Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167926.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_19, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 20060819
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.16, T:0.34
Warning! 113000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 74 of 117
Found at i:13470861 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 13470820--13470858 Score: 53
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
13470810 AAATAAATTT
*
13470820 ATTTTTGAAATCTCTTATTA
1 ATTTTTGAAA-CTATTATTA
13470840 ATTTTTGAAA-TATTATTA
1 ATTTTTGAAACTATTATTA
13470858 A
1 A
13470859 ATTAGTATTA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
18 8 0.44
20 10 0.56
ACGTcount: A:0.36, C:0.05, G:0.05, T:0.54
Consensus pattern (19 bp):
ATTTTTGAAACTATTATTA
Found at i:13471475 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 13470930--13473679 Score: 959
Period size: 180 Copynumber: 15.4 Consensus size: 177
13470920 AAAGGTCACT
* * * ** * * *
13470930 ATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTT-GTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAA
1 ATTAGTATTATTTTATTC-CAATAA-ATTAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
* * ** * * ** * ** *
13470994 GAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAACAGTCT-TAATCAATTGAACTAATTCAGT
64 -AAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATAA-CTTTTGAAATGGTT-TGT
* * * *
13471058 AAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAA
125 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* * * * * * * * *
13471111 CTTAGTGTTATTTTAATCAGAACAAGCTT-GTACGAAC-AAAACAATTCTTTTATGACAAAAGAA
1 ATTAGTATTATTTTATTC-CAATAA-ATTAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
* ** ** * * * * * * * *
13471174 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCATAGAGTCT-TAATTATTTTAACTGATTCAGC
64 AA-GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATAACT-TTTGAAATGGTT-TGT
* * * ** * ** **
13471238 AAGTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATT-ATGTTTCGAAATATTCTTAA
125 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAAT-TTTTAAAATATTAATAA
* * * * *
13471291 ATTAGTATTATTTTATTCCACATAAAATAGTATAAACAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAA
1 ATTAGTATTATTTTATTCCA-ATAAATTAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAA
* * * * *
13471356 CGGTTACAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGTTAA
65 -AGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACT-TTTGAAATGGTTTG-TAA
* *
13471421 ATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCT-CAATATTAATAA
127 ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTT-TAAAATATTAATAA
** ** * *
13471472 ATTAAAATTATTTTATTTTGAATAAACTTA-TATTAACAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAATAA
1 ATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAA-TTAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAT-A
** * * * * *
13471536 AAAGCAATAACGATTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCGGTA
63 AAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACT-TTTGAAATGGTT-TGTA
* * * * * * *
13471600 AATAAAATTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTTATAA
126 AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* * * * **** *
13471652 ATTAGTTTTATTCTATTCCAAATAACCTT-TTATGAGTTGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAA
1 ATTAGTATTATTTTATTCC-AATAA-ATTAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
* * * * * * * *
13471716 AAGTTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTTTTAACTGTTGGAATTGTTCAGCAA
64 AAGTT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTTTTGAAATGGTT-TGTAA
* * * * *
13471781 ATGGATTTATTTTTTAAATCTATTA--GATTTTAATTTTTAGAATACTACTAA
127 ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTGA--TTAATTTTTAAAATATTAATAA
* * * * * **
13471832 ATTAGCATTATTTTATTCCGAATAAGTTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAAACCAAA
1 ATTAGTATTATTTTATTCC-AATAAATTAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAA
* * * * * * *
13471897 GGTTATAATAATTTGAAACAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTTTTGAACTAGTACTGTAAAT
65 AGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTTTTGAAATGGT-TTGTAAAT
* * *
13471962 AGATTTATTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTCTTAAAACATTAGTAA
129 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* ** * ** * *
13472007 ATTAGTA-AATTTTATTTTGAATAAGCTT-GTATG--TTAAAACAATT-ATTTATGACAAAACAA
1 ATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAA-ATTAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
* ** * * * * * **
13472067 ACA-TAATAATGATTTGAAATAGATAGTTGA-TCAAATGGTCATAATTATTTGAACTAATTTAGT
64 A-AGTTATAACAATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTTATAACT-TTTGAAATGGTTT-GT
* * * * * **
13472130 GAACT-GATTTATTTTTTAAATATCATACTTATTAACTTACAAAATATTAATAA
125 -AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* *** * * * *
13472183 AGTAGTATTATTTTATTTTTTATAAGCATT--TATAAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACA
1 ATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAA--ATTAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATA
* * * * * * * * * *
13472246 AAAGGTCATTACGATTTTAAATTA-ATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
63 AAA-GTTATAACAATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTTATAACT-TTTGAAATGGTT-TG
* * * * * *
13472310 TAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTCAAATGTTAATAA
124 TAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTGATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* * * * ** * * * *
13472365 AGTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT-GTATAAACTGAAACAATTATTATATGACTAAACAA
1 ATTAGTATTATTTTATTC-CAATAA-ATTAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
* * * * * * * ***
13472429 AAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCT-TAGCTATTTGAACTGATTCAAC
64 AA-GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATAACT-TTTGAAATGGTT-TGT
* ** * * * *
13472493 AAACACTTTTCTTTTTTAAATCTC-T--T-ATTGATTTTT-GAATATTATTAA
125 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTAAAATATTAATAA
** * * *
13472541 ATTAGTATTATTTT-TATCCAAATGAGCTT-GTAT-ATTCATAAACAATTGTTTTATGAGAAAA-
1 ATTAGTATTATTTTAT-TCC-AAT-AAATTAGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAT
* * ** * ** * **
13472602 CAAAGATCATAATGATTTGAAATTGATTTTTGTTC-AA-A--T-T-A--TTT-AAACTGGTTTAA
62 AAAAG-TTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTTTTGAAA-TGGTTTGT
* * * * *
13472658 AACATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTG-TTAA-CTTTGAAATATTAAT-A
125 AA-ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TGATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* ** * * * *
13472710 A--AGTAGTA---T-TT-CAA-AAGAGTTTTTCTAAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAA
1 ATTAGTATTATTTTATTCCAATAA-A-TTAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
* * * * * * * *
13472767 AAGGTCATAACGACTTCAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTG--A--GTTCAGT
64 AA-GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAA-CT-TTTGAAATGGTT-TGT
* * * * * ** * *
13472827 AAATAGATTT-TTTTTAAAATCTTTTGCTCACTAATTTTTTGAATTTTAATCA
125 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* ** * * * * * *
13472879 ATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-GTATAAACTAAAATAATTGTTTTATGACTAAACAA
1 ATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAA-ATTAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
* * * * * *
13472943 AAGGTCAAAACAATTTGAACTAGATAATTGA-T-ATAATAATCT-TAACTATTTGAACTGGTTCG
64 AA-GTTATAACAATTTGAAATAGATAATT-ATTCA-AATAGT-TATAACT-TTTGAAATGGTT-T
* * * * * ** *
13473005 GCAAACACATTT-TTTTTTAAATCTCTTGCTAATTAATTTTTTGGAATATTATTAA
123 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAA-TTTTTAAAATATTAATAA
** * * * *
13473060 ATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTATGT-GGAA-AAAAA-AATTATTTTACGACAAAAT-
1 ATTAGTATTATTTT-ATTCCAATAA-ATTA-GTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATA
* ** ** * * *
13473121 AAAGATCT-TCATGATTTGTGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTGTTTCA
63 AAAG-T-TATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACT-TTTGAAATGGTTT--
* *
13473184 GTAAATAGATTTAGTTTTTAAATAC-C-T--T-ATTAATTTTTAAAATATTAATAG
123 GTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-CTCTTACTGATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* ** * * * * * * *
13473235 ATCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGGATGAAGAAAAACAATTTTTTTATAACAAAACAAA
1 ATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAATTAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAA
* * * * ** * * *
13473300 AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATGGACATGA-TTATTTAAACTTGTTTGGTA
65 A-GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTT-TTGAAA-TGGTTT-GTA
* * * * * *
13473364 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTAATAATTTTCAAAATTTTAATAA
126 AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* * * * * *
13473416 ATTAGTCTTATTTTATTCTGAATAAACTT-GTATGAATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAA
1 ATTAGTATTATTTTATTC-CAATAAA-TTAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
* * * * * * * *
13473480 AAGATCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTA
64 AAG-TTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACT-TTTGAAATGGTTT-GTA
* * * * **
13473545 AACATATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAA
126 AATAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTAAAATATTAATAA
** * * * * *
13473598 ATTAGTATTATTTTTATTTTAGA-ATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAAC
1 ATTAGTATTA-TTTTATTCCA-ATAAAT--TAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAT
* *
13473662 AAATGGTTATAACTATTT
62 AAA-AGTTATAACAATTT
13473680 AAACTTGTTC
Statistics
Matches: 1970, Mismatches: 455, Indels: 285
0.73 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
159 1 0.00
161 4 0.00
162 25 0.01
163 27 0.01
164 5 0.00
165 6 0.00
166 25 0.01
167 24 0.01
168 22 0.01
169 9 0.00
170 14 0.01
171 55 0.03
172 41 0.02
173 6 0.00
174 26 0.01
175 99 0.05
176 169 0.09
177 91 0.05
178 22 0.01
179 136 0.07
180 450 0.23
181 444 0.23
182 213 0.11
183 12 0.01
184 43 0.02
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
ATTAGTATTATTTTATTCCAATAAATTAGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAA
GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTTTTGAAATGGTTTGTAAATAG
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTAAAATATTAATAA
Found at i:13471613 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 13471057--13471748 Score: 793
Period size: 361 Copynumber: 1.9 Consensus size: 361
13471047 ACTAATTCAG
* * * * ***
13471057 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAACTTAGTGTTAT
1 TAAATAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAAAATTAT
* * * *
13471122 TTTAATCAGAACAAGCTTGTACGAACAAAACAATTCTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGA
66 TTTAATCAGAACAAACTTATACGAACAAAACAATTCTTTTATGACAAAAGAAAAAGTCATAACGA
* * * * *
13471187 TTTGAAATAGATAATCGTTCATAGAGTCTTAATTATTTTAACTGATTCAGCAAGTAGATTTATTT
131 TTTGAAATAGATAATCGTTCAAAGAGTCTTAATTATTTGAACTGATTCAGCAAATAAAATTATTT
* * * ** * * *
13471252 TTTAATTTTCTTGGTTAT-TATGTTTCGAAATATTCT-TAAATTAGTATTATTTTATTCCACATA
196 TCTAAATCTCTTACTTATAAAT-TTTCGAAATATT-TATAAATTAGTATTATTCTATTCCAAATA
* * *
13471315 AAATAGTATAAACAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAACGGTT-ACAACAATTTGAAATAGA
259 AAATAGTATAAACAGAAACAATTGTTTGATGACAAAATAAA-AGTTCACAACAATTTGAAATAAA
13471379 TAATTATTCTAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGT
323 TAATTATTCTAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGT
* **
13471418 TAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTCAATATTAATAAATTAAAATTAT
1 TAAATAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAAAATTAT
* ** * ** * *
13471483 TTTATTTTGAATAAACTTATATTAACAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAG-CAATAAC
66 TTTAATCAGAACAAACTTATACGAACAAAA-CAATTCTTTTATGACAAAAGAAAAAGTC-ATAAC
* * * *
13471547 GATTTGAAATAGATAAT-GTTCAAATAGT-TATAATTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAAAATTA
129 GATTTGAAATAGATAATCGTTCAAAGAGTCT-TAATTATTTGAACTGATTCAGCAAATAAAATTA
* *
13471610 TTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTTATAAATTAGTTTTATTCTATTCCAAAT
193 TTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTCGAAATATTTATAAATTAGTATTATTCTATTCCAAAT
** ** * *** * * *
13471675 AACCTTTTATGAGTTGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAAA
258 AAAATAGTATAAACAGAAACAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGTTCACAACAATTTGAAATAAA
13471740 TAATTATTC
323 TAATTATTC
13471749 ATATAGTTTT
Statistics
Matches: 270, Mismatches: 55, Indels: 12
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
360 5 0.02
361 219 0.81
362 46 0.17
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
TAAATAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAAAATTAT
TTTAATCAGAACAAACTTATACGAACAAAACAATTCTTTTATGACAAAAGAAAAAGTCATAACGA
TTTGAAATAGATAATCGTTCAAAGAGTCTTAATTATTTGAACTGATTCAGCAAATAAAATTATTT
TCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTCGAAATATTTATAAATTAGTATTATTCTATTCCAAATAAA
ATAGTATAAACAGAAACAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGTTCACAACAATTTGAAATAAATAA
TTATTCTAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGT
Found at i:13472605 original size:176 final size:179
Alignment explanation
Indices: 13470932--13473679 Score: 1071
Period size: 181 Copynumber: 15.4 Consensus size: 179
13470922 AGGTCACTAT
* * * * *
13470932 TAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAGAG
1 TAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * ** **
13470997 GTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-TAACAGTCTTAA-TCAATTGAACTAATTCAGTAA
66 GTCATAACGATTTGAAATA-ATAATTATTCAT-ATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCAACAA
* * **
13471060 ATAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAACT
128 ACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATT-ATTTTC-AAATATTAATAAAG
* * * ** * * *
13471113 TAGTGTTATTTTAAT-CAGAACAAGCTTGTACGAAC-AAAACAATTCTTTTATGACAAAAGAAAA
1 TAGTATTATTTTATTCCA-AATAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* ** * * * * *
13471176 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCATAGAGTCTTAATTATTTTAAC-TGATTCAGCAA
65 GGTCATAACGATTTGAAATA-ATAATTATTCATATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAACAA
** * * * ** ** *
13471240 GTAGATTTATTTTTT-AATTTTCTTGGTTATTATGTTTCGAAATATTCTTAAAT
128 ACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAT-TTTC-AAATATTAATAAAG
* ** * * * * * * *
13471293 TAGTATTATTTTATTCCACATAAAATAGTATAAACAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAACG
1 TAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * ****
13471358 GTTACAACAATTTGAAATAGATAATTATTC-TAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGTTAAA
66 GTCATAACGATTTGAAATA-ATAATTATTCAT-ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAACAAA
* * * * * *
13471422 TAGATTTACTTTTT-AAATCTCTTACTGATTAATTTTCTCAATATTAATAAAT
129 CAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATT-ATTTTC-AAATATTAATAAAG
** *** * * * * * *
13471474 TAAAATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATTAAC-AAAAGCAATTGTTTTATGACAAAATAAAA
1 TAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAAACTGAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * ***
13471538 AG-CAATAACGATTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCGGTAA
65 GGTC-ATAACGATTTGAAATA-ATAATTATTCATATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAACAA
* * * * * * *
13471601 ATAAAATTATTTTCT-AAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTTATAAAT
128 ACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTAT-TA-TTTTCAAATATTAATAAAG
* * * * * ** * * *
13471654 TAGTTTTATTCTATTCCAAATAACCTTTTATGAGTTGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAG
1 TAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * ** * * * *
13471719 TTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTTTTAACTGTTGGAA-TTGTTCAGCAAAT
66 GTCATAACGATTTGAAAT-AATAATTATTCATATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAACAAAC
** * * * * * *
13471783 GGATTTATTTTTT-AAATCTATTAGATT-TTAATTTTTAGAATACTACTAAAT
130 AAATTTATTTTTTCAAATCTCTTA-CTTATT-ATTTTCA-AATATTAATAAAG
* * * * ** * * * *
13471834 TAGCATTATTTTATTCCGAATAAGTTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGA-TAAACCAAAG
1 TAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * * * * *** *
13471898 GTTATAATAATTTGAAACAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACT-TTTGAACTAGTACTGTAAAT
66 GTCATAACGATTTGAAATA-ATAATTATTCATATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAACAAAC
* * * * *
13471962 AGATTTATTTTTT-AAATCTCTTA-TTA--ATTCTTAAAACATTAGTAAAT
130 AAATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTATT-TTCAAATATTAATAAAG
* *** ** *
13472009 TAGTA-AATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT--GTTAAAACAATTA-TTTATGACAAAACAAACA
1 TAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-A
* * * * * * ** * ***
13472070 --TAATAATGATTTGAAATAGATAGTTGA-TCAAATGGTCATAATTATTTGAACTAATTTAGTGA
65 GGTCATAACGATTTGAAATA-ATAATT-ATTCATATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAACAA
** * * * *
13472132 ACTGATTTATTTTTT-AAATATCATACTTATTAACTTACAAAATATTAATAAAG
128 ACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATT-ATTTTC-AAATATTAATAAAG
**** *
13472185 TAGTATTATTTTATTTTTTATAAGCATT-TATAAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
1 TAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC-TTGTATAAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* * * ***
13472249 GGTCATTACGATTTTAAATTAATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA
65 GGTCATAACGATTTGAAA-TAATAATTATTCATATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAACAAA
*
13472314 CAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTCAAATGTTAATAAAG
129 CAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATT-A-TTTTCAAATATTAATAAAG
** * *
13472367 TAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAG
1 TAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * *
13472432 GTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTC-TAATAGTCTTAGCTATTTGAAC-TGATTCAACAA
66 GTCATAACGATTTGAAATA-ATAATTATTCAT-ATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAACAA
** * * * *
13472495 ACACTTTTCTTTTTT-AAATCTCTTA-TTGA-T-TTTT-GAATATTATTAAAT
128 ACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTT-ATTATTTTCAAATATTAATAAAG
* ** * *
13472543 TAGTATTATTTT-TATCCAAATGAGCTTGTATATTCAT-AAACAATTGTTTTATGAGAAAAC-AA
1 TAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTGTATAAAC-TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * *
13472605 AGATCATAATGATTTGAAAT--TGATT-TT--TGT--TCA-AATTATTTAAACTGGTT-TA-AAA
64 AGGTCATAACGATTTGAAATAATAATTATTCATATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAACAAA
* * * * * *
13472660 CATAGCTTTAGTTTTT-AAATCTCTTGCTTGTTAACTTTGAAATATTAATAAAG
129 CA-A-ATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATT-ATTTTCAAATATTAATAAAG
* * * ** * *
13472713 TAG---TA---T-TT-CAAA-AGAGTTTTTCTAAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
1 TAGTATTATTTTATTCCAAATA-AGCTTGTATAAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * **
13472769 GGTCATAACGACTTCAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTG-A---GTTCAGTAA
65 GGTCATAACGATTTGAAATA-ATAATTATTCATATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCAACAA
* * * * * * * ** * * *
13472829 ATAGA-TT-TTTTTTAAAATCTTTTGCTCACTAATTTTTTGAATTTTAATCAAT
128 ACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTA-TTA-TTTTCAAATATTAATAAAG
* *** * * * *
13472881 TAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAACTAAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAG
1 TAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * **
13472946 GTCAAAACAATTTGAACTAGATAATTGA-T-ATAATAATCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAA
66 GTCATAACGATTTGAAATA-ATAATT-ATTCAT-ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAACAA
* * * ** * *
13473009 ACACATTT-TTTTTT-AAATCTCTTGCTAATTAATTTTTTGGAATATTATTAAAT
128 ACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATT-A--TTTTCAAATATTAATAAAG
** ** * * *
13473062 TAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTATGTGGAAA---AAAAAATTATTTTACGACAAAA-TA
1 TAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAGC-T-TGTATAAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * ** * * **
13473122 AAGATCTTCATGATTTGTGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCAGT
63 AAGGTCATAACGATTTGAAATA-ATAATTATTCATATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAAC
* * * * * *
13473186 AAATAGATTTAGTTTTT-AAATAC-CTTA-TTAAT-TTTTAAAATATTAATAGA-
126 AAACAAATTTATTTTTTCAAAT-CTCTTACTTATTATTTTCAAATATTAATAAAG
*** ** * * *** * *
13473236 TCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGGATGAAGAAAAACAATTTTTTTATAACAAAACAAAA
1 T-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * ****
13473301 GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-TAATGGACATGATTATTTAAACTTGTTTGGTAA
65 GGTCATAACGATTTGAAATA-ATAATTATTCAT-ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAACAA
* * * * *
13473365 ACAGATTTATTTTTT-AAATCTCCTACTTAATAATTTTCAAAATTTTAATAAAT
128 ACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTT-ATTATTTTC-AAATATTAATAAAG
* ** * * *
13473418 TAGTCTTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAA
1 TAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAAACT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * ****
13473482 GATCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAA
65 GGTCATAACGATTTGAAAT-AATAATTATTCATATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAACAAA
* * ** *
13473547 CATATTTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAT
129 CA-AATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATT-A-TTTTCAAATATTAATAAAG
** * * * **
13473600 TAGTATTATTTTTATTTTAGAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAA
1 TAGTATTA-TTTTATTCCA-AATAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * *
13473665 TGGTTATAACTATTT
64 AGGTCATAACGATTT
13473680 AAACTTGTTC
Statistics
Matches: 1980, Mismatches: 459, Indels: 253
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
162 33 0.02
163 19 0.01
164 7 0.00
165 1 0.00
166 36 0.02
167 24 0.01
168 19 0.01
169 5 0.00
170 19 0.01
171 51 0.03
172 57 0.03
173 8 0.00
174 27 0.01
175 73 0.04
176 170 0.09
177 97 0.05
178 15 0.01
179 147 0.07
180 431 0.22
181 475 0.24
182 195 0.10
183 21 0.01
184 50 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
GTCATAACGATTTGAAATAATAATTATTCATATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAACAAACA
AATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTATTTTCAAATATTAATAAAG
Found at i:13473891 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13473661--13478280 Score: 3026
Period size: 181 Copynumber: 25.7 Consensus size: 180
13473651 TATGACAAAA
* * * ** *
13473661 CAAATGGTTATAACTATTTAAACTTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * *
13473725 AATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTGATTTGGAATAAACTTGTATGAACAAAATTA
66 AATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAA-CA
* * * *
13473789 ATTTTTTTATGACAAAATAAAATATCATAACAATTTGAAATAGAAAATTGTT
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * *
13473841 CAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTCACTCAAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * * * *
13473906 AATTTTTGGACTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-CCTATATGAACTGATACAA
66 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAA
* ** * *
13473970 TTGTTTTAT-ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATT
130 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * *
13474020 CAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTACTTTTAAAATCTTTTACTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * *
13474085 AATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
66 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACA
* * *
13474149 ATTGTTTTATGGA-TAAACAAAA-AGTCATAACAGTTTGAAATAAATAATTGTT
129 ATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * *** * *
13474201 TAAATAATCATAACGATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * *
13474266 AATTATTT-TAATATTAATAAATT--TATTTAATTTT-TTTCAAAATATGCTTGTATGAATAGAA
66 AATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TT-ATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACA-AA
* * * * *
13474327 AAAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-GCTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTT
126 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATC-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * **** * * * *
13474382 CAAATTGTCATAATTATTTAAACTTGTCCAATAAACA-AATCATTTTTTAAATCTTTTAATTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * *
13474446 AATTTTT-AGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTC-ATTAAACTTATATGAACTGAAACA
66 AATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACA
* * * * * *
13474509 ATTCTTTAATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATT
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * *
13474561 CATATAGTCATGACTAATTGATCTAGTTTGGTAAATATATTTA-TTTTTAAATTTTTTTACTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-TCTTTTACTTAT
**** * * *
13474625 TAATTACCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
65 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACA
* * *** * * *
13474690 ATTTTTTTATAATTGAGCAAAA-AGTTATAACAATTTGAAATAAATAATT-TGT
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT-T
* *
13474742 CAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* ** * ** * *** *
13474802 TAGTTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTACCTTATTT---AT----TT-T-TCAA-ATGGCCA
65 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAACAA
** * * * * * *
13474857 TAATTATT-T----TAAC-TAA-TTCAGTAACGATTTGAAATAAAGAATTGTT
130 TTGTT-TTATGACAAAACAAAAGATCA-TAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * ** ** * * *
13474903 CATATAGTCTTAACTATTTGCACTAATTTGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * *
13474968 AATTTTT-AGAATATTATTACAA-TAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAAT
66 AATTTTTGA-AATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAC
* * * * *
13475031 AATTGTTTTATGACATAACAAAATG-TTATAATAATTTGAACTATATAATTGTT
128 AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * ** *
13475084 CAAACAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTTT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * **
13475148 TAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTTTTATTTTA-TTCTGAATAGGCTTATATGATGAAATAC
65 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAA-AC
** *
13475212 AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTT
128 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * * *
13475265 TAAATGGCCATAATTTTTTAAAC-TGATTTGATAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTAAGCTT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA-CTT
* * * * * * * *
13475328 ATCAATTTTTTAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTCTATGTACTGAAA
63 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAA
* * * * ** * *
13475392 CAGTTGTTTTATGATAAAATAAAA-AACGATAATGATTTTAAATATATAATTGTT
127 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATC-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* *
13475446 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACT-GA-TTACTTTTTTTAAT-TTCTAGCTT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA-TAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTA-CTT
** * * * **
13475508 ATTAATTTCTTG-AATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGCATGTATGAGATGAA
63 ATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ACAAA
* * * * * *
13475572 ATAATTATTTTATGACTAAACAAAA-AGTCAAAACAATTTGAAAAAAAATAATTGTT
126 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTG-AAATAGATAATTGTT
* * ** * * * *
13475628 CTAATAGTCTTAACTATTTGAACAAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTGAATC-----CTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * **
13475688 AATTTTTGAAATAATAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATACTAATTA
66 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-A-AC-----A
* * * * ** ** * * *
13475753 TTCTAAATAATTGGTATTATTTTACAACAAATAAAATCTCATAATGATTTAAAATAGATAATAGC
124 ----AAACAATT-GT-TT-TATGAC-A-AAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
13475818 T
180 T
* * * * * * * * ***
13475819 CAAATGGACATTACTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * *
13475884 AATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTT-GAAGAAACTTTTATGAATAGAAATA
66 AATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACA
* * ** * *
13475946 ATTGTTTTATGACTAAAGAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATATTTGTT
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* *** ** *
13475998 AAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTCAGTTAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
*
13476063 AATTTTTAGAAAT-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAGCA
66 AATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAA-CA
* * * * *
13476127 ATTGATTTATCACAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAA-TGTT
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * **** * * * *
13476178 TAAATAGTCATAACTATTT-AAATATGTTCAAAAAAAATAAATTTATTGTTTAAAT-TATTATTT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTT--TGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * *
13476241 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TGTTATTTT-GTTCAAAATAATCTT-TCATGAATAG
63 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGT-ATGAACA-
** ** * * **
13476303 ATCCAATTACTTTATGACAAAATAAAAAATCATAA-TGTGTTGAAATAGATAATTGTT
124 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAAT-TTGAAATAGATAATTGTT
* * ** * * * *
13476360 TAGATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * * * *
13476424 AATTTTTGAACTATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATTAACTGAAACAA
66 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAA
* * ** * * *
13476489 TTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGACATAAATAATTATT
130 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * *
13476540 CAAATAGTCATGACTATTTGAATTTGTTTGATAAAAATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * * * *
13476605 AGTTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-GAATAAGCTTGT-TGAATAGAAATAA
66 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAA
*
13476668 TTGTTTTATGATAAAACAAAA-AGTCATAACAATTTG---T---T-A---TT
130 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * *
13476709 CAAGTAATCATAA-TGATTTAAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTAT
1 CAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * *
13476773 TAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATT-TTTTA-TCCAAAATAAACTTGTATGAGTAGAA
65 TAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGA--ACAA
* * * * * * *
13476834 GA-AATCT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATATCGATTTCAAATAGATAATTATT
125 AACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * * *
13476889 CAAATAGTAATAATTATTTAAACTTGTCTGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * *
13476954 AATTTTTGGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAATAA
66 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAA
* * *
13477019 TT-TTTTAGGACAAAACAAAAGA-CTTAACAATTTGAAATAGATAATTATT
130 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * **
13477068 CAAATAGTTATGAA-TATTTGATCTAGTTTTGTAAACATTTTTAATTTTTT-AA--TTTT--TTA
1 CAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * * * *
13477127 --CATTGTCGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
64 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAC
* * * * * ** * * *
13477190 TATTGTTTTATAATAGAACAAAA-AGTAATAATGATTTGTAATAAATAATTGCT
128 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * *
13477243 CAAATAGTGATAACTATTTGGACTGGTTTGATAAAAAGATTTATTTTTTAAA--ATTT--TTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * * * *
13477304 AATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAT
66 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAA
* * * ** *
13477369 TTGTTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTT
130 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * *
13477420 CAAATAGTCATAATTATTAGAACTGGTTAGGTAAATACAATTATTTTTTAAATC---T-CTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * *
13477481 AATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTAT-TATAAATTGAAAA
66 AATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT-TGTATGAA--CAAAA
** * * * * ** *
13477545 -TTTTGTTTTGTAACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGGAATAGATAATTGTT
127 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * *
13477598 CATATAGTCTTAACTATTTGAAC-TGGTTGGACAAAAAAATTTAATTTTTAAATCTTTTAGTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * ** * * *
13477662 TAATTTTTTAAATATTATTGGATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACATAAATA
65 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACA
* * * * *
13477727 ATTGTTTTATGACATTACAA-AAAATTTTTATTTTATAAATAATTATTTGAAGTATATAATTGTT
129 ATTGTTTTATGACA--A-AACAAAA----GA--TCAT-AA-CA--ATTTGAAATAGATAATTGTT
* * **** * *
13477791 TAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGATTCAACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * *
13477855 TAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAACAACCTTGTATGATAAAAAACA
65 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAACA
* * * *
13477920 ATTGTTGTATGACTAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * *
13477972 -AAGATGGCCATAAGTATTTGAAC-TGATTTGATAAACAAATTCACTTTTTAAATC----ACTTA
1 CAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
**
13478031 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTGT-GAATAAGCTTGTATGAATTGAAA
64 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAA-CAAAA
* * * *
13478095 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTTAAATAGACAATTATT
127 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * *
13478149 CAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGCTTGGTAAATAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * * * *
13478213 TAATTATTGAAATATTAAGAAATTATTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACA
65 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACA
13478278 ATT
129 ATT
13478281 AAAAATGTTA
Statistics
Matches: 3492, Mismatches: 734, Indels: 427
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
160 2 0.00
161 67 0.02
162 4 0.00
164 2 0.00
165 33 0.01
166 7 0.00
167 4 0.00
168 11 0.00
169 88 0.03
170 34 0.01
171 4 0.00
172 6 0.00
173 56 0.02
174 28 0.01
175 63 0.02
176 12 0.00
177 391 0.11
178 125 0.04
179 453 0.13
180 505 0.14
181 1114 0.32
182 174 0.05
183 14 0.00
184 12 0.00
185 3 0.00
187 9 0.00
188 1 0.00
189 5 0.00
190 8 0.00
191 57 0.02
192 17 0.00
193 129 0.04
194 14 0.00
195 4 0.00
196 36 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAACAAT
TGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
Found at i:13474003 original size:866 final size:861
Alignment explanation
Indices: 13472820--13474544 Score: 2012
Period size: 870 Copynumber: 2.0 Consensus size: 861
13472810 ATCTATTTGA
* * * * *
13472820 GTTCAGTAAATAGATTTTTTTTAAAATCTTTTGCTCACTAATTTTTTGAATTTTAATCAATTAAT
1 GTTCAGAAAATAGATTTTTTTTAAAATCTTTTACTCACTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAAT
* * * * *
13472885 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAACTAAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
66 ATTATTTGATTTGGAATAAACTTGTATAAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA
* * *
13472950 AAACAATTTGAACTAGATAATTGATATAATAATCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACACAT
131 AAACAATTTGAAATAGAAAATTGATATAATAATCATAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACACAT
* ** *
13473015 TTTTTTTTAAATCTCTTGCTAATTAATTTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTTG
196 TATTTTTTAAATCTCTCACTAATTAATTTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTG
* * * * * ***
13473080 AATAAGCTTATGTGGAAAAAAAAATTATTTTACGACAAAATAAAGATCTTCATGATTTGTGATAG
261 AATAAGCCTATATGGAAAAAAAAATTATTTTACGACAAAAAAAAGATCATAATGATTTAAAATAG
* * * *
13473145 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATAC
326 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-AGTAAACAGATTTACTTTTAAAAT-C
* * * **
13473209 -CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGGATGAAGA
389 TCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGGATGAAGA
* * *
13473273 AAAACAATTTTTTTAT-AACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AAT
454 AAAACAATTGTTTTATGAA-AAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTT-TAAAT
* * ** ***
13473336 GGA-CATGATTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTAATAATT
517 -AATCATAACGATTTAAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTAATAATT
* ** *
13473400 -TTCAAAATTTTAATAAA-TTAGTCTT-ATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAAT
581 ATT-AAAATATTAATAAATTTA-T-TTAATTTTATTCAAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAAT
* *
13473462 TTTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAAT
643 TATTTTATGACAAAACAAAAGGCT-ATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAAT
* **** * * * *
13473526 TATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
707 TATTTAAACTTGTCCAATAAACA-A-ATCATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTAGAATA
* * *
13473591 TTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTTA-GAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTT-AT
770 TTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCATGAA-A--CTTATATGAACAGAAACAATT-CTTTAAT
* *
13473654 GACAAAACAAATGGTTATAACTATTTAAACTT
830 GACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAACTT
* * * *
13473686 GTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA
1 GTTCAGAAAATAGATTT-TTTTTAAAATCTTTTACTCACTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAA
* * * *
13473750 TATTATTTGATTTGGAATAAACTTGTATGAAC-AAAATTAATTTTTTTATGACAAAATAAAATAT
65 TATTATTTGATTTGGAATAAACTTGTATAAACTAAAA-TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAT
* * * * * * *
13473814 CATAACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCA-AATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAATA
129 CAAAACAATTTGAAATAGAAAATTGAT-ATAATAATCATAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACA
* *
13473878 GATTCATTTTTTAAATCTCTCACTCAA-TAA-TTTTTGGACTATTAATAAATTAGTATTATTTTA
193 CATT-ATTTTTTAAATCTCTCACT-AATTAATTTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * *
13473941 TTTTGAATAA-CCTATAT-GAACTGATACAATTGTTTTA-TACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
256 ATTTGAATAAGCCTATATGGAA--AAAAAAATTATTTTACGACAAAA-AAAAGATCATAATGATT
* *
13474003 TAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTACTTTT
318 TAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTACTTTT
* *
13474068 AAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCT
383 AAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTAATTTGAATAAGCT
* * * * * *
13474133 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGGATAAACAAAAAGTCATAACAGTTTGAAATAAATAATT
444 TGGATGAAGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT
* ** *
13474198 GTTTAAATAATCATAACGATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTT
509 GTTTAAATAATCATAACGATTTAAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTT
* ** * **
13474263 ATTAATTATTTTAATATTAATAAATTTATTTAATTTTTTTCAAAATATGCTTGTATGAATAGAAA
574 AATAATTATTAAAATATTAATAAATTTATTTAATTTTATTCAAAATAAACTTGTATGAATAGAAA
* * * * **
13474328 AAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGCTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCAT
639 AAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGCTATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAACAGTCAT
13474393 AATTATTTAAACTTGTCCAATAAACAAATCATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTAGAAT
704 AATTATTTAAACTTGTCCAATAAACAAATCATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTAGAAT
* * *
13474458 ATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCATTAAACTTATATGAACTGAAACAATTCTTTAATGACA
769 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCATGAAACTTATATGAACAGAAACAATTCTTTAATGACA
13474523 AAACAAAAGGTTATAACGATTT
834 AAACAAAAGGTTATAACGATTT
13474545 GAAATAGATA
Statistics
Matches: 719, Mismatches: 117, Indels: 47
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
864 6 0.01
865 61 0.08
866 268 0.37
867 45 0.06
868 55 0.08
869 5 0.01
870 271 0.38
871 8 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (861 bp):
GTTCAGAAAATAGATTTTTTTTAAAATCTTTTACTCACTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAAT
ATTATTTGATTTGGAATAAACTTGTATAAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA
AAACAATTTGAAATAGAAAATTGATATAATAATCATAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACACAT
TATTTTTTAAATCTCTCACTAATTAATTTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTG
AATAAGCCTATATGGAAAAAAAAATTATTTTACGACAAAAAAAAGATCATAATGATTTAAAATAG
ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTACTTTTAAAATCTC
TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGGATGAAGAAA
AACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAATC
ATAACGATTTAAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTAATAATTATTAA
AATATTAATAAATTTATTTAATTTTATTCAAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTAT
GACAAAACAAAAGGCTATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAATTATTTAAAC
TTGTCCAATAAACAAATCATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
GTATTATTTTATTTCATGAAACTTATATGAACAGAAACAATTCTTTAATGACAAAACAAAAGGTT
ATAACGATTTAAACTT
Found at i:13474509 original size:360 final size:357
Alignment explanation
Indices: 13473661--13478251 Score: 2848
Period size: 360 Copynumber: 12.8 Consensus size: 357
13473651 TATGACAAAA
* * * * * *
13473661 CAAATGGTTATAACTATTTAAACTTGTTCAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGATAAACA-AATTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * ** *
13473724 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTGATTTGGAATAAACTTGTATGAACAAAATT
64 TAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATGAAA-C
* * * *
13473788 AATTTTTTTATGACAAAATAAAATA-TCATAACAATTTGAAATAGAA-AATTGTTCAAATAGTCA
126 AATTGTTTTATGACTAAACAAAA-AGTCATAACAGTTTGAAATA-AATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * *
13473851 TAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTCACTCAATAATTTTTGGA
189 TAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-TA
* ** * * *
13473916 CTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TGAATAA-CCTATATGAACT-GATACAATTGTTTTA
253 ATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA
* *
13473978 T-ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATT
316 TGACAAAACAAAAGGT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * *
13474020 CAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTT-AGTAAACATATTTACTTTTAAAATCTTTTACTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACA-AATTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
*
13474084 TAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
64 TAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAAT-GAAAC
* *
13474148 AATTGTTTTATGGA-TAAACAAAAAGTCATAACAGTTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAATCAT
126 AATTGTTTTAT-GACTAAACAAAAAGTCATAACAGTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* *** * * *
13474212 AACGATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTATTTTAA
190 AACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTTAA
* * *
13474277 TATTAATAAATT-TATTTAATTTT-TTTCAAAATATGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTAT
254 TATTAATAAATTATA-TT-ATTTTATTTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
*** *
13474340 GACAAAACAAAAGGCTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTT
317 GACAAAACAAAAGG-TATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * *** * *
13474382 CAAATTGTCATAATTATTTAAACTTGTCCAATAAACAAATCATTTTTTAAATCTTTTAATTATTA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * * *
13474447 ATTTTTAGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCATTAAACTTATATGAACTGAAACAATT
66 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATT
* * * * * * * * *
13474512 CTTTAATGACAAAACAAAAGGTTATAAC-GATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCATGACT
130 GTTTTATGACTAAACAAAAAGTCATAACAG-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * ****
13474576 AATTGATCTAGTTTGGTAAATATATTTA-TTTTTAAATTTTTTTACTTATTAATTACCAAAATAT
194 ATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATT-TTTTAATAT
* * * **
13474640 TAATAAATTAGTATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTATAATT
257 TAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * ** *
13474704 GAGCAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAAATAATT-TGT
321 AAAC-AAAAGGTATAATGATTTGAAATAGATAATTGT-T
* * *
13474742 CAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGATAAACA-AATTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * ** * ** *
13474802 TAGTTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTACCTTATTT--AT----TT-T-TCAAATGGCCATA
64 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTAT-GAAT-GAAACA
* * * * *
13474859 ATTATTTTA--ACT-------AATTCAGTAAC-GATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGTCTT
127 ATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTCA-TAACAG-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* ** ** * * *
13474914 AACTATTTGCACTAATTTGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAA
190 AACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-TAA
* ** * *
13474979 TATTATTACAA-TAGTATTATTTTATTT-TGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTAT
254 TATTAATA-AATTA-TATTATTTTATTTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
13475042 GACATAACAAAATGTTATAATAATTTGAACTATATAATTGTT
317 GACAAAACAAAA-GGTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * ** *
13475084 CAAACAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTTT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAACA-AATTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * *
13475148 TAATTTTT-GAAATATTAGTAAATTAGTTTTATTTTATTCTGAATAGGCTTATATG-ATGAAATA
64 TAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATG-AA-A
* * * * * * * *
13475211 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATTCATAA-TGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATGGCCA
125 CAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTCATAACAG-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * *
13475275 TAATTTTTTAAAC-TGATTTGATAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTAAGCTTATCAATTTTT
189 TAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTT
* * * * *
13475338 TAAATATTAATAAGTAATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTCTATGTACT-GAAACAGTTGTTT
251 T-AATATTAATAAATTATATTATTTTATTTCAAAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACAATTGTTT
* * * * *
13475401 TATGATAAAATAAAAAACG-ATAATGATTTTAAATATATAATTGTT
314 TATGA-CAAA-ACAAAAGGTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* ** * *
13475446 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACTGATTACTTTTTTTAAT-TTCTAGCTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTA-TTTTTTAAATCTTTTA-CTTAT
** * * * *
13475510 TAATTTCTT-GAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGCATGTATGAGATGAAAT
64 TAATTT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGA-ATGAAAC
* * * * * *
13475574 AATTATTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAACAATTTGAAAAAAAATAATTGTTCTAATAGTCTT
126 AATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTCATAACAGTTTG-AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
** * * * * *
13475639 AACTATTTGAACAAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTGAA--TC---CTTATTAATTTTTGAAA
190 AACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-TAA
* * ** ** *
13475699 TAATAATAAATTGGTATTATTTTATTT-TGAATAATTTTGTATGAATACTAATTATTCTAAATAA
254 TATTAATAAATT-ATATTATTTTATTTCAAAATAAGCTTGTATGAATA-GAA--A--C-----AA
* * * ** * * *
13475763 TTGGTATTATTTTACAACAAATAAAATCTCATAATGATTTAAAATAGATAATAGCT
308 TT-GT-TT-TATGAC-A-AAACAAAAGGT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * ***
13475819 CAAATGGACATTACTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACA-AATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * *
13475884 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTGAAGAAACTTTTATGAATAGAAATAAT
65 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAAT
* * * *
13475948 TGTTTTATGACTAAA-GAAAAGATCATAA-TGATTTGAAATAAATATTTGTTAAAATAGTCATAA
129 TGTTTTATGACTAAACAAAAAG-TCATAACAG-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
*** ** * * *
13476011 CTATTTGAACTCACTCAGTTAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTAGAAA
192 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTA-ATA
** * * *
13476075 TTTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAGCAATTGATTTATC
256 -TTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATG
* ** *
13476138 ACAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAA-TGTT
318 ACAAAACAAAAGGT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * ** * * * * *
13476178 TAAATAGTCATAACTATTT-AAATATGTTCAAAAAAAATAAATTTATTGTTTAAAT-TATTATTT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTT--TGATAAACAAA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * ** *
13476241 ATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTA-TGTTATTTTGTTCAAAATAATCTT-TCATGAATAG
62 ATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGT-ATGAAT-G
** ** * * * * * * *
13476303 ATCCAATTACTTTATGACAAAATAAAAAATCATAA-TGTGTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAG
122 AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTCATAACAGT-TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
** * * *
13476367 TCATAACTATTTGAACTT-TTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT
186 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
13476431 GAACTATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTATATTAACT-GAAACAATTGTT
251 TAA-TATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTT
* * * *
13476494 TTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGACATAAATAATTATT
313 TTATGACAAAACAAAAGGT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* *
13476540 CAAATAGTCATGACTATTTGAATTTGTTTGATAAA-AATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAA-A-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * * *
13476604 T-AGTTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTGAATAAGCTTGT-TGAATAGAAATA
64 TAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACA
* * *
13476667 ATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAAGTCATAACAATTTG---T---T-A---TTCAAGTAATCATA
127 ATTGTTTTATGACT-AAACAAAAAGTCATAACAGTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
13476721 A-TGATTTAAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCTTAA
191 ACT-ATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTTAA
* * * *
13476785 TATTAATAAATTTGTATT-TTTTA-TCCAAAATAAACTTGTATGAGTAGAAGA-AATCT-TTTTA
254 TATTAATAAA-TTATATTATTTTATTTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAA-ACAAT-TGTTTTA
* *
13476846 TGACAAAACAAAAGGT-TATATCGATTTCAAATAGATAATTATT
316 TGACAAAACAAAAGGTATA-AT-GATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * *
13476889 CAAATAGTAATAATTATTTAAACTTGTCTGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * * *
13476954 AATTTTTGGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAATAA
65 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAA
* * * * * * * *
13477019 TT-TTTTAGGACAAAAC-AAAAGACTTAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGAA
128 TTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTCATAACAGTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-AA
* * * * ** * ***
13477082 -TATTTGATCTAGTTTTGTAAACATTTTTAATTTTTT-AAT-T-TT--TTA--CATTGTCGAAAT
192 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTTAAT
* * ** * *
13477139 ATTAATAAAATAGTATTATTTTA-ATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTATAA
255 ATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
13477203 TAGAACAAAAAGTAATAATGATTTGTAATAAATAATTGCT
319 CAAAACAAAAGGT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * *
13477243 CAAATAGTGATAACTATTTGGACTGGTTTGATAAA-AAGATTTATTTTTTAAA--ATTT--TTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAA-A-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* ** * * * **
13477303 TAATTTTT-GAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAAC
64 TAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAC
* * * * * *
13477367 ATTTGTTTTAT-AATAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCA
126 AATTGTTTTATGACT-AAACAAAAAGTCATAACAG-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * *
13477430 TAATTATTAGAACTGGTTAGGTAAATACAATTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAA
189 TAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-TA
* ** * * *
13477491 ATATTAATAAATTCATTTTTATTTTATTT-TGAATAAGCTAT-TATAAATTGAAA-ATTTTGTTT
253 ATATTAATAAATT-A-TATTATTTTATTTCAAAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACA-ATTGTTT
* * * *
13477553 TGTAACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGGAATAGATAATTGTT
314 TATGACAAAACAAAAGGT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * *
13477598 CATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTGGACAAAAAAATTTAATTTTTAAATCTTTTAGTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* ** * * *
13477663 AATTTTTTA-AATATTATTGGATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAT-AAAT
65 AA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATG-A-ATGAAAC
* * * * * *
13477726 AATTGTTTTATGACATTACAA-AAAATTTTTATTTTATAAATAATTATTTGAAGTATATAATTGT
126 AATTGTTTTATGAC--TA-AACAAAA-----A-GTCAT-AA-CA--GTTTGAAATAAATAATTGT
* * **** *
13477790 TTAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGATTCAACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
178 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * ** * * *
13477854 TTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCGAACAACCTTGTATG-ATAAAAA
242 TTAATTTTT-TAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAA
* * **
13477917 ACAATTGTTGTATGACTAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
304 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * *
13477972 -AAGATGGCCATAAGTATTTGAAC-TGATTTGATAAACAAATTCACTTTTTAAATC----ACTTA
1 CAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAACAAATT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTA
13478031 TTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTGTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAA
63 TTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAA
* * * * * * *
13478095 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGTCAT
125 CAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTCATAACAGTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * **
13478160 AACTATTTGAATTTGCTTGGTAAATAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTATTGAA
190 AACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTTA
*
13478224 ATATTAAGAAATTATTATTATTTTATTT
253 ATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTT
13478252 TGGATAAGCT
Statistics
Matches: 3326, Mismatches: 657, Indels: 498
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
341 8 0.00
342 197 0.06
343 11 0.00
345 1 0.00
346 33 0.01
347 3 0.00
348 10 0.00
349 180 0.05
350 153 0.05
351 40 0.01
352 67 0.02
353 32 0.01
354 127 0.04
355 123 0.04
356 10 0.00
357 67 0.02
358 115 0.03
359 235 0.07
360 500 0.15
361 303 0.09
362 431 0.13
363 101 0.03
364 10 0.00
365 4 0.00
367 5 0.00
368 11 0.00
369 9 0.00
370 125 0.04
371 106 0.03
372 8 0.00
373 110 0.03
374 115 0.03
375 76 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (357 bp):
CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATGAAACAATTG
TTTTATGACTAAACAAAAAGTCATAACAGTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
TTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAATATTAAT
AAATTATATTATTTTATTTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
AAAGGTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
Found at i:13474603 original size:541 final size:541
Alignment explanation
Indices: 13473670--13477075 Score: 1465
Period size: 541 Copynumber: 6.3 Consensus size: 541
13473660 ACAAATGGTT
*
13473670 ATAACTATTTAAACTTGTTCAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTG
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCA-ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
** * *
13473733 GAATATTAATAAATTTATATTATTTGATTTGGAATAAACTTGTATGAACAAAATTAATTTTTTTA
65 GAATATTAATAAATTTATATTATTTGATTTAAAATAAACTTGTATGAACAAAATAAATTATTTTA
* * * *
13473798 TGACAAAATAAAATATCATAACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
130 TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAA
* ** * * * * *
13473863 CTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTCACTCAATAATTTTTGGACTATTAATAAAT
195 CTTGTCCAATAAACAGAATCATTTTTTAAATCTCTCAATCAATAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* * * *
13473928 TAGTATTATTTTATTTTGAATAACCTATATGAACTGATACAATTGTTTTATACAAAACAAAAGGT
260 TAGTATTATTTTATTTTCAATAACCTATATGAACTGAAACAATTCTTTAATACAAAACAAAAGGT
* * * *
13473993 CATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAT
325 CATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTAGTTTAGTAAACAT
****
13474058 ATTTACTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT
390 ATTTACTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTACCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT
** * *
13474123 TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGGA-TAAACAAAAAGTCATAACAGTTTGA
455 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-AATTAAACAAAAAGTCATAACAATTTGA
*
13474187 AATAAATAA-TTGTTTAAATAATC
519 AATAAATAATTTG-TCAAATAATC
* * *
13474210 ATAACGATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTATTT-
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTG
* * ** *
13474274 TAATATTAATAAATTTAT-TTAATTT-TTTTCAAAATATGCTTGTATGAATAGAAA-AAATTATT
65 GAATATTAATAAATTTATATT-ATTTGATTT-AAAATAAACTTGTATGAACA-AAATAAATTATT
* * * *
13474336 TTATGACAAAACAAAAG-GCTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAATTATT
127 TTATGACAAAACAAAAGATC-ATAACAATTTCAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAATTATT
* * * *
13474400 TAAACTTGTCCAATAAACA-AATCATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAAT
191 TAAACTTGTCCAATAAACAGAATCATTTTTTAAATCTCTCAATCAATAATTTTTAGAATATTAAT
* * *
13474464 AAATTGGTATTATTTTA-TTTCATTAAACTTATATGAACTGAAACAATTCTTTAATGACAAAACA
256 AAATTAGTATTATTTTATTTTCAAT-AACCTATATGAACTGAAACAATTCTTTAAT-ACAAAACA
* * * * * *
13474528 AAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCATGACTAATTGATCTAGTTTGGT
319 AAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTAGTTTAGT
* * * * *
13474593 AAATATATTTATTTTTAAATTTTTTTACTTATTAATTACCAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
384 AAACATATTTACTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTACCAAAATATTAATAAATTAATATTATT
* * * *
13474658 TTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTATAATTGAGCAAAAAGTTATAACAA
449 TTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAATTAAACAAAAAGTCATAACAA
*
13474723 TTTGAAATAAATAATTTGTCAAATAGTC
514 TTTGAAATAAATAATTTGTCAAATAATC
* ** * **
13474751 ATAATTATTTGAA-TTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAGTTTTCA
1 ATAACTATTTGAACTT-GTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * *** *
13474811 AAATATTAATAGA-TTAGTATTACCTT-ATTTATTTTTCAAA--TG---G--C--CAT-AATTA-
65 GAATATTAATAAATTTA-TATTA-TTTGATTTA-AAAT-AAACTTGTATGAACAAAATAAATTAT
* * * * * * *
13474863 TTT-T-----AAC-TAA-TTCAGTAACGATTTGAAATA-AAGAATTGTTCATATAGTCTTAACTA
126 TTTATGACAAAACAAAAGATCA-TAACAATTTCAAATAGAA-AATTGTTCAAATAGTCATAATTA
** ** *** * * * * * * *
13474919 TTTGCACTAATTTGACAAATA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATT
189 TTTAAACTTGTCCAATAAACAGAA-TCATTTTTTAAATCTCTCAATCAATAATTTTTAGAATATT
* * * * * * *
13474983 ATTACAA-TAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGACA
253 AATA-AATTAGTATTATTTTATTTTCAAT-AACCTATATGAACT-GAAACAATTCTTTAAT-ACA
* * * ** * * * * * *
13475046 TAACAAAATGTTATAATAATTTGAACTATATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACT-GA
314 AAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTAG-
** * * ** * **** * *
13475110 TTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTTTTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGT
378 TTTAGTAAACATATTTACTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTACCAAAATATTAATAAATTAAT
* * * * * ** *
13475175 TTTATTTT-ATTCTGAATAGGCTTATATG-AT-GAAATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAT
443 ATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTGTATGAATAG-AA-ACAATTGTTTTATAATTAAACAAAAAG
** * * * ***
13475237 TCATAATGATTTAAAATAGATAA-TTGTTTAAATGGCC
505 TCATAACAATTTGAAATAAATAATTTG-TCAAATAATC
* * * ** * * *
13475274 ATAATTTTTTAAAC-TGATTTGATAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTAAGCTTATCAATTTT
1 ATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA-CTTATTAATTTT
** * * * * * * * * * * *
13475337 TTAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTCTATGTACTGAAA-CAGTTGTT
63 TGGAATATTAATAAATTTATATTATTTGATTTAAAATAAACTTGTATGAAC-AAAATAAATTATT
* * * ** * * * *
13475400 TTATGATAAAATAAAA-AACGATAATGATTTTAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
127 TTATGACAAAACAAAAGATC-ATAACAATTTCAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAATTATT
* **** * * * * * * * **
13475464 TGAACTTGTTTGGTAAACTG-ATTACTTTTTTTAATTTCT-AGCTTATTAATTTCTT-GAATGCT
191 TAAACTTGTCCAATAAACAGAATCA-TTTTTTAAATCTCTCA-ATCAATAATTT-TTAGAATATT
* * * * * * *
13475526 AATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAGGCATGTATGAGA-TGAAATAATTATTTTATGACT
253 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTC-AATA-ACCTATATGA-ACTGAAACAATTCTTTAAT-ACA
* * * * * * * * * *
13475589 AAACAAAAAGTCAAAACAATTTGAAAAAAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACAAG
314 AAACAAAAGGTCATAACGATTT-AAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTAG
* * * * ** **** * **
13475654 TTTGGCAAACAAATTTATTTTTTGAATC-----CTTATTAATTTTTGAAATAATAATAAATTGGT
378 TTTAGTAAACATATTTACTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTACCAAAATATTAATAAATTAAT
* ** ** * * *
13475714 ATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATACTAATTATTCTAAATAATTGGTATTAT-TTTAC
443 ATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATA-GAA--A--C-----AATT-GTTTTATAATTA-
* ** * * * *
13475778 AACAAATAAAATCTCATAATGATTTAAAATAGATAA-TAGCTCAAATGGA-C
496 AAC--A-AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTTG-TCAAAT-AATC
* * * * * *** *
13475828 ATTACTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAG
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGG
** * * * *
13475893 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTT--TTTTGAAGAAACTTTTATGAATAGAAAT-AATTGTTTT
66 AATATTAATAAATTTA-TATTATTTGATTTAAAATAAACTTGTATGAACA-AAATAAATTATTTT
* * ** * * * * *
13475954 ATGACTAAAGAAAAGATCATAATGATTTGAAATA-AATATTTGTTAAAATAGTCATAACTATTTG
129 ATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATAGAA-AATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTA
** * * * * * * * * * *
13476018 AAC-TCACTCAGTTAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAA-ATTTAAT
193 AACTTGTC-CAATAAACAGAATCATTTTTTAAATCTCTCAATCAATAATTTTTAGAATA-TTAAT
* * * * *
13476081 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAGCAATTGATTT-ATCACAAAA
256 AAATTAGTATTATTTTATTTTCAATAA-CCTATATGAACTGAAA-CAATT-CTTTAAT-ACAAAA
* * * * * *
13476144 CAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATGT-TT-AAATAGTCATAACT-ATTTAAATATGTT
317 CAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAAT-TATTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTA-GTT
* ** * * * * **** *
13476206 CAAAAAAAATAAATTTA-TTGTTTAAAT-TATTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA
380 TAGTAAACAT--ATTTACTT-TTAAAATCTTTTACTTATTAATTACCAAAATATTAATAAATTAA
* * * ** ** * ** * *
13476269 TGTTATTTT-GTTCAAAATAATCTT-TCATGAATAGATCCAATTACTTTATGACAAAATAAAAAA
442 TATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTGT-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATAATTAAACAAAAAG
** * * * *
13476332 TCATAA-TGTGTTGAAATAGATAA-TTGTTTAGATAGTC
505 TCATAACAAT-TTGAAATAAATAATTTG-TCAAATAATC
* * * * *
13476369 ATAACTATTTGAACTT-TTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT-G
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGG
* * * * * * * *
13476432 AACTATTAAGAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATTAACTGAAA-CAATTGTTT
66 AA-TATTAATAAATTTA-TATTATTTGATTTAAAATAAACTTGTATGAAC-AAAATAAATTATTT
* * ** * * * * *
13476495 TATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGACATA-AATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTT
128 TATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATAGAA-AATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT
* * *** * * * * * * * * * * * *
13476559 GAATTTGTTTGATAAAAATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAGTTGTCGAAATATTAAT
192 AAACTTGTCCAATAAACAGAATCATTTTTTAAATCTCTCAATCAATAATTTTTAG-AATATTAAT
* * * * * * * * *
13476623 AAATTAATATTATTTTA-ATTGAATAAGCT-TGTTGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGATAAAAC
256 AAATTAGTATTATTTTATTTTCAATAACCTAT-ATGAACT-GAAACAATTCTTTAAT-ACAAAAC
* * * * * * * *
13476685 AAAAAGTCATAAC-AATT----T-G----TTATTCAAGTAATCATAA-TGATTTAAACTTGTTTG
318 AAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-AATTGAACTAGTTTA
* * * * ** ** **
13476739 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATT-
382 GTAAACATATTTACTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTACCAAAATATTAATAAATTAATATTA
* * * * ** * *
13476803 TTTT-ATCCAAAATAAACTTGTATGAGTAGAAGA-AATCT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
447 TTTTAATTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAA-ACAAT-TGTTTTATAATTAAACAAAAAGTCAT
* * * * * *
13476865 ATCGATTTCAAATAGATAATTAT-TCAAATAGTA
509 AACAATTTGAAATAAATAATT-TGTCAAATAATC
* * ** * * * * *
13476898 ATAATTATTTAAACTTG-TCTGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTG
1 ATAACTATTTGAACTTGTTC-AATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * * *
13476962 GAATATTAAT-AACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAAT-AATT-TTT
65 GAATATTAATAAATTTA-TATTATTTGATTTAAAATAAACTTGTATGAAC-AAAATAAATTATTT
* * * * *
13477024 TAGGACAAAACAAAAGA-CTTAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
128 TATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATAGAAAATTGTTCAAATAGT
13477076 TATGAATATT
Statistics
Matches: 2254, Mismatches: 458, Indels: 320
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
520 2 0.00
521 49 0.02
522 69 0.03
523 239 0.11
524 2 0.00
525 2 0.00
526 3 0.00
527 12 0.01
528 53 0.02
529 121 0.05
530 128 0.06
531 21 0.01
532 6 0.00
534 1 0.00
535 5 0.00
536 8 0.00
537 25 0.01
538 9 0.00
539 63 0.03
540 218 0.10
541 417 0.19
542 162 0.07
543 144 0.06
544 63 0.03
545 7 0.00
546 5 0.00
549 10 0.00
550 28 0.01
551 23 0.01
552 183 0.08
553 41 0.02
554 79 0.04
555 6 0.00
556 50 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (541 bp):
ATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGG
AATATTAATAAATTTATATTATTTGATTTAAAATAAACTTGTATGAACAAAATAAATTATTTTAT
GACAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAAC
TTGTCCAATAAACAGAATCATTTTTTAAATCTCTCAATCAATAATTTTTAGAATATTAATAAATT
AGTATTATTTTATTTTCAATAACCTATATGAACTGAAACAATTCTTTAATACAAAACAAAAGGTC
ATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTAGTTTAGTAAACATA
TTTACTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTACCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTC
AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAATTAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAA
TAAATAATTTGTCAAATAATC
Found at i:13476892 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 13476871--13476906 Score: 56
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
13476861 TTATATCGAT
13476871 TTCAAATAG-ATAATTA
1 TTCAAATAGAATAATTA
13476887 TTCAAATAGTAATAATTA
1 TTCAAATAG-AATAATTA
13476905 TT
1 TT
13476907 TAAACTTGTC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.50
18 9 0.50
ACGTcount: A:0.47, C:0.06, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
TTCAAATAGAATAATTA
Found at i:13477925 original size:193 final size:184
Alignment explanation
Indices: 13476921--13478280 Score: 759
Period size: 177 Copynumber: 7.5 Consensus size: 184
13476911 CTTGTCTGGT
* * * * *
13476921 AAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAGTATTATT
1 AAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
13476986 TTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATT-TTTTAGGACA-A-AACAAAA--G-ACT--
66 TTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACATACAA-AAAATGGTAATAA
* * * * * * * *
13477043 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGAA-TATTTGATCTAGTTTTG-T
130 TAA-TATTTG-AATAGATAATTGTTTAAATAGTCAT-AACTATTTGAACT-GATTCGAC
** * * * * *
13477100 AAACATTTTTAATTTTTTAAT-T-TT--TTA--CATTGTCGAAATATTAATAAAATAGTATTATT
1 AAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * *
13477159 TTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTAT-A-ATAGAACAAAA-AGTAATAA
66 TTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACATACAA-AAAATGGTAATAA
* * * * * * * * *
13477221 T--GATTTGTAATAAATAATTGCTCAAATAGTGATAACTATTTGGACTGGTTTGAT
130 TAATATTTG-AATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGAC
* * *
13477275 AAA-AAGATTTATTTTTTAAA-AT-TT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTAT
1 AAACAA-ATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
13477335 TTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTAT-A-ATA-AAACAAAAGGTCATA
65 TTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACATACAAA-AAATGGTAATA
* * * * * * * **
13477397 AT--GATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAATTATTAGAACTGGTTAGGT
129 ATAATATTTG-AATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGAC
* * * *
13477452 AAATACAA-TTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTTA
1 AAACA-AATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTA
** * ** ** * * *
13477512 TTTTATTTTGAATAAGCTAT-TATAAATTGAAAA-TTTTGTTTTGTAACA-A-AAGAAAA-GGTC
64 TTTTATTCCGAATAAGCT-TGTATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACATACAA-AAAATGGTA
* * * * * * *
13477572 ATAATGAT-TTGGAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTGGAC
126 ATAATAATATTTGAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGAC
* * * * * ** *
13477630 AAAAAAATTTAATTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTTAAATATTATTGGATTACTATTATT
1 AAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * **
13477695 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACATTACAAAAAATTTTTATTT
66 TTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA-TACAAAAAA-TGGTA---
* * *
13477760 TATAAATAATTATTTGAAGTATATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTCAAC
126 -AT-AATAA-TATTTGAA-TAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGAC
* * *
13477823 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * *
13477888 TTATTCCGAACAACCTTGTATGATA-AAAAACAATTGTTGTATGAC-TA-AACAAAA-GGTAATA
66 TTATTCCGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACATACAA-AAAATGGTAATA
* * * * * *
13477949 A-CA-ATTTGAAATAGATAATTG-TTAAGATGGCCATAAGTATTTGAACTGATTTGAT
129 ATAATATTTG-AATAGATAATTGTTTAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGAC
* *
13478004 AAACAAATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** *** * *
13478065 TTATTGTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAA---TCATAA
66 TTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC-ATACAAAAAATGGTAATAA
* * * * * * * **
13478127 CAAT-TTTAAATAGACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGCTT-GGT
130 TAATATTTGAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGATTCGAC
* * * * * *
13478181 AAATAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTATTGAAATATTAAGAAATTATTATTAT
1 AAACAAATTTA-ATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * **
13478245 TTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATT
65 TTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT
13478281 AAAAATGTTA
Statistics
Matches: 937, Mismatches: 181, Indels: 124
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.00
173 54 0.06
174 20 0.02
175 60 0.06
176 10 0.01
177 276 0.29
178 117 0.12
179 41 0.04
180 13 0.01
181 157 0.17
182 26 0.03
183 6 0.01
184 4 0.00
185 3 0.00
189 4 0.00
190 6 0.01
191 7 0.01
192 5 0.01
193 126 0.13
194 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (184 bp):
AAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACATACAAAAAATGGTAATAAT
AATATTTGAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGAC
Found at i:13478200 original size:552 final size:547
Alignment explanation
Indices: 13477216--13478270 Score: 1277
Period size: 552 Copynumber: 1.9 Consensus size: 547
13477206 AACAAAAAGT
* ** * ** *
13477216 AATAATGATTTGTAATAAATAATTGCTCAAATAGTGATAACTATTTGGACTGGTTTGATAAAAAG
1 AATAATGATTTGTAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTCAACAAAAAG
* *
13477281 ATTTATTTTTTAAAATTTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCAAA
66 ATTTATTTTTTAAAATTTTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
* * * **
13477346 CAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
131 CAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTGTATAATAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAG
* * * * * * *
13477411 ATAATTCTTCAAATAGTCATAATTATTAGAACTGGTTAGGTAAATACAATTATTTTTTAAATCTC
196 ATAATTCTTCAAATAGCCATAAGTATTAGAACTGATTAGATAAACACAATTACTTTTTAAATCAC
* * *
13477476 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTATTATAAATTG
261 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCAGTATTATTTTATTGTGAATAAGCTATTATAAATTG
* * * ** ** * * * *
13477541 AAAATTTTGTTTTGTAACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGGAATAGATAATTGTTCATATAGT
326 AAAATATTGTTTTATAACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGT
* * * *
13477606 CTTAACTATTTGAACTGGTTGGACAAAAAAATTTAATTTTTAAATCTTTTAG-TTATTAATTTTT
391 CATAACTATTTGAACTGCTTGGACAAAAAAATTTAATTTTTAAA-CTCTT-GCTTATTAATTATT
* * *
13477670 TAAATATTATTG-GATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTT
454 GAAATATTA-AGAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTT
13477734 TATGACATTACAAAAAATTTTTATTTTATA
518 TATGACATTACAAAAAATTTTTATTTTATA
* * * * *
13477764 AATAATTATTTG-AAGTATATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTCAACAAACA
1 AATAATGATTTGTAA-TAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTCAACAAAAA
*
13477828 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
65 GATTTATTTTTTAAA-AT-TT--TTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * *
13477893 CCGAACAACCTTGTATGATA-AAAAACAATTGTTGTATGACT-AAACAAAAGGTAATAACAATTT
126 CCAAACAAACTTATATGA-ACAAAAACAATTGTTGTAT-AATAAAACAAAAGGTAATAACAATTT
* * * *
13477956 GAAATAGATAATTGTT-AAGATGGCCATAAGTATTTGAACTGATTTGATAAACA-AATTCACTTT
189 GAAATAGATAATTCTTCAA-ATAGCCATAAGTATTAGAACTGATTAGATAAACACAATT-ACTTT
13478019 TTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTGTGAATAAGCT-T
252 TTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCAGTATTATTTTATTGTGAATAAGCTAT
* * *
13478082 GTATGAATTGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTTAAATAGACAATT
317 -TATAAATTGAAA-ATATTGTTTTATAACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAGACAATT
* * * *
13478146 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGCTTGG-TAAATAAATTTATTTTTTTAAACTCTTGCT
380 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGCTTGGACAAAAAAATTTA-ATTTTTAAACTCTTGCT
* *** *
13478210 TATTAATTATTGAAATATTAAGAAATTATTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAAC
443 TATTAATTATTGAAATATTAAGAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
13478271 TGAAACAATT
Statistics
Matches: 424, Mismatches: 68, Indels: 27
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
547 2 0.00
548 64 0.15
549 1 0.00
550 5 0.01
551 164 0.39
552 185 0.44
553 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (547 bp):
AATAATGATTTGTAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTCAACAAAAAG
ATTTATTTTTTAAAATTTTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
CAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTGTATAATAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAG
ATAATTCTTCAAATAGCCATAAGTATTAGAACTGATTAGATAAACACAATTACTTTTTAAATCAC
TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCAGTATTATTTTATTGTGAATAAGCTATTATAAATTG
AAAATATTGTTTTATAACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTGCTTGGACAAAAAAATTTAATTTTTAAACTCTTGCTTATTAATTATTGA
AATATTAAGAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTAT
GACATTACAAAAAATTTTTATTTTATA
Found at i:13478385 original size:110 final size:109
Alignment explanation
Indices: 13478180--13478378 Score: 258
Period size: 110 Copynumber: 1.8 Consensus size: 109
13478170 ATTTGCTTGG
* *
13478180 TAAATAAATTTATTTTTTTAAACTCTTGCTTATTAATTATTGAAATATTAAGAAATTATTATTAT
1 TAAATAAATTTATTTTTTCAAACTCTTGCTTATTAATTATTGAAATATTAAGAAATTATGATTAT
* * * *
13478245 TTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTAAAAATGT
66 TTTATTTTGAATAAGCATGTAAGAACTGAAACAATTAAAAATGT
* * * * *
13478289 TAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATT-TGGAT
1 TAAATAAATTTATTTTTTCAAA-CTCTTGCTTATTAA-TTATTGAAATATTAAGAAATTAT-GAT
13478352 TATTTTATTTTGAATAAGCATGTAAGA
63 TATTTTATTTTGAATAAGCATGTAAGA
13478379 TATGAAATAA
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 11, Indels: 5
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
109 21 0.28
110 50 0.66
111 5 0.07
ACGTcount: A:0.37, C:0.05, G:0.10, T:0.49
Consensus pattern (109 bp):
TAAATAAATTTATTTTTTCAAACTCTTGCTTATTAATTATTGAAATATTAAGAAATTATGATTAT
TTTATTTTGAATAAGCATGTAAGAACTGAAACAATTAAAAATGT
Found at i:13478737 original size:176 final size:176
Alignment explanation
Indices: 13478482--13479074 Score: 554
Period size: 182 Copynumber: 3.3 Consensus size: 176
13478472 ATCTCTTACA
* ** *
13478482 TATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACAAAGTAAGCTTCTATGAT-TAG
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA-TAAGCTTGTATGATCTA-
* * * * * *
13478545 AAACAACT-ATTTTATGACAAAACAAAGATCTTAATGATTTGAGATTGATAATTGTTTAAATAGT
64 AAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAGGTCTTAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGT
*
13478609 CATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAACA-AGTTTA-TTTTTTAAATATCT
128 CATAACTATTT-AACTGATTTGGTAAACAGA-TTTATTTTTTTAAATTTCT
* *
13478658 TATTAATTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATCTAAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGATCTAAA
* * ** * *
13478723 ACAATTGCTTTATGACAAAACACAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATCATTCAAATGGCCA
66 ACAATTGATTTATGACAAAACA-AAGGTCTTAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCA
* ** *
13478788 TAATTATATTAACTGATTCAGTAAACATATTTATTTTTTTAAATTTCT
130 TAACTAT-TTAACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATTTCT
* * ** * *
13478836 TACTT-ATTAGTTTCAAAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTTGTATTAA
1 TA-TTAATT--TTT--GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAT
* * * ** *
13478900 CTTAAATAATTGATTTATGACAAATCAAAAGGT-TATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAA
61 CTAAAACAATTGATTTATGACAAAAC-AAAGGTCT-TAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAA
* * *
13478964 TAGTAATAACTATTTAAAACTG-TTTGATAAACAGATTTTATTTTTTTAATTTGTTTCT
124 TAGTCATAACTATTT--AACTGATTTGGTAAACAGA-TTTATTTTTTTAA---ATTTCT
* ** * * *
13479022 TATTAATTTTTCAAATGCTAATAAATTAGTATGAATTTATTCCAAATAGGCTT
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT
13479075 ATTAATTTTC
Statistics
Matches: 339, Mismatches: 57, Indels: 36
0.78 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 70 0.21
177 64 0.19
178 21 0.06
179 2 0.01
180 3 0.01
181 2 0.01
182 143 0.42
183 19 0.06
184 3 0.01
185 2 0.01
186 10 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGATCTAAA
ACAATTGATTTATGACAAAACAAAGGTCTTAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCAT
AACTATTTAACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATTTCT
Found at i:13479105 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 13479076--13479115 Score: 71
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
13479066 AATAGGCTTA
*
13479076 TTAATTTTCTTGCTTATTATT
1 TTAAATTTCTTGCTTATTATT
13479097 TTAAATTTCTTGCTTATTA
1 TTAAATTTCTTGCTTATTA
13479116 AGTTTCTAAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 18 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.10, G:0.05, T:0.62
Consensus pattern (21 bp):
TTAAATTTCTTGCTTATTATT
Found at i:13479492 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13479173--13480181 Score: 846
Period size: 180 Copynumber: 5.6 Consensus size: 180
13479163 GTTTTACAAG
* * * * * * *
13479173 AAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCGAATGGACATGACTATTTGAACTT
1 AAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTT
* * * * * *** *
13479237 ATTC-GTGAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCCAACTTATTAACTTTTAAAATATTAATAAATTAG
65 GTTCAATAAATAGATTTA-TTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
*
13479301 TATTATTTTATTTC-ACATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGAC
129 TATTATTTTATTTCGA-ATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
* * *
13479353 AAGACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTTG
1 AAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTTG
* * * ** * *
13479418 CTCAATAAATAGATTTATTATTTTAATATTTTATTTATTAATTTTTGGAATTTTAAAAAATTAGT
66 TTCAATAAATAGATTTATT-TTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT
* * * *
13479483 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-TCATGAACAGAAACAATTAATTTATGAT
130 ATTATTTTATTTCGAATAAACTTGT-ATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
* * * * * *
13479534 AAAACAAAAAATCATCATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTTATAACTATTTGAATATG
1 AAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTTG
* * * * *
13479599 TTCAAAAAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTCATTAATTTTTATAATATTAATCAATTTA-
66 TTCAATAAATAGATTTATTTTT-TAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATTAG
* * * * ** * * **
13479662 TATTAGTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCAACAATAGAACCAATTGTTTTATGGT
129 TATTATTTTATTTC-GAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
** * *
13479714 AAAACAAAAGGCCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTCAAACAT
1 AAAACAAAAGATCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT-TAA-AT
* * * * *
13479778 TT-TTGAATAAACAGA-TTAATTTTTAATTCTTTTACTCATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATT
63 TTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAA-TCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
* * * * *
13479840 AGTATTATTTTATTTC-AAAAAAGCTTATTTGAACTA-AAGCAATTGTTTTACT-AC
127 AGTATTATTTTATTTCGAATAAA-CTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTA-TGAC
* * * * * * * * *
13479894 AAAACAAAAGGTCA-AATGAGTTGAAATAGTTAATTATTTAAATAATCATGACTATTTCAACTTG
1 AAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTTG
* * * * * * *
13479958 TTCGAT-AATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTGTCAAAATATTTATAAATTAAT
66 TTCAATAAATAGATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT
* * * * * *
13480022 ATTATTTTAATCCGAATAACCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATTAC
130 ATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
** * * * * *
13480073 AAAACAAAA-AGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACAATTTGAAAAT
1 AAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATT
* * *
13480137 TATTCAATACATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATT
64 TGTTCAATAAATAGATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATT
13480182 GCCGTAATAT
Statistics
Matches: 659, Mismatches: 139, Indels: 60
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
177 7 0.01
178 28 0.04
179 113 0.17
180 268 0.41
181 207 0.31
182 36 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTTG
TTCAATAAATAGATTTATTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
Found at i:13480608 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 13480242--13481806 Score: 1152
Period size: 181 Copynumber: 8.7 Consensus size: 181
13480232 GTAAACATAT
* * * * * * *
13480242 TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTGGTATTATTTTATTTTGAAT
1 TTTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * ** * * * *
13480307 AAACTTATAAAAACT-TAAACAATTGCTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
66 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * ** * *
13480371 ATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAACAAACATATTTA
130 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTA
* * * * * *
13480423 TTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTAATTCAAAT
1 TTTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* ** * *
13480488 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-ATTAGGACAAAAAGTCATAATGGTTTGAAATAA
66 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * *
13480552 ATAATT-TGTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGACAAATAGATATA
130 ATAATTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTA
* * * * * *
13480604 TTTTTTAAA--TATT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTTCGAAC
1 TTTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * * * * *
13480665 AAACTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
66 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * * * * *
13480730 TAATTGTTCAAAAAGGCATAATTATTTAAATTGATTAGCTAAACATAA-ATA
131 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACA-AATTTA
* * * *
13480781 TTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTTTTTCGA
1 -TTTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGA
* * * * * * * *
13480845 ATAAGCTAGTGTAAACTA-AAA-AGTTATTTTATGGCAAAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAA-
64 ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * *
13480907 AGGATAGTTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGCACTGGTTTGGTAAACAAATTTA
128 A-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTA
* * * * ***
13480962 TTTTT--AATTCTCTTAGTTATTAATTATCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTT-TTT
1 TTTTTAAAATT-TCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * * * * ** *
13481024 TAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTGTGATAGAACAAAAAGGT-ATAACAATTTGAAGTA
65 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAATGATTTGAAATA
* * * *
13481088 TATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTCGATAAACAAATTTA
129 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTA
* * * * *
13481141 TTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAA
1 TTTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAA
** * * * * * * *
13481205 TAAGCTTAAATG-ATCAAAAACATTTGTTATATGACCAAACAAAAAGTTAATAATAATTTGAAAA
65 TAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * * * *
13481269 AGATAATTGTTAAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTTGGTAAAC-GATTCA
128 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTA
** * * * *
13481322 CTTTTT-AAATTAGTTACTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTTGTATTATTTTTTTTCGAA
1 -TTTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * * ** *
13481386 TAAGCTTGTCCT-ATTTG-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATA
65 TAAGCTTGT-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * *
13481449 GACAATTGCTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTA
129 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTA
* * * * * *
13481502 TTTTTTAAAATATCTTTCTTATT-ATGTTTT-GAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCAA
1 -TTTTTAAAATTTCTTACTTATTAAT-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
* * ** * * * * *
13481565 ATAAACTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTGAACAAAAGGTAAGAATGATTTCAAATG
64 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATA
** * * * * * *
13481630 GATAATTGTTTTAATAGTCTTAACCATATGAA-T-TTATTCATAAAAAAAATTTA
129 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGT-TTGAT-AAACAAATTTA
* * * * * *
13481683 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATAT-GAA
1 TTTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAA
* * * * * * * *
13481747 TAAGTTTGTACGAACA-AAAAAATTATTTTAAGACAAAACAAAAAGCCATAATTATTTGAA
65 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAA
13481807 CTGATTTAGT
Statistics
Matches: 1077, Mismatches: 265, Indels: 85
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
177 128 0.12
178 29 0.03
179 171 0.16
180 197 0.18
181 435 0.40
182 115 0.11
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TTTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGA
TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTA
Found at i:13481698 original size:542 final size:534
Alignment explanation
Indices: 13480233--13481789 Score: 1479
Period size: 542 Copynumber: 2.9 Consensus size: 534
13480223 TTTTGTTCAG
* * * **
13480233 TAAACATAT--TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTGGTATTATT
1 TAAACATATACTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATATTATT
* ** * *
13480296 TTATTTT-GAATAAACTTA-TAAAAACTTAAACAATTGCTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAAT
66 TT-TTTTCGAATAAGC-TAGTCTAAAC-T-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-
* * * * * ** * *
13480359 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAACAAACATATTTAT
126 AATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTAT
* * * *
13480424 TTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTAATTCAAATA
191 TTTTAAAATTCTTT-CTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * *
13480489 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-ATTAGGACAAAAAGTCATAATGGTTTGAAATAAA
255 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-TAGAACAAAAGGT-ATAATGATTTGAAATAAA
* * * * * * *
13480553 TAATT-TGTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGACAAATAGATATATTTTTTAAA--TA
318 TAATTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTAAA-T-TTTTCATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
13480615 TT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTTCGAACAAACTTATATGAA
380 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTAAATGAA
* * * *
13480678 CAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAA
444 CAAAAACATTTATTATATGACAAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAAA
13480743 AGGCATAATTATTTAAATTGATTAGC
509 AGGCATAATTATTTAAATTGATTAGC
* *
13480769 TAAACATAAATATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTA
1 TAAACAT--ATACTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATATTA
* * * * * **
13480834 TTTTTTTTCGAATAAGCTAGTGTAAACTAAAAAGTTATTTTATGGCAAAACAAAATGTCATAATG
64 TTTTTTTTCGAATAAGCTAGTCTAAACTAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAA
* * * * * * *
13480899 TTTTGAAA-AGGATAGTTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGCACTGGTTTGGTAAACAAATTTAT
128 TTTT-AAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTAT
* * ***
13480963 TTTT--AATTCTCTTAGTTATTAATTATCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTT-TTTT
191 TTTTAAAATTCT-TT-CTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * ** * *
13481025 AAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTGTGATAGAACAAAAAGGTATAACAATTTGAAGTATA
254 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAGAAC-AAAAGGTATAATGATTTGAAATAAA
* *
13481090 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
318 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATT-TTTC-ATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCT
* * *
13481155 TACTTAATAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTAAATGATC
381 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTAAATGAAC
* * *
13481220 AAAAACATTTGTTATATGACCAAACAAAAAGTTAATAATAATTTGAAAAAGATAATTGTT-AAAA
445 AAAAACATTTATTATATGACAAAAC-AAAAGGTAATAATAATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAAA
* * * *
13481284 TGGCCATAATTATTTGAATTGATTTGG
509 AGG-CATAATTATTTAAATTGATTAGC
* * **
13481311 TAAACGAT-TCACTTTTT-AAAT-TAGTTACTTATTAATTTTT-AGAATGTTAATAAATTTGTAT
1 TAAAC-ATAT-ACTTTTTAAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTCATAT
* **
13481372 TATTTTTTTTCGAATAAGCTTGTCCT-ATTTGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
62 TATTTTTTTTCGAATAAGCTAGT-CTAAACT-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
13481436 ACAATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTT
125 A-AATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTT
*** * *
13481501 ATTTTTTAAAATATCTTTCTTATT-ATGT-TTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCA
189 A-TTTTTAAAAT-TCTTTCTTATTAAT-TATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * *
13481564 AATAAACTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACT-GAACAAAAGGTAAGAATGATTTCAAA
251 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-TAGAACAAAAGGT-ATAATGATTTGAAA
** ** * * * *
13481628 TGGATAATTGTTTTAATAGTCTTAACCATATGAATTTATTCATAAAAAAAATTTATTTTTTAAAT
314 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTT-TTCAT-AAAAAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * ** *
13481693 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATATGAATAAGTTTGTAC
377 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTAAAT
* * *
13481758 GAACAAAAA-AATTATTTTAAGACAAAACAAAA
441 GAACAAAAACATTTATTATATGACAAAACAAAA
13481790 AGCCATAATT
Statistics
Matches: 827, Mismatches: 153, Indels: 78
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
536 10 0.01
537 97 0.12
538 60 0.07
539 83 0.10
540 196 0.24
541 153 0.19
542 215 0.26
543 10 0.01
544 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (534 bp):
TAAACATATACTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATATTATT
TTTTTTCGAATAAGCTAGTCTAAACTAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAATTT
TAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTA
AAATTCTTTCTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
CAAATAGTCATAACTATTTAAATTTTTCATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTAAATGAACAAAAACATTTA
TTATATGACAAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAAAAGGCATAATTAT
TTAAATTGATTAGC
Found at i:13481784 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 13480242--13481789 Score: 1250
Period size: 361 Copynumber: 4.3 Consensus size: 358
13480232 GTAAACATAT
* * *
13480242 TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTGGTATTATTTTATTTTGAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAT
* * ** * * ** * **
13480307 AAACTTATAAAAACTTAAACAATTGCTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
65 AAGCTTGTACGAAC-AAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * *
13480372 TAATTATTCAAATAGTCATGACTATTT-GATCTAGTTCAACAAACATATTTA-TTTTTAAAATTT
129 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAT-T-GTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAAATCT
* *** * *
13480435 TTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGA
192 CTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * *
13480500 ATAGAAACAATTGTTTTAT-ATTAGGACAAAAAGTCATAATGGTTTGAAATAA-ATAATT-TGTC
256 ATAGAAACAATTGTTTTATGACTA-AACAAAAGGTAATAATGATTTGAAA-AAGATAATTGT-TT
* * * * *
13480562 AAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGACAAATAGATATA
318 AAATAGTCATAACTATTTGAA-TGGTTTGATAAAAAAATTTA
* * * *
13480604 TTTTTTAAA--TATT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTTCGAAC
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAT
* * * * **
13480665 AAACTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
65 AAGCTTGTACGAACAAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * **
13480730 TAATTGTTCAAAAAGGCATAATTATTTAAATTGATTAGCTAAACATAAATATTTTTTAAAATCTC
129 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTG-TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAAATCTC
* * * * * *
13480795 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTTTTTCGAATAAGCTAGTGTAA
193 TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * * * * * *
13480859 ACTA-AAA-AGTTATTTTATGGCAAAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAAAGGATAGTTGTTCAT
256 A-TAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAAAAGATAATTGTTTAA
* * * * *
13480922 ATAGTCTTAAATATTTGCACTGGTTTGGTAAACAAATTTA
320 ATAGTCATAACTATTTG-AATGGTTTGATAAAAAAATTTA
* * * ** * ***
13480962 -TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTATCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTTTTA
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATA
* * * * * * *
13481026 AGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTGTGATAGAACAAAAAGGT-ATAACAATTTGAAGTATA
66 AGCTTGTACGAACA-AAAAAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
*
13481090 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTC
129 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATT-GTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAAATCTC
* * * **
13481154 TTACTTAATAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTAAATG-
193 TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * *
13481217 ATCAAAAACATTTGTTATATGACCAAACAAAAAGTTAATAATAATTTGAAAAAGATAATTGTTAA
256 AT-AGAAACAATTGTTTTATGACTAAAC-AAAAGGTAATAATGATTTGAAAAAGATAATTGTTTA
* * * * * ** *
13481282 AATGGCCATAATTATTTGAATTGATTTGGT-AAACGATTCA
319 AATAGTCATAACTATTTGAA-TGGTTTGATAAAAAAATTTA
* * * * *
13481322 CTTTTTAAAT-TAGTTACTTATTAATTTTT-AGAATGTTAATAAATTTGTATTATTTTTTTTCGA
1 TTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GA
* * **** * * *
13481385 ATAAGCTTGTCCTATTTGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAG
63 ATAAGCTTGTACGAACAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * * * * * *
13481450 ACAATTGCTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAAATAT
128 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAAATCT
* * * *
13481515 CTTTCTTATT-ATGTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAATAAACTTGTATGA
192 CTTACTTATTAAT-TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * * * ** *
13481579 ATTGAAACAATTGTTTTATGACTGAACAAAAGGTAAGAATGATTTCAAATGGATAATTGTTTTAA
256 ATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAAAAGATAATTGTTTAAA
* * * * *
13481644 TAGTCTTAACCATATGAAT-TTATTCATAAAAAAAATTTA
321 TAGTCATAACTATTTGAATGGT-TTGAT-AAAAAAATTTA
* * *
13481683 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATATGAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAAT
* *
13481748 AAGTTTGTACGAACAAAAAAATTATTTTAAGACAAAACAAAA
65 AAGCTTGTACGAACAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAA
13481790 AGCCATAATT
Statistics
Matches: 937, Mismatches: 207, Indels: 85
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
357 16 0.02
358 202 0.22
359 134 0.14
360 167 0.18
361 368 0.39
362 50 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATA
AGCTTGTACGAACAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAAATCTCTTA
CTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGA
AACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAAAAGATAATTGTTTAAATAGTC
ATAACTATTTGAATGGTTTGATAAAAAAATTTA
Found at i:13482591 original size:183 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13481793--13482711 Score: 749
Period size: 183 Copynumber: 5.1 Consensus size: 180
13481783 AACAAAAAGC
* * * * *
13481793 CATAATTATTTGAACTGATTTAGTAAACTAATTTA-CTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTT
1 CATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAAC-AATCTATTTTTTTAAATCTCTTGA-TTATTAATTTT
* ** * * * * *
13481856 TGAAATATTAATAAAGTAGTGCTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAATGATTTTTT
64 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTT
* * * * * * *
13481921 TATGAAAAAACAAAAGCTCATAATGATTTTAAATACATAATTGTTCAAATAAT
129 TATGACAAAACAAAAG-TCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGT
* * * * * * * *
13481974 CACAACTACTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT
1 CATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACA-ATCTATTTTTTTAAATCTCTTGATTATTAA-TTTT
* * * *
13482039 TG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGGAATAATTATTT
64 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTT
* * * * * *
13482103 TATGACAAAAAAAAAATCTTAAAAAGATTTGAAATAGATCATTATTCT-AGTAGT
129 TATGACAAAACAAAAGTC--AAAACGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAGT
* ** * ** * *
13482157 CTTAACCCTTTGAACTAATTTGACAAACACATTTA-TTTTTTAAATCTC----TTACTAATTTTT
1 CATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACA-ATCTATTTTTTTAAATCTCTTGATTATTAATTTTT
* * * ** * *
13482217 GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATTTGAATAATCTTGTATGATCAAAAACAATTTTTT
65 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTT
* * * * * *
13482281 TATGA-AAAACAAACA-TCAAAGCAATTTGAGATTGATATTTGTTCAAAT-GAT
129 TATGACAAAACAAA-AGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG-T
* * ** * * *
13482332 CATAACTGTTTAAACTGGTTT-GAAAACCAA-CT-TTAATTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTT
1 CATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAA-CAATCTATT--TTTTTAAATCTCTTGATTATTAATTT
* * * * *
13482394 TTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATTAACTGAAACAATTATT
63 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATT
* * * * *
13482459 TGATGGCAAAACAAAATGTCAAAATGATTTTAAATAGATAATTATTTAAATAGT
128 TTATGACAAAACAAAA-GTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGT
* *
13482513 CATATCTATTTGAGCTTATTTGGTAAACATATCTATTCTTTTTAAATCTCTTGATTATTAATTTT
1 CATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACA-ATCTATT-TTTTTAAATCTCTTGATTATTAA-TTT
* * * * *
13482578 TTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGGATAAGCTTGTATCAACTGAAATAATTGTT
63 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATT
* *
13482642 TTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AATAGT
128 TTATGACAAAACAAAA-GTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAGT
*
13482696 CTTAACTATTTGAACT
1 CATAACTATTTGAACT
13482712 AGCTCGATAA
Statistics
Matches: 575, Mismatches: 132, Indels: 60
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.00
174 5 0.01
175 50 0.09
177 16 0.03
178 61 0.11
179 67 0.12
180 10 0.02
181 69 0.12
182 101 0.18
183 185 0.32
184 9 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
CATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAATCTATTTTTTTAAATCTCTTGATTATTAATTTTTG
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTA
TGACAAAACAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGT
Found at i:13483204 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13482744--13483580 Score: 816
Period size: 180 Copynumber: 4.6 Consensus size: 180
13482734 TTTGTTTGTG
* * * * * * * * *
13482744 CAAGATTATTTGAAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCTTAAACTTAATAAGTAATAGATT
1 CAAGCTTATTTCAGATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAGTAAAAAATT
* * *
13482809 TAAAAAATGAATTTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
65 TAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * **
13482874 CAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTACTCATA
130 CAAATAGCTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA
* * * * *
13482925 CAAGATTATTTCATATAAAA-AATACAAATTTATTAATATTTAAACAATTAATAAGTAAAATATT
1 CAAGCTTATTTCAGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AATTAATAAGTAAAAAATT
* * * *
13482989 TAAAAAACAAATCTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTT
65 TAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * *
13483054 TAAATAGTTATGA-ATTTTAGTTTTCTAATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA
130 CAAATAGCTATGACATTTT-GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA
* *
13483105 CAAGCTTA-TTCAGATAAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGAAAAAAAT
1 CAAGCTTATTTCAGAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AATTAATAAGTAAAAAAT
* * *** * *
13483169 TTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCAT-AGCTATTTGAATAATTATCTAT
64 TTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
13483233 TTGAAATTGC-ATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TGGTTCATA
128 TTCAAATAGCTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATA
* * *
13483285 CAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTA-TATATATTTCAAACATTACTAAGT-AGAAA
1 CAAGCTTATTTCAGATAAAATAATACT-AATTTATTA-ATATTTCAAA-ATTAATAAGTAAAAAA
* * * * *
13483347 TTTAAAAAATAAATCTATTT-TCTGAACACA-TTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAAATATTT
63 TTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-TGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * *
13483410 ATTTCAAATAGCTATGACCTTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTATTTTCATA
126 ATTTCAAATAGCTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA
* * * * ** * * *
13483465 CAAACTTATTTGAAATAAAATAATCCTAATTTACCAAT-TTTCCAAAAATTAATAAGTGAAAGAC
1 CAAGCTTATTTCAGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-C-AAAATTAATAAGTAAAAAAT
* * ** * * *
13483529 TTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAGTAAGCTCAAATAGTTATGGCTGTTTGA
64 TTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
13483581 TAAAACAAAA
Statistics
Matches: 546, Mismatches: 87, Indels: 46
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
179 82 0.15
180 293 0.54
181 170 0.31
182 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
CAAGCTTATTTCAGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAAAAATTT
AAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
AAATAGCTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA
Found at i:13483565 original size:360 final size:359
Alignment explanation
Indices: 13482749--13483567 Score: 949
Period size: 360 Copynumber: 2.3 Consensus size: 359
13482739 TTGTGCAAGA
* * * ** *
13482749 TTATTTGAAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCTTAAACTTAATAAGTAATAGATTTAAAA
1 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTCCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAA
* * * *
13482814 AATGAATTTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
65 AATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* *
13482879 TGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTACTCATACAAGATTATTTCATATAAA
130 TGCTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCTA-TCATACAAGATTATTTCAAATAAA
*
13482944 AAATACAAATTTATTAATATTTAAACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAACAAATCTGTTTAT
194 AAATACAAATTTATTAATATTTAAACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAACAAATCTATTTAT
* * * * * *
13483009 TGAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATAGTTATGAATTTTAG
259 TGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATAGCTATGAATTTTAG
* * *
13483074 TTTTCTAATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGC
324 TTTTATAATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAAC
* * * * * * *
13483110 TTA-TTCAGATAAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-CAACAATTAATAAGAAAAAAATTTTA
1 TTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCCAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAA
* * * * *
13483173 AAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCAT-AGCTATTTGAATAATTATCTATTTGA
63 AAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * *
13483237 AATTGC-ATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTGGT-TCATACAAGCTTATTTCAAA
127 AATTGCTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTTT-CTATCATACAAGATTATTTCAAA
* * * *
13483300 TAAAATAATATAAATTTA-TATATATTTCAAAC-ATTACTAAGTAGAA-ATTTAAAAAATAAATC
190 TAAAA-AATACAAATTTATTA-ATATTT-AAACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAACAAATC
*
13483362 TATTT-TCTGAACACA-TTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATAGCTAT
252 TATTTAT-TGAACA-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATAGCTAT
* * * *
13483425 GACCTTTT-GTTTTATCATAAACCAATTGTTTATTTTCATACAAAC
315 GA-ATTTTAGTTTTATAATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAAC
* ** *
13483470 TTATTTGAAATAAAATAATCCTAATTTACCAATTTTCCAAAAATTAATAAGTGAAAGACTTAAAA
1 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTCCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAA
** *
13483535 AATAAATTTGTTTATCGAGTAAGCTCAAATAGT
65 AATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGT
13483568 TATGGCTGTT
Statistics
Matches: 380, Mismatches: 63, Indels: 31
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
359 4 0.01
360 227 0.60
361 140 0.37
362 9 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (359 bp):
TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTCCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAA
ATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
GCTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCTATCATACAAGATTATTTCAAATAAAAA
ATACAAATTTATTAATATTTAAACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAACAAATCTATTTATTG
AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATAGCTATGAATTTTAGTT
TTATAATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAAC
Found at i:13484586 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 13483707--13484822 Score: 834
Period size: 181 Copynumber: 6.3 Consensus size: 181
13483697 TTAATAAATG
* * * * *
13483707 TGAAAAAGCTTATATGAATAAAAA-AAATATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAA
1 TGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAA
* * ** * * *
13483771 ATAGGTAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGTTATTTGA-TAAATAAATTTAGTTTTTAA
66 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAA
** * *
13483835 ATCTGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATTAATTAGAATTA-TGTTATTT
130 ATCTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACT-TTATTT
** ** * * *
13483887 CCAATCGGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTTTGACAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAA
1 TGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAA
* * * * ** * * *
13483951 ATAGATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTGCATCGG-TCATGCCAATAGATTCATTTTTTAA
66 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCA-GTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * *
13484015 ATC-CATTACCTATTAATTTTT-AGAATATTAACAAATTAGCATTACTTTATTC
130 ATCTCA-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTT
** * * *** *
13484067 CAAATAAGATTGTAT---C-AATGGAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTTATAACGATTTGAA
1 TGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAA
* * * * * * ** * *
13484128 ATAAATAATTATTCAAATTGTCATAACTAATTGAACTGGTT--TTATGCAGATTGATTTTTTAAA
66 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
** * * *
13484191 --TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTAGTTTATTC
131 TCTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTT
* * * * * * * * *
13484238 TAAACAAACTTATTTGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAAC---TTGGA
1 TGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAA
* * * * * *
13484299 ATAGAGAAATGTTCATATAGCCATAACTATTTGAATTTGTTC-GACAAACAAATTTATTTTTTAA
66 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * *
13484363 ATCTCTTAGC-TATTAA-TTTTCATAATTTTATTAGAA-TAGTATTACTTTATTT
130 ATCTCATA-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATA-AATTAGTATTACTTTATTT
* * * *
13484415 TGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACTATTTGAA
1 TGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAA
* * * *
13484480 ATATATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAA
66 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* *
13484545 TCTCATACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
131 TCTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTT
* ** * * ** * * *
13484596 CGAATTGGCCTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAATGGTTTGA
1 TGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAACGATTTGA
* * * * ** * *
13484660 AATAGATAATTGTTCGAAT-GGCTATAATTATTTGAACTAATT-TGTTAAACTAATTTATTTTTT
65 AATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAATTGGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTT
* * * * * * *
13484723 AAATCTCCA-ACTTCTCAATTGTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATGT
128 AAATCT-CATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTT
* * * * *
13484777 TGGATAAG-ATATTATGAACTAAAACAATTATTGTATGATAAAACAA
1 TGAATAAGCTTA-TATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
13484823 TTGTTCAATA
Statistics
Matches: 727, Mismatches: 173, Indels: 71
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
171 80 0.11
172 2 0.00
173 16 0.02
174 11 0.02
175 36 0.05
176 24 0.03
177 111 0.15
178 16 0.02
179 2 0.00
180 141 0.19
181 280 0.39
182 8 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAA
ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
TCTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTT
Found at i:13486607 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 13486292--13489990 Score: 2834
Period size: 181 Copynumber: 20.6 Consensus size: 181
13486282 AATAGTTAGC
* ** * * **
13486292 ATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAGGAGGTCA
1 ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * *
13486357 TAA-TGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATGGACATGACTAATTGAACTTGTTCGGTAAACATA
66 TAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAA
* * *
13486421 TTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTTAGAATATTTATAAATCAAT
130 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAAT
* * * *
13486473 ATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGATAA
1 ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * *
13486538 TAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTGATAACTATTTGAACTTGCTCAGTAAATAGAT
66 TAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAAT
* * * *
13486603 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTTTTGGAATATTAATAAATTAGT
131 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAAT
* * * **
13486654 ATTATTTTATTTTAAATATGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGATTATGACAAAACAAAAGGTCA
1 ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * *
13486719 TAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTGAA-TGTGTTCAGAAAATAGA
66 TAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAAA
* * * *
13486783 TTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAGTTTAT
130 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAAT
* ** * * * * * *
13486834 ATTATTTTATTCAGGCTAAGCTTTTATGAACAAAAACAGTTATTTTATGACAAAAATAAAAGGTC
1 ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTC
* ** ** *
13486899 ATAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATT-GAAAAATAG
65 ATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACA-
* ** * *
13486963 AA-TCATTTTTTATTTCTCTTACTCATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAAT
128 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAAT
* * * * ** **
13487016 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATAAACT-GATACAATTACTTTATGATGAAACAAAAGGTC
1 ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * ** * * * ** * * *
13487080 GCAACAATTTGAAATGGATAACTATTCAAATAGTTATGCCTATTTGAACTTGTTTGGTAAATATA
65 ATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAA
** * * * *
13487145 TTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCACAATATTAATAAATTAAT
130 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAAT
* * * * * *
13487197 ATTACTTTAATT-TGAATAAGATTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTC
1 ATTA-TTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * *
13487261 ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAA
65 ATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAA
* * ** ***
13487326 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AGTTGCATGAATATTAATAAATTTGC
130 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-GAATATTAATAAATTAAT
* * * ** * * *
13487378 ATTATTTTAAT-TGAAATAGGCTTGTATGAATAGAAAAAATAATTTAATGAGAAAACAAAAGGTT
1 ATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * ** ** * * *
13487442 ATAGCGATTTGAAATAAGGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTACAGCTTGTTCGATAAAAAAA
65 ATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAA
* * * *
13487507 TTCAATTTTTAAATCACTTA-TTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGA-
130 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA-AT
* * * *
13487558 ATTATGTTATT-TCAAATAAGCTTATATGAA-AGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTC
1 ATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * *
13487621 ATAACAATTTGAAATAAATAATAT-TTCAAATAGTCATAACTATTTG--C--GCT-GGTCAAGCC
65 ATAACTATTTGAAATAAATAAT-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT-AAACA
* ** ** **
13487680 GATAAATTCATTAAATC-CATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGC
128 AATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAAT
* * * * **
13487734 ATTACTTTATT-TCGAATAAGATTGTATCAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAATTGTC
1 ATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * *
13487797 ATAA-TGATTTGAAAGAAATAATTATTAAAATTGTTATAACTAATTGAACTGGTTTGGTAAACAA
65 ATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA
* * *
13487861 ATTTATTTTTTAAATCTCTTA--TA--AATTTTCAAAATATTAATAAATTAAA
129 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAAT
* * * * * * * * * ***
13487910 ATTATTTTATT-TAGAACAAACCTATATAAACAAAAACATTTATTTTCCAACAAAACAAAAGGTC
1 ATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * * * ***
13487974 ATAAAAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACAAA
65 ATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAA
* ** * *
13488039 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-GTAATATTCTTATATTAGT
130 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAAT
** ** ** * * *
13488091 ATTATTTTATTCCAAATAAG-TTGGTATGAGCATCAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTT
1 ATTATTTTATTCTGAATAAGCTT-GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * *
13488155 ATAA-TGACTTGAAATATATAATTATTCCAATAGTCATAACTATTCGAACTGGTTCGGTAAAC--
65 ATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA
* * *
13488217 A--GA-----T-AATCTCCTACTTATT-ATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGA-
129 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTA-AT
** * * * * *
13488262 ATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTTTG-ATGAAAAACAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGTTC
1 ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * *
13488326 ATAA-TGATTTGAATTAGATAATTGTTCAAATGGCCATAACTATTTG-AGTTGATTCGATAATCT
65 ATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACA
* * ** * * *
13488389 GATTTATTTTTTAAATGTCCAACTTCTCAATTTTTTA-AATATTAATAAAGTAAT
128 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAAT
* * * * * * * *
13488443 ATTATTTAATTTTGGATAAGCTTTTTATGAACT-GAAGCAATTGTTTTATGA-TAAGCAAAAGGC
1 ATTATTTTATTCTGAATAAGC-TTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * **
13488506 CATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT-AGTAA
64 CATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA
* * * * * *
13488570 A-TT-TTTTTTAGAT-TC---CTTATTAATTTTTTGGATGTTAATAAAATAGT
129 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAAT
* * * * * *
13488617 ATTATTTTA-TCTTGAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAAGTC
1 ATTATTTTATTC-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * * * *
13488681 AAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTGGAACTGGTTTGGCAAACACA
65 ATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAA
* ** ** **
13488746 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTTAGAATATTGTTAGTTTAGC
130 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAAT
* * ** * * *
13488798 AATA-TTTACTCCAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAGATCA
1 ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * * * *
13488861 T-ACTGACTCGAGATAAATAATTGTTCAAATAATTATAAC-ATTTAAAC-CGATCCAGTAAACAT
66 TAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAA
* *
13488923 ATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTGATTTTT-GAAATATTAATAAATTAAT
129 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAAT
* ** * *** **
13488972 ATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTGCAACAAAACAAAACATCA
1 ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * *
13489037 TAA-TAATTTGAAATTAGTAATAGTTTAAGTGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAA
66 TAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAA
* ** * * *
13489101 TTTATTTTTTAAATTTCCAACTAATT--TTTTGAATATTAATAAATTAGTATAAATTAGT
130 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT---TA-GAAT--ATTA--ATAAATTAAT
* * * * **
13489159 ATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAATATCA
1 ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * ** *
13489224 TAACAATTTGAAACAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTTGGTAAACAAAT
66 TAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAAT
* * * * *
13489289 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTAATAATTTTTTGAATTTTAATAAATTAGT
131 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAAT
* * * *
13489340 ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAGCAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTCA
1 ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * *
13489405 TAA-TGATTTGAAA-AAGAGAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGAAAATAA
66 TAACT-ATTTGAAATAA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA
* * * * * * * *
13489468 ATTTATTTTTT-ATTTTTTTGCTTATTAATTTTTGGAATATTAGTCAATTTAT
129 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAAT
** * *
13489520 ATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCA
1 ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * *
13489585 TAACGATTTGAAACAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGAT
66 TAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAAT
* * * *
13489650 TCATTTTTTAAAACTCTTACTCATTAATTTTT-GAA-A-T-ATTAA-TAA-
131 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAAT
* * *** * * **
13489695 GTTATTTTATT-TCAAATAAGCCCATATGAACTA-ATACAATTATTTTATGATGAAACAAAAGGT
1 ATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * * *
13489758 CATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAT
64 CATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA
* * *
13489823 ATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTT-GAAATATTAATCAATTAAT
129 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAAT
* * * * * *
13489877 ATTATTTTAATT-TGAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTC
1 ATTATTTT-ATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* *
13489941 ATAA-TGATTTG-AACAAATAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
65 ATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
13489991 AGATTTGAAA
Statistics
Matches: 2787, Mismatches: 614, Indels: 234
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.00
171 121 0.04
172 4 0.00
173 30 0.01
174 124 0.04
175 183 0.07
176 216 0.08
177 147 0.05
178 45 0.02
179 109 0.04
180 353 0.13
181 1125 0.40
182 158 0.06
183 16 0.01
184 1 0.00
185 7 0.00
186 1 0.00
187 134 0.05
189 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
TAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAAT
TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAAT
Found at i:13486940 original size:362 final size:361
Alignment explanation
Indices: 13486276--13495208 Score: 2811
Period size: 362 Copynumber: 24.3 Consensus size: 361
13486266 GAATTTTCAA
* * ** *
13486276 AATATTAAT-AGTTAGCATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* ** * * * * *
13486340 GACAAAATAGGAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATGGACATGACTAATTGAA
66 GACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
13486404 CTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTTAGAATATTTATAAAT
130 CTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAT-AAT
** * * * * * *
13486469 CAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAG
194 TTATATTATTTTATTCAGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * *
13486534 ATAATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTGATAACTATTTGAACTTGCTCAGTAAAT
259 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* *
13486599 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTTTTGG
324 AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGG
* * **
13486637 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATATGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGATTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* *
13486702 GACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTGAA-
66 GACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * *
13486766 TGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAGT
131 T-TGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAA-T
** * * *
13486830 TTATATTATTTTATTCAGGCTAAGCTTTTATGAACAAAAACAGTTATTTTATGACAAAAATAAAA
194 TTATATTATTTTATTCAGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAA
* **
13486895 GGTCATAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATT-GAAAA
258 GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAA
* * ** * * **
13486959 ATAGAA-TCATTTTTTATTTCTCTTACTCATTAATTTTCAG
322 ACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGG
* * * * **
13486999 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATAAACT-GATACAATTACTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA
** ** * * * * * **
13487063 TGATGAAACAAAAGGTCGCAACAATTTGAAATGGATAACTATTCAAATAGTTATGCCTATTTGAA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * ** * ***
13487128 CTTGTTTGGTAAATATATTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCACAATATTAATAAAT
130 CTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAT-AAT
* * * * * *
13487193 TAATATTACTTTAATT-TGAATAAGATTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
194 TTATATTA-TTTTATTCAGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * *
13487257 AGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTATTCGGTAAA
258 GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA
* **
13487322 CAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTGCAT-G
323 CAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGG
* * * * * ** *
13487361 AATATTAATAAATTTGCATTATTTTA-ATTGAAATAGGCTTGTATGAATAGAAAAAATAATTTAA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * **
13487425 TGAGAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTGAAATA-AGGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTACA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * ** * *
13487489 GCTTGTTCGATAAAAAAATTCAATTTTTAAATCACTTA-TTATTAATTTTTTGAATATTAATAAA
129 ACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAT
* * * * *
13487553 TTAGAATTATGTTATTTCA-AATAAGCTTATATGAA-AGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAA
194 TTA-TATTATTTTA-TTCAGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* *
13487616 AGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATAT-TTCAAATAGTCATAACTATTTG--C--GCT-GGTC
257 AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT-
* ** ** ** ** *
13487675 AAGCCGATAAATTCATTAAATCCATTACTTATTAATTTTTAG
320 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGG
* * * * * *
13487717 AATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAATAAGATTGTATCAATAGAAACAATTATTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
** * * * * * * *
13487782 GACAAAA-AAATTGTCATAA-TGATTTGAAAGAAATAATTATTAAAATTGTTATAACTAATTGAA
66 GACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * ***
13487845 CTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATAAATTTTCAAAATATTAATAAAT
130 CTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAT-AAT
* * * * * * * * * * ***
13487906 TAAAATTATTTTATTTAGAACAAACCTATATAAACAAAAACATTTATTTTCCAACAAAACAAAAG
194 TTATATTATTTTATTCAGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * ***
13487971 GTCATAAAAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTTCAACAAAC
259 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * *
13488036 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGT
324 AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGG
** * *** ** ** *
13488074 AATATTCTTATATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG-TTGGTATGAGCATCAATAATTGTTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-GTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
13488138 TGACAAAATAAAAGGTTATAA-TGACTTGAAATATATAATTATTCCAATAGTCATAACTATTCGA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * ** * * *
13488202 ACTGGTTCGGTAAAC--A--GA-----T-AATCTCCTACTTATTATTTTTTGAAATATTAATAAA
129 ACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAT
* * ** *
13488257 TTAGAATTATTTTATTCCA-AATAGGCTTGTT-TGATGAAAAACAATTGTTTGATGACAAAACAA
194 TTA-TATTATTTTATT-CAGAATAAGCTT-TTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* ** * * * * *
13488320 AAGTTCATAATGATTTGAATTAGATAATTGTTCAAATGGCCATAACTATTTG-AGTTGATTCGAT
256 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGT
* ** * *** * * **
13488384 AATCTGATTTATTTTTTAAATGTCCAACTTCTCAATTTTTTA
320 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGG
* * * * * *
13488426 AATATTAATAAAGTAATATTATTTAATTTTGGATAAGCTTTTTATGAACT-GAAGCAATTGTTTT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-TTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTT
* * * * *
13488490 ATGA-TAAGCAAAAGGCCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
64 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* ** * * *
13488554 ACTTGTTTGGT-AGTAAA-TT-TTTTTTAGA----TTCCTTATTAATTTTTTGG-ATGTTAATAA
129 ACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGGAATATTAATAA
** * * * *** * * *
13488611 AATAGTATTATTTTA-TCTTGAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAA
193 TTTA-TATTATTTTATTC-AGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * *
13488675 AAAGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTGGAACTGGTTTGGCA
256 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTA
* * * *
13488740 AACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTTAG
321 AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGG
** ** * * * *** *
13488781 AATATTGTTAGTTTAGCAATA-TTTACTCCAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * * *
13488845 GATAAAAC-AAAGATCAT-ACTGACTCGAGATAAATAATTGTTCAAATAATTATAAC-ATTTAAA
66 GACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * *
13488907 C-CGATCCAGTAAACATATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTGATTTTTGAAATATTAATAAA
130 CTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAT-AA
* * * * * ***
13488967 TTAATATTATTTTATTCTA-AATAA-TTTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTGCAACAAAACAA
193 TTTATATTATTTTATTC-AGAATAAGCTTT-TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
** * * * * * * *
13489030 AACATCATAATAATTTGAAATTAG-TAATAGTTTAAGTGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGGT
256 AAGGTCATAACAATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT
** * **
13489094 AAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCCAACTAATT--TTTTGAATATT
320 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTT---T-GG
* *
13489138 AATAAATTAGTATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTT
1 AAT--ATTA--ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* ** * * * *
13489203 TTATGACAAAATAAAATATCATAACAATTTGAAACAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTT
62 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
** * * * *
13489268 GAACTCATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAATAATTTTTTGAATTTTAATA
127 GAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATA
* * * * * * *
13489333 AATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAGCAATTGGTTTATGACAAAATAA
192 ATTTA-TATTATTTTATTCAGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
** * * * * * *
13489398 AAGGTCATAATGATTTGAAAAAGAGAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGAA
256 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTA
* * * *
13489463 AATAAATTTATTTTTT-ATTTTTTTGCTTATTAATTTTTGG
321 AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGG
* * *** *
13489503 AATATTAGTCAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGGAACAATTGTTTTA
1 AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * *
13489567 TGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAACAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * * *
13489632 CTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAAACTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAA-G
130 CTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAATT
* *** * * * **
13489696 T-TATT-TTAT-TTCA-AATAAGCCCATATGAACTAATACAATTATTTTATGATGAAACAAAAGG
195 TATATTATTTTATTCAGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * *
13489757 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACTTGTTTGATAAATA
260 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* * *
13489822 TATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGA
325 AATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGG
* * * * * * *
13489860 AATATTAATCAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * *
13489925 GACAAAATAAAAAGTCATAA-TGATTTGAACA-A-ATAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTTGA
66 GACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * **** * ** ** * *
13489987 ACTTAGATT-TG-AAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAAAAAGGTTATA
129 ACTT-G-TTCGGTAAACAAA-TT-TAT---T-TTTTAAA-T-CTTT-T-ACTTATTAA--TTTTT
* * ** * ** * * *
13490050 GCAAT-TTGA-AATAGATAATTAATCAAAT-AGTCATAA-CTATT-TGAACTTATTCAGTAAACA
180 GGAATATTAATAATTTAT-ATTATTTTATTCAG-AATAAGCTTTTATGAAC--A---A--AAAC-
* * ****** * * ** * ** *
13490110 AATTCATTTT-TTA-AATTTTTTA-CTTACTAA-TTTTTGGAATATTA-ATAAAT-TAGAATTAT
235 AATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACAATTT-GAA-A-TAGATAATTGTTCAAATA-
* * ** * * ** * *** * *
13490169 GTTATTA-TAAAT-AAGCTTGTACAAGTAGAA-ACAATTGT-TTTGTGACAAAAC-AAAAGGTCA
294 GTCATAACTATTTGAA-CTTGTTC-GGTA-AACA-AATT-TATTT-T-TTAAATCTTTTA-CTTA
** *
13490229 -TAACCATTTGA
351 TTAA-TTTTTGG
* * * ** * * *
13490240 AATAGATAATGTTCAAA-TAGTCATAATTGTTTGCATTGGTCAGGCCAACAAATAAATTTTTCTA
1 AATA-TTAA---T-AAATTAGT-ATTA-T-TTT--ATT--T--TG------AATAAGCTTGTATG
**** * * ** * * * *
13490304 AATCCTTTACTTATTAATTTTCAAAACATTAATAAATTA-G-CATTACTTTATTTTGAATAAGAC
46 AAT-AGAAAC-AATT-GTTTT-ATGACA-AAACAAA--AGGTCATAAC--TA-TTTG-A-AATA-
** ** * * * ** * * * *
13490367 TGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATT-TG-AAATAAA-T
98 -G-AT-AATTG-TTCAA--A---TA-GTCATAAC--TATTTGA-ACTTG-TTCGGTAAACAAATT
* * * * * * * * *
13490428 AATTATTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTAGTTTGG--TA--AACAGATTTAT-TT-TTTAAA
149 TATTTTTTAAAT-CTT-TTACTTATT-AA-T-TTTTGGAATATTAATA-ATTTATATTATTT-TA
** * * * * * * * *
13490487 TCTCTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAA-TATTATTTTAT-TCCAAACAAACTTATAT
207 T-TCAGAATAAGCTTT-----TATGAACAAA--AACAATTGTTTTATGACAAAAC-AA---A-A-
** * * * * * * *
13490549 GAACAAAAACATTTGTTTATGATAAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
258 GGTC-ATAACA----ATT-TG---AAAT---AGATAAT--TG--TTCAAAT-AGTCA----T-AA
* * * * * * ** * * * * *
13490614 ATA-ATCATAATTATTTGAATTGTTCGACAGACAATT-ATTTTTAAATCTCTTACTTAATAGTTT
301 CTATTTGA-ACTTGTTCG----G-TAAACA-A-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
*
13490677 TTGA
358 TTGG
* ** * * * *
13490681 AATATTAGTAAATTTTTTTTATTTTATTTTGAAT-AGGTTAGTAAGACCT-G-AA-AATTGTTTT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-GTATGA-ATAGAAACAATTGTTTT
* * * * *** * *
13490742 AAT-ACAAAATAAAAGGCCATAACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCATGCA-TCCTTAATTATTT
64 -ATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTT
* * * * * * * * * * * *
13490805 GAAGTGGTTTGGCAAAAAAAATTATTTTTTAAATCTGTTAGTTATTAATTGTTAGAATCTTATTA
127 GAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATA
* * * * *
13490870 GA-TTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAAC
192 -ATTTA-TATTATTTTA-TTCAGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * ** * * * *
13490933 AAAAAGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAAC-TGCTTTG
254 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCG
* * * * * *
13490997 GTAAATAAAATTT-TTTTTGAAATCTCTAACTT-TTAAAATTTTGA
318 GTAAA-CAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTTGG
* * * ** * * * *
13491041 AATATCAAAAAATTAGTTTTATTTTATTACGAATAAACTTGGATGAGCT-GAAATAATT-TCTTT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGT-TTT
* * ** * * * *
13491104 ATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTCAAAATAGATAATTCTTCACATAGTCTTAACTGTTTGA
64 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * * * **
13491169 ACTGGTTCAGCAAACGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA-TGATTTTTAGAATATTTTTAAT
129 ACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAA-
* * ** * * *
13491233 TTTATATTATTTTATTCCA-AATAAACTTATATGAATGAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAA
193 TTTATATTATTTTATT-CAGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * *
13491297 AGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAA
257 AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAA
* * ** * *
13491362 ACAGATTTATTTTTTTGAATC--TTA--TGCTAATTCTTGA
322 ACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGG
* ** * * * *
13491399 AATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTTTATG-TTCAAAAATAATTGTTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * ** * * *
13491463 TGATAAAACAAAAGGTAAAAACAAATTTTTTTCAAATAAGCTTGTATGTTTAAA-A-ACAATTA-
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAAC-----TATTTGAAAT-AGATAAT-TGTTCAAATAGTC-ATAAC
* ** *** * ** *
13491525 TTTTATGACAAAATGGAAGGTAATA-ACAATTAGAAATAGATAATTGTTCAAATGGC-CATAATT
122 TATT-TG--AACTTGTTCGGTAA-ACA-AATT-----T--AT--TT-TTTAAAT--CTTTTACTT
* * * ** * * * *** **
13491588 ATTAGAAGTAATTTGATAAACTATTTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTGATCTTCAAAATAT
170 ATT--AA-T-TTTTG--GAA-TA--TTAATAATTTATAT-TATT--TTATTCAGAAT-AAGCT-T
* * ** * ** * * * *
13491653 TAATAAAGTAATATTATT-TTATTTTGGA-TAAACTTTTATAAA-CT-AAAACAATTGTTTTATG
221 TTATGAACAAAAACAATTGTT-TTAT-GACAAAAC----A-AAAGGTCATAACAA-----TT-TG
* * ** * ** * *
13491714 ATAAAAGA-AA-AGTTCATAAT-GATTTTAATTAGAT-AA-TTATTCAAGTAGTCATAAC-TATT
273 A-AATAGATAATTGTTCA-AATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTC--G--GT-A-AACAAATT
** * **
13491773 TGAATTTGTTCAGTAAA-CAGATTATTTTTTTTTCAAATCTCTTACTTATT
329 T--ATTT-TT---TAAATC---TT-TTACTTATT--AA--T-TT--TT-GG
* * * * * *
13491823 AATTTTTCAAAAGTAAA-TA-AATTATATTATTTTCTTCCAAATAAGCTTCTATGAATTGAAACA
1 AA-TATT---AA-TAAATTAGTATTAT-TT-TATT-TT--GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * * * *
13491886 ATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTTAGAA-TAATTTGAAATAGATAATTATTCAATTAGTCTTA
56 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
13491950 ACTATTTGAAC-TGATTCGATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATA-TACATTTATTTTTT
120 ACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TT-TACT-TATTAATTTTTG
* * * ** * *
13492013 AAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATAATATTAAATT-AGTATTA--TTTTCATCCGAATTAG
181 GAA-----TA-TTAATAA-TTT----ATATTATTTTATTCAGAATAAGCTTTT-AT--G-A--A-
**** *** ** * * *
13492075 CTTGTATGCTCAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATTATTTGAGATTGATAT
228 C----AAAAACA-ATTG-----TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * *** * * * * *
13492139 TTGTTTAAATAGTCGTAACTATTTGAACTGGTT-AAAAAAAAAACTCTAATTTTTAAAACTCTTA
283 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAA-TTTATTTTTTAAATCTTTTA
* *
13492203 CTTAATAATTTTTGA
347 CTTATTAATTTTTGG
* * * *
13492218 AATATTAATAAAGTACTATTATTTTA-TTTCAGATAAG-TTCTTATGAACT-GAAACAATTGTTT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTT-GTATGAA-TAGAAACAATTGTTT
* * * * * * ** *
13492280 TATGATAAAAGAAAAGATCATAA-TGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATATTTACTT
63 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
** * * * *
13492344 GAACTTGTTTAGCAAACATATTTATTTCTTTAAAT-TTCTTGCTTATTAATTTTTTGAA-AGTTA
127 GAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTT-TTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGGAATA-TTA
* * * * * **
13492407 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGATTAAA
189 ATAATTTA-TATTATTTTATTCAGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * ** * * *
13492472 CAAAAGGTTAGAATAATTTGAAATAGAAAATTGTTCTTATAGTCCTAATTATTTGAACTGGTTCG
253 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
** *
13492537 ACAAACATATTTA-TTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGG
318 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGG
* * *** * * *
13492576 AATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATATGCTTGTATGAAAAGAAACAATTTTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * *
13492641 GACAAAA-TAAAGATCATAA-TGATTTGAGATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA
66 GACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * *
13492704 CCTATTCGGCAAA-AAGATTGATTTTTTCAAAT-TTCTTGCTTATTAATTTTT-CAAAAGTTAAT
130 CTTGTTCGGTAAACAA-ATTTATTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGGAATA-TTAAT
* * * * *
13492766 AAATTAGTATTATTTTCTTCCA-AGTAAG-TTTGTATGAACTAAAAAAAATAT-TTTT-TGACTA
191 AATTTA-TATTATTTTATT-CAGAATAAGCTTT-TATGAAC-AAAAACAAT-TGTTTTATGACAA
* * * *
13492827 AACAAAAAGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTT
251 AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
*** *** *
13492892 CAAAAAATTGATTTATTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTA-TT-TTAAAATCTTTT--
316 CGGTAAACAAATTTATT----TT-TT-A--AATC-T-TTTACTTATT--AAT-TTTTGG
* * * * *
13492947 ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAGGCTTGTATGAAGA
1 A-ATATTAA----T--AA-ATTAGT--ATT-AT-TT-TATT--T-TGAATAAGCTTGTATGAATA
* * * *
13493012 AAAACAATTGTGTCATGACAAAACTAAAA-GTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
50 GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
13493075 AGTTATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAGATTTATTCTTTT-AATCTTTTACTTATTAGTT
113 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATT-TTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * * * * **
13493139 GTCT-GAATATTAATAAATTTGTATAATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-TTT
177 -TTTGGAATATTAAT-AATTTATATTATTTTATTCAG-AATAAGCTTTTATGAACA-AAAACAAT
* * * *** * *
13493201 TGTTTTCTAACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATT
238 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * * **
13493266 ATTTGTACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAC-TGTTAATTTTAAG
303 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGG
* * * ** * * *
13493324 AATATTAATAAAATAG-AATATGTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTGT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
13493388 GACAAAACAAAAGATCAAAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGTAC
66 GACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * ** * * * ** *
13493453 -TGGTCAGCCAATAAATTCATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
131 TTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAATTT
* * * * * * *
13493517 AGTATTACTTTATTCTGAATAAGAC-TGTATGAATAGAAAA-AACTATTTTATGACAAAACAAAT
196 A-TATTATTTTATTCAGAATAAG-CTTTTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
** * * * * ***
13493580 GGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTAGTTTAATAAA
258 GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA
* * * * * ***
13493645 TAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACGTCTTAATTTTCAA
323 CAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGG
* * * * * * * *
13493684 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * *
13493749 AAC-AGACAAAAGATCATAA-TAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
66 GACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * *
13493812 -TTGGTTAGGCAAATAGAATTGT-TCTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATA
130 CTT-GTTCGGTAAACA-AATT-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAT-
* * * * * * *
13493875 AATTTGTTTTATTTTATTTC-GAATAAG-TTACTAAGAACTTAAAA-AATTATTTTACGACAAAA
191 AATTTATATTATTTTA-TTCAGAATAAGCTT-TTATGAAC-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * * * *
13493937 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACCATTT-AACTAGTTCA
253 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * **
13494001 GCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTCAG
318 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGG
* * *** * * * * *
13494045 AA-ATTATTATATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTGTGAAAAAAAAATAATTGTTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACAATTGTTTTA
*** * * * *
13494109 TGAGTTAACAAAAGGAT-GTAACAATTTGGAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
65 TGACAAAACAAAAGG-TCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * * * * *
13494173 ACTAGTTCAGTAAACATATTAACTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAA
129 ACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAT
* * * ** *
13494238 TTAGTATTATTTTATTCCGAATAGGCTTGTATGATGAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAA
194 TTA-TATTATTTTATTCAGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * ** *
13494303 GTTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAAT-GACTATAATTATTCGAACTAATAT-GATA
258 GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGT-TCGGTA
** *** * * *
13494366 AACTGATTTATTTTTTAAATCTCAAATTTATCAATTTTTGA
321 AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGG
* * * ** * * * *
13494407 AATATTAATAAAGTAATATAATTTTATTTCAAATAAACTTTTATGTACT-GAAACGATTGTTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * ** *
13494471 TGATAAAATAAAAGGTCATAA-TGATTTTAAATAGATAATTATTCAAACAGAAATAACTATTTAA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * ** *
13494535 AGTTATTCAGTAAATAGA-TT-TTTTTTAAA---TTT-CTTATTAATTTTTTGAATGCTAATAAA
129 ACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAT
* ** * ** ** * * *
13494594 TTAGTATTATTATATTTTGAATAAGCATGAATGAACTGAAATAATTATCTTT-TGACTAAACAAA
194 TTA-TATTATTTTATTCAGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGT-TTTATGACAAAACAAA
* * ** * * * ** ***
13494658 AGATCAAAATGATTTGGAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTCAAAAA
257 AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAA
* *
13494723 ACACATTTA-TTTTTAAATC-----CTTATTAATTTTTGA
322 ACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGG
* * * * * ** *
13494757 AATAGTAACAAATTGGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * ** * * * * *
13494822 GACAAAATAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAACAGTTTAAATGGACATGATTATTTGAAC
66 GACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * *
13494887 TTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAAAAATAATAAATT
131 TTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAATTT
** * * * * *
13494952 AGTATTATTTTATTCCCAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA
196 A-TATTATTTTATTCAGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * *
13495017 TCAT---ATTTTGAAATATATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGCTCAGCAAATA
260 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* * ***
13495079 GATTTATTATTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAA
325 AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGG
* * * *
13495116 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGATTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
** *
13495181 GAC-AAACAAATTGTCATAACGATTTGAA
66 GACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAA
13495209 CTTCACTAGG
Statistics
Matches: 6333, Mismatches: 1659, Indels: 1163
0.69 0.18 0.13
Matches are distributed among these distances:
348 4 0.00
349 3 0.00
350 121 0.02
351 15 0.00
352 287 0.05
353 210 0.03
354 36 0.01
355 465 0.07
356 367 0.06
357 396 0.06
358 255 0.04
359 247 0.04
360 366 0.06
361 654 0.10
362 1023 0.16
363 221 0.03
364 59 0.01
365 13 0.00
366 28 0.00
367 26 0.00
368 139 0.02
369 13 0.00
370 11 0.00
371 10 0.00
372 21 0.00
373 5 0.00
374 3 0.00
375 6 0.00
376 34 0.01
377 39 0.01
378 35 0.01
379 38 0.01
380 23 0.00
381 8 0.00
382 7 0.00
383 9 0.00
384 6 0.00
385 8 0.00
386 26 0.00
387 257 0.04
388 94 0.01
389 13 0.00
390 12 0.00
391 13 0.00
392 25 0.00
393 15 0.00
394 19 0.00
395 9 0.00
396 10 0.00
397 17 0.00
398 18 0.00
399 36 0.01
400 16 0.00
401 21 0.00
402 9 0.00
403 11 0.00
404 16 0.00
405 9 0.00
406 12 0.00
407 7 0.00
408 9 0.00
409 10 0.00
410 17 0.00
411 22 0.00
412 23 0.00
413 26 0.00
414 24 0.00
415 35 0.01
416 21 0.00
417 10 0.00
418 11 0.00
419 6 0.00
420 7 0.00
421 14 0.00
422 18 0.00
423 17 0.00
424 14 0.00
425 16 0.00
426 14 0.00
427 17 0.00
428 9 0.00
429 7 0.00
430 2 0.00
432 45 0.01
433 8 0.00
434 4 0.00
435 1 0.00
436 5 0.00
437 4 0.00
438 3 0.00
439 6 0.00
440 3 0.00
441 15 0.00
442 6 0.00
443 6 0.00
444 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
TTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAATTT
ATATTATTTTATTCAGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA
ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGG
Found at i:13487838 original size:176 final size:175
Alignment explanation
Indices: 13487515--13487838 Score: 431
Period size: 176 Copynumber: 1.8 Consensus size: 175
13487505 AATTCAATTT
* *
13487515 TTAAATCACTTATTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCAAATAAGCT
1 TTAAATCACTTATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCAAATAAGAT
* * * *
13487580 TATATGAAAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATAT
66 TATATCAAAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAGAAATAATAT
*
13487645 TTCAAATAGTCATAACTATTTGCGCTGGTCAAGCCGATAAATTCA
131 TTAAAATAGTCATAACTATTTGCGCTGGTCAAGCCGATAAATTCA
* *
13487690 TTAAATC-CATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACT-TTATTTCGAATAA
1 TTAAATCAC-TTA-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTA-TGTTATTTCAAATAA
* ** **
13487753 GATTGTATCAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAATTGTCATAATGATTTGAAAGAAATA
63 GATTATATCAA-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAGAAATA
* *
13487817 AT-TATTAAAATTGTTATAACTA
127 ATAT-TTAAAATAGTCATAACTA
13487839 ATTGAACTGG
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 16, Indels: 9
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.01
175 11 0.09
176 93 0.73
177 23 0.18
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (175 bp):
TTAAATCACTTATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCAAATAAGAT
TATATCAAAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAGAAATAATAT
TTAAAATAGTCATAACTATTTGCGCTGGTCAAGCCGATAAATTCA
Found at i:13488306 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 13488283--13488319 Score: 67
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
13488273 CCAAATAGGC
13488283 TTGTTTGATGA-AAAACAA
1 TTGTTTGATGACAAAACAA
13488301 TTGTTTGATGACAAAACAA
1 TTGTTTGATGACAAAACAA
13488320 AAGTTCATAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 11 0.61
19 7 0.39
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (19 bp):
TTGTTTGATGACAAAACAA
Found at i:13488845 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 13488816--13488854 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
13488806 CTCCAAATAA
13488816 GTTTGTATGAATAGAAACAATT
1 GTTTGTATG-ATA-AAACAATT
13488838 GTTT-TATGATAAAACAA
1 GTTTGTATGATAAAACAA
13488855 AGATCATACT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 3
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
19 6 0.35
20 3 0.18
21 4 0.24
22 4 0.24
ACGTcount: A:0.44, C:0.05, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (20 bp):
GTTTGTATGATAAAACAATT
Found at i:13490093 original size:107 final size:107
Alignment explanation
Indices: 13489886--13490098 Score: 283
Period size: 107 Copynumber: 2.0 Consensus size: 107
13489876 TATTATTTTA
**
13489886 ATTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAATGATTT
1 ATTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTT
*
13489951 GAACAAATAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAG
66 GAACAAATAATTATCCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAG
* * * *
13489993 ATTTGAAATAAACTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGGTTATAGCAAT
1 ATTTG-AATAAACTTGTATGAACA-AAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAAT
13490055 TTGAA-ATAGATAATTAAT-CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
64 TTGAACA-A-ATAATT-ATCCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
13490099 TTCAGTAAAC
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 7, Indels: 10
0.85 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
105 1 0.01
106 17 0.18
107 40 0.43
108 32 0.34
109 4 0.04
ACGTcount: A:0.46, C:0.08, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (107 bp):
ATTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTT
GAACAAATAATTATCCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAG
Found at i:13490324 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 13489998--13491351 Score: 591
Period size: 181 Copynumber: 7.6 Consensus size: 179
13489988 CTTAGATTTG
* * * *
13489998 AAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGGTTATAGCAATTTGAAA
1 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * **
13490061 TAGATAATTAATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAAT
66 TAGATAATT--TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTCAGCAAACAAATAAATTTTTTAAAT
** *** *
13490126 TTTTTACTTACTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTA-TGTTATTAT
129 CCTTTACTTACTAATTTTCAAAACATTAATAAATTAGAATTACT-TTATTAT
* * *
13490177 AAATAAGCTTGTA-CAAGTAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAACCATTTGAA
1 AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * *
13490241 ATAGATAATGTTCAAATAGTCATAATTGTTTGCA-TTGGTCAGGCCAACAAATAAATTTTTCTAA
65 ATAGATAAT-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTCA-GCAAACAAATAAATTTTT-TAA
* * *
13490305 ATCCTTTACTTATTAATTTTCAAAACATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTT
127 ATCCTTTACTTACTAATTTTCAAAACATTAATAAATTAGAATTACTTTATTAT
* * * **
13490358 GAATAAGAC-TGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
1 AAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * ** * * **
13490422 ATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTAATTGAAC-TAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
65 ATAGATAA-T-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAG-TCAGCAAACAAATAAATTTTTTAA
* * * **
13490486 AT-C--T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTCC
127 ATCCTTTACTTACTAATTTTCAAAACATTAATAAATTAGA-ATTACTTTATTAT
* * * * * * * * * *
13490535 AAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTG-TTTATGATAAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAA
1 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * *
13490599 TAAATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAA-TT-GTTC-GACAGAC-AAT-TA-TTTTTAA
66 TAGATAA-T-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAG-TCAG-CAAACAAATAAATTTTTTAA
* * ** * * **** * *
13490658 AT-CTCTTACTTAATAGTTTTTGAAATATTAGTAAATTTTTTTTATTTTATTTT
127 ATCCT-TTACTTACTAATTTTCAAAACATTAATAAATTAGAATTACTTTATTAT
* * * * * *
13490711 GAAT-AGGTTAGTAAGACCT-G-AA-AATTGTTTTAAT-ACAAAATAAAAGGCCATAACAATTTG
1 AAATAAGCTT-GTATGA-ATAGAAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* *** * * * * **
13490771 AAATAGAAAATTGTTCATGCA-TCCTTAATTATTTGAA-GTGGTTTGGCAAA-AAA-AATTATTT
63 AAATAGATAA-T-TTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACTTAG-TCAGCAAACAAATAA--ATTT
* * * * * * *
13490832 TTTAAAT-CTGTTAGTTATTAATTGTT-AGAATC-TTATTAGATTAGTATTATTTTATT-T
122 TTTAAATCCT-TTACTTACTAATT-TTCA-AAACATTAATAAATTAGAATTACTTTATTAT
* * * * **
13490889 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAA
1 -AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * *** ** * * **
13490954 ATATATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGCTTTGGTAAATAAA-ATTTTTTTTGAA
65 ATAGATAA-T-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTCAGCAAACAAATAAATTTTTT-AA
* * * * * * ** * *
13491018 AT-CTCTAACTTTTA-AAATTTT-GAAATATCAAAAAATTAGTTTTATTTTATTAC
127 ATCCT-TTAC--TTACTAATTTTCAAAACATTAATAAATTAGAATTACTTTATTAT
* * * * * * **
13491071 GAATAAACTTGGATGAGCT-GAAATAATT-TCTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTCAA
1 AAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * **
13491134 AATAGATAATTCTTCACATAGTCTTAACTGTTTGAAC-TGGTTCAGCAAACGAATTTATTTTTTA
64 AATAGATAA-T-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAG-TCAGCAAACAAATAAATTTTTTA
* * * * * ** * * * **
13491198 AAT-CTCTTAGTTA-TGATTTTTAGAATATTTTTAATTTTA-TATTATTTTATTCC
126 AATCCT-TTACTTACTAATTTTCAAAACATTAATAA-ATTAGAATTACTTTATTAT
* * * * * *
13491251 AAATAAACTTATATGAAT-GAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAA
1 AAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
13491315 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
65 ATAGATAA-T-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
13491352 GGTTTGGTAA
Statistics
Matches: 908, Mismatches: 209, Indels: 114
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
172 10 0.01
173 2 0.00
174 8 0.01
175 67 0.07
176 112 0.12
177 60 0.07
178 6 0.01
179 95 0.10
180 160 0.18
181 327 0.36
182 57 0.06
183 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
TAGATAATTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTCAGCAAACAAATAAATTTTTTAAATCC
TTTACTTACTAATTTTCAAAACATTAATAAATTAGAATTACTTTATTAT
Found at i:13490570 original size:644 final size:644
Alignment explanation
Indices: 13489354--13490632 Score: 1546
Period size: 644 Copynumber: 2.0 Consensus size: 644
13489344 TTTTATTCTG
* * ** **
13489354 AATAAGCTTTTATGAATAGAAGCAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAAA
1 AATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAAA
** * * * * *
13489419 AGAGAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGAAAATAAATTTATTTTTTATTTT
66 AGAGAATTAATCAAATAGTCATAACTATTTGAACATATTCAGAAAACAAATTCATTTTTTAATTT
* * * * * * *
13489484 TTTGCTTATTAATTTTTGGAATATTAGTCAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGA
131 TTTACTTACTAATTTTTGGAATATTAATCAAATTAAATTATGTTATTCAAAATAAGCTTGTATCA
* *
13489549 ATAGGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAACAGATAATTGTTCAAA
196 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACCATTTGAAACAGATAATTGTTCAAA
** * * * **
13489614 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAAACTCTTACTCATTAATT
261 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTCAGGCAAACAAATAAATTTTTTAAAACTCTTACTCATTAATT
** * * * *
13489679 TTTGAAATATTAATAAGTTATTTTATTTCAAATAAGCCCATATGAACTAATACAATTATTTTATG
326 TTCAAAACATTAATAAGTTACTTTATTTCAAATAAGACCATATGAACTAAAACAATTATTTTATG
** * * *
13489744 ATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACT
391 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTAATTGAACT
* * * * *
13489809 TGTTTGATAAATATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATCAATT
456 AGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAAATC--TTACTTATTAATTGTTAAAATATTAATAAATT
** * * *
13489874 AATATTATTTTAATTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAG
519 AATATTATTTTAATTCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAG
* * *
13489939 TCATAATGATTTG-AACAAATAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGATTTGA
584 TAATAACGATTTGAAACAAATAATTGTCCAAATAATCATAACTATTTGAACTTAGATTTGA
* * * *
13489999 AATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGGTTATAGCAATTTGAAAT
1 AATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAAA
* * *
13490062 AGATAATTAATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATT
66 AGAGAATTAATCAAATAGTCATAACTATTTGAACATATTCAGAAAACAAATTCATTTTTT-AATT
13490127 TTTTACTTACTAATTTTTGGAATATTAAT-AAATTAGAATTATGTTATT-ATAAATAAGCTTGTA
130 TTTTACTTACTAATTTTTGGAATATTAATCAAATTA-AATTATGTTATTCA-AAATAAGCTTGTA
* * *
13490190 -CAAGTAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAACCATTTGAAATAGATAA-TGTT
193 TCAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACCATTTGAAACAGATAATTGTT
* * * * * *
13490253 CAAATAGTCATAATTGTTTGCA-TTGGTCAGGCCAACAAATAAATTTTTCTAAATC-CTTTACTT
257 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTCAGGCAAACAAATAAATTTTT-TAAAACTC-TTACTC
** **
13490316 ATTAATTTTCAAAACATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGACTGTATGAAC-AGAA
319 ATTAATTTTCAAAACATTAAT--A--AG--TTACTTTATTTCAAATAAGACCATATGAACTA-AA
**
13490380 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTA
377 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTA
*
13490445 TAACTAATTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATC-T-CTTATTAATT-TTCAAA
442 TAACTAATTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTTACTTATTAATTGTT-AAA
*
13490506 ATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTG-TTTAT
506 ATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-CAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
13490569 GATAAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAA
570 GACAAAATAAAAAGTAATAACGATTTGAAACAAATAATTGTCCAAATAATCATAACTATTTGAA
13490633 TTGTTCGACA
Statistics
Matches: 535, Mismatches: 82, Indels: 34
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
642 2 0.00
643 116 0.22
644 166 0.31
645 123 0.23
646 2 0.00
648 2 0.00
649 6 0.01
650 118 0.22
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (644 bp):
AATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAAA
AGAGAATTAATCAAATAGTCATAACTATTTGAACATATTCAGAAAACAAATTCATTTTTTAATTT
TTTACTTACTAATTTTTGGAATATTAATCAAATTAAATTATGTTATTCAAAATAAGCTTGTATCA
ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACCATTTGAAACAGATAATTGTTCAAA
TAGTCATAACTATTTGAACTTGTCAGGCAAACAAATAAATTTTTTAAAACTCTTACTCATTAATT
TTCAAAACATTAATAAGTTACTTTATTTCAAATAAGACCATATGAACTAAAACAATTATTTTATG
ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTAATTGAACT
AGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTTACTTATTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAA
TATTATTTTAATTCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTA
ATAACGATTTGAAACAAATAATTGTCCAAATAATCATAACTATTTGAACTTAGATTTGA
Found at i:13492033 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 13491980--13492034 Score: 69
Period size: 26 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25
13491970 AAACACATTT
*
13491980 ATTTTTTAAATCTCTTATATACATTT
1 ATTTTTTAAATCTCTTATATA-ATTA
13492006 ATTTTTTAAATCTCTTACT-T-ATTA
1 ATTTTTTAAATCTCTTA-TATAATTA
13492030 ATTTT
1 ATTTT
13492035 CAAAATAATA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 4
0.84 0.03 0.12
Matches are distributed among these distances:
24 8 0.30
26 18 0.67
27 1 0.04
ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.00, T:0.60
Consensus pattern (25 bp):
ATTTTTTAAATCTCTTATATAATTA
Found at i:13492161 original size:206 final size:206
Alignment explanation
Indices: 13491796--13492168 Score: 506
Period size: 206 Copynumber: 1.8 Consensus size: 206
13491786 TAAACAGATT
*
13491796 ATTTTTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAAGTAAATAAATTATATTATTTTCTTCC
1 ATTTTTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAAGTAAATAAATTATATTATTTTCATCC
* *
13491861 AAATAAGCTTCTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTTAGAATAATTTGAAA
66 AAATAAGCTTCTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAGAATAATTTGAAA
* *
13491926 TAGATAATTATTCAATTAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCGATAAACACATTTATTTTTTAAAT
131 TAGATAATTATTCAAATAGTCGTAACTATTTGAACTGATTCGATAAACACATTTATTTTTTAAAT
13491991 CTCTTATATAC
196 CTCTTATATAC
13492002 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAAAA-TAATATTAAATTAGTATTATTTTC
1 ATTT-TTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAAGTAA-A-TAAATTA-TATTATTTTC
* * * * * *
13492064 ATCCGAATTAGCTTGTATG-CTCAGAAACAATTATTTTATGAC-AAA-ACAAAGGTCATAATTAT
62 ATCCAAATAAGCTTCTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACTAAATA-AAAGGTCAGAATAAT
* * * * *
13492126 TTGAGATTGATATTTGTTTAAATAGTCGTAACTATTTGAACTG
125 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCGTAACTATTTGAACTG
13492169 GTTAAAAAAA
Statistics
Matches: 145, Mismatches: 16, Indels: 12
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
204 3 0.02
205 11 0.08
206 81 0.56
207 50 0.34
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (206 bp):
ATTTTTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAAGTAAATAAATTATATTATTTTCATCC
AAATAAGCTTCTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAGAATAATTTGAAA
TAGATAATTATTCAAATAGTCGTAACTATTTGAACTGATTCGATAAACACATTTATTTTTTAAAT
CTCTTATATAC
Found at i:13492777 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 13492002--13495208 Score: 1852
Period size: 181 Copynumber: 17.7 Consensus size: 178
13491992 TCTTATATAC
* *
13492002 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAAAATAATATTAAATTAGTATTATTTTCA-
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAAT--TAATAAATTAGTATTATTTT-AT
* * *** * * * *
13492065 TCCGAATTAGCTTGTATGCTCAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATTATTTGA
63 TCCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAATGATTTGA
* * * * * *** *
13492130 GATTGATATTTGTTTAAATAGTCGTAACTATTTGAACTGGTT-AAAAAAAAA
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGGCAAAAAG
* * * * * *
13492181 ACTCTAATTTTTAAAACTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTACTATTATTTTATT
1 A-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * ** * *
13492246 TCAGATAAG-TTCTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGATCATAATGATTTT
64 CCAAATAAGCTT-GTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAATGATTTG
* * ** * ** * *
13492310 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATATTTACTTGAACTTGTTTAGCAAACAT
127 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGGCAAAAAG
* * *
13492363 ATTTATTTCTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * * * * *
13492428 CTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGATTAAACAAAAGGTTAGAATAATTTG
64 CCAAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAAAAAAGATCATAATGATTTG
* ** * * * * *
13492492 AAATAGAAAATTGTTCTTATAGTCCTAATTATTTGAACTGGTTCGACAAACAT
127 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGGCAAAAAG
* * *
13492545 ATTTA-TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * *
13492605 CAAATATGCTTGTATGAAAAGAAACAATTTTTTTATGACAAAATAAAGATCATAATGATTTGAGA
65 CAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAA
* *
13492670 TAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACCTATTCGGCAAAAAG
130 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTCGGCAAAAAG
* * * * *
13492720 ATTGATTTTTTCAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTCAAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTT
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
13492785 CCAAGTAAGTTTGTATGAACTAA-AAAAAATAT-TTTT-TGACTAAACAAAAAG-TTATAATAAT
64 CCAAATAAGCTTGTATGAA--AAGAAACAAT-TGTTTTATGAC-AAA-AAAAAGATCATAATGAT
13492846 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTT---CAAAAA-
124 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGGCAAAAAG
* * * * * * * * * * *
13492898 ATTGATTTATTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTA-TTTT-AAAATCT-TTTACTTATTAATT-T
1 ATTTATTT-TTTAA-AT-CTC--T-TACTTATTAATTTTTGAAAAT-TAATAAATTAGT-ATTAT
** ** * * * ** *** *
13492959 TTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAGGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTG
58 TT----TATT-CCAAA-TAAGCTTGTATGAA-AAGAA-ACAATTGT-T------------TTATG
* * * *
13493024 TCATGACAAAACTAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTT
102 ACA--A-AAAA--AAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* ** *
13493089 GAACTTATTCGATAAACAG
161 GAAC-TGTTCGGCAAAAAG
* * * * * *
13493108 ATTTATTCTTTT-AATCTTTTACTTATTAGTTGTCTGAATATTAATAAATTTGTATAATTTTATT
1 ATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * * * *
13493172 TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-ATTTTGTTTTCTAACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTG
64 CCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAATGATTTG
* * * * * *
13493236 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGTACTTGTTTGGTAAATAG
127 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGGCAAAAAG
* * * * * * * *
13493289 ATTCATTTTTTAAATCTCTTAC-TGTTAATTTTAAGAATATTAATAAAATAG-AATATGTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * *
13493352 CAAATAAGTTTGTATGAATAA-AAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGATCAAAACGATTTAA
65 CAAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAATGATTTGA
* * * * *
13493416 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGTACTGGTCAGCCAATAA-
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTC-GGCAAAAAG
* * * *
13493467 ATTCATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * * * * *
13493532 TGAATAAGAC-TGTATGAATAGAAAAAACTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGA
65 CAAATAAG-CTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAATGATTTGA
* * * **** *
13493596 AATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTAGTTTAATAAATAG
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGGCAAAAAG
* * * * ** * *
13493648 ATTTATTTTTTAAATTTTTTACGTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * * * *
13493713 CGAACAAACTTATATGAACAA-AAACATTTGTTTTATAACAGACAAAAGATCATAATAATTTGAA
65 CAAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAA
* * * *
13493777 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTAGGCAAATAG
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGGCAAAAAG
* * * * *
13493828 AATTGTTCTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATT
1 ATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *** * * * * *
13493893 TCGAATAAG-TTACTAAGAACTTAAAAAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
64 CCAAATAAGCTT-GTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAATGATTTG
* * * * * * *
13493957 AAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACCATTT-AACTAGTTCAGCAAATAA-
127 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGGCAAA-AAG
* * * * *
13494009 ATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAA-TTTTCAGAAATTATTATATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * * * **
13494073 CAAATAAACTTGTGTGAAAAAAAAATAATTGTTTTATGAGTTAACAAAAGGAT-GTAACAATTTG
65 CAAATAAGCTTGTATG-AAAAGAAACAATTGTTTTATGA--CAAAAAAAAGATCATAATGATTTG
* * * * * *
13494137 GAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAT
127 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGGCAAAAAG
* * * *
13494190 ATTAACTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * *
13494255 CGAATAGGCTTGTATGATGAA-AAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTAA
65 CAAATAAGCTTGTATGA-AAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAATGATTTGA
* * * * * ** **
13494319 AATAGATAATTGTTCTAAT-GACTATAATTATTCGAACTAATAT-GATAAACTG
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACT-GT-TCGGCAAAAAG
** * * * * * *
13494371 ATTTATTTTTTAAATCTCAAATTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATAATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * ** * * * *
13494436 CAAATAAACTTTTATGTACTGAAACGATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAA
65 CAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAATGATTTGAA
* * ** * * * * * *
13494501 ATAGATAATTATTCAAACAGAAATAACTATTTAAAGTTATTCAGTAAATAG
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTCGGCAAAAAG
*** * *
13494552 A-TT-TTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTTTTGAATGCTAATAAATTAGTATTATTATATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * ** * * * * *
13494611 TGAATAAGCATGAATGAACTGAAATAATTATCTTT-TGACTAAACAAAAGATCAAAATGATTTGG
65 CAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGT-TTTATGAC-AAAAAAAAGATCATAATGATTTGA
* * * ** *
13494675 AATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTC-AAAAAACAC
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGGCAAAA-AG
* * *
13494727 ATTTA-TTTTTAAA--TC---CTTATTAATTTTTGAAATAGTAACAAATTGGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* ** * * **
13494786 TAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAATG-TCATAACAATTTGA
65 CAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA-GATCATAATGATTTGA
** * * * * * * *
13494850 AATAGATAACAGTTTAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAA-
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGGCAAA-AAG
* *
13494902 ATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAAAAATAATAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * *
13494967 CCAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT-AT--TTTGAA
65 CAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAATGATTTGAA
* * * * *
13495029 ATATATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGCTCAGCAAATAG
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGGCAAAAAG
* * ** *
13495080 ATTTATTATTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * ** *
13495145 TGAATAAGCTTGTAT-AAACAAAAACAATTGATTTATGACAAACAAATTG-TCATAACGATTTGA
65 CAAATAAGCTTGTATGAAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAA-AAAAAGATCATAATGATTTGA
13495208 A
128 A
13495209 CTTCACTAGG
Statistics
Matches: 2330, Mismatches: 551, Indels: 293
0.73 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 18 0.01
175 271 0.12
176 110 0.05
177 16 0.01
178 172 0.07
179 180 0.08
180 377 0.16
181 694 0.30
182 302 0.13
183 31 0.01
184 6 0.00
185 3 0.00
186 17 0.01
187 3 0.00
188 1 0.00
198 1 0.00
199 5 0.00
200 6 0.00
201 12 0.01
202 7 0.00
203 5 0.00
204 8 0.00
205 2 0.00
206 55 0.02
207 13 0.01
208 1 0.00
209 5 0.00
210 8 0.00
211 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
AAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCGGCAAAAAG
Found at i:13493088 original size:926 final size:919
Alignment explanation
Indices: 13491698--13495190 Score: 2223
Period size: 926 Copynumber: 3.8 Consensus size: 919
13491688 TTATAAACTA
* * * * * *
13491698 AAACAATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGTTCATAATGATTTTAATTAGATAATTATTCAAGTAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAATGATTTGAA-TAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
13491763 CATAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAACAGATTATTTTTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTT
64 CATAACTATTTGAA-CTATTCAGTAAAAAGATTA---TTTTTTCAAATTTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
13491828 TTCAAAAGTAAATAAATTATATTATTTTCTTCCAAATAAGCTTCTATGAATTGAAACAATTATTT
125 TTCAAAAGTTAATAAATTATATTATTTTCTTCC-AATAAGCTTATATGAACT-AAAAAAATATTT
* * * * * * *
13491893 TATGACTAAATAAAAGGTTAGAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAATTAGTCTTAACTATTTG
188 TTTGACTAAACAAAAAGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
13491958 AACTGATTCGATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATATACATTTATTTTTTAAATCTCTTA
253 AACTGATTCGATAAACACATTGATTTTTGAAATCTCTTATAAACATTTATTTTTAAAATCTCTTA
* * * ** *
13492023 CTTATTAATTTTCAAAATAATATTAAATTAGTATTATTTTCATCCGAATTAGCTTGTATGCTCAG
318 CTTATTAATTTTCAAAATAATAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATTAGCTTGTATGAACAA
* * * * * ** * *
13492088 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATTATTTGAGATTGATATTTGTTTAAATAGTC
383 AAACAATTATGTCATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * *
13492153 GTAACTATTTGAACTGGTT-AAAAAAAAAACTCTAATT-TTTAAAACTCTTACTTAATAATT-TT
448 ATAACTATTTGAACTGATTCAAAAAAAAAA-T-TAATTCTTTAAAACTCTTACTTAATAATTGTC
* * *
13492215 TGAAATATTAATAAAGTACTATTATTTTATTTCAGATAAG-TTCTTATGAACT-GAAACA-ATTG
511 TG-AATATTAATAAAGTACTATAATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGAA-TAGAAA-ATATTG
* * * * * *
13492277 TTTTATGATAAAAGAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATATTTAC
572 TTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTAC
* * * * **
13492342 TTGAACTTGTTTAGCAAACATATTTATTTCTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAA-AGTT
637 TTGAACTTGTTTAGCAAACAGATTCATTT-TTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTAAGAATA-TT
* * * * * **
13492406 AATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAATAATTGTTTTATGATT
699 AATAAAATAG-AATATGTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * ** * *
13492469 AAACAAAAGGTTAGAATAATTTGAAATAGAAAATTGTTCTTATAGTCCTAATTATTTGAACTGGT
761 AAACAAAAGATCAAAACAATTTAAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-
* ** *
13492534 TC-GACAA-ACATATTTA-TTTTTAAATC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTA
825 TCAGACAATA-A-ATTCATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
* *
13492594 TTATTTTAATCCAAATATG-CTTGTATGAAAAG
888 TTACTTTAATCCAAATAAGAC-TGTATGAAAAG
* * *
13492626 AAACAATTTTTTTATGACAAAATAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTTAAATAGTC
1 AAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGATCATAATGATTTGA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * *
13492691 ATAACTATTTGAACCTATTCGGCAAAAAGATTGATTTTTTCAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTC
65 ATAACTATTTGAA-CTATTCAGTAAAAAGATT-ATTTTTTCAAATTTCTTACTTATTAATTTTTC
* *
13492756 AAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCCAAGTAAGTTTGTATGAACTAAAAAAAATATTTTT
128 AAAAGTTAATAAATTA-TATTATTTTCTTCCAA-TAAGCTTATATGAACT-AAAAAAATATTTTT
13492821 TGACTAAACAAAAAGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
190 TGACTAAACAAAAAGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* *
13492886 CGTG-TTC-A-AAA-A-ATTGATTTATTGAACT-TGTTCAGTAAACATATT-TATTTTAAAATCT
255 C-TGATTCGATAAACACATTGATTT-TTGAAATCTCTT-A-TAAACAT-TTAT-TTTTAAAATCT
* * * *
13492944 TTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAA-TAGGCTTGTATG
314 CTTACTTATTAATTTTCAAAATAATAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATTA-GCTTGTATG
* *
13493008 AAGAAAAACAATTGTGTCATGACAAAACTAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
378 AACAAAAACAATTATGTCATGACAAAAC-AAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * * * * * * * * * *
13493073 ATAGTTATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAGATTTATTCTTTTAATCTTTTACTTATTAGT
442 ATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAAAAAAAAAATTAATTCTTTAAAACTCTTACTTAATAAT
* ** * *
13493138 TGTCTGAATATTAATAAATTTGTATAATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAATTTTG
507 TGTCTGAATATTAATAAAGTACTATAATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAATATTG
* * * * *
13493203 TTTTCTAACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTAT
572 TTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTAC
* * * * *
13493268 TTGTACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTGTTAATTTTAAGAATATTAAT
637 TTGAACTTGTTTAGCAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTAAGAATATTAAT
* *
13493333 AAAATAGAATATGTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAA
702 AAAATAGAATATGTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * *
13493398 AAGATCAAAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGTACTGGTCAGCCA
767 AAGATCAAAACAATTTAAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTCAGACA
13493463 ATAAATTCATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTT
832 ATAAATTCATTTTTTAAATC--TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTT
* ** *
13493528 ATTCTGAATAAGACTGTATGAATAG
895 AATCCAAATAAGACTGTATGAAAAG
* * * * *
13493553 AAAAAACTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAATGATTTG-AATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
13493618 TATAACTAATTGAACTAGTTTAATAAATAGATTTATTTTTT-AAATTTTTTACGTCTTAA-TTTT
64 CATAACTATTTGAACTA-TTCAGTAAAAAGA-TTATTTTTTCAAATTTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * *
13493681 CAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATGAAC-AAAAACAT-TTGT
127 CAAAA-GTTAATAAATT-ATATTATTTT-CTTCCAATAAGCTTATATGAACTAAAAAAATATT-T
* * *
13493744 TTT-A-TAACAGACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT
188 TTTGACTAA-ACA-AAAAG-TTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * ** * *
13493807 TTG-A---ATTGGTTAGGCA-A---A---TAG-AAT-T-GT-T---C------TTTT-AAATCTC
250 TTGAACTGATTCGATAAACACATTGATTTTTGAAATCTCTTATAAACATTTATTTTTAAAATCTC
* * ** * * * * * *
13493847 TTACTTATTAAGTTTT-GAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTTCGAATAAG-TTACTAAG
315 TTACTTATTAA-TTTTCAAAATAATAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATTAGCTT-GTATG
* * * * * *
13493910 AACTTAAAA-AATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCA
378 AAC-AAAAACAATTATGTCATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* * * * ** * * * * * * *
13493974 TATAGCCTTAACCATTT-AACT-AGTTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTA
441 AATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCAAAAAAAAAATTAATTCTTTAAAACTCTTACTTAATA
* * * * * * * * * * * *
13494037 ATTTTCAGAA-ATTATTATATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTGTGAAAAAAAAATAA
505 ATTGTCTGAATATTAATAAAGTACTATAATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAT-A
* *** * ** * * *
13494101 TTGTTTTATGAGTTAACAAAAGGAT-GTAACAATTTGGAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAA
569 TTGTTTTATAACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAA
* * * * * * * * * *
13494165 CTATTTGAACTAGTTCAGTAAACATATTAACTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAAT
633 TTACTTGAACTTGTTTAGCAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTAAG-AAT
* * * * * * * *
13494229 ATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACATTTGTTTTATGA
696 ATTAATAAAATAG-AATATGTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * * *
13494293 CAAAACAAAAGTTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAAT-GACTATAATTATTCGAACT
759 CAAAACAAAAGATCAAAACAATTTAAAATAGAAAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACT
** * * * * * * * *
13494357 AAT-ATGATAA-ACTGATTTATTTTTTAAATCTCAAATTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAG
823 GGTCA-GACAATA--AATTCATTTTTTAAATCT--TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* * * * * * * **
13494420 TAATATAATTTTATTTCAAATAA-ACTTTTATGTACTG
883 TAGTATTACTTTAATCCAAATAAGAC-TGTATGAAAAG
* * * * * * * *
13494457 AAACGATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAACAGA
1 AAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAATGA-TTTGAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
13494522 AATAACTATTTAAAGTTATTCAGTAAATAGATT-TTTTTT-AAA--T-TT-CTTATTAATTTTTT
64 CATAACTATTTGAA-CTATTCAGTAAAAAGATTATTTTTTCAAATTTCTTACTTATTAATTTTTC
* * * ** * * * *
13494581 GAATGCTAATAAATTAGTATTATTATAT-TTTGAATAAGCATGA-ATGAACTGAAATAATTATCT
128 AAAAGTTAATAAATTA-TATTATT-T-TCTTCCAATAAGC-TTATATGAACT-AAAAAAATATTT
* * * * * *
13494644 TTTGACTAAAC-AAAAGATCAAAATGATTTGGAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTT
188 TTTGACTAAACAAAAAG-TTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
13494708 GAACTAATTCAAAAAACACATTTATTTTT-AAATC-C-T-T----ATTAATTTTT-GAA------
252 GAACTGATTCGATAAACACATTGATTTTTGAAATCTCTTATAAACATTTATTTTTAAAATCTCTT
* ** * * *
13494758 A--TAGTAA----C-AAAT--TGGT--ATT-ATTTTATTCTAAAT---AATT---TTGTATGAAT
317 ACTTATTAATTTTCAAAATAATAATAAATTAATATTATT-TTAATCCGAATTAGCTTGTATGAAC
* * * * ** * ** * *
13494805 AGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAACAGTTTAAATG
381 AAAAACAATTATGTCATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * **** * * * * * *
13494870 GACATGATTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATT-
445 GTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAAAAAAAAAATTAATTCTTTAAAACTCTTACTTAATAATTG
* * * * * * * * *
13494933 TTTAGAAAAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCCCAATAAACTTGTATGAATAGAAACA-ATTG
509 TCT-GAATATTAATAAAGTACTATAATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-ATATTG
* * * * * *
13494997 TTTTATGACAAAACAAAAGATCAT-AT--TTTGAAATATATAATTGTTCAAATAATCATAACTAT
572 TTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTAC
* * * * * * *
13495059 TTGAACTTGCTCAGCAAATAGATTTATTATTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAAATATTAA
637 TTGAACTTGTTTAGCAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTAAGAATATTAA
* * * ** * * *
13495124 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTGATTTATGAC-AAAC
701 TAAAATAG-AATATGTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
13495188 AAA
765 AAA
13495191 TTGTCATAAC
Statistics
Matches: 2057, Mismatches: 401, Indels: 253
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
889 7 0.00
890 136 0.07
891 4 0.00
892 66 0.03
893 64 0.03
894 44 0.02
895 4 0.00
897 8 0.00
898 42 0.02
899 59 0.03
900 57 0.03
901 138 0.07
902 155 0.08
903 119 0.06
904 136 0.07
905 5 0.00
907 6 0.00
909 1 0.00
910 7 0.00
913 1 0.00
915 6 0.00
916 1 0.00
917 3 0.00
918 2 0.00
922 20 0.01
923 114 0.06
924 45 0.02
925 172 0.08
926 347 0.17
927 194 0.09
928 91 0.04
929 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (919 bp):
AAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAACTATTCAGTAAAAAGATTATTTTTTCAAATTTCTTACTTATTAATTTTTCAAA
AGTTAATAAATTATATTATTTTCTTCCAATAAGCTTATATGAACTAAAAAAATATTTTTTGACTA
AACAAAAAGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATT
CGATAAACACATTGATTTTTGAAATCTCTTATAAACATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAA
TTTTCAAAATAATAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATTAGCTTGTATGAACAAAAACAATT
ATGTCATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
TTGAACTGATTCAAAAAAAAAATTAATTCTTTAAAACTCTTACTTAATAATTGTCTGAATATTAA
TAAAGTACTATAATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAATATTGTTTTATAACAAAAC
AAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTACTTGAACTTGTTTAG
CAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTAAGAATATTAATAAAATAGAATATGT
TATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAACAAT
TTAAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTCAGACAATAAATTCATTTTT
TAAATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTAATCCAAATAAGACTG
TATGAAAAG
Found at i:13494167 original size:542 final size:539
Alignment explanation
Indices: 13492933--13495208 Score: 1572
Period size: 542 Copynumber: 4.2 Consensus size: 539
13492923 AACATATTTA
* * * * * * **
13492933 TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAAT-
1 TTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCCAAATA
* * * * * * * **
13492997 AGGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTGTCATGACAAAACTAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAA
66 AGAC-TGTATGAAAAAAAAAAACTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAA
*
13493061 ATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTA-TTCGATAAACAGATTTATTCTTTT-AATC
129 ATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TAGTTCAATAAACAGATTTATT-TTTTAAATC
* * ** * *
13493124 TTTTACTTATTAGTTGTCTGAATATTAATAAATTTGTATAATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTAT
192 TTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAA-AA-CTTGTAT
* * * * * * *
13493188 GAATAGAAAA-TTTTGTTTTCTAACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTT
255 GAACA-AAAACATTTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * *
13493252 AAATAGTCATAATTATTTGTACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTGTTAA
319 AAATAGTCATAATTATTTGTAATTGTTAGGCAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTATTAA
** * *
13493317 TTTTAAGAATATTAATAAAATAGAATATGTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAATAAAAACAATTG
384 TTTTAAGAATATTAATAAAATAGAATATGTTATTTCAAATAAGTTACTAAGAATAAAAACAATTA
** * * * *
13493382 TTTTGTGACAAAACAAAAGATCAAAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
449 TTTTACGACAAAACAAAAGATCAAAACGATTTAAAATAAAGAATTATTCAAATAGCCATAACCAT
* *
13493447 TTGTACTGGTCAGCCAATAAATTCAT
514 TTGAACTGGTCAGCAAATAAATTCAT
* **
13493473 TTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCTGAATA
1 TTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCCAAATA
* * * **
13493538 AGACTGTATGAATAGAAAAAACTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAAT
66 AGACTGTATGAAAAAAAAAAACTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAT
* * * *
13493603 AATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTAGTTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTT
131 AATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * * *
13493668 ACGTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATGAACA
196 ACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-AAACTTGTATGAACA
* *
13493733 AAAACATTTGTTTTATAAC-AGACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
260 AAAACATTTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
*
13493797 TCATAATTATTTG-AATTGGTTAGGCAAATAGAATT-GTTCTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGT
325 TCATAATTATTTGTAATT-GTTAGGCAAATAG-ATTCATT-TTTTAAATCTCTTAC-TATTAA-T
* * * ** * * *
13493860 TTTGA-AATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTTCGAATAAGTTACTAAGAACTTAAAA-AATT
385 TTTAAGAATATTAATAAAATAG-AATATGTTATTTCAAATAAGTTACTAAGAA-TAAAAACAATT
* * * * * *
13493923 ATTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACCA
448 ATTTTACGACAAAACAAAAGATCAAAACGATTTAAAATAAAGAATTATTCAAATAGCCATAACCA
* *
13493988 TTT-AACTAGTTCAGCAAATAAATTTAT
513 TTTGAACT-GGTCAGCAAATAAATTCAT
* * * * * *
13494015 TTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTCAGAA-ATTATTATATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
1 TTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCCAAATA
* * * *** * *
13494079 A-ACTTGTGTGAAAAAAAAATAATTGTTTTATGAGTTAACAAAAGGAT-GTAACAATTTGGAATA
66 AGAC-TGTATGAAAAAAAAA-AACTATTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACAATTTGAAATA
* * * * * * *
13494142 TATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACATATTAACTTTTCAAATCT
128 AATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* ** * * **
13494207 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAGGCTTGTATGA
193 TTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-AAACTTGTATGA
** * * * * *
13494272 TGAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAA
257 ACAAAAACATTTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * ** ** * ** * *
13494337 T-GACTATAATTATTCG-AACTAATATGATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTCAAATTTATCA
322 TAGTC-ATAATTATTTGTAATTGTTA-GGCAAA-TAGATTCATTTTTTAAATCTCTTA-CTATTA
* * * * * * * *
13494399 ATTTT-TGAAATATTAATAAAGTA-ATATAATTTTATTTCAAATAAACTT-TTATGTACT-GAAA
383 ATTTTAAG-AATATTAATAAAATAGA-AT-ATGTTATTTCAAAT-AAGTTACTAAG-AATAAAAA
* * * * * * * * * * * * **
13494460 CGATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAACAGAAAT
443 CAATTATTTTACGACAAAACAAAAGATCAAAACGATTTAAAATAAAGAATTATTCAAATAGCCAT
* * * ** * *
13494525 AACTATTTAAAGTTATTCAGTAAATAGATT--T
508 AACCATTTGAA-CTGGTCAGCAAATAAATTCAT
*** ** ***
13494556 TTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTTTTGAATGCTAATAAATTAGTATTA-TTATATTTTGAAT
1 TTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTACTT-TATTCCAAAT
* *** * * * * * ** *
13494616 AAG-CATGAATGAACTGAAATAATTATCTTT-TGACTAAACAAAAGATCAAAATGATTTGGAATA
65 AAGAC-TGTATGAAAAAAAAAAACTAT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * * *
13494679 GATAATTGTTCTAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAATTCAAAAAACACATTTA-TTTTTAAATC
128 AATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATC
** * * * * *
13494742 -----CTTATTAATTTTTGAAATAGTAACAAATTGGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTAT
192 TTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAA-AA-CTTGTAT
* * * * * * ** ** *
13494801 GAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAATG-TCATAACAATTTGAAATAGATAACAGTTT
255 GAACAAAAACATTTGTTTTATAACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * * *
13494865 AAATGGACATGATTATTTG-AACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATT
319 AAATAGTCATAATTATTTGTAA-TTGTTAGGCAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAC-TATT
* * * * * * * * * * * *
13494929 AATTTTTAGAAAAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCCCAATAAACTT-GTATGAATAGAAACA
382 AATTTTAAGAATATTAATAAAATAG-AATATGTTATTTCAAAT-AAGTTACTAAGAATAAAAACA
* * * * * * * * **
13494993 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATC-ATA--TTTTGAAATATATAATTGTTCAAATAATCATAA
445 ATTATTTTACGACAAAACAAAAGATCAAAACGATTTAAAATAAAGAATTATTCAAATAGCCATAA
* * * *
13495055 CTATTTGAACTTGCTCAGCAAATAGATTTAT
510 CCATTTGAAC-TGGTCAGCAAATAAATTCAT
* * * * ***
13495086 TATTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
1 TTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCCAAATA
* * ** *
13495151 AG-CTTGTAT-AAACAAAAACAATTGA-TTTATGAC-AAACAAATTGTCATAACGATTTGAA
66 AGAC-TGTATGAAA-AAAAAAAACT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
13495209 CTTCACTAGG
Statistics
Matches: 1394, Mismatches: 281, Indels: 129
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
528 47 0.03
529 1 0.00
530 15 0.01
531 204 0.15
532 9 0.01
533 27 0.02
534 60 0.04
535 3 0.00
536 10 0.01
537 89 0.06
538 41 0.03
539 79 0.06
540 238 0.17
541 87 0.06
542 399 0.29
543 83 0.06
544 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (539 bp):
TTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCCAAATA
AGACTGTATGAAAAAAAAAAACTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAT
AATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
ACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAAAACTTGTATGAACAA
AAACATTTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAATTATTTGTAATTGTTAGGCAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTAAG
AATATTAATAAAATAGAATATGTTATTTCAAATAAGTTACTAAGAATAAAAACAATTATTTTACG
ACAAAACAAAAGATCAAAACGATTTAAAATAAAGAATTATTCAAATAGCCATAACCATTTGAACT
GGTCAGCAAATAAATTCAT
Found at i:13497488 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 13496377--13498984 Score: 1876
Period size: 181 Copynumber: 14.6 Consensus size: 181
13496367 TATCATGAAG
* * * * * * **
13496377 ACTACTTTATTAATATTTCAAAAATCAATAAGCAAGAGATTTAAAAATTAAAGCTATTTTTTGAA
1 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA
** * * * *
13496442 CTGGTTTC-AATATTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTT-AAATCGTTATGACC-TTTGTT
66 CCAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* ** *
13496504 TTCTCATAAAA-AATTGTTTTTGATCATA-AGAGCTTATTC-GAATAAAAATAAT
129 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA-AGCTTATTCAGAAT-AAAATAAT
* * *
13496556 ACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GTCGA
1 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GA
* * * * * *
13496616 ACTAGTTCAAATATTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTATTT
65 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
13496681 AGTCATATAATAATTGTTCCAGTTCATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAAT
130 TGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
* * * * * * **
13496733 -GTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGGAAAAATAAATCTGTCTACCA
1 ACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTG
* * * * ** *
13496796 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAACAATATGACCATTTGTT
64 AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * * * *
13496861 TTGTCATTAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAT
129 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
* * *
13496914 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAATAATAAATCAGTTTATTGAA
1 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA
* * * * * * * *
13496975 TCAGTTCAAATAATTATGGCCATTT-AACCAACTATCTATTTCAAATCGTTATTATCTTTTGTTT
66 CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
13497039 TGTCTTAAAA-ATTTTTTTTTTCA--ACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
130 TGTCATAAAACA---ATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
* * * * *
13497091 ACTAATTTGTTAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTTCTGAA
1 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA
* * * ** * *
13497152 CCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAATATTTTATTCT
66 CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * ** * * *
13497217 ATTATAAAACAATTGTTTTTGTTCAAACAATCTTATTCAAAATAAAATAAT
131 GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
* * * * * *
13497268 ACTAATTTAGTAATA-TTCTGAAAATTAATAACTTAGAGA-TTAAAAAATAAATCCGTTTACCGA
1 ACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGA
** * * * * * * * * * *
13497331 ATTAGTTCAAACAATTAAGATTATATGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGGCCTTTTGTTT
65 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * ** * * *
13497396 TGTCATAAAATAATTATTTCAACTCATAAAAGCTTATTCAGAACAAAATAAA
130 TGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
* * * * **
13497448 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTGTTGAA
1 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA
* * * * **
13497513 CCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTATTTTTTGTTTT
66 CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* ** * * *
13497578 ATCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATACAAGTTTGTT---AATAAAATAAT
131 GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
* * * * * * **
13497626 ACTAAGTAATTAATATTT-AGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGCTTGCCAA
1 ACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGA
* * * * * * *
13497690 ATCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC--TT-TTA
65 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * * ** *
13497752 T-T--T-AAATAGTT-TTGACTGTTCATACTATTTTATTCAAAATAAAATAAT
130 TGTCATAAAACAATTGTT-TCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
* * * * * *** **
13497800 ACTAATTTAATAATATTCCAAAACTTAATAA-TCAAGAAAATTAAAAAATAAATCAAATTGTTGA
1 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGA
* * * * * *
13497864 ACCAGTACAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTT
65 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * * ** *
13497929 TGTCGTAGAACAATTGTTT-TGTTCATATAAGTTTATTTGGATTAAAATAAT
130 TGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
* * * * * * * *
13497980 ACTAATTTAATAACATTTTGAAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAACTTTGTTCACTAA
1 ACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGA
* * * * * * * * * *
13498044 AGCAATCCAAATGGTTAAGACTACTAGAATAATTATATATTGT-AAATCGTTTTGACCTTTTGCT
65 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT-TCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * * * * *
13498108 TAGTCATAAAACAACTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGGAATATATTAAT
129 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
* * * * **
13498161 ACTAATTTATTAACA-TTCAGAAGATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCA
1 ACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTG
* * * * * * * *
13498225 AACAAGTTCAAATAGTTATTG-TTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGCTATAACCTTTTGA
64 AACCAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * * * * *
13498289 TTTGTCAAAAAATAATTGTTTCAGTTAATACAAGTTTAGAT-GGAATAAAGTAAT
128 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAAT
* ** * * *
13498343 AATAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTCTTTATTGAA
1 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA
** * * * * * * * *
13498408 TTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGATTGATTATCTACTAT-AAATCGTTATGACATTTTGTTT
66 CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* ** * *
13498472 TGTCATAAAATAATTGTTT-TTTGTCATACAAGCTTATT-TGAAGAAAATAAT
130 TGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
* * * *
13498523 ACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAA
1 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA
* * * * * * * ** *
13498587 TCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATATCAAATTGTTAAAATC-TTTGTTTT
66 CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
** * *
13498651 GTCATAAAACAATTGCTTCTCA--TCATTGAAGCTTATTC-GATTAAAAATAAG
131 GTCATAAAACAATTG-TT-TCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAAT
* * * *
13498702 ACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAT
1 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA
* * ** * * * * * * *
13498767 CCAATTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCATTCTAACCTCTTGTTTA
66 CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * *
13498832 ATCATAAAATATTTGTTTCA-TATCTTACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAAT
131 GTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAAT
* * * * ** * * * *
13498883 CCAAATTTAATGAACA-TTCAAAAAATTAATAAACAAAATATTTGAAAAAATAAATCTGTCTACC
1 ACTAATTT-ATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACT
* * * *
13498947 GAACAAGGT-AAGATAGTTATTACTATTTGAACAATTAT
63 GAACCAGTTCAA-ATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
13498985 TTGTTTTGAC
Statistics
Matches: 1894, Mismatches: 460, Indels: 146
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.00
171 20 0.01
172 1 0.00
173 1 0.00
174 111 0.06
175 79 0.04
176 42 0.02
177 283 0.15
178 163 0.09
179 143 0.08
180 395 0.21
181 418 0.22
182 183 0.10
183 53 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA
CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
Found at i:13497553 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 13497521--13497553 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
13497511 AACCAGTTCA
13497521 AATAATTATAACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
13497539 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
13497554 CAAATCATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.03, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:13497621 original size:535 final size:533
Alignment explanation
Indices: 13496377--13499498 Score: 1614
Period size: 535 Copynumber: 5.9 Consensus size: 533
13496367 TATCATGAAG
* * * * *
13496377 ACTACTTTATTAATATTTCAAAAATCAATAAGCAAGAGATTTAAAAATTAAAGCTATTTTTTGAA
1 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT-TATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTATTGAA
** * * * *
13496442 CTGGTTTC-AATATTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTT-AAATCGTTATGA-CCTTTGTT
64 CCAG-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAATATCTAT-TTCAAATCGTTATTATCTTTTGTT
* * * * *
13496504 TTCTCATAAAAAATTGTTTTTGATCATA-AGAGCTTATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATA
127 TTATCATAAAAAATTGTTTTTGTTAATACA-AGCTTATT-AAAT-AAAATAATACTAATTTATTA
* * * * *
13496568 ATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACTAGTTCAAATATTTA
189 ATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTT-TCGAACCAATTCAAATAGTTA
* * * * * * *
13496633 AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTATTTAGTCATATAATAATTGT
253 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGT
* * * * *
13496698 TCCAGTTCATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAATGTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAA
318 TCCAGTTCAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATCTAATTTAGTAACATTCAAAAAATTAATAA
* * * * * *
13496763 GCATGAGATTTGGAAAAATAAATCTGTCTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
383 GCATGAGATTTGAAAAAATAAATCCGTCTACCAAACAAGTTCAAACAATTAAGACTATATGAACA
* * * **
13496828 ATTATCTATTTAAAAACAATATGACCATTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAA
448 ATTATCTATTTAAAAACAATATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTCATAAAA
* *
13496893 GCTTATCCAAAATAAAATAAT
513 GCTTATCCAAAACAAAATAAA
13496914 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T-TAA-TAAGAGATTTAAATAATAAATC-AGTTTATTGAA
1 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAA-AATAAATCTA-TTTATTGAA
* * * *
13496975 TCAGTTCAAATAATTATGGCCATTT-AACCAACTATCTATTTCAAATCGTTATTATCTTTTGTTT
64 CCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA-CAAATATCTATTTCAAATCGTTATTATCTTTTGTTT
* * * *
13497039 TGTC-TTAAAAATT-TTTTTTTTCAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTGTT
128 TATCATAAAAAATTGTTTTTGTT--A-ATACAAGCTTATT--AAATAAAATAATACTAATTTATT
* *
13497102 AATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTTCTGAACCAATTCAAATAGTT
188 AATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTTC-GAACCAATTCAAATAGTT
** *
13497167 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAATATTTTATTCTA-TTATAAAACAATT
252 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATT-TAGTCATAAAACAATT
*** * * **
13497231 GTTTTTGTTCAAACAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTGAAAATTAA
316 GTTCCAGTTCAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-CTAATTTAGTAACATTCAAAAAATTAA
* * * ** *
13497296 TAA-CTTAGAGA-TT-AAAAAATAAATCCGTTTACCGAATTAGTTCAAACAATTAAGATTATATG
380 TAAGCAT-GAGATTTGAAAAAATAAATCCGTCTACCAAACAAGTTCAAACAATTAAGACTATATG
* * **** * * *
13497358 AACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGGCCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAACTCAT
444 AACAATTATCTATTTAAAAACAATATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTCAT
* *
13497423 AAAAGCTTATTCAGAACAAAATAAA
509 AAAAGCTTATCCAAAACAAAATAAA
* *
13497448 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTGTTGAA
1 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTATAAGTAAGAGATTTA-AAAATAAATCTATTTATTGAA
* * * * *
13497513 CCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTATTTTTTGTTTT
64 CCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCGTTATTATCTTTTGTTTT
* * * *
13497578 ATCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATACAAGTTTGTT-AATAAAATAATACTAAGTAATTAATAT
129 ATCATAAAA-AATTGTTTTTGTTAATACAAGCTTATTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * *
13497642 TT-AGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGCTTGCCAAATCATTTCAAATAGTT
193 TTCA-AAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTG-TTTTCGAACCAATTCAAATAGTT
* * * *
13497706 TTGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTA--T--T--T-AAATAGTT-
252 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTG
* * * * ** * * * *
13497763 TTGACTGTTCATACTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAACTTAA
317 TT-CCAGTTCAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-CTAATTTAGTAACATTCAAAAAATTAA
* * * * ** **** * * * *
13497828 TAATCAAGAAAATT-AAAAAATAAATCAAAT-TGTTGAACCAGTACAAATAGTTAAGACTATATG
380 TAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATC-CGTCTACCAAACAAGTTCAAACAATTAAGACTATATG
** * **** * * * * * ***
13497891 AATGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTGTCGTAGAACAATTGTTT-TGTTCAT
444 AACAATTATCTATTTAAAAACAATATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTCAT
* * **** ** *
13497955 ATAAGTTTATTTGGATTAAAATAAT
509 AAAAGCTTATCCAAAACAAAATAAA
* * * * * * * * * * *
13497980 ACTAATTTAATAACATTTTGAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAACTTTGTTCACTAAA
1 ACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATTGAA
* * * ** * * * * * * * *
13498045 GCAATCCAAATGGTTAAGACTACTAGAATAATTATATATTGT-AAATCGTT-TTGACCTTTTG-C
64 CCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAATATCTATT-TCAAATCGTTATT-ATCTTTTGTT
* *** * * * *
13498107 TTAGTCATAAAACAACTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGGAATATATTAATACTAATTTATT
127 TTA-TCATAAAA-AATTGTTTTTGTTAATACAAGCTTATT--AAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * *
13498172 AACA-TTCAGAAGATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAA
188 AATATTTCA-AAAATTAAT----AAGAGATTT-AAAAAGTAAATCTGTTTTCGAACCAA-TTCAA
* * * * *
13498236 ATAGTTATTG-TTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGCTATAACCTTTTGATTT-GTCAAAA
246 ATAGTTA-TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTT-ATTTAGTCATAA
* * * * ** * * * *
13498299 AATAATTGTTTCAGTT-AATACAAGTTTAGAT-GGAATAAAGTAATAATAATTTATTAATATTTC
309 AACAATTGTTCCAGTTCAA-ACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAAT-CTAATTTAGTAACA-TTC
** * * * * *** ** * *
13498362 -CTAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAAATAAATCTC-TTTATTGAATTAGTTAAAATAATTA
370 AAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATC-CGTCTACCAAACAAGTTCAAACAATTA
* * * * *** * * ** *
13498424 TGGCCATTTGATTGATTATCTA-CTATAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
434 AGACTATATGAACAATTATCTATTTA-AAAACAATATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* **** * *** * *
13498487 GTTTTTTGTCATACAAGCTTAT-TTGAAGAAAATAAT
497 ATTTCAACTCATAAAAGCTTATCCAAAACAAAATAAA
* * * * * *
13498523 ACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAA
1 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATTGAA
* * * * * * * * **
13498587 TCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATATCAAATTGTTAAAATC-TTTGTTTT
64 CCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCGTTATTATCTTTTGTTTT
* * * ** * ** * * * *
13498651 GTCATAAAACAATTGCTTCTCATCATTGAAGCTTATTCGATTAAAAATAAGACTAATTTAATAAT
129 ATCATAAAA-AATTGTTTTTGTTAATACAAGCTTATT-AAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
13498716 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGATCCAATTTAAATAGT
191 ATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTT-TCGAACCAATTCAAATAGT
** * * ** * * * * * *
13498781 TAAAACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCATTCTAACCTCTTGTTTAATCATAAAATATTT
251 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATT
* ** * * *
13498846 GTTTCA-TATCTTACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATCCAAATTTAATGAACATTCAAAAAATT
316 GTTCCAGT-TCAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-CTAATTTAGT-AACATTCAAAAAATT
* ** * * * * *
13498910 AATAAACAAAATATTTGAAAAAATAAATCTGTCTACCGAACAAGGT--AA-GA-T-AG----T-T
378 AATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATCCGTCTACCAAACAAGTTCAAACAATTAAGACTATAT
* * * * *
13498965 -----ATTA-CTATTT--GAACAAT-T----ATTTGTTTTGACAAAAAACAATTGTTTCAATTCA
443 GAACAATTATCTATTTAAAAACAATATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTCA
* *
13499017 TAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAT
508 TAAAAGCTTATCCAAAACAAAATAAA
* * * * * ***
13499043 ACTAATTTTTTAATATTTCCAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTACAAA
1 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTT--AAAAATAAATCTATTTATTGA
* * * * * * * * * * * * **
13499107 ACAAATTCAAGTAGTTATCATTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTGC
63 ACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCGTTATTATCTTTTGTTT
* * ** * * *
13499172 TATTATAAAATAATGGTTTCAGTTCATACAAACTTATTTGACATAAAATAATACTAA-TTATTAA
128 TATCATAAAA-AATTGTTTTTGTTAATACAAGCTTA-TT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
13499236 TATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATGAATCTATTTATCGAATCAGTTC-AA-A-TTAT
190 TATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTT-TCGAACCAATTCAAATAGTTAT
* * * * * ** * * * ** * *
13499298 GTCCATTTCAACAATTATCTATTTTAAATCATTATTACTTTTTGTTT-GATCATATGACAACTAT
254 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTAG-TCATAAAACAATTGT
*** * * *
13499362 T-TTTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAGTAT-TAATTTATTAATCTTTC-AAAAATTAA
318 TCCAGTTCAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATA--ATCTAATTTAGTAA-CATTCAAAAAATTAA
* * ** * * * * * *
13499424 TAAGTAGGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTATCAAACTAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTG
380 TAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATCCGTCTACCAAAC-AAGTTCAAACAATTAAGACTATATG
13499487 AACAATTATCTA
444 AACAATTATCTA
13499499 CTTCAAATCG
Statistics
Matches: 2022, Mismatches: 449, Indels: 238
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
511 21 0.01
512 22 0.01
513 38 0.02
514 49 0.02
515 4 0.00
516 3 0.00
517 31 0.02
518 3 0.00
519 36 0.02
520 21 0.01
521 108 0.05
522 42 0.02
523 4 0.00
524 3 0.00
526 7 0.00
527 8 0.00
531 8 0.00
532 217 0.11
533 166 0.08
534 157 0.08
535 245 0.12
536 97 0.05
537 30 0.01
538 95 0.05
539 97 0.05
540 118 0.06
541 105 0.05
542 111 0.05
543 153 0.08
544 22 0.01
545 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (533 bp):
ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTATTGAACC
AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCGTTATTATCTTTTGTTTTAT
CATAAAAAATTGTTTTTGTTAATACAAGCTTATTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTTCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATT
TGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTCCAGTTC
AAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATCTAATTTAGTAACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGA
TTTGAAAAAATAAATCCGTCTACCAAACAAGTTCAAACAATTAAGACTATATGAACAATTATCTA
TTTAAAAACAATATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTCATAAAAGCTTATCC
AAAACAAAATAAA
Found at i:13499819 original size:321 final size:324
Alignment explanation
Indices: 13499396--13500003 Score: 712
Period size: 321 Copynumber: 1.9 Consensus size: 324
13499386 ATAAAATAGT
* *
13499396 ATTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAA
1 ATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAA
* * * *
13499461 CTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATCGTTATAACCCTTTGTTAT
66 CCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATCATTATAACCCTTTGTT-T
* * * *
13499526 T-TCATGAAGCAATTATTTCTATT-CAT-AGTTTATTCAAAATAAAATAGTAATAATCTAATAAA
130 TGTCATAAAACAATTATTTCTATTACATAAGTTCATTCAAAATAAAATAATAATAATCTAATAAA
* ** * *
13499588 ATTAAAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTTGCTAAACTAGTTCAAATTG
195 ATTAAAAAAATTAATAACTAAAAGATTT-AAAAATAAA-TTGCTTAAC-AAACGAGTTCAAATAG
* * *
13499652 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAACTCATTGAAGCTTATTTCGAATAGAAT
257 TTATGACTTTTAGTTCTATCATAAAACAATTTTTTCAACTCATTGAAGCTTATTTCGAATAGAAT
13499717 AAA
322 AAA
* * **
13499720 ATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAG-A-GA-TTTTGGAAAAT-AATTATATTTA-CTA
1 ATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATT-TATTTATC-A
* * * * **
13499780 AACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTT
64 AACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATCATTATAACCCTTTGTT
* * * * * * *
13499845 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTCATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
129 TTGTCATAAAACAATTATTTCTATT-ACATAAGTTCATTCAAAATAAAATAATAATAATCTAATA
* * * * * *
13499910 ATATTTAAAAAATTAATCAGTAAAAGATTTAAAAGTAAATTGCTTAACAAACGATTTCAAATAGT
193 AAATTAAAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAATAAATTGCTTAACAAACGAGTTCAAATAGT
*
13499975 TATGACTTTTAGTTCTATTATAAAACAAT
258 TATGACTTTTAGTTCTATCATAAAACAAT
13500004 AGTTTCTGTT
Statistics
Matches: 235, Mismatches: 42, Indels: 16
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
320 7 0.03
321 86 0.37
322 44 0.19
323 14 0.06
324 84 0.36
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (324 bp):
ATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAA
CCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATCATTATAACCCTTTGTTTT
GTCATAAAACAATTATTTCTATTACATAAGTTCATTCAAAATAAAATAATAATAATCTAATAAAA
TTAAAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAATAAATTGCTTAACAAACGAGTTCAAATAGTTAT
GACTTTTAGTTCTATCATAAAACAATTTTTTCAACTCATTGAAGCTTATTTCGAATAGAATAAA
Found at i:13499822 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 13499790--13499822 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
13499780 AACCAGTTCA
13499790 AATAATTATAACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
13499808 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
13499823 CAAATCATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.03, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:13500223 original size:165 final size:166
Alignment explanation
Indices: 13500006--13500334 Score: 445
Period size: 165 Copynumber: 2.0 Consensus size: 166
13499996 AAAACAATAG
* * * *
13500006 TTTCTGTTCATATAAGCTTATTCAGATTAAAGTTATTCTATTTTATTAATATTTTGACAAT-TAA
1 TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATTATTCTATTTTATTAATATTTTGACAATAT-A
* * * *
13500070 TAGGTAAAAAATTTT-GAAAATAAATATGTTTATTGCACT-AGATCAAATAGTCAT-ACTACCTG
65 TAAGT-AAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTATCG-AATAAGATCAAATAGTCATGACTACCTG
13500132 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTAA
128 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTAA
*
13500171 TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATT-TA-TTTATTAATATTTTGATAATAT
1 TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAAT--TATTCTATTTTATTAATATTTTGACAATAT
* * **
13500234 ATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTCATGATTATTTGA
64 ATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAATAAGATCAAATAGTCATGACTACCTGA
*
13500299 ATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTT
129 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
13500335 TCGTAATAAA
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 14, Indels: 11
0.85 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
164 11 0.08
165 85 0.59
166 44 0.31
167 4 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (166 bp):
TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATTATTCTATTTTATTAATATTTTGACAATATAT
AAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAATAAGATCAAATAGTCATGACTACCTGAAT
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTAA
Found at i:13500492 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13500247--13500595 Score: 450
Period size: 180 Copynumber: 1.9 Consensus size: 180
13500237 AGTAAAAATT
* * * * * * **
13500247 TTAAAAAATAAATATGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTATCTATT
1 TTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGAGTATCTAAAAAAAAATCTATT
* * *
13500312 TCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTCGTAATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTA
66 TCAAAACATTATGA-CTTTTGTTTCGTAATAAAACAATTGGTTT-AGTTCATACAAGCTTATTTA
13500376 AAATAAAAAAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAGAGTACGAGAA
129 AAATAAAAAAAT-CTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAGAGTACGAGAA
* * *
13500428 TTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAGTATCTAAAAAAAAATCTATT
1 TTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGAGTATCTAAAAAAAAATCTATT
* * * * * **
13500493 TCAAAACATTATGACTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTTATTTCCA
66 TCAAAACATTATGACTTTTGTTTCGTAATAAAACAATTGGTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAA
* *
13500558 ATAAAATAATGTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
131 ATAAAAAAATCTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
13500596 TACGTAAAAT
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 23, Indels: 5
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
179 1 0.01
180 72 0.50
181 70 0.49
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
TTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGAGTATCTAAAAAAAAATCTATT
TCAAAACATTATGACTTTTGTTTCGTAATAAAACAATTGGTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAA
ATAAAAAAATCTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAGAGTACGAGAA
Found at i:13500586 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 13500177--13500595 Score: 454
Period size: 181 Copynumber: 2.3 Consensus size: 181
13500167 TTAATTTCTA
* * * * * ** * *
13500177 TTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTTATTTATTAATATTTTGATAATATATA-AGTA
1 TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT-TAAAGAGTA
* * * * * * * *
13500241 --AAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTCATGATTATTTGAATAAT
65 CGAGAA--TTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGAGTATCTAAAAAAA
* * *
13500304 TATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTCGTAATAAAACAATTGTTTCAG
128 AATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTCGTAATAAAACAATTGTTTCAG
*
13500358 TTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAGAGTAC
1 TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAGAGTAC
* * *
13500423 GAGAATTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAGTATCTAAAAAAAAAT
66 GAGAATTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGAGTATCTAAAAAAAAAT
* * * *
13500488 CTATTTCAAAACATTATGA-CTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TG
131 CTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTCGTAATAAAACAATT-GTTTCAG
* ** * *
13500538 TTCATGCAAGCTTATTTCCAATAAAATAAT-GTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
1 TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAAAAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
13500596 TACGTAAAAT
Statistics
Matches: 199, Mismatches: 34, Indels: 11
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 1 0.01
180 75 0.38
181 120 0.60
183 3 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAGAGTAC
GAGAATTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGAGTATCTAAAAAAAAAT
CTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTCGTAATAAAACAATTGTTTCAG
Found at i:13500659 original size:144 final size:145
Alignment explanation
Indices: 13500501--13500764 Score: 349
Period size: 145 Copynumber: 1.8 Consensus size: 145
13500491 TTTCAAAACA
* * * * *
13500501 TTATGA-CTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTGTTC-ATGCAAGCTTATTTC-CAATAAA
1 TTATGACCATTTTTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTGTTCTA-ACAAGCTTA-TTCGAAATAAA
* * * * *
13500563 ATAAT-GTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATACGTAAAA-TTTTAAAAAATAAATCTATTT
64 ATAATACT-AATTTATTAATA-CTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
13500626 TCTGAATTCATTTAAATAG
127 TCTGAATTCATTTAAATAG
* *
13500645 TTATGACCATTTTTTTTGTCATAAACCAATTTATTCTGTTCTAACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
1 TTATGACCATTTTTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTGTTCTAACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
13500710 AATACTAATTTATTAATACTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
66 AATACTAATTTATTAATACTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
13500765 ATGTTTATCA
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 12, Indels: 9
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
144 27 0.26
145 74 0.72
146 2 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (145 bp):
TTATGACCATTTTTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTGTTCTAACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATACTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTG
AATTCATTTAAATAG
Found at i:13500788 original size:145 final size:144
Alignment explanation
Indices: 13500501--13500801 Score: 328
Period size: 145 Copynumber: 2.1 Consensus size: 144
13500491 TTTCAAAACA
* * * * *
13500501 TTATGA-CTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTTATTTCCAATAAAAT
1 TTATGACCATTTTTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAAT
* * * * * * *
13500565 AATGTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATACGTAAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTTCTG
66 AATCTAAATTTATTAATATCTAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAA-CTATTTTATC
* *
13500630 AATTCATTTAAATAG
130 AATGCATTCAAATAG
* *
13500645 TTATGACCATTTTTTTTGTCATAAACCAATTTATTCTGTTC-TAACAAGCTTA-TTCGAAATAAA
1 TTATGACCATTTTTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTGTTCAT-ACAAGCTTATTTC-AAATAAA
13500708 ATAATACT-AATTTATTAATA-CTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TATGTT
64 ATAAT-CTAAATTTATTAATATCTAAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAACTAT-TT
13500770 TATCAA-GCAAGTTCAAATAG
126 TATCAATGC-A-TTCAAATAG
*
13500790 TTATGACTATTT
1 TTATGACCATTT
13500802 GAACAATTAT
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 17, Indels: 15
0.80 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
143 4 0.03
144 35 0.27
145 92 0.70
146 1 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (144 bp):
TTATGACCATTTTTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAAT
AATCTAAATTTATTAATATCTAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAACTATTTTATCA
ATGCATTCAAATAG
Found at i:13500838 original size:505 final size:504
Alignment explanation
Indices: 13500182--13501128 Score: 1137
Period size: 505 Copynumber: 1.9 Consensus size: 504
13500172 TTCTATTCAT
* * * ** *
13500182 ACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTTATTTATTAATATTTTGATAATATATAAGTAAAAATT
1 ACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATCTAAAAAATATATAAGTAAAAATT
* * *
13500247 TTAAAAAATAAATATGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTATCTATT
66 TTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * *
13500312 TCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTCGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTA
131 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATAATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTA
*
13500376 AAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAA-AGAG-TACGAGAATTAAAAAATG
195 AAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTGT-AAAAATTAATA-AGTTA-AAGAATTAAAAAATG
* * **
13500438 AATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAGTATCTAAAAAAAAATCTATTTCAAAACATT
257 AATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATGACCATCTAAAAAAAAATCTATTTCAAAACATT
* * * * ** *
13500503 ATGAC-TTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTC-CAATAAAAT
322 AAGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAAATTA-TTCAAAATAAAAT
* *
13500565 AAT-GTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATACGTAAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTTCT
385 AATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AAA-TTTAAAAAATAAATCTATTTTCT
13500629 GAATTCATTTAAATAGTTATGACCATTTTTTTTGTCATAAACCAATTTATTCTGTTCTA
446 GAATTCATTTAAATAGTTATGACCATTTTTTTTGTCATAAACCAATTTATTCTGTTCTA
13500688 ACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-CTAAAAAAT-TAATAAGTAAAAG
1 ACAAGCTTATTC-AAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATCTAAAAAATAT-ATAAGTAAAA-
* *
13500750 A-TTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT
63 ATTTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * * * *
13500813 TATTTCACATTGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTAT
127 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATAATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTAT
** * * * * * * * * *
13500878 TTTGAATAAAATAATATTAATTTGTTATTATTGTAAACATTAATAAGTTAAAGATTTTAAAATTT
192 TTAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTGTAAAAATTAATAAGTTAAAGAATTAAAAAATG
* * ** ** * *
13500943 AATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATGTCCATTTAAACTATTATCTATTTTAAATCATT
257 AATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATGACCATCTAAAAAAAAATCTATTTCAAAACATT
* *
13501008 AAGACATTTTGTTTTGTCTTAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAAATTATTCAAAATAAAATAA
322 AAGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAA
* * *
13501073 TACTAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAGACATTTAAAAACTAAATCTATTT
387 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTT
13501129 GTCAAACCAG
Statistics
Matches: 369, Mismatches: 60, Indels: 27
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
503 19 0.05
504 5 0.01
505 231 0.63
506 110 0.30
507 4 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (504 bp):
ACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATCTAAAAAATATATAAGTAAAAATT
TTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATT
TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATAATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTAA
AATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTGTAAAAATTAATAAGTTAAAGAATTAAAAAATGAATT
TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATGACCATCTAAAAAAAAATCTATTTCAAAACATTAAGA
CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACT
AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAATTCATTT
AAATAGTTATGACCATTTTTTTTGTCATAAACCAATTTATTCTGTTCTA
Found at i:13500965 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 13500635--13502027 Score: 1092
Period size: 181 Copynumber: 7.8 Consensus size: 179
13500625 TTCTGAATTC
* * * *
13500635 ATTT-AAATAGTTATGACCATTTT-TTTTGTCATAAACCAATT-TATTCTGTTC-TAACAAGCTT
1 ATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTAT-TTCTATTCAT-ACAAGCTT
* * *
13500696 ATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
63 ATTCTG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAA
* * *
13500760 TAAATATGTTTATCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTT
126 TAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * *
13500814 ATTTCACATTGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATT
1 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * * * * *
13500879 TTGAATAAAATAATATTAATTTGTTATTATTGTAAACATTAATAAGTTAAAGATTTTAAAATTTA
66 CTGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * *
13500944 ATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATGTCCATTTAAACTATTATCT
129 ATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * * **
13500995 ATTTTAAATCATTAAGACATTTTGTTTTGTCTTAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAAATTATT
1 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT
** * * * *
13501060 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAG---ACATTTAAAAACTAAA
66 CTGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * *
13501122 TCTATTTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATGT
130 TCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * *
13501172 ATATCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCCT-AAA-AA--ATTTGT-TT-ATACAAGTTTATT
1 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * * * *
13501230 CTGAGTAAAATATTGTTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAGTAAGT-AAGAATTTAAAAAATAA
66 CTGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAG-ATTTAAAAAATAA
* * * * * *
13501294 ATGTGTTTGTCGAACCAA-TGCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCT
129 ATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * * *
13501345 ATTTCAAATCGTTTTGGCCTTTTGTTTAACCATAAAATAATTGTTTCAATTTATACATGCTTATT
1 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT
** * * * * * *
13501410 CAAAATAAAATAATACTAATTTATGAACATTCAGAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAAAAT
66 CTGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAA-AGATTT--AAAAAAT
* *
13501475 AAATCTGCTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCT
127 AAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * *
13501528 ATTTAAAATTGTTATGACCTTTTTATTTTATCATAAAACATTTGTTTCAATTCATAAAAGCTTA-
1 ATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * * *
13501592 TATGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAACA
65 TCTG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAA-A
*** * * * * * *
13501657 TAAATGAATTTATTGAATC-AGTTCAAATAATTAT-AGCCATTTGAGCAATTATTT
126 TAAATCTGTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
13501711 ATTTTAAATCATTATGAACTTTTGTTTTTTCATAAAACAATGGTTTTTC-A-TCATACAAGCCTA
1 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT--TATTTCTATTCATACAAGCTTA
*
13501774 TT-TGGAATAAAATAATATTAA-TT-TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTTAAAAAA
64 TTCT-GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAA
** * * * *
13501836 TAAATCTGTTTATTGAACAAATTCAAATTGCTATGACTATTTGAACAATTATTT
126 TAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * ** * *
13501890 ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATTATTATATCTATTCACACAAGCTTATT
1 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT
*** * * * ** * *
13501955 AAAAAAAAAATAATGTTAATGTAAAAATA-TTAGGAAAATTAACAACTAAGAGATTTAAAAAATA
66 CTGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTA--AAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATA
*
13502019 AATTTGTTT
128 AATCTGTTT
13502028 GCTGAACCAG
Statistics
Matches: 951, Mismatches: 215, Indels: 94
0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 44 0.05
171 3 0.00
172 5 0.01
173 64 0.07
174 15 0.02
175 6 0.01
176 14 0.01
177 69 0.07
178 7 0.01
179 113 0.12
180 143 0.15
181 206 0.22
182 59 0.06
183 117 0.12
184 82 0.09
185 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT
CTGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAAT
CTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
Found at i:13501421 original size:350 final size:356
Alignment explanation
Indices: 13500688--13502027 Score: 1014
Period size: 350 Copynumber: 3.7 Consensus size: 356
13500678 TTCTGTTCTA
* * * *
13500688 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
1 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTCAAAAATTAATAAG---AA-ATT
* * * *
13500753 TAAAAAATAAATATGTTTATCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT
62 TAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATGTATAT
* ** *
13500818 CACATTGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTTGA
127 CAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-TATTTCTATTCATACAAGTTTATTCTGA
* ** * * * * * * *
13500883 ATAAAATAATATTAATTTGTTATTATTGTAAACATTAATAAGTTAAAGATTTTAAAATTTAATTT
191 ATAAAATAATATTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATGT
* * * *
13500948 GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATGTCCATTTAAACTATTATCTATTTTAAATCATTAAGAC
256 GTTTACCAAACAAGTGCAAATAGTAATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGAC
*** * *
13501013 ATTTTGTTTTGTCTTAAAACAATTGTTTCTATTCAT
321 ATTTTGTTTAACCATAAAACAATTGTTTCAATTCAT
* ** *
13501049 ATAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAGACATTTAA
1 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTA-TTCAAAAATTAATAAGAAATTTAA
* * * *
13501114 AAACTAAATCTATTTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATGTATATCAA
65 AAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATGTATATCAA
* * * *
13501179 ATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCCT-AAA-AA-ATTTGT-TT-ATACAAGTTTATTCTGAGTAA
130 ATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATATTTCTATTCATACAAGTTTATTCTGAATAA
* * *
13501238 AATATTGTTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAGTAAG-T-AAGAATTTAAAAAATAAATGTGTT
195 AATAATATTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAAAG-ATTTAAAAAATAAATGTGTT
* * * * * ** *
13501301 TGTCGAACCAA-TGCAAATAGTTAA-GACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGGC
259 T-ACCAAACAAGTGCAAATAG-TAATGACCATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGAC
* * *
13501363 CTTTTGTTTAACCATAAAATAATTGTTTCAATTTAT
321 ATTTTGTTTAACCATAAAACAATTGTTTCAATTCAT
* *
13501399 ACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATGAAC-ATTCAGAAAATTAATAAGCAAGAAA
1 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT-TACTATTCA-AAAATTAAT----AAGAAA
* * *
13501463 TTTAAAAAAAATAAATCTGCTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCT
60 TTT--AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATGT
* * ** * * * * * * *
13501528 ATTTAAAATTGTTATGACCTTTTTATTTTATCATAAAACATTTGTTTCAATTCATAAAAGCTTA-
123 ATATCAAATCATTATGATC-TTTTGTTTTATCATAAAACA-ATATTTCTATTCATACAAGTTTAT
* ** * * * * *
13501592 TATGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAACA
186 TCTG-AATAAAATAATATTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAA-A
** ** * * * * * * * *
13501657 TAAATGAATTTATTGAATC-AGTTCAAATAATTAT-AGCCATTTGAGCAATTATTTATTTTAAAT
249 TAAATGTGTTTA-CCAAACAAGTGCAAATAGTAATGA-CCATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT
* *** *
13501720 CATTATGA-ACTTTTGTTTTTTCATAAAACAATGGTTTTTC-A-TCAT
312 CATTAAGACA-TTTTGTTTAACCATAAAACAAT--TGTTTCAATTCAT
* *** * *
13501765 ACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATATTAA-TT-TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTT
1 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTA-TTCAAAAATTAATAAG-AA-A--T
** * * * * *
13501828 TTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAATTCAAATTGCTATGACTATTTGAACAATTATTTATT
61 TTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATGTATA
** * * * * * * * * ***
13501893 TCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATTATTATATCTATTCACACAAGCTTATTAAA
126 TCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAA-CAATATTTCTATTCATACAAGTTTATTCTG
* * * *** * *
13501958 AAAAAAATAATGTT-AATGTAAAAATATTAGGAAAATTAACAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAA
190 AATAAAATAATATTAAAT-TAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAA
*
13502021 TTTGTTT
253 TGTGTTT
13502028 GCTGAACCAG
Statistics
Matches: 772, Mismatches: 164, Indels: 87
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
349 10 0.01
350 121 0.16
351 59 0.08
352 2 0.00
353 5 0.01
354 8 0.01
355 2 0.00
356 70 0.09
357 11 0.01
358 82 0.11
359 4 0.01
360 16 0.02
361 110 0.14
362 90 0.12
363 6 0.01
364 56 0.07
365 20 0.03
366 92 0.12
367 3 0.00
368 5 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (356 bp):
ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAA
AAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATGTATATCAAA
TCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATATTTCTATTCATACAAGTTTATTCTGAATAAA
ATAATATTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTA
CCAAACAAGTGCAAATAGTAATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGACATTTT
GTTTAACCATAAAACAATTGTTTCAATTCAT
Found at i:13504165 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13503979--13504481 Score: 440
Period size: 180 Copynumber: 2.8 Consensus size: 180
13503969 TTATTTTATG
* *
13503979 ACAAAATAAAGATCATAAAGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATGAA-TATTTGAACT
1 ACAAAATAAAGATCATTATGATTTGA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACT
* *
13504043 AT-TTCGGTAAATAGATTTTGTTTTTAAATCT-CTTATTAATTATCAAAATATTAATAGATTAGT
64 -TGTTCGGTAAATAGATTTT-TTTTTAAATCTACTTATTAATTATCAAAATACTAATAAATTAGT
* ** * *
13504106 ATTA-TTT-TTTCTGAATAATTTTACATGAACAAAAACAATTGCTTTACGATAAA
127 ATTAGTTTATTTC-AAATAAAATTACATGAACAAAAACAATTACTTTACGACAAA
* * * *
13504159 ACAAAAT---G-TCATTATGATTTGAAATAGAT-ACTAGTTCAAATGGACATAACTATTTAAACT
1 ACAAAATAAAGATCATTATGATTTG-AATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
13504219 TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAATTA
64 TGTTCGGTAAATAGATTT-TTTTTTAAATCT---ACTTATTAATTATCAAAATACTAATAAATTA
** * * * *
13504284 GTATTAGTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAA
125 GTATTAGTTTATTTCAAATAAAATTACATGAACAAAAACAATTACTTTACGACAAA
* * *
13504340 AC---A-AAAGACCATTATGATTTGAATAAATAATTATTCCAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
1 ACAAAATAAAGATCATTATGATTTGAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * *** **
13504401 CTCGATAAATAGATTTACTTTTTAAATCTTCTACTTATTATTTTTTGGAATTTTAATAAATTAGT
66 TTCGGTAAATAGATTT-TTTTTTAAA---TCTACTTATTAATTATCAAAATACTAATAAATTAGT
*
13504466 ATTATTTTATTTCAAA
127 ATTAGTTTATTTCAAA
13504482 AAAGCTTTTA
Statistics
Matches: 265, Mismatches: 39, Indels: 38
0.77 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
175 6 0.02
176 63 0.24
177 3 0.01
178 1 0.00
180 135 0.51
181 50 0.19
182 4 0.02
183 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ACAAAATAAAGATCATTATGATTTGAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
TTCGGTAAATAGATTTTTTTTTAAATCTACTTATTAATTATCAAAATACTAATAAATTAGTATTA
GTTTATTTCAAATAAAATTACATGAACAAAAACAATTACTTTACGACAAA
Found at i:13504515 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13502080--13506583 Score: 2927
Period size: 181 Copynumber: 25.2 Consensus size: 180
13502070 CAACAATTAA
* * * * * *
13502080 ATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTTGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * ** * * * * * *
13502145 CAAATAAAATAGTATAAATAGAACCAATTATTTGATAACCAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAA
65 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * ** *
13502210 ATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAGCAG
130 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAG
* ** *
13502261 ATTTACTTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * *
13502326 TCAAAGAAACTTATATTAATA-AAAACAATTATTTTATGACAAAATAAATA-ATAATAATGATTT
64 TCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTT
* * * * * * * **
13502389 GAACTAGATAATTGTGCAAATAGTTATGATTATTTG-ATTTAGTTTC-ATAAGTAG
127 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-G-TTCGATAAACAG
* * * * * *
13502443 AATTATTTTTTAAATCT-T--TTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTA-TTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * **
13502504 TGAATAAGCTTCTATGAGCT-TAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTT-A
66 -AAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * * * *
13502567 GAATAAATAATTTTTCATATAGTCTTAATTGTTTGAACTGGTTCGACAAACGG
129 -AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAG
* * * * * *
13502620 ATTTAGTTTTTAAATCTTATAGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTATTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATC-TCTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * **
13502685 CGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAGCAAATA--TTATAACAATTTGA
65 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGA
* * * * * *
13502748 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGATCAACAAACAA
129 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAG
* * * * *
13502800 ATTTCTATTTTAAA--TCT-CTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTT-
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * *
13502861 AGAAAAAGCTTGTATG--TTGAAAACAATTGTTTTATGACGAAACAAAAGGTAATAATGATTTAA
66 A-AATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * *** * * * **
13502924 AATAGATAGTTGTTTAAATGGCCATGGTTGTTTGAA-TTGATTTGTTAGGCTA-
129 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAAC-AG
* * *
13502976 ATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTAC-TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * * * *
13503041 TGAATAAGCTTTTTTGAACTA-AAACACTTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTTA
65 CAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* *
13503105 AATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAACAG
129 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAG
* * * * *
13503157 ATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAACATCAATAAATTAATATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTT-AAATCTC-TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * *
13503222 TCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTATATTACTAAACAAAAAGTCAAAATGATTTGA
64 TCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * **
13503287 AATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TAGATTCAACAAACCC
129 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAG
* ** * * *
13503339 ATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTATCAGAATATTATTAAATGAGTATTATTTT-TATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TT
* * * **
13503400 CAAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAAC-AATGACCATAAT-AGTTTG
65 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTG
* * * * * *
13503462 AGATCA-ATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAGTGGTTCAGA-AAACA-
128 AAAT-AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAG
* * * * * *
13503514 ACTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCATATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTTTT
1 A-TTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
13503579 TCAGATAAGTTTTTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTT
64 TCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTT
* * * * * * *
13503643 -AAATAGATAACTGTTCAAATAGTCA-AATTTATTTCAACTTGTTTGGTAAATAG
127 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCGATAAACAG
* * * *
13503696 ATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
1 ATTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * *
13503760 CTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAACGATTTG
65 C-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * ** * *
13503824 AAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAAAAC
128 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAG
** * * * *
13503877 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTACCAACTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTGA-A
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * *
13503941 TGAAATAAGCATGTATGAAAAGAAACACTTATTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAAAGATTTGA
64 TCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * *
13504005 GATAGATAATTATTCAAATAGTCATGAA-TATTTGAACTAT-TTCGGTAAATAG
129 AATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACT-TGTTCGATAAACAG
* *** *
13504057 ATTT-TGTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTATCAAAATATTAATAGATTAGTATTA-TTT-TTT
1 ATTTAT-TTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** ** * * * * * *
13504116 CTGAATAATTTTACATGAACA-AAAACAATTGCTTTACGATAAAACAAAATGTCATTATGATTTG
65 C-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * *
13504180 AAATAGAT-ACTAGTTCAAATGGACATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAG
128 AAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAG
* * * *
13504233 ATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAATTAGTATTAGTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * ** *
13504298 CAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGACCATTATGATTTG-A
65 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * *
13504362 ATAAATAATTATTCCAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGATAAATAG
130 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAG
* * *
13504413 ATTTACTTTTTAAATCTTCTACTTATTATTTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATC-TCTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * **
13504478 CAAAAAAGCTTTTATGAATAGAAAAAACTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTGAA
65 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * ** * **
13504543 ATAGATAATTCTTCAGATAGTCATAAC-ATTTG-AGTGTGCTAAAAAAACTT
130 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGATAAACAG
* * * * * *
13504593 ACTTATTTTTTAAAAT-TTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-AATGATTTTA-T
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
* * ** *
13504655 TCGAAATAAGCTTGCATGGATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATG-TTCT
64 TC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT-T
* * * * *
13504719 GAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAT
127 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAG
** * * * *
13504773 ATTCCTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTACTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * ** * *
13504838 CAAATAAGCTTATATGAATTA-AAACAAGTGTTTTATTTCAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGA
65 CAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * *
13504902 AATAGATAATTATTCAAATATTCATGACTATTTGAACTAGTT-TAGTAAACAT
129 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAG
* * *** * * * * *
13504954 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTATGAATTAATATTCTTTTA-AT
1 ATTTATTTTTTAAATC-TCTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * ** *
13505018 CTGAATAAACTTATATGAATATAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAAGTTGA
65 C-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* ** * * **
13505083 AA-A-ATAATTACTCAAATAACCATAACGATTTGAA-TGTTTTTTATAAACAG
129 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGATAAACAG
* * *
13505133 ATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA
1 ATTTATTTTTTAAATC-TCTACTTATTAATT-T-TTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
* * * * *
13505195 -TTCGAAATAAGCTTAG-AT-AACAGAAAAAAATTCTTTTATGACAAAATAAAAAGGTTATAGCT
62 TTTC-AAATAAGCTT-GTATGAATAG-AAAAAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATA-AT
* * *
13505257 -ATTTCAAATACAT-A--ATT---AT--T--TAAC--TTTG----T-TTAG-TAAACAG
122 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAG
* * * *
13505297 AGTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATAAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTC--TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAT
** * * * * ** * ***
13505361 TTGGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTCTTTTATGATGAAGCAAAAGGTCATAGCAATTTG
63 TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * *
13505426 AAATAGATAATTATTCAAATTGTCATGATTATTTGATCTAGTGT-GGTAAACAT
128 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TCGATAAACAG
* * * * * * ** * *
13505479 ATTTGTTTTTAAAATTTTTTACTTATCAATTGTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAA-TCTCTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * *
13505544 CAAGTAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTG-TTTATAACAGAACAAAAAGTCATAACGA-TTGAA
65 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * *
13505607 ATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATACATAG
130 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAG
* * * * ** * *
13505658 ATTTATTTTTTAAA--TC-ATTTCTTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTAGGAATTTATTCC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * * * *
13505720 CAATAAACTTATATGAACA-AAAACATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAC
66 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * * * *
13505784 TATATAATTGTTTAAATAGT-ATAATTTTTTGAACTGGTTAGGTAAATCA-
131 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAA-CAG
* * *
13505833 AATTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCT-CTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT
* * * * * * * **
13505897 TCGAATAAGCTAGTATGAATTGAGAAATTTGTTTTATGATAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGA
64 TCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * ** * *
13505962 ATTAGATAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAA-TTGGTTAGGCAAAAAA
129 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAG
* * * * * * *
13506014 AATTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAATATTGTTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * * * *
13506079 TGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAACGATTTGAA
65 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * *
13506144 GTATAGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTC-AGTAAACAG
130 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGA-TAAACAG
* * * * *
13506195 ATTCATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAGTTTTTGAAAGATTAATAAATTATTATTATTTTA-TTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * * ** *
13506256 TGAATAAGTTTGTATG-ATAAAAAACAATTGTTATATAACCAAACAAAAGGTGATAACAAATTGA
66 -AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * ** * *
13506320 AATAGATAATTGTTGAAAT-GACTATAATTATTTCAACTAATTC-AGCAAACAT
129 AATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAG
* * *
13506372 ATTCACTTTTTAAATACT-TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAAT-CTCTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * *
13506436 CAAATAGGCTTGTATAAACTA-AAACAGTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTA
65 CAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
** * * * * * * *
13506500 AATAGGCAATTGTTTAAATAGTCA-AACTATCTG-ATTTGTTTGATAAATAA
129 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAG
*
13506550 ATTTATTTTTTTAAA-CTCATGCTTATTAATTTTT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTT
13506584 TTTTATTTTG
Statistics
Matches: 3373, Mismatches: 771, Indels: 360
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
162 2 0.00
163 5 0.00
164 64 0.02
165 39 0.01
166 6 0.00
167 3 0.00
170 6 0.00
172 5 0.00
174 19 0.01
175 187 0.06
176 277 0.08
177 323 0.10
178 41 0.01
179 379 0.11
180 668 0.20
181 933 0.28
182 407 0.12
183 9 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAG
Found at i:13505309 original size:165 final size:161
Alignment explanation
Indices: 13505122--13505440 Score: 342
Period size: 164 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
13505112 TTGAATGTTT
* * *
13505122 TTTATAAACAGATTTATTTTTAAAATCT-TTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTA
1 TTTATAAACAGAGTCATTTTT-AAATCTCTTTA-TTATAAATT-T-TTGAATATTAATAAA-TTA
*
13505185 -AATTA-TTTTATTCGAAATAAGCTTAGAT-AACAGAAAAAAATTCTTTTATGACAAAATAAAAA
61 GAATTATTTTTATTCGAAATAAGCTTAGATGAACAG-AAAAAATTCTTTTATGA-AAAAGAAAAA
* *
13505247 GGTTATAGCTATTTCAAATACATAATTATTTAACTTTG
124 GGTCATAGCAATTTCAAATACATAATTATTTAACTTTG
* *
13505285 TTTAGTAAACAGAGTCATTTTTTAAATCTCTTTATTATAAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGT
1 TTTA-TAAACAGAGTCA-TTTTTAAATCTCTTTATTATAAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGA
* * * ** * ** *
13505350 ATTATTTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTCTTTTATGATGAAGCAAAAGGTC
63 ATTATTTTTATTCGAAATAAGCTTAGATGAACAGAAAAAATTCTTTTATGAAAAAGAAAAAGGTC
* *
13505415 ATAGCAATTTGAAATAGATAATTATT
128 ATAGCAATTTCAAATACATAATTATT
13505441 CAAATTGTCA
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 19, Indels: 15
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
162 2 0.02
163 8 0.06
164 71 0.55
165 45 0.35
166 3 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (161 bp):
TTTATAAACAGAGTCATTTTTAAATCTCTTTATTATAAATTTTTGAATATTAATAAATTAGAATT
ATTTTTATTCGAAATAAGCTTAGATGAACAGAAAAAATTCTTTTATGAAAAAGAAAAAGGTCATA
GCAATTTCAAATACATAATTATTTAACTTTG
Found at i:13506521 original size:357 final size:354
Alignment explanation
Indices: 13502078--13517524 Score: 7839
Period size: 357 Copynumber: 43.4 Consensus size: 354
13502068 TTCAACAATT
* * * * * *
13502078 AAATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAT
1 AAATTTATTTTTTAA--ATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * * * * * *
13502143 TTCAAATAAAATAGTAT-AAATAGAACCAATTATTTGATAACCAAATAAAAGGTTATAATGATTT
64 TTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * ** * *
13502207 GAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAGCAGATTTACTTTTT
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTT
* * * * *
13502272 TAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TCAAAGAAAC
192 TAAATCTC-T--T-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGC
* * * * * * ** *
13502336 TTATATTAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAATA-ATAATAATGATTTGAACTAGATAA
252 TTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * * ** **
13502400 TTGTGCAAATAGTTATGATTATTTGATTTAGTTTCA-TAAGT
315 TTGTTCAAATA-CTATAACTATTTGAACTAG-TTCAGTAAAC
* * * *
13502441 AGAA-TTATTTTTTAAATCTT--TTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTA-T
1 A-AATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * *
13502502 TCTGAATAAGCTTCTATGAGCTTAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTT-
65 TC-AAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * * * * * *
13502566 AGAATAAATAATTTTTCATATAGTCTTAATTGTTTGAACTGGTTC-GACAAACGGATTTAGTTTT
129 A-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTT
* * *
13502630 TAAATCTTATAGTTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTATTATTATTTTATT-TCGAATAAG
192 TAAATC---T-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAG
* * * * *
13502693 CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAGCAAATA--TTATAACAATTTGAAATAAATA
251 CTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
* * * * **
13502756 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGATCAACAAAC
314 ATTGTTCAAATACT-ATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAAC
* * * *
13502798 AAATTTCTATTTTAAATC-T-CTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTT
1 AAATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * *
13502861 -AGAAAAAGCTTGTATG--TTGAAAACAATTGTTTTATGACGAAACAAAAGGTAATAATGATTTA
66 CA-AATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * *** * * * **
13502923 AAATAGATAGTTGTTTAAATGGCCATGGTTGTTTGAATTGATT-TGTTAGGCTA-ATTTATTTTT
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAG-TAAAC-AGATTTATTTTT
* *
13502986 TAAATCTCTTCTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
192 TAAA--TC-TC-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCT
* * * * * ** *
13503051 TTTTTGAACTAAAACACTTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATT
253 TGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * *
13503116 GTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC
317 GTTCAAATACT-ATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAAC
* * * * *
13503155 AGATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTG-AACATCAATAAATTAATATTATTTT
1 AAATTTATTTTTT-AAATCT--TACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * *
13503219 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAATAATTATTATATTACTAAACAAAAAGTCAAAATGAT
62 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * ** **
13503283 TTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATAGATTCAACAAACCCATTTATTTT
126 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTT
* * * * **
13503348 TTAAATCTCTTATTAA-TTATCAGAATATTATTAAATGAGTATTATTTT-TATCCAAATAAGCTT
191 TTAAATCTCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTT
* * ** * * * *
13503411 GTATGATAAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAAC-AATGACCATAATAGTTTGAGATCA-ATATTT
254 GTATGA-AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT-AGATAATT
* * * * *
13503474 GTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAGTGGTTCAGAAAAC
317 GTTCAAATACT-ATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAAC
* * * * * *
13503513 AACTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCATATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTTT
1 AAATTTATTTTTTAAA--TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * *
13503578 TTCAGATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTT
64 TTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTT
* * * ** *
13503643 -AAATAGATAACTGTTCAAATAGTCA-AATTTATTTCAACTT-GTTTGGTAAATAGATTTATTTT
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAA-TTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTT
*
13503705 TTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAG
191 TTAAATCTC-T--T-ATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAG
** * * * * * *
13503769 CTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAACGATTTGAAATAGATAA
251 CTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
* * *
13503834 TTGTTCTAATAATCT-TAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAA-
315 TTGTTCAAAT-A-CTATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAAC
** * * * *
13503874 AACATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTACCAACTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTG
1 AA-ATTTA-TTTTTTAAA--TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * * *
13503939 A-ATGAAATAAGCATGTATGAA-AAGAAACACTTATTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAAAGAT
62 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * ** * *
13504001 TTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATGAA-TATTTGAACTATTTCGGTAAATAGATTT-TGT
126 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAGATTTAT-T
* ** * **
13504064 TTTTAAATCTCTTATTAATTATCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTT-TTCTGAATAATTTT
189 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT
** * * * * * ** * *
13504128 ACATGAACAAAAACAATTGCTTTACGATAAAACAAAATGTCATTATGATTTGAAATAGATACTAG
254 GTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * ** *
13504193 TTCAAATGGAC-ATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAAT
318 TTCAAAT--ACTATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAAC
* * * *
13504231 AGATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTT-AGAATACTAATAAATTAGTATTAGTTTA
1 AAATTTATTTTTTAAATCT--TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** ** * *
13504295 TTTCAAATAAAATTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGACCATTATGATT
63 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * * *
13504359 TG-AATAAATAATTATTCCAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GCTC-GATAAATAGATTTACTT
127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCAG-TAAACAGATTTATTT
* * * * *
13504421 TTTAAATCTTCTACTTATTATTTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAAAAA
190 TTTAAA---TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAA
* * * *
13504485 GCTTTTATGAATAGAAAA-AACTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAGAT
250 GCTTGTATGAA-A-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
* * * * * *
13504549 AATTCTTCAGATAGTCATAAC-ATTTG-AGT-GTGC--TAAAA
313 AATTGTTCAAATACT-ATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAAC
* * * *
13504587 AAACTTACTTATTTTTTAAAATTTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-AATGATT
1 AAA--T--TTATTTTTT-AAATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATT
* * * * * *
13504651 TTA-TTCGAAATAAGCTTGCATGGA-TAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAAT
60 TTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * ** * *
13504714 G-TTCTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTT-ATTTGGTAAACATATTC
123 GATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCAGTAAACAGATTT
* * * * *
13504777 CTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTC-AA
186 ATTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGA
* * * ** * * **
13504841 ATAAGCTTATATGAATTAAAACAAGTGTTTTATTTCAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA
246 ATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * *
13504906 GATAATTATTCAAATATTCATGACTATTTGAACTAGTTTAGTAAAC
310 GATAATTGTTCAAATACT-ATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAAC
* * ** * * * *
13504952 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTATGAATTAATATTCTTTTA-
1 AAATTTATTTTTTAAATC--TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * * *
13505016 ATCTGAATAAACTTATATGAA-TATAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAAGT
64 TTC-AAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
** ** * ** *
13505080 TGAAA-A-ATAATTACTCAAATAACCATAACGATTTGAATGTTTTTTA-TAAACAGATTTATTTT
127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGGTTCAGTAAACAGATTTATTTT
* *
13505142 TAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTC-GAAAT
191 TTAAATC---T-CTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTG-AAT
* * * * * * *
13505203 AAGCTTAG-AT-AACAGAAAAAAATTCTTTTATGACAAAATAAAAAGGTTATAGCTATTTCAAAT
248 AAGCTT-GTATGAA-A-AAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
*
13505266 ACATAA---TT---AT--T-TAAC--TTTG---T--TT-AGTAAAC
309 AGATAATTGTTCAAATACTATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAAC
* * * * * *
13505295 AGAGTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATAAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTT
1 AAATTTATTTTTTAAA--TC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTT
** * * * * ** * * *
13505359 ATTTGGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTCTTTTATGATGAAGCAAAAGGTCATAGCAATT
62 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * * * * *
13505424 TGAAATAGATAATTATTCAAATTGTCATGATTATTTG-ATCTAGTGT-GGTAAACATATTTGTTT
127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGGT-TCAGTAAACAGATTTATTT
* * * * * * *
13505487 TTAAAATTTTTTACTTATCAATTGTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATC-CAAGTAA
190 TTTAAA---TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA-TAA
* * * * *
13505551 GCTTGTAT-AAATAGAAACAATTG-TTTATAACAGAACAAAAAGTCATAACGA-TTGAAATAAAT
250 GCTTGTATGAAA-A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
** * * *
13505613 AATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-TG-ATAC
313 AATTGTTCAAATACT-ATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAAC
* * * ** *
13505654 ATAGATTTATTTTTTAAATC--ATTTCTTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTAGGAATTTAT
1 A-A-ATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * *
13505717 TCCCAATAAACTTATATGAACAAAAAC-ATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTG
64 TTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * * *
13505781 AACTATATAATTGTTTAAATAGT-ATAATTTTTTGAACTGGTT-AGGTAAATCA-AATTATTTTT
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCA-GTAAA-CAGATTTATTTTT
*
13505843 TAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATT-TCGAATAAG
192 TAAA--T-CT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCT-GAATAAG
* * * * * * *
13505906 CTAGTATGAATTGAGAA-ATTTGTTTTATGATAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAATTAGATA
251 CTTGTATGAA--AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
* * * * *
13505970 ATTGTTCATATAGCCT-TAACTATTTGAATTGGTT-AGGCAAAA
314 ATTGTTCAAATA--CTATAACTATTTGAACTAGTTCA-GTAAAC
* * * * * * *
13506012 AAAATTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAATATTGTTTTAT
1 AAATTTATTTTTTAAAT--CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * *
13506077 TTTGAATAAGCTTGTATGAAC-ATAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAACGATTT
64 TTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * *
13506141 GAAGTATAGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTT
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT
* * * *
13506206 AAATCTCTTATTAGTTTTTGAAAGATTAATAAATTATTATTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTAT
193 AAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT
* * * * * *
13506271 GATAAAAAACAATTGTTATATAACCAAACAAAAGGTGATAACAAATTGAAATAGATAATTGTTGA
258 GA-AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * *
13506336 AATGACTATAATTATTTCAACTAATTCAGCAAAC
322 AAT-ACTATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAAC
* * * * *
13506370 ATATTCACTTTTTAAATACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATT
1 AAATTTATTTTTTAAAT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * *
13506435 TCAAATAGGCTTGTATAAACTAAAACAGTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTA
65 TCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
** * * * * * * *
13506500 AATAGGCAATTGTTTAAATAGTCA-AACTATCTGATTTGTTTGA-TAAATAAATTTATTTTTTTA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTA
* * * * *
13506563 AA-CTC------A----TG----CTT-ATTAATT--T-TT-TTTTATTTTGGATAAGCTTTTATG
194 AATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG
** * * * * * *
13506608 AATTGAAACAACTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTATATTA-AGAATTGTTCA
259 AA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA-AATAGATAATTGTTCA
* * ** **
13506672 AATAGTCA-AACTATTTAAACTTTTTTGGTAAAC
322 AATACT-ATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAAC
* * ** * * * *
13506705 AAATTTATTTTTTCATATATTTTGCTTATTAATTTTCCAAATGTTCATAAATTTGGATTATTTTA
1 AAATTTATTTTTT-A-A-ATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * *
13506770 TTTGAAATAAGCCTGTAAG-ACATGAAACAAGTATTTTATGACTAAACAAAAGGT-TTGAACGAT
63 TTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-TAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AACGAT
* * * ** * * * * *
13506833 TTGAAATAGATAA-TATTCTAATTGTTTTAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAA-TGCATTTATTT
126 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAG-ATTTATTT
** * * **
13506896 TTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGCTT
190 TTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTT
* * * * * * ** * *
13506960 CTATGATTAGAAACAATTTTTTTATGACAATAC-AAAGATTTTAACAATTTCAAATTGATAATTG
254 GTATGA-AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * * **
13507024 TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAAC
318 TTCAAATACT-ATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAAC
* * *
13507062 AAATTTATTGTTTAAATCTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTAT
1 AAATTTATTTTTTAAATC--TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * **
13507127 TTCAAATAAGCTTATATG-ATTAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAATAATTT
64 TTCAAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * * * *
13507191 GAAATAGATAATTATTCAAATCGCCATAAGTATTTTAATTGATT-TGATAAATAGATTTATTTTT
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTT
* ** * * *
13507255 TAAATGTCTTATTAATTTAGGAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCATCTAAGCTTGT
192 TAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGT
* ** * ** * * *
13507319 ATTAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAATTAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGACAATTGTT
256 ATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* *
13507384 CAAATAATAATAACTATTTGAA-TTGTTC-GATAAAC
320 CAAATACT-ATAACTATTTGAACTAGTTCAG-TAAAC
* * * *
13507419 ATATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA
1 AAATTTATTTTTTAAA--TCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * ** * * *
13507483 -TTCTGAATAAGCTTCTATGAATTGAAACAATTGGTTTATGACTAAACAAATGGTCAAAACGATT
63 TTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * * * * * *
13507547 TGAAGTATATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAAATGATTC-GATAAACAAATTTATTTT
127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAG-TAAACAGATTTATTTT
* * * *
13507611 TTAAATATCTTACTTATTAGTTTTTTAAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTTAATATGAATAAG
191 TT-AA-ATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAG
* * * **
13507675 CTTGTA-CAAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAACGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
251 CTTGTATGAAA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
** * * * * * * ** * **
13507739 TCATTTACATAGTTTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAATT
315 TTGTTCAAATA-CTATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAAC
* * * * ** * *
13507780 AGATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATT-GCATTATTTTAT
1 AAATTTATTTTTTAA--ATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * * *
13507844 TTCAAATAAAATAGTAT-AAATAGAATCAATTATTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTT
64 TTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * ** * * *
13507908 GAAATAGATAATAT-TT-AAATAGTCAAAACTATTCGGAA-TGGTTTGGCAAGCAGATTTACTTT
128 GAAATAGATAAT-TGTTCAAATAGTCATAACTATT-TGAATTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTT
* * *
13507970 TTAAATCTCTTACTGATTAGTTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAACAA
191 TTAAATCTC-T--T-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAA
* * * * * * * * **
13508033 ACTTATATTAACGAAAACGATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATA
250 GCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
* * * ** **
13508098 ATTGTGT-AAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTTGTAAGT
314 ATTGT-TCAAATA-CTATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAAC
* * *
13508140 AAAATTATTTTCTAAATCTT--TTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 AAATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * *
13508203 CAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAATGAAAA-GTAATAATGATTTGA
66 CAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * ** ** * *
13508267 AATAGATAATTGTGCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGATTTTGTAAGTAGAATTATTTTCTAA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * * * *
13508332 ATCTCTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTC-CAATTAACCTTCTATG
195 ATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA-TAAGCTTGTATG
*** * * * * * * * *
13508396 AGCTTAAATAATTGTATTATGATAAAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTTTTCAT
259 A-AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * *
13508461 ATAGTCT-TAACTATTTGAACTGGTT-TGACAAAT
323 ATA--CTATAACTATTTGAACTAGTTCAG-TAAAC
* * * * *
13508494 AGATTTATTTTTTAAATCTCATAGTCATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTATTATTATTTTA
1 AAATTTATTTTTTAAATCT--TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * *
13508558 TTCTC-AATAAGCTTGTATGGA-TAGAAACAATTATTTTATGATAGAGC-AAAGGTTATAACAAT
63 TT-TCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * * * * *
13508620 TTGAAATTGGTAATTGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACTGGATCAATAAACATATTTCTTTT
126 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTT
* * * *
13508685 TTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TATAAAAATCTTG
191 TTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTG
* ** * * ** **
13508749 TTTGCTGAAAAACAATTGTTTTATG--ATAA-AATA-G--ATCGCTGTTT-AAAT-G------G-
255 TATG-AAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *
13508799 -C-----C-ATGATTATTTGAATTA-ATCTGGTAAAC
319 TCAAATACTATAACTATTTGAACTAGTTC-AGTAAAC
* * ** * ** *
13508828 TAATTTATTTTCTAAATCTATTGTTTGTTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTAT
1 AAATTTATTTTTTAAATC--TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
*** * * * ** * * **
13508893 TTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAA-AATTGTTTTTATGATACTACGAATGGTCATAATAATTT
64 TTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * ** *
13508957 TAAATAGATAATTGCTGAAATAGTCA-AACTATTTGAACTT-GTTGAAAAAATAGATTTATTTTT
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTT
* * * **
13509020 TCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTG-AATGTCAATAAATTAGTATTGTTTTATTCCAAATAAG
192 T-AAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAG
** * * * * * * **
13509084 CTTGTATGAACTGAAATAATTATTATATAACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAA
251 CTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * *
13509149 TTATTCTAATAGTCT-TAACTATTAGAA-TAGATTC-GACAAAC
315 TTGTTCAAATA--CTATAACTATTTGAACTAG-TTCAG-TAAAC
** ** * **
13509190 CCATTTATTTTTT--A--TTA---A-T-A-TCAT--AATATTATTAAAGGAGTATTATTTT-TAT
1 AAATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-T
* ** * * * * *
13509242 CCAAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTATTTTATGAGAAAAC-AATGATCATAATGGTTTG
65 TCAAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * *
13509306 AGATTGAT-A---TT----T-GT--T---TATTTG-ATCTAGTTCGGTAAACATATTTGTTTTTT
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT
* ** * *
13509356 AAATTTTACTTATTAATTGCTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAG-TATG
193 AAA-TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCT-TG
* * * *
13509420 TATGAACAGAAACAATTGTTTTATAACAGAACAAAAGGT-ATTAA-AATTTGAAATAAATAATTG
255 TATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * * ** *
13509483 CTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTA-TTTTGATAAAT
318 TTCAAATACT-ATAACTATTTGAACTAGTTCAG-TAAAC
* * * *
13509521 AGATTTATTTTTTAAATCTT--TTATTAATATTTGAAATATTAATAGATAAGTATTATTTTATTT
1 AAATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * * *
13509584 CGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTTTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
66 CAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * * * * *
13509649 ATAGATATTTGTTCAAATAATCTTAACTATTTGAACTAGTT-AGGTAAATAGAATTATATTTTAA
131 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * **
13509713 ATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATTAATTCA-TTTTATTTTATTCCCAATAAGCTAT-TAT
195 ATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCT-TGTAT
* *
13509776 GAATTCAAAAA-AACTTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
258 GAA---AAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *
13509839 TCATATAGTCT-TAAATATTTGAACTGGTTCGGTAGAC
319 TCAAATA--CTATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAAC
* * * * *
13509876 AAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATTTTATTATATTAGTATTATTTTA
1 AAATTTATTTTTTAA--ATCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * *
13509940 TTTCAAATAATCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTT
63 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* ** * * ** * * * *
13510005 GAAGTTTACT-ATTGTGCGAATAGTCATTGCTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTT
128 GAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTT
* *
13510069 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
192 TAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCT
* * * * *
13510134 TGAATGTTAAAATACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATT
253 TGTATG-AAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
13510199 ATTGACATGGA-TATAATTATTTGAA-TTGATTCAATAAAC
317 GTTCAAAT--ACTATAACTATTTGAACTAG-TTCAGTAAAC
* * * *
13510238 AAATTCACTTTTTAAATAACTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTAT
1 AAATTTATTTTTTAAAT--CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * ** * * *
13510303 TTCGAGTAAGCTTCTATGAACCGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTC
64 TTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * * * ** * *
13510368 AAATAGATAATTATTCATATATTCTTAATTGTTTGAACTATTTCAGCAAATAGATTTATTTTTTA
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * *
13510433 AATCTTTTAGTTGTTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTA
194 AATCTCTTA----TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
** * ** * * *
13510498 TATGAACTGAAACAATTATTTTACAATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAA---T
255 TATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * *
13510560 T---ATTC-A-AA-TA--GGAACCAGTTTAGTAAAC
319 TCAAATACTATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAAC
* * **
13510588 ATAA-TTATTTTTTAAACCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAACATTATTTTA
1 A-AATTTATTTTTTAAA--TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * *** * * * * ***
13510652 TCCCAAATAGGCTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGTTTGCAACGATTT
63 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * ** ** *
13510717 GAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTT-AA----ACCA--ATTC-GATCTATTTTTT
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT
* * * * *
13510774 AAATCTCTAATATATCAATTTTTGAAGTATCAATAAAGTAATATTATTTTATT-TCATATAAGCT
193 AAATCTCT--TAT-T-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCT
* ** * * * *** * * *
13510838 TTTATGAATTGAAACAATGGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATATTTATTTTAAATAAATAATC
253 TGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * *
13510903 ATTCAAAT-GTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAAC
317 GTTCAAATACT-ATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAAC
* * **
13510941 AAATTTATTTTGTAAAATTTGTTGTTTATTAAATTTTTG-AATGA-TAATAAATTAGTATTATTT
1 AAATTTATTTT-TTAAA--TCTTACTTATT-AATTTTTGAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTT
** * * * * *
13511004 TATTTTGAATAAGCATGTATGAATTGAAAA-TACTATTTTATGAC-AAGCAAAAGGTCATAACGA
61 TATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * * ** ** * *
13511067 TTT-AAAGTAGATAATTGTTCTAGTAGTCTTAACTATTTGAACTAATTTGGGAAACACATTTATT
125 TTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAGATTTATT
* * * * *
13511131 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTT-AGAATACTATTAATTTA-TCAATATTTTACTCTGAATAAGC
189 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCTGAATAAGC
* * ** *
13511194 TTGTATGAAGAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAATA--TCGTAATGATTTGAGATAGATAA
252 TTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * * * *
13511257 TTGTTCAAAAAGTCATAATTATTTGAACTAGTT-TGATATAT
315 TTGTTCAAATACT-ATAACTATTTGAACTAGTTCAG-TAAAC
* * * *
13511298 AGATTTAGTTTTTAAATCTT--TTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGCATTATTTTA-TT
1 AAATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * **
13511360 CTGAATAA-CTTTGTATG-A-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAACGATTT
66 C-AAATAAGC-TTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * * * *
13511422 G-ATTAGATAATAGTTCAAATGGACATAACTATTTGAGCTT-GTTCGGTGTAACAAATTTATTTT
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ATTGGTTCAGT-AAACAGATTTATTTT
* * *
13511485 TAAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGCT-TTATTTTATTTTGATTAA
191 TTAAATCT----CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTCTGAATAA
* * * * * *
13511548 ACTTGTATTAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATA
250 GCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
* * * * *
13511613 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTC-GATAAAT
314 ATTGTTCAAATACT-ATAACTATTTGAACTAGTTCAG-TAAAC
* * *
13511655 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC-TATTAATTTTTGAAATTTTGAT-AATTAGTATTATTTTAT
1 AAATTTATTTTTTAAATC--TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* **
13511718 TTCAAATAAGCTTTTATGAAC-AGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
64 TTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
** ** * *
13511782 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAAAGTGTTCAAAAAATATATTTA-TTTT
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTT
* * * * ** **
13511845 TAAATTTTTATTTATTAATTTTTGAAAGATAAATAAATTTCTATTATTTTATTCAAAATAAGCTT
192 TAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT
* * * * * * * * * *
13511910 ATATGAATAGAACCAAATGTTTTATGAGAAAACAAAAATGTCGTAATATTTTAAAATAGATAATT
254 GTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * *
13511975 GTTCATATAGTCGTAACTATTTGAAC-ATGTTC-G-ATAAC
317 GTTCAAATACT-ATAACTATTTGAACTA-GTTCAGTA-AAC
* * * * *
13512013 AAGATTCATTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 AA-ATTTATTTTTTAA--ATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * *
13512078 TTTCAAATAGGCTTATATGAACTGAAACAATTAGTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTT
63 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * ** * *
13512143 GAAATAGATGATTATTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACTT-GTTTGGAAAACATATTTATTTTT
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTT
* ** * * **
13512207 TAAATTTTCTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATT-TTGTTAATCAAAATAAGC
192 TAAA---TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTCTGAATAAGC
* * * * ** * * *
13512271 ATGTATGACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAACTCATACCAATTTGAAAAAAATAATT
252 TTGTATGAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* ** * * *
13512336 TTTCAAATACTCATAAAGATTTGAAATTGTTCAGTAAAT
317 GTTCAAATACT-ATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAAC
* *
13512375 AGATTTA--TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATATATT-GTATTATTTT
1 AAATTTATTTTTTAAATC--TTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * **
13512435 A-TTCAAAACAAGCTTATATGAACAAAAAAAATCATTTTATGA-AAAACAAAAGGTTATAGTGAT
62 ATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * ** * * *
13512498 TTCAAATAGATAATTG-TCGAAATAGTCAAAATTATTTAAACTT-GTTTGGCAAACAAATTCATT
126 TTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCAGTAAACAGATTTATT
* * *
13512561 TTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATT-TCGAATA
189 TTTTAAATCTCTT-ATTA--ATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATA
* ** * * * **
13512625 AGCTTATATGAATTGAAATAGTT-TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGAT
249 AGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
* * ** *
13512689 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGATTTAGTT-TGATAAAC
313 AATTGTTCAAATACT-ATAACTATTTGAACTAGTTCAG-TAAAC
* * * * * *
13512732 AAATTTAGTTTTTAAATTTTTTACTTATCAATTATTAAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTGA
1 AAATTTATTTTTTAAA--TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-A
** * * * * * * * *
13512797 -CCCGAACAAGCTTCTATGAAC-ATAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAATT
63 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * * * *
13512860 TGAAATATATAAATTGCTCAAATAGTCAAAATTATTTGAACTTGTTTGA-TAAATAGATTTATTT
127 TGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCAGTAAACAGATTTATTT
* ** * ** *
13512924 TTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCAAAAAAATTTA
190 TTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* * **
13512989 TATGAACAAAAACATTTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
255 TATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * *
13513054 TCAAATAATCATAATTATTT-AAGCTAGTT-AGGTAAAT
319 TCAAATACT-ATAACTATTTGAA-CTAGTTCA-GTAAAC
* * ** *
13513091 ATAA-TTATTTTATAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAAT-AATTAATATTATTTTA
1 A-AATTTATTTTTTAAATC--TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-
* * * *
13513154 ATAT-GAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATA-GTCATAACAA
62 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGA
* * * **
13513216 TTTGAAGTAAATAATTGTTCAAATAGTCATGACTA--T---TTGG--C--T-AA-TTATTTA--T
125 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAGATTTATTT
* * *** * * * * * *
13513268 TTTAAATC-ATTATGACCCTTTG--TTTTGTAATAAAATA--ATTGTTTCAAGTC--ATATAAGC
190 TTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATAT-TAATAAATTAGTATTATTT-TATTCTGA-ATAAGC
* * * ** * * *
13513326 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA-ATATTTTGAA-AATTAATGAGT-ATGAGAA-TT
252 TTGTATGAAA-AAAACAAT--TGTTTTATGACA-A-----AACAA--AA-G-GTCATAACAATTT
* * * * *
13513387 -AAA-AAATGAATCTATT-AATAGAACATATTCAAATAGTTTG-ACTA--TC--TGAAC
304 GAAATAGAT-AAT-TGTTCAA-A-TAC-TA-T-AACTA-TTTGAACTAGTTCAGTAAAC
* * *** * ** *
13513438 -AA-TTATCTATTTCAAATC--A-TTA-TAACCTTTTGTTTTGTT-ATAAACCA--ATTGTTTCT
1 AAATTTAT-T-TTTTAAATCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT-T
* * * * * * * * ** *
13513494 A-TCCATAA-AAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTA-AAATTTCAAAAATTAATA
62 ATTTCA-AATAAGCTTGTAT-GAACTAAAACAA-T-TATTTTATGACAAA--AC-AAAA--GGTC
* *
13513555 AGTAAAAGATTT-AAA-AAATAAATTTGTTTATCAAGCGAGTTCAGGT-AGTTATGACTATTTGA
118 A-T-AACGATTTGAAATAGAT-AA-TTG--T-TCAA---A--T-A-GTCA--TA--ACTATTTG-
* ** * * * *
13513617 ACAATCATTTATTTCAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCATATTTATTAATTTTTGAAATATTAA
164 A-ATTGGTTCA-GT-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGAAATATTAA
* ** * * * *
13513682 TAAATTAGTATTATTTT-TT-TGAATAGGCTTGTGCGATGAAAAATAATTGTTTTATAACAAGAC
222 TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA-AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * * *
13513745 AAAAGTTTGTAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGACCATAATTATTTGAACTAATTC-G
286 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-ACTATAACTATTTGAACTAGTTCAG
*
13513809 ATAAAT
350 -TAAAC
* * * * *
13513815 TAA-CT-TTTTTTAAATCTTTAACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTAT
1 AAATTTATTTTTTAAATC-TT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * ***
13513878 GTCAAATAAGCTTTTATGAACTAAGATAATTGTCTTATGATAAAACAAAAAGATCATATTTATTC
64 TTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATT-
** * * * *
13513943 T-AAATAGATAATTACTCAAATAGTTATGACTATTTG-ATCTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTT
127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGGTTCAGTAAACAGATTTA-TTT
* * * *
13514006 TTTAAATTTCTAGTTTATTAATTTGTTG-AATGTTAATAAAGTAGTATTATTTTATT-TCGAGTA
190 TTTAAA--TCT--CTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATA
* * * * * * * **
13514069 AGCATGTATGAACTAAAACAATTATTTTACGACTAAACAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAGAT
249 AGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
* * **
13514134 AATTGTTCTAATAGTCT-TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAAC
313 AATTGTTCAAATA--CTATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAAC
* * * * * *
13514177 ACATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTT-TT--TTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTA
1 AAATTTATTTTTTAAA--TCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * **
13514238 TTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAGCATTTGTTTTATTACAAAAC-AAAGGTCATATTGATT
63 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * * *
13514301 TGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAATTGGTTCAATAAATAGATTTAATTCT
127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTT
* * * **
13514366 TAAATTTTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTA
192 TAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTA
* ** ** * ** * **
13514431 TGAATAGAAACAATCATTTTACAACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATGGATAATAATTC
257 TGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * *
13514496 AAATAGAC-ATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAT
321 AAAT--ACTATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAAC
* * * *
13514531 AGATTTATCTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTGTTTT
1 AAATTTAT-TTTTTAAATCT--TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* ** * * * *
13514595 ATTTCAAACAAAATTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAATGAT
62 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * ** * * * *
13514659 TTGAAATAAATAATTGTTCGAAGGGTCATAACTATTGGAATTCGCTT-AATAAACAAATTTATTT
126 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GGTTCAGTAAACAGATTTATTT
*
13514723 TTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGGAAT-TTCAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATA
190 TTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATA
* * * * * * * *
13514785 AGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAA-TAAAGGTTATAATAATTTAAAATAGAC
249 AGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
* **
13514849 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGT-GTTCAAAAAAC
313 AATTGTTCAAATACT-ATAACTATTTGAAC-TAGTTCAGTAAAC
* *
13514892 ATATTTATTTTTTAAA--TT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT
1 AAATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
13514953 TGAAATAAGCCTGCATGAAC-AGAACCAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTG
65 TCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * ** * *
13515017 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACAT-GTTTGGTAAATAGATTAATTTTTT
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT
* *
13515081 AATTATCTTACTCATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGC
193 AA--ATC-T-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGC
* ** * * * ** * ** * *
13515144 TTATATGAACTGAAACAATTATTTTATTATAAAACAAAATATCACAATGATTTGAAATAAATAAG
252 TTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * * * *
13515209 TATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCAATAAAT
316 TGTTCAAATACT-ATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAAC
* *
13515249 ATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTTCAAATATTAATAAATTA--ATT-TTTT
1 AAATTTA-TTTTTTAAATC--TTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
** * * * * * *
13515310 AAATCTGAATAAGCTTGAATGAAC--AAACAATTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTTATAACAAT
62 ATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * **
13515373 TTAAAATA-AAAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTATTT
126 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCAGTAAACAGATTTATTT
* *
13515436 TTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-TGAAAT
190 TTTAAATC---T-CTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AAT
* ** * * * * *
13515498 AAGCTTGTATGAATAGAAAAAAATCATTTTATAACAAAA-AAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAG
248 AAGCTTGTATGAA-A-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * * * * * *
13515562 ATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTAAAATTGTTCATTAAAT
311 ATAATTGTTCAAATACT-ATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAAC
* * * * *
13515607 AGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTAATAATTTTTGAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTAT
1 AAATTTATTTTTTAAA--TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * ** * * * **
13515672 TTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAATGATTTTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTG
64 TTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * ** * * *
13515737 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTT-AATCTAGTTTTGTAAGCATATTTATTTTTA
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT
* * * * * *
13515801 AAATTTTTTTACTT-ATTAGTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTG
193 AAA-TCTCTTA-TTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
**** * * * * *
13515865 TATGAACAAAATTTGTTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAAATAATTG
255 TATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT-AGATAATTG
* * * * * * *
13515930 CTCAAATAGTCAAAACTATTTGAATTGGTTTAATAAAC
318 TTCAAATACT-ATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAAC
* * * * * * *
13515968 AGATTTATATTTTAAATC-T-CTAATTAACTTTTGAAATGTTAATAGATTAGTATTCTTTTA-TT
1 AAATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * ** * *
13516030 C-------C-TATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCATAGCAATTTGAA
66 CAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * * * *
13516087 AAAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAATTGGTT-AGGAAACAGAATTATTTTTAAAA
131 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * *
13516151 TTTCTTACATATTAATTTTT-TAATATGAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAGT
196 --TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGT
* * **
13516214 ATGAATTAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAA----AT---GATTGGAAATAGATAACAGT
256 ATGAA--AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *
13516271 TCATATAATCT-TAACTATTTAAACTAGTTTAGCAAGC
319 TCAAAT-A-CTATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAAC
* * ** *
13516308 AAATTTATTTCTTTAAATCTCTCAATTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTA
1 AAATTTATTT-TTTAAATCT-T-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * * * * * * * * *
13516373 TTTTGAACAAGTTTCTATAAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAAC-TTTT
63 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * ** * * * * *
13516437 GAAGTATACAATTACTCAAATAATGATAACTATTTAAATTGGTTTAGTAAATAGATTTA-TTTTT
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT
* * * * *
13516501 AAATCTCTTATTAATTTTTGCAAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTAT
193 AAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT
* * * * * * *
13516566 -AACAAGAAACAATTGTTATATGACCAGA-AAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATACTTGTTG
258 GAA-AA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * **
13516629 AAATGGCCACAATTATTTGAACT-GATTTGGTAAATC
321 AAAT-ACTATAACTATTTGAACTAG-TTCAGTAAA-C
* * * * *
13516665 -GATTTACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAGTTAGAATTATTTTAT
1 AAATTTATTTTTTAAAT--CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * * * *
13516729 TTTGAATAA--TTGTATGAATTGAATCAATAATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTT
64 TTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* ** * *
13516792 AAATAGACAA-TGTTCAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACTA-ATTTATTTTTT
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAAC-AGATTTA--TTTT
* * *
13516855 TTAAACTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCT
191 TTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCT
* ** ** * * *
13516920 TTTATGAATTGAAACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAGT
253 TGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * *
13516984 TGTTTAAATAGTCATCACTATTTGAACTTA-TTC-GATAAAT
316 TGTTCAAATACT-ATAACTATTTGAAC-TAGTTCAG-TAAAC
* * * * * * * *
13517024 AGATATATTTTTTCAAATTTTTTCTATATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTA
1 AAATTTATTTTTT-AAA-TCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * * * * * * * *
13517089 TTCCGAATGAAAC-TGTAAGATA-TGAAATAAATATTTTCTAACTAAACAAAAGGTTAGAATGAT
63 TTTCAAAT-AAGCTTGTATGA-ACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * ** * * *
13517152 TTAAAATATATAACTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTC-GACAAACATATTTATTT
126 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAG-TAAACAGATTTATTT
* * * **
13517216 TTTAAATCTCTTATGTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAATAA
190 TTTAAATCTC---T-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAA
* * * * * ** * *
13517280 GC-TCTATGATAAGAAACAATTGTTTTTTGACAAAACAAATA--CCTTAATGATTTGAGATTGAT
250 GCTTGTATGA-AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
** * * * * **
13517342 AATTACTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTTGGTAAAC
313 AATTGTTCAAATACT-ATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAAC
* ** * *
13517385 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTAAGTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TATTTTGT
1 AAATTTATTTTTTAAA--TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * *
13517449 TTCGAATAAGCTTGTACGATC-ATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
64 TTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
13517513 GAAATAGATAAT
128 GAAATAGATAAT
13517525 CACATATAGA
Statistics
Matches: 11645, Mismatches: 2586, Indels: 1710
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
329 1 0.00
330 2 0.00
331 54 0.00
332 80 0.01
333 9 0.00
334 126 0.01
335 97 0.01
336 82 0.01
337 125 0.01
338 16 0.00
339 62 0.01
340 117 0.01
341 99 0.01
342 146 0.01
343 71 0.01
344 94 0.01
345 77 0.01
346 119 0.01
347 48 0.00
348 218 0.02
349 71 0.01
350 215 0.02
351 87 0.01
352 97 0.01
353 264 0.02
354 498 0.04
355 473 0.04
356 887 0.08
357 1547 0.13
358 1018 0.09
359 1174 0.10
360 996 0.09
361 1053 0.09
362 923 0.08
363 402 0.03
364 56 0.00
365 9 0.00
366 4 0.00
367 2 0.00
368 2 0.00
370 1 0.00
372 4 0.00
373 13 0.00
374 2 0.00
375 18 0.00
376 22 0.00
377 20 0.00
378 23 0.00
379 1 0.00
380 17 0.00
381 14 0.00
382 16 0.00
383 34 0.00
384 29 0.00
385 4 0.00
386 6 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (354 bp):
AAATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
CAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
TCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA
AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
CTATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAAC
Found at i:13507137 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 13506595--13517524 Score: 4468
Period size: 181 Copynumber: 61.4 Consensus size: 181
13506585 TTTATTTTGG
* * * * * *
13506595 ATAAGCTTTTATGAATT-GAAACAACTGTTTTATGTCAAA-ACAAAAGGTCATAACGATTTTATA
1 ATAAGCTTGTATG-ATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATAC-AAAGGTTATAACGATTTGA-A
* * * ** *
13506658 TTA-AGAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTAAACTTTTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTCAT
63 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AA
* * * ** * * * * *
13506721 ATATTTTGCTTATTAATTTTCCAAATGTTCATAAATTTGGATTATTTTATTTGAA
127 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * *
13506776 ATAAGCCTGTAAGA-CATGAAACAAGTATTTTATGACTAA-ACAAAAGGTT-TGAACGATTTGAA
1 ATAAGCTTGTATGATTA-GAAACAATTATTTTATGACAAATAC-AAAGGTTAT-AACGATTTGAA
* * * ** * * * ***
13506838 ATAGATAA-TATTCTAATTGTTTTAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAATGCATTTATTTTTTAAA
63 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
** * **
13506902 --TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAA
128 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAA
* * * * * * *
13506952 ATAAGCTTCTATGATTAGAAACAATTTTTTTATGAC-AATACAAAGATTTTAACAATTTCAAATT
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATACAAAGGTTATAACGATTTGAAATA
* *
13507016 GATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTGTTTAAATCT
66 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * *
13507081 GTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTCAA
131 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * **
13507132 ATAAGCTTATATGATTAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAATA-AAAGGTAATAATAATTTGAAAT
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGAC-AAATACAAAGGTTATAACGATTTGAAAT
* * * * * * * * * *
13507196 AGATAATTATTCAAATCGCCATAAGTATTTTAATTGATTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* ** * *
13507259 T-GT-CTTATTAATTTAGGAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAT
130 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * * *
13507309 CTAAGCTTGTATTAACT-GAAACAATTGTTTTATTACAAATTA-AAAGGTTATAACAATTTTAAA
1 ATAAGCTTGTA-TGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAA-TACAAAGGTTATAACGATTTGAAA
* * * * * * *
13507372 TAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAA-TTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAAT
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * *
13507436 CTCTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTGA
129 CTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AA
* ** * * * *
13507489 ATAAGCTTCTATGAATT-GAAACAATTGGTTTATGACTAA-ACAAATGGTCAAAACGATTTGAAG
1 ATAAGCTTGTATG-ATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATACAAA-GGTTATAACGATTTGAAA
* * * * * * * * *
13507552 TATATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAAATGATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAT
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * *
13507617 ATCTTACTTATTAGTTTTTTAAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTTAATAT-GA
129 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTT-ATTTCAA
** ** * * * * *
13507670 ATAAGCTTGTACAAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAA-AGAAAACGTCATAATGATTTGAAAT
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATA-CAAAGGTTATAACGATTTGAAAT
** * * ** * * ** * * *
13507733 AGATAATCATTTACATAGTTTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTT
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * ** * *
13507798 TCTTAGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATT-GCATTATTTTATTTCAA
130 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
** * * * * *
13507849 ATAAAATAGTATAAATAGAATCAATTATTTGATGACAAAATA-AAAGGTTATAACGATTTGAAAT
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGAC-AAATACAAAGGTTATAACGATTTGAAAT
* * * * * *
13507913 AGATAATAT-TT-AAATAGTCAAAACTATTCGGAA-TGGTTTGGCAAGCAGATTTACTTTTTAAA
65 AGATAAT-TGTTCAAATAGTCATAACTATT-TGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* *
13507975 TCTCTTACTGATTAGTTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
128 TCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * *
13508029 ACAAAC-T-TAT-ATTAACGAAAACGATTATTTTATGACAAA-ACAAAAAGTAATAATGATTTGA
1 ATAAGCTTGTATGATT-A-G-AAACAATTATTTTATGACAAATAC-AAAGGTTATAACGATTTGA
* * * ** * *
13508090 AATAGATAATTGTGT-AAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTTGTAAGTAAAATTATTTTCTA
62 AATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
*
13508154 AA--TCTT--TTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
126 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * ** * * *
13508206 ACAAACTTATATTAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAATGA-AAA-GTAATAATGATTTGAAA
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGAC-AAAT-ACAAAGGTTATAACGATTTGAAA
* * * * * ** *
13508269 TAGATAATTGTGCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGATTTTGTAAGTAGAA-TTATTTTCTAAA
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAA
* * * *
13508333 TCTCTTA--TA--AATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTCCAA
128 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * * * * *
13508383 TTAACCTTCTATGAGCTT--AAATAATTGTATTATGATAAA-ACAAAATGTTATAACAATTTGAA
1 ATAAGCTTGTATGA--TTAGAAACAATTATTTTATGACAAATAC-AAAGGTTATAACGATTTGAA
* * * * ** * *
13508445 ATAAATAATTTTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGACAAATAGATTTATTTTTTAAA
63 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * *
13508510 TCTCATAGTCATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTATTATTATTTTATTCTC-A
128 TCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAA
* * * *
13508564 ATAAGCTTGTATGGA-TAGAAACAATTATTTTATGATAGA-GCAAAGGTTATAACAATTTGAAAT
1 ATAAGCTTGTAT-GATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATACAAAGGTTATAACGATTTGAAAT
* * * * * *** * *
13508627 TGGTAATTGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACTGGATCAATAAACATATTTCTTTTTTAAA--
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
*
13508690 TC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-ATA
130 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-A
* * * * * * * * * ** * **
13508740 AAAATCTTGTTTGCTGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAATAGATCGCTGTT-TAA--A-TGGCC
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGA-CAAATACAAAG--GTTATAACGATTTGAA
* * * * * *
13508801 AT-GATTATTTGAATT-AATCTGGT-A-AACTAATTT--A-T--TTT-CTAAATC-TA-TTGTTT
63 ATAGA-TAATTG--TTCAA-ATAGTCATAACT-ATTTGAACTGGTTTGGTAAA-CAAATTTATTT
* * * * ***
13508854 GTT-AAT-T-TT-C--A--AAATATT--AATA------AAGTAGTATTATTTTATTTTGG
122 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * * * ** *
13508898 ATAAGCTTTTATGAACTA-AAA-AATTGTTTTTATGA-TACTACGAATGGTCATAATAATTTTAA
1 ATAAGCTTGTATG-ATTAGAAACAATT-ATTTTATGACAAATAC-AAAGGTTATAACGATTTGAA
* * * * *
13508960 ATAGATAATTGCTGAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTG-TT-GAAAAAATAGATTTATTTTTTC
63 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACA-A-ATTTATTTTTT-
* * * * * *
13509022 AAATCTCATGCTTATTAATTTTTTG-AATGTCAATAAATTAGTATTGTTTTATTCCAA
125 AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * * * *
13509079 ATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTATTATATAACTAA-ACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAA
1 ATAAGCTTGTATG-ATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATAC-AAAGGTTATAACGATTTGAAA
* * * * * * * ***
13509142 TAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTAGAA-TAGATTCG---ACAAACCCA---TTT--AT
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * ** *
13509198 -T-TT--TTATTAA--TATCATAATATTATTAAAGGAGTATTATTTT-TATCCAA
129 CTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAA
* * * * * * * * *
13509246 ATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTATTTTATGAGAAA-ACAATGATCATAATGGTTTGAGAT
1 ATAAGCTTGTATGAT-TAGAAACAATTATTTTATGACAAATACAAAGGTTATAACGATTTGAAAT
* * * * * ** *** * * * **** * *
13509310 TGATATTTGTT-TATTTGATC-TAGTTCGGTAAACAT-ATTTGTTTTTTAAATTTTACTTATT-A
65 AGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAC-TGGTTTGGTAAACAAA-TTTATTTTTTAA
* ** * * * * * * * ****
13509371 AT-TGCTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGTATGTA--TGAACAGAA
127 ATCT-CTTACTTATTAAT--TTTTG-A-AATATTAAT--AAATTAGTAT-TATTTTATTTCAA
* * * * * *** * ** * * *
13509431 ACAA--TTGTTTTATAACAGAACAA--AAGGTATTA-AAATTTGAAA---TA-AA-TAATTG--C
1 ATAAGCTTGTATGATTAGA-AACAATTATTTTATGACAAA-TACAAAGGTTATAACGATTTGAAA
* * * ** * * *
13509484 T-CA-AATAG-TC--ATAAT--TA----TTTGAACTATTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * *
13509538 --CTT--TTATTAATATTTGAAATATTAATAGATAAGTATTATTTTATTTCGA
129 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * ** * * * * * *
13509587 ACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTTTGACAAA-ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATAC-AAAGGTTATAACGATTTGAAAT
* * * * * * *
13509651 AGATATTTGTTCAAATAATCTTAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAATAGAA-TTATATTTTAAA-
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAAT
* * * * *
13509714 -TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATTAATTCA-TTTTATTTTATTCCCA
129 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAA
* * *
13509764 ATAAGCTAT-TATGAATTCA-AAAAAACTTATTTTATGACAAACA-AAAGGTCATAACGATTTGA
1 ATAAGCT-TGTATG-ATT-AGAAACAA-TTATTTTATGACAAATACAAAGGTTATAACGATTTGA
* * * * *
13509826 AATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTCGGTAGACAAATTTATTTTTTAA
62 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * *
13509891 TTCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATTTTATTATATTAGTATTATTTTATTTCAA
127 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* ** * * * * *
13509946 ATAATCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGT
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATAC-AAAGGTTATAACGATTTGAAAT
** * * ** * *
13510010 TTACT-ATTGTGCGAATAGTCATTGCTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
65 AGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* **
13510074 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
129 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * *
13510127 ATAAGCTTGAATG-TTAAAATACAATTGTTATATGACAAA-ACAAAAGGTAATAACAATTTGAAA
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAA-ACAATTATTTTATGACAAATAC-AAAGGTTATAACGATTTGAAA
* * * * * * * *** * *
13510190 TAGATAATTATTGACATGGAT-ATAATTATTTGAATTGATTCAATAAACAAATTCACTTTTTAAA
64 TAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
** * * *
13510254 TAACTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGA
128 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * *** * * *
13510308 GTAAGCTTCTATGAACCGAAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAATGGTCATAACGATTTCAAAT
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATACAAA-GGTTATAACGATTTGAAAT
* * * * * * * * * * *
13510372 AGATAATTATTCATATATTCTTAATTGTTTGAACT-ATTTCAGCAAATAGATTTATTTTTTAAAT
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * *
13510436 CTTTTAGTTGTTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAA
129 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AA
* * ** * * *
13510489 ATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTATTTTACAATAAA-ACAAAAGGTTATAACAATTTAAAA
1 ATAAGCTTGTATG-ATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATAC-AAAGGTTATAACGATTTGAAA
* ** *
13510552 TAGATAA---TT---AT--TCA-AA-TA--GGAACCAGTTTAGTAAACATAA-TTATTTTTTAAA
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAA
* * * ** **
13510604 CCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAACATTATTTTATCCCAA
128 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * * *
13510658 ATAGGCTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGA-AAAAACAAAAGTT-TGCAACGATTTGAAA
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATACAAAGGTTAT--AACGATTTGAAA
* * * * *** * *
13510721 TAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAAC--CAAT--T---C-GATCTATTTTTTAAAT
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * *
13510778 CTC-TAATATATCAATTTTTGAAGTATCAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAT
129 CTCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* ** * * * *** *
13510831 ATAAGCTTTTATGAATT-GAAACAATGGTTTTATGATAAA-ACAAAAAGTCATATTTATTTTAAA
1 ATAAGCTTGTATG-ATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATAC-AAAGGTTATAACGATTTGAAA
* ** * * * *
13510894 TAAATAATCATTCAAAT-GTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTGTAAAA
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTT-TTAAA
* * ** **
13510958 TTTGTTGTTTATTAAATTTTTG-AATGA-TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
128 TCTCTTACTTATT-AATTTTTGAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * ** *
13511012 ATAAGCATGTATGAATT-GAAA-ATACTATTTTATGACAAGCA-AAAGGTCATAACGATTT-AAA
1 ATAAGCTTGTATG-ATTAGAAACA-ATTATTTTATGACAAATACAAAGGTTATAACGATTTGAAA
* * * ** * *
13511073 GTAGATAATTGTTCTAGTAGTCTTAACTATTTGAACTAATTTGGGAAACACATTTATTTTTTAAA
64 -TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * * *
13511138 --TC-T-CTTATTAATTTTT-AGAATACTATTAATTTA-TCAATATTTTA-CTCTGA
128 TCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTC-AA
** * ** ** ** * *
13511188 ATAAGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGCTTTATGACAAA-ACAAATATCGTAATGATTTGAGATA
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATACAAAGGTTATAACGATTTGAAATA
* * * * * * * *
13511252 GATAATTGTTCAAAAAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGATATATAGATTTAGTTTTTAAA--T
66 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * *
13511315 CTT--TTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTCTGA
131 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AA
* *
13511364 ATAA-CTTTGTATGA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAA-ATATCATAACGATTTG-A
1 ATAAGC-TTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATACAAAGGT-T-ATAACGATTTGAA
* * * * * * * * *
13511424 TTAGATAATAGTTCAAATGGACATAACTATTTGAGCTTGTTCGGTGTAACAAATTTATTTTTAAA
63 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGT-AAACAAATTTATTTTTTAA
** **
13511489 ATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGCT-TTATTTTATTTTGA
127 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCAA
* * * * * * * * *
13511544 TTAAACTTGTATTAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAA-ACAAAAGATCATAACAATTTGAAAT
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATAC-AAAGGTTATAACGATTTGAAAT
* * * * * * * *
13511608 AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * *
13511673 TTTTAC-TATTAATTTTTGAAATTTTGAT-AATTAGTATTATTTTATTTCAA
130 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* ** ** *
13511723 ATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAA-ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATAC-AAAGGTTATAACGATTTGAAAT
** **** * *
13511787 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAAAGTGTTCAAAAAATATATTTA-TTTTTAAAT
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * **
13511850 -TTTTATTTATTAATTTTTGAAAGATAAATAAATTTCTATTATTTTA-TTCAAA
129 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AA
* * * * * * * ** * *
13511902 ATAAGCTTATATGAATAGAACCAAATGTTTTATGAGAAA-ACAAAAATGTCGTAA-TATTTTAAA
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATAC--AAAGGTTATAACGA-TTTGAA
* * * * *
13511965 ATAGATAATTGTTCATATAGTCGTAACTATTTGAACAT-GTTCGAT-AACAAGATTCATTTTTTA
63 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTTGGTAAACAA-ATTTATTTTTTA
* * * *
13512028 ATTCTCTTTCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
126 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * * * *
13512084 ATAGGCTTATATGAACT-GAAACAATTAGTTTATTACAAA-ACAAAAGGTCACAATGATTTGAAA
1 ATAAGCTTGTATG-ATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATAC-AAAGGTTATAACGATTTGAAA
* * * * * * * *
13512147 TAGATGATTATTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACTTGTTTGGAAAACATATTTATTTTTTAAAT
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * ** * *
13512212 -TTTCTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATT-TTGTTA-ATCAAA
129 CTCT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTC-AA
* * * * ** * * * *
13512265 ATAAGCATGTATGA-CAAAAATAATTATTTTATGACAAA-ACAAAAACTCATACCAATTTGAAAA
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATAC-AAAGGTTATAACGATTTGAAAT
* * * ** * * ** * *
13512328 AAATAATTTTTCAAATACTCATAAAGATTTGAAATTGTTCAGTAAATAGATTTA--TTTTAAATC
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* *
13512391 TTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATATATT-GTATTATTTTA-TTCAAA
130 TCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AA
* * ** * * * ** *
13512442 ACAAGCTTATATGAACAAAAAAAATCATTTTATGA-AAA-ACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAAT
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATAC-AAAGGTTATAACGATTTGAAAT
* * * * * *
13512505 AGATAATTG-TCGAAATAGTCAAAATTATTTAAACTTGTTTGGCAAACAAATTCATTTTTTAAAT
65 AGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * *
13512569 CTCTTAATTATTAA-TTTTCATAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCGA
129 CTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * *
13512622 ATAAGCTTATATGAATT-GAAATAGTT-TTTTATGACAAA-ACAAAATGTCATAATGATTTGAAA
1 ATAAGCTTGTATG-ATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATAC-AAAGGTTATAACGATTTGAAA
* ** * * *
13512684 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGATTTAGTTTGATAAACAAATTTAGTTTTTAAAT
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * ** *
13512749 TTTTTACTTATCAATTATTAAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTGA-CCCGA
129 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAA
* * ** * * * * * * *
13512802 ACAAGCTTCTATGAACATAAACAATTATTTTATAATAGA-ACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAT
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATAC-AAAGGTTATAACGATTTGAAAT
* * * * * * * *
13512866 ATATAAATTGCTCAAATAGTCAAAATTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA-
65 AGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* *
13512930 -TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCAA
129 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* ** * ** * * * *
13512980 AAAAATTTATATGAACAAAAACATTTGA-TTTATGACAAA-ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATT-ATTTTATGACAAATAC-AAAGGTTATAACGATTTGAAA
* * * * * *
13513043 TAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTT-AAGCTAGTTAGGTAAATATAA-TTATTTTATAA
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGGTTTGGTAAACA-AATTTATTTTTTAA
* * ** * * *
13513106 ATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAAT-AATTAATATTATTTTAATAT-GA
127 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAA
** * * * * *
13513160 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAATAGTCATAACAATTTGAAGT
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATACAAA-GGTTATAACGATTTGAAAT
* * * **
13513224 AAATAATTGTTCAAATAGTCATGACTA-TT----T-G---GCT-AA-TTATTTA--TTTTAAATC
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * * * * ** *
13513276 AT-TATGACCCT-TT--GTTTTGTAATA-AAATAATTGTTTCAAGTCATATAAGCTTATTTGAA
130 -TCT-T-A-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA---ATT--AGT-AT-T-ATTTTATTTCAA
** ** * * ** * * * * *
13513335 ATAAAATAATACTAATT--TATTAA-TA-TTT-TGA-AAAT-TAATGAG-TATGA-GAATTAAAA
1 ATAAGCTTGTA-TGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATACAAAG-GTTATAACGATTTGAAA
* * * ** * * *
13513391 AATGAATCTATTAATAGAACATATTCA-AA-TAGTTTG-ACT-ATCT-G--AAC-AA-TTATCTA
64 TA-G-AT-AATT-GTTCAA-ATAGTCATAACTA-TTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTAT-T-
* * *** * ** * *
13513447 TTTCAAA--TC--A-TTA-TAACCTTTTGTTTTGTT-ATAAACCA--ATTGTTTCTA-TCCATA
121 TTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT-TATTTCA-A
* * * * * * * ** *
13513501 A-AAGCTTAT-TCAAAATA-AAATAATTCTAATTTATTA-AAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA
1 ATAAGCTTGTAT--GATTAGAAACAA-T-TATTTTATGACAAA-TAC-AAAGGT--T-A-T-AAC
* ** * * * *
13513562 GATTT-AAA-AAATAAATTTGTTTATCAAGCGAGTTCAGGT-AGT-TATG-ACT-ATTTGAACAA
55 GATTTGAAATAGAT-AA-TTG--T-TCAA-ATAG-TCA--TAACTATTTGAACTGGTTTG----G
* * *
13513621 TCATTTATTTCAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCATATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
107 T-A---A--ACAAAT----TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
*
13513686 TTAGTATTATTTT-TTT-GA
162 TTAGTATTATTTTATTTCAA
* ** * * * * * * * * *
13513704 ATAGGCTTGTGCGATGAAAAATAATTGTTTTATAAC-AAGACAAAAGTTTGTAACAATTTGAAAT
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATAC-AAAGGTTATAACGATTTGAAAT
* * * ** * * ** *
13513768 AGATAATTATTCAAAT-GACCATAATTATTTGAACTAATTCGATAAATTAA-CT-TTTTTTAAAT
65 AGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * *
13513830 CT-TTAACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATGTCAA
129 CTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * * * * * ***
13513883 ATAAGCTTTTATGAACTA-AGATAATTGTCTTATGATAAA-ACAAAAAGATCATATTTATTCT-A
1 ATAAGCTTGTATG-ATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATAC--AAAGGTTATAACGATT-TGA
** * * * * **
13513945 AATAGATAATTACTCAAATAGTTATGACTATTTGATCTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTA
62 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTA
* * * * *
13514010 AATTTC-TAGTTTATTAATTTGTTG-AATGTTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGA
126 AATCTCTTA-CTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * * * *
13514066 GTAAGCATGTATGAACTA-AAACAATTATTTTACGACTAA-ACAAAAGGTAAGAATGATTTGAAA
1 ATAAGCTTGTATG-ATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATAC-AAAGGTTATAACGATTTGAAA
* * *
13514129 TAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAAT
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * * *
13514194 CTCTTTCTT-TT--TTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTATTTCGA
129 CTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
** * * * * * ** *
13514244 ATAAGCTTGTATGAACAGAAGCATTTGTTTTATTACAAA-ACAAAGGTCATATTGATTTGAGATA
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATACAAAGGTTATAACGATTTGAAATA
* * *** * * * *
13514308 GATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAATTGGTTCAATAAATAGATTTAATTCTTAAAT-T
66 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
**
13514372 -TT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
131 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
** * * ** * * *
13514420 ATAATTTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTACAACAAA-ACAAAATGTCATAATGATTTGAAAT
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATAC-AAAGGTTATAACGATTTGAAAT
* ** * * * ** * *
13514484 GGATAATAATTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATCTTTTTAAAT
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTAT-TTTTTAAAT
** * *
13514549 CTCCAACCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTCAA
129 CTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* ** * * * * * *
13514602 ACAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAAGATCAAAATGATTTGAAAT
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATAC-AAAGGTTATAACGATTTGAAAT
* * ** * * * * **
13514666 AAATAATTGTTCGAAGGGTCATAACTATTGGAATTCGCTTAATAAACAAATTTATTTTTTAAATC
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * *
13514731 TTTTACTTATTAA-TTTTGGAAT-TTCAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
130 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * ** * ** *
13514782 ATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAA-ATAAAGGTTATAATAATTTAAAATA
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATACAAAGGTTATAACGATTTGAAATA
* **** *
13514846 GACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-GTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAA--
66 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* *
13514908 --TT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAA
130 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAA
* * ** * * * * *
13514957 ATAAGCCTGCATGAACAGAACCAATTATTTTATGATAAA-ACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAAT
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATAC-AAAGGTTATAACGATTTGAAAT
* * * * * *
13515021 AGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACAT-GTTTGGTAAATAGATTAATTTTTTAATT
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* *
13515085 ATCTTACTCATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
129 CTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * * *
13515138 ATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTATTTTATTATAAA-ACAAA-ATATCACAATGATTTGAA
1 ATAAGCTTGTATG-ATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATACAAAGGT-T-ATAACGATTTGAA
* * * * * *** * *
13515200 ATAAATAAGTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCAATAAATATATTTATTTTTTTAA
63 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAA
* * ** *
13515265 ATCTTTTACTTATT-ATTTGTTCAAATATTAATAAATTA--ATT-TTTTAAATCTGA
127 ATCTCTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AA
* * * * *
13515318 ATAAGCTTGAATGA--ACAAACAATTGTTTTATGACAAA-ACTAAAGGTTATAACAATTTAAAAT
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATAC-AAAGGTTATAACGATTTGAAAT
* * ** * ** * *
13515380 A-AAAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAGATC
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * *
13515444 TTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAA
130 TCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * * *
13515496 ATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAATCATTTTATAACAAA-AAAAAGGTTATAGCGATTTCAAAT
1 ATAAGCTTGTATGATTAG-AAACAATTATTTTATGACAAATACAAAGGTTATAACGATTTGAAAT
* * * * * *** * * *
13515560 AGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTAAAATTGTTCATTAAATAGATTCATTTTTTAAATC
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * *
13515625 TCTTAATTAATAATTTTTGAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCAA
130 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * ** * * * * **
13515677 ATAAGCTTATATGAACT-GAAATGATTTTTTTACGACAAA-ACAAAATGTCATAATAATTTGAAA
1 ATAAGCTTGTATG-ATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATAC-AAAGGTTATAACGATTTGAAA
* * * * * * * *
13515740 TAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTT-AATCTAGTTTTGTAAGCATATTTATTTTTAAAA
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * * * *
13515804 TTTTTTTACTTATT-A--GTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATCCGA
128 -TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
** *** * * * * * * *
13515856 ATAAGCTTGTATGAACA-AAATTTGTTGTTTTATAACAGA-ACAAAAAGTCATAACAATTTAAAA
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAA-CAATTATTTTATGACAAATAC-AAAGGTTATAACGATTTGAAA
* * * * ** * *
13515919 TAAAATAATTGCTCAAATAGTCAAAACTATTTGAATTGGTTTAATAAACAGATTTATATTTTAAA
64 T-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * *
13515984 TCTC-TA---ATTAACTTTTGAAATGTTAATAGATTAGTATTCTTTTA-TTC--
128 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* ** * * * ** * * *
13516031 -----C-TATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAA-ACAAAATTTCATAGCAATTTGAAAA
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATACAAAGGTT-ATAACGATTTGAAAT
* * * * * *
13516089 AGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAATTGGTTAGG-AAACAGAA-TTATTTTTAAAAT
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * *
13516152 TTCTTACATATTAATTTTT-TAATATGAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGA
129 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAA
* * * * *
13516204 ATAAGCTAGTATGAATTA-AAAAAATTGTTTTATGACAAA-AC-AA----A-AATGATTGGAAAT
1 ATAAGCTTGTATG-ATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATACAAAGGTTATAACGATTTGAAAT
** * * * * * * * *
13516261 AGATAACAGTTCATATAATCTTAACTATTTAAACTAGTTTAGCAAGCAAATTTATTTCTTTAAAT
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTT-TTTAAAT
* * * ** * **
13516326 CTCTCAATTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTTGA
129 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * ** * * * * * *
13516379 ACAAGTTTCTATAAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGA-ACAAAAGGTTATAAC-TTTTGAAGT
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATAC-AAAGGTTATAACGATTTGAAAT
* * ** * * * * * * *
13516442 ATACAATTACTCAAATAATGATAACTATTTAAATTGGTTTAGTAAATAGATTTA-TTTTTAAA--
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * * **
13516504 TC-T-CTTATTAATTTTTGCAAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGA
130 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * ** * * * *
13516554 ATAAACTTGTATAACAAGAAACAATTGTTATATGACCAGA-A-AAAGGTAATAACGATTTGAAAT
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGA-CAAATACAAAGGTTATAACGATTTGAAAT
* * * * * * * * *
13516617 AGATACTTGTTGAAATGGCCACAATTATTTGAACTGATTTGGTAAATC-GATTTACTTTTTAAAT
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAA-CAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * **
13516681 CACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAGTTAGAATTATTTTATTTTGA
129 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * *
13516734 ATAA--TTGTATGAATT-GAATCAATAATTTTATGACAAA-ACAAAAGGTTATAATGATTTTAAA
1 ATAAGCTTGTATG-ATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATAC-AAAGGTTATAACGATTTGAAA
* ** * * * *
13516795 TAGACAA-TGTTCAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACTAATTTATTTTTTTTAA
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTA--TTTTTTAA
* * ***
13516859 A-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGG
127 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * *
13516913 ATAAGCTTTTATGAATT-GAAACAATTGTTTTAT-ATCAAA-ACAAAAGGTCATAATGATTTTAA
1 ATAAGCTTGTATG-ATTAGAAACAATTATTTTATGA-CAAATAC-AAAGGTTATAACGATTTGAA
* * * * ** * * * * *
13516975 ATAAATAGTTGTTTAAATAGTCATCACTATTTGAACTTATTCGATAAATAGATATATTTTTTCAA
63 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AA
* * * * * * * *
13517040 AT-TTTTTCTATATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTCCGA
127 ATCTCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * * * * * *
13517095 ATGAAAC-TGTAAGA-TATGAAATAAATATTTTCTAACTAA-ACAAAAGGTTAGAATGATTTAAA
1 AT-AAGCTTGTATGATTA-GAAACAATTATTTTATGACAAATAC-AAAGGTTATAACGATTTGAA
* * * * ** * ** *
13517157 ATATATAACTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACATATTTATTTTTTAAA
63 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * **
13517222 TCTCTTA-TGTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAA
128 TCTCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAA
* * * * *** * *
13517276 ATAAGC-TCTATGATAAGAAACAATTGTTTTTTGACAAA-ACAAATACCT-TAATGATTTGAGAT
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATACAAA-GGTTATAACGATTTGAAAT
* ** * * *
13517338 TGATAATTACTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
** * * *
13517403 TCTTAAGTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TATTTTGTTTCGA
130 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * *
13517454 ATAAGCTTGTACGATCATAAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
1 ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATAC-AAAGGTTATAACGATTTGAAAT
13517518 AGATAAT
65 AGATAAT
13517525 CACATATAGA
Statistics
Matches: 8202, Mismatches: 1939, Indels: 1217
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
154 2 0.00
155 10 0.00
156 13 0.00
157 25 0.00
158 54 0.01
159 20 0.00
160 6 0.00
161 12 0.00
162 1 0.00
163 6 0.00
164 24 0.00
165 28 0.00
166 32 0.00
167 105 0.01
168 91 0.01
169 159 0.02
170 61 0.01
171 43 0.01
172 79 0.01
173 133 0.02
174 78 0.01
175 370 0.05
176 620 0.08
177 872 0.11
178 528 0.06
179 813 0.10
180 1374 0.17
181 1717 0.21
182 668 0.08
183 110 0.01
184 11 0.00
185 7 0.00
186 7 0.00
187 2 0.00
188 1 0.00
189 3 0.00
190 2 0.00
191 6 0.00
192 4 0.00
193 8 0.00
194 2 0.00
195 2 0.00
196 8 0.00
197 6 0.00
198 9 0.00
199 2 0.00
200 6 0.00
201 7 0.00
202 10 0.00
203 16 0.00
204 21 0.00
205 2 0.00
206 6 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
ATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAATACAAAGGTTATAACGATTTGAAATA
GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
Found at i:13510007 original size:359 final size:356
Alignment explanation
Indices: 13509321--13517524 Score: 4519
Period size: 359 Copynumber: 22.9 Consensus size: 356
13509311 GATATTTGTT
* * * * * * **
13509321 TATTTGATCTAGTTCGGTAAACATATTTGTTTTTTAAATTTTACTTATTAATTGCTGAAATATTA
1 TATTTGAACTAGTTAGGTAAACAGAATTATTTTTTAAA-TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * * * *
13509386 ATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAG-TATGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATAACAGA
64 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCT-TATATGAATA-AAAAAATTGTTTTATGACAAA
* * * *
13509450 ACAAAAGGT-ATTAA-AATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTATTT
127 ACAAAAGGTCA-TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* * * * * *
13509513 TGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATATTTGAAATATTAATAGATAAGTAT
191 CGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
13509574 TATTTTATTTCGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTTTGACAAAACAAAAGGTCATA
255 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * *
13509639 ATGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAATCTTAAC
320 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * *
13509676 TATTTGAACTAGTTAGGTAAATAGAATTATATTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
1 TATTTGAACTAGTTAGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * ** *
13509741 TAATTCA-TTTTATTTTATTCCCAATAAGC-TATTATGAATTCAAAAAAACTTATTTTATGAC-A
66 AAATT-AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTA-TATGAA-T-AAAAAAA-TTGTTTTATGACAA
* * * * *
13509803 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTT
126 AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
* * * * * * *
13509868 CGGTAGACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATTTTATTATATTAGTAT
191 CGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTAT
* * * *
13509933 TATTTTATTTCAAATAATCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
255 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * ** * * **
13509998 ACAATTTGAAGTTTACT-ATTGTGCGAATAGTCATTGC
320 ACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* *
13510035 TATTTGAACTAGTTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGA
1 TATTTGAACTAGTTAGGTAAACAGAA-TTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATA
* * *
13510099 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGA-ATG-TTAAAATACAATTGTTATATGA
61 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT-ATATGAATAAAA-A-AATTGTTTTATGA
* * * * * *
13510162 CAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTGACATGGAT-ATAATTATTTGAA-T
123 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACT
* * * * ** *
13510225 TGATTCAATAAACAAATTCACTTTTTAAATAACTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
187 AG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATT
* * * ** *
13510290 AGCATTATTTTATTTCGAGTAAGCTTCTATGAACCGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGG
250 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * *
13510355 TCATAACGATTTCAAATAGATAATTATTCATATATTCTTAAT
315 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * *
13510397 TGTTTGAACTATTTCA-GCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTGTTAATTTTTGGAATA
1 TATTTGAACTAGTT-AGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTA----TTAATTTTTGAAATA
* * * * * ** *
13510461 TTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTACAATA
61 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAA-TAAAAAAATTGTTTTATGACA
* * * * *
13510526 AAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAG---GAACCA---G---T--T
125 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT
* * * * **
13510580 TAG-TAAACATAA-TTATTTTTTAAACCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAAC
190 TCGATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGT
** * * ** * * * **
13510643 ATTATTTTATCCCAAATAGGCTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGTTTG
253 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * *
13510708 CAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAAT
318 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * *
13510747 TATTTAAACCA---A--T--TC-G-ATCTATTTTTTAAATCTCTAATATATCAATTTTTGAAGTA
1 TATTTGAACTAGTTAGGTAAACAGAAT-TATTTTTTAAATCTCT--TAT-T-AATTTTTGAAATA
* * * * * * * * *
13510803 TCAATAAAGTAATATTATTTTATT-TCATATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATGGTTTTATGAT
61 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTATATGAA-TAAAAAAATTGTTTTATGAC
* *** * * ** * *
13510867 AAAACAAAAAGTCATATTTATTTTAAATAAATAATCATTCAAAT-GTCATAACTATTTGAATTTG
124 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
* * * * **
13510931 TTCGGTAAACAAATTTATTTTGTAAAATTTGTTGTTTATTAAATTTTTGAATGA-TAATAAATTA
189 TTCGATAAACAAATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTGAAT-ATTAATAAATTA
* * ** * * * *
13510995 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAATTGAAAA-TACTATTTTATGAC-AAGCAAAAGG
251 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * *
13511058 TCATAACGATTT-AAAGTAGATAATTGTTCTAGTAGTCTTAAC
315 TCATAACGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * *
13511100 TATTTGAACTAATTTGGGAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT-AGAATACTAT
1 TATTTGAACTAGTTAGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGA-AATATTAA
* * * * * *
13511164 TAATTTA-TCAATATTTTACTCTGAATAAGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGCTTTATGACAAAA
65 TAAATTAGT-ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAA
* ** * * * *
13511228 CAAATA--TCGTAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAATTATTTGAACTAGTTT
128 CAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC
* * * * * *
13511291 GATATATAGATTTAGTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGCATT
192 GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * **
13511352 ATTTTA-TTCTGAATAA-CTTTGTATG-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCAT
256 ATTTTATTTC-GAATAAGC-TTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * *
13511414 AACGATTTG-ATTAGATAATAGTTCAAATGGACATAAC
319 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
13511451 TATTTGAGCTTGTTCGGTGTAACA-AATTTATTTTTAAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAA
1 TATTTGAACTAGTTAGGT-AAACAGAA-TTATTTTTTAAATCT----CTTATTAATTTTTGA-AA
* * * * * * *
13511514 TATTAATAAATTAGCT-TTATTTTATTTTGATTAAACTTGTATTAATAGAAACAATTGTTTTACG
59 TATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATA-AAAAAATTGTTTTATG
* * *
13511578 ACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
122 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * *
13511643 TGCTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC-TATTAATTTTTGAAATTTTGAT-AATTA
187 AGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTA
* * * *
13511706 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGT
251 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
13511771 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
316 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * ** * * * * * *
13511812 TATTTAAAAGT-GTTCA-AAAAATATATTTA-TTTTTAAATTTTTATTTATTAATTTTTGAAAGA
1 TATTT-GAACTAGTT-AGGTAAACAGAATTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATA
* ** ** * *
13511874 TAAATAAATTTCTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTATATGAATAGAACCAAA-TGTTTTATGAG
61 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATA-AA-AAAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
13511938 AAAACAAAAATGTCGTAATATTTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTCGTAACTATTTGAAC-A
124 AAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* * * *
13512002 TGTTCGAT-AACAAGATTCATTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT
188 -GTTCGATAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATT
* * * ** *
13512066 AGTATTATTTTATTTCAAATAGGCTTATATGAACTGAAACAATTAG-TTTATTACAAAACAAAAG
250 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * *
13512130 GTCACAATGATTTGAAATAGATGATTATTCAAATAGTTATGAC
314 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * **
13512173 TAGTTGAACTTGTTTGGAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTCTACTTATTAATTATCAAAATAT
1 TATTTGAACTAGTTAGGTAAACAGAATTATTTTTTAAA---TCT-CTTATTAATTTTTGAAATAT
* * ** * * * *
13512238 TAATAAATTAATATT-TTGTTAATCAAAATAAGCATGTATGACA-AAAATAATTATTTTATGACA
62 TAATAAATTAGTATTATT-TTATTCTGAATAAGCTTATATGA-ATAAAAAAATTGTTTTATGACA
** * * * * * ** * *
13512301 AAACAAAAACTCATACCAATTTGAAAAAAATAATTTTTCAAATACTCATAAAGATTTGAAATTGT
125 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT
* * * *
13512366 TC-AGTAAATAGATTTA--TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATATATT-G
190 TCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAG
* * * * **
13512426 TATTATTTTA-TTCAAAACAAGCTTATATGAACAAAAAAAATCATTTTATGA-AAAACAAAAGGT
252 TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* ** * * *
13512489 TATAGTGATTTCAAATAGATAATTG-TCGAAATAGTCAAAAT
316 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAAC
* * * * * *
13512530 TATTTAAACTTGTTTGGCAAACA-AATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAATA
1 TATTTGAACTAGTTAGGTAAACAGAATT-ATTTTTTAAATCTCTT-ATTA--ATTTTTGA-AATA
* * * *
13512594 TTAATAACTTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAGTT-TTTTATGAC
61 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTATATGAA-TAAAAAAATTGTTTTATGAC
* ** * **
13512657 AAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGATTTAG
124 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
* * * * * **
13512722 TTTGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATTTTTTACTTATCAATTATTAAAATATTAATAAATTAGT
189 TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGT
* ** * * * * * * * *
13512787 ATTGTTTTGA-CCCGAACAAGCTTCTATGAACATAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTC
253 ATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * *
13512851 ATAACAATTTGAAATATATAAATTGCTCAAATAGTCAAAAT
317 ATAACGATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
13512892 TATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
1 TATTTGAACTAGTTAGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* ** * ** * * *
13512957 AGATTAGTATTATTTTATTCCAAAAAAATTTATATGAACAAAAACATTTGATTTATGACAAAACA
66 AAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACA
** * * * *
13513022 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTT-AAGCTAGTTAGG
130 AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTCGA
* * * *** *
13513086 TAAATATAA-TTATTTTATAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAAT-AATTAATATTA
194 TAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTA
* *
13513149 TTTTAATAT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATA-GTCATA
257 TTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATA
* * * *
13513212 ACAATTTGAAGTAAATAATTGTTCAAATAGTCATGAC
320 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * *** * *
13513249 TATTTG-GCTAATTA--T--------TTA--TTTTAAATC-ATTATGACCCTTTG--TTTTGTAA
1 TATTTGAACTAGTTAGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATAT-TAA
* * * * * *
13513298 TAAAATA--ATTGTTTCAAGTC--ATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
65 TAAATTAGTATTATTT-TATTCTGA-ATAAGCTTATATG-AATAAAA-AA-A-T--TGT-TT--T
*** ** * * * * * * * ** *
13513359 ATTTTGAAAATTAATGAGT-ATGAGAA-TTAAAAAATGAATCTATTAATAGAACATATTCA-AA-
119 A-TGACAAAACAAAAG-GTCATAACAATTTGAAATA-G-AT-AATT-GTTCAA-ATAGTCATAAC
* * * *
13513420 TAGTTTG-ACTA--TC--TGAAC-AA-TTATCTATTTCAAA--TC--A-TTA-TAACCTTTTG-T
177 TA-TTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTAT-T-TTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAA
* * ** * * * * * * * *
13513471 TTTGTTATAAACCA--ATTGTTTCTA--TCCATAAAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATTCTAAT
238 TAT-TAATAAATTAGTATTATTT-TATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGT--T
* * ** * * *
13513531 TTATTA-AAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAA-AAATAAATTTGTTTATCAAGCGA
297 TTATGACAAA--AC-AAAA--GGTCA-T-AACGATTTGAAATAGAT-AA-TTG--T-TCAA---A
13513593 GTTCAGGT-AGTTATGAC
347 --T-A-GTCA--TA--AC
* ** *
13513610 TATTTGAACAATCATTTATTTCAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCATATTTATTAATTTTTGAA
1 TATTTGAAC--T-AGTTAGGT-AAACAGAATTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGAA
* * **
13513675 ATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TT-TGAATAGGCTTGTGCG-ATGAAAAATAATTGTTTTAT
58 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAAT-AAAAA-AATTGTTTTAT
* * * ** * * *
13513737 AACAAGACAAAAGTTTGTAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GACCATAATTATTTGAA
121 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA
* ** * *
13513801 CTAATTCGATAAATTAA-CT-TTTTTTAAATCT-TTAACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAA
185 CTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAA
* * * * * * * * * *
13513863 GTAATATTATTTTATGTCAAATAAGCTTTTATGAACTAAGATAATTGTCTTATGATAAAACAAAA
248 TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAA
* *** ** * *
13513928 AGATCATATTTATTCT-AAATAGATAATTACTCAAATAGTTATGAC
312 AGGTCATAACGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * *
13513973 TATTTGATCTTGTTCA-GTAAACA-AATTTATTTTTTTAAATTTCTAGTTTATTAATTTGTTG-A
1 TATTTGAACTAGTT-AGGTAAACAGAA-TTA-TTTTTTAAA--TCT--CTTATTAATTT-TTGAA
* * * * * * * *
13514035 ATGTTAATAAAGTAGTATTATTTTATT-TCGAGTAAGCATGTATGAACTAAAACAATTATTTTAC
58 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTATATGAA-TAAAAAAATTGTTTTAT
* * * ** * *
13514099 GACTAAACAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC
121 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * *
13514164 TGGTTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTT-TT--TTTTTAGAATATTATTAATTT
186 TAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATT
* * * * * *
13514226 AGCAATATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAGCATTTGTTTTATTACAAAAC-AAAGG
250 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
** * *
13514290 TCATATTGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAG
315 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * * *
13514332 TATTTGAATTGGTTCA-ATAAATAGATTTAATTCTTAAATTTTTTATTAATTTTTGAAATATTAA
1 TATTTGAACTAGTT-AGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* ** * * ** **
13514396 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTACAACAAAAC
65 TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * ** * * *
13514461 AAAATGTCATAATGATTTGAAATGGATAATAATTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTC-A
129 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
* * ** *
13514525 GTAAATAGATTTATCTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
194 -TAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATT
* * * ** * * * *
13514590 GTTTTATTTCAAACAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAA
256 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * **
13514655 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCGAAGGGTCATAAC
321 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
13514691 TATTGGAATTCGCTTA-ATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGGAAT
1 TATTTGAACTAG-TTAGGTAAACAGAA-TTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAAT
* * *
13514753 -TTCAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATG
60 ATT-AATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTATATGAATA-AAAAAATTGTTTTATG
* * * * *
13514816 ACAAAA-TAAAGGTTATAATAATTTAAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACG
122 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-
* * *
13514880 T-GTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAA----TT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT
186 TAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAA-T
* * * * * *
13514939 TA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCCTGCATGAACAGAACCAATTATTTTATGATAAAACAAAA
249 TAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * *
13515002 GGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAT
313 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * *
13515046 TATTTGAAC-ATGTTTGGTAAATAG-ATTAATTTTTTAATTATCTTACTCATTAATTTTT-AGAA
1 TATTTGAACTA-GTTAGGTAAACAGAATT-ATTTTTTAA--ATC-T-CTTATTAATTTTTGA-AA
* * * * *
13515108 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATT
59 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTATATGAA-TAAAAAAATTGTTTTATG
* ** * ** * * * *
13515172 ATAAAACAAAATATCACAATGATTTGAAATAAATAAGTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACT
122 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
13515237 TGTTCAATAAATATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTTCAAATATTAATAAAT
187 AGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TT-GAATATTAATAAAT
** * *
13515301 TA--ATT-TTTTAAATCTGAATAAGCTTGAATGAAC--AAACAATTGTTTTATGACAAAACTAAA
249 TAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * *
13515361 GGTTATAACAATTTAAAATA-AAAATTATTCAAATAGTCATAAA
313 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * *
13515404 GATTTGAACTTGTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AA
1 TATTTGAACTAGTT-AGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATT-T-TTGAAA
* * **
13515466 TATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAATCATTTTAT
59 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTATATGAAT--AAAAAAATTGTTTTAT
* * * * * * * * *
13515530 AACAAAA-AAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTAAAA
121 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * *
13515594 TTGTTC-ATTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTAATAATTTTTGAAATATTAATAACT
186 TAGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAAT
* * ** ** * * *
13515658 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAATGATTTTTTTACGACAAAACAAAAT
249 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
** * * *
13515723 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGAT
314 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
** * * * * * * *
13515766 TATTT-AATCTAGTTTTGTAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTTTACTT-ATTAGTTGAAATAT
1 TATTTGAA-CTAGTTAGGTAAACAGAATTATTTTTTAAA-TCTCTTA-TTAATT-TTTGAAATAT
* * * * * *** * *
13515829 TAATAAATTTGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAATTTGTTGTTTTATAACAG
62 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAAAA-AAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * *
13515894 AACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAAATAATTGCTCAAATAGTCAAAACTATTTGAATTGGT
126 AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT
** * * * * *
13515959 TTAATAAACAGATTTATATTTTAAATCTC-TA---ATTAACTTTTGAAATGTTAATAGATTAGTA
190 TCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTA
* * * **
13516020 TTCTTTTA-TTC-------C-TATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCAT
254 TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * *
13516076 AGCAATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTTATAAT
319 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * *
13516114 TATTTAAATTGGTTAGG-AAACAGAATTATTTTTAAAATTTCTTACATATTAATTTTT-TAATAT
1 TATTTGAACTAGTTAGGTAAACAGAATTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATAT
* * *
13516177 GAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGC-TAGTATGAATTAAAAAAATTGTTTTATGAC
62 TAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTA-TATGAA-TAAAAAAATTGTTTTATGAC
* * ** * * * *
13516240 AAAACAAAA----AT---GATTGGAAATAGATAACAGTTCATATAATCTTAACTATTTAAACTAG
124 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
* * * * * ** *
13516298 TT-TAGCAAGCAAATTTATTTCTTTAAATCTCTCAATTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTA
189 TTCGA-TAAACAAATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTA
* * * * * * *
13516362 GTATTATTTTATTTTGAACAAGTTTCTATAAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGT
251 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * ** * *
13516427 TATAAC-TTTTGAAGTATACAATTACTCAAATAATGATAAC
316 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * *
13516467 TATTTAAATTGGTTTA-GTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGCAAGATTAA
1 TATTTGAACTAG-TTAGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * * * * *
13516530 TAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTAT-AACAAGAAACAATTGTTATATGACCAGA
65 TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAA-AAA-AATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * * * *
13516594 -AAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATACTTGTTGAAATGGCCACAATTATTTGAACT-GATTT
128 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTC
* * * * * *
13516657 GGTAAATC-GATTTACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAGTTAGAAT
192 GATAAA-CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTAT
* *** * ** *
13516721 TATTTTATTTTGAATAA--TTGTATGAATTGAATCAATAATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
255 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * **
13516784 ATGATTTTAAATAGACAA-TGTTCAAATAGTTGTAAC
320 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * *
13516820 TATTTGAATTTGTTCGGTAAACTA-ATTTATTTTTTTTAAACTCTTGCTTATTAATTTTTGAAAT
1 TATTTGAACTAGTTAGGTAAAC-AGAATTA--TTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * *
13516884 ATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTAT-AT
60 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAA-TAAAAAAATTGTTTTATGA-
** * * * * *
13516948 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAGTTGTTTAAATAGTCATCACTATTTGAACTT
123 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-T
* * * * * * *
13517013 A-TTCGATAAATAGATATATTTTTTCAAAT-TTTTTCTATATTAATTTTTCAAATGTTAATAAAT
187 AGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACT-TATTAATTTTT-GAATATTAATAAAT
* * * * * * * * * * *
13517076 TTGGATTATTTTATTCCGAATGAAAC-TGTAAGATATGAAATA-AA-TATTTTCTAACTAAACAA
249 TAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGCTTGTATGA-A-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * * **
13517138 AAGGTTAGAATGATTTAAAATATATAACTATTCTAATAGTTTTAAC
311 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * ** * * *
13517184 TATTTGAACTGGTTCGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTATGTATTAATTTTTGGAATAT
1 TATTTGAACTAGTTAGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTC---T-TATTAATTTTTGAAATAT
* * ** * *
13517249 TATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGC-TCTATG-ATAAGAAACAATTGTTTTTTGAC
62 TAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTTATATGAATAA-AAA-AATTGTTTTATGAC
* * ** * * ** * * *
13517311 AAAACAAATA--CCTTAATGATTTGAGATTGATAATTACTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTG
124 AAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* * * ** *
13517374 GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAAGTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAG
188 GTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAG
* * * *
13517439 TA-TATTTTGTTTCGAATAAGCTTGTACGATCATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
252 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
*
13517503 ATAATGATTTGAAATAGATAAT
317 ATAACGATTTGAAATAGATAAT
13517525 CACATATAGA
Statistics
Matches: 6084, Mismatches: 1318, Indels: 890
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 7 0.00
340 80 0.01
341 45 0.01
342 136 0.02
343 13 0.00
344 20 0.00
345 38 0.01
346 16 0.00
347 32 0.01
348 157 0.03
349 48 0.01
350 200 0.03
351 77 0.01
352 98 0.02
353 238 0.04
354 289 0.05
355 328 0.05
356 249 0.04
357 515 0.08
358 511 0.08
359 792 0.13
360 385 0.06
361 633 0.10
362 641 0.11
363 241 0.04
364 64 0.01
365 9 0.00
366 2 0.00
367 3 0.00
368 1 0.00
370 1 0.00
371 4 0.00
372 10 0.00
373 13 0.00
374 3 0.00
375 20 0.00
376 18 0.00
377 12 0.00
378 20 0.00
379 3 0.00
380 14 0.00
381 15 0.00
382 11 0.00
383 37 0.01
384 25 0.00
385 3 0.00
386 6 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (356 bp):
TATTTGAACTAGTTAGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
AAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAA
AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATA
AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
ATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
Found at i:13510702 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 13510262--13510737 Score: 384
Period size: 169 Copynumber: 2.7 Consensus size: 169
13510252 AATAACTTAT
* ** * * * *
13510262 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGAGTAAGCTTCTATGAACCGA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAACATTATTTTATCCCAAATAAGCTTATATGAACTGA
* ** * * * * * *
13510327 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTATTCATATATTC
66 AACAATTATTTTACAATAAAACAAAAGGTTACAACAATTTAAAATAGATAATTATTCA-A-A---
* * * * * * ** *
13510392 TTAATTGTTTGAACTA-TTTCAGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAG
126 -T-A--G---GAACCAGTTT-AGTAAACATAATTATTTTTTAAACCTCCTAC
* * * ** * *
13510443 TTGTTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAACTGA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAACATTATTTTATCCCAAATAAGCTTATATGAACTGA
*
13510508 AACAATTATTTTACAATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGGA
66 AACAATTATTTTACAATAAAACAAAAGGTTACAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGGA
13510573 ACCAGTTTAGTAAACATAATTATTTTTTAAACCTCCTAC
131 ACCAGTTTAGTAAACATAATTATTTTTTAAACCTCCTAC
* * *
13510612 TTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAACATTATTTTATCCCAAATAGGCTTGTATG-A-TGA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAACATTATTTTATCCCAAATAAGCTTATATGAACTG-
* * * * * * * *
13510675 AAAATAATTGTTTTATGAA-AAAACAAAAGTTTGCAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
65 -AAACAATTATTTTA-CAATAAAACAAAAGGTTACAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAAT
13510738 GGCCATAATT
Statistics
Matches: 245, Mismatches: 46, Indels: 20
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.01
168 1 0.00
169 127 0.52
170 5 0.02
172 1 0.00
174 1 0.00
175 1 0.00
179 1 0.00
180 1 0.00
181 105 0.43
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (169 bp):
TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAACATTATTTTATCCCAAATAAGCTTATATGAACTGA
AACAATTATTTTACAATAAAACAAAAGGTTACAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGGA
ACCAGTTTAGTAAACATAATTATTTTTTAAACCTCCTAC
Found at i:13515038 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 13515017--13515049 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
13515007 TAATGTTTTG
13515017 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGCATAATTATTC
13515033 AAATAGTCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
13515050 TGAACATGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTC
Found at i:13515132 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 13510581--13513254 Score: 1723
Period size: 180 Copynumber: 14.9 Consensus size: 179
13510571 GAACCAGTTT
* * ** * * **
13510581 AGTAAACATAATTATTTTTTAAACCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAACATT
1 AGTAAACAGATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATT
*** * ** * * * * ***
13510646 ATTTTATCCCAAATAGGCTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGTTTGCAA
65 ATTTTAT-TTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * *
13510711 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAAC-----C
129 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
** * * * * * * *
13510757 A--ATTC-GATCTATTTTTTAAATCTC-TAATATATCAATTTTTGAAGTATCAATAAAGTAATAT
1 AGTAAACAGATTTATTTTTTAATTCTCTTACT-TATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTAT
* * ** * * *
13510818 TATTTTATTTCATATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATGGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATA
64 TATTTTATTTGA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
13510883 TTTATTTTAAATAAATAATCATTCAAAT-GTCATAACTATTTGAATTTGTTC
128 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * * **
13510934 GGTAAACAAATTTATTTTGTAAAATT-TGTTGTTTATTAAATTTTTGAATGA-TAATAAATTAGT
1 AGTAAACAGATTTATTTT-T-TAATTCTCTTACTTATT-AATTTTTGAAT-ATTAATAAATTAGT
* ** * * *
13510997 ATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAATTGAAA-ATACTATTTTATGAC-AAGCAAAAGGTC
62 ATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * ** *
13511060 ATAACGATTT-AAAGTAGATAATTGTTCTAGTAGTCTTAACTATTTGAACTAATTT
125 ATAATGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * * * * * *
13511115 GGGAAACACATTTATTTTTTAA--ATC-T-CTTATTAATTTTTAGAATACTATTAATTTA-TCAA
1 AGTAAACAGATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGT-AT
* * * * *
13511175 TATTTTACTCTGAATAAGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAATA--TCGT
64 TATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCAT
* * * * *
13511238 AATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAATTATTTGAACTAGTT-
127 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * * * * *
13511290 TGATATATAGATTTAGTTTTTAA--ATCTT--TTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGCAT
1 AG-TAAACAGATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTAT
* **
13511351 TATTTTATTCTGAATAA-CTTTGTATG-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCAT
64 TATTTTATT-TGAATAAGC-TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * *
13511414 AACGATTTG-ATTAGATAA-TAGTTCAAATGGACATAACTATTTGAGCTTGTTC
127 AATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * * * **
13511466 GGTGTAACAAATTTATTTTTAAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCT-
1 AGT-AAACAGATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAG-TA
* * * * * *
13511530 TTATTTTATTTTGATTAAACTTGTATTAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGATCAT
63 TTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * *
13511595 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTC
127 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * * *
13511648 -GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC-TATTAATTTTTGAAATTTTGAT-AATTAGTAT
1 AG-TAAACAGATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTAT
* * *
13511710 TATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
64 TATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * **
13511775 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAAGTGTTC
128 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
** * * * * * * **
13511827 AAAAAATATATTTATTTTTAAATT-T-TTATTTATTAATTTTTGAAAGATAAATAAATTTCTATT
1 AGTAAACAGATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATT
** * * * * * * *
13511890 ATTTTATTCAAAATAAGCTTATATGAATAGAACCAAATGTTTTATGAGAAAACAAAAATGTCGTA
65 ATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATA
* * * * *
13511955 AT-ATTTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTCGTAACTATTTGAACATGTTC
128 ATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * *
13512007 -G-ATAACAAGATTCATTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTA
1 AGTA-AAC-AGATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTA
* * * * *
13512070 TTATTTTATTTCAAATAGGCTTATATGAACTGAAACAATTAG-TTTATTACAAAACAAAAGGTCA
63 TTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * *
13512134 CAATGATTTGAAATAGATGATTATTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACTTGTTT
126 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * * *** *
13512188 GGAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTC-TACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATAT
1 AGTAAACAGATTTATTTTTT-AATTCTCTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTAT
*** * * * * **
13512252 T-TTGTTAATCAAAATAAGCATGTATG-ACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAACTCAT
64 TATT-TT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
*** * * * * ** *
13512315 ACCAATTTGAAAAAAATAATTTTTCAAATACTCATAAAGATTTGAAATTGTTC
127 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * *
13512368 AGTAAATAGATTTA--TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATATATT-GTAT
1 AGTAAACAGATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTAT
** * * * * ** *
13512429 TATTTTATTCAAAACAAGCTTATATGAACAAAAAAAATCATTTTATGA-AAAACAAAAGGTTATA
64 TATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
13512493 GTGATTTCAAATAGATAATT-GTCGAAATAGTCAAAATTATTTAAACTTGTTT
128 ATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * * * * *
13512545 GGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAT-AATATTAATAACTTAGTAT
1 AGTAAACAGATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTT--TGAATATTAATAAATTAGTAT
* ** * * *
13512609 TATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAGTT-TTTTATGACAAAACAAAATGTCATA
64 TATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
*
13512673 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-ATTTAGTT-
128 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTC
* * * * * **
13512724 TGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATT-TTTTACTTATCAATTATTAAAATATTAATAAATTAGTA
1 AG-TAAACAGATTTA-TTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTA
* *** * * * * * * * *
13512788 TTGTTTTGACCCGAACAAGCTTCTATGAACATAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTCAT
63 TTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * ** * *
13512853 AACAATTTGAAATATATAAATTGCTCAAATAGTCAAAATTATTTGAACTTGTT-
127 AATGATTTGAAATAGAT-AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * *
13512906 TGATAAATAGATTTATTTTTTAA--ATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTAT
1 AG-TAAACAGATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTAT
** * ** * * * *
13512967 TATTTTATTCCAAAAAAATTTATATGAACAAAAACATTTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
64 TATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * *
13513032 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTT-AAGCTAGTT-
128 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTGTTC
* * * * * * *** *
13513083 AGGTAAATATAATTATTTTATAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAAT-AATTAATAT
1 A-GTAAACAGATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTAT
*
13513147 TATTTTAATATGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATA-GTCAT
64 TATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCAT
** * * * *
13513211 AACAATTTGAAGTAAATAATTGTTCAAATAGTCATGACTATTTG
127 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
13513255 GCTAATTATT
Statistics
Matches: 1959, Mismatches: 428, Indels: 217
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 19 0.01
173 106 0.05
174 4 0.00
175 72 0.04
176 197 0.10
177 144 0.07
178 168 0.09
179 235 0.12
180 492 0.25
181 334 0.17
182 180 0.09
183 8 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AGTAAACAGATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
Found at i:13515620 original size:539 final size:533
Alignment explanation
Indices: 13509338--13517520 Score: 3000
Period size: 539 Copynumber: 15.3 Consensus size: 533
13509328 TCTAGTTCGG
* * ** *
13509338 TAAACATATTTGTTTTTTAAAT-TTTACTTATTAATTGCTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTCTTATT-ATTTTTGAAATATTAATAAATT-GAATTATT
* * *
13509402 TT-AATCCGAATAAG-TATGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATAACAGAACAAAAGGT-ATTAA
64 TTAAAT-CGAATAAGCT-TGTATGAAC--AAACAATTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTCA-TAA
* * ** * ** ** *
13509464 -AATTTGAAATA-AATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTATTTTGATAAATAGATTT
124 CAATTTAAAATAGAA-AATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAATTGGTTCAATAAACAGATTT
* * * * **
13509527 ATTTTTTAAATCTT-TTATTAATATTTGAAATATTAATAGATAAGTATTATTTTATTTCGAACA-
188 ATTTTTTAACTTTTCTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTT-GAA-AT
* * * * ** * *
13509590 AA-CTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTTTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
250 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * * * * *
13509654 TATTTGTTCAAATAATCTTAACTATTTGAACTAGTT-AGGTAAATAGAATT-ATATTTTAAATCT
315 TAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAAATTGTTCA-GTAAATAG-ATTAATTTTTTAAATCT
* * * * *
13509717 C-T--T-ATTAATTTTTAAAATATTAATTAATTCA-TTTTATTTTATTCCCAATAAGC-TATTAT
378 CTTACTCATTAATTTTT-GAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TAT
* * * * * * * * *
13509776 GAATTCAAAAAAACTTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
440 GAACT-GAAACAA-TTATTTTACGACAAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATT
* * * * ***
13509840 CATATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTCGG
503 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAA
* * * ** * * * *
13509871 TAGACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATTTTATTATATTAGTATTA
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TTTCTTATT-ATTTTTGA-AATATTAATAAATT-GAATTA
** * * * * *
13509935 TTTTATTTCAAATAATCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAC
62 TTTTAAATCGAATAAGCTTGTATGAAC--AAACAATTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTCATAAC
* * ** ** * * **** * * ** *
13510000 AATTTGAAGTTTACTATTGTGCGAATAGTCATTGCTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTAT
125 AATTTAAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAATTGGTTCAATAAACAGATTTAT
* * *
13510065 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AAT
190 TTTTT-AA-CT-TTTCTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTTGAAAT
* * * ** * * * **
13510129 AAGCTTGAATG-TTAAAATACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAG
250 AAGCTTGTATGAATAGAA-ACAATCATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * * * * *
13510193 ATAATTATTGACATGGAT-ATAATTATTT-GAATTGATTCAATAAACAAATTCACTTTTTAAATA
314 ATAATTATTCAAATAG-TCATAATTATTTAAAATTG-TTCAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATC
* * * * * * *
13510256 ACTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGAGTAAGCTTCTATG
377 TCTTACTCATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATG
* * * * * * * * * *
13510321 AACCGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTATTCAT
441 AACTGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAA
* * * * * *
13510386 ATATTCTTAATTGTTTGAACTAT-TTCAG
506 ATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTAA
* * * * * * * *
13510414 CAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTGTTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTAT
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTT-CTTATT-ATTTTTGAAATATTAATAAATT-GAATTAT
* * * * ** * * *
13510479 TTT-ATTCTAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTACAATAAAACAAAAGGTTATAAC
63 TTTAAATC-GAATAAGCTTGTATGAAC--AAACAATTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTCATAAC
* * * * * *
13510543 AATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAG-GA-ACCAG-TTT--A---G-----TAAACATAATTA
125 AATTTAAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATA-AAGATTTGAATTGGTTCAATAAACAGATTTA
* * * *** ***
13510595 TTTTTTAAACCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAACATTATTTTATCCCAAAT
189 TTTTTT-AA-CT-TTTCTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAAT
* * * ** * *** *
13510660 AGGCTTGTATG-ATGAAAAATAATTGTTTTATGAA-AAAACAAAAGTTTGCAACGATTTGAAATA
250 AAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATCATTTTAT-AACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * *
13510723 GATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTT-AAA-----C--CAATTCGATCT-ATTTTTTAAATC
313 GATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAAATTGTTCAGTAAATAGAT-TAATTTTTTAAATC
* * * * * *
13510779 TCTAATA-T-ATCAATTTTTGAAGTATCAATAAAGTAATATTATTTTATTTCATATAAGCTTTTA
377 TCT--TACTCATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATA
* ** * * * * * * *
13510842 TGAATTGAAACAATGGTTTTATGATAAAACAAAA-AGTCATATTTATTTTAAATAAATAATCATT
439 TGAACTGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGA-TCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATT
* ***
13510906 CAAAT-GTCATAACTATTTGAATTTGTTCGG
503 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAA
* * * *
13510936 TAAACAAATTTATTTTGTAAAAT-TTGTTGTTTATTAAATTTTTG-AATGA-TAATAAATTAGTA
1 TAAACATATTTATTTT-TTAAATCTT-TT-CTTATT--ATTTTTGAAAT-ATTAATAAATT-GAA
** * * * * * * *
13510998 TTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAATTGAAA-ATACTATTTTATGAC-AAGCAAAAGGTCA
59 TTATTTTAAATCGAATAAGCTTGTATGAA--CAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTCA
* * * * * * ** * ** **** *
13511061 TAACGATTTAAAGTAGATAATTGTTCTAGTAGTCTTAACTATTTGAACTAATTTGGGAAACACAT
121 TAACAATTTAAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAATTGGTTCAATAAACAGAT
* * * * * * *
13511126 TTATTTTTTAA-ATCTCTTATTAATTTTTAGAATACT-ATTAATTTATCAATATTTTACTCTG-A
186 TTATTTTTTAACTTTTCTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTTGT-ATTATTTTA-TTTGAA
* * *** * * *
13511188 ATAAGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAATA--TCGTAATGATTTGAGAT
248 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTATAACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * * * *
13511251 AGATAATTGTTCAAAAAGTCATAATTATTTGAACTAGTT-TGATATATAGATTTAGTTTTTAAAT
312 AGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAAATTGTTCAG-TAAATAGATTAATTTTTTAAAT
* * * *
13511315 CT-TT--T-ATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTCTGAATAA-CTTTGT
376 CTCTTACTCATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGC-TTAT
* * * * * * *
13511374 ATG-A-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAACGATTTG-ATTAGATAA-TAG
438 ATGAACT-GAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTA-
* * * ***
13511435 TTCAAATGGACATAACTATTTGAGCTTGTTCGG
501 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAA
* * * *** **
13511468 TGTAACAAATTTATTTTTAAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGCTTT
1 T-AAACATATTTATTTTTTAAATCT-TTTCTTATT-ATTTTTGA-AATATTAATAAATT-GAATT
** * * * * * * * *
13511532 ATTTTATTTTGATTAAACTTGTATTAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGATCATAA
61 ATTTTAAATCGAATAAGCTTGTA-TGA-ACAAACAATTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTCATAA
* * ** * * *
13511597 CAATTTGAAATA-AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GCTCGATAAATAGATT
124 CAATTTAAAATAGAA-AATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAA-TTGGTTCAATAAACAGATT
* * * *
13511660 TATTTTTTAAATCTTTTAC-TATTAATTTTTGAAATTTTGAT-AATTAGTATTATTTTATTTCAA
187 TATTTTTT-AA-CTTTT-CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAA
* * *** * *
13511723 ATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
248 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * ** * *
13511788 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAAGTGTTCAAAAAATATATTTA-TTTTTAAAT-T
313 GATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAAATTGTTCAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCT
* * * * * **
13511851 TTTATTTATTAATTTTTGAAAGATAAATAAATTTCTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTATATG
378 CTTACTCATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATG
* * * * * ** * * *
13511915 AA-TAGAACCAAATGTTTTATGAGAAAACAAAA-ATGTCGTAAT-ATTTTAAAATAGATAATTGT
441 AACT-GAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGA--TCAAAATGA-TTTGAAATAAATAATTAT
* * * **
13511977 TCATATAGTCGTAACTATTTGAACATGTTCGA
502 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAA
* * * * * *
13512009 T-AACAAGATTCATTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAAC-ATATTTATTTTTTAAATCT-TTTCTTATT-ATTTTTGAAATATTAATAAATT-GAATTA
** * * * * * *
13512073 TTTTATTTCAAATAGGCTTATATGAACTGAAACAATTAG-TTTATTACAAAACAAAAGGTCACAA
62 TTTTAAATCGAATAAGCTTGTATGAAC--AAACAATT-GTTTTATGACAAAACTAAAGGTCATAA
** * ** * * * ** * * ** *
13512137 TGATTTGAAATAGATGATTATTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACTTGTTTGGA-AAACATATTT
124 CAATTTAAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAA-TTGGTTCAATAAACAGATTT
* *** ** * **
13512201 ATTTTTTAAATTTTCTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATT-TTGTTAATCAAA
188 ATTTTTT-AACTTT-T-CTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTTGTATTATT-TTATTTGAA
* * * * ** *** *
13512265 ATAAGCATGTATGACA-A-AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAACTCATACCAATTTGAAAA
248 ATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATCATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * ** * *
13512328 AAATAATTTTTCAAATACTCATAAAGATTTGAAATTGTTCAGTAAATAGATT--TATTTTAAATC
312 AGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAAATTGTTCAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATC
* * * *
13512391 TTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATATATT-GTATTATTTTA-TTCAAAACAAGCTTATA
377 TCTTACTCATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATA
** * * * * * * * * * *
13512453 TGAACAAAAAAAATCATTTTATGA-AAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATT-GTC
439 TGAACTGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTC
* * * **
13512516 GAAATAGTCAAAATTATTTAAACTTGTTTGG
504 -AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAA
* * * ** * * * *
13512547 CAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAATATTAATAACTTAGTATTAT
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TTTCTTATTATTTTTGA-AATATTAATAAATT-GAATTAT
** * * * * * * **
13512612 TTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAGTT-TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATG
63 TTTAAATCGAATAAGCTTGTATGAA--CAAACAATTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTCATAACA
* * * ** * * ** *
13512676 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGATTTAGTTTGATAAACAAATTTAGT
126 ATTTAAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAATTGGTTCAATAAACAGATTTA-T
* * * ** * * *** *
13512741 TTTTAAATTTTTTACTTATCAATTATTAAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTGACCCG-AACA
190 TTTTTAA-CTTTT-CTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTTGTATTATTTT-ATTTGAAATA
* * * * * * * ** *
13512805 AGCTTCTATGAACATAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATATAT
251 AGCTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
** * * * * *
13512870 AAATTGCTCAAATAGTCAAAATTATTTGAACTTGTT-TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
316 -AATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAAATTGTTCAG-TAAATAGATTAATTTTTTAAATCTC
* * * **
13512934 -T--T-ATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCAAAAAAATTTATATGAA
379 TTACTCATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA
** * * * * * *
13512995 CAAAAACATTTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
443 CTGAAACAATT-ATTTTACGACAAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
* * * *
13513059 TAATCATAATTATTT-AAGCTAG-TTAGG
507 TAGTCATAACTATTTGAA-CTTGTTTA-A
* * * * ** *
13513086 TAAATATAATTATTTTATAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAAT-AATTAATATTAT
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTT-CTTATT-ATTTTTGAAATATTAATAAATTGA-ATTAT
*
13513150 TTTAATAT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATAGTCATAA
63 TTTAA-ATCGAATAAGCTTGTATGAAC--AAACAATTGTTTTATGACAAAACTAAA-GGTCATAA
* * * * **
13513213 CAATTTGAAGTA-AATAATTGTTCAAATAGTCAT---GA-CT-ATTTGG--C--T-AA-TTATTT
124 CAATTTAAAATAGAA-AATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAATTGGTTCAATAAACAGATTT
* * *** * * * * * * ** * *
13513266 A--TTTTAA---ATCATTATGACCCTTTG-TTTTGTAATAAA-AT-AATTGTTTCAAGTCATATA
188 ATTTTTTAACTTTTC-TTATTAATTTTTGAATAT-TAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATA
* * * * * **** *
13513323 AGCTTATTTGAAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA--T--TAATGAGTATGAG
251 AGCTTGTATG-AATAGAAACAAT-C-ATTTTA-TAACA-AAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGA-
* * * * * * * * * * * * * ** ** * *
13513383 AATTAAAAAATGAATCTATTAAT-AGAA-CATATTCAAATAGTTTGACTATCT-GAACAATTATC
309 AA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTAT-TTAAAATTG-TTCAGTAAATAGATTAATTTTT
* * * * * * * ** * *
13513445 T--ATTTC-AAATCATTATAACCTTTTG-TTTTGTTATAAACCA--ATTGTTTCTA-TCCATAA-
371 TAAATCTCTTACTCA-T-TAA-TTTTTGAATAT-TAATAAATTAGTATTATTT-TATTTCA-AAT
* * * * ** *
13513502 AAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAG-T-AAAA-G
430 AAGCTTATAT-GAACTGAAACAA-T-T-A-TT-TTACGA---C-AAAA-CAA-AAGATCAAAATG
* **
13513563 ATTT-AAA-AAATAAATTTGTTTATCAAGCGAGTTCAGGT-AGTTATGACTATTTGAACAATCAT
483 ATTTGAAATAAAT-AA--T-TAT-TCAA---A--T-A-GTCA--TA--ACTATTTGAAC--TTGT
*
13513625 TTATT
530 TTA-A
* * * * *
13513630 TCAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCATAT-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 T-AAACATATTTATTTTTTAAATCT--TTTCTTATT-ATTTTTGAAATATTAATAAATT-GAATT
* * * * * * * * **
13513694 ATTTT--TTTGAATAGGCTTGTGCGATGAA-AAATAATTGTTTTATAACAAGACAAAAGTTTGTA
61 ATTTTAAATCGAATAAGCTTGT---ATGAACAAACAATTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTCATA
* * * * ** * ** * * *
13513756 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GACCATAATTATTTGAACTAATTCGATAAATTA-AC
123 ACAATTTAAAATAGAAAATTGTTCAAATAG-TCATAAAGATTTGAATTGGTTCAATAAA-CAGAT
* * * * ** * *
13513819 TT-TTTTTAAATCTTTAACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATGTCAA
186 TTATTTTTTAA-CTTT-TCTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAA
* * * ** * * * * * *
13513883 ATAAGCTTTTATGAACTA-AGATAATTGTCTTATGATAAAACAAAAAGATCATATTTATTCT-AA
248 ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATCATTTTATAACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATT-TGAA
* * * * * ** * * *
13513946 ATAGATAATTACTCAAATAGTTATGACTATTTGATCTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTAA
310 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAAATTGTTCAGTAAATAGA-TTAATTTTTTAA
* * * * * * * * *
13514011 ATTTC-TAGTTTATTAATTTGTTGAATGTTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAGTAAGCATG
374 ATCTCTTA-CTCATTAATTT-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA
* * * * *
13514075 TATGAACTAAAACAATTATTTTACGACTAAACAAAAGGT-AAGAATGATTTGAAATAGATAATTG
437 TATGAACTGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGATCAA-AATGATTTGAAATAAATAATTA
* * * **
13514139 TTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGG
501 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAA
* * *
13514172 TAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTT-TT-TTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAA-TA
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TTTCTTATTATTTTTGA-AATATTAATAAATT-G-AATTA
** * * **
13514233 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAGCATTTGTTTTATTACAAAAC-AAAGGTCATATT
62 TTTTAAATCGAATAAGCTTGTATGAACA-AA-CAATTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTCATAAC
* * * * *
13514297 GATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AAGTATTTGAATTGGTTCAATAAATAGATTTA
125 AATTTAAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAAAG-ATTTGAATTGGTTCAATAAACAGATTTA
* * * *
13514361 ATTCTTAAATTTT-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAA
189 TTTTTTAACTTTTCTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTTGAAATAA
** * * *
13514424 TTTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTACAACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATGGATA
252 GCTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * * * * **
13514489 ATAATTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATCTTTTTAAATCTCCA
317 ATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAAATTGTTCAGTAAATAGATTAAT-TTTTTAAATCTCTT
* * ** *
13514554 AC-CTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTCAAACAAAATTGTATGAA-
381 ACTC-ATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAC
* * * * *
13514617 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCGAAG
444 T-GAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
* * *
13514682 GGTCATAACTATTGGAA-TTCGCTTAA
508 AGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAA
* * * *
13514708 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGGAAT-TTCAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTT-CTTATTATTTTTGAAATATT-AATAAATT-GAATTAT
** * * * * *
13514772 TTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAA-TAAAGGTTATAATA
63 TTTAAATCGAATAAGCTTGTATG-A-ACAAACAATTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTCATAACA
* ** * * *
13514836 ATTTAAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CGTGTTCAAAAAACATATTTAT
126 ATTTAAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAATTG-GTTCAATAAACAGATTTAT
* *
13514900 TTTTTAA--ATTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGC
190 TTTTTAACTTTTCTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGC
* * * * * * * *
13514963 CTGCATGAACAGAACCAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAAT
254 TTGTATGAATAGAAACAATCATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* ** * *
13515028 TATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACA-TGTTTGGTAAATAGATTAATTTTTTAATTATCTTAC
319 TATTCAAATAGTCATAATTATTT-AAAATTGTTCAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTAC
13515092 TCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGA
383 TCATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGA
** * * * *
13515157 AACAATTATTTTATTATAAAACAAAATATCACAATGATTTGAAATAAATAAGTATTCAAATAGTC
447 AACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC
* *
13515222 ATGACTATTTGAACTTGTTCAA
512 ATAACTATTTGAACTTGTTTAA
* *
13515244 TAAATATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTGTTCAAATATTAATAAATT-AATT-T
1 TAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTT-CTTATTATTT-TTGAAATATTAATAAATTGAATTAT
* *
13515307 TTTAAATCTGAATAAGCTTGAATGAACAAACAATTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTTATAACAA
63 TTTAAATC-GAATAAGCTTGTATGAACAAACAATTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTCATAACAA
* *
13515372 TTTAAAATA-AAAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTATT
127 TTTAAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAA-TTGGTTCAATAAACAGATTTATT
13515435 TTTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATA
191 TTTTA-A-CTTTT-CTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATA
* * ** *
13515499 AGCTTGTATGAATAGAAAAAAATCATTTTATAACAAAA-AAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAGA
251 AGCTTGTATGAATAG-AAACAATCATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * *
13515563 TAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTAAAATTGTTCATTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCT
315 TAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAAATTGTTCAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCT
* * * *
13515628 TAATTAATAATTTTTGAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAC
380 TACTCATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAC
** * * * *
13515693 TGAAATGATTTTTTTACGACAAAACAAAATG-TCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
444 TGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAA-GATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
* * * **
13515757 AGTCATGATTATTT-AATCTAGTTTTG
508 AGTCATAACTATTTGAA-CTTGTTTAA
* * * *
13515783 TAAGCATATTTATTTTTAAAAT-TTTT-TTACTTATTAGTTGAAATATTAATAAATTTGTATTAT
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTCTTA-TTATT-TTTGAAATATTAATAAA-TTGAATTAT
* * * * *
13515846 TTT-AATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAA-ATTTGTTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAA
63 TTTAAAT-CGAATAAGCTTGTATGAACAAACA---ATTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTCATAA
* * * *
13515909 CAATTTAAAATAAAATAATTGCTCAAATAGTCA-AAACTATTTGAATTGGTTTAATAAACAGATT
124 CAATTTAAAATAGAA-AATTGTTCAAATAGTCATAAA-GATTTGAATTGGTTCAATAAACAGATT
* * * * * * * * *
13515973 TATATTTTAA-ATCTCTAATTAACTTTTGAAATGTTAATAGATTAGTATTCTTTTA--T----T-
187 TATTTTTTAACTTTTCTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATA
* * * * * ** * ** *** *
13516030 --CCTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCATAGCAATTTGAAAAAGAT
251 AGCTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * *
13516093 AATTGTTCAAATAGTTATAATTATTT-AAATTGGTT-AGGAAACAGAATT-ATTTTTAAAATTTC
316 AATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAAATT-GTTCAGTAAATAG-ATTAATTTTTTAAATCTC
* * * * *
13516155 TTACAT-ATTAATTTTTTAATATGAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGC-TAGTATG
379 TTAC-TCATTAATTTTTGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATG
* * * * * * * *
13516217 AATTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAAC-----A--AAAATGATTGGAAATAGATAA-CAGTTCA
441 AACTGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTA-TTCA
* * * * * *
13516274 TATAATCTTAACTATTTAAACTAGTTTAG
505 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAA
* * * * * ** * *
13516303 CAAGCAAATTTATTTCTTTAAATC-TCTCAATTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATT
1 TAAACATATTTATTT-TTTAAATCTTTTC--TTATT-ATTTTTGAAATATTAATAAATT-GAATT
** * * * * * * * * *
13516367 ATTTTATTTTGAACAAGTTTCTATAAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAA
61 ATTTTAAATCGAATAAGCTTGTATGAAC--AAACAATTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTCATAA
* * * * * ** * * ** * * * *
13516432 C-TTTTGAAGTATACAATTACTCAAATAATGATAACTATTTAAATTGGTTTAGTAAATAGATTTA
124 CAATTTAAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAATTGGTTCAATAAACAGATTTA
* * * **
13516496 -TTTTTAA-ATCTCTTATTAATTTTTGCAAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTG-AATAA
189 TTTTTTAACTTTTCTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTTGAAATAA
* * ** * * * * * *
13516558 ACTTGTAT-AACAAGAAACAATTGTTATATGACCAGA-AAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGAT
252 GCTTGTATGAA-TAGAAACAATCATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * * * * ** * * * *
13516621 ACTTGTTGAAATGGCCACAATTATTT-GAACTGATTTGGTAAATCGATTTACTTTTTAAATCACT
316 AATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAAATTG-TTCAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCT
* * * ** * *
13516685 TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAGTTAGAATTATTTTATTTTGAATAA--TTGTATGAAT
380 TACTCATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAC
* * * * * * * * * *
13516748 TGAATCAATAATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGACAA-TGTTCAAATA
444 TGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
** * ***
13516812 GTTGTAACTATTTGAATTTGTTCGG
509 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAA
* * *
13516837 TAAAC-TAATTTATTTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTAT
1 TAAACAT-ATTTA--TTTTTTAAATCT-TTTCTTATT-ATTTTTGAAATATTAATAAATT-GAAT
** * * * * *
13516900 TATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTCAT
60 TATTTTAAATCGAATAAGCTTGTATGAA--CAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACTAAAGGTCAT
** * * * * ** * * *
13516964 AATGATTTTAAATA-AATAGTTGTTTAAATAGTCATCACTATTTGAACTT-ATTCGATAAATAGA
122 AACAATTTAAAATAGAA-AATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAA-TTGGTTCAATAAACAGA
* * * * *
13517027 TATATTTTTTCAAATTTTTTCTATATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTC
185 TTTATTTTTT--AA-CTTTTCT-TATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-
* * * * * * * *
13517092 CG-AATGAAAC-TGTAAG-ATATGAAATAAAT-ATTTTCTAACTAAACAAAAGGTTAGAATGATT
244 TGAAAT-AAGCTTGTATGAATA-GAAA-CAATCATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * ** * * * * * * * *
13517153 TAAAATATATAACTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTC-GACAAACATATTTATTTT
306 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAAATTGTTCAG-TAAATAGATTAATTTT
* * **
13517217 TTAAATCTCTTA-TGTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAATAA
370 TTAAATCTCTTACT-CATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAA
* ** * * ** * **
13517280 GCTCTATGAT-AA--GAAACAATTGTTTTTTGACAAAAC-AAATACCTTAATGATTTGAGATTGA
432 GCT-TAT-ATGAACTGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAA
* * * * **
13517341 TAATTACTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTTGG
495 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAA
* *** * *
13517380 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAAGTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATAT
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TTTCTTATT-ATTTTTGAAATATTAATAAATTGAAT-TAT
*** * * * **
13517444 TTTGTTTCGAATAAGCTTGTACGATCATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
63 TTTAAATCGAATAAGCTTGTATGA--ACAAACAATTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTCATAACA
*
13517509 ATTTGAAATAGA
126 ATTTAAAATAGA
13517521 TAATCACATA
Statistics
Matches: 5916, Mismatches: 1283, Indels: 893
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
517 5 0.00
518 29 0.00
519 28 0.00
520 154 0.03
521 73 0.01
522 100 0.02
523 244 0.04
524 25 0.00
525 15 0.00
526 8 0.00
527 63 0.01
528 143 0.02
529 174 0.03
530 99 0.02
531 170 0.03
532 131 0.02
533 145 0.02
534 220 0.04
535 255 0.04
536 566 0.10
537 423 0.07
538 550 0.09
539 581 0.10
540 437 0.07
541 352 0.06
542 254 0.04
543 256 0.04
544 111 0.02
545 61 0.01
546 14 0.00
547 10 0.00
548 3 0.00
549 3 0.00
550 1 0.00
551 1 0.00
552 1 0.00
553 1 0.00
554 2 0.00
555 9 0.00
556 12 0.00
557 6 0.00
558 6 0.00
559 5 0.00
560 20 0.00
561 33 0.01
562 17 0.00
563 42 0.01
564 19 0.00
565 13 0.00
566 25 0.00
567 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (533 bp):
TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTCTTATTATTTTTGAAATATTAATAAATTGAATTATTTT
AAATCGAATAAGCTTGTATGAACAAACAATTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTCATAACAATTTA
AAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAATTGGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTA
ACTTTTCTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATG
AATAGAAACAATCATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
ATAGTCATAATTATTTAAAATTGTTCAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAAT
TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTAT
TTTACGACAAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
TGAACTTGTTTAA
Found at i:13517769 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 13517726--13517769 Score: 54
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
13517716 ATAGTTCTAC
* **
13517726 TTTTAAATCATTACTAATTAGT
1 TTTTAAATCATTAATAAAAAGT
13517748 TTTTAAAT-ATTAATAAAAAGT
1 TTTTAAATCATTAATAAAAAGT
13517769 T
1 T
13517770 AAATGATTGA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 1
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 11 0.58
22 8 0.42
ACGTcount: A:0.43, C:0.05, G:0.05, T:0.48
Consensus pattern (22 bp):
TTTTAAATCATTAATAAAAAGT
Found at i:13519012 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 13517866--13520111 Score: 1663
Period size: 180 Copynumber: 12.6 Consensus size: 181
13517856 TAATTTTGGG
* ** * * *
13517866 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TCCG-ATAAACTTGT-TG-ATCAGAAACAATTCTTTTAT
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAT-AGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
13517927 GAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
65 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * ** *
13517991 TAGTTCAGA-AAACA-ACTTTA-GTTTTAAATCTCTTGTTTATTAATTTTTAAA
130 TTGTTC-GATAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA
* * * * *
13518042 ATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAGTAAGTTTTTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTAT
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATA-GAAACAATTGTTTTAT
** * *
13518106 GACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGACA-AATCTATTAGA
65 GACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGA
* * *
13518169 ACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTATTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTCA-A
128 ACTTGTTCGATAAACAGATTTA-TTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGA
* * * * * *
13518225 ATGTTAATAAATTACTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTAT
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * ** * *
13518289 GACTAAACAAAAGTTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC
65 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* ** * * * * * *
13518354 TGGTTTAATAGACACATTTATTTTTCAAA--GCTT--TTATTAGTTTTTGGA
130 TTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA
* * * * * * * * * * * * *
13518402 ATATTATTAATTTGGAAATATTTTACTTCGAATAAGTTTGTATGAACAGAAGCAATTATTTTATT
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * *
13518467 ACAAAACAAAA-ATCATAACGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACT
66 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
13518531 GGTTCAATAAACATATTTAATTCTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT-GAA
131 TGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-A
* ** * **
13518578 ATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTATG
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
13518643 ACAAAGCAAAATGTCATAATGATTTGAATTATATAATAATTCAAATAGACATGACTATTTGAACT
66 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** * ** *
13518708 TGTT-TAGTAAGTAGATTTATCTTTTAAATCTCCAAATTATTAA-TTTTAGA
131 TGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA
** ** * *
13518758 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTAAT
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTT-AT
* * * * * * ** * **
13518823 -ATAAAACAAAAGATTAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCGAACGGTCAAAACTATTCAAAC
65 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
13518887 TCGCTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTAGA
130 TTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA
* * *
13518939 ATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGGTTTT-T
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATT-GTTTTAT
** * ** *
13519003 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAACCACAACTATTTGAA-
65 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * *
13519067 TGTGTTCAGA-AAACATATTTATTTTTCTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGA
130 T-TGTTC-GATAAACAGATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA
* * * *** * *
13519120 ACATTAATAAATTTGTATTATTTAATTCAAAATAAGCTTACATGAATAGAACCAATTGTTTTATG
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
13519185 ACAAAATAAAAGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACA
66 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
13519250 TGTTCGATAAATAGACTAATTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTTAGA
131 TGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTAGA
* * ** * * * *
13519301 ATATTAATAACTTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAATTGAAACAATTGTTTTGTT
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * *
13519366 ACAAAAC-AAAGGTCACAATGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATACTCATGACCATTTGAAC
66 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * *
13519429 TTATTTGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTCGAA
130 TTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-A
* * ** *
13519481 ATATTAATAAATTA--ATTTTTTTAATCCGAATAAGCTTATATGAGTAGAAAC-A-------AT-
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* ** * * * * *
13519535 ----AACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATATTCATAAATATTTTAACT
66 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * * * * *
13519596 TGTTCGGCAAATAGATTTATTTGTTAGATCTTTTACTGATTAATTGTCTT--A
131 TGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTAGA
** *** * * **
13519647 ATATTAATAAATTTCTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAATCATTTTA
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAG--AAACAATTGTTTTA
* * * ** * * * * *
13519712 TGACCAAACGAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAA
64 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
13519777 CTTGTTTGTTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGA
129 CTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA
* * ** ** * *
13519830 ATATTAATAACTTAGTATTA-TTTAATTTGAATAAGCTTATATGAACCGAAATGATTTTTTTGTG
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* *
13519894 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTT-AATC
66 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-C
* * * * * *
13519958 TAGTTCGATAAGCATATTTATGTTTTAAA-CTTTTTACTTATTAATTATT-GAA
130 TTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTAG-A
* * * * * * *
13520010 ATATTAATAAA-TCGATATTA-TTTAATCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACTATTTTTTTAT
1 ATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * ** *
13520073 AATATAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT
65 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
13520112 GCTTAAGTAA
Statistics
Matches: 1631, Mismatches: 366, Indels: 142
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 3 0.00
166 92 0.06
167 4 0.00
168 28 0.02
169 1 0.00
170 4 0.00
171 1 0.00
175 2 0.00
176 166 0.10
177 132 0.08
178 39 0.02
179 47 0.03
180 470 0.29
181 356 0.22
182 41 0.03
183 241 0.15
184 3 0.00
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
TGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA
Found at i:13519063 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 13517866--13520138 Score: 1602
Period size: 361 Copynumber: 6.4 Consensus size: 359
13517856 TAATTTTGGG
* ** * * *
13517866 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TCCG-ATAAACTTGT-TGATCAGAAACAATTCTTTTATG
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
13517928 AGAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
66 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
13517992 AGTTCAGAAAACAACTTTAGTTTTAAATCTCTTGTTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAA
131 TGTTCAGAAAACAA-TTTATTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG
** * * *
13518057 TATTATTTTATTTTGAGTAAGTTTTTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
195 TATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAT
* * * * *
13518121 CATAACAACTTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGACAAATCTA-TTAGAACTTGTTTGATAAAT
259 CATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTA-AAC-TGTTCGATAAAC
*
13518184 AGATTTATTTTATTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTCA-A
321 AGATTTA-TTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGA
* * * * *
13518225 ATGTTAATAAATTACTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTAT
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * *
13518289 GACTAAACAAAAGTTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC
65 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAC
* * * * * * * *
13518354 TGGTTTA-ATAGACACATTTATTTTTCAAA--GC-T-TTTATTAGTTTTTGGAATATTATTAATT
130 TTGTTCAGA-AAACA-ATTTATTTTT-AAATCTCTTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* * * * * * * * *
13518414 TGGAAATATTTTACTTCGAATAAGTTTGTATGAACAGAAGCAATTATTTTATTACAAAACAAAA-
192 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * *
13518478 ATCATAACGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAA-TATTTGAACTGGTTCAATAAA
257 ATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AAACTATTTAAACT-GTTCGATAAA
* * *
13518542 CATATTTAATTCTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT-GAA
320 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-A
* ** * **
13518578 ATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTATG
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * ** *
13518643 ACAAAGCAAAATGTCATAATGATTTGAATTATATAATAATTCAAATAGA-CATGACTATTTGAAC
66 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-ATCATAACTATTTGAAC
* * ** ** *
13518707 TTGTTTAGTAAGTAGATTTATCTTTTAAATCTCCAAATTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATT
130 TTGTTCAGAAAACA-ATTTAT-TTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
** * *
13518771 AGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTAAT-ATAAAACAAAAG
193 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAG
* * * * * ** * * *
13518835 ATTAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCGAACGGTCAAAACTATTCAAACTCGCTCGGTAAAC
257 ATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACT-GTTCGATAAAC
* * *
13518900 AAATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTAGA
321 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA
* *
13518939 ATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGGTTTT-T
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT-GTTTTAT
** * *
13519003 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAACCACAACTATTTGAA-
65 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAC
* * * *
13519067 TGTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTCTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAACATTAATAAA
130 T-TGTTCAGAAAACA-ATTTA-TTTT-TAAATCTCTTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
* * * ** * *
13519131 TTTGTATTA-TTTAATTCAAAATAAGCTTACATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAATAAA
191 TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * * *
13519195 AGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCGATAA
255 AGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAC-TGTTCGATAA
* * * *
13519260 ATAGACTAATTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTTAGA
319 ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTAGA
* * ** ** ** * *
13519301 ATATTAATAACTTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAATTGAAACAATTGTTTTGTT
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
13519366 ACAAAAC-AAAGGTCACAATGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATACTCATGACCATTTGAAC
66 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
13519429 TTATT-TGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTCGAAATATTAATAAA
130 TTGTTCAGA-AAACA-ATTTA-TTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA
* * * * * * *
13519492 TTA--ATTTTTTTAATCCGAATAAGCTTATATGAGTAGAAAC-A-------AT-----AACAAAA
191 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * **
13519542 GATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATATTCATAAA-TATTTTAACTTGTTCGGCAA
256 GATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AAACTATTTAAAC-TGTTCGATAA
* * * * *
13519606 ATAGATTTATTTGTTAGATCTTTTACTGATTAATTGTCTT--A
319 ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTAGA
** *** * * **
13519647 ATATTAATAAATTTCTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAATCATTTTA
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAG--AAACAATTGTTTTA
* * * ** * * * * *
13519712 TGACCAAACGAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAA
64 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA
* * * * *
13519777 CTTGTT-TGTTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAC
129 CTTGTTCAG-AAAAC-AATTTA-TTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
* * * * ** ** * *
13519841 TTAGTATTATTTAATTT-GAATAAGCTTATATGAACCGAAATGATTTTTTTGTGACAAAACAAAA
191 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * ** * *
13519905 GGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAATCTAGTTCGATAAG
256 GATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACT-GTTCGATAAA
* * * *
13519970 CATATTTATGTTTTAAA-CTTTTTACTTATTAATTATT-GAA
320 CAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTAG-A
* * * * * * *
13520010 ATATTAATAAA-TCGATATTA-TTTAATCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACTATTTTTTTAT
1 ATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * ** * * * *
13520073 AATATAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAGTAATCATAACTGTCTGAA
65 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAATCATAACTATTTGAA
13520137 CT
129 CT
13520139 AGTTTGATAA
Statistics
Matches: 1504, Mismatches: 329, Indels: 161
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
346 123 0.08
347 3 0.00
348 19 0.01
349 91 0.06
350 28 0.02
351 11 0.01
352 1 0.00
353 130 0.09
354 5 0.00
355 3 0.00
356 68 0.05
357 73 0.05
358 8 0.01
359 96 0.06
360 160 0.11
361 259 0.17
362 258 0.17
363 164 0.11
364 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACT
TGTTCAGAAAACAATTTATTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT
ATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA
TAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTGTTCGATAAACAGATT
TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA
Found at i:13519936 original size:529 final size:526
Alignment explanation
Indices: 13519004--13520061 Score: 1263
Period size: 529 Copynumber: 2.0 Consensus size: 526
13518994 TTGGTTTTTG
* * *
13519004 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAACCACAACTATTTGAATG
1 ACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAACCACAAATATTTGAATG
* * *
13519069 TGTTCAGAAAACATATTTATTTTTCTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAACATTAATAAATTT
66 TGTTCAGAAAACAGATTTATTTGTCTAAATTTTTACTGATTAATTTTT-GAACATTAATAAATTT
* ** ** *
13519134 GTATTATTTAATTCAAAATAAGCTTACATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGT
130 CTATTATTTAATTCAAAATAAGCTTACATGAATAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * *
13519199 CATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCGATAAATAG
195 CATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCGATAAACAA
* * *
13519264 ACTAATTTTTTAATTCTCTTACTCTTTAATTTTTAGAATATTAATAACTTACTATTATTTTATTT
260 ACTAATTTTTTAAATCTCTTAATCTTTAATTTTTAGAATATTAATAACTTACTATTATTTAATTT
** *
13519329 CAAATAAGCTTACATGAATTGAAACAATTGTTTTGTTACAAAACAAAGGTCACAATGATTTGAAA
325 CAAATAAGCTTACATGAACCGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAGGTCACAATGATTTGAAA
* *
13519394 TAATTAATTATTCAAATACTCATGACCATTTGAA-CTTA-TTTGACAAACATATTTATTTTTTAA
390 TAATTAATTATTCAAATACTCATGACCATTT-AATC-TAGTTCGACAAACATATTTATGTTTTAA
* * * * *
13519457 A-TCTTTTACTTATTATTTGTCGAAATATTAATAAATTAAT-TTTTTTAATCCGAATAAGCTTAT
453 ACT-TTTTACTTATTAATTATCGAAATATTAATAAATCAATATTATTTAATCCGAATAAACTTAT
*
13519520 ATGAGTAGAA
517 ATGAATAGAA
** * *
13519530 ACAATAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATATTCATAAATATTTTAAC
1 ACAA-AACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAACCACAAATATTTGAA-
* * * * *
13519595 T-TGTTCGGCAAATAGATTTATTTGT-TAGATCTTTTACTGATTAATTGTCTT-AATATTAATAA
64 TGTGTTCAGAAAACAGATTTATTTGTCTAAAT-TTTTACTGATTAATT-T-TTGAACATTAATAA
* ** * *
13519657 ATTTCTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAATCATTTTATGACCAAACG
126 ATTTCTATTATTTAATTCAAAATAAGCTTACATGAATAG--AAAAAATCATTTTATGACAAAACA
* * * * * * *
13519722 AAAGGTTATAGCGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGTT
189 AAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCGAT
* * *
13519787 AAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAAT-TATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAGTATTAT
254 AAACAAACTAATTTTTTAAATCTCTTAATCT-TTAATTTTTAGAATATTAATAACTTACTATTAT
* * ** * *
13519851 TTAATTT-GAATAAGCTTATATGAACCGAAATGATTTTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATG
318 TTAATTTCAAATAAGCTTACATGAACCGAAACAATTGTTTTGTGACAAAAC-AAAGGTCACAATG
* * * * *
13519915 ATTTGAAATTGA-TAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAATCTAGTTCGATAAGCATATTTAT
382 ATTTGAAA-TAATTAATTATTCAAATACTCATGACCATTTAATCTAGTTCGACAAACATATTTAT
* * *
13519979 GTTTTAAACTTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATCGATATTATTTAATCTGAATAA
446 GTTTTAAACTTTTTACTTATTAATTATCGAAATATTAATAAATCAATATTATTTAATCCGAATAA
*
13520044 ACTTGTATGAATAGAA
511 ACTTATATGAATAGAA
13520060 AC
1 AC
13520062 TATTTTTTTA
Statistics
Matches: 445, Mismatches: 73, Indels: 24
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
526 8 0.02
527 130 0.29
528 42 0.09
529 232 0.52
530 33 0.07
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (526 bp):
ACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAACCACAAATATTTGAATG
TGTTCAGAAAACAGATTTATTTGTCTAAATTTTTACTGATTAATTTTTGAACATTAATAAATTTC
TATTATTTAATTCAAAATAAGCTTACATGAATAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
ATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCGATAAACAAA
CTAATTTTTTAAATCTCTTAATCTTTAATTTTTAGAATATTAATAACTTACTATTATTTAATTTC
AAATAAGCTTACATGAACCGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAGGTCACAATGATTTGAAAT
AATTAATTATTCAAATACTCATGACCATTTAATCTAGTTCGACAAACATATTTATGTTTTAAACT
TTTTACTTATTAATTATCGAAATATTAATAAATCAATATTATTTAATCCGAATAAACTTATATGA
ATAGAA
Found at i:13520609 original size:181 final size:176
Alignment explanation
Indices: 13520147--13520660 Score: 503
Period size: 181 Copynumber: 2.9 Consensus size: 176
13520137 CTAGTTTGAT
* * *
13520147 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAACAAACTTATATTAACA-AAAAAATTATTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAACTTATA-TAATAGAAAAAATTGTTTTA
* ** *
13520211 TTACAAAATAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAGTTATTTGAA
65 TTACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAA
* *
13520276 TTGGTTTGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCGTATAAATTTTTG
130 TTGGTTTGGCAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCGTATAAATTTTTA
* * * * * * * * *
13520323 AAATATTAATAAATTAGTTTTACTCTATTCCGAATAACCTTCTATAAGCT-GAAATAATAGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATAA--TAGAAAAAATTGTTTT
* * * * ** *
13520387 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAGATAAATAATTGTTCATCTAGTCT-TAATTTTTTG
64 ATTACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT-TATAATTATTTG
* * * *
13520451 AATTGGTTTTGCAAATGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTA
128 AATTGGTTTGGCAAATAGAATTATTTTTTAAATCTC---G-TATAAATTTTTA
* * * * *
13520504 AAATATTACTAAATTAGTGTTATTTTATTCTGAACAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAACTTATAT-AATAGAAAAAATTGTTTTA
* * ** * * * * *
13520569 TTATAGAACAAATTGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA
65 TTACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAA
* * * *
13520634 CTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT
130 TTGGTTTGGCAAATAGAATTATTTTTT
13520661 GAAAACCAAT
Statistics
Matches: 269, Mismatches: 58, Indels: 17
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.01
176 36 0.13
177 93 0.35
178 1 0.00
180 2 0.01
181 132 0.49
182 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATAATAGAAAAAATTGTTTTAT
TACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAAT
TGGTTTGGCAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCGTATAAATTTTTA
Found at i:13521024 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13520662--13521628 Score: 806
Period size: 182 Copynumber: 5.4 Consensus size: 180
13520652 TTATTTTTTG
* * * * * * * *
13520662 AAAACCAATTATTTTACGAC-AAATAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAAATAGTTGTTCAAATG
1 AAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *** ** *
13520726 GCCATAATTATTTGAACTTA-TATT-AGTAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAC
65 GTCATAACTATTTGAAC-TAGT-TTGA-TAAACACATTTA-TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAAT
*** * * * * * *
13520789 TTTCAAAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTCTTTTGGATAAGCTTTTATGAACT
126 TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACT
* * *
13520844 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATCA-ATAATTGTTCAAATT
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATA
* * *
13520908 GTCATAACTCTTCGAACTTGTTTGATAAACACATTTATCTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTT
65 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACACATTTAT-TTTT-AAATCTCTTGCTTATTAATTT
** * **
13520973 TTGGAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATCGCGTATGAACT
128 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACT
** * * * * * * * * *
13521026 AAAACAATTACTATAGGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
13521091 TCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGT-AACTACATTTATTTTTAAATCT-TT-C--ACTAATTTTT
66 TCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAAC-ACATTTATTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT
* ** * *
13521151 GGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TGTCCAAATAAGCTTGTGTGATC-
130 GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTTGTATGAACT
** * * * * *
13521201 ATAAATGATTGTTTTATGAGAAAACAAATA--TCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTTAAAT
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
13521264 AGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGA-AAACA-ACTTTAGTATTAAATCTCTTGTTTATTAATT
64 AGTCATAACTATTTGAACTAGTT-TGATAAACACA-TTTATTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATT
* * * * * *
13521327 TTTGAAATATTAATAAAGTAGTGTTATTTTATT-TCGAA-AAACTTTTTATGAAAT
127 TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGC-TTGTATGAACT
* * *
13521381 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAGAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *
13521445 GTCA-AATCTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATATTTTTAAATCTCTTG-TTCATTAAT
65 GTCATAA-CTATTTGAACTAGTTTGATAAACACA-TT-TATTTTTAAATCTCTTGCTT-ATTAAT
* * * * *
13521508 TTTTTGAATGTAAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT
126 TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACT
* * *
13521563 AAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-ATAATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATA
13521627 GT
65 GT
13521629 GGTTTAACAA
Statistics
Matches: 619, Mismatches: 132, Indels: 68
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 60 0.10
176 71 0.11
177 1 0.00
178 5 0.01
179 69 0.11
180 54 0.09
181 49 0.08
182 304 0.49
183 5 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACACATTTATTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTG
GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACT
Found at i:13521388 original size:355 final size:360
Alignment explanation
Indices: 13520850--13521628 Score: 787
Period size: 355 Copynumber: 2.2 Consensus size: 360
13520840 AACTAAAACA
* *
13520850 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATCAATAATTGTTCAAATTGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATCAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * *
13520915 CTCTTCGAACTTGTTTGATAAACACATTTATCTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGGAAT
66 CTATTCAAACTAGTTAGATAAACACATTTATCTATTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAAT
* * * *
13520980 GCTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATCGCGTATGAACTAAAACAATTACTATAGGAC
131 ACTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCTGAAAAATCGCGTATGAAATAAAACAATTACTATAGGAC
* * * *
13521045 TAAACAAAAGGTTAGAACGA-TTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAA-CTATTTGAACT
196 AAAACAAAAGGTCAGAACGACTTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTC-AAATCTATTTGAACT
* *
13521108 AGTTTGGTAACTACA-TT-TATTTTTAAATCTTTCACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTA
259 AGTTTGATAAATACATTTATATTTTTAAATCTTTCACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTA
13521171 TTATTTTTGTCCAAATAAGCTTGTGTGATCATAAATG
324 TTATTTTTGTCCAAATAAGCTTGTGTGATCATAAATG
* * * ** * *
13521208 ATTGTTTTATGAGAAAACAAATA-TCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTTAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATCAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * *
13521272 CTATTTAAACTAGTTCAGA-AAACA-ACTTTA-GTATT-AAATCTCTTGTTTATTAATTTTTGAA
66 CTATTCAAACTAGTT-AGATAAACACA-TTTATCTATTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAA
* * *** * ** *
13521333 ATATTAATAAAGTAGTGTTATTTTATT-TCGAAAAA-CTTTTTATGAAATGAAACAATTGTTTTA
129 ATACTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCT-GAAAAATC-GCGTATGAAATAAAACAATTACTATA
* * * * * *
13521396 TGACAAAACAGAAGGTCATAATGACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCAAATCTATTTGAA
192 GGACAAAACAAAAGGTCAGAACGACTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAATCTATTTGAA
* * * * * * *
13521461 CTTGTTTGATAAATAGATTTATATTTTTAAATCTCTTGTTCATTAATTTTTTGAATGTAAATAAA
257 CTAGTTTGATAAATACATTTATATTTTTAAA--TC-T-TTCACTAATTTTTGGAATATTATTAAA
* *** * * *
13521526 TTACTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAAC-TAAAATA
318 TTAGTATTATTTT-TGTCCAAATAAGCTTGTGTGATCAT-AAATG
* * *
13521569 ATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTGTT-ATAATAGT
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATCA-ATAATTGTTCA-AATAGT
13521629 GGTTTAACAA
Statistics
Matches: 339, Mismatches: 65, Indels: 30
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
354 4 0.01
355 131 0.39
356 9 0.03
357 64 0.19
358 23 0.07
359 2 0.01
360 2 0.01
361 73 0.22
362 31 0.09
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATCAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
CTATTCAAACTAGTTAGATAAACACATTTATCTATTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAAT
ACTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCTGAAAAATCGCGTATGAAATAAAACAATTACTATAGGAC
AAAACAAAAGGTCAGAACGACTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAATCTATTTGAACTAG
TTTGATAAATACATTTATATTTTTAAATCTTTCACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATT
ATTTTTGTCCAAATAAGCTTGTGTGATCATAAATG
Found at i:13521891 original size:17 final size:19
Alignment explanation
Indices: 13521833--13521897 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 3.3 Consensus size: 19
13521823 TTTTTATTTT
*
13521833 ATTTTATATATTTTGTATTTTC
1 ATTTT-TAT-TTTTGTA-TTGC
* *
13521855 ATTTTTTATTTTTTTCTTGC
1 A-TTTTTATTTTTGTATTGC
13521875 -TTTTTA-TTTTGTATTGC
1 ATTTTTATTTTTGTATTGC
13521892 ATTTTT
1 ATTTTT
13521898 CTAATTTTTC
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 5, Indels: 8
0.73 0.10 0.16
Matches are distributed among these distances:
17 9 0.25
18 11 0.31
20 3 0.08
21 5 0.14
22 4 0.11
23 4 0.11
ACGTcount: A:0.15, C:0.06, G:0.06, T:0.72
Consensus pattern (19 bp):
ATTTTTATTTTTGTATTGC
Found at i:13522251 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 13522230--13522265 Score: 63
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18
13522220 TTTGTCATCC
*
13522230 CTTTTCATTTTTGATCTT
1 CTTTTAATTTTTGATCTT
13522248 CTTTTAATTTTTGATCTT
1 CTTTTAATTTTTGATCTT
13522266 GGATTTTTAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 17 1.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.14, G:0.06, T:0.67
Consensus pattern (18 bp):
CTTTTAATTTTTGATCTT
Found at i:13522485 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 13522438--13522486 Score: 64
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
13522428 TTGTTACTTT
*
13522438 TTTATTTTTCTTTTTTGTGCTTTTG
1 TTTATTTTTCTTTTTTCTGCTTTTG
*
13522463 TTTATTTTATTTTTTTTCT-CTTTT
1 TTTATTTT-TCTTTTTTCTGCTTTT
13522487 TTAGTACTTA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
25 13 0.62
26 8 0.38
ACGTcount: A:0.06, C:0.08, G:0.06, T:0.80
Consensus pattern (25 bp):
TTTATTTTTCTTTTTTCTGCTTTTG
Found at i:13522796 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 13522776--13522818 Score: 54
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
13522766 TATGCTTTCA
13522776 TTTTTATTTGTTTT-AAT
1 TTTTTATTTGTTTTAAAT
13522793 TTTTTCA-TTGTTTTAAAAT
1 TTTTT-ATTTGTTTT-AAAT
13522812 TTTTTAT
1 TTTTTAT
13522819 ATTTCTTTTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 6
0.79 0.00 0.21
Matches are distributed among these distances:
17 12 0.55
18 2 0.09
19 8 0.36
ACGTcount: A:0.21, C:0.02, G:0.05, T:0.72
Consensus pattern (18 bp):
TTTTTATTTGTTTTAAAT
Found at i:13522797 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 13522776--13522839 Score: 58
Period size: 19 Copynumber: 3.4 Consensus size: 18
13522766 TATGCTTTCA
13522776 TTTTTATTTGTTTTAATT
1 TTTTTATTTGTTTTAATT
*
13522794 TTTTCA-TTGTTTTAAAATT
1 TTTTTATTTGTTTT--AATT
* **
13522813 TTTTATATTTCTTTTTCTT
1 TTTT-TATTTGTTTTAATT
13522832 TTTTTATT
1 TTTTTATT
13522840 CCAAATCTTT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 5, Indels: 8
0.74 0.10 0.16
Matches are distributed among these distances:
17 7 0.19
18 9 0.24
19 14 0.38
20 1 0.03
21 6 0.16
ACGTcount: A:0.17, C:0.05, G:0.03, T:0.75
Consensus pattern (18 bp):
TTTTTATTTGTTTTAATT
Found at i:13523164 original size:34 final size:37
Alignment explanation
Indices: 13523102--13523183 Score: 107
Period size: 34 Copynumber: 2.3 Consensus size: 37
13523092 TTTTGACTTT
* *
13523102 TTTATTTTCTTACTTTTTATATTTTTATTGTATTTTTG
1 TTTATTTT-TTACTTTTTATATTCTTATTGTATTTTGG
*
13523140 TTTATTTTTT-CTTTTT-T-TTCTTATTTTATTTTGG
1 TTTATTTTTTACTTTTTATATTCTTATTGTATTTTGG
13523174 TTTATTTTTT
1 TTTATTTTTT
13523184 TATTTCTTTC
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 3, Indels: 4
0.85 0.06 0.08
Matches are distributed among these distances:
34 24 0.59
35 1 0.02
36 6 0.15
37 2 0.05
38 8 0.20
ACGTcount: A:0.12, C:0.05, G:0.05, T:0.78
Consensus pattern (37 bp):
TTTATTTTTTACTTTTTATATTCTTATTGTATTTTGG
Found at i:13523171 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 13523140--13523188 Score: 57
Period size: 23 Copynumber: 2.1 Consensus size: 24
13523130 TGTATTTTTG
*
13523140 TTTATTTTTTCTTT-TTTTTCTTAT
1 TTTATTTTTGCTTTATTTTT-TTAT
*
13523164 TTTA-TTTTGGTTTATTTTTTTAT
1 TTTATTTTTGCTTTATTTTTTTAT
13523187 TT
1 TT
13523189 CTTTCTTTAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 3
0.81 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
23 13 0.59
24 9 0.41
ACGTcount: A:0.10, C:0.04, G:0.04, T:0.82
Consensus pattern (24 bp):
TTTATTTTTGCTTTATTTTTTTAT
Found at i:13523184 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 13523135--13523188 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 3.2 Consensus size: 17
13523125 TTTATTGTAT
13523135 TTTTGTTTATTTTTTCT-
1 TTTTGTTTATTTTTT-TA
* *
13523152 TTTT-TTTCTTATTTTA
1 TTTTGTTTATTTTTTTA
13523168 TTTTGGTTTATTTTTTTA
1 TTTT-GTTTATTTTTTTA
13523186 TTT
1 TTT
13523189 CTTTCTTTAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 4, Indels: 5
0.77 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
15 1 0.03
16 12 0.40
17 4 0.13
18 13 0.43
ACGTcount: A:0.09, C:0.04, G:0.06, T:0.81
Consensus pattern (17 bp):
TTTTGTTTATTTTTTTA
Found at i:13523194 original size:34 final size:35
Alignment explanation
Indices: 13523125--13523207 Score: 107
Period size: 34 Copynumber: 2.4 Consensus size: 35
13523115 TTTTTATATT
* * *
13523125 TTTATTGTATTTTTGTTTATTTTTTCTTTTTTTTC
1 TTTATTTTATTTTGGTTTATTTTTTCTTTTCTTTC
13523160 -TTATTTTATTTTGGTTTATTTTTT-TATTTCTTTC
1 TTTATTTTATTTTGGTTTATTTTTTCT-TTTCTTTC
13523194 TTTATTTATATTTT
1 TTTATTT-TATTTT
13523208 CATATATTTT
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 3, Indels: 5
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
33 1 0.02
34 29 0.69
35 6 0.14
36 6 0.14
ACGTcount: A:0.12, C:0.05, G:0.05, T:0.78
Consensus pattern (35 bp):
TTTATTTTATTTTGGTTTATTTTTTCTTTTCTTTC
Found at i:13523701 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 13523675--13523708 Score: 61
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
13523665 TGTCGTCCCT
13523675 TTTC-ATTTTTGATCTTC
1 TTTCAATTTTTGATCTTC
13523692 TTTCAATTTTTGATCTT
1 TTTCAATTTTTGATCTT
13523709 TGATTTTTAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 4 0.25
18 12 0.75
ACGTcount: A:0.15, C:0.15, G:0.06, T:0.65
Consensus pattern (18 bp):
TTTCAATTTTTGATCTTC
Found at i:13523837 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 13523787--13523837 Score: 50
Period size: 19 Copynumber: 2.6 Consensus size: 19
13523777 ATTTTTTCCA
*
13523787 TTTTGTCATTTTTTCTTCAT
1 TTTTGT-ATTTTTTATTCAT
* *
13523807 TTTTGAAATTTTTATT-ACT
1 TTTTGTATTTTTTATTCA-T
13523826 TTTTGTATTTTT
1 TTTTGTATTTTT
13523838 CTAATTTTTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 5, Indels: 3
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
18 1 0.04
19 19 0.76
20 5 0.20
ACGTcount: A:0.16, C:0.08, G:0.06, T:0.71
Consensus pattern (19 bp):
TTTTGTATTTTTTATTCAT
Found at i:13524909 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 13524884--13524945 Score: 54
Period size: 15 Copynumber: 3.9 Consensus size: 15
13524874 TTTTTTCTTC
*
13524884 CTTTAATTTTT-TAT
1 CTTTATTTTTTATAT
13524898 CTTTGATTTTTTATAT
1 CTTT-ATTTTTTATAT
*
13524914 CTTTATTTCTTATTATT
1 CTTTATTTTTTA-TA-T
13524931 CGTTATATTTTTTAT
1 C-TT-TATTTTTTAT
13524946 TTTTTGTTTG
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 3, Indels: 8
0.78 0.06 0.16
Matches are distributed among these distances:
14 4 0.10
15 13 0.33
16 9 0.23
17 2 0.05
18 3 0.08
19 8 0.21
ACGTcount: A:0.19, C:0.08, G:0.03, T:0.69
Consensus pattern (15 bp):
CTTTATTTTTTATAT
Found at i:13525000 original size:26 final size:25
Alignment explanation
Indices: 13524971--13525029 Score: 75
Period size: 26 Copynumber: 2.3 Consensus size: 25
13524961 TATAAACTAA
13524971 ATTTTTTTTA-TTTTGTCATTTTTTCC
1 ATTTTTTTTATTTTTGT-ATTTTTT-C
* *
13524997 ATTTTTATTATTTTTGTATTTTTTT
1 ATTTTTTTTATTTTTGTATTTTTTC
13525022 ATTTTTTT
1 ATTTTTTT
13525030 GACTCGTTAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 3
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
25 7 0.24
26 16 0.55
27 6 0.21
ACGTcount: A:0.14, C:0.05, G:0.03, T:0.78
Consensus pattern (25 bp):
ATTTTTTTTATTTTTGTATTTTTTC
Found at i:13525029 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 13524973--13525029 Score: 60
Period size: 8 Copynumber: 6.9 Consensus size: 8
13524963 TAAACTAAAT
13524973 TTTTTTTA
1 TTTTTTTA
* *
13524981 TTTTGTCA
1 TTTTTTTA
*
13524989 TTTTTTCCA
1 TTTTTT-TA
13524998 TTTTTATTA
1 TTTTT-TTA
*
13525007 TTTTTGTA
1 TTTTTTTA
13525015 TTTTTTTA
1 TTTTTTTA
13525023 TTTTTTT
1 TTTTTTT
13525030 GACTCGTTAT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 6, Indels: 4
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
8 27 0.66
9 13 0.32
10 1 0.02
ACGTcount: A:0.12, C:0.05, G:0.04, T:0.79
Consensus pattern (8 bp):
TTTTTTTA
Found at i:13525639 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 13525620--13525650 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
13525610 GCCTCTTCAT
13525620 TTTTTATTTTTTTTTG
1 TTTTTATTTTTTTTTG
*
13525636 TTTTTCTTTTTTTTT
1 TTTTTATTTTTTTTT
13525651 CTCAAATTTC
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 14 1.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.03, G:0.03, T:0.90
Consensus pattern (16 bp):
TTTTTATTTTTTTTTG
Found at i:13526372 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 13526351--13526393 Score: 56
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 19
13526341 TATGATTTCA
13526351 TTTTTATTTGTTTT--AAT
1 TTTTTATTTGTTTTAAAAT
13526368 TTTTTCA-TTGTTTTAAAAT
1 TTTTT-ATTTGTTTTAAAAT
13526387 TTTTTAT
1 TTTTTAT
13526394 ATTTCTTTTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 6
0.79 0.00 0.21
Matches are distributed among these distances:
17 12 0.55
18 2 0.09
19 8 0.36
ACGTcount: A:0.21, C:0.02, G:0.05, T:0.72
Consensus pattern (19 bp):
TTTTTATTTGTTTTAAAAT
Found at i:13526496 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 13526453--13526502 Score: 64
Period size: 26 Copynumber: 1.9 Consensus size: 26
13526443 TCTTTTCTTG
*
13526453 CTTTTCTCATTTACTTTTTATTTTGC
1 CTTTTCTCATTTACTTTTCATTTTGC
* **
13526479 CTTTTCTCCTTTGGTTTTCATTTT
1 CTTTTCTCATTTACTTTTCATTTT
13526503 TATTTCGCAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 4, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 20 1.00
ACGTcount: A:0.08, C:0.20, G:0.06, T:0.66
Consensus pattern (26 bp):
CTTTTCTCATTTACTTTTCATTTTGC
Found at i:13526684 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 13526659--13526780 Score: 68
Period size: 22 Copynumber: 5.4 Consensus size: 21
13526649 TTTTTTTTCA
13526659 ATTTTTGTCTTTTTTATTTTTT
1 ATTTTT-TCTTTTTTATTTTTT
*
13526681 ATTTTCTTAC-TTTTTATATTTT
1 ATTTT-TT-CTTTTTTATTTTTT
*
13526703 ATTGTATTT-TTGTTTATTTTTT
1 ATT-T-TTTCTTTTTTATTTTTT
* *
13526725 CTTTTTTATTATTTTATTTTGCTTT
1 ATTTTTTCTT-TTTTA-TTT--TTT
* *
13526750 ATTTTTTATTTCTTTCTTTATTT
1 ATTTTTTCTTT-TTTATTT-TTT
*
13526773 ATATTTTC
1 ATTTTTTC
13526781 ATATATTTTT
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 10, Indels: 21
0.72 0.09 0.19
Matches are distributed among these distances:
20 3 0.04
21 3 0.04
22 36 0.46
23 17 0.22
24 5 0.06
25 15 0.19
ACGTcount: A:0.14, C:0.07, G:0.03, T:0.76
Consensus pattern (21 bp):
ATTTTTTCTTTTTTATTTTTT
Found at i:13526738 original size:37 final size:38
Alignment explanation
Indices: 13526671--13526779 Score: 116
Period size: 37 Copynumber: 2.8 Consensus size: 38
13526661 TTTTGTCTTT
*
13526671 TTTATTTTTTATTTTCTTAC-TTTTTATATTTTATTGT-A
1 TTTATTGTTTATTTT-TT-CTTTTTTATATTTTATTGTGA
* *
13526709 TTT-TTGTTTATTTTTTCTTTTTTATTATTTTATTTTGC
1 TTTATTGTTTATTTTTTCTTTTTTA-TATTTTATTGTGA
*
13526747 TTTATTTTTTATTTCTTTCTTTATTTATATTTT
1 TTTATTGTTTATTT-TTTCTTT-TTTATATTTT
13526780 CATATATTTT
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 4, Indels: 10
0.81 0.05 0.13
Matches are distributed among these distances:
35 1 0.02
36 8 0.13
37 20 0.33
38 6 0.10
39 9 0.15
40 13 0.21
41 4 0.07
ACGTcount: A:0.15, C:0.06, G:0.03, T:0.77
Consensus pattern (38 bp):
TTTATTGTTTATTTTTTCTTTTTTATATTTTATTGTGA
Found at i:13527266 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 13527239--13527274 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18
13527229 TTTGTCAACC
*
13527239 CTTTTCATTTTTGATCTT
1 CTTTTAATTTTTGATCTT
*
13527257 CTTTTAATTTTTTATCTT
1 CTTTTAATTTTTGATCTT
13527275 TGATTTTTAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 16 1.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.14, G:0.03, T:0.69
Consensus pattern (18 bp):
CTTTTAATTTTTGATCTT
Found at i:13527702 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 13527685--13527734 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 4.3 Consensus size: 12
13527675 AATTAAGATC
*
13527685 ATCTTGTATTTT
1 ATCTTGTAATTT
*
13527697 ATCTTGAAATTT
1 ATCTTGTAATTT
*
13527709 A-CTT-TTATTT
1 ATCTTGTAATTT
*
13527719 ATCGTGTAATTT
1 ATCTTGTAATTT
13527731 ATCT
1 ATCT
13527735 AATTAACAAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 7, Indels: 4
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
10 5 0.17
11 5 0.17
12 19 0.66
ACGTcount: A:0.24, C:0.10, G:0.08, T:0.58
Consensus pattern (12 bp):
ATCTTGTAATTT
Found at i:13528103 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 13528075--13528129 Score: 60
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25
13528065 ATTTTTCAAA
13528075 ATTTTGTTCAATTTT-TGACTTTTT-T
1 ATTTTGTTC--TTTTCTGACTTTTTAT
* *
13528100 ATTTTTTTCTTTTCTTACTTTTTAT
1 ATTTTGTTCTTTTCTGACTTTTTAT
13528125 ATTTT
1 ATTTT
13528130 ATTGTATTTT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 4
0.81 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
23 4 0.15
24 8 0.31
25 14 0.54
ACGTcount: A:0.15, C:0.09, G:0.04, T:0.73
Consensus pattern (25 bp):
ATTTTGTTCTTTTCTGACTTTTTAT
Found at i:13528178 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 13528148--13528189 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
13528138 TTTGTTTATT
13528148 TTTTCCTTT-TTTTCTTATTTTA
1 TTTTCCTTTATTTT-TTATTTTA
*
13528170 TTTTGCTTTATTTTTTATTT
1 TTTTCCTTTATTTTTTATTT
13528190 CTTTCTTTAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
22 14 0.78
23 4 0.22
ACGTcount: A:0.10, C:0.10, G:0.02, T:0.79
Consensus pattern (22 bp):
TTTTCCTTTATTTTTTATTTTA
Found at i:13528200 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 13528127--13528208 Score: 96
Period size: 34 Copynumber: 2.4 Consensus size: 34
13528117 CTTTTTATAT
* * *
13528127 TTTATTGTATTTTTGTTTATTTTTTCCTTTTTTTC
1 TTTATTTTA-TTTTGTTTATTTTTTCATTTCTTTC
13528162 -TTATTTTATTTTGCTTTATTTTTT-ATTTCTTTC
1 TTTATTTTATTTTG-TTTATTTTTTCATTTCTTTC
13528195 TTTATTTATATTTT
1 TTTATTT-TATTTT
13528209 CATACATTTT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 3, Indels: 6
0.82 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
33 12 0.29
34 23 0.56
35 6 0.15
ACGTcount: A:0.12, C:0.07, G:0.04, T:0.77
Consensus pattern (34 bp):
TTTATTTTATTTTGTTTATTTTTTCATTTCTTTC
Found at i:13528692 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 13528671--13528706 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18
13528661 TTTGTCGTCC
*
13528671 CTTTTCATTTTTGATCTT
1 CTTTTAATTTTTGATCTT
*
13528689 CTTTTAATTTTTTATCTT
1 CTTTTAATTTTTGATCTT
13528707 TGATTTTTAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 16 1.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.14, G:0.03, T:0.69
Consensus pattern (18 bp):
CTTTTAATTTTTGATCTT
Found at i:13528749 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 13528722--13528757 Score: 56
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
13528712 TTTATACCTT
13528722 TATTTCTTATTATTTGTTA
1 TATTTCTTATTATTTGTTA
*
13528741 TATTT-TTATTTTTTGTT
1 TATTTCTTATTATTTGTT
13528758 CGTATTTTAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
18 11 0.69
19 5 0.31
ACGTcount: A:0.17, C:0.03, G:0.06, T:0.75
Consensus pattern (19 bp):
TATTTCTTATTATTTGTTA
Found at i:13528875 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 13528854--13528886 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
13528844 TCCTTTTGAC
13528854 TCGTTA-TTTTTTCATT
1 TCGTTACTTTTTT-ATT
13528870 TCGTTACTTTTTTATT
1 TCGTTACTTTTTTATT
13528886 T
1 T
13528887 TATCTATTTT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
16 10 0.62
17 6 0.38
ACGTcount: A:0.12, C:0.12, G:0.06, T:0.70
Consensus pattern (16 bp):
TCGTTACTTTTTTATT
Found at i:13528933 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 13528876--13528933 Score: 64
Period size: 24 Copynumber: 2.3 Consensus size: 25
13528866 CATTTCGTTA
*
13528876 CTTTTTTATTTTATCTATTTTGTTCT
1 CTTTTTTATTTTA-CAATTTTGTTCT
* * *
13528902 GTTGTTTATTTTA-AATTTTTTTCT
1 CTTTTTTATTTTACAATTTTGTTCT
13528926 CTTTTTTA
1 CTTTTTTA
13528934 CTGCTAATTT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 6, Indels: 2
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
24 15 0.58
26 11 0.42
ACGTcount: A:0.14, C:0.09, G:0.05, T:0.72
Consensus pattern (25 bp):
CTTTTTTATTTTACAATTTTGTTCT
Found at i:13529007 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 13528975--13529012 Score: 51
Period size: 14 Copynumber: 2.6 Consensus size: 15
13528965 ATATTTTCTC
*
13528975 TTTTTGTATTTCTTA
1 TTTTTCTATTTCTTA
*
13528990 TTTTTCTATTT-TTG
1 TTTTTCTATTTCTTA
13529004 TTTTTCTAT
1 TTTTTCTAT
13529013 AAAAATTTTA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
14 11 0.52
15 10 0.48
ACGTcount: A:0.11, C:0.08, G:0.05, T:0.76
Consensus pattern (15 bp):
TTTTTCTATTTCTTA
Found at i:13529141 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 13529124--13529173 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 4.3 Consensus size: 12
13529114 AATTAAGATC
*
13529124 ATCTTGTATTTT
1 ATCTTGTAATTT
*
13529136 ATCTTGAAATTT
1 ATCTTGTAATTT
*
13529148 A-CTT-TTATTT
1 ATCTTGTAATTT
*
13529158 ATCATGTAATTT
1 ATCTTGTAATTT
13529170 ATCT
1 ATCT
13529174 AATTAACAAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 7, Indels: 4
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
10 5 0.17
11 5 0.17
12 19 0.66
ACGTcount: A:0.26, C:0.10, G:0.06, T:0.58
Consensus pattern (12 bp):
ATCTTGTAATTT
Found at i:13529242 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 13529221--13529263 Score: 56
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 19
13529211 TATGCTTTCA
13529221 TTTTTATTTGTTTT--AAT
1 TTTTTATTTGTTTTAAAAT
13529238 TTTTTCA-TTGTTTTAAAAT
1 TTTTT-ATTTGTTTTAAAAT
13529257 TTTTTAT
1 TTTTTAT
13529264 ATTTCTTTTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 6
0.79 0.00 0.21
Matches are distributed among these distances:
17 12 0.55
18 2 0.09
19 8 0.36
ACGTcount: A:0.21, C:0.02, G:0.05, T:0.72
Consensus pattern (19 bp):
TTTTTATTTGTTTTAAAAT
Found at i:13529546 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 13529536--13529599 Score: 67
Period size: 7 Copynumber: 8.9 Consensus size: 7
13529526 AATTTTTGTC
13529536 TTTTTTA
1 TTTTTTA
13529543 TTTTTTA
1 TTTTTTA
13529550 TTTTCTTA
1 TTTT-TTA
*
13529558 CTTTTTA
1 TTTTTTA
*
13529565 TATTTTA
1 TTTTTTA
13529572 TTGTATTT-
1 TT-T-TTTA
*
13529580 TTGTTTA
1 TTTTTTA
13529587 TTTTTTA
1 TTTTTTA
13529594 TTTTTT
1 TTTTTT
13529600 TTCTTATTTT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 6, Indels: 8
0.77 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
6 3 0.06
7 32 0.68
8 9 0.19
9 3 0.06
ACGTcount: A:0.14, C:0.03, G:0.03, T:0.80
Consensus pattern (7 bp):
TTTTTTA
Found at i:13529563 original size:17 final size:15
Alignment explanation
Indices: 13529536--13529643 Score: 69
Period size: 16 Copynumber: 7.0 Consensus size: 15
13529526 AATTTTTGTC
13529536 TTTTTTATTTTTTAT
1 TTTTTTATTTTTTAT
* *
13529551 TTTCTTACTTTTTA-
1 TTTTTTATTTTTTAT
* *
13529565 TATTTTATTGTATT-T
1 TTTTTTATT-TTTTAT
*
13529580 TTGTTTATTTTTTATT
1 TTTTTTATTTTTTA-T
*
13529596 TTTTTTCTTATTTTAT
1 TTTTTTATT-TTTTAT
13529612 TTTGCTTTA-TTTTTAT
1 TTT--TTTATTTTTTAT
* *
13529628 TTCTTTCTTTATTTAT
1 TTTTTTATTT-TTTAT
13529644 ATTTCATATA
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 14, Indels: 17
0.69 0.14 0.17
Matches are distributed among these distances:
14 12 0.17
15 24 0.34
16 25 0.36
17 6 0.09
18 3 0.04
ACGTcount: A:0.14, C:0.06, G:0.03, T:0.78
Consensus pattern (15 bp):
TTTTTTATTTTTTAT
Found at i:13529572 original size:29 final size:26
Alignment explanation
Indices: 13529538--13529609 Score: 67
Period size: 29 Copynumber: 2.6 Consensus size: 26
13529528 TTTTTGTCTT
13529538 TTTTATTTTTTATTTTCTTACTTTTTATA
1 TTTTATTTTTTATTTT-TTA-TTTTT-TA
*
13529567 TTTTATTGTATTT-TTGTTTATTTTTTA
1 TTTTATT-T-TTTATTTTTTATTTTTTA
13529594 TTTT-TTTTCTTATTTT
1 TTTTATTTT-TTATTTT
13529610 ATTTTGCTTT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 2, Indels: 11
0.74 0.04 0.22
Matches are distributed among these distances:
24 1 0.03
25 3 0.08
26 5 0.14
27 6 0.16
28 5 0.14
29 10 0.27
30 4 0.11
31 3 0.08
ACGTcount: A:0.14, C:0.04, G:0.03, T:0.79
Consensus pattern (26 bp):
TTTTATTTTTTATTTTTTATTTTTTA
Found at i:13529588 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 13529561--13529660 Score: 56
Period size: 11 Copynumber: 9.1 Consensus size: 10
13529551 TTTCTTACTT
13529561 TTTATATTTTA
1 TTTAT-TTTTA
*
13529572 TTGTATTTTTG
1 TT-TATTTTTA
13529583 TTTATTTTTTA
1 TTTA-TTTTTA
*
13529594 TTTTTTTTCTTA
1 -TTTATTT-TTA
**
13529606 TTTTATTTTGC
1 -TTTATTTTTA
13529617 TTTATTTTTA
1 TTTATTTTTA
*
13529627 TTTCTTTCTTTA
1 TTT-ATT-TTTA
*
13529639 TTTATATTTCA
1 TTTAT-TTTTA
*
13529650 TATATTTTTA
1 TTTATTTTTA
13529660 T
1 T
13529661 AATGTTTAGG
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 13, Indels: 15
0.71 0.13 0.15
Matches are distributed among these distances:
10 18 0.26
11 27 0.39
12 24 0.35
ACGTcount: A:0.17, C:0.05, G:0.03, T:0.75
Consensus pattern (10 bp):
TTTATTTTTA
Found at i:13529592 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 13529539--13529641 Score: 120
Period size: 44 Copynumber: 2.3 Consensus size: 44
13529529 TTTTGTCTTT
*
13529539 TTTATTTTTTATTTTCTTACTT-TTTATATTTT-ATTGTATTTTTG
1 TTTATTTTTTATTTTCTTACTTATTT-TATTTTGATT-TATTTTTA
* * *
13529583 TTTATTTTTTATTTTTTTTCTTATTTTATTTTGCTTTATTTTTA
1 TTTATTTTTTATTTTCTTACTTATTTTATTTTGATTTATTTTTA
*
13529627 TTTCTTTCTTTATTT
1 TTTATTT-TTTATTT
13529642 ATATTTCATA
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 5, Indels: 5
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
44 39 0.76
45 12 0.24
ACGTcount: A:0.14, C:0.06, G:0.03, T:0.78
Consensus pattern (44 bp):
TTTATTTTTTATTTTCTTACTTATTTTATTTTGATTTATTTTTA
Found at i:13529614 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 13529528--13529614 Score: 70
Period size: 22 Copynumber: 3.9 Consensus size: 21
13529518 TTTTGTTCAA
*
13529528 TTTTTGTCTTTTTTATTTT-T
1 TTTTTTTCTTTTTTATTTTAT
13529548 TATTTTCTTACTTTTTATATTTTAT
1 T-TTTT-TT-CTTTTT-TATTTTAT
* *
13529573 TGTATTTTTGTTTATT-TTTTAT
1 T-T-TTTTTCTTTTTTATTTTAT
13529595 TTTTTTTCTTATTTTATTTT
1 TTTTTTTCTT-TTTTATTTT
13529615 GCTTTATTTT
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 6, Indels: 14
0.73 0.08 0.19
Matches are distributed among these distances:
20 8 0.15
21 8 0.15
22 12 0.23
23 7 0.13
24 10 0.19
25 5 0.09
26 3 0.06
ACGTcount: A:0.13, C:0.05, G:0.03, T:0.79
Consensus pattern (21 bp):
TTTTTTTCTTTTTTATTTTAT
Found at i:13529647 original size:34 final size:33
Alignment explanation
Indices: 13529568--13529647 Score: 94
Period size: 33 Copynumber: 2.4 Consensus size: 33
13529558 CTTTTTATAT
*
13529568 TTTATTGTAT-TTTTGTTTATTTTTTATTTTTTT
1 TTTATT-TATATTTTGTTTATTTTTTATTTTTTC
13529601 TCTTATTT-TATTTTGCTTTA-TTTTTATTTCTTTC
1 T-TTATTTATATTTTG-TTTATTTTTTATTT-TTTC
13529635 TTTATTTATATTT
1 TTTATTTATATTT
13529648 CATATATTTT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 1, Indels: 9
0.80 0.02 0.18
Matches are distributed among these distances:
32 1 0.02
33 22 0.54
34 18 0.44
ACGTcount: A:0.14, C:0.05, G:0.04, T:0.78
Consensus pattern (33 bp):
TTTATTTATATTTTGTTTATTTTTTATTTTTTC
Found at i:13530138 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 13530111--13530145 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
13530101 TGTGTCGTCC
*
13530111 CTTTTCATTTTTGATCTT
1 CTTTTAATTTTTGATCTT
*
13530129 CTTTTAATTTTTTATCT
1 CTTTTAATTTTTGATCT
13530146 ATGATTTTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 15 1.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.14, G:0.03, T:0.69
Consensus pattern (18 bp):
CTTTTAATTTTTGATCTT
Found at i:13530192 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 13530163--13530198 Score: 65
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
13530153 TTATACATTT
13530163 TATTTCTTATTTTTTGTTA
1 TATTTCTTATTTTTTGTTA
13530182 TATTT-TTATTTTTTGTT
1 TATTTCTTATTTTTTGTT
13530199 CGTATTTTAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
18 12 0.71
19 5 0.29
ACGTcount: A:0.14, C:0.03, G:0.06, T:0.78
Consensus pattern (19 bp):
TATTTCTTATTTTTTGTTA
Found at i:13530315 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 13530294--13530326 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
13530284 TCCTTTTGAC
13530294 TCGTTA-TTTTTTCATT
1 TCGTTACTTTTTT-ATT
13530310 TCGTTACTTTTTTATT
1 TCGTTACTTTTTTATT
13530326 T
1 T
13530327 TTTCCTTTTT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
16 10 0.62
17 6 0.38
ACGTcount: A:0.12, C:0.12, G:0.06, T:0.70
Consensus pattern (16 bp):
TCGTTACTTTTTTATT
Found at i:13530581 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 13530564--13530613 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 4.3 Consensus size: 12
13530554 AATTAAGATC
*
13530564 ATCTTGTATTTT
1 ATCTTGTAATTT
*
13530576 ATCTTGAAATTT
1 ATCTTGTAATTT
*
13530588 A-CTT-TTATTT
1 ATCTTGTAATTT
*
13530598 ATCGTGTAATTT
1 ATCTTGTAATTT
13530610 ATCT
1 ATCT
13530614 AATTAACAAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 7, Indels: 4
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
10 5 0.17
11 5 0.17
12 19 0.66
ACGTcount: A:0.24, C:0.10, G:0.08, T:0.58
Consensus pattern (12 bp):
ATCTTGTAATTT
Found at i:13530683 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 13530662--13530706 Score: 60
Period size: 17 Copynumber: 2.5 Consensus size: 19
13530652 TATGCTTTCA
13530662 TTTTTATTTGTTTT--AAT
1 TTTTTATTTGTTTTAAAAT
13530679 TTTTTCA-TTGTTTTAAAAT
1 TTTTT-ATTTGTTTTAAAAT
13530698 TTTTTATTT
1 TTTTTATTT
13530707 TTATTTTTTA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 6
0.80 0.00 0.20
Matches are distributed among these distances:
17 12 0.50
18 2 0.08
19 10 0.42
ACGTcount: A:0.20, C:0.02, G:0.04, T:0.73
Consensus pattern (19 bp):
TTTTTATTTGTTTTAAAAT
Found at i:13530708 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 13530696--13530725 Score: 53
Period size: 7 Copynumber: 4.4 Consensus size: 7
13530686 TTGTTTTAAA
13530696 ATTTTTT
1 ATTTTTT
13530703 A-TTTTT
1 ATTTTTT
13530709 ATTTTTT
1 ATTTTTT
13530716 ATTTTTT
1 ATTTTTT
13530723 ATT
1 ATT
13530726 CCAAATCTTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 2
0.92 0.00 0.08
Matches are distributed among these distances:
6 6 0.27
7 16 0.73
ACGTcount: A:0.17, C:0.00, G:0.00, T:0.83
Consensus pattern (7 bp):
ATTTTTT
Found at i:13530714 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 13530696--13530721 Score: 52
Period size: 13 Copynumber: 2.0 Consensus size: 13
13530686 TTGTTTTAAA
13530696 ATTTTTTATTTTT
1 ATTTTTTATTTTT
13530709 ATTTTTTATTTTT
1 ATTTTTTATTTTT
13530722 TATTCCAAAT
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 13 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.00, G:0.00, T:0.85
Consensus pattern (13 bp):
ATTTTTTATTTTT
Found at i:13530806 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 13530763--13530812 Score: 64
Period size: 26 Copynumber: 1.9 Consensus size: 26
13530753 TCTTTTCTTG
*
13530763 CTTTTCTCATTTACTTTTTATTTTGC
1 CTTTTCTCATTTACTTTTCATTTTGC
* **
13530789 CTTTTCTCCTTTGGTTTTCATTTT
1 CTTTTCTCATTTACTTTTCATTTT
13530813 TATTTCGCAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 4, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 20 1.00
ACGTcount: A:0.08, C:0.20, G:0.06, T:0.66
Consensus pattern (26 bp):
CTTTTCTCATTTACTTTTCATTTTGC
Found at i:13530986 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 13530976--13531039 Score: 67
Period size: 7 Copynumber: 8.9 Consensus size: 7
13530966 AATTTTTGAC
13530976 TTTTTTA
1 TTTTTTA
13530983 TTTTTTA
1 TTTTTTA
13530990 TTTTCTTA
1 TTTT-TTA
*
13530998 CTTTTTA
1 TTTTTTA
*
13531005 TATTTTA
1 TTTTTTA
13531012 TTGTATTT-
1 TT-T-TTTA
*
13531020 TTGTTTA
1 TTTTTTA
13531027 TTTTTTA
1 TTTTTTA
13531034 TTTTTT
1 TTTTTT
13531040 TTCTTATTTT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 6, Indels: 8
0.77 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
6 3 0.06
7 32 0.68
8 9 0.19
9 3 0.06
ACGTcount: A:0.14, C:0.03, G:0.03, T:0.80
Consensus pattern (7 bp):
TTTTTTA
Found at i:13531002 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 13530977--13531049 Score: 69
Period size: 22 Copynumber: 3.5 Consensus size: 21
13530967 ATTTTTGACT
*
13530977 TTTTTATTTTTTATTTTCTTAC
1 TTTTTATTTTTTATTTTATT-C
* * *
13530999 TTTTTATATTTTATTGTATTT
1 TTTTTATTTTTTATTTTATTC
13531020 TTGTTTATTTTTTATTTT-TT-
1 TT-TTTATTTTTTATTTTATTC
*
13531040 TTCTTATTTT
1 TTTTTATTTT
13531050 ATTTTGCTTT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 7, Indels: 5
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
19 7 0.16
20 2 0.05
21 4 0.09
22 30 0.70
ACGTcount: A:0.14, C:0.04, G:0.03, T:0.79
Consensus pattern (21 bp):
TTTTTATTTTTTATTTTATTC
Found at i:13531003 original size:17 final size:15
Alignment explanation
Indices: 13530976--13531083 Score: 69
Period size: 16 Copynumber: 7.0 Consensus size: 15
13530966 AATTTTTGAC
13530976 TTTTTTATTTTTTAT
1 TTTTTTATTTTTTAT
* *
13530991 TTTCTTACTTTTTA-
1 TTTTTTATTTTTTAT
* *
13531005 TATTTTATTGTATT-T
1 TTTTTTATT-TTTTAT
*
13531020 TTGTTTATTTTTTATT
1 TTTTTTATTTTTTA-T
*
13531036 TTTTTTCTTATTTTAT
1 TTTTTTATT-TTTTAT
13531052 TTTGCTTTA-TTTTTAT
1 TTT--TTTATTTTTTAT
* *
13531068 TTCTTTCTTTATTTAT
1 TTTTTTATTT-TTTAT
13531084 ATTTCATATA
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 14, Indels: 17
0.69 0.14 0.17
Matches are distributed among these distances:
14 12 0.17
15 24 0.34
16 25 0.36
17 6 0.09
18 3 0.04
ACGTcount: A:0.14, C:0.06, G:0.03, T:0.78
Consensus pattern (15 bp):
TTTTTTATTTTTTAT
Found at i:13531012 original size:29 final size:26
Alignment explanation
Indices: 13530978--13531049 Score: 67
Period size: 29 Copynumber: 2.6 Consensus size: 26
13530968 TTTTTGACTT
13530978 TTTTATTTTTTATTTTCTTACTTTTTATA
1 TTTTATTTTTTATTTT-TTA-TTTTT-TA
*
13531007 TTTTATTGTATTT-TTGTTTATTTTTTA
1 TTTTATT-T-TTTATTTTTTATTTTTTA
13531034 TTTT-TTTTCTTATTTT
1 TTTTATTTT-TTATTTT
13531050 ATTTTGCTTT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 2, Indels: 11
0.74 0.04 0.22
Matches are distributed among these distances:
24 1 0.03
25 3 0.08
26 5 0.14
27 6 0.16
28 5 0.14
29 10 0.27
30 4 0.11
31 3 0.08
ACGTcount: A:0.14, C:0.04, G:0.03, T:0.79
Consensus pattern (26 bp):
TTTTATTTTTTATTTTTTATTTTTTA
Found at i:13531028 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 13531001--13531100 Score: 56
Period size: 11 Copynumber: 9.1 Consensus size: 10
13530991 TTTCTTACTT
13531001 TTTATATTTTA
1 TTTAT-TTTTA
*
13531012 TTGTATTTTTG
1 TT-TATTTTTA
13531023 TTTATTTTTTA
1 TTTA-TTTTTA
*
13531034 TTTTTTTTCTTA
1 -TTTATTT-TTA
**
13531046 TTTTATTTTGC
1 -TTTATTTTTA
13531057 TTTATTTTTA
1 TTTATTTTTA
*
13531067 TTTCTTTCTTTA
1 TTT-ATT-TTTA
*
13531079 TTTATATTTCA
1 TTTAT-TTTTA
*
13531090 TATATTTTTA
1 TTTATTTTTA
13531100 T
1 T
13531101 AATGTTTAGG
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 13, Indels: 15
0.71 0.13 0.15
Matches are distributed among these distances:
10 18 0.26
11 27 0.39
12 24 0.35
ACGTcount: A:0.17, C:0.05, G:0.03, T:0.75
Consensus pattern (10 bp):
TTTATTTTTA
Found at i:13531032 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 13530979--13531081 Score: 120
Period size: 44 Copynumber: 2.3 Consensus size: 44
13530969 TTTTGACTTT
*
13530979 TTTATTTTTTATTTTCTTACTT-TTTATATTTT-ATTGTATTTTTG
1 TTTATTTTTTATTTTCTTACTTATTT-TATTTTGATT-TATTTTTA
* * *
13531023 TTTATTTTTTATTTTTTTTCTTATTTTATTTTGCTTTATTTTTA
1 TTTATTTTTTATTTTCTTACTTATTTTATTTTGATTTATTTTTA
*
13531067 TTTCTTTCTTTATTT
1 TTTATTT-TTTATTT
13531082 ATATTTCATA
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 5, Indels: 5
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
44 39 0.76
45 12 0.24
ACGTcount: A:0.14, C:0.06, G:0.03, T:0.78
Consensus pattern (44 bp):
TTTATTTTTTATTTTCTTACTTATTTTATTTTGATTTATTTTTA
Found at i:13531087 original size:34 final size:33
Alignment explanation
Indices: 13531008--13531087 Score: 94
Period size: 33 Copynumber: 2.4 Consensus size: 33
13530998 CTTTTTATAT
*
13531008 TTTATTGTAT-TTTTGTTTATTTTTTATTTTTTT
1 TTTATT-TATATTTTGTTTATTTTTTATTTTTTC
13531041 TCTTATTT-TATTTTGCTTTA-TTTTTATTTCTTTC
1 T-TTATTTATATTTTG-TTTATTTTTTATTT-TTTC
13531075 TTTATTTATATTT
1 TTTATTTATATTT
13531088 CATATATTTT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 1, Indels: 9
0.80 0.02 0.18
Matches are distributed among these distances:
32 1 0.02
33 22 0.54
34 18 0.44
ACGTcount: A:0.14, C:0.05, G:0.04, T:0.78
Consensus pattern (33 bp):
TTTATTTATATTTTGTTTATTTTTTATTTTTTC
Found at i:13531582 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 13531555--13531589 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
13531545 TGTGTCGTCC
*
13531555 CTTTTCATTTTTGATCTT
1 CTTTTAATTTTTGATCTT
*
13531573 CTTTTAATTTTTTATCT
1 CTTTTAATTTTTGATCT
13531590 ATGATTTTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 15 1.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.14, G:0.03, T:0.69
Consensus pattern (18 bp):
CTTTTAATTTTTGATCTT
Found at i:13531653 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 13531607--13531643 Score: 58
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
13531597 TTATACATTT
13531607 TATTTCTTA-TTTTTTGTTA
1 TATTT-TTATTTTTTTGTTA
13531626 TATTTTTATTTTTTTGTT
1 TATTTTTATTTTTTTGTT
13531644 CGTATTTTAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
18 3 0.18
19 14 0.82
ACGTcount: A:0.14, C:0.03, G:0.05, T:0.78
Consensus pattern (19 bp):
TATTTTTATTTTTTTGTTA
Done.