Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167926.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_19, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 113000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 76 of 117
Found at i:13591147 original size:700 final size:696
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Indices: 13590249--13591526 Score: 1505
Period size: 700 Copynumber: 1.8 Consensus size: 696
13590239 GTTTGTTCAA
* * *
13590249 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTGAGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAGAAAATTAATTAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATC
* * * * *
13590314 TGTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAA
66 TATTTACCAAACCAATTAAAATAGTTATGACCATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAA
* * **
13590379 CCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGGTCTATTCATACTATTTTATTCGAAATAAAATAATACT
131 CCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGGTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * **
13590444 AATTTAATAATATTTTAAAACTTAATAACAAAGAAAATT-AAAAAATAAATCTAATTATTGAACC
196 AATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAACAAAGAAAATTAAAAAAATAAATATAATTAGCGAACC
* ** * * * *
13590508 AATTAAAATAGTTATGA-TGA-CATGAATGATTATCTATTTTAAATCATTATA-ACCTTTTTTTT
261 AATTAAAATAGTTATGACT-ATC-TAAACAATTATCAATCTCAAATCATTA-AGACC-TTTGTTT
* ** *
13590570 TGTTGTAAAACAATTATTT-TGT-TCGTACAAGCTTATTCTAATT-AAAATAATACTAATTTAAT
322 TCTCATAAAACAATTATTTCT-TATCATACAAGCTTATT-TAATTAAAAATAATACTAATTTAAT
* *
13590632 AATATTT-TGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAATCAGTTCAA
385 AATATTTCAG-AAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAA-AAATTTATTT-CTCGAATCAGTTCAA
** * *
13590695 ATGGTTAAAACTATTAGAAC-AATTATCTATTTAAAATCATTC-AGACCTTTTGTTTAGTTATAA
443 ATAATTAAAACTATTAG-ACTAACTATCTATTTAAAATCATTCTA-ACCTTTTGTTTAGTCATAA
* * *
13590758 AACAATTG-TTC-TAGTTCATACAAGATTATTTAGAATAAATTAATA-ATAATTTATTAGCATTC
506 AACAATTGCTTCATA--TCATACAAGATTATTTAGAATAAAATAATATA-AATATATTAACATTC
13590820 AAAAAATTAATGAGAGAGATATTTAAAAAAAAAAATTTGTTTGCCATTTGAACAATTTTCTATTT
568 AAAAAATTAATGAGAGAGATATTTAAAAAAAAAAATTTGTTTGCCATTTGAACAATTTTCTATTT
13590885 ACAATCATTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTATTTAAGTTAATGCCAACTTAGATAG
633 ACAATCATTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTATTTAAGTTAATGCCAACTTAGATAG
**
13590949 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAAA-T-ATTAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAGAAAATTAATT-AGTAAGAAATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
13591012 TCTATTTGCCAAATCAATTAAAAT-GATTATGGCCATTTGAATGATTATCTGTTTCAAAAT-GTT
64 TCTATTTACCAAACCAATTAAAATAG-TTATGACCATTTGAATAATTATCTATTT-AAAATCATT
* * * ** *
13591075 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATA
127 ATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGGTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATA
** ** * * **
13591139 ATACTAATTTTTTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTAGC
191 ATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAACAAAGAAAATTAAAAAAATAAATATAATTAGC
* * *
13591204 GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCAATCTCAAATCATTAAGATCTTTGTT
256 GAACCAATTAAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCAATCTCAAATCATTAAGACCTTTGTT
** * **
13591269 TTCTCATAAAACAATTATTTCTTATCATGGAAGCTTATTTAGTTAAAAATAATGTTAATTTAATA
321 TTCTCATAAAACAATTATTTCTTATCATACAAGCTTATTTAATTAAAAATAATACTAATTTAATA
* *
13591334 ATATTTCAGAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAAAATTTATTTGTCGAATCAGTTTAAATAATTAA
386 ATATTTCAGAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAAAATTTATTTCTCGAATCAGTTCAAATAATTAA
* ** * * *
13591399 AACTATTAGACTAACTATTTATTTCTAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGCT
451 AACTATTAGACTAACTATCTATTTAAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGCT
* * * *
13591464 TCATATCTTACATGATTATTTGGAATAAAATAATTTAAATATATTAACATTCAAAAAATTAAT
516 TCATATCATACAAGATTATTTAGAATAAAATAATATAAATATATTAACATTCAAAAAATTAAT
13591527 AAGCAAAAGA
Statistics
Matches: 480, Mismatches: 79, Indels: 42
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
695 3 0.01
696 125 0.26
697 21 0.04
698 5 0.01
699 4 0.01
700 208 0.43
701 111 0.23
702 3 0.01
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Consensus pattern (696 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAGAAAATTAATTAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATC
TATTTACCAAACCAATTAAAATAGTTATGACCATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAA
CCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGGTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
AATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAACAAAGAAAATTAAAAAAATAAATATAATTAGCGAACC
AATTAAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCAATCTCAAATCATTAAGACCTTTGTTTTCTC
ATAAAACAATTATTTCTTATCATACAAGCTTATTTAATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATT
TCAGAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAAAATTTATTTCTCGAATCAGTTCAAATAATTAAAACTA
TTAGACTAACTATCTATTTAAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGCTTCATA
TCATACAAGATTATTTAGAATAAAATAATATAAATATATTAACATTCAAAAAATTAATGAGAGAG
ATATTTAAAAAAAAAAATTTGTTTGCCATTTGAACAATTTTCTATTTACAATCATTATAACCTTT
TGATTTGTCATAAAACAATTATTTAAGTTAATGCCAACTTAGATAG
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Alignment explanation
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13590855 TTTGTTTGCC
* * * * **
13590865 ATTTGAACAATTTTCTATTT-ACAATCATTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTATTTAA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* * * * * * *
13590929 GTTAATGCCAA-CTTAGATAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAAA-TATTAA
65 GATCAT-ACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CAAAAATTAATAA
* * * * *
13590991 GTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAATCAATTAAAAT-GATTATGGCC
127 GTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAATCAATTCAAATAG-TTATGACT
** * * *
13591046 ATTTGAATGATTATCTGTTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* *
13591110 GATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTAAAAAATTAATAAGTA
65 GATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * *
13591175 AGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTAG-CGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
130 AGAAATTT-AAAAAATAAATATGTTT-GCCAAATCAATTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * *
13591228 ATCTAAACAATTATCAATCTCAAATCATTAAGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTCTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TT
** * ** ** * *
13591292 -ATCATGGAAGCTTATT-TAGTTAAAAATAATGTTAATTTAATAATATTTCAGAAATTAATAAG-
65 GATCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * * **
13591354 -AG--ATTTAAAAAA-AAATTTATTTGTCGAATCAGTTTAAATAATTAAAACT
129 AAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAATCAATTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * * * * **
13591403 ATTAG-ACTAACTATTTATTTCTAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGCTTCA
1 ATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTT
* * * * * * * *
13591467 T-ATCTTACATGATTATTTGGAATAAAATAAT-TTAAATATATTAACA-TTCAAAAAATTAATAA
64 TGATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
* * * * **** *
13591529 GCAA-AAGATTTGGAAACATATATATGTTTATTGAA-CAAATTCAAATAGTTAAGACT
127 GTAAGAA-ATTT-AAAAAATAAATATGTTTGCCAAATC-AATTCAAATAGTTATGACT
** * * * *
13591585 ATTTGAACAATTAAATATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAATAATTGTTTTAG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
* * * * * **
13591650 TTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAACAA
66 ATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
13591715 G-AGTTT--AAAA-AAATATTTTTATCGAAA-AAATTCAAATAGTTATGACT
131 GAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-GCCAAATCAATTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
13591762 ATTTGAACAATTGTCCATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTAG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
* * * *
13591827 TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAATTA
66 ATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA
** * * * * * * * * *
13591891 AGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCATATCAGTTCAAATAATTATGGCC
130 AGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAATCAATTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
13591943 ATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
** * * *
13592008 AT-AGTACAAATTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATATGTA
66 ATCA-TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * ** * * * *
13592072 AGAGATTTACAAAATAAATTTGTTTACTGAATTAGTTTAAATAGTTATGATT
130 AGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAATCAATTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * *
13592124 ATTTGAACGATTGTATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TT
* * * * * * * * * *
13592189 TA-CATATAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATACTTATATAATAATATTCCAAAAATTAACAACTA
65 GATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* *
13592253 AGAGATTTAAAAAGTAAAT
130 AGAAATTTAAAAAATAAAT
13592272 TAAAATAAAT
Statistics
Matches: 956, Mismatches: 228, Indels: 84
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.00
175 52 0.05
176 68 0.07
177 146 0.15
178 9 0.01
179 2 0.00
180 22 0.02
181 464 0.49
182 181 0.19
183 9 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
ATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
GAAATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAATCAATTCAAATAGTTATGACT
Found at i:13592116 original size:539 final size:537
Alignment explanation
Indices: 13591073--13592265 Score: 1171
Period size: 539 Copynumber: 2.2 Consensus size: 537
13591063 TTTCAAAATG
* * *
13591073 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAATAATTG-TTTTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* **
13591138 AATACTAATTTTTTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTAG
65 AATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAAAT-AATATGTTTAG
** * * *
13591203 CGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCAATCTCAAATCATTAAGATCTTTGT
129 CGAAAAAATTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCAATCTAAAATCATTAAGACCTTTGT
* ** * ** **
13591268 TTTCTCATAAAACAATTATTTCTTATCATGGAAGCTTATTTAGTTAAAAATAATGTTAATTTAAT
194 TTTCTCACAAAACAATTATTTCTTATCATACAAGCTTATTAAAATAAAAATAATACTAATTTAAT
* * * * *
13591333 AATATTTCAGAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAAAATTTATTTGTCGAATCAGTTTAAATAATTA
259 AATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAAAATCTATTTGACCAATCAGTTCAAATAATTA
* * * * * * *
13591398 AAACTATTAGACTAACTATTTATTTCTAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGC
324 AAACCATTAGACTAACTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGC
** * * *
13591463 TTCATATCTTACATGATTATTTGGAATAAAATAATTTAAATATATTAACATTCAAAAAATTAATA
389 TTCATATAGTACATAATTATTTGAAATAAAATAATCTAAATATATTAACATTCAAAAAATTAATA
** * *
13591528 AGCAAAAGATTTGGAAACATATATATGTTTATTGAACAAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAC
454 AGCAAAAGATTTACAAACATAAATATGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAC
*
13591593 AATTAAATATTTAAAATCA
519 AATTAAATACTTAAAATCA
* *
13591612 TTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAATAATTGTTTT-GTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAAT
*
13591677 AATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAG-TTTAAAAAAAT-AT-T-TTTATC
65 AATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAAATAATATGTTTAGC
* * * * * * *
13591738 GAAAAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCCATTTAAAATTATTATGACCTTTTGT
130 GAAAAAATTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCAATCTAAAATCATTAAGACC-TTTGT
* * *
13591803 TTTGTCACAAAACAATT-GTT-TTAGTTCATACAAGTTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTT
194 TTTCTCACAAAACAATTATTTCTTA--TCATACAAGCTTATT-AAAATAAAAATAATACTAATTT
* * ** *
13591865 ATTAATA-TTCAAAAAATTAATAATTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTT-ACCATATCAGTT
256 AATAATATTTC-AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAA-AAAATCTATTTGACCA-ATCAGTT
*** * * *
13591928 CAAATAATTATGGCCATTTCA-AC-AATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCA
314 CAAATAATTAAAACCA-TT-AGACTAACTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCA
* * ** * *
13591991 TATAACAATTGTTTTTTATAGTACA-AATTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATCT
377 TAAAACAATTGCTTCATATAGTACATAA-TTATTTGAAATAAAATAAT-CTAAATATATTAA-CA
* * * * ** * *
13592054 TTC-AAAAATTAATATGTAAGAGATTTACAAA-ATAAATTTGTTTACTGAATTAGTTTAAATAGT
439 TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTACAAACATAAATATGTTTACTGAACAAATTCAAATAGT
* * * ** *
13592117 TATGATTATTTGAACGATTGTATACTTCAAATCA
504 TAAGACTATTTGAACAATTAAATACTTAAAATCA
* * * * * * *
13592151 TTATAACCTTTTGTTCT-ATCATAAAACAATTATTTCT-TTACATATAAGCTTGTTTGAAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGA-CATAAAATAATTGTTT-TGTT-CATAAAAGCTTATTCGAAATAAA
* * ** * *
13592214 ATAATACTTATATAATAATATTCCAAAAATTAA-CAACTAAGAGATTTAAAAA
63 ATAATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAAC-AAGAGATTTAAAAA
13592266 GTAAATTAAA
Statistics
Matches: 532, Mismatches: 100, Indels: 43
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
533 3 0.01
534 57 0.11
535 57 0.11
536 5 0.01
538 24 0.05
539 242 0.45
540 134 0.25
541 9 0.02
542 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (537 bp):
TTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAATAATTGTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATA
ATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAAATAATATGTTTAGCG
AAAAAATTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCAATCTAAAATCATTAAGACCTTTGTTT
TCTCACAAAACAATTATTTCTTATCATACAAGCTTATTAAAATAAAAATAATACTAATTTAATAA
TATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAAAATCTATTTGACCAATCAGTTCAAATAATTAAA
ACCATTAGACTAACTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGCTT
CATATAGTACATAATTATTTGAAATAAAATAATCTAAATATATTAACATTCAAAAAATTAATAAG
CAAAAGATTTACAAACATAAATATGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAA
TTAAATACTTAAAATCA
Found at i:13593072 original size:360 final size:358
Alignment explanation
Indices: 13592279--13594148 Score: 1352
Period size: 360 Copynumber: 5.2 Consensus size: 358
13592269 AATTAAAATA
* * * *
13592279 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAAAGATTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAA
1 AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAA
* * * * * * * *
13592344 CTT-AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTGAAATCATTTTGACCTTTTGTGTTGTT
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * * *
13592407 GTAAAATAAATGTTTTAATTTATATAAGTTTGTTCAAAATAAAAAAAAAATACTAATCTATTAAT
129 ATAAAA-AAAT-TGTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAAT---AAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
13592472 ATTTC-----A--AATAAG--A-A-ATTTAAAAAAT-AATTTGTTTAT-TAAACCAGTTCAAATA
189 A-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTT-TCTGAACAAGTTCAAATA
* * ** * * ** * ***
13592524 GTTATAACTATTTGAGGAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTG-TTACACTATAAAA-C
252 GTTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTGAAA-TCATATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAATC
* * * *
13592587 AATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TAGATTAAAATAATATT
315 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACT
** * * * * *
13592631 AATTTATTAATATTTTGACATTTAATAAGGAAAAAATTTTAAAAAT-AA-CTATGCTTACCAAAC
1 AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAATCTAT--TTACCGAAC
* * * * * * * *
13592694 TAGATGAACTAGTTATGACTATTTGAATAAATATTTATCTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
62 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * ** *
13592759 TTATAAAAAACATAT-TTCAGTTCATATAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAAT
127 TCATAAAAAA-AT-TGTTCA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
13592823 ATTC-CAAAATTAATAATTAAGATATTTAAAAAATGAATATATTTATC-GAACAAGTTTAAATA-
189 ATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTT-TCTGAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * *
13592885 TTATAACTATTTCAACAATTATCGATTTGAGATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGAC
253 TTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTGAAATC-ATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATCAA
* * * *
13592950 TTTTTTCTATTTATACAAGCTTATTTTG-AATAAAAGAATA-T
317 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT
* *
13592991 AAATTTATTAATATT-AAGATAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCGAATA
1 -AATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCGAACA
* ** * * *
13593055 ACTTCAAATCTTTATGACTATTTAAACAATTTTTTATTTTAAATTC-TTATGACTTTTTGTTTTG
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** *
13593119 TCATAAAATAATTATTTCATATTATACAAGCTTATTTGAAAT-AAATAATATTAATTTATTAATA
127 TCATAAAAAAATT-GTTCAT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * *
13593183 TTTTGATAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACACGTTCAAATAGT
190 -TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTTCTGAACAAGTTCAAATAGT
* * *
13593247 CATGACTA-TTCAAATAATTATCTA-TTGTAAATCATGTGACCTTTTGTTTTG-CAATAAAA-CA
254 TATGACTATTTC-AACAATTATCTATTTG-AAATCATATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAATCA
* * * *
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** ** * * * * **
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* * *
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* * * * * *
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** ** * * * ** *
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* * * * * *
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* *** * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * ** * * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * ** *
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** *
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* * * * * *
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* * *
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* * ** * * * *
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* * * * *
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** * * * *
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** * * * *
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** * * * * * * *
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* *
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* *
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* * * * * * *
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258 -TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * ***
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* ***
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* * * * **
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* ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* *
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* ** * *
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* * * ** *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * **
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* * * *
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315 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTT
* * * * * *
13597016 ATGAATCAATTATTTCTATTATT--TA-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATAGTAATATATTAAA
1 ATAAAACAATT-TTT-T-TTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * **
13597078 ATTTCAAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAAAGAGTTTAAATAG
62 A-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACTAG-TTAAATAG
* * *
13597142 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGA-TCTTTTGTTTTGTCA-AAAAACA
124 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTATCATAAAAA-A
* * * ** ** *
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187 ATT-ATTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
* * ** *
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* * ** ** * * *
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* * * * * * ** *
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* *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* *** * * * * * *
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* ** * * * **
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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** * * * * *
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* * * * * *
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**** * *
13598503 CT-GAA-TCAGTTCAAATAATTT-TGGTTATGTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCT
259 CTCGAACT-AGTTCAAAT-ATTTAAAACTATATCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
*
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322 TTTGTTTCATCATAAAAGAATTGTATTTG-A-ATTATAC
** * * * *
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1 AAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * *
13598667 TTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTAAATT
64 TTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATT
* * * * * * * * *
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129 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCGG
* * * * *
13598797 AATAAAA-AACACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATT
194 AATAAAATAAAACTAATCTATTAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGTG-ATTTAAAAATAAATC
* * *
13598861 TATTTGTCGAACTAGTTCAAATATTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
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** * * * *
13598926 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAGTTTTGTTTGAATTCATAC
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* * * * *
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1 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* ** * *
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* * * * **
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129 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCGG
* * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *** * * **
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* * * * * *
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* * * * ** * * * * * * *
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* ** * * * * *
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* * *
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1 AAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA-AATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * * * *
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64 TTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATT
** * * * * * * *
13599797 T-AAACTTGTTATGACTTTTTATTGTGGCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGTTTATTAG
129 TCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCG
* * * * * *** *
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193 GAATAAAATAAAACTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT----GATTT-AAAAATAAAT
** * * ** * * ** * * *
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253 CGATTT-CTCGAACTAGTTCAAATATTTAAAACTATATCAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* ** * * * * *
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317 GACC-TTTTGTTTCATCATAAAAGAATTGTATTTGAATT-ATAC
* * * * *
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1 AAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
** ** * *
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65 TAA-AAAATA-AATATATTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATA
* * * * * * * * * *
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127 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTC
* ** * *
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* ** * ** * *
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* * * *
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* * * ** * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTT
* * * * * * **
13598417 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACT-ATTTATTAATA-CTCCTAAATT--TAA-T
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* * * * * ** * *
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* * * * * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTT
** * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * * * * * *
13598711 CTATTTGAACAATTGTAAATTTCAAATCCTTGTAACTTTTTGTTCTATCATATAACAGTTATTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTT
* * * *
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* ** * *
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131 AAGAG-ATTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATATTTAAGA
* * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT-T
* * * * *
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65 TTG--TTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * ** *
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* * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTT
* ** *
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66 TGTTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
13599198 AAAGTGATTT
Statistics
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TGTTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACT
AAGAGATTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATATTTAAGA
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* * * ** * ** *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * **
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* * * * * * ** *
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* **
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * *
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* **
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130 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
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Statistics
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ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAA
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* * *
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* * * * ** * * * * *
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* * * * *
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** * ** * * *
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* * * *
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* * *
13601168 TTGAACTTG-TTCAGTAAATAGATTTAATTTTTAAAATCTCTT-TCTTATTAA
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*
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1 -TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATT
* * * * * *
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* * *
13601347 TTTAAATTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAA
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* * * * *
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1 TTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTCA-AATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGT
* * * * * * *
13601463 TTTACGACAAAACAAAAGGTCATAGCGACTTGAAATAGATAATTGTT-TGTATAGTCTTAACTAT
64 TTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AATAGT-ATAACTAT
* * * * * * **
13601527 TTAAACTGGTTCAGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAA
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* * * * * *
13601577 GTTTTGAAATATTATTAAATTAGTA-T-TTTATTGTAATTTAA-ATAGTATGAACAGAACCAATT
1 -TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATT-CAA-ATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATT
* * * * *
13601639 GTTTGATGACAAAATAAAATGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTA
62 GTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGT-ATAACTA
* * * * * * *
13601704 TTGGAAA-TGTTTTGGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAA
126 TT-TAAACTGATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAA
* * ** * * * *
13601755 TTTTCTAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTAACAAAAACAATT
1 TTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATT
* * * * * * *
13601820 ATTTAATAACAAAA-AGAAA-GTAATAATGATTTG-AATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATT
62 GTTTTATGACAAAATA-AAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAG-TATAACT
* * * ** * * * * *
13601882 ATTTGAATTGGTTCAATAAATAGAATTATTTTCTAAATGTCTTACTTATAAA
125 ATTTAAACTGATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAA
*
13601934 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCCAAAT
1 -TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TATT-CAAAT
13601975 GCGATTGTAT
Statistics
Matches: 743, Mismatches: 154, Indels: 78
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTT
TATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTATAACTATTTAA
ACTGATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAA
Found at i:13601859 original size:357 final size:358
Alignment explanation
Indices: 13601120--13601974 Score: 852
Period size: 357 Copynumber: 2.4 Consensus size: 358
13601110 ACAAATTAAT
* * * * * * *
13601120 AGGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCTAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAA
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* * *
13601185 ATAGATTTAATTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATT
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* * * * *
13601249 TATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTTTTTTATGACTAAACAAAAGTTAAAACAATT
129 TATTCTAAATAAGATAGTATGAACTAAAACAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGTTAAAACAATT
* * * * * *
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194 TCAAATAGATAATTATTCAAATAGTATAAACTATTGAAATTGATTCGGTAAACAAATTCACTTTT
* * * * *
13601379 TAAATCTCTTATTTATTAATTTATAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTAATCAGAATAAGCTT
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* * * *
13601444 GTACGAACAAAACAATTCTTTTACGACAAAACAAA
324 ATACGAACAAAACAATTATTTAACAACAAAACAAA
* * *** * *
13601479 AGGTCATAGCGACTTGAAATAGATAATTGTTTGTATAGTCT-TAACTATTTAAACTGGTTCAGCA
1 AGGTAATAACGACTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTGGTTCAGTA
* * * ** * *
13601543 ATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAGTA-T-TTT
65 AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * *
13601606 ATTGTAATTTAA-ATAGTATGAAC-AGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAATGTTATAACGA
130 ATTCTAA-ATAAGATAGTATGAACTA-AAACAATTGTTTGATGACAAAACAAAA-GTTAAAACAA
* * * * *
13601669 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AAACTATTGGAAA-TGTTTTGGTAAATAGATTCAC
192 TTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGT-ATAAACTATT-GAAATTGATTCGGTAAACAAATTCAC
* * **
13601732 TTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTT-TCTAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAC
255 TTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTAT-AAAATATTAGTAAATTAGTATTA-TTTAATCAGAAC
** *
13601796 AAACTTATATTAACAAAAACAATTATTTAATAACAAAA-AGAA
318 AAACTTATACGAAC-AAAACAATTATTTAACAACAAAACA-AA
* * * * *
13601838 A-GTAATAATGATTTG-AATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAATTGGTTCAATAA
1 AGGTAATAACGACTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAA
* * * * *
13601901 ATAGAATTATTTTCTAAATGTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCT
66 ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-T
*
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130 ATTCTAAAT
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Consensus pattern (358 bp):
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ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTA
TTCTAAATAAGATAGTATGAACTAAAACAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGTTAAAACAATTTC
AAATAGATAATTATTCAAATAGTATAAACTATTGAAATTGATTCGGTAAACAAATTCACTTTTTA
AATCTCTTACTGATTAATTTATAAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTAATCAGAACAAACTTAT
ACGAACAAAACAATTATTTAACAACAAAACAAA
Found at i:13602413 original size:176 final size:175
Alignment explanation
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Period size: 176 Copynumber: 5.3 Consensus size: 175
13602219 ACACAATTAT
* *
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65 TGAATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAGATTAATATTTG
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130 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTGGTTCAAAAAATAGTTTTAG
* * *
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1 TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTTATTTAAATAAGCT
* *
13602470 TGAATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTG
65 TGAATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAGATTAATATTTG
* * *
13602535 TTCAAATAGATATAACTATTTGAATTAGTTCAGAAAATAGTTTTAG
130 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTGGTTCAAAAAATAGTTTTAG
* * * * *
13602581 TATTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGTT
1 TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAG-C
* * * ** * *
13602646 TCTGTAA--ACT-GAAACAATTATTCTATGATAAAA-AAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGTTA
64 T-TG-AATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGA-TTTGAGAT--TAA
**** * * *
13602706 TATCGATTGTTCAAATAGTCTATTGGAATTT-ATTTGG-T----AAATAGATTTACT
124 TAT---TTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAATTGGTTCAAAAAATAGTTTTA-G
* *** * * *
13602757 TTTTTAAATCTCTTGCTGAATAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATA
1 TTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATA
* * * * * * *
13602822 AGTTTGTATGAACTA-AAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGA-AATAG
61 AGCTTGAATG-ATTAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAGATTA-
* * * * * * * ** *
13602885 ATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGACAAACACATTTAT
123 ATATTTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TTGGTTCAAAAAATAGTTTTAG
* * * *
13602938 TTTTTGAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAA-TAGCATTATTTTTATCTGAATAAGCT
1 TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTTATTTAAATAAGCT
* * ** *
13603002 TGGATGATTAGAAACAATTATTTTATGAGAAAACAAATATCATAATGATTTGAGATTGATATTTG
65 TGAATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAGATTAATATTTG
* * * ***
13603067 TTCAAATAATAATAACCATTTGAATTGGTTTGGAAAATAGTTTTAG
130 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTGGTTCAAAAAATAGTTTTAG
* * * *
13603113 TTTTTAAATCTCTTATTATTTTTCAAGATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTT
1 TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTT
13603168 TGGATAAATT
Statistics
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Consensus pattern (175 bp):
TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTT
GAATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAGATTAATATTTGT
TCAAATAGTTATAACTATTTGAATTGGTTCAAAAAATAGTTTTAG
Found at i:13603193 original size:532 final size:525
Alignment explanation
Indices: 13602225--13603996 Score: 1697
Period size: 532 Copynumber: 3.4 Consensus size: 525
13602215 TTAAACACAA
* * * * * *
13602225 TTATTTTTTAAATCTC-T-T-ATTAAATTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTTGA
1 TTATTTTTTAAATCTCTTCTGATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTAA
* * * *
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65 ATAAGCTTGTATGAATTAGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGA-AA
* * * ** * *
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*
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*
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* * *
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323 -ATATAACTATTTGAATT-GTTTAGAAAATAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTATTATTTTTCAAA
** * * * * *
13602608 ATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGTTTCTGTAAAC-TGAAACAATTATTCTAT
386 ATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAATTTATAT-GACTTGAAACAATTGTTCTAT
13602672 GATAAAAAAAGGTCATAACAACTTTAAATAGTTATATCGATTGTTCAAATAGTCTATTGGAATTT
450 GATAAAAAAAGGTCATAACAACTTTAAATAG-TATATC-ATT-TTCAAATAGTCTATT-GAATTT
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511 ATTTGGTAAATAGAT
* * *
13602752 TTACTTTTTTAAATCTCTTGCTGAATAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTC
1 TTA-TTTTTTAAATCTCTT-CTGATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-
* * *
13602817 AAATAAGTTTGTATGAACTA-AAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAA
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* * * * *
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128 ATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAATACATTTATTTTTTAAA
* * *
13602946 TCTCTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAA-TAGCATTATTTTTA-TCTGAATAAGCTTGGATGA
193 TCTCTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTC-AAATAAGCTTGAATGA
* *
13603009 TTAGAAACAATTATTTTATGAGAAAACAAATATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAAT
257 TTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAAT
* *
13603074 AATAATAACCATTTGAATTGGTTTGGAAAATAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTATTATTTTTCAA
322 AAT-ATAACTATTTGAATT-GTTTAGAAAATAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTATTATTTTTCAA
* **
13603139 GATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAATTTATATGACTTGAAACAGCTGTTCTAT
385 AATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAATTTATATGACTTGAAACAATTGTTCTAT
* * ** *
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450 GATAAAAAAAGGTCATAACAACTTTAAATAGT-ATATC-ATTTTCAAATAGTCTATTGAATTTAT
*
13603264 TT-GT-ACT---T
513 TTGGTAAATAGAT
* ** * * *
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1 TTATTTTTTAAATCTCTTCTGATTAATTTTT-AGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTA
* * *
13603328 AATAAGCTTGTATGAATTA-AAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAA
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* * *
13603392 TAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATACATTTATTTTTTTAAA
129 TAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAATACATTTA-TTTTTTAAA
** * * *
13603457 TCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAAG-TTGT
193 TC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCAAAT-AAGCTTGA
** * * * * * * * * *
13603521 ATGAAAAGAAACAATTGTTTTGTAACATAATAAAAATCATAACGATTTGAGATAGATAATTATTC
253 ATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTC
* * * * * * **
13603586 AAATAGTCTAACTGTTTGAACTATTTCAGAAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTT
318 AAATAATATAACTATTTGAATTGTTT-AGAAAATAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTATT-ATTTT
* * * * * ** * *
13603651 T-AAAATATTAATAGA-TAAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTGT
381 TCAAAATATTAGTAAAGT-AGTATTATTTTATTTTGGATAAATTTATATGACTTGAAACAATTGT
* * *
13603714 TTTATGATGAAACAAATGGTTATAACAA-TTTGAAATAG-ATA--ATTATTCAAATGGACATGAT
445 TCTATGAT-AAA-AAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGTATATCATT-TTCAAAT----A-G-T
* * * * *
13603775 -TATTTGAACTTGTTCGATAAACAGAT
500 CTA-TTGAATTTATTTGGTAAATAGAT
* ** * *
13603801 TTATTTTTTAAATCTCCTACCT-ATTAATTTTTAGAACATTAATAAATTGGTATTATTTTATCTA
1 TTATTTTTTAAATCT-CT-TCTGATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTA
* * ** *
13603865 GAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAATATCATAACT-ATTTGA
64 -AATAAGCTTGTATGAATTAGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCA-AAATGATTTGA
* * * ** *
13603928 AATAAATAATTGTTC-AACCAATCATAACTATTTGAACTTGCTT-AGTAAATAGATTTATTTTTT
127 AATAGATAATTGTTCTAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAAAAAATACATTTATTTTTT
13603991 AAATCT
190 AAATCT
13603997 TTTACTTATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (525 bp):
TTATTTTTTAAATCTCTTCTGATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAA
TAAGCTTGTATGAATTAGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATA
GATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAATACATTTATTTTTTAAATCT
CTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCAAATAAGCTTGAATGATTAG
AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAATA
TAACTATTTGAATTGTTTAGAAAATAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTATTATTTTTCAAAATATT
AGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAATTTATATGACTTGAAACAATTGTTCTATGATAAA
AAAAGGTCATAACAACTTTAAATAGTATATCATTTTCAAATAGTCTATTGAATTTATTTGGTAAA
TAGAT
Found at i:13603857 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13603301--13604569 Score: 1058
Period size: 181 Copynumber: 7.1 Consensus size: 180
13603291 TTTTCAAATG
* *
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1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-
* * * * *
13603365 TAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGG
64 TAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * **
13603430 TTCAATAAATACATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAAATA
129 TTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAG-AATA
* * * ** * * * * *
13603483 TTATTAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAAGTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTGTAACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATA
* * * *
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66 -AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TG
* *
13603610 TTCAGA-AAACAAATTTAGTTTTTAAA--T-CT-CTTATTAATTTTTAAAATA
129 TTC-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * ** *
13603658 TTAATAGATAAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATG
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAT-
* * * * * * *
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* * *
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130 TCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * *
13603839 TTAATAAATTGGTATTATTTTATCTAGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-T
** * * * ** *
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65 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-
* * * ** *
13603969 TTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
129 TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * * *
13604020 TGAATAAACTAGTATTGTTTTATTTTGAAT--A--TGCATGTAT-G-----ATTGGTTTATGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-T
* ** * * *
13604075 AAACAAAAGGTCATAACTATTTG-AAT-G-TGTTTTATGACAAAATAGTCTTAACTATTTGAGCT
65 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT-AATTAT-TC-AAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * ** * * * *
13604137 GGTTAGGCAAACATATTTACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATA
127 TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * *** * *
13604191 TTATTAAATTAGTAATATTTTAATCCAAACAAACTTGTATGAA-AGGAAACAATTGTTTTATGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGAT
** * * * * *
13604255 AAA-ATAAATATCATAACTATTTGAGATAAAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TA
65 AAACA-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * *
13604318 TTCTAATAAATAAATTTAGTTTTTAAA--T-CT-CTTATTAATTTTTAAAATA
129 TTC-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * ** * *
13604367 TTCATAGATCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAACAGAAA-AATTGTTTTATGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATA
* * * * * *
13604431 AATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGAT-ATGACTATCTGAACTTGT
66 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGT
* * * * * *
13604495 TCAATAAGCAAATTTA-CTTTTAATTCTCCTACCTATTAATTTTAAGAATA
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Statistics
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Consensus pattern (180 bp):
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATA
AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
CGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATA
Found at i:13604824 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 13604612--13605939 Score: 928
Period size: 181 Copynumber: 7.5 Consensus size: 179
13604602 ATAAACAAGG
* *
13604612 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTT-TTTTGTCAT
1 TCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* *
13604676 AAAACAATTATTTCTATTCATATAAATTTATTTGAAATAAAAATAATACTAAATTAATAATATTC
66 AAAACAATTATTTCTATTCATATAAATTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAAATTATTAATATT-
* * *
13604741 TAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAGTTTGTTTATCAAACCAAT
129 TAAAAATT-ATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGT
* * * * * *
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* * * * *
13604857 AAAACAATTA-TTATAGCTCAT-TCAAGTTTATTCGTAATAAAATAAAACT-AATTGATTAATAT
66 AAAACAATTATTTCTA-TTCATAT-AAATTTATTCGAAATAAAATAATACTAAATT-ATTAATAT
* * * * *
13604919 TTCAAAACTTTATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAATTTTATTTATCGAACCAGT
128 TT-AAAA-ATTATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGT
* ** * * * * * *
13604973 TCAAATAATTATTACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTCTATCAT
1 TCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * ** * *
13605038 AAAACAATTATTTCTATTTATACAAGCTTATT-TAGAATAAAATAATACT-AATCTAATAATATT
66 AAAACAATTATTTCTATTCATATAAATTTATTCGA-AATAAAATAATACTAAAT-TATTAATA-T
* * * * *
13605101 TTGACAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCACT
128 TTAAAAATT-ATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGT
* * * * * * * **
13605154 TCAAATAGTGAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTATTTTATTGT
1 TCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
13605219 AAAACAATTTTTTC-AGCTCTTACT-AA-TTATT-TAGAATAAAACAA-A-TCAAATTTATTGAT
66 AAAACAATTATTTCTA-TTCATA-TAAATTTATTCGA-AATAAAATAATACT-AAA-TTATTAAT
* * *
13605278 A-TTACAAAA-T-TAA-TAAGAGATTTAAAATATAATTTTG-TTAGCCTAACCAGT
126 ATTTA-AAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CCAAACCAGT
* * * * * * * *
13605329 TCAAATAATTATGAATATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCAT
1 TCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * * * *
13605394 AAAATAAATGTTTTTGTTCCTATAAATTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATCTT
66 AAAACAATTATTTCTATTCATATAAATTTATTCGAAATAAAATAATACTAAATTATTAATAT-TT
* * *
13605459 GAAAA-T-TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACCAGT
130 AAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGT
* * * * * ** *
13605506 TCAATTAGTTATA-ACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGGCCACTTGTTTTATCA
1 TCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *** * * * *
13605570 TAAAATAATTGTTTTTGTTCATA-CCGTCTTATTCGGAATAAAGTAATGCT-AA-T-TT-ATAAT
65 TAAAACAATTATTTCTATTCATATAAAT-TTATTCGAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATT
* * * ** * ** *
13605630 TAATAA--GTAAC---G-GATTTAGAAAATGTATTAGTTGGCCTAACCAGT
129 TAAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGT
* * * * ** * *
13605675 GCATATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCAC
1 TCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
13605740 AAAACAATTGTTTCTATTCATATAAACTTATTCGAAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCC
66 AAAACAATTATTTCTATTCATATAAATTTATTCGAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATT-T
* * * * * *
13605805 AAAAATTAACAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGT
130 AAAAATT-ATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGT
* * * * * *
13605856 TTAAATAGTTATAG-CTATCTGAACAATTACCTATTTCAAATTGTTATCACTTTTTTTTTTGTCA
1 TCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
*
13605920 TAAAAAAAATT-TTTCTATTC
65 T-AAAACAATTATTTCTATTC
13605940 GTACAAGCTT
Statistics
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0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
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182 17 0.02
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Consensus pattern (179 bp):
TCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTATTTCTATTCATATAAATTTATTCGAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTA
AAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGT
Found at i:13605130 original size:361 final size:352
Alignment explanation
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Period size: 361 Copynumber: 2.6 Consensus size: 352
13604602 ATAAACAAGG
* * *
13604612 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTT-TTTTGTCAT
1 TCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
13604676 AAAACAATTATTTCTATTCATATAAATTTATTT-GAAATAAAAATAATACTAAATTAATAATATT
66 AAAACAATTATTTCTATT--TATAAATTTATTTAG-AAT-AAAATAATACT-AATTAATAATATT
** * * **
13604740 CTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAGTTTGTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTAA
126 -TTGAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAA
* *
13604805 GACCATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATC-TTCT-GTTTGTTATAAAACAATTAT
190 GACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CATTCTAGTTTATTATAAAACAATT-T
* * * *
13604868 TAT-AGCTCATT-C-AAGTT-TATTCGTAATAAAATAAAACTAATTGATTAATATTTCAAAACTT
253 TATCAGCTC-TTACTAA-TTAT-TTAG-AATAAAACAAAACAAATTGATTAATATTACAAAA---
* *
13604929 TATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAATTTTATTTA-TCGAACCAGT
311 T-TAA-CAAGAGATTTAAAAAATAATTTT-GTTAGCCGAACCAGT
* * * *
13604973 TCAAATAATTATTACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTCTATCAT
1 TCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
*
13605038 AAAACAATTATTTCTATTTATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTT
66 AAAACAATTATTTCTATTTATA-AA-TTTATTTAGAATAAAATAATACTAAT-TAATAATATTTT
* * * *
13605103 GACAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCACTTCAAATAGTGAAGG
128 GA-AATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGA
* * * * * *
13605168 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTATTTTATTGTAAAACAATTTTTTC
192 CTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTCTAGTTTATTATAAAACAATTTTATC
* * * *
13605233 AGCTCTTACTAATTATTTAGAATAAAACAAATCAAATTTATTGATATTACAAAATTAATAAGAGA
257 AGCTCTTACTAATTATTTAGAATAAAACAAAACAAATTGATTAATATTACAAAATTAACAAGAGA
* *
13605298 TTTAAAATATAATTTTGTTAGCCTAACCAGT
322 TTTAAAAAATAATTTTGTTAGCCGAACCAGT
* * * * *
13605329 TCAAATAATTATGAATATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCAT
1 TCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * * * * *
13605394 AAAATAAATGTTTTTGTTCCTATAAATTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATCTT
66 AAAACAATTATTTCTATT--TATAAATTTATTTAGAATAAAATAATACTAA-TTAATAATATTTT
* * * *
13605459 GAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACCAGTTCAATTAGTTATA-A
128 GAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTA-AGA
* * *
13605520 CTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
192 CTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
13605554 GCCACTTGTT
Statistics
Matches: 493, Mismatches: 71, Indels: 43
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
352 73 0.15
353 5 0.01
355 5 0.01
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358 5 0.01
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (352 bp):
TCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTATTTCTATTTATAAATTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTAATAATATTTTGAA
ATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTAT
ATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTCTAGTTTATTATAAAACAATTTTATCAGCT
CTTACTAATTATTTAGAATAAAACAAAACAAATTGATTAATATTACAAAATTAACAAGAGATTTA
AAAAATAATTTTGTTAGCCGAACCAGT
Found at i:13606534 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 13606318--13606538 Score: 304
Period size: 120 Copynumber: 1.8 Consensus size: 120
13606308 TTTACCAAAC
* * *
13606318 AAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTACCTATTTGAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTGTTATAATCATTTGTTTTG
* *
13606383 TCATAAAATAATTTTTTCCATTCATACAAGCTTATTTCAAATATGTTCACTGAAT
66 TCATAAAACAATTTTTTCCATTCATAAAAGCTTATTTCAAATATGTTCACTGAAT
**
13606438 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACAT-ATTT-TTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTGTTAT-A-ATCATTTGTTT
** *
13606501 TGTCATAAAACAATTATTTT-TGTTTATAAAAGCTTATT
64 TGTCATAAAACAATT-TTTTCCATTCATAAAAGCTTATT
13606539 CAGATTAAAA
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 10, Indels: 6
0.85 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
120 78 0.89
121 8 0.09
122 2 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.10, G:0.10, T:0.46
Consensus pattern (120 bp):
AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTGTTATAATCATTTGTTTTG
TCATAAAACAATTTTTTCCATTCATAAAAGCTTATTTCAAATATGTTCACTGAAT
Found at i:13606776 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13606438--13608004 Score: 1210
Period size: 181 Copynumber: 8.7 Consensus size: 180
13606428 TTCACTGAAT
* * * *
13606438 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATATTTTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACAT-TTGTTTTA
* * * * * * * * *
13606503 TCATAAAACAATTATTTTTGTTTATAAAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATA
65 TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-
** * * * *
13606568 ATT-CAGCAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTATCGAAC
129 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
* * * * * *
13606620 AAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTCCAAATCGTTTTGATCATTTGTTTCA
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTGTTTTA
* * * * * *
13606685 TCATAAAA-AATTGTATCAATTCTTATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATA
65 TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * **
13606749 TTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGCTTACCGAAC
130 TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
* * * * * *
13606800 AAGGTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTGTTTTA
* * * * *
13606865 T-AGTAAAATAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTA-TGACGAATAAAATAATA-TAAATTTACTA
65 TCA-TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATACT-AATTTATTA
* * * * ** *
13606927 ATATTCCAAAGATTAATAAGTAA-AAATTTAATAAATAAATCTATTTTCTAAAT
127 ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
* * * * * * * * *
13606980 ACGTTCAAATAGTTACGATTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTTTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTGTTTTA
* * * *** *
13607045 TCATAAAA-AATTTTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAAGAATACTAATTTATTGAA-
65 TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT-AAT
* * * * *
13607108 ATTCCAAAAACTAATAATTAA-ATTATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAGT
129 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-C
* * * * * * *
13607160 GAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCTAATCGTTATGATCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTGTTTTA
* * * * *
13607225 TCATAAAACAATAGTTTCTATCCATACAAGTTTATTCAAAATAAGATAATACTAATTTATTAATA
65 TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * ** * * *
13607290 TTCTACAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAC
130 TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
* * * * *
13607341 AAGTTCAAAAAGTTATGTCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACA-TTTGTTTTA
* ** * * *
13607406 TCGTAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCATAATAAACTAATACTATTTTATTAATA
65 TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
*** * * * *
13607471 TTTTGAAAATT-A-AA--AAGAGATTCACAAACTAAATCTATTTACCAAAC
130 TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
* * * * *
13607518 TAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACACTTATTTATTTCAAATCGATATGATC-TTTGTTTTA
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTGTTTTA
* * ** *** ** * * ** *
13607582 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAATTTATTTGGAGCAAAATATTGCTAAACTAATAATA
65 TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * ***
13607647 TT-CTAAAAGT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGTTGAACC
130 TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-C
* ** * *
13607695 AA--TCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGAC-TTT-TTGTTA
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTGTT-TTA
* * * ** * *
13607756 GTCATAAAATAATTGTTTCAATTTATATATA-CTTATTTGAAATAAAATAATAATATTTTATTAA
65 -TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACA-AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
13607820 CATT-TATAAAATTAATAAGCAAG-GAATTTAAAGAAATAAATCTATTTACTGAAT
128 TATTCCA-AAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAA-AAATAAATCTATTTACCGAAC
* * * * * *
13607874 AACTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTGTGACATTTTGTTTAA
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACA-TTTGTTTTA
* * ** * * * *
13607939 TCATATAATGATTGTTTC-ATTTGTA-AAGGTTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAAT
65 TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAA-GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
13608002 ATT
129 ATT
13608005 AAAAAATAAA
Statistics
Matches: 1107, Mismatches: 241, Indels: 75
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.00
174 7 0.01
175 97 0.09
176 89 0.08
177 72 0.07
178 5 0.00
179 78 0.07
180 273 0.25
181 396 0.36
182 78 0.07
183 8 0.01
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTGTTTTAT
CATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
Found at i:13607114 original size:360 final size:357
Alignment explanation
Indices: 13606442--13607607 Score: 1081
Period size: 360 Copynumber: 3.2 Consensus size: 357
13606432 CTGAATAAGT
* * *
13606442 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATATTT-TTTTGTCA
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCA
* * * * *
13606506 TAAAACAATTATTTTTGTTTATAAAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATAATT
65 TAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAAT-ATT
* *
13606571 -CAGC-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTA
128 CCA-CAAATTAATAAGTAAAA-ATTT-AAAAAATAAATATGTTT-TCCAA-AAGTTCAAATAGTT
* * * * * * * **
13606634 ATAACTATTTGAA-TAATTATCTATTCCAAATCGTTTTGATCATTTGTTTCATCATAAAAAATTG
188 ATGATTATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTG
* * * * * * *
13606698 TATCAATTCTTATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
252 TTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAAGAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAACTAAT
* * *
13606763 GAGTAAGA-GATTTAAAAAATGAATTTGCTTACCGAA-CAAGG
317 AAGTAA-ATGATTTAAAAAATAAATCTGCTTACC-AAGCAAGG
* * *
13606804 TCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-AG
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-
* * *
13606868 TAAAATAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTA-TGACGAATAAAATAATATAAATTTACTAATATT
65 TAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCA-GAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATT
* * * * *
13606932 CCA-AAGATTAATAAGTAAAAATTTAATAAATAAATCTATTTTCTAAATACGTTCAAATAGTTAC
128 CCACAA-ATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCCAAA-A-GTTCAAATAGTTAT
* * *
13606996 GATTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTTTTTTGTCATAAAAAATTTTTT
190 GATTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTTT
* *** *
13607061 CTGTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAAGAATACTAATTTATTGAA-ATTCCAAAAACTAATAA
255 CTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAAGAATACTAACTTATT-AATATTCCAAAAACTAATAA
* * * ** *
13607125 TTAAATTATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAGTGAGT
319 GTAAATGATTTAAAAAATAAATCTGCTTACCAAGCAAGG
* * *
13607164 TCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCT-AATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCA
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT-TAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
13607228 TAAAACAATAGTTTCTATCCATACAAGTTTATTCAAAATAAGATAATACTAATTTATTAATATTC
65 TAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTC
* ** * * *
13607293 TACAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAAAAGTTATG
129 CACAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCC-AA-AAGTTCAAATAGTTATG
* *
13607358 -TCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTGTT
191 AT-TATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTT
* * ** ** *** *
13607422 TCTATTCATACAAA-ATTATTCATAATAAACTAATACTATTTTATTAATATTTTGAAAATTAA-A
254 TCTATTCATA-AAAGCTTATTCAAAATAAAAGAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAACTAATA
* * * * ** * * *
13607485 A--AGA-GATTCACAAACTAAATCTATTTACCAAACTAGT
318 AGTAAATGATTTAAAAAATAAATCTGCTTACCAAGCAAGG
* * * * * *
13607522 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACACTTATTTATTTCAAATCGATATGATC-TTTGTTTTATCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* *
13607586 AAAACAATTGTTTCTATTCATA
66 AAAACAATTGTTTATGTTCATA
13607608 TAAATTTATT
Statistics
Matches: 663, Mismatches: 115, Indels: 57
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*** * * *
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* * * *
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** * * * ** *
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* * * * ** * ** * * *
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* *
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* * * * * ** *** * *
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* * * ** ** * * * * * *
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*
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** * * * ** * * * * *
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* *** * * * * * * *
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*
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* * * * * *** * * *
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* * * * * *
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* * * ***
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * **
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* * * *
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* * * ** *
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Matches are distributed among these distances:
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* * * * * * * *
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**
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* * **
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* * * * ** * * *
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* * * * * *
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*
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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128 AAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACATAGTTCAAATAGTTATG
* * *
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* ** * * *
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256 TTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
* * * * *
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320 AAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATA-AGTTC
* * * * *
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1 AAATAGTC-ATGAATATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
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* * * ** *
13609701 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCATGCA-AGTTCAAATACTTAT
127 CAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACATAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * *
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* **
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** * * *
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*** * *
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1 AAATAGTCATGAATATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * ** * * *
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* * * * * *
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128 AAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACATAGTTCAAATAGTTATG
** * * * *
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193 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * *
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257 TCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* ** *
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322 GTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAATAAGTTC
* * * * * * * * * * **
13610293 AAATAATTAAGATTATTAGAAGAATTATTTACTTCAAATCATTTTGACCTTTT-TTCTAATCATA
1 AAATAGTCATGAATATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT-TTGTCATA
* * * *
13610357 AAACAA----TT-A-T-ATACAAGCTTATTT-AGAATAAGATAATACTAATTTATTGACATTTGA
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* * * * * * *
13610414 AAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTTTTTACCAAA-AAAGTTCAAA-AGATT-T
129 AAAATTAATAAGTAAAAGAATT-AAAAAATAAATATGTTTACCAAACATAGTTCAAATAG-TTAT
* * * ** * * *
13610476 GACTTTTTGAACAATCATTCTAAGTATTTAAAGTTGTTATGAGCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
192 GACTATTTGAACAATTATT-T-A-T-TTCAAA-TCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAA
* * * * * *
13610541 TTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATT-TCAAAAAT
252 TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAAT
* * * *
13610605 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAA-ATTGTTTTCCAAACT-AGTTT
316 TAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATA-TGTTTACTAAA-TAAGTTC
* * * * * * *
13610652 AAATAGTTAT-AACTATTTGAACAAATATC-ATTCTCAAATCATTAT--CATATTTGCTTTCTCA
1 AAATAGTCATGAA-TATTTGAATAATTATCTATT-TCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCA
* * *
13610713 TAAAACAATTGTTTC-TGATCATCCAAGCTTA-TTCAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATAT
63 TAAAACAATTTTTTCAT--TCATACAAGCTTATTTCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * ***
13610776 TT-AGAAAATTAAT-AG---GAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTAAACA-AGTTCAAATAGT
125 TTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACATAGTTCAAATAGT
* * * * * * * * * * *
13610835 TAAGAGTATTAGAATAATTATGTATTTCAAATCATT-TAGACGTTTTGTTTAGTTATATAATAAT
189 TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT-GACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAT
* * * * *
13610899 TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTGACATT-T----ATT-
253 TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA
*** **
13610958 -T-A-T-----TTT---AAATTGTTATG---ACCT---TTTGTTC
318 ATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAAATAAGTTC
* * * * * * * *
13610986 AAATAGTTAAGACTATATGAACT-ATCT-TTTATTCCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
1 AAATAGTCATGAATATTTGAA-TAAT-TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * ** *
13611049 AAAACAATTAGTTT-AGATCATGCAAGCATATTTGAAATAGGATAAAACTAATTTATTAATATTT
64 AAAACAATT-TTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * * *** * * *
13611113 CAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTATTGAAC-CAGTTCAAATAATTGT
127 CAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACATAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * **
13611177 AACTATTTGAACGATTATCTATTTCAAATCATTATTACATTTTGTTTTGTCATAAAACTCTTGTT
192 GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * * *
13611242 TTTGTTAAGATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATT
257 TCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATA
* * * ** *
13611306 AGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTACCAAACCATTTC
321 AGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTC
** * * * *
13611348 AAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTTATTTTGTCATC
1 AAATAGTCATGAATATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
13611413 AAACAATTTGTTTTATTTATACTA-TTTTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC
65 AAACAATTT-TTTCATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* ** * * ** ** * * * *
13611477 AAAACTTAATAACCAAGAA-AATTAAAAACTAAATCTAATTGTCGAA-GTAGTTTAAATAGTTAA
128 AAAAATTAATAAGTAA-AAGAATTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACATAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
13611540 GACTATATGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTCGTAAAATAATTGTT
192 GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * **
13611605 T-TGTTCGTGCAAGCTTATTTTGATTAAAATAATTGCTTTTGATAATACTAGCTTATTCGGAATA
257 TCTGTTCATACAAGCTTA---T--TTAAAATAA--------AATAATACTAATTTATT---AAT-
*
13611669 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAGAAAATAAATATGTT
305 --AT--T-CT-A---A--AA-A-TT----AA-T-A--AGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTT
*
13611734 TA-TATAACCAA-TTC
348 TACTA-AA-TAAGTTC
* * * ** * *
13611748 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC-AGTTTCAAATAGTTAAAATC-TTTGTTTTTTCATA
1 AAATAGTCATGAATATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
** * * * *
13611811 AAACAATTATTTTTTTTATCATAGAAGCTTA-TTCAATTAAATATAATACTACTTTAATAATATT
65 AAACAA-T-TTTTTCAT-TCATACAAGCTTATTTCAAATAAA-ATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * *
13611875 CCAAAAA-T--TAA-TAAAAG-ATTTAAAAAGAAATTTATTTGCCAAAC-CAGTTCAAATAGTTA
126 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACATAGTTCAAATAGTTA
** * * * * ** * * * * * *
13611934 AAACTATTAGAATAATTATCTACTTCAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGT
191 TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * ** * * *
13611999 TTCAT-ATCTTACATGCTTATTTGGAATAAAATAATCCAAATTTATTAAAATT-TGAAAAATTAA
256 TTC-TGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAA
* * ** ** *
13612062 TAAGCACAAGATTTGATAAAATAAATCCGTTTA-TTGATCAAATTC
319 TAAGTA-AAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACTAAAT-AAGTTC
* * * * * * * * *
13612107 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATCATATACTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTCATGAATATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * *
13612172 AATAATTATTTAT-GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATATAATAATATTCCA
66 AACAATT-TTT-TCATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * * * *
13612236 AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATCTACTAAAC-TAGTTCAAATAGTTAAGA
129 AAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACATAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** * * * *** *
13612300 CTATATGAATAATTATCCATTTTAAATC---AT----TTTTGTTTTGCCATAAAATTTTTTTTTC
194 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
** * * * * *
13612358 AATTCATAC-AGCTTATTCATAATAAAATAAAAATTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAT
259 TGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAA
* *
13612421 GTAAGAGATTGAAAAAA-ATAATATTGTTTACCTAACT-AGTTC
322 GTAA-AGATTTAAAAAATA-AATA-TGTTTA-CTAAATAAGTTC
* * * * * * **
13612463 AAATAATTACGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAA
1 AAATAGTCATGAATATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
13612528 AATAAATGTTTTT-GTTCATATAAG-TT-TGTTCAAAATAAAAAAAAATACTAATCTATTAATAT
66 AA-CAAT-TTTTTCATTCATACAAGCTTAT-TTC-AAAT--AAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
13612590 TTCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAACAAATCTGTTTATCAAAC-TAGTTCAAATAGTT
125 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACATAGTTCAAATAGTT
* ** * * * * * * *
13612650 ATAACTATTTG-ACAAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAATAATG
190 ATGACTATTTGAAC-AATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT
* * * * *
13612714 GTTTATATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAACAATTA
254 GTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTA
* * * *
13612778 ATAAATAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACT-AGATT-
318 ATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAA-TAAG-TTC
* * * * *
13612823 AAATAGTTAAGACTATTTGAATAAATATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTCATGAATATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * ** * * *
13612888 AAAAATTATTTCAATTCATATAAAATTATTTGAAATAAAATAATACT--GTCATTAATATTTCAA
66 AACAATTTTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* ** * * *** * * *
13612951 AAATTAATAATTAAGGGATTTAAAAAATGAATATGTTTATTGAACA-AGTTTAAATAATTATAAC
130 AAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACATAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * ** * * * * * ** *
13613015 TATTTCAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACTTTTTGTTTTCTCACAAAATGATT-TTTTT
195 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * ** * * *
13613079 ATAT-ATGCAAACTTATTTTGAATAAAATGATACAAACTTATTAATA-T-TAAGACAATTAATAA
260 GT-TCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAATAA
* *
13613141 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTC
322 GT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTC
** * * * * * * * * *
13613182 AAATTTTAATGACTATTTGAACAATTTTTTATTTTAAATTGTAATGACTTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTCATGAATATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* ** * *
13613247 AACAATTGTTTT-TTGTCATACTGGCTTA-TACAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC
66 AACAATT-TTTTCAT-TCATACAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * *** ** * *
13613310 GACAAA-TAATAAGTAAAA-AATTTAAGAAATAAATATGTTTA-TTGACCCAGTTCAAAAAGTCA
128 -AAAAATTAATAAGTAAAAGAA-TTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACATAGTTCAAATAGTTA
* * * * * *
13613372 TGACTTTTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTGA-GACCTTTTGTTTTG-CAATAAAATAATT
191 TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATT-ATGACCTTTTATTTTGTC-ATAAAACAATT
* * * *
13613435 GTTTCGGTAT-ATATAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA
254 GTTTCTGT-TCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA
* * * * * * *
13613499 ATGAGTAAGAGAATTAAAAACTGAATTTGTTTA-TCAAACATGTTC
318 ATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAATAAGTTC
* * * * * * *
13613544 AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTCATGAATATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * **
13613609 AACAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCA
66 AACAATTTTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-
* * * * *
13613673 AAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTA-TAAACA-CGTTTAAACAGTTAT
128 AAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATATG-TTTACCAAACATAGTTCAAATAGTTAT
* ** * * * *
13613735 GACTATTTGAAGAATTATCCATTTCAAATCAATATGACCTTTTTTTTTTATCATAAATCAATTGT
192 GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT
* ** *
13613800 TTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATT-TCAAAAATTAAT
256 TTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAT
* * * * *
13613864 AA-TAAAAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTA-TCAAATGAGTTT
320 AAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAATAAGTTC
* * * * * * * *
13613906 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATATGATCTTTTGTTTTGTGAC
1 AAATAGTCATGAATATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG-T-TATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* ** *
13613971 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT
64 AAAACAATTTTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-T
*** ** * * *
13614036 -AAAAATTAATAAGTTGGAG-ATTTTAAAA-AAA-ATGTTTACCCAACA-AGTTTAAATAGTCAT
127 CAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACATAGTTCAAATAGTTAT
* * * * ** * * * *
13614096 G-TTCATTTGAACTATCATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTATCGTAAAACAATTCT
192 GACT-ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT
* ** * *
13614160 TTCTATTCATACAAAATTA-TTAAGAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATT-TCAAAAAATAA
256 TTCTGTTCATACAAGCTTATTTAA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAA
*
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AATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACATAGTTCAAATAGTTATGACT
ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
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AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTC
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* * *
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*
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* * * *
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** * **
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * ** * * * * *
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**** * ** * * * * * ** *
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* * * * * * *
13612025 TAAAATAATCCAAATTTATTAAAATTT-GAAAAATTAATAAGCACAAGATTTGATAAAATAAATC
378 TAAAATAATACAAACTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATC
* * * * * * * ** ** *
13612089 CGTTTATTGATCAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATCATATACTTCAAATCATTCTAA
442 TGTTTA-TAAACAAGTTCAAAT-GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTAATGA
* * * * *
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505 CTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTATATTC
* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *** * * **
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127 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATATAAAATTAT
* * * *
13612373 TTCATAATAAAATAAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAG-ATTGAAAAA
192 TTGA-AATAAAAT-AATACT-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATT--AAAA
* * * ** * *
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252 AATGAATA-TGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATAACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * *** * * * * ** ** * ***
13612501 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAA
316 ACACTATAACCTTTTGTTTTCTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAACTTATTTTGAAT--
* * *
13612566 AAAAAAATACTAA-TCTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAACAAATCT
379 AAAATAATACAAACT-TATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* * *
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443 GTTTAT-AAACAAGTTCAAAT-GTTATGACTATTTGAAC-AATTATTTATTTCAAATTGTAATGA
* * * *
13612689 CTTTTTGTTCTATTATAAAATAATGGTTTATATTC
505 CTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTATATTC
13612724 ATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAATAAAAA
1 ATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAATAAAAA
* * *
13612789 ATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATTAAATAGTTAAGACTATTTGAATAAATATCTA
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*
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129 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATATAAAATTATTT
* * * * *
13612919 GAAATAAAATAATACT-GTCATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGGGATTTAAAAAATGAAT
194 GAAATAAAATAATACTATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATGAAT
** * * * * * *
13612983 ATGTTTATTGAACAAGTTTAAATAATTATAACTATTTCAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATA
259 ATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATAACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACACTATA
* ** * *
13613048 ACTTTTTGTTTTCTCACAAAATGATT-TTTTTATAT-ATGCAAACTTATTTTGAATAAAATGATA
324 ACCTTTTGTTTTCTCACAAAACAATTGTTTCTAT-TCATGCAAACTTATTTTGAATAAAATAATA
*
13613111 CAAACTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAA
388 CAAACTTATTAATATTTCAA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TAA
* * *
13613174 ACAAGTTCAAATTTTAATGACTATTTGAACAATTTTTTATTTTAAATTGTAATGACTTTTTGTTT
451 ACAAGTTCAAATGTT-ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTAATGACTTTTTGTTT
* *
13613239 TGTCATAAAACAATTGTTT-TTTGTC
515 TATCATAAAACAATTGTTTATAT-TC
** * * * * *
13613264 ATACTGGCTTATACAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGACAAATAATAAGTAAAAA
1 ATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAATAAAAA
** * * * * *
13613329 ATTTAAGAAATAAATATGTTTATTGACCCAGTTCAAAAAGTCATGACTTTTTGAATAATTATCTA
66 ATTTAA-AAATAAATATGTTTATCAAACTAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* ** * ** **
13613394 TTTTAAATCATTGA-GACCTTTTGTTTTG-CAATAAAATAATTGTTTCGGTAT-ATATAAGCTTA
129 TTTCAAATTGTT-ATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAAAAATTGTTTCAAT-TCATATAAAATTA
* *
13613456 -TTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAA
191 TTTGAAA-TAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAA
* * * * *
13613519 CTGAATTTGTTTATCAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAAC
253 ATGAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATAACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAAC
* * * * *
13613584 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAA
318 ACTATAACCTTTTGTTTTCTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAACTTATTTTGAATAAAA
* * *
13613649 TAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTT
383 TAATACAAACTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTT
* * * * ** **
13613713 ATAAACACGTTTAAACAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCCATTTCAAA-TCAATATGACCTTT
447 ATAAACAAGTTCAAA-TGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTA-ATGA-CTTT
* * *
13613777 TTTTTTTATCATAAATCAATTGTTTCTATTC
509 TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTATATTC
** * *
13613808 ATACAAGCTTATTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAAT-AATAAAA
1 ATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAATAAAA
* * * * *
13613871 GATTTAAAAAGTAAATCTATTTATCAAA-TGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT
65 AATTTAAAAA-TAAATATGTTTATCAAACT-AG-TTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * * * * **
13613935 TATTTCAAATTGTTATATGATCTTTTGTTTTGTGACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATTTT
127 TATTTCAAATTG-T-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATATAAAATT
** * *
13614000 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-AAAAATTAATAAGTTGGAGATTTTAAAA
190 ATTTGAAATAAAATAATACT-ATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAA
* * * * * ** * * * * *
13614064 A--AA-ATGTTTACCCAACAAGTTTAAATAGTCAT-GTTCATTTGAACTATCATCTATTTCAAAT
253 ATGAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATAACT-ATCTAAACAATTATCTATTTCAAAA
* * ** * ** * * * **
13614125 CATTATGATATTTTGTTTTATCGTAAAACAATTCTTTCTATTCATACAAAATTATTAAGAATAAA
317 CACTATAACCTTTTGTTTTCTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAACTTATTTTGAATAAA
* * * * * *
13614190 ATAATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAAA-TAATAAG---AA-ATTTAAAAACTAAACCTATTT
382 ATAATACAAACTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * *
13614250 ATCAAACTAGTTCCAATTGTTAT-A--A--T---C-TTTATTT-TGTCATAA----AAT-A---A
447 AT-AAACAAGTT-CAAATGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCA-AATTGTAATGACTTT
* *
13614297 TTGTTTCTACTCAT---ACAA--GCTTAT-TTGG
509 TTGTTT-TA-TCATAAAACAATTGTTTATATT-C
* * * ** ** * * *
13614325 AGTA-AA--ATATTGCTAAATTAATAGT-ATTCTAA-AAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAAT
1 A-TACAAGCTTATT-C-AAATTAA-AATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAA-TTAATAAAT
*** * * * * * *
13614385 AAATGTGTTTGCCGAACCAATTCAATA-G-TTA--AGACTA-CTAGAATAATTAT--CTATTTCA
61 AAA-AAATTT----AA--AAATAAATATGTTTATCAAACTAGTTA-AATAGTTATGACTATTT-G
** *** * * ** * * * ** * *
13614443 AATTGTTATGACCT-TTTGTTTAGTCTTAAAACAATTTT-TTTAGTTCAT-ACAAGCTTATTTGA
117 AATAATTAT---CTATTT-CAAATTGTTATGAC-CTTTTGTTTTG-TCATAAAAAAATTGTTTCA
* * * * * * * ** *
13614505 AATAAAATAATATTGATTT---AT----T-A-AC-ATTCA--AAAAATT----AATGCACAAG-A
176 ATTCATATAAAATT-ATTTGAAATAAAATAATACTATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
** * * * * * ** * * ** *
13614553 A-A-TTTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGGATAATTA
240 AGAGAATTAAAAAATGAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATAACTATCTAAACAATTA
* * * * * *
13614616 TCTATTT-AAAATAAATATAACCATTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCAT--AAA-
305 TCTATTTCAAAA-CACTATAACCTTTTGTTTTCTCACAAAACAATTGTTTCTA-TTCATGCAAAC
** * * * *
13614676 TGT-TTATCTGAAATAAAATAATA-TTACTTTATTATTATTTC-AAAAATTGATAAGTTAGAGAT
368 T-TATT-T-TG-AATAAAATAATACAAAC-TTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
** * * * * * *
13614738 TTAAAAAATAGGT-TAGTTTGTCGAATC-GGTTC-AATAATTATCG-CCATTTGAACAATTATCT
428 TTAAAAAATAAATCT-GTTTAT--AAACAAGTTCAAAT-GTTAT-GACTATTTGAACAATTATTT
* * * * *
13614799 ATTTCAAAATGTTACA-AAC-TTTTGTTTTTTCATAAAACAATCGTTTTTCATT-
488 ATTTCAAATTG-TA-ATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTAT-ATTC
* * ** **
13614851 ATACAAGCCTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATCTATTAATA-TTCAA-AAGTTAATATGTAGG
1 ATACAAGCTTATTC-AAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAA-TTAATAAATAAA
* * * * * *
13614913 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT----C-AG---ACTAG-T-T-CCTATTTGAACAATTATCT
64 AAATTT-AAAAATAAATATGTTTATCAAACTAGTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
* * * * * ** **
13614967 ATTTGAAATCT-TTATAACCTTTT-TATTCTATTATAAAATAATTGTTTCAGCTCATATAAGCTT
128 ATTTCAAAT-TGTTATGACCTTTTGT-TT-TGTCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATATAAAATT
* * * * *
13615030 ATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATTATTAAGAGATTTAAAAA
190 ATTTGA-AATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAA
* * * * * * * *
13615094 ATAAATCTATTTACCAAAGC-AGTTTAAATAGTTA-AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAA
253 ATGAATATGTTTATCAAA-CAAGTTCAAATAATTATA-ACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * * * * *
13615157 TCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGCTCATACAAGCTTA-TTCGAAAT
316 ACACTATAACCTTTTGTTTTCTCACAAAACAATTGTTTCTA-TTCATGCAAACTTATTTTG-AAT
* * * * *
13615220 AAAATAATACTAA-TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT----GATTTTAAAAGTGAATCTA
379 AAAATAATACAAACTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * ** * *
13615279 TTTACTGAATCAA-TTCAAATAATTAT-AGCTATTTCAACAATTATCTATTTTAAATCATTATTA
444 TTTA-T-AAACAAGTTCAAAT-GTTATGA-CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTAATGA
* * * * *
13615342 -TGTTTTG-TTTGTCATATAGCAATTATTTTTA-TC
505 CT-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTATATTC
* * * * *
13615375 ATACAAGTTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTATGA
1 ATACAAGCTTATTCA-AATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAATA-AA
* * * * * * * * * * * *
13615439 GACTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAATTTTAATAATTATGACTATTTGAACAATTGTAT
64 AAATTTAAAAATAAATATGTTTATC-AAACTAGTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
* ** * * * * * *** * * ** *
13615504 ACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTTATACAAGCTTATA
128 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATATAAAATTATT
* * * * *
13615569 TGAAATAAAATAATA--ATATAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAA
193 TGAAATAAAATAATACTATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATGA
* * * * * * * *
13615631 ATTTGTTT-CCAAAACTAA-TTCCAATAGTTA-AGCTATATGAACAATTATTTATTTC--AA-A-
257 ATATGTTTATC-AAAC-AAGTTCAAATAATTATAACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACAC
** * * * * * * * ** *
13615689 T-T--GTTTTTGTTTTGTCATAAAACAACT-TTTCAATTCATACTAGCTTATTCGGAACAAAATA
320 TATAACCTTTTGTTTTCTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAACTTATTTTGAATAAAATA
* ** * * ** * *
13615750 AAATGAA-TTGATTAATATTTC-AAAATTTAATACGTAAGGGATTTAAAAAATAATTTTGTTTAC
385 ATACAAACTT-ATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-
* * * * * * *
13615813 CTAACCAA-TTCAAATATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
448 -TAAACAAGTTCAAATGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTAATGACTTTTTG
* * * * *
13615877 TTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTC
512 TTTTATCATAAAACAATTGTTTATATTC
* ** * * * *
13615905 ATATAATTTTGTTTTAAA--AAAA-AATACTAATCTATTAATATTTCAA-AA-T--T-AATAAGA
1 ATACAAGCTT-ATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAATAAAA
* * * * * *
13615962 GATTTGAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAG-TATGACTATTT-AAGCAATTATT
65 AATTT-AAAAATAAATATGTTTATCAAACTAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATC
* * * * * * * * * ** ***
13616025 TCTTTCAAATTGTTATGACTTTTTATTCTATTATAAAATAATAGTTTCTATTCATGCATGCTTAT
127 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATATAAAATTAT
* * * * * * *
13616090 TTGGATTTAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAACTAA-AAAATTTTAAAAAT
192 TTGAAATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAA-TTAAAAAAT
* * * * * *
13616154 AAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATATTTCGATAATTAATAACTAAAAATTTTAAAAAATAGA
255 GAATATGTTTATCAAACAAGTTC--A-A-----ATAATT-ATAACT----A-TCTAAACAAT---
** ** * ** * * * * **
13616219 TATCTATTTCAAGTCGTTATGAGTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATTATTTC-AGTTCATATAA
303 TATCTATTTCAAAACACTATAACCTTTTGTTTTCTCA-CAAAACAATTGTTTCTA-TTCATGCAA
* * * * *
13616283 GCTTA-TTCGAAATAAAATAATGCTAAA-TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAATTAAGAGATT
366 ACTTATTTTG-AATAAAATAATAC-AAACTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * * * * *
13616345 TAAAAAATGAATTTGTTTACTAAATAAGTTTAAATAATTATGACTATTTTAACAATTCTCTT-TT
429 TAAAAAATAAATCTGTTTA-TAAACAAGTTCAAAT-GTTATGACTATTTGAACAATTAT-TTATT
* * * * * ** * *
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* ** * * ** **
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* * * * ** * * *
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* * ** * **
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* ** * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* *
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* * *
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* ** **
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* * * *
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** * * * * * * * * * * **
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* * * *
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** * * * * * * *
13617248 AACCTATTTA-CTAAATATGTTCAAATATTTATAACTATATGAACAATT-TACTATTTCGAAACA
256 AATATGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAATTATAACTATCTAAACAATTAT-CTATTTCAAAACA
* * * * * * * **
13617311 TTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAAT
319 CTATAACCTTTTGTTTTCTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAACTTATTTTGAATAAAAT
* * * * * * * *
13617376 AATATATA-TTCATTACTA-TTCCAAAAATTAATAA-TTAAATATTTAAAAAGTAAATATGTTTT
384 AATACAAACTT-ATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTT
* * ** * * * ** * * *
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* * * * *
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* ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * * **
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** * * *
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AAAACAATTGTTTATATTC
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * **
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * *
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*
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128 ----AAGCAG--T-AATAGTT-A-ACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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** * * *
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* * * * * * *
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126 T-T--AAGC-A--GTAATAGTTA--ACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * ** * *
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* * **
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Consensus pattern (172 bp):
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* * * * * *
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* * * * * * * * ** * *
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* * * * *
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* * * ** *
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* *
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* ** *
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* * ** * *
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130 AAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
* * * ** * * *
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* * * *
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* **
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* * * *
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* * * ** * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * ** ** * * *
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127 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * * *
13617475 TGTTTATTTCAAATCCTTATGACCTTTGGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTTTGTTTATA-AGAG
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* * * * * * *
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* * * * *
13617603 AAATAAATCTATTTACCAAGA-GAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
130 AAATAAATCTGTTTACCAA-ACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
* * * ** * *
13617655 TATTTATTTCAAATCGTTATGA-TCCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTACTCATAGAAT
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* * * * **
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* * ** * * * * * *
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* * * * * * ** * * **
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* * *
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* *
13617961 ACTAAATTTGTTTA
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * **
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* *
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* * * * ** * * * *
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* * * * * ***
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* * * * * *
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* * * * * * * * **
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* * * * ** * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* *** * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * *
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*
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* *
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* * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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** * ** * * * *
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**
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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1 CTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGT
* * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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*
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* * * * * *
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* * ** * ** * * * ** * ** ** *
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* * ** * * ** ** *
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* ** *
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* ** * * * ** * *
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* ** * * ** * ** * ** * ** *
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* * * * *
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* * * * ** *
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* ** *
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* * * *
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* * * *
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* ** * * * *
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* ** * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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*
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1 TTCAAATCA-TTATGACTATTTGAAAA-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAT
* *
13620934 CATAAACTAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTT-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAA-
64 CATAAAATAATTATTTCTGTTCATAAAAG-TTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA-TAAAT
* * * * *
13620997 ATTCCAAAAATTACTAAGTAAAATA-TTTAAAAAATAAATCCATTTAGCAAGCAAGTTCAAATAG
127 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATACATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * *
13621061 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCCAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
192 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAACAA
** *
13621125 TTGTTTC-TATTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CTGAAAA
256 TTGTTTCAT-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTAC-AAAAA
*** * *
13621188 TTAATAAGTTTGAG-ATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATAAGTCCAAAAAAG-CATG-TCC
318 TTAATAAGTAAAAGAATTGAAAAAA-AAATATGTTTACTGAATAAGTCC-AAAAAGTCATGAT-C
* * ** * * *
13621250 ATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTATAATGACATTTTGTTTTATCGTAAATCAATTGTTTCTG
380 ATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATAATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTCTG
* * *
13621315 TTCATTCAAAATTA-TTCAAAATAAAGCAATACAGATCTATTAA
445 TTCATGCAAAATTATTTC-AAATAAAACAATACAAATCTATTAA
13621358 TATTTTGATA
Statistics
Matches: 400, Mismatches: 75, Indels: 24
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
593 2 0.00
594 151 0.38
595 235 0.59
596 12 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (595 bp):
TTCAAATCATTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCA
TAAAATAATTATTTCTGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATAAATATTC
CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATACATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTT
TCATTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTACAAAAATTAATAAG
TAAAAGAATTGAAAAAAAAATATGTTTACTGAATAAGTCCAAAAAGTCATGATCATCTGAACAAT
TATCTATTTCAAAACATAATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAAA
TTATTTCAAATAAAACAATACAAATCTATTAACAATCCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAA
ATAAATATGTTTTATAAACATATTCAAATAGTTATGACTATTTAAAAGATTATCTATTTCAAATC
GTTAAACATA
Found at i:13622060 original size:537 final size:539
Alignment explanation
Indices: 13621443--13622469 Score: 1440
Period size: 537 Copynumber: 1.9 Consensus size: 539
13621433 ATAATTGTTT
* * * *
13621443 ATCTCAAATCTTTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTCATTC
1 ATCTCAAATCATTATGATCTTTATTTTCTCATAAAAAAATTATTTCTTTTCATACAAGCTCATTC
* * * ** *
13621508 AGATTAAAATAATACTATTTTTATAATATTCCAAAAATTTGTAAGAGATTTAAAAAATTAATATG
66 AGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
* *
13621573 TTTGCGAAACCAGTTTAAATAGTGAAGACTATTACAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACC
131 TTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTGAAGACTATTACAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACC
*** * *
13621638 -TT-TTTAGTCATAA-AACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTATAATAAAATAATACTAA
196 TTTATTTAGTCA-AACAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* *
13621700 TTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAAATAAGTCTATTTATCAAACAA
260 TTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAA
* * * * * ** *
13621764 GTTGAAATAGATT-TGAGTATTTGAACAATTATCTATTTAAAGTTGTTATAACCTTTTGTTTTGT
325 GTTCAAATAG-TTATAACTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCATTTGTTTTGT
13621828 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCAAAAAAAAAAATAATACTACTTTATTAATA
389 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATC-AAAAAAAAAATAATACTACTTTATTAATA
*
13621893 TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTA-AAAACTAAAGTTGTTTTCTGAACCACTTCAAATAGT
453 TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTACAAAA-TAAAGTTGTTTTCTGAACCACTTCAAATAGT
13621957 TATGACTATTTGAACAAATACCA
517 TATGACTATTTGAACAAATACCA
* * *
13621980 ATCTTAAATCATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAAAAAATTATTT-TTTATCATACAAGCTTATT
1 ATCTCAAATCATTATGATCTTTATTTTCTCATAAAAAAATTATTTCTTT-TCATACAAGCTCATT
* * *
13622044 -TGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATG
65 CAG-ATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATA
* * * *
13622108 TGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTAA
129 TGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTGAAGACTATTACAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTAA
* * *
13622173 CCTTTTATTTAGTCAAACAATAATTATTTCAATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATGCT
194 CC-TTTATTTAGTCAAACAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * * *
13622238 AATTTATTGACTTTCAAAAAGTTAATAAGTATGAGATTTGAAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
258 AATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
*
13622303 AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTGTTTTG
323 AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCATTTGTTTTG
* * * * * *
13622368 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTGTTAATA
388 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCAAAAAAAAAATAATACTACTTTATTAATA
13622433 TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTACAAAATAAA
453 TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTACAAAATAAA
13622470 TCAATTCATC
Statistics
Matches: 426, Mismatches: 55, Indels: 15
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
536 4 0.01
537 167 0.39
539 4 0.01
540 139 0.33
541 112 0.26
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (539 bp):
ATCTCAAATCATTATGATCTTTATTTTCTCATAAAAAAATTATTTCTTTTCATACAAGCTCATTC
AGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
TTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTGAAGACTATTACAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACC
TTTATTTAGTCAAACAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
TTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG
TTCAAATAGTTATAACTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCATTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCAAAAAAAAAATAATACTACTTTATTAATATTT
CAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTACAAAATAAAGTTGTTTTCTGAACCACTTCAAATAGTTATG
ACTATTTGAACAAATACCA
Found at i:13622627 original size:541 final size:538
Alignment explanation
Indices: 13620955--13622828 Score: 1478
Period size: 540 Copynumber: 3.5 Consensus size: 538
13620945 TGTTTCTGTT
* * * * *
13620955 CATAAAAGCTT-TTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTACTAAGTAAA
1 CATACAAGCTTATTTGAAAA-AAAATAATACT-ATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAG
* * * * * * *
13621019 ATATTTAAAAAATAAATCCAT-TTAG-CAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
60 AGATTTAAAAAATAAAT--ATGTTTGCCAAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTA
* * * * * * * **
13621082 TTTATTTCCAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAATTT
123 TCTATTTCAAATCA-TTTTAACCTTTT-TTTAGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCT
** * *** ***
13621146 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTTTGAGATTT-AAAA
186 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA
* * *** * * * * * * * *
13621210 AATAAATATGTTTATTGAATAAGTCCAAAAAAGCATGT--CCATTTGAACTATTATCTATTTCAA
251 AATAAATCTATTTACCAAACAAGTTC-AAATAG-ATTTAACTATTTCAACAATTATCTATTTAAA
* * * * * * ** *
13621273 ATTATAATGA-CATTTTGTTTTATCGTAAATCAATTGTTTCTGTTCATTCAAAA-TTATTCAAAA
314 ATCATTATAACCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCA-TAAAAACTTA-TCAAAA
** * ** * * **
13621336 TAAAGCAATACAGA-T-C--TATTAATATTTTGATAATTAATAAG--AG--ATTCAAAAAGAAAA
376 -AAAAAAATA-ATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAACTAAA
* * * * * * * * * * **** * *
13621393 TCTATTTA-CTGAAACAGTTCAAATATTTATAACTATTTGAATAATTGTTTATCTCAAATCTTTA
439 -GTAATTATCTGAACCACTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAAATACCAATCTTAAATCATTA
* * * **
13621457 TGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-TT
503 TGATCTTTATTTTCTCATAAAAAAATTATTT-TTCAA
* * ** * * **
13621493 CATACAAGCTCA-TTCAGATTAAAATAATACTATTTTTATAATATTCCAAAAATTTGTAAGAGAT
1 CATACAAGCTTATTTGA-AAAAAAATAATACTATTTAT-TAATATTTCAAAAATTAATAAGAGAT
* * * *
13621557 TTAAAAAATTAATATGTTTGCGAAACCAGTTTAAATAGTGAAGACTATTACAACAATTATCTATT
64 TTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATT
* * * * *
13621622 TCAAATCATTTTAACC--TTTTTAGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTATA
129 TCAAATCATTTTAACCTTTTTTTAGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA
*
13621685 ATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAGTC
194 ATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATC
* * * * * * **
13621750 TATTTATCAAACAAGTTGAAATAGATTTGAGTATTTGAACAATTATCTATTTAAAGTTGTTATAA
259 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGATTTAACTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAA
*
13621815 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCAAAAAAAAAAATAATAC
324 CCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCAAAAAAAAAAATAATAC
* ** *
13621880 TACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGTTGTTTTCTGAACC
389 TACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAACTAAAGTAATTATCTGAACC
* * * *
13621945 ACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATACCAATCTTAAATCATTATGATCTTTGTTTTCTC
454 ACTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAAATACCAATCTTAAATCATTATGATCTTTATTTTCTC
* *
13622010 ATAAAAAAATTATTTTTTAT
519 ATAAAAAAATTATTTTTCAA
* *
13622030 CATACAAGCTTATTTGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGAGAT
1 CATACAAGCTTATTTGAAAAAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAGAT
* * * *
13622094 TTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATT
64 TTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATT
* *
13622159 TCAAATCATTTTAACCTTTTATTTAGTCA-AACAATAATTATTTCAATTCATACAAGTTTATTCA
129 TCAAATCATTTTAACCTTTT-TTTAGTCATAA-AATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * * *
13622223 AAATAAAATAATGCTAATTTATTGACTTTCAAAAAGTTAATAAGTATGAGATTTGAAAAAAATAA
192 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAAATAA
*
13622288 ATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAG-TTATAACTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATT
256 ATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGATT-TAACTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATT
* * * * * *
13622352 ATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATC-CAAAATAAAATA
320 ATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCAAAAAAAAAAATA
*
13622416 ATACTACTTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTACAAAA-TAAA-TCAATTCAT
385 ATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTA-AAAACTAAAGT-AATT-AT
* * * * * * * * ** * *
13622479 C-GAATCC-GTTTAAATAATTATGGCCATTTAAATAACTATCTATTTTAAATTGTTATTAGTTTT
447 CTGAA-CCACTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAAATACCAATCTTAAATCATTATGA-TCTT
* *
13622542 TATTTTGTCA-AAAAATAATTGTTTTTCAA
510 TATTTTCTCATAAAAA-AATTATTTTTCAA
** * *
13622571 CATATGAGCTT-TTTCTAAAAAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGAT
1 CATACAAGCTTATTT-GAAAAAAAATAATACTA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGAT
* * * *** * * * *
13622635 TTAAAAAAGAAATTTGGTTGTTGAACCAGTTTAAATAGTTATGAGTATTTGAGCAATTATCTATT
64 TTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATT
* ** * * * * *
13622700 TCAGATTGTTATAACCTTTGTTCTA-TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAGTCAG
129 TCAAATCATTTTAACCTTT-TTTTAGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAA
** * * * * ** * *
13622764 AATAAACCAATAATAATTTAGTGATATTATGAAAATTAATAACCACA-AGATTT-AAGAAATAAA
193 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCA-AGAGATTTAAAAAAATAAA
13622827 TC
257 TC
13622829 CGTTTGCCAA
Statistics
Matches: 1082, Mismatches: 212, Indels: 84
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
529 2 0.00
530 11 0.01
531 98 0.09
532 84 0.08
533 26 0.02
534 63 0.06
535 4 0.00
536 7 0.01
537 206 0.19
538 55 0.05
539 6 0.01
540 259 0.24
541 257 0.24
542 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (538 bp):
CATACAAGCTTATTTGAAAAAAAATAATACTATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT
AAAAAATAAATATGTTTGCCAAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTC
AAATCATTTTAACCTTTTTTTAGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAAT
AAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTA
TTTACCAAACAAGTTCAAATAGATTTAACTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACC
ATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCAAAAAAAAAAATAATACTA
CTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAACTAAAGTAATTATCTGAACCAC
TTCAAATAATTATGACCATTTAAACAAATACCAATCTTAAATCATTATGATCTTTATTTTCTCAT
AAAAAAATTATTTTTCAA
Found at i:13623053 original size:268 final size:267
Alignment explanation
Indices: 13622579--13623105 Score: 829
Period size: 268 Copynumber: 2.0 Consensus size: 267
13622569 AACATATGAG
*
13622579 CTTTTTCTAAAAAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAAG
1 CTTTTTCTAAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAAG
* * * * ** * * *
13622644 AAATTTGGTTGTTGAACCAGTTTAAATAGTTATGAGTATTTGAGCAATTATCTATTTCAGATTGT
66 AAATCTAGTTGTTGAACCAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCT
* *
13622709 TATAACCTTTGTTCTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAGTCAGAATAAACCAA
131 TATAACCTTTGTTCTATCATAAAATAATTGCTTCTATTCATACAAGCTTAGTCAGAATAAAACAA
* * *
13622774 TAATAATTTAGTGATATTATGAAAATTAATAACCACAAGATTTAAGAAATAAATCCGTTTGCCAA
196 TAATAATTTAGTAATATTATGAAAATTAATAA-CACAAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGCCAA
13622839 CATACCAA
260 CATACCAA
* *
13622847 CTTTTTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGATATTTAAAAAAG
1 CTTTTTCTAAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAAG
*
13622912 AAATCTATTTGTTGAACCAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCT
66 AAATCTAGTTGTTGAACCAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCT
* *
13622977 TATAACCTTTGTTCTATCATAAAATATTTGCTTCTATTCATACAAGCTTAGTCAGAATAAAATAA
131 TATAACCTTTGTTCTATCATAAAATAATTGCTTCTATTCATACAAGCTTAGTCAGAATAAAACAA
* ** *
13623042 TAATTATTTAGTAATATTATGAAAATTAATAACATGAGATTTAAAAAATAAATTCATTTGCCAA
196 TAATAATTTAGTAATATTATGAAAATTAATAACACAAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGCCAA
13623106 ACCGATTCAA
Statistics
Matches: 235, Mismatches: 24, Indels: 1
0.90 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
267 27 0.11
268 208 0.89
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (267 bp):
CTTTTTCTAAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAAG
AAATCTAGTTGTTGAACCAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCT
TATAACCTTTGTTCTATCATAAAATAATTGCTTCTATTCATACAAGCTTAGTCAGAATAAAACAA
TAATAATTTAGTAATATTATGAAAATTAATAACACAAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGCCAAC
ATACCAA
Found at i:13623153 original size:179 final size:177
Alignment explanation
Indices: 13622856--13623253 Score: 412
Period size: 179 Copynumber: 2.2 Consensus size: 177
13622846 ACTTTTTCTA
* * *
13622856 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGATATTTAAAAAAGAAATCTATT
1 AATAAAATAATAATAATTTAGTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAAGAAATCTATT
*** * * *
13622921 TGTTGAACCAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCTTATAACC-T
66 TGCCAAACCAATTCAAACAGTTAAGACCATATGAACAATTATCTATTTCAAATTCTTATAACCTT
13622985 TTGTTCTATCATAAAATATTTGCTTCTATTCATACAAGCTTAGTCAG
131 TTGTTCTATCATAAAATATTTGCTTCTATTCATACAAGCTTAGTCAG
* * *
13623032 AATAAAATAATAATTATTTAGTAATATTATGAA-AATTAATAACATGAGATTTAAAAAATAAAT-
1 AATAAAATAATAATAATTTAGTAATATT-TCAAGAATTAAT-A-A-GAGATTTAAAAAAGAAATC
* * * * * *
13623095 TCATTTGCCAAACCGATTCAAACAGTTAAGACTATATGATCAATTATTTATTTCAAATTGTTTTA
62 T-ATTTGCCAAACCAATTCAAACAGTTAAGACCATATGAACAATTATCTATTTCAAATTCTTATA
* * * * * * * * *
13623160 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTAGCTCATACAAGCTT-TTCGG
126 ACCTTTTGTTCTATCATAAAATATTTGCTTCTA-TTCATACAAGCTTAGTCAG
* * * *
13623211 AATAGAATAA-AATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAG
1 AATAAAATAATAA-TAATTTAGTAATATTTCAAGAATTAATAAG
13623254 TAAGAGATGT
Statistics
Matches: 181, Mismatches: 32, Indels: 18
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 33 0.18
177 5 0.03
178 8 0.04
179 105 0.58
180 30 0.17
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (177 bp):
AATAAAATAATAATAATTTAGTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAAGAAATCTATT
TGCCAAACCAATTCAAACAGTTAAGACCATATGAACAATTATCTATTTCAAATTCTTATAACCTT
TTGTTCTATCATAAAATATTTGCTTCTATTCATACAAGCTTAGTCAG
Found at i:13625344 original size:361 final size:362
Alignment explanation
Indices: 13624821--13625681 Score: 786
Period size: 361 Copynumber: 2.4 Consensus size: 362
13624811 TATTTAAACA
** * * * * *
13624821 ATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATATA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACTCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATACA
* * * *
13624886 AGCTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATTAGTAATCAATTTA
66 AGCTTGATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAACTAATAAGTAATCAATTTA
** * * * * *
13624951 AAAATTAAATATGCTTGCCAAACCATTTCAAATAGTTTTAAG-TATTTGAATAATTATCTA-TTT
131 AAAAAAAAATATGCTTACCAAACCATTTCAAAT-G-GTTAAGATATTAGAACAATTATATACTTT
* * * * * * **
13625014 CAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACCATTGGTTCTATTTATACTATTTTATTCGA-
194 -AAATCATTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAAATGGTTCAATTTATACAAGCTTATT-GAG
* * *
13625078 AATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTC-AAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAAT
257 AATAAAATAATACAAATTTAATAACA-TTCAAAAAATTAATAACAAAGAAAATTAAAAAATAAAT
*
13625142 TTAATTGCCAAACAAATTCAAATAGTTAAGATTATATGAATG
321 TTAATTACCAAACAAATTCAAATAGTTAAGATTATATGAATG
* **
13625184 ATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTCTTTTGTCGTAAAACAATTG-TTTTGTTTGTACA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACTCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATACA
* *
13625247 AGCTT-ATTCAAATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTCAAAAACTAATAAGTAA-GAGAT
66 AGCTTGATTCAAA-TAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTAAAAAACTAATAAGTAATCA-AT
* *
13625309 TTAAAAAAAAAA-ATTGTTTACCAAATCATTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATATAC
128 TTAAAAAAAAAATA-TGCTTACCAAACCATTTCAAATGGTTAAGA-TATTAGAACAATTATATAC
* * * * * *
13625373 TTTAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCGTAAAACAAATGTTTCAATTTATACAAGCTTATTTA
191 TTTAAATCATTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAAATGGTTCAATTTATACAAGCTTATTGA
* * * * * * *
13625438 GAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAATAGATTTAAAAAATAAAT
256 GAATAAAATAATACAAATTTAATAACATTCAAAAAATTAATAACAAAGAAAATTAAAAAATAAAT
* * *
13625503 TTATTTACCAAACAAGTTC-AA-A--TAA-A-CA-AT---TG
321 TTAATTACCAAACAAATTCAAATAGTTAAGATTATATGAATG
* * *** *
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1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACTC-TTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATAC
** * * * * * **
13625595 AAG-TTAGA-TGGAATAAAATGATACTAATCTATTAATATTTCATAAATTAATAAGTAAAAAATT
65 AAGCTT-GATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAACTAATAAGTAATCAATT
* * *
13625658 TAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA
129 TAAAAAAAAAATATGCTTACCAAA
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Statistics
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AGCTTGATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAACTAATAAGTAATCAATTTA
AAAAAAAAATATGCTTACCAAACCATTTCAAATGGTTAAGATATTAGAACAATTATATACTTTAA
ATCATTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAAATGGTTCAATTTATACAAGCTTATTGAGAATA
AAATAATACAAATTTAATAACATTCAAAAAATTAATAACAAAGAAAATTAAAAAATAAATTTAAT
TACCAAACAAATTCAAATAGTTAAGATTATATGAATG
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** * * * * * *
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1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTTATACA
* * * *
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* * * * * * *
13624950 AAAAATTAAATATGCTTGCCAAACCATTTCAAATAGTTTTAAG-TATTTGAATA
127 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAG--TTAAGATATATGAATG
* * * * * *
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1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTGTTTATACAA
** * * * ** * * *
13625068 TTTTATTCGAAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAA
65 GCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAA
** * *
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129 AAAATAAATTTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTAAGA-TATATGAATG
* * *
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1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTTATACAAG
* *
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66 CTTATTCAAA-TAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAA
* * * * **
13625313 AAAAAAAAATTGTTTACCAAATCATTTCAAATGGTTAAGACTAT-TAGAACA
129 AAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTAAGA-TATAT-GAATG
* * * * * * **
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1 ATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTTATACA
* * * * *
13625428 AGCTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAATAGATTT
64 AGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAACAGATTT
* *
13625492 AAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTC-AA-A--TAA-ACA-AT---TG
127 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTAAGATATATGAATG
* * ** *
13625535 ----TCTATTTAAAATCATTATAACCATTTTAAGTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GTTTATACA
* ** * * * * *
13625596 AG-TTAGATGGAATAAAATGATACTAATCTATTAATATTTCATAAATTAATAAGTAAAAAATTTA
64 AGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTA
* * * * *
13625660 AAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTAAAATAATTATGGCCA-ACA-AAATG
128 AAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTA-AG--ATATATGAATG
* * * * * *
13625712 ATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGATTTTGATCACACAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTTATACAA
* * * * * *
13625777 TCTTATTCAAAATAAAATAAGAGTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAACAGGTTTAA
65 GCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAA
*
13625842 ACAATAAATTTGTTTA
129 AAAATAAATTTGTTTA
13625858 TCGAATTAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAA
AATAAATTTGTTTACCAAACAGTTCAAATAGTTAAGATATATGAATG
Found at i:13625874 original size:348 final size:347
Alignment explanation
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Period size: 348 Copynumber: 1.9 Consensus size: 347
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* * *** * **
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* * * *
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66 ATCAAATTAAAATAATACTAATCTCATAATATTTCAAAAACTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAAA
* * ** * ** *
13625318 AAAATTGTTTACCAAATCATTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATATACTTTAAATCAT
131 AAAATTGTTTACCAAATCAGTTAAAATAATTAAGACCAACAAAACAATTATATACTTTAAATCAT
* * * * * * * *
13625383 TTTGACCTTTTGTTTAGTCGTAAAACAAATGTTTCAATTTATACAAGCTTATTTAGAATAAATTA
196 TATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAAATGTTTCAATTCACACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * *
13625448 ATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAATAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCA
261 AGACTAATTGATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAACAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCA
13625513 AACAAGTTCAAATAAACAATTG
326 AACAAGTTCAAATAAACAATTG
13625535 TCTATTTAAAATCATTATAACCATTTTAAGTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAG-T
1 TCTATTTAAAATCATTATAACC-TTTTAAGTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GTTAATACAAGCT
** * * *
13625599 TAGATGGAA-TAAAATGATACTAATCT-ATTAATATTTCATAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAA
64 TA-ATCAAATTAAAATAATACTAATCTCA-TAATATTTCAAAAACTAATAAGTAAAAAATTTAAA
* * * * ** *
13625662 AAATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTAAAATAATTATGGCCAACAAAATGATTATTTA-TTTCAA
127 AAAAAAAATTGTTTACCAAATCAGTTAAAATAATTAAGACCAACAAAACAATTATATACTTT-AA
* * * * ** *
13625726 ATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGATTTTGA-TCACACAATCTTATTCAAAAT
191 ATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAAATG-TTTCAATTCACACAAGCTTATTCAAAAT
* * * * * * *
13625790 AAAATAAGAGTAATTGATTAATATTTC-AAAAATTAATAGGTAACAGGTTTAAACAATAAATTTG
255 AAAATAAGACTAATTGATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAACAGATTTAAAAAATAAATTTA
13625854 TTTA
319 TTTA
13625858 TCGAATTAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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348 216 0.83
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ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (347 bp):
TCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAAGTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTAATACAAGCTTA
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AAAATTGTTTACCAAATCAGTTAAAATAATTAAGACCAACAAAACAATTATATACTTTAAATCAT
TATGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAAATGTTTCAATTCACACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
AGACTAATTGATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAACAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCA
AACAAGTTCAAATAAACAATTG
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13627078 TACCTAACCA
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* *
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1 ATTTAAATAATTATGACT
*
13627122 ATTTCAAATCATTATGAC
1 ATTT-AAATAATTATGAC
13627140 CTTTTGTTTT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 5, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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19 1 0.04
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Consensus pattern (18 bp):
ATTTAAATAATTATGACT
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13626309 TAAAAAAAAA
* * * * *
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* * * * * * * * *
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* ** * *
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131 A-TTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTCT
* * * * * * *
13626496 CAAAAATTAATAAGT----CACTTAAAAAGTGAATCTATTTGCCAAATC-AGTTTAAATTA-TTA
1 -AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAA-TAGTTA
* * * * * * * *
13626555 T-AGCCATTTCAACAATTATCTCTTTCAAATCGTTATCA-CTTTTTGTATGGTCA-ATAACAATT
62 TGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGGT-TTGTCATAAAACAATT
* * * * * ** * * *
13626617 GTTTTTTTATCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATATTCATTTATTAATCTT-T
125 ATTTCTAT-TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * * * * * * *
13626673 CAAAAATTAATAAGTGAGACATTTAAAAAATAAATATATCTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATG
1 -AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCAAACAAGTTC--A-A---AT-
* * * * * * **
13626738 ACTGTTATGACTATTTAAACAATTGTATACTTCAAACCGTTATAA-CTTTTTATTATG-CTATAA
57 A--GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGGTT-TGTC-ATAA
* ** * * *
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118 AACAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * * * * * * *
13626864 AAAAATTAATAACTAAGAGATATAAAAAA-AA-TTGCTTACTGAACCAA-TTTAAAAAGTTAAGA
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * *
13626926 CTATATAAACAATTAACTAATTCAAATCGTTATGACATTTT-GTCTTGTCATAAAATAATT-TTC
65 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGGT-TTGTCATAAAACAATTATT-
* * *
13626989 TCAATTTATACT-AGCTTATTT-AGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATAATTC-
128 TCTATTCATA-TAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAAT-ATTCT
* * * *
13627042 AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TT-AAAAA-AATTCTATTTACCTAACCAA-TTTAAATAATTATG
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATT-TGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * *
13627103 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTT
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* ** * * * * *
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129 CTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCT
* * * *
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1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * ** * * *
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* * * *
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127 TTCTATTCATATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * * * * * * * * * *
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1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * ** * * *
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* * *
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* * * * *
13627577 GAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTATTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGA
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** ** ** * *
13627642 CCATTTGAACAATTATCAATTTGGAATCGCTATAACCTTTTGGTTTGTCATAAAATGATTTTTTT
65 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGGTTTGTCATAAAACAATTATTTC
* * * * * *
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130 TATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * * *
13627756 AAGACAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACAAGTTCAAATTGTTAT
1 AA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * *
13627821 GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTC-TTATAACTTTTTTGTTTGGTCATAAAATAATTA
63 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATAACCTTTTGGTTT-GTCATAAAACAATTA
* * * * *
13627885 TTGCTA-TCTATATAAGCTTA-TTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTT
126 TTTCTATTC-ATATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * * * * * * * *
13627940 GATAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAAT-ATATGTTTATCGAACAAGTTAAAATAGTCATGAC
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * *
13628004 TATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTGTAACCTTTTTGTTTTGT-AGTAAAACAATTGTTT
66 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC-TTTTGGTTTGTCA-TAAAACAATTATTT
* * *
13628068 CAATTCATGTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
129 CTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* ** *
13628120 AAAAATTAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTAT
1 AAAAATTAATA-AGTAAGAG-ATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
13628184 GACAATCCT-AACAATTGTCTATTTCAAAGAACATTACAACC-TTTGTGTTTGTTCAATAAAACA
63 GACTAT-TTGAACAATTATCTATTTC-AA-ATCATTATAACCTTTTG-GTTTG-TC-ATAAAACA
* * * * *
13628247 ATTTGTTTCTGTTCAT-TCAGCTTATTT-CAAT-AAATAATA-TAAATTTATTAATGTTC-
122 A-TTATTTCTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT
* * * *
13628303 -CAAATTAATAAATAA-A-ATTT-TAAAATGAAATATT-TTT---AAACATGTTCAAGATAGTTA
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT--AAT-TTGTTTACCAAACAAGTTCAA-ATAGTTA
* * * *
13628360 TGACTATTTGAACAATTATCTATTT--AATCATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAACCAAATTG
62 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGGTTTGTCATAAAAC-AATTA
* * * * *
13628423 TTTCTATTCA-AAAAACCTA-TCGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATT-T
126 TTTCTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * * ***
13628475 CAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTTTTTTTACCAAGTGAGTTCAAATAGTTATGA
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-TTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * *
13628540 CTATTTGAATAATTATTTAATTTCCAAATCTTTATGATCTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTTTT
65 CTATTTGAACAATTATCT-ATTT-CAAATCATTATAACCTTTTGGTTTGTCATAAAACAATTATT
* *
13628604 TCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
128 TCTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * ** ** *
13628657 AAAAATTAATAAGT-TGAAGACTTAAAAAATTAATCAGTTTACTGAACAAGTTCACATAGTCT-T
1 AAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAA-TAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGT-TAT
* ** * * * ** *
13628720 GTCTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATTATTATGAA--ATTT-GTTTCATTGTAAAACAATTG
63 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGGTTT-GTCATAAAACAATTA
* ** * *
13628782 TTTCTATTCATACAAAATTA-TTAAGAATAAAATAATACTAATTTATTACTATT-T
126 TTTCTATTCATATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * * * * *
13628836 CAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTCTTTACTGAAGC-AGTTCAAATAGTTGT
1 -AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTAT
13628896 GACTATTTGAACAATTATCTAT
63 GACTATTTGAACAATTATCTAT
13628918 CTCCAATTGT
Statistics
Matches: 1898, Mismatches: 389, Indels: 270
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 25 0.01
172 24 0.01
173 28 0.01
174 24 0.01
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* * * * * ** * * *
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* * * *
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* * ** * * * *
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*
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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*** * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * ** *
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** * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * * *
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** * **
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* * ** **
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* ** * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTG-TTTGTCA
* * * *
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** * *** **
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* * * *
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* * * * * *
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*** * * * * * *
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* * * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTG-TTTGTCA
* * *
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* *
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* *
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* *
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AAGTTTAAATAATTATATAATG
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*
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
13633830 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATGC
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* * * *
13633930 TTAAAAATAAATCTATTT-TCTGAACATGTTCAAA-TAGTTATGA-TGATTTGAACAGTTATCTA
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* ** *
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*
13634054 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAT-A-AATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAA
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* * * * * * * *
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** * * *
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* * * * * * **
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* * *
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AAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATTATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
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TAAAATAATACTAACTTATTAATATTATGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATATATTT
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TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGC
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* *
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** * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* **
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1 AAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAA-TTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAAAGA-TT
* * * * * * * * *
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* * ** *
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* * *
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* * * * * *
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63 TTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATTTATT
* ** * * * *
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* * * * **
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1 AAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAAATTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * *
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* * ** * *
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**** ** * * *
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1 AAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAAATTATTAATA-TTCTGAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * * * * * * * *
13634466 TAAAAACTAAATCTATCTATCGAACCAA-ATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATT
64 TAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATTTATT
* * * * * * *
13634530 TCAAGTCGTTATGATA-TTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTTTTCATAT
128 TCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
*
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AAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCA
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* ** * * *
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* * * ** * *
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* * * *
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* *
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AAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAACAAAAAA
TAAATATATTTTGCTGAACCAGT
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1 AATA
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* * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * * *** *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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254 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* ** ** *
13636721 TTATTTCTA-TTCATATAAGCATATTCGAGATAAAATAATACT
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* * * * * *
13636763 AATCTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAATAAATTTGTTTATCAAACCA
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* * * * * *
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* * * * *
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128 TCATAAAACAAATGTTTT-GATCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* ** * * * *
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* * *
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* * * *
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** * *
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* * * * **
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* * * * * ** * * *
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** * * * ** * * * *
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* * * * ** * *
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* * * *
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* * **
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* * *** * *
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* * * * * *
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*** * * * ** * *
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191 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACT-AGTTCAAATA
* * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * *
13637970 TAATAAAACAATTGCTTCAATTCAAATAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
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* * *
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* * * * * *
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256 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
** **
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* * * * * *
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** * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
13638391 AA-ATTTTCAAAAATTAATAAGTAATATATTAAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAGCGAGTTTAAA
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* ** * * ** *
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* *
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* ** * * * * **
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** * * ** * * * *
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64 GTTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* *
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Statistics
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AATTTATTAATATTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAGT
TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAAATGTTTTGATCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
AGTTCATATAAGTTTATTTAAAATAAAATAATAT
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* * * ** *
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* * ** * ** * * *
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* * * * * *
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* * **
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* ** * * * * * * *
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*** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* *
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* * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * ** ** * * * *
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* * *
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* * ** * * * *
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** * * * * * * ** * *
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* ** * * *
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* * * * * * * * * *
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** * * * * * * *
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* * *
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*
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170 GTAAAAGATT
* * * ** * * * * * ** *
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*** * * * *
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** * * * * **
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* * * *
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1 AAAAAATAAATTTATTTACTGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * ** * * * * *
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* **
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128 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TT
* * * * * * * * * *
13636441 AAAAAGTGAATCTGTTTACCGAATC-ATTTCAAATAATTAT-AGCCATTTCAACAATTATCTATT
1 AAAAAATAAATTTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATT
* * * * * * *
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* * *
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* * * ** * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * *
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* ** * * * * ** * * *
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* * * * * *
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** * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* *** * * * * *
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*** * * *
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* * * * * *
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** * * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* *
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** * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * *
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65 CAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTC-A
* ***
13638550 AATAAAATAATACTAATTTATTAATGTTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGACTT
128 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TT
* * * * * * **
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* * *
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*
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* *
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*
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** * * *
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* * **
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* * * ** * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * ** * *
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** * * *
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* * * * * *
13639684 AAGCATATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTA
1 AAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTA
* * * * * * * *
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13639812 CAAAT-ATTA
127 CAAATCATTA
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AATAAATCTATTTACCTAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAA
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* * ** *
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* * * * * * * * *
13638853 TTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CAACTTTAAATAGTT-TTACTATTTGAACAGTTGTCTAT
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* * * * ** * * * **
13638916 TTAAAATCTTTATAACCTTTCGATTTGTCATAAAAGAATTA-TTTCAGTT-AATACAAGCTTAGA
125 TTCAAATCATTATGACATTTTAATTTGTCATAAAACAA-TAGTTTCAATTCAA-ACAAGCATATT
* * * * * *
13638979 CAGAACAAAATAATATTAGTTTATTAATATTGCTTA-AATTAATAAGTAAGAAATTTTAAAAAAT
188 TAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTC-AACAATTAATAAG--AG--A-TTTAAAAAAT
* ** * * * * * * ** * *
13639043 AAATCTGCTTA-TTGAA-TCA-ATTAATATAATTATGGCCATTTGAATGATTGTCTATTTCAAAT
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*
13639105 CATTATGACTTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTTTTATCATAC
309 CATTATGACTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTTATCATAC
*
13639150 AAGCTTATTTGAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAAATAAGTAAGAGATTTA
1 AAGCTTATTTGAAATAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAAT--ATAAGTAAGAGATTTA
13639215 AAAAATAAATCTATTTACTAAACCAATTCAAACAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCA
64 AAAAATAAATCTATTTACTAAACCAATTCAAACAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCA
* ** * *
13639280 AATCATTATGACATTTTAATTTGTCATAAAATAATTTTTTCAATTCAAACTAGCTTATTTAGAAT
129 AATCATTATGACATTTTAATTTGTCATAAAACAATAGTTTCAATTCAAACAAGCATATTTAGAAT
*
13639345 AAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTTTAA-AATTAATAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTT
194 AAAATAATAAT-AATTTATTAATA-TTTCAACAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTT
*
13639408 ACCTAACTAGTTTTAATAATTATGACTATATGAACAATTATCAATTTCAAATTATTATGACTTTT
257 ACCTAACTAGTTTTAATAATTATGACTATATGAACAATTATCAATTTCAAATCATTATGAC--TT
*
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320 TGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTT-TATCATAC
* * * *
13639507 AAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATCTATTAATATTTCAAAAAT-TAA-TAAGAGATTTCA
1 AAGCTTATTTGAAAT-AAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATATAAGTAAGAGATTT-A
* * * * * ** * *
13639570 AAAAA-AAATCTTTTTAGC-AAATCGATTCAAATAGTTATGACTATTTGGGCAATTATTTATTTT
64 AAAAATAAATCTATTTA-CTAAACCAATTCAAACAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTC
** * * ** * * * * *
13639633 AAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGGAT
128 AAATCATTATGACATTTTAATTTGTCATAAAACAATAGTTTCAATTCAAACAAGCATATTTAGAA
*
13639698 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAG
193 TAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAG
13639739 TAAAAAATTA
Statistics
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
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AAGCTTATTTGAAATAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATATAAGTAAGAGATTTAAA
AAATAAATCTATTTACTAAACCAATTCAAACAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAA
TCATTATGACATTTTAATTTGTCATAAAACAATAGTTTCAATTCAAACAAGCATATTTAGAATAA
AATAATAATAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCT
AACTAGTTTTAATAATTATGACTATATGAACAATTATCAATTTCAAATCATTATGACTTTGTTTT
GTCATAAAACAAATGTTTTTTATCATAC
Found at i:13640786 original size:177 final size:175
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13640449 TTTAGCAATA
* * * * * *
13640459 TTTACTCTAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAGATCATACCGA
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* * * * *
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65 TTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGATCATAACTATTTGAACCGGTCTAGTAAACAAATTTAGTT
*
13640589 TTTAAATCTCATATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
130 TTTAAATCTCATACTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTAT
* *
13640635 TTTATTCTAAATAATTTTCTATGAATAGAAATAATTGTTTTACGACAAAATAAA-ATGTCATAAT
1 TTTATTCTAAATAACTTT-TATGAATAGAAATAATTGTTTTACGACAAAATAAAGA--TCATAAC
* * * ** * *
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* * * *
13640763 TTTTTTAAATTTTCA-ACTAATTTTTTGAATATTAATAAGTTATTATTAT
127 GTTTTTAAA-TCTCATACTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTAT
* * * * * * * *
13640812 TTTGTT-TCAAACAAACTTTTATGAATAGAAGTAATTGTTTAATGAGAAAACAAAAGATTATAAC
1 TTTATTCT-AAA-TAACTTTTATGAATAGAAATAATTGTTTTACGACAAAA-TAAAGATCATAAC
* *
13640876 GATTTAAAATAAATAAT
63 GATTTGAAATAGATAAT
13640893 TATTTAATAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (175 bp):
TTTATTCTAAATAACTTTTATGAATAGAAATAATTGTTTTACGACAAAATAAAGATCATAACGAT
TTGAAATAGATAATAGTTCAAATGATCATAACTATTTGAACCGGTCTAGTAAACAAATTTAGTTT
TTAAATCTCATACTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTAT
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Period size: 527 Copynumber: 2.4 Consensus size: 531
13640886 AAATAATTAT
* * * * * * * * *
13640896 TTAATAAAGTACTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATAAACTAAAACAACTATTTTATGA-T
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* ** * ** ** **
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* * * * * * * * * *
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129 ATTCAGTAAACACATTTATTTTTTTAAATCTCTTACATTATTAA-TTTCTAAAATATTATTAAAT
* * * **
13641087 TAGTATT-ATTTTATTCCGAATAAGCTT-TTATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGAAACGAAAG
193 TAGTATTGTTTTTATT-CGAATCAGCTTGTT-TG-ATTAGAAATAATTACTTTATG--AC--AA-
* * * ****
13641149 ATTAGAATTATTTCAA-ATAGATAATTGTTCT-AATAGTCCTAACTATTTAAATTGGTTTGGCAA
250 A--A-CA--ATTT-AAGATTGATATTTGTT-TAAATAGTCCTAACTATTTAAATTGGTTCAAAAA
* * * * * * * *
13641212 ATATATTTATTTTTAGATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA
308 ATAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGCATCATTTTA
* * **
13641277 ATCCAAATATGCTTGTATGAAAAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAATGATTTG
373 ATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAGATCATAACAATTTG
* * * *
13641342 AGATAGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCTATTCAGTAAATAGACTTATTTTTTC
438 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACCTATTCAGTAAACAGACTTATTTTTTC
*
13641407 AAATTTCTTGCTTATTAA-TTTTTCAAAAG
503 AAATTTCTTGCTTACTAACTTTTT-AAAAG
* *
13641436 TTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCCAAATAAGCTTGTAAAAACTGAAACAATTATTTTATGACT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAAAAACTGAAACAATTATTTTATAACT
* * * *
13641501 AAA-AAATGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTAATCTAATAGCCTTAACTATTCAAACTGAT
66 AAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTAATCTAATAGCCATAACTATTCAAACTGAT
*
13641565 TC-GTTAAACACATTTA-TTTTTTAAAT-TCTTA-ATTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTA
131 TCAG-TAAACACATTTATTTTTTTAAATCTCTTACATTATTAATTTCTAAAATATTATTAAATTA
13641626 GTATTGTTTTTATTCGAATCAGCTTGTTTGATTAGAAATAATTACTTTATGACAAAACAATTTAA
195 GTATTGTTTTTATTCGAATCAGCTTGTTTGATTAGAAATAATTACTTTATGACAAAACAATTTAA
*
13641691 GATTGATATTTGTTTAAATAGT-C-AACTATTTAAATTGGTTCAAAAAATAGCTTTAGTTTTTAA
260 GATTGATATTTGTTTAAATAGTCCTAACTATTTAAATTGGTTCAAAAAATAGATTTA-TTTTTAA
* * * *
13641754 ATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGCATCATTTTATTTCC-AATAAGTTTT
324 ATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGCATCATTTTA-ATCCAAATAAGCTTG
** * * * * * *
13641818 TATGAACTGAAACAATTATTTTATTACAAAATGAATGGTTATAACAATTTTAAATAGATAATTGT
388 TATGAAAAGAAAAAATTATTTTATGACAAAAT-AAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * *
13641883 TCAAATAGTCATATCTTTTTAAACTTATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATTTCTTGGTTA
452 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACCTATTCAGTAAACAGACTTATTTTTTCAAATTTCTTGCTTA
**
13641948 CTAACTTTTTGGAAG
517 CTAACTTTTTAAAAG
*** ** * * *
13641963 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTTTTTTATAACT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAAAAACTGAAACAATTATTTTATAACT
* * ** * *
13642028 AAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAATTGGT
66 AAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTAATCTAATAGCCATAACTATTCAAACTGAT
* * * *
13642093 TCAGTAAATATATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTTATTAATTTCTAGAATATTATTAAATTAG
131 TCAGTAAACACATTTATTTTTTTAAATCTCTTACATTATTAATTTCTAAAATATTATTAAATTAG
13642158 T
196 T
13642159 GTTATTTTAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (531 bp):
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAAAAACTGAAACAATTATTTTATAACT
AAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTAATCTAATAGCCATAACTATTCAAACTGAT
TCAGTAAACACATTTATTTTTTTAAATCTCTTACATTATTAATTTCTAAAATATTATTAAATTAG
TATTGTTTTTATTCGAATCAGCTTGTTTGATTAGAAATAATTACTTTATGACAAAACAATTTAAG
ATTGATATTTGTTTAAATAGTCCTAACTATTTAAATTGGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTAAAT
CTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGCATCATTTTAATCCAAATAAGCTTGTAT
GAAAAGAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
ATAGTCATAACTATTTAAACCTATTCAGTAAACAGACTTATTTTTTCAAATTTCTTGCTTACTAA
CTTTTTAAAAG
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13641668 TACTTTATGA
* * * * * ** *
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* *
13641740 GCTTTA-GTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGCATCATTTTAT
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* * * ** *
13641804 TTCCAATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATTACAAAATGAATGGT
130 TTCCAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGT
* * * * * *
13641857 TATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTTTTTAAACTT-ATTCAGTAAACA
1 CAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TTGATTCAGTAAACA
* * * * * * * *
13641921 GATTTATTTTTTTAAATTTCTTGGTTACTAACTTTTTGGAA-GTTAATAAATTAGTATTATTTTA
65 GATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAA-TTTTTGAAATATTAATAAAGTAGCATCATTTTA
** * * * *
13641985 TTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTTTTTTATAACTAAACAAAAGGT
129 TTTCCAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGT
** * * * * *
13642039 CAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAATAT
1 CAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGATTCAGTAAACAG
* * * * * ** *
13642104 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTTATTAATTTCT-AGAATATTATTAAATTAGTGTTATTTTA
66 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTGC-TTAATAATTTTTGA-AATATTAATAAAGTAGCATCATTTTA
* * * *** * * * * * *
13642168 -ATCCAAATATGCTTATAATGAAAAAAAAAAGAATTGTTCTATGACAAAA-TAAAGAT
129 TTTCC-AATAAGCTTGT-ATG--AACTGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGT
* ** * * * ** *
13642224 CATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGGGTT-AGATAAACA
1 CAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGATTCAG-TAAACA
* * * ** ** *
13642288 AATTTA-GTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TCAATATTATTTTA
65 GATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGT-AGCATCATTTTA
** ** * *
13642347 TTTTTAATAATTTTGTATGAA-TAGAAACAATTTTTTTACT-ATAAAACAAAAGGT
129 TTTCCAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTA-TAACAAAACAAAAGGT
* * * * * *
13642401 CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTGGAT-ATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAAC
1 CAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTT-AAATTGATTCAGTAAAC
* *
13642464 AAATTTATCTTTT
64 AGATTTATTTTTT
13642477 AATCTCCTAT
Statistics
Matches: 485, Mismatches: 110, Indels: 51
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (182 bp):
CAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGATTCAGTAAACAG
ATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGCATCATTTTATT
TCCAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGT
Found at i:13642528 original size:145 final size:146
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13642365 GAATAGAAAC
* * * **
13642375 AATTTTTTTACTATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTGGATATA
1 AATTTTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACGGATATA
* * * *
13642440 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATCTTTT-AATCTCCTATCTATTAAATTGCATAAT
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13642504 ATGTATGAGCATAAAT
131 ATGTATGAGCATAAAT
* * *
13642520 AATTTTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACGGATGTG
1 AATTTTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACGGATATA
* * * *
13642585 ACTATTTGAATTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAAATTACAGAAT
66 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATCTTTTAAATCTCCTACCTATTAAATTACAGAAT
13642650 AT
131 AT
13642652 TAATAAATTA
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 16, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (146 bp):
AATTTTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACGGATATA
ACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATCTTTTAAATCTCCTACCTATTAAATTACAGAAT
ATGTATGAGCATAAAT
Found at i:13642836 original size:179 final size:180
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Indices: 13642532--13643523 Score: 856
Period size: 179 Copynumber: 5.5 Consensus size: 180
13642522 TTTTTTTACA
* * * ** * *
13642532 ACAAAACAAAAAGTCATAA-TAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACGGAT-GTGACTATTTGAA
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAA-AAATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA
* * * * * * * **
13642595 TTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAAATTACAGAATATTAATAAA
63 CTTGTTTAG-TAAATAGATTTATTTTATAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
* * * *
13642659 TTAGTATGATTTTATTTAGAATAAACTTGTTTGAATAGAAATAATTGTTTTATG
127 TTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
13642713 AC-AAACAAAAAAG-CATAACTATTTGAAAAAAAAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTTAACT
1 ACAAAAC-AAAAGGTCATAACTATTTGAAAAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * *
13642776 TGCTTAGTAAATAGATTTATTTTATAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA
65 TGTTTAGTAAATAGATTTATTTTATAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
*
13642841 GTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATG
130 GTATTATTTTATTT-AGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * *
13642892 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAAATAGTCATAGCTA
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAA-AAATAA---TT---AT--TCAAATAGTCATAACTA
** * *
13642957 TTTGAACAAGTTCAGAAAATAGATTT-TTTT-T-AAT-TTTTACTTATTAATTTTT-GAAATATT
57 TTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTATAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATT
* * *
13643017 AACAAATT--TATTTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATG
121 AATAAATTAGTA-TTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * *
13643076 ACAAAATAAAAGGTCACAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAAC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAA-AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* ** * * * **
13643140 TT-TTTCGATAAGCATATTCATTTTTGTAAATCTTTTACTCGTTAATTTTTAGAATATTAATAAA
64 TTGTTTAG-TAAATAGATTTA-TTTTATAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
* * * * *
13643204 TTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTGTTTTATA
127 TTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
13643258 ATGAAATA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAAAAGATAATTATTTAAATAGTTATGATTATTTGAA
1 A-CAAA-ACAAAAGGTCATAACTATTTGAAAAA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * *** *
13643322 TTTGTTTAGTAAATAAATTTATTTTA-AAATCTTTTACTTATTAATTGGAAAAATATTAATAAAT
63 CTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTATAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
** * * * *
13643386 TCA-TATTATTTTAATCCA-AATAAGTTTGTATGAAGAAAAACAATTATTTTATG
128 T-AGTATTATTTT-ATTTAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * *
13643439 ATAAAACAAAAAGTCATAA-TGATTTGAGATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGA-AAAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
*
13643503 TT-ATTAGGTAAATAGATTTAT
64 TTGTTTA-GTAAATAGATTTAT
13643524 ATAGATTTAT
Statistics
Matches: 662, Mismatches: 109, Indels: 81
0.78 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
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183 64 0.10
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186 3 0.00
187 2 0.00
188 4 0.01
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ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAAAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
GTTTAGTAAATAGATTTATTTTATAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG
TATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
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* *
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*
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1 AAATAGATTTATTTTATAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTAGTA-TTAT
*
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* * ***
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** * * * * ** *
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1 -AAATAGATTTA-TTTTATAAATATTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAACAAATTAGTATT
* * * * * * *
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* * * * *** * *
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* * **** *
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1 AAATAGATTTATTTTATAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATT-AGTATTAT
* * * * * ** * * *
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* * *
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* * *
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* *
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TACTTATTAATTGGAAAAATATTAACAAATTCATTTATTTTATCCAGAATAAGCTTGTATGAAGA
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TCATAACTAATTGAACTTTTTCGATAAGCATATTCAT
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* * * * * * *
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1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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1 AATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * * * * * *
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* * * * * **
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* * * * *
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* * * ** * * *
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* * * *
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** * *
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* * ** * *
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** * * *
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* * *
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* * * * * * * * * *
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*
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127 ATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
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13645740 AATAAGCTTATATG-ATATCAAACAAATATTTTATGACTAAAAC--AAGGTCA-AATGATTTGAA
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* * ** * *
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* *
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* * * * ** * * **
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* * * * * ** *
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** * * * * ** * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * ** *
13647623 TCTCTTGCTTATTAGTTTTTCGAATGTTAATAAATTAG---T-TTTTATTTCG
128 TCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * ** *
13647672 AATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATAGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTAAAACAACTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * * * *
13647736 TAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAAT
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG-TAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * *
13647801 CTCTTACTTATTAATATTTGAAATATTATTAAATTAGTA-T-TTTTA-TCCA
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* * * * * * *
13647850 AATAAGCTTATATG-ATCAGAAACATTTTTTTTTTTACAAAAC-AAAGATCATAATGACTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * * * ** * * *
13647913 TTGATATTTGTTCAAATGGTCATAACTA-ATGAAATTGGTTCGAAAAATAGTTTTAGTTTTTAAA
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTAGTT-TAGTAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * *
13647977 TCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTGATAAAGTAGTTTTATTTTAGTTC-
128 TCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * *
13648029 AGACAAG-TTTTCATAAACTA-AAACAATTGTTTTATGAAAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTA
1 A-ATAAGCTTGT-ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * *
13648092 AATAGATAATTGTTCAAATAGTTATATCTATTT-AAGCT-TTTTCGATAAACATG-TTTAATTTT
63 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTTAG-T-AACA-GATTT-ATTTT
** *
13648154 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTG
123 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-G
* * * * * * * *
13648212 AATAAGC-TATATGAACT-GAAATAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTTAGAACGATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* ** ** * *
13648275 TAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAAACACATTTA-TTTTT--A
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG--TAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * ** * *
13648337 T-TATTAAATTAGT-ATTGTCTTAATCCGAATAAGCTCATATGAAA--AGAAACAATTGTTCTAT
128 TCTCTT-ACTTATTAATT-T-TTAA----AAT-A--TTA-AT-AAATTAG-TATTATT-TTATTT
13648398 -G
179 CG
* * * * * *** * * * ***
13648399 ACA-AA--AT-AAAG-ATCA-TAACGATTTGAGATAT-ATAATTATTCAAAATGTCATAGCAATT
1 A-ATAAGCTTGTATGAAT-AGAAAC-AATTGTTTTATGACAA--A-ACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * ** * ** *
13648457 T-AAGCTAG-T--TTGAT-AAATAGAT-TTAGA-T-TTTAATACTCTTTTTAATTTTCAAAATCT
60 TGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATA-ACTATTTGA-ACT-AGTTT-AGTAAC-AGAT-T
*** * * * * * ** ** * * * ** * ***
13648514 TAATGAATCAGTATCATTTTA-TTCTAAATAATT-CTATATGAATAGA-GACAATTGTTTTACGA
117 T-ATTTTTTA-AATC-TCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
*
13648576 CAA
179 C-G
** * * * ** * * ** * *
13648579 AATAAAAGGTCATAACAATTTGAA-ATAAATAATTGTTCAAATGGATAAGAC--AATTTGA-ACT
1 AAT--AA-G-C-T---TGTATGAATAGAAACAATTGTT-TTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * * * * * * *
13648640 TATTGGGTAAACATATTTATTTTTTAAAT-CTCCTACCTA-TT-AA-TA-TTTAGAATATTAGTA
56 GATT-TG-AAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG--TA--A-CA
* * * * * ** * *
13648700 AATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAACTTGTATGAATAGTAACAAATATTTTATGACAAAATA
113 GATT--TATT-TTTTAAATCT--CT-TAC-T-TATTAATTTTTA-AAATA--TTA--A-TAAAT-
* ** ** *
13648764 AAAAATCTATAAATAATT--
163 TAGTAT-TAT-TTTATTTCG
* * * * * * * * * ** * *
13648782 ATTCAA-ATAGTCAT-AACTATAAGC--TTGTTTAGTAAGCCTATA-TGAA-TTTATACAATTG-
1 AAT-AAGCTTGT-ATGAA-TAGAAACAATTGTTT--TATGACAAAACAAAAGGTCAT--AA-TGA
* * ** * * * * *
13648840 TTT--TAT-GACAA---AACAAA-AGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTACTCA-AGTAGTT
58 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACTAG-T--TTAGTAACAG-ATTT
** * * * * * * *
13648897 ATGATAATTAGAACTTGTTCGGTAAGCATATTTATATTTAAAATCTTTTACTTATCAATT-GTCA
118 AT--TTTTTA-AA--T-CTC--TTA-CTTATTAATTTTTAAAA--TATTA---ATAAATTAGT-A
** * * **
13648961 AAATATTA-ATAA
168 TTATTTTATTTCG
** * * * ** * * ** * * **
13648973 AATTAATATTATTTTAATCTAAATAA--GCTTGTATGAACAAAA-ACAATTGT-TTTATGACAAA
1 AA-TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTTATG-ACAAAACA-AAAGGTCATAATG--ATT
** * * ** * * * *
13649034 ACAAAAAGTCATAA-TGATTTGAAA-A-AAATAA-T-TGTTCAAATAG-TCA-TAAC-TATTTGA
60 TGAAATAG--ATAATTG--TTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTAGTTTAGTAACAGATTT--
* * *
13649091 ACTTATTCGGTAAA-CAAAT-TTA-TTTTTCAAATCTTTTACTAATTAGTTGTCTAAATATTAAT
118 A-TT-TT--TTAAATC---TCTTACTTATT--AAT-TTTTA--AA--A--TAT-T-AATA--AAT
* * *
13649153 AAATTTGTATTATTTTAATT-G
163 -TA-GT--ATTATTTTATTTCG
* * * * **
13649174 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAGCGATTTGAAA
1 -AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * * * *
13649239 TAGATAATTGTTCAAAGAGT-AGTAACTATTTAAACTTGATTAATGAACATATTCAGTTTTT-AA
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* ** * *
13649302 --TC-T-GTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAG-ATTTATGTTATTACG
128 TCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCG
* * * * * * * * * * *
13649351 AGTTAGCTTGTACGGACTA-AAATAGTT-TTTTGTAACAAAACAAAAGATTATAA-CACTTTGAA
1 AATAAGCTTGTA-TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAA
* * * * * * *
13649413 ATAGAAAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTGTACT-GGTTAGTCCAACAAATTCATTTTTTAA
64 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGT--AACAGATTTATTTTTTAA
*** * * * *
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127 ATCTC-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * ** * *
13649531 AATAAGATTGTATCAATAGAAACAACTGTTTTATGACAAAACAATTGGTTATAATGTTTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * ** * * *
13649596 AAATAAATGTTCAAATTGTTTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTTAAA-
66 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGT-AACAGATTTA-TTTTTTAAAT
*
13649660 -TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAA-AAA--AATATTATTTTA-TTCTG
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* * * * * * * * *
13649706 AACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTACGATAAAACAAAATGTCATAAT-AGTTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAA
* * * * * * ** * *
13649770 TAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAAAAAATTTATTTTTTAAAT
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGT-AACAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * *
13649835 CTCTTAGTTATTAATTTTTATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCCA
129 CTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * * **
13649887 AACAAGCTTGTATGAACATAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * *
13649952 ATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCA-AAAGCATATTTATTTTTTAAATC
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* *
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*** **
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1 -AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAA
* * * * * * * * *
13650128 ATAGATAATTATTCAAATGGTGATAATTATTTGAA-TTGATTCGATAAACTGCTTTATTTTTTAA
64 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG-T-AACAGATTTATTTTTTAA
** * * * * * *
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127 ATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * ** * * *
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1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * ** * ** * *
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* * * ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * * *
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* * *
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** * * * *
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* * * * ** * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * **
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* ** * *
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* * * *
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* * * * *
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* * ** * *
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* * * * * * *
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1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * ** * * *
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66 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTAGT-AACAGATT-TATTTTTTAAA
* * * * *
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* * * * * * * ** *
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1 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * *
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* * * * *
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* * * ** * *
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1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* ** **
13651751 AAATAATTGCACAAATAGTCATAA-TGATTTGAACTTA-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
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* *
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128 TCTCTTACTTATTAATT-T-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * * *
13651866 AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTCTTTTATAACAAAACAAAAGATTAT-A-GCATTTTCA
1 -AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-A-TTTGA
* * * *
13651929 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTAGTAAACAGATTCATTTTTTAA
63 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGT-AACAGATTTATTTTTTAA
* ** * * * *
13651994 ATATCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAATATTATTTT-GTTCTT
127 ATCTC-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-G
* * * *
13652048 AATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTCTTTTATAACAAAACAAAAGCTCATAATGATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * * * ** *
13652112 TAAATAATTATTAAAATAATCATGATTATTTGATCTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAT
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGT-AACAGATTTATTTTTTAAAT
* * * *
13652177 -TTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATCTG
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* * * *
13652228 AATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * *
13652293 AAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTT-GATAAATAGATTTATTTTTTAAAA
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13652357 TCTCTTA
128 TCTCTTA
13652364 TTAATATATT
Statistics
Matches: 6454, Mismatches: 1620, Indels: 1081
0.70 0.18 0.12
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Consensus pattern (180 bp):
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CTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
Found at i:13644656 original size:361 final size:353
Alignment explanation
Indices: 13643687--13647168 Score: 1320
Period size: 361 Copynumber: 9.7 Consensus size: 353
13643677 AAATACATTA
* * * ** * * *
13643687 ATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGGAATA-AACATAAATTAAAATTATGTTATTTCGA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA-ATAAATTAGTATTATTTTATTCCAA
* ** ** * * * *
13643751 ATATGCTTGTACAAACAAAAA-ATATTATTTTGTGATAAAACAAAAAGTTATAA-GATTTGAAAT
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** * * * * * ** * * *
13643814 AGATAATT-TTTTAATAATCATAACTATTTGCACTGGTTAGGCCAATAGATTCATTTTTCAAATC
129 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGCTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * *
13643878 -AATTACTTATTAA-CTTTCAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGAATAAGACTGCT
194 TTA-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG--TTCT
* ** * * * * * *
13643941 -TGAATAGAAACAATTATTT-TATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTTT
255 AAGAAT-GAAA-AAAAATTTCTAT-AGAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAAT-AAGAA-TTG
* * *
13644004 TCAA-ATAG-TTATAACTAATTGAACTAGTTTA-GTAATA-GATTT
315 T-AATATAGCCT-TAA-TATTTGAA--AG-TTAGGTAA-ACAATTT
* ** * * * *
13644046 ATTTTTTAAATCTCTTGCTTCGTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATCTTATTTTATTTCAAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
* * * * * ** * * *
13644111 CAAACTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATGAATGAACAAAAACATTATTTTTATGTCATAAT
66 TAAGCTTGTATGAACAAAAATAATT-GCTT-T--ATG-AC-AAAACA--A----AAGGTTATAAT
* * * * * * * * * *
13644176 GATTTGAAATAAATAGTTGTTGAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTTGGTAAACATAATTAA
119 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGCTTCGGTAAACAGATTTAT
* * *
13644241 TTTTTAAATCTCT-TATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTTCGAAT
184 TTTTTAAATCT-TATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * **
13644305 AAGTTACTAAGAATTGAAAAAAAATTTCTATGGCAAAACTAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAA
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* * *
13644370 GAATTGCTCATATAGCCTTAACTATTTGAACCAGTTTGGCAAACAATTTT
309 GAATTG-TAATATAGCCTTAA-TATTTGAA--AGTTAGGTAAACAA-TTT
* ** * * *
13644420 ATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATAGTATTACATTAGTATTATTTTATTCCAAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
* * * *
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* *
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* * * *
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* * * *
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261 G--AAAAAAA-ATTTC-TATA-GA-AAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATA-AGAATTG-T-A
* * * * *
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* * * * * ***
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* * * * * *
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66 TAAGCTTGTATGAAC-AAAAATAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATA
* * * * *
13644910 GATAATTGTTCATATAGTCTTAAATGTTTGAATTGCTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
130 GATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGCTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * ** * *
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195 TATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAG-TTCTA-A
** * * *
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**
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* *
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1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
** ** * * * *
13645196 TTGGCTTGTATGATGACAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATA
66 TAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAATAATTTGAAATA
* * * * *
13645260 GATAATTGTTGAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGGTGAATAGATTCATTTTTTAAATC-
130 GATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGCTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
13645324 AATTACTTATTAATTTTAGGAATATTAATAAATTATTCTTATTACTATTTTATTTTGAATAAGCT
195 TA-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA---GTA-T--TATTTTATTTCGAATAAG-T
* * * * * * * *
13645389 TGTATA-AACTG-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATA
252 TCTA-AGAA-TGAAAAAAAAT-TTCTAT-AGAAAAC-AAAAGGTAATAATGATTTGAAAT-AAGA
* * * * *
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311 ATTG-T-AATATAGCCTTAA-TATTTGAA-AG-TT-AGGTAAAC-AATTT
* * * * **
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* *** * * * * * *
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* * * * * ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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** ** *
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*
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* * * * * ** * *
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66 TAAGCTTGTATGA-ACAAAAATAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATA
* * * * ** ** * *
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* * *
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** * * * * * ** * * *
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* *** * * *
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* * * * * * ***
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* * * * * * *
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** * ** * * * *
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* * *** * *
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* * * * * * * *
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* * * ** *
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* * ** * * * * *
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** ** * * *
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* * * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
13646873 AAGTAT-TCAA-ATAG-TTATAATTATTTGAACTGGTTCA-ATAAAAAAATT
310 AA-T-TGT-AATATAGCCT-TAA-TATTTGAA--AGTT-AGGTAAACAATTT
* * * * * * * * *
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1 ATTTTTTAAAT-CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAA
* * * * ** * * ** *
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* * * * ** * **
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129 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-GCTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * ** * * * *
13647112 CTCT-TAGTTATGAATTTTCAAAATATTATTACATTAGTATTATTTTCTTTTGAATAA
193 CT-TATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
13647169 ACTTATATGA
Statistics
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * * * * * *
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* * * * * * ** *
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* ** * * * * * * * *
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* * * * * *
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* ** **
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** * * * * *
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* * * * ** * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * *** * * *
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** * * * * * * *
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* * * **
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514 TCGATAAA-AAAATTATTTTTTAAATCAC
* * ** * *
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* * * * ** ** *
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* * ** * * * * *
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** * *** *** ** *
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* * * *
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* * * ** * *
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* ** *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * **
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* * * * ** *
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* ** * *** *
13645637 ACAATCATAACTATTTGAGCTTA-TTTGGCAAACAAATTTATTTTTTCAAATATCTT-GCTTATT
129 ATAGCCATAACTATTTGAAC-TAGTTCAACAAAC-AATTTATTTTTT-AAATCTCTTAG-TTATT
*** * * * * * ** * * *
13645700 AATTTTTTGAATGTCAATATATTAGGATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGATATCAAACA-
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* *
13645764 AATAT-TTTATGACTAAAAC--AAGGTCA-AATGATTTGAAATAGATAATTATTC---TA---AT
253 AAT-TGTTTATGAC-AAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* ** * *
13645819 -AGT-TTT-AACT-ATTC-AAAAAAACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAA
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** * *
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** * * ** * * * * *
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* * * *
13646003 TAATTCAATAAACAAATTTTATTTTCTAAAT--C
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* * * **
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* * * * * * * ** * * *
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** * *** * **
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129 ATAGCCATAACTATTTGAA-CTAGTTCAACAAACA-ATTTATTTTTT-AAATCTCTTAGTTATT-
* * * * * * *
13646225 ATTTTTC-AAATTTTAATAAATTAGTTTTAATTTATTATGAATAAACTTGTATGAACTAAAACAA
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* * * * ** *
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* * * * *
13646353 CCATATGAACTGGTTCGGTAAATA-AATT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
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* * *** * *
13646416 TTATTAAATTTGTATTATTTTAAACCAAATAAGCTTG--T-ACAAACAAAA-AATTTGTTTTACG
383 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGATAAA-AAAACAA-TTGTTTTATG
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13646477 ACAAAATAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATTGACAAACATTCATATAGTCGTAACTATTTGAATT
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* * ** * * * **
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1 TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTA-AG
** ** * ** * * *
13646636 AAAAG-AACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTATTAC
64 AACTGAAAAAAATTGTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTT-C
* * * * * *** * * *
13646700 AAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGCAAACATATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTA
127 ATATAGCCATAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTA
* * ** * **
13646765 ATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTACATGAACAAAAACAAT
191 ATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAAT
* * * * * * *
13646830 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGGTAAGTATTCAAATAGTTATAATT
256 TG-TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* ** * * * * * *
13646895 ATTTGAACTGGTTCAATAAA-AAAATTATTTTTTCAATAATC-T-CTTATAAAATTTTGAAATAT
320 ATTTGAACTGATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * * * **** * * *
13646957 TAACAACTTAGTTTTATTTTATTTCGAGTAAACTT-ATATGA-GCTGAAATAATTGTCTTAAGAC
384 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGA-ATGATAAAAAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * *
13647020 AAAACAAAAGGTCATAACGATTGGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCCTAACTGTTTGAACTAG
448 AAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAATTATTTGAACT-G
* * *** * *
13647085 TTTAGCA-AATGGATTTATTTTTTAAATCTC
512 ATTCG-ATAAAAAAATTATTTTTTAAATCAC
* * ** * * * * * * * *
13647115 TTAGTTATGAATTTTCAAAATATTATTACATTAGTATTATTTTCTTTTGAATAAACTTATATGAA
1 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAAGAA
* * * * * * *
13647180 CAG-AAACAATTATATTATG-CAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
66 CTGAAAAAAATTGT-TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATA
* * * * *** * * * *
13647243 TAGTCATAATTATTTAAACTGGTTCGGTAAATAGATTTAATTTTTAAA--TC--AATTACTAATT
130 TAGCCATAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATT
* * * * ** * *** *
13647304 CTT-GAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTAAATAAGTTTCTATGTTGAAAACCAATTA
194 -TTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATT-
* * * * *
13647368 TTTTATGACAAAATGAAAA-G-TATTAACAATTT----T-G-----T-TT-AAAT-GGCTATAAT
257 GTTTATGACAAAA-CAAAAGGTTA-TAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAAC
* * *
13647418 TATTTGAATTGATTTGGTAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC----TAATTTTTGAAATAT
319 TATTTGAACTGATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA-
* * *** ** ** *
13647479 TTAAAAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGA-ACTAAAACAATTGTTTTAGTTC
383 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGATAAAAAAACAATTGTTTTA--TG
* * * ** * * * * * *
13647543 ATAAAACAAAAGTTCATAACAATTTTATATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA-T
446 ACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAATTATTTGAACT
* **** *
13647607 --TT-G-T-------TTAGTAAACAAATCTC
511 GATTCGATAAAAAAATTATTTTTTAAATCAC
* * * * *
13647627 TTGCTTATTAGTTTTTCG-AATGTTAATAAA--T-TAGT-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
1 TTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAAGA
* * * * * * * * *
13647687 ACTG-AAACAATAGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTAAAACAACTTGAAATAGATAATTATTC-T
65 ACTGAAAAAAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAT
* * * * *** *
13647750 AATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
129 -ATAGCCATAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA
* *** * * * * *
13647815 TATTT-GAAATATTATTAAATTAGTA-T-TTTTA-TCCAAATAAGCTTATATGATCAGAAACATT
192 T-TTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACA-A
* * * * * * * * * * *
13647876 TTTTTTTTTACAAAAC-AAAGATCATAATGACTTGAAATTGATATTTGTTCAAATGGTCATAACT
255 TTGTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * ** * * * *
13647940 A-ATGAAATTGGTTCGAAAAATAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATAT
320 ATTTG-AACTGATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * * * * *
13648004 TGATAAAGTAGTTTTATTTTAGTTCAGACAAG-TT--TTCATAAACTAAAACAATTGTTTTATGA
384 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGATAAA--AAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
13648066 AAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT-ATCTATTT-AAGC
447 CAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAAT-TATTTGAA-C
** *** *
13648129 TTTTTCGATAAACATGTTTAATTTTTTAAATCTC
510 TGATTCGATAAA-AAAATT-ATTTTTTAAATCAC
* * * *
13648163 TTACTTATTAATTTTTTG-AATTTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGC-TATATG
1 TTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTAAG
* * * * * * * *
13648225 AACTG-AAATAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-
64 AACTGAAAAAAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCA
*** **
13648288 TAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAAACACATTTATTTTT
128 T-ATAGCCATAACTATTTGAACTAGTTCAAC-AAACA-ATTTATTTTT
13648336 ATTATTAAAT
Statistics
Matches: 3051, Mismatches: 646, Indels: 424
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
508 39 0.01
509 83 0.03
510 32 0.01
511 9 0.00
512 32 0.01
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519 1 0.00
520 5 0.00
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555 11 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (541 bp):
TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAAGAA
CTGAAAAAAATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATAT
AGCCATAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT
CAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
ATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
ACTGATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGATAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
AGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGATAA
AAAAATTATTTTTTAAATCAC
Found at i:13645239 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 13644949--13645275 Score: 401
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 168
13644939 GAATTGCTTC
* ** * *
13644949 GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTAGTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATT
1 GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTAGTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
** * *
13645014 ATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTAGTTTATAGTAGAACAAAAGGTT-ATA
66 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAAAC-GAAACAATTAGTTTATAGCAAAACAAAA-GTTCATA
*
13645078 ATGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAAGAATTAGTTA
129 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAAGAATTAGTTA
* * **
13645118 GGTAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTAGTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
** *
13645183 ATTTTATTCCAAATTGGCTTGTATGATGAC-AAACAATT-GTTT-TATGACAAAACAAAAGTTCA
66 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAT-A-AACGAAACAATTAGTTTATA-G-CAAAACAAAAGTTCA
* *
13645245 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATA
127 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
13645276 GTCATAATTA
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 19, Indels: 10
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.01
168 8 0.06
169 121 0.90
170 1 0.01
171 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (168 bp):
GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTAGTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAAACGAAACAATTAGTTTATAGCAAAACAAAAGTTCATAAT
GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAAGAATTAGTTA
Found at i:13645896 original size:164 final size:172
Alignment explanation
Indices: 13645466--13646078 Score: 402
Period size: 178 Copynumber: 3.5 Consensus size: 172
13645456 TTCAAATGGC
* * * * * *
13645466 CATAATTATTTTAATTGATTCAATAAACAAA-TTTATTTTTTCAATATCTTATTAA-TTTAGAAA
1 CATAATTATTTTAACTAATTCAATAAACAAATTTTATTTTCTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAA
* ** * * * *
13645529 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGTATAAGCTTGTAT--TAATTGAAACAATTGTTTTAT
66 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGATAA--AAAACAAATATTTTAT
* ** ** * *
13645592 GACAAA-ACGAAAGGTCATTATGATTCT-AAATAAATAATTGTTCAAACAAT-
129 AACAAAGA--AAAGGTCAGAACAATT-TGAAATGAATAATTATT------ATG
* * * * **** * *
13645642 CATAACTATTTGAGCTTATTTGGCAAACAAATTTATTTTTTCAAATATCTTGCTTATTAATTTTT
1 CATAATTATTTTAACTAATTCAATAAACAAATTT-TATTTTCTAA-ATC-T-CTTATTAA-TTTT
* * * * * **
13645707 TG-AATGTCAATATATTAGGATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGATATCAAACAAATATTT
61 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGATAAAAAACAAATATTT
* * **
13645771 TATGACTAAA-ACAAGGTCA-AATGATTTGAAAT-AGATAATTA-T-T-
126 TATAAC-AAAGAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATGA-ATAATTATTATG
*
13645814 C-TAA-TAGTTTTAACT-ATTCAA-AAA-AACA-TTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGA
1 CATAATTA-TTTTAACTAATTCAATAAACAA-ATTTTATTTTCTAAATCTCTTATTAATTTTTGA
* * * * * *
13645873 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTCTGATAAAAAACAATTGTTTTTT
64 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGATAAAAAACAAATATTTTAT
*
13645938 AACAAAGTAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATGAATAATTATTCAAATGG
129 AACAAAG-AAAAGGTCAGAACAATTTGAAATGAATAATTATT---AT-G
*
13645987 CCATAATTATTTTAACTAATTCAATAAACAAATTTTATTTTCTAAATCTCTTATTAATTTTAGAA
1 -CATAATTATTTTAACTAATTCAATAAACAAATTTTATTTTCTAAATCTCTTATTAATTTTTGAA
13646052 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
65 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
13646079 ATGTATAAGC
Statistics
Matches: 347, Mismatches: 57, Indels: 64
0.74 0.12 0.14
Matches are distributed among these distances:
163 9 0.03
164 62 0.18
165 8 0.02
166 21 0.06
167 9 0.03
168 4 0.01
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174 1 0.00
175 11 0.03
176 30 0.09
177 6 0.02
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179 5 0.01
180 17 0.05
181 15 0.04
182 53 0.15
183 8 0.02
184 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (172 bp):
CATAATTATTTTAACTAATTCAATAAACAAATTTTATTTTCTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGATAAAAAACAAATATTTTATAA
CAAAGAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATGAATAATTATTATG
Found at i:13646141 original size:178 final size:175
Alignment explanation
Indices: 13645821--13647345 Score: 573
Period size: 178 Copynumber: 8.5 Consensus size: 175
13645811 ATTCTAATAG
13645821 TTTTAACTATTCAA-AAAAACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
1 TTTTAACTATTCAATAAAAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * *
13645885 TTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTCTGATAA--AAAACAATTGTTTTTTAACAAAGTA
65 TTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAGCTTGTAT--TAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAGTA
** * * *
13645947 AAAGGTTAGAACAATTTGAAATGAATAATTATTCAAATGGCCATAATTA
127 AAAGGACAGAACAATTTGAAATGAATAATTATTCAAATAGCAATAACTA
* *
13645996 TTTTAACTAATTCAATAAACAAATTTTATTTTCTAAATCTCTTATTAATTTTAGAAATATTAATA
1 TTTTAACT-ATTCAATAAA-AAA-TTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* *
13646061 AATTAGTATTATTTTATTATGTATAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTATGATATAA-TA
63 AATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTATGACA-AAGTA
* * * * * * *
13646125 GAAGGACATAACAATTTTAAATGGATAATTATTTAAATAGTAATAACTG
127 AAAGGACAGAACAATTTGAAATGAATAATTATTCAAATAGCAATAACTA
* ** * * * *
13646174 TTTGAACCTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTGATTTTTCAAATTTT
1 TTTTAA-CTATTCAATAAA-AAATTTATTTTTT-AAA--TC--TCTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * *
13646239 AATAAATTAGTTTTAATTTATTATGAATAAACTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTAA
59 AATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTATGAC-AA
* * * * * ** * *
13646304 A-CAAAAGGTCAAAACTATTTGAAAT-AGATAATTGTTCTTATAGTC-TTAACCA
123 AGTAAAAGGACAGAACAATTTGAAATGA-ATAATTATTCAAATAG-CAATAACTA
* * * **
13646356 TATGAACTGGTTCGGTAAATAAA-TT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
1 TTTTAACT-ATTCAATAAA-AAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * ** ** *
13646419 TTAAATTTGTATTATTTTA-AACCAAATAAGCTTGTACAAAC-AAAA-AATTTGTTTTACGACAA
60 ATAAATTAGTATTATTTTATTA-TGAATAAGCTTGTATTAACTAAAACAA-TTGTTTTATGACAA
* * * * * *
13646481 AATAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATTGACA-AA-CATTCATATAGTC-GTAACTA
123 AGTAAAAGGACAGAACA-ATTTGAAA-TGA-ATAATTATTCAAATAG-CAATAACTA
* * * * * * * * * * * *
13646534 TTTGAATTGGTTCGACAATTAGATTTA-TTGTTAATTTTCTTGGTTATTAA-GTTTCATAATATT
1 TTTTAACT-ATTCAATAA-AAAATTTATTTTTTAA--ATC-T-CTTATTAATTTTTGA-AATATT
* * * ** * * *
13646597 ATTAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTA-TAA-AAAGAACCAATTGTTTGATGACA
59 AATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATTAACTAA-AA-CAATTGTTTTATGACA
** ** * ** *
13646660 AAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAAT-AGATAATTATTACAAATAGTCAA-AACTA
122 AAGTAAAAGGACAGAACAATTTGAAATGA-ATAATTATT-CAAATAG-CAATAACTA
* * * **** * *
13646715 TTTGAAATGGTTTGGCAAACATATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCT-AAATATT
1 TTTTAACT-ATTCAATAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTT-TGAAATATT
* * * ** * *
13646779 AATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAACAAACTTACATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
59 AATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTATGAC-A
** * * ** * * ** *
13646843 AACAAAAAGTA-ATAATGATTTGAAAT-AGGTAAGTATTCAAATAGTTATAATTA
122 AAGTAAAAGGACAGAACAATTTGAAATGA-ATAATTATTCAAATAGCAATAACTA
* * * * * *
13646896 TTTGAACTGGTTCAATAAAAAAATTATTTTTTCAATAATCTCTTATAAAATTTTGAAATATTAAC
1 TTTTAACT-ATTCAATAAAAAATTTATTTTTT--A-AATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * * * * * * * * **
13646961 AACTTAGTTTTATTTTATT-TCGAGTAAACTTATATGAGCTGAAATAATTGTCTTAAGACAAAAC
62 AAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAGT
* * * * * * * *
13647025 AAAAGGTCATAACGATTGGAAAT-AGATAATTGTTCATATAGTC-CTAACTG
126 AAAAGGACAGAACAATTTGAAATGA-ATAATTATTCAAATAG-CAATAACTA
* * ** ** **
13647075 TTTGAACTAGTTTAGCAAATGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTCAAAATATTA
1 TTTTAACTA-TTCAATAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTA--T-T-AATTTTTGAAATATTA
* * * * * * * * *
13647140 TTACATTAGTATTATTTTCTTTTGAATAAACTTATATGAAC-AGAAACAATTATATTATG-CAGA
60 ATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATTAACTA-AAACAATTGTTTTATGACA-A
* ** * * *
13647203 A-CAAAAGGTTATAACAATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAATTA
123 AGTAAAAGGACAGAACAATTTGAAATGA-ATAATTATTCAAATAG-CAATAACTA
* * ** * * ** * *
13647255 TTTAAACTGGTTCGGTAAATAGATTTAATTTTTAAATCAATTACTAATTCTTGAAATATTAATAA
1 TTTTAACT-ATTCAATAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * *
13647320 ATTAGCATTATTTTATTTTAAATAAG
64 ATTAGTATTATTTTATTATGAATAAG
13647346 TTTCTATGTT
Statistics
Matches: 1055, Mismatches: 225, Indels: 139
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
175 8 0.01
176 46 0.04
177 28 0.03
178 232 0.22
179 231 0.22
180 148 0.14
181 125 0.12
182 211 0.20
183 22 0.02
184 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (175 bp):
TTTTAACTATTCAATAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
TAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAGTAAAAG
GACAGAACAATTTGAAATGAATAATTATTCAAATAGCAATAACTA
Found at i:13646372 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 13645118--13647380 Score: 1413
Period size: 182 Copynumber: 12.6 Consensus size: 181
13645108 GAATTAGTTA
* * * *
13645118 GGTAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
*** ** * *
13645183 ATTTTATTCCAAATTGGCTTGTATG-A-TGACAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAT
66 ATTTTATTATGAATAAGCTTATATGAACT-A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * *
13645246 AA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTC
129 AACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTC
* * ** * * *
13645299 GGTGAATAGATTCATTTTTTAAATCAATTACTTATTAATTTTAGGAATATTAATAAATTATTCTT
1 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA---GT
* * * * *
13645364 ATTACTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAG
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* * * * * * * * *
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** * * * * *
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1 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
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66 ATTTTATTAT-GAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * ** *
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* * * * * * * * *
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1 GGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
** * * *
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* * * *
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127 ATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTC
* *
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* * * * * * ** * *
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* * * * * * * **
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129 AACTATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTC
** * * * *
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1 GGTAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * *
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* * * * * ** * *
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130 ACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAA-CTGGTTC
* * * * *
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1 GGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
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65 TATTTTATTATGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * *
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130 ACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTC
* * *
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1 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* ** * ** * *
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** * * *** * * *
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** * * * * ** * * * *
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* ** * * *
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* * ** * *
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127 ATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTC
* * * * *
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1 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * *
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65 TATTTTATTAT-GAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * *
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129 AACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTGGTTC
** * * * * * * * * *
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1 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * *
13646971 TATTTTATT-TCGAGTAAACTTATATGAGCTGAAATAATTGTCTTAAGACAAAACAAAAGGTCAT
65 TATTTTATTAT-GAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * *
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130 ACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTC
* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * *
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* * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* *
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** * * * *
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* * *
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* ** * *
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* * *** * *
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** * * * * ***
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* * * *
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388 ATATAGTCCTAACTATTTGAACTAGTTGAGCAAATAGATTTATTTGTTAAATCTCTTAGTTATGA
* * * * * * *
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*
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518 TATATTATGCAAAACAAAAGGTT
* * * * *
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1 ATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGA
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TTTAATTTTTAAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTT
CAAACAAACTTACATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAA
ATAGATAAGTATTCAAATAGTTATAACCATATGAACTGGTTCAATAAAAAAATTATTTTTTAAAT
AATCTCTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTAAACCAAATAAACTTATACA
AACGAAAAAATTGTCTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTGGAAATAGACAAACATTCATA
TAGTCCTAACTATTTGAACTAGTTGAGCAAATAGATTTATTTGTTAAATCTCTTAGTTATGAAGT
TTCAAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAACATATATAAAAAGAAACAATTAT
ATTATGCAAAACAAAAGGTT
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* * * ** * * *
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* * * * ** *
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* *
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* * * *
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13648467 TGATAAATAG
Statistics
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Consensus pattern (152 bp):
TAAATTAGTATTATCTTAATCCGAATAAGCTATATGAAAAGAAACAATTATTCTATGACAAAATA
AAAGATCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTAGTTCGGC
AAAACACATTTATTTTTATTAT
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13648825 GAATTTATAC
* ** * * *
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* * * * * * * **
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* *
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* * *
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1 -AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
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*
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* * * ** *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-T
* ** * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* ** * * * ** **
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* * * * * * *
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* ** * * * * * **
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** * * *
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* * * *
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129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT-TGAA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAAA
* * * * * * * *
13649728 CATTTGTTTTACGATAAAACAAAATGTCATAAT-AGTTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCT
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* * * *
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* * * * * * *
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* * ** * *
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** * * **
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*
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** ** * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * *** *** * *
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* * * * *
13650216 ATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTTTATGAACA-AAAA
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA
** * * * * * **
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1 -AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
13650331 AACTATTTGAACTTGTTCGGCAAATAGATTTATTTTTTTAAAT-TCTTGCTTATTAATTTTTTGA
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* ** * * * *
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* * * * *
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** *** * * * * *
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13650577 TATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCTG-AATAAGCTTGTATGGATAGAAAC
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* * * ** * * *
13650629 AATTGTTTTATAACAAAAC-AAAGATCATAGTGATTTGTGATAAATAATTCTTCAAATTGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** *
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* * ** *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** * * *
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1 AATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* ** * * *
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65 AACTATTTGA-ACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AA
* * * * *
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* * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCA
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* * * * **
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* * * * * * * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * * *
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66 ACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATT-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AA
* ** * * * * *
13651476 TATTAAT-AATTAGTATTATTTTAGTTCTAACAAACTTATAAGAACTA-AAAC
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAA
* * * ** * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * **
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66 ACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAA
* * *
13651657 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAACTTGTATAAATAGAAAC
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* ** * * * **
13651709 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTGGAAATAAATAATTGCACAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
*
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66 ACT-ATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTAA
* * *
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128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA
* * * * *
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1 -AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * ** * * *
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63 ATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTT-
* * * * ** * *
13652016 GATTATTAATAAATTAATATTATTTT-GTTCTTAATAAGCTTATATGAACTA-AAAC
126 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAA
* * * * * * * *
13652071 AATTCTTTTATAACAAAACAAAAGCTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTAAAATAATCATG
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
13652136 ATTATTTGATC-TAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTGTTGAAA
66 ACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAA
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129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA
* * * * *
13652251 AATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
13652316 ACTATTTAAAC-TAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAAATC---T-CTTATTAA----T--A
66 ACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAA
* * ** * ** * *
13652370 TATTAGT--ATTA--CTT-TTTT--GCGAACA-AA-CTTATATGAGCAAAAAC
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTGAA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAAA
* * *
13652414 ATTTATTTTATGACAAAACAAACA-GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * ** * * ** *
13652478 AATTATTCGAACTGGTTAGGTAAACAAA-TTA----AT-AAT-TTTTGAAGTATTAATTTTCAAA
65 AACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTT-ACTTATTAATTTT-TAA
* * * * *
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* * * *
13652590 AACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTT
1 AA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
13652655 AAAC-ATTTGAA-TTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGG
65 -AACTATTTGAACTT-ATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-A
* * * * *
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* ** * ** * ** *
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1 -AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *** * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * ** *
13653012 ATTATTTGAACTAATTCAGTAAAC-AATTTCACTTTTTAAATCACTTATTTATTAATTTTTAGAA
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* * ** * * *
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* * * ** * *
13653128 AATTATTTTATGACAAAATAAAAGAATCATAAAAATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGT-AT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-
* ** ** * * * * *
13653192 TAACTATTTCAACTGCTTCGAAAAACAGATTAATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGA
64 TAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AA
** * * * *
13653257 ATATTTTTAAATTAGTATTA-TTTATTTTG-AATAAGTTTATATGAACTA-AAAC
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* * *** * * ** * *
13653309 AATTATTTTATAATGGAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCCAATAG---GA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
*
13653371 ACTA---G----T-TT-GGTAAACAAACTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAAT
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* *
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130 ATTAATAAATTAGTATTATTTTAA-TT-GAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAAA
* * * * ** * *
13653473 CAATTGTTTAATAACAATACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCAA
1 -AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* ** *** * * * * *
13653538 AATTATTTGAACCAATTTAATAAACTAACTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTAAAA
65 AACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAA
* * * * * * * *
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* * * * *
13653653 AATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
** * * * ** *
13653718 ACTATTTGAACTTGCTCGGTATATAGATTTATTTTTTAAAAT-TTGTTGTTTATTAATTTTTTGA
66 ACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTTAA
* * *
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* * ** * * * * * * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * *
13653900 ATTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
66 ACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AA
* * * * * * * * * * *
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129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA
* * * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* ** * * * * *
13654080 ACTATTAGAACTGGTTCGATAAACAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTACTTTTCAAAAT
66 ACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TAAAT
* * * ** * * *
13654141 GTTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTG-AATAATTTTTTATGAATACAAAC
130 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA
* ** * *** * * * *
13654192 AATTGTTTTATGACAAAATATTATGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATAGCTCCAAT-GTATAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CAT
* * * * * * * * *
13654256 AACTAATTGAACTTGTTTGGTGAACAAATTGATTTTTTAAATCTCTAACCTATAAATTTTTATAA
65 AACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AA
* * * *
13654321 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATA-AAAA
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* * * * * * *
13654372 CAATTGTTTTACGACAAAACGAAAGATAATAGTGATTTGGAATAAATAATTGTT-AAATAGTCAT
1 -AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
13654436 AACTATTTGAACTCACTTAC--TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGG
65 AACTATTTGAACTTA-TT-CGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-A
* * * * *
13654499 AATTTTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTTTACGAATAGAAAC
127 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA
* ** * *
13654553 AATTGGTTTATGACAAAGTAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
*** * **
13654618 ACTATTTGAACATT-TTCAAAAAAACATATTTA-TTTTTAAAAATTTTACTTATTAATTTTTCAA
66 ACTATTTGAAC-TTATTC-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AA
* * * * **
13654681 ATATTAATAAATTTA-TATTATTGT-ATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAGAACC
128 ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA
* * * *
13654734 AATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * ** * * * * *
13654799 ACTATTTAAACATGTTCAATAAA-ATAATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAA
66 ACTATTTGAACTTATTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAA
* * * ** *
13654863 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATACAAACT-GAAAC
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* * * * * * **
13654915 AATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGCCAAAATGATTTTAAATAAATAATTAATCAAAT-GTCA-A
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* *** * * * * **
13654978 GACTATTTGAACTTTTTCAAAAAACATATTTATTTCTCAAATATTTTACTTATTAATTGTCAAAA
66 -ACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAA
* * * *
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* ** * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
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66 ACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTAAA
* *
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** * ***
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCA
* * * * ** * * * * *
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* * *
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* * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* ** ** * * * * *
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* *
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* * * * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
** * * * * *
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66 ACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAAT
* * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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64 TAACTATTTGAACTT-ATTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTT
* * *
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126 -AAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTT-GTATGAATAG-AAAA
* * * *
13655995 AACTTATTTTATGAC--AACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTT
1 AA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
13656058 AAATATTTGAA-TTGCTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTCATA
65 AACTATTTGAACTT-ATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-A
* * * ** * *
13656122 ATATTATTAGATTAGTATTA-TTTCATTCTTACTAAGCTTGTATGAACA-AAAA
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA
* * * * * * *
13656174 TAATTGTTTTATGATAGAATAAAAGGTTATAACGAAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTA
1 -AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG--A---T-T-TGAA-ATAGATAATTG--TT-
* ** * * * *
13656239 CGACAAAATAAGAGGTTATAA-TGATTTG-ACTT-TTACTATTTAA-AAGTTTACAATTGTTGAA
54 ---C-AAAT---A-GTCATAACT-ATTTGAACTTATT-C-GGTAAACAAATTT---ATTTTTTAA
* * * * * *
13656300 ATAGTTATATA-TT-TGAATTAGTTCAATA--AACAAATT--TATT-TTTTAAATATTTTACTTA
105 AT-CTT-T-TACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT--A-A-TTGA---A
* * *
13656358 TTAA--TT-TTTGAA-AGATTTATA
159 ATAAGCTTGTATGAATAGA---AAA
* *** *** * * * * *
13656379 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGG-CTTGAATGA--T-AAA-AAACAATTGTT-ATAT-GAC
1 AATT-GTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-T
* *** * * * * * * * * *
13656437 CA-AACAAAAGGCCATAATT-TTTGATAAACAGA-TAATTGTTT--A---TATA-GTCTTAATTG
62 CATAACTATTTG--A-ACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-
* * ** * * * *
13656493 TTTAAACTACTTCGGCAAACAAATT--TATTTTTTTACATCTCTTAGTTATCAATT-TTTGGAAT
123 TTTAAA-TA-TT-----AATAAATTAGTATTATTTTA-AT-T-GAAATAAGC--TTGTAT-GAAT
*
13656555 ATTATTAAA
175 A-GA--AAA
* * * * * * *** * **
13656564 TTGATATTATTTTCTG-C-CAA-ATAAGCTTAT-ATGAACTAAAACAATTATTTTATAATTGAAC
1 ---A-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-A-TTTGA-AA-TA---GATAATTGTTC
* * **
13656625 AAA-AGGCTATAA-TGATTTGAACAGATAATTGTTCAAATAGAAACTAGTTTGGTAAATAAATTT
55 AAATAGTC-ATAACT-ATTTGAAC------TTATTC-GGT--AAAC---------AAAT----TT
* * * *
13656688 ATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTG-A
96 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATTGAA
13656752 ATAAGCTTGTATG-AT-GAAAAA
159 ATAAGCTTGTATGAATAG-AAAA
* * * ** ** * * * * *
13656773 CAATTGCTTTACGACAAAACAAAAGTTTGTAACAACTTGAAATAAATAATTGTTTAAATGGCCAT
1 -AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * *
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* *
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* * * * * * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * * * *
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* * * ** * *
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129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA
** * * * *
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* * * * **
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* ** ** *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * *
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* **
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* * * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* ** *
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* ** *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-
** * * * **
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* *
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** ** * * **** *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * *
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* * * * * * ** ** * * *
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* * * * *
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* * *
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* * *** * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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66 ACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAACAAATTTATTT
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Statistics
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* * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* ** * * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * ** * *
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* ** * * * * * * **
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* * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* ***
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** * * * *
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* *** * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * * * **
13650267 ACAATCATTTTATGA-TAAA-AAAAGGTAATAATGATTTTAAATGGATAATTATTCAAATAACCA
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* * * *
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* ** * * * *
13650394 AAATGTTAATAAAAGAGTATTATTTTATTTTG-AGTAAGCATGTATGAACTAAAACAATTATTTT
127 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTT
* * * *
13650458 ATGACTAAACAAAA-GTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGA
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* *** * * * * * * * **
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255 ACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
* * * * *
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* * ** ** * * *
13650627 ACAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAGATCATAGTGATTTGTGATAAATAATTCTTCAAATTGTCA
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* ** * * *
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* * ** *
13650752 ATATAAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAATTTTGCATGAATAAAAACAATTGTTTTAT
129 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAAT-AAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * ** * *
13650816 GACAAAATAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTTAAATGGACATGGCTGTTTAAAC
192 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * *
13650881 TTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAAATATTCAAATTATTAATGTTTAGAATATTAATAAATT
257 TTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
* * * *
13650946 AATATTGTTTTATTTCAAATAAACCTGTATGAATAGAA
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* * * * * * * *
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* * * * * *
13651113 ATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAATTAAGCTTTTATGAATAGAAACAATGGGTTTATG
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* * *
13651178 ACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATGGATAATTTGTTCAAATAGTCATAACTAGTTGAA
193 ACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *** * * * *
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* * *
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* * * * * *
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13651473 GAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTAGTTCTAACA-AA-CTTATAAGAACTAAAACAATTATTT
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* * ** * * *
13651535 TATTACAAAAGAAAAGGTCATTGTGGTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTG
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* * * * * * *
13651600 AACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATA
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* * *
13651665 AATTAGTATTATTTTA-ATCTAAATAAACTTGTATAAATAGAA
317 AATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * * **
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*
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* * * *
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* * * * *
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* ** * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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1 ACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** *
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322 GTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * *
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1 ACAATT-TTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * ** ** *
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64 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTT--CTTATTAATTTTTA
* * * * * * *
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* * *
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187 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTAT
* * * *
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251 TTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATT-TC-TACTTATTAATTTTTAGAATATT
* * * * * *
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313 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * ** * * * ** *
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1 ACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * *
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65 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTCTTATTAATTTTTAAA
* * * * * *
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129 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAAT-AAA-ACAATTGTTTTAT
* * * * *** * * *
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192 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** * * ** *
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257 TTGTTCGGTAAACAAATTT-ATTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* ** ** * *
13653087 TATTATTATTTTATTTTGAATAAATTTCTATGAATTGAA
320 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * ** * *
13653126 ACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGAATCATAAAAATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGT-
1 ACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* ** * **
13653190 ATTAACTATTTCAAC-TGCTTCGAAAAACAGATTAATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT
64 A-TAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTCTTATTAATTTTT
** ** * * * *
13653254 GGAATATTTTTAAATTAGTATTA-TTTATTTTG-AATAAGTTTATATGAACTAAAACAATTATTT
126 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTT
* *** * * ** * *
13653317 TATAATGGAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCCAATAG---GAACTA---G
189 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
*
13653376 ----T-TT-GGTAAACAAACTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAA
254 AACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAA
* * * * *
13653431 ATTAATATTATTTAATTTCGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAA
318 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAA
* * * * * *
13653472 ACAATTGTTTAATAACAATACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCA
1 ACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * *** *** * ** *
13653537 AAATTATTTGAACCAATTTAATAAACTA-ACTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTAA
65 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCT-TTTCTTATTAATTTTTAA
* * * ** * * *
13653601 AATATTAATAAAGTAATATT-CTTTATTTTAGATAAGCTTTTAT-AACTAAAACAATTTTTTTAT
128 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTAT
* * * *
13653664 GATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
192 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * ** * *
13653729 TTGCTCGGTATATAGATTTATTTTTTAAAATTTGTTGTTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAT
257 TTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATTT-CTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
** *
13653794 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACT-GAA
320 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAA
* * ** * * * * * * *
13653833 AAAATTATTTTATGACTAAACAAAAATTTAGAACGATTTGAAATAAATGATTATTCTAATAGTCT
1 ACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
13653898 TAATTATTTGAACTAGTTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA
65 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTCTTATTAATTTTTAAA
* * * * * * * *
13653963 ATACTATTAATTTAGCAATATTTTACTTC-AAATAAGCTGGCATGAATATAAACAATTGTTTTCT
129 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTAT
* * * * *
13654027 GACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAACTGTTCAAATAATCATAACTATTAGAAC
192 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * * * *
13654091 TGGTTCGATAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TCT-CTTATTACTTTTCAAAATGTTAATAAATTG
257 TTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
** ** * *
13654153 GTATTATTTTATTTTGAATAATTTTTTATGAATACAA
322 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* ** * * * * * * *
13654190 ACAATTGTTTTATGACAAAATATTATGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATAGCTCCAAT-GTAT
1 ACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-C
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13654254 ATAACTAATTGAACTTGTTTGGTGAACAAATTGATTTTTTAAATCTCTAACCTATAAATTTTTAT
64 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTCTTATTAATTTTTAA
* *
13654319 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTATATGAATAAAAACAATTGTTTTA
128 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAAT-AAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
13654383 CGACAAAACGAAAGATAATAGTGATTTGGAATAAATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTTGAA
191 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
** * * * * *
13654447 CTCACTTAC--TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAA
256 CT-TGTT-CGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
* * *
13654510 ATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTACGAATAGAA
318 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* ** * * *
13654551 ACAATTGGTTTATGACAAAGTAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
1 ACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
*** * * * *
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65 TAACTATTTGAAC-TTGTTC-GGTAAACAGATTTATTTTT-TAAATCTTTTCTTATTAATTTTTA
* * * * * *
13654679 AAATATTAATAAATTTA-TATTATTGTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTATTTT
127 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTT
* * * *
13654743 ATGACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTAA
190 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* ** * * *
13654808 ACATGTTCAATAAA-ATAATTCATTTTTT-AATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATA
255 ACTTGTTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATT-TC-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
* **
13654871 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATACAAACT-GAA
317 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAA
* * * * * * * **
13654913 ACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGCCAAAATGATTTTAAATAAATAATTAATCAAAT-GTCA
1 ACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* *** * * * * * *
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65 TA-ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTT-CTTATTAATTTTTAA
* * * *
13655041 AATATTAATAAATTAATATTATTGTAATTTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
128 AATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTA
* ** * * *
13655105 TGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAAAGTCATAA-GATTTGAA
191 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *
13655169 CTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATGTTTTACTTATTAATTGTCTT--TATATTAATAA
256 CTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAA
*
13655232 ATTTGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
318 ATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAG-AA
* * * * *
13655274 AAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTTGAAA-AGATAATTG-TCGAAATAGT
1 ACAAT-TTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGT
* * * * * ** * ** *
13655337 CATAATTATTTAAAGTTATTTGACAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTG
63 CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTCTTATTAATTTTTA
* * * *
13655402 TAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTATATGAATTAAAATAAATT-TTT
127 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAA-CAATTGTTT
* * * *
13655465 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATCATGAC-ATTTG
189 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * ** * * * **
13655529 ATCTGGTTTAGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGGT-GAAATATTAATA
254 AACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-TTTCTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATA
* * *
13655593 AATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATGGAA
317 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * *
13655635 ACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAAGGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCA
1 ACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
*** * * * * *
13655700 TAACTATTTGAACCCATTTGATAAATAGATTTATTATTTAAATC---TCTTATTAATTTTTGAAA
65 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTCTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * * *
13655762 TATTAATAGAA-TAGTTTTACTTTATTCCAAACAAACTTATATAAACAAAA-ATATTTGTTTTAT
130 TATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAAAACA-A-TTGTTTTAT
* * * *
13655825 GACAAGACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGCA-
192 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * *
13655889 TTGGTTAGATAAATAGAA-TTA-TTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAA
257 TT-GTTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAA
* ** *
13655951 ATTCA-TTTTATTTTATTAAAAATAAG-TTAGTATGAATTGAAA
318 ATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGAATAG-AA
* * * *
13655993 AAAACTTATTTTATGAC--AACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTC
1 ACAA-TT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * ** *
13656056 TTAAATATTTGAA-TTGCTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTCA
64 ATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTCTTATTAATTTTTA
* * * * ** * * *
13656120 TAATATTATTAGATTAGTATTATTTCATTCTTACTAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTA
127 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
13656185 TGATAGAATAAAAGGTTATAACGAAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTACGACAAAATAA
191 TGACAAAACAAAAGGTCATAATG--A---T-T-TGAA-ATAGATAATTG--TT----C-AAAT--
* ** * * * * *
13656250 GAGGTTATAA-TGATTTG-ACTT-TTACTATTTAA-AAGTTTACAATTGTTGAAATAGT-TA-TA
239 -A-GTCATAACT-ATTTGAACTTGTT-C-GGTAAACAAATTT---ATTTTTTAAAT-TTCTACT-
* * * * * * *
13656309 TATTTGAATTAGTT-CAATA--AACAAATT--TATTTTTTAAATATTTTACTTATTAA--TT-TT
294 TA-TT-AATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT---TA-TTT-C-AAATAAGCTTGTA
13656366 TGAA-AGATTTA
350 TGAATAGA---A
* *** *** * * * * *
13656377 TA-AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGG-CTTGAATGA--T-AAA-AAACAATTGTT-ATAT-
1 -ACAATT--TTTTATGACAAAACAAA-AGGTCAT-AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *** * * * * * *
13656434 GACCA-AACAAAAGGCCATAATT-TTTGATAAACAGA-TAATTGTTTATATAGTCTTAATTGTT-
61 G-TCATAACTATTTG--A-ACTTGTTCGGTAAACAGATTTATT-TTT-TA-AATCTT--TTCTTA
* ** *** * * *
13656495 TAAACTACTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTTACATCTCTTAGTTATCAATTT-TTGGAATATTA
117 TTAA-T--TT----TTA-AAA--TA-----TTA-ATAAATTAG-TATTATTTTATTCGAA-A-TA
** * * **** * * * ** *
13656559 TTAAATTGATATTATTTTCTGCCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATAATTGA-
163 --AGCTTG-TATGA--ATAAAAC-AAT-TG-TTTTATG-AC-AAAACAA-AAGGTCATAA-TGAT
** ** * * * * * *
13656623 -ACAAA-AGGCTATAA-TGATTTGAACAG--ATAATTGTTCAAATAGAAACTAGTTTGGTAAATA
216 TTGAAATA-G--ATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATT----T-G-AACTTGTTCGGTAAACA
* *
13656683 AATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
271 AATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** *
13656747 TTTGAATAAGCTTGTATG-ATGAAAA
334 TTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAA
* * * ** * * * * * *
13656772 ACAATTGCTTTACGACAAAACAAAAGTTTGTAACAACTTGAAATAAATAATTGTTTAAATGGCCA
1 ACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* ** * * * * *
13656837 TAATTATTTGAAGC-AATTCGATAAACTA-ACTTATTTTTTAAATCTTTAACTTTTTACTTTTTT
65 TAACTATTTGAA-CTTGTTCGGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTTT-TCTTATTA-ATTTTT
* * * * * * *
13656900 GAAATGTTAATAAATTACTATTATTTTATTTCG-GATACA-CCTGTATGAACTGAAACAATCGTT
126 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATA-AGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTT
* * * * * * *
13656963 TCATAATAAAACAAAAGGTCATACT-TTTTATAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCCTAACTATT
188 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
*
13657027 TGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTCTTATTTATTAAATTTTT-GAATGA-T
252 TGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATTTC-TACTTATT-AATTTTTAGAAT-ATT
* * *
13657090 AATAACTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCATGTATGAACT-GAA
313 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAA
* * * * * * * * *
13657135 AAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGTTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCT
1 ACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * *
13657200 TAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA
65 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTCTTATTAATTTTTAAA
* * * * *
13657265 ATATTATTAATTTCA-TAATATTTTACTTTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
129 ATATTAATAAATT-AGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTA
* * * * *
13657328 TGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATGGATAATTGTTGAAATAGTCATAACAATTTG-A
191 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * * *
13657391 GTTGGTTTGATAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TCT-TTTATTAATTGTT-GAAATATTAAAAAA
256 CTT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA
* ** *
13657452 TTAGTATTACTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATAAATAGAA
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13657492 ATAATTTTTT-T-ACAAAACAATAAAATATCATAACTATTTGAAATAGATAATAGCTCAAATGGA
1 ACAATTTTTTATGACAAAAC---AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * **
13657555 CATGACTATTTGAACTTGTTCGATGAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTA
63 CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTCTTATTAATTTTTA
* * * **
13657620 GAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTCTTTCG-AATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
127 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCGAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTT
* * * * * * *
13657684 ATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAAAATTGTTTAAAGAGTCATAACTATTTAA
190 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
*** * * * * * * *
13657749 ACTCACTCGATAAATAGA-TT-TTTTTAAAATCTAT-TATTTATTAAATTTTA-AAAATTTAATA
255 ACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-T-TCTACTTATTAATTTTTAGAATA-TTAATA
* * *
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** * * *
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1 AC-AATTTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * *
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*
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* * *
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* * * * * *
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* ** *
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* ** * **
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* * **
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* *
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* * ** * * ** * *
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* * * ** *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * *
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** * * * * * ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* *** * * *
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** * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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*
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*
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* ** *
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128 AATTGTTCAAATAG
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* *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *** ***
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* * * ** *
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** * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** *
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* * * ** * *
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** ** * * * * * **
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* * * * * * ** **
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
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* *
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* * ** *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* ** * * ** *
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* * ** * *
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* * * * * * ** *
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1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
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** * * * ** **
13655126 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAAAGTCATAA-GATTTGAACTTGTTTGG
129 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTTAC
* * * *
13655178 TAAACATATTTATTTTTTAAATGTTTTACTTATTAATTGTCTT--TATATTAATAAATTTGTATT
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* ** * *
13655241 ATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
64 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
*** * * * *
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127 AATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTT-AC
* * * * * *
13655361 -AAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGTAATATTAATAATTTAGTATTAT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
13655425 TTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATTA-AAATAAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
66 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
* * * * * ** *
13655488 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATCATGAC-ATTTGATCTGGTTTAG
129 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTTAC
* * * **
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1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
13655605 TTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAATGGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAA-AGTCATAAG
66 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAAT
* * *
13655669 GATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCCATTTGA-
130 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTT-AC
* * * *
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1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTA
* * * * * * * * * * * *
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65 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAT
* * * *** *
13655846 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGCA-TTGGTTAGA
130 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTTA-C
* *
13655898 TAAATAGAA-TTA-TTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTT
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** * * * *
13655959 TATTTTATTAAAAATAAG-TTAGTATGAATTGAAAAAAACTTATTTTATGAC--AACAAAAGGTC
63 TATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGAATAG-AAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATC
* * * * * ***
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125 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-CATTTAC
* * * * * *
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* * * *
13656206 CGAAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTACGACAAAATAAGAGGTTATAA-TGATTTG-AC
129 TG--A---T-T-TGAA-ATAGATAATTG--TT----C-AAAT---A-GTCATAACT-ATTTGAAC
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174 TCATTTAC
* * * * * * * *
13656275 TATTTAA-AAGTTTACAATTGTTGAAATAGTTATATA-TT-TGAATTAGTT-CAATA--AACAAA
1 TA---AACAAATTT---ATTTTTTAAAT-CTT-T-TACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAA
* * * * * *
13656334 TT--TATTTTTTAAATATTTTACTTATTAA--TT-TTTGAA-AGATTTATA-AATTAGTATTATT
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** *** * * * * * * * ***
13656392 TTATTTCAAATAG-GCTTGAATGA--T-AAA-AAACAATTGTT-ATAT-GACCA-AACAAAAGGC
110 ACAAAACAAA-AGATCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTG-
* *
13656449 CATAAT-TTTTGA-
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* * * * * * * * ** * **
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* * ** * * ** * *
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* * * * *** * ** *
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* *
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* *
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* ** * * *
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* ** ** * * * * * * * *
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180 AC
* * * * * * *
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** * * * * * *
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* * * * ** ***
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* *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * ** **
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** * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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Statistics
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* *
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*
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* * * * * *
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** * ** * ** *
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*** * ** ** * * *
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** * * * ** *
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*
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* * * * ** * * * *
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* * * * * * *
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* *** * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * * * *
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** *
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* * * * * * ** *
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* * * * * * *
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* * ** ** *
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* * * * * * *
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*** * * * *
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*** * * * * * *
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* *** * * *
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** * * * * * *
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* ** ** * * *
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** * ** * * **
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698 TCCA-ACAAACTTATATTAACA
* ** * * * * *
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* * *
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** * * * * *
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* * * *
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* * ** *
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** * * * * * *
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* * * * * * * *
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*** * * * * *
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* ** * * * *
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** * * ** * *
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** * * * * * **
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* * * * * *
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* * * * *
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1 AAAAGCAAATGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * *** *
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* * ** * * **
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*** * * * * * *
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190 TATTTTATGA-TAAACAAAAGGTCAAAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACT
** * * * * *
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* * * * * ** * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * * * * *
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* * ** * * * * * *
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** * * *
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* * * **
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* * * * * *
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** * * * * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * ** * * * *
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* * ** * *
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*
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Statistics
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ACA
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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** * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * *
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** * ** * * * *
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* * *
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* * * * **
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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** * * * * * * * * ** *
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* * * * * **
13666160 TAATTGCCTT--AATATTACTAAGTTTGTATTATTTTGTT-TGAAATAAACC
131 TAATT--TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAATTC
** * * * * ** * *
13666209 TTATGAGCAGAAAAAATTCTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAAATAATTG
1 -TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * *
13666274 TTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTCTAGTAAAC-TGATTCATTTTTTAAATCTCTTTA-T
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTC-TTACT
* * * ** *
13666337 TATTAATTTTTGGATTTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCCAATAAGCTTA
128 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA--TTC
* *
13666391 TATGAACTA-AAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATA
1 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
13666447 AAAAATTATT
Statistics
Matches: 2868, Mismatches: 617, Indels: 313
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.00
171 3 0.00
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183 71 0.02
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTC
Found at i:13663447 original size:360 final size:355
Alignment explanation
Indices: 13659381--13662561 Score: 1850
Period size: 360 Copynumber: 8.8 Consensus size: 355
13659371 ACAAATTTAT
** * * *** *
13659381 TTAGTATTATTTTATTTTAACTAATCTTGTATGAATTCAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * *
13659446 GGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAA
66 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAA
* * * * *
13659511 CAAATCTA-TTTTAAACTTTTGCTTATTAATTTTT-GAATTATTAAGAAATTAGTATTATTTTAT
131 CATATTTATTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGGAA-TATTAATAAATTAGAATTATTTTAT
* * * * * * *
13659574 TTTGGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAATGGTCATAATGATTT
192 TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-TTAACGATTT
* * * * * * *
13659638 TAAATAAATAATTGTTCAAATTGTCATCACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTT
255 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTA-TTTTT
* * ** *
13659703 CAAATCATTTCCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAA
319 -AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * ** * * * *
13659741 TTTAG-ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAAATATTTTGTGACTAAACAA
1 -TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * ** ** ** * *
13659804 AAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTTTTAACTATTTGAA-TTGGCTCGAC
64 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-T
* * * **
13659868 AAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAAATTATGAAATATTATTAAATTAGTGTTAT
128 AAACATATTTA-TTTTTAAATCTCTTA-TTAATT---TT-TGGAATATTAATAAATTAGAATTAT
* * * * * *
13659932 TTT-TAATCGAATAAGTTTCTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-ATAGATCTTAAC
187 TTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-TTAAC
* * *
13659995 GATTT-AAGATTA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTT-AACTGGTTCAGTAAACATATTT
250 GATTTGAA-A-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTT
* ** * *
13660057 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGCAATATTAACATA
313 A-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * *
13660101 TTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAA
1 TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* ** * * * ** *
13660165 A-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT-GGCTATAATTATTTTAAC-TAATTCGAT
65 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTTAG-T
* * * *
13660227 AAAC-TGATTTATTTTTAAAGT-TTTATACTTATTATTTTAGTAAGTATTAATAAATTAGTATTA
128 AAACAT-ATTTATTTTTAAA-TCTCT-TA-TTA--ATTTTTGGAA-TATTAATAAATTAGAATTA
* * * * * * * *
13660290 TTTTA-ATCCATCTAAGCTTGTAT-TATCTGAAACAAATGTTTTATGACAAATCAAAAAGTTATA
186 TTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-TA
* * * * * * *
13660353 ACAATTTGAAATTGATAGTTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATCT
248 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTT
* ** *
13660418 AGTTTTTTAAATCTATTT-CTTGTTAATTTTTTGAATGTTAATAAA
313 A--TTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * ** ** *
13660463 TTAGGATTAGTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * *
13660527 GGTCAAAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACCATTTGAA-TTGATTCGATAA
66 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAA
* * * * *
13660591 ATA-ATTTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTA
130 ACATATTTATTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTA
* ** * * * ** *
13660655 ATAAGAACAAGCTTATATGAATA-AAA-AATT-TCTTTATGACAAAAGAAAAAGGTCACAATGAT
191 TTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT-TTTATGACAAAA-CAAAAGGT-TTAACGAT
* * * * * * ** ** *
13660717 TTGGAATATATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAACAATTAGATTTATTT
253 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACATATTTATTT
* ** * ** *
13660781 TTAAAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGGAATATTATTAAA
317 TT-AAATCTT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
** ** * * ** * * *
13660822 TTAGTATTATTTTATTATAAATAAAATAGTATGAATAGGACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * ** * * * *
13660887 AGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-AGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTAGTAAA
66 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAA
* ** ** **
13660951 CAGATTTACTTTCAAAATCTCTCACTGATTAATTTTCTAAAATATTAATAACGTA-ATATTATTT
131 CATATTTA-TTTTTAAATCTCT---T-ATTAATTTT-TGGAATATTAATAAATTAGA-ATTATTT
* * * * * * * ** * *
13661015 TATTTTGAACAAACTTATATTAACAAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAAGGAAAGGTCATAACAA
189 TATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-TTAACGA
* * * * * *
13661080 TTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAA-TTGATTTATT
252 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAT-ATTTA-T
** * * *
13661144 TTTTAAATCTCATAGTTATTAATTTTCAAAATATTACTAAA
315 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
** * **** * * *
13661185 TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAATTGCAACAATTTTTTTATGATAGAACAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * *
13661250 GGTTATAATAATTTTAAATAGAAAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAA
66 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAA
* * * * * * *
13661315 CAGATTTATTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTAATTTTG
131 CATATTTATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCG
* * * * * *
13661380 AATAAGCTTCTAT--ATTGAAAAGCAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTAATAACAATTCGAA
196 AATAAGCTTGTATGAATAG-AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-TTAACGATTTGAA
* * * * *
13661443 ATAG-TAGTTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGATTTAGTAAAC-TAATTTATTTTTTA
258 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAACAT-ATTTA-TTTTTA
* * * *
13661505 AATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATACA
320 AATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* **** * * * * *
13661541 --A-CATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTTTTTTATGACAAAACCAAA
1 TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
** *
13661603 GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTT-GATAA
66 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAA
* *
13661667 AAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-ACATTATTTTATT
130 ACATATTTA-TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATT
* * * * * * * * * * * *
13661731 CCAAACAAACTTATATGAACA-AAAAAATTTTTTTATGACAAAACCAAAGGTCATAATGATTTCA
193 TCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-TTAACGATTTGA
* * * * * * * * * *
13661795 AATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAATTATTAGAACTAG-TTATTTAAATAGAATTATTTTTTT
257 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA-GTAAACATATTTA-TTTTTA
* *
13661859 AA-C--AT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
320 AATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * * * * * * *
13661891 TT-TTTTTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATAAATTGAAAAA-AATTGGTTTATGACAAAAGAA
1 TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA--CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * ** *
13661954 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCA
64 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTA
* ** * * **
13662019 AACAGATTTAATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTATTATATTACTATTATTT
129 AACATATTT-ATTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATTT
* * * * * * *
13662084 TATTTCAAATAAGCTTGTGTGAATATAAATAATTTTTTTATGACATAACCAAAGGTTTATTTTTT
189 TATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG--------TT
* * * * **
13662149 AAATAATTC-ATTTGAAGTATA-AAAT-TTCAAATAGTCATAACGATTTGAA-TTGGTTCGGTAA
246 ---TAA--CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAA
* * * *
13662210 ATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATCAA
305 ACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * * * * * * *
13662262 GTAGTATTATTTTATTCTAAACAACCTTGTATGATA-AAAAACAGTTGTTATATGACTAAGCAAA
1 TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * *
13662326 AGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAGAT-GACCATATCTATTTGAGCTTG-TTCGAT
65 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-T
* * * *
13662389 AAACATATTTATTTTTTTTAAGTCTCTTGCTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTA
128 AAACATATTTA---TTTTTAA--ATC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTA
* * * * * **
13662454 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATAACTAAACAAATGGTCAGAA
186 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-TTAA
* * **
13662518 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAACTATTTGAA
249 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
13662562 TTGGTTCGAC
Statistics
Matches: 2220, Mismatches: 467, Indels: 263
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
350 25 0.01
351 1 0.00
352 23 0.01
353 245 0.11
354 110 0.05
355 2 0.00
356 76 0.03
357 103 0.05
358 107 0.05
359 279 0.13
360 284 0.13
361 134 0.06
362 213 0.10
363 187 0.08
364 125 0.06
365 24 0.01
366 3 0.00
367 38 0.02
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370 10 0.00
371 97 0.04
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374 2 0.00
375 2 0.00
376 1 0.00
377 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (355 bp):
TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAA
CATATTTATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCG
AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTTAACGATTTGAAATA
GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTAAATCTT
TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
Found at i:13666559 original size:146 final size:146
Alignment explanation
Indices: 13666318--13666591 Score: 379
Period size: 146 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146
13666308 AAACTGATTC
* * * * * * *
13666318 ATTTTTTAAATCTCTTTATTATTAATTTTTGGATTTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCCAA
1 ATTTTTAAAATCTCTTTATTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAA
* * *
13666383 TAAGCTTATATGAACTAAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAA
66 TAAGCTTATATAAACAAAAACAATTCTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAA
13666448 AAAATTATTGAAATTT
131 AAAATTATTGAAATTT
* * *
13666464 ATTTTTAAAAT-TTTTTAGTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTGGTATTTTTTTAATCCAA
1 ATTTTTAAAATCTCTTTA-TTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAA
* * * *
13666528 ATAAGCTTGTATAAACAAAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
65 ATAAGCTTATATAAACAAAAACAATTCTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAAT
13666592 TATGATTACT
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 17, Indels: 2
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
145 5 0.05
146 105 0.95
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (146 bp):
ATTTTTAAAATCTCTTTATTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAA
TAAGCTTATATAAACAAAAACAATTCTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAA
AAAATTATTGAAATTT
Found at i:13667126 original size:361 final size:355
Alignment explanation
Indices: 13666482--13669037 Score: 1742
Period size: 361 Copynumber: 7.1 Consensus size: 355
13666472 AATTTTTTAG
* * * * * * *
13666482 TTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTGGTATTTTTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAACAAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATAAA
* * * * * * *
13666547 AATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCAT-AATGATTTGAAAT-TATGATTACTCAAATAGT
66 AACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTAAATAGT
* * * * ***
13666610 CATAACTATTTAAACTAGTTTGATAAATAAAGTTATTTTTTAAATC-TT--TTATTAACATTCAA
129 CATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAA-TTTTTG
* * * * * * * * *
13666672 AATACTAATAGAA-AAGTATTACTTTATTGCAAAAAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTA
193 AATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * * *
13666736 TGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATGATAATTATTTGAA
257 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
*
13666801 CTGGTTAAGTAAACAGAATTATTTTTTAAA-TCAC
322 CTAGTTAAGTAAACA-AATTATTTTTTAAATTCAC
* *
13666835 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTGA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAA-T-A
* * * *
13666900 AAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTATTTGAAATAGATAATTGTTATAT
64 AAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCAT-A-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAT
* * * * * *
13666965 AGTCTTAAATATTTTAACTAGTTTGGCAAATAAATTTATTTTTTAATTCTTTAGTTATTAATTTT
126 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTT
* * * * *
13667030 TGGAATATTATTAGATTAGTAATATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTT
191 T-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * * ** * * *
13667095 TATGACAATACAAAAGGTTATAAGGATTTGAAGTTTACAATTGTTTTAAATAGTCATAACTA-TT
255 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAATTATTT
* * * * *
13667159 GAGCTAGTTCAGTAAATAAGTTTATTTTTTAAATCTCTTAG
319 GAACTAGTTAAGTAAACAA-ATTATTTTTTAAAT-TC--AC
* * * * * *
13667200 TTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGATTGAATG-TTCAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAAT-AA
* * * * * * *
13667264 ATATAATTGTTATATGATCAAACAAAAA-GTAAT-AATGATTTGAAATAGATAACTGTTAGCATG
65 AAACAATTGTTTTATGA-CAAA-AAAAAGGTCATAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTA-AATA
* * * * * * * * * * *
13667327 GCCATAATTGTTT-AAATTGATTCGATAAATAAGTTTACTATTTAAATCACTTACTTATTAATTT
127 GTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAA-TT
* * **
13667391 TTTGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT
189 TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* * * * * *
13667456 TTATGACAAAACAAAAGGTCTTAATGATTTGAAATAGATAGTTGTTCATATAGTCTTAATTGTTT
254 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT
* * * *
13667521 GAACTATTTCAA-CAAACATATTAATTTTTTAAATCTCTTAG
319 GAACTAGTT-AAGTAAACAAATT-ATTTTTTAAAT-TC--AC
* * *
13667562 TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGTTTA-TATGAACT-
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG-CTAGTATGAA-TA
* * * * * * * *
13667625 ACAATAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTAT-AATAATTTGAAATAGATAATTG-----T--
64 AAAACAATTGTTTTATGACA-AAAAAAAGGTCATAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAATAG
* * *
13667682 TCA-AA-TA--GGAACTGGTTTAGG-AAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTT
128 TCATAACTATTTGAACTAGTTT-GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTT
* * * * ** * *
13667742 TGAAATAGTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATGATGAAAAATAATTATTT
191 TG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
* * ** * * * * *
13667807 TATAACAAAACAAAAGTTTGTAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCAAAATTATTTG
255 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG
* * * * * *
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* * * ** **** *
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* * * * * ** * *
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** * * * * * * **
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* * * ** *
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* * * **
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* * * * *
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* * * * * * * * ** * * *
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* *
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* * ** * * *
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** * * * * ** * **
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* * * * * * * *
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* * *
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* ** * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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* * **
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* * * * * * * **
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* * ** * * *
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* * * * * *
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* * * **
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* * * * *
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** * ** * * **
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* * * * * * * * *
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** * ** * *
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* * * * * *
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* * *
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* *
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* * * * *
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* * ** *
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* * * *
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*
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*
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** ** * * *
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* * * *
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** * *
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*
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* * * *
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* * * *
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** * * **
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* * * * * *
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* *** * * * *
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* **
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** * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* *
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*
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * *
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257 TAAAATAATACAAATTTATTAATATT--AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAACTAAATCTG
* * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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*
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* * * *
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** * * * **
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* * * * * **
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** * *** * *
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* * * **
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* * * * * *
13671041 TTTATTTTGTCATAAAACAAGTGTTTCCT-TTCATACAAGGTTATTC-TATTCAAATAATACTAC
383 TTTTTTTTGTCATAAAACAATTATTT-CTATTCATACAAGGTTATTCGAATTAAAATAATACTAA
* * * * * *
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447 TTTATA-AACATTTCGAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATATATTTACC-AAAC
* * * *
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508 AAGTTCAAATAGTCATGAATATTAGAAT
* * * * * *
13671194 AATTATCTATTTCAAATTGTTTTAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAC
* * * **
13671258 AAGCTTA-TTAAGAATAAAATAATACTTATTTATTAACATTCAAAAATATTAATGAGCAAGAGAT
65 AAGCTTATTTAA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA-ATTAAT-AATAAGAGAT
* * * *
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127 TTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAATTCAAATA-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * ** *
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* * * * *
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* * * * * ** *
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316 -TCTGTTTACTGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATATATTTAT-TCAAAT-TTT
* * * * * * *
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378 AT-AACTTTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAT-TCATACAAGGTTATTCGA-ATTAAAA-T
* * *** * * *** *
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* * * * * *
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* * * * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAC
* * * * * * * * *
13671778 AA--TTACTT-CAGT----TCATACTAATTTATTGACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTT
65 AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-TAAGAGATTT
* * * * * *
13671836 GAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAATTCAAATATTTATGACTCTTTCAACAATTATCTATTT
129 -AAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* *
13671901 AAAATCATTATGACCATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTTAGTTCATA-AAAGCTTATTC
193 -AAAT-ATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATATAAA-CTTATTT
** * * * ** *
13671964 AAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAGGAGATTTAAAAAATAAA
253 TGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAACTAAA
** * * * * * * * * * * * *
13672029 TCAATTTAATGAATCAATTCAAATAATCATGGCCATTTAAACAAT-TATCTATTTTAAATCATTA
316 TCTGTTTACTGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATATATTTA-TTCAAAT-TTTA
* * * * * * * * *
13672093 TTACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTTTTCTAAATAAAATAAT
379 -TAACTTTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAGGTTATTCGAATTAAAATAAT
* * * * * ****
13672157 ACTAATTTATTAATATTTC-AAGAATTAATAAG----AGATTTAAAAAAAAAATCTGTTTGTTGA
442 ACTAATTTATAAACATTTCGAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAA
* * * * ** * *
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506 ACAAGTTCAAATAGTCATGAATATTAGAAT
* ** * * ***
13672247 AATTATCTATTTCAAA-CTGTTAT-AACCATTGTTCTATCATAAAAAAATTGTTTTTGTTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATC-GTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAC
* * *
13672310 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAACTATA-AGATT
65 AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-TA-AGAGATT
13672374 TAAAAAATAAAT
128 TAAAAAATAAAT
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TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAACTTATTTTGAATAAA
ATAATACAAATTTATTAATATTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACT
GAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATATATTTATTCAAATTTTATAACTTTTTTTT
GTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGGTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTATAAAC
ATTTCGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
CATGAATATTAGAAT
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * ** * *
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* * *
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** * * * * * * *
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* * * * * *** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * **
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCT-AT
* * * *
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* * * ** **
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* * * ** * *
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1 TGAACAATTA-TCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTAT
* * * * * *** * *
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* ** * *
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* * * * * * * ** *
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1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTC
* * * * *
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* * ** * * *
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* * **
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1 TGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATT
* * * * * *
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* * *
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* * *
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1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATT-TTTTCTAT
* * * * * *
13670533 TCATAAAAGCTTTTTTGAAATAAAATAAGAATAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAA-CTAA
64 TCATACAAGCTTATTT-AGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGC-AA
* * * * *
13670597 AAGATTTTAAAAATAAATTTATTTAC-CAAGCAAGTTCAAATAGATATGACTATT
127 GAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * *
13670651 AGAATC-ATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
1 TGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATT
** * * * * ***
13670715 CATACAATTTTATTTGAAATGAAATAATACTAATTTATTAGTATTCTAAAAATTAATAAGTTTGA
65 CATACAAGCTTATTT-AGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGA
* ** * * *
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129 GATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
** * * *
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1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATT
* ** * * * *****
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* *
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* * * * * * * *
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1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTTTTTCTATT
* * * * * * * * *
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* * *
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* ** * * * * * *
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* * * * *
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* * ** *
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* * * *
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* * * * ** *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * *
13671614 CATACTAGTTTATTTAGATAAAATTAATACTAATTTAATAATATGCTTATAACTAAT----AAGA
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* *** * * * *
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* ** * * * * ** * **
13671727 AGAGTAATTATCTATTTCAAATCATTTTTACCTTTTATTTAGTCATCTAATAATTACTTC-AGTT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-TT
* * * * ** * *
13671791 CATACTAA-TTTATTGACATTCAAAA-AATTAATAA-GCATGAGAT-TT--GAAAA--AATAA--
65 CATAC-AAGCTTATTTAGA-T-AAAATAA-TACTAATTTATTA-ATATTCCAAAAATTAATAAGC
*** * * *
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125 AAGAGATT--TAAA-AAA-TAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATT
* * * *
13671892 T-ATC---TA--T-TT-AAAATCATTATGACCATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-T
* * * * * ** *
13671948 TCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAGG
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* * * * *
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128 AGATTTAAAAAATAAAT-ATATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * *
13672066 TAAACAATTATCTATTTTAAATCATTATTACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TCA-
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCT-AT
* * * * *
13672128 ACATACAAGCTTTTTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAAT----AAG
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* * * ** * * * *
13672189 AGATTTAAAAAAAAAATCTGTTTGTTGATCTAGTACAAATAGTTATGGCTATT
128 AGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * *
13672242 TGAACAATTATCTATTTCAAA-CTGTTATAACC-ATTGTTCTATCATAAAAAAATTGTTTT-TGT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTAT
* * * *
13672304 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAA-CTAT
64 TCATACAAGCTTATTT-AGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGC-A-
* * * *
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Statistics
Matches: 2485, Mismatches: 538, Indels: 338
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Matches are distributed among these distances:
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* * * ** *
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* * * * * * *
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* * * *
13671920 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATA
123 TGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTTTTCAAAATAAAATA
* *
13671975 ATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTAATG
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* * * * *
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* *** *
13672105 TGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTTTTCTAAATAAAATA
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* ** **
13672155 ATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAA-GAGATTTAAAAAAAAAATCTGTTTGTTG-AT
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* * * * * * *
13672218 CTAGTACAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-CTGTTATAACCATTGTTCT
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* *
13672282 ATCATAAAAAAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATA
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* *
13672331 ATAATAATTTAGTAATA-TTCTAAAAATTAATAA
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13672364 CTATAAGATT
Statistics
Matches: 330, Mismatches: 50, Indels: 25
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
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CATAAAAAAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTTTTCAAAATAAAATA
Found at i:13673389 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13673005--13674525 Score: 1020
Period size: 181 Copynumber: 8.5 Consensus size: 180
13672995 CGCAACAAAA
* * * ** * ** *
13673005 ACTATATGAAAAATTATTTATTTCAAATTGTTATAAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
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* * * ** * * * * *
13673070 -AAGCTCATAGAAGCTTATTCGGATTAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT--T-A
66 CTA-TTCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAA
* * * * ** * * * * *
13673131 -TAAGAGACTTAGAAAATAATTCTACTTATGAAACTAGTTCAAACAATTATA
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* * * **
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* * * * * * * * *
13673247 TTGTTAATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTACTTAG
66 CTATTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG
* * * * *
13673312 TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTACTTACTAAACCATTTTAAATAGTTTTG
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATG
* * * * * *
13673363 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTTTCATCAAATAATTGGTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * ** * * * ** * *
13673428 CTATTTATACTATTTTATTTTAAATAAAATAATGCAAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAAC
66 CTATTCATACAAGCTTA-TTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG
* * ** * * * * **
13673493 CAAGAAAACTAAAAAATAAATCTAATTGCCAAACCA-ATTCAA-AGTTAAA
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATG
* * * * * *
13673542 ACTATATAAATGATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * *
13673607 -TATTTTTACAAGCTTATTCATATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTAAAAAACTAATAA
66 CTATTCATACAAGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTAAAAAATTAATAA
* * * *
13673670 GTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTCTACCAAATCA-TTTCAAATGGTTAAG
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGT-TACCAAACCAGTTT-AAATAGTTATG
* * ** * * * * *
13673722 ACTATTAGAATAATTATGTGCTTCAAATCGTTTTGACCATTT-TTTAGTCATAAAACAATTATTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
13673786 CAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTCAAAAAAATTAATTA
66 CTATTCATACAAGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAA
* * * * ** *
13673851 GCAAGAGATTTTAAAAATAAAT-TTGTATGCCAAATGAGTTGAAATAGATT-TG
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGT-TACCAAACCAGTTTAAATAG-TTATG
* *
13673903 ATTATTTGAATAATTATCTATTT-AAAGCTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * *
13673967 TCAATTCATAAAAACTTATCTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAT
65 TCTATTCATACAAGCTTAT-TTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAA
* * * * * ** *
13674032 GTAAGAGATTTAAAAACTAAAGCCATTTTCTGAACCACTTTAAATAGTTATG
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATG
* ** * * * * * * * *
13674084 ATTATTTGAGCAAATATCAATCTCAAATTATTATGATC-TTTGTTTTCTAATAAAACAATTATTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * ** *
13674148 TTTTATCATAAAAGCTTATTTAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGATAA-T--TAA
66 CTAT-TCATACAAGCTTATTTAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAA
* ** * *** *
13674210 -TAAGAGATTCAAAAAATAAAT-GGGTTGGCCAATTTAGTTTAAATAGTTAAG
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTT-ACCAAACCAGTTTAAATAGTTATG
* * * * * * * * *
13674261 ACTATTAGATTAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACTTTTTGTTTAGTCATATAATAATTATTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
13674326 C-AGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTGACATTCAAAAAATTAATAA
66 CTA-TTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAA
* * * * * * * *
13674390 GCAAAAAAATTGAAACAATAAATCT-GTTTACCAAACAAGTTCAAATTGTTATG
129 G-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAG-TTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATG
* * * * *
13674443 ACTTTTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* *
13674508 -TAGTTTATAAAAGCTTAT
66 CTA-TTCATACAAGCTTAT
13674526 CCAAATTGTT
Statistics
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0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
CTATTCATACAAGCTTATTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGT
AAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATG
Found at i:13674017 original size:540 final size:534
Alignment explanation
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Period size: 540 Copynumber: 2.3 Consensus size: 534
13673259 GTTTGTTTGA
* * * *
13673269 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTACTTAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATTAGCAAGAGATTTAAAAA-TAAAT-
** * * * * * *
13673334 TACTTACTAAACCATTTTAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATA
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* * * * * * ** ** * * *
13673398 ACCTTTTATTTTTTCATCAAATAATTGGTTCTATTTATACTATTTTATTTTAAATAAAATAATGC
126 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATAAAAACTTATCTAAAATAAAATAATAC
** * * *
13673463 AAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAACTAAAAAATAAATCTAATTGCCAAACC
191 AAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAAAACTAAAAAATAAAGCCAATTGCCAAACC
* ** * * * *
13673528 A-ATTCAA-AGTTAAAACTATATAAATGATTAT-ATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTG
256 ACATTAAATAGTTAAAACTATATAAACAAATATCA-ATCTCAAATCATTATGACC-TTTCTTTTC
* * * * * *
13673590 TCATAAAACAATTGTTTTATTT-T-TACAAGCTTATTCATATTAAAATAATACTAATTTCATAAT
319 TAATAAAACAATTATTTT-TTTATATAAAAGCTTATTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAAT
* ** *
13673653 ATTTAAAAAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTCT-ACCAAATCA-TTTCAAATG
383 ATTTAAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTCAAAAAATAAATGGGT-TGACCAAATCAGTTT-AAATA
* *
13673716 GTTAAGACTATTAGAATAATTATGTGCTTCAAATCGTTTTGACCATTT-TTTAGTCATAAAACAA
442 GTTAAGACTATTAGAATAATTATCTACTTCAAATCGTTTTGACCATTTGTTTAGTCATAAAACAA
13673780 TTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTAG
507 TTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTAG
*
13673808 AATAAAATAACACTAATTTATTAATATTCAAAAAAATTAATTAGCAAGAGATTTTAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAAATTAATTAGCAAGAGA-TTTAAAAATAAAT
* ** *
13673873 TTGTATGCCAAATGAGTTGAAATAGATTTGATTATTTGAATAATTATCTATTTAAAGCTATTATG
64 TTGT-TACCAAACAAGTTCAAATAG-TTTGATTATTTGAATAATTATCTATTTAAA-CTATTATG
*
13673938 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCTAAAATAAAATAATAC
126 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATAAAAACTTATCTAAAATAAAATAATAC
* * * *** * ** * * * **
13674003 TACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGCCATTTTCTGAACC
191 AAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAAAACTAAAAAATAAAGCCAATTGCCAAACC
* ** * * * * * * *
13674068 ACTTTAAATAGTTATGATTATTTGAGCAAATATCAATCTCAAATTATTATGATCTTTGTTTTCTA
256 ACATTAAATAGTTAAAACTATATAAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGACCTTTCTTTTCTA
*
13674133 ATAAAACAATTATTTTTTTATCATAAAAGCTTATTTAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATAT
321 ATAAAACAATTATTTTTTTAT-ATAAAAGCTTATTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATAT
** * * * *
13674198 TTTGATAATTAATAAGAGATTCAAAAAATAAATGGGTTGGCCAATTTAGTTTAAATAGTTAAGAC
385 TTAAAAAATTAATAAGAGATTCAAAAAATAAATGGGTTGACCAAATCAGTTTAAATAGTTAAGAC
* * ** * *
13674263 TATTAGATTAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACTTTTTGTTTAGTCATATAATAATTATTTCA
450 TATTAGAATAATTATCTACTTCAAATCGTTTTGACCATTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCA
* *
13674328 GTTCATACAAGCTTATTTGG
515 ATTCATACAAGCTTATTTAG
* * * * * * *
13674348 ATTAAAATAATACTAATTTATTGACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAAATTGAAACAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATTAGC-AAGAGATTTAAA-AATAAAT
* * * * *
13674413 CTGTTTACCAAACAAGTTCAAATTGTTATGACTT-TTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTAT
64 TTG-TTACCAAACAAGTTCAAATAGTT-TGA-TTATTTGAATAATTATCTATTTAAACT-ATTAT
* * * *
13674477 GACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTATAAAAGCTTATC
125 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATAAAAACTTATC
13674527 CAAATTGTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (534 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATTAGCAAGAGATTTAAAAATAAATTT
GTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTGATTATTTGAATAATTATCTATTTAAACTATTATGACCTT
TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTTATAAAAACTTATCTAAAATAAAATAATACAAATT
TAATAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAAAACTAAAAAATAAAGCCAATTGCCAAACCACATT
AAATAGTTAAAACTATATAAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGACCTTTCTTTTCTAATAAA
ACAATTATTTTTTTATATAAAAGCTTATTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAA
AATTAATAAGAGATTCAAAAAATAAATGGGTTGACCAAATCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAG
AATAATTATCTACTTCAAATCGTTTTGACCATTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCAT
ACAAGCTTATTTAG
Found at i:13674878 original size:181 final size:178
Alignment explanation
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13674569 AAACTCATAA
* * * * * *
13674579 AAGCTTATTTAGAATAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT--T-A-TAAGAGACTT
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * ** * *
13674640 AGAAAATAATTCTACTTACAAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGCATAATTATCTATTTC
65 AAAAAATAAATCTGTTTAC-AAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* *
13674705 AAATCATTATTACTTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATAT
129 AAATCATTATAACTTTT-ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATAC
* * * *
13674756 AAGTTTGTTCAAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATTAGTAAGAGATTT
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * * *
13674821 AAAAAGTAAATTTGCTTGACAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAGTAATTATCTATTTC
65 AAAAAATAAATCTG-TTTACAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * *
13674886 AAATCATTATAACTTTTTATTTTGTCATCAAATAATTTGTTCTAT-TT-ATAC
129 AAATCATTATAAC-TTTTATTTTGTCATAAAACAA-TTGTT-TTTGTTAATAC
** * * * * * * **** ** *
13674937 AATTTTATTCGAAATAAAATAATGCAAATTTAATATTATTCCAAAGCCAAATAACCAAGAAAATT
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAG-AGATT
* * * * * * * *
13675002 AAAAAAAATAAATCTAATTGT-CGAACCAATTCAAATAATTAAAACTATATAAATGATTATCTAT
64 -TAAAAAATAAATCT-GTT-TACAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTAT
** * * **
13675066 TTCAAATTGTTATGACATTTTCTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTTGTAC
126 TTCAAATCATTATAAC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATAC
* * * *
13675119 AAGCTTATTCATATTCAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTAAAAA--ACTAA-TAAGAGATTT
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * ** ** * ** * * * *
13675180 AAAAAATAAATTTGTCTACTGATAATTTCAAATTGTTAAAACTATTAGAATAATTATATACTTCA
65 AAAAAATAAATCTGTTTACAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * ** * * * * *** *
13675245 AATCGTTTTGTCCATTT-TTTAGTCAAAAAATAATTGTTTCAATTCATAC
130 AATCATTAT-AACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATAC
* * * *
13675294 AAGCTTATTGAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * * * *
13675359 AAAAAATAAATCTATTTTTCAAACAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTATTTA
65 AAAAAATAAATCT-GTTTACAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTC
** * * * **
13675424 AAATTGTCATAACCCTTTAATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATAC
129 AAATCATTATAA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATAC
* ** * * *
13675475 AAGCTTAGAT-GGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAAATT
1 AAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* ** * ** *
13675539 TAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATT
64 T-AAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATT
* * *
13675604 TCAAATCACTATGAGCTTTTATTTTGTCATGAAACAATTGTTTTT-TTATCATAC
127 TCAAATCATTAT-AACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTA--ATAC
** * * *
13675658 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAACAGATTT
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * *
13675723 AAACAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCAATCTA
65 AAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTC
** * * * * ** * *
13675788 AAATTGTTA-AAATCTTCATTTTGTCATAACACAATTGTTTCTAATCATAG
129 AAATCATTATAACT-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATAC
* * * * * *
13675838 AAGCCTATTC-AATTAAAAATAATACTAATTTAATAATGTTTCAAAATT--TAA-TAAGAGACTT
1 AAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * ** * * * * * * *
13675899 AAAAAATAAATATATTTGTTACATCAGTTTAAATAGTTAAAACAATTAGAATAATTATCTATTTC
65 AAAAAATAAATCTGTTT-ACAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTC
** * * * * *
13675964 AAATTGTTCA-AACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATGTCT--TAC
129 AAATCATT-ATAA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGT-TAATAC
** * * * * * *
13676015 AAGCTTATGT-GGAATAAAATAA-ACCAAATTTATGAACATTTGGAAAATTAATAAGCAAAAGAT
1 AAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * * *
13676078 TTAAAAAAATAATTCTTTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG-ATCAATTAT-TT
63 TT-AAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAAT-AATTATCTA
* ** * * * ** *** * *
13676141 TTGTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTACTTCAATTCATAA
125 TT-TCAAATCATTAT-AACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATAC
* * * ** * * * *
13676197 AAGCTTATCCAAAATAAAA-AA-A--AATTTAATAAGA---AGGAGTTGAA-AA-AAATAAATTT
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATT-AATAAGTAAGAGATTT
**** ** *** * * * * * *
13676253 TTTTACCAAA-CAAATT-CAGA-TAGTT-ACGATTATT-TGAAC-AATTG--T--CTA--T-TT-
65 AAAAAATAAATCTGTTTACAAACCAGTTCA-AATAATTAT-AACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * * * *
13676304 AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAT
128 CAAATCATTAT-AACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATAC
* *
13676356 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT----GATTT
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * ** * ** * *
13676417 AAAAAGTGAATCTATTTACCAAATTAATTCAAATAATTAT-GGTCATTTCAACAATTATCTATTT
65 AAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACCAGTTCAAATAATTATAACT-ATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * * * *
13676481 CCAACCATTATCACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTT-TATCATAC
128 CAAATCATTAT-AACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT-TAATAC
** * *
13676533 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * * * *
13676598 AAAAAATGAATCTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTCTATACTTC
65 AAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * * * *
13676663 AAATCATTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAC
129 AAATCATTATAA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATAC
* ** * * ** * * *
13676714 AAGATTATTTGAAATAAAACAATACTAATCTAACAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGGGATTT
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * *
13676779 AAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATATGAACAATTATCTAATT
65 AAAAAATAAATCTGTTT-ACAAACCAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTT
** * * * *** * *** *
13676843 CAAATTGTTTTGACCCTTTGCCTTGTCATAAAAGAATT-TTCTCAATTCATAC
128 CAAATCATTAT-AACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT-TTTGTTAATAC
** *** * *
13676895 TGGCTTATTTGGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * * *
13676956 AAAAAATAATTCTATTTACCTAATCTGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTC
65 AAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
13677021 AAATCATTATTACTTTTTTTTTGTCACAAAATAAATATTTTTGTTCATAT
129 AAATCATTATAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATAC
* * * * * *
13677071 AAGTTTATACAGAATAAAGTAATATTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTT
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * **
13677132 AAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTA-CTTATTT
65 AAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATC-TATTT
** * *
13677196 CAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTT
128 CAAATCATTATAAC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
13677238 CTATTTATAC
Statistics
Matches: 1873, Mismatches: 497, Indels: 224
0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
159 61 0.03
160 2 0.00
161 2 0.00
162 1 0.00
163 12 0.01
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Consensus pattern (178 bp):
AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
AAAAATAAATCTGTTTACAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
ATCATTATAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATAC
Found at i:13676123 original size:358 final size:351
Alignment explanation
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13675125 ATTCATATTC
* * **
13675135 AAATAATACTAATTTCATAATATTTAAAAAACTAATAAGAGATTTAAAAAAT--A-A-ATTTGTC
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* * * * * * * *
13675196 TACTGATAATTTCAAATTGTTAAAACTATTAGAATAATTATATACTTCAAATCGTTTTGTCCATT
65 TAC--ATAGTTT-AAATAGTTAAAACAATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCG-TTAGACCTTT
* *
13675261 TTTTAGTCAAAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTGAAAATAAATTAATACTAATTTA
126 TTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTG-AAATAAAATAATACTAATTTA
*
13675326 TTAACATTTGAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTT-TCAAACAAGTTCA
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* * * * * * *
13675390 AATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTCATAACCCTTTAATTTGTCATAAA
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* * *
13675455 ACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGATGGAATA
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* * * * *
13675491 AAATAATAATAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAATAAATTTGT
1 AAATAATACTAATTTAATAATATTT-CAAAATT--TAA-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATATAT
*** * * * *** * * ** *
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* * * **
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124 TTT-TTTAGTCATAAAATAATTG-TTTCAT-TCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* *
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1 AAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAATTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTGTT
* *
13675919 ACATCAGTTTAAATAGTTAAAACAATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCAAACCTTTTGT
66 ACAT-AGTTTAAATAGTTAAAACAATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT-AGACCTTTT-T
* * * *
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128 TTAGTCATAAAATAATTGTTTCAT-TCATACAAGCTTAT-TGAAATAAAATAATA-CTAATTTAT
* * * *
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190 TAACATTTGAAAAATTAATAAG-AAAAGATTT-AAAAAATAAATCTTTTTACCAAACAAGTTCAA
* *** * * * *** *
13676113 ATAGTTATGACTATTTGATCAATTATTTTTGTAAAATTGTTAT-GACCTTTTGTTTTGACATAAA
253 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTAAAATTGTCATAAACC-TTCAATTTGTCATAAA
** * * * *
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317 ACAATTGTTTCAGA-TAATACAAGCCTAATGCAATA
* *
13676208 AAAT-A-A--AA---AA-AA-ATTT---AA--TAAGAAG-GAGTTGAAAAAAATAAAT-T-TTT-
1 AAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAATTTAATAAGAGA-TT-TAAAAAATAAATATATTTG
* * * * ** ** * * * * *
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64 TTA-C--A-TAGTTTAAATAGTTAAAACAATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA-GACCT
* * * * *
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124 TTT-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAAT
* ** * * * * *
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* * * * * ** *** * * ***
13676446 CAAATAATTATG-GTCATTTCAACAATTATCTATTTCCAACCATTAT-CACCTTTTGTTTGGTCA
250 CAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCAATCTAAAATTGTCATAAACCTTCAATTT-GTCA
* *** * * * *
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* * * * * *
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1 AAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAATT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATATT
* * * ** * * * * * * * *
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* * * * *
13676678 TTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGATTATTTGAAATAAAACAATACTAAT
124 TTTTTTA-GTCATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAAT
* ** * ** * ** * *
13676743 CTAACAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGGGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTGCCAAACTAGT
186 TTATTAACATTTGAAAAATTAATAA-GAAAAGATTTAAAAAATAAATCTT-TTTACCAAACAAGT
* * * ** * * ****
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249 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-AATCTAAAATTGTCATAAACCTTCAATTTGTCA
* * ** * * *
13676871 TAAAAGAATT-TTCTCA-ATTCATACTGGCTTATTTGGAATA
313 TAAAACAATTGTT-TCAGA-TAATACAAGCCTA-ATGCAATA
* * * * * * **
13676911 AAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACC
1 AAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAATTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTT-GT
* * * ** * * * * * * *
13676976 TA-ATCTGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATTACTTTTTT
65 TACAT-AGTTTAAATAGTTAAAACAATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA-GACCTTTTT
* * ** * * ** * * *
13677040 TTTGTCACAAAATAAATAT-TTTTGTTCATATAAGTTTATACAGAATAAAGTAATATTAATCTAT
128 TTAGTCATAAAAT-AAT-TGTTTCATTCATACAAGCTTATTGA-AATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
13677104 TAATATTTCAAAAATTAATAAG---TGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAA-TTCAAA
190 TAACATTTGAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCAAAC-AAGTTCAAA
*
13677165 TAGTTATGACTATTTGAGCAATTA
254 TAGTTATGACTATTTGAACAATTA
13677189 CTTATTTCAA
Statistics
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ACATAGTTTAAATAGTTAAAACAATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAGACCTTTTTTTA
GTCATAAAATAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACAT
TTGAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
GACTATTTGAACAATTATCAATCTAAAATTGTCATAAACCTTCAATTTGTCATAAAACAATTGTT
TCAGATAATACAAGCCTAATGCAATA
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13676070 CAAAAGATTT
* * * * *
13676080 AAAAAAATAATTCTTTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATTTTTGT
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**
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131 ATAAAAAAAAATTTAATAAGAAGGAGTTG
* * *
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1 AAAAAAAT-AATTCTTTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTACGACTATTTGAACAATTAT-TATT
* * ** * * * *
13676303 -TAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCA
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129 AAATAAAA
13676375 TAATTCTAAT
Statistics
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AAAAAAATAATTCTTTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTACGACTATTTGAACAATTATTATTGT
AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTACTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAA
ATAAAAAAAAATTTAATAAGAAGGAGTTG
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13677189 CTTATTTCAA
13677199 ATTGTTATGACTTTTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTTATAC
1 ATTGTTATGACTTTTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTTATAC
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1 ATTGTTATGACTTTTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTTATAC
13677297 AT
1 AT
13677299 ACTTATTTGG
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
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ATTGTTATGACTTTTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTTATAC
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13677873 AAAAAATATG
* *
13677883 TTTATCCAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTTAAATCATTGCAACC
1 TTTATCCAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTTAAAACATTACAACC
* * *
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66 TTTTGTTTTGTAATAAAACAATTTG-TTCAATTCAT-TCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-T
*
13678011 -AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGTAAGAGAATTAAAAAAATAAATCTA
128 AAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAAAAGTAA-A-AATTAAAAAAATAAATCTA
* * **
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* *
13678127 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTGTTCTATTCATTCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATA
64 CCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTTGTTCAATTCATTCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATA
* ** ** *
13678192 AATTTATTAATGTTCCAAAAATTAATGAGTAAAAATTTTAAAAATAAATTTA
129 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAAAAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATCTA
13678244 TTTA
1 TTTA
13678248 AAAATTAATG
Statistics
Matches: 160, Mismatches: 18, Indels: 13
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Matches are distributed among these distances:
179 20 0.12
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTTATCCAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTTAAAACATTACAACC
TTTTGTTTTGTAATAAAACAATTTGTTCAATTCATTCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAA
TTTATTAATATTCCAAAAATTAAAAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATCTA
Found at i:13679008 original size:181 final size:180
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13678288 AAATATTCAG
* *
13678298 AATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAG--A-A-ATTTAAAAATTAAATC
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* * * * * *
13678359 TCTCTA-CTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAAT-GTTATG
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* * * * *
13678422 ATC-TTTATTTTATCCTAAAAC-ATT-TAATTTCTATTCA-ACAAGCTTATTCCG-
129 AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTTC-A-TCATACAAGCTTATT-CGA
* * * * * * *
13678473 AGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAACA-T--TAA-TAAG-GATTTAAAAAATAAATG
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * *
13678533 TGTTT-GCTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATGATATATTTTAAATCATTTTG
65 TATTTATC-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * *
13678597 ACCATTTGTTTAGTCATAAAATAATTG--CTTCAACTCATACATGCTTATTGGA
129 AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGCTTATTCGA
* * * * * *
13678649 AATAAAATAATACTAGTTTATTAACATTCAAAAAATT-AT---TAAGA-AATTAGAAAA-AAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* ** * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
13678824 AATAAAATAATATTACTTTATTAATATTATAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * ** * * * * *
13678889 AATTTATCAAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAATTATCTGTTTCAAATCATTATGA
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* *
13678954 ACTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCATATTCGA
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* *
13679005 AATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAACAGATTT-AAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * **
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* ** * ** * *
13679130 ACCTTATGTTTTGTCATAAAACAATTAATTCTGTTCATACAAGCTTATTGGG
130 A-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCGA
* ** ** * * *
13679182 AATAAAAGAATACTAATGCAACAATATTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * * * **
13679247 TATTTGTTGAGCCAATTCAAAAAGTTAAGGCTATATGAACAATTTTTTATTTCAAATTGTTATGA
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* * * *
13679312 CCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATT-TTTTT-AGTTCTTACTAA-CTTATTTGA
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* * *
13679363 AATAAAATAAAACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAT-
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * *
13679426 TATGTTTTCCAGACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-CTATTA
65 TAT-TTATCGA-ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTA
* * * * * ** * ** * *
13679490 TGACCTTTTTGTTGTGTCGTAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAATTTGTTCAA
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* * *
13679545 AATAAAATAACACTAATCTATTAATATTTTAAAAATT-AT---TAAGAGATTTAAAAAGTAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * *
13679606 TATTTATCAAACCAATTAAAATAGTTATGAATATTAG-GCAATTATTTATTTCAAATCATTATG-
65 TATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * ** * *
13679669 ACATTTTTTTTTGTTATAAAAC-ATAGTTTTTGTTCATTCAAGCTTATT-TA
130 AC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCGA
* * * * * * *
13679719 GATTAATATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAACTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAA-
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * * *
13679783 CATGTTTAGT-GAATTAGATCAAATAATTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATC-TTA
64 C-TATTTA-TCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * *
13679846 TG-ACTTTTTGTTTTGCCATAAAA-AATTATTTTAGTTCAT-ATA-AAG-TTATTTGA
127 TGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTT--TTCATCATACAAGCTTATTCGA
* *
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1 AATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * ** ***
13679963 CTA-TTAACGAACAAGTTTAAATAATTATGACCATTTGAATAATTAT-TGATTTGGAATTGCTAT
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* * ** * * *
13680026 -AACCTTTTGGTTTGTCACAAAATGATT-TTTTATGTAT-AAACAAGCTTATTTTG-
128 GAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-T-CATCATACAAGCTTA-TTCGA
** * *
13680079 AATAACTTAATACCAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
13680143 ATGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAATTCAAATTC-TTA
64 CTATTTATC-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTA
* * * *
13680206 TG-ACTTTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTCT-ATCCATACGAGCTTATTCGA
127 TGAAC--TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAT-CATACAAGCTTATTCGA
* * ** * *
13680261 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAATATTTTTAAAAAAATGT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT-A-AA--AAT---T--AATA--AGT-AAGAGA--T
* * * * * *
13680326 TTACCAGAAAATAAATCTATTTATTGAACAACTTCAAATTGTTATGACTATTTCAATAATTATCT
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* * * *** **
13680391 ATTTCAAAGCATTATGACCTTTTATTTCAAAACATTATGACATGTTATTTTGTCATAAAACAATT
113 ATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTT--TGTCA-TAAAACA----A--TTG---T-------TT
* * * **
13680456 GGTTCTATTCATGCAAGGTTGTTTCA
159 --TTC-A-TCATACAAGCTTATTCGA
* * * *
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* * *
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* * *
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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128 GAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATAC-AAGCTTATTCGA
* * *
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63 TCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * ** * *
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* *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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63 TCTATTTATC-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * *
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* * * * * *
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64 CTATTTATCGAACCAGT-TCAAAT-AGT-TAT--GACTAT-TTGAACAATTA-TCT---ATTTCA
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* * * * * * *
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* * **
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1 AATAAAATAA-TA--CTAATTTAT-TAA---TATTT-AAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
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* * *
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174 T-ATTCGA
* * *
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* * * * * * * * * * *
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* * *
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* * * * ** * *
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* * * * *
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177 TCGA
* * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
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* * ** *
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127 TGAACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCTTATTCGA
* * * *
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* * * * * *
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64 CTATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTAT
* * * * * *
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128 GAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGCTTATTCGA
* * * * * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
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* * * ** * *
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* * * ** * *
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* * * * * *
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* *
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* * * ** * * * * *
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126 ATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCGA
* * * *
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* * * * * * * * **
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* * * * ** * * * *
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* * * * *
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* * **
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* * * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
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* * * * * * * * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * ** *
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127 TGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCGA
*
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63 TCTATTTATCGAA-CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * *
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* * *
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65 TATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
** * * *
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* * * * ** *
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* * *
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Statistics
Matches: 6012, Mismatches: 1408, Indels: 1175
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Matches are distributed among these distances:
162 8 0.00
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AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
ATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCGA
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13678949 TATGAACTTT
* ** * * * **
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** * * *
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* *
13679087 AAATAGTTATA-ACTATTTG-AATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTA
130 AAAAAGTTA-AGACTATATGAAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTA
** * * *
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1 TGTTTTGTCATAAAACAATTAATTCTCATCATACAAGCATATTCGAAATAAAAGAATACTAATGC
* *
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66 AACAATATT-TGAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAACCAATTC
* * * * *
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130 AAAAAGTTAAGACTATATG-A-AATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTA
*
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TGTTTTGTCATAAAACAATTAATTCTCATCATACAAGCATATTCGAAATAAAAGAATACTAATGC
AACAATATTTGAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAACCAATTCA
AAAAGTTAAGACTATATGAAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTA
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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192 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTGAT-A-TAAGAGATTTAAAACATAAATC
** * * * *
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* * *
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320 ACTTTTGTTCTGTCATAAAACAATAGTTTTTCATCATACAAGCATATTAGAAATAAAATAATACT
* * * * *
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385 AATTTATTAATATTTGAAAAACTAATAAGTAAAAAATTTAAAAATAAATCTGTTTAGTGAACCAG
* * * *
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450 ATCAAATAATTATAACTATTTGAATTATATATTTCAAATTCTTATAACCTTATGTTTTGCCATAA
* *
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515 AACAATTAATTCTGTTCATAAAAGCTTATTGGAAATAAAAGAATACTAATGCAACAATATTCTAA
* *** * * *
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580 AAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAACGAGACAATTCAAAAAGTTAAGACC
* * * * * **
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**
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710 TTCAAACTAA
* * *
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1 CTTATTTGAAATAAAATAAAACCAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
* * * *
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66 AAATAAATATGTTTTACAGAACAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAATTCAAA
* * * * * * * *
13679484 CTATTATGACCTTTTTGTTGTGTCGTAAAATAAA-TGTTTTTGTTCATATAAA-TTTGTTCAAAA
131 CTATTATGACCTTTTTGTTTTATCATAAAA-AAATTGTTTCTATTCATA-AAAGCTTATTCGAAA
* * * *
13679547 TAAAATAACACTAATCTATTAATATTTTAAAAATT-AT-TAAGAGATTTAAAA-AGTAAATCTAT
194 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTGATATAAGAGATTTAAAACA-TAAATCAAT
* ** *
13679609 TTATCAAACCAATTAAAATAGTTAT-G-AATATTAGGCAATTATTTATTTCAAATCATTATG-AC
258 TTATCAAACCAATTAAAATAATTATGGCAAT-TTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC
* * * ** * * * *
13679671 ATTTTTTTTTGTTATAAAAC-ATAGTTTTTGTTCATTCAAGCTTATTTAG-ATTAATATAATACT
322 -TTTTGTTCTGTCATAAAACAATAGTTTTTCATCATACAAGCATA-TTAGAAATAAAATAATACT
* *
13679734 AATTTATTAATATTTTG-ACAACTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAA-CATGTTTAGTGAAT
385 AATTTATTAATA-TTTGAAAAACTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATC-TGTTTAGTGAAC
* * * * * * * *
13679797 TAGATCAAATAATTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAA-TCTTATGACTTTTTGTTTTG
447 CAGATCAAATAATTATAACTATTTG---AATTATATATTTCAAATTCTTATAACCTTATGTTTTG
* * * * **
13679861 CCATAAAA-AATT-ATTTTAGTTCATATAAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACT-ATGTTATTA
509 CCATAAAACAATTAATTCT-GTTCATA-AAAGCTTATTGGAAATAAAAGAATACTAATG-CAACA
* * * *
13679922 ATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTA-TTAACGA-ACAAGTTTAAAT
571 ATATTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAACGAGACAA-TTCAAA-
* * * ** *
13679985 AA-TTATGACCATTTGAATAATTATTGATTTGGAATTGCTATAACCTTTTGGTTTGTCACAAAAT
634 AAGTTAAGACCATATGAACAATTATTGATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGGTTTGTCACAAAAC
*
13680049 GA-TTTTTTATGTAT-AAAC-AA
699 AATTTTTTTA-GT-TCAAACTAA
** * *
13680069 GCTTATTTTG-AATAACTTAATACCAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATT
1 -CTTA-TTTGAAATAAAATAAAACCAATTTATTAACATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATT
* ** *
13680131 TAAAAAATAAATATG-TTTACTGAACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAAT
62 TAAAAAATAAATATGTTTTACAGAACAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAAT
* * * * **
13680195 TCAAATTCTTATGACTTTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTCTATCCATACGAGCTTATTCG
126 TCAAACTATTATGACCTTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCG
*
13680260 AATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTT
191 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTT
13680291 GACAATTAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (719 bp):
CTTATTTGAAATAAAATAAAACCAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
AAATAAATATGTTTTACAGAACAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAATTCAAA
CTATTATGACCTTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATA
AAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTGATATAAGAGATTTAAAACATAAATCAATTTA
TCAAACCAATTAAAATAATTATGGCAATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTT
GTTCTGTCATAAAACAATAGTTTTTCATCATACAAGCATATTAGAAATAAAATAATACTAATTTA
TTAATATTTGAAAAACTAATAAGTAAAAAATTTAAAAATAAATCTGTTTAGTGAACCAGATCAAA
TAATTATAACTATTTGAATTATATATTTCAAATTCTTATAACCTTATGTTTTGCCATAAAACAAT
TAATTCTGTTCATAAAAGCTTATTGGAAATAAAAGAATACTAATGCAACAATATTCTAAAAATTA
ATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAACGAGACAATTCAAAAAGTTAAGACCATATGA
ACAATTATTGATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGGTTTGTCACAAAACAATTTTTTTAGTTCAAA
CTAA
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Period size: 23 Copynumber: 2.2 Consensus size: 23
13680380 AATAATTATC
* * *
13680390 TATTTCAAAGCATTATGACCTTT
1 TATTTCAAAACATTATGACATGT
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1 TATTT
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Matches are distributed among these distances:
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TATTTCAAAACATTATGACATGT
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Period size: 180 Copynumber: 12.8 Consensus size: 179
13680403 TATGACCTTT
* * * * * * *
13680413 TATTTCAAAACATTATGACATGTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGGTTGT
1 TATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-A
* *
13680478 TTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATGTTCCAAAAATTAATAAGT-AAATATTTTAAAAA
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**
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* * * * * * *
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*
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64 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATA
* * * *
13680719 AATCTATTTACTGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATT
129 AATCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
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1 TATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * ** *
13680835 TTGGAATAAAATAATACTAATATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAAT
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* ** * * * *
13680900 TAATCTATTTACCAAACAAGATT-AAATAGTCATG-TTCATTTGAACTATTATC
128 AAATCTATTTACTGAACCAG-TTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATC
* ** * * * *
13680952 TATTCCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACATTTGTTTCT-TTGATACGAAAC-TA
1 TATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTA
*
13681015 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTACA-ATTTCAAAAATTAATAAG----AGA-TTTAAAAA
64 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA-ATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA
* * * * *
13681074 CTAAATCTCA-TTACCGAACTAATTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATC
127 -TAAATCT-ATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * * * * * * *
13681128 TATCTCAAATTGTTATGA-TCTTTGTTATATCCTAAAACATTTATTTATGTTCATACAAGCTTAT
1 TATTTCAAATCATTATGACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * * * * * * *
13681192 TTGAAGTAAAATATTACTAAATTAATAATATTCTAAACATTAACAAGT-AAGGATTTAAAAAATA
65 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATA
* * * * * ** * *
13681256 TATGTGTTTGCTGAACCAGCTT-ACATAGTTAAAACTATTAGAACAATTACC
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* * * * * * * * * *
13681307 TATTTCAAAT-AGTTCTAACCTTTGCTTAGTCCTAAAATAATTGCTT-TAGCTCATACATGCTTA
1 TATTTCAAATCA-TTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA
* *
13681370 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAA-A-TTTAAAAA
64 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAA-AAGATTTTAAAAA
* * * * * *
13681433 AAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTGTC
127 TAAATCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * ** * *
13681486 TATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTCGGTTCATAAAAGCTTGT
1 TATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * ** * * * *
13681551 TTGAAATAAAATAATATTACGTTATTAATATTATAAAAATTGATAAGTTAGAGA-TTTAAAACAT
65 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAA-AT
* * * *
13681615 AAATC-AGTTTA-TCGAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATC
128 AAATCTA-TTTACT-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * ** *
13681667 TATTTCAAATCATTATTAACCTTTGTTTTGCCATAAAACAATTTATTTC-A-TCACGCAAGCCTA
1 TATTTCAAATCATTA-TGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * *
13681730 TTCCAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAA-ATTTAAAAAA
64 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTTAAAAA
* * * * *
13681794 TAAATCTATTTATTGAACTAGTTCAAATGGTTATGACTATTTGAATAATTATA
127 TAAATCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * * * * * * *
13681847 TATGTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTGACATAAAACAATTATTTATGTCCATACAAGCTTAT
1 TATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * * * *
13681912 TC-ATAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTATAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAT
65 TCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAT
* * * * ** * *
13681976 AAATTTATTT-GTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAT-TCTACATGAA-AATTCTT
128 AAATCTATTTACT-GAACCAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
13682027 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTTTTTCAATTCTTACTAA-CTTA
1 TATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTA
* * * * *
13682091 TTTGGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATCAGTAAGAGA-TTTAAAA
64 TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAA
* * * *
13682154 ATAATTCTATTTA-TCGAACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
126 ATAAATCTATTTACT-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
13682208 TATTTCAAATCATTATGACCTTT-TTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAG-TTAGT
1 TATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-T
* * * * *
13682271 TTGAAATAAAATAATACCAATCTATTAATATTTGAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATA
65 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATA
* * * *
13682332 AATCTATTTA-TAAAACCAGTTGAAATAGTTATGAATATTT-AAGCAATTATT
129 AATCTATTTACT-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATC
* * * *
13682383 TATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTCTAT-TC-TAAAACAATAGTTTCTATGCATACATGCTT
1 TATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTT-T-TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * ** *
13682446 ATTC-AGATTAATATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAACA-ATTTTAAA
63 ATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTTAAA
* * * * * * *
13682509 AATAAATATGTTTACTGAACTAGATCAAATAGTCACGACTATTTGAATAATTATC
125 AATAAATCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
13682564 AATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGGTTAT
1 TATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * *
13682629 TC-AAAAAAAATAATACT-ATGTTATTAATATTCCAAAATTTAATAATTAAGAGATTTTAAAAAT
65 TCGAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAT
* *
13682692 GAATCTATTTACCGAAC
128 AAATCTATTTACTGAAC
13682709 AAGTATAAAT
Statistics
Matches: 1673, Mismatches: 351, Indels: 187
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 6 0.00
175 106 0.06
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179 265 0.16
180 501 0.30
181 372 0.22
182 120 0.07
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAA
TCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
Found at i:13681968 original size:361 final size:358
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13680403 TATGACCTTT
* * * ** * * * *
13680413 TATTTCAAAACATTATGACATGTTAT-TTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGGTTG
1 TATTTCAAATCATTATGACCT-TT-TGTTTGACATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTT-
* * * * * *
13680477 TTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATGTTCCAAAAATTAATAAGTAA-ATATTTTAAAAA
63 ATTCAAATAAAATAATACT-AATGTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * ** *
13680540 TAAAT-TTTTTTTGAA-CATGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCA
127 TAAATCATTTATCAAACCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * * *
13680602 TTATGACCATTTGTTTTGTC-ATAAACCATTCGTTTCTATTTA-AAAAACCTTATTCGAAATAAA
191 TTATGACC-TTTGTTTTGTCTA-AAACAATTTATTTCTATTCACACAAGCC-TATTCGAAATAAA
* *
13680665 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTTAAAAATAAATCTATTT
253 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTT
* * * *
13680728 ACTGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATT
317 ACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * *
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1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGACATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTA-
** * *
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64 TTCAAATAAAATAATACTAAT-GTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAA
* * * * * * *
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127 TAAATC-ATTTATCAAACCAG-TTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
** * * * * * *
13680962 TGTTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAAC-ATTTGTTTCT-TTGATACGAA-ACTATTCAAAATA
189 CATTATGAC-CTTTGTTTTGTC-TAAAACAATTTATTTCTATTCACAC-AAGCCTATTCGAAATA
*
13681024 AAATAATACTAATTTATTACA-ATTTCAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAACTAAATCTCA
251 AAATAATACTAATTTATTA-ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCT-A
* * * *
13681084 -TTACCGAACTAATTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATC
314 TTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * * *
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1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TGA-CATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTA
* * * * * *
13681191 TTTGAAGTAAAATATTACTAAAT-TAATAATATTCTAAACATTAACAAGTAAG-GATTTAAAAAA
64 -TTCAAATAAAATAATACT-AATGTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * ** * *
13681254 TATAT-GTGTT-TGCTGAACCAGCTT-ACATAGTTAAAACTATTAGAACAATTACCTATTTCAAA
127 TAAATCAT-TTAT-C-AAACCAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * ** * * * *
13681316 T-AGTTCTAACCTTTGCTTAGTCCTAAAATAA-TTGCTT-TAGCTCATACATGCTTATTCGAAAT
188 TCA-TTATGACCTTTGTTTTGT-CTAAAACAATTTATTTCTA-TTCACACAAGCCTATTCGAAAT
* * *
13681378 AAAATAATACTAATTTATTAACATTT-AGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAA-AAATTTG
250 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTA
* * *
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314 TTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * ** * *
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1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGA-CATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTT-A
* * * * * * *
13681551 TTGAAATAAAATAATA-TTACGTTATTAATATTATAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACAT
64 TTCAAATAAAATAATACTAATG-TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * *
13681615 AAATCAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
128 AAATCA-TTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
13681680 TATTAACCTTTGTTTTGCCATAAAACAATTTATTTC-A-TCACGCAAGCCTATTCCAAATAAAAA
192 TA-TGACCTTTGTTTTGTC-TAAAACAATTTATTTCTATTCACACAAGCCTATTCGAAATAAAAT
* *
13681743 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATT
255 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * *
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* ** * *
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1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TGACATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTAT
* * *
13681912 TCATAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTATAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATA
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* * * ** * *
13681977 AATTTATTTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAT-TCTACATGAA-AATTCTTTATTTCAAATCAT
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* * ** * * *
13682040 TATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTT-TTTCAATTCTTACTAA-CTTATTTGGAATAAAA
192 TATGACC-TTTGTTTTGTC-TAAAACAATTTATTTCTATTCACAC-AAGCCTATTCGAAATAAAA
* * * *
13682103 TAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTT-AAAAATAATTCTATTT
254 TAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTT
* * * *
13682166 A-TCGAACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
317 ACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
13682208 TATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAG-TTAGT
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGACATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTA--
* * *
13682271 TTGAAATAAAATAATACCAATCTATTAATATT-TGAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAT
64 TTCAAATAAAATAATACTAATGTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * *
13682331 AAATCTATTTATAAAACCAGTTGAAATAGTTATGAATATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATTA
128 AAATC-ATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
13682395 TTATGACTTTTTGTTCTAT-TCTAAAACAA--TAGTTTCTATGCATACATGCTTATTC-AGATTA
191 TTATGAC-CTTTGTT-T-TGTCTAAAACAATTTA-TTTCTATTCACACAAGCCTATTCGA-AATA
* ** * * * *
13682456 ATATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAA-ACAATTTTAAAAATAAATATGT
251 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-AATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * *
13682520 TTACTGAACTAGATCAAATAGTCACGACTATTTGAATAATTATC
315 TTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
13682564 AATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCA-ATTCATATAAGGTTA
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGACATAAAACAATTATTT-ATGTTCATACAAGCTTA
* * * * *
13682628 TTCAAAAAAAATAATACT-ATGTTATTAATATTCCAAAATTTAATAATTAAGAGATTTTAAAAAT
64 TTCAAATAAAATAATACTAATG-TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
*
13682692 GAATCTATTTA
128 AAATC-ATTTA
13682703 CCGAACAAGT
Statistics
Matches: 1543, Mismatches: 290, Indels: 196
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Matches are distributed among these distances:
353 2 0.00
354 31 0.02
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364 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGACATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATT
CAAATAAAATAATACTAATGTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
TCATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
ACCTTTGTTTTGTCTAAAACAATTTATTTCTATTCACACAAGCCTATTCGAAATAAAATAATACT
AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTA
GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
Found at i:13682196 original size:18 final size:18
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13682165 TATCGAACCA
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1 ATTTAAATAATTATGACT
* *
13682193 ATTTGAACAATTAT--CT
1 ATTTAAATAATTATGACT
*
13682209 ATTTCAAATCATTATGAC
1 ATTT-AAATAATTATGAC
13682227 CTTTTTTTGT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 5, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (18 bp):
ATTTAAATAATTATGACT
Found at i:13684020 original size:175 final size:175
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13683119 AAGAGAATTA
* * * * **
13683129 AAAAAATAAATCTATTTGCTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TTAAT
1 AAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAGAATTATCTT-CC
* * ** * ** **
13683192 TCAAAACATTATGACCT-TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGGTTCTATTTATGTAAGCTTATTTC
64 TCAAATCATTATGA--TATTT-TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTT-
** * * * *
13683256 A-AATAAAATAAT-ATAAATTTATTAATGT-TAAAAAAATTAATAAGTAAAAATTT
125 AGAATAAAATAATGCCAAA-TTAATAATATCT-CAAAAATTAATAAGT---GATTT
* **** * *
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1 AAAAAATAAATCTATTTACCAAACCA-ATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAGAATTATCT-TCC
* * * * * *
13683370 TACAAATCGTTATGATAATTTGTTTTCTCTTAAACCAATTGTTTCCT-TTCA-AAAAACATTATT
64 T-CAAATCATTATGAT-ATTT-TTTTGTCATAAAACAATTATTT-CTATTCATACAAA-ATTATT
* * * * *
13683433 T-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
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* * * ** *** * * * * **
13683488 TAAAAATAAATTTGTTTATTAAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGGACAATTAT-TTATTT
1 AAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAGAATTATCTT-CCT
* * * * * ** *
13683552 CAAATCATGATAATCCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTA-TTCGA
65 CAAATCATTATGAT-ATTT-TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTTAG-
* * * *
13683616 AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-T-ATGAAAATTAATAAGTTGAAGATTT
127 AATAAAATAATGCCAAATTAATAATATCTCA--AAAATTAATAAG-T---GATTT
* *** * * * * **
13683669 AAAAAATTAATCTATATT-TTGAA-CAAGCTCAAATAG-TCACATTGATTTGAACTATTATCTAT
1 AAAAAATAAATCTAT-TTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACT-ATTTGAAGAATTATCT-T
* *
13683731 -TTCAAATCGTTATGATATTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTTAG
62 CCTCAAATCATTATGATATTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTTAG
* * * * *
13683795 AATAAAATAATTCTAATTTATTACTATCTCAAAAATTAATAAGTGATTT
127 AATAAAATAATGCCAAATTAATAATATCTCAAAAATTAATAAGTGATTT
* * *
13683844 AAAAACTAAATCTTTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTTCCTC
1 AAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAGAATTATCTTCCTC
* * * * ** * *
13683909 AAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCCTAAAACATTTATTTCTATTCATAGAAGCTTATTTGGAGT
66 AAATCATTATGATATTT-TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAAT
* *
13683974 AAAATAATGCCAAATTAATAATAT-TCTAAACATTAATTAG-GATTT
130 AAAATAATGCCAAATTAATAATATCTC-AAAAATTAATAAGTGATTT
* *** *
13684019 AAAAAATAAATGTATTTGTTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATT
1 AAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATT
13684066 AAAATAATTA
Statistics
Matches: 613, Mismatches: 107, Indels: 79
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.00
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178 18 0.03
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182 4 0.01
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (175 bp):
AAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAGAATTATCTTCCTC
AAATCATTATGATATTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATA
AAATAATGCCAAATTAATAATATCTCAAAAATTAATAAGTGATTT
Found at i:13684077 original size:175 final size:175
Alignment explanation
Indices: 13683732--13684120 Score: 417
Period size: 175 Copynumber: 2.2 Consensus size: 175
13683722 ATTATCTATT
*
13683732 TCAAATCGTTATGATATTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAA
1 TCAAATCATTATGATATTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAA
* * * * * * *
13683797 TAAAATAATTCTAATTTATTACTATCTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAACTAAATCTTTTTA
66 TAAAATAATGCCAAATTAATAATATCTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* **
13683862 CCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTTCC
131 CCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAAAAGAATTATCTTCC
* * * * ** *
13683907 TCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCCTAAAACATTTATTTCTATTCATAGAAGCTTATTTGGA
1 TCAAATCATTATGATATTT-TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTTAGA
* * * *
13683972 GTAAAATAATGCCAAATTAATAATAT-TCTAAACATTAATTAG-GATTTAAAAAATAAATGTATT
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*** * *
13684035 TGTTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCGATT--
129 TACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAAAAGAATTATC--TTCC
* ** *
13684082 TCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT
1 TCAAATCATTATGATATTTT-TTT-GTCATAAAACAATT
13684121 GCTTTAGCTC
Statistics
Matches: 176, Mismatches: 32, Indels: 11
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.01
175 92 0.52
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ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (175 bp):
TCAAATCATTATGATATTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAA
TAAAATAATGCCAAATTAATAATATCTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
CCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAAAAGAATTATCTTCC
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Indices: 13682725--13687548 Score: 2308
Period size: 361 Copynumber: 13.6 Consensus size: 358
13682715 AAATAACTAT
* * * ** * *
13682725 ATAATACT-ATGTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAA-AAGATTTTAAAAATGAATCTATT
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* * * * * ** * * *
13682788 TACCAAA-TAGTTTAAATAATTATGACCATTTGAACAAGTATCGATTTGGAATCGCTATAACCTT
62 TACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTT
** * * ** * * ** * **
13682852 TTGGTTTGTTATAAAATGATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCTAATAAAATTATACAAAT
127 TTATTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAAT
* * * *
13682916 TTATTAATA--TTAAGACAGTTAATCAA-TAAAAGATTT-AAAA-AAA-T-GTTTACTACACAAG
191 TTATTAATATTTTAA-A-AATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAATAAACTAGTTTATTAAAC-AG
* * * * * * * *
13682974 TTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATGTACTTT-AAATCATTTTGACCGTTTGTTTTGTA
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* * * * ** **
13683038 ATAAAATAATTATTCCA-ATTCATGTAAGCTTATTTGAAATAAA
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* * * *
13683081 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAAATAAATCTATT
1 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATA-AGTAAGA-AAATAAAAAAA-AAATATGTT
* * * * * ***
13683145 TGCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAATTCAAAACATTATGACCTT
62 TACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTT
* * * * * ** *
13683210 TTGTTTTGTTATAAAACAATTGGTTCTA-TTTATGTAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATATAAA
127 TTATTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATATTAA
* ** * * *
13683273 TTTATTAATGTTAAAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTA-TTTTTTGAACACA
190 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAA-CTAGTTTATT-AA-ACA
* * * *** *
13683336 -TTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATCTATTACAAATCGTTATGATAATTTGTTTTCTC
251 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * **
13683399 TTAAACCAATTGTTTCCT-TTCA-AAAAACATTATTTGAAATAAA
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* * * * *
13683442 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTA
1 ATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-A-ATAAAAAAAAAATATGTTTA
** *** * * * ** * *
13683506 TTAAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGGACAATTATTTATTTCAAATCATGATAATCC-TT
64 CCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CCTTT
* * * * * *
13683570 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAAT
128 TATTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATATTAAT
* * * * *
13683633 TTATTAATATTATGAAAATTAATAAGT-TGAAGATTTAAAAAATTAATCTA-TATT-TTGAACAA
191 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTT-AAAAA-TAAACTAGT-TTATTAAAC-A
* * * * * * *
13683695 GCTCAAATAGTCA-CATTGATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCGTTATGA--TATTT-TTTTG
251 GTTTAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTG
* * * ** * *
13683756 TCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAA
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* * ** ** * *
13683801 ATAATTCTAATTTATTACTATCTCAAAAATTAATAAGT--G-ATTTAAAAACTAAATCTTTTTAC
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* * * ** *
13683863 CAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCT-TCCTCAAATCATTATGATC-TT
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* * * * * * * * *** *
13683925 TGTTTTGTCCTAAAACATTTATTTCTA-TTCATAGAAGCTTATTTGGAGTAAAATAATGCCAAAT
128 TATTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATT
* * * * *
13683989 TAATAATATTCTAAACATTAAT---T-AG-GATTTAAAAAATAAATGTA-TTTGTTAAACCAGTT
192 TATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAA-CTAGTTTATTAAA-CAGTT
* * ** * * * *
13684048 CAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCGATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATA
254 TAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * *
13684113 AAATAATTGCTTTA-GCTCATACATGCTTATTCAAAACAAA
319 AAACAATTG-TTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
*
13684153 ATAATACTAATTTATTAACATTCAGAAAATTAATAAGTAAGAAAATAAAAAAAAAATATGTTTAC
1 ATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAAAATAAAAAAAAAATATGTTTAC
* * ** *
13684218 AAAACAAGTTCAAATAATTTTGACTATTTGAGTAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTA
65 CAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTA
* * * **
13684283 TTTTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATATAAAATAAAATAATATTCCTTTAT
130 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTAT
* * * * *
13684348 TAATATTATAAAAATTGATAAGTTAGAGATCTAAAACATAAACCAGTTTATTAAATCAGTTTAAA
195 TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-ATAAACTAGTTTATTAAA-CAGTTTAAA
* * * * * **
13684413 TAATTATGACCAATTGAACAATTATCTCTTTCAAATCATTATTAAATTTTGTTTTGTCATAAAAC
258 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* ** * *
13684478 AATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTCGAAATAAA
323 AATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * *
13684514 ATAATGCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AGTAGAATTAAAAAATAAAT-TAGTT
1 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAG-A-AAATAAAAAAAAAATAT-GTT
* * * * * *
13684577 TATCAACCCAA-TTTAAATAGTTAT-AGCTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACC
62 TACCAA-ACAAGTTCAAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
* * * ** * * * * *
13684640 TTTTGTTCTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCAGATAGGTTTATTTAGAATAAAATAATAATAA
125 TTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAA
* * * * * *
13684705 TTTATTCATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATAAA-TATGTTTACTAAGCCAT
190 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAATAAACTA-GTTTATTAA-ACAG
* * * ** * *
13684769 TTTAATTAGTTA-AACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTCGTTTTGTCA
252 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
13684833 TAAAACAATTGTTTATGTTCAGA-TAGTCCTATTCAAAATAAA
317 TAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAA
* * * * * **
13684875 GTAATGCCAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAATG--GAT---TTAAAAA-ATG---A
1 ATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAA-GAAAATAAAAAAAAAATATGTTTA
* * * * *
13684931 --ATA-TA-TT--GAT--TT-TGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTT
64 CCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
* * * * * * * * *
13684987 GTTTAATCACAAATCAATTATTTCTA-TTCGTACAACCTTA--TACGAAATAATATAAT-TCTAA
129 ATTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATTTA-G-AATAAAATAATAT-TAA
* * * * * *
13685048 CTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATTTA-TTTACTGAACAAGT
190 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAA-CTAGTTTATTAAAC-AGT
* * * *** * *
13685112 TTAAATACTTATGACTATTTTAACAATTATCTTTTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTTAT
253 TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
*
13685177 AAAACGAAATT-TTCTAT-TT-AGACAAGCTTAGTTC-AAATAAA
318 AAAAC--AATTGTT-TATGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAA
* * * * * * *
13685218 ATAACACAAATTTACTAATATTCAGATAATTAAAAAG-AA-AAAGATCTAAAAAATAAATTTGTT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAAA-A--TAAAAAAAAAATATGTT
* * * * * * * *
13685281 TACCAAATAAATTCAAATAATTATGACTATATGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACTTT
62 TACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTT
* * * * ** * * *
13685346 TTGTTTTGTCACAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATT
127 TTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATT
* **
13685411 TATTAATATTTTGACAAA-TAATAAGTGAA-AGATTTTAAAAAT-AACTATGTTTATCGAACAAG
192 TATTAATATTTT-AAAAATTAATAAGT-AAGAGA-TTTAAAAATAAACTA-GTTTATTAAAC-AG
** * * * * * *
13685473 TCCAAATAGTCATAACTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTATTTTGTA
252 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTC
* *
13685538 ATAAAACAATTGTATTA-GTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAA
316 ATAAAACAATTGT-TTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * ** ** *
13685581 ATAATATTAATTTATTAACATTCTAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTAC
1 ATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGA-AAATAAAAAAAAAATATGTTTAC
* ** * * * *
13685646 CGAACAAGTTTGAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTTTGACC-TTTA
65 CAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTA
* * *
13685710 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAA-CTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTT
130 TTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATA-AAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTT
* * * * *
13685773 ATTAATATTTCAGAAATTAATAAGT-AGAAATTTAAAAAAAAAATCTA-TTTTTTGAACACA-TT
193 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAA-CTAGTTTATT-AA-ACAGTT
* * *
13685835 CAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTT-TCGT
254 TAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * **
13685898 AAACCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
318 AAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAA
* **
13685940 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-ATAAT-TTAAAAAAATATGTTTAC
1 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAAATAAAAAAAAAATATGTTTAC
* * * * * * ** *
13686003 CAAGCAAGCTCTAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTAT-TATTTCAAATAATTATGATCTTTTA
65 CAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTA
* * * * * * * * *
13686067 TTTTGTGATCAAATAATTGTTTTTA-TTCATACAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATATTAATTA
130 TTTTATCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATAAAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATATTAATTT
* * * * ** * *
13686130 ATTAATATTCTGAAAATTAAT--TTAA-A-A---AAAAAT---CT-TTTTACCAAACAAGTTCAT
193 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAACTAGTTTATTAAAC-AGTTTAA
* * * * * * *
13686184 ATAATCACGTCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTC-TAAA
257 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAA
* * * *
13686248 ACAATTGTTTTTGTTCAAACATA-ATTATTCAAAATACA
321 ACAATTGTTTATGTTCATACA-AGCTTATTCAAAATAAA
** ** * ** *
13686286 ATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG--AG-ATTTTAAAACTAAATTTGTTTAC
1 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAAATAAAAAAAAAATATGTTTAC
** * * * * *
13686348 TGAACTAGTTCAAAT-AGT-TGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTA
65 CAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTA
* * ** ** * * * *
13686410 TTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTTTTCATATTAGCTTATTTAGATTAAGATAATACTAATTTAA
130 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTAT
* * * ** * * * * ** * *
13686475 TAATA-ATAAATAAATGTATTTTGCCAA-ACCAGTT-CAAAT-AGTTAAGATTATTAGAACA-AT
195 TAATATTTTAA-AAAT-TAATAAG-TAAGA-GATTTAAAAATAAACT-AGTTTATTA-AACAGTT
** * * * * * ** * * *
13686535 TATCTA-TT-TCAAATCATTCT-AAC-CTT-T-TGTTT--AGTCA-TAAAACAATTAT-TTTAGT
254 TAAATAGTTAT-GACT-ATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTG-
*
13686590 TCAT---ACAA--GCTTA--TTC--A-AA----A-T-AAAATAATA
314 TCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAA-A
* * ** * * ** *
13686620 CTAATTTATTAACAT-TTGA-A---AAA--TTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAAAATAGATGTT
1 ATAA--TACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGA-AAATAAAAAAAAA-ATATGTT
* * * * * * **
13686678 TATCAAACAAGCTCAAATAGA-TATGATTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT
62 TACCAAACAAGTTCAAATA-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
* * * * * *
13686742 TTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCACAAAAACTTATTT-GAAATAAAATAATACTAC
126 TTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATATTAA
* * * * *
13686806 TTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAAATTAAAGCTAGTTT-TCGAATCA
190 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-TAAA-CTAGTTTAT-TAAACA
* * * * * * * *** *
13686870 ATTCAAATAGTTAAGACCATTTGAACAAATATCAATCTCAAATTGCTATGATC-TTTGTTTTGTC
251 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** *
13686934 ATAAAAAAATTATTTCA-AATCATACGAGCTTATTC-AAATAAAA
316 ATAAAACAATTGTTT-ATGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAA
* * ** * * *
13686977 ATAATACTAATTTAATAATATTTTCAAAAATTAGTAAG--AG-ATTTAAAAAATAAATGTGTTTG
1 ATAATACTAATTTATTAATA--TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAAATAAAAAAAAAATATGTTTA
** ** ** * * * ** * ***
13687039 CTGAATTAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCT-AAGATTT
64 CCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
* * * * * * *
13687103 AGTTTTGTCGTAAAATAATTGTTTCAGTTCATACACA-TTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
129 A-TTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-AAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATT
* * * ** *
13687167 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAGAAATAAATCTA-CTTACCAAAAACGT
192 TATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AA-AAATAAA-CTAGTTTATTAAACA-GT
* * * * * *
13687231 TCAAATAGTTATGATTATTTGAACAAGTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCAT
253 TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * *
13687296 AAAACAATTCTTTCA-GTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAA
318 AAAACAATTGTTT-ATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * *
13687337 ATAGTACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCA-GTTT
1 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAA-ATAAAAAAAAAAT-ATGTTT
* * * * * * ** *
13687401 ACCGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATATATTTTAAATCATTATTACCTT
63 ACC-AAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTT
* * **** * * *
13687465 TCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTCAACATACAAGCTTATTGA-AATAAAATAATACTAATT
127 TTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATT
* * * *
13687529 TGTTAGTATTTCAAGAATTA
192 TATTAATATTTTAAAAATTA
13687549 GTAAAAGATT
Statistics
Matches: 3432, Mismatches: 774, Indels: 518
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
328 8 0.00
330 4 0.00
332 10 0.00
333 24 0.01
334 13 0.00
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338 17 0.00
339 6 0.00
340 2 0.00
341 5 0.00
342 47 0.01
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344 48 0.01
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347 37 0.01
348 22 0.01
349 18 0.01
350 62 0.02
351 18 0.01
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354 17 0.00
355 151 0.04
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357 149 0.04
358 169 0.05
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365 1 0.00
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Consensus pattern (358 bp):
ATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAAAATAAAAAAAAAATATGTTTACC
AAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTAT
TTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATT
AATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAACTAGTTTATTAAACAGTTTAAATAG
TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
TGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
Found at i:13685780 original size:885 final size:880
Alignment explanation
Indices: 13683287--13689852 Score: 2733
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13683277 TTAATGTTAA
** *
13683287 AAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTATTTTTTGAACACA-TTCAAATAGTTATG
1 AAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAATAAATTTATTTACTGAACA-AGTTCAAATAATTATG
* * *** * * *
13683350 ACTA-TTGAACAATTATCTATTACAAATCGTTATGATAATTTGTTTTCTCT-TAAACCAATTGTT
64 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTAT-TATAAAACAATTATT
* *
13683413 TCCT-TTCAAAAAACATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAA
128 T-CTATTCAAAAAGC-TTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAATTAATAA
* * * * * * *
13683477 GTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTATTAAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGGACAA
189 GTAAAAGATCTAAAAAATAAATTTGTTTATTAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATATGAACAA
* * * *
13683542 TTATTTATTTCAAATCATGATAATCCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAG
254 TTATTTATTTCAAATCATTATAAT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAG
* *
13683607 TTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTTG-AAGATTTAA
318 CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-TGAAAGATTTAA
* * *
13683671 AAAATTAATCTATATTT-T-GAACAAG-CTCAAATAGTCA-CATTGATTTGAACTATTATCTATT
382 AAAA-TAA-CTATGTTTATCGAACAAGTC-CAAATAGTCATAACT-ATTTGAA-TATTATCTATT
* * * **
13683732 TCAAATCGTTATGA--TATTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAAATTATTTA
442 TCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAGGATTATTTA
* * *
13683794 GAATAAAATAAT-TCTAATTTATTACTATCTCAAAAATT-A--A-TAAGTGATTTAAAAACTAAA
506 GAATAAAATAATAT-TAATTTATTAC-AT-TCTAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * **
13683854 TCTTTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTT-CCTCAAATCA-TT
568 TCTGTTTACCAAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TTATTTCAAAT-AGTT
* * * * * * * *
13683917 ATGATCTTTGTTTTGTCCTAAAACATTTATTTCTATTCATAGAAGCTTATTTGGAGTAAAATAAT
631 ATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAACTTATTTCGAATAAAATAAT
* * * * *
13683982 GCCAAA-TTAATAATATTCTAAACATTAAT---TAGGATTTAAAAAATAAATGTATTTGTTAAAC
696 -ACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAAGGATTTAAAAAATAAATATATTTG----A-
* * * * *
13684043 CAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCGATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAG
755 -AG-T---ATA-TT-AGAATATTAAAACAATTATCGATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAA
* ** * *
13684108 TCATAAAATAATTGCTTTAGCTCATACATGCTTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAACA
813 TCATAAAATAATTACTTTAGCTCATACAACCTTATACAAAACAAAATAATACTAACTTATTAACA
13684173 TTC
878 TTC
* * * * * ** *
13684176 AGAAAATTAATAAGTAAGAAAATAAAAAAAAAATATGTTTACAAAACAAGTTCAAATAATTTTGA
1 A-AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATTTATTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGA
** * * *
13684241 CTATTTGAGTAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTC
65 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATTATAAAACAATTATTTC
* ** * *
13684306 -AGTTCATAAAAGCTTATATAAAATAAAATAATATTCCTTTATTAATATTATAAAAATTGATAAG
130 TA-TTCA-AAAAGCTTAT-TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T-TCAAAATTAATAAG
* * * *** * * *
13684370 TTAGAGATCTAAAACATAAACCAGTTTATTAAATCAGTTTAAATAATTATGACCA-ATTGAACAA
190 TAAAAGATCTAAAAAATAAATTTGTTTATTAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATA-TGAACAA
* * *
13684434 TTATCTCTTTCAAATCATTATTAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAA
254 TTATTTATTTCAAATCATTA-TAATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAA
* * * * *
13684498 GCCTATTCGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AGTAGAATTA
317 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTGA-AAGATTTA
* ** * * * *
13684562 AAAAATAAAT-TAGTTTATC-AACCCAA-TTTAAATAGTTATAGCTATTTGAACAATTATATATT
381 AAAAATAACTAT-GTTTATCGAA--CAAGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATTATCTATT
* * * * * * * * *
13684624 TCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCAGATAGGTTTATTTAG
442 TCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAGGATTATTTAG
* * * * *
13684689 AATAAAATAATAATAATTTATTCATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATA
507 AATAAAATAATATTAATTTATT-ACATTCT-AAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * *
13684754 TGTTTACTAAGCCATTTTAATTAGTTA-AACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
570 TGTTTACCAAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGA
* * * * ** * * * *
13684818 CCATTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCAGATAGTCCTA-TTCAAAATAAAGTAATGC
635 CC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAACTTATTTC-GAATAAAATAATAC
* *
13684882 CAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAATGGATTTAAAAAATGAATATA-TTG-A-T-T-
698 AAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-AA-GGATTTAAAAAATAAATATATTTGAAGTATA
** * ** *
13684942 TT-GAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTAATCA-CAAATCAAT
761 TTAGAATATTAAAACAATTATCGATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAATCATAAAAT-AAT
* * * * * * * *
13685005 TATTTCTA-TTCGTACAACCTTATACGAAATAATATAATTCTAACTTATTAATATTC
825 TACTT-TAGCTCATACAACCTTATACAAAACAAAATAATACTAACTTATTAACATTC
* *
13685061 TAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATTTATTTACTGAACAAGTTTAAATACTTATGA
1 -AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATTTATTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGA
* * * * * *
13685126 CTATTTTAACAATTATCTTTTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACGAAAT-TTT
65 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATTATAAAAC-AATTATTT
* * * * * * *
13685190 CTATTTAGACAAGCTTAGTTCAAATAAAATAACACAAATTTACTAATATTCAGATAATTAAAAAG
129 CTATTCA-AAAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-A-AATTAATAAG
* ** * *
13685255 AAAAAGATCTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAATTCAAATAATTATGACTATATGAATAAT
190 TAAAAGATCTAAAAAATAAATTTGTTTATTAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATATGAACAAT
* * * * * *
13685320 TATTTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGC
255 TATTTATTTCAAATCATTAT-AATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGC
* * * * *
13685385 TTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAA-TAATAAGTGAAAGATTTTAA
319 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGA-AAATTAATAAGTGAAAGATTTAAA
13685449 AAATAACTATGTTTATCGAACAAGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAA
383 AAATAACTATGTTTATCGAACAAGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAATA-TTATCTATTTCAAA
* * * * * *
13685514 TCATTATGACCTTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTATTAGTTCATATAGGCTTATTCAAAATA
447 TCGTTATGACCTTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAGGATTATTTAGAATA
*
13685579 AAATAATATTAATTTATTAACATTCTAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTT
511 AAATAATATTAATTTATT-ACATTCTAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * *
13685644 ACCGAA-CAAGTTTGAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTTTGACCTT
575 ACCAAACCAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTT
* *
13685708 TATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAACTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTT
639 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAACTTATTTCGAATAAAATAATACAAATTT
* * * * * *
13685773 ATTAATATT-TCAGAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAAAAAATCTATTTTTTGAACACATTCA
704 ATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGAAG-GATTTAAAAAATAAA--TA-TATTTG---A-AGT--
* ** * * * * *
13685837 AATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTT-TTCGTAA
758 -ATA-TTA-GAATATTAAAACAATTATCGATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTAATCATAA
** * * * * ** * *
13685900 ACCAATT-GTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTT
819 AATAATTACTTT-AGCTCATACAACCTTA-TACAAA-ACAAAATAATACTAACTTATTAACA-TT
13685963 C
880 C
* * * * * *
13685964 AAAAATTAATAAGTAA-ATAATTT-AAAA-AAATATGTTTAC-CAAGCAAGCTCTAATAGTTATG
1 AAAAATTAATAAGTAAGA-AATTTAAAAATAAATTTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAATTATG
* * ** * * * * * * *
13686025 ACTGTTTGAATAATTAT-TATTTCAAATAATTATGATCTTTTATTTTGTGATCAAATAATTGTTT
64 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATTATAAAACAATTATTT
* * * * * * *
13686089 TTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTAATTAATATTC----TGAA-AA-T-
129 CTATTCA-AAAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAATTAATAAGTA
* * ** * * * * * * * *
13686147 -TA-ATTTAAAAAA-AAATCTT-TTTACCAAACAAGTTCATATAATCACGTCCATTTGAATAATT
192 AAAGATCTAAAAAATAAAT-TTGTTTATTAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATATGAACAATT
* * * *
13686208 ATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTC-TAAAACAATTGTTTTTGTTCAAACATA-
256 ATTTATTTCAAATCATTAT-AATTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACA-AG
* * * *
13686271 ATTATTCAAAATACAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAA--G--AGATTTTAA
318 CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTGAAAGATTTAAA
* * * * * * * *
13686332 AACTAAATTTGTTTA-CTGAACTAGTTCAAATAGT--TGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAA
383 AAATAACTATGTTTATC-GAACAAGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATTATCTATTTCAA
* * * * *
13686394 ATCGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTCT-TTTCATATTA-GCTTATTTAG-A
446 ATCGTTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATA-TAGGATTATTTAGAA
* * * * *
13686455 T----TAAGA-TAA--TACTA-ATT-T--AA-TAAT-AAT-A-A-A--T---AAAT--GTAT-TT
509 TAAAATAATATTAATTTATTACATTCTAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * * * * * * *
13686496 TGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTCTAACCT
574 TACCAAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACC-
* * * * * *
13686560 TTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTA
637 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAACTTATTTC-GAATAAAATAATACAA
* * *
13686623 ATTTATTAACATT-TGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAA-AAATAGATGTTTATCAAAC
700 ATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG-AAG-GATTTAAAAAATAAAT--AT-ATT-T----G
* * * * * *
13686686 AAGCTCA-AATAGATATGATTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
754 AAG-T-ATATTAGA-AT-ATTA---AAACAATTATCGATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTA
* * * * * *** *
13686750 ATCATAAAATAATT-GTTTCAGTTCACAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACT-ACTTTATTA
812 ATCATAAAATAATTACTTT-AGCTCATACAACCTTATACAAAACAAAATAATACTAAC-TTATTA
*
13686813 ATATTTC
875 ACA-TTC
* * * ** * *
13686820 AAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAAATTAAAGCTAGTTTTC-GAATCAA-TTCAAATAGTTA
1 AAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAA-TAAATTTA-TTTACTGAA-CAAGTTCAAATAATTA
* * * * * * * * * *
13686883 AGACCATTTGAACAAATATCAATCTCAAATTGCTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAAAAATTAT
62 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATTATAAAACAATTAT
* * ** * * *
13686947 TTCAAATCATACGAGCTTATTCAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTC-AAA--AATT
127 TTCTATTCA-AAAAGCTTATTAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA--TTCAAAATTAATA
* * * ** * * ** * *
13687009 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAATTAGTTCAAATGGTTAAGACTAT-TAGAAT
188 AGTAAAAGATCTAAAAAATAAATTTGTTTATTAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATAT-GAAC
* * * * * * *
13687073 AATTATCTATTTCAAATCATTCTAAGATTTAGTTTTGTCGTAAAATAATTG-TTTCAGTTCATAC
252 AATTATTTATTTCAAATCATTATAA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATAC
* * * *
13687137 ACA-TTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-CAAGAGA
315 A-AGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTGAA-AGA
* * * ** * * * * * * * *
13687199 TTTGAAGAAATAAATCTACTTA-CCAAAAACGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAAGTATCT
377 TTT-AAAAAATAACTATGTTTATCGAACAA-GTCCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATTATCT
* * * * * * * * * * *
13687263 ATTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTCTTTCAGTTCATAAAAGCTTATC
439 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAGGATTATT
* * * * * * * * * *
13687328 CAAAATAAAATAGTACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAA
504 TAGAATAAAATAATATTAATTTATT-ACA-TTCTAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * * * *
13687393 ATCAGTTTACCGAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATATATTTTAAATCA-TT
567 ATCTGTTTACCAAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTT
* * * * *
13687457 ATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTCA-ACATACAAGCTTA-TT-GAAATAAAAT
631 ATGACCTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATATAAACTTATTTCG-AATAAAAT
* * * * * ** * * *
13687519 AATACTAATTTGTTAGTATT-TCAAGAATTAGTAA-AA-GATTT--ACCA-AACTA-GTTT-AAC
693 AATACAAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGAAGGATTTAAAAAATAAATATATTTGAAG
* ** *
13687576 TAT-TT-G--------AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAGCTTTTGTTCT-ATCAT-AAA
757 TATATTAGAATATTAAAACAATTATCGATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT-TAATCATAAAA
* ** * * * * *
13687629 TCAATTA-TTTATGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTC
821 T-AATTACTTTA-GCTCATACAACCTTATACAAAACAAAATAATACTAACTTATTAACATTC
* * * * * * * * * *
13687690 TAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTCCCGAATC-AGTTCAAGTGATTAA
1 -AAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAATAAATTTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAATTAT
* * * *
13687754 GAC-AGTATGAACAATTATTTATTTCAAA---TCAT-A-C--------TATT-T-CAAC--TTA-
63 GACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATTATAAAACAATTAT
* * * * *
13687800 ---TA--C---AAGTTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTCTTAATATTTCAAAATTTTATAT
127 TTCTATTCAAAAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAA-TTAATAA
* * ** * *
13687857 GTAAGAGA-CTTAAAAAAT-AATTCTATTTATTGAACCAA-TTCAAATAATTATAACTATTTGAA
189 GTAAAAGATC-TAAAAAATAAATT-TGTTTATT-AAATAAGTTCAAATAATTATGACTATATGAA
* * * ** * * * * * *
13687919 -AAATATATATTCCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTTATAT
251 CAATTATTTATTTCAAATCATTA-TAATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATAC
* * * * * *
13687983 AAGTTTGTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTTATATTTAGAAAATTAATCAGT-AAGAGATT
315 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTGAA-AGATT
* * * * * * ** *
13688047 TAAAAAGTAAATCTATTTA-CCAAGCAATTCCAAATAGTTTTCACTATTTGAATAATTATCTA--
379 TAAAAAATAACTATGTTTATCGAA-CAAGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-ATTATCTATT
* * * * * * * * **
13688109 T--AATCATTATAAACTTTTCTTTTGTCATCAAACTATTGGCTCT-GTTCATACTA-TTTTATTT
442 TCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATA-TAGGATTATTT
* * * * ** * *
13688170 -GAAATAAAATAATACTAATTTAATA-ATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATA
505 AG-AATAAAATAATATTAATTTATTACAT-TCT-AAAA-TTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATA
** ** * * * * *
13688233 AATCTAATTACCAAATGAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCA-T
566 AATCTGTTTACCAAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGT
* * * * ** ** * *
13688297 TATGACCTTTTTGTTTTGTCTTAAAATAATT-TTTTTGTTTGTGCAAGCTTA-TTCAGATTAAAA
630 TATGACC--TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAACTTATTTC-GAATAAAA
* * * * *
13688360 TTATATAAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAATAAG-A-GATTTAAAAAATAAATTTGTTTTTC
692 TAATACAAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGAAGGATTTAAAAAATAAA--TATATTT-
* * * * * * * *
13688422 GAATCAATTCATATGTTTA-AGATATTAAAATAATTATCCATTTGAAATCGTTCTTACCTTTCGT
753 G----AAGT-ATA---TTAGA-ATATTAAAACAATTATCGATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT
* * ** * ** *** * * *
13688486 TTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAATTAATACTAATTTATT
809 TTAATCATAAAATAATTACTTTAGCTCATACAACCTTATACAAAACAAAATAATACTAACTTATT
*
13688551 AATATTC
874 AACATTC
* * * ** * *
13688558 AAAAAATT-ATTAGAAAGATATTTAAAAAATAAATCCATTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
1 -AAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAATAAATTTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAATTAT
* * * ** * * *
13688621 TACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTT
63 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATTATAAAACAATTATT
* *
13688686 TC-AGTT-AATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
128 TCTA-TTCAA-A-AAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-C-AAAATTAAT
** * * * * * * * * *
13688749 AAGTAAGTGATTTTAAAAAATAAAATCTATTTA-CAGAATCATTTTAAATAATTAT-AGCCATTT
187 AAGTAAAAGA-TCTAAAAAAT-AAATTTGTTTATTA-AATAAGTTCAAATAATTATGA-CTATAT
* * * * * *
13688812 CAACAATTATCTATTTCAAATTGTCATTA-CA-TTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTTTT-TA
248 GAACAATTATTTATTTCAAA---TCATTATAATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT-
** * * * * **
13688874 TCATTTAAGCTTATTTGGAATAAACTAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGT-AA
309 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTGAA
* * * * * ** * * * *
13688938 GAGATTTAAAAATTAAATCTGTTTACCGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGT
374 -AGATTTAAAAAATAACTATGTTTATCGAACAAGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATTAT
* * * * * * * * * * * * *
13689003 ATACTTCAAATTGTTATAACCTTGTGTTCTATCACAAAATAATTATTTTTA-TTCATA-CGAGCT
437 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATATAG-GAT
* * * * * * * * *
13689066 TATTT-GAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTCGATAATTAATAACTAAAAGAATT-AA
500 TATTTAG-AATAAAATAATATTAATTTATT-ACA--TTCTAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAA
* *** ** * * * * *** **
13689129 AAATAAATTTGTTTATTGAACCGGTCTAAATATTTAAGAAC-ATATGAGTGATTATCCATTTTCA
561 AAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTTAAATAGTTATG-ACTATTTGAACAATTATTTA-TTTCA
* * * ** * * *
13689193 GAA-CGTTATGATCTTTTGTTTTTTCATAAAACAA-T-TTTAAAATAATACT-AGCTTATTT-GA
624 -AATAGTTATGA-CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-TAAACTTATTTCG-
* * ** * * *
13689253 AATAAAACAAAATGAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTTAAAAAT--ATA
685 AATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AAGAAG-GATTTAAAAAATAAATA
* * * * *
13689316 TTTTTGTATACCTAACTAGTTTA-AATAATTATGGCGATTTGAACAACTATCTATTTCGAATCAT
748 TATTTG-A-A-GT-A-TA--TTAGAAT-ATTA-----A----AACAATTATCGATTTCAAATCAT
* ** * * * ** * * * ** * ** * * *
13689380 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAGACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTATAATAAAGTA
796 TATAACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTACTTTAGCTCATACAACCTTATACAAAACAAAATA
* *
13689445 ATGCTAA-TCTATTAATATTTC
861 ATACTAACT-TATTAACA-TTC
* * * * * * *
13689466 AAAAATTAAT-A--AA-ATATCTAAAAAATATATCTATTTA-TCAAACCAA-TTTAAATAGTTAT
1 AAAAATTAATAAGTAAGAAAT-TTAAAAATAAATTTATTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAATTAT
* * ** *
13689525 GACTATTT-AACAATTTATTTATTTC-AATTGGTTATGACTTTTTGTCCTATTATAAAACAATTG
63 GACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATT-GTTATGACCTTTTGTTTTATTATAAAACAATTA
* * * *
13689588 TTTCTATTCATACAAGCTTATTAAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAAT
126 TTTCTATTCA-AAAAGCTTATTAA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA--TTCAAAATTAAT
* *** * ** * * * * *
13689653 AAGTAAAA-ATTTTTTTAAATAAATATGTTTACCGAACT-AGATCAAATAGTCATGACTATTTGA
187 AAGTAAAAGA-TCTAAAAAATAAATTTGTTTA-TTAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATATGA
* * ** ** * *
13689716 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGGAATTG-TTTAAGTTCTT
250 ACAATTATTTATTTCAAATCATTAT-AATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCAT
* * * * * *
13689780 ATAAGTTTATTAGAAATAAAATAAAACCAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAA-TTAAGAGA
313 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTGAA-AGA
13689844 TTTAAAAAA
377 TTTAAAAAA
13689853 ATTTGTTTAC
Statistics
Matches: 4374, Mismatches: 934, Indels: 725
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
838 1 0.00
839 2 0.00
840 5 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (880 bp):
AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATTTATTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGAC
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATTATAAAACAATTATTTCT
ATTCAAAAAGCTTATTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAATTAATAAGTAAAAG
ATCTAAAAAATAAATTTGTTTATTAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATATGAACAATTATTTA
TTTCAAATCATTATAATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCG
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTGAAAGATTTAAAAAATAACT
ATGTTTATCGAACAAGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAATATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
CCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAGGATTATTTAGAATAAAATAATATT
AATTTATTACATTCTAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAAT
TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTGTTTCTATTCATATAAACTTATTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCTA
AAAATTAATAAGAAGGATTTAAAAAATAAATATATTTGAAGTATATTAGAATATTAAAACAATTA
TCGATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTACTTTAGCTCATACAACCTT
ATACAAAACAAAATAATACTAACTTATTAACATTC
Found at i:13686826 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 13686482--13687548 Score: 913
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13686472 TAATAATAAT
* * *
13686482 AAATAAATGTAT-TTTGCC-AAACCAGTTCAAATAGTTAAGATTA-TTAGAACAATTATCTATTT
1 AAATAAATG-ATGTTTACCGAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTA-AACAATTATCTATTT
* * * * *
13686544 CAAATCATTCTAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAA
64 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATT-AA
* *
13686608 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAA
127 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAA
* * * * * * *
13686664 AAA-AAATAGATGTTTATC-AAACAAGCTCAAATAGATATGATTATTTAAATAATTATCTATTTA
1 AAATAAAT-GATGTTTACCGAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTATTTC
* * * *
13686727 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCACAAAAACTTATTTGAAA
65 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTA-TTAAAA
* *
13686792 TAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAA
129 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAA
* * * * * * * *
13686846 AAATTAAA-GCTAGTTT-TCGAATCAA-TTCAAATAGTTAAGACCATTTGAACAAATATCAATCT
1 AAA-TAAATGAT-GTTTACCGAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTATTT
*** * * * * ** ** *
13686908 CAAATTGCTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAAATCATACGAGCTTATTCAAA
64 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTAAAA
* *
13686972 TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTCAAAAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAA
129 T-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAA
* * ** * *
13687024 AAATAAATG-TGTTTGCTG-AATTAGTTCAAATGGTTAAGACTA-TTAGAATAATTATCTATTTC
1 AAATAAATGATGTTTACCGAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTA-AACAATTATCTATTTC
* * ** * * * * * * *
13687086 AAATCATTCTAAGATTTAGTTTTGTCGTAAAATAATTGTTTCAGTTCATACACA-TTTATTCAGA
65 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-AAAGCTTATT-AAA
*
13687150 ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAG
128 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAA
* ** * * * * *
13687206 AAATAAAT-CTACTTACC-AAA-AACGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAAGTATCTATTTA
1 AAATAAATGATGTTTACCGAAACAA-GTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTATTTC
* * *
13687268 AAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTCTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAA
65 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTAT-TAAAA
* * *
13687333 TAAAATAGTACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAA
129 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAA
* * * * * * * * * *
13687387 AAATAAATCA-GTTTACCGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATATATTTTA
1 AAATAAATGATGTTTACCGAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTATTTCA
* ** * **** * *
13687450 AATCATTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTCAACATACAAGCTTATTGAAATA
66 AATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTAAAATA
* * *
13687515 AAATAATACTAATTTGTTAGTATTTCAAGAATTA
131 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
13687549 GTAAAAGATT
Statistics
Matches: 708, Mismatches: 143, Indels: 70
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 11 0.02
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184 3 0.00
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AAATAAATGATGTTTACCGAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTATTTCA
AATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTAAAATA
AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAA
Found at i:13687171 original size:359 final size:355
Alignment explanation
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13686497 GCCAAACCAG
** * * * * * * * *
13686507 TTCAAATAGTTAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCT-AACCTTTTGTTTAGTC
1 TTCAAATAGTTAAGACCATTTGAACAAATATCAATCTAAAATCACTATGAA-CTTTTGTTTTGTC
* *
13686571 ATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT
65 ATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * *
13686636 TGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAA-AAATAGATGTTTATCAAACAAGCTCAAATAGAT
130 TCAAAAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-G-TGTTTCT-GAATAAGTTCAAATAGTT
* * * *
13686700 ATGATTATTTA-AATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATT
188 ATGACTA-TTAGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTAGTTTTGTCATAAAATAATT
* * * * *
13686764 GTTTCAGTTCACAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAT
252 GTTTCAGTTCA-TACAACTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * *
13686829 TAAGCAAGAGATTT-AAAAAATTAAAGCTAGTTTTCGAATCAA-
315 TAAGCAAGAGATTTGAAAAAA-TAAAGCTA-CTTACCAA-AAAC
* ** *
13686871 TTCAAATAGTTAAGACCATTTGAACAAATATCAATCTCAAATTGCTATGATC-TTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTAAGACCATTTGAACAAATATCAATCTAAAATCACTATGAACTTTTGTTTTGTCA
* ** * *
13686935 TAAAAAAATTATTTCAAATCATACGAGCTTATTC-AAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATT
66 TAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-T
* * *
13686999 TTCAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAATTAGTTCAAATGGTTAAGAC
129 TTCAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-CTGAATAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * ** *
13687064 TATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAAGATTTAGTTTTGTCGTAAAATAATTGTTTCA
193 TATTAGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTAGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA
*
13687129 GTTCATACACATTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGC
258 GTTCATACA-ACTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGC
* *
13687193 AAGAGATTTGAAGAAATAAATCTACTTACCAAAAAC
320 AAGAGATTTGAAAAAATAAAGCTACTTACCAAAAAC
* ** * * * * *
13687229 GTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAAGTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATC
1 -TTCAAATAGTTAAGACCATTTGAACAAATATCAATCTAAAATCACTATGAACTTTTGTTTTGTC
* * * * *
13687294 ATAAAACAATTCTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAGTACTACTTTATTAATATT
65 ATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* ** * * *
13687359 TCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCGAATCAGTTCAAATAATTAT
130 TCAAAAATTAGTAAG--AG--ATTTAAAAAATAAATGTGTTT-CTGAATAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
13687424 GGCCATTTGAATAATTATATATTTTAAATCATTATTACCTTTCA-TTTTGTCATAAAACAATTGT
190 GACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTT-AGTTTTGTCATAAAATAATTGT
**** * * *
13687488 TTCTCAACATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTGTTAGTATTTCAAGAATTA
254 TTCAGTTCATACAA-CTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
13687549 GTAAAAGATT
Statistics
Matches: 556, Mismatches: 100, Indels: 46
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
357 2 0.00
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365 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (355 bp):
TTCAAATAGTTAAGACCATTTGAACAAATATCAATCTAAAATCACTATGAACTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
CAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTCTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
TAGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTAGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTT
CATACAACTTATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGA
TTTGAAAAAATAAAGCTACTTACCAAAAAC
Found at i:13688635 original size:356 final size:359
Alignment explanation
Indices: 13687799--13689854 Score: 990
Period size: 363 Copynumber: 5.7 Consensus size: 359
13687789 ATTTCAACTT
** * * * *
13687799 ATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTCTTAATATTTC-AAAATTTTATATGTAAGA
1 ATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAT-TA-GAAAGA
* * * ** * * * * *
13687863 GACTTAAAAAATAATTCTATTTATTGAACCAA-TTCAAATAATTATAACTATTTGAA-AAATATA
63 AATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** ** * * * * * * * *
13687926 TATTCCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTT-TGTTTATATAAGTTTG
127 TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCAGTTAATACAAGCTTA
** * * * *
13687990 TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTTATATT-TAGAAAATTAATCAGTAAGAGA-TTTAAAAA
191 TTCGAAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTCCA-AAAATTAATAAG-AAG-GATTTTAAAAA
* * * * ** ** * *
13688053 GT-AAATCTATTTAC-CAAGCAATTCCAAATAGTT-TTCACTATTTGAATAATTAT-C-TAT--A
253 ATAAAATCTATTTACAGAATCAATT-CAAATAATTATAGAC-ATTAAAACAATTATCCATTTCAA
* * * * * * * * * *
13688111 ATCATTATAAACTTTTC-TTTTGTCATCAAACTATTGGCTCTGTTC
316 ATCGTCAT-TACATTTCGTTTAGTCATAAAACAAAT-GTTTTGTTC
* * * * *
13688156 ATACTATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATA-ACCAAGA
1 ATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTATTAGA--AAGA
* * ** * *
13688220 AAATTAAAAAATAAATCTAATTACCAAATGAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCT
63 AATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * ** *
13688285 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCTTAAAATAATTTTTT-TGTTTGTGCAAGCTTAT
128 ATTTAAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAGTTAATACAAGCTTAT
* * * *
13688349 TC-AGATTAAAATTATATAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG-A-GA-TTTAAAAAAT-
192 TCGA-AATAAAATAATACAAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAAGGATTTTAAAAAATA
* * * * ** * * *
13688409 AAATTTGTTTTTC-GAATCAATTCATATGTTTA-AGATATTAAAATAATTATCCATTTGAAATCG
256 AAATCT-ATTTACAGAATCAATTCAAATAATTATAGACATTAAAACAATTATCCATTTCAAATCG
* *
13688472 TTC-TTACCTTTCGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTC
320 -TCATTACATTTCGTTTAGTCATAAAACAAATGTTTT-GTTC
* *
13688513 ATACAAGTTTATTTGAAATAAATTAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTATTAGAAAGATA
1 ATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTATTAGAAAGAAA
* * * *
13688578 TTTAAAAAATAAATCCATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTAT
65 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
13688643 TTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAGTTAATACAAGCTTATTCG
130 TTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAGTTAATACAAGCTTATTCG
*
13688708 AAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTTAAAAAATAAA
195 AAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG-AAG-GATTTTAAAAAATAAA
* * * ** * *
13688773 ATCTATTTACAGAATCATTTTAAATAATTATAGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTCA
258 ATCTATTTACAGAATCAATTCAAATAATTATAGACATTAAAACAATTATCCATTTCAAATCGTCA
* * * *
13688838 TTACATTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTTTTTATC
323 TTACATTTCGTTTAGTCATAAAACAAATGTTTTGT-TC
** * * * * * * *
13688876 ATTTAAGCTTATTTGGAATAAACTAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
1 ATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATT-ATTAGAAAGAA
* * * * * * *
13688941 ATTTAAAAATTAAATCTGTTTACCGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATA
64 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * ** * * * * * * * * *
13689006 CTTCAAATTGTTATAACCTTGTGTTCTATCACAAAATAATTATTTTTA-TTCATACGAGCTTATT
129 TTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCAGTTAATACAAGCTTATT
* * * * * * * * * *
13689070 TGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTCGATAATTAATAACTAAAAGA-ATT-AAAAAT
193 CGAAATAAAATAATACAAATTTAATAATA-TTCCAAAAATTAATAA--GAAGGATTTTAAAAAAT
* * ** *** * * ***
13689133 -AAATTTGTTTATTGAA-CCGGTCTAAATATTTA-AGAACA-TATGAGTGATTATCCATTTTCAG
255 AAAATCTATTTACAGAATCAATTC-AAATAATTATAG-ACATTA-AAACAATTATCCA-TTTCA-
* * * ** *** *
13689194 AA-CGTTATGATC-TTTTGTTTTTTCATAAAAC-AAT-TTTAAAATA
315 AATCGTCATTA-CATTTCGTTTAGTCATAAAACAAATGTTT-TGTTC
* * * * * * *
13689237 ATACTAGCTTATTTGAAATAAAACAA-AATGAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAAGA
1 ATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTATTAGA-AAGA
* * * * * * * * * * * *
13689301 GATTTTAAAAATATATTTTTGTATACCTAACTAGTTTAAATAATTATGGCGATTTGAACAACTAT
63 AATTTAAAAAATAAATCTAT-T-TACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
** * * * *
13689366 CTATTTCGAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAGACAAATGTTTTT--GTTCATATAAGTT
126 CTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TTTTTCAGTTAATACAAGCT
* * * * * * * * * *
13689429 TGTT-TATAATAAAGTAATGCTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-AA-TA-TCTAAAAA
189 TATTCGA-AATAAAATAATACAAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAAGGATTTTAAAAA
* * * * * **
13689490 AT-ATATCTATTTATCA-AACCAATTTAAATAGTTAT-GACTATT-TAACAATTTATTTATTTCA
253 ATAAAATCTATTTA-CAGAATCAATTCAAATAATTATAGAC-ATTAAAACAA-TTATCCATTTCA
* * * * * * * * * *
13689551 ATTGGTTATGACTTTTTGTCCTA-TTATAAAACAATTGTTTCTATTC
315 AATCGTCATTACATTTCGT-TTAGTCATAAAACAAATGTTT-TGTTC
* ** * *
13689597 ATACAAGCTTA-TT-AAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAA
1 ATACAAGTTTATTTGAA-A-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATT-ATTAG-AAA
* *** * * * * * * *
13689660 -AATTTTTTTAAATAAATATGTTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTAT
61 GAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* ** * * ** * *
13689724 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGGAATTGTTTAAGTTCTTATAAGTTTA
126 CTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAGTTAATACAAGCTTA
* * * * *** * *
13689789 TTAGAAATAAAATAAAACCAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAAA
191 TTCGAAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAA-GAAG-GATTTTAAAAAA
13689854 T
254 T
13689855 TTGTTTACCG
Statistics
Matches: 1319, Mismatches: 302, Indels: 150
0.74 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
353 12 0.01
354 24 0.02
355 38 0.03
356 149 0.11
357 162 0.12
358 233 0.18
359 64 0.05
360 68 0.05
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362 73 0.06
363 235 0.18
364 150 0.11
365 21 0.02
366 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
ATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTATTAGAAAGAAAT
TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
TAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAGTTAATACAAGCTTATTCGA
AATAAAATAATACAAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAAGGATTTTAAAAAATAAAATC
TATTTACAGAATCAATTCAAATAATTATAGACATTAAAACAATTATCCATTTCAAATCGTCATTA
CATTTCGTTTAGTCATAAAACAAATGTTTTGTTC
Found at i:13689071 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13687799--13689852 Score: 1449
Period size: 181 Copynumber: 11.4 Consensus size: 180
13687789 ATTTCAACTT
* ** * * * * *
13687799 ATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTCTTAATATTTCAAAATTTTATATGTAAGAG
1 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * ** * * * * *
13687864 ACTTAAAAAATAATTCTATTTATTGAACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAA-AAATATATA
66 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * *
13687928 TTCCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTT
131 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTC
* * * * * * *
13687979 ATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTTATATTT-AGAAAATTAATCAGTAAGA
1 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * *
13688043 GATTTAAAAAGTAAATCTATTTACC-AAGCAATTCCAAATAGTTTTCACTATTTGAATAATTATC
65 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTT-CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * ** * *
13688107 TA--T--AATCATTATAAACTTTTCTTTTGTCATCAAACTATTGGCTCTGTTC
129 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTC
* ** * * ** *
13688156 ATACTATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAA
1 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * ** * *
13688221 AATTAAAAAATAAATCTAATTACCAAATGAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTA
66 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * *
13688286 TTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCTTAAAATAATTTTTTTGTTT
131 TTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTATTC
* * * * * *
13688337 GTGCAAGCTTA-TTCAGATTAAAATTATA-TAAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAG
1 ATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * ** * * * * ** *
13688396 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTTTCGAATCAATTCATAT-GTTTAAGA-TATTAAAATAATTAT
64 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * *
13688459 CCATTTGAAATCGTTCTTACCTTTCGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTC
128 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTA-TTC
* * * *
13688513 ATACAAGTTTATTTGAAATAAATTAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATT-ATTAGAAAGA
1 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * *
13688576 TATTTAAAAAATAAATCCATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCT
65 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * *
13688641 ATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAGTTA
130 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTA-TTC
* * * *
13688693 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTG
1 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * *
13688758 ATTTTAAAAAATAAAATCTATTTACAGAATCATTTTAAATAATTAT-AGCCATTTCAACAATTAT
66 A-TTTAAAAAAT-AAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
13688822 CTATTTCAAATTGTCATTACATTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTTTTTA-TC
128 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TTTTTTATTC
** * * *
13688876 ATTTAAGCTTATTTGGAATAAACTAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
1 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * *
13688941 ATTTAAAAATTAAATCTGTTTACCGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATA
66 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * *
13689006 CTTCAAATTGTTATAACCTTGTGTTCTATCACAAAATAATTATTTTTATTC
131 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTC
* * * * * *
13689057 ATACGAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTCGATAATTAATAACTAAAA
1 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * ** * * * * ***
13689122 GAATT-AAAAATAAATTTGTTTATTGAACC-GGTCTAAATATTTAAGAAC-ATATGAGTGATTAT
65 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTC-AAATAGTTATG-ACTATTTGAACAATTAT
* * * ** * *
13689184 CCATTTTCAGAA-CGTTATGATCTTTTGTTTTTTCATAAAACAA-TTTTAAAATA
128 CTA-TTTCA-AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTATTC
* * * * *
13689237 ATACTAGCTTATTTGAAATAAAACAA-AATGAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAAGA
1 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * * * * * *
13689301 GATTTTAAAAATATATTTTTGTATACCTAACTAGTTTAAATAATTATGGCGATTTGAACAACTAT
65 GATTTAAAAAATAAATCTAT-T-TACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * *
13689366 CTATTTCGAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAGACAAATGTTTTTGTTC
128 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTTTTTTATTC
* * * * * *
13689420 ATATAAGTTTGTTT-ATAATAAAGTAATGCTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-A
1 ATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * * *
13689480 TATCTAAAAAATATATCTATTTATCAAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTT-AACAATTTATT
65 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATC
* * * ** * * *
13689544 TATTTCAATTGGTTATGACTTTTTGTCCTATTATAAAACAATTGTTTCTATTC
129 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTC
** *
13689597 ATACAAGCTTA-TT-AAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAA-
1 ATACAAGCTTATTTGAA-A-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* *** * * * * * *
13689659 AAATTTTTTTAAATAAATATGTTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTAT
64 AGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* ** * *
13689724 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGGAATTGTTTAAGTTC
128 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTA-TTC
* * * * * * ** *
13689778 TTATAAGTTTATTAGAAATAAAATAAAACCAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAG
1 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
13689843 ATTTAAAAAA
66 ATTTAAAAAA
13689853 ATTTGTTTAC
Statistics
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0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 27 0.02
176 75 0.05
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178 13 0.01
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184 4 0.00
185 6 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTATTC
Found at i:13689257 original size:544 final size:539
Alignment explanation
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Period size: 544 Copynumber: 2.2 Consensus size: 539
13688642 TTTAAAATCA
* ** *
13688652 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAGTTAATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTTTTAAAATAATACAAGCTTATTCGAAATAAAAC
* * *
13688717 AATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTTAAAAAATAAAATCTAT-T-
65 AAAACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTT-AAAAAT-AAATCTATGTA
* * ** *
13688780 TACAGAA-TCATTTTAAATAATTATAGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTCATTACAT
128 TACAGAACT-AGTTTAAATAATTATAGCCATTTCAACAACTATCTATTTCAAATCATCATGACAT
* *
13688844 TTTGTTTGGTCATATA-ACAAATGTTTTT-TATCATTTAAGCTTATTTGGAATAAACTAATACTA
192 TTTGTTTGGTCATA-AGACAAATGTTTTTGT-TCATATAAGCTTATTTAGAATAAACTAATACTA
* * * * * * *
13688907 ATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATTAAATCTGTTTACCGAACCAG
255 ATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGATCTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA
*
13688972 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTA-TACTTCAAATT-GTTATAACCTTGTGTTCTAT
316 TTTAAATAGTTATGACTATTT-AACAATT-TATTACTTC-AATTGGTTATAACCTTGTGTCCTAT
* * *
13689035 CACAAAATAATTATTTTTATTCATACGAGCTTATTTGAA-A-TAAAATAATACTAATCTATTAAT
378 CACAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TT-AAGATTAAAATAATACTAATCTATTAAT
*
13689098 ATTTTCGATAATTAATAACTAAAAGAATTAAAAATAAATTTGTTTATTGAACCGGTCTAAATATT
441 ATTTT-GACAATTAATAACTAAAAGAATTAAAAATAAATTTGTTTATTGAACCGGTCTAAATATT
13689163 TAAGAACATATGAGTGATTATCCATTTTCAGAACG
505 TAAGAACATATGAGTGATTATCCATTTTCAGAACG
* * * *
13689198 TTATGATCTTTTGTTTTTTCATAAAACAA-TTTTAAAATAATACTAGCTTATTTGAAATAAAACA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTAAAATAATACAAGCTTATTCGAAATAAAACA
** ** * * *
13689262 AAATGAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTTAAAAATATATTTTTGTATAC
66 AAACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTTAAAAATAAATCTATGTATAC
** * * * * * *
13689327 CTAACTAGTTTAAATAATTATGGCGATTTGAACAACTATCTATTTCGAATCATTATGACCTTTTG
131 AGAACTAGTTTAAATAATTATAGCCATTTCAACAACTATCTATTTCAAATCATCATGACATTTTG
* * * * * *
13689392 TTTTGTCATAAGACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTATAATAAAGTAATGCTAATCTAT
196 TTTGGTCATAAGACAAATGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTAGAATAAACTAATACTAATCTAT
* * *
13689457 TAATATTTCAAAAATTAATAAAATATCTAAAAAATATATCTATTTATCAAACCAATTTAAATAGT
261 TAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATCTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTTAAATAGT
* * * * * *
13689522 TATGACTATTTAACAATTTATTTATTTCAATTGGTTATGACTTTTTGTCCTATTATAAAACAATT
326 TATGACTATTTAACAATTTA-TTACTTCAATTGGTTATAACCTTGTGTCCTATCACAAAACAATT
* *
13689587 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTAAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAA
390 ATTTCTATTCATACAAGCTTATTAAGATTAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGACAATTAA
* * ** * ** * * * * * *
13689652 TAAGTAAAA-ATTTTTTTAAATAAATATGTTTACCGAACTAGATC-AAATAGTCATG-ACTATTT
455 TAACTAAAAGA--ATTAAAAATAAATTTGTTTATTGAAC-CGGTCTAAATATTTAAGAAC-ATAT
* * * *
13689714 GAATAATTATCTA-TTTCA-AATCA
516 GAGTGATTATCCATTTTCAGAA-CG
** ** ** * * * *
13689737 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGGAATTGTTTAAGTTCTTATAAGTTTATTAGAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTAAAATAATACAAGCTTATTCGAAATAAAAC
* *** * *
13689802 AAAACCAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAA
65 AAAACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTTAAAAA
13689853 ATTTGTTTAC
Statistics
Matches: 541, Mismatches: 97, Indels: 39
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Matches are distributed among these distances:
538 7 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (539 bp):
TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTAAAATAATACAAGCTTATTCGAAATAAAACA
AAACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTTAAAAATAAATCTATGTATAC
AGAACTAGTTTAAATAATTATAGCCATTTCAACAACTATCTATTTCAAATCATCATGACATTTTG
TTTGGTCATAAGACAAATGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTAGAATAAACTAATACTAATCTAT
TAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATCTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTTAAATAGT
TATGACTATTTAACAATTTATTACTTCAATTGGTTATAACCTTGTGTCCTATCACAAAACAATTA
TTTCTATTCATACAAGCTTATTAAGATTAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGACAATTAAT
AACTAAAAGAATTAAAAATAAATTTGTTTATTGAACCGGTCTAAATATTTAAGAACATATGAGTG
ATTATCCATTTTCAGAACG
Found at i:13690079 original size:265 final size:267
Alignment explanation
Indices: 13689599--13690117 Score: 591
Period size: 265 Copynumber: 2.0 Consensus size: 267
13689589 TTCTATTCAT
* **
13689599 ACAAGCTTATTAAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAATT
1 ACAAGCTTATTAAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAGGACAATTAATAAGTAAAAATT
* * * * *
13689664 TTTTTAAATAAATATGTTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATT
66 ATATAAAAAAAATATATTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATT
* * * ** * * *
13689729 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGGAATTGTTTAAGTTCTTATAAGTTTATTAGA
131 TCAAATCATTATGACATTTTGTTTTCTAATAAAACAATTGTTTAAGTTCATACAAGGTTATTAGA
* *
13689794 AATAAAATAAAACCAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAAATTTGT
196 AATAAAATAAAACCAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATTTGT
13689859 TTACCGA
261 TTACCGA
** *
13689866 ACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTAGGACAATTAGTAAGT-AAAA-
1 ACAAGCTTATTAAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTAGGACAATTAATAAGTAAAAAT
* ** * * * *
13689928 TATATAAAAAAAATCTATTTATTGAA-TAAGTTCAAAT-GATTATGACTATTTGAATAGTTATTT
65 TATATAAAAAAAATATATTTACCGAACT-AGATCAAATAG-TCATGACTATTTGAATAATTATCT
** * *
13689991 ATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTCTAATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATGCAAGGTTAT
128 ATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTCTAATAAAACAATTGTTT-AAGTTCATACAAGGTTAT
* * * * ** * **
13690055 TTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATGGGTAAAAGATTTAAAAAA
192 TAGAAATAAAATAAAACCAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
13690118 TAAATATATT
Statistics
Matches: 207, Mismatches: 41, Indels: 10
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
264 2 0.01
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ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (267 bp):
ACAAGCTTATTAAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAGGACAATTAATAAGTAAAAATT
ATATAAAAAAAATATATTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATT
TCAAATCATTATGACATTTTGTTTTCTAATAAAACAATTGTTTAAGTTCATACAAGGTTATTAGA
AATAAAATAAAACCAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATTTGT
TTACCGA
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Alignment explanation
Indices: 13689865--13690930 Score: 894
Period size: 178 Copynumber: 5.9 Consensus size: 177
13689855 TTGTTTACCG
* * * * *
13689865 AACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTAGGACAATTAGTAAGTAAAA-T
1 AACAAGCTT-TTTTGAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATT-TGAAAATTAATGAGTAAAAGA
* * * * * * * *
13689929 ATATAAAAAAAATCTATTTATTGAATAAGTTCAAATGATTATGACTATTTGAATAGTTATTTATT
63 ATATAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATT
* * * * *
13689994 TCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTCTAATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA
128 TCAAATTATTATGACCTATTGTTTTGTAATAAAACAATTGGTTC-AGTTCA
** * * * * *
13690044 TGCAAGGTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATGGGTAAAAGA
1 AACAAGCTT-TTTTGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTTGAAAATTAATGAGTAAAAGA
* * * * * * * * * * * *
13690109 TTTAAAAAATAAATATATTTACCGAATAAGTTGAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTAACTAT
63 -ATATAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTAT
*
13690174 TTCAACTTATT-TGACCTATTGTTTTGTAATAAAACAATTGGTTCAGTTCA
127 TTCAAATTATTATGACCTATTGTTTTGTAATAAAACAATTGGTTCAGTTCA
*
13690224 AATAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAATTAATGAGTAAAAGAA
1 AACAAGCTTTTTTG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTGAAAATTAATGAGTAAAAGAA
* * *
13690289 TATAAAATTAATCTTTTTACTGAATATGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTT
64 TATAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTT
*
13690354 CAACTTATT-TGACCTATTGTTTTGTAATAAAACAATTGGTTCAGTTCA
129 CAAATTATTATGACCTATTGTTTTGTAATAAAACAATTGGTTCAGTTCA
*
13690402 AATAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAATTAATGAGTAAAAGAA
1 AACAAGCTTTTTTG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTGAAAATTAATGAGTAAAAGAA
* * *
13690467 TATAAAATTAATCTTTTTACTGAATATGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTT
64 TATAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTT
* * * * ** *
13690532 CAAAATATTATGACCAATTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTTTGTTCT
129 CAAATTATTATGACCTATTGTTTTGTAATAAAACAATTGGTTCAGTTCA
** ** *
13690581 TGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAAATA-
1 AACAAGCTT-TTTTGAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATT-TGAAAATTAATGAGTAAA-AG
** * * * * * * * *
13690645 TTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTATA-ACTATTTCAACAATTACCC
62 AATATAAAATAAATCTATTTACTGAATA-AGTTCAAATAATTA-AGACTATATGAACAATTATCT
* * * * * ** *
13690708 ATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTTTGTTTA
125 ATTTCAAATTATTATGACCTATTGTTTTGTAATAAAAC-AATTGGTTCAGTTCA
*** * * * * * * *
13690761 TAA-AAGCTTATTCAAAACAAAATAATAATAATTTTTTAAAATTTCAAAAATTAATAAATAGAAG
1 -AACAAGCTT-TTTTGAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTT-GAAAATTAATGAGTAAAAG
* * * ** * * * *
13690825 ATTGA-AATAATAAATCCATTTATTGAGCGAA-TTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATT
62 AAT-ATAA-AATAAATCTATTTACTGA-ATAAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATC
** * * * * *
13690888 TATTTCAAACCATTATGATCTTTTATCTTGTCATAAAACAATT
124 TATTTCAAATTATTATGACCTATTGTTTTGTAATAAAACAATT
13690931 ATTTTTATTC
Statistics
Matches: 745, Mismatches: 119, Indels: 44
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
178 237 0.32
179 145 0.19
180 221 0.30
181 137 0.18
182 5 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
AACAAGCTTTTTTGAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTGAAAATTAATGAGTAAAAGAATA
TAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCA
AATTATTATGACCTATTGTTTTGTAATAAAACAATTGGTTCAGTTCA
Found at i:13694428 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 13694366--13694433 Score: 63
Period size: 21 Copynumber: 3.3 Consensus size: 21
13694356 CTAAATTGTC
13694366 TATTTT-TTAA-TTTGTGAAA
1 TATTTTATTAATTTTGTGAAA
* *
13694385 TATGTTTATT--TTTGTACTTAAA
1 TAT-TTTATTAATTT-T-GTGAAA
13694407 TATTTTATTAATTTTGTGAAA
1 TATTTTATTAATTTTGTGAAA
13694428 TATTTT
1 TATTTT
13694434 GGATATTGTG
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 4, Indels: 12
0.70 0.07 0.22
Matches are distributed among these distances:
19 3 0.08
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ACGTcount: A:0.29, C:0.01, G:0.09, T:0.60
Consensus pattern (21 bp):
TATTTTATTAATTTTGTGAAA
Found at i:13698860 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 13698830--13698874 Score: 74
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 22
13698820 TAACATTTAG
*
13698830 AAAATTAATAAGCAAGAAATTT
1 AAAATTAATAAGCAAGAAAATT
13698852 AAAA-TAATAAGCAAGAAAATT
1 AAAATTAATAAGCAAGAAAATT
13698873 AA
1 AA
13698875 TAAGCTTATT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 1
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 18 0.82
22 4 0.18
ACGTcount: A:0.64, C:0.04, G:0.09, T:0.22
Consensus pattern (22 bp):
AAAATTAATAAGCAAGAAAATT
Found at i:13698877 original size:16 final size:16
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Indices: 13698828--13698879 Score: 50
Period size: 21 Copynumber: 2.9 Consensus size: 16
13698818 AGTAACATTT
13698828 AGAAAATTAATAAGCA
1 AGAAAATTAATAAGCA
*
13698844 AGAAATTTAAAATAATAAGCA
1 AG--A---AAATTAATAAGCA
13698865 AGAAAATTAATAAGC
1 AGAAAATTAATAAGC
13698880 TTATTCAGAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 10
0.71 0.05 0.24
Matches are distributed among these distances:
16 13 0.45
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19 1 0.03
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AGAAAATTAATAAGCA
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Alignment explanation
Indices: 13698987--13699320 Score: 429
Period size: 182 Copynumber: 1.9 Consensus size: 177
13698977 AGTTATTACT
*
13698987 ATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTCTGATTTGTCATAAAATAATTATTTTAG
1 ATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTCTGATTTGTCATAAAACAATTATTTTAG
* * * *
13699052 TTAATACAAGCTTAGATAG-AATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTTTGAATATAA-TAAGT
66 ATAATACAAGCTTA-ATAGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA--TTT-AA-AAAATTAA-T
13699115 AAGAAATTAAAAAAAATAAATATGTTTATTGAATCAGTTAATATGATTCTGGCC
125 AAGAAATT-AAAAAAATAAATATGTTTATTGAATCAGTTAATATGATTCTGGCC
* * * * * * *
13699169 ATTTGAATGATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
1 ATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTCTGATTTGTCATAAAACAATTATTTTAG
* * * * *
13699234 ATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTAGTAATATTTAAAAAATTAATAAGAGA
66 ATAATACAAGCTTAATAGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTAAAAAATTAATAAGAAA
*
13699299 TTTAAAAAATAAATATGTTTAT
131 TTAAAAAAATAAATATGTTTAT
13699321 CAAACCAGTT
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 18, Indels: 9
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
177 19 0.14
178 11 0.08
179 5 0.04
180 3 0.02
181 2 0.02
182 92 0.70
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
ATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTCTGATTTGTCATAAAACAATTATTTTAG
ATAATACAAGCTTAATAGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTAAAAAATTAATAAGAAA
TTAAAAAAATAAATATGTTTATTGAATCAGTTAATATGATTCTGGCC
Done.