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTGATTAATACTT-TGAAAA-TCA
315 T-CTATTCATA-AAGTTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCAATTAATA-TTCTAAAAATTAA
** * * *
13407914 GTAGCTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTCCAAACAAATTCAAATAGTCATGTCCATTTGA
377 AAAGCTA-GAAATTT--AAAA-AAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTCATGTCCATTTAA
* * ***
13407979 A-TAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTT-TATTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
438 ACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTCT-TTTGCTCATAAAACAATTGTTTCCATTCA
**
13408042 TGCAAAATTATTCAAAATAAACTAATACTAA-TCTAT
501 AACAAAATTATTCAAAATAAACTAATA-TAAGTCTAT
*** * *
13408078 TAATATTTTGAAAGTTAATAAGT-GATTTAA-AAACAAA-ATCCAATTACCAA
1 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAATTTAAGAAACAAATAT-CAATTACCAA
13408128 GTTAGTTCAA
Statistics
Matches: 489, Mismatches: 79, Indels: 46
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
535 2 0.00
536 22 0.04
537 152 0.31
538 169 0.35
539 10 0.02
540 131 0.27
541 3 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (536 bp):
TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAATTTAAGAAACAAATATCAATTACCAACACGTTCAAATAG
TTATGACTATGTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCCTTTGTTTTATCATAAAATAAT
TATTTCTATGCATAAAAACTAATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAAAATTCCAAAAATAA
CAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAGCATGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAG
TAATTATTTATTTCAAACTGTTACAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACATATGTTTCTATTCATAA
AGTTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCAATTAATATTCTAAAAATTAAAAAGCTAGAAATTT
AAAAAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTCATGTCCATTTAAACTATTATCTATTTCAAA
TCATTATAACATTTCTTTTGCTCATAAAACAATTGTTTCCATTCAAACAAAATTATTCAAAATAA
ACTAATATAAGTCTAT
Found at i:13408473 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 13408189--13408643 Score: 425
Period size: 182 Copynumber: 2.5 Consensus size: 178
13408179 GAATAAGTTC
* * * * * * * ** * * * *
13408189 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTACTTAAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAATTATGACCATTTAAACAATGATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAA
**** * * ** * *
13408254 AACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTAGTAATATTTCAA
66 AACAATTGTTTTTCCGCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAAAACTAATTTAGTAATATTTCAA
*
13408319 AAATTAATAAGTAATACATTTAAAAAAAATAAATAAGTTTACCGAA-TCA-ATTC
131 AAATTAATAAG----ACATTT--AAAAAATAAATAAGTTTACCGAACT-AGATTA
* * * *
13408372 AAATAATTATGGCCATTTAAACACT-ATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTT-TTTCCATA
1 AAATAATTATGACCATTTAAACAATGATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTAT-CATA
* * *
13408435 AAACAATT-TCTTTTCGGCATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTC
65 AAACAATTGT-TTTTCCGCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAAAACTAATTTAGTAATATTTC
* * * ** *
13408499 AAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATTGAACTAGTTTA
129 AAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATAAGTTTACCGAACTAGATTA
* * *
13408549 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATGATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAA
1 AAATAATTATGACCATTTAAACAATGATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAA
*
13408614 AACAATTGTTTTTCCTCATACAAGCTTATT
66 AACAATTGTTTTTCCGCATACAAGCTTATT
13408644 CGGAATAAAT
Statistics
Matches: 223, Mismatches: 42, Indels: 19
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 21 0.09
177 24 0.11
178 63 0.28
179 3 0.01
181 3 0.01
182 90 0.40
183 19 0.09
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AAATAATTATGACCATTTAAACAATGATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAA
AACAATTGTTTTTCCGCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAAAACTAATTTAGTAATATTTCAA
AAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATAAGTTTACCGAACTAGATTA
Found at i:13408617 original size:178 final size:176
Alignment explanation
Indices: 13408153--13409694 Score: 539
Period size: 181 Copynumber: 8.6 Consensus size: 176
13408143 AATAAGCATG
* * *
13408153 GATTTCAAAAAATAAATCTA-TTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
1 GATTTAAAAAAATAAATC-AGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA-TAT
* * ** * * * * * * *
13408217 CTACTTAAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTA
64 CTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG-TTTATCATAAAACAATTTTTTTCG-TCATACAAGCTTA
* * *
13408282 TCCAAAATAAAATAATACTACTTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATA
127 TTCAAAATAAAATAAAACTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A-A
* * * * * * *
13408335 CATTTAAAAAAAATAAATAAGTTTACCGAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCATTTAAACACTAT
1 GATTT-AAAAAAATAAATCAGTTTACTGAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATAT
* * * *
13408399 CTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTTCCATAAAACAATTTCTTTTCGGCATACAAGTTTA
64 CTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTAT-CATAAAACAATTT-TTTTCGTCATACAAGCTTA
* * *
13408464 TTTAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAG-A
127 TTCAAAATAAAATAAAACTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGAA
* *
13408513 GATTT-AAAAAATAAATCAGTTTATTGAACT-AGTTTAAAATAGTTATGACTATTTAAACAATGA
1 GATTTAAAAAAATAAATCAGTTTACTGAA-TAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAT-A
* *
13408576 TTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTTCCTCATACAAGCTT
63 TCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT-TATCATAAAACAATT-TTTTTCGTCATACAAGCTT
** * * *
13408641 ATTCGGAAT-AAATAATACCAAATTT-GTAATATTCTAAAAAATGAATAACTAAG-A
126 ATTCAAAATAAAATAA-AACTAATTTAGTAATATT-TCAAAAAT---TAA-TAAGAA
* * * ** * * * *
13408695 GATTT-AGAAAATAAATCCA-TTTGCTGAACCAA-AACAAATAGTTAAGTCTATATGAACAATTA
1 GATTTAAAAAAATAAAT-CAGTTTACTGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA-TA
* * * * * * * *
13408757 TTTATTTCAAATTGTTGTGACCTTTTGTTTTGTCATAGAATAA-TTATTTCAACTCATACAAGCT
63 TCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG-TTTATCATAAAACAATTTTTTTC--GTCATACAAGCT
* ** * * * * *
13408821 TGTTCGGAATAGAATGAAAA-TAATTGATTAATATTTCAACAATTTATAAGTAAGA
125 TATTCAAAATAAAAT-AAAACTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A-A
* * * * * *
13408876 GATTT-AGAAAATAATTCTA-TTTA-TCAA-ACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATT
1 GATTTAAAAAAATAAATC-AGTTTACTGAATA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA-T
* ** * ** * * * * **
13408937 ATCTATTTTAAATCATTATTATTTTTTGTTT-TGCCATGAAACAATTTTTTTTGTTAATATAAAT
62 ATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTAT--CATAAAACAATTTTTTTCG-TCATACAAGC
* * * * * *
13409001 TTGTTCAAAATAAAAGAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAATAAGA
124 TTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAAT-AA-GA-A
* * * * * ** * * * * * *
13409057 GATTT-AAGAAGTAAATCTGCTTAC-AAACCATTTCAAATATTTTTAACTATTTGAATAATTATC
1 GATTTAAAAAAATAAATCAGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA-TATC
** * * * * **
13409120 TATTTCAAATCATTATAACC---T-TTTAT-ATCAAA-AATTGGTTTT-GTTTATACTATTTTAT
65 TATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTATCATAAAACAATT-TTTTTCG-TCATACAAGCTTAT
** * * * * * *
13409178 TTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAACTTCACAACCAAA
128 TCAAAATAAAATAAAACTAATTTAGTAATATTTC-AAAAATTAATAA--GAA
* * * * * * * * ** ** * * * * ** *
13409229 AAATTACAAAATTAATTTA-ATTGCCAAACCAGTTCAAATAATTAAGATTATATGAATGATTATC
1 GATTTAAAAAAATAAATCAGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTAAACAATATC
* * * * * * *
13409293 TTTTTCAAATCGTTATGACCGTTTCT-TTTGTCGTAAAACAATTGTTTT-GTTCGTACAAGCTTA
65 TATTTCAAATTGTTATAACC-TTT-TGTTTATCATAAAACAATTTTTTTCG-TCATACAAGCTTA
*** * * *
13409356 TTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAA
127 TTCAAAATAAAATAAAACTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AA
* * ** * * ** * * * *
13409407 GAGTTTTAAAAAATAAA-CTTGTTTACCAAATCAGTTTAGTTGGTTAAGAC-AATTAGAATAATT
1 GA-TTTAAAAAAATAAATC-AGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAA-T
* * * * * * * * *
13409470 ATCTATTTTAAATTGTTCTGACCTTGTATTCAGTTATAAAACAA-TTGTTTCAATTCAT--AAGC
62 ATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTA-TCATAAAACAATTTTTTTC--GTCATACAAGC
* * * * * * * *
13409532 TTATTCAGAATAAATTAATACTTATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAAAAAGA
124 TTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAAT--AAGA-A
* * * * *
13409588 GATTTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCGAAAAAGTACAAATAGTTATTACTATTTAAACAATTAT
1 GATTTAAAAAAATAAATC-AGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA-TAT
* * * *
13409652 CTATTTTAAATTGTAATAATCTTTTGATTTGTCATAAAACAAT
64 CTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG-TTTATCATAAAACAAT
13409695 CATTTCAATT
Statistics
Matches: 1031, Mismatches: 252, Indels: 155
0.72 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
172 11 0.01
173 98 0.10
174 12 0.01
175 1 0.00
176 23 0.02
177 43 0.04
178 93 0.09
179 130 0.13
180 186 0.18
181 241 0.23
182 140 0.14
183 51 0.05
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (176 bp):
GATTTAAAAAAATAAATCAGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATATCT
ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTATCATAAAACAATTTTTTTCGTCATACAAGCTTATTCA
AAATAAAATAAAACTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGAA
Found at i:13410171 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 13409885--13411229 Score: 976
Period size: 180 Copynumber: 7.4 Consensus size: 179
13409875 ATTATGTCCA
* * * * * * * *
13409885 AATTTATTAACATTCGAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAACAAATATCTTTACCACACA
1 AATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAG-TTT-AAAAAATAAATTTGTTTATCAAACT
** *
13409950 AGTTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAATTAT-TCATTTAAAATAATTATGACCTTTTGTTTTG
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
13410014 ACATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACA
127 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * *
13410067 AATTTCTTAATATGTCAAAAATTAATAAGCAAAAGTTTAAAAAATTAATTTGTTTATCAAACAAA
1 AATTTATTAATAT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACTAG
* * * *
13410132 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTAGTCA
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
13410197 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TCTGAAATAAAATAATAGT
130 TAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACT
* * * * * *
13410247 AATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGCAA-TTTGAAAAAT-GATTTTTTTACTGAATC
1 AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA--AAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCAAAC
* * * * * * * * * **
13410310 -AGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCGATTTGAAATCAATATTACGTTTTGTTTCA
62 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * *
13410374 TCATATAACAATTGTGTTT--TATCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT
127 TCATAAAACAATTGT-TTTAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * * * **
13410427 AA-TTATTAACT-TTC-AAAGTTAAGAAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCC
1 AATTTATTAA-TATTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACTA
* * * * *
13410489 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATATAGTTTAAATCAGTTATTTATAAAATAAATCT
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAA--A-TCA--T-T---AT-GACCT
* * * *
13410554 TTTGTTCTGTCATAAAACAATT-ATTCATGTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACT
118 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * **
13410616 AATATAATAATACTCCAAAAATTAATAACTAAGATA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACT
1 AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-A-AGTTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACT
* * * * * *
13410680 GGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAGA-TATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * ** * * *
13410744 TCATAAAATAATTTTTTTCAACTCA-ACTAA-CTTATTTAGAATAAAATAA-AAT
127 TCATAAAACAATTGTTTT-AGTTCATAC-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * ** * *
13410796 GAATTTATTAATATTTCAGAAATTAATAAGTAAGAGATATAAAAAAT-AATTCTACTTATCTAGC
1 -AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAG-TTTAAAAAATAAATT-TGTTTATCAAAC
* * * * * *
13410860 TAGTTCAAATAATTTTGA-T-TATGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
62 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * * *
13410923 TCATAAAAGAAATGTTTTTGTCCATATAAGTTTGTTCAAAATAAATTAATATT
127 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
** * ** * * * *
13410976 GCTCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG--AGA-TTTAAAAATTTAATTTGTTTATCGGAA-TA
1 AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAACTA
* * * ***
13411037 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATCATTATGATC-TGCATTTTGTC
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * *
13411101 ATAAAACAATTGTTTCT-TTTCATACAAGCTTATTCATATTAAAATAATACT
129 ATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * *
13411152 AATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAGTTTTAAAATATAAATGTGTTTATCAAACCA
1 AATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAG-TTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACTA
*
13411217 GTTGAAATAGTTA
64 GTTCAAATAGTTA
13411230 AGTTTTGTCA
Statistics
Matches: 912, Mismatches: 195, Indels: 114
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 32 0.04
176 72 0.08
177 58 0.06
178 45 0.05
179 108 0.12
180 289 0.32
181 120 0.13
182 43 0.05
183 3 0.00
185 2 0.00
186 1 0.00
187 2 0.00
188 4 0.00
189 53 0.06
190 6 0.01
191 7 0.01
192 65 0.07
193 2 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
AATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACTAGT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
Found at i:13412797 original size:534 final size:525
Alignment explanation
Indices: 13411626--13413911 Score: 1534
Period size: 534 Copynumber: 4.3 Consensus size: 525
13411616 CAACCGTTTA
* *
13411626 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATGCAAAA--TTATTCAAAATAAAATAATACTGATCT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT--AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-ATTT
* * * *
13411689 ATTAATATCTT-GAAAGTT--AATAAGAGATTTAAAAACT-AAATTCA-TTTACCAAAATAGTTC
63 ATTAATAT-TTCAAAAATTAAAATAAAAGATTTAAAAACTAAAATT-AGTTTACCAAAACA-TTC
* *
13411749 AAATAGTTATGACTATTTGAACT-ATTAT-ATATATCAAATTGTTATGATCTTTGTTTTGTCATA
125 AAATAGTTATGACTATTTGAA-TAAATATCA-ATATCAAATTGTTCTGATC----TTTTGTCATA
* * * * *
13411812 AAAAAATTGTTTTT-TTATACAAGCATATTCATATTACAATAATACTAATTTAATAATATTCCAA
184 AAAAAATTATTTTTATCATACAAGCTTATTCA-ATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAA
* * * ** * *
13411876 ACATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGCCGAACCAGTGCAAATAGTT-AGACT
248 A-A--ATTAA-TAAGAGATTCAAAAAATAAATCTATTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACT
* ** * * * * *
13411940 ATTAGAATAATTATCTATTTCAGATCATTTTGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAG
309 ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAA
* * * * *
13412005 TTCATACAAGCTTATTCAAGATTAATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAACTTAATAAGCAT
374 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAT
* * * * *
13412070 GAGATTTAAAAAAAGTAAGGTTGTTTATTGAACAAATTAAAATATATTTGACTATTTGAACAATT
439 GAGATTT-AAAAAA-TAA-ATTGTTTATCGAA-TAATTCAAATAT-TATGACTATTTGAACAATT
* **
13412135 AAT-GATTTAAGGTCATTATGACCTTTTG
499 -ATCTATTTAAAATCATTATGA-CTTTTG
* * ** *
13412163 TTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATATTATTTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA-TTTAT
* ** * ** * *
13412228 TAATATTTCAAAAATTAATAAACAAAATTTTTAAAAACTAAAACT-GTTTTTCAAACCATTTTAA
65 TAATATTTCAAAAATT-A-AAATAAAAGATTTAAAAACTAAAATTAGTTTACCAAAACA-TTCAA
* * * *
13412292 ATAGTTATGACTATTTGAATAAATATCAATCTCAAATTGTTCTGATCTTCTCTCATAAAATAATT
127 ATAGTTATGACTATTTGAATAAATATCAATATCAAATTGTTCTGATCTTTTGTCATAAAAAAATT
*
13412357 ATTTTTGATCATACAAGCTTATTCAGCTAAAAATAATACTAA-TTAATAATATTCCAAAAATTAA
192 ATTTTT-ATCATACAAGCTTATTCA-ATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAA
* * *
13412421 TAAAAGATTCAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAAT
255 TAAGAGATTCAAAAAATAAATCTATTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAAT
* * * * *
13412486 TATCAATTTCAAATTGTTCTGACATTTTCTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAATAT-ATACAAA
320 TATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAAT-TCATACAAG
* *
13412550 CTTATTCAAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAA
384 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCATGAGATTT-AA
* *
13412615 AAAATAAATATGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTACTTAAA
448 AAAATAAAT-TGTTTATCGAATAA-TTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA
13412680 ATCATTATGACTATTTG
510 ATCATTATGACT-TTTG
* *
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1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA-TTTAT
* * ***
13412762 TAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAATAGATTTAAAAA-AATAAATTAGTTTACCGAATTGATTCA
65 TAATATTTCAAAAATTAA-AA-TAAAAGATTTAAAAACTA-AAATTAGTTTACC-AAAACATTCA
* * * * * * ** *
13412826 AATAATTATGGCCATTT-AA-ACACTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAA
126 AATAGTTATGACTATTTGAATA-AATATCAATATCAAATTG---TT--CTGATCTTTTGTCATAA
* * * * * * * * *
13412889 AACAATTGCTTTTTAACATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAA
185 AAAAATT-ATTTTTATCATACAAGCTTATTCAATA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAA
* * *** * *
13412954 GAATTAATAAGAGATTCAAAAAATAAATCAATTTATTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTT
248 AAATTAATAAGAGATTCAAAAAATAAATCTATTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTA
* * * * * ****
13413019 GAACAATTATTTGTTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTA-TCATAAAATAATTGTTTTTGCTC
313 GAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATT-TAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTC
* * * * * * * *
13413083 ATACAAGCTTGTTCAGAATAGAATGAA-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGA
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* * * * *
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441 GATTTAAAAAATAA-ATTGTTTATCGAA-TAATTCAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * *
13413212 ATTTTAAATCATTGTTATTTTTTA
503 ATTTAAAATCATTATGA-CTTTTG
* * * * * * *
13413236 TTTTGCCATGAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAA-AATACTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-ATTTAT
* * * *
13413300 TAATA--T------TT--AATAAGAGATTTAAAAAGT-AAATCAGCTTACC-AAACTATTTCAAA
65 TAATATTTCAAAAATTAAAATAAAAGATTTAAAAACTAAAATTAGTTTACCAAAAC-A-TTCAAA
* * ** * ** * *
13413353 TAGTTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCAT-TATAACCTTTTATTTTGTCATCAAA
128 TAGTTATGACTATTTGAATAAATATCAATATCAAAT--TGT-T---CTGATCTTTTGTCATAAAA
* * * ** * **
13413417 CAATTGGTTCTGTT-T-ATACTATTTTATTTGAA-ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTATG
187 AAATT-ATT-T-TTATCATACAAGCTTA-TTCAATA-AAAATAATACTAATTTAATAATATT-CC
* * * * * * * *
13413479 AAACTTAA-TAACTAAGAAATT-ACAAAATTAATTTAATTGTCGAACCAGTTCAAATAATTAAGA
246 AAA---AATTAA-TAAGAGATTCAAAAAATAAATCTATTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGA
* **
13413542 CTA-TATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCATTTCT-TTT-GTTGTAAAATAATTGT
307 CTATTA-GAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CATTT-TATTTAGTCATAAAATAATTGT
** * ** * * * * *
13413604 TT-TGTTCGTACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATT
369 TTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATA
* * * * ** * * * * **
13413668 A-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAGTTGGTTAAGACAATTAGAGT
434 AGC-ATGAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTATCGAAT-AATTCAAAT-ATTATGACTATTTGAAC
* ** * *
13413732 AATTATCTATTTTAAATTGTTTTGACTTTTA
495 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACTTTTG
* ** * * * * * * *
13413763 TTTAGTTGTAAAACAACTGTTTTAATTCACAGAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACCAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-CTATTTAT
* * * * * *
13413828 TGACATTTGAAAAATTAATAAAAAATAGATTTAAAAA-AATAAATCTA-TTTACC-AAACAAGTA
65 TAATATTTCAAAAATTAA-AATAAA-AGATTTAAAAACTA-AAAT-TAGTTTACCAAAAC-A-TT
*
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AATATTTCAAAAATTAAAATAAAAGATTTAAAAACTAAAATTAGTTTACCAAAACATTCAAATAG
TTATGACTATTTGAATAAATATCAATATCAAATTGTTCTGATCTTTTGTCATAAAAAAATTATTT
TTATCATACAAGCTTATTCAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAG
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TTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTC
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TTTTG
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** * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * ** * * * *
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1 TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * ** * *
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1 TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA--ACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
** * ** * * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * * * **
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1 TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-AACATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAA
* * * ** * *
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* * * * * ** * * *
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128 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCT
* * * * ** * * *
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1 TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-ACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* ** * *
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* * * * *
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128 -TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCT
* * * *
13412692 ATTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTA
1 -TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA--ACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
13412756 CTTTAGTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAATAGATTTAAAAAAATAAATTAGTTTACCGAATTG
63 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTAGTTTATCGAACTA
* * * * **
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* * * *
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1 TTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTTAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
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65 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGAACTAATT
* * * ** *
13413000 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTGTTTCAAATTGTTATAACCT
130 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCT
* * * ** * * *
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1 TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-AACATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT-AATACTAA
* * * *
13413115 TTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTTTA-TTTATCAAACTAA
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* * * **
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128 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCT
* * * * * *
13413232 TTTATTTTGCCATGAAACAATTGTTTTTGTTA-ATATAAGTTTGTTCAAAATAAAA-AATACTAA
1 TTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTTT-TAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
13413295 TTTATT-A-A--T-----ATT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCAGCTTACCAAACTATT
64 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGAACTAAT
* * * * *
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* * * ** **
13413400 TTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTT--TATACTATTTTATTTGAAATAAAATAATACTA
1 TTTATTTTGTCATAAAACAATT-GTT-T-TTAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * * * * * *
13413463 ATTTAATAATATTAT-GAAACTTAATAACTAAGA-AATTACAAAATTAATTTA-ATTGTCGAACC
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* * * ** * * *
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* ** * * * ** *
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1 TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * *
13413644 TTAATAATATTTCAAAAATTAATTACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CCAAATCAGT
65 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGAACT-AAT
** ** * * * ** * **
13413708 TCAGTTGGTTAAGACAATTAGAGTAATTATCTATTTTAAATTGTT-TTGA-CT
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* ** * * * * * *
13413759 TTTATTTAGTTGTAAAACAACTG-TTTTAATTCACAGAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACCAA
1 TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAA--CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * ** * * *
13413823 TTTATTGACATTTGAAAAATTAATAAAAAATAGATTTAAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAAC-A
64 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAACTA
* * * * * * * *
13413886 AGTACAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTTTTTTAAATTATAATAACCT
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* ** **
13413941 TTTGA-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATT-A-ATAGAAGCTTAGACGGAATAAAATAATACT
1 TTT-ATTTTGTCATAAAACAATTGTTT---TTAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
** * * *
13414003 AATTT-TTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAAAAATAAATCTA-TTTATCGAATT
62 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAACT
* * * * *
13414066 ATTTAAAATAATTATGACCATTTGAATAATTGTCTATTTCAAAT
126 AATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
13414110 TGTTTTTTAT
Statistics
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TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGAACTAATTC
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Found at i:13413213 original size:358 final size:354
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Period size: 358 Copynumber: 7.0 Consensus size: 354
13411612 CACACAACCG
* * * ** * *
13411622 TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTGAT
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* * * * * * *
13411687 CTATTAATATCTT--GAAAGT--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTCATTTACCAAAATAGT
64 TTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTAAT
* * * * * *
13411747 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACTATTATATATATCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGTCAT
128 TCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* ** * * * * * *
13411811 AAAAAAATTGTTTTT-TTATACAAGCATATTCATATTACAATAATACTAATTTAATAATATTCCA
193 AAAACAATTGTTTTTAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* ** * * * * *
13411875 AACATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGCCGAACCAGTGCAAATAGTTA-GAC
258 AA-A--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGAC
* * *
13411939 TATTAGAATAATTATCTATTTCAGATCATTTTGACAT
319 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-T
* * * * *
13411976 TTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAGATTAATTAATACTAAT
1 TTTATTTA-TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-AGAATAAATAATACTAAT
* * * * * ** * *** *
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* * * * ** *
13412106 TTAAAATATATT-TGACTATTTGAACAATTAAT-GATTT-AAGGTCATTATGACCTTTTGTTTTA
127 TTCAAATA-ATTATAACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAA-ATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** * *
13412168 TCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATATTATTTTATTAAT
189 TCATAAAACAATTGTTTTTA--ACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * ** * *
13412232 ATTTCAAAAATTAATAAACAAAATTTTTAAAAACTAAAACTGTTTTTCAAACCATTTTAAATAGT
252 ATTTCAAAAATTAAT-AA-GAGA--TTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAACCAATTCAAATAGT
* * * ** *
13412297 TATGACTATTTGAATAAATATCAATCTCAAATTGTTCTGA--
313 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT
* * * * * * *
13412337 TCT-TCTCTCATAAAATAATTATTTTTGATCATACAAGCTTATTCAGCTAA-AAATAATACTAA-
1 TTTATTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG--AATAAATAATACTAAT
* * * * *
13412399 TTAATAATATTCCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTCAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACCAATT
64 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTAATT
* * * * * * * *
13412460 CAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCAATTTCAAATTGTTCTGACATTTTCTTTAGTCAT
129 CAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * ** * * * * **
13412524 ATAATAATTGTTTCAATATATACAAACTTATTCAAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACATTAA
193 AAAACAATTGTTTTTA-ACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * *
13412589 AAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAAT-ATGTTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTA
257 AAAAATTAAT-A--A-GAGATTT-AAAAAATAAATCA-GTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTA
* * * *
13412652 TGACTGTTTGAACAATTATCTACTTAAAATCATTATGACT
315 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT
* * * * * *
13412692 ATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAC
1 -TTT-ATTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAATAATACTAA
* * * * * *
13412757 TTTAGTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAATAGATTTAAAAAAATAAA-TTAGTTTACCGAATTG
63 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTA-TTTACCAAACTA
** * * * *
13412821 ATTCAAATAATTATGGCCATTTAAAC-ACTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTC
126 ATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * *
13412885 ATAAAACAATTGCTTTTTAACATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT
191 ATAAAACAATTG-TTTTTAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * ***
13412950 TCAAGAATTAATAAGAGATTCAAAAAATAAATCAATTTATTGAACCAATTCAAATAGTTATGACT
255 TCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACT
* * * ** *
13413015 ATTTGAACAATTATTTGTTTCAAATTGTTATAACCT
320 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CT
* * * *
13413051 TTTATTCTATCATAAAATAATTGTTTTTGCTCATACAAGCTTGTTCAGAATAGAATGAA-ACTAA
1 TTTATT-TATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATA-AAT-AATACTAA
* * * *
13413115 TTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTATCAAACTAAT
63 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTAAT
* ** * * ** * *
13413180 TCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTGTTATTTTTTATTTTGCCAT
128 TCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
13413245 GAAACAATTGTTTTTGTTA-ATATAAGTTTGTTCAAAATAAAA-AATACTAATTTATTAATA--T
193 AAAACAATTG-TTTT-TAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * *
13413306 ------TTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCAGCTTACCAAACTATTTCAAATAGTTTTGACTA
256 CAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTA
* *
13413365 TTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCT
321 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CT
* * * * * ** *
13413400 TTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCT-GTTTATACTATTTTATT-TGAAATAAAATAATACTA
1 TTTA-TTTATCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AAT-AAATAATACTA
* * * * * * * * ** * *
13413463 ATTTAATAATATTAT-GAAACTTAATAACTAAGA-AATTACAAAATTAATTTAATTGTCGAACCA
62 ATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTA
* * * * *
13413526 GTTCAAATAATTA-AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCATTTCTTTTGT
126 ATTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
** * * * ** * *
13413590 TGTAAAATAATTGTTTTGT-TCGTACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATAT
190 CATAAAACAATTGTTTT-TAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * ** *
13413654 TTCAAAAATTAATTACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAGTTGGTTA
254 TTCAAAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTA
* * * * * ** *
13413719 AGACAATTAGAGTAATTATCTATTTTAAATTGTTTTGACT
315 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT
** * * * * *
13413759 TTTATTTAGTTGTAAAACAACTGTTTTAATTCACAGAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACCAAT
1 TTTATTTA-TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAA-TAATACTAAT
* * * ** * *
13413824 TTATTGACATTTGAAAAATTAATAAAAAATAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC-AAG
64 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTACCAAACTAA-
* * * * * * * * *
13413888 TACAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTTTTTTAAATTATAATAACCTTTTGATTTGTCA
127 TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** **
13413953 TAAAACAATTGTTTCAATT-A-ATAGAAGCTTAGACGGAATAAAATAATACTAATTT-TTAATAT
192 TAAAACAATTGTTT---TTAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * ** * * *
13414015 TTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAAAAATAAATCTA-TTTATCGAATTATTTAAAATAATT
254 TTCAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAAATAAATC-AGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTT
* *
13414079 ATGACCATTTGAATAATTGTCTATTTCAAAT
314 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
13414110 TGTTTTTTAT
Statistics
Matches: 1631, Mismatches: 407, Indels: 185
0.73 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
347 23 0.01
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (354 bp):
TTTATTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATAATACTAATTT
ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTAATTCA
AATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTTTAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
ATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGA
ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT
Found at i:13413420 original size:168 final size:169
Alignment explanation
Indices: 13413171--13413475 Score: 398
Period size: 168 Copynumber: 1.8 Consensus size: 169
13413161 TTTTATTTAT
* * * **
13413171 CAAACTAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTGTTATTTTTTA
1 CAAACTAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTA
* * * *
13413236 TTTTGCCATGAAACAATTGTTTTTGTTAATA-TAAGTTTGTTCAAAATAAAA-AATACTAATTTA
66 TTTTGCCATCAAACAATTGGTTCTGTTAATACT-AGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
*
13413299 TTAATATTTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCAGCTTAC
130 ATAATATTTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCAGCTTAC
* * * * * *
13413339 CAAACTATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTA
1 CAAACTAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTA
* * * **
13413404 TTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTTATACTATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAA
66 TTTTGCCATCAAACAATTGGTTCTGTTAATACTAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAA
13413469 TAATATT
131 TAATATT
13413476 ATGAAACTTA
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 21, Indels: 3
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
168 94 0.82
169 20 0.18
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.07, T:0.44
Consensus pattern (169 bp):
CAAACTAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTA
TTTTGCCATCAAACAATTGGTTCTGTTAATACTAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAA
TAATATTTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCAGCTTAC
Found at i:13413740 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 13413552--13413883 Score: 416
Period size: 180 Copynumber: 1.8 Consensus size: 181
13413542 CTATATGAAC
* * * * * **
13413552 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCATTTCTTTTGTTGTAAAATAATTGTTTT-GTTCGTACA
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CATTTATTTAGTTGTAAAACAACTGTTTTAATTCACACA
* * * * * **
13413616 AGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATTACTAAGAGATTT-
65 AGCTTATTCAGAATAAAATAATACCAATTTAATAACATTTCAAAAATTAATAAAAAAGAGATTTA
* *
13413680 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAGTTGGTTAAGACAATTAGAGT
130 AAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAGTTCAGTTGGTTAAGACAATTAGAGT
* * * *
13413732 AATTATCTATTTTAAATTGTTTTGACTTTTATTTAGTTGTAAAACAACTGTTTTAATTCACAGAA
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTATTTAGTTGTAAAACAACTGTTTTAATTCACACAA
* * * * *
13413797 GCTTATTCAGAATAAATTAATACCAATTTATTGACATTTGAAAAATTAATAAAAAATAGATTTAA
66 GCTTATTCAGAATAAAATAATACCAATTTAATAACATTTCAAAAATTAATAAAAAAGAGATTTAA
13413862 AAAAATAAATCTATTTACCAAA
131 AAAAATAAATCTATTTACCAAA
13413884 CAAGTACAAA
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 25, Indels: 3
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
179 24 0.19
180 80 0.64
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTATTTAGTTGTAAAACAACTGTTTTAATTCACACAA
GCTTATTCAGAATAAAATAATACCAATTTAATAACATTTCAAAAATTAATAAAAAAGAGATTTAA
AAAAATAAATCTATTTACCAAATCAGTTCAGTTGGTTAAGACAATTAGAGT
Found at i:13414360 original size:313 final size:313
Alignment explanation
Indices: 13413821--13414422 Score: 787
Period size: 313 Copynumber: 1.9 Consensus size: 313
13413811 AATTAATACC
* **
13413821 AATTTATTGACATTTGAAAAATTAATAAAAAATAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA
1 AATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAAAAATAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA
** * *
13413886 AGTACAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTTTTTTAAATTATAATAACCTTTTGATTTGT
66 AGTACAAATAGTTACAACTATTTGAACAATTATCTTTTTAAAATTATAATAACCTTTTGATTTGA
* **
13413951 CATAAAACAATTGTTTCAATTAATAGAAGCTTAGACGGAATAAAATAATACTAATTTTTAATATT
131 CATAAAACAATTGTTTCAATTAATAAAAGCTTAGACAAAATAAAATAATACTAATTTTTAATATT
** * ** *
13414016 TCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAAAAATAAATCTATTTATCGAATTATTTAAAATAATTAT
196 TCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAATTAAAATAATTAT
* * *
13414081 GACCATTTGAATAATTGTCTATTTCAAATTGTTTTTTATCACAATTTTGTCCA
261 GACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTTTTTATCACAATTTTGTCCA
* * * *
13414134 AATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAA-AGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACTACAC
1 AATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAA-AAAATAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
* ** * * *
13414198 AAGTTCAAATAGTTACAACTATTTGAATGATTAT-TTGTTTAAAATTATTATGACCTTTTGGTTT
65 AAGTACAAATAGTTACAACTATTTGAACAATTATCTT-TTTAAAATTATAATAACCTTTTGATTT
* **
13414262 GACATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAAT
129 GACATAAAACAATTGTTTCAATTAATAAAAGCTTAGACAAAATAAAATAATACTAATTT-TTAAT
* * * * * * * *
13414327 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAG-AGTTTAAAAAATTAATTTGTTTATCGACCAAATTCAAATAGT
193 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAATTAAAATAAT
*
13414391 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT
258 TATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT
13414423 CATTATGAAA
Statistics
Matches: 245, Mismatches: 41, Indels: 6
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
312 2 0.01
313 216 0.88
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ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (313 bp):
AATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAAAAATAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA
AGTACAAATAGTTACAACTATTTGAACAATTATCTTTTTAAAATTATAATAACCTTTTGATTTGA
CATAAAACAATTGTTTCAATTAATAAAAGCTTAGACAAAATAAAATAATACTAATTTTTAATATT
TCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAATTAAAATAATTAT
GACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTTTTTATCACAATTTTGTCCA
Found at i:13414392 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 13414134--13414556 Score: 505
Period size: 180 Copynumber: 2.3 Consensus size: 181
13414124 ATTTTGTCCA
* * * * * *
13414134 AATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTA-CTACAC
1 AATTTCTTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTT-AAAAAATAAATTTGTTTATCGACAC
* ** * * * **
13414198 AAGTTCAAATAGTTACAACTATTTGAATGATTATTTGTTTAAAATTATTATGACCTTTTGGTTT-
64 AAATTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAAATTTT-GTTTA
*
13414262 GACATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT
128 GACATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAAT
*
13414316 AATTTCTTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAATTAATTTGTTTATCGAC-CA
1 AATTTCTTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGACACA
** *
13414379 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAAATTTTGTTTAGT
65 AATTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAAATTTTGTTTAGA
* * ***
13414444 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAAT
130 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAAT
* * * *
13414496 AATTTTTTAATATTCAAAAAATTAATAAGTC-AGCAATTTAAAAAATGATTTTGTTTATCGA
1 AATTTCTTAATATTCAAAAAATTAATAAG-CAAG-AGTTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGA
13414557 ATCAGTTCAA
Statistics
Matches: 207, Mismatches: 28, Indels: 13
0.83 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 7 0.03
180 138 0.67
181 31 0.15
182 28 0.14
183 3 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (181 bp):
AATTTCTTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGACACAA
ATTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAAATTTTGTTTAGAC
ATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAAT
Found at i:13414619 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13414264--13414660 Score: 471
Period size: 180 Copynumber: 2.2 Consensus size: 180
13414254 TTTGGTTTGA
* * *
13414264 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATAT
1 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTCTTAATAT
* * *
13414329 TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAATTAATTTGTTTATCGACCAAATTCAAATAGTTAT
66 TTCAAAAATTAATAAGCAAGAATTTAAAAAATGAATTTGTTTATCGACCAAATTCAAATAATTAT
* * * *
13414394 GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAAATTTTGTTTAGT
131 GACCATTTCAACAATTATCGATTTAAAATCAATATGAAATTTTGTTTAGT
* ** *
13414444 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTTTTAATA-
1 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTCTTAATAT
* * *
13414508 TTCAAAAAATTAATAAGTC-AGCAATTTAAAAAATGATTTTGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAA
66 TTC-AAAAATTAATAAG-CAAG-AATTTAAAAAATGAATTTGTTTATCG-ACCAAATTCAAATAA
* * * *** *
13414571 TTATGGCCATTTCAGCAATTATCGATTTGAAATCAATAT-TCTTTTTGTTTGGT
127 TTATGACCATTTCAACAATTATCGATTTAAAATCAATATGAAATTTTGTTTAGT
* **
13414624 CATATAACAATTGTGTTTTA-TCATACAAGCTTATTCA
1 CATAAAACAATTGT-TTCAATTCATACAAGCTTATTCA
13414661 GAATTGTAGA
Statistics
Matches: 182, Mismatches: 30, Indels: 10
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 3 0.02
180 110 0.60
181 67 0.37
182 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
CATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTCTTAATAT
TTCAAAAATTAATAAGCAAGAATTTAAAAAATGAATTTGTTTATCGACCAAATTCAAATAATTAT
GACCATTTCAACAATTATCGATTTAAAATCAATATGAAATTTTGTTTAGT
Found at i:13417226 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 13417190--13417280 Score: 84
Period size: 30 Copynumber: 3.0 Consensus size: 30
13417180 AAAAAATATA
13417190 TTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTT
1 TTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTT
* *
13417220 TTTTTGA-AAATAAGCTTTCTAAA--A--AATATT
1 TTTTTGAGGAA-AAG--TT-GAAAGTATCAAT-TT
13417250 TTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTT
1 TTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTT
13417280 T
1 T
13417281 CCTTGAAGAT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 4, Indels: 20
0.66 0.06 0.28
Matches are distributed among these distances:
27 3 0.06
28 2 0.04
29 6 0.13
30 25 0.53
31 6 0.13
32 2 0.04
33 3 0.06
ACGTcount: A:0.38, C:0.04, G:0.15, T:0.42
Consensus pattern (30 bp):
TTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTT
Found at i:13417404 original size:57 final size:57
Alignment explanation
Indices: 13417182--13417512 Score: 400
Period size: 57 Copynumber: 5.8 Consensus size: 57
13417172 AAATTTCAAA
** *
13417182 AAAATATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTTTTTGAAAATAAGCTTTCT
1 AAAA-ATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTGAAAATAAACTTTCT
* * *
13417240 AAAAAATATTTTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTGAAGATAAGCTTTCC
1 -AAAAATA--TTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTGAAAATAAACTTTCT
* * *
13417300 AAAAAAATATTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAA-TTTCTTTAAAAATAAACTTTCT
1 AAAAATAT-TTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTGAAAATAAACTTTCT
* *
13417357 AAAAATATTTTTG-GGAAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAA-TTTTT
1 AAAAATATTTTTGAGG-AAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTGAAAATAAACTTTCT
** * * * * *
13417413 AAAACGATTTTTAAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTCGAGATTAAAATTTCT
1 AAAAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTGAAAATAAACTTTCT
*
13417470 AAAAA-ATATTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTG
1 AAAAATAT-TTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTG
13417513 TACAAAAGTG
Statistics
Matches: 239, Mismatches: 25, Indels: 18
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
55 2 0.01
56 70 0.29
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*
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*
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*
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* * *
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*
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* *
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* * * **
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* * * * * * *
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13423163 ATGATTGTCA
*
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* * * *
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*
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* * * * * *
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1 AGGAGC
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* *
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*
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* * *
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66 GGAGCTTTGATCAAAATTTTAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAA
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*
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*
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* *
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1 TTT-TTATTTTTACTTT
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13423868 CATTTATCAT
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1 TTTTATTTTTACTTTATGATTTA
13423901 TTTT-TTTTT-CTTT-TGATT
1 TTTTATTTTTACTTTATGATT
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1 GAGGAGAAATCCGAATAG
*
13424134 GAGGAGGAATCCGAATAG
1 GAGGAGAAATCCGAATAG
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1 GAG
13424155 AGGGGAAAAA
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* *
13426350 AAAAAATATTTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCTTTGAAGATAAGCTTTCC
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* * *
13426409 AAAAAAATATTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAACTTTCT
1 AAAAATAT-TTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTT-CTTGAAAATAAGCTTTCT
* * **
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1 AAAAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTT-CTTGAAAATAAGCTTTCT
*** * * * * * *
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* * *
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1 AAAAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTT-CTTGAAAAT-AAGCTTTCT
*
13426637 AAAAGATA-TTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTTCTTG
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13426680 TATAAAAGCG
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13426347 TCTAAAAAAT
13426357 ATTTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCA
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* * * *
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*
13426415 ATATTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCA
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1 ATTTT
13426448 CCTTAAAAAT
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* * ** * *
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* * *
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*
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*
13426466 TAAAAATATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAAATTT-T-AAAACG
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*
13426529 GTTTTTGAGGAAAAGTTAAAAATATCAATTTT-TCTCGAA-ATTAAGGTTTCCAAAAAATATTTT
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* * * *
13426592 TGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTCGAAATTAAAGTTTC
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13427280 TAAAATAAAT
* * * * * * * * *
13427290 CTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTCATGTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATATTACTA
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* * * * * * **
13427355 ATATAATAATACTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTGCCAAACCA
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* * * * *
13427419 GTTCAAATAATTAAGACTATATGAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATAAC
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* *
13427471 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTACAATTCACT-CTAGCTTATTTAGAATAAAATAAAATG
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTT-CTATTCA-TACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAAAT-
* * *
13427535 AATTTATTAATATTTCAGAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTATGCTTATCTAACC
63 AATTTATTAATATTTCAGAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTAT-TTTATCAAACC
* * ** * *
13427599 AGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACGATTATCTATTTCGAATCATAATGAC
126 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * * * *
13427652 CTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTT-TGTCCATAAAAGTTTGTTTCA-AATAAATTGATAC
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAAT-AAAA
* * *
13427715 TACTTTATTAATAATTT-AAAAATTAATAA-T--AGATCTAAAAAATAAATCT-TTTTATCAAAC
62 TAATTTATTAAT-ATTTCAGAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTTATCAAAC
* * * * * * * **
13427775 GAGTTCAAATGGTGATGATTAATTGAGTAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC
125 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * * ** * *
13427829 TTTTTGTTCT-ACTATAAGACAATAATTTCTATTCATACATGTTTATTGGGATTAAAATAATACT
1 CTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAAT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAA-AAT
** * * * *
13427893 AATTTATTAAT-TTTTTGATAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAATAAA-TATATTTACCAAACT
63 AATTTATTAATATTTCAGA-AATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTAT-TTTATCAAACC
* * * *
13427956 AGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCATTGTGA-
126 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * *
13428008 CTTTTCTTTTGTCATAAAAAAATTATTTC-AGTTTATATAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATAC
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAA-AA
* * * * ** * *
13428071 TAAGTTATTAAGATTTCAAAAATTAATAAATGAAAGATTTAAAAAATTAACCTA-TTCA-CTTAA
62 TAATTTATTAATATTTCAGAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAA-TAAATTATTTTATC-AAA
* ** * * **** *
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124 CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* ** * *
13428189 CTATTGTTTTGTCATAAAATGATTTCCTCTATTCATACCAA-CTTATTTCA-AATAAAATAATAT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT-TTCTATTCATA-CAAGCTTATTT-AGAATAAAATAAAAT
* *
13428252 AAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAATAAGTAAACGATTT-AAAAATAAATCTA-TTTA-CTGA
63 -AATTTATTAATATTTCAGA-AATTAATAAGTAAA-GATTTAAAAAATAAAT-TATTTTATC-AA
* * * * * **
13428313 ACAAGTTTAAATTA-TTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATGAC
123 ACCAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * ** * *
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1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAA-AATA
* * * * *
13428434 TTTTATTAATATTT-TGACAATTAATAGGTAAAAAGATTAAAAAAATAAA-TATTTTTATCGAAC
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* * * * *
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* * * * *
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1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAAATAA
* * * * * *
13428608 --TATT-A-A--T---AATTTAATAAGTAAAAGAATTAATAAAATGAATCTA-TTTACCGAACAA
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* * * *
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127 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * *
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1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT-TTCTATTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAAAAT-
* *
13428779 AATTTATTAATATTTC--AAA--AATAA--AAA-ATTTTAAAAATAAATATATTTTAT-GAACAC
63 AATTTATTAATATTTCAGAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTTATCAAAC-C
* *
13428836 A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAT
126 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
** * * * *
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1 CTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAA-AAT
* * * * *
13428952 AATTTATTAATATTCCA-AAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCAAGCG
63 AATTTATTAATATTTCAGAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATTAT-TTTATCAAACC
* *
13429015 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGAT
126 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * ** * *
13429068 CTTTTATTTTATCATGAAACAATTGTTTCTATTCA-AGCAAG-TTCATTCGGAGTAAAATAATAT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTATTCATA-CAAGCTT-ATTTAGAATAAAATAAAAT
* * * * *
13429131 AATTTGTTAATA-TTCTA-AAAGTTAAT-A-T---G-TTT-GAAAGTAAA-TATCTTTACCAAAT
63 AATTTATTAATATTTC-AGAAA-TTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTAT-TTTATCAAAC
* * * * *
13429186 AAGTTCCAATAGTCATGTCCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
125 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * ** * * **
13429240 ATTATGTTTTATCGTAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAGTAAAATAATACCA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAA-AATA
* * *
13429305 ATTTATCACTATTTCA-AAA-T--TAA-TAAAGATTTAAAAAATAAA-TATTTT-TGCCAAATCA
64 ATTTATTAATATTTCAGAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTATTTTAT--CAAACCA
* * * * *
13429363 GTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATGTATTTCAAATCATTCTGAC
127 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * *
13429415 CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTATTTAAAATATAAA-AAATAC
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATA-AAATAAA-A-
* * * *
13429479 TAATTTATTAACATTTACA-AAATTAATAAGTAAAAAAATTTTAAAAATAAATT-TGTTTACCAA
62 TAATTTATTAATATTT-CAGAAATTAATAAGT--AAAGATTTAAAAAATAAATTAT-TTTATCAA
** * * * *
13429542 ATAAGTTCACATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAC
123 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * *
13429598 CTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTT-TAGTGCATAAAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATAT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAAAAT
* * * * *
13429661 CACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGACATTTAAAAAAT
63 -AATTTATTAATATTTCAGAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAAT
13429708 GAATCAGTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTATTAATATTTCAGAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTATTTTATCAAACCAGTTC
AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
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* * * ** * * * *
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* *** * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* ** * * * * *
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* * * * *
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383 ACAAA-CTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAAT-A-TTAAGACAATTAATAAGTAAC
* * * ** *
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*
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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195 TTCAATTAATATAAGCTTATT-GAAATAAAATAA-AATGAAGTTATTAAGATTTCAAAAATTAA-
*
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* ** * * ** *
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*
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* * * * * *
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* **
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511 TCAAATTGTTATGACTTTTTATTTAC
** * *
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1 TCATAAAACAATAATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
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* *
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129 CATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT
* *
13428575 GTTTCAATTAATATAAGCTTATT----TGAAATAAAAT--A-TTAAT-A-ATTT----AA-T---
194 -TTTCAATTAATATAAGCTTATTGAAATAAAATAAAATGAAGTTATTAAGATTTCAAAAATTAAA
* * * * * * ** *
13428623 AAGTAAAAGAATTAATAAAATGAATCTAT-TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATCTGA
258 AAGTAAGAGATTTAA-AAAAT-AA-CTATCTCATCTAACCAGTTCAAATAACTATGATTATTTGA
* ** * * * * * * * *
13428687 ATAATTATCTATTTCAAAA-CATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTATTCAATTCAT
320 ACAATTATCTATTT-AAAATCACAATAACCTATTGTTTTATCATAAAAAAATTT-CTCTATCCAT
* * * *
13428751 GCAATCTTATTTCAAATAAGATAATATAAATTTATTAATATTTCAA-A-AA-TAA-AA--AA--T
383 ACAAACTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAACGA
* * * * * *
13428808 TTTAAAAATAAATATATTTTA-TGAACACA-TTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
446 TTAAAAAATAAATCTA-TTTACTAAACA-AGTTCAAATGA-TGATGATTAATTGAACAATTATCT
** * * **
13428870 ATTTCAAATCATTATGA-TAATTTGTTTTG
508 ATTTCAAATTGTTATGACT-TTTTATTTAC
** * * * * *
13428899 TCAT-AAACTAATTGTTTTTATTCATACGAGCTTATAT-AGAATAAAATAACACTAATTTATTAA
1 TCATAAAAC-AATAATTTCTATTCATACAAGCTTAT-TCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * * * * *
13428962 TA-TTCCAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAGCGAGTTCAAATAG
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* * * * * *
13429026 TTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTATCATGAAACAAT
128 TCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAT
* ** * * * * * * *
13429091 TGTTTCTATTCAA-GCAAG-TTCATTCGGAGTAAAATAATAT-AATTTGTTAATA-TTCTAAAAG
193 T-TTTCAATT-AATATAAGCTT-ATT-GAAATAAAATAAAATGAAGTTATTAAGATTTC-AAAAA
* * * * * * * ** * * *
13429152 TT---AA-T-A-TG-TTT-GAAAGTAAATATCTTTACCAAATAAGTTCCAAT-AGTCATG-TCCA
253 TTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAACTATC-TCATCTAACCAGTTCAAATAACT-ATGAT-TA
* * ** * * * * *
13429207 TTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT-TATGTTTTATCGTAAAACAATTATTTCTA
315 TTTGAACAATTATCTATTTAAAATCACAATAACCTAT-TGTTTTATCATAAAAAAATT-TCTCTA
* * * ** * * *
13429271 TTCATACAAAATTA-TTCAGAGTAAAATAATACCAATTTATCACTATTTCA-A-AATTAAT-A--
378 TCCATACAAACTTATTTCA-AATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAATAAGT
* * * * * * *
13429330 AA-GATTTAAAAAATAAATATTTTTGCCAAATC-AGTTCAAAT-AGTTAAGACT-ATTAGAACAA
441 AACGA-TTAAAAAATAAATCTATTTACTAAA-CAAGTTCAAATGA-TGATGATTAATT-GAACAA
* ** * * * *
13429391 TTATGTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAG
502 TTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTATTTAC
* ** * * ***
13429426 TCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTATTTAAAATATAAAA-AATACTAATTTATTAA
1 TCATAAAACAATAATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGGAT-TAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** * * * * * *
13429490 CATTTACAAAATTAATAAGTAAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAGTTCACATA
64 TATTTTGACAATTAATAAGT-AAAAAA-TTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATA
* * * * * * *
13429555 GTTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAATAA
127 GTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAA
* * ** * * * ** *
13429620 TTGTTTTAGTGCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATCACTTTATTAATATTTCAAAAATT
192 TT-TTTCAATTAATATAAGCTTATT-GAAATAAAATAAAATGAAGTTATTAAGATTTCAAAAATT
* * * *
13429685 GATAAGTTAGACATTTAAAAAAT
255 AAAAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
13429708 GAATCAGTTT
Statistics
Matches: 1505, Mismatches: 269, Indels: 187
0.77 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
516 2 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (536 bp):
TCATAAAACAATAATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCA
TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTT
TCAATTAATATAAGCTTATTGAAATAAAATAAAATGAAGTTATTAAGATTTCAAAAATTAAAAAG
TAAGAGATTTAAAAAATAACTATCTCATCTAACCAGTTCAAATAACTATGATTATTTGAACAATT
ATCTATTTAAAATCACAATAACCTATTGTTTTATCATAAAAAAATTTCTCTATCCATACAAACTT
ATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAACGATTAAAAAATA
AATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATGATGATGATTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
ATGACTTTTTATTTAC
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Indices: 13428787--13428828 Score: 57
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13428777 TAAATTTATT
*
13428787 AATATTTCAAAAATAA
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*
13428803 AAAATTTTAAAAATAA
1 AATATTTTAAAAATAA
13428819 ATATATTTTA
1 A-ATATTTTA
13428829 TGAACACATT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 1
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
16 15 0.68
17 7 0.32
ACGTcount: A:0.60, C:0.02, G:0.00, T:0.38
Consensus pattern (16 bp):
AATATTTTAAAAATAA
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13428641 AATGAATCTA
* * * * * *
13428651 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATCTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGATC
1 TTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC
* * * ** * *
13428716 -TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TATTCAATTCATGCAATCTTATTTCA-AATAAGATAATA-
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* * * *
13428777 TAAATTTATTAATATTTCAAAAATAAAAAAT-TTT-AAAAATAAATATAT
129 T-AATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAATGTTTAAAAAATAAATAT-C
** *
13428825 TTTATGAACA-CA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAT
1 TTTACCAA-ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAT
* * * * ** * *
13428888 -AATTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTTTATTCATACGAGCTTATAT-AGAATAAAATAACA
65 CATTTTGTTTTATCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAAATTAT-TCAGAGTAAAATAATA
* * * *
13428950 CTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTG
128 CTAATTTATTAATATTCTAAAA-T--TAA-T--AATGTTTAAAAAATAAATATC
*** * *
13429004 TTTACCAAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATC
1 TTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC
* * * *
13429069 -TTTTATTTTATCATGAAACAATTGTTTCTATTCA-AGC-AAGTTCATTCGGAGTAAAATAATA-
66 ATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-CAAAATT-ATTCAGAGTAAAATAATAC
* * *
13429130 TAATTTGTTAATATTCTAAAAGTTAAT-ATGTTT-GAAAGTAAATATC
129 TAATTTATTAATATTCTAAAA-TTAATAATGTTTAAAAAATAAATATC
* * * * *
13429176 TTTACCAAATAAGTTCCAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGA-C
1 TTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC
* * * *
13429240 ATTATGTTTTATCGTAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAGTAAAATAATACCA
66 ATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAGTAAAATAATACTA
* * * *
13429305 ATTTATCACTATT-TCAAAATTAATAAAGATTTAAAAAATAAATATT
131 ATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAATG-TTTAAAAAATAAATATC
* * * * * *
13429351 TTTGCCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATGTATTTCAAATCATTCTGA-C
1 TTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC
* * * *** * * * *
13429415 CTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTATTTAAAATATAAAAAATAC
66 ATTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAGTA-AAATAATAC
* * * * *
13429479 TAATTTATTAACATT-TACAAAATTAATAAGTAAAAAAATTTTAAAAATAAATTTG
129 TAATTTATTAATATTCT--AAAATTAATAA-T------GTTTAAAAAATAAATATC
* * *
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* * * * * *
13429598 CTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTT-TAGTGCATA-AAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATA
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* * *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* ** * * *
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* * * * **
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* *
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* *
13428972 TTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATT
1 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT-TTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * *
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* * * * * *
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128 AAGCAA-TCTCATTTC-AAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTC-AAAAATAAAAAAT-TT
* * * * *
13429162 TGAAAGTAAATAT-CTTTACCAA-ATAAGTTCCAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATT
189 TAAAAATAAATATACTTTACCAACA-AA-TTCAAATAGTCATGACCATTTGAACAATTATCTATT
* *
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* * * *
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* *
13429324 -T--TAA-T-AAAGATTTAAAAAATAAATATTTTTGCCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATT
1 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * *
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* * * *
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128 A-AGCAAT-CTCATTTCAAATA-AAATAATA-TAAATTTATTAATATTT-C---A--AA-AA-T-
** * * * *
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* *** * *
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TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTTTTACCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCAAG
CAATCTCATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATAAAAAATTTTAAAAAT
AAATATACTTTACCAACAAATTCAAATAGTCATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
TATGATAATTTGTTTTATCATAAACTAATTATTTCTATTCATACAAAATTATATAGAATAAAATA
ACACCAATTTATCAATATTCCAAAA
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* *
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*
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1 AATAGTTATGACTATTTG
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AATAGTTATGACTATTTG
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13429997 ATGTTCACTG
* * * * * *
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* * * ** * * *
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* * *
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* * *
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* *** *
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* * *
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* *
13430368 GAACACCTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTACTTT-AAATAGTTATGACCATTTG
1 -AACAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATAGTTATGACCTTTTG
* * * * * * * *
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* * *
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AACAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTT
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ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTATTA
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * *
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*
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* * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * *
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* * ** *
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* *
13431080 CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAA
130 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCGAA
*
13431131 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA-AAATTA
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAA-TA
* * * ** *
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* * * * ** * * * *
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* *
13431311 ATAAAA-AATATTAATTTATTAATATT-TTAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAATA
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAT-AAATA
* * * * * * * * * *
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64 TGTTTGCCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * ** * *
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129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCATTCATACAAG-CTTATTCGAA
* * * * * * * ** *
13431487 ATAAAGTAATGCTAATTTATTAATGTTTTGAAAATTAGTAAGTAATAGATTTAGAAAATGTATCT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAATAAATAT
* * * * * * * ** *
13431552 GTTGGCCTAACCAGTACAAACAATTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTATAA
65 GTTTGCCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGA
* * **
13431617 CCTTTTTTTTTTGTCACAAAATAATTGTTTCTATTTGTACAAGCTTATTCGAA
129 CC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCGAA
*** * * * * *
13431670 ATGGCATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATAT
* * * *
13431735 GTTT-ACTAAACAAGTTCAAATAGTTGTGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT--TTCAAT
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* * * *
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127 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATT
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Statistics
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TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTCGAA
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** * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
13430724 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTTATAC-AGAATTATTCAAAATA
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* ** * *
13430779 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT-AT---TAAGAGATTTAAAAACTAAAT-TAGT
1 AAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCT-GT
* ** * * * * * * * * *
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65 TGACTAAACAAGTACAAACAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT--TTCAATAAC
* * * * * * * * *
13430901 -TATT-TATTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACTAG-TGTATT-TAGATTA
128 CTTTTCTTTTGTCACAAAATAATT-TTTCTATTCATACAAGCT-TATTCGA-AATG
* * * * *
13430953 AAATAATTG-TAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAATAATAAATATGT
1 AAATAA-TGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTG-
* * * * * * *
13431017 TTGCCT-AACTAGCT-CAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCATTC--TG
64 TTGACTAAACAAG-TACAAACAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT--TTCAATA
* * * *
13431078 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATA
126 ACCTTTTCTTTTGTCACAAAATAATT-TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATG
* * *
13431134 AAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAA--AATTATG
1 AAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAA-TCTG
* ** * * * *
13431196 TTTG-CTGAATTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGT-TATTA
64 -TTGACTAAACAAGTACAAACAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATT-TCAATAA
* * * * * * * *
13431259 CTTTTTGTTTTGTCACAAAACAAATGTTTT-TGTTCATATAAGTTTGTTCAAAAT-
127 CCTTTTCTTTTGTCACAAAA-TAAT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATG
* ** ** * *
13431313 AAAAAATATTAATTTATTAATATT-TTAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAATATGT
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* * * ** ** * * * * * * *
13431373 TTACCAAACCAGTTTAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTGAAGTCCTT--ATGAC
65 TGACTAAACAAGTACAAACAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT--TTCAATAAC
* * * * * * * * *
13431436 CATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA-TAGTCATATTCGAAAT-
128 CTTTTCTTTTGTCACAAAATAATT-TTTCTATTCATACAAG-CTTATTCGAAATG
* *** * * * *
13431489 AAAGTAATGCTAATTTATTAATGTTTTGAAAATTAGTAAGTAATAGATTTAGAAAATGTATCTGT
1 AAA-TAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGT
* * * * * **
13431554 TGGCCT-AACCAGTACAAACAATTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTATAAC
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* **
13431618 CTTTTTTTTTTGTCACAAAATAATTGTTTCTATTTGTACAAGCTTATTCGAAATG
128 C-TTTTCTTTTGTCACAAAATAATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATG
** * * *
13431673 GCATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTT
1 AAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTT
* * * * *
13431738 TACTAAACAAGTTCAAATAGTTGTGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTTCAATAACCTT
66 GACTAAACAAGTACAAACAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTTCAATAACCTT
* *
13431803 TTCTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTATTCATACAAGCTTATT
131 TTCTTTTGTCACAAAATAATTTTTCTATTCATACAAGCTTATT
13431846 TCAAATCTGT
Statistics
Matches: 844, Mismatches: 163, Indels: 120
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Matches are distributed among these distances:
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AAATAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTT
GACTAAACAAGTACAAACAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTTCAATAACCTT
TTCTTTTGTCACAAAATAATTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATG
Found at i:13432470 original size:180 final size:179
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Indices: 13432192--13441806 Score: 5684
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13432182 TTTGCTAAAT
* * * * ** * *
13432192 AAGTCCAAATAGTCATCACTATTTCAACAATTATCTATTTTGAATCATTATGATCTTTTGTTTTA
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1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
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* *
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* * * * * ***
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * ** *
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** * ** *
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* ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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64 TGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATA-TAATTTATTAA
* * * * * ***
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* * * * * *
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** * * ** * *
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** * * * *
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* * * * * * * * *
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*** * * * * * *
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* * *
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* * * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* ** **
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* * ** * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* *** ** *
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* *
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*
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* *
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** * * ** *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * **
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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*** * * * **
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* * * * ** * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * * *
13433984 AA-TTTAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTATTTTTTTCAAATAGTTATGACCATTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
13434048 TCATAAAATAATTGATTCAATTGATAC-AGTCTTATTTGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAG-CTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * ** * *
13434112 ATTCTAAAAATTAATAAGT-AATAGATTTAAAAATTGAATTTGTTGGCCTGACCAGTGCAAATAG
130 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAT-GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCTGACAAGTTCAAATAG
* * * * * * * *
13434176 TTATTACTGTTTGAACAATAATTTATTCCAAATCATTATCACCTTTTATTTTATCACAAAATAAT
194 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
* * * * *
13434241 TGTTTCTATTCGTACAAGCTTAATCAGAGTAACATAATTTTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA
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* * * *
13434306 AAAACTAAGATATTTAAAAATTGAATATGTTTATCGACC
324 ATAAGTAAAATATTTAAAAATTGAATATGTTTATCGAAC
* * * *
13434345 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAAGCTTTTGTTTT-
1 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
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66 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
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131 TTCCA-AAAATTAATAAGTAAATGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCTG-ACAAGTTCAAATAG
* *
13434537 TTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTT-TTTTGTCATAAAACAAT
194 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
* * * * * *
13434600 TGTTTTTGTTCATACAAGCATATTCA-AGATAAAATAATATTAAATTATTAATATTTTGACAATT
259 TGTTTCTATTCATACAAGCATATTCAGAG-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATT
* *
13434664 AATAAGTAAAATATTTTTTAAAAA-T--ATATATTTATTGAAC
323 AATAAGTAAAATA---TTTAAAAATTGAATATGTTTATCGAAC
* * * *
13434704 AAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
* * * * *
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66 TCAT-AAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * **
13434833 TATTCCAAAAATTAATGAGTAAGA-GATTTAAAAAATGAATTTATTTATCAAACAAGTTCAAATA
129 TATTCCAAAAATTAATAAGTAA-ATGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCTGACAAGTTCAAATA
* * * * * *
13434897 GTTATTACTATTTGAATACTTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAA
193 GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
** * * * * ** *
13434962 TCATTTTTGTTAATAAAAGCATATTTTGCA-TAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAAA
258 TTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCAG-AGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAA
* * * *
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321 TTAATAAGTAAAATATTT-AAAAATTGA-ATATGTTTATCGAAC
** ** * * * *
13435067 TTGTTCAAATAGTTGTGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCCTTTGTTTTT
1 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
* * *** * *
13435132 TCATAAACCAATTATTTTTGTTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
13435197 TTCCAAAAATTAGTAAGTAAACGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-GAGCAAGTTCAAATAAT
131 TTCCAAAAATTAATAAGTAAATGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCTGA-CAAGTTCAAATAGT
* * * ** *
13435261 TATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAAT-AGATATGATCTTTTGTTTTGGCATTAAACAAT
195 TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
** * * ** *
13435325 TGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCATAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCAAAAAATTA
259 TGTTTCTATTCATACAAGCATATTCAGAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA
* * * * * * *
13435390 ATATG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC
324 ATAAGTAAA-ATATTTAAAAATTGAATATGTTTATCGAAC
* * * * * * *
13435429 AAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTCTGTTTTA
1 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
** * ** * * * *
13435494 TCATAAAACAATTGTTTCCGTTCATGCAAATTTA-TTCAAAATAAAATATTAATGATCTATTAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * *
13435558 ATTTTAAAAATTAATAAG---A-GATTTAGAAACTAAATCTCTTTA-CT-ACAATAGTTCAAATA
130 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAATGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCTGAC-A-AGTTCAAATA
* * * * * * * * ** * **
13435617 GTTATCATTATTTAAACAACTGTCTATCTCACATCGGTATTA--TTTTG-----TCATAAAATGA
193 GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
* * * * * * *
13435675 TTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATT-TGGGTTAAAAAAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAAA
258 TTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCAGAG-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAA
* * *
13435738 TTAATAAG----AGATTTAAAAAAT-AA-ATGTATTGTC-AACC
321 TTAATAAGTAAAATATTTAAAAATTGAATATGT-TTATCGAA-C
* * * ** * * * *
13435775 AA-TTTAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATATATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAG
1 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * *
13435839 TCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAACTTA-TTCAGAA-AAAATAATACTTATGTATTAAC
66 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * ** *
13435902 ATTCGAGAAATTAATGAGCAAGA-GATTTAAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAAT
130 ATTCCAAAAATTAATAAGTAA-ATGATTT--AAAAAATAAATCTATTTACCTGACAAGTTCAAAT
* * * * * * *
13435966 AGATT-TTACTATTTGGATAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATCAAA
192 AG-TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA
* * * * * * *** *
13436029 CAATTGTTTCTATTTATAAAAACTTA-TCCGAAATAAAATAATGCCACTTTATTAATATT-TCAA
255 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCAG-AGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AA
* * * * ** * *
13436092 AAATTAATAAGGAAGAGATTAAAAAACTAAAACTAT-TTT-CCTAAC
318 AAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAA-TTGAA-TATGTTTATCGAAC
* * * * * * *
13436137 TAA-CTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTT
1 -AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTT
* * *
13436200 CTCATGAAACAATTGTTTCAGA-TCATACAAGCTTATTT-AGATAAAAATAATTA-TAATTT-TC
65 GTCATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTTCAAAT-AAAATAA-TACTAATTTAT-
* * * ** **
13436261 AAATATTTCAAAAA-TAATAAG---A-GATTTAAAAAATAAATATATTTGTCAAACCAA-TTCAA
126 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAATGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCTGA-CAAGTTCAA
* * * * * * * * * *
13436320 ATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTGAAATCATTTTGACATTTTGTTTAATCACAGAA
190 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA
* * * * * ** * * ** * * *
13436385 TAATTGTTTCAACTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAACACAAATTTTTTAACATTCAAAAA
255 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCAGAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAA
** * * * * * *
13436450 ATTAATAAACAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTGAT-GAAT
320 ATTAATAAGTAAAATATTT-AAAAATTGAATATGTTT-ATCGAAC
* * * * * *
13436494 AAATTAAAAAAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT-AAATTCGTTATGACCTTTTGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATAACCTTTTGTTTT
* * * *
13436558 GTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTACTTTATTAAT
65 GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * ** * *
13436622 ATTTCAAAAATTAATAAG---A-GATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACTTAATTAGTTCATATAA
130 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAATGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCTGACAAGTTCAAATAG
* * * * ** * *
13436682 TTATGGCCATTTAAACAACTATTTTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTG--ATATCATAAAACAA
194 TTATGACTATTTGAACAATTA-TTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
* * * * * * * * **
13436745 TTATTTTTCAAT-ATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATT-TCATGA
258 TTGTTTCT-ATTCATACAAGCATATTCAG-AGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAA
* * * * * * *
13436807 ATTAATAAG----AGATTCAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC
320 ATTAATAAGTAAAATATTTAAAAATTGAATATGTTTATCGAAC
* * * * * *
13436846 TAGTTCAAATTGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTG-TTTA
1 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
* *** * * *
13436910 TCATAAAAGAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAAAA
66 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* ** * * ** *
13436975 TACTGAAAATTAATAAGTAAGA-GA-ATAAAAACATAAGTAC-ATTT-GTTGAACCAA-TTGAAA
131 TTCCAAAAATTAATAAGTAA-ATGATTTAAAAA-ATAAAT-CTATTTACCTG-A-CAAGTTCAAA
** * * * * *
13437035 CGGTTAAGACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
191 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
* * * * * * *
13437100 AATTATTTC-AGCTCATACAAGCTTATTCGGAATAGAATAA-AATAATTTATTAATATT-TCAAA
256 AATTGTTTCTA-TTCATACAAGCATATTCAGAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAA
* * * * * *
13437162 AATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAA-T-AAT-TCTAGTTACCAAAC
319 AATTAATAAGTAAAATATTTA-AAAATTGAATATGT--TTATCGAAC
* * * * *
13437206 CAGTTCAAATA---AT---TA--T----AA--A--TATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTA
1 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
13437255 TAATAAAATAATCGTTTCAATACCA-ATAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
13437319 ATTCCAATAATTAATGAGTAAGA-GAATTT--AAAA-AAATCTATTTA-TTGAATAAGTTTAAAT
130 ATTCCAAAAATTAATAAGTAA-ATG-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCTG-ACAAGTTCAAAT
* * * * ** *
13437379 AGTTATAACTATCTGAATAATT-TTCTATTTCAAAAT-ATTAAGACCTTTCATTTTGTCATAAAA
192 AGTTATGACTATTTGAACAATTATT-TATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA
* * * * ** * * * * *
13437442 TAATTGATTCTGTTCATGCAAGTTTATTTCA-AATAAAATAATATAAATTTAGTAATGTTCCAAA
255 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCATA-TTCAGAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAA
* * * * * * * * *
13437506 AATTAATATGTAGAA-ATTAAAAAAATAAATCTATTTTTTGAAC
319 AATTAATAAGTAAAATATTTAAAAATTGAATATGTTTATCGAAC
* * * * *
13437549 ACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATCATTATGACCTTTTATTTT
1 A-AGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTT
* * * *
13437613 GTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAATCTTATTT-AGAATAAAATAATATTAATTTATT--
65 GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * ** * ** * *
13437675 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGACTTAAAATTTAAATCTGTTTA-CAAATCGAGTTTAAATA
129 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAATGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCTGA-CAAGTTCAAATA
* * *
13437739 GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATTATCTTTTGTTTTGTCA-AAAACCA
193 GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA-CA
* ** ** * *
13437803 CTTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-AAAAT
257 ATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCAGAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAAT
* * *** * * * * *
13437866 TGATGAGTTGGAGAATTAAAAAATAAAGT-TCTTTA-CTGAAC
322 TAATAAGTAAAATATTTAAAAATTGAA-TATGTTTATC-GAAC
* * * * *
13437907 AAGTTC---TA-TCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
** * ** ** * *
13437968 TCGCAAAACAATTATTTTTATTCATACAAAATT-GTTCATAATAAAATAATACTAGTTTATTAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* ** * * *
13438032 ATTTCAAAAATTAATAAG--AA--ATTTAAAAACCAAATCTGTTTACC-GAACCAGTTCAAATAT
130 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAATGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCTG-ACAAGTTCAAATAG
* ** * * *
13438092 TTATGACTATTTGAACAATAAGCTCTTTCAAATCATTATGAAC--TTGTTTTGTCATAAAACAAT
194 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
* * * * * ** *** *
13438155 TGTTT-TGTTCATATAAGCTTATTCAAAGTAAAATATTGCTAAACAAATAATATTCTAAAAATTA
259 TGTTTCTATTCATACAAGCATATTCAGAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA
* * *
13438219 ATAAG----ATATTTAAGAAA-TAAATATATTT-GCTGAAC
324 ATAAGTAAAATATTTAA-AAATTGAATATGTTTATC-GAAC
* * * * * * * * *
13438254 CAGTTCAAATAGTTAGGACTATTAGAACAATTGTCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTATTTAG
1 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
13438319 TCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACATGCTTA-TTCAAAATAAAATAATAGTATTTTATTAAA
66 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * * *
13438383 ATT-CATAAAATT-ATAAGTAAAAAATTTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAATAAGTTCAAAT
130 ATTCCA-AAAATTAATAAGTAAATGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCTG-ACAAGTTCAAAT
* * *
13438445 AGTTATGACTATTTGAACAATT-TTTGATTTTAAAATCATTATGACCTTGTGTTTTATCA-ATAT
192 AGTTATGACTATTTGAACAATTATTT-A-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATA-AA
* * * * *
13438508 ATAATTG-------T--T-C---CA-A---A-A-TAAAATAGTATTACTTTGTTAATATTTTAAA
254 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCAGAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAA
* * * * * * * *
13438554 AATTGAGAAGTTAGAGATTTAAAAGA-TAAATCA-GTTTATTGTATC
319 AATTAATAAGTAAAATATTTAAAA-ATTGAAT-ATGTTTATCG-AAC
* * * * * * * * *
13438599 AA-TTCGAATAATTATGGCAATTCGAACAATTTTCTCTTTCAAATTGTTATGAA-C-TTT-TTTT
1 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTTT
* *
13438660 GTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGCCTA-TTCAAAATAAAATAATACTAAATTATT
65 GTCATAAAACAATTG--TTTCAATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * *
13438722 AATATTTCAAAATTTAATAAGTAGGA-GATTTAAAATATAAATCTATTTA-TTGAACCAA-TT-A
127 AATATTCCAAAAATTAATAAGTA-AATGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCTG-A-CAAGTTCA
* * * * * *
13438783 AATAAG-TATGACTGTTTGAATAATTATATATTTCAAATCTTTAT-AGCCTTTTATTTTGTCATA
189 AAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTATCATA
* * * * * * * * * * *
13438846 AAACAATTATTTATGTTCATACAA-CTTATTCAGAATAAAACAATAGTAATCTAATAATATTATG
252 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCAGAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTA
* * * * * * * *
13438910 AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACC
317 AAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAATTGAATATGTTTATCGAA-C
* * * * * * * * *
13438957 AA-TTTAAATAGTTAAGGCTATTTGAATATTTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
** * *** * ** * * *
13439021 TTGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAATTTGTTT-AGAATAAAATAATATTAATTTTTTAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
*** * * * * *
13439085 ATTTTGAACATTAATAAG---A-CATTTAAAAAATAAAACTATTTA-CT---AA-TTTAATTAGT
130 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAATGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCTGACAAGTTCAAATAGT
* * * * * * * ***
13439141 TATAACAATTTGAACAATCATTTTATTTCAAATCGTTATGACC-ATTGCTTTGTCATAAGGTAAT
195 TATGACTATTTGAACAATTA-TTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
* * * * * * ** *
13439205 TGTTTCTATTGATACAATCTTATTTAGAATAAAGTAATCCTAATTTATTAATATTC-AACAATTA
259 TGTTTCTATTCATACAAGCATATTCAGAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA
* * * * * *
13439269 ATAAGTAATGA-ATTTAAAAAATGAATCTATTGACTTG-AC
324 ATAAGTAA-AATATTTAAAAATTGAATATGTTTA-TCGAAC
* * * * * * * * * *
13439308 CAGTGCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAACTA-CTTATTTGAAATTGTTATGACATTTTGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTT
* * ** * * * * *
13439372 GTTATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTA-TACGGAATAACATAATTCTAATTTAATAA
65 GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * ** * ** *
13439436 TATTCTAAAAATTAATAAG-AGAGA-CATTTAAAAACTAAATCGGTTTATCAAACAAGTTTAAAT
129 TATTCCAAAAATTAATAAGTA-A-ATGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCTGACAAGTTCAAAT
** ** * * *
13439499 AGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTTTCATAAAATA
192 AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA-C
* * * * * *
13439564 AATTTTTTCTCTTCATACAAGCATATTCA-ATTAAAATTATA-GACATTTATTAATATT-TAGAC
256 AATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCAGAGTAAAATAATATTA-ATTTATTAATATTCTA-AA
* * * * * * *
13439626 ACTTAATAAGTAAAAGT-TTCAAAAA-TAAATCTATTTA-CTAAAT
319 AATTAATAAGTAAAA-TATTTAAAAATTGAATATGTTTATC-GAAC
* * * * * *
13439669 AAGTTCAAATAGTCGTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTATGTTG
1 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
* * * * ** * * * *
13439734 TCATAAAAAAATTATTTTAGTTCATTTAAGCTTATTTGAAATCAAATTATTCTAA-TTATTAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *
13439798 TTCCAAAAATTAATTACTGAGA-GATTTAAAAAATGAATCTATTTA-CTAAATAAGTTCAAATAG
131 TTCCAAAAATTAATAAGT-AAATGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCT-GACAAGTTCAAATAG
* * * * ** * *
13439861 CTATGGCTCTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTA-GAACCTTTTGTTTTGTCCTAAAA-AA
194 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
* * ** *
13439924 TT-TCTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAAT-ATACAAATTTATTAATATT-TAGACA
258 TTGT-TTCTATTCATACAAGCATA-TTCAGAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTA-AAA
* * * *
13439985 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTATAGAAC
320 ATTAATAAGTAAAATATTTAAAAATTGAATATGTTTATCGAAC
* * * *
13440028 AAGTTTAAATAGAT-ATGACTATTTGAACATTTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTT-TTTC
1 AAGTTCAAATAG-TCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTT
* ** * * **
13440090 ATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATTCATGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAA
65 GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * * * ** * *
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* * * * *
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* ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * ** *** *
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* * * * * * *
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* * * * * * ** * **
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * ** ** * * *
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** * * * ** ** *
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* * * * * ** ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * * * *
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* ** ** * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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*
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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*
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* *
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*
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13437215 TAATTATAAA
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * **
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* * * *
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* * * * *
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*** * * ** *
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* * * * * *
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* ** * ** *
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* * **
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* ** * * *
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* * * *
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* * * *** * * *
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* * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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129 AAATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *** *
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1 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTAT
* * * *
13438696 TCAAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTAGGAGATTTAAAATATA
66 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * ** * * * ** *
13438991 TATCTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAATTTGT
1 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTAT
* * * * ** * *
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66 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * *
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130 AATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TC
* * *** * *
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* * * * *
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65 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAAT
* * * * ** * * * *
13439291 GAATCTATTGACTTG-ACCAGTGCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAACTA-C
129 AAATCTGTTTA-TCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
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1 -TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTT
* ** * * * *
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64 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAA
* * * * * *
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127 ATAAATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * ** *
13439524 TATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTTTCATAAAATAAATT-TTTTCTCTTCATACAAGCAT
1 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTT-AGTTCATACAAGCTT
* * * * * * * *
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* * ** *
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* * * * * **
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* * * * *
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130 AATCTGTTTATC-GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* *
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1 TATTTCAAATCGTTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TT-TAGTTCATACAAGCT
* * * *
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63 TA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
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126 AATAAATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** * *
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*** *
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* * * * *
13440187 TGAATCTGTTTATAGAA-CA--T-GATTAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
128 TAAATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
13440236 TATTTCAAATAGTGA-GACATTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTCA--TCATACAAGCAT
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** * * * * *
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* * * * * *
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1 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTA
** * * * * *
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* * * * *
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* * * **
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1 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTAT
* * * * ***
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** * * *
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* * * * * * **
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1 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-AGTTCATACAAGCTTA
*** * * * * *
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65 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATA-AGT-AAGAGATTTAAAAA
* ** * * * * * * * * *
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* * ** * * * * * *
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1 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTAT
* * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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1 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTAT
* * * * * * *
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66 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * *
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130 AATCTGTTTATC-GAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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1 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTAT
* *
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66 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAG-AGATTT-AAAAAA
* * * * * *
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* ** * * * * * * * *
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1 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTAT
* * * * *
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66 TCAAAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * *
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130 AATCT-GTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
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1 TATTTCAAATCGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTT--CATACAAGCT
* ** ** * * ** * **
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* * ** ** * *
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* * *
13442041 AATAAATATGTTTG-CCAA--A-C
160 -ATGACTA--TTTGAACAATTATC
* * * ** * *** *
13442061 TAATTCAAATAGTTATGA-TTGTTTGAACAATTATC-TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTC
1 TATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTG---TTTTGTCATAAAAC-AATTG---T----TTTAGTTC
* * * ** **** * *
13442124 TATCATAAGGTAATT--ATTTTTGTTCATAC-AAGTTTACTTGGAATAAAAT-AATACTAATTTA
54 -AT-ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTA-TT--AAT--ATTCAA-A--AA-TTA
* * ** * * *
13442185 ATAA-TATTCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT-TTGTCAA-ACAGTTT
107 ATAAGTA----AGAGATT--TAA--AA-A-A--T-AAATCT-G-T-T-TATCG--AATA-AGTTC
* * * * *
13442247 AAATAGTAAAGATTATATGAATAATTATC
152 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** * * * * *
13442276 TATTTCAAATTATTATGAGCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTT-GTACAAGTTTA
1 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG-TTCATACAAGCTTA
* * * *
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65 -TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * * ** *
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128 TAAATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
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1 TATTTCAAATCGTTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA
** * * *
13442521 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGT
65 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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1 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTT-
* * ** * *
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* * * * * **
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129 -AAATCTGTTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * *
13442801 AATTTCAATTCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTTA-TTCGTACAAGTTTAT
1 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTAT
*** * * * * * *
13442865 TTGGATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTAAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATCA
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* * * * *
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* * * * *
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*** * *
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* * * ** * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * *
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128 TAAATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * *
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** *
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* * * * ** ** * *
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* * * * * * * *
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1 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATACAAGCTTA
** * * * * * * * *
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* * * *
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128 TAAATCTGTTTATC-GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * *
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1 -TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA
* * ** *
13443931 TCCAAACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAATAGATTTAAAAAAA
65 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAA
* * * * *** * * * *
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1 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA
* * * * * *
13444113 TTTAAAATGAAAA-AA-A-AAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGAGTGAGTTAAAAAG
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* * * * * * *
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* * ** ** *
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* *
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* * * * *
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1 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTAT
* * **
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66 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-T
* * * * * ** * * ** *
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* * * * ** *
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1 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTAT
* ** * *
13444641 TCAAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATTTTTGAAAATTAATAA-TATAGTGATTT-AAAAGT
66 TCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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1 TATTTCAAATCGT-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA
* *
13444820 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAG-TTTAAAAAAT
65 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * *
13444884 AAATTTGTTTGTTGAATCAA-TTCAAACAGCTAAGACTATATGAACAATTACC
129 AAATCTGTTTATCGAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
13444936 TAGTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATCGTCTTAGTTCATACAAGCTTAT
1 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTAT
** *
13445001 TCAAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTATAGTGATTTAAAAA
66 TCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAA
13445064 GTGAATTTAT
Statistics
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TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
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13441914 CTTTGAAATA
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* * * * * *
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* *** *
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* *
13442167 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
66 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTC-AAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * * *
13442346 AAAAAATAAAACTAATTTATTAATATTACAAAAATTTATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAATTAT
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* * * * *
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128 ATTTGCCAAACTAGTTCAAAT-AGTAAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
13442463 AAATCGTTATTA-CTTCTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAA
1 AAATTGTTATGACCTT-TTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGGA
* * * *
13442527 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCT
65 ATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * *** *
13442592 A-TTGATCAAAAC-ATTTTAAATAGTGTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
128 ATTTG--CCAAACTAGTTCAAATAGTAAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * * ** * * * *
13442644 AAATCATGATAACATTTTATTTTATCATCAAATAATTGGTTCTATTCATACTA-TTTCATTTAGA
1 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTT-ATTTGGA
* * * *
13442708 ATAAAATAATACTAATTTAAT-A-A--C---------CAAGAA-A-A-TTAAAAAATAAATCAAA
65 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * ** *
13442757 TTGCCGAACTTGTTCAAATAGCT-AAGACTATGTGAATGATTATCAATTTC
130 TTGCCAAACTAGTTCAAATAG-TAAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * *
13442807 -AATTCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTA-TTTTATTCGTACAAGTTTATTTGGA
1 AAATT-GTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGGA
* * * * * * *
13442870 TTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTAAAAA--ATTAATAAGAGATTTAAAAAATCAATTTCT
65 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
**** * *
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130 TTGCCAAACTAGTTCAAATA-GTAAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
13442983 AAATTGTTCTGA--TTATT-TATTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTG
1 AAATTGTTATGACCTT-TTGT-TTTA-TCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTG
* * * * * *
13443045 GAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAATTAATAATAAAGAGATTTTAAAACT--ATT
63 GAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAATTAATAAT-AAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * ** * * *
13443108 TA-CTGAACAAA-TA---CAAATAGTTATTACTATTTGAACTATTGTCTATTTA
127 TATTTG-CCAAACTAGTTCAAATAGTAAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * ** * * * ** * *
13443157 AAATCATTCTGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTAGTTAATGCAAGCATATATGAA
1 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTT-GTTCATACAAGTTTATTTGGA
* * * *
13443221 ATAAAATAATCCTAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
65 ATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* ** * * * * * * *
13443286 GTTAACCAAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTC
128 ATTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTAAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * *
13443338 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAAACCATTGTTTTT-TATCATACAAGTTTATTCGA
1 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCAT-AAAACAATTATTTTTGT-TCATACAAGTTTATTTGG
* ** * * * * *
13443402 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATCTAAAAAATAAATA
64 AATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATC
** * * * **
13443467 TGCTTACCAAA-TCAGTTCGAATAGTTATTACTATTTGAACAATTAT-TAATCTT-
127 TATTTGCCAAACT-AGTTCAAATAGTAAAGACTATTTGAACAATTATCT-AT-TTC
* * * ** * ** * * **
13443520 AAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATTTAACAATTGTTTTT-TATTGTAGAAGCTTATTCAG-
1 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGT-TCATACAAGTTTATTTGGA
* *
13443582 TTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAT
65 AT-AAAATAATACTAATTTAATAATA--TTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * **** * * *
13443646 GTGTTTTTTGAACCAG-TCAAATAGTTAAA-ACTATTAGAATAATTATCTATTTC
126 CTATTTGCCAAACTAGTTCAAATAG-TAAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * ** * **
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1 A-A--A---T---T-GTTATGACCT-TTTGTTT--TATCATA-AAACAATTATTTTTGTTCATAC
* * * * ***
13443758 AA-ATAATTCT--AAT-ATATTA-AC--ATTTGAA-AAT-TTC----A-T-A-GGCAAGAGATTT
52 AAGTTTATT-TGGAATAAAATAATACTAATTT-AATAATATTCAAAAATTAATAATAAGAGATTT
* * * * * * * *
13443807 GAAAAAATAAATCTGTCTACTAAACAAGTTCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTTATT
115 -AAAAAATAAATCTATTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTAAAGACTATTTGAACAATTATC-TATT
*
13443871 TA
178 TC
* * * ** * * ***
13443873 AAATTGTTATGACCTTTTATTTTGA-CATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTA-TCCAA
1 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTT-ATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGGA
* * *
13443936 ACTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAATAGATTTAAAAAAATAAAT
65 A-TAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
* * * * ** * * * * *
13444001 ATATTTTCTAAA-TAAATTCAAATAGTTGCA-ATTATTTCAACAATTGTATATTTA
126 CTATTTGCCAAACT-AGTTCAAATAG-TAAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * *** * **
13444055 AAATCCTTATGATCTTTTTTTTTGT-ACTAAAACAATTGTTTCAATTCTTACAAGATTT-TTTAA
1 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCA-TAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAG-TTTATTTGG
* * * * * * *
13444118 AATGAAAA-AA-A-AAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGAGTGAGTTAAAAAGTGAAT
64 AAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATT-CAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
13444180 CTGTTTACCGAA-TCAGTTCAAATAATTATAGTC-ATTTTAAAAATTATCTATTTC
126 CTATTTGCCAAACT-AGTTCAAAT-AGTAAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * ** * * ** ***
13444234 AAATTGTTATGAAC-TTT-TTTTGTCATAAATTAATTGTTTTTTTATCATACAAGCCTATTCAAA
1 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGT-TCATACAAGTTTATTTGGA
* * *
13444297 ATAAAATAATGCTAATTTATTAA-ACTTCAAAAATTTATAAGT-AGAAGATTTAAAAAATAAATC
65 ATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAATTAATAA-TAAG-AGATTTAAAAAATAAATC
* * * * *
13444360 TATTTACCGAAGTAGTTC------------CTATTTGAATAATTACCTATTTC
127 TATTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTAAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * ** ** * * ***
13444401 AAATCATTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGCTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAA
1 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGGAA
* * *
13444466 TAAAA-AATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATACCTAAGAGATTTAAAAAATTAAATTT
66 TAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAATTAATA-ATAAGAGATTTAAAAAA-TAAATCT
* ** * * * * * ** * *
13444530 GTTTGTTGAAGC-AATTCAAACAACT-AAGATTATAAGAACAATTACCTAGTTC
128 ATTTG-CCAAACTAGTTCAAA-TAGTAAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * ***
13444582 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATCATCTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
1 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGGAA
* * ** * * *
13444647 TAAAATAATA-TAAATTTATTAATTTTTGAAAATTAATAATATAGTGATTT-AAAAGTGAATCTA
66 TAAAATAATACT-AATTTAATAATATTCAAAAATTAATAATA-AGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * * *
13444710 TTTACCAAA-TCATTTCAAATAATTATGGCTATTTCAACGATTATCTATTTC
129 TTTGCCAAACT-AGTTCAAATAGTAAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * ** ** * * * ***
13444761 AAATCATATATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGCTTCAGTTTATATAAGCTTATTCAAA
1 AAATTGT-TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGGA
*
13444826 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTT
65 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTC-AAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* *** * * * * *
13444890 GTTTGTTGAA-TCAATTCAAACAGCT-AAGACTATATGAACAATTACCTAGTTC
128 ATTTGCCAAACT-AGTTCAAATAG-TAAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * ** * * * ***
13444942 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATCGTCTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
1 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGGAA
* ** * * * *
13445007 TAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTATAGTGATTTAAAAAGTGAATT
66 TAAAATAATACT-AATTTAATAATA-TTCAAAAATTAATAA-TA-AGAGATTTAAAAAATAAATC
*
13445071 TATTTACCAAA
127 TATTTGCCAAA
13445082 TCATTTCAAA
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* * * ** * * * *
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* * * * *** * * *
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* * * * ***
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* * ** * * * *
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*** * *
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* * ** *
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127 ATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATA-TGTTTACCAAATCA
* * * * * **
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1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
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* * *
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128 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATCA
* * * * *
13443299 GTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTT
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * *
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66 ATAAAAA--ATTGTTTTGTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * * *
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129 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATCA
* * * *
13443481 GTTCGAATAGTTATTACTATTTGAACAATTAT-TAATCTT-AAATCGTTATGATC-TTTGTTTTG
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-AT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** * ** *
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64 TCA-TAAAAAATTGTTTTGTATCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAT
* * **** *
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127 A-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATCA
** * * * * * *
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1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* ** ** * * *
13443717 ATAAAATATTTGTTTCATATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATTCTAATATATTAACATT
66 ATAAAA-AATTGTTTTGTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * *
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130 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCAAATC-A
* * ** * *
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* * * *
13443898 CATAAAATAATTGTTTCAGT-TCATAAAAGCTTATCCAAACTAAAATAATACTAATTTATTAATA
65 CATAAAA-AATTGTTT-TGTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * *
13443962 TTTCAAAAATTAATAACCAATAGATTTAAAAAAATAAATATATTTTCTAAATAA
128 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCAAATCA
* *** * * * * * * * *
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1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
** * * * * *
13444080 ACTAAAACAATTG-TTTCAATTCTTACAAGATTTTTTAAAATGAAAA-AA-A-AAATTTATTAAT
66 A-TAAAA-AATTGTTTTGTA-TCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * * *
13444141 ATTCCAAAAATTAATAAGTGAGTGAGTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCGAATCA
127 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATCA
* * * * ** *
13444195 GTTCAAATAATTAT-AGTCATTTTAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAAC-TTT-TTTTGT
1 GTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
13444257 CATAAATTAATTGTTTTTTTATCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAA-A
65 CATAAA-AAATTG-TTTTGTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
13444321 CTTCAAAAATTTATAAGT-AGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-C----C-
128 TTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATCA
* * * * * * * *
13444368 G---AAGTAG-T-T-CCTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATT
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
** * *
13444427 ATAAAATAATTGCTTCAGT-TCATATAAGCTTATTCAAAATAAAA-AATACTAATTTAATAATAT
66 ATAAAA-AATTG-TTTTGTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* ** * **** *
13444490 TTTAAAAATTAATACCTAAGAGATTTAAAAAATTAAATTTGTTTGTTGAAGCA
129 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATATGTTTACCAAATCA
* * ** * * ** * * *
13444543 ATTCAAACAACTAAGATTATAAGAACAATTACCTAGTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATC
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
** *
13444608 ATAAAATAATCATCTTAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAAT-
66 ATAAAA-AATTGT-TTTGTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
** * * * * *
13444670 TTTTGAAAATTAATAA-TATAGTGATTT-AAAAGTGAATCTATTTACCAAATCA
128 TTTCAAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATCA
* * * * * * * *
13444722 TTTCAAATAATTATGGCTATTTCAACGATTATCTATTTCAAATCATATATAACCTTTTGTTCTAT
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT-TATGACCTTTTGTTTTGT
* ** * * *
13444787 TATAAAATAATTGCTTCAGT-TTATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
65 CATAAAA-AATTG-TTTTGTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * ****
13444851 -TTCTAAAAATTAATAACTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAATCA
128 TTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATCA
* * * * * * *
13444903 ATTCAAACAGCTAAGACTATATGAACAATTACCTAGTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* *
13444968 ATAAAATAATCGTCTTAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA
66 ATAAAA-AATTGT-TTTGTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
** * * * * *
13445031 TTTTGAAAATTAATAAGTATAGTGATTTAAAAAGTGAATTTATTTACCAAATCA
128 TTTCAAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATCA
* * * * *
13445085 TTTCAAATAATTAT-ATCTATTTCAACGATTATATATTT
1 GTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTT
13445123 TTGTCATCAA
Statistics
Matches: 1682, Mismatches: 399, Indels: 190
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Matches are distributed among these distances:
167 42 0.02
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170 4 0.00
171 6 0.00
172 64 0.04
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177 69 0.04
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179 184 0.11
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183 7 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
ATAAAAAATTGTTTTGTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATCA
Found at i:13446658 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13445866--13447673 Score: 1419
Period size: 181 Copynumber: 10.0 Consensus size: 180
13445856 TATTTGGAAT
* * * * * * * *
13445866 AAAA-TAATAACTAAGAGAATTAAAATATAAATTTGTTTGCCGAACTAGATCAAATA--TATGGA
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT-G-
** * *
13445928 ACTAAATGAGCAATTATCTATTTCAAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTT
64 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTT
* * * * * * * *
13445993 CAATTCATACTAGGTTAGTAGAAATAAAA-AAAAGTGAATTTATTAATATTTTA
129 -AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTA
* * * * * * *
13446046 AAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACTAGTTCAAATAATTAT-AC
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-
* * * *
13446110 CTATTTGTACAATTATCTATTTCAAGTTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATTAAACAAATGTTTT
65 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TTTT
* * * * * * * *
13446175 TTGTTCATATAAGCTTGTTTGGAACAAAGTAATACTGATATATTAATATT-TCA
128 TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-A
* *
13446228 AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAATCAA-TTCAAATAGTTATGA
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA
* ** * * * *
13446288 CTATTTG-ACAAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTTT
65 CTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTT
* * * *
13446352 CTA-TTCATACAA---TATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTG
128 -TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
** * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
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*
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* * * ***
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * ** * * *
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1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * ** * * *
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66 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTA
* * * *
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* * * * * * * * *
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1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * **
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66 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTA-
* * *
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130 GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTA
* * * * ** *
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1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
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66 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTAG
* * ** *
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* * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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* *
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** * * * * *
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* * * * * * * * *
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** * * * * *
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* * * * *
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258 AATATT-TAAAAACTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT-TAAACAAGTTCAAAT
* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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** * *
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510 TGT-GAATAATGATCTATCTCAAATCA
* * * * * * * *
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** * * *
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TTCTATTCATACAATATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAAT
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** *
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* *
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* * **
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* *** *
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* * * *
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AACAATTATCTATTTCAAATAATAATGAACTTTTGTTCTACAATAAAATAATTGCTTTCAGTCAT
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* * * * * *
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* * *** ** *
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* * * *
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* * * *
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*
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* ** * * * ** * *
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*
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* * * * *
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* *
13449328 ATAAAATAATACAAATTTATT
1 ATAAAATAATACTAATCTATT
13449349 GGTTTTAAAG
Statistics
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Consensus pattern (179 bp):
ATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATAT
GTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGG
Found at i:13450633 original size:180 final size:180
Alignment explanation
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13449990 TGAAAAGATT
* * * *
13450000 TTTAAAAAATAAATCTGTTATCGAAC-AAGTTCAAAATCA-TTATGGCTATGTGAATAATTATTT
1 TTTAAAAAATAAATATGTTTTCGAACTAAGTTC-AAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTATTT
* * * *
13450063 ATTGCAACTTGTTATGACTTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
64 ATTTCAAATTCTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
** * * * *
13450127 TAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAGACAACTAATAAGTAAAAAA
129 TAGAAGAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGT-AAAAA
** *
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1 TTTAAAAAATAAATATGTTT-TCGAACTAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAATAATTATTT
** * * * * * * *
13450243 ATTTTGAA-TCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAAAAAATGTTT-AAGCTCATATAAGCTTA
64 ATTTCAAATTC-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA
* ** *
13450306 TTT-GAAGTAACATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAG--AGAA
127 TTTAGAAG-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAA
* * * * * * * * *
13450358 -TTAAAAAA-GAATTTGTTTACTAAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATTTAT
1 TTTAAAAAATAAATATGTTTTCGAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTAT
* * * * * * ** * *
13450421 TTCAAA-CCATTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAATATTTGGTTCGGTTAATGCAAGCTTATTT
66 TTCAAATTC-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
*
13450485 CA-AAGAAAATAATA-TAAATTTATCAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAA
130 -AGAAGAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAA
* * *
13450536 TTTAAAAAATAAATATGTTTTCTTAACT-TGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
1 TTTAAAAAATAAATATGTTTTC-GAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTA
* * * * * * * * *
13450600 TTTCAAATTCTCATGACCTTTAGTTTTGTCATAAACCATTTGTTTTTATTCATATAGGTTTATTC
65 TTTCAAATTCTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * *
13450665 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAGGTAAAAA
130 AGAAGAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAA
* * * * * * * *
13450716 GTTTAAAAAATAAATCTATTTATCG-AGTGAGTTGAGATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTT
1 -TTTAAAAAATAAATATGTTT-TCGAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTT
* * * * * *
13450780 ATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTCTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTA-T
64 ATTTCAAATTCTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * ** *
13450844 TA-AA-AAAATAGTACTAATTTATTAATATT--ATAAAATTAATGAGTTGCAGA
129 TAGAAGAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAG-TAAAAA
* * * * * * * *
13450894 TTTAAAAAAGAAATCTATTTATC-AAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT-ATTATCT
1 TTTAAAAAATAAATATGTTT-TCGAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATTT
* **
13450957 ATTTCAAATTATTATGATATTTTGTTT
64 ATTTCAAATTCTTATGACCTTTTGTTT
13450984 AAATTGTACA
Statistics
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTTAAAAAATAAATATGTTTTCGAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTAT
TTCAAATTCTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTA
GAAGAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAA
Found at i:13450815 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 13450000--13450983 Score: 690
Period size: 181 Copynumber: 5.5 Consensus size: 177
13449990 TGAAAAGATT
* * * * *
13450000 TTTAAAAAATAAATCT-GTTATCGAACA-AGTTCAAAATCA-TTATGGCTATGTGAATAATTATT
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AA-ATAGTTC-AAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
13450062 TATTGCAACTTGTTATGA-CTTTT-TGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
62 TATTTCAAATTATTATGATCTTTTGT-TTTGTCATAAAATATTTGTTTCTATTCATACAAGTTTA
* * * * * * *
13450125 TTTAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAGACAACTAATAAGTAAAAAA
126 TTCA-A-AAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAGGT-AAAAA
** * * ** * *
13450180 TTTTTAAAATAAATATGTTTATTGAATAAGTTCAAATA-TTCATGACTATTTGAATAATTATTTA
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAT-AGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTA
** * * * * * ** * * * *
13450244 TTTTGAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAAAAAATGTTT-AAGCTCATATAAGCTTATT
64 TTTCAAATTATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATATTTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTA-T
* * * ** * *
13450308 TGAAGTAACATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAG--AGAA
127 TCAA-AAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGGTAAAAA
* * * * * * *
13450358 -TTAAAAAA-GAATTTGTTTA-CTAAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATTTA
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
** * * ** * * *
13450420 TTTCAAACCATTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAATATTTGGTTCGGTTAATGCAAGCTTATTT
64 TTTCAAATTATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATATTTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TT
* *
13450485 CAAAGAAAATAATA-TAAATTTATCAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAA
128 CAAA-AAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGGTAAAAA
* * * * *
13450536 TTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTTAACTTGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTATC--AAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * ** * * *
13450600 TTTCAAATTCTCATGACCTTTAGTTTTGTCATAAACCATTTGTTTTTATTCATATAGGTTTATTC
64 TTTCAAATTATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATATTTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTC
*
13450665 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAGGTAAAAA
129 A-AA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGGTAAAAA
* * * * * *
13450716 GTTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAGTGAGTTGAGATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTA
1 -TTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * *
13450781 TTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTCTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATT-
64 TTTCAAATTATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATATTTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTC
* * ** *
13450845 AAAAAAATAGTACTAATTTATTAATATT--ATAAAATTAATGAGTTGCAGA
129 AAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAAT-AGGTAAAAA
* * * * *
13450894 TTTAAAAAAGAAATCTATTTATCAAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTAT
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
*
13450959 TTCAAATTATTATGATATTTTGTTT
65 TTCAAATTATTATGATCTTTTGTTT
13450984 AAATTGTACA
Statistics
Matches: 643, Mismatches: 134, Indels: 57
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 127 0.20
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180 179 0.28
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
TTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
TCAAATTATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATATTTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAA
AAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGGTAAAAA
Found at i:13451943 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 13451600--13452016 Score: 486
Period size: 182 Copynumber: 2.3 Consensus size: 181
13451590 AGGTTAATAA
* * * *
13451600 TTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTCT-TATAAACTTAAACAAC
1 TTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTT-TGTATGAACTAAAACAAC
* * * *
13451664 TGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTTAAATGATTTTAAATTAATAATTGTTTAAATATTCATATCT
64 TGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTTAAATGATTTAAAAATAATAATTGTTTAAATAGTCATAACT
** * * * * *
13451729 ATTTTCACTTATTTGATAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAAT
129 ATTTGAACTTATTTGACAAATACATATATTTTTT-AAATCTCTTACCTATTAAT
* * *
13451783 TTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACTAAAATAATTG
1 TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACTAAAACAACTG
* *
13451848 TTTTATGACT-AAACAAAAGG-TTAGAATGATTTAAAACAT-ATATTTGTTCT-AATAGTCTTAA
66 TTTTATGA-TAAAACAAAAGGTTTA-AATGATTTAAAA-ATAATAATTGTT-TAAATAGTCATAA
*
13451909 CTATTTGAAC-TAGTTTGACAAATACATATATTTTTTAAATTTCTTACCTATTAAT
127 CTATTTGAACTTA-TTTGACAAATACATATATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAAT
* * * * *
13451964 TTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAA
1 TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAA
13452017 AAGAAACAAT
Statistics
Matches: 201, Mismatches: 27, Indels: 14
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
181 69 0.34
182 123 0.61
183 9 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.07, G:0.10, T:0.47
Consensus pattern (181 bp):
TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACTAAAACAACTG
TTTTATGATAAAACAAAAGGTTTAAATGATTTAAAAATAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTAT
TTGAACTTATTTGACAAATACATATATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAAT
Found at i:13452470 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 13452160--13454588 Score: 1788
Period size: 180 Copynumber: 13.5 Consensus size: 178
13452150 ATTCTTTCTT
* * * * *
13452160 AATAGAAACAATTGTTTAAAGACAAAACAAAAGCTCATAA-TGATTTGAAATAGATAACTATTCA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * ** * * * * *
13452224 AATGGACAGGACAATTTAAATTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAA
65 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-GGTAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * *
13452289 TTTTTAGAATATTAATAAGTTAGGACTATTTTATTTCTTATAAACTTGTATG
128 TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TAATAAGCTTGTATG
* * * * *
13452341 AATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGGTCAA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * *
13452406 A-CGATCATAACTACTTGCACTTGCTTGGTAAACTAATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAA
66 ATAG-TCATAACTATTTGAACTTG-TTGGTAAA-TAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * *
13452470 TTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTACTTTGTTTTGAATAAGCTTGTATG
128 TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-AATAAGCTTGTATG
* * * * *
13452522 AATAGAAAAAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAACTTTTTGAAATAGATAATTGTTCAA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * *** *
13452587 ATAGTCAAAACTATTT-AAATGTGTTCAAAAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAA
66 ATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTT-GGTAAAT-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* ** * **
13452650 TTTTT-GAAATATTAATAATTTTCTTTTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATG
128 TTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TTAATAAGCTTGTATG
* * * *
13452702 AACAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACATAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * *
13452767 ATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTTGTAAATAGATTCATTTTTTAAACCTCTTACTCAATAAT
66 ATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTGGTAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * *
13452832 TTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTGTTTTGAATAAGCCTATATG
129 TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-AATAAGCTTGTATG
* * * ** * *
13452883 AACT-GATACAGTTATTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA
1 AA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * *
13452947 AATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATAA-TTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTA
65 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-GGT-AA-ATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * * * *
13453011 ATTGTCAAAATATGAAGAAATTAATATTATTTTAATTTGATTAAGCTTGTATG
127 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTTAATAAGCTTGTATG
* * * * * *
13453064 AACAAAAACAATTGTTTCATGACAAAACAAAAAGTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTATTCA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * ** * * *
13453128 AATAGTCATAACTATTTGAATTTATTTCATAAACAGATTTA-TTTTTAAATTTTTTACTTATTAA
65 AATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTGGTAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * * * *
13453192 TTGTCT-GAATACTAATAAATTTGCATTGTTTTATTTGAAATAAGCTTGTATA
128 TT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TAATAAGCTTGTATG
* * * *
13453244 AATAGAAAAAATTATTTTATGGCAAAACAAAAGGTTAT-ACTGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * *
13453308 AATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTTTAAA--TC-T-CTTATT
65 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-GGTAAATA-ATT--TATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * *
13453369 AATTTTTGGAATATTAAAAAAATTAGAATTATGTTATTTCAAATAAGTTTGTATG
126 AATTTTTAGAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTATTT-TAATAAGCTTGTATG
* * ** * * *
13453424 AATAGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAATC-TTAGTAATTTGAAATCGATAATTGTTCA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * ** ** * * *
13453488 AACAGTTATAAGTATTTGTACTAGTCAAGCCAACAGTTTCATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAA
65 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TGGTAAATAATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * **
13453553 TTTTTAGAATATTAAT---TTAGCATTATTTTATTCTAAATAAGATAATATG
128 TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TTAATAAGCTTGTATG
* * * *** * * * *
13453602 AATAGAAACAATTATTTTTATAATAAAACAAATTATCATAACGATTTGAAATAAATAACTGTTTA
1 AATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCA
** * * * * *
13453667 AATAGTTTTAAGTAATTGAACTGGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCCCTTACTTATTAA
65 AATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTGGTAAAT-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * ** * *
13453732 TTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAATCTTATATG
128 TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TTAATAAGCTTGTATG
* * * * *
13453784 AACAAAAACATTTGTTTTATG-----ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * * *
13453844 ATAGTTATAATTATTT-AAATTGGTTCGGCAAATAGAATTAATTTTTAAATCTCTTATTTATTGA
66 ATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTT-GGTAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * * *
13453908 TTTTT-GAAATATTAATAATTTTGTTTTATTTTATTTCGAATAA-CTTAGAAAG
128 TTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TAATAAGCTT-GTATG
* * ** * * * * * *
13453960 AATTGAAAAAATTGTTTTACAACAAAATAGAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAGAATTGTTCAT
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * *
13454025 ATAG-CTTTAACTATTTAAACTAGTTCAGTAAAAAAATTTATTTTTTCAATCTCTTAGTTATTAA
66 ATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTT-GGT-AAATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * *
13454089 TTTTTAGAATATTATTACATTATTATT-TTTTATTTTGAATAAGCTTATATG
128 TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-AATAAGCTTGTATG
* * * * * * * * *
13454140 GACAGAAATAATTGTTTTATGATATAGCAAAAGGTTATAA-TAATTTGAAATATATAATTGTGCA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * *
13454204 AATAGT-ACTAACTATTTGGA-TTGGTTCGATAAATAATTTTATTTTTTAGATCTCCTACTTATT
65 AATAGTCA-TAACTATTTGAACTT-GTT-GGTAAATAA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
*
13454267 AATTTTT-GAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTATTTTTAAT-AGACTTGTAT-
126 AATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTTAATAAG-CTTGTATG
* * * * ** * *
13454319 AATAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGTTCATAA-TGATTCAAAATGGATAATTATTCA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * *
13454383 AATGGCCATAATTATTTGAACTAAT-TTGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCA
65 AATAGTCATAACTATTTGAACT--TGTTGGTAAA-TAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * *
13454447 ATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTTGATAAGCTTTTATG
127 ATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTTAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * * *
13454500 AATTGAAATAATTG-TTTGTGATAAAATAAAAAGTCATAACGATTTTACATAGATAATTGTTCAA
1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
13454564 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
66 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
13454589 CAGTATATGT
Statistics
Matches: 1780, Mismatches: 381, Indels: 176
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 9 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTGGTAAATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAATAAGCTTGTATG
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* * *
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* * *
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* * * ** * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * ** * **
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* * *
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* * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * **
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* * * *
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* * *
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* * *
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* **
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* * * *
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*
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* *
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*
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**
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1 ATAA-AAATA-ATAA-AATAA
* *
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13456499 ATAAAAATAATAAAAT-A
1 ATAAAAATAATAAAATAA
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*
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*
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* *
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* * *
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* * * * * *
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* * *
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*
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* * * * *
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* * *
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** * * *
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* * *
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*
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** * * *
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* * * * * *
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** * * ** *
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** * * * *
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** *
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* *
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* * * *
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* *
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* * *
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*
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* * * * * * * *
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* * *
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* ** *
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*
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*
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*
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13458194 TTTTCATTTTCTTCTTTTCATTTTTTTTC
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*
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1 -TTTTCATTTCTTTTTTCATTTTTTT
13458249 ATGTCAAGCA
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*
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66 TAATAAAGTAAATAAACATGAATGAATAAATAAAATATATACAAAAAGGTTCAATTTTATTAGGC
* *
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131 TTTTGGATAACACAAATTTATTTGCTGGCCTGACTCTCATATATCCCAAGTGGAGTCGCCAA
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* * * * * *
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* *
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*
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* * * * * * * *
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* *
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* *
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* * * * *
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* *
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*
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* ** * * *
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13469194 GAATTTTATT
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*
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* *
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AAAAAAACAAAAAAAGAAAAT
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Indices: 13470216--13470329 Score: 51
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13470206 GATAAATTAC
* * * * *
13470216 AATA GATA AAT- AAT- AATA AATA TATA ACTA GATA AATAA AATA TATA
1 AATA AATA AATA AATA AATA AATA AATA AATA AATA AAT-A AATA AATA
* *
13470263 TATTA ACATA AA-A AATA AA-A AATA TATATT AATA AATA GTAAT- AATA
1 -AATA A-ATA AATA AATA AATA AATA -A-ATA AATA AATA --AATA AATA
*
13470310 AATA AAT- AATA AATA CATA A
1 AATA AATA AATA AATA AATA A
13470330 GATATAAAGA
Statistics
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AATA
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13470217 ATAGATAAAT
13470227 AATAATA
1 AATAATA
13470234 AATATATA
1 AATA-ATA
*
13470242 ACTAGATA
1 AATA-ATA
13470250 AAT-A-A
1 AATAATA
13470255 AAT-ATA
1 AATAATA
* *
13470261 TATATTA
1 AATAATA
*
13470268 ACATAAAA
1 A-ATAATA
*
13470276 AATAAAA
1 AATAATA
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1 AATAATA
*
13470289 TATTAATA
1 -AATAATA
*
13470297 AATAGTAA
1 AATAAT-A
13470305 TAATAAATA
1 -AAT-AATA
13470314 AATAATA
1 AATAATA
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1 AATA-ATA
13470329 AGAT-ATA
1 A-ATAATA
*
13470336 AAGAA-A
1 AATAATA
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1 AATA-ATA
*
13470350 TATATATA
1 AATA-ATA
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1 AATA-AT-A
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1 AATAAT-A
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1 AATAATA
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1 AATA-AT-A
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1 AATA-ATA
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1 AATAATA
13470403 AA
1 AA
13470405 AAAAAAACAA
Statistics
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AATAATA
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13470211 ATTACAATAG
13470221 ATAAATAATAATAAATATATAACTA
1 ATAAATAATAATAAATATATAACTA
*
13470246 GATAAATAA-AATATATATATTAAC--
1 -ATAAATAATAATAAATATA-TAACTA
* * *
13470270 ATAAAAAATAAAAAATATAT-ATTA
1 ATAAATAATAATAAATATATAACTA
* * *
13470294 ATAAATAGTAAT-AATAAATAAATA
1 ATAAATAATAATAAATATATAACTA
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13470330 GATATAAAGA
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ATAAATAATAATAAATATATAACTA
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13470208 TAAATTACAA
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* *
13470270 ATA-AAAAATAA-AA-AATATAT-AT
1 -TAGATAAATAATAATAATATATAAC
* * *
13470292 TA-ATAAATAGTAATAATAAATAAA
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13470330 GATATAAAGA
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TAGATAAATAATAATAATATATAAC
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13470183 ATTAACCGAT
* * *
13470193 AAAAATAATACTAGATAAATTA-CAATAGATAAAT-AATAATAAATATATAACTAGATAAA-TAA
1 AAAAATAATACTAGATAAA-TAGCAATA-ATAAATAAATAATAAATACATAA-GAGATAAAGAAA
13470255 AATATATATATTAACATAAAAAATA
63 AATATATATATTAACATAAAAAATA
* * *
13470280 AAAAATATATATTA-ATAAATAGTAATAATAAATAAATAATAAATACATAAGATATAAAGAAAAA
1 AAAAATA-ATACTAGATAAATAGCAATAATAAATAAATAATAAATACATAAGAGATAAAG-AAAA
* *
13470344 TATATATATATATAAAATATAAAATA
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1 A-AAAATAATA
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Statistics
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AAAAATAATACTAGATAAATAGCAATAATAAATAAATAATAAATACATAAGAGATAAAGAAAAAT
ATATATATTAACATAAAAAATA
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13470185 TAACCGATAA
* *
13470195 AAATAATACTAGAT
1 AAATAATAATAAAT
* * *
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1 AAATAATAATAAAT
*
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* *
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* *
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*
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1 AAATAATAA
13470322 ATACATAAGA
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AAATAATAATAAAT
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13470301 GTAATAATAA
*
13470311 ATAAATAATAAATACATA-AGAT
1 ATAAAGAA-AAATACATATAGAT
* *
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1 ATAAAGAAAAATACATATAGAT
13470355 ATAAA
1 ATAAA
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13470477 AAGTATACTA
* * *
13470487 ATTTATTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAACGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
1 ATTTATTTTTTTAATCTCTTGCTTATTAATTTCTTGAACGTTAATAAATTAGTATTAATTTACTT
* *
13470551 TCAAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAATGT-AAGAACGATTTG
66 T-AAATAAGCATGTATGAACTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAA-AACGATTTG
13470615 AAATTTGTTCAGTAAATAG
129 AAATTTGTTCAGTAAATAG
* *
13470634 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTCTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTACT
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* * * * *
13470699 TTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGA
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13470764 AAT
130 AAT
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ATTTATTTTTTTAATCTCTTGCTTATTAATTTCTTGAACGTTAATAAATTAGTATTAATTTACTT
TAAATAAGCATGTATGAACTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAA
ATTTGTTCAGTAAATAG
Done.